The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
43
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sequence length |
178
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structure length |
178
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Chain Sequence |
FFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure of the hydrophilic domain of respiratory complex I from Thermus thermophilus.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
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molecule keywords |
NADH-quinone oxidoreductase chain 1
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total genus |
43
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structure length |
178
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sequence length |
178
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chains with identical sequence |
B, K, T
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ec nomenclature |
ec
1.6.99.5: Transferred entry: 1.6.5.11. |
pdb deposition date | 2006-01-26 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
2 | PF01257 | 2Fe-2S_thioredx | Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F8A A; 2F8F A; 6GSS A; 4WBR D; 3K8N A; 4RI6 A; 2LRN A; 1F3A A; 5DJL A; 4TR4 A; 2VLT A; 2PVQ A; 1EV9 A; 1SJZ A; 4V2M A; 2H01 A; 2E2G A; 2YPM A; 1XBS A; 5KN1 A; 4N0V A; 1GSE A; 4RQX A; 3I43 A; 1XWK A; 3CRU A; 2YOI A; 1NSW A; 5EL8 A; 4KH7 A; 1KTE A; 3TJG A; 3TRX A; 5GSS A; 3HHV A; 1AQX A; 3QMX A; 3VWU A; 3G7I A; 4KAE A; 2O8V B; 4F2I A; 2EC4 A; 2LUS A; 4ZL8 A; 3W8S A; 2N5F A; 1FVK A; 3ZLP A; 1FB0 A; 2RUE A; 3J7Y k; 2KP2 A; 4PQH A; 1XWA A; 5CNW A; 1F2E A; 5F06 A; 4WF5 A; 4DSR A; 4XTS A; 3EE2 A; 2C3N A; 1VF1 A; 3P8W A; 4V1A p; 2O85 A; 2PMT A; 4ILF A; 1LU4 A; 5IO2 A; 5CRW A; 3TDG A; 4IP1 A; 2JZT A; 3L9U A; 3W8J A; 2VL2 A; 2LS5 A; 4F03 A; 1YF1 A; 2OBI A; 3L9V A; 5IIZ A; 1I9D A; 1T8E B; 3IBH A; 3NZN A; 2ES7 A; 1QFN A; 3GV1 A; 3DVW A; 4HQS A; 4O92 A; 3O6T A; 5IMC A; 1TJD A; 3HDC A; 5CRH A; 4GWR A; 1M7T A; 4K0N A; 3MAK A; 2QKE A; 5CAX A; 2GDR A; 3MWH A; 3ISO A; 3M9K A; 3C1R A; 2C3Q A; 1U3I A; 2FUG 2; 1BED A; 3H79 A; 2B5Y A; 2PVO C; 1V2A A; 3I69 A; 5IM9 A; 1TDI A; 3GKK A; 4EL1 A; 4EKZ A; 5B6M A; 7GSS A; 1CQG A; 3GYK A; 5ID2 B; 2YJ7 A; 1LJR A; 2LJK A; 4F82 A; 5ABR A; 2C1Y A; 1SJ6 A; 2HE3 A; 3HVX A; 3O76 A; 4NV5 A; 1ZL9 A; 5F07 A; 4KDU A; 2JZS A; 1OC8 A; 3TJK A; 3GFK A; 3CSJ A; 2IIY A; 1TU8 A; 3EYT A; 16GS A; 3F4R A; 5IPG A; 3IAM 2; 4ZB8 A; 3GKM A; 2M80 A; 2CZ3 A; 2MZC A; 4TR3 A; 1G0T A; 4JRR A; 5H5Q A; 3G9B A; 3A5W A; 4NXI A; 3I9V 2; 2HSH A; 2YWM A; 5EPF A; 4E8E A; 4MDC A; 3F3Q A; 1M0U A; 4LLR A; 2DMM A; 2HT9 A; 1O7U A; 5AIS A; 1OKD A; 1R5A A; 5J41 A; 3KMO A; 2MYG A; 3D6I A; 1PSQ A; 4KDX A; 1N8J A; 1RK4 A; 2VM2 A; 2GLR A; 4I97 A; 2ZNM A; 1QQ2 A; 1THX A; 4OFM A; 1QK8 A; 1GL8 A; 2WUL A; 5ECL B; 5C00 A; 1NW2 A; 4ZB6 A; 2R6K A; 1BJX A; 1KBN A; 4ECB A; 5ENU A; 2WGR A; 4KW6 A; 2B5E A; 4MZB A; 1FW1 A; 2VLV A; 2RII A; 4POL A; 2V32 A; 1HYU A; 2B3S A; 4H86 A; 1TU7 A; 4NHZ A; 1QMV A; 3D4M A; 3HJO A; 1T4Y A; 2DJ1 A; 1FO5 A; 13GS A; 2C0E A; 4MH2 A; 3DVX A; 4IVF A; 4HEA 2; 3CTF A; 1OE7 A; 1OC3 A; 5HR3 A; 3LYP A; 1OE8 A; 2K9F A; 2F3M A; 5LCZ A; 4JED A; 4KA0 A; 3DXB A; 1M99 A; 2Z9S A; 4YQV A; 5ECS A; 1XIY A; 4WR5 A; 2XPD A; 2FA4 A; 4IN0 A; 4KSO A; 1PMT A; 2AUV A; 3FKF A; 3VI7 A; 2NBS A; 4L5O A; 3A3T A; 1MDJ A; 1SYX A; 2VD1 A; 4GTU A; 4EVM A; 3DGQ A; 3KXO A; 1FVJ A; 2P5R A; 3W6G A; 3TRP A; 4F0B A; 3HD5 A; 2X99 A; 2GQL A; 4V2L A; 5HR2 A; 2L5L A; 2YWO A; 3TRQ A; 1EGO A; 2VM1 A; 2H66 A; 3UL3 A; 4GST A; 1ZCP A; 5J9B A; 4GLT A; 4HI7 A; 3EWL A; 3BJ5 A; 3VFI A; 3KZQ A; 3LXT A; 2NDO A; 3H93 A; 2FGX A; 4X0X A; 1FB6 A; 1A2J A; 4IEL A; 2VLU A; 3M8N A; 4EE0 A; 3ME8 A; 4WKW A; 1WOU A; 3ZFL A; 3ZVJ D; 1GSU A; 1SK2 A; 2DJJ A; 2IMK A; 4XCS A; 3UIW A; 1E6B A; 3NIV A; 3FZA A; 2VCW A; 2QSI A; 1AQV A; 2HRF A; 3LYK A; 3RPP A; 1WE0 A; 2B5X A; 4OFN A; 3HVS A; 1J0F A; 4GSN A; 3IV4 A; 3LJR A; 2LQQ A; 2BJX A; 4KB3 A; 3EIN A; 5DAK A; 3IRA A; 1MD3 A; 1PX7 A; 3GH6 A; 4OCE A; 3WGE A; 1K3O A; 3SWL A; 4QL9 A; 3TJJ A; 1JZO A; 4BA7 A; 3ZRE A; 1A0R P; 2HZF A; 1GUK A; 1R26 A; 3DD3 A; 2R2J A; 4DSS B; 1SL0 B; 3BCI A; 1I5G A; 1TRW A; 3HYP A; 2L6D A; 4BVY A; 1BYE A; 4IW9 A; 3C73 A; 1SL1 B; 1RQM A; 2G2Q A; 3LG6 A; 3M1G A; 3GTU B; 5CRD A; 1XOA A; 4KCE A; 1AW9 A; 4MJB A; 1IYH A; 1K3Y A; 3CBU A; 1H75 A; 3F6D A; 4BL7 A; 4OFT A; 1XPV A; 4I2U A; 1AXD A; 3KTL A; 4HUA A; 1GSF A; 2VO4 A; 3LXZ A; 4KE3 A; 1VF3 A; 2B7K A; 1WMJ A; 4N10 A; 2CA8 A; 5C04 A; 1OC9 B; 4PGT A; 1M9B A; 4I2T A; 2HZE B; 5LNK e; 1B4P A; 3TJF A; 5ECO B; 3DEX A; 2K8V A; 3U6V A; 4PQI A; 1A8L A; 2GGT A; 1ERW A; 2EIO A; 4HQZ A; 4D73 B; 4K8M A; 5D9W A; 3HJP A; 4POM A; 4TKY A; 4ZXG A; 3VK9 A; 4WET A; 1GTB A; 2PWJ A; 4PUF C; 2XHF A; 2LJR A; 1TXX A; 2O89 A; 3HCZ A; 3A2V A; 3KEB A; 2WZ9 A; 1WWJ A; 1JHB A; 3KD0 A; 3ZVJ A; 1XZO A; 2X64 A; 2IJY A; 3AY8 A; 2GSQ A; 1F9M A; 5CP1 A; 4LA1 A; 2JZR A; 1V40 A; 3FK8 A; 3FY7 A; 1B9X C; 5F05 A; 2JAC A; 2R4V A; 3LQ7 A; 3ZML A; 1XXU A; 4OO4 A; 2VCX A; 2NVL A; 3APS A; 1TTZ A; 4G9H A; 2OKA A; 4ISD A; 2PBJ A; 2J23 A; 4ZL7 A; 4WR4 A; 5A5K A; 4OO5 A; 1AQW A; 3HJM A; 1YZX A; 3J7Y b; 1EOG A; 4TR0 A; 2A2S A; 4TOP A; 1V98 A; 1EP8 A; 20GS A; 4XS6 A; 5F8B A; 2H6X A; 2OBK A; 3E3E A; 3KTB A; 5J4U A; 2RM5 A; 2FWH A; 2OE0 A; 2FA8 A; 2GSS A; 2WJU A; 1TKD B; 2IL3 A; 4TXO B; 3FRC A; 5B6N A; 4I5Q A; 3D21 A; 2DJ2 A; 2EIQ A; 5ECM B; 3ZL5 A; 3ZMK A; 3C1S A; 1XFL A; 3TB2 A; 1SEN A; 1J9B A; 2DLX A; 2OAD A; 3CSI A; 5CYY A; 1MEK A; 2FWE A; 5AN1 A; 3CYN A; 2FWG A; 1H4O A; 4E8H A; 1SU9 A; 4K2D A; 5ECP B; 1K0N A; 1PL2 A; 2GZY A; 1SKR B; 3HA9 A; 2YCD A; 4ULX A; 6GSX A; 1TW9 A; 2V2G A; 3GIX A; 1YY7 A; 4AJ7 A; 2OJL A; 2I81 A; 1FG4 A; 4AGS A; 5B8B A; 3IPZ A; 4MJA A; 2ALB A; 3GHA A; 3QCP A; 3H8Q A; 1PA3 A; 4XRD A; 5J3R A; 2KHP A; 3L78 A; 3WGX A; 2PU9 C; 3DKS A; 1QGV A; 4TN8 A; 5JWQ B; 4TR1 B; 4JR4 A; 3QD9 A; 4OCF A; 4PUA A; 2YV7 A; 2JU5 A; 3GN3 A; 4MK3 A; 1DSB A; 2HSY A; 2CV4 A; 3GTU A; 3PIN A; 1M9A A; 2RM6 A; 2C8U A; 2JL4 A; 4MPF A; 1MDK A; 4J56 E; 3UEM A; 2BMX A; 2R5G A; 3F0I A; 3F9U A; 1A24 A; 1U6T A; 3EMX A; 3UAP A; 3GL5 A; 4BWS A; 2DC5 A; 5EY6 A; 4GXZ A; 3FZ9 A; 2LJA A; 2P5Q A; 1OC9 A; 4EDY A; 3EU3 A; 5DJM A; 1EV4 A; 2HZE A; 2JSZ A; 3IK9 A; 3GA4 A; 3SBC A; 1PQN A; 1S3C A; 2L59 A; 4EXJ A; 4ML6 A; 1Y25 A; 2K6V A; 6GSY A; 4ECC A; 1F3B A; 3M3M A; 5B8A A; 2ON5 A; 3VWW A; 1TI3 A; 5JWO B; 1OYJ A; 3O3T A; 1VGL A; 3RHB A; 2HLS A; 4FYU A; 4JR6 A; 3DWV A; 5D93 A; 1BG5 A; 3UBK A; 5DAL B; 4PNG A; 2FY6 A; 1XVW A; 5G5F A; 5ECQ B; 5DQY A; 2R37 A; 2PUK C; 3P2A A; 4WEY A; 3TKS E; 3A2X A; 4TXV A; 1Z9H A; 1FHE A; 2H0I A; 5GZZ B; 1ZOF A; 2FHE A; 6GSV A; 3EVI A; 3MSZ A; 2H74 A; 4F9Z A; 2DIZ A; 1GWC A; 6GSU A; 5FHI A; 1YQ1 A; 2AAW A; 3GKX A; 4MJE A; 1CQH A; 2GS3 A; 3VWV A; 2ZCT A; 3P90 A; 2H30 A; 4K7N A; 2HNL A; 3VWX A; 3QFB C; 1X9M B; 2FCH A; 5AIV A; 4QL7 A; 4KSM A; 3Q74 A; 1SK0 A; 1HD2 A; 3A2W A; 1MTC A; 12GS A; 1UA5 A; 2VCV A; 3HVV A; 5ECH B; 1HNC A; 2XC2 A; 2IFQ B; 2R3X A; 3L0H A; 2D2Z A; 1TK0 B; 5IMZ A; 4OD7 A; 1T4Z A; 4MZW A; 4RI7 A; 4CHS A; 4GQF A; 4YQU A; 1TRU A; 2AHE A; 1YEP A; 5HFG A; 1GTI A; 18GS A; 4HJM A; 3G7Y A; 5INY A; 2IMF A; 4TXO A; 2M46 A; 4HZ4 A; 5J9C A; 5ELA A; 1B48 A; 1F6M C; 3CXG A; 3LFL A; 2E7P A; 1WJK A; 1XOB A; 4G10 A; 1DE1 A; 1HNA A; 2H76 A; 4JE1 A; 1WRY A; 5B7C A; 2KUC A; 3TUE A; 5IOX A; 5ECI B; 1SKS B; 4IGJ A; 1THO A; 5F0G A; 1G7O A; 1YKC A; 2YV9 A; 1YF0 A; 4ZIL A; 3TJB A; 4ZIJ A; 2P0G A; 2RUF A; 3EMP A; 2VL3 A; 4L5L A; 1O6J A; 2YAN A; 2L6C A; 1BQ7 A; 1X9S B; 2CVK A; 1BX9 A; 1U3A A; 3ZIT A; 3TKR A; 3ERF A; 3KP9 A; 2CZ2 A; 3DIE A; 3M0F A; 3NOF A; 4PNF A; 2GSR A; 2AJQ B; 2L5O A; 3U5R E; 4FO5 A; 3QOU A; 2ON7 A; 1PGT A; 3UVT A; 3IR4 A; 3RPN A; 5KN2 A; 4G2E A; 4DVC A; 4TR1 A; 2OE3 A; 1A8Y A; 2L4Q A; 3RBT A; 3HKR A; 1SD9 A; 1A23 A; 2VCZ A; 5ECN B; 4EF0 A; 5AIX A; 3S9F A; 2OA7 A; 4GF0 A; 3E0U A; 3KIJ A; 4BWQ A; 1PN9 A; 4KCA A; 4NPB A; 1PKZ A; 2MMZ A; 2YN1 A; 2L4C A; 4NMU A; 5IMF A; 3H4K A; 1OVN A; 1PX6 A; 1M2B A; 3RHC A; 4MZC A; 2AYT A; 4IHU A; 1ERT A; 5H5S A; 3HZ4 A; 1MDI A; 3N5O A; 4ZB9 A; 4MP4 A; 4GSS A; 2YWN A; 4OMV A; 5ID2 A; 2TRX A; 4ZL9 A; 4IQA A; 2VCQ A; 4IKH A; 1EEM A; 3D22 A; 5KN3 A; 3TKP A; 3LOR A; 3D5J A; 4ZBA A; 4FYC A; 3PR8 A; 3ZIV A; 5DQS A; 1TK8 B; 4TRX A; 1ML6 A; 2H1A A; 1W89 A; 3QFA C; 2ZUP A; 3ED3 A; 1A2M A; 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1ZYQ B; 4WBJ A; 1JLW A; 2CAQ A; 4EC0 A; 1O8X A; 2LST A; 3APO A; 3FR3 A; 1M2A A; 3APQ A; 3EUR A; 1GH2 A; 1T3B A; 1ZZY A; 2LRT A; 2I9H A; 1B4Q A; 1PL1 A; 3IXR A; 4CDO A; 1K0C A; 4V1A g; 3IAS 2; 2CX4 A; 2FWF A; 2FD3 A; 1TRS A; 3WD6 A; 2N5B A; 2OE1 A; 1TOF A; 3R2Q A; 1X5E A; 2LNT A; 1R7H A; 2HXK A; 2H72 A; 3TKQ A; 2PGT A; 2F9S A; 3C71 A; 2IME A; 2CVB A; 2H73 A; 3FHK A; 3GNJ A; 4DEJ A; 4JBB A; 5A4U A; 3RAZ A; 1EEJ A; 3HZ8 A; 1EWX A; 3D0Z A; 4MPG A; 1EZK A; 4ZBB A; 3GUR A; 4XRA A; 2REM A; 14GS A; 2EIR A; 2KP1 A; 5GST A; 2V6K A; 4YH2 A; 1X5C A; 10GS A; 5D9T A; 4Q5Q A; 5IPH A; 1XWB A; 4DSS A; 4FIW A; 1B9Y C; 1O85 A; 3PH9 A; 4PXO A; 4G19 A; 2VAF A; 5GAN D; 3LSZ A; 3QAG A; 1TK5 B; 2TRC P; 3TCO A; 2WCI A; 1V57 A; 4MAB A; 2QC7 A; 3KH9 A; 4L0U A; 5LD0 A; 2CVD A; 3UMA A; 2MMA A; 1K0O A; 1GUL A; 22GS A; 4AF2 A; 2CAI A; 1SYR A; 2GVP A; 4ECI A; 3GST A; 3ERG A; 1OAZ A; 1TRV A; 2PN8 A; 2A4V A; 2V6O A; 4FH8 A; 3CRT A; 1X0R A; 4Q5F A; 1K0D A; 3BD2 A; 3UAR A; 1Z6M A; 5DAK B; 1A0F A; 4IJ3 A; 1QXH A; 1ST9 A; 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