1C0M | Genus

Total Genus 64

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	64
sequence length	221
structure length	221
Chain Sequence	GVNPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDRIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of an active two-domain derivative of Rous sarcoma virus integrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags	Transferase
source organism	Rous sarcoma virus
total genus	64
structure length	221
sequence length	221
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	1999-07-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00552	IN_DBD_C	Integrase DNA binding domain
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.30.10	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral	1c0mA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	1c0mA01

4C8OA 3MEEA 3NBPA 3ZSYA 1X9SA 4FJ8A 3K59A 1IKWA 4CJRA 3VQ7A 3KJVA 1A5VA 4DF4A 4E7LA 3V9WA 1RT1A 4FK0A 4FYDA 5C24A 3LWLA 3G10A 1S6QA 4B8AB 4G1QA 4OVLA 2VWKA 4M3XA 1RDBA 4DSIA 1ASVA 1TVRA 3LDSA 1UWBA 3P1GA 3PUFA 3VA0A 1N5YA 3AVJA 4FJ5A 4OKEA 4O0JA 3M8RA 2VG7A 4CGGA 3OYHA 1LW2A 1WNSA 3NH2A 1KSPA 1SL0A 3PV8A 1Q9XA 2VWJA 3S3NA 3NCIA 3AA4A 4B9MA 4CIFA 4FCYA 1RILA 2DFFA 3ZSZA 4YFUA 3KD1E 4OLAA 4FJKA 3AVBA 3CFOA 3OJSA 3LP0A 4CF1A 4E7JA 3VQDA 3PX6A 2KFZA 4ELTA 5KI6A 4E89A 4FK4A 4DTOA 1J9AA 4CGHA 4LSNA 3KKRA 3B6PA 2KW4A 3LP2A 1NK4A 4OKJA 4RW4A 3ZSXA 4Q0BA 5I42A 1EX4A 2YHBA 3AO5A 1GOCA 1S1UA 3HPHA 3KKSA 3TAQA 1JLEA 2KTQA 4O0IA 1VSEA 4F8RA 3DLEA 2DFHA 4OPKA 3KK2A 1HYZA 4CJKA 2G8UA 4LH5A 3RMDA 2HHUA 3QETA 2A1SA 4FM2A 2OPRA 1QE1A 1NK6A 5KTQA 1J53A 3O4QA 3IG1A 3WNHA 1TAUA 4FJGA 2P51A 3U3YA 2Z1GA 3DOKA 3AVNA 1LW0A 2ITGA 3HP6A 4B9LA 4GVMA 1RBVA 3SPYA 3EYZA 1NK0A 4FLYA 3EZ5A 1BL3A 4OGEA 4N5SA 1NKCA 2ATQA 1S1TA 1REVA 2IAJA 3AV9A 3K58A 1J54A 3E01A 1RDAA 1VSKA 2DFEA 3JSMA 2FBXA 4ID1A 1L3TA 1ZBUA 4WE1A 3VQCA 4CFDA 1ZBFA 3S3MA 3HK2A 2AJQA 3MEDA 4FJMA 3VQQA 1LWCA 1TL1A 1FXXA 5HBMA 4FJJA 4CJ3A 4CHQA 1NJZA 4NCAA 4N47A 2VG5A 1KRPA 3HJFA 1VSMA 4CEDA 4FZYA 3KTQA 4KRFA 3OYIA 3RMAA 1RT5A 2KQ2A 4Z0UA 2IS3A 3MECA 1WAJA 4KV8A 4CF8A 4IDKA 4AHUA 1NOYA 4ELUA 4DFKA 2P5OA 1LV5A 1C1CA 1A5XA 2Z1JA 4IG0A 4CECA 4JS4A 1ITGA 1B9FA 4CFBA 4I2PA 3OY9A 4DSLA 3NGYA 3O3HA 4B9SA 4F2SA 1QSSA 2FBTA 4N41A 4HVJA 1IG9A 4I7FA 3QEVA 1S1XA 2YHAA 3KLIA 3OYJA 3RRHA 2HNYA 3AVCA 1RTJA 1JXEA 4FVMA 4DFMA 4KI6A 3V1OA 4CEOA 5CZ1A 2D0BA 3VQ9A 4DTMA 1DLOA 4BACA 3AVKA 4CIEA 4M3YA 2QK9A 3NH0A 3QEWA 1BQNA 1QQCA 2P5GA 1XWLA 5SWMA 3O4NA 1HYSA 1BHLA 1RBUA 4GW6A 2X74A 3O3GA 3TWHA 4BE2A 2IGIA 2B5JA 4CEFA 2OZSA 3QLHA 1WLJA 1B92A 3OS0A 4KB0A 4J2EA 1BCMA 3AO3A 1TKXA 1FK9A 4AH9A 4KHYA 3B6OA 3DM2A 4N76A 1T05A 4M45A 4FLXA 2RN2A 1XHZA 1ZBIA 3L2QA 4RW6A 4FK2A 3NH1A 2Q3SA 3WNGA 4PUOA 3CM5A 1YT3A 4CJEA 2DTUA 3NGZA 4LD0A 4NYFA 3C94A 3L2WA 4NYNA 3K5MA 3SUQA 3DYAA 4CJTA 5CYMA 3HL8A 3BGRA 3MEGA 3HPGA 3T1AA 1QMCA 4CEQA 2KZMA 4IG3A 4IFYA 3QEPA 5JS2A 3TANA 4E1MA 4CK3A 1F21A 1KFSA 2HHTA 4DS4A 1WSJA 3PX0A 4F4KA 1RT3A 3ZT1A 1RDDA 4AILC 1HRHA 2A1RA 4IFVA 2ZE2A 1X1PA 2XO7A 3AVMA 3DMJA 1XI1A 4E0DA 1KTQA 3LAKA 1ASUA 2OPSA 2NUBA 3OYMA 4FM1A 4DFJA 4Z4IA 1JLFA 4B9TA 4KHNA 4FJ9A 4OGCA 2FBYA 2XRIA 3KIOA 1ZYQA 3K57A 1TKZA 1HPZA 4ICLA 3UIQA 1VSHA 4DSFA 1WSEA 2I5JA 3NHGA 2YKMA 1CXUA 3LANA 4CE9A 4BE1A 3V81A 2G8VA 3DLKA 3CFPA 3KK1A 1BIZA 3QEIA 4CHPA 3IS9A 3HT3A 2ZQBA 3T19A 4LH4A 3QINA 4JRPA 4M41A 1Q8IA 3QESA 1ZBLA 4HCCA 5D7UA 3AO2A 4DQQA 2X78A 4FW2A 5HRNA 1RT7A 2G8WA 4O55A 4HTUA 1D9FA 1NOZA 1QHTA 1QTMA 3VQ5A 4FJ7A 3AO1A 4W5RA 1U49A 2BGGA 4K8ZA 3VQPA 3L8BA 3IRXA 4R5PA 3ISNC 3RTVA 4F3OA 1NK5A 4FLUA 4KO0A 1YVUA 3LP1A 1LWFA 1I3AA 3TAFA 4YNQA 1CXQA 3M8PA 4DS5A 3LP3A 1SKWA 1KLNA 4DTPA 2JLEA 3SPZA 1T03A 1EETA 3NF7A 1KVBA 4M3ZA 3NF8A 4DG1A 3SUPA 1VSFA 2PY5A 3CM6A 1VSJA 3QEXA 2OPQA 5HRSA 2EHGA 4M3RA 3OYKA 3TAEA 3TAPA 4W5TA 4CCHA 4FJNA 4M42A 2XHBA 4KHUA 1RT4A 3QNOA 5J2MA 3MXMA 2YNHA 4FM0A 1VSLA 4CEBA 4BWMA 3OJUA 4DQSA 1RTDA 4ELVA 1JKHA 1XHXA 3LPUA 4CK2A 4HHTA 4DSEA 3DLHA 2HNZA 3RWUA 1B9DA 1RDCA 5J2PA 5FDLA 3K5NA 4RW9A 1C0UA 1T8EA 1IKVA 3SQ4A 2E6LA 4KKOA 4RW8A 3U3GA 1NK7A 1DTTA 1QS4A 3AVFA 3OYFA 1HYVA 4FLTA 4HUGA 2QKBA 3T3FA 4CFAA 4GMJB 2YV0X 4H8KA 5DK5A 4BDYA 1Z26A 4CHYA 3OS1A 1UA0A 4IKFA 2YNFA 4NCBA 3MXJA 1J5OA 4CJLA 2BDPA 1RBTA 3ZSOA 3DLBA 3RR8A 1BQMA 1HNIA 3ZSWA 1RCHA 3HVRA 4I9QA 1YTAA 4CJSA 4DQRA 4M3WA 2WOMA 4RG8A 3NE6A 1TV6A 4EP5A 3C6TA 3OYNA 4DWIA 4B8CA 1S9EA 4DU3A 3K5OA 3P83D 1BI4A 3DLRA 4KAZA 3VA3A 3U6FA 4CGIA 3OYEA 3HPOA 1C6VA 1L5UA 2HHWA 1KFDA 2ZD1A 4BWJA 3ZT4A 1RNHA 3RMBA 3DRSA 3F9KA 3LPTA 3THVA 1X9WA 2HHQA 4FJXA 4AHTA 4DMNA 1VRTA 1S6PA 3WNEA 4E7HA 3SUNA 1Z25A 5KGXA 1NKBA 5KRSA 3P5JA 4MQ3A 4CJ5A 3LALA 2Y1IA 4FLZA 2HHVA 5EU7A 2KZZA 2F8TA 3EY1A 2KFNA 1LAWA 3F73A 4EZ9A 5T7BA 1XC9A 2D0AA 3NGIA 4DTRA 1S9GA 3TR8A 2O4IA 2EX3A 4FLWA 3VN5A 1C6VX 3DRPA 1U47A 2LSNA 5HLFA 4DQPA 2PZSA 4PQUA 5SZTA 4W5NA 3SQ1A 2D0CA 4Z4HA 3SQ2A 1D8YA 4FW1A 1W9HA 1EP4A 4AHRA 3HXMA 3L2UA 4FXDA 1JLAA 3QNNA 4KPYA 3ZT3A 2G8FA 3AVIA 1CZBA 2IOCA 2D5RA 3SI6A 1EKEA 3KLEA 4Z4FA 4CJPA 1S1VA 4HUEA 3CQ8A 3IAYA 3S3OA 3OYGA 1BI4B 2ETJA 4CHNA 3HM9A 3RR7A 5CY4A 3RRGA 4OKKA 1TKTA 4FZZA 1HNVA 5JS1A 3BDPA 4HCBA 1JXBA 4LSLA 1FKPA 4MFBA 3V9ZA 1SV5A 5CYQA 3ASMA 4DU1A 4DTUA 1IKYA 3S9HA 1L3SA 2HMIA 4CF2A 3FFIA 1IO2A 2OYQA 5J2NA 3ZCMA 4TSXA 4Z4GA 1C0TA 4J2BA 5I3UA 4KI4A 4OPJA 1L3UA 3QIOA 1VRUA 5HP1A 2Y1JA 4ID5A 4QAGA 4Q5VA 4CHOA 4ZTFA 4KHQA 3NDKA 1SKRA 1WSHA 3HP9A 4Y1CA 3ZSVA 4KTQA 4E7KA 1JL1A 3ALYA 2GBZA 4W5OA 3V9UA 1NJYA 1L3VA 1RT6A 4CGFA 3DLGA 1QSLA 1RTHA 3I0SA 1IKXA 4IBNA 3VQ6A 1JLCA 2G8KA 4PWDA 2X6NA 1HJRA 3K5LA 1NKEA 5J2QA 4UQGA 2YNGA 3TI0A 3MXIA 4F2RA 1TGOA 2PYLA 4KHWA 1KLMA 4JRQA 4DF8A 4KREA 4F3TA 3CG7A 3VQBA 1JLQA 4E1NA 4XIUA 3PO5A 4CERA 4CJ4A 4FLVA 3PY8A 2G8IA 4KB1A 2B4JA 2GV9A 2RPIA 2R7YA 3RMCA 5HROA 3ZT0A 2YNIA 3DRRA 3AVGA 1U45A 4FJHA 3PX4A 3L3VA 1SL1A 1CZ9A 1TAQA 4AHVA 4JS5A 2RF2A 3L2VA 3VQ4A 4KTZA 3ITHA 1X9MA 3KK3A 4CJQA 1GOAA 1JL2A 3L2RA 2RKIA 2FBVA 1VSDA 4Y1DA 1IH7A 4AHSA 1N6QA 1D9DA 4B9NA 1BCOA 4KTWA 1R0AA 2DY4A 4C8MA 1I39A 1WSIA 1WSFA 4RW7A 1TK5A 3ULDA 2HVIA 1EXQA 1Y97A 1CLQA 5FROA 4CESA 3HVTA 4EZ6A 5CZ2A 4J2AA 1RTIA 1W0HA 3KLHA 4H4OA 4C8LA 4CJFA 4L8RB 3HSTB 1D5AA 3C95A 4I2QA 4BDZA 3AVHA 4Z4EA 2VG6A 1QSYA 4B9VA 3KD5E 2HHXA 3C6UA 4CF0A 3V4IA 5FRNA 2IDOA 3HO1A 1WAFA 3NF6A 1T7PA 4C8KA 1G15A 3TAMA 3LZIA 3OVNA 4DLEA 3SV3A 4M3TA 1JLBA 1SUQA 1LWEA 1KVAA 1BISA 3V1QA 3H08A 2GUIA 4I9LA 4CEAA 4DSKA 3CYMA 3CFRA 3OYCA 2HB5A 3SZ2A 1DTQA 1JLGA 3D0PA 1Q9YA 1U04A 2X6SA 2BE2A 2Z1HA 3AA2A 3MAQA 4AHCA 3OYBA 1U4BA 1YTUA 4M3UA 3QO9A 1VSIA 4OJRA 2XY6A 3JYTA 2P1JA 4CGDA 4CIGA 2HNDA 4DLGA 4KFBA 4E19A 3OYDA 1NJWA 4B9UA 4J2DA 4PY5A 1BGXT 5DMRA 1NJXA 3V1RA 1TL3A 3HYFA 3KLGA 1FKOA 3QERA 1SKSA 1UA1A 3I8DA 3TAGA 3D45A 3PO4A 5HRRA 2OZMA 1U48A 3AA3A 4QCLA 5K14A 4B08A 2XY5A 4CJVA 4KHSA 4DQIA 5HRPA 4N56A 2B6AA 3SQ0A 1C1AA 4B3OA 3KLFA 3ZT2A 2E4LA 1A5WA 4JLHA 1C0MA 3A2FA 4OLBA 2HHSA 4Z4CA 3QIPA 4DU4A 2XY7A 1ZBHA 4FJIA 4EP4A 1LAVA 5C42A 3AA5X 5KRTA 3NFAA 2FC0A 3LZJA 3M8SA 2WONA 3VQAA 4DTJA 3AVLA 2PYJA 1IHVA 3SYZA 4CJWA 2Z1IA 2W42A 4CHZA 1UAXA 3ZSQA 1TK0A 2XY8A 3AVAA 4CEZA 5D3GA 4DTSA 4CEEA 3TABA 3V9XA 1TKDA 3I0RA 1KCFA 1UOCA 3ZSRA 2OA8A 3O3FA 2OPPA 3LAMA 1IHWA 3G0ZA 3SUOA 4O5BA 2IC3A 2E6MA 4LY7A 5C25A 1O1WA 2QXFA 1ASWA 1BIUA 2BANA 3WNFA 1HMVA 1NK8A 3DI6A 5E41A 4FJLA 3OYAA 4DSJA 1KVCA 4DTXA 3M8QA 4H4MA 4QOZB 1RBRA 5FRMA 4E3SA 3VQ8A 4DFPA 3NAEA 2F8SA 4ZHRA 4ZTJA 2QKKA 4O4GA 1SL2A 1K6YA 2HVHA 1RBSA 3AO4A 4W5QA 1WN7A 2O4GA 3TARA 1TK8A 4CJUA 4C8NA 2YKNA 4E7IA 3SV4A 3SCXA 4PA1A 4O44A 1RT2A 1WSGA 3K2PA 2F96A 4CK1A 3SNNA 1VK0A 3LWMA 1NK9A 4K8XA 1S5JA 5J1EA 4BE0A 4DTNA 1C1BA 1MU2A 4CFCA 1HQUA 3SJJA 2HW3A 3OS2A 4HUFA 2G8HA 3NF9A 2JGUA 3OYLA 1GOBA 1HQEA 1S1WA 4NCGA 4CGJA 3DOLA 3V9SA 3V6DA 4BDPA 3VQEA 5KGWA 4FZXC 3L3UA 4CF9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4C8OA 2K79A 3VS5A 1KQ2A 1JJ2M 5GAOp 1VA7A 3ZSYA 1X9SA 2VQEK 5AQMA 2UUBK 4FJ8A 2QQAA 2OJ2A 1VQ7A 5AQIA 4O5FA 1Q81C 2IVNA 5J2MA 1QW1A 2OTJT 1NG2A 4M7DD 3SMSA 2DZCA 4OVLA 5LJWA 2ED1A 2GNCA 5BR8K 1UHFA 1PHTA 1UWBA 1K9MC 1N5YA 4FJ5A 4OKEA 4A5BA 2DRMA 1SRLA 4LC9B 1LW2A 4CGGA 3OMGA 1SL0A 4RTWA 4A57A 1VQ5T 1BUPA 2ZJPL 1B3QA 2D0OA 1UGQB 1NGGA 1UUEA 4N4GA 4FCYA 4CZGA 2DFFA 4R56A 2QG9B 4LE9A 1IZ6A 4DOVA 4PFOA 3CD6A 1HPMA 3WQUA 3CFOA 3CCMN 4CF1A 3PX6A 4A4KA 3VQDA 3P38A 3REBB 4C8QB 4QQGA 1VQKA 2KFZA 2QQSA 4RG2A 4FK4A 1M90O 3B6PA 3H45C 4BC3A 3JCMf 4HA8A 4RW4A 2VCPA 1EX4A 3AO5A 3LM9A 1GOCA 3HPHA 2EIFA 4O0IA 4KULA 1BDGA 4F8RA 2QXLA 1GFCA 2FXUA 1JEGA 4CJKA 4D8DA 3D2FB 4MDWA 4XTWA 2G8UA 1D09B 1BB9A 4M7DG 1GLLO 4DA4A 4LH5A 3RMDA 2HHUA 3L0QA 2KVQG 1OPLA 3CCET 3DLMA 2CUBA 2YI1A 4FWMA 5KTQA 3GNGA 3IG1A 3WNHA 4KH0B 4FJGA 1N8RR 5FU6C 3U3YA 5KE3A 3HP6A 2XMFA 2E88A 5JLFA 1VQPT 3EYZA 5LY3A 1BL3A 4N5SA 5CR4A 3G6EQ 2IAJA 3H3NO 2EBPA 4XK8E 4FPAA 3K58A 2RI5A 3JSMA 3BZCA 5EC7A 1ZBFA 2AJQA 4JK9A 1VQMN 4FJMA 3VQQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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