1C1AA

Crystal structure of rsv two-domain integrase
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDRIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDITQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active two-domain derivative of Rous sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RSV INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Rous sarcoma virus
total genus 59
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1c1aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1c1aA01
3NBPA 3K57A 1HYZA 2F96A 4FZYA 1BCOA 4CK2A 3NAEA 2X6SA 3DLKA 4FLXA 3AV9A 3ZSYA 2HNDA 4M3TA 4N56A 2BANA 1EKEA 4M3WA 3V9ZA 2X6NA 3NHGA 4DTXA 4OKJA 2ZD1A 1C1AA 5I42A 4HCBA 4OKEA 3SUQA 4KHWA 3DLBA 2HHQA 5KTQA 4BE1A 3RRHA 3KLIA 3VN5A 3QEIA 1TAQA 4H8KA 2HW3A 1JXEA 1BISA 1SKWA 1RT7A 3LAKA 3ZT2A 1VK0A 2YKMA 2FBXA 4AHCA 4CF0A 2IGIA 2VG5A 3AO1A 4CGDA 3MAQA 1JLBA 3U6FA 4BDZA 4FVMA 1QS4A 3KIOA 4YNQA 1CXQA 4DS5A 3SNNA 4CHQA 1J5OA 1TKTA 3IG1A 3K5OA 3OYAA 1RDDA 3L2UA 4K8ZA 1KTQA 3A2FA 4ICLA 4AHSA 3C94A 1R0AA 4DQPA 3HK2A 3D45A 1LV5A 4N41A 1IKVA 3AVKA 5C25A 3OYCA 1VSEA 1QHTA 4O0IA 3L2RA 2PY5A 2HNZA 4KB1A 4FJHA 3SV4A 1BI4B 2XRIA 1GOAA 4ZHRA 3CFPA 5FRNA 4FJMA 3ZT3A 2ETJA 3CYMA 3PX6A 1HYVA 1Z25A 1HNIA 1RTJA 4LH5A 3ZCMA 1TVRA 1SL2A 1TGOA 4O5BA 4GW6A 1EETA 4DFKA 1RT5A 3TAQA 2FC0A 1ASVA 2YNFA 4N47A 4CF2A 3HM9A 3AVLA 4FJNA 4QAGA 4FK2A 1QTMA 4CJPA 3SPYA 1LWFA 1RBTA 4DSJA 2JGUA 5KGXA 4IFYA 4C8NA 3OYJA 3LPTA 1C6VA 3V9XA 1EP4A 3OYNA 4HCCA 4PQUA 2D5RA 4AHTA 4KKOA 2YNIA 2WOMA 2GBZA 4CJ5A 4KI4A 4W5RA 1U4BA 1S1UA 3V1RA 3AO4A 1NK9A 3DRPA 3P1GA 1Y97A 4BDYA 3KD1E 1NKCA 5K14A 1UWBA 3V6DA 3L3UA 1ZBHA 1FK9A 2LSNA 1NJXA 4CF8A 1X9MA 1RBRA 4H4MA 3LDSA 3HVTA 3V9WA 5D7UA 4DU1A 2WONA 4FCYA 2ZQBA 1N5YA 4E3SA 1T03A 4CGGA 4F8RA 4FK4A 3PX4A 1RDAA 2VG6A 3VQPA 3CFRA 3SI6A 1YTUA 4AILC 1S1XA 4RW4A 4EZ9A 3VQ5A 4KHNA 3OYMA 4CEZA 1WSFA 3SQ4A 3RMDA 3KLGA 3PO5A 4F4KA 1QMCA 4KFBA 4CGJA 1TK0A 2VWKA 4BWJA 1JKHA 2E4LA 3VA3A 1D5AA 3MECA 4HVJA 4L8RB 4CIGA 1SL1A 3AVNA 3OYHA 1ZBLA 4KI6A 3DRRA 5HRRA 3TANA 4Z4EA 1RBUA 3CFOA 3QEVA 4KAZA 4C8OA 4CJFA 4DQQA 2YHAA 4G1QA 3V9UA 3DRSA 4CGHA 1SKSA 2OYQA 1KFDA 4MQ3A 4CEOA 1W0HA 4KPYA 4I7FA 1CZ9A 2RN2A 3I0SA 2BE2A 2X78A 4FW1A 4LSNA 4DTRA 1Q9YA 3QNOA 4M3XA 4FZXC 3S9HA 3T19A 3F73A 4KB0A 3LPUA 4B8CA 3G10A 4FLUA 4W5QA 1VRTA 3M8SA 4DFJA 1HYSA 1J53A 1VSIA 3LWLA 3NCIA 3ALYA 4DTJA 4B9UA 1BI4A 4ELUA 4FJXA 2IOCA 1U48A 2HHTA 5KRTA 3HVRA 1BIUA 1T8EA 1C1BA 2X74A 4FJ8A 1VSJA 2P1JA 3FFIA 4DTPA 3CQ8A 1LAWA 5JS2A 1FXXA 5J1EA 5J2QA 3OY9A 1RILA 2G8KA 3AVAA 3DLGA 5C24A 3EZ5A 1GOBA 3OS1A 3WNEA 1NK7A 1LAVA 2IAJA 1RT3A 4CHZA 1FKOA 3U3GA 3P5JA 3AVBA 4CJ3A 3MEEA 3S3OA 2KW4A 2IC3A 4LD0A 3OS0A 1HQUA 1KRPA 3ZT4A 3L2VA 4M3UA 2F8SA 2HHWA 2GUIA 4DU4A 1REVA 3HJFA 3AA3A 3DI6A 2VWJA 3QNNA 3ULDA 3RR7A 3AO3A 3OYEA 3DOLA 1UA1A 4E1MA 4E7HA 4N5SA 3C95A 3EYZA 1WSEA 4CJKA 2EHGA 3E01A 3NGYA 4IFVA 4BDPA 1BHLA 1S1TA 2E6MA 5DK5A 5CYQA 4CFDA 1VSKA 4EP5A 3SQ2A 3SPZA 1IG9A 4M42A 1JXBA 2Q3SA 3NGIA 4FLVA 1DTQA 4RW6A 3CM6A 5HP1A 3M8RA 4K8XA 3AVJA 3CM5A 4M45A 3IRXA 4AHRA 3VQ8A 3OJSA 4CK3A 4FJKA 4I2PA 4EZ6A 4DSKA 3KLFA 3NH2A 1GOCA 2P51A 4IDKA 4CJEA 1HMVA 3OYKA 4E7IA 2OZMA 4M3RA 4PY5A 3VQAA 4HTUA 3QEXA 1NOZA 3QESA 3RMBA 3C6TA 1SL0A 3V1QA 1JL1A 1JLCA 3IAYA 3HYFA 4RW9A 4CEEA 1HNVA 4KTWA 5J2MA 1IHWA 3KK1A 2A1RA 3RMAA 4H4OA 3RR8A 1TKXA 1X1PA 3ZSRA 4CJLA 2HHSA 4MFBA 4CEQA 4FW2A 4Z4HA 4ZTFA 4Z4IA 4DFPA 1B9FA 5HBMA 4B8AB 1RDBA 4NYNA 2FBTA 3HSTB 5EU7A 3HXMA 1RTDA 4HUEA 1WNSA 3SJJA 3K2PA 4ZTJA 1D9DA 5DMRA 4W5OA 3OYDA 1VSHA 3AVCA 1I3AA 3K5NA 3QINA 1NK5A 3T3FA 3NFAA 3DLEA 5CYMA 4YFUA 3AVIA 4B3OA 1O1WA 4Z0UA 1W9HA 3DYAA 4HUFA 3K5LA 3TAEA 1KSPA 4RW8A 1XC9A 4B9TA 2P5OA 3QIPA 4OGEA 4CJVA 1KLNA 3MXMA 1QSSA 3AO5A 4I2QA 3TR8A 4HUGA 1RBSA 3C6UA 4FJLA 4Z4FA 2E6LA 3AA5X 3AVMA 3CG7A 4KO0A 3QETA 4GMJB 3KLEA 1S6QA 2Y1JA 3NF6A 1U04A 2EX3A 3AA4A 3AVFA 3HP9A 3VQBA 1SUQA 1WAFA 3ASMA 3HP6A 3LWMA 3SV3A 4DFMA 4NCAA 5HRNA 4FZZA 4M3ZA 4E0DA 3DMJA 4CERA 3LP2A 4JS5A 4ELVA 1TL1A 2DFFA 3OVNA 3KJVA 2YKNA 3OYGA 4Z4GA 4CEDA 3B6PA 3THVA 3V81A 5C42A 1XI1A 1I39A 4E7KA 4FJ9A 4CJUA 4O0JA 1L3TA 2G8WA 4J2BA 3NGZA 4LY7A 4B9SA 4PUOA 2FBVA 3SCXA 2OPSA 4B9LA 3ZT1A 2XHBA 2KZZA 4JRPA 2DFHA 3LANA 4GVMA 3DLHA 3QERA 1TKDA 3JYTA 3HO1A 4F3TA 4CHOA 2KFZA 2W42A 1S5JA 3TI0A 4TSXA 1NJWA 3RTVA 4W5NA 4DS4A 3ISNC 3H08A 4CE9A 4E89A 4CESA 4CHYA 3VQQA 4FLZA 3K58A 2G8FA 3U3YA 4FJ5A 1MU2A 3EY1A 1ZBFA 3B6OA 3NH0A 1VRUA 3BGRA 5T7BA 4DQSA 3SUOA 2KFNA 5JS1A 1U47A 3M8PA 3RRGA 4E1NA 3ZT0A 3AO2A 4B9VA 3PV8A 1SV5A 2R7YA 3QEWA 3SUNA 1NKEA 4OPJA 4BACA 2D0BA 4E7JA 4O4GA 2OZSA 1SKRA 2OA8A 4XIUA 4AHVA 1XWLA 4J2EA 4CEFA 3RWUA 3DM2A 1A5XA 3O3GA 3KTQA 3WNFA 3L2WA 4FJGA 1WLJA 3ZSZA 1T7PA 2I5JA 5CZ1A 4FLYA 5CY4A 3TAFA 3O3HA 3VA0A 4R5PA 3AVHA 1U45A 3K59A 3SQ0A 3NE6A 2PYLA 2F8TA 1T05A 1LWCA 1UOCA 2ITGA 5HRSA 1JLFA 4CF9A 2OPPA 3PUFA 3ITHA 3OYLA 4FYDA 4DTUA 5J2NA 1RNHA 3F9KA 1D9FA 2Z1JA 3MXJA 1D8YA 1IH7A 3NF7A 3I0RA 3ZSVA 4CK1A 1NK8A 1X9WA 4IKFA 4M3YA 2YV0X 2IDOA 1RT4A 1TV6A 3S3NA 2PZSA 3SZ2A 4CHPA 5KI6A 2B4JA 1RDCA 1VSLA 4F2RA 1LWEA 1NJYA 4DSEA 4JLHA 3DLRA 3KLHA 4DSFA 1BCMA 3QLHA 5D3GA 2KTQA 1BQNA 3HPGA 4DF4A 4NCBA 1IKXA 4PWDA 4FK0A 3WNHA 1YVUA 2QXFA 4C8KA 1ZYQA 3NF8A 1S6PA 2O4GA 3HPOA 1K6YA 4KHYA 1C0MA 5SZTA 3KK3A 4KTZA 5CZ2A 3OS2A 1RTIA 1RCHA 4QCLA 4Y1CA 4FLTA 2XY6A 3VQDA 1J9AA 3TAMA 3ZSOA 3O4QA 4CHNA 4C8MA 4Q0BA 1X9SA 4KTQA 5I3UA 4KHUA 2Y1IA 1WSIA 4JRQA 2KQ2A 2OPRA 3LALA 2HHUA 3O3FA 1C0TA 1NK6A 3JSMA 1DLOA 1FKPA 1VSMA 1A5WA 4LH4A 3AA2A 2NUBA 4DTNA 1NK4A 1S1VA 4DG1A 1A5VA 3OJUA 1L3VA 2JLEA 4DTOA 1TL3A 1IKYA 3ZSQA 1TK8A 2YNHA 3ZSWA 1HRHA 4FLWA 3PX0A 3TAPA 3D0PA 3BDPA 1JLAA 4KHQA 1TAUA 1RT1A 1NJZA 2QKKA 4IG0A 3LZIA 1RT2A 3TARA 4QOZB 2YHBA 4RG8A 2FBYA 1C6VX 4FM2A 1NOYA 4B9MA 2DTUA 3LZJA 4KREA 1JLGA 2DFEA 1WAJA 3MEDA 3P83D 4FM1A 1TKZA 4B08A 4E19A 4KRFA 4BE0A 4DWIA 1B9DA 4NYFA 1BGXT 4IBNA 4DLEA 3VQ6A 2QK9A 5SWMA 3L3VA 4CFAA 4BE2A 3K5MA 4CF1A 5J2PA 4CJWA 4DSIA 1G15A 1C0UA 4CJTA 1BL3A 3HT3A 2XY8A 4CCHA 4CEAA 1YTAA 2RPIA 4CFBA 4OKKA 5E41A 4Q5VA 4FM0A 3V1OA 4N76A 1ASUA 3KD5E 4CGIA 3L8BA 2B6AA 4OGCA 1L3UA 3UIQA 4NCGA 4CJSA 1QE1A 1U49A 4DF8A 1WSJA 4Z4CA 4EP4A 1HQEA 2D0CA 2ZE2A 4CJ4A 4OLAA 1ASWA 1EX4A 1JLQA 1XHZA 1L5UA 1KVCA 3LP3A 1WN7A 3VQ9A 1Q9XA 1IO2A 2HMIA 4DQRA 4UQGA 4DSLA 1CLQA 3IS9A 1CZBA 2XY5A 4AHUA 3I8DA 1QSYA 1B92A 1IHVA 3LP1A 4CEBA 1Z26A 4O44A 4Y1DA 2G8IA 1BIZA 1XHXA 4CGFA 2VG7A 5KRSA 2XO7A 1LW0A 3PY8A 3PO4A 4KV8A 3OYBA 1F21A 1HPZA 1DTTA 3O4NA 3SUPA 3L2QA 1HJRA 3VQEA 4LSLA 4E7LA 4HHTA 1KCFA 4FJIA 4DQIA 1QSLA 4FJJA 3QIOA 2DY4A 1ZBUA 3DOKA 2Z1GA 4W5TA 1JL2A 3G0ZA 3OYFA 1KFSA 1N6QA 3NH1A 2XY7A 2G8VA 4F3OA 2HVHA 5KGWA 4BWMA 1BQMA 4OLBA 1WSHA 2G8HA 3SYZA 1Q8IA 3M8QA 2GV9A 4AH9A 3MEGA 1S9GA 3S3MA 2P5GA 1KVAA 1RTHA 1NKBA 1ZBIA 5FRMA 2BDPA 4OJRA 3VQ7A 4CFCA 4DU3A 5HROA 4CJRA 1KLMA 4F2SA 3VQCA 1L3SA 2ATQA 3V4IA 3KK2A 1NK0A 3KKRA 3HL8A 1S1WA 4DLGA 3TABA 2B5JA 1WSGA 4I9LA 1UA0A 2PYJA 1TK5A 3V9SA 4M41A 4CIEA 3ZSXA 2RKIA 2G8UA 3LP0A 5HRPA 3TAGA 4I9QA 2AJQA 4B9NA 3MXIA 1ITGA 4WE1A 2BGGA 2YNGA 1JLEA 3OYIA 2KZMA 4RW7A 3WNGA 4J2AA 4DTMA 3KKSA 1S9EA 2A1SA 3QEPA 1UAXA 5HLFA 4C8LA 2RF2A 4FXDA 4DMNA 5FDLA 4KHSA 2QKBA 3NF9A 4DTSA 4CECA 3SQ1A 2Z1IA 4FJ7A 3QO9A 2HB5A 4CJQA 2O4IA 2D0AA 1VSFA 4OPKA 3VQ4A 3RMCA 2HHXA 1KVBA 4O55A 1CXUA 5FROA 3LAMA 2OPQA 1RT6A 1EXQA 1LW2A 1VSDA 4J2DA 1IKWA 4IG3A 3TWHA 4CIFA 3NDKA 1YT3A 3AVGA 2IS3A 1C1CA 4ID1A 4PA1A 4OVLA 2HHVA 1RBVA 4ID5A 2Z1HA 4JS4A 2HVIA 4ELTA 3T1AA 1J54A 3HPHA 1QQCA 2HNYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PJLA 1QVFM 4CC3A 1HYZA 4FZYA 1U1SA 3DLKA 2HBPA 3CIPA 3VEXA 4M3TA 4JD2A 3V9ZA 1M2VA 4J9EA 4DB3A 4JJNK 3CCJQ 1OH7A 2X9HA 1QQMA 2BKDN 2HHQA 2CS7A 2V26A 3OSSC 4F7UE 2DX1A 3QEIA 4M7DE 1SKWA 1JQQA 3LAKA 1KJWA 3ZT2A 4B9NA 1I0CA 3MEAA 2IGIA 2NRWA 2VG5A 3U6FA 5KPZA 2DL5A 1JLBA 4BDZA 1HUXA 4U67L 1VQ5A 5BR9A 3KIOA 3MAQA 4C8QD 1GXIE 4BG8A 2W6KA 3SNNA 4Z02A 2NRZA 4CHQA 1TKTA 4CZJA 1QCFA 4F7UA 5A0DA 3EE9A 3QKJA 3IG1A 1RDDA 4M7DA 5LJWA 4F7UG 1KTQA 3A2FA 2RHZA 4M7DG 4JKEA 1EQYA 3DJCA 3VMFB 3M59A 4LUEA 5FU6B 3OYCA 4PKIA 2YT6A 4N41A 4GV3A 3HOSA 4BD3A 2QGGA 1BI4B 1GOAA 2YHWA 4A61A 4FJMA 3ZT3A 4YOWA 2QQ9A 1CKAA 1WGSA 2ROLA 3E2UA 3CBPA 3CYMA 1HNWK 5GAGP 1N9SA 3BFMA 6AT1B 3QB0A 4DV6K 4LF8K 4NL2A 3RMSA 1B07A 1M3AA 2M16A 4X1VA 3CCEQ 1FX7A 2P4RA 4M75D 3M4YA 4E2FB 2HEQA 4CF2A 1N32K 3HM9A 4PJJA 4ORZA 4MLEA 1NLOC 4M78F 1KC8U 1LWFA 2O8EA 4B9QA 3MEWA 4DSJA 3PIPL 5KGXA 2NNWA 3HHTB 5LMNK 2X4XA 3ZLJA 4RTFD 3OYNA 3H0IA 2D5RA 5CIUA 1NGJA 2YRDA 4KKOA 1WZOA 2RK1A 3RUXA 2GBZA 3CCSN 2C0IA 2R5AA 4J5YA 4KI4A 4C5EA 1AHJB 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 3KK2 A;  1NK0 A;  3KKR A;  3HL8 A;  1S1W A;  4DLG A;  3TAB A;  2B5J A;  1WSG A;  4I9L A;  1UA0 A;  2PYJ A;  1TK5 A;  3V9S A;  4M41 A;  4CIE A;  3ZSX A;  2RKI A;  2G8U A;  3LP0 A;  5HRP A;  3TAG A;  4I9Q A;  2AJQ A;  4B9N A;  3MXI A;  1ITG A;  4WE1 A;  2BGG A;  2YNG A;  1JLE A;  3OYI A;  2KZM A;  4RW7 A;  3WNG A;  4J2A A;  4DTM A;  3KKS A;  1S9E A;  2A1S A;  3QEP A;  1UAX A;  5HLF A;  4C8L A;  2RF2 A;  4FXD A;  4DMN A;  5FDL A;  4KHS A;  2QKB A;  3NF9 A;  4DTS A;  4CEC A;  3SQ1 A;  2Z1I A;  4FJ7 A;  3QO9 A;  2HB5 A;  4CJQ A;  2O4I A;  2D0A A;  1VSF A;  4OPK A;  3VQ4 A;  3RMC A;  2HHX A;  1KVB A;  4O55 A;  1CXU A;  5FRO A;  3LAM A;  2OPQ A;  1RT6 A;  1EXQ A;  1LW2 A;  1VSD A;  4J2D A;  1IKW A;  4IG3 A;  3TWH A;  4CIF A;  3NDK A;  1YT3 A;  3AVG A;  2IS3 A;  1C1C A;  4ID1 A;  4PA1 A;  4OVL A;  2HHV A;  1RBV A;  4ID5 A;  2Z1H A;  4JS4 A;  2HVI A;  4ELT A;  3T1A A;  1J54 A;  3HPH A;  1QQC A;  2HNY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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