5CYYA

Structure of the c-terminal domains of dipz from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
TGTEIREQLNLGGIVNAQNAQLSNCSDGAAQLESCGTAPDLKGITGWLNTPGNKPIDLKSLRGKVVLIDFWAYSCINCQRAIPHVVGWYQAYKDSGLAVIGVHTPEYAFEKVPGNVAKGAANLGISYPIALDNNYATWTNYRNRYWPAEYLIDATGTVRHIKFGEGDYNVTETLVRQLLNDAKPGVKLPQPSSTTTPDLTPRAALTPETYFGVGKVVNYGGGGAYDEGSAVFDYPPSLAANSFALRGRWALDYQGATSDGNDAAIKLNYHAKDVYIVVGGTGTLTVVRDGKPATLPISGPPTTHQVVAGYRLASETLEVRPSKGLQVFSFTYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the ectodomain of the electron transporter Rv2874 from Mycobacterium tuberculosis reveals a thioredoxin-like domain combined with a carbohydrate-binding module.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords Protein DipZ
total genus 91
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF17991 Thioredoxin_10 Thioredoxin like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.260 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Galactose-binding domain-like 5cyyA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5cyyA01
1YQ1A 3SBCA 2GZZA 4GWJA 3D21A 4MLYA 5G30A 3K77A 1XWGA 3P6BA 2JADA 2H8LA 2LV3A 3H93A 5ECOB 3FZAA 2M72A 2W95A 2LSTA 1GUMA 2VZOA 3PINA 3HA9A 4OCFA 5EIYB 2J1VA 1SD9A 5ECIB 4BXSV 1KGYA 4TKYA 2F9SA 4HS1A 4MH2A 1YEXA 5IO0A 1U3AA 4EC0A 3FZ9A 4G2EA 1R64A 1MD4A 3F63A 3UARA 3IAS2 1JZWA 3KD0A 2V1MA 2ZEYA 3GL3A 1NM3A 2XC2A 2FA4A 3K75B 5H5SA 3ABZA 1R5AA 4JZQA 3OBAA 4Z2AA 1X0RA 5HFIA 5ECNB 4HZ4A 4L5OA 2H74A 3FHAA 3EU4A 4IKHA 2MMZA 3IV4A 4CUAA 1VF2A 2RV9A 3ISOA 4ZILA 1SENA 1WJKA 2K6VA 11GSA 2PN8A 3ZFLA 3LEGA 2G2QA 2X8CA 2LS6A 2C26A 1EGRA 3VDAA 4YAVA 4MF5A 5FT3A 1JHBA 4M4PA 5HR1A 3TJGA 1WP0A 1ERVA 1RK4A 1UY4A 1YKCA 4XS4A 3BCIA 4MK3A 3VFIA 2HI7A 3FKFA 2JZTA 2MZCA 5JWRB 2NDOA 3T08A 2VM2A 1U87A 3M8NA 3FHKA 1GSDA 3K4AA 2P5RA 1A2MA 2PU9C 4ILFA 5DAKB 1USBA 2VL9A 3RPPA 3KH7A 1A2JA 3GKMA 3ZRDA 5IJRA 1G7OA 1W8NA 2YC2A 3EMXA 1V9WA 2A2SA 2N5FA 2XPEA 2E2MA 1MD3A 3IB3A 4GCIA 3EB7A 2H0IA 4FO5A 4X0XA 3QFBC 4JR6A 4NV2A 2L4QA 5IMFA 4OMDA 2DMLA 2NBSA 1GP1A 5F8BA 1ZYQB 1MDKA 2W94A 4QL9A 2DSAA 2ZEXA 3KGKA 14GSA 1EZKA 3FR3A 1GRXA 5JXGA 2H70A 1QK8A 4ZZ8A 5B4NA 3I2FA 2DIYA 4CW9A 1R26A 3ACFA 2VMEA 1QXHA 4PGTA 5ENUA 3G7YA 1O8SA 4G19A 1KEBA 4LHSA 4JKMA 3P1IA 5AGYA 2NVLA 4KDYA 4BDVB 1K3OA 2IMFA 2ORXA 3D22A 4IVFA 4KE3A 3SWLA 4JR4A 3MDKA 1UY2A 3TGZA 2H0GA 2CQ9A 4DUVA 5DCHA 4LA1A 1GMMA 5IFTA 2CZ2A 4J2FA 5GAND 5LCZA 5KN2A 5B4XA 1EEJA 3J7Yb 6GSXA 2OJLA 2O7KA 2VMDA 2LEGA 5DMYA 5G04L 4KA0A 1XZOA 5LCWL 3I2HA 5DALA 2VIMA 2CVKA 4QB2A 4D8MA 2VCQA 4NHWA 2VCCA 1ACVA 3IAM2 3ETPA 1F3BA 4BWQA 4Q5RA 1JU3A 4DSSA 3IK9A 4JRRA 2J23A 4IGJA 1OF4A 1XWAA 5GSSA 4W8JA 1J84A 1PMTA 1URMA 2CA8A 3LPGA 3C7GA 5JCWA 2VZ3A 2AAWA 1SU9A 4WETA 3HJMA 2C9KA 2RLIA 3EC3A 4CHSA 3EWLA 4BWSA 4YQUA 5CRDA 8GSSA 4MPFA 3VWWA 4ZB6A 1U3IA 1THXA 4POMA 2Y64A 1JLVA 5J3RA 6GSSA 1Y6EA 5J5NA 2J7MA 2R5GA 5KN1A 4EDZA 2ALBA 3UVHA 4TR0A 4HU9A 4DSRA 1GLPA 5IM9A 1JI6A 5G1LA 2VZTA 1XWCA 1RQMA 2E26A 3CSIA 4MOAA 1O73A 3KIJA 4GSSA 3FR9A 4HU7A 1O8XA 4PUAA 1TJDA 2HYXA 4ECJA 4WR4A 1UXZA 3DXBA 4TR4A 2VM9A 2IMIA 4GTUA 4QDRA 1G7EA 18GSA 3VPQA 5A4VA 2JE8A 3L78A 2HNLA 1OKDA 2VC9A 1K0MA 2YP6A 5IPHA 2JZRA 3LFLA 1XWBA 1JZ8A 1EWXA 3KM6A 1CIYA 4AF2A 3UAPA 3MSZA 4AJ8A 4KAEA 3WSOA 3US3A 2H1DA 4WF4A 3SKJE 4NAXA 1GTBA 1WWJA 3DRNA 1JZRA 2VUPA 2GSQA 1O59A 3AY8A 4IQ1A 1TI1A 4L0WA 3GDBA 1B9YC 3F0IA 1GTUA 4DEQA 2X99A 2F8AA 1FB0A 5JXIA 2DBCA 3I9V2 4V1Ag 5EL8A 2HZEB 4MABA 2WAAA 2H66A 2FY6A 5J9CA 2CX3A 2GQLA 3W5NA 4JKKA 3OGSA 3I2KA 3OB8A 1TU8A 1TP9A 4XUNA 5B7CA 5DN2A 2REMA 4KW6A 1J0FA 3GXUA 1F6MC 1JLWA 2GZYA 3I3EA 2X09A 2XHNA 4PT6A 2C3TA 2LJAA 3EMPA 2WJUA 4GQFA 3Q19A 1PL1A 3UBLA 2C4XA 1L7QA 1B48A 5ECMB 4QQ7A 2WYSA 1UY3A 2IMDA 2GTUA 5EJ1B 3GTUB 3VPTA 5DQSA 4J57E 2PVOC 2H1AA 1XVWA 3EVIA 3CRUA 4ISDA 3C7OA 3A3TA 3JXSA 3ZTLA 1XW5A 4N11A 4TXVA 4PX1A 5EJZB 3GGLA 1PA3A 4P5YA 3TJKA 1ZL9A 3C8EA 2FA8A 1FHEA 3LEIA 5JXJA 3DWVA 1XWKA 1MEKA 4KI5M 5LA0A 4LPLA 4IW9A 2YPMA 4W50A 2WZEA 5ECQB 4KDUA 2B6MA 3T0BA 4IQAA 1NSWA 2B7JA 1X5DA 3BOAA 4E8EA 1SD8A 3C7MA 3WF2A 1WKYA 2IL3A 4XRDA 3EINA 3U5RE 4P02B 3MUZ1 3TOUA 5JUVA 1PX4A 4RI6A 1OC8A 5KN0A 2L4CA 1NKGA 3KP9A 4MGQA 3TRXA 3CDZB 4E8CA 3TKSE 2YFUA 3LORA 2GDRA 1S3CA 3PUHA 1W9SA 1Q4JA 2H6XA 4F0CA 4V2LA 19GSA 2WABA 3CQOA 1U6TA 4KNDA 2AB6A 4IHUA 2X8GA 2MMOA 1A8YA 1M9BA 4MF6A 2QQOA 5HPOA 1UZ0A 4GRFA 2OE1A 4O32A 3QOUA 4ARYA 5E59A 4L8EA 2YJ7A 3BGAA 1CZTA 1F2EA 4KCAA 3ACIA 4JKLA 3ZIJA 4HJ2A 1V98A 2N5AA 4J56E 17GSA 22GSA 4ZBBA 2HE3A 3UMAA 2HFDA 3LSZA 4L0UA 3BD2A 5B8AA 1ZCPA 3APSA 2VL2C 5JWQB 3A21A 4MJCA 5EVOA 4L5LA 4GSNA 2I9HA 1DBYA 3E0UA 3CMIA 1TRUA 3ME8A 4ZB9A 3SKVA 4WEYA 2OBIA 4N10A 2VZVA 1SDDB 4XCSA 4QDQA 4A45A 3LGCA 2LRTA 1W9TA 1G6YA 5HR2A 4PQ1A 2PPTA 3ACHA 4XS4B 1XOBA 1BX9A 3LE0A 1YF0A 5LA1A 4OZOA 1S3DA 1R7HA 1M2DA 1CQHA 1K0OA 2BERA 1YJ6A 4P3YB 5DQ0A 1GUHA 1SL2B 1SL0B 3HHVA 3DYOA 3WD6A 3VK9A 1DP0A 2YB7A 3TB2A 2VZRA 1B9XC 2GQKA 4NXIA 1B4PA 1PN9A 1GNYA 1BYEA 3H1NA 1T1VA 3WNOA 1SJIA 2PERA 4XS6A 1X5CA 2E2GA 2QQIA 2W91A 4UOJA 2C8UA 3EU3A 1UA5A 2W47A 2Y6LA 4K1FA 2H1GA 4E8DA 3IE3A 1GSSA 1Z7RA 5HQPA 3WEZA 4TRXA 1BHGA 3UL3A 4Z7XA 2O87A 5E4WA 3UOMA 2IFQA 1FVJA 2X05A 3GFKA 2ORZA 4IBPA 1EUTA 3KH9A 3P8WA 1H6YA 1HYUA 1UYXA 3I2GA 2B5XA 4F9ZA 1V40A 1QQ2A 5DCGA 3T09A 2H72A 1ERWA 5LD0A 2V72A 2VL3A 3CXGA 1TU7A 4OD7A 3QPMA 3VD9A 3ZREA 4QX2A 1ABAA 3APOA 1UXXX 3Q74A 1JFUA 4MJBA 4IN0A 3KEBA 4TVEA 2VOTA 3F3QA 2E0QA 2YJHA 1K12A 1X5EA 4A44A 2WDBA 3CRTA 3NRUA 2VLUA 2R2JA 5D9VA 2WB9A 3W8SA 5IOXA 4KUNA 3VLNA 5JMOA 3A2VA 4TR3A 4DEJA 1K0BA 2OE0A 5F06A 2DJJA 2F51A 2PBJA 3IDVA 3HZ4A 2BJXA 5J4UA 3UNPA 3L4NA 4KWUA 3GHAA 5DALB 2X10A 1SYRA 3NOFA 5A4UA 3SEPA 4TXOA 3H79A 3VWXA 2YC4A 4CU7A 4V1Ap 2DIZA 4DSSB 2TRCP 3QDNA 1HN1A 2VMCA 3GKNA 2E31A 4MF7A 3MV11 1V58A 1SHWB 3OG2A 2HXKA 5F7UA 2AHEA 2DCJA 2LRNA 2ZEZA 1W99A 5KN3A 4TXWA 4OWYA 3PGTA 4KMQA 4OUEA 3A5WA 4XIHA 2JL4A 3HEIA 2IMEA 2HT9A 1DUGA 2BTOT 4ZZ5A 4BK4A 5A1AA 1GTIA 5DDLA 2BGPA 4HEA2 3ZVJA 4NPBA 2LKUA 2KP2A 2EIOA 5C04A 4XRAA 3THDA 4P08A 3VD3A 3GIXA 2VL2A 4BJ0A 1OF3A 1U88A 4N0VA 2KLXA 3F4TA 4ARXA 2CZ3A 1BJXA 1AAZA 3HDCA 1AUCA 5INYA 2FGXA 4WKWA 3LJRA 3DMLA 1HQOA 2ZXQA 2OE3A 4F2IA 4ECIA 1J08A 4K0GA 1IYHA 3UETA 2LQOA 5FWGA 1YQ2A 1AQWA 3ERGA 4QL7A 3TJJA 3F9UA 1K3LA 2IJYA 4Q5NA 4HUAA 4LMVA 3OGRA 3C73A 3D3AA 3HJPA 3WF0A 4ACSA 4PF1A 5J41A 3QFAC 3OGVA 3TKQA 4Q5QA 1JU4A 1JZ2A 4ML6A 4WR5A 2YV7A 3R2QA 3IR4A 4XUQA 1UMHA 1M2AA 3VI7A 2YZUA 1M9AA 3W6GA 5JCGA 2PMTA 6GSUA 2WO3A 1UVZA 3L9SA 2PWJA 2BGOA 1J83A 5D96A 2YANA 1BQ7A 4O92A 5DJMA 4I8BA 4EVMA 3DECA 3GH6A 1SKWB 12GSA 4TOPA 4YPJA 5C71A 1XXUA 3MUY1 4K7NA 2HRNA 5LA2A 3ZLPA 3GL5A 4F82A 3ZL5A 2K8SA 4I2UA 3DYMA 3I6AA 2XPDA 5ECPB 2ZNMA 3M3MA 1K42A 5IMCA 5JWOB 1AW9A 2VD1A 4ZBDA 1NW2A 4RQRA 2YWIA 1GUIA 2J1EA 4CDOA 2DJ1A 3GKKA 1M7TA 4WXTA 3CZJA 2WRTA 2GGTA 1VF3A 2MYGA 3GRXA 2GT6A 1SKRB 2QQKA 3TKSC 1OVNA 2CX4A 2D2ZA 1E2YA 1O6JA 4HDEA 1K45A 2XBQA 1VRSD 2K8VA 1CQGA 3WF1A 3KTBA 4XTSA 3RHBA 2BBAA 1BAYA 4YQMA 4IELA 3O76A 1GSQA 1P8JA 2VZSA 1GNEA 4ZIJA 1CX1A 1R5PA 3U37A 1OE7A 3WYWA 3E3EA 2WBKA 2Y6GA 4YH2A 1OYJA 2VCXA 3MBWA 2LQQA 1C72A 4XUTA 2P5QA 1M99A 4L0PA 2J1AA 3F6FA 2LNSA 4TR1A 4CVUA 4HQZA 4O5RA 2WGRA 5DPNA 1T4YA 2CAQA 4LLRA 3G9BA 5AN1A 2AJQB 1XFLA 3ERFA 3K4ZA 3RPNA 2KUCA 1A8LA 2VCWA 4EO3A 1SJ6A 1SK0A 1YEPA 4XURA 2R4VA 3H8QA 3TRQA 2I81A 3GH9A 2B5YA 4KCEA 1QMVA 2VCTA 1WCQA 1YZXA 3VDCA 1JYVA 3IK7A 1EOHA 2OBKA 1PQNA 2IPAA 1W89A 2K18A 4HOJA 1LJRA 4K8MA 1ERTA 5ELGA 1HNCA 5ECLB 2EICA 4HQSA 3P2AA 2W9XA 1TRWA 2P31A 5D8IA 4ID0A 2WULA 4IP1A 3M1GA 2DJ2A 2HSYA 4YQVA 1N2AA 4MO3M 3TDGA 3WGXA 16GSA 1OC3A 2WDUA 3IRAA 4ML1A 2I1UA 2R3XA 4AAXA 4OMCA 1ZMAA 5A4WA 5CP1A 2LRCA 2C0FA 4ZB8A 1J9BA 5A5KA 4M4RA 2B1LA 3TRPA 5EY6A 1HNBA 1XVQA 3I3BA 1AXDA 1F37A 4X43A 1SK1A 4CUCA 3HCZA 2WQ8A 4XVHA 4TW5A 2TRXA 4KGIA 2PVQA 2IWTA 2FWHA 3FRCA 2DDUA 1RYYA 3H4KA 5IMZA 3UESA 2VO5A 2V5DA 2L5LA 3P7XA 3F6DA 3VWUA 3Q18A 2L57A 1SG3A 3CSHA 3CSJA 4V2NA 2HSHA 5DJLA 2J22A 1TG7A 3GMFA 2YN1A 2OACA 5HFKA 4OO5A 3M0FA 5G5EA 3PUIA 4OCEA 4RN5A 4OYUA 3FY7A 2LTKA 2OKAA 2KD7A 2QKEA 3BN6A 2VAFA 3VI5A 1GTAA 3T0DA 3FW2A 2IFQB 1IQDC 2JSYA 3DGQA 1GWCA 1X9SB 2GLRA 2YV9A 2LUSA 4O7HA 1ON4A 2H76A 2VL4A 2VZUA 3C1RA 2F3MA 3I43A 3ACGA 4XZUG 1JZ5A 3PH9A 2V6OA 3IPZA 1A0RP 3ED3A 4FH8A 3HD5A 3P90A 2DLXA 5ABRA 3HNMA 2JZSA 3GN3A 4GLTA 3DIEA 5IMAA 4OFTA 1DLCA 2VLVA 3WT2A 5IMVA 1JZDA 2LS5A 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 3CTG A;  3VWV A;  3A7Q A;  1X9W B;  3CMG A;  2W92 A;  1PL2 A;  1JZ7 A;  1NHY A;  4ECB A;  4IS0 A;  4DUW A;  4K7O A;  4PNF A;  4QAW A;  3PR8 A;  2W46 A;  1V2A A;  1Z7P A;  3IOS A;  3RBT A;  3HJO A;  3TKS A;  2A4V A;  2C3N A;  3HVS A;  4WBJ A;  5ECK B;  4G9H A;  3HYP A;  2VTF A;  2DMM A;  4AG4 A;  1WIK A;  1F3A A;  2L9L A;  1TKD B;  1H75 A;  3LEK A;  1GOF A;  4DXT A;  3OR5 A;  3WNK A;  4QX1 A;  5AIV A;  3LQ7 A;  1PX6 A;  1E6B A;  1QFN A;  4HJM A;  2WFC A;  1OAZ A;  4D73 B;  1X9M B;  3C71 A;  1GSY A;  4IUG A;  4MJE A;  2H73 A;  2QQM A;  1O7U A;  2C0G A;  4P00 B;  2B5E A;  3T0A A;  2VR4 A;  1TK0 B;  1TI3 A;  1TK5 B;  3LQC A;  3I3D A;  3F2Z A;  3S9F A;  3LYP A;  3D4M A;  2QQN A;  2FLS A;  1Z3E A;  3M9K A;  2Y8K A;  4MZB A;  4ZXE A;  3LXZ A;  4W4Z A;  3HVV A;  2WO2 A;  5CZK A;  2Z4F A;  1PX7 A;  4EXJ A;  3ZM8 A;  3APQ A;  4XHM A;  2EID A;  2H6Z A;  4BVX A;  3IHQ A;  5B6N A;  1HNA A;  5HFG A;  2V4V A;  2Z9S A;  1G0T A;  2HLE A;  3CTF A;  2Y6J A;  4RYD A;  5CYY A;  4RI7 A;  2YCD A;  2MBS A;  2DJK A; 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 1OH4 A;  2GT5 A;  3GA4 A;  1KTE A;  1UYY A;  2O89 A;  5COH A;  1UX7 A;  3HVX A;  4LMW A;  2XQX A;  1MDJ A;  3I2I A;  1CZS A;  4PQI A;  2E32 A;  3WNP A;  5IHR A;  1GSF A;  4CU6 A;  5JR2 A;  4D73 A;  1QGV A;  1WOU A;  4RUV A;  4JED A;  2ZEW A;  3I2J A;  2FUG 2;  1M2B A;  1EV9 A;  3GM8 A;  1ERU A;  1HD2 A;  2C80 A;  5C00 A;  4EDY A;  3IBH A;  1JYN A;  3KMO A;  1KBN A;  2RM5 A;  2BMX A;  1XCC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YXW A;  4GWJ A;  3M3O A;  1Q5O A;  2JG8 C;  1XWG A;  4G4F A;  1LOD A;  2W95 A;  2VZO A;  3HA9 A;  1FMD 1;  1UIJ A;  4BXS V;  1W6P A;  1A78 A;  5JCT A;  4OHY A;  1OUX A;  2LUW A;  1U3A A;  1LOF C;  1YWK A;  3FZ9 A;  3MFA A;  3F63 A;  3UAR A;  3IAS 2;  1JZW A;  2V1M A;  5E6H A;  3GL3 A;  1UYP A;  2XC2 A;  2ZKN A;  2P34 A;  2VBP A;  1QJZ A;  5HFI A;  3KQ4 B;  2XLA A;  1W6O A;  1LR5 A;  4J1W A;  4CUA A;  1QJY 2;  4ZIL A;  3VZL A;  2K6V A;  4YW4 A;  3IM0 A;  3ZXF A;  2DKI A;  3VDA A;  1S0E A;  4OI2 A;  4Q4V 3;  2WL1 A;  1JHB A;  4XIL A;  3L2H A;  5HR1 A;  3TJG A;  4XF3 A;  1ERV A;  2EAK A;  4HK8 A;  3VFI A;  3BOP A;  2JZT A;  2DUP A;  4QQP A;  2RDR A;  1GSD A;  4OQ9 A;  2P5R A;  1A2M A;  2PU9 C;  1DQ6 A;  4P14 A;  2V09 A;  4AED C;  5E16 A;  3TN9 3;  3ZRD A;  1PMI A;  5FYV A;  1VPH A;  1V9W A;  4Q5O A;  2XPE A;  3IB3 A;  1PK6 A;  3MPP G;  4X0X A;  3IDE A;  1Y7B A;  2DUO A;  1GP1 A;  2R06 3;  3QLQ A;  3RMX A;  1ZYQ B;  2R0P A;  4QGL A;  4GQ7 A;  2ZEX A;  3KGK A;  3RZH A;  3AMM A;  1EZK A;  3FR3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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