5TAOA

Haloferax volcanii malate synthase lead(ii) complex
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
428
structure length
356
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDLTADELREELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEAAKWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray analysis of Lead(II) binding to Haloferax volcanii Malate Synthase
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Haloferax volcanii (strain atcc 29605 / dsm 3757 / jcm 8879 / nbrc 14742 / ncimb
molecule keywords Malate synthase
total genus 140
structure length 356
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2016-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 5taoA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 5taoA01
2VGIA 2KX9A 1U5VA 2VGBA 3M0JA 4L9YA 3LYEA 1F8MA 3HQNA 3EOLA 3SRFA 3QV6A 3H6OA 4YJ5A 3P0XA 3BJTA 1XG4A 4B5SA 4YNGA 4IP7A 3QQWA 1AQFA 1M3UA 2G50A 3SRKA 1PYMA 3FA3A 1PKNA 3PUGA 1DIKA 3R4IA 2VGFA 3G2GA 1IGWA 1S2VA 1KC7A 3KTXA 1S2WA 2HJPA 1S2TA 4FXFA 3OYZA 2XDFA 4L80A 3T07A 4KCVA 3EOOA 2WQDA 3ME3A 4QG9A 3B8IA 3MA8A 4IQDA 4ROQA 1U5HA 4B5WA 5JVLA 1O68A 1S2UA 3T0TA 4LSBA 2XZ7A 3OYXA 1O5QA 1A3WA 4QGCA 1DQUA 5TAOA 1VBHA 3GG8A 2QIWA 1DXEA 1F3XA 4JPGA 4B5TA 4HYVA 4L7ZA 1F8IA 1KBLA 2V5JA 4MG4A 4B5VA 1O66A 1E0UA 3N25A 4KS0A 4KCUA 3QZ6A 4HYWA 4DRSA 3T05A 4B5XA 4QG8A 1M1BA 1A49A 1E0TA 3I4EA 1PKMA 3PP7A 3IS4A 3KHDA 1IZCA 1A3XA 3M0KA 3QTGA 4IQEA 1GGOA 1VBGA 2BG5A 2HROA 2VWSA 2XZ9A 3QLLA 4KCTA 3GR4A 1DXFA 3BJFA 3E0WA 1JDEA 1A5UA 2DUAA 2R82A 4KCWA 3EOEA 4B2DA 3HQOA 3QV8A 1PKYA 3GQYA 3QV9A 3U2ZA 3VAVA 2ZE3A 4MF4A 3OQ8A 4B2DD 1F3WA 4RPPA 1ZJHA 2L5HA 4IMAA 2VWTA 3E5BA 1SGJA 3LG3A 4QG6A 2X0SA 3EZ4A 2V5KA 4WJ8A 1UJQA 2DIKA 4B5UA 2HRWA 1PKLA 2OLSA 4TV5A 3SRDA 1MUMA 2VGGA 4KRZA 4L9ZA 3SRHA 2E28A 1OQFA 1OY0A 1XG3A 3FA4A 4TV6A 1ZLPA 1F61A 2HWGA 3QV7A 4FXJA 4G1NA 3E0VA 1T5AA 1Z6KA 3HQPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KBSA 3UXLA 3KV9A 4RE0A 3DX5A 4QE1A 3GTHA 1UMLA 1RD5A 3S6DA 1DBTA 4HTYA 3N6QA 2Q09A 1H1NA 2EJAA 3TWBA 4EOZB 2CA5A 4JAWA 1JUBA 4ZO8A 2ABAA 4BR1A 3TH6A 3T07A 3TFCA 3X1DA 3NRXA 1IXNA 3E0LA 1KFYA 1XIDA 2CBVA 4OBRA 5TD4A 3SQSA 3BCJA 4DF1A 4U10A 2EHOB 6XIMA 4PUDA 3SUUA 4HYVA 1SO3A 4W84A 2VUNA 4QX7B 3MKDA 1IBKT 1EJSC 1DJYA 3W84A 1Z48A 3R12A 4E7ZA 4DV2T 2FMNA 3FVMA 3VZXA 1T8QA 4XSLA 2BKOA 2H7VC 2LE8A 4ECLA 1GJUA 2Q9QA 2GJXA 3VU2A 3T4CA 2PP3A 2RH9A 1H5YA 3LZ3A 4IHCA 2DEPA 1IHIA 1QI3A 3FYOA 3SIMA 4ZO9A 2ACUA 3NQ6A 4PSPA 2ZXAA 4UUIA 2F4VT 1XFBA 2YBUA 4I7VA 4L65A 1KGWA 1I4NA 3NRYA 2P9BA 3ES8A 4L9ZA 4EZHA 2HZGA 4OTKA 2GK1A 2VR5A 2KWIB 3O4XE 5ENLA 1KBBA 5FD0A 1R9ZA 1U22A 4YVPA 5GVJA 5D2VA 5FSEC 1DJZA 1JCTA 3ANUA 1KD0A 2CLHA 2NX1A 1IWAA 1JYVA 2JEPA 4DJFD 3EWXA 4EIVA 4ZODA 5A6AA 2PDYA 3GXNA 3U57A 3CWHA 3N29A 2FB3A 2VX4A 3LI1A 1J5TA 2V2DA 2NQLA 2GK9A 1XLMA 3QPYA 3WENA 1U33A 4JZ5A 2IKJA 1W1A1 1J5ET 1MIWA 1U5HA 3ABVA 4NSBA 5T8GA 1P7TB 4JTKA 1QNVA 1NOWA 1C9WA 2PRHA 4L1WA 3S9IA 2DL1A 1BYAA 2VCCA 4AZIA 2ZXBA 5FCZA 1WCRA 4NG3A 2K5BB 3WDRA 1CLVA 3EDKA 2UXNB 2V7IA 3E2SA 3QZ6A 3RHWA 4IQJA 5AHNA 3KOWA 2PDLA 4W93A 4IGMA 4JFVA 3GBDA 3VIPA 2VURA 3CBWA 1XIIA 4W8BA 2G4JA 2QT3A 1KNPA 1GVYA 2V3GA 3MBDA 5DMYA 3C52A 3OQ8A 1ZKEA 5EY5A 2Q8LA 3GNDA 1J01A 3ARTA 1BR4A 1CGYA 3A4XA 3IJIA 3NL3A 4HU4A 4RDZA 3F4WA 3U48A 3TOPA 2FZNA 2A7NA 4G8TA 2CEAA 3OBAA 2DCFA 1ISWA 1JNDA 1SW3A 6TAAA 1MO0A 1SJAA 3TQKA 4UFJA 1Z89A 1K1DA 5C7HA 2WSSV 2VD9A 1XWMA 4PBGA 2E6YA 4FXJA 3SGUA 1X38A 4Q4QA 1G73A 1WCGA 3PBVA 2UUBT 1OIFA 1RLDA 2QF8A 4KIRA 1GHSA 1HZYA 2LEHA 3W2LA 1DTNA 5K4XA 2ZUUA 1QLBA 2DW7A 4E2OA 3Q5DA 1V0LA 1BYDA 3O15A 4J40A 2Y85A 4BJNA 5CA0E 3CO4A 1NDZA 4HFVA 4DV7T 3W7HA 5J8LA 4TR9A 3OVPA 5A8PA 3LGEA 3PBYA 4NUVA 1UUQA 2E67A 6ALDA 1K9FA 2BZNA 3L2LA 3MBFA 1V6YA 3KRUA 1BR2A 1EJTC 1O5KA 4IL4A 1FDZA 2VOMA 1OXZA 4U72A 3K4DA 3KRZA 3N9SA 3UNDA 1JD7A 1MEWA 4Z2GA 1QRQA 1I1WA 3UW6A 5HXSA 4GK0E 5BXTA 5IHYA 3QOKA 3TLVA 1GOMA 4FA3A 1VBGA 3VUPA 4UTLA 5JQ9A 2POZA 4Y9PA 3UWEA 3V1HA 1OB0A 3EX3A 3N73A 1PJ9A 1TO3A 1H1YA 3QR3A 4AXPA 2DI4A 4S2CA 4FR1A 3WQPA 2VWTA 2PDJA 4DV3T 5HMSA 4HNUA 3UNTA 1KLZA 3PTMA 4QLJA 2DT2A 3JRKA 6TIMA 1J0KA 4X5TA 4BQ3A 1G9HA 1BKHA 6XIAA 1OCBA 3G1RA 2OTDA 3BG5A 1KEYA 3JZEA 1LQ0A 4WRHA 1TE1A 5E0CA 4P5UA 7TAAA 2A7PA 2EKGA 1J2WA 1XLBA 3MJXA 2OELA 3ITXA 4KFNA 2QGSA 4AYSA 4E8GA 4B3ST 3LYEA 2BXYA 3L4VA 4Q4SA 2RA1A 1HJXA 4LUJA 2AQOA 3JW7A 3W0KA 1RD6A 4BJMA 2CMRA 4ERRA 1ELSA 3EUHA 4BQ2A 2Z6EA 1KBIA 3NQGA 3NPVA 4MB3A 1Q7ZA 3MUAA 4PUNA 3VD3A 1M68A 1XF0A 3CHVA 2EG7A 3FDKA 6REQB 1E1HB 3WFLA 4NXNT 3N6HA 5HATA 2WY2A 1TJ1A 4J3UA 2OYLA 4IDZA 4EP8C 2LHRA 1NDYA 1UMYA 4DI9A 3A22A 2BVLA 4O1FA 2E5LT 3A13A 4PTXA 3LPFA 3KAOA 3VCNA 4REQA 2O9PA 5G4EA 2W4XA 1PS9A 3SN0A 1IAPA 2PTDA 3HL6A 3DUGA 4QDWA 3P2VA 2XAFB 4M7TA 1PZ3A 3IJQA 2Y7EA 4GVFA 3LCFA 3VDAA 3RPTA 1X8FA 1XD1A 1XDJA 1BRLB 1W56A 1H1ZA 3PZMA 5EGRA 3MU7A 1E1FA 4YHJA 1G7UA 3NR0A 2EPOA 4PCFA 3UUNA 2DZAA 1LRZA 1KRBC 3HG5A 3TW9A 5L3DB 4AWEA 2PDNA 4C6MA 4PL2A 2OWWA 1SGJA 5I79A 1NELA 4TXEA 3ITTA 3HO8A 1TPH1 1TV5A 2QR6A 2ZKMX 4KRTA 4XISA 2R6OA 3H2FA 3CHEA 3NPXA 3EWCA 5AYIA 4P0BA 3DJBA 1A4MA 3BL3A 4JN8A 4FK9A 3S5YA 2OZ3A 2BVMA 3DOPA 1QATA 2C71A 1IEXA 2VK9A 4JIHA 1XJBA 3RC3A 3EEZA 1GTEA 2NX3A 1B1YA 4QAIA 1YKWA 1UD4A 4R27A 1EKOA 1F05A 2V81A 3RFAA 1YMYA 2EPMX 3WQVA 3PZNA 3GM8A 1UJPA 3GXTA 1R86A 4IM4A 3RIAA 4HHHA 5DCBA 4L61A 4W89A 1V6VA 3GDLA 3SCOA 5I3DA 1I6NA 3NWIA 1W0BA 4A29A 1KNRA 3EKGA 3VRAA 3A7MA 2VOTA 3AHTA 1V3IA 3MWAA 3L4WA 4EAMA 1IZNB 4NP7A 3GFYA 3S42A 4Z91A 2GDUA 2NWRA 4TV9E 1IE7C 1YE4A 1HCIA 2Z6JA 1C9DA 3H2CA 1D1AA 3I4EA 3NFUA 3VNLA 1WOBA 1MNDA 2PB1A 4IIGA 3WQOA 4AB4A 4JI7T 1DQXA 5CAHA 1YW1A 1HP4A 1G8XA 4CXWA 3LG7A 3IJ6A 4DVDA 5JRCB 2VKZG 3W75A 1ZFJA 4RPPA 1ZJHA 1CGTA 4IHJE 4C6DA 3OJAA 3ITOA 2Q71A 1GZ1A 4ORIA 1J4EA 1E5NA 4EWJA 4W7UA 4M7SA 1ZGDA 2KINB 1F3TA 3Q5XA 5CH9A 5K9DA 2ACXA 1CGXA 2WC3A 3OZPA 3LGDA 4L6DA 2O9TA 1QT1A 3WY1A 1QO5A 3EABA 4RW3A 5BOOA 4EB6E 1UKPA 1POKA 2WPGA 7ENLA 4TWDA 4HZ6A 5IRPA 1W0AA 2JK2A 1MIYA 1O12A 4ZOAA 2X9XA 2GSHA 3CASA 3NQ8A 2ACZA 3H6OA 3KOXA 3E38A 3HQ1A 4B4HA 4JI1T 1D8WA 2J7FA 3LLDA 4CNNA 1OHLA 5CPQA 4WKHA 2CZVA 1IWBA 4H9RC 2X2GA 5A6KA 2J13A 2WKJA 2CEQA 2XQ6A 4NHVA 2BVDA 2CXGA 2NX9A 3AEAA 4RUBA 1PYFA 3UPBA 2ESCA 4C1NA 1A5CA 3GNXA 5AC7A 1RAKA 2R8WA 4AISA 3R94A 3GKFA 4GYRA 4LQ1A 2QV4A 1VJIA 3WCZA 3UFGA 5AQSB 1WP6A 4A97A 4ZZ9A 4JEUB 1WAUA 1QW9A 3UGVA 1W0MA 3GDMA 4DRSA 1M1BA 4TX8A 2HVNA 4YTSA 1WZLA 1BTMA 4LANA 1YKEB 3A4AA 4QEEA 4GNKB 2HMCA 2YKKA 5HULA 1ZUAX 2BDQA 4DZHA 1EZ3A 2KSRA 2X05A 3VNMA 1JYNA 3OPSA 1EQPA 3VOGA 3K8MA 4JLEA 2A3HA 3MA9A 2CLLA 4B6XA 3P60A 4C6BA 5AB3A 3MY9A 4KQNA 4JTUA 3M0IA 3R11A 2WK2A 3EZ4A 2PGEA 3N9RA 4AWUA 1B3ZA 2BX7A 3TJXA 4B5UA 2DIKA 1JPMA 5BOEA 4YSXA 1ALDA 2ODUA 5CCZA 3CX8B 3IEEA 4LEQA 2YXGA 5LGTB 3CQGB 5HPCA 3GDTA 3IPWA 2OT1A 4K3ZA 2HHHT 4QM1A 3W7KA 2NP9A 3WNLA 3TEVA 4KX6A 1W9BM 4Q25A 2IW0A 3NEVA 3MZNA 1UC4A 4H8UA 2MANA 4IDNA 2A0NA 4QDMA 5EFDA 3VNDA 3IJ9A 4HHPA 1VEOA 1QR7A 3TUUA 2EJ1A 3B04A 4MFEA 1MYRA 4S3CA 1FEWA 3G24A 9RUBA 3FFSA 4XZCA 1DWIM 4S3AA 2HNHA 2C19A 5EMMA 3VKAA 3H22A 5C9UA 2WDRA 5BWFA 2OEMA 1E9YB 1Y01A 3GHRA 3IGUA 1PUDA 4V28A 1OIMA 1WZAA 3CMFA 3PUQA 3P84A 4DI8A 2J8GA 5I3KA 2VRQA 3TJLA 3W88A 3GY1A 1M7XA 4QLLA 5LZLA 4EIWA 3ZMSB 3CC1A 4M1BA 2YL6A 3C61A 4TWHA 4CLMA 1DWFM 2QIWA 3FX4A 3BZJA 3G1XA 4B5NA 1E72M 1T40A 4CQBA 3EA3A 1BQGA 3KE0A 4LVDA 1W1ZA 2P8BA 5FA5A 1QPQA 4M6PA 3HV8A 4JEQA 3VNJA 3LBXB 2Y48B 3MHGA 1WDQA 1HR0T 1X1OA 4YSYA 2NVAA 4R9XA 3MQTA 3ZCJA 5E1QA 1D0XA 4D71A 3R5EA 1I2PA 5A6TC 3N9OA 5AQTB 5DT5A 4CQ9A 3CQHA 3NYDA 3B0PA 2BHUA 3RU6A 2TODA 2CIPA 3CH9A 4OU1A 5EPDA 2PC8A 2WZIA 1B3VA 1G69A 1P0DA 3T0DA 1UR0A 1YXRA 2BBJA 2WJFA 5CZKA 5ETWA 4XB3A 5H8PA 4DF2A 2HWGA 3MUXA 3ES7A 3OGRA 4XBJA 5HDRA 1V8EA 3AYRA 3SCVA 1X1NA 1R47A 4CZZB 3K3OA 2EHHA 3QV6A 5HBFA 2YBVA 3VNIA 1WDPA 3FA3A 2BY1A 3HB9A 4C90A 4AHOA 4AQGA 1SSDA 3DFQA 4DUZT 4G2DA 2IC6A 2VVSA 2PLJA 5HXCA 4ACYA 1PSCA 1R3QA 2E6AA 4AIOA 2ALRA 3ZR6A 1N82A 3BAJA 3TN4A 3CUXA 1XC4A 4LJ3A 1O94A 1BF6A 4C1LA 3ZWSA 5AOUA 1Q2RA 2ABBA 3FOKA 1XMQT 5HEOA 4PTNA 5DY2A 2PI6A 3IV8A 3KDNA 5CXPA 3AXJA 1AL8A 1TZ9A 2E3ZA 3EDFA 4JDBA 4FXSA 2P5NA 3OIHA 1QWGA 3G3DA 4U2YA 1JNEA 2B31A 4JBRA 3FJLA 2IPJA 1X39A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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