5CYYA

Structure of the c-terminal domains of dipz from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
TGTEIREQLNLGGIVNAQNAQLSNCSDGAAQLESCGTAPDLKGITGWLNTPGNKPIDLKSLRGKVVLIDFWAYSCINCQRAIPHVVGWYQAYKDSGLAVIGVHTPEYAFEKVPGNVAKGAANLGISYPIALDNNYATWTNYRNRYWPAEYLIDATGTVRHIKFGEGDYNVTETLVRQLLNDAKPGVKLPQPSSTTTPDLTPRAALTPETYFGVGKVVNYGGGGAYDEGSAVFDYPPSLAANSFALRGRWALDYQGATSDGNDAAIKLNYHAKDVYIVVGGTGTLTVVRDGKPATLPISGPPTTHQVVAGYRLASETLEVRPSKGLQVFSFTYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the ectodomain of the electron transporter Rv2874 from Mycobacterium tuberculosis reveals a thioredoxin-like domain combined with a carbohydrate-binding module.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein DipZ
molecule tags Membrane protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 91
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF17991 Thioredoxin_10 Thioredoxin like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.260 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Galactose-binding domain-like 5cyyA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5cyyA01
2E32A 1TI3A 3TJFA 5IFPA 2CX3A 1YF0A 5LD0A 1O6JA 4OZOA 5CZKA 1A24A 1F4HA 2XBQA 4ZB8A 3CIHA 1K3IA 4KWUA 1CIYA 2Z4FA 4KX4A 3UNPA 2FY6A 2PVQA 2L59A 4XUOA 2O7KA 3UOMA 2BJXA 3EINA 5J5NA 3C8EA 1JHBA 2HZFA 4UI9L 1T1VA 3HKRA 1EEMA 1GWCA 2Y6JA 3VDAA 2L5OA 3PR8A 2IWTA 4ZZ8A 3MUY1 2H0GA 2JU5A 5ECHB 2GLRA 1JZ8A 4K1FA 1G7EA 3KM6A 3HJRA 1UC7A 2KHPA 2H1GA 3ZLPA 3F6FA 1R5AA 3VPQA 3KMOA 4TVEA 3V1WA 5ENUA 1EOHA 1G7OA 3CSJA 4WBRD 1XW5A 2YWMA 3SWLA 2Y6LA 4IS0A 1TG7A 4QB2A 1AQWA 4PF1A 1GTUA 3EC3A 4NHWA 4POLA 1K0DA 1UVZA 3FRCA 5G1LA 4ECJA 3GGLA 1K45A 1AQXA 1K3LA 5E59A 3J7Yk 2WABA 3K46A 4TR4A 4JU5A 2GGTA 4CU7A 2LSTA 4IJIA 2GSRA 4KA0A 1F37A 3CMIA 4K9ZA 5HFKA 1OD3A 1YJ6A 3WNKA 2WO3A 2W91A 1M2AA 14GSA 1AAZA 3LEFA 5CRWA 2OACA 5GSSA 1AC1A 2J22A 2IL3A 3A2WA 2C4JA 2J1SA 3RHCA 3VLNA 4N11A 1R4WA 3VD3A 2C0DA 1Z5YE 4HQSA 2QKEA 3D5JA 3EU4A 3RPNA 4AGSA 5IHRA 1Q4JA 3VDCA 4QX3A 3D0ZA 4XS4B 1B9XC 1P8JA 5DJLA 2TIRA 1UMIA 2VOTA 4IW9A 4ECBA 3QCPA 2C8UA 4KMQA 3ZREA 1VF1A 3P1IA 1NUKA 3LEIA 1JZ2A 2HLSA 2XOMA 3C7MA 2VMDA 5CAXA 2A2RA 4JRRA 2ES7A 4A42A 4MF5A 4CU9A 2VZRA 3WD6A 4I97A 3VD7A 16GSA 4DSRA 4XVHA 2ZUPA 3FR9A 1WJKA 3KH7A 5J41A 1XPVA 2B7KA 1OKDA 2WFCA 2W5FA 2FD3A 3P90A 4I2TA 2JE8A 5DBQA 2WO2A 4WXTA 3I69A 2VD0A 3LPFA 2C1YA 2EC4A 2BMXA 4KUNA 3FK8A 3Q19A 1SDDB 2FWGA 1O81A 2H74A 3SEEA 5C71A 1TTZA 3CXGA 5DQ0A 3WF2A 5IFTA 2O87A 5KN2A 5CO3A 4FIWA 2HRNA 4KI5M 5AIXA 5JWOB 1ACVA 1BJXA 2ZXQA 4RQRA 2QQMA 2C4XA 1X5DA 1TK5B 4J56E 3DVXA 1K0BA 2C26A 3ME7A 2B9VA 3VPTA 1FW1A 3FY7A 3MV01 5EJ1B 4DSSA 4FH8A 1WOUA 1T7PB 1K0AA 1TU7A 5IOXA 2VCQA 3GIXA 2QQIA 4MH2A 1THXA 1TRWA 1Y6EA 3HHVA 3KP8A 5FHIA 4PT6A 4CU6A 3CKHA 3KCMA 1K0NA 4MF6A 2N5FA 2VMEA 3UJ1A 4FO5A 4DEQA 1PX3A 1J08A 4IN0A 1DBYA 3TKQA 2VQUA 4MLYA 2VO5A 4K0GA 5CRGA 5CYYA 3MNGA 4KDUA 3LPGA 1X5CA 2LRTA 3LXTA 1DE2A 1MDJA 3F9UA 2L6DA 3OEBA 5IYYA 5D9XA 4ZB9A 2LJKA 4GXZA 2WN2A 2L57A 1SENA 4OUEA 2RUEA 3IAPA 1GQPA 2GQKA 4QB6A 5IPGA 3ZMKA 1TJDA 3GA4A 1OC3A 4YH2A 4W50A 3ERFA 3LQCA 2PU9C 2VCVA 3I2KA 10GSA 4N0VA 3PH9A 4QDSA 3DIEA 4MA9A 4L5OA 5DCHA 11GSA 2ALBA 1JU4A 4XUPA 6GSUA 4TXOA 3LORA 4GLTA 2C0FA 1EP8A 2YV9A 3FZAA 2GS3A 5IQYA 3G9BA 5ECQB 1KEBA 2CX4A 3EMXA 4AJ8A 2I4AA 4BL7A 5J9BA 1XBSA 2YN1A 4BVYA 3M8NA 3EE2A 2ID4A 2B1KA 4IHUA 4KSMA 4KGIA 3RBTA 4EDYA 2LKUA 3SKVA 2ORXA 2H0IA 3GMFA 4EL1A 4ZXEA 1GNEA 1DYOA 5AN1A 1TXXA 2VO4A 4V2MA 3ZRDA 3F8UA 2GDRA 3WQBA 2L6CA 1S3AA 4GRFA 2RJ2A 1GSFA 3GURA 3KZQA 3TB2A 3VI5A 2LNSA 4PQQA 1B8XA 2DLXA 3QDNA 2B5XA 1O8SA 1PX4A 1URMA 4WR4A 4MDCA 4V2NA 4K6XA 2WDUA 3F6DA 5F7UA 3ECQA 2JZSA 1HNBA 1T4YA 1XXUA 5IMVA 4CUAA 4F2IA 2O8VB 2F51A 3Q74A 4IGJA 2J1RA 3QAVA 1YKCA 2B5YA 1XVWA 1QUWA 3DMLA 1UY0A 5L71A 3C7FA 3D21A 3GKNA 4WBJA 3FL7A 2H71A 4G19A 1XFLA 4MJCA 1XCCA 3NZNA 1THOA 5IMZA 1A23A 4ET7A 2YWNA 3UBLA 1MD4A 3TDGA 5EJZB 1IYHA 1SKSB 4ARXA 2LEGA 2FCHA 5ECMB 2LS6A 3MO4A 2V1MA 3ZL5A 3VWXA 1GLQA 4DXTA 2OA7A 4WF5A 2VM9A 5C00A 3ME8A 5G1KA 1W9TA 4ZBDA 1V40A 4WR5A 1GUHA 4I2UA 3TKSE 1T8EB 2H6YA 4NPBA 3C7HA 2VMCA 4DEVA 1K3OA 3GTUA 2H70A 1KTEA 4D0QA 2HT9A 1XNTA 1UA5A 2AB6A 1M9BA 3T2QA 2H6ZA 4YPJA 4PQIA 3O76A 1A2LA 1UYXA 3HNMA 3VD9A 2I3YA 2H75A 3IPZA 7GSSA 2H0HA 4UOJA 3T2OA 1DE1A 2J1AA 1JZ7A 5B8BA 2OE1A 4LQRA 3GH6A 1Z7RA 4YQUA 1Z7PA 2A4VA 3WF3A 1NHOA 3HOBA 1B48A 1OC9A 2VQTA 2DJ1A 2MMOA 3LWAA 1GTAA 4Q5RA 1ILOA 3KJYA 4HZ4A 2VCWA 4QB1A 3LSZA 1RK4A 2MYGA 2EIRA 2QQKA 1FHEA 4NV2A 2DDUA 1GRXA 1R64A 4HQZA 4ZBAA 3L4NA 2VCBA 3NNGA 1BG5A 5AISA 2R5GA 2GQMA 4ECIA 4OMCA 5ELAA 5DQYA 1GSYA 2R7EB 1RW1A 5ECOB 5EL8A 3L9VA 3HY2A 2IFQA 3I2IA 4KSOA 3I43A 3D6IA 5A5KA 3M3MA 2CDOA 3VWUA 5D9VA 3E3EA 1QFNA 3F3RA 4GQCA 2M72A 3IHQA 2ZCTA 1LNSA 2Z9SA 5CRDA 1XPWA 1FB6A 1V2AA 5JXGA 3BOAA 4Z7XA 2V32A 3QOUA 1XW6A 4OO4A 1K0CA 2GSTA 1WMJA 2J1EA 4O92A 3UL3A 4EUYA 2G0FA 6GSSA 2WS2A 1K0OA 3CSIA 2DMMA 2JD9A 1UY4A 4MPGA 2C3QA 4QQ7A 3LQ7A 4AF2A 5GAND 2VL3A 1AIUA 3LXZA 4GQFA 1OKTA 5JR2A 4LMVA 2VZVA 3I2JA 4F0CA 4OCFA 1ON4A 4GWIA 3HEIA 3VWWA 3GSSA 3GDBA 4NV5A 3K8NA 2R4VA 5J4UA 5B4NA 1HNAA 5GAPD 1CQGA 1BHGA 3QAGA 1GUMA 2IMFA 2FWFA 2W95A 5G05L 4BPYA 1K3YA 4XHMA 3PINA 4WKWA 3S9FA 1M7TA 1N8JA 3C1SA 1G6YA 1D7PM 2J7MA 2JZTA 2R2JA 1TDIA 1SJ6A 3PUHA 1XWGA 1Z6MA 4A4AA 3F3QA 4ZL9A 2BERA 1ZCPA 3FW2A 4HEA2 2P31A 2VAFA 1XC6A 2H1AA 4HU7A 1PD21 2LQOA 3CBUA 3I9V2 1GH2A 2VZQA 2CZ3A 1ERWA 3KIJA 1L7QA 2VC9A 5LCWL 5G2ZA 2OKXA 1JYNA 2P5RA 2JZRA 4HDEA 4TTGA 2DCKA 2PQSA 1SKWB 1XOAA 4KCAA 3TRPA 2AAWA 4KDYA 3NOFA 4HU9A 5DAKA 3C7EA 1ERTA 1XWCA 2HE3A 2REMA 3SEPA 4DSSB 2VCCA 1NX9A 5ABRA 1G0TA 3BJ5A 1XWBA 1K12A 3F2ZA 2LNTA 3T0AA 4Q5NA 4BK5A 3H79A 2W1QA 4PQ1A 3EYPA 4AAXA 13GSA 1KGYA 2CZ2A 1V98A 4A6OA 1B4QA 4MJBA 1W8OA 3TKSC 4J2FA 1WP0A 5CP1A 3KTLA 1MD3A 4TR3A 2FNOA 5C04A 1VF2A 2FA4A 2NVLA 4OFTA 1JZDA 2B5EA 1PA3A 4MADA 1O73A 2RLIA 1OC8A 1Z6NA 4ZILA 3THCA 2YZHA 3EB7A 1M2BA 1HN1A 3I3BA 3GRXA 3PUIA 5DMYA 3C7OA 5A4WA 3G7JA 3I6AA 2NTOA 2EICA 3GNJA 4K8MA 3OR5A 1XNAA 3WF1A 2CV4A 3R2QA 2W3JA 5IIZA 3HNBM 4F9ZA 3A2VA 1GP1A 1H6XA 5DALB 3F0IA 3N9JA 2K8SA 5CRHA 3AY8A 2H72A 12GSA 3K4AA 5ECKB 4P02B 1OF4A 2PBJA 1FOVA 1GUKA 5ECLB 3IDVA 1UY3A 3ISOA 4TXOB 3I3EA 2H6XA 4PGTA 4CHSA 3IA1A 2IJYA 4P3YB 4TR0A 1LU4A 3TJBA 3HD5A 4TKYA 4KH7A 4OD7A 1U3AA 3HVVA 2AYTA 5KEJA 3T2PA 4GSTA 3DKSA 3FYGA 5AIVA 1BYEA 1XWAA 3FKFA 2CAQA 2W9XA 3A23A 3HJPA 3TKPA 2ON7A 2DJ0A 3M1GA 3Q6OA 1T4ZA 4GSSA 3GFKA 18GSA 4E8EA 2B7JA 3WNPA 1A0FA 3OEAA 3WT2A 2ORZA 4NWYA 4LLRA 5D93A 4MF7A 3K75B 1X9MB 2IMKA 1R5PA 2W1WA 3GYKA 1BEDA 5DPNA 1UX7A 4AG4A 5B8AA 2RV9A 5A1AA 4ILFA 3DYOA 1XW9A 2PPTA 4KDXA 4NAXA 3KEBA 2YZUA 3IXRA 5G31A 3FEUA 5FT3A 1R26A 4QAWA 1GOFA 2NDOA 2PUKC 4QDRA 3UESA 4LL1B 4PUAA 2RM5A 4HS1A 1SYXA 3LG6A 3ZVJD 3FHKA 1JZRA 4MCUA 1A8YA 4QX1A 1Q98A 5HR2A 2V4VA 4MH3A 1C72A 1JYWA 4KW6A 2WZ8A 3IK9A 5ECIB 2B6MA 1XWKA 2RIIA 2HZEA 4LL4B 5A4UA 5GZZB 3DRNA 4P5YA 3H1NA 4EXJA 3ACIA 4JE1A 1I5PA 4CU8A 1OYJA 1M2DA 5IMDA 1QMVA 4IELA 2LQQA 5EY6A 3APSA 4QX2A 2EIBA 4W4ZA 4DSQA 2MMAA 3A5WA 3PGTA 3THDA 4Q5QA 1ZL9A 3WNMA 4PNFA 4AJ6A 3GTUB 1PMJX 3H93A 1SD9A 5LCZA 1US3A 1K42A 1ZGNA 1M9AA 1W9SA 4OFNA 3BCKA 5FWGA 2WZEA 3FN9A 3US3A 1EUUA 1AUCA 2QQLA 1U87A 2VCXA 1FAAA 2H8LA 1YF1A 1MEKA 4MK3A 1JZ5A 1W89A 3ZFBA 2WAAA 3SBCA 1TU8A 3P2AA 3F63A 3CMGA 1EV9A 3A2XA 1U6TA 3WEZA 1WE0A 4X0XA 1JU3A 1EV4A 4MPFA 2MBSA 4FYCA 1PSQA 1PN9A 5DALA 3VWVA 1AQVA 5D8IA 3MBWA 1OC9B 4HZ2A 2PN8A 3KP9A 2YJ7A 4XUQA 1USBA 2VZOA 1J9BA 2NPBA 4ZB6A 4ZL8A 3GN3A 4NHZA 3C73A 1TW9A 3T0DA 4V2LA 2AHEA 1F3AA 2QGVA 3U37A 3BBYA 4YQMA 4Q5FA 1Z9HA 1SU9A 3KH9A 6GSYA 3K77A 2GSQA 2DJ2A 1US2A 1YEXA 3MWHA 2CT6A 1WWJA 2YANA 1I5GA 2IFQB 3HCZA 3DYMA 1O8PA 3HPNA 1SHWB 3C8XA 1GOHA 1WKYA 4IJ3A 3J7Yb 2G2QA 2W1UA 4ZIJA 2IPAA 2XC2A 5JWRB 1ABAA 4H86A 5IMCA 2R3XA 2VZTA 5ECRB 1K0MA 4IBPA 5ECNB 5A4VA 4ULXA 1GNYA 1JZWA 4OMVA 1YQ2A 2X10A 2YP6A 5LA0A 1B9YC 4CW9A 3UEMA 5EIYB 1XIYA 4CDOA 5DDLA 2X99A 4M4PA 2PERA 5B6NA 5D73A 1E6BA 4W8JA 9GSSA 1GSDA 4OO5A 2WQ8A 1LJRA 3W5NA 1ZZYA 2WRTA 2O89A 1YY7A 2HRFA 2VZUA 3ZVJA 3D4MA 3CRUA 1JLVA 3F4RA 4OYUA 1OT5A 3K4ZA 2CVBA 4ECCA 3P6BA 3NJVA 4X43A 2Y6KA 2V5DA 2JACA 4O7HA 2QSIA 4O32A 4I6XA 2WB9A 2IMIA 3LFLA 4OWYA 3UARA 4CVUA 4XZUG 2XPDA 3I2FA 2QQNA 2W94A 2VIMA 1T00A 1DLCA 1JFUA 5G04L 3EVIA 1BQ7A 4JR6A 4UAPA 1EEJA 2HNLA 2L9LA 4A45A 3CTGA 2DSAA 2CA8A 1QQ2A 3WF4A 3ZFLA 2H76A 4FI9A 3HYPA 5F05A 5JXHA 2VCAA 3GKKA 2E7PA 2D2ZA 3QMXA 3IE3A 4XURA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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