1BCMA

Bacteriophage mu transposase core domain with 2 monomers per asymmetric unit
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
304
structure length
304
Chain Sequence
VEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRGAANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGGLEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the bacteriophage Mu transposase core: a common structural motif for DNA transposition and retroviral integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE
molecule tags Transposase
source organism Enterobacteria phage mu
total genus 77
structure length 304
sequence length 304
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 1bcmA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bcmA01
5D3GA 5C24A 2X78A 1JLQA 1EP4A 1T03A 1Q9XA 2HMIA 3EY1A 4O0JA 1EX4A 2XY6A 4DU1A 4FJJA 1JLAA 4CFBA 3WNEA 4DS5A 1IKWA 4IG3A 1HQEA 5C25A 2YKMA 1HYSA 4CJRA 3ZSWA 3SUPA 2GUIA 4KRFA 1X9SA 3SYZA 4DTNA 4FJGA 3L2WA 4BACA 3SPYA 3NE6A 2YNGA 1C1CA 1YTAA 4DSIA 1TL3A 4F3TA 3LALA 3ZSVA 3AO1A 3VQAA 4DSFA 4M45A 1VSDA 4L8RB 2B4JA 1BI4B 4ID1A 3AV9A 3V9ZA 2QXFA 4KHNA 4E89A 1O1WA 1RCHA 3P5JA 4NCGA 4M3YA 4Q0BA 1WNSA 4CGGA 3NF6A 3VQ5A 3WNFA 1XHZA 1U45A 3P83D 1T8EA 3OS0A 3RRHA 3MXJA 4EZ6A 4OKJA 4FZYA 1S1UA 2DFHA 4H4OA 3ZT0A 3JYTA 1JLCA 3OYBA 1YTUA 2KZMA 3SQ4A 3RR8A 3KK2A 4KHYA 2QK9A 3KLEA 3AO4A 1WSFA 2F8TA 1I39A 4KB0A 3L3UA 3CFPA 5HRPA 5HRSA 4W5QA 3F9KA 1IKXA 3O3GA 4FLYA 1DTQA 3IRXA 4FW2A 1BQNA 4E3SA 1QS4A 4J2DA 4B9UA 2DTUA 4LH5A 1T7PA 2Z1GA 2HNZA 1RTJA 3BGRA 2YHAA 3KIOA 4OVLA 4CERA 1QSSA 4CJPA 3QEPA 3MXIA 4IKFA 4N41A 1BGXT 4DTJA 4CGFA 1VSEA 1RT6A 1J5OA 2HNDA 1UOCA 4K8ZA 4HTUA 4C8LA 1UAXA 2OA8A 3QIPA 1FK9A 4CEZA 1KLNA 4I9QA 1KCFA 1HMVA 1B9DA 3KLGA 4FK2A 4NCAA 3T1AA 3HK2A 5KTQA 4FYDA 5HRRA 1WSGA 4H4MA 4BE2A 3VN5A 2QKBA 3DLBA 2X6NA 2YNIA 3HL8A 3NF9A 2FBTA 4C8MA 3VQ4A 1SL2A 2E4LA 4OGEA 4PQUA 3TAMA 4CJ4A 1IO2A 3OS2A 3SCXA 1R0AA 2FBYA 2JLEA 1IKVA 1KVCA 5SWMA 4LY7A 5J2MA 4AHRA 2KW4A 3HPOA 1S9EA 4UQGA 4HCCA 4N5SA 1I3AA 4W5RA 3HVTA 3ZT2A 4RG8A 3S3OA 4B9NA 3HJFA 4QOZB 1TKZA 3I0RA 1G15A 1XHXA 4B9VA 1HYVA 3VQ8A 1NOZA 2ETJA 1ZBFA 3CQ8A 1Q8IA 3CYMA 2GV9A 3QIOA 3ZT4A 4CHOA 4FM2A 3SPZA 1X9MA 3SI6A 2RN2A 3A2FA 4LD0A 1QHTA 5T7BA 3ULDA 3VA3A 4CHPA 2Z1IA 2XRIA 4FM0A 4M3RA 4CJTA 4CJEA 1JLEA 4CHQA 2F96A 1S9GA 4CF1A 4I9LA 1WLJA 3QESA 4J2EA 3DLGA 1S6PA 1XWLA 4I2PA 3VQEA 3I0SA 3ZT3A 4FM1A 4KI4A 1CLQA 1W0HA 3K5OA 4DMNA 4CGHA 1WN7A 3AVKA 2F8SA 1ASWA 4KREA 2DY4A 1VSLA 4E7LA 3P1GA 3HP6A 5HROA 2G8FA 4Z4FA 1DLOA 2R7YA 1TK5A 4ICLA 1REVA 3K5MA 3QEIA 4KHWA 3G10A 4OJRA 4AHTA 3VQPA 2JGUA 5J2QA 1B92A 2PY5A 3AVNA 4DU3A 4IDKA 4ZTJA 3AVGA 1HNVA 4FJHA 1NK7A 3MECA 4CIFA 1ZYQA 3C95A 3PO4A 5SZTA 3PX0A 3DLHA 2G8UA 3OYMA 2IS3A 1RDDA 2E6MA 4LH4A 3DLRA 4CJFA 4CK3A 1NKCA 5JS1A 1TL1A 3NGIA 3V1RA 2HHXA 1TVRA 3KK1A 1XI1A 3KD5E 4CHZA 1BQMA 1WAFA 4CJUA 4Z4HA 1NK0A 3LZIA 3TANA 3RMAA 1KVAA 2G8IA 3OYHA 1D5AA 4CJKA 2XO7A 4KB1A 1WSHA 1CXQA 4MQ3A 3NGZA 1WSIA 4F8RA 1A5XA 2D0BA 5JS2A 3C94A 5FDLA 1JXEA 3OYGA 3DYAA 4NYNA 1C0MA 3MEEA 2YNFA 4FJ9A 4CFCA 2HVIA 3RMDA 1ZBUA 1GOCA 4KTZA 1L3VA 1NOYA 2ATQA 2W42A 2KQ2A 4W5TA 1RILA 3O3FA 3F73A 1ZBHA 3QEWA 3SUOA 3HP9A 2IGIA 4DSJA 3SUNA 1LAWA 2YHBA 5HBMA 1WSJA 4FK4A 3QERA 4IFVA 4E7KA 1JLBA 3ZSOA 5CZ1A 2HHWA 1EETA 3KLFA 4FJ5A 1TAQA 2A1RA 4E7IA 4YNQA 4JLHA 1IH7A 3TWHA 3HXMA 2OYQA 3V1QA 2B6AA 5EU7A 4KO0A 4CEDA 3K5NA 1X1PA 1D9FA 4DFPA 3OYDA 3NF8A 1L3SA 3AO2A 1U49A 2Z1HA 3LP2A 4I2QA 3AA2A 3ZSRA 4AILC 1Y97A 2O4IA 3DM2A 3V9WA 4CF9A 1RDCA 4Z0UA 1QE1A 3U3GA 5HLFA 4HUEA 2Z1JA 1JL1A 3B6OA 4ZHRA 1U4BA 3M8PA 4B9MA 4TSXA 1ASUA 4RW6A 1RBVA 3VQ7A 3IAYA 3HPHA 3NHGA 3NCIA 3HPGA 4G1QA 1A5WA 1VSHA 1KLMA 4CFDA 4DTUA 2RF2A 4AHUA 4CF2A 3K5LA 4BDZA 3RMBA 3PO5A 3OY9A 4LSNA 1C0UA 2OZSA 1U48A 3G0ZA 3AVJA 4OPKA 2VWJA 4Z4IA 5KRSA 1UWBA 3SUQA 4B8CA 1JLFA 4MFBA 4HCBA 3O4NA 3S9HA 3S3NA 1J9AA 5K14A 1C1BA 4CHYA 4OLBA 1VSFA 1N6QA 2PYJA 1NK8A 3TAGA 3ASMA 2VG6A 2DFFA 1UA1A 4CJ5A 1LW2A 1SV5A 5I42A 3T3FA 1TAUA 4XIUA 3V9XA 4ID5A 4ELTA 3OS1A 3DMJA 4AH9A 2P5OA 4DSKA 1N5YA 1NJYA 3KKRA 1SL1A 4KI6A 4FLVA 1EXQA 4KV8A 5E41A 1UA0A 2OPSA 3DLKA 1TKDA 4M3TA 4B3OA 3TAQA 1KFDA 2HNYA 3HSTB 3PV8A 3DOLA 4DQQA 4DWIA 4DTSA 1VK0A 4FLZA 4IG0A 3RMCA 1RTHA 4IBNA 3VQ6A 4CJQA 3QINA 3VQQA 1VSKA 4OPJA 4PY5A 2FBVA 1A5VA 1EKEA 4CK2A 1NJZA 2E6LA 4F2SA 1RNHA 4C8NA 4N47A 4DTRA 4B9LA 2HW3A 1RBSA 3WNHA 3ZT1A 4YFUA 3TAFA 3SV4A 3AA4A 3LZJA 4HUGA 3ISNC 3LWMA 1RT3A 4E0DA 4W5NA 1TKXA 4KFBA 2G8KA 3ZSQA 2I5JA 4AHSA 3NH0A 4DTMA 4CEEA 4B08A 3K2PA 3HVRA 4DF8A 3OYEA 5CYMA 3KJVA 4GMJB 3V9UA 1X9WA 4PWDA 3LPTA 3VQ9A 4OKEA 2DFEA 3AVAA 4H8KA 4M3XA 1NK4A 1LW0A 1YVUA 2RPIA 4AHCA 3PY8A 1BIUA 3CM5A 4R5PA 1L5UA 2YNHA 4QAGA 3SQ2A 2BDPA 1TK8A 3OJSA 3O3HA 3V9SA 2B5JA 1VRTA 2P1JA 3NFAA 3QLHA 4Y1CA 3LWLA 1L3UA 4DQPA 4FCYA 4FZXC 1TV6A 3OVNA 4HVJA 3NBPA 4CIGA 2Y1IA 2VWKA 4CJSA 3M8SA 3DI6A 4CEQA 2YV0X 1NK5A 2KZZA 4DG1A 1NKBA 3ZSYA 1S6QA 4J2BA 3IS9A 4WE1A 2HHQA 2VG7A 5CY4A 3V4IA 5KRTA 3SQ1A 3AO3A 4CEAA 1ZBIA 3L3VA 5KGWA 3HM9A 2ZE2A 4E7HA 1NK6A 1JXBA 2XY5A 2HHSA 3AO5A 3OYNA 1BI4A 3ALYA 4FJNA 4M41A 3L2VA 4CGDA 2QKKA 1RDBA 1HYZA 2X6SA 3AVLA 4CGJA 1ZBLA 2IOCA 4BDPA 4BWJA 3H08A 3B6PA 4GVMA 1VRUA 4FLXA 3VQCA 5I3UA 1QSYA 3LP1A 5CYQA 1IG9A 4Z4EA 4FXDA 1F21A 1Z25A 4E1MA 3M8RA 3V81A 5J1EA 3KD1E 1HJRA 1Q9YA 3KKSA 5C42A 4CJLA 3U6FA 4BWMA 1SKRA 1CXUA 4KKOA 2P5GA 4QCLA 2Y1JA 3AVHA 1XC9A 2GBZA 3SZ2A 4FJ7A 4PUOA 4B9TA 1B9FA 1WSEA 4Q5VA 2G8WA 4CF8A 4FLTA 2XY7A 3RR7A 1BIZA 3NF7A 4KHSA 4CECA 4FVMA 4RW9A 4CFAA 4BE0A 4KPYA 1LWEA 4DLGA 1QSLA 4ZTFA 4FJIA 1J53A 5FRMA 1RT5A 1SUQA 4J2AA 3AVFA 4CEBA 2BGGA 1HNIA 1S1WA 3AA3A 3CFRA 2HHVA 2XHBA 4DQSA 1TGOA 2BE2A 2RKIA 4FK0A 4KHUA 2KFNA 2VG5A 3HT3A 4DQIA 3V1OA 3MEGA 4M3WA 1Z26A 2G8VA 3LDSA 4O44A 4EP5A 4DU4A 3LAKA 1D8YA 2PYLA 3U3YA 1LWCA 1MU2A 4LSLA 2BANA 3CG7A 2FBXA 4JRPA 1LV5A 1U04A 3DRPA 4DS4A 3IG1A 1NJWA 4C8OA 1W9HA 3DLEA 3M8QA 3C6UA 1RBRA 3TR8A 2ZQBA 3EZ5A 4CE9A 3D45A 1DTTA 2NUBA 4CGIA 4CJ3A 4JRQA 4ELUA 2KTQA 3NGYA 4DFJA 4F4KA 3QO9A 3FFIA 3OYLA 3KLHA 3RWUA 1S1VA 2WOMA 5DMRA 3K57A 4CEFA 4E7JA 3CM6A 1NKEA 4CCHA 4FJMA 2AJQA 4FJ8A 3QEXA 1RDAA 1GOAA 1KFSA 1BCOA 4CIEA 1SKWA 3KTQA 4KHQA 3PX4A 1SL0A 2OZMA 2OPQA 4HHTA 3MEDA 3L8BA 3VA0A 1C6VA 1C0TA 3L2QA 4DFKA 1T05A 1BHLA 3KLIA 4NCBA 3OYCA 4Z4GA 1RT1A 1HRHA 3NH2A 3K59A 1HPZA 4JS4A 4DQRA 1FKPA 2WONA 4GW6A 4I7FA 4RW4A 3WNGA 1RTIA 3UIQA 3V6DA 4EZ9A 4KAZA 1S5JA 3C6TA 1RT2A 2YKNA 4FW1A 4O0IA 3PUFA 4DTOA 1TK0A 3TARA 3NDKA 1CZ9A 4O5BA 2ITGA 3VQBA 2O4GA 3SV3A 1FKOA 1ITGA 4CK1A 1RBUA 4FJXA 3AVMA 1ASVA 2A1SA 3E01A 4E1NA 3D0PA 4JS5A 3TABA 2IC3A 2PZSA 3AA5X 4CJWA 4M3UA 3CFOA 2HVHA 3I8DA 3ZSXA 4DTXA 4DFMA 4M42A 1JLGA 1KSPA 1NK9A 2D0AA 4KTQA 2EHGA 3TAEA 4HUFA 4OLAA 2EX3A 1VSJA 5FROA 1K6YA 4OGCA 3TI0A 1VSMA 1RT4A 3JSMA 3SQ0A 1LAVA 3NAEA 1JKHA 3LP0A 3L2UA 1QTMA 2HB5A 5J2NA 1YT3A 5CZ2A 4BE1A 2Q3SA 3ZCMA 4CESA 4FJLA 4B9SA 5FRNA 1SKSA 3HYFA 4CJVA 3EYZA 1D9DA 5DK5A 5KGXA 1KTQA 4FLWA 5HP1A 3OYJA 1JL2A 2ZD1A 1LWFA 4NYFA 2LSNA 2OPRA 3OYAA 2IDOA 3SNNA 2X74A 2KFZA 1KVBA 1BISA 4EP4A 3DRRA 3LAMA 3DRSA 3OYIA 4DSEA 3QNOA 2D0CA 1J54A 3QETA 1NJXA 2XY8A 1FXXA 4DLEA 4CHNA 4N76A 4DTPA 1U47A 3AVBA 5J2PA 3K58A 4O55A 3T19A 4Z4CA 1HQUA 3ITHA 3MAQA 4FLUA 4O4GA 4F3OA 3L2RA 3OYFA 4FJKA 4RW8A 3TAPA 2P51A 3LANA 3OJUA 3SJJA 4DSLA 2IAJA 4ELVA 2G8HA 4Y1DA 4BDYA 1S1XA 1BL3A 4B8AB 3HO1A 4FZZA 1RT7A 4RW7A 2OPPA 3O4QA 1L3TA 4C8KA 2HHUA 3RRGA 1QQCA 4W5OA 5KI6A 3THVA 1CZBA 1RBTA 2FC0A 3VQDA 4CEOA 3ZSZA 1KRPA 4OKKA 3KK3A 1IKYA 1C1AA 3S3MA 4M3ZA 3PX6A 3RTVA 3QNNA 1GOBA 2D5RA 4IFYA 3MXMA 4KTWA 3NH1A 4K8XA 4PA1A 4AHVA 1S1TA 3AVIA 4DF4A 1BCMA 3BDPA 5HRNA 3OYKA 3DOKA 4CF0A 4N56A 1VSIA 3AVCA 2HHTA 3LPUA 1WAJA 4E19A 3QEVA 4F2RA 1RTDA 3LP3A 1TKTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLQA 2YJFA 3QZ5B 1Q9XA 4WCIA 3EY1A 4M7AG 2P9LA 3EN9A 5AZIB 4LFCK 2DEQA 4CFBA 3WNEA 4IG3A 4OVAA 2ZPFB 1N36K 4GY2B 3FLCO 4LDYA 1WXTA 2QWOA 4KRFA 4ZGDB 4DTNA 2JUFA 4A4GA 1MGQA 3UATA 4AG2C 5FLXO 2F9WA 4DSFA 1VSDA 5JVGL 4L8RB 3PFSA 1X3MA 2P0QA 1OU8A 4GY5A 1K9MO 1X2KA 2NYSA 4KHNA 3M5AA 3SAGA 4KRTA 4M3YA 3P8HA 5KPTA 1VQ6T 3AARA 2EJ9A 3I8BA 3NF6A 1JEGA 5IN1A 3VQ5A 3NFCA 1WZOA 1NZ9A 5I2SA 4JKFA 4DV4K 3P83D 1U45A 4BGAA 3RRHA 2XMFA 4M77G 1TYQB 3WXLA 3ZT0A 4DB3A 3SQ4A 1OH8A 4CW7B 2QQRA 1YJNQ 1YITN 2F8TA 4KB0A 1B34B 3TSQA 5HK3A 3CFPA 1ATNA 4W5QA 4DEYA 5GAGP 2QQBA 3HOSA 2P9PA 1H92A 1VQNT 1NYGA 3BZKA 1VIEA 4YORA 2HNZA 1WQWA 4N4HA 3KIOA 4CERA 5C2FA 1NM7A 3CCQQ 2F2XA 4N41A 5JVHL 4DTJA 5GAN5 4B3RK 2RA2A 3GF5A 3OBYA 3BP8A 1HKGA 4Z94A 3NVKA 3UPUA 1RT6A 1J5OA 3JCMd 1UOCA 2RQVA 1K0SA 2HKNA 2ZM6K 3LWIA 2L89A 2COWA 2HAXA 1UAXA 1WOQA 2OA8A 4B9XA 3R6NA 4OMFB 1ZUYA 4CEZA 1KLNA 1IG8A 1RAGB 1HMVA 2COZA 2NUPA 2DEUA 4WFAL 4I9QA 1E3MA 5GANg 2P9SA 3T1AA 4FYWB 5HRRA 4B1YB 4FYVB 5KYWB 4BE2A 3CCRA 4JKCA 3DLBA 3HL8A 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 1FXX A;  4DLE A;  4CHN A;  4N76 A;  4DTP A;  1U47 A;  3AVB A;  5J2P A;  3K58 A;  4O55 A;  3T19 A;  4Z4C A;  1HQU A;  3ITH A;  3MAQ A;  4FLU A;  4O4G A;  4F3O A;  3L2R A;  3OYF A;  4FJK A;  4RW8 A;  3TAP A;  2P51 A;  3LAN A;  3OJU A;  3SJJ A;  4DSL A;  2IAJ A;  4ELV A;  2G8H A;  4Y1D A;  4BDY A;  1S1X A;  1BL3 A;  4B8A B;  3HO1 A;  4FZZ A;  1RT7 A;  4RW7 A;  2OPP A;  3O4Q A;  1L3T A;  4C8K A;  2HHU A;  3RRG A;  1QQC A;  4W5O A;  5KI6 A;  3THV A;  1CZB A;  1RBT A;  2FC0 A;  3VQD A;  4CEO A;  3ZSZ A;  1KRP A;  4OKK A;  3KK3 A;  1IKY A;  1C1A A;  3S3M A;  4M3Z A;  3PX6 A;  3RTV A;  3QNN A;  1GOB A;  2D5R A;  4IFY A;  3MXM A;  4KTW A;  3NH1 A;  4K8X A;  4PA1 A;  4AHV A;  1S1T A;  3AVI A;  4DF4 A;  1BCM A;  3BDP A;  5HRN A;  3OYK A;  3DOK A;  4CF0 A;  4N56 A;  1VSI A;  3AVC A;  2HHT A;  3LPU A;  1WAJ A;  4E19 A;  3QEV A;  4F2R A;  1RTD A;  3LP3 A;  1TKT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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