3AU6A

Dna polymerase x from thermus thermophilus hb8 ternary complex with primer/template dna and ddgtp
Total Genus 175

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
571
structure length
562
Chain Sequence
MRNQELARIFEEIGLMSEFLGDNPFRVRAYHQAARTLYDLDTPIEEIAEKGKEALMELPGVGPDLAEKILEFLRTGKVRKHEELSRKVPRGVLEVMEVPGVGPKTARLLYEGLGIDSLEKLKAALDRGFGPKRAERIREGLALAQAAGKRRPLGAVLSLARSLLEAIRALPGVERAELCGSARRYKDTVGDLDFLVASREGERAVEGFVRLPQVKEVYAKGKERATVFLKNGLQVDLRVVPPESYGAGLQYLTGSKAHSIRLRALAQEKGLKLSEYGVFRGEKRIAGETEEEVYAALGLPWIPPPLREDQGEVEAALEGRLPKLLELPQVKGDLQVHSTYSDGQNTLEELWEAAKTMGYRYLAVTDHSPAVRVGPSPEEALKRVGEIRRFNETHGPPYLLAGAEVDIHPDGTLDYPDWVLRELDLVLVSVHSRFNLPKADQTKRLLKALENPFVHVLAHPTARLLGRRAPIEADWEAVFQKAKEKGVAVEIDGYYDRMDLPDDLARMAYGMGLWISLSTDAHQTDHLRFMELAVGTAQRAWIGPERVLNTLDYEDLLSWLKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Thermus thermophilus
publication title The structural basis of the kinetic mechanism of a gap-filling X-family DNA polymerase that binds Mg(2+)-dNTP before binding to DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase beta family (X family)
total genus 175
structure length 562
sequence length 571
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14520 HHH_5 Helix-hairpin-helix domain
A PF14716 HHH_8 Helix-hairpin-helix domain
A PF14791 DNA_pol_B_thumb DNA polymerase beta thumb
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 3au6A02
1.10.150.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase beta, N-terminal domain-like 3au6A01
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3au6A05
3.30.210.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 3 DNA polymerase, thumb domain 3au6A04
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3au6A03
4DF4A 2PFPA 4UB3A 2ZJAA 3HPAA 4J9KA 3TAPA 3MABA 3HPOA 3PO5A 1U4BA 1ZQNA 4DOBA 4B9NA 4GXIA 1A5KC 3S2NA 4RQ8A 3QEAZ 2AQOA 5DBBA 5D4BA 4B3ZA 4PE8A 1MQ3A 3FDKA 5DLFA 2KP7A 4PHAA 4RQ6A 2ICSA 5DQIA 2PFQA 2R1KA 2NRTA 4GX8A 4I6VA 4C6MA 4H00A 3NGDA 4F50A 4BDPA 4AT9A 2AGOA 3V6KA 3GTFA 4RQ3A 1U48A 4RZBA 2Z28A 2I9UA 1R9ZA 3ZDEA 1K1SA 4EPEC 4NKTA 1XGEA 9ICMA 1S3TC 2C28A 1A5OC 3CAKA 3B40A 1YBQA 2ASDA 4BXOB 1ZQEA 1QSSA 1LV5A 3V6JA 1S0NA 1U49A 4K4GA 7ICNA 3KHHA 4MF2A 3PBMA 4YFKA 1DOQA 1EJRC 1ZJMA 2ADAA 4WBYA 1PO9A 3E2VA 4DI8A 5HRGA 5DQGA 3QGKC 4HYKA 3OSNA 3C5GA 4IRDA 1WXZA 3JZEA 5AKQA 1XSPA 3TN5A 3HIYA 2HW3A 5DGAA 2VA8A 4DLFA 4DFKA 2F1IA 1XWYA 1ITQA 4O3RA 1ZQJA 5DB9A 4M9NA 3SO7A 5KT6A 4KLEA 4DO7A 3LA4A 4IRKA 2JEFA 2W8KA 3JPSA 4KLDA 5KFXA 3T5HA 4WVXA 3RBEA 4QWEA 3TFSA 3KM8A 3PAOA 4NKUA 1N56A 4DSLA 5E5CA 2DVIA 4XAFA 4F4WA 2HHPA 2DPJA 4P5UA 4EBCA 4M9JA 1DK3A 3IGHX 4C6OA 5KT2A 3AQMA 1NJYA 8ICIA 4TUSA 1QSLA 1TAQA 4IQTA 1RA0A 1KRCC 5EWEA 3HX0A 5CH9A 2ZJ8A 4YMOA 1S0VA 1FKXA 4QTGA 4QS5A 2HHSA 1O5RA 4X4UA 2R8HA 4AT7A 1Q78A 4DQQA 1UBPC 2BGNE 4Q44A 2XY6A 2DR8A 9ICCA 3LDAA 4IG2A 5IIJA 1ZQKA 1M7JA 4WC6A 1YLQA 1N48A 4ECQA 3C2KA 4F5PA 1HZYA 3ZDBA 2ALZA 3JPRA 2GSEA 1V4AA 2VA3A 4JOMA 3MR3A 3G77A 4H01A 8ICTA 3OJSA 3MR6A 3C23A 4O5KA 4CNSA 5DECA 2BHNA 5CWRA 3OVAA 3PMNA 3RAQA 3RR7A 4R8UB 3BQ0A 1TKDA 4I28A 2NRXA 3GIIA 4IG8A 4IR1A 2A3LA 4F4XA 4H9UA 1A4MA 4F8RA 4UB4A 4XQ7A 1H38A 4XUSA 1TFYA 2GWSA 3ZDAA 1WOTA 1M68A 3GRIA 8ICZA 1S0MA 3UPQA 4DZIA 4PHEA 2C2EA 3EPIA 5J0XA 4KEZA 1NK6A 3UPMA 5J29A 4Z6CA 4FHVA 2AMXA 5DB6A 4AC7C 3G6XA 1ZQWA 4ICMA 5BOLA 5F9LA 3C18A 1XU4A 4E0DA 4GC6A 5DG8A 4IRCA 4O5CA 4I2IA 4QZ9A 2ZH4A 4KN7A 2XC9A 1KRBC 1RYSA 5FSEC 1NJZA 4I29A 3NTUA 4EPDC 7ICPA 4EPBC 4ECVA 1QXLA 4ZSTA 3WFOA 1CEZA 4DQIA 3AQNA 4DL2A 1VJ7A 4RUCA 1VFLA 4DYKA 5IINA 5KFLA 4QZBA 1NOMA 2IHNA 5CP2A 7ICKA 1RXWA 4WGXA 2Z29A 4GK8A 5HR9A 1P1MA 3RB4A 4C65A 2BPCA 1EF2A 2OOFA 4DL3A 1ZQUA 1JXEA 2ZH5A 3OU8A 5KG5A 3JPTA 4LCRA 4IGMA 2B21A 2R1LA 3RH5A 4UAZA 2XY5A 4DIAA 9ICUA 4QZIA 3ORYA 4R65A 1L3SA 1POKA 9ICKA 1TK8A 4X4NA 2WJDA 4ED6A 2JZBA 4ED8A 4RDZA 1L5UA 3MTWA 3LK9A 4J9NA 3SI8A 1RJRA 4KLLA 2Z4GA 2D2GA 4LAKA 2WTFA 3MGHA 5CJ7A 3PW7A 1M65A 4B9TA 1S97A 4OFCA 5BOMA 1EJVC 4J5NA 2MUTB 8ICFA 4GYFA 3WYZA 1FWFC 4YXJA 2VC5A 2R8GA 3G6VA 4ECUA 2I1QA 1XSNA 8ICCA 3OHAA 2KFZA 1LB2B 3JZ0A 4Q43A 3PY8A 2UVWA 5KFZA 3ZD9A 3QE9Y 3R0DA 3HP6A 2XY7A 2Z2AA 2KZZA 1FWIC 8ICRA 4LZGA 3RYSA 7ICEA 4UB2A 8ICAA 3PV8A 2EG8A 4DLEA 4C8KA 1R8BA 1RJPA 4KLFA 4F93B 4UAYA 2YXOA 3C86A 4O5EA 1IM4A 1K1QA 1XSLA 1TFRA 5L9XA 3RTVA 1EJXC 1BPEA 5IIKA 4AT9B 4M5DA 4UB5A 1JXLA 4YP3A 2UVUA 5G4HC 2AQ4A 4RQ5A 2W9AA 5KFAA 4DI9A 2ZUCA 2OB3A 1ZQAA 2FTYA 4GBDA 1BF6A 5J2DA 3MDCA 4RPXA 4BWMA 8ICMA 1RJQA 4H9YA 4JV1A 2GZXA 2Q0ZX 4KLJA 1T7PA 3PNUA 5HNKA 5DB7A 4LANA 3EW9A 1QW7A 3EGJA 1GKRA 4RQ2A 4G7EA 1ZQFA 1S77D 4H9ZA 7ICSA 4FH5A 1RK6A 1R8CA 4K4IA 2VC7A 4QZEA 2PGFA 3HW8A 3ISCA 4UAWA 2Q01A 3AQKA 4DS5A 4X4RA 1MIWA 2FMSA 2DVUA 3TN6A 2KAUC 1MQ2A 1ZJNA 3H8SA 3TANA 5DG7A 1SL2A 5DKWA 4E8FA 4NY8A 3E0LA 4RWNA 4RDYA 2HVIA 3O0FA 2FPKA 1JMSA 1NJXA 4DS4A 5KG7A 4GLXA 3SFWA 4AT8B 4H9TA 3WFSC 3FYHA 4AQLA 4WC2A 3KHLA 1FWGC 3K4WA 3RRGA 3MDWA 1EJWC 3LSCA 1QLNA 2PFNA 4FHYA 3H4DA 4M6WA 2IMRA 1ZQLA 7ICOA 1D9DA 8ICUA 4JUZA 1EJUC 2M9NA 3V7JA 3B0YA 4KF1A 4H9VA 1ZYQA 4GY1A 3UXPA 1KFTA 2P6UA 4J9RA 3GG7A 3UXOA 2OGJA 3K4GA 1ZQDA 4HJWA 1E9YB 2Z00A 4GOAA 5KFKA 4IG2B 1X2IA 2BQ3A 4ECSA 3TN4A 4INFA 1SKSA 3EPGA 4H9XA 3CS2A 4RT2A 4QZDA 4C8NA 1K70A 3E74A 2JEGA 3T1GA 2OODA 2ZH8A 4B91A 1YNYA 4X4VA 5F9NA 1A5LC 3H7IA 4O3QA 3F2CA 7ICVA 4BKNA 4C5YA 3LS9A 2C2RA 3QGAC 1NK7A 9ICNA 1FWEC 1NK9A 1FWDC 2IHMA 1NK8A 8ICVA 2PLMA 1BPDA 2M2UA 5KFBA 4QZFA 5KFWA 3WZ0E 2NRZA 4ATBA 4RNMA 1NK4A 4KLMA 2E1WA 3URNA 4TQTA 4CQBA 3V6HA 5HMLA 4ECYA 4DL6A 3KTQA 2BDPA 4PBEA 3OUYA 4YG2A 2GOKA 2Q09A 4CNTA 3RJEA 5J2GA 4YMMA 8ICKA 4KITB 1BPXA 1SKRA 5CR0A 4Z6FA 4DSEA 1BNPA 1T3NA 2AJQA 3IJ6A 2R8JA 4DF8A 2YB1A 7ICFA 1DK2A 1FWHC 5J0SA 2W9CA 4F2RA 3WFPA 1ZQMA 1RXVA 4F92B 4DO9A 3NYBA 3FEQA 5J2FA 2VR2A 3C2LA 1ZQBA 3C1ZA 3MVTA 7ICLA 2Z25A 2PAJA 5HMDA 3RJKA 4QROA 1L3TA 4HK5A 1QTMA 4DLGA 3S4TA 3Q8KA 4PBFA 2XCAA 2UVRA 4EYHB 1A5NC 7ICUA 4C60A 5HHHA 1YMYA 3GIJA 4E7XA 5L1LA 2BGWA 1EZ2A 2ID1A 1V77A 2I9GA 2R8KA 2CZVA 4UBPC 5HMMA 3S2MA 2ATLA 3TI0A 2V9WA 5KFYA 3AU2A 3ETLA 5KFEA 4XD4A 4FS2A 4FS1A 3GU1A 1S9FA 3QY8A 4LEFA 1SL1A 3LNPA 3ZDDA 2ZTEA 1S76D 4IFKA 4Z42C 4QRNA 2D2HA 4ECTA 2IA6A 1ZQZA 1NDVA 3HM7A 4EP8C 2BCQA 5J2CA 2FPLA 4JK1A 5CHGA 1ZQGA 3JPQA 1JGMA 3SV3A 5DQHA 5BPCA 3GTXA 1WXYA 1T4GA 3LU2A 3ICJA 5IIOA 9ICSA 7ICGA 3H3AA 3GU9A 2KTQA 4KETA 3C5FA 4GC7A 7ICJA 5KTQA 2I5GA 3ZDCA 1D8YA 4B9LA 2HVHA 4FHPA 4LALA 1KTQA 2O5AA 5DG9A 4XD5A 3H4BA 2Z26A 1PX5A 3M8RA 1XS9D 2VM8A 3OVGA 3TFRA 3HTWA 2ZUBA 1BGXT 4F4KA 1UT8A 1ONWA 2HHXA 2AU0A 4MUPA 4IH3A 1XWLA 4NLZA 4LCQA 4NG3A 3Q8SB 4I2DA 3PX4A 1KFSA 1Y88A 4KLHA 4FHWA 3EWAA 2J6UA 4RPYA 4TUQA 4C6IA 3PNZA 2DFLA 4DL4A 3N2CA 4CCHA 4R88A 2BB0A 2HHUA 1BPYA 4HK6A 4GC3A 5DDYA 4PCNA 3JPOA 1EYWA 4IGNA 2FFIA 1I0BA 3T81A 3GFKB 4QZGA 5DGBA 1K6WA 9ICFA 1S10A 3RJIA 2IBKA 2C22A 3N4MB 3PW2A 1E9ZB 2XO7A 2BCSA 4FHXA 2ZHAA 4UBCA 4KLIA 4F4ZA 1SL0A 1KCXA 4RWPA 5KFVA 3F2BA 4RPZA 4ED1A 2MAXA 4DFPA 3AQLA 3PANA 4RQ1A 4EZ9A 4F2SA 4C8OA 5DDMA 2ASLA 1NK0A 1UEVA 1ZQSA 2JEJA 3OOQA 2YZ5A 4NI8A 2BQUA 3PR5B 1TK0A 4BGDA 3GTHA 3K5XA 4CEXC 1NKBA 4KEVA 9ICHA 1Z00B 9ICXA 4X0BA 4XA5A 3RCMA 4BXOA 3A3WA 1BVSA 4QWBA 1U45A 3URAA 3M9OB 5KT3A 3K75D 4V1YA 3LGGA 4F0SA 3F4DA 2O1PA 5IIMA 1RZTA 4C8LA 5HRKA 5KFSA 3PO4A 1X9MA 4QZHA 4L6DA 4RNOA 1ZQHA 3RHGA 1FWJC 8ICSA 9ICRA 1MSWD 3H39A 9ICQA 4X4SA 4QWCA 2ZTDA 2FMPA 4G2DA 4S3NA 3OV7A 3UR2A 7ICIA 3NEHA 7ICTA 2HPIA 5KT7A 1PSCA 4MF8A 3TARA 3QY7A 2Y1IA 1PB0A 5KG2A 3GDXA 4EBEA 3N97B 3Q8RB 1OU5A 5DLGA 2PBEA 3RH6A 1L3UA 1UEUA 4KIRA 1COOA 4NP7A 1T8EA 2DR7A 4BY3A 3WFRE 3GU2A 3PW0A 4P2HA 4R85A 3E2EA 1UT5A 4QZ8A 2YB4A 1IE7C 3SV4A 3MSRA 4DSJA 3PW5A 4IR9A 4C5ZA 3TQ1A 7ICRA 2DVTA 2BR0A 4TUPA 5KG0A 2Z27A 3JPPA 2VHLA 4X4PA 2ISOA 3DCPA 3ISIX 5HREA 1POJA 1UIOA 4CNUA 3V72A 1X9WA 5HC9A 4B9SA 9ICTA 1J6PA 3HJ1A 8ICHA 3IARA 4Q8FA 5A6TC 1NKCA 3GQCA 3OJUA 4ELVA 4C8MA 4XAZA 1NJWA 2Z2BA 9ICVA 3KHRA 2ZH6A 4EBKA 5KFCA 2Q66A 1J5SA 1NDZA 3HWTA 1DGSA 2ISPA 4B9MA 1NO5A 3BQ2A 4E3TA 3URQA 4B90A 1Z3EB 2RFFA 4R8UA 2BPFA 2FLNA 4WC4A 1R9YA 3GV7B 2W9BA 4DEZA 1HUZA 1D9FA 3MFIA 2XGPA 3GUWA 3OODA 4IQJA 4J9LA 5J0QA 3V7LA 2FMQA 1YBQB 3LY0A 3GV8B 2KFNA 1FWBC 4ZH4A 4I2FA 4WC7A 4O3OA 4CQDA 1ZQCA 4C6LA 1MIVA 8ICJA 3T5KA 3RRHA 2Z7GA 4V1XA 4DL7A 1NDWA 4EZ6A 5HRBA 4RQ7A 1NK5A 2HNHA 4KLOA 2A1JA 1NDYA 4C6FA 5J2BA 4RNNA 3GIQA 3RBDA 4IQVA 4ECXA 1K1DA 3ISDA 3MJMA 7ICHA 2F1HA 4YCXA 4YD2A 4TURA 5L1KA 4YIWA 2PI4A 3HT3A 3H8JA 3JYYA 4JV0A 2RDIA 1PZNA 4ED2A 4GX9A 2IMWP 5EOZA 5DEDA 5EWFA 4WCWA 4YXMA 2DRBA 4KERA 3MKVA 4I2JA 3RJGA 5F2VO 4KMUA 4DL5A 2ZC1A 4RZRA 3OVBA 2ZH7A 2LYHA 3LWMA 3A3XA 4RUAA 1U9LA 4LCSA 2QS8A 4WC3A 3F4CA 1V79A 2HBXA 5KFDA 1UETA 4X4TA 3V7PA 5KT4A 4F3OA 1A4LA 4XD3A 4WC0A 4ZSUA 3Q8LA 5HP4A 1GKQA 4NLKA 2AQ0A 2QPXA 4DQPA 4AT7B 4R64A 3H40A 2ASJA 4EYIB 4F0LA 4BJHA 4J9PA 3IPWA 4M04A 1XC9A 2J6SA 4MEYA 1YRRA 4J9OA 3JPNA 4DSKA 2MUTA 2C2DA 4I2BA 4NLGA 2FLLA 3QZ7A 4QW8A 4O0IA 4MEXA 4PHDA 1ZQXA 1HUOA 3IHQB 9ICWA 4P4PA 3H8WA 2BE3A 2ZTCA 1ZQVA 4YR0A 5KG1A 4DSIA 4DFJA 4RDVA 3H37A 1SKWA 4P4MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DF4 A;  2PFP A;  4UB3 A;  2ZJA A;  3HPA A;  4J9K A;  3TAP A;  3MAB A;  3HPO A;  3PO5 A;  1U4B A;  1ZQN A;  4DOB A;  4B9N A;  4GXI A;  1A5K C;  3S2N A;  4RQ8 A;  3QEA Z;  2AQO A;  5DBB A;  5D4B A;  4B3Z A;  4PE8 A;  1MQ3 A;  3FDK A;  5DLF A;  2KP7 A;  4PHA A;  4RQ6 A;  2ICS A;  5DQI A;  2PFQ A;  2R1K A;  2NRT A;  4GX8 A;  4I6V A;  4C6M A;  4H00 A;  3NGD A;  4F50 A;  4BDP A;  4AT9 A;  2AGO A;  3V6K A;  3GTF A;  4RQ3 A;  1U48 A;  4RZB A;  2Z28 A;  2I9U A;  1R9Z A;  3ZDE A;  1K1S A;  4EPE C;  4NKT A;  1XGE A;  9ICM A;  1S3T C;  2C28 A;  1A5O C;  3CAK A;  3B40 A;  1YBQ A;  2ASD A;  4BXO B;  1ZQE A;  1QSS A;  1LV5 A;  3V6J A;  1S0N A;  1U49 A;  4K4G A;  7ICN A;  3KHH A;  4MF2 A;  3PBM A;  4YFK A;  1DOQ A;  1EJR C;  1ZJM A;  2ADA A;  4WBY A;  1PO9 A;  3E2V A;  4DI8 A;  5HRG A;  5DQG A;  3QGK C;  4HYK A;  3OSN A;  3C5G A;  4IRD A;  1WXZ A;  3JZE A;  5AKQ A;  1XSP A;  3TN5 A;  3HIY A;  2HW3 A;  5DGA A;  2VA8 A;  4DLF A;  4DFK A;  2F1I A;  1XWY A;  1ITQ A;  4O3R A;  1ZQJ A;  5DB9 A;  4M9N A;  3SO7 A; 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 4ECZ A;  9ICO A;  4EEY A;  2F6K A;  5J0Y A;  1D8L A;  3C1Y A;  2DPI A;  1UIP A;  3LQC B;  3PX0 A;  5D46 A;  2HQA A;  3RB6 A;  8ICW A;  4D8L A;  1KNY A;  5DBA A;  4RQ0 A;  8ICP A;  4J9M A;  4QW9 A;  3MDU A;  5LXX A;  4C6D A;  3G6Y A;  2HHV A;  1PTA A;  1V51 A;  4MFF A;  2P53 A;  1HJP A;  1F5A A;  3E3H A;  1KEJ A;  4R63 A;  2W9M A;  2Y1J A;  4QWD A;  3MBY A;  1IXR A;  3MPG A;  3OSP A;  3IRS A;  5DBC A;  2VUN A;  1MIY A;  3ID7 A;  2KZM A;  4QWA A;  1JQR A;  9ICP A;  4X4Q A;  1ZET A;  4YVZ A;  1C7Y A;  2PFO A;  4DQR A;  4DFM A;  5IIL A;  4KLG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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