1BCMA

Bacteriophage mu transposase core domain with 2 monomers per asymmetric unit
Total Genus 77
5010015020025030001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
304
structure length
304
Chain Sequence
VEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRGAANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGGLEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS3 (284-285)TII1 (261-264)S1 (265-272)S2 (277-278)S4 (288-294)TI1 (279-282)S5 (300-306)TI3 (295-298)TI2 (294-297)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transposase
source organism Enterobacteria phage mu
publication title Structure of the bacteriophage Mu transposase core: a common structural motif for DNA transposition and retroviral integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE
total genus 77
structure length 304
sequence length 304
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 1bcmA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bcmA01
4KB1A 2DTUA 1F21A 1QHTA 3LZIA 2KQ2A 3KIOA 4DU4A 4DTSA 3AV9A 2IOCA 4CJEA 4DMNA 4FJJA 5DK5A 1HQEA 3ZCMA 4Y1CA 3ZSOA 4CEOA 4CJ3A 5I42A 1ASUA 1S6PA 2P1JA 4Z0UA 4JLHA 4CJTA 3QEVA 1LW0A 4CK3A 4JS5A 5C24A 1A5WA 4Z4CA 3CM6A 3AVJA 2A1SA 1NKCA 3O4NA 3TAEA 2HVIA 4CF0A 3MXMA 4CHPA 1GOAA 2XY7A 3L3UA 3HXMA 4FJLA 2YNGA 2G8KA 4HCCA 1QSSA 3QNOA 2F96A 2YNFA 3AA5X 3DLEA 3G0ZA 4OPJA 3V6DA 3MEEA 2QKBA 4OGEA 1A5VA 1BQMA 2WONA 1HYZA 2D0BA 4FJMA 1Q8IA 4N56A 3HK2A 3DOKA 4B9SA 4EP4A 4CCHA 5JS1A 3TAGA 4DFMA 1N5YA 4DSJA 3CFPA 1RBRA 1L5UA 1D9DA 3MEGA 4AILC 3HO1A 4XIUA 4M45A 1CXQA 4NYFA 3MXJA 3PX6A 4BDZA 4C8LA 3RTVA 5T7BA 4CJFA 2OPPA 4FM1A 3MECA 2GBZA 3BGRA 3LAMA 3LWLA 3VA0A 4HCBA 1T8EA 3HPGA 4JRPA 3ISNC 4DSLA 2HHTA 1NJXA 3ZSRA 4DSFA 1LAWA 5HRPA 4IFVA 3SQ1A 1C0TA 4W5QA 2KFZA 1TKTA 2JGUA 4DWIA 1RTIA 3O3HA 1JXEA 1BCOA 5HRNA 4FJ9A 3PUFA 4AHVA 4CFBA 4CIEA 3E01A 1K6YA 1C0MA 3TAMA 4BE2A 3B6PA 3VN5A 2E6LA 1XC9A 1TKXA 1TKZA 4KTQA 4CERA 4FJ5A 2IDOA 3NAEA 2XHBA 2PYLA 4H8KA 1B9DA 1W9HA 4CJWA 3QETA 2OA8A 3OYNA 4Q5VA 3VQ9A 3THVA 2O4IA 2KZMA 2EHGA 4F3TA 3MXIA 1HMVA 3ZSXA 4FZZA 4FLYA 1UWBA 1UA0A 2HHWA 4N47A 3OYLA 3L2UA 1HNVA 4C8MA 3I8DA 1JL1A 3IG1A 4IDKA 2VG5A 4FZYA 4CFCA 3AO5A 1YTUA 1HNIA 1Y97A 4CF1A 2XRIA 3M8RA 4C8OA 3NFAA 1HJRA 2IC3A 3LPTA 4CK1A 3QEPA 4YNQA 1BIUA 4CHQA 3SI6A 1L3TA 4EZ9A 2Z1JA 4NCGA 3C95A 3V1RA 4J2DA 3NF9A 1WLJA 3ZT3A 2HHSA 1TK0A 4DU1A 1WAJA 1RTHA 3DRRA 3IS9A 3OJSA 3NCIA 5I3UA 3VQPA 1IG9A 2OZMA 1L3SA 4B9VA 1XHZA 3SJJA 5FROA 3VA3A 3ZSVA 3OYDA 3QESA 2I5JA 1J5OA 3EY1A 1QE1A 2X74A 3KLIA 4KV8A 1U47A 3AVLA 4DQIA 1S6QA 3ALYA 4FLUA 1RT6A 1HRHA 3V4IA 3DLGA 3FFIA 4DF4A 1ASWA 1KVAA 1REVA 4DTJA 1T03A 2BGGA 4DF8A 1NOYA 1JKHA 3NH1A 4KTWA 3QINA 4FK2A 2F8SA 4OGCA 1EP4A 3WNGA 3TWHA 1EX4A 4FLWA 1LWFA 3P1GA 5FDLA 5HP1A 2VG6A 3KJVA 1KVBA 2EX3A 3VQ8A 3DLHA 4DFPA 1RT2A 3ZSWA 4LSLA 3KK3A 4PA1A 3K59A 1C1AA 3DMJA 2B5JA 2X78A 4DQQA 3V9SA 1A5XA 3VQ5A 3ITHA 4LH5A 3PV8A 1JLBA 2G8HA 2E6MA 2E4LA 1X9WA 2OPSA 4DTMA 3ZSZA 1FXXA 2B6AA 2XY6A 3KK2A 1BQNA 4Y1DA 4F4KA 3NGZA 4OLAA 1EXQA 2B4JA 4N5SA 2FC0A 5HROA 1Q9YA 3TARA 1IH7A 2ZQBA 4KO0A 3VQDA 4FW1A 4CHYA 3KLHA 4CJVA 1VSHA 3SQ0A 1WNSA 3SV3A 4J2BA 1UOCA 2XY5A 1FK9A 1VSEA 4F8RA 1RBSA 4E7LA 4M3UA 1ZYQA 4FM2A 2ETJA 4K8ZA 4KI6A 3V1QA 1BI4A 3D45A 3RWUA 4CEEA 1IO2A 4ZTFA 3CM5A 4IG0A 3NGIA 2P5GA 1CLQA 3OYBA 1RILA 4DFJA 1NJWA 4B9MA 4BWMA 3T1AA 4FJ8A 4B9UA 4FZXC 1J54A 4DTRA 4JS4A 2Z1IA 3K2PA 4B9NA 1QTMA 1C1CA 4CJUA 4DLGA 2ZD1A 3HT3A 3RMAA 3SNNA 4BDYA 4FLTA 3AVCA 4CJKA 3SQ2A 3SUOA 1ZBLA 1RNHA 1YVUA 1ZBHA 2QK9A 1O1WA 4ELVA 5KTQA 3C6TA 3NH2A 4FJIA 1CZBA 3P83D 4AHUA 2X6SA 4R5PA 3O3FA 2DY4A 3PO5A 4Z4FA 2YHAA 1WSGA 3DRSA 1UA1A 1TGOA 3HVTA 1IKWA 2HNYA 4E1MA 3HPOA 1RTDA 2FBTA 4B9LA 4FJ7A 4M42A 5D3GA 4FXDA 4BE0A 3OJUA 4IG3A 1HYVA 3S9HA 1NK6A 3I0SA 4CGJA 1S9EA 4E7IA 3HP6A 1JXBA 4NYNA 1U49A 1BISA 2G8FA 2PZSA 1RT4A 1VSFA 1CXUA 4KHUA 3KLEA 3L2VA 3RMCA 3ASMA 1C0UA 1S1TA 4CK2A 3L2WA 4J2AA 4HHTA 5J2MA 5FRNA 1YT3A 4M3RA 1IKYA 4GVMA 1RBTA 1B9FA 2VG7A 3RRGA 2HHQA 4CJQA 3P5JA 3ZSQA 4B08A 3AO3A 4W5RA 2Z1GA 1R0AA 1T05A 3OS0A 4M3XA 4I9QA 4FVMA 4O4GA 5KI6A 4HUFA 1WSHA 1ZBUA 4DSKA 5CY4A 1VSJA 3AVIA 1VK0A 4BDPA 3VQCA 4AHSA 4KKOA 3TAQA 4K8XA 4IKFA 1BI4B 4HVJA 4M3YA 4J2EA 1TL3A 2YKMA 1RT3A 4N76A 2DFEA 3AVBA 3JSMA 4BE1A 3DRPA 4DS4A 4G1QA 4E1NA 2GV9A 4KPYA 4PUOA 3NF8A 3OS1A 1KSPA 4CE9A 1G15A 5KGWA 3VQ7A 1WN7A 3OYEA 2G8IA 2VWKA 1RCHA 3F9KA 3LP2A 4KHSA 2HB5A 3SV4A 4AHCA 4BACA 2BE2A 5C42A 1SKRA 1I3AA 1QS4A 3QO9A 2HNZA 3NGYA 5J2PA 3HM9A 3LPUA 4ZHRA 3EYZA 4FLXA 3V9UA 2Y1IA 3SUPA 2OZSA 3K5MA 1S1XA 3SPZA 4N41A 4LSNA 3M8SA 4E89A 4B9TA 1TV6A 2YV0X 1RT5A 4CESA 1WSJA 2KW4A 4KFBA 3LP0A 3QEIA 1TK5A 3QLHA 2P51A 1YTAA 1SKSA 1NK5A 1NK4A 1VSLA 5FRMA 4FJXA 3H08A 4CFAA 3AO4A 3K5OA 4OKKA 4H4OA 1L3VA 1LAVA 3HJFA 4AHTA 2XO7A 4FK4A 4LD0A 4KHWA 4CJRA 2IAJA 3U3YA 4AHRA 3QEXA 2VWJA 2D0CA 1NK8A 3CFOA 4O44A 2KZZA 4NCBA 3OVNA 4DQRA 3L2QA 3QNNA 1X9MA 1TKDA 3OYAA 1Z25A 1NK0A 2OYQA 4M3ZA 5CZ2A 3PY8A 3S3MA 2FBYA 3QEWA 1B92A 4DTXA 4IFYA 4F2SA 2W42A 3VQ4A 2FBXA 4I2QA 4CHNA 1NJZA 4CEZA 5KGXA 4FK0A 4FCYA 1XI1A 2Z1HA 3TABA 1SKWA 3ZT2A 2RN2A 1RT1A 1C6VA 1RDCA 4ID5A 3KKRA 3TAFA 2KFNA 4CGDA 4YFUA 4JRQA 4L8RB 2KTQA 4KREA 1JLEA 5EU7A 3JYTA 2FBVA 1S1VA 3AVHA 4ID1A 4CF8A 3O3GA 1RDAA 3MAQA 4M3TA 3UIQA 3CFRA 1U48A 3KD5E 4HTUA 1BL3A 4B8CA 4W5OA 2HHVA 5DMRA 2G8VA 4DG1A 1JL2A 4FJGA 1BIZA 4B8AB 4B3OA 2YNIA 2D0AA 3CQ8A 3AA4A 4DTNA 4FJNA 4KHNA 1J9AA 3AVFA 3DOLA 3EZ5A 3V9WA 4BWJA 3LDSA 5J2NA 1D9FA 4LY7A 5C25A 4W5TA 3LP3A 4E3SA 2HVHA 3VQAA 1TVRA 2HHXA 1WSIA 3LAKA 3M8PA 1XHXA 3G10A 4QAGA 4CIFA 1ASVA 3I0RA 4DU3A 4O0JA 1NOZA 3AVNA 4KAZA 1QSYA 1KLNA 3SUNA 1KTQA 3OYKA 2DFFA 4HUEA 3NF7A 2Y1JA 4CEQA 3HSTB 4QCLA 2NUBA 2X6NA 3PO4A 1S1UA 1S9GA 4O55A 1FKOA 4IBNA 1CZ9A 1D5AA 4GW6A 4CJ4A 3F73A 4FLZA 3S3OA 1KRPA 2YHBA 1VRTA 4CJ5A 4KI4A 4DS5A 4DTUA 4O0IA 3CG7A 3VQEA 5HLFA 4F3OA 3KK1A 2F8TA 1JLGA 2A1RA 4CEFA 3KLGA 2GUIA 4KTZA 5HRSA 4Z4EA 3LWMA 4RW9A 4CJSA 3RRHA 1LW2A 3AVGA 2BDPA 3TANA 1QQCA 1GOBA 1JLCA 2RF2A 4DSIA 4PQUA 3A2FA 5CYQA 1XWLA 2P5OA 3D0PA 1JLAA 3NHGA 4ELTA 3V81A 4DSEA 3WNFA 3SPYA 2HNDA 1SV5A 3T3FA 1KFSA 2OPQA 1TAQA 3LANA 1SL0A 4PWDA 1ZBIA 4KB0A 3NF6A 1GOCA 1VSKA 2OPRA 2RKIA 4Q0BA 3OY9A 4CF2A 1C1BA 1SUQA 1JLQA 3VQQA 3WNEA 4OKEA 4ZTJA 4DQSA 1RTJA 2PYJA 4CHZA 4O5BA 4RG8A 1IKVA 4RW6A 4OKJA 3ZT4A 1J53A 3V9ZA 2QKKA 3DLBA 3SCXA 3K5LA 4FM0A 4CEDA 2WOMA 5E41A 4GMJB 1HPZA 3CYMA 3OYFA 1NKBA 4DFKA 2Q3SA 4MQ3A 3RR8A 3TAPA 4EZ6A 1EKEA 5KRTA 3KLFA 5SWMA 2ITGA 1LWEA 1WAFA 2BANA 5K14A 3KTQA 4OJRA 3DM2A 3VQ6A 1N6QA 4TSXA 3NH0A 4DTOA 3S3NA 1S1WA 1T7PA 4F2RA 5SZTA 2PY5A 2HHUA 1BHLA 1DTTA 4CGFA 1IKXA 1D8YA 4CJPA 4E7HA 4KHYA 1WSEA 4DLEA 4PY5A 4CJLA 4W5NA 1RT7A 1HYSA 1RBUA 4CEAA 1TL1A 3K57A 3AVAA 1SL1A 1SL2A 1W0HA 3V1OA 3T19A 1TK8A 4KHQA 4OPKA 1NKEA 3OS2A 4ICLA 4FYDA 3QIPA 3U3GA 4NCAA 1RDDA 4I2PA 3TI0A 2ZE2A 1VSIA 4HUGA 3AA3A 1L3UA 1VSDA 4FJKA 3C6UA 4CGHA 3DI6A 1RBVA 3WNHA 4CEBA 1U45A 4RW4A 1Q9XA 3OYMA 3RMBA 3RR7A 4DQPA 2ATQA 2R7YA 4OLBA 3L8BA 1DTQA 4MFBA 2IGIA 3RMDA 1BCMA 1BGXT 1S5JA 1Z26A 1X1PA 3OYIA 3VQBA 5J2QA 3DLKA 3KD1E 1MU2A 3HL8A 1ITGA 5CYMA 2G8UA 1KLMA 3AO1A 4EP5A 4Z4GA 4RW8A 4C8NA 5HBMA 4Z4IA 5HRRA 1NJYA 4ELUA 4I7FA 3ZSYA 4CFDA 3AVKA 5J1EA 4RW7A 3IAYA 1WSFA 2JLEA 3NBPA 4FW2A 3C94A 4CF9A 3SQ4A 1KCFA 3O4QA 3SYZA 1LWCA 3PX4A 4AH9A 4CIGA 3LALA 3ZT0A 3OYJA 4FLVA 3SUQA 1RDBA 1JLFA 3PX0A 4H4MA 5JS2A 2HW3A 1U04A 2AJQA 3IRXA 5CZ1A 4E19A 3QERA 2RPIA 4M3WA 1ZBFA 2HMIA 3L3VA 2XY8A 3V9XA 1NK7A 4E0DA 3L2RA 1KVCA 4LH4A 4Z4HA 2YNHA 3DYAA 1TAUA 1EETA 1X9SA 4QOZB 1VSMA 4M41A 1FKPA 3AA2A 3HP9A 2QXFA 1DLOA 3KKSA 3OYCA 4KRFA 3AVMA 4WE1A 2DFHA 5KRSA 3OYGA 2D5RA 4E7KA 3HVRA 1QSLA 4FJHA 4E7JA 1KFDA 3TR8A 4C8KA 3B6OA 3SZ2A 3HPHA 1NK9A 1LV5A 3BDPA 3MEDA 3AO2A 1UAXA 4CHOA 1U4BA 1HQUA 4CGGA 3ULDA 1VRUA 2LSNA 3M8QA 3ZT1A 3U6FA 3NDKA 1I39A 3K5NA 3LZJA 4CGIA 3DLRA 3LP1A 3K58A 2YKNA 4UQGA 4I9LA 4DTPA 2O4GA 3NE6A 4OVLA 2G8WA 4CECA 3HYFA 2IS3A 3OYHA 3QIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XMQK 3WXIA 4WF9L 2LCLA 2P9LA 3CJBA 5BN8A 2AZSA 2BUDA 3V7RA 1QHTA 5TKYA 2EGCA 1ZSZC 4C8QE 2KT8A 5GAMf 1PKTA 4M7AC 1JJ2A 3M4GA 4DMNA 3ZCMA 4FPBA 4CEOA 2J6KA 1ASUA 4CJTA 4N0AC 4JS5A 1B3QA 2A1SA 3FRNA 1VAZA 5BRDA 4OMQA 4DV0K 1YCSB 1NKCA 4PL8A 1MMAA 3HXMA 2UU9K 4PJOG 4ORZA 1BBZA 4XU2A 2QKBA 2P0PA 1HYZA 1Q8IA 4N56A 4B9SA 4EP4A 2RO0A 3GOIA 3CFPA 2MPXC 2DERA 3D2FA 1XNIA 1ATNA 2YHYA 3GL1A 2JMAA 2M0YA 4E1JA 4AILC 2RH2A 1PRMC 4Q5WA 1UE9A 1KQSA 1CXQA 5GAHP 1RDWX 4C8LA 4A4GA 3RTVA 3CMEQ 3T7ZA 4CJFA 2LT4A 3LAMA 1AOJA 3CQXA 2XD0A 4ILJA 3HPGA 3SJHA 2A3ZA 4K11A 2COZA 2DL5A 2YRVA 3LM9A 4DSFA 5HRPA 2CGHA 2O9SA 5GANd 3CIPA 4IFVA 2H3GX 3EGXA 1C0TA 2E1YA 1Q82R 1SZ2A 2JGUA 4J8FA 2KFZA 5AJ3K 1KAYA 1RTIA 1JXEA 1SS6A 3QB0A 5HRNA 2A36A 4J9FA 5AQGA 4CIEA 1TUUA 4O8KA 3BEXA 4PKCC 3THWA 4BREA 3TAMA 3MCPA 2A5XA 3VN5A 2RHYA 2DXCA 1TKZA 4KTQA 4IURA 1UEBA 3NAEA 1VQLN 3VS7A 2XHBA 2PYLA 3QETA 1W9HA 1NYGA 2F2VA 3NHNA 3CCUQ 3VQ9A 3KWGA 3THVA 5HCKA 3TPQA 2WC9A 3OW2M 4J7IA 2CZ6B 5AQJA 3VTHA 1VQPA 1UA0A 4V2SA 1X6GA 4GBQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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