1EX4 | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	215
structure length	212
Chain Sequence	SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNSLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5687321781493315__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5687321781493315__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1EX4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5687321781493315__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5687321781493315","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1EX4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5687321781493315__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb16cd56e559ced255c18e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb16cd56e559ced255c18e/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Viral protein
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INTEGRASE
total genus	49
structure length	212
sequence length	215
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2000-04-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00552	IN_DBD_C	Integrase DNA binding domain
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.30.10	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral	1ex4A02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	1ex4A01

3K5LA 2KFNA 1N5YA 3CM6A 4CJUA 3V6DA 2O4GA 3OVNA 3PX6A 4BDZA 1S1TA 1IHVA 1RT4A 3MAQA 2IAJA 3I0SA 4CF2A 3OYHA 4CEBA 1T05A 4FK2A 3NDKA 4FLXA 3M8PA 1JLQA 4OJRA 2OPRA 1I39A 4KHWA 3JSMA 2VWKA 3MXMA 1J54A 4DQIA 4IFVA 2B5JA 3CM5A 3QEWA 1HNVA 3KKRA 3V1QA 4LSLA 3VN5A 1J53A 3IAYA 4CIGA 2YKNA 4DQPA 4PWDA 2HHXA 3TAGA 1IKVA 4DS4A 3L2QA 4M3ZA 3AVCA 1WSIA 3DMJA 2YNFA 4FJKA 3KLIA 4W5NA 2OPPA 1C1AA 4DFPA 1IO2A 3AVAA 3AVLA 1TL3A 1S1WA 3LWLA 1IKYA 3QO9A 4GW6A 3OYAA 1T03A 3L2WA 4CK1A 1LW2A 3OS1A 1ZYQA 2YV0X 3RRGA 3DLGA 4EP5A 3OYEA 4E7LA 4HCCA 3QEVA 1A5XA 3NF8A 1L3SA 3O4QA 5FROA 1HQUA 3DRRA 4ICLA 4LY7A 4RW7A 2HHSA 3IRXA 1N6QA 4I2QA 4KO0A 4O4GA 4LH4A 3S3OA 4AHCA 1NK5A 1BIZA 1VSIA 3K2PA 4DTRA 1SKSA 5C42A 1CXQA 2Y1JA 4ZHRA 5KGWA 4OKEA 3SQ4A 2G8WA 1LAWA 3C6TA 5I3UA 1NJZA 2G8FA 2P5GA 4HCBA 5HP1A 2IC3A 3AO3A 4BE2A 3JYTA 1TAQA 4FLTA 3HPOA 3CQ8A 4N5SA 4C8NA 1LV5A 3ZSOA 2R7YA 4LH5A 5HRRA 2XY7A 1X9WA 1YTUA 5CYQA 1C0TA 2EHGA 3WNEA 2KW4A 1IKWA 1IKXA 3ALYA 3V9UA 2DFFA 4M42A 1S1XA 1BCMA 3CFPA 3VQ7A 5HRNA 4ELTA 1A5VA 4UQGA 3L8BA 2KTQA 3LP0A 4CJ4A 3SZ2A 1U04A 3AVKA 4FJJA 5HROA 3NE6A 1D8YA 1KSPA 1Q9XA 1TAUA 4CGIA 3ZSRA 1U4BA 4E0DA 1B9FA 2JLEA 3VQ8A 4HUGA 1BL3A 1U49A 5K14A 4CESA 2GBZA 2YHBA 1VK0A 2HHTA 2Q3SA 1HQEA 4M3RA 1IG9A 5KRTA 1QSLA 3QERA 1X9MA 3OYNA 4LSNA 3PX0A 4DTPA 1XC9A 4Z4EA 2X6SA 4DS5A 3WNHA 1VSDA 1KRPA 3NH2A 4NCBA 4KI4A 1KTQA 2HNDA 1XHXA 1C6VX 4IG3A 4RG8A 4Y1DA 3T1AA 1D9DA 2BANA 3PO4A 3P1GA 2FBVA 3SQ1A 3NH1A 4FXDA 5CYMA 4CFAA 5CZ2A 1WAFA 4TSXA 2D0AA 4OVLA 4AHTA 1CZBA 1D9FA 3NHGA 4FLZA 4J2EA 4DU3A 1YTAA 1ITGA 1QS4A 1RT5A 3U3YA 5HRPA 4CJQA 2HNZA 3IG1A 1WSHA 1DTTA 3DLKA 4C8MA 3OYDA 3ULDA 2HMIA 4EZ9A 4IKFA 3ZSVA 3K5MA 4Z4CA 3F9KA 4KFBA 2GUIA 5D3GA 3TANA 4DSJA 3HYFA 5KGXA 1UWBA 4DU4A 3BGRA 4W5OA 3EY1A 1HNIA 2RPIA 2EX3A 3NCIA 4HUEA 1L3TA 1U45A 2ATQA 1GOBA 4OGEA 1SL1A 1C0MA 2XY8A 2KZMA 3AA5X 5JS2A 3CFOA 2PY5A 4Z4GA 3PV8A 3OJSA 4B9TA 1L3VA 3HP6A 2JGUA 1KLNA 4DG1A 5T7BA 4OGCA 4CHNA 3VA3A 3A2FA 5J2PA 4KHUA 1LWCA 1C1BA 3AA4A 1RT6A 4Y1CA 3RR8A 1J5OA 1D5AA 1RBTA 3ISNC 3L3UA 3K59A 4HUFA 4FLUA 4KHNA 3SQ2A 1S5JA 1U47A 1NK0A 4M3XA 3HP9A 3VQCA 1TK8A 3O4NA 4KPYA 1G15A 3SNNA 3AVGA 2IGIA 2Z1HA 3ZSZA 2E6MA 4W5TA 4IG0A 3OYFA 4E3SA 1RBUA 1QTMA 4C8LA 2HHQA 4Z4IA 2VWJA 1TK0A 3NGZA 3F73A 4KHYA 1NJWA 4E7KA 1TKXA 1Z26A 1S1VA 4BE1A 3O3GA 1CLQA 3M8RA 1JKHA 4M3TA 1VSJA 4DMNA 4N41A 1NKBA 5EU7A 3ZT3A 3CYMA 2YNHA 4RW8A 1VSLA 3LAMA 5KTQA 3NBPA 3NFAA 4FM0A 4F2RA 4FK4A 1Q9YA 3AA3A 2BGGA 4KHQA 3LDSA 2G8VA 2QK9A 1UA0A 2W42A 4DLEA 4CEZA 1JLEA 2QKBA 4DSIA 4FW2A 1TV6A 1ZBLA 3QLHA 4E89A 4AILC 4CJVA 3TAEA 3V1OA 4BACA 3S9HA 3SYZA 4KTZA 3V1RA 5J2QA 3MXIA 1RTJA 4BE0A 1FXXA 1RTHA 3HXMA 3K58A 4DSEA 3OS2A 4HHTA 4CJSA 2HHVA 3AVHA 4DTOA 5HBMA 3ITHA 4NYFA 2F8TA 1TVRA 3LP2A 4BWJA 4I7FA 1EETA 3K5OA 1NK6A 3BDPA 1NJXA 4CHYA 4CERA 4PQUA 3O3FA 3S3MA 2XY5A 4EP4A 4FJIA 4OKJA 4CJEA 3KJVA 3AVFA 1EKEA 4CEQA 1VSHA 4LD0A 3UIQA 3VQ6A 1BISA 1CXUA 3HT3A 3MEGA 4CJPA 2DFEA 4CEEA 3OYMA 1GOCA 4BWMA 3HVRA 4FM2A 1L3UA 4FJ7A 5KRSA 3ZSQA 4WE1A 1TGOA 3AVJA 3D0PA 2VG5A 1HMVA 1RBSA 1T7PA 3DOKA 2P5OA 1SV5A 4JS5A 1QSSA 1RTDA 4YNQA 1ZBUA 2X78A 1S6QA 4B3OA 1RT2A 5KI6A 4KREA 3ASMA 2Z1JA 4F4KA 1KFDA 4R5PA 4CJ3A 4E7IA 4B8AB 4IDKA 2HHUA 3LPUA 4O44A 4PY5A 4F3OA 1WSEA 1XWLA 1WN7A 4CFDA 1U48A 1J9AA 1FKOA 1EX4A 1NK8A 1S1UA 3NF7A 4E7JA 3MECA 3QEXA 3VA0A 1BI4B 2WOMA 1NK4A 1WSFA 4RW4A 4CFCA 3VQEA 3OYKA 2I5JA 3AVNA 3DLBA 3SUOA 3RR7A 4QOZB 1QSYA 3K57A 3V81A 3RTVA 3QINA 3QIPA 3SUNA 1K6YA 5J2NA 3PO5A 1HPZA 3PUFA 4FJ9A 1ZBHA 4FYDA 4CGFA 4DSKA 3E01A 1DTQA 3KIOA 3VQAA 4IBNA 3RRHA 1S6PA 4AHRA 4PA1A 3M8QA 2P1JA 3K5NA 1SKRA 2QKKA 1FK9A 1UOCA 5CZ1A 2OZSA 4FZYA 4FJ8A 3SQ0A 3TARA 3HVTA 4GMJB 1JLBA 4H4MA 2XY6A 4FJXA 1SL0A 4E1NA 5JS1A 3KKSA 4DTJA 3U3GA 5CY4A 2A1RA 3HSTB 4FZXC 2HB5A 1JLAA 3RWUA 3VQDA 4L8RB 4B9VA 3OYGA 2G8KA 3TAQA 1KVCA 1VRTA 4AHUA 4CE9A 3L2VA 1RILA 2WONA 4CJ5A 4FLWA 3MEEA 2RF2A 4M45A 4OLAA 4CJFA 2XRIA 3HPHA 3CFRA 4Z4FA 4O0IA 1WSGA 5J2MA 3NGIA 2Z1GA 4CJTA 2DTUA 3SCXA 3MXJA 1IH7A 3VQPA 1ASUA 3OYCA 2NUBA 1NKEA 4FJ5A 1BCOA 2D0BA 2IOCA 1TK5A 4CCHA 1NOYA 4J2DA 4M41A 3KLFA 4PUOA 1RBVA 1DLOA 4CEAA 5D7UA 4OPJA 4DTMA 4CEOA 4KB1A 4QCLA 3L2UA 4W5QA 4KKOA 3DLHA 4ELUA 3ZT4A 1MU2A 2IDOA 4CJRA 4DF8A 4FJHA 1YT3A 3OYJA 4DF4A 1RCHA 4FJLA 2HW3A 5HRSA 2G8IA 2DY4A 2HVHA 4DFKA 2BDPA 3D45A 3CG7A 2B6AA 3DRPA 3ZSWA 3NH0A 1JL1A 3KK1A 4ZTJA 3DLEA 1HYVA 3TR8A 4CK2A 4DLGA 4DTUA 3KK3A 4OLBA 4B8CA 4FJMA 2YKMA 3TAPA 1ZBFA 4HVJA 5SZTA 3SJJA 3DM2A 1SKWA 3B6PA 1VRUA 4N47A 4CJKA 3SPYA 2FBTA 5J1EA 4JRQA 4NCAA 2VG7A 4W5RA 4I9QA 4CHZA 4XIUA 1VSMA 1BGXT 3KD5E 2OPSA 3V9XA 3AV9A 1LAVA 1NKCA 3KTQA 2ETJA 3G10A 4H8KA 3V9SA 3AVIA 3KK2A 4F3TA 2RN2A 4RW9A 3DLRA 1C0UA 3ZT2A 1W0HA 4NCGA 3OYLA 3LP1A 2G8UA 2OZMA 3U6FA 4RW6A 3QEPA 3AVBA 4N76A 4BDPA 4N56A 2DFHA 4FVMA 2ZD1A 4G1QA 1BQNA 2X6NA 1REVA 3OJUA 3PY8A 2Z1IA 3KD1E 3ZSYA 4B08A 1BIUA 1JLFA 3LZJA 3SPZA 4DSFA 3T19A 3SV3A 4E19A 2D5RA 2FBYA 4IFYA 5SWMA 3EYZA 4FM1A 2X74A 1RTIA 1KLMA 3B6OA 2F96A 2P51A 4DQQA 3HO1A 4CIEA 3HM9A 4BDYA 4H4OA 1HJRA 3TWHA 3HJFA 4B9NA 4CGJA 4O55A 3G0ZA 2YNGA 4J2BA 1RT3A 1RDBA 4DQSA 1SL2A 4F8RA 3QESA 4FCYA 4C8KA 5E41A 3T3FA 3LANA 1TKDA 2BE2A 3PX4A 1C1CA 4Q5VA 2YHAA 1ASWA 4CIFA 1W9HA 4CGDA 3SI6A 3OYIA 4M3YA 4KTWA 3QNNA 2O4IA 2KFZA 3SV4A 3KLGA 1NOZA 4DSLA 4DWIA 4FZZA 1Q8IA 3KLEA 3AVMA 3H08A 4Q0BA 3IS9A 5DK5A 1A5WA 4CJLA 3TAMA 4E1MA 3C94A 5HLFA 1NJYA 1JXBA 4KAZA 1BI4A 1I3AA 1JXEA 3WNGA 4YFUA 1R0AA 4MFBA 4CF9A 4K8ZA 1B9DA 4CF8A 3M8SA 4DFMA 2G8HA 3DYAA 4OKKA 3FFIA 3P83D 1FKPA 1HYSA 3V9ZA 1XHZA 1ZBIA 1F21A 1RT7A 5FRNA 4MQ3A 4CGGA 5C25A 2HVIA 1UA1A 3I0RA 4CEDA 4B9MA 3NF9A 1TL1A 1QE1A 1UAXA 3NGYA 3TAFA 4KRFA 3VQ5A 1YVUA 3LAKA 1T8EA 3AO1A 1LWFA 4NYNA 4ELVA 4CGHA 2IS3A 2ZE2A 2QXFA 3LZIA 3L3VA 4JLHA 3VQ9A 4B9SA 2B4JA 1LWEA 2LSNA 3VQBA 1EXQA 1Y97A 4EZ6A 3O3HA 2OPQA 1RNHA 4GVMA 3DI6A 3V9WA 1KVAA 3SUPA 2D0CA 4O0JA 3DRSA 4CECA 1VSKA 1L5UA 4KHSA 3AO4A 3AO2A 3S3NA 2ZQBA 1RDCA 3OS0A 1LW0A 3QETA 1QMCA 3RMCA 2FBXA 1JL2A 2VG6A 3HPGA 1Z25A 3ZT0A 3LPTA 3OY9A 3TI0A 2YNIA 3HK2A 4QAGA 2AJQA 2XHBA 1QQCA 2RKIA 1VSFA 4AHVA 2F8SA 4CHPA 1QHTA 4KB0A 2PZSA 1JLGA 4FJGA 3WNFA 4FK0A 5DMRA 1HRHA 4I9LA 1KFSA 4K8XA 3SUQA 3DOLA 3LP3A 4FJNA 1GOAA 1X9SA 4Z0UA 1NK9A 3NF6A 3I8DA 1SUQA 1RBRA 4J2AA 1RDAA 2E4LA 4M3UA 2KZZA 1X1PA 4OPKA 1CZ9A 2HHWA 1EP4A 4FW1A 3AA2A 3ZT1A 4CHQA 4CFBA 4DFJA 1TKTA 1S9EA 4ZTFA 1BHLA 4CHOA 1KVBA 4AH9A 1HYZA 1NK7A 3VQQA 4I2PA 2XO7A 1S9GA 1BQMA 2ITGA 3P5JA 4ID5A 3HL8A 4CEFA 4JRPA 1O1WA 3RMAA 4B9UA 4C8OA 4KTQA 3ZCMA 3QEIA 3OYBA 4E7HA 1RDDA 3RMBA 4Z4HA 2FC0A 3NAEA 1KCFA 4FLYA 3KLHA 2OYQA 2PYJA 1C6VA 4DTXA 3LALA 3AO5A 2PYLA 4O5BA 1RT1A 3TABA 3THVA 3QNOA 4CF0A 3EZ5A 1XI1A 5FRMA 2E6LA 2A1SA 2HNYA 3LWMA 2KQ2A 2GV9A 3VQ4A 4KI6A 1VSEA 1WLJA 3RMDA 4JS4A 1TKZA 4FLVA 4DTNA 2Y1IA 1JLCA 4KV8A 4CJWA 1WNSA 4CF1A 1WAJA 4AHSA 4B9LA 3C6UA 5C24A 1IHWA 4DU1A 3C95A 4M3WA 1B92A 3V4IA 5I42A 4HTUA 4DTSA 4DQRA 1WSJA 4CK3A 3MEDA 3L2RA 1ASVA 5FDLA 4F2SA 3QIOA 4ID1A 3ZSXA 2OA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1EX4A

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Chain Sequence

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