3IAM2

Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, reduced, 2 mol/asu, with bound nadh
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
179
structure length
179
Chain Sequence
GFFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for the mechanism of respiratory complex I
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
total genus 44
structure length 179
sequence length 179
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.6.99.5: Transferred entry: 1.6.5.11.
pdb deposition date 2009-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1590 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3iam201
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3iam202
3BBYA 3MWHA 1WOUA 1Q4JA 1PRXA 3RPNA 5HR3A 1U88A 2H1BA 1BEDA 2VUPA 4NPBA 1YEXA 1BQ7A 2HLSA 4J2FA 4K1FA 1ZCPA 1NHYA 1LJRA 2DIZA 1F6MC 5D9XA 1YF0A 2VLTA 5JCWA 1EGOA 4JR4A 3M3MA 4ZL8A 3GNJA 1ZOFA 5CAXA 2I1UA 5HR1A 1T4ZA 5IMVA 5IMFA 1AQVA 2LUSA 5JCGA 1TRVA 3O76A 2MMZA 1OC9B 3H4KA 4EDYA 3HDCA 2CT6A 2JZTA 4XIHA 3ZTLA 1J9BA 3BCIA 4KGIA 1U3IA 5KN1A 3UOMA 3NOFA 3UVTA 3GHAA 1U87A 4EE0A 3QPMA 2WFCA 2FA4A 3KEBA 3LYKA 5IIZA 3UBLA 1SYXA 4I97A 2LRCA 2X8GA 1SJZA 2HSHA 1TK0B 1BAYA 1A8LA 3MNGA 3N5OA 1SYRA 2H19A 1YQ1A 1G7EA 2K8SA 1FB0A 1YEPA 3IAM2 1MDIA 4MH3A 3I69A 1V40A 2CZ3A 2V1MA 2IFQB 3FY7A 2YPMA 1B4PA 4RQXA 3DIEA 2D2ZA 2VD0A 4HQZA 2GLRA 2NVLA 4N10A 1PN9A 2MMOA 4IP1A 2R4VA 3QAWA 3P90A 2VCZA 3GTUB 2H6YA 1SL2B 2IN3A 2PN8A 5ELAA 3F3RA 1GSFA 2MYGA 4HDEA 3F4RA 1LU4A 3EU3A 4WR4A 2H75A 1GSDA 1PX6A 5L71A 3PR8A 6GSTA 1Y6EA 3BD2A 3LG6A 2CA8A 2IIYA 2CVDA 3TJJA 1T00A 2I81A 4YH2A 1GL8A 1SD8A 1T7PB 5ID2A 3QFBC 1N2AA 2TRCP 1LBKA 3TKPA 1KEBA 3EC3A 2V6KA 1OVNA 4NHWA 3A2WA 1THOA 4YQVA 1M9AA 4OD7A 4TR3A 4Q5FA 2FCHA 3FEUA 4V1Ag 1XWGA 2GSRA 2C8UA 5DBQA 1T4YA 4XS4A 1ON4A 4WF4A 3TJGA 4DVCA 1ERWA 3P7XA 5J4UA 5KEJA 1A0FA 4EDZA 2VM2A 4YAPA 1HNAA 4OCFA 5J5NA 2FWEA 2FLSA 2C3QA 5HFKA 3A5WA 2AHEA 1F2EA 4KDYA 1ABAA 4K7IA 5AIVA 2ON5A 2Z9SA 2HSYA 1F37A 1K0DA 1GH2A 2P31A 5D9TA 1GP1A 3VK9A 4HU9A 2PUKC 1KBNA 4HZ4A 1GNEA 1TI1A 2WDUA 4X0XA 5JWRB 1XCCA 4MJEA 4DEJA 1BX9A 16GSA 2B6MA 3ZVJA 3APSA 4JBBA 20GSA 1USBA 2H1AA 1THXA 2HXKA 4GTUA 3ZL5A 1JFUA 2LJRA 2V32A 3J7Yb 5JCUA 1MTCA 3C7MA 3HCZA 4X1UA 1HQOA 2LRNA 2RIIA 4N30A 3APOA 1MDKA 2L59A 4P3YB 3IR4A 5J9CA 4ID0A 3HVVA 3IOSA 2CVBA 3S9FA 1K0NA 1AQWA 5IO0A 2J9HA 3UVHA 2NBSA 4D73A 2DJ2A 2F8AA 2H66A 3TJKA 3C73A 2B1KA 4MJBA 4L0UA 4G2EA 1H4OA 1KNGA 2XPEA 4OFTA 2PERA 3KIJA 1O8WA 1G7OA 2JL4A 4DSQA 4IJIA 3U5RE 1HNCA 1EV9A 2B7JA 1MDJA 4AJ6A 4K7OA 4ZBDA 3FR3A 2H0GA 1TK5B 3QFAC 1WWJA 1OE7A 1S3DA 2H6XA 5IPHA 4PNFA 4I5QA 1Z7RA 4HQSA 5DCGA 3QCPA 5LD0A 5C00A 2GSSA 4ML1A 1QFNA 5ECPB 4PQHA 1J0FA 2QSIA 4TXVA 1EV4A 3QOUA 4HJ2A 3RPPA 3UAPA 4FYBA 4F9ZA 1JZDA 4XHMA 4EXJA 4ZB9A 1XWKA 2O7KA 2AB6A 2ZNMA 5G5FA 4DSRA 3IAS2 3LSZA 3DMLA 4H86A 3G7IA 3IV4A 2OE3A 4EKZA 2PBJA 1B8XA 4EL1A 4ZXGA 3FZ4A 3D22A 1FOVA 3GIXA 4K2DA 5AGYA 4ISDA 3HJOA 1RQMA 1K3OA 2K8VA 2VL2A 5IMCA 5IPGA 4GQCA 4KH7A 1CQHA 3UL3A 2QGVA 2F8FA 2B5YA 1XW6A 2VLVA 2VL2C 3C1RA 2IPAA 3FYGA 3TJBA 3VI5A 1ZL9A 1QK8A 1UC7A 1OC9A 5ABRA 3EMXA 5D93A 1AUCA 2LV3A 3LORA 3A3TA 2H1DA 3ZVJD 1YJ6A 3PH9A 1GUMA 3Q74A 2GDRA 2I3YA 1A23A 2RUFA 4V2LA 5KN3A 3TOUA 2OA7A 4JU5A 2HYXA 1XWAA 1O73A 5ECKB 1B9YC 4IN0A 4IP6A 4G19A 2FD3A 5DVBA 2RUEA 4HZ2A 2ZUPA 4TXOB 5AIXA 2L6DA 3M8NA 3EYTA 1ERUA 5A4VA 3DWVA 1GRXA 2GSTA 1A2MA 5C04A 1G6WA 4MABA 6GSYA 1XWCA 3RHCA 2IFQA 4BWQA 5DDLA 3KH7A 1HNBA 4TKYA 5D8IA 4WR5A 4POLA 5B8AA 2VCWA 3DKSA 4WF5A 4HU7A 2O87A 4I6XA 1QGVA 2V41A 2ALBA 18GSA 7GSSA 5AN1A 5G5EA 1U6TA 1WRYA 5JWQB 2RM6A 1TU8A 2GZZA 4I8BA 3EURA 4MP4A 3GTUA 2IMKA 4JEDA 2O85A 1IYIA 4KB3A 1PD21 3LXZA 2LTKA 5HQPA 3VWWA 1O85A 2YOIA 1SD9A 2L6CA 3ISOA 4OO5A 3DVXA 2FY6A 3ZFBA 1B48A 5DQSA 4ECBA 4O7HA 1WE0A 4Q5RA 2M80A 3FR6A 1Z3EA 4RI6A 4IGJA 4MDCA 4NV5A 3C8EA 2F3MA 5GZZB 4KCEA 5J3RA 4F0CA 5ECHB 3M1GA 3HKRA 4TR1B 11GSA 1BJXA 3DGQA 2PWJA 5H5SA 3ZZXA 2DIYA 5F06A 3OR5A 3L0HA 3ZITA 5EPFA 1TU7A 1GSQA 4NWYA 5GAPD 2X8CA 2MMNA 2AUVA 2B7KA 1MD3A 4QL7A 3GSSA 1R5PA 4F03A 1AAZA 3CSIA 3VWUA 2PVQA 4IVFA 4XS1A 2NPBA 2OACA 2PMTA 5GSSA 2GT5A 2E0QA 1TK8B 3FZAA 4AJ7A 5FT3A 2DJJA 1JZOA 1J08A 2ON7A 2HNLA 2O89A 2XPDA 4X43A 2HRFA 4PX1A 5DJLA 2H73A 3VPTA 3D6IA 3D5JA 1BG5A 1R26A 1TJDA 1PX7A 2HI7A 4JR6A 1ACVA 4GSTA 2YCDA 3UARA 3GV1A 2VO4A 5EY6A 3HA9A 4WETA 1FVKA 4DSSB 1WJKA 2KP2A 3DYRA 1FW1A 4MPFA 1QXHA 1XIYA 2M72A 3E9JB 4AGSA 2CX3A 2R3XA 5JWOB 1JZWA 3ZIJA 2CQ9A 1W89A 4LL4B 3Q19A 4KCAA 3IE3A 2P0GA 2H71A 5ELGA 3TJFA 1OKDA 4L5LA 2YWMA 4F82A 4OFMA 4ZB8A 3KXOA 1XWBA 4ZIJA 3L4NA 2PPTA 8GSSA 3HHVA 2JSZA 1K0MA 4NXIA 4BVYA 1TKDB 4GQFA 3ED3A 5DAKB 1SU9A 1SK2A 3LYPA 4Q5QA 4CHSA 5ECLB 1WIKA 2H0HA 1PKZA 9GSSA 2X99A 3A2VA 2YWIA 3QMXA 1VF2A 2V6OA 2F9SA 5IM9A 1M2DA 2WCIA 1G6YA 5CRDA 3H79A 2H0IA 1GTBA 2N5BA 3LWAA 3IBHA 1FAAA 4ILFA 4MZBA 2VOCA 2X8HA 2WZ9A 5D96A 2DMLA 3F8UA 4RQRA 2CVKA 3KTLA 4MZCA 2KOKA 1GLPA 4WBJA 4IQAA 4FO5A 2TIRA 3M0FA 3CRUA 4EVMA 3ME7A 5IOXA 5G1KA 3TKQA 1ZZYA 3GRXA 5D73A 2YV7A 3CMIA 4TOPA 1SKRB 4QL9A 1QMVA 1TTZA 3TRXA 3FZ9A 3D21A 3GSTA 1FB6A 4WXTA 4O5RA 1EEJA 3KCMA 5DALB 3AY8A 2B5EA 3GKXA 1GUHA 2IWTA 5B6MA 2DMMA 3VPQA 1XOBA 2GQMA 4PUFC 3BJ5A 4CW9A 4E8EA 1DUGA 3NZNA 5ECMB 4KNDA 1TW9A 4G10A 1U3AA 2H6ZA 4Q5NA 4K0NA 3FR9A 4V2NA 2EIQA 3GMFA 3H1NA 3C71A 2VL3A 1HYUA 3IDVA 4MF6A 3RHBA 3CXGA 4LA1A 2RLIA 3MSZA 4AJ8A 3D4MA 4FYCA 4TXOA 3EVIA 1X5EA 3IC4A 4J57E 1GLQA 3HD5A 1HD2A 3W6GA 14GSA 2LSTA 1XXUA 1NSWA 5J41A 1ZYQB 6GSWA 1SL1B 2LJAA 1WMJA 4KUNA 3CSJA 1XFLA 3H8QA 1V98A 3F6DA 3DVWA 1M2BA 5FHIA 2AV4A 4XS6A 5HR0A 3RDWA 2H8LA 3TKSE 3CRTA 3TKRA 3BCKA 1H75A 4NV2A 3RAZA 2GS3A 2VIMA 3IPZA 2FHEA 4GCIA 3ERGA 5COHA 1A8YA 3GURA 2MZCA 1ERTA 2KHPA 1OC3A 4IHUA 1A24A 4EO3A 1NHOA 4POKA 4PNGA 4RI7A 1XVQA 3LJRA 2HZFA 2K18A 4KSMA 4BPYA 4L5OA 2LS5A 4L0WA 3FW2A 4CDOA 4POMA 4TR1A 3F3QA 2KUCA 1NM3A 3F9UA 3EINA 6GSVA 3NIVA 1AIUA 2LKUA 1SENA 2YNXA 1GSSA 4TVEA 4GF0A 3WGXA 5INYA 3RBTA 2J23A 4OFNA 1AC1A 5D9WA 5DCHA 4POBA 1JHBA 4XRAA 5E59A 1G0TA 1YDKA 1Z6MA 3APQA 4PQIA 1K3YA 2HE3A 1XW9A 3TKSC 4OWYA 5G31A 1SL0B 4GSNA 1GUKA 2C0DA 1M0UA 4L8EA 1M2AA 3P2AA 3KH9A 4V1Ap 5E4WA 2CV4A 5IQYA 5EVOA 1TRSA 1O6JA 1GNWA 4YAVA 1Z9HA 2LQOA 5G1LA 2BJXA 1K3LA 4MJAA 1X5DA 3CBUA 3Q18A 2L57A 5AISA 1GTIA 2PU9C 1FG4A 1K0OA 4GXZA 3K8NA 1WP0A 4HUAA 4DSSA 2XC2A 2XBQA 4EF0A 5ECRB 2CAIA 3GYKA 1OE8A 4I2TA 4GSSA 2MBTA 1W4VA 2VAFA 3V1WA 1AQXA 2ES7A 1NW2A 2B3SA 1SK0A 3FKFA 3J7Yk 2OKAA 3HY2A 3WT2A 2VM1A 2IJYA 3F4TA 2XBIA 4XCSA 4NHZA 3LFLA 6GSSA 1Z5YE 1IYHA 5ECQB 2GZPA 2CZ2A 5IMDA 4LL1B 2XHFA 4WKWA 4F0BA 5D9VA 1RK4A 4K0GA 3G7JA 3TGZA 3F0IA 4MF7A 3E0UA 5DAKA 3FK8A 2C0EA 4GRFA 3ME8A 3ZRDA 2DSAA 4G9HA 3VI7A 2HT9A 4KSOA 3MAKA 3DXBA 2H1GA 2P5RA 2I9HA 4IELA 4HEA2 1M99A 4BWSA 4MMMA 4TR0A 1DBYA 1ERVA 5A5KA 3TRQA 1V57A 2E7PA 4J56E 1EP7A 2BTOT 3SWLA 1FVJA 4ECJA 2OE0A 2YJ7A 3A2XA 1VGLA 4MLYA 1E2YA 2LQQA 1MD4A 4MJCA 1X9WB 2IL3A 5B6NA 4MZWA 2HFDA 4XTSA 1WPIA 4TR4A 2LEGA 5HFGA 10GSA 3EWLA 2DJKA 3P8WA 1DE1A 1R7HA 1EZKA 3G7YA 2YN1A 3CTGA 1A0RP 1Z7PA 2N5AA 1K0AA 4YQMA 3N9JA 2A2RA 4K6XA 1FO5A 4ULXA 1EP8A 4FIWA 4O32A 3LXTA 3GUSA 1YKAA 2C0GA 4HI7A 3ZYWA 2FA8A 1MEKA 5DALA 2H30A 4MA9A 4TN8A 2DC5A 4IJ3A 3O6TA 3DRNA 3US3A 3WGEA 2CAQA 1SJ6A 2OBIA 17GSA 5FWGA 2C3TA 4MPGA 2H74A 4KX4A 1YKCA 1SJIA 3GA4A 3QAVA 3KGKA 4KDXA 1CQGA 4BA7A 5IMZA 1C72A 3CSHA 4I2UA 1X0RA 2QKEA 4O92A 2WJUA 3L9UA 2GQLA 5ECSA 1PQNA 4ZB6A 2KP1A 3EMPA 2H72A 2EC4A 2MMAA 4JE1A 2TRXA 2LRTA 2YV9A 1M7TA 2HZEB 1JLVA 1XPVA 2L5LA 3FHKA 1AW9A 2C1YA 5G30A 4HOJA 1XOAA 2FWHA 3HXSA 5EL8A 1PMTA 4OO4A 2OBKA 3ERWA 4FYUA 5HFIA 3GFKA 4PUAA 2GSQA 1B9XC 3UBKA 3PGTA 3KD0A 3FRCA 3I6AA 4XRDA 4OMVA 2YANA 2M46A 3TB2A 1V9WA 2OE1A 4PQ1A 2L5OA 3ZIVA 3LEFA 2NTOA 2RM5A 1PGTA 2IMDA 2ZCTA 2JACA 3LQ7A 2YJHA 1X9SB 3GL5A 2REMA 3DEXA 1I9DA 3O3TA 3WT1A 1EOHA 1Y25A 1YZXA 1DSBA 3VURA 3IRAA 3I43A 1PL1A 2H01A 3Q6OA 1BYEA 1ZGNA 4Z7XA 2JZSA 3PINA 5ECIB 5J9BA 4MH2A 3VWXA 1N8JA 1JLWA 1VF1A 4ZBBA 2MBSA 2PVOC 3HVSA 2IMIA 4ECCA 3UEMA 3WD6A 4PGTA 3KP9A 2R5GA 3F4SA 5HR2A 4E8HA 2KLXA 2DJ3A 3D0ZA 4K8MA 1SK1A 1ST9A 4KW6A 3VWVA 1VRSD 3ERFA 1O8XA 2FWFA 1QUWA 2WULA 3DD3A 4JRRA 4KAEA 3GL3A 1SKSB 3GKKA 2HRNA 5F05A 2E2MA 1ILOA 3HYPA 1S3CA 5CP1A 1K0BA 3BOAA 4TW5A 3KTBA 3ZFLA 5CRGA 1EWXA 2O8VB 3WGDA 1GSEA 4FH8A 1ZYEA 1OKTA 2YZUA 4HS1A 2GT6A 5CRHA 19GSA 3KP8A 1T1VA 5CNWA 4PXOA 4AF2A 3UJ1A 2FUG2 4BL7A 4JZQA 3R2QA 2K9FA 4GLTA 3QAGA 5ECOB 1B4QA 5LNKe 5IO2A 2LNSA 3CTFA 2F51A 2CX4A 1YY7A 2EIOA 1TRWA 1V2AA 3KMOA 3GKNA 4GWRA 2H70A 1EOGA 2L4CA 5IMAA 2EIRA 1TDIA 2R2JA 1ML6A 1XBSA 3IK7A 3G9BA 2K6VA 2JADA 4NMUA 1O7UA 2VD1A 2VL9A 3H93A 4F2IA 2OJLA 2A4VA 1RW1A 1Q98A 3L78A 1ZMAA 2QC7A 4V2MA 3GH6A 3FZ5A 3L9VA 3W8SA 4OCEA 4TRXA 4KA0A 3U6VA 2DJ1A 2V2GA 2FWGA 1K0CA 3HZ4A 1OAZA 2NDOA 3ZMKA 3M9KA 1YF1A 5DJMA 5F0GA 1T3BA 3QR6A 4MK3A 4QQ7A 3HVXA 3TRPA 3IHQA 3UMAA 3CYNA 3D4TA 2L4QA 1PA3A 5A4WA 3JCML 1M9BA 1XW5A 1F9MA 1T8EB 4IS0A 2G0FA 2WS2A 5DQYA 2GGTA 3E3EA 2LJKA 3QD9A 1GSYA 2P5QA 5KN2A 2C80A 2GZYA 3GKMA 5H5RA 3TDGA 3VLNA 12GSA 3TKSA 3UIWA 1FHEA 4WEYA 1UA5A 3EE2A 1VF4A 5GAND 4EC0A 3ZMLA 1TI3A 2IMFA 2N5FA 1E6BA 4LMVA 3L9SA 3LGCA 2LNTA 1O81A 3IA1A 1UVZA 4ML6A 4MF5A 1XVWA 2VCXA 4HJMA 4ACSA 3VFIA 4KDUA 2VCQA 2IMEA 3HJPA 2I4AA 3TCOA 1URMA 5CRWA 3M9JA 5H5QA 5ID2B 2VCVA 3QDNA 2VCTA 1JZRA 2AYTA 1UN2A 4IQ1A 1R5AA 5F07A 2VLUA 2DJ0A 3WYWA 4IW9A 2GVPA 1SKWB 5IOWA 4ZL7A 22GSA 4N11A 1OC8A 2YZHA 4XS4B 1X5CA 5CREA 2GQKA 1F3BA 1V58A 3HZ8A 2YWNA 2HZEA 5LCZA 4EUYA 3GX8A 4NAXA 1GTUA 4K9ZA 4KE3A 1QQ2A 2G2QA 1A2JA 1EGRA 3MDKA 1A2LA 2C3NA 1GWCA 4ZILA 2FGXA 2E2GA 3W8JA 4K7NA 5CO3A 1GTAA 1PSQA 2DLXA 4ECIA 3F6FA 5B8BA 5B7CA 3F63A 3IK9A 5CYYA 3KM6A 3KJYA 1XZOA 3TUEA 1I5GA 2JSYA 4LMWA 1S3AA 2A2SA 3ZREA 2B5XA 1X9MB 5ECNB 1GSUA 2JU5A 2DBCA 3KMNA 4LLRA 5F8BA 3GH9A 6GSUA 3EU4A 5G2ZA 5ENUA 1VF3A 2GTUA 3IXRA 2FNOA 3SBCA 3I9V2 1Z6NA 3GN3A 4N0ZA 2C0FA 4D73B 2YWOA 1EEMA 1F3AA 1PKWA 5A4UA 4ZBAA 3KZQA 2BMXA 2C4JA 4WBRD 1PL2A 2R6KA 1TOFA 4ZL9A 3C1SA 2H76A 2PGTA 2WGRA 2WB9A 1AXDA 4BVXA 5GSTA 4PURA 4IKHA 1TXXA 5KN0A 2JZRA 1GULA 2X64A 2OADA 2AJQB 3HJMA 3ZLPA 6GSXA 4IBPA 2B1LA 2YP6A 4YQUA 1OYJA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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