The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
42
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sequence length |
237
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structure length |
237
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Chain Sequence |
GRRIQGQRRGRGTSTFRAPSHRYKADLEHRKVEDGDVIAGTVVDIEHDPARSAPVAAVEFEDGDRRLILAPEGVGVGDELQVGVDAEIAPGNTLPLAEIPEGVPVCNVESSPGDGGKFARASGVNAQLLTHDRNVAVVKLPSGEMKRLDPQCRATIGVVGGGGRTDKPFVKAGNKHHKMKARGTKWPNVRGVAMNAVDHPFGGGGRQHPGKPKSISRNAPPGRKVGDIASKRTGRGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
molecule tags |
Ribosome
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molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
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total genus |
42
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structure length |
237
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sequence length |
237
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2010-09-17 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00181 | Ribosomal_L2 | Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain |
A | PF03947 | Ribosomal_L2_C | Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YTL A; 1YI2 A; 1W2B S; 3CC2 A; 1SMX A; 5IP7 G; 3HOU G; 4NXM L; 2UUC Q; 4JBJ A; 1XTD A; 3ULP A; 3K0X A; 3PUX A; 3UE0 A; 1HNZ Q; 2Q2T A; 1VQ9 A; 3GTJ H; 3CPF A; 2JA5 H; 2WB1 E; 3CCL A; 3J81 c; 4XTC S; 4JI2 L; 4DV5 Q; 4LF9 Q; 2NN6 I; 3HOW H; 3KFU A; 4A3D G; 5JJL A; 5C0X J; 1M90 C; 1CUK A; 2YTX A; 5M5Y H; 1JT8 A; 1SE8 A; 4K0K Q; 1WFQ A; 4A76 A; 4JI3 Q; 4BY7 H; 3DLL A; 1HZB A; 2ASB A; 4GOP B; 4LFB Q; 1HR0 L; 4JBM A; 5IAY A; 2VQE Q; 2D62 A; 4YHH L; 1IYJ B; 2XTI A; 2UXC Q; 1Q81 U; 4IO9 A; 3TS0 A; 3NBH B; 2E70 A; 3J80 i; 4BBR G; 1UE6 A; 3CC4 A; 2WAQ E; 2UUA Q; 2MWP A; 4JOI C; 5K36 G; 1YIJ T; 4DR3 Q; 1T9H A; 3M4O H; 1GVP A; 1PH6 A; 3FKI G; 1WOC A; 3U58 A; 5JEA J; 1VQP A; 1NMF A; 3UE1 A; 2NVX H; 1KD1 U; 4RG2 A; 4NXN L; 3ZJY C; 4APV A; 2HT1 A; 3CC7 A; 4DR7 L; 4DAM A; 3RZO H; 1LM0 A; 1RL2 A; 4LF5 L; 2DUD A; 2KEN A; 1N8R C; 3L7Z C; 4JCV E; 2NVQ H; 1I94 L; 2K52 A; 4DV7 Q; 4B3S Q; 3GD7 A; 4B3R Q; 3CCU T; 1SR3 A; 3ERS X; 3PSI A; 1YNX A; 3P8B B; 5A2Q E; 1NMG A; 4JI1 Q; 1PA6 A; 1QUQ A; 1N36 Q; 4POF A; 4X64 Q; 3PO3 H; 2MNA A; 4P74 A; 4GKJ L; 5JJI A; 2I5L X; 1PYB A; 2F3I A; 2JA5 G; 4X62 Q; 2CWP A; 4B3M Q; 3D31 A; 1ASZ A; 4IFD G; 1FL0 A; 1SSF A; 1P8L A; 5IP9 H; 3HOW G; 2AMC B; 2K5H A; 5FLX c; 1XNQ L; 3H3V I; 3CCM T; 2E6Z A; 4RG1 A; 1D8L A; 2OTL T; 1CKO A; 3CAM A; 3S24 A; 1N32 Q; 3CF5 A; 1E3P A; 3OYY A; 2AWO A; 4AYB G; 1XPR A; 3PUW A; 1XPU A; 3JAM E; 4DV3 Q; 1PVO A; 3S1Q H; 5ELO A; 4GN5 A; 5IYB G; 3L0O A; 1NBW A; 4R4C A; 2ALY B; 3J81 E; 4LFA L; 4QQB X; 1OXT A; 4GS3 A; 1CKN A; 4JI5 Q; 2QA4 A; 2MFI A; 3K8A A; 4IPH A; 4PZ6 A; 1V9P A; 1XMO Q; 1VQ5 A; 4H02 A; 4X66 L; 4BBS H; 4QGU A; 1XMQ Q; 3WWV A; 4Y52 H; 1KC8 U; 3DM3 A; 2AKW B; 4C3I H; 1NPR A; 5IT9 c; 1IZ6 A; 4IFD I; 1K83 H; 1FJG L; 4PG3 A; 1QZG A; 4GKK Q; 2UXB L; 4JOI A; 5J3B A; 4DV6 L; 2B3G A; 4JI0 Q; 3HKZ G; 2HQL A; 4TQU S; 1YI2 T; 1X6O A; 2Z6K C; 1VQO T; 1S72 T; 2I5M X; 1X3F A; 2XGT A; 4GN3 B; 4RMF A; 4YCU A; 3J80 c; 4BY7 G; 3LGJ A; 4A3K H; 1QUQ B; 5DM7 R; 4DPG A; 2B63 H; 4OO1 I; 2DGY A; 3EN2 A; 2BA1 A; 4R4T A; 4OWX B; 3B6Y A; 1Q82 U; 4HJ7 A; 1J5E Q; 3CCL T; 2IHE A; 5IP9 G; 3PO2 H; 2XHC A; 2BH8 A; 2CQO A; 1SFO H; 3A0J A; 1VCI A; 1U5K A; 4PZ8 A; 4HJ9 A; 3W1G A; 3CW2 C; 3HOY H; 2UUB L; 3CCU A; 1KQS S; 5IP7 H; 1N34 L; 1IBL Q; 3I2Z A; 1PH1 A; 2VNU D; 4DV4 Q; 2JVV A; 2KCT A; 2LQ8 A; 1QVF A; 2B29 A; 4GNX C; 1V1Q A; 1VQD A; 3S2D H; 2VY3 A; 3E9I A; 1QVF S; 3PUV A; 2IY5 B; 3T1H Q; 3CCE T; 3CCV A; 4R1J A; 4MNO A; 1EUJ A; 2Z0S A; 2R92 G; 1K73 U; 3GTP H; 4O0A A; 1R9T H; 1Q81 C; 2OTL A; 2Q2I A; 5J26 A; 5FLX E; 4J15 A; 2WB1 G; 4DV2 Q; 3PIP A; 4BBS G; 5LMU L; 2KCM A; 4DR6 L; 5IWA Q; 1VQL T; 1PYS B; 2YU9 H; 1Q8K A; 4NPS A; 1VS0 A; 5FJ8 H; 1VQ8 A; 1U0L A; 1FVI A; 2LSS A; 3OW2 A; 3W1B A; 4C3J H; 1JB7 A; 2L3R A; 4KHP L; 4JV5 L; 1VQI A; 3PUZ A; 4X65 Q; 4OX9 Q; 4WJ4 A; 3OW2 S; 3KJO A; 2LXJ A; 3NEN A; 3SGI A; 1YJ9 T; 5LMN L; 3T1Y Q; 4LNQ A; 4POG A; 3FKI H; 4YY3 L; 4DR2 L; 4A3K G; 1H95 A; 1HZA A; 2K4K A; 4IPG A; 2RF4 A; 5IE8 A; 1E1O A; 2B63 G; 4A3L G; 3CQZ H; 4DV1 L; 1UE1 A; 2CFM A; 3RZD H; 1EQQ A; 4UY8 C; 5IYD H; 1N33 L; 3PO2 G; 2Z6K A; 3BU2 A; 4DR4 L; 5IT9 E; 3MEF A; 5AJ3 L; 4IJH A; 3OTO Q; 2VUM G; 3I56 T; 1TWC H; 4IOC A; 3GTQ H; 3CCQ T; 2VZA A; 2ZTE A; 4JBW A; 1VQO A; 1S72 A; 4MZ9 A; 4DUZ Q; 4BXX G; 2R92 H; 1K8A C; 4R4Q A; 5C44 H; 5M3F H; 3BZK A; 3J80 E; 4BA1 I; 1X9N A; 3E0E A; 1NJI C; 1Q1B A; 1Y1W H; 4A3J H; 4JI4 L; 2JA8 G; 2F4V L; 2I5H A; 1IBK L; 2CKK A; 2KVQ G; 1CKM A; 4LWC A; 1NY4 A; 1K8G A; 2OQK A; 4ZN3 A; 4YHH Q; 3AQQ A; 2JA9 A; 4PZ7 A; 1VQ6 A; 2MO1 A; 1YHQ T; 2QA4 T; 1Z47 A; 4GNX A; 2R7D A; 2FXQ A; 3KYH C; 4L5T A; 4LF7 L; 1VQ5 T; 3HOV G; 3KF6 B; 2JK8 A; 3LGF A; 3GTK H; 1BBW A; 3J7Z C; 2JOY A; 1I3Q H; 5FLM H; 5FJ8 G; 2L15 A; 5IYB H; 2VQF Q; 1M1G A; 3CCE A; 3K7U C; 5C3E H; 4DV0 Q; 1L1O C; 1HH2 P; 1D7Q A; 2NVT H; 1WCM H; 4QQD A; 2ES2 A; 1QVG A; 4BY1 G; 4JYA Q; 4X6A H; 3CXC A; 4DR1 L; 1XJV A; 2JE6 I; 4JBK A; 2LVM A; 4IOA A; 4A3C H; 2E5L Q; 2NVY H; 5IYD G; 1KHI A; 1VQL A; 2HHH Q; 1HNZ L; 4LFC L; 4DUY L; 3I4O A; 2YTY A; 3A5U A; 3GTO H; 3I4M G; 1B7Y B; 1Q82 C; 2UXD Q; 4DV5 L; 4LF9 L; 1YJ9 A; 4WJ3 M; 5C44 G; 3IRB A; 5M3F G; 3S17 H; 1Q86 U; 5GQO A; 4UP9 A; 2ZJR A; 5BR8 Q; 1VQC A; 1PV4 A; 4JI3 L; 4L5Q A; 3CP0 A; 4A3J G; 1SLJ A; 2K75 A; 1Y1W G; 4R4O A; 3AEV A; 1DGS A; 1IXR A; 2OTJ A; 2IX1 A; 1TWG H; 3A74 A; 3NEL A; 4AH6 A; 3HOY G; 1A63 A; 1VQ7 A; 3CCV T; 1MJC A; 3I56 A; 1UEB A; 3CCQ A; 4JI7 Q; 2UXC L; 1Z9F A; 4A3M H; 3S15 H; 1E22 A; 4LW1 A; 4IPD A; 4DR3 L; 1M1K C; 5HY6 A; 2N8N A; 4YWK A; 3E9H A; 3VDY A; 1PH7 A; 2PNH A; 4A93 H; 1OXV A; 2GN5 A; 2UU9 L; 5FLM G; 2KDS A; 2C35 B; 1EWI A; 3BJU A; 1VQ8 T; 3G4S T; 4IPC A; 1J6Q A; 3CME A; 5C3E G; 1PH5 A; 1WCM G; 1YHB A; 3BZC A; 3TS2 A; 4A3I G; 3D0F A; 3G48 A; 1YHQ A; 4XIG S; 4DV6 Q; 4DV7 L; 2WFW A; 2A19 A; 4B3S L; 3PCO B; 4A3C G; 1KXL A; 4B3R L; 1XNR L; 2MQH A; 4JI1 L; 4GLX A; 1N36 L; 4X64 L; 1K0R A; 1L1O A; 1B70 B; 4OXP A; 2JA7 H; 1K9M C; 2PI2 A; 2IG0 A; 4X62 L; 4B3M L; 2K14 A; 2PMZ E; 3H0G H; 1A0I A; 2HIV A; 1M90 U; 2CKZ B; 4GOP C; 1Q7Y C; 1NE3 A; 2ZM6 Q; 4A3L H; 2UUB Q; 1G29 1; 3ULJ A; 4L5S A; 3PIO A; 2LXK A; 1WI5 A; 1CSP A; 5C0X G; 4HIM A; 4DV3 L; 1KIX A; 1BVS A; 2VUM H; 3J7A 5; 4HJ8 A; 4P75 A; 4JI8 Q; 3TRZ A; 1PH2 A; 3GTM H; 2I0Q A; 5HGQ A; 4A3M G; 1VQ6 T; 1AE2 A; 4HIK A; 4BXX H; 1EIY B; 1KL9 A; 2K5N A; 1HNW L; 3CD6 T; 1Q12 A; 2VL6 A; 3F1Z A; 4LF4 L; 4A93 G; 2JA8 H; 1X3E A; 1XMO L; 3DB3 A; 1TWA H; 1LTL A; 3JAM i; 4HID A; 4HIO A; 2WP8 J; 1PH9 A; 3I55 T; 3GTL H; 4DR6 Q; 1VQK T; 3KDF A; 1EIF A; 5JEA G; 4QJF A; 1A8V A; 4GKK L; 1E7Z A; 2PQA A; 1N8R U; 1CKN B; 4EQ5 A; 1VQE A; 2R7Z H; 2KHI A; 4JI0 L; 1UE5 A; 3S1M H; 1PH8 A; 4DK6 C; 4LF8 Q; 3HOV H; 1YHA A; 3EIV A; 3F2B A; 1G51 A; 3U4V A; 1VQB A; 5GAD C; 2E8G A; 3G6E A; 1CSQ A; 4YY3 Q; 5C0X I; 4DR5 Q; 1L1O B; 1HNX Q; 3LH0 A; 2JA7 G; 3I4N H; 1KD1 C; 3G4S A; 4R4I A; 3H0G G; 1J5E L; 1RIP A; 1KRT A; 1EOV A; 1C7Y A; 1IBM Q; 1K3R A; 3K7A H; 4BY1 H; 1C9O A; 1JJ2 A; 5AJ3 Q; 4L5R C; 4LF6 Q; 2A1A A; 2IT1 A; 2MI6 A; 2JEB I; 2YV5 A; 1UE7 A; 2E2I H; 4A3G H; 4AQY L; 1PHJ A; 4A3B G; 1PFS A; 4NXM Q; 3CPW A; 1IBL L; 4IFD J; 2H5X A; 2ZJQ A; 4YCW A; 2OTJ T; 4CRI A; 1KAW A; 4QIW E; 1YEZ A; 1FGU A; 4DV4 L; 1VQ7 T; 1LYL A; 3CCJ T; 2IHF A; 1I5F A; 5GAG C; 4DKA C; 5IYC G; 3I4M H; 4GOP A; 2DO3 A; 3T1H L; 1IBK Q; 3ICE A; 1YBY A; 4JI2 Q; 2ZTD A; 4EX5 A; 1VQ4 T; 4UPA A; 2JA6 G; 4P73 A; 4OWW B; 1SRU A; 2VW9 A; 5C4J H; 1X56 A; 3CMA A; 2AHO B; 2NN6 G; 1MKH A; 4DV2 L; 3PF4 A; 4P71 A; 3GO5 A; 1GKH A; 1AE3 A; 2ID0 A; 2OQ0 A; 2QGQ A; 3CME T; 5IWA L; 4ALP A; 1HR0 Q; 3GDE A; 4IJL A; 3KDF B; 2VS1 A; 1EYG A; 3G71 A; 4TVR A; 3I7F A; 3PF5 A; 2PQA B; 2R7Z G; 3HOZ H; 1AH9 A; 1UWV A; 2D0O A; 5M3M H; 3RNU A; 4GLA C; 1EQR A; 4X65 L; 4OX9 L; 4QY7 A; 2AWN A; 3CD6 A; 1TWF H; 4B3T L; 4LUV A; 1JMC A; 4DR1 Q; 1O7I A; 1QVC A; 4JI6 L; 3I4N G; 5IY0 A; 1VQJ A; 3I55 A; 3M9B A; 3PV0 A; 4HJA A; 4A75 A; 4NXN Q; 1VQK A; 1KC8 C; 3JAM c; 2N49 A; 3CCS T; 3M4Q A; 4DR7 Q; 3M3Y H; 1YVC A; 4LF5 Q; 1WJJ A; 4DUY Q; 4A3I H; 3UDX A; 1E24 A; 3OTO L; 4LFC Q; 5C4X G; 3U50 C; 5JJK A; 3HOX H; 1QVG S; 1I94 Q; 4DUZ L; 4A3G G; 2R93 G; 1YJW T; 3CXC S; 3KF8 B; 3PGZ A; 4KLK A; 1I6H H; 1IL2 A; 3CCR A; 2K5V A; 1S3O A; 3UDG A; 4GKJ Q; 2EIF A; 4HJ5 A; 3RLO A; 2Q2H A; 2E2H H; 1GO3 E; 4BA2 I; 1YJN T; 1V43 A; 2PI2 E; 4YWL A; 4QL5 A; 5EAY A; 3W5O A; 1X55 A; 3S16 H; 1G6P A; 1KRS A; 4C2M H; 1XNQ Q; 1XNI A; 4OON A; 2K50 A; 1SN8 A; 2YYZ A; 3J7A F; 2YTV A; 4K0K L; 3GTG H; 2E2J H; 1JJC B; 1Q1E A; 4OWT B; 5LMN W; 2ZTC A; 4A4I A; 4LFB L; 1GD7 A; 3RN5 A; 3F8T A; 4MTN A; 2VQE L; 3KBG A; 3CCJ A; 1WYD A; 1Y1V H; 2UU9 Q; 1Y14 B; 3HOZ G; 3TRE A; 3RLF A; 2VQF L; 4DV0 L; 3STB C; 4A3E H; 1VQG A; 5M3M G; 1PH3 A; 1E1T A; 3M4P A; 4GNX B; 1VQ4 A; 3U4Z A; 4LFA Q; 2UUA L; 1X54 A; 4JYA L; 1K73 C; 1NPP A; 5GRO A; 3G6E T; 3FHW A; 3H3V H; 3JC6 6; 3STB D; 2E5L L; 3KLW A; 4X66 Q; 3KOJ A; 1A62 A; 2V1C C; 2HHH L; 1P16 A; 1FJG Q; 2NZH A; 2UXB Q; 2CCZ A; 1ASY A; 2OCE A; 3HOX G; 3A5Z B; 2QEX T; 2UXD L; 3UDF A; 4DNI A; 2UUC L; 1K8A U; 2ATW A; 2MWO A; 2NZO A; 1NZ9 A; 4JG2 A; 1L0W A; 1JE5 A; 2OWO A; 2EQS A; 2JEA I; 3H15 A; 1C0A A; 5BR8 L; 1NJI U; 3ULL A; 5GAH C; 2RCN A; 2ZJP A; 4LUZ A; 3CCS A; 1MIU A; 1N9W A; 4ZN1 A; 1HR0 W; 4AIM A; 3K81 C; 2R6G A; 1PH4 A; 4OO1 G; 3HFZ B; 5H1S E; 2MO0 A; 1YIT T; 4JI7 L; 3HKS A; 2BH2 A; 3S1R H; 1YJW A; 2G3R A; 3DB4 A; 1HZ9 A; 1N34 Q; 4A3B H; 1N32 L; 3ER0 A; 3CMA T; 2JUF A; 4LUO A; 1HNW Q; 2RHQ B; 5LL6 S; 1VQM T; 2CWA A; 3Q8D A; 4LF4 Q; 2Q2U A; 1VQN T; 1Y1V G; 3PUY A; 3G71 T; 5IYC H; 1YJN A; 4A3E G; 3RR5 A; 2Y0S G; 4KI0 A; 5M5X H; 2A8V A; 2JA6 H; 4JI5 L; 4UP8 A; 3KJP A; 4PMW A; 1OTC A; 3AYH B; 4NB3 A; 2RHS B; 1TXY A; 1BKB A; 3CC2 T; 1YZ6 A; 1YIJ A; 2IX0 A; 2N3S A; 5LMU Q; 3RLN A; 1XMQ L; 1XNR Q; 2GVA A; 3PO3 G; 1VQF A; 1GM5 A; 3AFP A; 1EFW A; 4X34 A; 2KBN A; 1HJP A; 4A3F H; 1VQ9 T; 4TVA B; 3J81 i; 5E7N A; 4P72 A; 1XPO A; 4JV5 Q; 1VQA A; 1X3G A; 1BBU A; 3L2P A; 3J81 j; 4AYB E; 2LCL A; 1SRO A; 5LMN Q; 1KQS A; 3CCR T; 4DR2 Q; 3NEM A; 2ZM6 L; 3HOU H; 4AQY Q; 4DV1 Q; 2JQO A; 1OXX K; 4KHZ A; 4GLV B; 4YCV A; 1B8A A; 1W3S A; 5GAE C; 1S40 A; 4JC0 A; 1N33 Q; 1MJE A; 4GN4 B; 4DR4 Q; 3MXN B; 4DAY B; 2GVB A; 2N78 A; 4JI8 L; 5C4X H; 1QZH A; 2HIX A; 1I50 H; 2QEX A; 3TQY A; 2R7F A; 1JJ2 S; 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