1EX4A

Hiv-1 integrase catalytic core and c-terminal domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
215
structure length
212
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNSLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 212
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1ex4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ex4A01
4CEOA 4FLZA 4FJHA 4FLYA 3DLHA 1C1BA 4FLWA 4CJRA 4B8AB 2E6MA 3OYMA 5HRSA 1HQUA 1S1UA 2RF2A 4CEFA 1TKZA 4DLEA 1KFSA 4E7LA 1IHVA 3QEIA 4CFCA 1U45A 2HMIA 4CERA 2Y1JA 3L3VA 4B9UA 3AO4A 3U3GA 4AHCA 1TAUA 3CM6A 3OYDA 3HP6A 4H4OA 1TV6A 4CCHA 3RWUA 4FJ9A 3TAPA 3V4IA 4FXDA 3S3MA 3HPHA 4N56A 4J2BA 3QIPA 3I0RA 2QXFA 4PUOA 4BDZA 1BCOA 1I3AA 1IKVA 1KLMA 4HVJA 4KV8A 4GW6A 1LWFA 4UQGA 3NH0A 2IC3A 1KFDA 3VN5A 4B08A 5HRRA 2JLEA 3CM5A 4DTUA 4Y1CA 1J9AA 4KFBA 4FLXA 1D9FA 4BDYA 3I0SA 3NGIA 3EY1A 3V9SA 1ZBHA 2F8TA 3HXMA 4KI4A 1KCFA 3LPUA 4IBNA 4FLVA 4OVLA 3FFIA 1WAFA 1VSDA 2JGUA 3C6TA 3P83D 1NJWA 1KLNA 4HUGA 3KLEA 3E01A 2BGGA 3TAMA 3LWLA 3O4QA 3CQ8A 3OYNA 3RRHA 3S3OA 4AHUA 1X9MA 3PV8A 3OYHA 4KB1A 2HVIA 1JXBA 3DLEA 3ZT0A 1TVRA 4E0DA 4HHTA 4CF8A 5I42A 1U48A 4F4KA 4EZ9A 2GBZA 1YTUA 1REVA 4G1QA 5KRSA 4I7FA 2HW3A 4DS4A 3DRPA 4JRPA 4CEQA 4L8RB 3ZSYA 4PY5A 2B6AA 1VK0A 2E4LA 1C0UA 3KJVA 4CJUA 3JYTA 1WNSA 1NJZA 3AVLA 3MXMA 3RMBA 1HPZA 2Z1GA 3SI6A 1RTIA 4DTPA 1A5VA 1S1TA 3K5OA 3IG1A 2YHAA 4GVMA 3OYEA 3SZ2A 1J5OA 3ZSOA 4CHPA 4CGJA 3OS1A 2YNGA 3V1RA 3ZT2A 2YV0X 5CY4A 4B3OA 4CGDA 1VSIA 4FJMA 1VRUA 4H4MA 3I8DA 4CHYA 3CFPA 4KHNA 5JS1A 3L3UA 2DY4A 4CEBA 3V9UA 4FM1A 4CFAA 1ZBLA 3HJFA 3RR7A 4OLAA 2O4GA 1D8YA 1TGOA 1BCMA 1BL3A 3AVHA 4Z0UA 1T7PA 3DYAA 3L2UA 1KVAA 4FZYA 1T05A 2HNZA 2FC0A 4OJRA 4RW6A 1NJXA 2LSNA 3O3GA 1IG9A 1S1WA 1UAXA 4B8CA 2KFNA 3VQ6A 4FJ7A 4O44A 4CEAA 3OYLA 5J2MA 3HPOA 3AA5X 1NK7A 1CLQA 3LP0A 3HT3A 1S5JA 3O3FA 1TK5A 1JXEA 1JL1A 4LY7A 4OKJA 3EYZA 1TKDA 2A1SA 3HSTB 4Z4IA 1RT5A 5E41A 3CG7A 2IS3A 1QSYA 4ID1A 3OYIA 3AVMA 1WSFA 2ETJA 3RRGA 2X6SA 3QERA 4FYDA 4Q5VA 1YT3A 4CHOA 4Z4CA 3BDPA 4CJPA 4KREA 4DMNA 2GUIA 4DSLA 1JLAA 3O3HA 1L3SA 3K57A 3LAMA 1NOYA 3P1GA 4KI6A 4KHQA 1B92A 1K6YA 5FRMA 2ATQA 4QCLA 4Y1DA 4CJQA 3AVNA 4Q0BA 3B6PA 4IFVA 3TAEA 1KVCA 4M3WA 1FKOA 3OJUA 1LAWA 3OJSA 1U4BA 4DLGA 3L8BA 3RMAA 2G8WA 2PZSA 4CJ5A 3MEGA 3WNHA 3OS0A 2ZQBA 4M3YA 3OYBA 1X1PA 4FJJA 1BHLA 1WSEA 3M8PA 2EHGA 3DRRA 4CJ3A 2ZE2A 3AV9A 2KW4A 4CHZA 3KLFA 1SKWA 1C0TA 3NF7A 5DMRA 2XHBA 1LV5A 2QK9A 1Q8IA 2OPRA 4N5SA 4BE1A 1KTQA 4CF0A 1DTTA 4CF1A 4ELVA 4F3OA 1C1CA 1RT7A 4BACA 4IG0A 1FXXA 3NGYA 1IH7A 3MEEA 4GMJB 3SJJA 1WSIA 4YFUA 3NFAA 1ASWA 1RT6A 4DSKA 1BGXT 3SV4A 1GOAA 4OPKA 3AO5A 1QS4A 4R5PA 3LALA 4ELUA 1RBVA 4PWDA 1S9GA 4KTQA 3HPGA 1NJYA 1S9EA 3QIOA 4N47A 1BQNA 1JLEA 1D9DA 4C8OA 1BI4A 4DSIA 3DOLA 3PUFA 2HHUA 3PY8A 4AHVA 3ITHA 4KHUA 1RDAA 3HL8A 4CECA 4CF9A 1EKEA 3SQ4A 3SUPA 3VQ9A 4F3TA 5C25A 3KK2A 5J2QA 1VSKA 5KRTA 2NUBA 3TAGA 3NGZA 4E7JA 1IKWA 3SPYA 2G8HA 2YKMA 4CJVA 4CK1A 4M3XA 1DLOA 1Z26A 2XRIA 5CYQA 4CEDA 4H8KA 4DFPA 4FJ5A 3SQ2A 3AA2A 4FVMA 4DTXA 3MXJA 3OYFA 2HNDA 4RW8A 4E19A 3RMCA 4QOZB 1QMCA 2OZSA 3RTVA 5CYMA 1WAJA 3K5LA 3ZT4A 3V81A 4E3SA 3SUNA 1JLFA 3OYAA 2HHXA 4IG3A 3ZSQA 4HUFA 2B5JA 3KD1E 3O4NA 4KAZA 4CJTA 4FJNA 4IDKA 1RT1A 2FBTA 1YTAA 2A1RA 4DFMA 5JS2A 1WSJA 2HNYA 4FLTA 3PX6A 3LWMA 3QO9A 2OPPA 3OYCA 4DTMA 1RT2A 3QETA 1ZYQA 1NK8A 2YHBA 3ZSWA 1BISA 1WSGA 3MECA 4WE1A 4W5OA 1C6VX 4ID5A 4HUEA 3HM9A 4DQRA 2XY6A 3QEXA 3VQPA 4DFKA 4DWIA 4E7IA 2PYLA 4KKOA 3H08A 3HP9A 4OPJA 3PX0A 5CZ2A 1T8EA 5HP1A 2HVHA 2QKKA 2YKNA 4FJLA 2I5JA 2VWKA 4CJSA 4DU3A 4HCBA 2WOMA 2RPIA 1BQMA 1GOCA 1KVBA 2VG6A 3U3YA 2Y1IA 1HYVA 1UWBA 1X9SA 3DRSA 1B9FA 2XY8A 4B9MA 3DLGA 3JSMA 1U47A 2G8IA 4CGHA 4NYFA 4FZZA 1BIUA 4FJKA 4M3UA 2RKIA 1ZBUA 4CK2A 3U6FA 4EP4A 2QKBA 3IS9A 3EZ5A 1UA1A 4KHWA 4FW1A 3V9WA 4XIUA 4BWMA 5HROA 2O4IA 4Z4GA 1VSFA 4FK0A 1IHWA 1IKXA 4ZHRA 4KHSA 1JLCA 1LW0A 3KKRA 5DK5A 4M42A 2FBVA 4OKEA 3K5NA 2GV9A 4BE0A 3LAKA 3IAYA 3ZCMA 3S3NA 3T3FA 3HYFA 2P5OA 4FK2A 4CGFA 3HVRA 1SL2A 3KKSA 1RTDA 4KRFA 3KK1A 4DTJA 3AVJA 5SWMA 2W42A 4DTOA 1U04A 2G8UA 2IAJA 1S6QA 4RW9A 4DSJA 1SKRA 3SCXA 1RBSA 4J2DA 1I39A 2D5RA 4E89A 2KFZA 3F73A 1WLJA 2Z1IA 5J1EA 2KQ2A 4I2QA 3VA3A 1LWEA 2DFFA 1ASVA 4C8KA 1YVUA 2OYQA 1LAVA 3AA3A 1JLBA 1RT3A 1VRTA 3BGRA 4TSXA 3VQAA 3V6DA 3PO4A 2DTUA 4NYNA 3MEDA 2D0CA 1HQEA 4DQQA 4DFJA 1XHZA 4W5TA 1RCHA 5HLFA 1NKEA 1IO2A 3THVA 1TK8A 1N5YA 4M3ZA 1MU2A 5KTQA 4RG8A 1TAQA 3KD5E 5D7UA 4DU1A 1S6PA 3C94A 1WSHA 4FJXA 2G8VA 3D45A 3NF6A 1CXUA 4CEZA 3V9ZA 1XWLA 4BWJA 3T1AA 2E6LA 3TR8A 5T7BA 3TI0A 1Q9YA 2BDPA 4EZ6A 4DTSA 3ZSRA 4KHYA 3SYZA 1N6QA 1LW2A 3RR8A 4I9QA 4PQUA 3WNEA 3KLHA 3NBPA 4LD0A 1RBRA 3NHGA 3TARA 2Z1JA 4HTUA 4ELTA 3KIOA 3SQ1A 2G8FA 1NK0A 1CZ9A 4LSNA 4O5BA 3DMJA 4CJFA 1TKTA 1XHXA 4CFDA 3NE6A 3QNOA 3DM2A 2YNFA 5C42A 2XY5A 1CZBA 2HHWA 4ZTJA 4CE9A 3DLBA 3LP2A 4K8XA 2HHSA 4DS5A 4C8NA 2KZMA 1W9HA 1QSLA 5KGXA 4FW2A 3QESA 1RBUA 3LDSA 1C1AA 5CZ1A 3ZSVA 2P1JA 3K2PA 4CIEA 3VA0A 2Z1HA 4JS4A 4KTWA 1ZBFA 3VQ8A 3VQEA 4AHRA 4W5QA 5SZTA 1XI1A 3MAQA 5KI6A 4I2PA 4DTNA 4CJEA 4FZXC 1JLQA 1HNIA 3VQDA 2R7YA 1FKPA 4CHNA 4FM0A 3TABA 4IKFA 2Q3SA 4F2RA 3ALYA 3LANA 4O0IA 2ITGA 1NK6A 2P5GA 3VQ7A 3OYGA 1J54A 2PY5A 3LP3A 3OYKA 1HMVA 1A5XA 4LH4A 3AO1A 2HHQA 4B9TA 1VSMA 1JL2A 1RNHA 4Z4FA 1ASUA 1W0HA 2OPSA 2WONA 5K14A 1NK9A 3ZT3A 3AVKA 2KTQA 3QINA 1UOCA 4B9SA 2B4JA 3AO2A 3L2VA 1QSSA 3L2WA 4OGEA 4FCYA 4OGCA 3VQ4A 4I9LA 4HCCA 4CIFA 2XO7A 3QEPA 3MXIA 2DFHA 3SNNA 2OZMA 1HYZA 4B9LA 1RBTA 1L5UA 4KB0A 1ITGA 2RN2A 4O55A 4NCBA 2F8SA 3P5JA 1Q9XA 3IRXA 3AVBA 1XC9A 3AVGA 3KK3A 3HO1A 1NKCA 3VQCA 4PA1A 4JLHA 1B9DA 3LPTA 4E7KA 4DSFA 1C0MA 4CHQA 4CGGA 4E1MA 4MFBA 2IGIA 5HBMA 4CK3A 1LWCA 3L2RA 3M8RA 4JRQA 3KTQA 3NF8A 3V1QA 1FK9A 2YNHA 3M8SA 4FK4A 2YNIA 1SV5A 3F9KA 2AJQA 4CESA 4CJLA 4ZTFA 4FJ8A 4KTZA 3NCIA 3ULDA 2F96A 3ZSXA 3CFOA 4RW7A 3NAEA 4AILC 4LH5A 4DF4A 4J2EA 2HHTA 1SL1A 2X74A 3RMDA 5C24A 1VSHA 3WNGA 3L2QA 3NDKA 1O1WA 1T03A 2X78A 3NH2A 4CFBA 1RTJA 3AVCA 2X6NA 4DQIA 1VSEA 4M3RA 3QEWA 1VSLA 4RW4A 3LZJA 4QAGA 3VQ5A 1HRHA 4KPYA 2KZZA 3DI6A 5FROA 3SQ0A 3TWHA 1Y97A 4CEEA 4BE2A 1RILA 3HVTA 1G15A 3G10A 3WNFA 2OPQA 5J2NA 4B9VA 4FJIA 1DTQA 4E1NA 3AA4A 3HK2A 1TKXA 1TL3A 3DOKA 4AHSA 4CGIA 4CJKA 4M3TA 4CIGA 3CYMA 1ZBIA 1RDBA 1SKSA 1KRPA 5D3GA 3QNNA 3DLKA 4DF8A 4W5RA 4MQ3A 5HRPA 1RTHA 2DFEA 1RT4A 3OVNA 3QEVA 1J53A 1NK5A 1QTMA 2EX3A 4IFYA 1JLGA 1D5AA 3AO3A 1L3VA 1HYSA 2VG5A 1X9WA 3LP1A 3DLRA 1IKYA 4LSLA 3K58A 4CJWA 4E7HA 1SL0A 3K5MA 1QHTA 4B9NA 4FJGA 3V1OA 2HHVA 1NKBA 4F2SA 1EX4A 3ZSZA 4DU4A 4EP5A 1TK0A 4NCGA 5EU7A 2VWJA 3D0PA 1RDCA 4Z4HA 2ZD1A 4FM2A 4NCAA 1EP4A 4M45A 3SUOA 2PYJA 5J2PA 3B6OA 3ISNC 1Z25A 2BE2A 2P51A 3AVFA 4K8ZA 4FLUA 1TL1A 4M41A 3TAQA 3K59A 3VQBA 3OY9A 1NK4A 4OLBA 3SV3A 2G8KA 4C8LA 1NOZA 3PO5A 4Z4EA 2VG7A 3M8QA 2IOCA 1QQCA 4KO0A 3NH1A 3TANA 3S9HA 2D0AA 1EETA 3SPZA 3OYJA 2XY7A 1HNVA 1R0AA 2OA8A 4O4GA 5FDLA 4AH9A 1HJRA 3KLGA 3NF9A 1VSJA 3UIQA 3ZT1A 1KSPA 2BANA 4OKKA 3LZIA 4W5NA 4DTRA 1L3UA 1WN7A 4CF2A 3C95A 2FBXA 4ICLA 3AVAA 1GOBA 3G0ZA 2D0BA 4CJ4A 1UA0A 4DQPA 4N41A 1S1VA 1EXQA 1BI4B 5KGWA 1A5WA 2IDOA 4BDPA 1CXQA 1JKHA 5I3UA 3PX4A 3AVIA 3SUQA 1SUQA 4N76A 5FRNA 1BIZA 4O0JA 4DQSA 3TAFA 1L3TA 2HB5A 3V9XA 1QE1A 3VQQA 3KLIA 3ASMA 4JS5A 4J2AA 1U49A 4YNQA 3A2FA 4AHTA 5HRNA 4C8MA 3T19A 4DG1A 2FBYA 3C6UA 3QLHA 3OS2A 1F21A 4DSEA 1C6VA 1RDDA 3CFRA 4F8RA 1S1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ATCB 4FLYA 1VQ5A 1C1BA 2JS2A 2E70A 5HRSA 3THWA 3A0IX 1W2BP 4CI6A 1JJ2M 4M77G 1SZ2A 4FSXA 1VQLQ 2HMIA 4CERA 3UKRB 2Y1JA 3VF6A 4RTVA 1YJWN 4B9UA 3AO4A 5KYUA 3TTCA 4AHCA 2BZXA 1Q7YR 3CM6A 3THYB 2E12A 2DILA 2LZ6B 4M7YA 4CCHA 4FJ9A 3FFKB 4J7IA 1S72N 1K9MR 3HPHA 3QIPA 4JJBA 3I0RA 2QXFA 3NTKA 1GFDA 1IKVA 1Q81U 1YJWT 2KBTA 1VQ8N 4GW6A 5GAEP 1WDXA 2IC3A 2MAMA 1KFDA 3VN5A 5HRRA 3CM5A 3VETA 4B08A 2PVDB 2RA2A 4KUDK 4MDXA 5AQNA 4BDYA 4DTUA 3A1PA 4LDXA 3NGIA 1D9FA 1M1KO 1MMNA 2QEXQ 2XDDA 3DB3A 1KJWA 1KCFA 1BYMA 1VQLN 1VQPQ 3QBYA 3OMCA 3EFOA 4QKUA 1VQ8T 4OVLA 2DJZA 1WAFA 4BRHA 1KQSS 2BGGA 1CKAA 3NVMA 5FWBA 3LWLA 3OYNA 4FU6A 3S3OA 4AHUA 1X9MA 3OYHA 1PRLC 4BD3A 1I0CA 2HVIA 5GMKj 4BRGA 1PRMC 1SEMA 5KYYA 4J9BA 2ZGYA 4F4KA 4CF8A 1REVA 2J4RA 4M7AE 4DR5K 3G6EA 2HBLA 2QEXN 2K9GA 5GMKl 2OAWA 1VK0A 2NRZA 3H45C 1QW1A 2C0TA 2KVQG 2FRWA 2HDAA 1NJIC 4CJUA 3JYTA 2QQBA 1NJZA 3JCMb 2JS0A 3AVLA 2NUTB 3BF1A 2FLOA 1VQ6T 5KYWA 1MGQA 4A63B 4F17A 2CGKA 3O1BA 5C2FA 3AARA 2YHAA 4FSSA 4GVMA 1LOTB 3ZSOA 4C23A 3ZT2A 1T6DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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