3B0YA

K263d mutant of polx from thermus thermophilus hb8 complexed with ca-dgtp
Total Genus 216
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
575
structure length
575
Chain Sequence
MRNQELARIFEEIGLMSEFLGDNPFRVRAYHQAARTLYDLDTPIEEIAEKGKEALMELPGVGPDLAEKILEFLRTGKVRKHEELSRKVPRGVLEVMEVPGVGPKTARLLYEGLGIDSLEKLKAALDRGDLTRLKGFGPKRAERIREGLALAQAAGKRRPLGAVLSLARSLLEAIRALPGVERAELCGSARRYKDTVGDLDFLVASREGERAVEGFVRLPQVKEVYAKGKERATVFLKNGLQVDLRVVPPESYGAGLQYLTGSDAHSIRLRALAQEKGLKLSEYGVFRGEKRIAGETEEEVYAALGLPWIPPPLREDQGEVEAALEGRLPKLLELPQVKGDLQVHSTYSDGQNTLEELWEAAKTMGYRYLAVTDHSPAVRVAGGPSPEEALKRVGEIRRFNETHGPPYLLAGAEVDIHPDGTLDYPDWVLRELDLVLVSVHSRFNLPKADQTKRLLKALENPFVHVLAHPTARLLGRRAPIEADWEAVFQKAKEKGVAVEIDGYYDRMDLPDDLARMAYGMGLWISLSTDAHQTDHLRFMELAVGTAQRAWIGPERVLNTLDYEDLLSWLKARRGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of the kinetic mechanism of a gap-filling X-family DNA polymerase that binds Mg(2+)-dNTP before binding to DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase beta family (X family)
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
total genus 216
structure length 575
sequence length 575
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14520 HHH_5 Helix-hairpin-helix domain
A PF14716 HHH_8 Helix-hairpin-helix domain
A PF14791 DNA_pol_B_thumb DNA polymerase beta thumb
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 3b0yA02
1.10.150.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase beta, N-terminal domain-like 3b0yA01
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3b0yA05
3.30.210.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 3 DNA polymerase, thumb domain 3b0yA04
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3b0yA03
2DRAA 1RK5A 3H4BA 4PE8A 5KFZA 2HHWA 1N56A 5KG3A 4ED3A 4UB4A 2R1MA 1V9PA 4WC5A 4RDVA 3UXPA 5D46A 1KEJA 2Z2AA 3UPMA 1V4AA 5BOLA 1DK3A 4G3IA 4JOMA 4EBJA 1U9LA 3RRGA 4ERAA 7ICEA 3CAKA 5DEDA 1L5UA 1KRMA 4RT2A 2VA3A 4FHVA 3WFPA 3TAQA 9ICRA 3NTUA 4NLGA 2FPLA 4KN4A 5J29A 5KFPA 3MDCA 2NRWA 4YD1A 4H9MA 1ZQGA 2I5GA 4KMUA 4I2IA 1UA1A 4QZBA 3JPOA 3EPGA 4DZHA 4ED7A 3OJSA 4DL4A 2AGQA 5J2IA 5DG7A 3IGHX 5KFFA 2ZH3A 3K4WA 2HHXA 2AMXA 4EPDC 9ICPA 3HM7A 4KLMA 2H5XA 4TQRA 4B9SA 1A5MC 3GUWA 5F2VO 4J9OA 2D2GA 3A3XA 4DLFA 1UMLA 4X4RA 1NJZA 2ZH9A 2M2UA 4XAFA 4C8KA 4NKTA 4C6OA 2G3FA 4ICMA 3M9NB 1D8LA 3UQ2A 3QEAZ 4RDYA 4KLOA 3JZ0A 3K4GA 4C8LA 2FPMA 2HBVA 4NP7A 4O0IA 4LFYA 3RB6A 1KFSA 4OFCA 4Q45A 4E80A 5KG7A 3GRIA 1U45A 4ERIA 1L3TA 1R8BA 1A5NC 4XAZA 1VFLA 3OHBA 4RZBA 3AQMA 4IFKA 3RR7A 4KERA 5DB8A 3RJGA 4X4UA 4GXIA 3N97B 4XAGA 2Z28A 3G6VA 5F9NA 4YP3A 3ZD9A 1P1MA 9ICWA 3PX6A 4RQ1A 4E0DA 3PANA 1R8AA 3B0XA 4DZIA 4FHYA 4XD3A 4J9LA 3GV5B 4DFPA 2Z7GA 3RH4A 4GOAA 7ICVA 8ICKA 4CCHA 4F92B 3TFSA 1TV9A 1JN3A 2FVMA 3RJEA 1ZQLA 4ECWA 5D4BA 2DR9A 4C6IA 5CB1A 4EPBC 3PNUA 3K5XA 2OB3A 1NK8A 4WC4A 1KRAC 1QSYA 1AROP 2BCVA 4IQVA 1Z3EB 8ICZA 4F5PA 4NY8A 4DL6A 4LVSA 5J2BA 1K1DA 4DL7A 3TNBA 1EJRC 5G4HC 2FVKA 3S2MA 4ELTA 4P5UA 4PHEA 2Y1IA 4FH3A 2ZUBA 4RQ8A 2PBEA 4EEYA 2EG6A 1NJWA 3BE7A 4QRNA 4DSFA 1R9YA 4M47A 3WFRE 3RYSA 4NG3A 4UBCA 8ICCA 4BGDA 4RQ7A 8ICPA 4M2YA 4K4IA 8ICEA 5DB6A 3PR4A 2NRVA 3RBEA 2BQ3A 4UBPC 2BQUA 3RJIA 2F1IA 3NURA 1BF6A 2BB0A 4KEVA 4LT6A 1UEUA 4PGQA 4QSFA 5IIJA 1JMSA 4ATBA 4ATBB 1TAUA 4DIAA 2DFLA 3GG7A 4C5ZA 2VANA 4BY3A 4O3NA 4QWBA 1U49A 8ICLA 3S2LA 4P4MA 2VM8A 2I1QA 4UBBA 3RBDA 4X5VA 1S3TC 4C65A 3E74A 4ECYA 1R8CA 3DCPA 9ICHA 4DL2A 4XA5A 2FLPA 1Q78A 1WOTA 4DQIA 3E0FA 1K1SA 3N2CA 3ZDAA 3C66A 1Y88A 1EZ2A 1ZQNA 5F9LA 2GWNA 3UR2A 2WJDA 3ETLA 1SKRA 2Z2BA 1D8YA 3ICJA 2E1WA 4H9XA 1SZPA 1TK0A 1A76A 2BCUA 4DSIA 4R7WA 1NK7A 4M9HA 2HHPA 1NK5A 5CA7A 2ZH8A 1A4LA 3MABA 5HNKA 4FHPA 4NLKA 4QWAA 3MFIA 8ICYA 2ZJ5A 2R8KA 4DOBA 4X4VA 3LU2A 4QW8A 4J5NA 1TFRA 4DFKA 5BPCA 1S0MA 3V7KA 1FA0A 4B3ZA 4DSJA 1YMYA 4GK8A 4DLGA 8ICWA 2R1KA 2V4RA 1FKWA 3TN4A 2M2WA 7ICFA 2ATLA 3RAQA 3H7IA 4IRDA 2KP7A 2BCQA 4EZ6A 1BPYA 4D8LA 3C2MA 3UPSA 1W1IE 5HMEA 5HREA 2FLLA 5HP4A 2VUNA 2ADAA 3UQ0A 8ICFA 3K75D 4M9LA 1EJXC 1A5OC 3JPSA 3SI8A 3GTHA 1VJ7A 4IRCA 1PB0A 2GOKA 4KESA 4GX8A 5KFOA 1RA0A 4H9UA 3URBA 2ZTEA 7ICIA 1C7YA 3LK9A 4IR9A 3V6HA 9ICLA 5HMMA 1KFTA 1XC9A 3C5GA 2AU0A 5J2EA 2ZH2A 3S2JA 7ICOA 3IARA 7ICSA 4TUSA 4IRKA 3F2CA 4PCPA 1ZQVA 1NO5A 1NK9A 3RB4A 4GY7A 3UPQA 1V77A 2JZBA 2JZBB 5DLGA 2FTYA 4EBDA 1YRRA 4WC7A 4J2MA 3PNCA 2DPIA 3EWAA 4RNMA 4TQSA 4R64A 3TN5A 1YNYA 4MF8A 2EG8A 3EPIA 2GZXA 4ZSTA 4ECXA 1XS9D 2FMSA 1SKWA 2B21A 4BWJA 3KHLA 5KFSA 4TURA 8ICRA 1ZQFA 1X9WA 2C2DA 4YMMA 4YVZA 3HT3A 2ZHAA 1NFGA 1UT5A 1SL0A 4ED0A 3PVXA 4WBYA 8ICVA 2ZTCA 3LSCA 1RPLA 4M9GA 8ICBA 5HRIA 1NKCA 5KFTA 3RB0A 3GILA 2A1JA 2A1JB 4XUSA 2R1LA 4AT9A 4ECZA 2ASJA 4AT9B 2XY6A 2W9MA 5D49A 1MIYA 1R9ZA 1BNOA 4C5YA 1X9MA 4WC6A 2OODA 4V1YA 3BQTA 4C6FA 1IE7C 2BQRA 4ECUA 3ZDDA 5KFWA 4F93B 3LS9A 3QY6A 2BR0A 1NZPA 2I9GA 4LAOA 4RNNA 1XSPA 4JWMA 4F4ZA 3T3FA 1I0DA 3IJ6A 4AT7A 4AT7B 4QS5A 3OVAA 4I28A 4LH8A 1ZQYA 5FSEC 5J2KA 4KLHA 1J79A 2F1JA 4C6EA 4IFOA 4F0LA 1PO9A 1MIWA 2W9AA 4ECTA 1KRCC 9ICGA 3ORYA 2P6UA 7ICNA 1BNPA 4UD5A 4DSLA 2IMWP 3OGUA 4ED2A 8ICTA 1NK4A 4I27A 4RT3A 4IG2A 4IG2B 3OQEA 2PFQA 1P6CA 3GTIA 8ICUA 4QWCA 1NDZA 1XO1A 5J0QA 1NJXA 3PW2A 4RQ0A 5L9XA 4EP8C 4UB1A 7ICKA 4I6KA 2OQLA 4KLSA 4QW9A 2FMPA 8ICGA 5J2HA 1QW7A 3T5JA 3RH5A 4R63A 4F0RA 5L1KA 4Q43A 4P2HA 4DFMA 4KLGA 4H00A 4DO7A 3T5HA 5CWRA 3UBPC 4GYFA 3IRSA 1FWCC 2O4QA 2ZH7A 3S2NA 4RWOA 2HW3A 8ICJA 3SFWA 3QE9Y 3NGDA 5HMDA 3IV8A 4H9ZA 2JEFA 3ORWA 2P6RA 1ZQWA 2PUZA 1S76D 3SV3A 3UF9A 1U4BA 3DUGA 2Z29A 2BPFA 4K4HA 1JGMA 2BGNE 3SO7A 1O5RA 4G2DA 2J6UA 7ICMA 3MR2A 2PGRA 3O7UA 1KRPA 3IPWA 5DQGA 1R89A 1CEZA 4KF1A 2DVTA 2Z26A 4DS4A 1FWEC 5KFLA 1V51A 3LGDA 4YR0A 5J2JA 4IGNA 4V1XA 4DQQA 1QLNA 2R1PA 3TI0A 4QZ9A 3IHQB 2W9CA 2W9CB 9ICKA 4NXZA 2Y1HA 3ZDCA 5HMFA 3V7PA 4KLLA 2ZUCA 4LCRA 4YXMA 5HHHA 1K70A 2YZ5A 3PBMA 2R8JA 1KCXA 1T3NA 4H9VA 4KEUA 3T5KA 8ICNA 4WC0A 4GC3A 4YXJA 1KNYA 4XRHA 5KG0A 2UVWA 2Z25A 5KFVA 2BGWA 5HRLA 1S10A 1T7PA 1XSLA 1U47A 4H01A 5DKWA 5HRDA 4E8FA 1D9FA 3OHAA 4HYKA 1RAKA 2P66A 5DG9A 5KFXA 2Q01A 4M5DA 1J6OA 4DO9A 1I0BA 3NYBA 2PGFA 1FWAC 4M51A 4Z42C 4FHXA 1ZQSA 1ZQOA 2UZ9A 5EOZA 3JPQA 4QZFA 3KTQA 3HP6A 1U48A 5J0TA 2CZVA 4NLZA 4KLUA 1UT8A 4WC2A 2ZTDA 4O3OA 3F4CA 4IQWA 7ICLA 1M65A 1Z00A 1KRBC 1Z00B 1E9ZB 4B9TA 4ED8A 3OVBA 1ZJMA 2KZ3A 3T8LA 2VC7A 2P50A 1IM4A 1KTQA 4WHBA 3AQNA 4RPXA 4C6PA 3HPAA 2GWGA 3JPTA 3QEBZ 9ICXA 4M04A 2BDPA 3C1YA 4HA0A 2JEJA 3Q8PB 3URNA 3MR5A 1T4GA 2GSEA 4Z6FA 3EYZA 3EZ5A 1UETA 4FS2A 4C8OA 3C2KA 4DI8A 9ICCA 5CR0A 4MUPA 3TANA 4JV1A 3OODA 3Q8MA 2IA6A 1ZQXA 5KFGA 4FO6A 1JXLA 2PFPA 4RDWA 3RR8A 5J0RA 4AT8A 4AT8B 4ED6A 1TFYA 4PGXA 2O5AA 4C8MA 5CH9A 4GC6A 4DEZA 3MSRA 5J0UA 3HWTA 4J9SA 4Q8EA 4NKUA 2XY7A 4PGYA 3QY7A 5KTQA 5KFKA 4INFA 4F2SA 3MJMA 4KLDA 2R8HA 4UB3A 4Z6CA 4LZDA 1DGSA 1MQ3A 3KHHA 2HHTA 1QSSA 8ICIA 3PW5A 5J0SA 3OSNA 3MTWA 9ICSA 4KLFA 4YIWA 1ZQIA 3ZD8A 4J9PA 4JWNA 2KZMA 2W8LA 1EJWC 3F2BA 3EW9A 2RAGA 4BDPA 1E9YB 4DYKA 2HVIA 1EJSC 4X4PA 1HUOA 1O12A 4M6WA 4M6WB 3H38A 3E2VA 2NRZA 3IM1A 3MR6A 4ECVA 1L3VA 5DBBA 4AQLA 4UB2A 5KFJA 2Z24A 5CHGA 4JV0A 4YR3A 1B43A 1A77A 1YIXA 5J0YA 3H3AA 8ICHA 5IIMA 2ZH4A 2BKEA 3TAPA 3RJJA 2KAUC 4X4TA 1ZQBA 1QXLA 2C2RA 4CEXC 2XIOA 2EG7A 4TUPA 2ASDA 3ID7A 4X0AA 2FLNA 3GV8B 4RQ2A 4LAKA 4LCQA 4B90A 4JK1A 2Q09A 3SZ2A 3GTFA 2PFNA 5DGAA 1WXYA 3GIJA 1TK8A 2ZJ8A 2QPXA 2VHLA 3H40A 5CJ7A 4GY1A 5HRHA 4CEUC 3RTVA 3F4DA 5AKQA 1RYRA 3GFKB 2DR8A 2XO7A 3HW8A 4I2EA 4F5NA 1KFDA 4ELVA 2DRBA 3MBYA 2PXIA 4CQBA 3RAXA 1ZQRA 3TN6A 4XD5A 1X9SA 2VR2A 1JIHA 2DR5A 2XCPA 2ALZA 1S77D 9ICMA 3FDSA 4B9UA 4O3RA 3JYYA 5KFHA 5KG5A 3ISCA 5J0OA 1FKXA 2FPKA 5HC9A 2YXOA 1UEVA 3GIIA 3PNZA 3WFQE 5BOMA 3E2EA 4C6KA 2BHNA 3AQLA 2HPMA 1EF2A 3B0YA 3GV7B 7ICUA 2C22A 4GXWA 2HHQA 4I2DA 4ED1A 1TVAA 5KFUA 5J0PA 3QZ8A 7ICTA 1UBPC 2IBKA 4FH5A 3O0FA 2ZHBA 1ZQAA 1YLQA 2PLMA 3PY8A 4WBZA 4EP7A 1K1QA 1EJUC 1NKBA 4DSKA 4RPYA 8ICAA 9ICFA 3GIQA 1S0NA 1EJVC 3V7LA 2J6SA 3MFHA 2RDIA 1L3SA 4C6NA 4X4OA 3BQ0A 4LZGA 1JQRA 4I2HA 4J9RA 4RUAA 4J9QA 4WVXA 3ZDEA 3TN3A 2AQVA 3LWMA 3PAOA 4HK6A 3EWDA 4RQ5A 1BGXT 2BPGA 4IGMA 4FHWA 2W8KA 3PW0A 3LSBA 5L1JA 1ZQTA 4DI9A 5KT7A 4KLQA 2Z27A 4KITB 4IF2A 4LAMA 4J9NA 2D2HA 1WXZA 1A5LC 2VA8A 5C5JA 2HQAA 2RFFA 1BPEA 4YR2A 3M8SA 5KT2A 2VA2A 2ZJAA 4H9YA 5FSDC 3WYZA 1COOA 4ECQA 3MVIA 3CS2A 4AC7C 4J9KA 9ICQA 2F6KA 5DDMA 3HPOA 4IQTA 1M68A 1S97A 3HJ1A 9ICUA 4RQ3A 3LDAA 1RYSA 1KLNA 1HUZA 3THVA 3IACA 3GIMA 2AJQA 4KLEA 3N4MB 4LANA 1Q79A 4WC3A 3B40A 3RCMA 4I29A 2UBPC 1DOQA 5J2FA 4EBKA 4XQ7A 5DBAA 2XCAA 1ITQA 3OV7A 4XQ8A 2WJFA 9ICJA 1UA0A 2V4QA 4F5OA 2KZZA 3CJPA 4C8NA 9ICEA 1LB2B 3GU9A 4QS6A 5E5CA 4C6CA 1MIVA 1QSLA 2V9WA 1S9FA 4M9JA 3FEQA 4RQ6A 4B9NA 1S0VA 3UR5A 2QT3A 4UAYA 2UVRA 2ZC1A 2HVHA 4NI8A 3ZDBA 2PAJA 1V79A 2HNHA 3NQBA 4X0BA 3WMLA 2HHVA 9ICBA 3V6KA 1YBQA 1YBQB 1BPZA 4DQPA 7ICHA 3AUOA 1ZQPA 1R9XA 2ZUDA 4X4NA 3OVSA 9ICIA 5KT6A 3KM8A 1DK2A 3H8WA 2BCSA 4CQCA 4E7XA 2LYHA 5DBCA 1X2IA 2JEIA 5KFEA 4QZ8A 3MPGA 1POJA 4YN4A 3R0DA 4ECRA 4QTGA 4KN7A 4HK5A 3PX0A 3M9MB 4BXOA 4BXOB 5J0XA 4TQTA 4Z6DA 2AGPA 3RB3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DRA A;  1RK5 A;  3H4B A;  4PE8 A;  5KFZ A;  2HHW A;  1N56 A;  5KG3 A;  4ED3 A;  4UB4 A;  2R1M A;  1V9P A;  4WC5 A;  4RDV A;  3UXP A;  5D46 A;  1KEJ A;  2Z2A A;  3UPM A;  1V4A A;  5BOL A;  1DK3 A;  4G3I A;  4JOM A;  4EBJ A;  1U9L A;  3RRG A;  4ERA A;  7ICE A;  3CAK A;  5DED A;  1L5U A;  1KRM A;  4RT2 A;  2VA3 A;  4FHV A;  3WFP A;  3TAQ A;  9ICR A;  3NTU A;  4NLG A;  2FPL A;  4KN4 A;  5J29 A;  5KFP A;  3MDC A;  2NRW A;  4YD1 A;  4H9M A;  1ZQG A;  2I5G A;  4KMU A;  4I2I A;  1UA1 A;  4QZB A;  3JPO A;  3EPG A;  4DZH A;  4ED7 A;  3OJS A;  4DL4 A;  2AGQ A;  5J2I A;  5DG7 A;  3IGH X;  5KFF A;  2ZH3 A;  3K4W A;  2HHX A;  2AMX A;  4EPD C;  9ICP A;  3HM7 A;  4KLM A;  2H5X A;  4TQR A;  4B9S A;  1A5M C;  3GUW A;  5F2V O;  4J9O A;  2D2G A;  3A3X A;  4DLF A;  1UML A;  4X4R A;  1NJZ A;  2ZH9 A;  2M2U A;  4XAF A;  4C8K A;  4NKT A;  4C6O A;  2G3F A;  4ICM A;  3M9N B;  1D8L A;  3UQ2 A;  3QEA Z;  4RDY A;  4KLO A;  3JZ0 A;  3K4G A;  4C8L A;  2FPM A;  2HBV A;  4NP7 A;  4O0I A;  4LFY A;  3RB6 A;  1KFS A;  4OFC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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