3IAS2

Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 4 mol/asu, re-refined to 3.15 angstrom resolution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
FFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the mechanism of respiratory complex I
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
total genus 50
structure length 178
sequence length 178
chains with identical sequence B, K, T
ec nomenclature ec 1.6.99.5: Transferred entry: 1.6.5.11.
pdb deposition date 2009-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1590 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3ias201
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3ias202
2J23A 4ZBDA 1XWAA 2FNOA 3HZ4A 5LCZA 5IPHA 2IMFA 3D6IA 2LSTA 2FA4A 1XW5A 1O8XA 1ILOA 4ACSA 1HQOA 2R37A 1XW9A 2CT6A 3KMNA 1GULA 2HI7A 2L5OA 1MEKA 5DDLA 4HZ2A 2YJHA 3RPPA 3FYGA 3LEFA 4IGJA 2YOIA 3KTLA 1ERVA 1VF3A 2LRNA 3GFKA 4PQ1A 6GSVA 1XPVA 3D4TA 2XPDA 1WPIA 3CSJA 4KA0A 1BG5A 1FOVA 3MWHA 2CAIA 4Q5FA 1THOA 4K7IA 4AJ8A 4I2TA 1G6WA 3TKSE 5HFIA 2TRXA 5ECLB 2FGXA 3LJRA 1EEMA 2EC4A 3Q19A 3FHKA 5JWQB 4WBJA 3OR5A 5KN1A 3Q18A 1O81A 19GSA 1RK4A 3D4MA 2XHFA 4ZXGA 4MK3A 1A2JA 5HFKA 3APOA 1URMA 3QAVA 3FR9A 2YPMA 4F9ZA 3FRCA 1USBA 3KD0A 4NPBA 5HR0A 1AQVA 1GNEA 2LJAA 3TRPA 1YQ1A 2E2GA 5AN1A 1TRUA 5EL8A 2HE3A 1LJRA 4KDUA 4WF4A 2ZUPA 2FA8A 3DRNA 3FZ4A 1G0TA 5J9BA 4TR0A 1XW6A 2HRFA 4NXIA 9GSSA 2B1KA 1OC9B 3EC3A 1CQHA 2GLRA 3DKSA 3GH9A 2LV3A 3KP9A 1A0FA 4TKYA 1UC7A 4IBPA 4K0GA 7GSSA 1EOGA 3C8EA 4V1Ag 1JFUA 3KP8A 4YQMA 2GZYA 3ZFLA 4TRXA 2ON7A 3BD2A 5AISA 2ALBA 5G5FA 1Z7PA 5J9CA 2EIOA 2DJ3A 4HJ2A 5A5KA 4GTUA 2X64A 3TKSA 4GF0A 4KAEA 4IQAA 3ME8A 4JZQA 1TRWA 2AAWA 4XRAA 1K0MA 2H0GA 5F8BA 2IWTA 3MNGA 5D9XA 1GWCA 3WYWA 3G9BA 5ID2A 2VCTA 2RUFA 3ERFA 1FAAA 4DSSA 4OFMA 3IA1A 3BJ5A 4MMMA 3IAS2 4IS0A 1MDKA 2C1YA 5J41A 20GSA 2LQQA 2LNTA 4N0ZA 4KUNA 5G2ZA 3IK9A 1FHEA 4I6XA 2H75A 2LJKA 1KTEA 1PSQA 2OBIA 2CQ9A 3E3EA 5H5QA 3ZVJD 2YWMA 3QDNA 1NM3A 4OFNA 1TI1A 4MJBA 3GKKA 5B8AA 4IHUA 3IOSA 4KNDA 1PX7A 1B9YC 3DVXA 3APSA 4PXOA 1K0CA 1YY7A 2C3QA 1GSFA 2XBIA 3TJKA 2LUSA 4LA1A 4X43A 3R2QA 4GWRA 1SU9A 5FT3A 3FEUA 2IMKA 2H71A 2VIMA 1U87A 1SJZA 4MH3A 1K0OA 2YV7A 1F6MC 3VPQA 4FYUA 2CV4A 5ECSA 4POMA 3GIXA 5A4WA 2DIYA 2RUEA 1AAZA 2B6MA 3ZL5A 2H6XA 2JSZA 2FD3A 1FB0A 1V9WA 1XOBA 2FY6A 4K9ZA 5JCGA 4JU5A 2PVOC 5HQPA 1TK5B 1J9BA 4BL7A 2TIRA 5DBQA 1TU7A 2DJ2A 2H73A 5D8IA 1V2AA 1W89A 3LORA 2WGRA 3F4RA 1M7TA 2B7JA 3QR6A 1PGTA 1GUKA 3QFBC 4J56E 3L0HA 4MPFA 2EIRA 2PPTA 1PQNA 3TB2A 3M0FA 1GH2A 1BJXA 3KH9A 18GSA 4QL9A 4MZWA 4EKZA 1TW9A 3F0IA 4ML1A 4WBRD 1UN2A 2IFQB 3RPNA 4TXOB 2VD0A 4KGIA 4G2EA 4L0UA 3UVTA 3F6FA 3ED3A 5ECQB 3KTBA 5GAND 4YQUA 1TP9A 2YNXA 4K6XA 5F06A 1PN9A 3A2XA 1WIKA 2VLUA 3C1SA 4EF0A 1X0RA 3CSHA 3TKSC 3GNJA 1AQWA 4PQIA 4LMVA 2V1MA 3HJPA 1XVQA 1I9DA 4EC0A 1GSEA 4Q5QA 2I4AA 4AF2A 5KN2A 5E4WA 4O5RA 3VI5A 3EU3A 2OA7A 2VOCA 1IYHA 3QAGA 2WJUA 2IPAA 3GTUB 2IN3A 3HJOA 4IJIA 3F3QA 1GTBA 3KIJA 1YJ6A 4ID0A 3FY7A 3DWVA 4HZ4A 4ZL7A 3CBUA 4GSSA 1DSBA 4FH8A 2MMOA 2VCXA 4KB3A 5ECMB 1F3AA 4JBBA 5CRDA 3HCZA 4EXJA 3QCPA 4KDYA 3M8NA 2CAQA 3I43A 4J2FA 3P7XA 4K2DA 1K0NA 2H1GA 2NBSA 3WGEA 2VL3A 2AUVA 2OKAA 1I5GA 1B8XA 1T7PB 1XFLA 3BBYA 4MF7A 1A2LA 1SKSB 4GSTA 5HR2A 2D2ZA 4N10A 1SL1B 4RUVA 3L9VA 4KE3A 1K3LA 3L9SA 5KN0A 1RQMA 3EMXA 5C00A 1YEPA 1TTZA 4ISDA 2L5LA 2C4JA 1TJDA 2MZCA 4PGTA 3VFIA 4JRRA 2QGVA 4MJEA 4GRFA 4AGSA 2KHPA 2R6KA 1A23A 3G7IA 1OVNA 4HS1A 2H70A 1T4YA 1MTCA 4IW9A 4ZIJA 4F0CA 3ISOA 1SJ6A 3G7YA 5IOXA 4NHZA 3TOUA 2I3YA 2O7KA 1WMJA 1F2EA 1Z3EA 5G31A 2DJJA 2LQOA 2VL2A 5DJLA 1A0RP 1A8LA 3ZFBA 1QGVA 1U3IA 4CDOA 5AGYA 2HT9A 4GXZA 5G30A 2GZZA 4XS6A 2V32A 4L5OA 2YANA 3J7Yk 1TK0B 2OE3A 5CRHA 2GS3A 3D0ZA 4G10A 2C3NA 5J3RA 3GRXA 3CRTA 3RAZA 2ON5A 1OYJA 4ILFA 2GTUA 3GSSA 1G7EA 1X9WB 4FYCA 4HJMA 3TDGA 1J0FA 1XBSA 2WB9A 4L0WA 4PQHA 1SD9A 3EYTA 2GSQA 5D9WA 1GTUA 4ZL8A 3U6VA 5DCGA 3IR4A 1HD2A 2M72A 1PMTA 4HQZA 1FVKA 2FWGA 3BCIA 3W6GA 2P31A 2RM5A 5HFGA 3C1RA 2PUKC 5F07A 1QFNA 1U3AA 2PN8A 2GSSA 5D9TA 4KCAA 1O85A 2O89A 3RHBA 1WRYA 1CQGA 1SKWB 3FW2A 1WP0A 1C72A 3BCKA 4K0NA 5IMZA 2O8VB 3VLNA 3WGXA 4N11A 1M9AA 1FW1A 1R7HA 5DQYA 2CA8A 1YDKA 2CVBA 4IELA 3UBKA 4BPYA 3CMIA 4JE1A 2JZTA 2V6KA 3QOUA 22GSA 1DE1A 2X8HA 2OADA 1ABAA 4V2MA 1BEDA 1FG4A 5D93A 1GLPA 3Q74A 4F0BA 5KN3A 5B6NA 3HJMA 2KLXA 3ZIVA 3HHVA 2HRNA 4KH7A 4MZCA 4QQ7A 2N5AA 1GUMA 1NW2A 1U88A 2M46A 4MZBA 4J57E 2CVDA 4ZB6A 5ELGA 3TJJA 1GLQA 5JWOB 3ZLPA 1R5PA 1EV4A 4DSSB 2AHEA 1QXHA 1GTAA 3TGZA 1WWJA 2Z9SA 2VAFA 4X1UA 3FK8A 4RI7A 1HNBA 1PKWA 3MAKA 1K0BA 1SYRA 5DAKB 2PWJA 4DSQA 3TJBA 4FO5A 2LRCA 4BWSA 3IBHA 3P2AA 3UMAA 4D73B 2VL2C 3P8WA 3S9FA 3IXRA 3IPZA 2GGTA 3US3A 2FHEA 2YWOA 2MBSA 3PGTA 4H86A 5G1LA 1KEBA 4BWQA 3HVVA 3IE3A 1TXXA 1GSSA 1X5CA 4V2NA 4HDEA 2R5GA 6GSWA 5G1KA 5FHIA 4L5LA 3KZQA 2HSYA 4TVEA 3P90A 5CRWA 3DGQA 2OACA 1XWCA 3M9KA 4XHMA 1M2BA 5ECHB 3DEXA 2FWHA 2GVPA 1SK0A 2QKEA 2DLXA 1PL1A 13GSA 3LQ7A 1J08A 3PH9A 3LFLA 3VWXA 2H19A 1F3BA 4FIWA 5D9VA 11GSA 4HU7A 3QD9A 2JSYA 1GL8A 3FZ9A 4ZL9A 4OWYA 1G7OA 2LS5A 4XS4B 3H4KA 2R4VA 2C3TA 2HZFA 1FVJA 2R2JA 2CZ3A 1OKTA 2YN1A 3CTFA 1ZOFA 3HVSA 2YV9A 5GSSA 2P0GA 2CZ2A 3LYPA 2DJ1A 4NV2A 5ECKB 5EY6A 4OD7A 5CYYA 6GSTA 1O73A 4TN8A 2REMA 3APQA 4DSRA 1GSUA 1GUHA 1OE7A 2GT5A 2LJRA 3TOTA 4MLYA 1QK8A 4CHSA 2P5RA 4OMVA 1ZL9A 5CO3A 1EEJA 2LRTA 2LKUA 3KEBA 5IIZA 5IMAA 4EL1A 1FB6A 4K1FA 5B7CA 3TKPA 5J5NA 4ZILA 4MPGA 2NVLA 1B9XC 4OCFA 2OE0A 2HZEB 1EOHA 3FZ5A 1ZMAA 5DALB 4KX4A 1Z6NA 3HZ8A 2IMDA 3HD5A 3TKQA 1O8WA 1E6BA 3NIVA 1JLWA 3TRQA 3UJ1A 2X8GA 1Q98A 2FUG2 2WS2A 3I9V2 2XPEA 3ZREA 1ML6A 2BJXA 2RLIA 3GN3A 5E59A 1ST9A 5IO2A 2YWNA 2H76A 4G19A 4OFTA 3EWLA 1GSDA 2DSAA 1H4OA 2KP2A 2A2SA 1DUGA 4HU9A 1GP1A 4TW5A 3KCMA 4RQXA 2FWFA 3L4NA 2H6ZA 1TU8A 3UAPA 3NZNA 2VD1A 4NV5A 1TRSA 2O85A 4XS1A 2PBJA 2LTKA 3G7JA 1OC3A 1YKAA 3PR8A 5F05A 5AIVA 3ZZXA 3ME7A 5ELAA 3ZMKA 4WF5A 4ZBAA 4JR4A 4XRDA 3ERGA 2VCVA 3TCOA 2F51A 3UIWA 2NDOA 3EURA 2E0QA 3N5OA 4MJAA 4GCIA 4MF6A 3V1WA 4PUFC 5DCHA 1K0AA 2ES7A 2GSRA 3ZRDA 4BVXA 1VF1A 3HA9A 1X5EA 2AYTA 4TR1B 1GRXA 3LXTA 1SK1A 3VWVA 1Y6EA 5B8BA 5KEJA 5CRGA 16GSA 3DD3A 5D96A 1A24A 1GSQA 4Q5RA 4ECIA 2MMAA 4KDXA 2V6OA 3DMLA 3M9JA 2K8VA 4I2UA 4IN0A 3ZMLA 1SJIA 4POLA 1EV9A 2IFQA 4IP6A 1W4VA 3E9JB 4TXOA 5H5SA 3EVIA 3H8QA 2X8CA 1FO5A 1M0UA 1ERWA 2J9HA 3KMOA 2H72A 3ZTLA 1PKZA 4V2LA 1JZRA 5ECIB 2H30A 3WT1A 2B3SA 5C04A 4XCSA 1X9MB 4IVFA 3M1GA 1XWKA 5IPGA 4LMWA 4JEDA 1S3DA 3O3TA 3NOFA 1M99A 1UA5A 3RBTA 2OJLA 2H6YA 4E8HA 3FR3A 4X0XA 3HXSA 2HFDA 2A4VA 3TUEA 1ZYEA 5CAXA 2HLSA 3O6TA 2H01A 1EGRA 2X99A 1AXDA 2PMTA 3GTUA 1VRSD 2YZUA 3FKFA 3I6AA 5CREA 1M2DA 4O92A 3MSZA 3I69A 1GNWA 2YP6A 1A2MA 4OO4A 4NAXA 1KNGA 1XWGA 5JWRB 2AB6A 4OO5A 3QMXA 4V1Ap 4F82A 1NHYA 2E7PA 2H0HA 3DYRA 4ML6A 4GQCA 4YAVA 4PUAA 2I1UA 3VWUA 4ECBA 1T8EB 5H5RA 4DEJA 1V40A 2K8SA 4YAPA 3GH6A 2VCZA 2L57A 3WT2A 2LNSA 2ZNMA 2G0FA 14GSA 1ZZYA 2MMZA 3TRXA 3BOAA 4LLRA 3KH7A 3GV1A 3CSIA 2QC7A 4EDZA 1ZYQB 1IYIA 2K6VA 4GLTA 2MYGA 1LU4A 3ZITA 3L78A 3F9UA 2L6CA 3GL5A 2FWEA 1YEXA 3IK7A 1GTIA 1TK8B 4PNGA 1XOAA 3H93A 5A4UA 2VO4A 5EVOA 1XXUA 3QFAC 3WD6A 3TKRA 5DVBA 3VWWA 5ENUA 2YZHA 3C7MA 4WXTA 3WGDA 12GSA 2K9FA 3IRAA 4F2IA 3LYKA 3D5JA 1YKCA 2I9HA 2GQLA 3GUSA 4AJ7A 1N8JA 3HYPA 3JCML 3UOMA 2KUCA 1EP8A 5HR3A 3U5RE 1LBKA 1ON4A 1Z7RA 2VLVA 3F4TA 2KOKA 1R26A 2YCDA 1SL2B 3CRUA 3CTGA 4QL7A 2C80A 1F9MA 2WFCA 1SENA 3GURA 6GSUA 5IQYA 5ECRB 4DVCA 2H1BA 2B5YA 1AIUA 1HYUA 3TJGA 2JZRA 4JR6A 5G5EA 1T00A 1S3AA 4MJCA 4FYBA 4YH2A 4EUYA 3IDVA 1OE8A 5IMCA 3UVHA 2BMXA 2WULA 4K8MA 2HXKA 4KW6A 1TOFA 2DJ0A 5ID2B 3ZYWA 3A5WA 2M80A 4RQRA 4WR4A 3E0UA 1Y25A 3GA4A 1X9SB 3GYKA 5DJMA 5F0GA 1SKRB 2P5QA 3M3MA 4ECCA 2GSTA 4LL4B 3GX8A 1N2AA 2B5XA 5CNWA 2YWIA 2N5FA 3N9JA 1BX9A 3LGCA 3QPMA 3F6DA 4HI7A 2TRCP 1ERTA 2KP1A 4IJ3A 4WEYA 3J7Yb 2VLTA 3ZVJA 2IMEA 1MDJA 3EINA 5D73A 2MMNA 4P3YB 4EVMA 2DMLA 3RDWA 1XWBA 3A2VA 1AC1A 1NHOA 1SK2A 3VPTA 2GQKA 1PD21 17GSA 1G6YA 4MDCA 5GZZB 3EE2A 2JL4A 3D21A 1PX6A 2JACA 1X5DA 1AW9A 4KCEA 1DBYA 3UARA 2B7KA 1YF1A 5FWGA 2YJ7A 3HDCA 1VGLA 2L6DA 5EPFA 3Q6OA 3CYNA 1NSWA 4GQFA 4PURA 1V57A 3MDKA 5GSTA 1JHBA 1MD4A 3H79A 4HQSA 1MD3A 4L8EA 2LEGA 8GSSA 1BYEA 3KJYA 1E2YA 1HNAA 3TJFA 1ERUA 2DBCA 3GL3A 1V98A 4ZB9A 1OC9A 5GAPD 4HUAA 2V2GA 4ZBBA 2DMMA 3PINA 4BA7A 2VUPA 2WZ9A 2O87A 5DAKA 1F37A 4TR3A 3FZAA 1B48A 4XTSA 4D73A 2WCIA 5L71A 4O7HA 4YQVA 2EIQA 1VF2A 1DE2A 4E8EA 2PU9C 1AQXA 1WJKA 1EP7A 3HKRA 2FLSA 1QMVA 2WDUA 3UEMA 1YF0A 3ZIJA 2B5EA 4K7NA 1K3OA 4WKWA 4Z7XA 1QQ2A 1TKDB 1HNCA 4WR5A 4IP1A 3GKNA 3GSTA 4G9HA 4PNFA 5HR1A 2OE1A 2F8FA 4MABA 3ERWA 2IIYA 4TXVA 1A8YA 5LNKe 3C73A 4IQ1A 2NTOA 5IOWA 2QSIA 2XC2A 1ZGNA 2RIIA 5COHA 5AIXA 1OKDA 1ZCPA 4TOPA 1OC8A 3D22A 1K0DA 2GT6A 2MBTA 4MH2A 2H0IA 3QAWA 3LSZA 5ECNB 1TDIA 2R3XA 2HYXA 4TR4A 1QUWA 1T1VA 3GKMA 2E2MA 1XVWA 4XS4A 5LD0A 1SD8A 3CXGA 1Z5YE 4MP4A 4KSOA 1SL0B 2NPBA 2GDRA 1OAZA 1YZXA 2PGTA 3A2WA 3LWAA 3DIEA 3UBLA 1THXA 2H66A 4POKA 2H8LA 3GHAA 2XBQA 5IMDA 3F3RA 4F03A 4GSNA 3GKXA 1BQ7A 2H74A 2L4QA 1Q4JA 1SYXA 2C0EA 2HNLA 2VCWA 5J4UA 1U6TA 3VI7A 2C0DA 2VCQA 5A4VA 1B4PA 1M9BA 4CW9A 3F8UA 4MA9A 3K8NA 1XIYA 4AJ6A 5IMFA 4I97A 2IL3A 4Q5NA 3L9UA 2HZEA 5DQSA 2B1LA 1R5AA 5DALA 2FCHA 2DIZA 4ZB8A 2VM2A 2PERA 1JLVA 4I8BA 1KBNA 3IAM2 2L59A 1VF4A 2H1AA 1XZOA 2JU5A 1GSYA 1TI3A 3W8JA 3DXBA 1T3BA 2F9SA 2G2QA 2HSHA 1PA3A 3EU4A 5B6MA 5JCUA 5ABRA 4RI6A 3IHQA 2AV4A 4KSMA 2RM6A 2JZSA 3UL3A 1EZKA 2F8AA 4NHWA 2C8UA 6GSXA 4O32A 4K7OA 3LG6A 3KM6A 4HOJA 4WETA 1XCCA 1EWXA 1JZWA 5IMVA 2IJYA 2V41A 4N30A 1B4QA 1PRXA 2VM1A 1EGOA 3A3TA 3C71A 5IO0A 3LXZA 3RHCA 1RW1A 2VL9A 1V58A 3HY2A 2JADA 1M2AA 1R4WA 2L4CA 2C0GA 10GSA 4ULXA 2CX4A 2C0FA 1PL2A 1BAYA 2ZCTA 3F63A 2N5BA 2CX3A 1H75A 2OBKA 3IC4A 3KXOA 1UVZA 3W8SA 1JZOA 3SWLA 3KGKA 1K3YA 5ECOB 4POBA 5ECPB 3IV4A 6GSSA 2A2RA 3VK9A 4EDYA 1MDIA 4HEA2 4XIHA 4EO3A 1S3CA 3AY8A 4LL1B 4N0VA 4TR1A 3FR6A 3F4SA 3H1NA 1O7UA 4PX1A 2PVQA 6GSYA 3HVXA 3DVWA 2DJKA 1Z9HA 1Z6MA 2F3MA 3SBCA 2K18A 3GX0A 2CVKA 3O76A 2GZPA 4NWYA 2GQMA 1O6JA 2H1DA 4ECJA 4IKHA 4EE0A 5JCWA 1ACVA 1JZDA 4BVYA 1WOUA 2I81A 4MF5A 4MCUA 5INYA 3GMFA 5IM9A 2IMIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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