3AU2A

Dna polymerase x from thermus thermophilus hb8 complexed with ca-dgtp
Total Genus 222
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
222
sequence length
575
structure length
575
Chain Sequence
MRNQELARIFEEIGLMSEFLGDNPFRVRAYHQAARTLYDLDTPIEEIAEKGKEALMELPGVGPDLAEKILEFLRTGKVRKHEELSRKVPRGVLEVMEVPGVGPKTARLLYEGLGIDSLEKLKAALDRGDLTRLKGFGPKRAERIREGLALAQAAGKRRPLGAVLSLARSLLEAIRALPGVERAELCGSARRYKDTVGDLDFLVASREGERAVEGFVRLPQVKEVYAKGKERATVFLKNGLQVDLRVVPPESYGAGLQYLTGSKAHSIRLRALAQEKGLKLSEYGVFRGEKRIAGETEEEVYAALGLPWIPPPLREDQGEVEAALEGRLPKLLELPQVKGDLQVHSTYSDGQNTLEELWEAAKTMGYRYLAVTDHSPAVRVAGGPSPEEALKRVGEIRRFNETHGPPYLLAGAEVDIHPDGTLDYPDWVLRELDLVLVSVHSRFNLPKADQTKRLLKALENPFVHVLAHPTARLLGRRAPIEADWEAVFQKAKEKGVAVEIDGYYDRMDLPDDLARMAYGMGLWISLSTDAHQTDHLRFMELAVGTAQRAWIGPERVLNTLDYEDLLSWLKARRGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of the kinetic mechanism of a gap-filling X-family DNA polymerase that binds Mg(2+)-dNTP before binding to DNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords DNA polymerase beta family (X family)
total genus 222
structure length 575
sequence length 575
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14520 HHH_5 Helix-hairpin-helix domain
A PF14716 HHH_8 Helix-hairpin-helix domain
A PF14791 DNA_pol_B_thumb DNA polymerase beta thumb
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 3au2A02
1.10.150.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase beta, N-terminal domain-like 3au2A01
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3au2A05
3.30.210.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 3 DNA polymerase, thumb domain 3au2A04
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3au2A03
1FWCC 4F3OA 2HHVA 2ZH7A 2BQRA 1GKQA 1RJQA 2BQ3A 4H01A 4C65A 4RU9A 4ED3A 3LS9A 8ICZA 3KHLA 4IFKA 1S3TC 5HHHA 4C6OA 1XC9A 3QE9Y 1VFGA 5D49A 4WC3A 5KFTA 2FVKA 5KT2A 1JMSA 2FPLA 3TARA 2FLLA 4I2FA 4C8LA 3EWCA 2KAUC 4ELUA 3H4DA 2WJFA 4F5OA 4X5VA 5KFRA 2A1JA 4QROA 2F6KA 4KLLA 3KHRA 3C66A 4QTGA 1KFDA 4FS2A 2ALZA 2UBPC 4LAOA 3PR5B 2Z29A 1Z00B 3QGAC 1C7YA 5J0OA 5DB7A 2C2RA 3MDUA 3JZ0A 4TQSA 3Q8LA 1NJXA 4FHPA 4IF2A 3OJGA 8ICRA 4ATBB 2J6UA 4C8NA 4IR1A 3CJPA 3S2JA 5L1IA 5HR9A 1V51A 3V7JA 2ANUA 1T3NA 1BPDA 1CUKA 5HRKA 4PGYA 3M9MB 4XD4A 9ICMA 4YFKA 3O0FA 4FH3A 2KZMA 5KG1A 2PFPA 9ICBA 3HWTA 4O5EA 2ISOA 3JPOA 1R89A 4RPXA 2DR8A 7ICLA 2B21A 4DSKA 1ZQNA 4LFYA 1QSSA 5KG6A 1V77A 4GC6A 4CNTA 1T8EA 3H7IA 4RNNA 3WYZA 5D4BA 1ITUA 3RJHA 5J2AA 3QY7A 1TFRA 3LY0A 4UBCA 4V1XA 2PGFA 4WHBA 3M8RA 2YB1A 4RQ7A 2C2EA 3H40A 3HJ1A 2IA6A 1A5NC 2BQUA 4ECYA 1R9ZA 1JN3A 4F5NA 4C6DA 4C6LA 2UVVA 5KFEA 3AQLA 2IHNA 3QZ7A 3WFSC 1QTMA 2VUNA 4KITB 4F92B 1WXZA 4Q8FA 2ZHBA 3T3FA 1S10A 1M65A 2Z7GA 4C6CA 1IXRA 1FWAC 2JZBA 1ZQBA 4JV2A 5HMMA 7ICUA 3MGHA 8ICUA 4DLMA 2ZTDA 2O1PA 5KT5A 1QSLA 2HHXA 3N4MB 1HZYA 3T5JA 1ZQTA 4H9VA 9ICQA 5L1LA 2IBKA 2AU0A 3R0DA 1U49A 1Z3EB 1ZQYA 4M6WA 4KLJA 8ICXA 3SI8A 2FMPA 4AT8B 4KEZA 4E0DA 1ZQSA 4O3NA 3PAOA 5KFGA 2O4MA 3MVTA 3KHGA 4M9NA 4NKTA 2QVNA 3SV4A 3ITCA 5EWEA 4DSJA 4LAKA 1KFTA 1SKWA 4UB2A 1FWEC 4DSEA 4IQTA 1FWIC 2CZVA 3V7KA 1NK7A 4I2GA 2HPIA 4CEXC 3H3AA 4B9NA 1E9ZB 2HBVA 4WC0A 1XWLA 3FDKA 4DOBA 3SYZA 4CQBA 4HK5A 3IACA 2DR7A 2DRBA 4PPXA 5DQGA 4O3OA 3H8JA 4IFKB 4R8UB 4Z42C 4IGMA 4YMMA 5J2BA 4H00A 5HRDA 2HHWA 3WFRE 4UB4A 1DOQA 1KTQA 1NJZA 9ICSA 4DFPA 4H9UA 5DBAA 1V4AA 4YCXA 4QZCA 3WZ0E 1L3VA 3H8SA 2M2WA 3ISCA 2RFFA 3PNCA 3ZD9A 1ZQUA 2XGQA 1RZTA 4FH5A 2M2UA 5KT4A 1TFYA 2FLNA 3ZDEA 5HP4A 3PBMA 4MUPA 4RWPA 4I6KA 2ZH4A 4J2MA 4UBPC 3RJKA 1X9MA 1GKRA 1JXLA 5KFDA 8ICAA 2XY5A 3LWMA 4Z6DA 2ICSA 3GV7B 4DZIA 4JUZA 3MDAA 4NLGA 4DL7A 3M9NB 4JV0A 4KLHA 9ICLA 4F2RA 4LEFA 4F8RA 3OVAA 5DQHA 4QW9A 4TUQA 4F4WA 2O5AA 1WCLA 2PGRA 1ZQFA 5J0SA 5DLGA 4ECTA 4GX8A 1EJSC 4GK8A 3ORYA 1A76A 4FS1A 5DBCA 4EZ9A 3E74A 1JXEA 3HPAA 5A6TC 3UBPC 3GTHA 4DOCA 3GG7A 4GY7A 3LSCA 4MFAA 1MC8A 3EWDA 4F2SA 2R8JA 3T8LA 2RDJA 2V9WA 2F1IA 1ZJMA 4B3ZA 2OODA 5CP2A 4GXJA 1M68A 4IFRA 1UMLA 4AT9A 5TZVA 8ICNA 4ERIA 2AJQA 2VC5A 8ICIA 4Q43A 3T5HA 4YMNA 2GSEA 9ICKA 1ZQGA 4C6FA 3G6XA 3QY6A 4KLUA 4UAZA 1HUOA 3OUYB 3Q8MA 5DDYA 8ICVA 4DIAA 4UB5A 4DSFA 4X4UA 4NLNA 3PW5A 5HRLA 4H9TA 2D2GA 2Z2BA 4ZSTA 4YP3A 2Q66A 3LSBA 1UA0A 1KEJA 1NK6A 1EJUC 4ED2A 2BCSA 4Z6EA 1VJ7A 2I1QA 4YD2A 4JK1A 4XQ7A 2A3LA 1XS9D 3ORWA 2W9BB 5DG8A 2HHUA 3JPTA 2NRZA 1YBQB 2HHSA 1BGXT 5DB8A 4I29A 3TN6A 2DVUA 2ID1A 4UD4A 3GIJA 5CHGA 3HIYA 4IR9A 2UVUA 3ISBA 3GRIA 1ZZMA 5KFQA 4RQ2A 1Z00A 2FPMA 4J35A 1K1DA 4E80A 5DGBA 4CCHA 5KFWA 4TUPA 9ICNA 2KFNA 3V7PA 4IG8A 3UXNA 1EJTC 8ICQA 1S97A 4ATBA 4WCWA 4RT2A 3HP6A 3GQCA 3V6JA 4CQDA 4MF8A 3ISIX 4I27A 2PFOA 7ICOA 3Q8PB 8ICLA 3V6KA 2HHQA 5KFJA 4J9LA 1BPZA 1TV9A 9ICXA 3NURA 4ECZA 1FWBC 3MR2A 4QZIA 5CB1A 1RK5A 4R7WA 1TK0A 2FLPA 1XSLA 4DS4A 4QZEA 1PB0A 4NG3A 1KSPA 4L9XA 4PE8A 5J2FA 2I9UA 3B0XA 3C1ZA 1P6BA 1RXVA 4GLXA 4R85A 2KZZA 4FHWA 2GWGA 2R1NA 5J2EA 3Q8RB 4B9SA 2BGNE 2DR9A 4HK7A 3RJFA 5L1JA 5DBBA 4IH3A 4UD5A 4GBDA 1KRAC 1O5RA 1A5LC 1S0MA 3RB6A 3V7LA 4C8OA 5J2CA 1YNYA 4IQJA 3F2DA 1SL2A 3OQEA 4B9VA 3HTWA 4KLGA 3RJIA 1XGEA 2I5GA 2HW3A 5CJ7A 3E3HA 4WC7A 4JWNA 1KRPA 4ECVA 1ZQKA 1KRBC 3IARA 4PHAA 2R1PA 4QW8A 1NK8A 4WC1A 4I2EA 1V79A 3M9OB 4F5RA 4DFMA 4H9MA 4QWEA 3OSNA 5C5JA 4DQRA 1U45A 5FSEC 4RQ0A 3RJJA 1BPYA 1T7PA 4X0BA 4J9PA 4GZ7A 3MKVA 3MPGA 4AT8A 3GILA 2OQLA 4KEVA 4ED6A 3V72A 3UXOA 4ECUA 4NKUA 4QZ9A 4ECSA 8ICYA 3F4DA 2NRKA 4LVSA 4RNMA 2VM8A 2M2VA 1NDZA 4EBKA 4DFKA 1I0DA 3HW8A 2OGJA 2PAJA 1RYRA 3THVA 2ZUBA 1FKWA 2BCVA 1UETA 4QWAA 4IG2B 3ISDA 1A5KC 7ICPA 3GIQA 5JUMA 3T5KA 8ICJA 4WBYA 2Q09A 3RB3A 1EYWA 4R8UA 4RQ1A 4O5CA 1HUZA 3SO7A 4M9JA 4PBFA 3E0LA 1L3SA 3OOQA 3E2VA 4DYKA 3URBA 4QZFA 4LCSA 4X4NA 1RA5A 3TAPA 4RWNA 4H9YA 3HM7A 2PFNA 3OGUA 4S3NA 2BHNA 2ZJ5A 2PFQA 5DLFA 2E25A 4XAZA 5KFZA 2D2HA 1N48A 2C2DA 1K70A 3RCMA 3IGHX 1XWYA 3URAA 2J6SA 4LCRA 4Q8EA 5J2IA 2P50A 3K75D 2DR5A 2Y1HA 4QZHA 1ZQVA 4P5UA 1BPXA 2ASJA 4AT7B 4YR0A 2AGPA 4M9GA 5HMEA 4UAWA 4AQLA 3AUOA 3TNBA 5D46A 5IIIA 3MR3A 3MGIA 1ZETA 1POJA 2R1MA 2VHLA 1MIYA 1NKBA 2BKEA 4KLTA 3RN6A 9ICPA 3RAXA 3K4WA 4RDWA 4DQSA 8ICKA 4GXIA 1LB2B 4OFCA 2YB4A 2R8HA 9ICUA 4KLQA 3ZDCA 1U48A 4KLSA 3C18A 1W1IE 5HRIA 3MDCA 4WBZA 4C6MA 1S76D 2MUTB 3RHGA 4XUSA 3JYYA 2Z2AA 2J6TA 1ZQPA 2ZHAA 3AU2A 4KETA 1RJPA 2Z00A 4IGNA 4M2YA 2F1JA 4DLFA 3D6NA 4DS5A 1RK6A 4ELTA 1KNYA 3NYBA 1FKXA 2ASDA 5IIMA 8ICTA 1TK5A 4DQIA 1MIVA 3C5FA 3GU2A 4EYIB 1BPBA 2M9NA 2NRVA 4RQ8A 4IQVA 4BJHA 7ICHA 4EBDA 3F2CA 1DGSA 4QWCA 4QWBA 3KTQA 3S4TA 4DF8A 3OUYA 3BDPA 4QZ8A 3OU8A 4J9OA 5HHIA 2UVRA 1V9PA 2VANA 4X4VA 4L6DA 3C2KA 8ICFA 4B9UA 2Q0ZX 3PW2A 2H5XA 4KEUA 4ECWA 4O0IA 2ZJAA 2DRAA 3A3XA 3SZ2A 4RDVA 1Y88A 1P1MA 2BB0A 2W8KA 4E8FA 4P4PA 5J0WA 5KFAA 2LYHA 1ITQA 1R9XA 1A5MC 5KT7A 2BE3A 4B91A 2W9BA 2FTWA 4QS6A 3RR8A 1H38A 3Q8SB 1YBQA 4DNMA 2ATLA 9ICEA 2ZTCA 3UR2A 4F4YA 3IM1A 2YZ5A 3SV3A 1J6PA 2ZH1A 8ICBA 4NY8A 3B0YA 5CR0A 4GXWA 4DQQA 3QY8A 3MSRA 4ECXA 2AGQA 2HBXA 4NI8A 3OODA 4DEZA 4C6PA 3A3WA 3NGDA 1D9DA 3URNA 1XU4A 5KG5A 2HQAA 4DI9A 2R8IA 4KESA 3AU6A 4DO7A 4EBJA 5KG7A 1D8YA 2BCUA 4RPZA 1K1SA 3TI0A 2ZTEA 2PBEA 3TANA 4RDZA 3TFRA 1ZQLA 5J2JA 4BGDA 2XIOA 3H8WA 7ICGA 5HRFA 2MAXA 2JEFA 1I0BA 1WOTA 4I2IA 2PXIA 4EYHB 5CA7A 4YG2A 3QGKC 4KLOA 4G7EB 2GWSA 1UEVA 1ZQJA 1POKA 2BGWA 4CEUC 4P2HA 5EWGA 5J2GA 3MDWA 2VC7A 1COOA 4GX9A 2IMWP 2OOFA 4DL6A 3Q8QB 1L5UA 2KP7A 3JPNA 5F9LA 3C23A 4C6JA 1R8BA 2HPMA 4M04A 3EW9A 4HYKA 2M2TA 3GIIA 8ICOA 1J6OA 4DO9A 2W9CB 4UB9A 2ZH6A 5J0UA 1FWJC 4F50A 1ZQXA 4H9XA 1SZPA 3GFKB 3LQCB 5EOZA 4IQUA 4YR3A 3NQBA 4V1YA 4RUCA 1MIWA 1QSYA 3DUGA 4BWMA 3E38A 1KRCC 3GIKA 3ID7A 5J0RA 3H4BA 4F4ZA 4FO6A 3TN4A 5KFXA 2NRXA 3MVIA 4BKNA 1UA1A 2GOKA 1ZQIA 4I2DA 2XO7A 1XSPA 1RA0A 3EZ5A 4K4IA 4E3TA 4HK6A 3Q8KA 2FPKA 4B9LA 4XA5A 2C22A 3PMLA 7ICEA 1BF6A 3MR6A 4IG2A 4PHPA 5KFKA 5E5CA 1R9YA 3EPGA 1U47A 1GKPA 3PNZA 2FVMA 3PO4A 4YN4A 2WM1A 2PLMA 5KG0A 4M9LA 2WJDA 4KQNA 5IIJA 1MQ3A 1TK8A 3CS2A 3F4CA 4LZGA 4EPKA 5HRHA 3DCPA 3PW7A 4C6NA 4Q44A 4ZSUA 4EBCA 1QW7A 3OSPA 7ICMA 1TAQA 4KLEA 2Z27A 4GY1A 3IPWA 1ZQOA 4M5DA 9ICIA 3NEHA 3T5LA 3ZDDA 2XC9A 2UZ9A 3BJYA 2V4RA 4TURA 4AT7A 3GV5B 1YLQA 1FWFC 1PX5A 4I6VA 3B40A 4KLDA 1NK0A 2JEIA 4K4GA 4J9RA 5HNKA 4YXJA 3RH4A 1NZPA 2PI4A 4B9MA 1NDWA 3ZDAA 3RH6A 4UQGA 4QWDA 3BQ1A 4IRKA 4XQ8A 1NDVA 3GU9A 3FDGA 4KTQA 4YIWA 1Q79A 4O3PA 1ZQRA 2AGOA 4M0AA 3UQ0A 2MUTA 2EG6A 3S2MA 3GDXA 1FWDC 4DZHA 3NTUA 3WFQE 1UEUA 4DWIA 4C5YA 4EZ6A 4M51A 1BPEA 2E1WA 5HRBA 4YMOA 1TKDA 1ONWA 2ZJ8A 1BNOA 4DL2A 5IIKA 4NP7A 3E0FA 3HJ4A 5KFFA 3RRHA 1UT8A 1RYSA 8ICEA 4EBEA 2PI5A 4I2HA 4BXOB 3H39A 3AQNA 4PHDA 2IMRA 2VA8A 3UPSA 4J5NA 2NRTA 4G3IA 4JWMA 4D8LA 3HX0A 5HC9A 2R8KA 3PO5A 1NKCA 1JX4A 2JEGA 4P4MA 2GWNA 4WVXA 3L9DA 1S0NA 1TVAA 1K1QA 2Y1IA 5KFSA 3K2GA 4ECQA 4TQRA 3C21A 1TAUA 1AROP 4MFFA 9ICRA 9ICTA 3JPQA 7ICQA 2PUZA 4F4XA 4IFOA 1JIHA 1CEZA 3IHQB 2D2JA 3EPIA 3LWLA 2C28A 3PW4A 4J9NA 4B9TA 3K5XA 1S0OA 8ICPA 4LANA 1SKRA 4WC4A 4CNUA 4Z6FA 4F5PA 2ZH5A 2HHPA 3MFHA 3RJEA 4QZDA 2G3FA 1N56A 1YMYA 7ICNA 4WC2A 4RDYA 2ZUCA 3M8SA 3V6HA 5HRGA 5J0YA 2FMQA 9ICCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FWC C;  4F3O A;  2HHV A;  2ZH7 A;  2BQR A;  1GKQ A;  1RJQ A;  2BQ3 A;  4H01 A;  4C65 A;  4RU9 A;  4ED3 A;  3LS9 A;  8ICZ A;  3KHL A;  4IFK A;  1S3T C;  5HHH A;  4C6O A;  1XC9 A;  3QE9 Y;  1VFG A;  5D49 A;  4WC3 A;  5KFT A;  2FVK A;  5KT2 A;  1JMS A;  2FPL A;  3TAR A;  2FLL A;  4I2F A;  4C8L A;  3EWC A;  2KAU C;  4ELU A;  3H4D A;  2WJF A;  4F5O A;  4X5V A;  5KFR A;  2A1J A;  4QRO A;  2F6K A;  4KLL A;  3KHR A;  3C66 A;  4QTG A;  1KFD A;  4FS2 A;  2ALZ A;  2UBP C;  4LAO A;  3PR5 B;  2Z29 A;  1Z00 B;  3QGA C;  1C7Y A;  5J0O A;  5DB7 A;  2C2R A;  3MDU A;  3JZ0 A;  4TQS A;  3Q8L A;  1NJX A;  4FHP A;  4IF2 A;  3OJG A;  8ICR A;  4ATB B;  2J6U A;  4C8N A;  4IR1 A;  3CJP A;  3S2J A;  5L1I A;  5HR9 A;  1V51 A;  3V7J A;  2ANU A;  1T3N A;  1BPD A;  1CUK A;  5HRK A;  4PGY A;  3M9M B;  4XD4 A;  9ICM A;  4YFK A;  3O0F A;  4FH3 A;  2KZM A;  5KG1 A;  2PFP A;  9ICB A;  3HWT A;  4O5E A;  2ISO A;  3JPO A;  1R89 A;  4RPX A;  2DR8 A;  7ICL A;  2B21 A;  4DSK A;  1ZQN A;  4LFY A;  1QSS A;  5KG6 A;  1V77 A;  4GC6 A;  4CNT A;  1T8E A;  3H7I A;  4RNN A;  3WYZ A;  5D4B A;  1ITU A;  3RJH A;  5J2A A;  3QY7 A;  1TFR A;  3LY0 A;  4UBC A;  4V1X A;  2PGF A;  4WHB A;  3M8R A;  2YB1 A;  4RQ7 A;  2C2E A;  3H40 A;  3HJ1 A;  2IA6 A;  1A5N C;  2BQU A;  4ECY A;  1R9Z A;  1JN3 A;  4F5N A;  4C6D A;  4C6L A;  2UVV A;  5KFE A;  3AQL A;  2IHN A;  3QZ7 A;  3WFS C;  1QTM A;  2VUN A;  4KIT B;  4F92 B;  1WXZ A;  4Q8F A;  2ZHB A;  3T3F A;  1S10 A;  1M65 A;  2Z7G A;  4C6C A;  1IXR A;  1FWA C;  2JZB A;  1ZQB A;  4JV2 A;  5HMM A;  7ICU A;  3MGH A;  8ICU A;  4DLM A;  2ZTD A;  2O1P A;  5KT5 A;  1QSL A;  2HHX A;  3N4M B;  1HZY A;  3T5J A;  1ZQT A;  4H9V A;  9ICQ A;  5L1L A;  2IBK A;  2AU0 A;  3R0D A;  1U49 A;  1Z3E B;  1ZQY A;  4M6W A;  4KLJ A;  8ICX A;  3SI8 A;  2FMP A;  4AT8 B;  4KEZ A;  4E0D A;  1ZQS A;  4O3N A;  3PAO A;  5KFG A;  2O4M A;  3MVT A;  3KHG A;  4M9N A;  4NKT A;  2QVN A;  3SV4 A;  3ITC A;  5EWE A;  4DSJ A;  4LAK A;  1KFT A;  1SKW A;  4UB2 A;  1FWE C;  4DSE A;  4IQT A;  1FWI C;  2CZV A;  3V7K A;  1NK7 A;  4I2G A;  2HPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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