1EX4A

Hiv-1 integrase catalytic core and c-terminal domain
Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
215
structure length
212
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNSLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S2 (72-78)TIV2 (67-70)TIV4 (78-81)TIV5 (89-92)AH1 (94-107)3H1 (119-121)S4 (112-115)AH2 (126-133)S5 (136-137)AH3 (148-163)EMPTYAH4 (172-185)TIV7 (163-166)3H2 (166-168)AH5 (196-209)TIV8 (189-192)TIV9 (190-193)TI1 (56-59)S1 (60-67)TIV3 (68-71)TI3 (123-126)TIV6 (145-148)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 49
structure length 212
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1ex4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ex4A01
5J1EA 2Y1IA 3SV3A 1MU2A 1A5XA 2ETJA 4N76A 3AO2A 1L5UA 3DOKA 1S9EA 4EP5A 3G10A 2HHSA 3RMDA 1T03A 1BL3A 1NJXA 1KVAA 2JLEA 4RW4A 4E7JA 1N5YA 4B9SA 2G8FA 2Z1IA 3QNNA 2QKBA 3L8BA 3KTQA 3TR8A 3DRSA 1S9GA 3SQ4A 3M8SA 3CQ8A 1TAQA 4KTZA 2VG6A 4ZHRA 3D0PA 4CGJA 4Y1CA 4FW2A 3QERA 4HHTA 4JRPA 4EZ9A 1WNSA 1Z25A 4MQ3A 3NF6A 1NJWA 4FZYA 2YNGA 4HUEA 4BDYA 3AVCA 4CFAA 4FCYA 4RW7A 2YV0X 3OJUA 4KREA 3OYNA 5J2QA 1RBRA 4F8RA 3LWLA 4KB0A 4FJ5A 1TVRA 1QSLA 4FJKA 3K58A 4ID1A 3ITHA 2W42A 1NJYA 2YNFA 3ZSYA 3NBPA 4DLGA 1B9FA 3DRRA 2HNZA 3HT3A 3ISNC 4CEDA 1RDAA 2HNYA 4LH5A 4CF8A 4CHOA 1K6YA 3NH0A 3RTVA 2X6SA 3S3MA 1UAXA 2R7YA 1A5VA 4KO0A 4NCBA 3NF9A 4QOZB 4UQGA 1RTDA 4CJPA 2Z1GA 4DSJA 3V9WA 5HLFA 1JL1A 3MXJA 4CF1A 4OPJA 4DQPA 2B6AA 3MECA 4IDKA 3ZSOA 1DTQA 4BDZA 4DTRA 1RT3A 4CEZA 2HVIA 1IKYA 4Z0UA 4CF9A 4FLTA 4W5NA 2RKIA 4B9NA 4FVMA 3AVAA 1G15A 4CJTA 3LP0A 4C8LA 4LSNA 4DSLA 2F8TA 1QHTA 3TAGA 4KHSA 3RWUA 3TARA 4F2RA 2AJQA 1D8YA 3QEPA 3OYIA 4JS4A 1QQCA 4CGIA 4ELTA 4Z4GA 4Q0BA 1WSJA 4EZ6A 3M8PA 4OVLA 4M3ZA 3VA0A 4CEBA 4OLAA 3AO4A 1SKWA 4DTUA 3DLGA 1WAFA 2D0AA 4CERA 1YTUA 4Z4CA 5T7BA 4O55A 5KGXA 4BDPA 1TV6A 3ULDA 2WONA 2GUIA 4Z4HA 2QK9A 1YTAA 1JLEA 3QO9A 4M41A 4E1NA 3NH2A 2E6MA 3VQ5A 1S1TA 3ZT0A 4FLWA 2G8IA 3U6FA 4HTUA 4FZZA 4W5TA 4AHCA 3KJVA 4BE0A 4DQIA 1UA1A 3HM9A 5J2PA 1REVA 3K59A 3AVHA 3QINA 4DFKA 1JLCA 4E7KA 2ZE2A 3PV8A 4BE1A 1ZYQA 4FJLA 4FJ7A 4KI6A 1QMCA 1B92A 1O1WA 2DFHA 3C94A 3VA3A 4RG8A 3OYJA 3CFPA 3MEGA 3HO1A 2HHQA 1WLJA 1WSHA 4Y1DA 3OYFA 5J2MA 3NF7A 4I2QA 4CK2A 1VSKA 4B9MA 3QEXA 4PY5A 3ZT2A 1L3TA 1GOBA 3HPHA 3VQ6A 3VQ9A 3KLEA 4IFYA 3THVA 1JLFA 2EX3A 4CJUA 4OPKA 4N41A 3QESA 4ID5A 4KAZA 4CHZA 4DTSA 1C6VX 2ITGA 3CM5A 3CYMA 3S9HA 4DSFA 1X9WA 3LDSA 2D0BA 1BCMA 4DFMA 1NK6A 4DU1A 2G8UA 3IAYA 1LW0A 3HJFA 4CFCA 4BE2A 1KFSA 3NFAA 1VSEA 1BIZA 4DLEA 4CHQA 4PQUA 5JS1A 1L3VA 1RBSA 1WSGA 1LWCA 1N6QA 1BQNA 1VK0A 4FLUA 5E41A 1I39A 1UWBA 1JXEA 2DFEA 2YNIA 3OYLA 3SUPA 4ZTJA 4DSIA 2BANA 4FLZA 1BISA 2PYLA 4KB1A 1QE1A 2VWJA 3ZT4A 3LAKA 5KRTA 3DM2A 4H4OA 4FM2A 3KKSA 3AVLA 5J2NA 2P5OA 4FJGA 3IG1A 4AILC 3E01A 4KFBA 4C8OA 4HCCA 1RTHA 3MXMA 1ZBFA 4LSLA 3NCIA 4FZXC 1VSJA 1IHVA 4CK1A 5EU7A 1RT7A 2QXFA 4CF0A 4FJJA 3RMAA 1T8EA 3L2VA 4DSKA 3NGZA 3OJSA 4KHNA 3C6UA 2HNDA 3VQ4A 1TGOA 4N5SA 1YT3A 1VSFA 4E19A 3RMBA 2KQ2A 2O4GA 3SJJA 1TK5A 2XY7A 4K8ZA 4O44A 3VQCA 3NE6A 1ZBLA 1T7PA 1KLMA 4H8KA 4OGCA 2OZMA 4I9LA 4M3TA 4AHUA 3MAQA 3SPZA 1ASUA 3M8RA 3K5OA 4I9QA 3B6OA 4CGDA 1EX4A 4CJ4A 3T1AA 4CFBA 2DFFA 3KLHA 3MEDA 3PY8A 1QS4A 1CZBA 4OGEA 3L2RA 4FLYA 4B9UA 3V9SA 4E3SA 1HNIA 3SQ1A 4IG0A 1BI4B 4B8CA 4Q5VA 3LPTA 4DSEA 3DMJA 2OPSA 4HUGA 3SQ2A 3V6DA 3HVRA 4DTJA 4J2DA 4KTWA 2HW3A 3AO1A 4OJRA 1KVBA 2WOMA 2XY8A 1TKZA 4RW6A 2NUBA 4CESA 4FM1A 1SKRA 1SL2A 1R0AA 3LANA 3QNOA 2EHGA 3LP2A 5KTQA 3NDKA 4EP4A 4ZTFA 4Z4EA 4F2SA 1LWEA 1RBTA 3SPYA 3AVMA 2HB5A 2E6LA 4FK4A 3SNNA 4J2EA 3VQAA 4DF8A 2IGIA 4W5RA 3KK2A 3L2WA 4DG1A 1TK8A 2OPQA 1J9AA 4N47A 1RILA 4KI4A 3SUOA 1RBVA 3QEVA 1Q9YA 4FJXA 3LAMA 2FBYA 4CFDA 4N56A 2VWKA 3K5MA 2G8VA 4FJNA 1J5OA 3FFIA 1KCFA 3AVGA 4CIGA 4JRQA 4KRFA 1NJZA 4CIEA 2BE2A 1GOCA 1KFDA 4E0DA 1HPZA 3AO3A 4NCAA 1HNVA 3DYAA 1BHLA 3HPOA 3PX4A 3AVNA 4CEQA 1F21A 3L2UA 1HQUA 1BI4A 1KTQA 1EXQA 3U3GA 4BACA 3TAFA 1WSEA 1A5WA 3SI6A 1NOYA 2G8HA 2Z1JA 3CG7A 3HPGA 3RRGA 3NH1A 3RMCA 2B5JA 2X78A 4OLBA 4NCGA 1RDBA 1J54A 4K8XA 4CGHA 1U4BA 4KHYA 4CJVA 2KZZA 2OPRA 3U3YA 5K14A 4DS4A 4KHWA 3V4IA 3M8QA 3AA4A 3IS9A 3L3VA 4YNQA 3KLGA 1Q8IA 1TAUA 3F9KA 1WAJA 2RPIA 3NGIA 1JL2A 3SUQA 5HP1A 4FK0A 1LAVA 4ELUA 1IKVA 2XY6A 3S3NA 4DQSA 2D5RA 4CCHA 4CHYA 1VSDA 3QIOA 4JLHA 2F96A 4CF2A 4FM0A 1NK4A 1X9SA 1HRHA 1RCHA 3NF8A 3P83D 2YHAA 3TABA 2ZQBA 5D3GA 1W0HA 3T19A 3QEWA 3WNHA 2G8WA 3OS0A 2DY4A 4DQQA 1WN7A 3CFOA 1IG9A 4IKFA 3KK3A 4JS5A 4LD0A 1RNHA 2FBTA 4CJKA 5KRSA 3P5JA 3UIQA 1JLGA 4IBNA 3HP6A 1U45A 4WE1A 2VG5A 2G8KA 1KRPA 1X1PA 3PX0A 4R5PA 4FJ8A 3EYZA 1RDDA 4F3TA 1GOAA 2OZSA 1LV5A 2I5JA 1HYVA 1UA0A 4F4KA 5HRNA 1HYSA 3K5LA 3K2PA 4GMJB 4B08A 3SUNA 3PO4A 3ZT3A 4B9LA 2RF2A 2JGUA 3DLRA 5KI6A 2GBZA 1YVUA 1S1VA 3IRXA 4O4GA 4QAGA 3ZSRA 4CECA 1KSPA 2YNHA 1BIUA 3KKRA 1ZBIA 3WNEA 2Q3SA 4B3OA 2DTUA 4M3RA 3ZSQA 3VQEA 1XWLA 3O3HA 2PY5A 1TKDA 3I8DA 1NK7A 3C6TA 4CJRA 2IDOA 3ZCMA 3P1GA 1VSLA 3HP9A 3SV4A 3MXIA 1D9FA 3HVTA 1S1UA 4AHVA 1RDCA 4DWIA 1D5AA 1RT6A 2Y1JA 3V9UA 2OA8A 5CYQA 2FBXA 3DRPA 1RT1A 3O3FA 1S1WA 2ZD1A 4LH4A 4F3OA 3VQ7A 4DS5A 4J2BA 3QEIA 1U04A 5I3UA 3TWHA 3G0ZA 2LSNA 4B8AB 4O0JA 4FK2A 3VQBA 4E89A 5HRRA 1T05A 2HHTA 3VQPA 2BGGA 1C0TA 3OYGA 4Z4IA 1LAWA 5KGWA 4FXDA 3EY1A 1IHWA 3V1QA 1HJRA 1HYZA 1IH7A 3DLEA 3EZ5A 3OYHA 4J2AA 1J53A 2D0CA 3V9XA 3QIPA 4HUFA 1CZ9A 3LPUA 1VSMA 5C25A 3D45A 4C8MA 3DLBA 4DU3A 1WSIA 1D9DA 5CY4A 1EP4A 4DMNA 2X74A 1XHZA 3SYZA 3DOLA 5CYMA 1VRUA 4M3XA 3HSTB 3QLHA 1RTIA 4CJWA 1QSSA 3AVKA 3KIOA 1XHXA 1EKEA 4CGFA 4KHUA 1HMVA 4GVMA 4OKKA 2XHBA 1WSFA 3O3GA 3JSMA 2YHBA 4NYNA 3ZSWA 3OS1A 1U49A 4HVJA 2ATQA 4CEFA 1NK8A 4DTOA 1HQEA 1RTJA 3SCXA 1JLAA 4O0IA 4DTPA 1ASWA 4CEEA 3OYEA 4KHQA 4CIFA 1X9MA 1TKTA 1DLOA 4TSXA 3H08A 4MFBA 2IAJA 5HRPA 1NK9A 1NK0A 3RR7A 1IKWA 5FDLA 4FJMA 4CGGA 3SQ0A 3WNGA 1VRTA 3AA5X 3VQQA 1SV5A 5JS2A 3KD1E 3AO5A 4M3WA 5FRMA 4FYDA 4I7FA 1VSHA 3PUFA 3O4NA 5SWMA 1NKBA 2P51A 1ASVA 3OYMA 1XC9A 2HHXA 4O5BA 4B9TA 4KV8A 3OYKA 1NK5A 3RR8A 5SZTA 5FRNA 4E1MA 3L2QA 4M3YA 3L3UA 2RN2A 4CJSA 1IO2A 3ALYA 5DK5A 1XI1A 3OVNA 5FROA 1SL1A 4E7HA 3LWMA 4KTQA 4FLXA 1BCOA 3O4QA 4H4MA 3HK2A 3VQ8A 3AV9A 4ELVA 1RBUA 4CJEA 1RT2A 4DQRA 3AVFA 2GV9A 4GW6A 4PUOA 3OY9A 3A2FA 1FK9A 1FKPA 1C1AA 1DTTA 1S6PA 1VSIA 3I0RA 4IG3A 4CEOA 3KK1A 4CEAA 4M3UA 3AVIA 3AVJA 1JKHA 4BWMA 4FJIA 2F8SA 1RT5A 1SUQA 3LALA 3OYCA 5HRSA 3OYAA 4KPYA 1JLBA 1TL3A 2KFZA 3KLFA 3V1OA 4CJLA 2HMIA 4DF4A 3HYFA 4LY7A 3HXMA 2A1RA 1I3AA 2HVHA 2HHUA 1IKXA 1JXBA 3AA3A 1S6QA 3TAPA 4DTXA 3LZJA 3PO5A 1S5JA 4E7LA 4M42A 3JYTA 3BGRA 5HBMA 4PA1A 2FC0A 1TKXA 1JLQA 2KW4A 2YKNA 3T3FA 3ZT1A 3S3OA 1U47A 4HCBA 2YKMA 1W9HA 3V9ZA 1LWFA 1FKOA 1Y97A 3VN5A 4CE9A 4DFPA 1UOCA 5I42A 4L8RB 2O4IA 3HL8A 4RW9A 2FBVA 3B6PA 4CHPA 4FJHA 1KVCA 1ZBHA 3ZSZA 1ZBUA 4C8KA 1CLQA 2XY5A 4DTMA 3LP3A 4AHSA 4IFVA 4I2PA 1B9DA 1CXQA 1C0UA 1C1BA 2BDPA 4DTNA 1SKSA 5C42A 2PYJA 4XIUA 3PX6A 3WNFA 3NAEA 4CJQA 2VG7A 3TAEA 3C95A 3TAQA 1C0MA 1SL0A 1QSYA 4NYFA 2QKKA 5CZ2A 4AHTA 2KTQA 2PZSA 4BWJA 3CM6A 4AH9A 4YFUA 1TK0A 3ZSVA 2P1JA 3ZSXA 2OYQA 5C24A 2OPPA 1BQMA 3OYDA 1NKEA 3F73A 3OYBA 3KD5E 1KLNA 3LZIA 3K57A 2A1SA 4RW8A 3V1RA 2B4JA 4PWDA 3RRHA 5CZ1A 4CJFA 4CHNA 4DFJA 4B9VA 1Q9XA 4AHRA 4DU4A 1BGXT 5DMRA 3TANA 2IS3A 4OKJA 1L3UA 4FLVA 1RT4A 3AA2A 1NKCA 1C6VA 2IC3A 1EETA 2IOCA 2X6NA 3DI6A 3QETA 4Z4FA 5HROA 2P5GA 3K5NA 4CJ5A 4CK3A 2XRIA 4CJ3A 3OS2A 3AVBA 1QTMA 4FW1A 3VQDA 2KZMA 1LW2A 4C8NA 2KFNA 2XO7A 2E4LA 3MEEA 3NGYA 1C1CA 4W5OA 4FJ9A 3LP1A 1U48A 5D7UA 1Z26A 3DLKA 1CXUA 1TL1A 3I0SA 4M45A 1ITGA 3NHGA 3V81A 1L3SA 4W5QA 2Z1HA 2HHVA 4KKOA 4E7IA 3SZ2A 3TI0A 4G1QA 3CFRA 3ASMA 3KLIA 4ICLA 3BDPA 3DLHA 1FXXA 4QCLA 3TAMA 2HHWA 1S1XA 1NOZA 4OKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3X25B 1A5XA 1BK2A 5C2FA 3VKIA 3MEAA 3TU4K 3A5ZB 4M7DF 2KGTA 1KHCA 3I8BA 4DBFA 2HHSA 3RMDA 3ZEUB 1T03A 5IT9O 1N5YA 2VQFK 2ZPFB 3CCRQ 3CC7Q 4C92G 2YLBA 5KYWB 3TR8A 2EQJA 1S9GA 3SQ4A 5CQYA 5LJ5d 1HX1A 1VQ7Q 4B1UB 4EZ9A 4FWQA 4JRPA 3HTRA 5LJ5e 4FZYA 1M8MA 1KK7A 3HFOA 4BDYA 1S72Q 1RGIA 3CMEA 1OX8A 1PHTA 4OB0B 3GBTA 4CZMA 3JB9I 4IFEA 1KQ1A 3S6WA 4FJ5A 4M78B 2CKKA 1TVRA 1QSLA 3K58A 1GLAG 1NJYA 2YNFA 2OTJQ 4DLGA 5DLQE 3MN5A 2KK4A 5GMKm 2EFIA 4XTVA 3C7NA 5FLXO 2HNYA 4DB3A 4M78C 5IXBA 4GVEA 3OW2S 4XTYA 4KO0A 2RD1A 2DTIA 4C0FA 4B9QA 3PVQA 1RTDA 4CJPA 3MN7A 3HRSA 2DPNA 4DSJA 3V9WA 4DV3K 1HKGA 2RI5A 2RK2A 1X3NA 3MXJA 4DEXA 2B6AA 3MECA 1E7OA 1K9MU 3M57A 2QXLA 4IDKA 4AM6A 5FU7B 1DTQA 2E2OA 4LC9B 1VQ6N 2Y4XA 1RI0A 1RT3A 4R79A 3UPUA 4CEZA 2VUBA 3OBWA 1E6HA 2RKIA 2DRMA 3LGFA 2IVWA 4AFUC 2VKNA 2KYBA 5FU7C 3LP0A 4J9EA 4C8LA 4EFHA 1HLUA 1K8AC 4RWTA 1PWTA 2SRCA 5KYNA 4LDYA 1GLCG 1Y96B 3MCPA 5AQHA 1QQCA 4LNPA 4OP0A 4Q0BA 3S41A 3M8PA 5AZJA 1ATSA 3VA0A 1BU6O 4PJOE 4CEBA 3THVA 3E9FA 2ZGYA 5AR0A 1YTUA 4PKIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3X25 B;  1A5X A;  1BK2 A;  5C2F A;  3VKI A;  3MEA A;  3TU4 K;  3A5Z B;  4M7D F;  2KGT A;  1KHC A;  3I8B A;  4DBF A;  2HHS A;  3RMD A;  3ZEU B;  1T03 A;  5IT9 O;  1N5Y A;  2VQF K;  2ZPF B;  3CCR Q;  3CC7 Q;  4C92 G;  2YLB A;  5KYW B;  3TR8 A;  2EQJ A;  1S9G A;  3SQ4 A;  5CQY A;  5LJ5 d;  1HX1 A;  1VQ7 Q;  4B1U B;  4EZ9 A;  4FWQ A;  4JRP A;  3HTR A;  5LJ5 e;  4FZY A;  1M8M A;  1KK7 A;  3HFO A;  4BDY A;  1S72 Q;  1RGI A;  3CME A;  1OX8 A;  1PHT A;  4OB0 B;  3GBT A;  4CZM A;  3JB9 I;  4IFE A;  1KQ1 A;  3S6W A;  4FJ5 A;  4M78 B;  2CKK A;  1TVR A;  1QSL A;  3K58 A;  1GLA G;  1NJY A;  2YNF A;  2OTJ Q;  4DLG A;  5DLQ E;  3MN5 A;  2KK4 A;  5GMK m;  2EFI A;  4XTV A;  3C7N A;  5FLX O;  2HNY A;  4DB3 A;  4M78 C;  5IXB A;  4GVE A;  3OW2 S;  4XTY A;  4KO0 A;  2RD1 A;  2DTI A;  4C0F A;  4B9Q A;  3PVQ A;  1RTD A;  4CJP A;  3MN7 A;  3HRS A;  2DPN A;  4DSJ A;  3V9W A;  4DV3 K;  1HKG A;  2RI5 A;  2RK2 A;  1X3N A;  3MXJ A;  4DEX A;  2B6A A;  3MEC A;  1E7O A;  1K9M U;  3M57 A;  2QXL A;  4IDK A;  4AM6 A;  5FU7 B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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