1EX4A

Hiv-1 integrase catalytic core and c-terminal domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
215
structure length
212
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNSLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 212
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1ex4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ex4A01
1Z25A 3LPUA 4WE1A 3VQ5A 4E19A 4HCBA 4OLAA 3K2PA 1B92A 4E7IA 1T05A 2HB5A 3NCIA 1KTQA 3LWMA 3L3VA 1KLNA 4KB0A 4L8RB 2PYJA 2HHSA 4J2BA 4FVMA 3DRRA 3PY8A 2HHVA 1U47A 5CYQA 1YT3A 4CK1A 2BDPA 1HQEA 3C95A 4K8XA 1UOCA 4LD0A 3NGZA 2BE2A 2XO7A 2I5JA 4RW8A 3VQ9A 4FJHA 4F8RA 3SCXA 1SL1A 4EP5A 3OYLA 2IAJA 4BDYA 2P5GA 4RW7A 1FKOA 3LANA 3AVBA 3M8QA 2B6AA 1C6VX 4E7KA 4DFJA 3TAGA 2G8KA 4CHOA 3PO5A 4NYNA 5C24A 4N47A 3KK1A 3V81A 1DLOA 3KJVA 3CG7A 1QSLA 3MEEA 3OVNA 4FLWA 1G15A 3P1GA 4AHSA 4FJ7A 5HRNA 3LPTA 1Y97A 4M3ZA 3ZSZA 4FM1A 2JLEA 4MQ3A 4CCHA 3OY9A 4KTQA 4B3OA 3NH0A 3ITHA 5J2QA 4CJSA 1C1CA 3O4NA 3VQDA 4AHRA 4CGGA 3S3NA 4C8LA 1FK9A 1IKYA 1CZ9A 4CF9A 3AA3A 3M8SA 4Y1DA 2RKIA 1WSJA 1CXQA 3EY1A 1KFSA 3DLBA 4FJKA 1J54A 2JGUA 3AVCA 3HK2A 4FJ5A 1JLEA 4Z0UA 3NDKA 4KREA 2HVHA 5J2MA 1Q9YA 4FJXA 2IS3A 1JLQA 3I8DA 3NE6A 4KHWA 4CJ3A 1NK5A 3AVJA 4RG8A 3LAMA 1RNHA 3KK3A 2KFNA 4DSEA 3RWUA 4HUEA 3K5LA 1RDDA 3K5NA 3SZ2A 3O3GA 3K57A 2XY6A 1S1UA 1TAUA 1ZBUA 2W42A 2VG5A 1ASVA 3AO3A 3HSTB 4M3WA 3DOLA 4KHSA 5FRMA 4CHQA 3KKRA 4MFBA 3DRPA 4BE2A 4E3SA 3KLFA 1EX4A 4FW1A 4KB1A 2YHAA 2HHTA 3HP6A 3KK2A 4F3TA 1RT4A 3DLEA 2OA8A 2F96A 4QCLA 3ZT2A 4J2AA 2EHGA 4ID5A 4B8AB 3NF6A 4CHNA 3HVRA 4KO0A 3EZ5A 3S9HA 1VSLA 3RR7A 1RT3A 2IGIA 4PA1A 5FRNA 1I39A 3OYDA 3U3YA 2RF2A 4O4GA 1GOAA 3ZCMA 3LWLA 1ASUA 2FBXA 1DTTA 1VSFA 4BE1A 2R7YA 4CFBA 1XC9A 1ZYQA 3SYZA 3PO4A 3JYTA 4OLBA 4XIUA 4CEZA 1RDAA 3QINA 5D7UA 4GVMA 4HHTA 4B8CA 2Z1GA 1IHWA 4FJNA 2HNDA 4CJ4A 3L8BA 3AO2A 3LAKA 4Z4FA 2OPPA 3TWHA 4Z4HA 1NK8A 1BCOA 4B9LA 1T03A 2WONA 4FM2A 2DFHA 1WSGA 4Y1CA 1XHZA 4Z4GA 3AVIA 4B9NA 2FBYA 1SKRA 1X9MA 3AVLA 1C0MA 3E01A 4CJVA 4Z4EA 3S3OA 1YTAA 4O0IA 2P51A 4CERA 1U4BA 2LSNA 4KPYA 1JLBA 1TGOA 1TVRA 4PQUA 4FXDA 3T19A 4CFAA 1QSSA 3ZT0A 4E1MA 3OYBA 4KAZA 1IH7A 4DMNA 1SKSA 1TKDA 4LH4A 4TSXA 4BE0A 1NK6A 4AHVA 1TKZA 1WAJA 3QEPA 1WAFA 3SV4A 4FK4A 2PYLA 2YKMA 4FCYA 2P1JA 1TK0A 4CGIA 1CLQA 1ZBFA 4OJRA 4NCGA 1N6QA 1LW0A 3QO9A 3T1AA 4DSIA 4DTJA 1NK7A 3G10A 3ULDA 4FLZA 3CFOA 2D0CA 1CXUA 4LY7A 1VSKA 3OS0A 3RMBA 4CECA 4NYFA 1S1TA 2XRIA 1IG9A 4CIEA 4CHPA 5KGWA 4CIFA 3PX0A 1Q9XA 4DTXA 2FBTA 4E7JA 4IBNA 4E7HA 2ZE2A 2O4IA 2ITGA 4AHCA 4M41A 1KCFA 4M3RA 4OPJA 5I42A 1VSEA 3AA2A 1UA1A 3SQ4A 1L3VA 4FLYA 4N5SA 4CJWA 2F8TA 3OS1A 3SQ0A 3VN5A 4C8OA 3QNOA 4FK0A 4DTPA 4KFBA 4LSNA 1C1BA 4CFCA 2ZD1A 4HUGA 1BQNA 3RMCA 5CZ1A 4RW6A 4FYDA 2YKNA 1XWLA 5KRSA 3NFAA 3OS2A 4J2EA 1VSDA 3HM9A 1KFDA 3CQ8A 4CJUA 1WSEA 3RR8A 4JLHA 5FROA 3PV8A 4DQIA 4CEQA 3F9KA 3VQ8A 4JS4A 3VQEA 4G1QA 4EZ9A 1JLGA 2YV0X 3D0PA 1JL1A 3V4IA 3FFIA 2HHQA 1LAWA 1JLAA 1S6PA 2OZMA 4DSJA 3MEGA 4YNQA 2D0AA 3KLEA 2PY5A 2D5RA 1HYSA 3LZIA 4OPKA 3PX6A 2HNZA 4CJ5A 4ZHRA 4RW9A 4Z4CA 3HT3A 5HROA 4DU1A 1BCMA 3QEVA 2X78A 1J5OA 4N41A 3ZSOA 4B9SA 3VQAA 1EP4A 3AVAA 1QE1A 3EYZA 4HTUA 4DLGA 1FKPA 4W5TA 4E7LA 1KVCA 4R5PA 3QERA 4GW6A 1WLJA 1BGXT 2G8UA 4I9QA 4FJIA 2QKBA 1L3UA 1QMCA 3NH2A 5KTQA 1B9DA 1NJZA 4B9MA 4FK2A 5HRSA 4AHTA 1J53A 3OYHA 2ETJA 4O0JA 1RT5A 3WNEA 3AVHA 2Z1IA 1HMVA 1QSYA 1QTMA 1EKEA 1BL3A 2DY4A 2VG7A 4KKOA 2KTQA 1VRTA 1T7PA 4Q0BA 3M8RA 4ELUA 2YNIA 4CGHA 1JLCA 1RT2A 1D9FA 3OYEA 1NOZA 3L2RA 5SZTA 3OJUA 1RBTA 4QAGA 4FJJA 4KHQA 4HCCA 1HNIA 4H8KA 4DS4A 4DTRA 1RDBA 3LP3A 3NGIA 1QQCA 1ASWA 4H4MA 4UQGA 1U04A 1VK0A 4AH9A 4FLUA 3V9XA 3VA3A 4OKJA 4CEAA 5J2NA 1NK9A 5HBMA 4M3YA 3LP0A 3VA0A 3NBPA 4CFDA 1JKHA 1IKXA 3O3HA 3SV3A 4M3UA 3KKSA 2KFZA 4CHZA 4KI4A 3BDPA 5C42A 5HP1A 3ALYA 3M8PA 4KV8A 1X9SA 1Q8IA 1IO2A 1UA0A 5DMRA 3TAEA 1RTIA 2ZQBA 4KTWA 3CM6A 4DTNA 1RTDA 2HMIA 4CF1A 4AILC 2NUBA 4O5BA 4DFPA 5J1EA 3HP9A 4NCAA 4OKKA 4FLVA 1ZBLA 2YNFA 4CGDA 1A5XA 1LW2A 1A5WA 4I9LA 3LDSA 3QEWA 3ISNC 1HRHA 3SPYA 1K6YA 1S1VA 1N5YA 3PUFA 4ZTJA 2QKKA 5KGXA 3ZSYA 4DQQA 3TABA 2G8IA 2HVIA 4JRQA 3TAMA 3RRGA 4CF2A 5C25A 1REVA 4FLXA 3L2UA 1NJYA 1HPZA 4BWJA 3DMJA 1RT6A 3VQCA 5DK5A 4OKEA 3IRXA 1BISA 1VSJA 4AHUA 1SL0A 4KTZA 1SKWA 2G8HA 1TL3A 1RT1A 3DLKA 2YNGA 4CGFA 3OJSA 2KW4A 2RPIA 4M3TA 3AO5A 3TR8A 3KD1E 1B9FA 2DFEA 3V9SA 2OYQA 5I3UA 3DOKA 1S6QA 3H08A 3AA5X 3QIPA 3WNGA 4DFKA 3ZSRA 2DTUA 4JRPA 1TAQA 2B4JA 2YHBA 4GMJB 4N56A 4DU4A 1W9HA 1WSHA 4CF0A 1L3SA 1LV5A 3TARA 3ZT1A 1TKTA 4W5OA 3SNNA 3NAEA 3HVTA 4M3XA 2Y1IA 2WOMA 3HJFA 4CK2A 1RDCA 2QK9A 3TANA 3QETA 3OYMA 2X6NA 2F8SA 2XY7A 1J9AA 2G8FA 3C6UA 3CYMA 4CJQA 4DQRA 5E41A 4W5RA 3SQ2A 1MU2A 2Z1JA 3TAPA 4OVLA 3QESA 1NK0A 4DTOA 3LP2A 3SUOA 1L5UA 3OYJA 1F21A 5J2PA 4FZZA 2IC3A 5CY4A 1RCHA 2X74A 3RMAA 3TAFA 4DTSA 2XY5A 4F3OA 1WN7A 4W5QA 4IG0A 5JS2A 1L3TA 1D5AA 5D3GA 3IAYA 1RBVA 3V1OA 3WNHA 4DF8A 3SJJA 4E0DA 1JLFA 3AVMA 3DLRA 1KVBA 1LAVA 4O55A 1HYZA 3WNFA 4CEFA 3OYAA 4ZTFA 1BQMA 3TI0A 1LWEA 1U45A 4CJKA 4FJMA 1JXBA 3B6PA 3QLHA 4JS5A 4FJ9A 4PY5A 3NH1A 4N76A 1RBRA 2O4GA 2QXFA 4HVJA 3DLGA 4CJPA 3OYKA 4DTMA 4I2QA 1C0UA 4IFYA 2HHXA 3AVKA 3KTQA 4CEDA 4OGCA 2VWJA 4K8ZA 1Z26A 1BIUA 4Z4IA 5CYMA 2GV9A 3HL8A 3V1QA 4CIGA 1QHTA 2GBZA 3L2VA 3MAQA 3SUPA 4F4KA 3VQ6A 4B9UA 4DTUA 2E4LA 3AVFA 5SWMA 3CFRA 4CESA 1ZBIA 4DF4A 1NK4A 4DQPA 3K5OA 3SUQA 1SUQA 3LALA 4DU3A 1RBUA 1S1WA 1GOBA 2B5JA 2VWKA 4BDPA 4PUOA 2KZZA 4H4OA 4DWIA 2RN2A 3IG1A 2IOCA 3VQPA 5HRRA 4IDKA 3AVNA 4CF8A 3PX4A 1YVUA 4E1NA 3I0SA 4CGJA 2EX3A 4KHUA 5EU7A 4C8MA 2HHUA 4OGEA 3CFPA 3LZJA 3HYFA 3JSMA 4FJGA 3AVGA 3QIOA 1ITGA 3VQ7A 5KRTA 5T7BA 3RTVA 1NKCA 3MXJA 3ZSWA 1TKXA 1RT7A 3SUNA 4DSKA 3K59A 3ASMA 5K14A 3V9ZA 3QNNA 4C8KA 3NF8A 1VSHA 3NHGA 1YTUA 1VSMA 4EZ6A 2BANA 3S3MA 1A5VA 1LWFA 3KLGA 1JXEA 3A2FA 1QS4A 4Q5VA 2FC0A 5CZ2A 1XI1A 1EETA 4CEEA 2XHBA 4FW2A 4B9TA 4FM0A 2D0BA 3DRSA 1D9DA 2GUIA 4B9VA 4W5NA 3DYAA 3SQ1A 2PZSA 1DTQA 3NGYA 1FXXA 4ELTA 2HNYA 3MEDA 4BDZA 3RRHA 1C0TA 3HPGA 4LSLA 2Q3SA 1NJWA 3DM2A 4BACA 3B6OA 2A1SA 1BI4A 3V9WA 3OYGA 2A1RA 3KD5E 1HQUA 2Z1HA 2YNHA 4CJEA 4NCBA 2IDOA 3V6DA 1NJXA 1WSFA 3O4QA 3QEIA 3C94A 1U48A 3TAQA 2ATQA 1NOYA 3HXMA 4DSLA 4CJLA 1KVAA 1BI4B 4IG3A 3P83D 4ELVA 1C1AA 2OPRA 2HHWA 4PWDA 4FJ8A 1XHXA 1S9GA 3ZSQA 4CEOA 4FLTA 3I0RA 1I3AA 4IFVA 3ZT4A 3U6FA 4EP4A 3VQQA 3SPZA 3P5JA 3KLHA 3AA4A 1S1XA 3AO4A 2KQ2A 4F2RA 3OYFA 3V1RA 1EXQA 4FZXC 2KZMA 4IKFA 3KIOA 3ZT3A 1RILA 2E6LA 3K58A 5HLFA 3DLHA 2XY8A 4CK3A 2AJQA 4CHYA 1NKBA 1WNSA 2DFFA 1BIZA 3THVA 1D8YA 3L2QA 4C8NA 5HRPA 2HW3A 1NKEA 3HPOA 4FJLA 4KHNA 1RBSA 4DSFA 1TV6A 4QOZB 1IKVA 4DG1A 3IS9A 1X9WA 4I7FA 2OZSA 1S9EA 2OPSA 2OPQA 1VRUA 3NF9A 2P5OA 4KI6A 3LP1A 1RTHA 4F2SA 1T8EA 2G8WA 1W0HA 1O1WA 3K5MA 1RTJA 4DS5A 2VG6A 5JS1A 4CJTA 4CJRA 3QEXA 1IHVA 3RMDA 4LH5A 1VSIA 1JL2A 3DI6A 3SI6A 3HPHA 1U49A 2E6MA 1SV5A 1GOCA 1TK5A 4KHYA 1LWCA 3KLIA 3VQBA 4CJFA 4J2DA 1C6VA 4RW4A 2G8VA 1WSIA 3MXMA 2BGGA 1IKWA 2X6SA 4ICLA 3MXIA 3V9UA 4YFUA 1TK8A 4FZYA 4ID1A 5KI6A 3L3UA 3VQ4A 3NF7A 1CZBA 3O3FA 1BHLA 1HNVA 3G0ZA 3D45A 4B08A 5FDLA 4DQSA 2Y1JA 3F73A 4DLEA 3C6TA 1HYVA 4CEBA 1ZBHA 3L2WA 1KSPA 3OYNA 1SL2A 3U3GA 1HJRA 2FBVA 1TL1A 3ZSVA 4HUFA 4I2PA 3OYCA 4DFMA 1S5JA 4M45A 4O44A 1X1PA 1KLMA 3CM5A 3OYIA 3ZSXA 4CE9A 4M42A 3HO1A 1UWBA 4E89A 3UIQA 1KRPA 4BWMA 1R0AA 3AV9A 1UAXA 3MECA 4KRFA 3T3FA 3BGRA 3AO1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F17A 1KG1A 1Z25A 2Q36A 3LPUA 7AT1B 2P4TA 4JEPA 4LFBK 4E7IA 4LFAK 2HB5A 4A4HA 1HSQA 3NCIA 4CZGA 3INZA 3PIPL 3L3VA 1QVFM 3M54A 2QEXA 4KB0A 2HF3A 4GKJK 2YX6A 2HHVA 3M5AA 2RNAA 4BRAA 1WHMA 2LP5A 4OMPA 1YT3A 4IUQA 1UOCA 3NGZA 5GJWB 5C0MA 1PKTA 2NUPA 4FJHA 4F8RA 1G3YA 4QKUA 4M77B 3THXA 3A8OB 3V7CA 3LM2A 5GAN5 3JB9F 3LANA 2PUOB 4GV6A 2PVOB 4M75A 1VQPT 4CHOA 1VQNT 5F0XA 3V81A 1P90A 4X1VA 1BU1A 3MEEA 2RI3A 3MJXA 4FLWA 3P1GA 5DM7R 2VXEA 5FW9A 3CMEA 3LPTA 4OF1A 4EAHD 1ZUYA 1QVGA 1LOTB 2JLEA 5FPEA 4KTQA 3H45C 4B3OA 3S41A 2ZPFB 1VQ5A 3NH0A 1R77A 3A5MC 4J9DA 3VQDA 4CGGA 3LDLA 1NG9A 3A1PA 4CW7B 1BK2A 3CHWA 4CF9A 3M8SA 3P8BB 4Y1DA 3DLBA 1CXQA 2EJGA 2FZGB 2J7IA 4X9DA 3RDVA 3AVCA 4X65K 3EE8A 3VESA 1JLEA 4FJ5A 4KREA 3J8AA 4XK8E 5LJ3h 2IS3A 2DEQA 1LCKA 1Q95G 2DO3A 1JLQA 2GWKA 4CJ3A 1CKAA 4OB0B 2P4RA 3I8DA 2VQFK 2RMOA 3SEMA 3QMLA 4A5BA 2P9KA 4DSEA 2YI1A 1K9AA 3NTIA 1NWKA 3CJCA 3K5NA 1QHAA 2CH4W 1S1UA 1TAUA 2A6AA 1MMGA 5KYUA 3SWNB 2P9NA 1U3OA 2VG5A 2VASA 3VS7A 5AFUA 5GAEP 3KBGA 3H46O 4KHSA 1NLOC 1GLEG 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4X65 K;  3EE8 A;  3VES A;  1JLE A;  4FJ5 A;  4KRE A;  3J8A A;  4XK8 E;  5LJ3 h;  2IS3 A;  2DEQ A;  1LCK A;  1Q95 G;  2DO3 A;  1JLQ A;  2GWK A;  4CJ3 A;  1CKA A;  4OB0 B;  2P4R A;  3I8D A;  2VQF K;  2RMO A;  3SEM A;  3QML A;  4A5B A;  2P9K A;  4DSE A;  2YI1 A;  1K9A A;  3NTI A;  1NWK A;  3CJC A;  3K5N A;  1QHA A;  2CH4 W;  1S1U A;  1TAU A;  2A6A A;  1MMG A;  5KYU A;  3SWN B;  2P9N A;  1U3O A;  2VG5 A;  2VAS A;  3VS7 A;  5AFU A;  5GAE P;  3KBG A;  3H46 O;  4KHS A;  1NLO C;  1GLE G;  3DRP A;  3PTA A;  1EX4 A;  4FW1 A;  2K2M A;  3I35 A;  2LJ1 A;  4PL8 A;  5E26 A;  2HHT A;  1YI2 T;  4DQ2 A;  2AK5 A;  1M3C A;  5AT1 B;  3M6G A;  4J2A A;  3MPU B;  5FU7 C;  1TUU A;  4AG1 C;  1D1B A;  4FL9 A;  4J9F A;  3CCM T;  4KO0 A;  4AFZ C;  3S9H A;  1NLV A;  2KRO A;  4K11 A;  2K57 A;  3CCJ T;  1VSL A;  4BVO A;  4IO9 L;  3G6E T;  3CXC M;  4C0F A;  4KH0 B;  1I39 A;  4M78 E;  3TU5 A;  2IG0 A;  2JN0 A;  3QDF A;  2FBX A;  1DTT A;  1VSF A;  3AAQ A;  3OA9 A;  2R7Y A;  3HFN A;  1QWE A;  2LNV A;  3NMU A;  2JTE A;  3JCM b; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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