1BCOA

Bacteriophage mu transposase core domain
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
303
structure length
295
Chain Sequence
EHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRGAANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGGLEEYVDKHPALAGAYTGPYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the bacteriophage Mu transposase core: a common structural motif for DNA transposition and retroviral integration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE
molecule tags Transposase
source organism Enterobacteria phage mu
total genus 84
structure length 295
sequence length 303
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 1bcoA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bcoA01
3OYDA 1RTDA 3ULDA 4DFKA 1BQMA 2EX3A 1IKYA 1BQNA 2HNDA 1RNHA 2YNGA 3TAMA 1BI4B 2E4LA 2YHAA 3OYLA 4DLEA 3ZSZA 4Q0BA 1W9HA 4DQRA 1NK5A 1LV5A 4C8KA 1B9DA 3EYZA 2KQ2A 3K5LA 4FYDA 4B9VA 1WSGA 3ZSVA 4CEZA 4Z4CA 4MQ3A 1CZBA 1S1XA 3G10A 1WSIA 4EP4A 3OYJA 1SL1A 3DLBA 1IG9A 3AVJA 3DLGA 5EU7A 4C8LA 4CK3A 4Y1DA 3AO5A 1XC9A 3A2FA 1KCFA 1Q9XA 4NCBA 1XHXA 3AVAA 4HHTA 1QTMA 3DI6A 1O1WA 3OJSA 2PZSA 4E7HA 1KVCA 4CIFA 1NK9A 4QAGA 4KREA 2DFHA 4F2RA 4HTUA 3SQ4A 3IAYA 2GUIA 1DTTA 2YNHA 1S6QA 3WNHA 4CJPA 3PO4A 1VSMA 3M8SA 4CGDA 4DSEA 4GMJB 4CFAA 3RMDA 3SQ1A 3TAQA 4ZHRA 2PY5A 3KD1E 1QHTA 4R5PA 1WAJA 3IRXA 3AO3A 4OJRA 4Z4HA 4PQUA 4DWIA 3HM9A 5I3UA 2PYLA 2VG5A 3QLHA 1RBSA 4JS5A 1WSJA 3KLFA 2O4GA 3D45A 1A5VA 1JLFA 3LALA 3ITHA 3RR8A 3DMJA 4B9MA 3HT3A 2QXFA 1EETA 4DG1A 4FK0A 3HO1A 1IKWA 4FLZA 4FW2A 4KO0A 3SZ2A 3V9UA 4HCCA 4KPYA 2XY8A 4JLHA 1DTQA 2Z1JA 3AVHA 3HVTA 3RRHA 4KHWA 1JLCA 4I9LA 3QNOA 4OLAA 4ID5A 1RDCA 1TGOA 2HVHA 3ZSRA 1ITGA 1UAXA 3ZT0A 3V1QA 3AVNA 4W5OA 5FRMA 4YFUA 3SJJA 3AA2A 4FJJA 4DSJA 3AA4A 1BIZA 1JLAA 3C6UA 3CG7A 4I7FA 3ZSXA 2GV9A 4CF1A 2B5JA 4CGFA 3NH0A 4FK2A 2HHSA 3ZSWA 3LZJA 3C6TA 3SV3A 2IC3A 4OGEA 4CGGA 4FZXC 4CEBA 4E1NA 3MECA 4CHPA 1KLMA 1KLNA 4Z4FA 4IKFA 1TL3A 3QESA 4HCBA 1Q8IA 2ATQA 1ZBFA 4TSXA 4CJFA 2YKNA 1VSJA 3S9HA 1UA1A 2AJQA 2HHXA 1RBUA 1JXBA 1SL0A 2YKMA 4KAZA 3AV9A 3LZIA 4MFBA 4NYNA 4EZ6A 3MEDA 5SZTA 2FC0A 4F4KA 3ZSYA 1BGXT 1L5UA 3VQ4A 4F8RA 4KB0A 5HRRA 5DMRA 2RN2A 5C42A 4CHQA 3SUNA 1RDDA 3O3GA 4RW4A 4CEAA 4CJLA 3HJFA 3DRRA 3MEGA 1RT5A 4FLVA 4CEQA 3C95A 4CGJA 1SKWA 3CFOA 4M3RA 1YVUA 4J2EA 1T03A 3VA3A 3U3YA 4I2PA 4BWMA 3NCIA 1RCHA 2XO7A 4FM2A 3HSTB 3K5NA 3VQDA 3QEPA 1D8YA 3VQAA 4XIUA 3KLHA 4H4OA 3LP2A 4W5TA 3SNNA 2X6NA 3HPHA 3SV4A 3PO5A 1C1BA 1R0AA 3OYCA 1TL1A 1ZBHA 4DTSA 2OA8A 4AHTA 4DU4A 1GOBA 2RPIA 1IKXA 1RT2A 1NOZA 1VSLA 1VSKA 3M8QA 4CFCA 4DSFA 4BWJA 3D0PA 4KKOA 5J1EA 3DLRA 3SPYA 3LP3A 4CEOA 1HQEA 4CF8A 1TK5A 1KRPA 4FLXA 3AVFA 1RTJA 2QK9A 1HNIA 4OPKA 3NH1A 4FJKA 4CIEA 3TR8A 2Z1GA 3CM5A 5J2NA 5J2PA 4DS4A 4OLBA 2R7YA 5JS1A 4CF9A 3P1GA 2B6AA 5HRPA 1HPZA 1IH7A 3OJUA 3RR7A 4CJ5A 4DF4A 1XI1A 4FJNA 3WNEA 4BDPA 4IFYA 2QKBA 4FJGA 4FM1A 1VSIA 2B4JA 4CGIA 3AO1A 4Z0UA 1GOAA 3LAMA 3VQCA 3HVRA 2VWJA 4DTOA 4BACA 1U4BA 1BI4A 2VWKA 3VQPA 2GBZA 3QEIA 2HVIA 1ASVA 1Y97A 1RBTA 3O3HA 2WONA 4H4MA 5KI6A 4IG0A 4E1MA 5HROA 1NJZA 4DQPA 3K5MA 3LWMA 4FJ5A 4DSIA 1EP4A 1TVRA 4CE9A 3NGYA 4C8NA 4J2DA 1LW0A 1RT1A 3OY9A 4FLTA 1Z26A 3QO9A 3SUQA 1WSHA 4M3UA 3VN5A 2G8HA 4CIGA 4B08A 2YHBA 3DLEA 3LPTA 3VQQA 3AA5X 1S1TA 1S9GA 2XRIA 3HK2A 4DTJA 3VQ7A 4GW6A 5CYQA 1J54A 1WSFA 2G8FA 3EZ5A 3K59A 4DS5A 3S3NA 4KHUA 2EHGA 4DMNA 2ZE2A 4AHCA 2DTUA 4CJRA 2FBTA 1WNSA 2JLEA 3O4NA 4G1QA 4CHYA 3SI6A 1TK0A 4LH5A 4KHQA 1CXQA 4CJSA 1SKRA 3FFIA 3QNNA 3IG1A 4JS4A 3OYGA 3K5OA 3VQ5A 3AO2A 1B92A 4O55A 3NDKA 4B9LA 3UIQA 1VRTA 1EXQA 3KJVA 5T7BA 3NAEA 2ETJA 1I3AA 4ZTFA 4B9SA 4KI6A 2Y1JA 3MAQA 1NK7A 2P5OA 1F21A 1YT3A 4HUFA 2HMIA 3DOKA 4CFDA 1L3TA 1J5OA 2F96A 3NE6A 1T05A 3PUFA 1S1UA 3KLIA 3IS9A 1N5YA 5HLFA 3JYTA 4DU3A 2G8VA 4UQGA 2ZQBA 4N5SA 4IFVA 3NGIA 4E7LA 4M42A 4YNQA 4ICLA 2HHUA 3SPZA 3BGRA 4LD0A 4E7JA 3F9KA 3TAEA 1KTQA 2X6SA 3NF9A 5KTQA 4CJTA 5I42A 4O44A 4M45A 3AA3A 3VQ6A 3THVA 1Z25A 3V1OA 1RT3A 4DQSA 1KFDA 1A5XA 1MU2A 3KIOA 3O4QA 2W42A 4KRFA 2QKKA 3SUOA 4FJXA 3K58A 5D3GA 3NFAA 3T1AA 2VG7A 2LSNA 1LW2A 2KFNA 3WNGA 4CK1A 1S1WA 3KK3A 1ZYQA 3OYFA 2OPSA 1HRHA 3ZT4A 4M3TA 4DTMA 4W5NA 1X9WA 1TKTA 4DQIA 1VSHA 2OPPA 1BCOA 1C1CA 4OKEA 3O3FA 3U3GA 1C6VA 2IOCA 2KTQA 2IGIA 3L2VA 4CHNA 1ZBUA 1C1AA 3G0ZA 1T7PA 3ZT1A 4J2BA 3DM2A 4N41A 3QIOA 4OVLA 1CXUA 4DFMA 4O0JA 4B9NA 5JS2A 4N56A 4FZZA 2Q3SA 3V1RA 2E6LA 2NUBA 3RRGA 3ZT3A 4CECA 3K2PA 4PA1A 3QEXA 1GOCA 5KGWA 1JLEA 1FXXA 3QEVA 1S9EA 1ZBLA 3NF8A 3TWHA 4E3SA 4CF2A 4RW8A 4W5QA 1L3SA 2A1SA 4RG8A 2XY6A 4WE1A 1VK0A 3HP9A 3LPUA 3LP0A 5C24A 2ZD1A 1NKEA 1XWLA 3M8PA 5CZ1A 3AVIA 4CK2A 4LY7A 3ASMA 4DQQA 3DRSA 3LDSA 4EP5A 1HNVA 3CM6A 4NYFA 1VSFA 5SWMA 1K6YA 5KRSA 3V4IA 4Z4GA 4E7IA 4DSLA 2VG6A 3TI0A 1U45A 3QERA 1NK0A 3BDPA 2O4IA 2IS3A 4K8ZA 3L3UA 2OZSA 2ITGA 4CJUA 2RF2A 3WNFA 4JRQA 4BDYA 1QSSA 1YTAA 2HHVA 1A5WA 2HHWA 5KRTA 4M3ZA 3SQ2A 2YNFA 1U47A 2DFEA 1KVAA 2IAJA 1QQCA 5E41A 2XY7A 3TAPA 3LP1A 2P1JA 4PWDA 3TAGA 4BE0A 3K57A 2F8TA 1BISA 4GVMA 1D9DA 1U04A 3KLEA 3H08A 3M8RA 1I39A 4KTWA 3I8DA 2Z1IA 3HPOA 1X9SA 4CF0A 2YV0X 3RMBA 4AHSA 2P51A 3OYEA 4DU1A 2KW4A 3KD5E 4K8XA 3HYFA 5FROA 3L2UA 2HNZA 1SKSA 3AVLA 2G8UA 1JL1A 3ALYA 3CFPA 4CJVA 4CEEA 1WSEA 4PUOA 3ZCMA 3SYZA 4IDKA 4B8CA 4CERA 2D5RA 1U48A 3L2RA 1YTUA 2HHTA 1BL3A 3OYIA 1FK9A 4QCLA 1RBVA 1SL2A 3PX6A 1HYVA 4M3XA 4C8OA 4E19A 4CEFA 3OS2A 2A1RA 4FW1A 2G8WA 3QEWA 3EY1A 3DLHA 3V9WA 3B6PA 1HMVA 1RT7A 1WLJA 3RMAA 1X9MA 4FLUA 4Z4EA 1TAQA 1WN7A 4FVMA 1XHZA 2HW3A 4H8KA 2YNIA 4CFBA 2IDOA 4NCGA 1LWEA 1DLOA 4JRPA 4ID1A 1BIUA 1BCMA 4IBNA 4FZYA 1TAUA 1QE1A 3TABA 1RDAA 1C0MA 3KKSA 1JLBA 1LWCA 3V6DA 2DY4A 4CJKA 1CLQA 1S1VA 3DOLA 3QIPA 3L8BA 1VRUA 5C25A 3VQEA 2E6MA 1REVA 2RKIA 1G15A 1C0UA 4RW9A 3NGZA 3T19A 1CZ9A 1ASUA 4AHUA 3KK1A 3L2QA 3V9SA 3OS0A 3AVMA 1L3VA 4KI4A 4LSLA 3AVGA 3NHGA 4PY5A 4B3OA 4FJHA 3TARA 2FBXA 3F73A 5HRSA 1NJWA 3L2WA 4CGHA 3RTVA 3QETA 3V9ZA 1JLQA 3AVKA 4OKKA 4FM0A 4B8AB 1SUQA 3MXMA 1KSPA 3C94A 4HUGA 4OKJA 1S5JA 4DSKA 4M3WA 4AHVA 4M3YA 3LAKA 1UOCA 1RTIA 5J2MA 4DFPA 1T8EA 1N6QA 4ZTJA 4L8RB 1NKBA 1NK6A 5FRNA 1FKOA 1VSEA 1HJRA 3HPGA 4RW7A 3VQ8A 2KZZA 4Q5VA 3P83D 4CESA 1X1PA 2PYJA 2X74A 1RDBA 2X78A 1VSDA 3I0RA 1SV5A 3DLKA 3ZSQA 3OS1A 1W0HA 3I0SA 4RW6A 3CQ8A 4DTRA 3CYMA 2OPQA 2FBVA 1FKPA 1JKHA 1RTHA 4CJWA 3OYHA 4E7KA 3PX0A 1QSLA 3OVNA 4BE1A 2BDPA 4B9UA 4FXDA 1JL2A 4FLYA 3ZT2A 3PV8A 4LH4A 3HXMA 4KHYA 4OPJA 2D0CA 4F3TA 2HHQA 1IO2A 1LAVA 1Q9YA 4HUEA 1KFSA 4BE2A 4N76A 5KGXA 3MXJA 4KV8A 1JLGA 2D0AA 3JSMA 4W5RA 3KK2A 4C8MA 4CHOA 4ELVA 4KFBA 4CCHA 1QSYA 4E89A 2KZMA 4DTXA 1NJXA 4FJ7A 4CJQA 1RT6A 3TANA 1HYSA 3NH2A 3VA0A 3RWUA 4F3OA 2XHBA 3KTQA 1ASWA 2D0BA 3B6OA 1J9AA 3L3VA 2OYQA 1TKXA 3LWLA 3DRPA 4CJ4A 1LAWA 1WAFA 5HBMA 1U49A 1LWFA 5HRNA 1EKEA 3VQ9A 4OGCA 1TKZA 1KVBA 3KKRA 3NBPA 4M41A 4DTPA 5HP1A 4EZ9A 4KHNA 1ZBIA 5J2QA 3S3MA 1J53A 4E0DA 3AO4A 1RILA 4KTZA 4FLWA 4CHZA 1TKDA 4FK4A 1UWBA 4I9QA 4KTQA 4AILC 3AVBA 1B9FA 3CFRA 4QOZB 2P5GA 1IKVA 2XY5A 3MXIA 1NKCA 4KHSA 2KFZA 3VQBA 4KB1A 3P5JA 3LANA 1TK8A 3SCXA 1D5AA 4FJIA 3MEEA 4O4GA 1NJYA 2OZMA 4DF8A 4F2SA 4FJMA 4CJ3A 4CJEA 2G8KA 3PY8A 4ELTA 4B9TA 4FJ8A 2HB5A 4DFJA 4J2AA 1NOYA 1D9FA 2G8IA 3OYNA 3V81A 1JXEA 1HYZA 3ISNC 4FJ9A 3PX4A 4Y1CA 1QS4A 4AH9A 4O5BA 3AVCA 4DTUA 1TV6A 1HQUA 1BHLA 4N47A 3TAFA 1C0TA 2BANA 2F8SA 4AHRA 1NK4A 2HNYA 5K14A 2WOMA 3OYMA 3OYKA 2BGGA 4IG3A 5DK5A 4HVJA 1EX4A 3E01A 3OYBA 4ELUA 4FJLA 3HL8A 4DTNA 2Y1IA 3NF7A 3S3OA 4FCYA 1NK8A 3QINA 3DYAA 4Z4IA 4LSNA 3U6FA 3SQ0A 3NF6A 2BE2A 2DFFA 2I5JA 1S6PA 1L3UA 3KLGA 1UA0A 3V9XA 4NCAA 3HP6A 5CY4A 5FDLA 2JGUA 3ZSOA 1RT4A 3RMCA 4O0IA 3OYAA 4DLGA 3T3FA 3SUPA 4BDZA 2Z1HA 2OPRA 4I2QA 5CYMA 2FBYA 4CEDA 5CZ2A 1RBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1QA 5IN1A 1KQ2A 2EQUA 1IKYA 4B1XB 2GGRA 4M7DG 3D7EO 1M1FA 1PHTA 3VS2A 1VQPT 1J5EK 2O4XA 4A62A 3RMQA 1W9HA 4DQRA 3QPHA 2DL7A 4PJOD 2KQ2A 3K5LA 3JB9F 4B9VA 4DCHA 1EO1A 1PCXA 1E6HA 1UHFA 1K8AU 4J9HA 1WSIA 3G10A 4CZKA 2VC8A 1IG9A 3AVJA 2XHCA 3ZEUB 4C8LA 4GBQA 3AO5A 1KCFA 5KYUA 3AVAA 1TOVA 3A1PA 3FLGA 3CCJQ 2RHYA 3U9ZA 3G6EN 1KVCA 3EG0A 1RACB 2H3EB 3HRSA 2DFHA 4F2RA 1EWRA 1VQMA 1HK9A 2CZ6B 1S6QA 3PO4A 4CJPA 4DR4K 2OTJN 4JPBW 4ZHRA 2PY5A 9ATCB 4RWTA 4RKUE 4R5PA 3JB9J 2FRYA 5LJ5e 2CZ7B 3K9JA 2F69A 2EGEA 2E41A 1YJWQ 2FF6A 4DWIA 3HM9A 2J06A 3D2FA 3U8XA 5I3UA 4H03B 1KAZA 1NU0A 2W41A 1UGSB 3C7NB 4DR2K 3D45A 2B86A 4LF7K 1BOTO 4QS8A 3DMJA 4CI6A 3HFNA 2QXFA 3META 4N4HA 1EETA 4FLZA 5I2SA 4H5TA 4KO0A 2XY8A 1VHXA 1ABOA 4WQ5A 4C5GA 1YN8A 2FPFA 4GY5A 3AVHA 3OHRA 4B6MA 3D2EB 2LTOA 4B3MK 3QYGB 1NLPC 1U6ZA 1NGHA 3AVNA 4IO9L 4NLBA 4H5WA 1M3AA 2B5JA 2QDYB 3LZJA 3SV3A 2RK1A 3URGA 1VQPQ 4DBQA 4E1NA 1YI2A 2UUCK 3H0HA 3CQXA 1KLNA 4CI0C 4Q5WA 4IKFA 4QQDA 4HCBA 1TL3A 3CC4N 4PKIA 1QVPA 3QDFA 4FIBA 4CZEA 2KT1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3OYD A;  1RTD A;  3ULD A;  4DFK A;  1BQM A;  2EX3 A;  1IKY A;  1BQN A;  2HND A;  1RNH A;  2YNG A;  3TAM A;  1BI4 B;  2E4L A;  2YHA A;  3OYL A;  4DLE A;  3ZSZ A;  4Q0B A;  1W9H A;  4DQR A;  1NK5 A;  1LV5 A;  4C8K A;  1B9D A;  3EYZ A;  2KQ2 A;  3K5L A;  4FYD A;  4B9V A;  1WSG A;  3ZSV A;  4CEZ A;  4Z4C A;  4MQ3 A;  1CZB A;  1S1X A;  3G10 A;  1WSI A;  4EP4 A;  3OYJ A;  1SL1 A;  3DLB A;  1IG9 A;  3AVJ A;  3DLG A;  5EU7 A;  4C8L A;  4CK3 A;  4Y1D A;  3AO5 A;  1XC9 A;  3A2F A;  1KCF A;  1Q9X A;  4NCB A;  1XHX A;  3AVA A;  4HHT A;  1QTM A;  3DI6 A;  1O1W A;  3OJS A;  2PZS A;  4E7H A;  1KVC A;  4CIF A;  1NK9 A;  4QAG A;  4KRE A;  2DFH A;  4F2R A;  4HTU A;  3SQ4 A;  3IAY A;  2GUI A;  1DTT A;  2YNH A;  1S6Q A;  3WNH A;  4CJP A;  3PO4 A;  1VSM A;  3M8S A;  4CGD A;  4DSE A;  4GMJ B;  4CFA A;  3RMD A;  3SQ1 A;  3TAQ A;  4ZHR A;  2PY5 A;  3KD1 E;  1QHT A;  4R5P A;  1WAJ A;  3IRX A;  3AO3 A;  4OJR A;  4Z4H A;  4PQU A;  4DWI A;  3HM9 A;  5I3U A;  2PYL A;  2VG5 A;  3QLH A;  1RBS A;  4JS5 A;  1WSJ A;  3KLF A; 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