1EX4A

Hiv-1 integrase catalytic core and c-terminal domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
215
structure length
212
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNSLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 212
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1ex4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ex4A01
4CF8A 3RRGA 4Z4GA 1BCMA 4CHOA 2Z1HA 1NK7A 2A1SA 1NJYA 3AA3A 3AVFA 3WNGA 3DRSA 3RMCA 4MFBA 1QSLA 1VSJA 3ZSQA 2WONA 4CFCA 3PO4A 4KHNA 1A5VA 4KREA 2F8TA 1S6PA 1VSIA 3KIOA 4CEEA 1YTAA 1XI1A 1O1WA 1KFDA 3ISNC 2KW4A 3ZSYA 1U45A 3LWMA 1BQNA 1NOZA 4CF2A 1HNVA 2G8FA 3HJFA 2WOMA 3SUPA 1W0HA 1HMVA 3TAMA 3P83D 4FJNA 4QOZB 1LAVA 3G10A 1NKCA 3ZCMA 1X1PA 4OGEA 4CJ5A 4KKOA 5SZTA 2FC0A 4H4OA 4DG1A 1XWLA 1C6VA 1HPZA 4Z4CA 3S3NA 3KLIA 4B9UA 2VWJA 3PX0A 1RBUA 5HRNA 1VSKA 5HP1A 3D0PA 4CJ4A 4N56A 1FKPA 2IGIA 3K5MA 4FLVA 5KI6A 2FBTA 4PUOA 3JSMA 4AHUA 4XIUA 1B9FA 2I5JA 1UA0A 3EYZA 4DFMA 3DRRA 3CFPA 2PZSA 1Z25A 2VG5A 1U4BA 3CYMA 1RDCA 3QIPA 4I7FA 3T1AA 3E01A 1WSJA 2YNHA 4AHTA 4KHWA 4B9VA 1QS4A 4LSNA 1UA1A 3OYAA 2LSNA 4OGCA 5SWMA 3QINA 1TK8A 4GW6A 1HJRA 4DU1A 1C0MA 1VSEA 3TANA 4IG3A 2F96A 4FJMA 3HPOA 2KZZA 3VQ4A 4BDYA 4RW8A 1ZBLA 3KD5E 4DQSA 1RTJA 2YHAA 3K58A 1Q8IA 4CK1A 3LP0A 1X9MA 4Z0UA 1VRTA 1VRUA 2HNDA 1JKHA 3HPGA 1LWCA 4FYDA 2W42A 4FJ5A 3DOKA 1TKDA 4O44A 3WNHA 1CXUA 3TAPA 4J2EA 1WLJA 4LD0A 3I8DA 1IH7A 1IKWA 4N41A 2G8KA 3AV9A 1JLCA 4CK2A 4JS5A 4F3TA 1C0TA 1RTHA 1VK0A 3TABA 1JLGA 4DS5A 3QESA 4KTQA 4FJKA 2OYQA 4CJSA 3OYBA 2XY7A 1EETA 4CFBA 1GOBA 3SCXA 3HSTB 4O0JA 3AVCA 4KHQA 4CEFA 1J9AA 3TR8A 3ALYA 2A1RA 3AO4A 3LPUA 1ASUA 2HHWA 3HVTA 1QSSA 1LV5A 4F2RA 4CE9A 4AILC 2ETJA 1K6YA 1NK0A 4EP5A 1SKWA 1D9FA 1U49A 4H4MA 4NCBA 1YT3A 4W5NA 3AA2A 4LH4A 3QERA 4KRFA 4RW4A 4DU3A 3THVA 1C1CA 3DRPA 4ELVA 1KVCA 1IKYA 2PY5A 3AVAA 4CESA 2P1JA 4O55A 2P51A 4Q5VA 1XC9A 4DTSA 3MECA 4Z4EA 2O4IA 4DF8A 4OPKA 3NH0A 5CYQA 4CJKA 4CGHA 4DTPA 4BDPA 3OYCA 4F3OA 3VQ6A 1VSFA 3ZSWA 5J1EA 2Q3SA 3CFRA 1ZBHA 4AHVA 3V6DA 5KGWA 1NJWA 1S9GA 3LP2A 2QKBA 4FZYA 1HNIA 4KTZA 2HB5A 2X78A 1EXQA 4CIEA 2IC3A 1A5XA 2DFHA 3TAFA 3TAGA 3HP6A 4RW9A 3NDKA 1LW2A 3V9XA 4FW1A 3DYAA 1RTDA 1RDAA 4FZZA 1FKOA 1JLAA 3LP3A 1L3UA 4M3WA 3MXJA 1BHLA 3ULDA 4C8KA 1W9HA 4E1MA 3I0RA 4I2QA 4E7KA 1T7PA 4OLAA 4YFUA 4BDZA 3QNOA 1F21A 3OYNA 1RBSA 4LH5A 4JRQA 3P1GA 4O5BA 2XY5A 1RT2A 4I9QA 3L3VA 1G15A 2XRIA 4DFKA 3DMJA 3S3OA 4HVJA 3QEIA 4DSKA 1YTUA 3AVHA 3KJVA 2X6SA 3VA3A 5J2PA 2HMIA 3M8SA 2YV0X 3L3UA 3HVRA 1HQUA 3HYFA 4L8RB 4M3YA 2OPPA 1LW0A 5CZ1A 3KLHA 4EZ6A 4FZXC 2NUBA 5C24A 4FLZA 3SV3A 4Z4IA 3HO1A 1EP4A 4CEDA 4GVMA 3HK2A 4ID1A 4W5TA 3RMDA 3VQAA 3O3GA 1CLQA 1L3VA 4DWIA 3L2QA 1SL1A 4NCAA 4RW6A 3L8BA 2PYLA 3DI6A 1C0UA 4DTOA 3VQPA 4FM0A 4QAGA 3CM6A 1IHVA 3OYEA 2G8WA 3QEVA 1RBTA 4I2PA 1NK8A 2Z1JA 1NK5A 1BI4A 4N47A 4Z4FA 5C25A 4M3UA 4CEOA 3OS1A 1VSDA 4AHSA 4FLTA 1B9DA 3KKRA 2BANA 4BE0A 3NF9A 1IKXA 1SKSA 2B5JA 3ZSXA 4OPJA 1WSEA 1QQCA 4KTWA 3K5LA 4DFJA 3TAEA 1N5YA 4EZ9A 4FJ7A 1QSYA 4R5PA 1U47A 3I0SA 3MAQA 4KHSA 1Z26A 4YNQA 3KKSA 2R7YA 4DFPA 1RILA 2HW3A 3VQ8A 1TL1A 3VQBA 3AA5X 3D45A 3OYMA 1ZYQA 4AHCA 2FBVA 4ICLA 4B8CA 4LY7A 3ZSRA 4HHTA 3SPZA 4I9LA 4OKJA 1HYSA 3V9WA 4CFDA 3VQCA 1WSHA 1NKBA 1SV5A 4IFVA 4FK2A 3AO1A 4PWDA 2KZMA 1MU2A 3QETA 3QO9A 3HXMA 3DLGA 4CJTA 3DLBA 2DFEA 2OZMA 1S9EA 2XO7A 4CJ3A 2FBYA 3HM9A 2YHBA 4QCLA 1L3SA 2DTUA 3NFAA 3QEPA 4J2BA 2HHTA 2EX3A 4KI6A 4DTXA 3KK3A 4DTUA 4B9NA 3SUQA 4KB0A 2GUIA 3LALA 3AVNA 3QLHA 4CJEA 5HLFA 1HQEA 1TAUA 4GMJB 4FK4A 2RPIA 5DK5A 1SUQA 3VQEA 5KRTA 4DF4A 3O3FA 4DLGA 4KHUA 1IKVA 3VQQA 4E7LA 1N6QA 2D0BA 3KLGA 1S1WA 4BWMA 3MEDA 3U3YA 5I42A 3KD1E 4K8ZA 2ITGA 3KLFA 1TK5A 1RT6A 5FRNA 4IBNA 3OYHA 5E41A 4CIGA 3AVBA 4ELUA 4DSLA 3M8RA 1Q9XA 2E6MA 2JGUA 1RT3A 4LSLA 3V1OA 3K59A 4FLYA 1SL0A 2OA8A 3ZSZA 4CGGA 3PX6A 4NYFA 4IFYA 3AVKA 3IRXA 3NBPA 1WSFA 1BL3A 4B3OA 3U3GA 3RR7A 4B9SA 3WNEA 1TGOA 2IS3A 1TVRA 4C8OA 3RR8A 3SQ1A 3MXIA 3V1RA 4W5RA 2Z1IA 1S1TA 3P5JA 1T03A 1D8YA 2F8SA 4DQQA 1NK4A 4KI4A 3KK2A 2P5GA 4J2AA 3NGZA 4KO0A 4CJWA 4W5QA 2QK9A 3NHGA 4JRPA 4CECA 4E19A 4B8AB 4CHYA 2BE2A 5JS1A 4PQUA 3AO3A 2ATQA 3QEWA 1U48A 1RDDA 4H8KA 1TL3A 4Z4HA 3TAQA 3LPTA 3PO5A 3T3FA 4CEZA 1R0AA 4OVLA 4DQPA 4B9LA 4CJQA 4M3ZA 3F73A 3CFOA 3SJJA 1HYZA 2HHXA 4M3RA 1HYVA 1Y97A 2GV9A 1YVUA 4O0IA 1BI4B 4ELTA 4G1QA 3LWLA 3OJSA 3O3HA 3NAEA 2EHGA 1BISA 1B92A 3LZIA 4DQRA 3TI0A 1JLFA 4CFAA 1WSGA 4PY5A 3HP9A 3M8QA 3QEXA 3OYLA 1HRHA 1EX4A 2D5RA 2X6NA 3AO5A 4DSEA 1SL2A 5I3UA 1JL1A 4CHPA 5T7BA 2ZE2A 3SYZA 1RT4A 2VG6A 2XY8A 4MQ3A 4E1NA 3RRHA 3RMBA 3OYGA 4M42A 1DTTA 5D3GA 2G8IA 2YNIA 4FLWA 3OJUA 4DU4A 3ASMA 3CQ8A 1IHWA 4BE1A 3OYFA 4DMNA 1TK0A 2G8VA 2VG7A 4FJGA 3DLRA 4FK0A 5C42A 3ZSOA 1S1UA 4M3TA 4FM1A 5HBMA 3C6UA 3G0ZA 1GOAA 1KTQA 3UIQA 1REVA 1RBVA 3O4QA 2KFNA 3KTQA 1BIUA 3B6PA 4M45A 2G8UA 4CIFA 1T05A 1ASWA 1C6VX 3S9HA 1GOCA 3PX4A 3V4IA 1WAFA 1KVBA 3EZ5A 2DY4A 4KV8A 1KLNA 2E6LA 4DQIA 4CHQA 3RWUA 1TKXA 4WE1A 5DMRA 5K14A 3OYKA 1L3TA 2HHVA 4CCHA 1WAJA 2RN2A 3BGRA 1KRPA 2HNZA 3PUFA 3SQ2A 1UWBA 4JLHA 5D7UA 5FDLA 3ZSVA 2RF2A 3K5OA 1ZBIA 2PYJA 3SNNA 1NKEA 3F9KA 3NGIA 4N76A 1QHTA 1QMCA 2ZD1A 4CF0A 4E89A 1JLBA 2HNYA 4CJRA 4F2SA 4PA1A 3LAMA 4NYNA 3L2WA 4HUFA 3ZT3A 4HTUA 2Y1JA 3HT3A 1J54A 5HRPA 1JL2A 3OVNA 1SKRA 1WNSA 4AHRA 4Y1DA 1RTIA 2BGGA 2KTQA 4TSXA 3AVJA 1LWEA 4E7IA 1Q9YA 4DS4A 3DOLA 1NK9A 4FVMA 4RW7A 3OYJA 1NOYA 3OYIA 3NGYA 3V9ZA 5J2NA 1NK6A 4DLEA 3TARA 4N5SA 4CEQA 2OPQA 4IKFA 4NCGA 1QE1A 4FJXA 1JLEA 2IOCA 2HHQA 2GBZA 3L2RA 1TKZA 3TWHA 4BACA 2RKIA 4CJPA 4C8LA 1C1AA 1TAQA 1S1XA 2DFFA 1J53A 1FK9A 2O4GA 3C6TA 4ID5A 4CERA 4FLXA 3KLEA 1UOCA 3OYDA 1VSHA 4FM2A 3IS9A 4CGDA 1I39A 2YKNA 3HL8A 4CJVA 4F4KA 1A5WA 4DTRA 3AVGA 4UQGA 1RDBA 1DTQA 1WSIA 3EY1A 4DTNA 4CHZA 3AVMA 3O4NA 1VSLA 3A2FA 1CXQA 3WNFA 3K57A 5HROA 2D0AA 4FJJA 4M41A 4FJHA 2AJQA 1IG9A 4FW2A 4FJ8A 4HUGA 3V1QA 4Y1CA 1X9WA 4HCCA 3CG7A 1RT1A 3V9SA 1EKEA 4IDKA 3C95A 3NE6A 3SQ0A 3C94A 4M3XA 1BCOA 4DSJA 4KPYA 1D5AA 4ZHRA 4CGIA 5FRMA 3MXMA 4FXDA 2XHBA 3SZ2A 4ZTFA 3ZT2A 4C8MA 4KHYA 4DTJA 3NCIA 3MEEA 3SUNA 3FFIA 4OLBA 4B9MA 5J2QA 3QIOA 4C8NA 1CZBA 3OY9A 1JXBA 4FJLA 2YNGA 3PV8A 3V9UA 3M8PA 4FCYA 4BE2A 4DSIA 1T8EA 1FXXA 2OZSA 2Z1GA 2KQ2A 3ITHA 4RG8A 3OS2A 3KK1A 3L2UA 3K5NA 3LP1A 3VA0A 3V81A 1KCFA 3SUOA 1NJZA 1S6QA 5J2MA 1RT7A 3AO2A 1RNHA 4CJFA 2E4LA 1KLMA 4W5OA 2KFZA 3SPYA 1L5UA 1JXEA 3NH1A 3LZJA 4OKKA 3BDPA 2YNFA 4CF1A 4HCBA 2XY6A 3H08A 4FJIA 3VN5A 3OS0A 3QNNA 1IO2A 5HRRA 4CEBA 3AA4A 3NF7A 3NF6A 4CEAA 5EU7A 4EP4A 3B6OA 3RTVA 4E3SA 4CF9A 5CYMA 3AVLA 3JYTA 4K8XA 2QKKA 3DM2A 3DLHA 4AH9A 3S3MA 3DLEA 4B08A 5HRSA 1TV6A 3SV4A 1VSMA 2Y1IA 1QTMA 1KFSA 4E0DA 3T19A 3SQ4A 4KB1A 4KAZA 3L2VA 4KFBA 4E7JA 2G8HA 3SI6A 3VQ5A 4CJUA 2IAJA 1BGXT 1ITGA 4DTMA 2HVHA 1CZ9A 3ZT4A 1XHXA 4CJLA 2IDOA 3RMAA 2HHSA 1NJXA 4FJ9A 3VQ9A 3CM5A 3LANA 5CY4A 4J2DA 4HUEA 5CZ2A 5KRSA 2B4JA 4OJRA 4FLUA 2HVIA 1ZBFA 3K2PA 4O4GA 3ZT1A 2X74A 4CGFA 5JS2A 3IG1A 4F8RA 1WN7A 2P5OA 1X9SA 3AVIA 5KGXA 1DLOA 4OKEA 3ZT0A 2BDPA 4B9TA 1BIZA 1UAXA 3PY8A 4Q0BA 3DLKA 1J5OA 1RBRA 1BQMA 4DSFA 2OPSA 1ASVA 2QXFA 2JLEA 2YKMA 3LAKA 4IG0A 4BWJA 3IAYA 1LWFA 1JLQA 1I3AA 4CGJA 1LAWA 5KTQA 4E7HA 1XHZA 1S1VA 4ZTJA 3U6FA 3VQ7A 1D9DA 3HPHA 4JS4A 2OPRA 2ZQBA 3NF8A 1ZBUA 1U04A 1C1BA 1RCHA 2VWKA 3LDSA 1KVAA 1KSPA 4CHNA 1S5JA 2HHUA 2FBXA 1TKTA 5FROA 3MEGA 1RT5A 3NH2A 4CK3A 2D0CA 3VQDA 2B6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UF4A 4C1NI 3RRGA 1BCMA 2Z1HA 1NK7A 4M77A 3CMAQ 1NJYA 1OULA 3ENBA 1QQMA 4CZMA 1QSLA 3B8AX 4KHNA 4C0GA 4KREA 3SJHA 2F8TA 2COZA 3KIOA 4M77E 4L5GA 2ZZDA 1XI1A 4XTXA 3JSCA 4PJOA 3QDFA 1MUZA 3CJBA 3ASKA 5GANe 3SHWA 3FEOA 3DXMA 3FLGA 3CCSQ 4PKCC 2J4RA 3TSWA 4N4IA 2KW4A 4JI3K 3LWMA 1BQNA 3C6AA 2K3XA 1Q81U 1QQOA 2WOMA 4YTLA 3M58A 2QWOA 4BRQA 4YOYA 2HHHK 2RJDA 5HOOA 5GANd 2JM8A 4FVUA 3JB9H 1HMVA 2DTOA 4C5IA 5FW9A 3J81O 1E4GT 4PJOG 1GCQA 3NGPA 3G10A 5FLXO 5F1XA 3GLXA 2GELA 3LDLA 3ZCMA 4XTZA 1W97L 3PFSA 2ZPFB 5IAYA 2YLCA 1C6VA 2EAYA 1HPZA 2DETA 2KK4A 2VCPA 2VWJA 5HRNA 1VYVA 3RKXA 1XMOK 2NWMA 4PLIA 5AQWA 4JV5K 4KRTA 4PUOA 3VEVA 4OP0A 3JSMA 1C0FA 1B9FA 3JAME 5EXWA 4ZN1A 4GKKK 2X51A 3DRRA 4YDUC 1CKAA 3C6HA 1U4BA 4JN4A 4QKUA 3CYMA 4LC9B 3T1AA 3THWA 3E01A 3L4IA 2YNHA 3SEMA 1B34B 4WYBA 4M75C 5GAN8 1QS4A 2E1YA 2DD5A 4KBOA 1ZBJA 4LN2A 2LSNA 2KY9A 2K2VA 5SWMA 4I6MB 1OKJA 1GLBG 4DOVA 1C0MA 3IUCA 1AZGB 2DNUA 4M75B 5HCKA 2F96A 4FL9A 4IG3A 4BDYA 2YJFA 4XTVA 1AOJA 3WUHA 1VQ4T 4OO1J 2FPDA 2HZYA 5A0GA 4J9EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3UF4 A;  4C1N I;  3RRG A;  1BCM A;  2Z1H A;  1NK7 A;  4M77 A;  3CMA Q;  1NJY A;  1OUL A;  3ENB A;  1QQM A;  4CZM A;  1QSL A;  3B8A X;  4KHN A;  4C0G A;  4KRE A;  3SJH A;  2F8T A;  2COZ A;  3KIO A;  4M77 E;  4L5G A;  2ZZD A;  1XI1 A;  4XTX A;  3JSC A;  4PJO A;  3QDF A;  1MUZ A;  3CJB A;  3ASK A;  5GAN e;  3SHW A;  3FEO A;  3DXM A;  3FLG A;  3CCS Q;  4PKC C;  2J4R A;  3TSW A;  4N4I A;  2KW4 A;  4JI3 K;  3LWM A;  1BQN A;  3C6A A;  2K3X A;  1Q81 U;  1QQO A;  2WOM A;  4YTL A;  3M58 A;  2QWO A;  4BRQ A;  4YOY A;  2HHH K;  2RJD A;  5HOO A;  5GAN d;  2JM8 A;  4FVU A;  3JB9 H;  1HMV A;  2DTO A;  4C5I A;  5FW9 A;  3J81 O;  1E4G T;  4PJO G;  1GCQ A;  3NGP A;  3G10 A;  5FLX O;  5F1X A;  3GLX A;  2GEL A;  3LDL A;  3ZCM A;  4XTZ A;  1W97 L;  3PFS A;  2ZPF B;  5IAY A;  2YLC A;  1C6V A;  2EAY A;  1HPZ A;  2DET A;  2KK4 A;  2VCP A;  2VWJ A;  5HRN A;  1VYV A;  3RKX A;  1XMO K;  2NWM A;  4PLI A;  5AQW A;  4JV5 K;  4KRT A;  4PUO A;  3VEV A;  4OP0 A;  3JSM A;  1C0F A;  1B9F A;  3JAM E;  5EXW A;  4ZN1 A;  4GKK K; 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