3IAS2

Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 4 mol/asu, re-refined to 3.15 angstrom resolution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
FFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
publication title Structural basis for the mechanism of respiratory complex I
pubmed doi rcsb
molecule keywords NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
total genus 50
structure length 178
sequence length 178
chains with identical sequence B, K, T
ec nomenclature ec 1.6.99.5: Transferred entry: 1.6.5.11.
pdb deposition date 2009-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1590 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3ias201
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3ias202
3ZVJD 2VL2C 1MEKA 3D0ZA 2LUSA 3EYTA 2PPTA 2CV4A 5B8AA 5G5EA 1Z9HA 1E2YA 2IMEA 1SK0A 1NW2A 2R4VA 2NBSA 3FHKA 2H70A 2H0GA 3CYNA 3IK7A 1WRYA 1AQVA 16GSA 1F9MA 2B7KA 2MMNA 5D73A 2DIZA 4FYCA 4RQRA 2EIOA 3IRAA 1M2DA 2VAFA 5ECHB 2V32A 2FWFA 1ZCPA 1GSUA 5KN1A 1MDIA 3RBTA 1XW5A 3US3A 2P0GA 3L9SA 2L5LA 5FWGA 4TR3A 2YWNA 3N9JA 4N0VA 4V2MA 4PQHA 3LGCA 4J2FA 3LXTA 1BEDA 3WGDA 1XPVA 5LNKe 4GTUA 2ALBA 4MJCA 1G0TA 1FVJA 3MWHA 5CRDA 1X9WB 1XBSA 3I9V2 3GH9A 1TRWA 3TKSC 3ZL5A 4IQAA 3HD5A 1JZWA 2H0HA 1R5AA 1IYIA 10GSA 1H4OA 1VF4A 12GSA 1NHYA 1EOGA 3I43A 3L4NA 1TTZA 3PH9A 2WRTA 3F3RA 2AUVA 2RUFA 1XFLA 1KEBA 3KXOA 3PINA 4H86A 4FYUA 6GSXA 1LU4A 1GSFA 3DWVA 2Z9SA 4KCEA 4GSSA 2AJQB 1Z6NA 3ZZXA 1FB0A 3ME7A 4YQMA 3VI5A 4WR5A 3CTFA 13GSA 2WS2A 4Q5FA 3ZIJA 3ZRDA 1S3AA 1JLWA 3VLNA 3ERFA 2FD3A 3GYKA 3EE2A 3Q19A 2GZZA 4WR4A 1WOUA 2X99A 2YPMA 3CBUA 3TKSE 1A8LA 1UC7A 4MH2A 3M9KA 3KP8A 3P90A 2NDOA 3IE3A 3O76A 3U6VA 5HFGA 5DALB 5GAND 1YF0A 3BCIA 2I81A 5GAPD 3GKNA 4MLYA 1J08A 2JADA 4I6XA 5LD0A 3UBLA 4DSRA 2IN3A 3KTBA 1TKDB 4JBBA 3GHAA 2R3XA 3TUEA 3F9UA 4POLA 4BVYA 5DAKA 3FZAA 3RDWA 1KTEA 4POBA 4AGSA 2C0GA 2FHEA 3QAVA 3A2VA 5EVOA 3DRNA 4N30A 5CYYA 2DJ1A 4EF0A 22GSA 3D21A 3LWAA 4Z7XA 1XWCA 2VUPA 2IPAA 1PSQA 1XW9A 1B9YC 2H75A 4ECJA 5G1LA 4IELA 3F0IA 3CMIA 2GGTA 2K9FA 5A4VA 2HRFA 2YJHA 2PUKC 1ERVA 4KSOA 1TU8A 1BAYA 1K0DA 3GTUB 1C72A 3KD0A 5INYA 1XWGA 1MTCA 4EC0A 3IHQA 2HZEA 3KEBA 5ECPB 3LJRA 5AGYA 2XPEA 2ZUPA 2FUG2 4ZL7A 2R2JA 2F3MA 5IMFA 1GSEA 5G1KA 4GSNA 3CSHA 4DSQA 1GUMA 3LSZA 3HVVA 1ZZYA 3KMOA 2L4CA 5IMDA 4AJ8A 2BMXA 4Q5RA 3HXSA 2HSYA 3IBHA 2QC7A 4BVXA 4G10A 3UBKA 4KX4A 5GZZB 1N8JA 1SENA 1MD3A 5GSTA 2A2SA 3HJPA 5H5QA 2PBJA 2PERA 1A2MA 2X8HA 1BQ7A 2ON5A 6GSYA 4PGTA 1ERTA 2FNOA 3RPPA 1PX6A 1OC9B 4IS0A 4XCSA 5JWRB 18GSA 4MCUA 5F8BA 3L78A 1XIYA 1K0AA 4IQ1A 3IOSA 3ZYWA 2G0FA 4MZCA 4YAVA 2VCWA 4E8EA 3QPMA 4OO5A 3LQ7A 5ECIB 3IK9A 3VWWA 4FIWA 4IGJA 3EMPA 1QXHA 3HJOA 2B7JA 2OACA 2LV3A 1O73A 4CDOA 1K0NA 5D9WA 2N5BA 4EL1A 2H1BA 5DBQA 5H5RA 1Q98A 1U3AA 3W8SA 4LL1B 3M1GA 4PXOA 3WT1A 4NHZA 2X8GA 4TR1A 1GTIA 1U87A 4ZL9A 5GSSA 3ME8A 1GNWA 4I8BA 4JR6A 4ML6A 1F3BA 1PQNA 5IMAA 1Z5YE 4IP1A 5HR3A 1THXA 3QCPA 1R4WA 2IMFA 3IXRA 2EIRA 5JWQB 5F05A 3TKRA 2GS3A 1TI3A 5IOXA 4KAEA 2IFQB 3P2AA 3TKPA 4F0CA 1VRSD 3SWLA 2CQ9A 2JACA 2DMMA 1F3AA 1TW9A 1RW1A 3G7JA 3GURA 2C3NA 4NAXA 1I9DA 5ECSA 2KP2A 2LEGA 2X8CA 3UARA 4KNDA 5DCHA 3SBCA 3FY7A 5DJLA 2I9HA 1H75A 5KEJA 3EU4A 2C8UA 3EMXA 2FWGA 2B5XA 3CSIA 2R6KA 2VCQA 1XXUA 3NOFA 1B48A 2QKEA 3L0HA 3G7YA 1T8EB 2GSTA 1OKDA 4TR0A 4G2EA 5IQYA 4EVMA 4V1Ap 4RQXA 4YH2A 2ON7A 1XVWA 4PQIA 4TRXA 2R37A 3M0FA 4HDEA 3TJFA 3VWVA 1A0FA 1M7TA 3BJ5A 5FT3A 3D5JA 1QGVA 1S3DA 3UVHA 3KM6A 2OA7A 5IM9A 1PN9A 2C3QA 4TR4A 1AUCA 2MMZA 4WKWA 1M9BA 3VWXA 4K9ZA 1FHEA 1SK1A 3GX8A 3GSTA 5ID2B 3RAZA 2AV4A 3HJMA 4HQSA 1X9MB 1HNCA 4N11A 3CRUA 4QL7A 1A8YA 3DEXA 3KH7A 2VLUA 1WJKA 2RIIA 4XHMA 1ILOA 2C0DA 3DMLA 4LA1A 2HLSA 1E6BA 4XIHA 3ZIVA 4WEYA 4OFMA 1GLPA 1V40A 1WE0A 2IIYA 4TOPA 5IOWA 2O89A 4NMUA 4PUAA 4OMVA 3HYPA 4XS6A 4EKZA 4TKYA 1ZYEA 3OR5A 3H1NA 3LXZA 3WGEA 3W6GA 3S9FA 2GDRA 3VPQA 4MPFA 1UVZA 5IIZA 4ZB6A 1VF3A 1B4QA 1T3BA 2H6XA 1O81A 4PURA 1BG5A 2GSSA 4MPGA 4D73A 3U5RE 1SD8A 1SYRA 1LBKA 3I69A 3F63A 4RUVA 2HXKA 3GIXA 4JZQA 3A5WA 3M9JA 1YQ1A 2O87A 3G7IA 4KW6A 1EWXA 4J57E 4KB3A 4XRDA 3UIWA 1GSSA 4OO4A 3FK8A 2M72A 4BPYA 2IL3A 6GSSA 2AYTA 4IW9A 4N10A 1XOAA 2CZ3A 4IP6A 1M0UA 1I5GA 2HI7A 1U6TA 2DLXA 3VI7A 4YQUA 2KUCA 2CVKA 3F6FA 3TKSA 1TI1A 5ABRA 1G6WA 1EOHA 5ENUA 5HQPA 4MZBA 2LNTA 4JEDA 2GZPA 3C73A 3GV1A 1XOBA 3GKXA 4TXVA 3Q74A 1TRUA 3LORA 5JCWA 2YWMA 4BL7A 2MBSA 3F4SA 1V58A 3VURA 3IR4A 4POKA 2JSZA 3W8JA 4GRFA 1TP9A 4IJ3A 5EY6A 1YKAA 4PUFC 2WB9A 5F06A 3GKMA 2P31A 3ZFLA 1G6YA 2OKAA 4KDYA 4CW9A 3O6TA 5LCZA 1G7OA 3QFAC 1B8XA 3GSSA 1SYXA 5IMVA 1FAAA 1CQGA 1XWBA 2HRNA 3F4TA 2H19A 2LS5A 1FG4A 2GQKA 3MDKA 4ACSA 3CTGA 5AIXA 4XS4A 1Z6MA 3APSA 1ZL9A 4NHWA 4CHSA 2O7KA 1QUWA 4ID0A 1GLQA 5F0GA 1TJDA 5C00A 2TRCP 2H76A 3EWLA 4IJIA 1FVKA 2H1GA 1NSWA 1GSDA 4EDYA 2RUEA 1GULA 2C4JA 2LRTA 2V2GA 1JLVA 5A4UA 2B1KA 1PMTA 2CT6A 2H6ZA 5ECMB 5HFIA 2P5RA 5CP1A 3J7Yb 1SJZA 3H93A 1SK2A 1JZOA 2YWOA 2R5GA 3KMNA 4K0GA 3ZITA 3BCKA 1B9XC 3QFBC 2HSHA 3GKKA 4L0UA 4I5QA 4G9HA 1A2JA 2KOKA 3ZREA 3TOUA 1O8WA 2YWIA 1PKZA 1ZMAA 1ZGNA 3DVXA 2PU9C 1QQ2A 2FCHA 5ECLB 5ELAA 5C04A 4KH7A 2CA8A 4MP4A 3IAM2 4ILFA 3K8NA 2V41A 2J9HA 4F9ZA 1AXDA 3HDCA 5DAKB 5CAXA 2LRNA 4K7IA 4MK3A 6GSWA 4LMWA 4RI6A 1ABAA 2K8SA 1BX9A 1EEMA 2DSAA 2VLTA 2YZHA 4ISDA 5DQSA 5DVBA 1OC8A 1EV4A 3KTLA 3PR8A 2B3SA 5DQYA 2CAIA 4ZXGA 4HU7A 2X64A 3QMXA 1TU7A 2OE0A 3TCOA 3ED3A 2H01A 2TIRA 3GFKA 1TRVA 2MMOA 2HNLA 1OYJA 2HZEB 2C1YA 4L0WA 4POMA 2JSYA 3MNGA 1GRXA 5JCGA 4I97A 1Y6EA 4OFTA 3TRXA 2RLIA 1K0MA 2K8VA 4GCIA 4FH8A 3C1SA 5CRHA 4MJEA 5DDLA 3FR6A 4F2IA 1URMA 3WYWA 2V6KA 2WZ9A 2WDUA 2VCZA 3MSZA 5JWOB 3QAWA 4EE0A 3Q6OA 4NPBA 2H72A 1SL2B 3WT2A 4ZB8A 1S3CA 2HFDA 4IKHA 1T4ZA 4JE1A 3JCML 5IO0A 3AY8A 3GX0A 4K2DA 2OADA 3APQA 5KN0A 3HKRA 4IBPA 2H30A 1M9AA 2DJKA 2WGRA 4IHUA 3HZ4A 3GN3A 1UN2A 2DJ0A 5ECQB 3F4RA 4F03A 5FHIA 4NV2A 4TXOA 3M8NA 3D4MA 3FZ9A 5KN3A 4TW5A 3FEUA 2KLXA 5J9CA 1XWAA 3FR3A 1Z7PA 4KGIA 4V2LA 4AJ7A 2TRXA 4X1UA 3UMAA 2H6YA 4EUYA 1T1VA 4HJ2A 1Y25A 20GSA 14GSA 4TR1B 2EIQA 5A4WA 1OC3A 1HD2A 1T7PB 1EGRA 4L5LA 2H1AA 3EURA 1SL1B 4JR4A 1SKRB 1J0FA 3GA4A 4RI7A 4KE3A 3V1WA 19GSA 11GSA 4TN8A 7GSSA 1W89A 1W4VA 1NM3A 2YZUA 1EGOA 3PGTA 4BA7A 2I3YA 4P3YB 2XBIA 1JFUA 5F07A 1O6JA 3LG6A 4ZBBA 4K7OA 5COHA 4DEJA 3HZ8A 2YANA 4F82A 4IN0A 3FKFA 2P5QA 1GTUA 1NHOA 2N5FA 1TK8B 2WJUA 2XC2A 1Z3EA 2PN8A 5G30A 4HJMA 2B6MA 2C3TA 3IPZA 2M80A 1SJ6A 3DKSA 1ZYQB 2YJ7A 4DSSA 1K3OA 2CX4A 1ML6A 3IAS2 3KCMA 2MYGA 2MZCA 4MF7A 2L57A 2IMDA 3EINA 1M2BA 3GL3A 4XS1A 4J56E 2LKUA 2OE1A 4MJAA 3TB2A 4NV5A 2V6OA 1VF1A 4PQ1A 1SKSB 4YQVA 2M46A 2ES7A 3VWUA 1XW6A 3TJKA 1V98A 2C0EA 1DBYA 3TJBA 1ERUA 1F6MC 2FA8A 4AJ6A 4MDCA 3G9BA 4XRAA 4ZL8A 5D9VA 1K0CA 4GLTA 4HZ2A 4WF5A 1HNBA 6GSTA 1XCCA 17GSA 1BJXA 2VM2A 5IMZA 2GQLA 4EO3A 4HOJA 4PNGA 2B5EA 4X0XA 3E3EA 1YZXA 2GLRA 2VL2A 3EC3A 2VO4A 5KN2A 3ZLPA 1AQXA 1EP8A 1ZOFA 3GL5A 3RHCA 4V2NA 5D93A 4MF6A 2DIYA 4HUAA 2QGVA 4FYBA 2VIMA 3QOUA 5E59A 4O92A 1WWJA 2DMLA 1GP1A 2RM6A 5CREA 1PRXA 2NTOA 3Q18A 3VPTA 1R5PA 1T4YA 2XHFA 1TK5B 4OCFA 4MH3A 2QSIA 2VL3A 2CZ2A 1TRSA 1XZOA 3KH9A 3IDVA 2PWJA 3O3TA 1GSYA 1GUKA 4EXJA 1TOFA 3BD2A 4G19A 2JZSA 1GUHA 2VL9A 1WPIA 3FYGA 2F8AA 3UEMA 1PGTA 2JL4A 4D73B 2E7PA 1SD9A 5L71A 2O85A 2BJXA 4F0BA 4BWSA 4OD7A 1AIUA 1PKWA 3DXBA 1FW1A 3R2QA 2V1MA 2OE3A 3C1RA 1X5CA 3ISOA 3NIVA 2PGTA 3GUSA 4WXTA 2CX3A 1ACVA 2VCTA 3F3QA 2HT9A 4OWYA 1FOVA 1YKCA 4NWYA 2DJ2A 3DYRA 2FWEA 4MF5A 5HFKA 5EL8A 1YEXA 3CSJA 2PVOC 1A0RP 3TRQA 3H79A 4LMVA 4YAPA 3WGXA 2GZYA 5B6NA 4MA9A 3C8EA 3BBYA 1F2EA 5JCUA 2RM5A 1IYHA 1GH2A 1MDKA 2OJLA 4WBRD 4ML1A 2YP6A 4MZWA 2NVLA 3HVSA 3DD3A 5B6MA 1THOA 4KDXA 5AISA 3UJ1A 2K6VA 5DJMA 3F6DA 2PVQA 1MDJA 3DGQA 4ECBA 2H8LA 3HCZA 2LTKA 5AIVA 3GH6A 4ZBAA 1V57A 2LSTA 2L6DA 2GSRA 2H0IA 3GNJA 2PMTA 3QD9A 1JZRA 1DE2A 2LRCA 4OCEA 2I4AA 2REMA 1N2AA 2DBCA 2VM1A 3UOMA 1WIKA 3LEFA 1AC1A 2F8FA 3ZMKA 2H66A 4XS4B 5D96A 2YNXA 3CRTA 1PA3A 1Q4JA 2YN1A 2VCVA 1EP7A 3ZVJA 3EVIA 1DE1A 3RHBA 1CQHA 1EZKA 1USBA 2WULA 2H71A 1SU9A 2C80A 3FW2A 1TDIA 5DALA 2MMAA 4JU5A 2GQMA 2AHEA 1O8XA 1MD4A 4O7HA 2EC4A 1HYUA 1QFNA 3J7Yk 2E0QA 3L9VA 4GXZA 4Q5QA 5HR0A 3HA9A 3MAKA 1G7EA 2IMIA 4OFNA 2N5AA 2LJKA 3GMFA 3QR6A 4V1Ag 2OBIA 3TKQA 2VD1A 3HVXA 1R26A 1YDKA 4IVFA 1AAZA 3LYPA 2LJRA 2HE3A 2JZTA 3D4TA 4HZ4A 3IC4A 3C7MA 1R7HA 4HU9A 2LQOA 3M3MA 1O7UA 4ZILA 4LL4B 1YY7A 3CXGA 2D2ZA 4XTSA 2IWTA 2HZFA 3KJYA 4TVEA 5J3RA 2WFCA 5B7CA 3GTUA 3VK9A 1FB6A 5J9BA 4KSMA 1GTAA 1JZDA 1GTBA 4NXIA 2L4QA 2GSQA 5D8IA 3KP9A 2OBKA 1SL0B 5AN1A 1XWKA 4LLRA 1PD21 3I6AA 2H74A 2VOCA 1WP0A 2F9SA 3A3TA 1O85A 2KP1A 3ERGA 2VLVA 2L59A 2KHPA 4K7NA 2CAQA 8GSSA 4DVCA 2O8VB 2IMKA 1DUGA 5ECNB 4KDUA 3WD6A 4QQ7A 4ZIJA 1V9WA 5DCGA 3TJGA 4PX1A 1HQOA 3VFIA 3HY2A 1AQWA 1T00A 2ZNMA 1OC9A 3TGZA 3RPNA 4ECCA 2FA4A 1OE7A 4GF0A 4ZBDA 2WCIA 3KIJA 2L6CA 5J5NA 1K3YA 3TDGA 1PL2A 9GSSA 1QK8A 1YEPA 3D6IA 4L5OA 4L8EA 1XVQA 3E9JB 3DVWA 2GT5A 5CRWA 2YCDA 5ECKB 1A24A 1UA5A 3GRXA 5IO2A 1DSBA 4Q5NA 5H5SA 4KCAA 4EDZA 1KBNA 2XBQA 5ECRB 3E0UA 3UL3A 4BWQA 1U3IA 3FZ5A 4N0ZA 3FZ4A 1PX7A 4MABA 1SJIA 3C71A 2NPBA 2G2QA 3ZMLA 1KNGA 3EU3A 3BOAA 2XPDA 1OKTA 4TXOB 1U88A 2FY6A 3FRCA 4AF2A 4WBJA 1EV9A 3KGKA 4O5RA 3TJJA 2IJYA 2VD0A 1YF1A 5IPGA 1JHBA 2IFQA 2B5YA 2LNSA 4KA0A 3N5OA 1OAZA 2JU5A 3NZNA 1RK4A 2E2MA 4ECIA 4GWRA 5HR1A 3LFLA 4WF4A 4K1FA 3KZQA 1GL8A 2YV9A 6GSVA 2J23A 3H4KA 1Z7RA 1M2AA 5CRGA 3L9UA 2DJJA 1K0OA 1ST9A 3FR9A 1GWCA 5D9XA 1EEJA 5CO3A 3A2WA 4WETA 2DC5A 3TOTA 2JZRA 1X5EA 1GNEA 1RQMA 4HI7A 1OVNA 2HYXA 4K8MA 1J9BA 2GTUA 3P7XA 4FO5A 6GSUA 4K0NA 1VGLA 4GQFA 3UAPA 1VF2A 2YOIA 5G31A 4ULXA 1A23A 1YJ6A 3HHVA 2I1UA 1X5DA 3QDNA 2B1LA 4HQZA 4DSSB 2FLSA 3A2XA 1HNAA 1ON4A 1AW9A 2VCXA 2F51A 2A4VA 3H8QA 1PL1A 5B8BA 2GVPA 1M99A 3UVTA 3F8UA 2FGXA 2AAWA 4JRRA 3DIEA 1X0RA 1B4PA 5ID2A 5J41A 4O32A 2DJ3A 5HR2A 2C0FA 5G2ZA 1TK0B 1OE8A 4QL9A 3IA1A 2AB6A 2A2RA 2LQQA 4HS1A 2LJAA 1WMJA 1FO5A 5E4WA 1ERWA 5G5FA 4KUNA 1TXXA 5ELGA 3QAGA 5CNWA 5A5KA 1V2AA 4E8HA 4I2TA 2BTOT 2CVDA 3P8WA 4GSTA 4K6XA 2L5OA 3ERWA 4PNFA 5IPHA 2E2GA 4I2UA 4HEA2 4GQCA 4ZB9A 1SKWB 3IV4A 2H1DA 2MBTA 4MJBA 5J4UA 2GT6A 1F37A 1A2LA 1K3LA 4MMMA 2H73A 5IMCA 5EPFA 1BYEA 2ZCTA 3D22A 3LYKA 3ZFBA 1LJRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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