1C0MA

Crystal structure of rsv two-domain integrase
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
GVNPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDRIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active two-domain derivative of Rous sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 64
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1c0mA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1c0mA01
1RT5A 1SV5A 1QMCA 1ZBLA 5FDLA 4CJTA 4J2DA 2IOCA 1C1CA 3K5LA 4DTXA 3V9UA 2G8UA 2RN2A 2JLEA 3M8PA 4Z4HA 2I5JA 4YFUA 4R5PA 4B9NA 4GMJB 3ZT4A 4CGGA 5CYQA 3OYCA 1RT6A 3ZT2A 4BE1A 2EHGA 3MEEA 1XWLA 1ITGA 3PX6A 3DI6A 3AVCA 3TABA 1NJZA 4DTMA 1R0AA 1KRPA 3AA3A 3ZSRA 1RTJA 1VSDA 3AVJA 4CF2A 3T19A 3SPZA 1L3SA 4FJNA 1RDBA 1I39A 1RDCA 2VG5A 3CM6A 5C25A 3L2QA 3RRHA 4Z4FA 3V1OA 3V9SA 4FYDA 1HMVA 4CF9A 3SCXA 2YKNA 1LAVA 1CLQA 1RT4A 4ZTFA 2JGUA 1KFSA 3SV3A 3RRGA 4FJXA 3DYAA 1U47A 1Q8IA 1TK0A 1RNHA 4RW6A 3QETA 3P5JA 2ZE2A 2OPPA 3OS0A 2G8HA 3VQ9A 4CHQA 1RTIA 3OVNA 2Y1JA 3S3NA 3NGYA 3ZSYA 3KLHA 3QERA 1SKSA 2OZMA 3SQ1A 4AHUA 4DSJA 1I3AA 1JLEA 5HP1A 4DF8A 4DTOA 3LZIA 1B9DA 1Y97A 2OA8A 4GVMA 1JXBA 3QNNA 3E01A 4CK1A 3VQEA 2D5RA 3P1GA 2E6MA 3KLFA 1NJYA 3V4IA 3ALYA 1C6VX 3TI0A 1ASUA 2YNIA 5HRNA 2BE2A 1DLOA 4LSNA 4CJKA 3LZJA 3CQ8A 3TARA 1QTMA 1QS4A 5HRSA 3MEGA 1XI1A 3VQ6A 2Y1IA 4CHNA 4KHNA 2AJQA 2IC3A 4NCBA 4NYNA 4CGJA 1BIUA 1J53A 3OYEA 5I42A 4F8RA 4KHWA 1BHLA 4EP5A 3OYBA 4HHTA 4FJKA 4KTZA 4CESA 5KI6A 1NKEA 4KB1A 2HB5A 1NJWA 1NK5A 4CHYA 1BL3A 1YTAA 5DMRA 3OS1A 4RW8A 3SJJA 1LWFA 4NCGA 1S1XA 3KKSA 4FK0A 2HHXA 3BDPA 2B5JA 4EP4A 4DTNA 1HJRA 3AVKA 4I9QA 4C8MA 3SQ2A 4DQRA 4F2RA 3NCIA 3C6TA 3AA2A 3TR8A 2HNDA 4DLEA 3V81A 1VRTA 3AO4A 4C8LA 5CY4A 3CG7A 1VSFA 3G10A 3AVIA 4RW9A 4OLAA 4LH5A 3PX4A 3VQBA 1REVA 3VN5A 4FM0A 4DSKA 4CIGA 4CEQA 3OYFA 3CFRA 4HUGA 3SYZA 4M3ZA 2YKMA 4OKEA 4AH9A 3PUFA 3KTQA 4C8KA 3ZCMA 1EETA 2XHBA 4UQGA 1VSJA 3OY9A 4CGFA 3HPOA 2XY8A 3SQ4A 2PY5A 4M3TA 4DU1A 2DTUA 4KRFA 1S5JA 1NK0A 3DLBA 1WSFA 3LDSA 4MQ3A 4IG0A 1ASVA 2DY4A 5J2PA 4E1NA 1YTUA 5FRNA 2F8TA 4FLUA 4J2EA 1QSYA 1NK4A 3AO5A 3KIOA 3K59A 1KLMA 4BACA 4DTJA 1TK5A 3V9XA 4DTPA 4FZYA 1SL0A 3UIQA 4CFCA 1JXEA 1WSHA 3PX0A 2Z1HA 2YNFA 4NYFA 2Z1GA 3KD5E 3RMBA 3NFAA 3LWMA 1T05A 2X74A 4DQSA 4CEFA 3KLIA 3HXMA 1NKBA 4CEEA 2HHVA 5JS1A 4M3UA 2VWKA 3SUOA 4BDYA 4EZ6A 1QE1A 4OPJA 4O44A 4B8AB 3VA3A 4E7JA 4KPYA 4CEOA 4FJLA 3DMJA 3AVLA 4DS4A 3OYHA 3NAEA 1XC9A 4FM2A 3NH2A 3PO4A 2IS3A 3SI6A 1Z26A 4DWIA 1VSKA 4RG8A 4DMNA 3OJSA 1HQEA 4CCHA 4DFPA 1KFDA 3AA5X 3TAGA 2ITGA 3CFPA 3M8QA 4MFBA 1C0UA 3THVA 4FJIA 2DFHA 4FW1A 2FBXA 3AVFA 4IG3A 1L3TA 1KVCA 5FROA 2Q3SA 1F21A 2P51A 3NH1A 1ZYQA 3F73A 4TSXA 1DTQA 4B9VA 1HYZA 1S1TA 5HROA 2GBZA 4E1MA 1VSHA 3QINA 3VQ4A 4W5TA 3OYKA 1U45A 2R7YA 4DG1A 1C0MA 4DS5A 4CJSA 4B9TA 4FJ8A 1TAUA 1LWCA 2XO7A 4ID1A 4E7KA 5D7UA 1YVUA 2GUIA 4O4GA 4OPKA 2G8IA 2KFNA 3RR8A 3LP1A 3DRSA 4KB0A 1WNSA 4I2PA 4LH4A 1HPZA 1TKTA 4M3XA 3VQ7A 3RMAA 1J9AA 5KRSA 4FLTA 2EX3A 4M41A 5EU7A 1A5XA 3ASMA 1SL2A 3L2RA 1TK8A 3PY8A 1IHVA 4B8CA 3ITHA 1NK7A 3QLHA 1RTHA 3AVAA 1D5AA 2VG6A 4BDPA 3C94A 4K8XA 1BGXT 4OLBA 1UAXA 3BGRA 3VQQA 3O3HA 2YNHA 2OPQA 4CJRA 2O4IA 3OJUA 1JLCA 4FVMA 3ZT3A 4AHTA 4Y1CA 4FLYA 4KI6A 4Z4IA 2KZMA 4CJVA 3B6PA 4EZ9A 1WAJA 2O4GA 4JLHA 4KKOA 1QSSA 2QKKA 2HVIA 3NH0A 2VG7A 3O3FA 3SNNA 1BI4B 3M8RA 1GOBA 1IHWA 4QAGA 4DLGA 1RDDA 3HPHA 2D0BA 2X6NA 3K2PA 1LWEA 4M3RA 4B08A 3EZ5A 4E19A 3K57A 4DTUA 3SUQA 4WE1A 4B3OA 4KTWA 1WSJA 4DQPA 3VQ5A 1KLNA 3HK2A 4O0IA 2VWJA 4KTQA 4ZHRA 4HVJA 3D0PA 4I2QA 4FLXA 1XHZA 3OYIA 2G8FA 1VRUA 1EXQA 1N6QA 2FBVA 3C95A 4W5QA 3P83D 3SV4A 5J2MA 4I7FA 4DSFA 1EKEA 4NCAA 2P1JA 1C1AA 2D0CA 4CJQA 3WNGA 1FKOA 4GW6A 4IFYA 1TAQA 4DU4A 2D0AA 3WNFA 3KLGA 4JS5A 4AILC 4C8OA 4PUOA 4KHUA 4Q0BA 2OPSA 1RBSA 2BGGA 1WN7A 1RT1A 1NK6A 3C6UA 3F9KA 5K14A 4CFDA 4OGCA 3KK3A 3I8DA 3SQ0A 2DFFA 1UA0A 1X9SA 1RBVA 4DSLA 4FK2A 2YHBA 4CEDA 3QO9A 3KJVA 1U48A 1Q9YA 2PYLA 1JLFA 1TKZA 3G0ZA 4CGIA 3K5NA 3AVHA 2HW3A 2E6LA 1DTTA 3ZSXA 4B9MA 1TL1A 5CZ1A 3U3GA 5SWMA 3V9ZA 5KGWA 1S6PA 1IG9A 3VA0A 3HYFA 3QIOA 3VQAA 3S3OA 4OGEA 4CF0A 4ELTA 3PO5A 4JS4A 3MXIA 1SKWA 1S1UA 4KO0A 3T1AA 1WLJA 4FM1A 1HQUA 1Q9XA 4QCLA 2KZZA 1SUQA 1NOYA 4CJEA 4BE2A 1IH7A 5C24A 4E89A 3K5MA 1LAWA 1ZBFA 1VSMA 1FXXA 3K58A 4N76A 3I0SA 4PA1A 1UA1A 1WAFA 5KRTA 5KTQA 3ZT0A 1NOZA 4AHCA 3QEVA 4LY7A 4CJ4A 2PZSA 4B9UA 4KREA 1IKWA 3SUPA 1UWBA 3CYMA 4OJRA 1Z25A 2HVHA 1C0TA 1NJXA 1D9FA 1BQNA 3AV9A 4DF4A 3V9WA 3MXMA 3V1QA 2A1RA 3EY1A 4M3WA 5DK5A 1BCOA 4DFJA 3ULDA 2HHUA 5E41A 3OYDA 2YV0X 3RMCA 1U04A 1C6VA 2YHAA 3D45A 4AHSA 4H4MA 3VQCA 3V6DA 1LW0A 4CF8A 4FZZA 1MU2A 4IFVA 1RT3A 4KHYA 4HCBA 4FJGA 4RW4A 1RTDA 1RBUA 4CK2A 1J54A 3RR7A 1VK0A 2BANA 3KLEA 3KKRA 3LP0A 3OYNA 4FJ9A 4N41A 3TWHA 1TKDA 2B4JA 1FK9A 4FLZA 4ELVA 3LP2A 3AO1A 4Z0UA 1LW2A 2WOMA 4O5BA 5KGXA 2DFEA 3EYZA 3SPYA 1HYVA 4J2AA 2B6AA 4LSLA 4CIFA 1S9EA 2BDPA 1ZBIA 3IS9A 4XIUA 3OYJA 1L3VA 4DFMA 2QKBA 4KHSA 3ZSZA 1VSEA 3NF9A 3NE6A 3IG1A 4AHRA 1U49A 2WONA 1QHTA 4LD0A 4Y1DA 2YNGA 3NBPA 3KK1A 3L2WA 3NHGA 2F8SA 3DLGA 4M3YA 4HTUA 3OS2A 3O3GA 1WSEA 3MXJA 2G8WA 4CJ5A 3SZ2A 2OZSA 4HUEA 5I3UA 2QK9A 1X9WA 2IGIA 1X1PA 4CF1A 4FJMA 3IRXA 4DQIA 3ZSQA 1B9FA 1JKHA 4OVLA 1WSGA 4DU3A 5JS2A 3AVBA 3CFOA 4FJ5A 4DQQA 1VSLA 1RBRA 2E4LA 3DLEA 1ZBHA 3L8BA 1EX4A 3NGIA 4FW2A 4CE9A 3AO2A 1GOCA 4Z4CA 1QQCA 4CGHA 2W42A 4E7LA 3KD1E 4M42A 4KAZA 4J2BA 3QIPA 1HNIA 3ISNC 4BWJA 4CERA 1BIZA 1KCFA 4CEZA 2XY6A 4OKJA 3ZSWA 4B9SA 1W0HA 5CYMA 4CHZA 4CJUA 3QESA 1JL1A 3LALA 3RTVA 4F4KA 3LAKA 3HO1A 1A5WA 3HPGA 1ASWA 2HHWA 3HP6A 3ZSOA 4HUFA 2HHSA 5J2QA 3CM5A 4PQUA 3M8SA 1CXQA 5HLFA 1TL3A 2Z1JA 1XHXA 2FBYA 1ZBUA 5C42A 2OYQA 3NF6A 3DRPA 4CIEA 4BWMA 1N5YA 4CHOA 1EP4A 1S1WA 2GV9A 2LSNA 4G1QA 2HHQA 1YT3A 3NF7A 1WSIA 1S9GA 2FC0A 2RPIA 3AO3A 2KTQA 4W5NA 3HVTA 2A1SA 3HL8A 3LAMA 3VQDA 4AHVA 4M45A 4ICLA 4FJHA 2HNZA 4CFBA 4N56A 2ZD1A 5CZ2A 1CXUA 4RW7A 1T03A 1IKXA 3S3MA 1CZ9A 1KVAA 3L3VA 4N5SA 3IAYA 1JL2A 3I0RA 4CJLA 3OYGA 4F3OA 4CEBA 4ID5A 1TV6A 3L2VA 1RCHA 3WNEA 2XY5A 4O55A 1T7PA 3DOKA 3K5OA 1QSLA 3MEDA 4CJFA 3AVMA 5SZTA 4O0JA 4E3SA 3RMDA 2XRIA 1HYSA 1UOCA 3OYLA 3HJFA 2IAJA 1KTQA 1HRHA 1FKPA 2NUBA 3OYAA 2G8KA 1HNVA 3U3YA 1GOAA 3DRRA 4Z4GA 1S6QA 4C8NA 1RT7A 3MAQA 3WNHA 2Z1IA 4IBNA 4IDKA 3QEWA 4F3TA 1KVBA 4DFKA 4I9LA 4KI4A 3QNOA 3AA4A 3LANA 1L5UA 4L8RB 4PWDA 4CK3A 2P5GA 4YNQA 4FK4A 4K8ZA 3DLRA 4PY5A 3L3UA 1KSPA 3RWUA 3T3FA 1LV5A 3TAFA 2P5OA 1IKVA 3LP3A 3SUNA 1JLGA 2G8VA 3JYTA 3DOLA 2ZQBA 3JSMA 3TAMA 4CJPA 3A2FA 1B92A 3DLHA 3NDKA 1JLQA 2KW4A 3ZSVA 4FLVA 4OKKA 1NK9A 3LWLA 1TGOA 3QEXA 1K6YA 2RF2A 5T7BA 1NK8A 1G15A 4FJ7A 1RT2A 4W5OA 4QOZB 4Q5VA 4H8KA 1CZBA 1S1VA 4BDZA 1RDAA 2HMIA 4ELUA 2ATQA 3NGZA 4CGDA 1X9MA 1NKCA 1SKRA 3HSTB 3NF8A 2XY7A 3O4NA 3S9HA 4CEAA 4F2SA 1IO2A 3ZT1A 3H08A 4KFBA 4CHPA 3B6OA 3TANA 1J5OA 4KHQA 4KV8A 1BISA 4FXDA 2KFZA 1D8YA 4N47A 3AVGA 1VSIA 4E7HA 1T8EA 3FFIA 3O4QA 4CFAA 3DLKA 4CJ3A 3MECA 5FRMA 3L2UA 4DTRA 1RBTA 3TAQA 2IDOA 2FBTA 1A5VA 3LPUA 1SL1A 5J1EA 2F96A 2QXFA 3QEPA 1L3UA 3HM9A 4JRPA 4FLWA 4IKFA 4W5RA 1IKYA 1RILA 2X6SA 2X78A 3OYMA 4HCCA 1JLBA 3AVNA 4FCYA 5HRPA 3TAPA 4DSEA 4FZXC 2HHTA 1BQMA 1JLAA 4FJJA 4DTSA 3V1RA 3VQPA 1TKXA 2RKIA 3VQ8A 4JRQA 1D9DA 4Z4EA 3KK2A 1TVRA 4CJWA 3TAEA 3HT3A 5D3GA 2PYJA 1O1WA 5HRRA 4E7IA 4BE0A 2ETJA 5HBMA 5J2NA 4DSIA 2OPRA 1U4BA 1W9HA 3LPTA 1BCMA 4ZTJA 2KQ2A 4CECA 1C1BA 3HP9A 3HVRA 3QEIA 4E0DA 2HNYA 3DM2A 3U6FA 4B9LA 4H4OA 1BI4A 3PV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SV5A 1OI1A 1TUDA 3OB9A 2GX9A 4K43A 3CCQQ 5FDLA 4CJTA 3CJ9A 3RSEA 1X3NA 2ZPGB 2FZCB 4Z4HA 2I5JA 2P9NA 4F7UF 5HK0A 3QBXA 1VQLN 4B9NA 3UWNA 4DV6K 5CYQA 4H5VA 3FJ5A 3REAB 2CSIA 4XK8E 1YI2A 2RPNA 4GY5A 1KJWA 2DNUA 2QK0A 2RQTA 4AFZC 2D0NA 3CPWS 1KRPA 2FL7A 4YHHK 3ZSRA 2KROA 2RNAA 1RTJA 1UHCA 4FSVA 1WXUA 2LJ3A 4OF1A 3SPZA 1I1JA 2E64A 4LD9K 2CUBA 1I39A 5AQNA 1VQ6T 8ATCB 4JK7A 3V9SA 1X3MA 4IUQA 4B1WB 1O9SA 1RAGB 1YBYA 2DLPA 2Y90A 3DYAA 1U47A 1Q8IA 3HBTA 3QETA 3HOSA 1NGAA 3D2FA 2G8HA 1SS6A 2O8DB 3SHWA 4UC4A 3QERA 4C92B 4TVRA 2X4XA 2LCCA 3PMTA 1QVFM 1JLEA 2QWMA 4DF8A 4FYYB 2FF3B 2E8AA 4DTOA 2DD4A 2HMAA 2OA8A 4FYXB 1M1GA 1JXBA 2O9VA 2AZVA 2GGRA 2D0QB 2PUOB 2QWPA 3E01A 2P9IB 2E6MA 3KLFA 1NJYA 3OMCA 3ALYA 1FMKA 2V1QA 1OX8A 4M75G 1YITT 1VQNA 3HFNA 2GTDA 3DJCA 2E5KA 4PJOB 1FX7A 2WUSA 4JKGA 5AQIA 2BE2A 1DLOA 1BB9A 2FZGB 3LZJA 2FPDA 1QS4A 4AM7A 1RL2A 1H641 2VQEK 4DV3K 2Y1IA 2HL3A 3TTCA 4BGBA 3RMQA 4NCBA 4NYNA 3PIOA 2DL8A 4OB3B 4KHWA 1BHLA 1WYXA 1EWRA 2FPFA 2ZPFB 4CESA 2Q36A 3O08A 4PFZA 3QJYA 4FWQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3B6O A;  3TAN A;  1J5O A;  4KHQ A;  4KV8 A;  1BIS A;  4FXD A;  2KFZ A;  1D8Y A;  4N47 A;  3AVG A;  1VSI A;  4E7H A;  1T8E A;  3FFI A;  3O4Q A;  4CFA A;  3DLK A;  4CJ3 A;  3MEC A;  5FRM A;  3L2U A;  4DTR A;  1RBT A;  3TAQ A;  2IDO A;  2FBT A;  1A5V A;  3LPU A;  1SL1 A;  5J1E A;  2F96 A;  2QXF A;  3QEP A;  1L3U A;  3HM9 A;  4JRP A;  4FLW A;  4IKF A;  4W5R A;  1IKY A;  1RIL A;  2X6S A;  2X78 A;  3OYM A;  4HCC A;  1JLB A;  3AVN A;  4FCY A;  5HRP A;  3TAP A;  4DSE A;  4FZX C;  2HHT A;  1BQM A;  1JLA A;  4FJJ A;  4DTS A;  3V1R A;  3VQP A;  1TKX A;  2RKI A;  3VQ8 A;  4JRQ A;  1D9D A;  4Z4E A;  3KK2 A;  1TVR A;  4CJW A;  3TAE A;  3HT3 A;  5D3G A;  2PYJ A;  1O1W A;  5HRR A;  4E7I A;  4BE0 A;  2ETJ A;  5HBM A;  5J2N A;  4DSI A;  2OPR A;  1U4B A;  1W9H A;  3LPT A;  1BCM A;  4ZTJ A;  2KQ2 A;  4CEC A;  1C1B A;  3HP9 A;  3HVR A;  3QEI A;  4E0D A;  2HNY A;  3DM2 A;  3U6F A;  4B9L A;  4H4O A;  1BI4 A;  3PV8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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