1BCMA

Bacteriophage mu transposase core domain with 2 monomers per asymmetric unit
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
304
structure length
304
Chain Sequence
VEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRGAANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGGLEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the bacteriophage Mu transposase core: a common structural motif for DNA transposition and retroviral integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE
molecule tags Transposase
source organism Enterobacteria phage mu
total genus 77
structure length 304
sequence length 304
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 1bcmA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bcmA01
3V1RA 5CZ2A 1W0HA 2P1JA 1TV6A 4UQGA 4E1MA 2KFNA 3PX6A 4KB0A 2B5JA 2ETJA 3B6PA 3OYGA 3OS1A 4F3OA 2E6MA 3DLKA 3HYFA 3OYKA 5KRTA 4CFBA 2XY7A 1ZBUA 4GMJB 5HP1A 2QKKA 5I42A 2G8FA 3OJSA 2IGIA 2KQ2A 3QEXA 2HB5A 4KHSA 3K57A 2HHWA 3CFOA 1HNVA 3HVRA 4DTJA 4K8XA 1FK9A 2P51A 3K5NA 2DTUA 3SYZA 1RBSA 1JXBA 4B3OA 5C24A 1ZYQA 2XY6A 1SKWA 1NOYA 1IKYA 2JLEA 3PX4A 3SUPA 2GUIA 1MU2A 1C6VA 3QERA 1DTQA 2YKNA 5CYMA 4G1QA 3O4NA 3TR8A 3SZ2A 4RW9A 4DQSA 3AVIA 4KHQA 4ZTFA 1NJXA 3L3UA 1TAQA 1VK0A 4DQPA 3T19A 2Y1IA 4MQ3A 1NJZA 4M42A 1TL3A 4FJJA 3PUFA 3OY9A 3C6UA 4FVMA 2VWJA 1Q8IA 3V81A 4C8KA 4CJRA 3OYDA 2ZE2A 4CEOA 3TAGA 4HVJA 4PY5A 2KZZA 4FLVA 1HJRA 1ZBLA 4IDKA 3HJFA 4NYNA 1WAJA 3T3FA 4FW2A 3LP1A 4CJFA 4QCLA 1NK8A 3SPZA 1J54A 4FM2A 3V4IA 2OPSA 4AHUA 3VQ8A 1SKRA 1IKVA 1JL1A 3LANA 4E7KA 3O3GA 3SQ2A 1U4BA 4Z4GA 2PZSA 3CQ8A 4CEEA 5HLFA 3ZSZA 3AO2A 3AVGA 1L5UA 1SKSA 2VG5A 4F2RA 1RDCA 2ZD1A 4M3WA 1J53A 4O5BA 1HNIA 4O0JA 1KTQA 3NE6A 4J2EA 4PWDA 1NK9A 2XRIA 4CHZA 1TAUA 3L2QA 5SWMA 1KSPA 4N41A 3L2RA 4CJLA 2Z1HA 1TL1A 3DRRA 1XC9A 1ASUA 4KFBA 2B4JA 3M8QA 5J2QA 1UOCA 4ICLA 5HRSA 4DSKA 1JLBA 2YNGA 1IKWA 3AVKA 4JLHA 4QAGA 3V9ZA 3SJJA 2G8WA 1BGXT 4CGDA 1D8YA 3KLEA 5FROA 4CJQA 4KREA 3OYNA 3L8BA 4DTRA 4DFKA 4N5SA 4BDPA 4CIGA 1JKHA 3DMJA 3VN5A 1QSSA 3K5LA 1B92A 1ITGA 4AH9A 2XY8A 1JLAA 5CZ1A 1KVAA 3LP3A 4GW6A 4CHQA 1EETA 1T05A 2F8TA 3DOKA 1WSHA 3NCIA 2P5GA 3IG1A 2A1RA 1LV5A 2HHXA 1VSFA 4CF0A 2G8KA 1TKXA 4KKOA 5HRNA 4CK1A 1N5YA 4CEAA 4DS5A 4E7IA 4DSFA 4J2BA 3PO5A 1K6YA 3KTQA 1CXUA 4FLZA 4FLWA 2YNHA 3C6TA 1JLFA 3CFPA 4M3YA 4CESA 3MEGA 1DLOA 5KI6A 1KLNA 4W5RA 4IG3A 3O3FA 1C1CA 1TGOA 1IH7A 4CGHA 4IG0A 1WSFA 4Z4HA 1FKPA 5KGXA 4DMNA 1KCFA 4O44A 3K2PA 1U48A 3NFAA 3HPHA 2ATQA 3RR8A 4L8RB 3DOLA 4E0DA 1TKZA 4FZXC 4C8NA 3HT3A 1KFSA 2FBVA 4LD0A 1B9DA 3QNOA 3MEEA 4B9VA 3TARA 3TAEA 1HYZA 3NGZA 3AO1A 4CK2A 4K8ZA 4FJKA 3MXIA 1SUQA 2HNYA 1Q9YA 2FBXA 1RNHA 2G8HA 2G8VA 1T7PA 3TWHA 4HCCA 1BIUA 2KW4A 4CERA 1HYSA 3AVLA 4LH5A 4DS4A 3AA4A 4CHYA 3RR7A 3HP9A 3QIOA 4EP4A 3SNNA 3NH0A 4PUOA 1VSJA 1L3TA 1TKTA 4M3ZA 4F8RA 3V6DA 4FJ9A 4MFBA 3ALYA 4CJSA 5KTQA 4KHUA 3ITHA 4KO0A 4CGGA 1R0AA 4B9TA 4KHNA 4CGFA 3ZSWA 4CEBA 4FJMA 1WSEA 3KLHA 2P5OA 3VQ4A 1WSIA 3IS9A 3OJUA 3DRPA 3VQAA 4HUFA 4J2AA 1KVCA 3SCXA 4IFVA 4ELTA 4DTOA 1RT2A 1S1VA 3ULDA 2F96A 4CJ5A 2RN2A 3C95A 4N47A 4W5OA 4DF8A 5SZTA 1VRTA 4CECA 3NHGA 1DTTA 4CEZA 4B8CA 4BWJA 3RRHA 3CFRA 2EHGA 3ASMA 4OKKA 3AA2A 4RW6A 3P5JA 3DLHA 1S1XA 4CJTA 3QNNA 3L2WA 3KD5E 3QESA 3S3NA 2B6AA 5KRSA 4BE2A 1NJYA 4FK0A 1WAFA 3ZT4A 3QEWA 4KPYA 1VSHA 1S1TA 1WSGA 3I0SA 4CEDA 1Z25A 4FK4A 1FXXA 1KFDA 2A1SA 3ZT0A 1QSLA 1JLGA 1IKXA 2HHUA 4I2PA 2RPIA 3KK2A 1RT1A 2OPPA 4FJGA 3C94A 1VSKA 4FLYA 2YNFA 3WNEA 4Z0UA 4ELUA 4DTPA 4DQRA 3QEIA 4E7LA 1BIZA 1A5VA 3DM2A 2OPQA 4BDYA 3SV4A 4KAZA 4JRQA 3V9XA 4C8OA 2YHAA 4ZTJA 1QQCA 4Z4IA 2LSNA 3RMBA 3EY1A 4FJ5A 3KLFA 1YVUA 1BISA 1LWFA 3M8RA 1KRPA 3S9HA 1RTIA 4DWIA 3H08A 3S3OA 3KJVA 4RW7A 3VA3A 2PYJA 1F21A 4KB1A 3QIPA 4N76A 1C0UA 1XI1A 2O4IA 1QE1A 4M3TA 3TAQA 1D5AA 3ZSVA 1BHLA 3KIOA 3OYEA 1IG9A 4FZZA 1KLMA 1Y97A 4M3XA 4DSJA 5HRRA 3VA0A 1C1AA 4FLTA 3AVCA 3ZCMA 1RTHA 3OYHA 1O1WA 2BDPA 3LP0A 3NF6A 4CIFA 4W5NA 2GBZA 3LAMA 3SUNA 2QKBA 4KTWA 1QTMA 3I8DA 3DI6A 3OYBA 2X74A 1UAXA 2VWKA 3MXMA 3HL8A 1WLJA 4CIEA 3WNFA 3K5MA 1VRUA 4FM0A 3QETA 4I2QA 3NF7A 1RBUA 1RBTA 3AVMA 4M41A 4CJEA 4J2DA 1JXEA 3QLHA 1HPZA 2IDOA 4BWMA 2BE2A 1C0TA 1RBVA 3VQ6A 4B08A 4E7JA 1NK4A 2OZSA 4CEQA 3TI0A 1NK0A 2YNIA 3HSTB 1NK6A 2KTQA 3EYZA 3OYJA 1RT6A 2JGUA 3U3YA 3LALA 3E01A 3LPTA 4AHSA 4ID1A 4CJ4A 1SL1A 2G8IA 1U47A 1NK5A 3KKSA 4H4MA 3V1QA 4Q5VA 3L2UA 4BDZA 3U3GA 4CJPA 3K59A 4B9SA 1ASWA 3LWLA 4F2SA 3U6FA 1KVBA 1VSEA 2Z1GA 1J5OA 3SQ0A 2GV9A 2FC0A 3K58A 4R5PA 4DF4A 4OJRA 2PY5A 1VSLA 5HRPA 3AV9A 4OKEA 1WNSA 3KD1E 4E19A 1S6PA 3NH1A 3HO1A 1FKOA 3WNHA 2DY4A 2RKIA 1NKBA 4DU1A 3F73A 3PY8A 3HM9A 2E4LA 4CGIA 3KKRA 1TK0A 4OGCA 1J9AA 3AA3A 3LPUA 4AHTA 4CF8A 4Z4EA 4O4GA 1LW0A 5D3GA 2YHBA 4HHTA 5HROA 3AVAA 3AVHA 1I39A 3VQQA 4DSEA 4HUEA 4FJ7A 1EP4A 4OLAA 4M45A 1L3UA 2W42A 3NF8A 3VQCA 3WNGA 1HMVA 1I3AA 1TVRA 4DLGA 1W9HA 4DG1A 2DFEA 4LSLA 3ZT3A 2R7YA 2HHTA 1T03A 3ZT1A 3UIQA 2F8SA 3RRGA 5DMRA 3JYTA 1QSYA 3KK1A 4KHYA 1YTUA 4NYFA 2G8UA 1S5JA 3MECA 4BACA 3FFIA 1RT4A 3DLEA 4LY7A 4DFMA 1L3SA 4IFYA 4ZHRA 1EXQA 3HPGA 3HPOA 1GOCA 3SPYA 1RDAA 3LZJA 4DTXA 5FRNA 1EX4A 1RDBA 5K14A 4CJ3A 4FJLA 4FJXA 3RWUA 4E7HA 3DLBA 4DTMA 1TK8A 4NCAA 2KZMA 3AA5X 4JS4A 2NUBA 1RDDA 1U04A 3KK3A 4EP5A 3OS2A 3AO3A 2HHVA 1JL2A 1NOZA 4EZ6A 1GOAA 4CF9A 3OYCA 3MAQA 1U49A 3VQ9A 1LWEA 4Y1CA 4GVMA 3OYMA 4NCGA 3V9SA 2HW3A 4QOZB 1XWLA 5EU7A 3IAYA 1VSIA 4NCBA 1X9SA 4CHNA 1UWBA 4H4OA 4DQQA 3ISNC 4CHPA 3SUQA 4CK3A 3NGYA 5C42A 2D5RA 2XHBA 1CZ9A 1S9GA 1C0MA 3SI6A 1HRHA 1D9DA 4FJNA 1G15A 3IRXA 4FZYA 1NKCA 3HP6A 4TSXA 3ZSYA 1RTDA 1ASVA 4PA1A 4CFDA 2X6SA 4DLEA 2FBTA 5JS1A 3OS0A 2HNZA 4FLXA 3V9UA 4B9UA 4CJVA 1RBRA 3VQ5A 2HMIA 4KRFA 4HUGA 2Z1JA 2D0AA 3THVA 3LP2A 5E41A 5FDLA 1S6QA 2ZQBA 1B9FA 4CEFA 4DTUA 1C1BA 4B9LA 2IS3A 2PYLA 4O55A 3P1GA 3DLGA 4AILC 3AO4A 4CJKA 3LDSA 4EZ9A 2Y1JA 1IO2A 1N6QA 4FXDA 2Z1IA 1X9MA 3LWMA 2IAJA 5C25A 4RG8A 4E1NA 3NGIA 4OKJA 4FK2A 1RT3A 3NF9A 3AVBA 3BGRA 3CG7A 1LW2A 1RT5A 4OPKA 3PV8A 1ZBIA 1CXQA 4DSIA 1U45A 5HBMA 1XHXA 1X9WA 4CJWA 4CJUA 4C8LA 3DRSA 4CGJA 1XHZA 2ITGA 1SL2A 4I9QA 2D0CA 1S1UA 4H8KA 3P83D 3DLRA 4AHRA 4XIUA 4DTSA 1NK7A 3ZSQA 3S3MA 1JLEA 3QO9A 3VQ7A 2FBYA 2WOMA 3M8SA 3AVFA 1REVA 2HVIA 3TAPA 3K5OA 5T7BA 4N56A 2XO7A 4FJHA 3RMCA 4CE9A 3SQ1A 3LAKA 3SV3A 4E89A 4FW1A 1Z26A 3O4QA 3QEVA 1UA1A 4ELVA 4FM1A 4F4KA 3AO5A 2OPRA 2Q3SA 3SUOA 2E6LA 1BCMA 1RCHA 1BQMA 4BE1A 3BDPA 4WE1A 1SV5A 1RT7A 3OVNA 5KGWA 3VQDA 3G0ZA 3QINA 3I0RA 3ZSOA 4W5TA 5J1EA 4KTQA 2IC3A 1A5WA 3AVNA 1S9EA 4IBNA 4AHVA 3JSMA 3PX0A 2OA8A 3V9WA 4KV8A 5J2PA 4JS5A 3NBPA 2OYQA 1GOBA 4RW4A 4M3RA 1CLQA 1QS4A 4FJ8A 1WSJA 2YV0X 4HTUA 3RMDA 1ZBFA 1CZBA 3VQBA 4JRPA 1NKEA 2AJQA 4C8MA 3PO4A 2I5JA 4OLBA 4LSNA 4O0IA 2IOCA 2WONA 3OYAA 3RTVA 4LH4A 4ID5A 3OYFA 3OYIA 4Z4FA 3HVTA 2DFHA 4YFUA 3HXMA 4E3SA 1RILA 4FYDA 1A5XA 2D0BA 3NAEA 3RMAA 3CM6A 1D9FA 3VQEA 2EX3A 3B6OA 4RW8A 1RTJA 4CCHA 4Z4CA 1BQNA 3D0PA 2HHSA 1BI4B 3LZIA 3AVJA 3ZT2A 3O3HA 2X78A 3L2VA 3OYLA 2HNDA 4B9NA 3ZSXA 4F3TA 4OGEA 3F9KA 5I3UA 5DK5A 4DFPA 1HQEA 2DFFA 1T8EA 2BGGA 3EZ5A 4AHCA 1L3VA 2X6NA 4Y1DA 4B9MA 1TK5A 4Q0BA 1ZBHA 1UA0A 3G10A 4KHWA 3A2FA 2RF2A 4OVLA 2O4GA 5JS2A 3KLGA 4IKFA 4BE0A 2KFZA 4DSLA 4DTNA 3TANA 3NH2A 3DYAA 1BI4A 4PQUA 1VSDA 3KLIA 3M8PA 4W5QA 3TAFA 3TAMA 3D45A 3HK2A 3MEDA 3ZSRA 1Q9XA 5J2NA 4HCBA 2XY5A 4M3UA 4CHOA 5FRMA 1TKDA 5CY4A 1YTAA 5CYQA 4CF2A 3TABA 1X1PA 4DU4A 1LAWA 1S1WA 1YT3A 1QHTA 3CM5A 4FLUA 3CYMA 4DQIA 3QEPA 1VSMA 4DFJA 4I7FA 4KI6A 3L3VA 4B8AB 5J2MA 4KTZA 3SQ4A 4KI4A 2HVHA 1JLQA 2HHQA 1LWCA 1BCOA 4FCYA 4I9LA 2QXFA 3MXJA 3V1OA 1EKEA 1WN7A 4CF1A 4OPJA 1SL0A 2OZMA 1HYVA 1HQUA 2VG7A 4YNQA 2QK9A 3T1AA 4CFCA 2VG6A 1JLCA 4DU3A 1LAVA 2YKMA 4CFAA 1NJWA 3VQPA 4FJIA 1BL3A 3NDKA 2BANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V1RA 1AEYA 5CZ2A 1QVGA 1K1ZA 1HUXA 4B3MK 4E1MA 4PFOA 2EKHA 1JCEA 4KB0A 3B6PA 4F3OA 3OS1A 1YHQN 4DBHA 2XY7A 4CRIA 1D0XA 2NWMA 1X3MA 2A37A 1QW1A 1ZBUA 5I42A 2G8FA 1VQPT 1VYUA 3JCMX 2IVWA 3ZBDA 3SWNA 3PSFA 3HVRA 1FX7A 4F7UB 3UKRB 1T3SA 4DTJA 4K8XA 2K6DA 1FK9A 4GLKA 5CVIA 3UATA 2QWRA 1RBSA 3K5NA 2DTUA 1ZYQA 2P9LA 2XY6A 1NOYA 1FMWA 2DEQA 1J6ZA 4B9QA 1QVGP 2YLBA 2GUIA 1N8RR 2QASA 4A53A 2WSCE 5CYMA 3FJPA 3O4NA 3TR8A 3KBGA 2ZCFB 2MYSA 4LD9K 4RW9A 4ZTFA 2EYWA 4HVUA 1TAQA 3BFMA 1VK0A 3L3UA 4FJJA 2V52B 3PUFA 3C6UA 4J7FA 2QA4A 3L1AA 1Q8IA 2WFBA 3EN9A 3OYDA 3QDRB 1NGGA 4XTUA 2CDTA 1VQ7T 1Y64A 2ZE2A 5BRHA 2KZZA 3ZETA 1NLVA 1ZBLA 1QP3A 3CETA 3TEEA 4IDKA 1WAJA 3HJFA 3QJ6A 3L4IA 2A36A 2CP6A 2HDAA 2O88A 3LP1A 4CJFA 1YXQA 4LC9B 1S72N 1HD3A 1GCPA 2OPSA 3FZFA 4K42A 1ARKA 3O3GA 3CMAN 4Z4GA 4K0KK 3CIPA 3K0SA 4JRKA 2EFIA 4QS8A 4M3WA 4KBMB 3AY9A 4NO7A 4O5BA 1KTQA 3OA6A 4J8OA 3BF1A 3OW2M 4CHZA 3L2QA 1D3BA 1KSPA 2LC4A 5DLQE 4CC2A 5GMKl 2Z1HA 5FPEA 3H41A 3DXMA 5GAOr 1SF9A 2Q36A 2O9VA 2IIMA 4ICLA 4DSKA 2RD1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4KHW A;  3A2F A;  2RF2 A;  4OVL A;  2O4G A;  5JS2 A;  3KLG A;  4IKF A;  4BE0 A;  2KFZ A;  4DSL A;  4DTN A;  3TAN A;  3NH2 A;  3DYA A;  1BI4 A;  4PQU A;  1VSD A;  3KLI A;  3M8P A;  4W5Q A;  3TAF A;  3TAM A;  3D45 A;  3HK2 A;  3MED A;  3ZSR A;  1Q9X A;  5J2N A;  4HCB A;  2XY5 A;  4M3U A;  4CHO A;  5FRM A;  1TKD A;  5CY4 A;  1YTA A;  5CYQ A;  4CF2 A;  3TAB A;  1X1P A;  4DU4 A;  1LAW A;  1S1W A;  1YT3 A;  1QHT A;  3CM5 A;  4FLU A;  3CYM A;  4DQI A;  3QEP A;  1VSM A;  4DFJ A;  4I7F A;  4KI6 A;  3L3V A;  4B8A B;  5J2M A;  4KTZ A;  3SQ4 A;  4KI4 A;  2HVH A;  1JLQ A;  2HHQ A;  1LWC A;  1BCO A;  4FCY A;  4I9L A;  2QXF A;  3MXJ A;  3V1O A;  1EKE A;  1WN7 A;  4CF1 A;  4OPJ A;  1SL0 A;  2OZM A;  1HYV A;  1HQU A;  2VG7 A;  4YNQ A;  2QK9 A;  3T1A A;  4CFC A;  2VG6 A;  1JLC A;  4DU3 A;  1LAV A;  2YKM A;  4CFA A;  1NJW A;  3VQP A;  4FJI A;  1BL3 A;  3NDK A;  2BAN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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