4HEA2

Crystal structure of the entire respiratory complex i from thermus thermophilus
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
FFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the entire respiratory complex I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
molecule tags Oxidoreductase
total genus 45
structure length 178
sequence length 178
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 1.6.5.3: Transferred entry: 7.1.1.2.
pdb deposition date 2012-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1590 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4hea201
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4hea202
2EIRA 4OO4A 4V1Ag 5LCZA 2KOKA 3GNJA 4V2LA 2GZYA 4AF2A 1W89A 1X5DA 1X5EA 1UA5A 5ID2A 4G2EA 5ID2B 3GKKA 3F8UA 1XXUA 2DJ3A 1NHYA 2Z9SA 3VWUA 2IN3A 1ZOFA 1PL1A 4ML6A 1Z9HA 1PA3A 4ZIJA 1G6YA 3GSSA 4L5OA 4KUNA 4IP1A 1TRWA 4RI7A 2F8AA 1J0FA 1JHBA 4NV2A 3ZMKA 2YANA 5FHIA 3TB2A 5DALA 2J23A 5DALB 3DWVA 3VI7A 2YZUA 3TGZA 5CRWA 3G9BA 3M0FA 2LQQA 2YWIA 1RW1A 3L9UA 5G31A 1UN2A 2IFQA 4PNGA 5IIZA 3DYRA 3WT1A 3VWWA 1QQ2A 2OACA 4KB3A 1XWBA 4ULXA 1O8XA 2VCVA 2H76A 3UEMA 3A3TA 5A4WA 1QFNA 3GMFA 1GSFA 5IOWA 3A2VA 4K7OA 4K7IA 5DCGA 3IE3A 5ECNB 2H1AA 5KN2A 4MJAA 3GTUA 5ELGA 3HVVA 2O8VB 4QL7A 3HYPA 1G6WA 2FHEA 3CSJA 1QXHA 4POBA 4EC0A 2WULA 1BYEA 5IO2A 2E2MA 1FB0A 3IPZA 1TK5B 2JADA 2NDOA 5ECLB 2H8LA 1GP1A 2C80A 5DJLA 3LORA 3HKRA 2R4VA 1ZL9A 3LYPA 2RLIA 1EV9A 2ZNMA 4OD7A 3GURA 3HJMA 2VD1A 4NWYA 3ZRDA 2YWMA 1YEXA 3EINA 1F3BA 2ZCTA 1XIYA 3M1GA 4I2TA 2HT9A 3HJOA 3FEUA 3KZQA 1Z7PA 4IVFA 3ZIVA 1BJXA 3FY7A 1SU9A 5D73A 1YZXA 2FGXA 3GH6A 3HHVA 4XS6A 2LS5A 3UVTA 3WT2A 1Y6EA 4FH8A 1U6TA 4HDEA 3PR8A 4TR1A 2XHFA 1V40A 5ECKB 4TR1B 3KJYA 1URMA 4MF6A 3C1SA 3RBTA 1KTEA 3FZ5A 4K6XA 3IV4A 1WPIA 1GNWA 2GLRA 1ZYQB 1TTZA 1BG5A 2P5RA 2A2RA 8GSSA 3GKNA 3QFAC 3LQ7A 3RHBA 5EL8A 3UBKA 2C3NA 3FZ4A 3M9JA 1HNBA 3TKQA 2N5BA 3M8NA 2HZEA 3IRAA 5HFKA 2HZEB 3LJRA 1DE1A 1OC8A 3LYKA 5ABRA 2XBQA 3KH7A 4XTSA 2GQLA 3GN3A 2H1BA 4ML1A 4TXOA 4TXOB 4HJ2A 1SYXA 4YQVA 3IR4A 4IHUA 4YQUA 4I97A 2DIYA 1AIUA 1VF4A 2GSRA 1XVQA 4XS1A 1WP0A 1GTAA 1M99A 4GSTA 2YWNA 2WFCA 4LL4B 2N5FA 4J57E 5AIVA 2B3SA 1RQMA 4L0WA 4K7NA 3EU3A 1ZCPA 1V98A 3CRTA 4ACSA 1YKCA 1UVZA 1EEJA 4PUFC 3BD2A 2X64A 1SKRB 3H8QA 4FIWA 1FVKA 2I3YA 2G2QA 1Q4JA 3HZ8A 4ECIA 4JU5A 3LSZA 2H71A 1FHEA 1DBYA 4GTUA 3IDVA 2VAFA 1VF3A 2HSHA 3DVWA 2MMAA 2L4CA 5HR0A 2VIMA 4O7HA 5IMDA 5G5EA 4H86A 2ES7A 3PINA 3WGXA 4YQMA 1M9AA 1SD8A 3DMLA 3D22A 1K0AA 4WKWA 2PPTA 3ZTLA 20GSA 3GL3A 4X43A 2GQKA 3ZZXA 5E4WA 3KIJA 5JCUA 2PVOC 3DXBA 2RUEA 2LRNA 3GFKA 4PURA 4F03A 4KDXA 1CQHA 1DE2A 4MF7A 5DBQA 4MMMA 3F4SA 5H5SA 3VI5A 2YZHA 2VM1A 1M2AA 2GT5A 5GAPD 2C4JA 2YV7A 3HZ4A 2DBCA 1U3AA 4GLTA 3D6IA 5GSTA 1ERVA 1GWCA 3IA1A 2MBTA 1B48A 3KMNA 3VK9A 2LJKA 4OWYA 3HJPA 2VD0A 3ZMLA 3D0ZA 1ZGNA 4AGSA 5L71A 2V41A 2GDRA 3MNGA 1EP7A 2JSYA 2XPDA 1J08A 2B5EA 2X8GA 3TKSE 3DIEA 2LQOA 2CT6A 2QSIA 3KXOA 2VCZA 2AJQB 3GL5A 4JE1A 2F3MA 2VLVA 1C72A 2V6KA 3M3MA 2C3TA 4I2UA 2LNSA 2IMIA 1M9BA 1X9WB 4ZBAA 5DQSA 2WJUA 2VL9A 3H4KA 3ERFA 1ACVA 1N8JA 2FNOA 4MCUA 1KEBA 5HFGA 2KHPA 2VCTA 3LEFA 5EY6A 2OADA 2IL3A 4XIHA 2O87A 1SKWB 2GSSA 1YF0A 1ERUA 4OO5A 5DAKA 4N11A 5ECSA 5DAKB 5DQYA 3FR9A 3A2XA 2GSQA 3IC4A 2PBJA 5G5FA 3KCMA 1O6JA 3F0IA 2H0IA 3Q74A 1T8EB 2XBIA 4EDZA 4KDYA 3ZL5A 5CRDA 4POMA 3NOFA 3CBUA 3IAM2 1VF1A 3V1WA 3S9FA 3KP8A 1I5GA 3ZYWA 4BPYA 1PL2A 4CDOA 4LMWA 2F9SA 5D9XA 3ZREA 3U5RE 6GSUA 2TRCP 1YY7A 2REMA 1ON4A 2JSZA 4G10A 4TR4A 3VWVA 4O32A 1KBNA 1Z6MA 2E7PA 4ZB6A 5IMVA 3CTGA 3P7XA 4BVYA 4FO5A 2LNTA 3D4TA 3FZ9A 3EE2A 2VCWA 3IK7A 2NBSA 2WRTA 4ZL8A 4D73A 1SENA 2E2GA 3L4NA 1Y25A 5AN1A 1T4YA 1O8WA 2DSAA 6GSVA 2VL2C 4MF5A 2B7KA 2NPBA 1TKDB 1YEPA 2JL4A 2A4VA 1SL2B 1GTBA 1THOA 1EEMA 1A2MA 2R3XA 5HR3A 2C0GA 5D96A 4J2FA 4ZBBA 1M0UA 4BWSA 4N10A 5J9BA 2AHEA 1XW9A 1G7OA 4GXZA 4IW9A 1TXXA 2H75A 3ERGA 2K18A 3ZIJA 1E6BA 3IOSA 3Q19A 4NXIA 2DMMA 4TN8A 1OKTA 4GQCA 3BJ5A 3TJJA 1WWJA 2YV9A 2WZ9A 2IMFA 1XOBA 9GSSA 3GIXA 2H1DA 1QK8A 3ZVJA 1VRSD 1R5AA 2HLSA 1SD9A 3UIWA 2B1LA 5IMCA 1OC3A 2IFQB 1U87A 2H74A 1SJIA 14GSA 3KGKA 4IP6A 3I69A 3CSHA 4EDYA 5B8BA 3MAKA 2R2JA 4L8EA 3US3A 4HOJA 3F3QA 3TKPA 3RPNA 2B7JA 4MZCA 2K9FA 5IPGA 2CVDA 2KP2A 1FB6A 3GTUB 2HNLA 4DSRA 3ZLPA 1XBSA 4JR6A 2HZFA 2V1MA 3NIVA 17GSA 4LL1B 1OC9A 1TI3A 5IMZA 3ZITA 2VLUA 5DJMA 3TKSC 2CV4A 3QCPA 2LRTA 4MH2A 2DJ0A 1AQWA 2GQMA 3HDCA 3W6GA 3F3RA 3VPTA 1S3AA 3KMOA 4ILFA 3MSZA 2EC4A 1HD2A 1GSSA 3IK9A 1Z6NA 2MMOA 2X8CA 3SBCA 1GL8A 3HVSA 1MDJA 1WOUA 1T3BA 3JCML 2RM6A 4ZL9A 2P31A 1ERTA 4PGTA 5IM9A 5A4VA 3ME7A 1G0TA 4ZB9A 1FOVA 1LU4A 2K8SA 3DEXA 2OJLA 4ZB8A 3FK8A 2CQ9A 22GSA 3LXZA 2GSTA 1ZZYA 3FKFA 3APQA 1N2AA 2H72A 1FG4A 4RQXA 5GSSA 4XRDA 2JZRA 4F82A 1PD21 3CRUA 6GSWA 1PRXA 2B1KA 5IMFA 2ALBA 1SKSB 4V2MA 1T4ZA 2OA7A 4QQ7A 2G0FA 3C73A 4F0CA 4TRXA 1EOGA 1OE8A 1E2YA 2LEGA 2YNXA 1X9SB 2FUG2 4MLYA 5CRGA 3GV1A 4E8EA 4POKA 1AC1A 1H75A 2B6MA 4NPBA 1EGRA 3QAWA 4GCIA 1TDIA 4ID0A 1NM3A 2GGTA 2XC2A 1ZYEA 1XFLA 1AQVA 4BWQA 4PNFA 2EIQA 1F2EA 4POLA 3N5OA 4OCFA 3PH9A 4IGJA 2H6XA 3UMAA 2CZ3A 2GS3A 3ED3A 3WYWA 1FAAA 2YJ7A 5KN1A 3DRNA 3RHCA 1A8YA 2P0GA 2CZ2A 2H73A 3C1RA 4I6XA 1TU7A 4LMVA 2LKUA 2IMEA 3EVIA 2K6VA 3BBYA 3GH9A 4O92A 5F0GA 2C1YA 5INYA 1NHOA 2F8FA 1FO5A 3E0UA 2GVPA 2O85A 4QL9A 1G7EA 4TR0A 2IPAA 3C7MA 1GSYA 3FR3A 2M46A 2GZPA 2CAQA 2GTUA 2JZTA 3PGTA 5G2ZA 2N5AA 3CXGA 2HXKA 1PKWA 1K3YA 2P5QA 3D4MA 4ZBDA 4YAVA 1M2BA 5FWGA 1TRUA 4HQSA 1XWAA 3Q6OA 1YJ6A 3GKXA 1A23A 1J9BA 1X5CA 2TRXA 1F9MA 1ML6A 3WGDA 1PSQA 2ON5A 5E59A 3GKMA 1YDKA 3GUSA 4YH2A 3UAPA 5JCWA 2VLTA 1BAYA 5D93A 5A4UA 1B8XA 2PVQA 2BTOT 1JZWA 10GSA 3FW2A 1KNGA 1EV4A 1S3CA 3SWLA 3N9JA 4GF0A 1OYJA 5F07A 4EUYA 3CMIA 4XHMA 2C0DA 3F6FA 2FCHA 4N0ZA 4NMUA 1GLQA 1XWKA 5AGYA 4GWRA 4K8MA 1M7TA 1QUWA 1ABAA 1EZKA 3C8EA 1R4WA 4Z7XA 1JZRA 5D9WA 3W8SA 2LV3A 3OR5A 1K0MA 2HE3A 3G7YA 1K0OA 2VCXA 2WS2A 4KH7A 2XPEA 1F3AA 5ECHB 1WIKA 3H1NA 5ECRB 4TXVA 3LXTA 3L78A 1MEKA 5GZZB 2VOCA 1GUMA 2RM5A 1EGOA 3ME8A 1HNCA 5AISA 1SYRA 4IELA 2VM2A 2OBKA 3UOMA 2OE0A 3LG6A 5IO0A 2D2ZA 4KCEA 4PQHA 1AW9A 2WB9A 4JRRA 2MZCA 1V9WA 2E0QA 5J3RA 5DDLA 3IAS2 1F6MC 3DGQA 1GSDA 3EURA 1X0RA 1R7HA 1XW5A 3VFIA 4ZL7A 2AUVA 5EVOA 3NZNA 2CA8A 4EKZA 3GYKA 2H66A 5IMAA 2H0HA 2V6OA 3A2WA 4MJBA 3CYNA 4IN0A 2GZZA 2DJJA 3GSTA 4TR3A 4WBRD 3I6AA 2QC7A 1FVJA 3QDNA 2R37A 1O81A 1TRVA 5KN3A 3L9VA 1AQXA 5DVBA 1MD4A 3KTBA 2RUFA 3DKSA 3G7JA 3KTLA 4PXOA 2FWGA 5HR2A 4EL1A 4HEA2 4KGIA 1PQNA 3WD6A 1R5PA 3VPQA 1OAZA 2PWJA 3TCOA 2C3QA 1THXA 1DSBA 2VUPA 5DCHA 4ECJA 2IIYA 2MMZA 12GSA 1T1VA 3QR6A 2IMKA 2FA8A 1VF2A 3FR6A 4EO3A 2DIZA 3TDGA 2HYXA 2RIIA 2L6DA 4YAPA 4D73B 3K8NA 1K0NA 1GULA 5B8AA 2CAIA 4GRFA 4IJ3A 3QPMA 5JWRB 3ZFLA 1SJ6A 4TVEA 6GSXA 4WETA 4WEYA 2OBIA 1A0FA 3UBLA 5AIXA 4FYCA 1XWCA 2YPMA 4MJEA 2B5XA 3APOA 4Q5NA 2CVKA 5EPFA 3TOUA 19GSA 3HY2A 4I5QA 2TIRA 3U6VA 1EOHA 1H4OA 1DUGA 2AAWA 3QFBC 1Z5YE 3H93A 4WF4A 5ECMB 5F06A 5FT3A 3TJFA 1HQOA 3DVXA 4F9ZA 4K9ZA 4RQRA 4WXTA 3TUEA 1GSUA 1TK0B 4DVCA 4K0NA 1V57A 4HU9A 1B4QA 4KSOA 2I9HA 3GX0A 1XVWA 3KP9A 5COHA 2MYGA 3P2AA 1BEDA 1TJDA 2M80A 3TRPA 1PGTA 1K3OA 4PQ1A 2IJYA 2DJ1A 1PMTA 2C8UA 4KW6A 5B6NA 3W8JA 1IYHA 1XOAA 1O85A 1A24A 1B9XC 1AAZA 4MH3A 2L59A 4IQ1A 2L5LA 4P3YB 3DD3A 1Q98A 3QOUA 2QKEA 1GSEA 2M72A 1O73A 1K0BA 4MDCA 1A2LA 4WF5A 4I8BA 2I1UA 4MJCA 5B7CA 4E8HA 1NSWA 4XRAA 3EU4A 5J5NA 1A2JA 3E9JB 2LRCA 5CP1A 3KD0A 3A5WA 4HS1A 3GA4A 2I4AA 5F05A 1OC9B 4FYUA 1BX9A 3HCZA 4HZ4A 4HJMA 2OE3A 3HA9A 2L5OA 1A8LA 3VWXA 2PN8A 2CX4A 3IHQA 3BCKA 1WJKA 1B4PA 1SL0B 2X8HA 6GSYA 2ON7A 4N0VA 4GSNA 2H30A 4NV5A 3M9KA 3TJGA 5J4UA 1GTIA 2H19A 1GUHA 1QMVA 2DC5A 1OE7A 1W4VA 4KAEA 3RDWA 1XW6A 3O76A 1AUCA 1B9YC 2R6KA 2MBSA 4EVMA 3LWAA 3HXSA 3KEBA 2OE1A 2CVBA 4O5RA 2QGVA 5IQYA 3L0HA 4HU7A 1F37A 1LJRA 3P90A 4G9HA 1UC7A 2EIOA 1K0CA 2C0EA 2KLXA 4J56E 5G30A 2BMXA 2VO4A 4TOPA 5KEJA 2H01A 1V58A 3O3TA 2KUCA 3R2QA 4K1FA 3CTFA 2PERA 3FHKA 2LJRA 2PUKC 5CREA 4BVXA 1YF1A 4LA1A 3J7Yk 2FLSA 5JWQB 2FWFA 2IMDA 4HI7A 4F0BA 3O6TA 4ZXGA 1JLVA 3IBHA 2OKAA 1PX6A 2YP6A 4IS0A 2HFDA 2VL2A 3FYGA 4JR4A 5JWOB 1WMJA 5D8IA 3RPPA 3EYTA 1MDKA 1K0DA 4IKHA 3KM6A 4OFMA 4PUAA 5IOXA 3BCIA 2KP1A 2WCIA 3UL3A 1T7PB 2V2GA 1RK4A 1M2DA 2BJXA 4DSQA 1U88A 2NVLA 4MK3A 1OKDA 1IYIA 2JACA 2PMTA 5CRHA 1PKZA 4IJIA 5G1LA 1S3DA 2YCDA 1MD3A 13GSA 4GSSA 4JBBA 3J7Yb 2DJKA 5G1KA 4TW5A 3F4RA 1GSQA 1YQ1A 5JCGA 4XCSA 2J9HA 4OFTA 1TW9A 3GHAA 4KX4A 2H70A 2X99A 1PN9A 4ECCA 4EE0A 2H1GA 2K8VA 3TJKA 3BOAA 1TRSA 4V2NA 2LTKA 3EMXA 3QMXA 3TKRA 3TJBA 3LFLA 2FD3A 3D21A 5C04A 2R5GA 3UJ1A 5GAND 4IBPA 2L6CA 4BA7A 3QD9A 5KN0A 3G7IA 2C0FA 2ZUPA 5CYYA 3TOTA 2JU5A 2H0GA 4AJ6A 2GT6A 1V2AA 4RUVA 1I9DA 1OVNA 2H6YA 1SJZA 4KE3A 1Z7RA 2FWEA 4CHSA 5H5QA 4N30A 4EXJA 1TU8A 2HRNA 5B6MA 2YN1A 4Q5QA 1A0RP 1MTCA 3F6DA 3MDKA 5D9VA 2IWTA 1LBKA 2L4QA 1XCCA 4XS4A 4XS4B 3EC3A 1R26A 2WDUA 3TKSA 2I81A 4KSMA 5HFIA 2VCQA 5LD0A 4PX1A 4AJ8A 5LNKe 2DMLA 6GSSA 3LGCA 4NHWA 5J9CA 1XWGA 4K2DA 4MPFA 4MPGA 2HI7A 1ILOA 1GUKA 4GQFA 4JZQA 4DSSA 2B5YA 4WR5A 4KCAA 4DSSB 2AV4A 4BL7A 3GX8A 1MDIA 1K3LA 1XPVA 4HUAA 1EWXA 3VURA 2CX3A 4WBJA 5CO3A 1U3IA 1YKAA 1XZOA 5ELAA 2VL3A 2MMNA 3F9UA 3HVXA 3QAGA 4WR4A 1ST9A 5J41A 4G19A 5HR1A 4X1UA 3ISOA 1EP8A 2AYTA 3HD5A 3TRQA 1TK8B 2FWHA 2L57A 4CW9A 3D5JA 4Q5RA 5F8BA 4IQAA 5CAXA 2O89A 3H79A 3QAVA 2PGTA 16GSA 3MWHA 5ECIB 4MZBA 1NW2A 4ECBA 1PX7A 1SL1B 4NHZA 2LUSA 1USBA 3L9SA 1WE0A 3FZAA 3ZFBA 1FW1A 5ENUA 1CQGA 2YOIA 3F63A 3TRXA 1JLWA 4HZ2A 2WGRA 4Q5FA 1ERWA 1HYUA 6GSTA 2V32A 3EWLA 1HNAA 2LJAA 5CNWA 1BQ7A 4RI6A 4K0GA 1GTUA 1GLPA 1TOFA 5ECQB 4PQIA 3VLNA 3UVHA 1JZOA 4V1Ap 2DLXA 1O7UA 3E3EA 2O7KA 4HQZA 4MA9A 2AB6A 3UARA 1X9MB 1WRYA 2FA4A 4L0UA 3I9V2 5H5RA 2PU9C 2HRFA 2NTOA 3AY8A 2F51A 4TKYA 1AXDA 4X0XA 4MZWA 4OCEA 4L5LA 1TP9A 1SK0A 3WGEA 2H6ZA 4LLRA 4ZILA 4OFNA 3Q18A 2A2SA 1JFUA 5ECOB 1VGLA 4F2IA 3CSIA 11GSA 1GH2A 1SK1A 4AJ7A 2YWOA 3ZVJD 4DEJA 4EF0A 4FYBA 5ECPB 4KNDA 1TI1A 5A5KA 3ERWA 3KH9A 4MABA 3F4TA 1GNEA 3EMPA 1JZDA 18GSA 5D9TA 3I43A 4KA0A 3P8WA 7GSSA 1GRXA 3FRCA 1SK2A 2JZSA 5HQPA 5IPHA 1Z3EA 4JEDA 2YJHA 2HSYA 4NAXA 3RAZA 1T00A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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