3BXWA

Crystal structure of stabilin-1 interacting chitinase-like protein, si-clp
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
361
structure length
360
Chain Sequence
TLLEKSQFSDKPVQDRGLVVTDLKAESVVLEHRSYCSAKARDRHFAGDVLGYVTPWNSHGYDVTKVFGSKFTQISPVWLQLKRRGREMFEVTGLHDVDQGWMRAVRKHAKGLHIVPRLLFEDWTYDDFRNVLDSEDEIEELSKTVVQVAKNQHFDGFVVEVWNQLLSQRVGLIHMLTHLAEALHQARLLALLVIPPAITPGTDQLGMFTHKEFEQLAPVLDGFSLMTYDYSTAHQPGPNAPLSWVRACVQVLDPKSKWRSKILLGLNFYGMDYATSKDAREPVVGARYIQTLKDHRPRMVWDSQASEHFFEYKKSRSGRHVVFYPTLKSLQVRLELARELGVGVSIWELGQGLDYFYDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of human stabilin-1 interacting chitinase-like protein (SI-CLP) reveals a saccharide-binding cleft with lower sugar-binding selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Chitinase domain-containing protein 1
total genus 115
structure length 360
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.360 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 3,6-anhydro-alpha-l-galactosidase 3bxwA01
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 3bxwA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3bxwA02
1HJVA 4HP5A 2CESA 1BG4A 3CUJA 2XVLA 2BVDA 3L4ZA 5I6SA 1PX4A 1EIBA 1ITCA 1VFFA 1V0MA 3CH9A 4XZWA 5I79A 3FAXA 1JL8A 1I1WA 1AQHA 3DYMA 2FH8A 2WKLA 5AYBA 5ABFB 4UFIA 1M01A 1WDQA 4IM4A 3CUGA 2XFRA 4ZENA 4HU0A 2D0HA 3THCA 2VOTA 3W6MA 3F4VA 1H49A 1J0YA 3O2LA 1E1FA 3AXIA 5DT5A 2CNCA 5LA1A 3NDYA 2V3EA 1CDGA 3ZQ9A 2WB5A 1G9HA 2XGBA 4MNKA 2PWFA 1TVNA 5BCAA 4PMQA 4Z2GA 4E8CA 2GJPA 2EBNA 2YDQA 2FGLA 2GDVA 3VMPA 4D6DA 2WW5A 1GVIA 5CGMA 1GQIA 1EDGA 3BC9A 1VENA 6TAAA 3RDKA 5KEZA 2BY1A 1OINA 3D3AA 4PTXA 1JDAA 1UH2A 4D1JA 4GQRA 4BS0A 2DT2A 2B31A 2UY4A 1J0ZA 1BPLB 1OWQA 1UKPA 4FK9A 2EPOA 4P8UA 4ATDA 1Q6EA 3W38A 3ARPA 2VJXA 3L4UA 2ZX5A 4JL1A 4YHEA 1B3YA 4GINA 2C7FA 4MNJA 2WHMA 3GBEA 1KBKA 2YIHA 1HJXA 1TE1A 2XIBA 3WKZA 3DC0A 4EKJA 1PAMA 2PWEA 2CYGA 4M29A 3AJ7A 3G6LA 1V08A 1UR2A 4J3VA 2O9OA 2F2HA 5A8QA 1FFQA 1B0IA 2WANA 4AD0A 3CO4A 2CKSA 2BVYA 4H8HA 1VJZA 1BAGA 5I2UA 5JIPA 1OM0A 1TA3A 1VFOA 3FY1A 1WZMA 4GI6A 1ZBKA 3VDHA 1K9EA 1M53A 2WC7A 1J11A 5A6SA 5ABHA 4QLJA 1EHAA 1UUQA 1AQ0A 1XSKA 4J27A 4YHGA 3VOCA 4HPHA 2E8ZA 3NYDA 5A6MA 1OSEA 1C91A 3PZVA 4YN5A 1MWOA 4FF5A 3FW6A 4QP0A 3VKKA 5IDIA 3N18A 4MB4A 1UD8A 2JF6A 5CLWA 3CZLA 1QI5A 1W2VA 2A3EA 4P8WA 4HA1A 4J3TA 3A4XA 2NW0A 1NWSA 1Q6DA 3WSUA 5CG0A 1KXVA 3WEMA 3TA9A 5A94A 2J77A 3GBDA 2WVTA 1QBBA 2J7DA 4AZCB 3F5JA 1OCQA 2GK1B 1V6WA 3AROA 3KZSA 4W89A 3MMUA 3A4AA 1XD0A 1JDCA 1C93A 1XSIA 3ALFA 4D6EA 3WL1A 1MQPA 1UD5A 4X0NA 1QNQA 4DUXA 1BHGA 1HL8A 1HJUA 5DO8A 1BQCA 4CN1A 2V3FA 3VIJA 3T0BA 4E4PA 1QI3A 2J7FA 4J3UA 2C8NA 2MANA 3AHTA 5DF0A 1BYDA 1CGUA 3WUBA 3KEHA 4V28A 4L4OA 4AWEA 3NUKA 3WBEA 4M82A 4ML4A 1DWFM 4PYSA 1HJSA 5FIPA 3VDBA 5KZ6A 3SEPA 2QF8A 4JHZA 3DHUA 2CBJA 3CZ8A 1V0LA 3OIHA 2AAAA 1AQMA 2YLLA 4CCDA 5D8ZA 1BVNP 2VRJA 1PX3A 4GO8A 4HOZA 1U33A 1QI2A 1CEOA 3WNMA 1NM9A 2XVKA 1ISWA 1OBAA 4L4PA 5FL1A 5FOOA 3AS3A 3POHA 1UD2A 7A3HA 2A3HA 3PZTA 2ESCA 2Y8KA 1H2JA 1WP6A 1FHLA 1W2PA 1GNXA 2FHBA 4GI9A 4OOUA 3ALGA 2WK2A 1XH2A 3HJEA 1R86A 3VNYA 4IPLA 2WBGA 3AZSA 2YDRA 4ACYA 1UWIA 1HKJA 1J12A 1W9XA 1WCGA 5A3HA 1US3A 2JIEA 4KGJA 2WCGA 5JUVA 1V02A 4PSRA 4QFUA 1HJQA 1EDTA 1R87A 2WWCA 5A8MA 3TTSA 2CHNA 4XB3A 3BLPX 4N42A 3UERA 3WQ6A 2WC4A 3GDBA 1S46A 5CLTA 4M1RA 3SUTA 5ABGA 2CETA 3APGA 4M56A 3WEZA 1WO2A 4AZHA 3ZT7A 1E72M 3S6TA 1RP8A 2UY5A 5C70A 3B9DA 4X9YA 1XD1A 5CXPA 4U3CA 4PMYA 3NSMA 5A2BA 4UOJA 3WNNA 3RM9A 6CGTA 2EQDA 4H8VA 3WDRA 2PWHA 3PTQA 2XFFA 2VL4A 1LJYA 3AYRA 4GXPA 2EPLX 2J47A 1FFRA 3CHFA 1E5JA 1V3IA 4R27A 5M17A 1J0HA 1DEDA 3PN8A 5AYIA 1D3CA 4AD2A 3CZKA 1H5VA 1KGWA 1GQLA 3DECA 2WMJA 3MSDA 9CGTA 5ABEA 2O9PA 5ECUA 1HJWA 1KWKA 5DFAA 1V3HA 3MV01 4PCTA 4AZBA 1CGYA 4J3XA 4FLQA 4IISA 1UR8A 4WLCA 5IFTA 4KRUA 2X8RA 3ZR5A 1QNSA 1JI1A 4P8VA 2JIWA 1MFVA 5A1AA 3L4XA 4AEFA 2V5CA 1DHKA 2DSWA 1NH6A 1V0KA 3FHAA 5I0DA 5BRQA 2JF7A 1UZ1A 3RPMA 3SUWA 1KCKA 4TVUA 1XH0A 1D2KA 2Q8XA 1UH4A 1JXKA 4CCCA 3RO8A 1JAKA 5LYRA 1QI4A 1TG7A 1E4NA 3WF4A 1EO5A 4W5ZA 1BVZA 4UFJA 3OBAA 2YA2A 1H0IA 4J3WA 1I1XA 3PZ9A 3CHEA 1GOKA 4B15A 1ISVA 4NI3A 4AZGA 5JH8A 5EBAA 5BXSA 2A3CA 4QDMA 2GJRA 3BAJA 2Z1KA 4CU7A 1LWHA 1TA3B 2J7CA 3O6AA 3F5LA 4HOWA 1MW2A 1E6PA 4JKKA 3CBWA 3KL3A 4GZEA 2XGIA 5A69A 2J7HA 3CUIA 4TTGA 1GQKA 4JL2A 3NJ3A 4CD5A 3BGAA 5IXEA 1J10A 1BGGA 1JI2A 1Q6CA 1ZS2A 3THDA 1NP2A 1UQZA 3CMGA 3GTNA 1K9TA 2Y8VA 3RIKA 3PTKA 3UETA 2J7BA 1U2YA 5IFPA 1GOMA 4GIAA 1DWAM 2BS9A 4MJ4A 4TVDA 4LXFA 4W8AA 1KQYA 1LLOA 3L4YA 4BQ2A 1BYAA 2G3MA 1UWSA 1IZJA 1A47A 3AS1A 4UCFA 1KXQA 2CBVA 3TTOA 1QNRA 4HA4A 1ZBCA 4CU8A 2CERA 4J7RA 1B1YA 4JFSA 3W6LA 3VD7A 2CKRA 3VDCA 3GH4A 2YBTA 1CXEA 3NSXA 4QAWA 3UG5A 3KWXA 4OBRA 2D3NA 4U33A 3ARRA 1ISYA 2OYKA 1JGIA 1HX0A 1W9BM 4BF7A 2O9TA 1WZKA 3GXFA 1CBGA 1PZ2A 2WC3A 1C8QA 3PZMA 3KE0A 3N12A 2DQXA 7TAAA 1GORA 4P8XA 4PMVA 1UWUA 1V3LA 1FOBA 3OLDA 3K1DA 4AW7A 3CPUA 2PC8A 1W9VA 4UFKA 4RE4A 4FMVA 1GW1A 3GXMA 1SMAA 1MW3A 3WD3A 1FH8A 2G8ZA 1VJSA 2VI0A 1HN1A 1TVPA 2PI6A 3WMBA 3OGVA 2WMGA 3CUFA 3VVGA 4BZYA 4MDPA 5HDRA 2E9MA 1NP0A 2XYLA 1LG2A 1VF8A 1J0JA 2PWDA 1JYNA 4H8UA 1EGZA 1CLXA 4H7VA 2BXYA 4N0RA 1PZ3A 4U3AA 1GJUA 1PEZA 3SCWA 4TTUA 5D4YA 1MFUA 2VR4A 1FP9A 3QHNA 3VU2A 2HISA 2HVMA 1OGBA 3ZOAA 3K8KA 1GHRA 2BY3A 5E09A 1UD6A 1VBRA 2CHOA 1G1YA 2VMFA 1CNVA 2W66A 4UQ9A 4NRRA 4AY1A 2QHAA 4PCSA 2X2YA 4NSBA 1ZB5A 3VPLA 3EYPA 1RH9A 1IT0A 4HZ7A 1UKOA 2VURA 2XJ7A 3WQVA 4ZXLA 5BWFA 1LL6A 1B3ZA 1B9ZA 1ESWA 4AXNA 3RMEA 3HN3A 5CQ1A 3J7HA 3PZUA 2ZUUA 1W3LA 2F8QA 1X1NA 1TCMA 4CVWA 4M8UA 3ZSSA 1E6QM 2QPUA 1KWGA 4ACZA 1BG9A 4W8LA 3WMCA 4DWSB 2ZXAA 1CTNA 1CIUA 3OLEA 4AD5A 1GOWA 1J9YA 4UZSA 4LYQA 1B31A 3WH8A 1JIBA 1EQPA 3K8LA 1EOKA 5LA2A 3AOFA 3WH6A 2ZOXA 2X1IA 3VUPA 2WVSA 4A3HA 2BY0A 4Z2IA 3W26A 1E0WA 4D6JA 3CGTA 1RPKA 2DH2A 3GXIA 1UWTA 4HZ8A 1QNPA 1XCXA 3A4WA 4Y7EA 1W9DM 2BNJA 2EXOA 3II1A 3SCNA 1ZJBA 4ATLA 3L2MA 3ARSA 1IZKA 1XH1A 3AIRA 4PMUA 3W0KA 2X0HA 4B3LA 1R7AA 2VRKA 4RL3A 3A6OA 2YDSA 1JZ7A 3ZJ7A 1E40A 1BFNA 3AHXA 1HXJA 1C8XA 2FH6A 3PBGA 1XGZA 3SCSA 1JNEA 1CZ1A 1KR1A 3EDKA 1N82A 2ZWZA 1C8YA 1BLIA 1HIZA 4KRTA 3A47A 1BGAA 3ZJKA 3WDHA 3QR3A 2JALA 4NRSA 2ZXBA 1BSIA 2WCSA 3MMDA 4XZBA 4D6CA 3SURA 4W85A 2BHYA 2ZXDA 1V6YA 2DDXA 1B30A 3WMSA 2X09A 4PMNA 5M5DA 4M24A 3OZPA 4MPKA 4UOZA 1WAWA 4CD4A 2W67A 4BCEA 4TX6A 3VINA 1EH9A 1MW1A 2D1ZA 2J7GA 4JIEA 3AIQA 4RE2A 1W9PA 5D8WA 3EDJA 3MANA 4D6FA 2D20A 3DYOA 3VO0A 1FH7A 5DEZA 2WHLA 4GQQA 4HTYA 3SUSA 2YKKA 1NOWA 3L4WA 4QLLA 4XUYA 3BH4A 2PWGA 4UQAA 3SCOA 3W37A 2E40A 3NSNA 3VMOA 5FKYA 2YL6A 4P7QA 4WJXA 3WDPP 1GHSA 2J8FA 3IK2A 5A6AA 2ZE0A 5GNXA 3SCQA 5I78A 2ZX6A 4PBGA 4ZE4A 3SIMA 3CMJA 3KL0A 3VGGA 2XVGA 3WNKA 5DMYA 1BYCA 1E4IA 1JF5A 2BVTA 2WZHA 1L0PA 1H3GA 4PMOA 1G94A 2DSUA 2D0GA 4Z2KA 3IANA 1XYZA 3MO4A 4TXEA 4AISA 1QOXA 5I77A 3EMQA 1GPFA 3T08A 3GNOA 4M80A 1KCLA 3ZSTA 4RE3A 2D22A 3PZNA 3VX1A 4JFVA 3ARWA 5I3DA 3WENA 1E3XA 1ZL1A 3IJ7A 3K4DA 1H11A 2PB1A 3M46A 1LQ0A 2OWXA 2GSJA 4HMCA 1UYQA 2OWWA 4GI8A 2DH3A 3LPFA 3TTQA 3GZAA 2YLAA 2DIEA 2Y2WA 2GJXA 2VT0A 3GNPA 2ZX9A 3W27A 1UQYA 1XCWA 3RJXA 4EK7A 3DYPA 4XX6A 2DPEA 4K68A 5IHRA 3SUUA 4W84A 1WPCA 2VX4A 3VMNA 1GOQA 1ZJAA 5CSYA 4AIUA 5AY7A 2D2OA 3L2LA 1HT6A 3WF3A 1WZLA 4HZ6A 4Q7NA 2D23A 1ZBWA 3AHYA 3ZIZA 3A3HA 3I3EA 1DP0A 1CXKA 5A8PA 4MDOA 5JBFA 5CZKA 1WDPA 4H04A 1AMYA 3GH7A 3AHVA 3WFZA 1B3VA 5CPSA 2OSWA 4AZIA 4W86A 4HOXA 1B3WA 3WEOA 3ZR6A 2WWDA 1E6ZA 1JF6A 3EMZA 3BAIA 4ACZB 1JZ8A 2VQUA 2ZUWA 1W3JA 4IPNB 1HVQA 1KGUA 4WK9A 3ZT6A 2D3LA 4OJYA 1P6WA 1V0NA 2JEQA 3OG2A 1QHZA 1UH3A 4W93A 1UHVA 1GQJA 2O92A 1JAEA 3BLKA 1OIMA 2G3IA 3U7VA 5BXRA 2WZEA 3TONA 2J78A 3VGEA 1UOKA 1CXIA 1E5NA 1V03A 3EDEA 1JG9A 5A6BD 4U2YA 3G6MA 3M07A 2QPSA 3BCFA 1AVAA 4WKFA 2Y24A 4DWSA 4WKHA 1W1VA 3OA5A 4AEEA 1E73M 2WNWA 2XPKA 3U7BA 1ECEA 3VIHA 1CWYA 2J79A 3BAKA 3BXWA 2VO5A 5A8OA 3W24A 3RM4A 5CPQA 1OD8A 4DWSC 2XG9A 1O6IA 3M6DA 2G3JA 3ZJ6A 1FHDA 4MNMA 1O7AA 5GQBA 2TAAA 3WQ4A 2XM2A 2NT1A 2BHUA 1E6XM 3VDAA 4KGLA 3VIOA 4P7NA 2VX7A 4UFHA 5CGTA 3MUZ1 1GUVA 1GOIA 2VC9A 1HF6A 4JFWA 3AISA 3E1F1 2WBKA 3WNPA 3WN6A 2A3BA 1HKIA 1L8NA 3TOPA 4F9DA 3AICA 5D9MA 2ZUMA 1VIWA 3WNOA 2J8GA 1SR0A 2WCAA 1SYTA 4OBSA 3CUHA 2VR5A 2WHKA 3I3DA 2G41A 1NWUA 4JAWA 3AXXA 3N04A 1XC6A 4HMEA 3WQ8A 4MAVA 4PRWA 3OB8A 4PUDA 2XSAA 3BMWA 2GUYA 4Q22A 1IV8A 1Q6GA 5IHSA 2WMIA 3IJ8A 1JZ2A 3HU7A 2V38A 2J74A 1G01A 2ZXQA 4AD1A 3N17A 2E4TA 3HMCA 3VIFA 3NDZA 3AIEA 1C3FA 5HPCA 4TUFA 4CCEA 1E15A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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