1IT7A

Crystal structure of archaeosine trna-guanine transglycosylase complexed with guanine
Total Genus 207
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
207
sequence length
577
structure length
577
Chain Sequence
KMLKFEIKARDGAGRIGKLEVNGKKIETPAIMPVVNPKQMVVEPKELEKMGFEIIITNSYIIYKDEELRRKALELGIHRMLDYNGIIEVDSGSFQLMKYGSIEVSNREIIEFQHRIGVDIGTFLDIPTPPDAPREQAVKELEITLSRAREAEEIKEIPMNATIQGSTYTDLRRYAARRLSSMNFEIHPIGGVVPLLESYRFRDVVDIVISSKMALRPDRPVHLFGAGHPIVFALAVAMGVDLFDSASYALYAKDDRYMTPEGTKRLDELDYFPCSCPVCSKYTPQELREMPKEERTRLLALHNLWVIKEEIKRVKQAIKEGELWRLVDERARSHPKLYSAYKRLLEHYTFLEEFEPITKKSALFKISNESLRWPVVRRAKERAKSINERFGELVEHPIFGRVSRYLSLTYPFAQSEAEDDFKIEKPTKEDAIKYVMAIAEYQFGEGASRAFDDAKVELSKTGMPRQVKVNGKRLATVRADDGLLTLGIEGAKRLHRVLPYPRMRVVVNKEAEPFARKGKDVFAKFVIFADPGIRPYDEVLVVNENDELLATGQALLSGREMIVFQYGRAVKVRKGVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of archaeosine tRNA-guanine transglycosylase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule keywords Archaeosine tRNA-guanine transglycosylase
total genus 207
structure length 577
sequence length 577
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.48: tRNA-guanine(15) transglycosylase.
pdb deposition date 2002-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01472 PUA PUA domain
A PF01702 TGT Queuine tRNA-ribosyltransferase
A PF14809 TGT_C1 C1 domain of tRNA-guanine transglycosylase dimerisation
A PF14810 TGT_C2 Patch-forming domain C2 of tRNA-guanine transglycosylase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.130.10 Mainly Beta Roll Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 PUA domain 1it7A04
3.10.450.90 Alpha Beta Roll Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, 1it7A03
3.20.20.105 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Queuine tRNA-ribosyltransferase-like 1it7A01
3.90.1020.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 2 Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 2 1it7A02
2CX1A 3EOSA 1Q63A 1Q65A 3SM0A 2Z1WA 3BL3A 1PUDA 4Q8UA 3VSEA 1K4GA 1N2VA 4GKTA 1T5YA 3UVIA 1OZMA 1Y5XA 3RR4A 1ZS7A 1R5YA 3UNTA 3C2YA 1K8WA 1R3EA 3TLLA 1ZL3A 1Y5VA 2QIIA 2QZRA 1Q2SA 4Q8PA 3LDFA 4GD0A 4GI4A 5I03A 4PUNA 5JXQA 4Q8WA 4Q1TA 1P0EA 1WKDA 4DMGA 1IT8A 3C0KA 4L56A 4Q4RA 3BLLA 4HQVA 4KWOA 1ENUA 4JBRA 2P38A 4GG9A 4Q8NA 1SQWA 1ZE1A 1IT7A 4H6EA 4Q4SA 1Q2RA 4GIYA 5I00A 4Q8QA 4E2VA 2NQZA 5I09A 2ASHA 4Q8TA 3HFYA 5I06A 3BLDA 2PWVA 5I02A 4H7ZA 3UAIA 1OZQA 4HTBA 2PWUA 4PUMA 5EGRA 2NSOA 3GC4A 4Q8OA 2Q07A 3BLOA 2Z7KA 4FPSA 1Q7HA 3S1GA 1WXWA 1Q66A 3GC5A 4Q4PA 1IQ8A 4PUJA 4FR6A 4DXXA 4HSHA 2CWWA 1S39A 4Q4OA 2B78A 3GE7A 1WXXA 2J5TA 2BBFA 1P0DA 4Q8VA 1S38A 2AB4A 4HVXA 1Y5WA 1K4HA 4LBUA 1J2BA 4GH1A 1R3FA 2J5VA 1PXGA 4PUKA 1Q4WA 4Q4MA 1SGVA 4GHRA 1F3EA 2OKOA 4FSAA 2POTA 1EFZA 4LEQA 2AS0A 5I07A 4GCXA 4DY1A 1WKFA 4PULA 4GH3A 4IPPA 2CX0A 1P0BA 1WKEA 1ZE2A 2Z1VA 3D79A 4FR1A 3EOUA 2Z1XA 4Q8MA 4Q4QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ53 5BMXA 3SFKA 4C1NB 2F6KA 2JKEA 3V0TA 1YE4A 3QKZA 3BO9A 2QULA 1VYPX 4LANA 2QUNA 1MQRA 5HANA 2XH9A 2BY0A 2X1RA 1I1WA 3G1HA 4H41A 3LMYA 3WF3A 5XIAA 3LWRA 1ZY9A 3UYIA 3ALGA 4E2BA 4J8TA 1SJBA 1E1FA 1V7AA 1M9HA 2TODA 4J9AA 5DMMA 3VIPA 2GWGA 4JTUA 4CI1B 3AIVA 2YCIX 1EGMA 2NQZA 1QI2A 1M904 5A8PA 3CQIA 4ZOAA 4RDVA 3TOYA 4X9SA 1XLEA 1EUNA 3NEVA 4IF2A 1C7TA 1J11A 3WY1A 4NZJA 3NX0A 2QUUA 2UY4A 5A69A 1F3TA 4MUPA 2DIJA 1GG0A 3FA5A 1AODA 2IQTA 1B2MA 4MKVA 1E1CA 3DHPA 5ELUA 4AIBA 1HKWA 3W7PA 2BBFA 3PWAA 4J35A 4NHFA 3GTFA 1BRHA 3ECQA 4ACZB 1YTKA 2GK1A 4ERGA 5JH2A 1IR1A 1OFDA 5K2ZA 1XYBA 3QGKC 4H9VA 5REQB 1VQN3 2CLFA 1W5PA 4MPQA 1IF2A 1W8GA 2GXFA 3IPTA 2VOMA 2ZRZA 4MNLA 2DY3A 4KWSA 4M1RA 4RZ4A 4JY8A 2VURA 4QCFA 3BNBA 3SQMA 2Z6JA 3LTYA 1EOMA 4K7VA 2F8QA 1HGWA 3M0XA 1JCNA 1VGAA 1FWBC 1FGRA 2HE5A 2GSHA 3CUJA 1S5WA 1V6WA 3KZPA 5AYIA 1JZOA 3U2OA 1TUXA 2UY2A 4Z1AA 3CK5A 4G7EB 1ESWA 1QCWA 1BKHA 4FLRA 4WLCA 2P0IA 1CLVA 4U13A 3LTCA 3F2BA 5G1MA 3STFA 3G16A 3SRHA 3L4UA 1NQKA 5LNRA 1FWAC 4MY1A 2Y24A 4NAFA 3B8SA 4NREA 1OHLA 5ABTA 3HTWA 1PDZA 1OM0A 1UR4A 4I4KA 3WKZA 1ZJBA 1ZBKA 4NI3A 3WEMA 3M5VA 1VQ43 1Q66A 1C7HA 3OOQA 3TEVA 2CWWA 4I5QA 3QR0A 2X0HA 2E5OA 1PWLA 3ZLGA 1ISVA 4MKSA 3OBEA 1F05A 2ZZ5A 5A6KA 3OVPA 5DLCA 2KX9A 5I23A 4TMBA 4G1NA 3D3LA 4DZIA 1TB3A 3S5OA 2VMFA 6ENLA 1GT8A 4HM1B 4ZQRA 4XBXA 3M8CA 1JDAA 4HM7B 2WJFA 3OA5A 1EQPA 4RBNA 4RE4A 2DT2A 3N9HA 1W17A 1QT1A 1CI1A 5CZTA 3D4AA 3ITXA 4UUIA 5FJPA 4C1NA 4DHGA 3W24A 5BROA 1IZCA 5D33A 3MSGA 1TPH1 4CQCA 1OYBA 4ZMGA 2G0WA 3ABRA 1RCQA 3W0KA 3GXMA 3I6RA 2Z00A 4WZHA 3EKZA 1I70A 4XK2A 2E4TA 3H26A 3ZJ7A 5AHNA 1FGMA 1JDFA 3LERA 2CLLA 4P5UA 3QKEA 3SN1A 1IV7A 4J3ZA 3T0DA 4Q3MA 2E2VA 3UW6A 1S1RA 2YDQA 5IG3A 3HFYA 4E4UA 2A6LA 3SAZA 5G2GA 1TMHA 4ZOCA 4MMYB 4O19A 4YWIA 4GXMA 3L4WA 4QTGA 2MUCA 3CUFA 4E5TA 4FNSA 1CGVA 3FJLA 2DJXA 1VHNA 3PY2A 3MHUA 3U4AA 4Y96A 1QJWA 1XCFA 5GJMA 4FP1A 4PFMA 5AYBA 1CXHA 4ZM8A 2K0MA 1GOMA 2Y7DA 4UQEA 4XZBA 2R94A 4ACZA 2E09A 1F4AA 1PCKA 4LYQA 4H8NA 4IP7A 3STEA 1OH0A 5REQA 4N6TA 3CMGA 3W86A 1YKWA 1EWEA 4QE4A 1R46A 2J47A 4FS9A 2DSWA 1TQXA 3G3DA 5T9CE 1KBJA 1V58A 4CQ9A 4OV4A 4KRZA 4W93A 1KFCA 1NP2A 1XH1A 3W38A 3G1YA 4ZFMA 3E38A 2D24A 3H2NA 1V02E 3PM6A 1AZ1A 1WNOA 3MJMA 4DZ5A 3PG9A 2FZDA 1SJAA 3BSHA 2E0PA 4DM2A 3AALA 4G7EA 3HIIA 3GSPA 3M0JA 5HJLA 1MXSA 1KRMA 1PIGA 3L9CA 4IMGA 4IQDA 1PZ0A 4XVEA 1I2RA 3KXQA 3UGVA 3FF2A 3GUGA 4JX6A 2CHRA 3CO8A 3KBNA 7REQB 1KFLA 1UD3A 1JL8A 4QRNA 1W2PA 1YPXA 3UJFA 1N9JA 4GYPA 3AYTA 6RNTA 4BEUA 3GVRA 3GFXA 4UTLA 2XEPA 4AZHA 4DUXA 3MV11 1QAKA 5G4HC 4Q8OA 1RJOA 4H9XA 2HNHA 5KINA 2FNQA 3PBGA 1EHNA 3EBVA 3EB3A 4U2ZA 3APYA 4DZHA 5EBUA 4M6VA 3ZFZA 2GUUA 3RX2A 5I77A 2UV8G 1E6SM 2WSRA 2PP0A 3C3NA 5EMLA 3EWDA 4R27A 4Z2GA 3PZQA 4RNHA 1I3FA 4G9PA 4LY4A 4GX9A 4PUKA 1VCGA 2IMRA 2PFHA 4EC6A 4UFHA 1OIMA 2GGEA 4YHGA 4BFAA 1E0XA 3NR0A 4XBKA 1FHDA 1JCYA 4H2HA 1UCLA 2PTYA 3BSMA 5DRVA 4AZBA 4DI8A 2IY2A 1F61A 4XB3A 3WFAA 1N8WA 5IDZA 5U7SA 1J5TA 4UQCA 3WX7A 2I14A 5LHFA 4Q7NA 3CCQ3 4E4PA 3RM4A 4Z1CA 3L23A 1E71M 3N25A 5FJIA 4QNWA 4P2VA 2PLKA 3N9SA 3O6AA 4GB5A 1ROAA 5ABEA 1PCWA 4NVTA 3LNPA 1G69A 2XGLA 3FIGA 1TV8A 2DSZA 1FH7A 1P0EA 4QX4A 4QG6A 1NOFA 3FEQA 3OU8A 4MADA 4ZQMA 2E6AA 3VIJA 1BYCA 3SY5A 3KVMA 4HIBA 1L6FA 1OD8A 4O2HA 1F8IA 3W02A 3GVVA 3TTOA 1VAHA 2J8XB 1T0OA 1CZ1A 3OWUA 1CT5A 2Q3RA 2QCCA 3THCA 3UY7A 2HK0A 3BARA 2XFYA 4UXDA 1OWQA 2R91A 2ZZ6A 3KN4A 3GX9A 2YBTA 1XIBA 3JZUA 4KT3B 3HGSA 2H0HA 3LGDA 3HN3A 2FFCA 1XL9A 4TVCA 4LB4A 2O4QA 3TX9A 2ZRXA 1LXEA 3WOEB 3B4OA 2H6RA 3BOLA 1IYYA 1H63A 1YIJ3 2VFEA 1ZLPA 1B2YA 1B2XA 3KOZA 1AH0A 2V38A 3IJ7A 2CX0A 1B4EA 5MHBA 1BVWA 4B9YA 4CJNA 3W7HA 3POHA 1M41A 1AL7A 1XD0A 1WXYA 3W1PA 1ICQA 4N02A 2VHLA 3IJ8A 3WH5A 1K02A 1K734 1IVUA 3QV7A 1Y5XA 2IYJA 4LAKA 1YDOA 4GBDA 4DJDC 4TTUA 4N4QA 1VQO3 3AQUA 4WSKA 3FGCB 1IIHA 4GI4A 1FP8A 2VYOA 3MPGA 4NZFA 1TELA 3TIMA 7REQA 2PDQA 2Z1BA 4O1CA 4JTLA 5HMFA 4WX2A 1BQCA 1P1MA 1G6CA 2XFTA 5AIIA 5ENLA 1ZE1A 4HSOA 2W92A 3EWBX 3CHCA 3G0UA 3C61A 3NYDA 8CHOA 2ZZ4A 4ES4A 4D8ZA 2DT3A 1LRTA 1QASA 3M5XA 1MXGA 1BNSA 2OT1A 3MUAA 4N9EA 3WD0A 2E6DA 3ZZ1A 4OOUA 3VDAA 3N18A 1OHSA 1V08A 2VEPA 3BICA 2OODA 3I6EA 4IQJA 2B0MA 3UJRA 3AI0A 4XBJA 1S2CA 3S1GA 1KTBA 2FVKA 1VEPA 3HQ1A 3KRSA 4O52A 5BWAA 3CWOX 4E8DA 2I57A 3WDGB 3WJZA 4O13A 2BY3A 2RFKA 2WWCA 1BGAA 4OECA 4LYPA 4DXKA 1Z44A 2NV1A 1X97A 1Y5WA 2ZVRA 1IWAA 2XFSA 2WNQA 4INFA 3W74A 1MEWA 4CEXC 1DWHM 4WJEA 2OELA 3S46A 4WSHA 4YMZA 1TZ9A 2UWFA 1KCZA 1E6XM 3S5CA 4NX5A 4FX6M 5C9XA 4MWAE 2QF7A 2NXGA 4F79A 3VD3A 1HVXA 4J5GA 3DENA 3AYSA 3MMTA 4O10A 1A2KA 2YDAA 2BG5A 1UMYA 2ONEA 2DIKA 1PIIA 1NU5A 3RM8A 4I5XA 1ZU8A 2J66A 2H0GA 4H8UA 1EL3A 2VM8A 4GO8A 3P60A 1ZZMA 3S5NA 3CYVA 5CAKA 4QCEA 2GVEA 3NO5A 3K8LA 4LYRA 4X2PA 1WAUA 5LGZA 3QHNA 2PNCA 5CJ5A 1ONRA 3K7CA 3BCJA 1PHQA 2E6YA 3W7OA 3FCSB 1A5BA 1FKXA 4DNMA 1MRQA 4H6EA 1UIPA 1OGZA 1N5HA 7GSPA 3DKJA 2V5CA 1R3TA 3VABA 1OIFA 2CZEA 1R3RA 3WYZA 2WJZA 3NPWA 3H2OA 1DXEA 1LYXA 1JD7A 3FKRA 3S1WA 1RCXB 2FZ9A 3NL2A 3G1DA 4JTCA 3CMA3 3DGLA 4WIWA 3D5GA 1LT7A 5BXRA 2B7QA 4LYLB 2CXGA 2D3NA 2KRTA 1GKPA 5GNYA 1L0PA 3FV9A 3TP4A 3T0TA 4MJZA 3VDGA 3W25A 3LHTA 1B9ZA 3M41A 1GNXA 4CCEA 3RRXA 2QVNA 1M5WA 4H9ZA 5DFAA 1EFZA 2ABAA 4JN8A 4GNJA 1JFHA 4IOTA 3PBWA 3T8UA 5BIRA 2YFIB 1Q6GA 4QLJA 1GOKA 1J01A 4A29A 1EP2A 3ITTA 5DY3A 5LNUA 1JBRA 4MY9A 1YHQ3 2RFGA 3UWYA 4QSFA 4IP4A 1GKRA 1A5LC 3GW3A 4O3VA 3LB0A 1NTHA 3THUA 4UFMA 1OACA 3BL3A 4DX3A 4TOQA 3UZZA 4B9ZA 4EWND 1J0IA 3LA4A 4KBXA 5M3WA 4AMAA 3QLDA 1S723 3BWWA 1TRQA 3W37A 5E1QA 3CCL3 3WH7A 4Y8EA 3RUBL 1WKDA 2HMLB 3ID7A 4HQVA 5EMKA 4FAMA 4FMAA 4ZVJA 4C91A 3JUQA 4NNBA 4ZE4A 2R1KA 3V0SA 4MAVA 1V3MA 4R33A 1Q7Y4 3EXRA 1U8CB 1UHVA 1BXCA 2VDGA 3S1XA 1U33A 4H01A 2IA7A 1ASKA 4QS5A 3NXFA 3T7VA 3LPOA 2FHBA 1EXBA 1PTDA 2VT0A 2NX1A 1IEQA 1WO2A 3BJSA 2EHHA 4H8HA 1IQ8A 1F6YA 4N9CA 2A7PA 3T9PA 3OTRA 2WMFA 3WDRA 2BFGA 1LJYA 3N2TA 4A2SA 4OWGA 4JN6A 4K8EA 3ABQA 4D6EA 2ALDA 3Q45A 4C6MA 1HJVA 2AQVA 4TIMA 4I7UA 2BY2A 1AG1O 3DGYA 3PJUA 4Y9MA 5CSYA 3FK4A 1KO0A 1P6WA 2DZUA 4KH2A 5CH9A 5BRQA 4JS3A 3PF3A 3R4IA 3CLMA 1M1K4 3O9NA 1VQL3 4UOQA 3CC1A 4R80A 1Q7MA 4JR5A 2TMDA 2CETA 1HL2A 1QR7A 1PKNA 3BE7A 4KFOA 4QNEA 4PEEA 2W56B 2D2OA 5EVHA 3IACA 1HIZA 1CGXA 1HFBA 3FSUA 4V27A 4CCZA 5HMDA 1D6ZA 1LM1A 3WDJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ5 3;  5BMX A;  3SFK A;  4C1N B;  2F6K A;  2JKE A;  3V0T A;  1YE4 A;  3QKZ A;  3BO9 A;  2QUL A;  1VYP X;  4LAN A;  2QUN A;  1MQR A;  5HAN A;  2XH9 A;  2BY0 A;  2X1R A;  1I1W A;  3G1H A;  4H41 A;  3LMY A;  3WF3 A;  5XIA A;  3LWR A;  1ZY9 A;  3UYI A;  3ALG A;  4E2B A;  4J8T A;  1SJB A;  1E1F A;  1V7A A;  1M9H A;  2TOD A;  4J9A A;  5DMM A;  3VIP A;  2GWG A;  4JTU A;  4CI1 B;  3AIV A;  2YCI X;  1EGM A;  2NQZ A;  1QI2 A;  1M90 4;  5A8P A;  3CQI A;  4ZOA A;  4RDV A;  3TOY A;  4X9S A;  1XLE A;  1EUN A;  3NEV A;  4IF2 A;  1C7T A;  1J11 A;  3WY1 A;  4NZJ A;  3NX0 A;  2QUU A;  2UY4 A;  5A69 A;  1F3T A;  4MUP A;  2DIJ A;  1GG0 A;  3FA5 A;  1AOD A;  2IQT A;  1B2M A;  4MKV A;  1E1C A;  3DHP A;  5ELU A;  4AIB A;  1HKW A;  3W7P A;  2BBF A;  3PWA A;  4J35 A;  4NHF A;  3GTF A;  1BRH A;  3ECQ A;  4ACZ B;  1YTK A;  2GK1 A;  4ERG A;  5JH2 A;  1IR1 A;  1OFD A;  5K2Z A;  1XYB A;  3QGK C;  4H9V A;  5REQ B;  1VQN 3;  2CLF A;  1W5P A;  4MPQ A;  1IF2 A;  1W8G A;  2GXF A;  3IPT A;  2VOM A;  2ZRZ A;  4MNL A;  2DY3 A; 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