4HEA2

Crystal structure of the entire respiratory complex i from thermus thermophilus
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
FFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the entire respiratory complex I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
molecule tags Oxidoreductase
total genus 45
structure length 178
sequence length 178
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 1.6.5.3: Transferred entry: 7.1.1.2.
pdb deposition date 2012-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1590 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4hea201
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4hea202
2RIIA 2HSHA 4EUYA 2HI7A 4KAEA 4ILFA 3CRTA 3FK8A 3ERGA 2MMAA 2MZCA 4KCEA 1WJKA 1YKCA 2VAFA 1OKDA 4GCIA 1ERUA 2BTOT 5GSSA 4HDEA 1KNGA 6GSSA 4IKHA 4BL7A 2OKAA 2DBCA 3KCMA 1SK1A 3KP8A 5AISA 2CAQA 7GSSA 3APQA 4JZQA 5J9BA 2LRCA 5KEJA 5B7CA 5D9WA 3GUSA 3BBYA 1DE1A 2VL3A 1THOA 1EOGA 3KD0A 4DSRA 4ULXA 2FWFA 1WE0A 3EU3A 1XVQA 1B9XC 1I5GA 1X0RA 3L4NA 1QUWA 1W4VA 1HNAA 2C1YA 2QKEA 4HJ2A 1LJRA 2GS3A 5DQYA 4Q5NA 1X9MB 1TK5B 5A4WA 1K0BA 1MDJA 1DSBA 1QK8A 2H0HA 1CQHA 4KA0A 1JZDA 2NVLA 1JZWA 2MBSA 1S3AA 3H1NA 3HXSA 2H1AA 5DJLA 1C72A 3TRPA 5KN3A 1OKTA 2HSYA 4D73A 1PL1A 4ZBAA 5DAKA 3FW2A 1B48A 1QGVA 3O6TA 1T1VA 4O92A 1DBYA 2DJ3A 2ES7A 5F8BA 2X8CA 3FHKA 4ISDA 3GHAA 4OFNA 4DSSB 3BCIA 3ZTLA 6GSXA 5J9CA 3IOSA 4IGJA 4PQ1A 4PGTA 5ECOB 1SJIA 5GZZB 5CNWA 4PUFC 1M7TA 2WGRA 5ELAA 4IP1A 1PMTA 1B4PA 2DJ0A 2YP6A 3H93A 3LYPA 4XHMA 1PD21 1Q4JA 4WKWA 5DDLA 1TI3A 4MPGA 4O5RA 1EEMA 3RBTA 4ECBA 2IFQA 4PUAA 5J4UA 4JEDA 4YQVA 5F07A 1TP9A 2YJ7A 3V1WA 1M2BA 5ID2A 4MLYA 2FGXA 4QL7A 4NAXA 1S3CA 2MMZA 4AJ6A 3QAWA 1GWCA 2GQMA 2YWNA 4ZXGA 3L9SA 4BPYA 1WP0A 4RUVA 1M99A 2V2GA 3DVWA 2GZPA 3ME7A 4L8EA 2KOKA 5H5QA 3ZVJA 4ZB9A 4WF4A 2A2SA 2GT6A 2FHEA 1BX9A 5IPGA 4N11A 4JR6A 5HFIA 1FB6A 3WT1A 5A4VA 1VRSD 2DLXA 2HYXA 4BWQA 4KUNA 4HQSA 5HR1A 4KCAA 4N10A 4RI6A 1ST9A 5D96A 3A3TA 1YF0A 1F3BA 3ZMKA 1F2EA 4HI7A 4EO3A 3LYKA 1XOAA 5F0GA 3QCPA 5IMCA 1HNBA 1GL8A 2E2MA 3UMAA 3C8EA 3M3MA 2KLXA 2FWGA 2EIQA 4RQRA 1O7UA 3RDWA 1QFNA 4GSNA 2LS5A 4XS4B 3JCML 4JRRA 3MWHA 1T00A 2E7PA 1U6TA 2GDRA 2CV4A 3K8NA 1ACVA 4OD7A 1ZL9A 3QOUA 4WEYA 4X1UA 1EGRA 1MD4A 4Q5FA 1NHOA 2QGVA 4I5QA 1B8XA 5ECMB 1OC9B 1F3AA 3HZ4A 2V6OA 4ZBDA 3Q74A 4WETA 2V1MA 2A4VA 1A23A 1JLVA 3TJFA 2HZEA 2JZRA 4IS0A 3FR6A 3GMFA 1SD9A 1S3DA 4KW6A 3GNJA 4I2TA 4K7NA 2IWTA 1GTBA 3IXRA 3LWAA 2OE1A 2X64A 2WDUA 1N2AA 1M0UA 2H0GA 3FZ4A 4TR0A 5FT3A 4HJMA 4FYBA 4NPBA 4ZL7A 4POLA 4EKZA 2FNOA 2IMEA 2PVOC 2YANA 2HLSA 1OVNA 1QQ2A 4XS1A 1G6WA 4GF0A 5DBQA 3WGEA 3TUEA 4KDXA 2FCHA 2K8SA 1ML6A 2MMOA 2JZSA 3HD5A 1HQOA 5DCHA 2OACA 1SKSB 3TJKA 3RHBA 3A5WA 2C4JA 4OO5A 2B5XA 2N5AA 2OBKA 5INYA 2H30A 4IHUA 5IPHA 1TTZA 2WJUA 2DJKA 4WR5A 4V2NA 4FO5A 4QL9A 3TJGA 2L5LA 3M8NA 2YJHA 3GSTA 5ECQB 1HNCA 3ZITA 4BVXA 1YEPA 3KZQA 5HR2A 3F4SA 5FWGA 1K3LA 1Z6MA 3UARA 3VPQA 3FR3A 3FYGA 1EZKA 2F8FA 4KX4A 3TRQA 2VCQA 4IJ3A 2DIZA 4GQFA 3P2AA 3EMPA 2RLIA 4AF2A 2VCVA 2B1KA 3M1GA 3LEFA 3RAZA 3UL3A 2JADA 1ERTA 2DMMA 3LQ7A 5H5SA 5B6MA 3CSIA 4IW9A 2RM6A 2NDOA 4F0BA 2ON5A 3EU4A 4NHWA 4N30A 1FB0A 3GTUA 3L0HA 4O32A 2P5RA 1U3IA 2CVBA 1Z6NA 3E0UA 1UC7A 2IMKA 2YN1A 5B8AA 5IMAA 4D73B 3VWVA 3GKXA 4OFMA 5DAKB 3D4MA 2O7KA 1R7HA 3FKFA 4Z7XA 5JWOB 1Z9HA 3KP9A 5EVOA 2VIMA 1R26A 4NHZA 4YQUA 2LNTA 2VCZA 2WZ9A 2AJQB 3TKRA 2HT9A 1YJ6A 2GQLA 1A2JA 1UN2A 3GX8A 1ZGNA 5CO3A 2V32A 2L4CA 1TK8B 4YAPA 2GT5A 2R37A 2AYTA 4ZBBA 1J9BA 4NV5A 1XW5A 2IFQB 1JZRA 2DIYA 5IIZA 3QDNA 1SKRB 2VM2A 4IQAA 4G10A 5D9XA 2L6DA 1XWGA 1X5CA 3DMLA 3UAPA 4L5OA 2AUVA 3UBLA 2WFCA 3A2VA 3EYTA 4EXJA 2CZ3A 1AQXA 4F9ZA 5FHIA 5G30A 4MH2A 3C7MA 3F4TA 4QQ7A 4TXOA 4RQXA 1G6YA 1GSSA 2K6VA 5IQYA 1GTUA 1GSUA 4L0UA 3WGDA 3WYWA 3QAVA 3KTLA 3GRXA 3D0ZA 4YH2A 1KBNA 2CQ9A 2MYGA 1GSDA 2TRCP 3P7XA 4KNDA 3CTFA 3GFKA 3F6DA 3FY7A 2GSRA 4ZB8A 3TCOA 4LMVA 2QC7A 5A4UA 3GKMA 4G19A 2JU5A 1ON4A 3HKRA 4FYUA 2IJYA 1F9MA 1U87A 1Y25A 3DKSA 3G7JA 1YY7A 1XWCA 2EC4A 5CRHA 2H1BA 4TW5A 22GSA 2H6YA 3RPPA 5ECLB 5F06A 1URMA 3CBUA 2B5YA 2JSYA 1FO5A 4K7OA 1QXHA 2DJ2A 4K2DA 4NWYA 4OWYA 3M9KA 6GSUA 1AQVA 2XC2A 1G7EA 4V2MA 3VPTA 3UOMA 5B6NA 1HD2A 4WBRD 3VURA 5B8BA 4ZB6A 2HZEB 5IM9A 3TJBA 3ZREA 2X8GA 3TKSC 1SYRA 2EIRA 3TGZA 1XVWA 2F51A 4CW9A 1IYIA 5G1KA 2DJJA 1J0FA 4LA1A 3FZAA 4OO4A 5DALA 2HE3A 3GH9A 3EC3A 3TOUA 1K0AA 1A8YA 4XTSA 4XRDA 2TRXA 2M72A 3LSZA 1VF2A 1I9DA 5EPFA 3IHQA 2DMLA 3I69A 4HEA2 1X9SB 1PKZA 5ECRB 3KEBA 5GAND 1PKWA 4J57E 3C1RA 4ECJA 1O6JA 3SWLA 2H73A 2AAWA 4I6XA 1NSWA 2C3TA 2LEGA 3D6IA 1X5DA 5JWRB 3DVXA 1USBA 3VK9A 3SBCA 5DQSA 1ILOA 1O73A 5ECHB 1K0OA 3GKKA 4ECIA 1K0DA 3FZ9A 5CRDA 4N0ZA 1XWKA 4MABA 1DE2A 5EY6A 3TOTA 2O8VB 2L5OA 3KMOA 2GVPA 3HA9A 2CX3A 5H5RA 1T7PB 4XCSA 4MJBA 2IMFA 5ECSA 4MF7A 3IK7A 3ZRDA 6GSVA 3DEXA 3EINA 3GH6A 3D5JA 4BWSA 5E4WA 2TIRA 3PR8A 3KM6A 4MDCA 2FD3A 1PQNA 2ZCTA 5J3RA 2BJXA 4JR4A 1VGLA 5CAXA 4TXVA 1F6MC 1V40A 1Q98A 2H70A 2AV4A 5G2ZA 3J7Yb 3ZFBA 2N5BA 4IVFA 4G2EA 3GTUB 5IMZA 1SK2A 2MBTA 4WF5A 4YAVA 13GSA 4IN0A 2FWEA 3DXBA 3IBHA 3TKQA 3IDVA 5HR0A 3LGCA 4K7IA 2N5FA 4HQZA 4PURA 2X99A 2H6XA 2C3QA 2LUSA 2L6CA 4DVCA 5COHA 2PGTA 3GURA 3M9JA 4EC0A 2RUEA 3KMNA 1GULA 2OADA 2VL2C 4LLRA 1ZZYA 1SKWB 2LTKA 2I1UA 1IYHA 1M9AA 1ZYEA 3ISOA 2VCTA 1JHBA 2GSSA 1N8JA 4EDZA 2NPBA 5J5NA 3IPZA 1XW6A 2NTOA 3GSSA 4TR3A 4JBBA 5G5EA 2RM5A 5AN1A 1EEJA 2AB6A 4HU7A 1H4OA 2R3XA 4FIWA 3TKSA 2VLVA 3IRAA 1SJZA 3NOFA 4DSQA 1OE7A 3GIXA 2LKUA 3U5RE 5IOXA 5C04A 1FAAA 1Z3EA 1AXDA 4Q5RA 5EL8A 4TXOB 1MD3A 1PRXA 3HZ8A 4KSOA 2K9FA 3P90A 3ZFLA 2HRNA 2C0GA 2B7KA 3MNGA 17GSA 5D93A 2QSIA 2BMXA 1UA5A 1ZCPA 5ECIB 2J23A 3UEMA 1ZYQB 4JE1A 3HDCA 2H6ZA 1ERVA 3LXZA 2H71A 3GN3A 4KDUA 3QAGA 4AJ7A 10GSA 4OCEA 4ZL8A 5IO0A 3VFIA 4NXIA 1WMJA 3MAKA 3QFBC 1VF4A 1G7OA 3BOAA 4PX1A 1MTCA 4EF0A 2CVKA 1XPVA 4F0CA 4V2LA 5ENUA 1TXXA 2B6MA 3KJYA 4MJEA 4MA9A 4HZ4A 4MZWA 3L9UA 1GNWA 2DSAA 2O85A 2GLRA 3LFLA 4OMVA 4HU9A 2YCDA 3W8JA 4MPFA 1A24A 1SD8A 1TJDA 1OC8A 6GSYA 2PBJA 1TKDB 2VOCA 2L59A 3C73A 3RHCA 4XIHA 4ACSA 4XS6A 3ERWA 1V98A 2AHEA 4K0NA 1A8LA 4J2FA 3N5OA 4MP4A 5IMFA 3EURA 5DALB 3BD2A 4F2IA 5KN2A 4V1Ap 1KTEA 2XPEA 3EMXA 3H4KA 3BJ5A 1E2YA 1GUHA 3RPNA 4EVMA 2V41A 3F8UA 4PXOA 3F63A 5CYYA 4KSMA 3KH7A 5DVBA 4K0GA 2GZZA 2H1DA 4AJ8A 1FW1A 1GTIA 3M0FA 4L5LA 1SENA 3WT2A 1V58A 1A0RP 4NMUA 4EL1A 3GV1A 2VL2A 3HJPA 5J41A 1YQ1A 1AUCA 3ZLPA 2XBQA 1LU4A 3LXTA 3WD6A 5JCUA 2H19A 2GGTA 2ALBA 3S9FA 2GSQA 2VCXA 2PUKC 1PX7A 1WWJA 3D21A 2Z9SA 1X5EA 2D2ZA 4IQ1A 2E2GA 3CYNA 2H66A 3CRUA 2CVDA 3UVTA 2KP1A 4MF5A 4POBA 2CT6A 5E59A 1EGOA 1JZOA 4TOPA 4HS1A 4PQIA 4JU5A 1O81A 5ECNB 5ID2B 5DCGA 1TOFA 4DEJA 5L71A 3AY8A 5CRGA 2PPTA 1GRXA 20GSA 3FZ5A 4ZIJA 5JWQB 2WULA 2VLTA 4KE3A 4POKA 1FHEA 2FY6A 1SYXA 1JLWA 9GSSA 1XCCA 4OFTA 1OC3A 4PNGA 4TRXA 1OC9A 1O85A 3GL3A 2CX4A 3HVSA 3J7Yk 2LJKA 1AW9A 3D22A 4GWRA 3O3TA 1H75A 3C71A 1M2DA 2HXKA 2ZNMA 3ED3A 4IELA 2MMNA 2VCWA 1K0CA 3WGXA 4KDYA 5CRWA 2YZUA 2IMIA 2YNXA 6GSWA 3EE2A 2F8AA 5GSTA 2LNSA 2IMDA 2X8HA 3ZIJA 4EE0A 3L9VA 1XBSA 5IOWA 2JSZA 3UIWA 2PWJA 5DJMA 16GSA 2VLUA 4TKYA 3US3A 2HFDA 3VWWA 5GAPD 2K18A 2OE3A 12GSA 4I2UA 3QPMA 1X9WB 4IBPA 1LBKA 5G1LA 2GQKA 3IE3A 3W6GA 3F9UA 3TKPA 2JL4A 1ABAA 4E8HA 2FLSA 3HVVA 4ID0A 1T4ZA 4F03A 3O76A 2CA8A 4GXZA 5KN1A 3HJMA 2GSTA 2OJLA 2C3NA 4LMWA 2YWMA 4MJAA 1UVZA 3CMIA 1GLPA 2VL9A 1U3AA 1A2MA 3ZZXA 3FR9A 1FVJA 2JZTA 4TVEA 1TRWA 2C0FA 1A2LA 3UBKA 4K9ZA 4TR4A 5D9VA 3GL5A 3GKNA 1FOVA 2LJAA 3IAS2 2B3SA 4HUAA 4MH3A 1SK0A 5JCWA 3TDGA 5ABRA 4WR4A 2WS2A 2NBSA 2ON7A 2YV7A 2A2RA 4MK3A 1TRVA 3R2QA 2LRNA 3BCKA 2B5EA 4GSTA 4ZILA 2LQOA 1XWAA 2DC5A 1TRSA 1FVKA 1SJ6A 3LJRA 3VI5A 1FG4A 4IP6A 1WIKA 4NV2A 1EV4A 3A2WA 2H72A 1MEKA 4E8EA 4KGIA 1G0TA 4TR1A 2B1LA 2PVQA 4WXTA 3W8SA 2O87A 1YKAA 4P3YB 4YQMA 2LQQA 4GRFA 3ZL5A 1R5AA 4Q5QA 2IPAA 1K0NA 1AC1A 2KP2A 2ZUPA 5AGYA 3VI7A 5KN0A 1PN9A 4HZ2A 2YPMA 2R6KA 1SL0B 1EP7A 2WB9A 1BQ7A 1O8WA 1EV9A 2HNLA 5ELGA 3UVHA 2PMTA 4ZL9A 2XPDA 4I8BA 3HHVA 5LD0A 1WPIA 4H86A 3U6VA 4MZBA 2H8LA 1TI1A 5F05A 2VUPA 1VF1A 4MMMA 8GSSA 3PGTA 5AIXA 3I6AA 4ML1A 4V1Ag 3VWXA 2H01A 1BJXA 1AIUA 3CTGA 1HYUA 2G2QA 4TN8A 1SL1B 4ML6A 5D9TA 2M80A 1B9YC 4HOJA 3CSJA 3KH9A 4I97A 1TU7A 3DRNA 3GX0A 1OYJA 1GSEA 3DYRA 2RUFA 4KB3A 2IIYA 4XRAA 3F3RA 2I9HA 1A0FA 2HZFA 1BYEA 1K3OA 4X0XA 3DD3A 3MDKA 5ECPB 4KH7A 5HFGA 3MSZA 3TKSE 4BA7A 3E3EA 5IMDA 1EWXA 3F3QA 4LL1B 1YZXA 4J56E 4OCFA 2YZHA 3APSA 3E9JB 4K6XA 3I43A 1NHYA 2R2JA 2FA8A 4PQHA 2P31A 3C1SA 1R4WA 2XBIA 1XWBA 1RK4A 1RQMA 2YWOA 3KGKA 2F3MA 2PERA 4O7HA 2HRFA 2I4AA 2P0GA 3TJJA 2M46A 1MDKA 2LSTA 5HR3A 3PINA 1PL2A 1W89A 4LL4B 3GYKA 2L57A 1SU9A 3ME8A 3I9V2 1R5PA 3KIJA 4L0WA 1T4YA 2R5GA 1GTAA 3DIEA 2KHPA 11GSA 4N0VA 1YF1A 4AGSA 2H0IA 2EIOA 5LCZA 14GSA 1YDKA 2XHFA 3ZMLA 3NZNA 3F6FA 1Y6EA 2GZYA 2L4QA 1B4QA 2LRTA 3L78A 3F0IA 1PSQA 5LNKe 4CHSA 1TW9A 3G7IA 4FH8A 3GA4A 3UJ1A 1EOHA 2B7JA 3FEUA 1XOBA 4GSSA 4CDOA 1XIYA 2PN8A 4PNFA 4FYCA 4GTUA 1PX6A 1SL2B 3P8WA 1OE8A 3HCZA 2H76A 1PA3A 4MF6A 1JFUA 3EVIA 1WOUA 3HJOA 5HFKA 3G9BA 3Q18A 3APOA 4RI7A 4DSSA 3N9JA 2VO4A 1AQWA 2P5QA 2JACA 3QD9A 3IC4A 5IMVA 2CAIA 3CSHA 1GUKA 19GSA 1GSFA 3QMXA 1U88A 3KTBA 1XXUA 2V6KA 1THXA 2WRTA 1TRUA 2FUG2 1RW1A 3ERFA 3IR4A 1XW9A 4MJCA 5IO2A 5A5KA 2O89A 1GLQA 1EP8A 3VWUA 1TK0B 2H74A 1PGTA 3IK9A 2C0EA 4K8MA 3CXGA 3Q6OA 4POMA 5HQPA 2OA7A 5D73A 2YOIA 1QMVA 1ERWA 2REMA 3HVXA 5JCGA 3KXOA 3A2XA 3TRXA 1T8EB 2C0DA 1CQGA 2OBIA 3IA1A 5G31A 4IJIA 1MDIA 1YEXA 4BVYA 1TU8A 4GLTA 3QFAC 2H1GA 5C00A 4EDYA 1V57A 2I3YA 2FWHA 1GH2A 4ECCA 1WRYA 3TB2A 2DJ1A 3IAM2 1V2AA 1AAZA 5D8IA 1T3BA 1NM3A 2FA4A 2LV3A 1GSQA 4TR1B 4F82A 3LORA 4WBJA 3LG6A 4MZCA 2G0FA 2IL3A 1Z5YE 1XZOA 3QR6A 1K3YA 1ZOFA 2YWIA 3Q19A 2CZ2A 4XS4A 1V9WA 2YV9A 3ZYWA 1BEDA 4X43A 5G5FA 2VD0A 3PH9A 1E6BA 1M9BA 1GUMA 2E0QA 6GSTA 3ZVJD 1M2AA 1GP1A 3FRCA 2F9SA 1XFLA 2VD1A 3ZIVA 1BAYA 2PU9C 3DWVA 2GTUA 2K8VA 4K1FA 2OE0A 2VM1A 2R4VA 1GNEA 3HY2A 1VF3A 18GSA 3H79A 4G9HA 1O8XA 5CREA 1J08A 2LJRA 1F37A 3G7YA 1BG5A 3H8QA 1KEBA 2KUCA 1GSYA 2J9HA 1DUGA 3NIVA 1Z7PA 2IN3A 2WCIA 2C8UA 5ECKB 2I81A 3DGQA 1NW2A 1K0MA 3EWLA 4GQCA 4MCUA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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