3BXWA

Crystal structure of stabilin-1 interacting chitinase-like protein, si-clp
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
361
structure length
360
Chain Sequence
TLLEKSQFSDKPVQDRGLVVTDLKAESVVLEHRSYCSAKARDRHFAGDVLGYVTPWNSHGYDVTKVFGSKFTQISPVWLQLKRRGREMFEVTGLHDVDQGWMRAVRKHAKGLHIVPRLLFEDWTYDDFRNVLDSEDEIEELSKTVVQVAKNQHFDGFVVEVWNQLLSQRVGLIHMLTHLAEALHQARLLALLVIPPAITPGTDQLGMFTHKEFEQLAPVLDGFSLMTYDYSTAHQPGPNAPLSWVRACVQVLDPKSKWRSKILLGLNFYGMDYATSKDAREPVVGARYIQTLKDHRPRMVWDSQASEHFFEYKKSRSGRHVVFYPTLKSLQVRLELARELGVGVSIWELGQGLDYFYDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of human stabilin-1 interacting chitinase-like protein (SI-CLP) reveals a saccharide-binding cleft with lower sugar-binding selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase domain-containing protein 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 360
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.360 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 3,6-anhydro-alpha-l-galactosidase 3bxwA01
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 3bxwA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3bxwA02
3WL0A 1UKSA 2VZOA 2YL6A 1D3CA 5D8ZA 5BYWA 4AZCB 4BZYA 3CMGA 5E09A 4S3JA 1FHLA 4OIFA 1E56A 2EPKX 3BXWA 3VMPA 4MDPA 4UR9A 3AS0A 1B2YA 1VEPA 1EQPA 1OT2A 1J0ZA 2XGIA 4N42A 1AQ0A 2VO5A 1RPKA 2XIBA 1RH9A 4D6EA 4B15A 2JALA 3AIEA 3QHNA 5BCAA 4AZ7A 1OBAA 5D9MA 1EDQA 1QNQA 1BLIA 4MADA 4AZIA 1I75A 3BAXA 3WUBA 1HNYA 5LA2A 1JIBA 4NSBA 2F61A 5HPOA 3WDHA 5E6YA 3SCNA 2CBIA 1E6RA 4JFVA 2YBUA 3F5JA 5D9NA 4JAWA 2J77A 4L4PA 4W8LA 5C8BB 4RE3A 4GXPA 4HMCA 1XCWA 2WWCA 4B3LA 1U2YA 4J3TA 4NI3A 3S6TA 3WDIA 1VF8A 3CUJA 4KGJA 4H2CA 3SCUA 1HL8A 3MUAA 3SUSA 4EK7A 5FKYA 5EFFA 2XFFA 2VZUA 3EDDA 1WNOA 4DUVA 1UD4A 4AEEA 1KXTA 2D22A 4P8UA 4ZXOA 4P7QA 1E70M 1W91A 2WHKA 3RJXA 5BROA 3VDBA 3T0AA 1ZU8A 5JUVA 1ZBCA 5CPSA 1B3XA 3AYRA 1PIGA 2JIWA 2ZUUA 3ARWA 2WMKA 3QOMA 4UFHA 1LL6A 2WMFA 2CBJA 2XTKA 1UG6A 1DWJM 4EKJA 3WKZA 8CGTA 2BXZA 1ISWA 4NRSA 2DH2A 2D0HA 3VDCA 4NRRA 4HOXA 4YHEA 2VVSA 2WVTA 2HVMA 4QFUA 1JZ5A 1UR9A 1UD5A 3W29A 2CHNA 3ZJKA 3AYSA 2Z1SA 5BXPA 5LYRA 5A8MA 3FHQA 1XV8A 1BF2A 3RM9A 3BH4A 2PWGA 1UKPA 3W53A 2WHJA 1DHKA 3AFBA 3AS3A 3GXFA 1QNOA 1KXQA 5HBFA 5CJ5A 1B3ZA 3SCTA 2WHLA 1ZB5A 5E0CA 4B16A 5CZKA 3BMWA 1GONA 3RILA 2WSPA 3CUFA 2A3EA 4HA3A 1UWUA 5JBEA 1GHSA 1VJSA 2QV4A 4TOQA 4TXEA 1E6QM 1JXKA 3SUUA 1UUQA 3RDKA 1AQHA 3EMQA 3WMBA 2E4TA 1O6IA 4J3WA 5A94A 4H8HA 1DWGM 4P7OA 2X05A 2DSUA 4JL1A 1H0IA 4FLSA 1F4AA 1S46A 4GPNA 4MB3A 1B31A 1JYVA 3ARSA 4P8WA 3UCQA 2J7DA 2J7EA 1UD2A 3U7BA 3A4WA 1KB3A 2VQUA 1W9BM 1E1EA 2V3DA 5FD0A 2WLZA 4J7RA 3AIBA 1OINA 1V3KA 1B0IA 1CDGA 1OIFA 5DF0A 2Y8VA 4XB3A 2WVVA 3AZRA 1KWKA 1E4NA 1BYCA 1Q6DA 4MAZA 2BVDA 2ZX9A 4CD7A 1NOUA 2XFYA 1W3KA 3B8SA 3WD2A 1D7FA 2DDXA 1N82A 2EPOA 4TX6A 4D1IA 2CCRA 4TX8A 5GNXA 4LGXA 4ACZA 1GQKA 4PEEA 4B9ZA 2J7BA 4M81A 4Z2HA 3RO8A 3WMCA 2BXYA 4AZBA 4UFIA 2YDQA 5HPCA 4LXFA 1CECA 1CXEA 2XSBA 3S2CA 4H04A 1ZL1A 3ARYA 2PWFA 4PTMA 2CBVA 2BY1A 1AMYA 2GK1A 2A3BA 2Z1KA 1CTNA 3APGA 1KFWA 1WPCA 1J18A 2GFTA 1QHZA 2NW0A 1LG2A 2VRQA 1UR0A 2OLHA 1V0KA 4GQQA 2D0FA 1CIUA 3DC0A 2F8QA 2XM1A 2FHCA 3QOKA 3L4YA 3VIJA 3HMCA 3UETA 3F4VA 3ZMRA 1BHGA 4W8AA 4BQ2A 4W7WA 1UWTA 2OWWA 3ARVA 2JEPA 4ZE4A 1KXHA 4AZHA 1CXKA 2E3ZA 3AISA 3M7SA 4ZE5A 5IHSA 3SIMA 1EOKA 3PZOA 2E9MA 1UR1A 2J7FA 5A8NA 2UY4A 3VU2A 4D72A 3MSDA 1E15A 4PMXA 3K8MA 5BRQA 3OLIA 2WZEA 2PF0A 1KWGA 2BFGA 4ATWA 2DT0A 1WE5A 3AI0A 1KXVA 1BTCA 3AIVA 1CXFA 3CZGA 1ISYA 4HOWA 5JBDA 1ZJAA 1QVBA 3GH4A 1OGBA 5CXPA 1LLOA 5I79A 1EO7A 4W93A 3KEHA 1R85A 2YL5A 1K9DA 2YDRA 1UH3A 2JFEX 2XM2A 3ZIZA 1TE1A 4PMOA 3BC9A 3AHZA 2WKLA 2IXUA 1MQRA 1TCMA 3W6LA 3UG3A 2PWHA 1UZ1A 2YA0A 3WFZA 3N18A 3BCFA 3MUY1 3PZTA 4QLLA 3THCA 3QR3A 4TVUA 1ITXA 2GJRA 4QAWA 3AHXA 1OM0A 1JAEA 4OBSA 4XZBA 3W25A 3BCDA 3ZT5A 2VRKA 3GNOA 3KWXA 3N1AA 2WVVB 1C7TA 2BY3A 3TTOA 3NSXA 1MW1A 1CBGA 2CKRA 3VIFA 4Z2JA 4CVWA 1C3FA 1I1XA 2IXVA 5A2AA 1ZJBA 5ABEA 1JYNA 3AIUA 1WAWA 3ARXA 3TA9A 1LWJA 3AZTA 1UZ4A 2ZXQA 4V27A 3ZSTA 5BXSA 1BQCA 2UY2A 3OZPA 4Q22A 4BQ5A 4M8UA 1JZ2A 1FFQA 1W1PA 1KQZA 1R7OA 1QNRA 2DSVA 4A3YA 5FCZA 5BRPA 2GK1B 3WBAA 1E0VA 4D6FA 2W62A 3DYOA 1HIZA 3CHDA 3W4RA 4S3KA 2GJXA 2WZIA 3QHOA 3T2OA 4UZSA 4PMDA 4LQ1A 1QBBA 2EO7A 4WLCA 1WCGA 2E40A 4IM4A 3SCSA 4JKKA 5CGTA 1DWFM 4A3HA 3ZR6A 4CD8A 4CD5A 2D24A 3WUEA 2YA1A 5DFAA 1BG9A 1TMQA 1XD0A 3VX1A 2PC8A 2CITA 3CO4A 1V3JA 3MV01 1VFFA 1WP6A 1CLXA 3SEPA 5LA1A 2VOTA 4JCMA 5I2UA 3WD0A 3PTKA 4HZ8A 3WNPA 4C7GA 1BSIA 5A6JA 1MW2A 2WMHA 2W61A 4RE4A 5FOOA 4PMYA 2Y8KA 8A3HA 4H8UA 4UQCA 3SCRA 3THDA 5AC5A 3VNZA 3WQWA 1LWHA 1U33A 1H5VA 1HT6A 1M04A 4H41A 5TD4A 4WIWA 4PMZA 3KL5A 1JFHA 1Y7VA 2VCCA 3T08A 3AQUA 1OGGA 2J25A 3SCQA 4BA0A 2ZUMA 1H0GA 3L2MA 1JDCA 2WWDA 1MFVA 1NARA 3MKKA 2ZUTA 4TTUA 4H8VA 3WF0A 1UHVA 5CPQA 4LYQA 3WDJA 3OG2A 3N12A 1JAKA 3IJ8A 3QGVA 1OWQA 1UD6A 1GNXA 4DUXA 4HU0A 3VGFA 2Y5EA 3ZT7A 3ARQA 4MJ4A 4F9JA 1GOKA 3WNMA 2AMGA 1PPIA 3WQ5A 1X6NA 3OLEA 3WF3A 3UEQA 1JG9A 5IHRA 3L4ZA 4ACYA 4MPKA 3VD3A 3ZJ7A 1PZ2A 1PBGA 2QMJA 2DT3A 3MMWA 1SR0A 4MB5A 4QCFA 1LJYA 1JZ6A 1IZJA 2PWEA 3WQ8A 3VGBA 3WIJA 3VD4A 2OWXA 2ZIDA 1NOFA 3TP4A 1V02E 2QF8A 3WBEA 2A3CA 3OLGA 5M5DA 1WKYA 3WF2A 3WQ4A 1W1YA 1QPKA 2C8NA 3PN8A 4JHOA 4JIEA 4PCSA 1QI3A 4B9YA 1Q6EA 1E0WA 3GXIA 1VEOA 2WHMA 1U30A 5I5RA 3E1F1 2JF6A 4JFSA 3NDZA 1HXJA 5I78A 5A3HA 4AISA 4U3CA 4GI8A 3F5KA 1JXJA 1MFUA 2GSJA 2AOSA 1LL4A 1GQLA 4YN5A 3UG5A 1W2PA 2GJXB 1C92A 1E0XA 1B3YA 1ZBKA 4W5UA 1VBRA 3SCOA 2DT2A 4DUWA 2J79A 1E5NA 4D71A 1HKJA 3OIHA 4PN2A 4HA1A 4M82A 2XUCA 1IT0A 3U7VA 1PX3A 1B9ZA 1EDTA 1X1NA 4XV0A 1GW1A 5EB8A 2XVNA 3OBAA 3CPUA 3LPGA 4DWSD 4MNJA 5HXMA 1CEOA 3EBVA 2ZX8A 2V3FA 1K9TA 1DTUA 1IZKA 7CGTA 2QHAA 2YLAA 1RP8A 3N9KA 4J28A 3CHFA 3SUWA 3L4UA 1J10A 3KL3A 3WNKA 5DT5A 3WUFA 2VURA 2CNCA 3VD9A 2XVPA 4U2ZA 3WF4A 1GQJA 1PX4A 1NWTA 1XYFA 5CLWA 1BAGA 3HJEA 3M46A 2VUYA 1KGUA 5A6AA 3DECA 5M17A 4QP0A 1H11A 2VR5A 3EDJA 4BS0A 2G3MA 1XH0A 5A2BA 1D2KA 1QI2A 1CYGA 1J0IA 4D6JA 2EPLX 3VUPA 3GXMA 3AMKA 3W27A 5CSYA 1FHDA 1CZ1A 1JI2A 2CESA 4KMQA 1EA9C 1EH9A 1VRXA 4AZ6A 4P8VA 1BYDA 5IFPA 3W81A 1E3XA 5GNYA 1CGVA 1QW8A 1E3ZA 3ZJ8A 4C7FA 2W66A 2BY2A 4P7RA 1QI0A 3AHTA 4KH2A 1ISZA 2WPGA 4IUGA 3M6DA 1UWQA 3HN3A 2EXOA 1GOMA 4BQ3A 4DWSC 2CKSA 1SYTA 4AIEA 3W0KA 3AXIA 3NCOA 4TVDA 1EHAA 3WMSA 3WELA 1GVYA 1BPLB 2A3HA 4CCCA 1BYAA 1HJQA 2YOCA 5I0DA 4CN4A 2UWFA 3A6OA 2YKKA 1TVNA 4F8XA 3J7HA 1FFRA 5A8OA 4D6CA 4UCFA 4LPCA 3KZSA 3NSMA 2VQTA 1GVIA 4ZENA 3TTSA 2EPNA 4JZ5A 4RE2A 3ZM8A 2J7GA 3RIKA 1ODZA 4Z2IA 5ABGA 3IANA 1E4MM 1WZAA 2J74A 5LA0A 1BGAA 2OSXA 2WVUA 2VVNA 4URIA 2CXGA 3CBWA 4JKLA 4M80A 3D5HA 4LYPA 1TA3A 3FAWA 2VC9A 2O9OA 2CPUA 3VIIA 6CGTA 2VI0A 1HKKA 1PAMA 3T2QA 1XSKA 1NQ6A 2PB1A 2NT0A 3ZT6A 1J0HA 5HNNA 1E43A 1M03A 3MANA 4XX6A 4U2YA 5E70A 2VNCA 5D4YA 1GCYA 4ZEPA 3GH7A 4AD4A 2EJ1A 1GZJA 2E9LA 2MANA 1G01A 3N15A 4P7NA 3AMLA 3LPOA 4NZCA 3EMCA 2WC7A 1JZ8A 2G3NA 5C70A 1XCXA 1C7SA 1DWAM 2J78A 3CIVA 2W63A 2WW5A 3FN9A 5F7UA 1XH1A 1JFXA 4UQBA 3T0BA 3AXXA 4GIAA 2QPUA 3AHYA 1UR4A 3ARZA 4GKLA 3CTTA 2F2HA 1CXHA 2XVKA 4FLQA 3WD4A 3VIMA 4AWEA 4P8XA 3VD7A 1OSEA 2OWCA 3POCA 3VILA 1IV8A 1JD7A 2C7FA 3AMCA 2BVTA 3L4WA 3PTQA 2OYMA 1US3A 5A1AA 1VIWA 2XWEA 4FLRA 3HU7A 1HJXA 1EHNA 4DWSA 2XYLA 2DIJA 3CLWA 3N11A 2ZX7A 1WDSA 3O9NA 3L4TA 3AMDA 3OGRA 4MDOA 1W9DM 1V0LA 2JEQA 1VAHA 3WD3A 1NOWA 4D6GA 3DHUA 3BLPX 4W84A 3FAXA 3ARPA 2VR4A 3NJ3A 1B1YA 5A6SA 3WEMA 3W28A 2WB5A 4UQAA 1E5JA 2C0HA 1HJUA 5IFTA 1QHOA 2X8RA 1EIBA 4QLKA 4CVUA 2GDUA 4GZEA 3N17A 3PBGA 2J7CA 4A4AA 4W5ZA 3BAYA 3GDBA 1B3VA 2O9TA 3UR7A 5A95A 2ZWYA 2A3AA 4TVCA 3PZ9A 4UTFA 1V6XA 2D20A 4K68A 1H09A 2J47A 4OKDA 4Z2GA 1CGUA 5KEZA 4EANA 1KQYA 4ATLA 1CWYA 2EBNA 3PZVA 4CGTA 1JF6A 4LX4A 1K6AA 4V28A 4E4PA 4HMDA 1M7XA 1XSIA 3WUGA 1QHPA 1JYWA 4J27A 1QNSA 4E2OA 9CGTA 4HPGA 2YLLA 4FMVA 1FP9A 5E9AA 2VCBA 1TA3B 5ABHA 2ZUSA 3MUZ1 4ZXLA 5FL0A 1MVYA 2VX4A 3K8KA 4KGLA 4GZJA 1HKMA 2EQDA 1BVNP 5BXTA 1AVAA 2Q8XA 2AAAA 2X09A 3BAIA 1CLVA 3A4XA 4YPJA 3VIGA 5GNZA 2NT1A 3EDKA 1I1WA 4FLOA 3VINA 4JHZA 4ACZB 4CCEA 3T2PA 3VIPA 3POHA 1M01A 4IPLA 1G0CA 4XUYA 4QLJA 4C7DA 1HJWA 2XSAA 5DO8A 4AD1A 4HMEA 4AZCA 2W5FA 1BFNA 2VZSA 3FW6A 1RD6A 3CZKA 1W32A 4OOUA 4AC1X 4V2XA 1LG1A 1VB9A 4J3VA 1LF1A 3MMDA 1GORA 1CXIA 5BWFA 4W7UA 3UESA 4WKAA 1US2A 2ZX5A 1H4PA 4W7VA 1HJVA 2PBOA 1MW3A 1E9LA 1QNPA 3WL1A 1XRVA 3VNYA 3ZO9A 4AD5A 3I3BA 1E55A 4HPHA 5AYBA 4DM1A 1C8XA 2ZICA 4WJXA 2XGBA 2W4XA 3NIYA 1E72M 1QI4A 2D2OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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