1C0MA

Crystal structure of rsv two-domain integrase
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
GVNPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDRIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active two-domain derivative of Rous sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Transferase
source organism Rous sarcoma virus
total genus 64
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1c0mA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1c0mA01
1X1PA 2FBVA 3U3GA 4CHQA 3SYZA 5HLFA 2YKNA 4FJLA 3HYFA 2F8TA 3G0ZA 2ATQA 2OPRA 4NCGA 3AO5A 1NOYA 4NCBA 1TVRA 3NF6A 4CJ5A 3L2WA 4I2QA 3RTVA 4CEZA 4CEQA 1JXBA 3AA5X 4KO0A 3ZSVA 1BL3A 3O4QA 3OYMA 3L2RA 3P1GA 2XHBA 1TV6A 3K5MA 4DWIA 4N47A 2XY5A 3VQEA 4DU3A 4NYFA 5C25A 1NK6A 3WNEA 1YT3A 2VWKA 3PUFA 3WNHA 5D7UA 1IH7A 3VQCA 3ZSZA 3LWLA 1RT4A 4DQSA 2QKKA 2HHSA 4DSEA 1EXQA 4CIGA 2G8FA 4OPJA 3BDPA 3NDKA 4OJRA 4CHNA 1Z25A 1TKXA 2KZMA 1DTTA 1HNVA 5KGWA 1ASVA 3TARA 4KB1A 1DTQA 1KTQA 1JL1A 4CECA 4BWJA 3O3FA 4WE1A 4PWDA 4FJ7A 4Z4FA 3ZSXA 1WSIA 3QIPA 4CHZA 2E6MA 4KHSA 3C95A 5KTQA 3KK3A 1NK0A 4J2EA 2FBTA 4FJ5A 2D0AA 2RKIA 3QNOA 1J54A 4FM2A 3S3OA 1JLEA 3O4NA 1QSYA 3QEWA 4B3OA 4I7FA 2HNZA 1T03A 1L3UA 5D3GA 1YTAA 5J1EA 5EU7A 3CFRA 4DQRA 1U45A 4F4KA 1EETA 1S1XA 4KTZA 3T1AA 3C6UA 3V9XA 4PA1A 1A5XA 3WNGA 1TKZA 4Z4HA 3RRGA 3DLGA 4KHWA 3L2UA 2OA8A 2BDPA 2Q3SA 1VSDA 3VQ9A 4DTOA 3QEIA 3LPUA 4CF9A 1BCOA 3I0RA 1F21A 4FK4A 2YNGA 4Z0UA 4RW7A 3RMAA 4CESA 3VQ6A 1QMCA 1L3SA 4BWMA 4CEDA 1LW0A 3KLHA 3V4IA 1RBTA 1TK5A 1KLNA 2ETJA 1BIZA 1S1TA 4FLXA 5E41A 3OYHA 3AVNA 3CQ8A 3SPZA 2HMIA 4M3XA 3LP0A 3LWMA 2G8WA 1C0TA 1WLJA 1SL0A 4IBNA 1TAQA 1LW2A 3NBPA 4G1QA 1ZBUA 3OYNA 1A5VA 2XY8A 5KGXA 2HB5A 2G8UA 4O5BA 1LAVA 1S1WA 1WAJA 3AVKA 3TWHA 3T3FA 1W9HA 1C1CA 3V81A 1LAWA 1NJWA 3DLHA 4I2PA 1U47A 1RT5A 3C94A 4EZ6A 4KFBA 3KLGA 4DTJA 1VSJA 1C6VX 4QAGA 3NH2A 1RBVA 4CF1A 1TK8A 2BGGA 1X9WA 1BIUA 3OYCA 4GMJB 1XHZA 3KLIA 1JLGA 4B9TA 1RBRA 3CG7A 3EZ5A 1SKRA 3RR8A 1UOCA 1RDCA 1ITGA 4F3OA 3KIOA 1NOZA 1XC9A 1VSKA 1QS4A 2B6AA 3HK2A 1LWFA 1LWCA 4E0DA 3AVAA 3OYKA 3O3HA 4CJFA 1IKYA 4M3ZA 4KV8A 3JYTA 3SQ2A 3ZSOA 1LWEA 1MU2A 3E01A 1RT3A 4MQ3A 3VQBA 4CEEA 3AVMA 2IS3A 1QSLA 3V9ZA 3K2PA 3CFOA 4DS4A 3RMBA 1C6VA 1TKTA 4E3SA 3KK1A 3AO3A 1U4BA 3OYBA 3EYZA 1RTDA 1SUQA 3HVTA 5JS2A 4M3UA 1IHWA 1JLBA 3ZSQA 1RTJA 4KHYA 1NJZA 4FXDA 1KVCA 2YNIA 4AHTA 1BHLA 2I5JA 3NHGA 2HVHA 4DG1A 4FLVA 5KRSA 4FK0A 1Q8IA 3RMDA 4Z4GA 1HYZA 3OVNA 4DTRA 3OYFA 4CIEA 3HPOA 1CXUA 3SJJA 3OJSA 3OYJA 3ZSWA 4FLTA 2HHWA 1VSIA 4BDPA 3AV9A 3IAYA 3TAPA 3DOLA 4CJPA 1S1VA 5HROA 2G8HA 4KHQA 3IRXA 3PV8A 2PYLA 1NKBA 3L3UA 1UWBA 1Y97A 3PO5A 4EP4A 4GW6A 2DFHA 1L3TA 4HHTA 1X9MA 4DF8A 1ASWA 3M8RA 4JS5A 1T8EA 5SWMA 4CFBA 1BCMA 1NK5A 3DLBA 2YV0X 4CGDA 3V1QA 4DU4A 3LPTA 2A1RA 4IG0A 1TK0A 3NCIA 4F2RA 4K8ZA 4DQPA 2KQ2A 2PY5A 4NCAA 1CZBA 4C8MA 2X74A 4W5RA 3TAEA 3V1OA 5HRNA 1WSFA 5C24A 4FLYA 5T7BA 2FC0A 5HBMA 4B9NA 4FJXA 4BE1A 1HYVA 4LY7A 1VSLA 4DFKA 1SL2A 4PQUA 2HHXA 1IO2A 3SNNA 3F73A 3K59A 4BACA 1U48A 4J2DA 3HM9A 3M8QA 3DOKA 3PX6A 1BGXT 1HNIA 3KLFA 3JSMA 3AA2A 4FVMA 3HVRA 1SV5A 3VA0A 1XWLA 4FJ8A 2GBZA 3LZJA 1C1BA 3VQAA 3MAQA 3BGRA 4DFPA 1N6QA 4B9UA 4C8LA 4Y1DA 3ZT3A 4FM0A 4KPYA 1GOAA 4BE2A 1KCFA 2HHQA 1WAFA 4FJHA 1S6PA 1RT6A 4KKOA 4LH5A 2B4JA 3B6PA 4RW9A 1NKEA 3AA4A 3D0PA 4CJUA 5J2MA 3UIQA 5FDLA 4FLZA 1J53A 1HYSA 3P83D 2IGIA 2RF2A 1KVBA 4FJIA 3QESA 3PX4A 2DFFA 2JLEA 2IOCA 1VSEA 4N41A 3KTQA 1C0UA 2GV9A 1JLCA 1L3VA 4OLAA 1TAUA 3TAFA 4CCHA 1UAXA 4CIFA 3QEXA 2B5JA 4ELVA 1RT7A 3OYGA 1L5UA 4J2AA 4N76A 4CGFA 4ID5A 5CY4A 4RW4A 3U6FA 2OZMA 4AILC 1TL1A 4DFMA 4ZTFA 4CHOA 4DQIA 1ZBIA 2LSNA 3ZT1A 1C0MA 4HTUA 1VSMA 4YNQA 1BQMA 4XIUA 3V9WA 1N5YA 2NUBA 2VG7A 4CGGA 3ULDA 3CM6A 3DLKA 3VQ4A 3VN5A 5SZTA 3DRPA 4O0IA 4OVLA 3AVBA 2BANA 4CF0A 4PY5A 4Q5VA 2DY4A 1FKPA 3D45A 1T7PA 4DMNA 1RDDA 4W5TA 2W42A 1HMVA 1W0HA 2X6SA 3AVIA 3CYMA 3QIOA 1WSHA 3OS1A 3NGZA 1CXQA 2G8VA 2WONA 4B9MA 4FJMA 1HJRA 4CF8A 1HRHA 2X6NA 1C1AA 4BDYA 4DF4A 3TR8A 1J9AA 4O0JA 2KFZA 4M42A 4IDKA 4CEOA 3AA3A 4CF2A 4IFYA 1GOCA 4DTXA 4M3TA 4OLBA 4YFUA 3F9KA 3CFPA 3MEDA 3LP3A 3TI0A 1YTUA 4DTNA 1KFDA 3QNNA 1RT1A 1RT2A 2XRIA 4I9LA 4CJTA 3SI6A 5K14A 2PYJA 2F8SA 4ID1A 4JS4A 2O4IA 4I9QA 1RILA 3QINA 1KFSA 3K5OA 2IC3A 3ZT0A 4CERA 4HUFA 1QHTA 3MEGA 4JRQA 3NF7A 1QQCA 3RR7A 3C6TA 4M41A 1JLQA 3A2FA 5CZ2A 3VQ5A 3VQ8A 4N56A 3LDSA 1UA0A 3NFAA 4Z4CA 4JRPA 3V9SA 1B92A 3M8SA 1D8YA 1NJYA 4FK2A 4B9VA 3HPGA 4DTPA 1JL2A 1IKWA 1KLMA 2YKMA 4IG3A 4UQGA 2E4LA 3LP2A 3QO9A 4EP5A 1NKCA 2Z1JA 3L2VA 2ZD1A 3PY8A 4FJNA 2HHUA 4OKJA 3K5NA 1GOBA 3HPHA 1BQNA 5CZ1A 1LV5A 2P5GA 2RPIA 2OZSA 1D9DA 4W5QA 4AHCA 4CEAA 3AO2A 4JLHA 3MXJA 2WOMA 4CK3A 3S3NA 2YHAA 1U04A 1XHXA 4CJSA 3V6DA 4B08A 3U3YA 4E7IA 3IS9A 1B9FA 4CJQA 3OYLA 3V1RA 4LD0A 3MECA 1X9SA 4Q0BA 2ZE2A 3DM2A 4CGIA 1WNSA 4CJEA 5I42A 1SKWA 1O1WA 2EHGA 2A1SA 5DK5A 1EX4A 4CGHA 2EX3A 3OS2A 4E7KA 5J2NA 4ZHRA 1ZBHA 3HL8A 1Z26A 4HCCA 1EKEA 3HSTB 3QEPA 4Z4EA 2OPPA 3OJUA 1DLOA 3ZT4A 3T19A 3SZ2A 3OYEA 3SQ4A 4E1NA 4CK1A 2X78A 3ISNC 1A5WA 4GVMA 4MFBA 5DMRA 4E19A 3L8BA 3SQ0A 1FXXA 3SV3A 3DLRA 1RTHA 3THVA 1ZYQA 3G10A 4E1MA 4L8RB 3AVLA 2OPQA 4LH4A 3TAMA 1SL1A 4O4GA 1NK8A 1TGOA 1ASUA 1G15A 4R5PA 3SV4A 1JLFA 4RW8A 4DU1A 3MEEA 3VQQA 4CGJA 4HUGA 3K57A 2XY7A 4CEBA 3P5JA 4E7HA 4E7LA 1IG9A 3VQDA 3QETA 1CZ9A 2OYQA 3TAQA 2D0CA 4C8NA 2P5OA 2R7YA 1TL3A 2ZQBA 3NF9A 3OYIA 4F3TA 3TABA 2VWJA 1JKHA 3NH1A 3NAEA 1U49A 3AO4A 2Y1IA 2D5RA 3HXMA 2KZZA 2P51A 4EZ9A 2BE2A 2IDOA 4E7JA 1REVA 1Q9YA 2Z1HA 4KAZA 1VSHA 2Z1IA 4CJRA 4C8OA 4K8XA 3AO1A 2HVIA 3AVJA 1VRUA 4RG8A 1J5OA 3AVFA 3AVGA 4DS5A 4B9LA 1RDBA 1S6QA 3H08A 1UA1A 2RN2A 4OKKA 4FJKA 4KI4A 4W5NA 5HRPA 1FK9A 5J2QA 1RDAA 4FW2A 2F96A 3NE6A 2O4GA 4H4OA 4HVJA 1KRPA 3SUPA 4J2BA 1RCHA 2FBYA 3MXIA 3S9HA 4M3YA 3KLEA 3DI6A 1RBSA 4FLWA 3FFIA 4CEFA 1S9EA 4CE9A 1BISA 4FZZA 3DYAA 4O55A 3KJVA 5J2PA 1RNHA 2YHBA 3WNFA 5KRTA 4PUOA 4H8KA 3DLEA 3I8DA 4FYDA 1BI4A 4IFVA 5KI6A 4Y1CA 1R0AA 3ZT2A 1S1UA 4RW6A 4CJ3A 2XY6A 4M3WA 5HRRA 4B8CA 3O3GA 1ZBLA 3V9UA 4DTUA 2KFNA 1NK9A 3ZSRA 4B9SA 3NGIA 3QERA 2E6LA 1ZBFA 1VRTA 4E89A 1VK0A 1BI4B 4F2SA 4QCLA 5CYQA 5JS1A 5FROA 2XO7A 4CHYA 4DLGA 1WSEA 4NYNA 1NJXA 4OPKA 5C42A 1T05A 3TANA 2PZSA 4CJLA 4KHNA 3OYAA 4FJ9A 1CLQA 3HJFA 3ITHA 3OS0A 4FM1A 4CFAA 3DMJA 4CJKA 3KD1E 4KTWA 1IHVA 4FW1A 1RTIA 3ZSYA 4DSJA 4CK2A 4M45A 4B8AB 4W5OA 1S9GA 3SUQA 4CHPA 4KHUA 2HHTA 2G8KA 3S3MA 4FJGA 3NH0A 1EP4A 4DSFA 4FZYA 3OYDA 3VQPA 3RMCA 4KREA 3I0SA 2KTQA 2KW4A 2GUIA 4O44A 3ZCMA 4AHRA 4C8KA 1D5AA 4CJ4A 4CJVA 4DLEA 2QKBA 3LAKA 4Z4IA 3QLHA 4ELUA 4KI6A 5FRNA 3CM5A 1FKOA 3AVCA 1D9FA 2Z1GA 3SCXA 4BDZA 3KD5E 4DSKA 3DRRA 4OKEA 4LSNA 2YNHA 3K58A 2HW3A 4OGCA 4AHSA 2IAJA 3LP1A 1JLAA 3PX0A 3QEVA 3SUNA 1XI1A 3SPYA 4IKFA 2HNYA 4AHUA 4KRFA 4CFDA 4M3RA 3IG1A 1NK4A 4FJJA 3NF8A 2ITGA 3KKSA 3HP9A 4AH9A 2G8IA 3PO4A 3RRHA 1QSSA 4FZXC 3MXMA 5I3UA 3L3VA 1KVAA 3SQ1A 4H4MA 3AVHA 3HT3A 3LZIA 1TKDA 1I3AA 4LSLA 3EY1A 5HP1A 1YVUA 3HO1A 2P1JA 3B6OA 3HP6A 4OGEA 2AJQA 5HRSA 4FLUA 4DFJA 4ELTA 1VSFA 2HHVA 3K5LA 4DSIA 1S5JA 2VG5A 1B9DA 1NK7A 4FCYA 1Q9XA 4N5SA 4KB0A 2YNFA 3TAGA 1SKSA 5FRMA 1JXEA 2HNDA 3LAMA 3OY9A 3RWUA 1IKVA 2DFEA 2FBXA 3ALYA 3DRSA 4F8RA 4HUEA 1HPZA 3KKRA 2DTUA 3VQ7A 1HQEA 4ZTJA 3SUOA 1WSGA 3LANA 4DQQA 3VA3A 1I39A 1QE1A 2VG6A 4KTQA 5CYMA 4ICLA 1QTMA 2JGUA 4DTMA 4AHVA 1IKXA 1K6YA 1RBUA 1WN7A 4CJWA 3NGYA 2QK9A 4HCBA 4CFCA 3M8PA 3LALA 3KK2A 4DSLA 4TSXA 3L2QA 4QOZB 2QXFA 2D0BA 4BE0A 2OPSA 4DTSA 2Y1JA 1KSPA 3ASMA 1WSJA 1HQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJLA 8AT1B 2ESWA 2HKNA 3JCMW 1BDGA 1PCXA 1AVZC 5JICA 4ZGDB 2OPRA 3A1PA 3AO5A 2AKKA 3L2WA 1YHQA 5LJ3d 1TG0A 4CEZA 4DEXA 4CEQA 3GOXA 1VQ9T 2ASOA 4DU4A 2IVOA 3SEMA 1BL3A 3L2RA 3MWPA 4DWIA 2LT1A 2LJ3A 3GNFB 3MX5A 1IGUA 4R56A 4N47A 1NK6A 1NJIU 1EWRA 5GAOr 3CCEA 3PUFA 1O13A 3WNHA 4DQSA 2QKKA 4MZMA 3QJYA 3J80O 1SRLA 3KWGA 3RIRA 3I56A 4FWPA 2ATCB 1QQNA 3VRYA 3JCMd 3OW2A 3JAMO 3UWNA 4BGBA 4DOVA 3TARA 1S72N 3UATA 2ZAEA 1ACMB 1JL1A 4CECA 1ZLMA 4BWJA 2K3BA 1PKTA 3TREA 3V7CA 2CGKA 4M77G 1WSIA 5M1QA 2YLBA 1AZGB 5AZJA 1TTHB 1JXMA 2A36A 2BZXA 3C7NA 3CMAQ 5IAYA 2D0AA 3ZEHA 4DBFA 1M1GA 3QMLA 1RLQC 3LDLA 1CKAA 2PZ1A 4FYWB 5D3GA 4DQRA 5GAN5 1S72T 1S1XA 3V9XA 4ISEA 4JZ4A 3L2UA 1VSDA 1WHGA 4J6YA 3EG9B 1QQMA 1QZ6A 3I0RA 1OVYA 4FK4A 4C92D 2ASPA 1SSHA 1YITA 1JJ2A 2B86A 2IVWA 1X6OA 3G71A 1IV0A 5C2DA 2HBKA 2HSEB 4RTFD 1VQMA 3RESA 3KLHA 3V4IA 1I81A 3A5OC 1KLNA 1KD1U 1RI0A 3VTHA 2RPNA 1BIZA 1BIAA 3OYHA 1V76A 2RQRA 3AVNA 2GTOA 3RKXA 3SPZA 1Q81C 2HMIA 3LWMA 2G8WA 1C0TA 3KVGA 2FZGB 3E1SA 1TAQA 1LW2A 4L59A 4WFBL 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1X1P A;  2FBV A;  3U3G A;  4CHQ A;  3SYZ A;  5HLF A;  2YKN A;  4FJL A;  3HYF A;  2F8T A;  3G0Z A;  2ATQ A;  2OPR A;  4NCG A;  3AO5 A;  1NOY A;  4NCB A;  1TVR A;  3NF6 A;  4CJ5 A;  3L2W A;  4I2Q A;  3RTV A;  4CEZ A;  4CEQ A;  1JXB A;  3AA5 X;  4KO0 A;  3ZSV A;  1BL3 A;  3O4Q A;  3OYM A;  3L2R A;  3P1G A;  2XHB A;  1TV6 A;  3K5M A;  4DWI A;  4N47 A;  2XY5 A;  3VQE A;  4DU3 A;  4NYF A;  5C25 A;  1NK6 A;  3WNE A;  1YT3 A;  2VWK A;  3PUF A;  3WNH A;  5D7U A;  1IH7 A;  3VQC A;  3ZSZ A;  3LWL A;  1RT4 A;  4DQS A;  2QKK A;  2HHS A;  4DSE A;  1EXQ A;  4CIG A;  2G8F A;  4OPJ A;  3BDP A;  3NDK A;  4OJR A;  4CHN A;  1Z25 A;  1TKX A;  2KZM A;  1DTT A;  1HNV A;  5KGW A;  1ASV A;  3TAR A;  4KB1 A;  1DTQ A;  1KTQ A;  1JL1 A;  4CEC A;  4BWJ A;  3O3F A;  4WE1 A;  4PWD A;  4FJ7 A;  4Z4F A;  3ZSX A;  1WSI A;  3QIP A;  4CHZ A;  2E6M A;  4KHS A;  3C95 A;  5KTQ A;  3KK3 A;  1NK0 A;  4J2E A;  2FBT A;  4FJ5 A;  2D0A A;  2RKI A;  3QNO A;  1J54 A;  4FM2 A;  3S3O A;  1JLE A;  3O4N A;  1QSY A;  3QEW A;  4B3O A;  4I7F A; 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