1EX4A

Hiv-1 integrase catalytic core and c-terminal domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
215
structure length
212
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNSLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 49
structure length 212
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1ex4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ex4A01
5KGXA 4CEAA 1S5JA 1C6VA 4DQRA 2HHUA 3ZSYA 4N56A 1RT7A 3VQQA 3QERA 4FJ7A 5HP1A 1EETA 2QK9A 2RKIA 3AA4A 5HRPA 3L2VA 3UIQA 2YV0X 2IS3A 3IRXA 4AILC 4JRQA 4BWJA 4YFUA 4FM1A 2XRIA 4KHSA 2E4LA 1XI1A 4E89A 1BI4B 5C25A 1N6QA 2F96A 3OYCA 4FW1A 1S6QA 4CFBA 4DU1A 2X6NA 4CEZA 2B5JA 3LPUA 4WE1A 3AVNA 5CYQA 3M8RA 4Z4CA 2Q3SA 1TKXA 4ZHRA 1LAWA 4E1NA 2G8FA 1HMVA 3NFAA 3L3VA 1KFSA 1RTIA 3O4QA 4AHRA 2X74A 1JLQA 4CECA 3HP6A 3KK3A 1BCOA 5FROA 1ZBIA 1XHXA 3NGZA 3DLHA 2YNFA 2W42A 3AV9A 3LP1A 4AHCA 1SUQA 2F8TA 1KCFA 2HHXA 3H08A 1ZBLA 2B6AA 2YHAA 3K59A 1SV5A 2DFHA 4Q0BA 1Q8IA 4BWMA 4F2SA 2IC3A 1SKWA 2FBVA 3RMBA 3BGRA 1C6VX 4E7JA 3RR8A 4J2DA 1XC9A 2OPQA 4B8AB 1NK8A 2OZMA 4KB1A 4ELTA 3QEWA 3RR7A 4Z0UA 2FBXA 4DG1A 2XY8A 5K14A 1HYSA 3LPTA 2WOMA 5KI6A 2JGUA 1JLGA 3ZT3A 5KRTA 1C1BA 1HYVA 1D5AA 1F21A 3SV4A 4B9LA 3HSTB 4KHWA 3ULDA 1RT1A 2P5OA 1RNHA 3MXIA 4CHNA 4FLVA 3O3HA 4E7KA 4LSNA 5C42A 4DSEA 2OA8A 3DLBA 3ZSWA 2PYJA 3C95A 1RDAA 4BDPA 3KD5E 1JL1A 3O4NA 3TAEA 2R7YA 3SQ1A 1NK0A 4IG0A 4Q5VA 3QINA 3RMCA 4Z4EA 1S9GA 1L3VA 4M3TA 3AVCA 4CJTA 3HVRA 3CG7A 3MEDA 4CJSA 3NHGA 1U4BA 4HUEA 4CGIA 4AHTA 4C8KA 4KHQA 1DTTA 4RG8A 4DFJA 1VRTA 4ELVA 1DLOA 3ZT0A 4CGDA 3QEPA 2Y1IA 3SUPA 1S1TA 4FM2A 3TAPA 1XHZA 3IAYA 4CGGA 1HNVA 1KVAA 3CFOA 1ZBUA 3AA2A 3V4IA 4KI4A 1KTQA 4DSKA 2NUBA 1CZ9A 3KD1E 5CY4A 3VQEA 3HK2A 4FK2A 3HO1A 4OGCA 1GOAA 1YT3A 1NK6A 4CHPA 4LSLA 4ELUA 3T3FA 3SQ0A 3OJSA 3C6TA 3AO5A 4JRPA 2XY7A 1KVBA 1D9DA 1IKVA 1LW0A 3V1QA 1WSGA 2BGGA 3NF6A 1BIZA 4OVLA 4LD0A 3TWHA 1ASWA 4FJNA 1WSEA 3NGYA 1NJZA 5J1EA 3F73A 4ZTJA 1KLMA 1U49A 2IGIA 4KAZA 4DTNA 3MXMA 3SV3A 4FVMA 4FJGA 1NK5A 3NF7A 3TR8A 4AHVA 1BCMA 3K5MA 4HUGA 5KGWA 4EZ9A 4O55A 3QLHA 4BDZA 4FJKA 3CM5A 3VQ5A 3AO4A 3PX6A 4M3YA 3DLGA 4NYNA 3OYNA 2HNYA 5HRNA 1NKCA 1FKOA 5EU7A 1J5OA 1KFDA 2HHQA 2P1JA 2RN2A 1QQCA 3MXJA 3K5NA 4B9SA 1SL1A 1RT4A 3MAQA 4ID5A 2XY5A 4FZZA 4CFAA 4IBNA 4YNQA 3OYHA 4DLEA 3ASMA 2A1SA 3LZJA 1RDBA 4FLUA 3TAQA 3DYAA 4FJ8A 3TAMA 2ITGA 1VSMA 2VG5A 2VWKA 4TSXA 5HLFA 5DK5A 1HRHA 3I0SA 4B9VA 4FLYA 5I3UA 4IFYA 3MEGA 4O44A 1BHLA 4XIUA 3QEVA 1Y97A 1B92A 5HRSA 1EP4A 3PY8A 1U04A 2RPIA 3QIPA 4FM0A 3SUQA 2WONA 3DMJA 3NH0A 3DOLA 3S3OA 4DWIA 4DTUA 1IH7A 5JS1A 1VSLA 3P1GA 4OKJA 4DQIA 3ZT1A 3MECA 3AO3A 3C6UA 1WAFA 1RT2A 4RW6A 2Z1JA 1UOCA 3K57A 3S3NA 2OPSA 3NGIA 1A5WA 1X9WA 1WSHA 4KI6A 4OKKA 4OPKA 1QSSA 4C8MA 5HRRA 1QE1A 1RCHA 1W9HA 4W5NA 4KRFA 3F9KA 1X9SA 3ITHA 3HXMA 4DF4A 2PYLA 2JLEA 3RRGA 4K8ZA 4CEOA 2OYQA 4OLAA 4KO0A 1I3AA 1L3TA 3WNEA 1TV6A 4BE0A 3VQ9A 3HPOA 4KPYA 1BI4A 1LAVA 1CXUA 3G0ZA 1IO2A 3K2PA 4AHSA 4DU3A 4M3WA 2Y1JA 3RMDA 1VSIA 4FLXA 2G8KA 4FJ5A 4OKEA 2HHTA 1TKDA 1HYZA 3OVNA 2RF2A 4B8CA 3RRHA 4F3OA 4NCAA 4FJ9A 4DF8A 3HL8A 3ZSZA 1L3SA 1G15A 3L2QA 5J2MA 3PUFA 3OYLA 1BQNA 4MFBA 4DS5A 4PWDA 4O5BA 4C8NA 4H4OA 1HNIA 3LWMA 2OPRA 1XWLA 1L5UA 4I7FA 1HJRA 3D0PA 4CCHA 4CK3A 4E1MA 3U6FA 1A5XA 4FLZA 4BACA 2D0AA 1RBRA 3FFIA 5J2QA 4F3TA 3PX4A 1WLJA 2GUIA 4E7LA 4L8RB 1LWFA 4HCBA 4GVMA 1VSEA 1C0TA 4Y1CA 3O3GA 3NBPA 1JXBA 4CJUA 3DRPA 5SWMA 3QEXA 4F8RA 3SYZA 4KB0A 3U3YA 1QMCA 1WAJA 1TK8A 1EXQA 3LALA 4M42A 2OPPA 1I39A 1MU2A 3EZ5A 1QHTA 1VSJA 4CK1A 3V9XA 4CEDA 1R0AA 1RDDA 4CESA 4DTXA 1S1UA 4BE1A 4CF1A 4DTRA 2A1RA 4KTWA 4JS5A 4E7IA 4FJLA 1WN7A 3AO2A 1Z26A 4CFDA 4N5SA 3V6DA 2HVHA 4DQQA 1C1AA 4CK2A 1L3UA 3HYFA 3LP3A 1ASUA 1NJXA 4CEEA 3P5JA 2Z1HA 1WSFA 2D0CA 3CFPA 1JLCA 4DTOA 4MQ3A 4CHOA 4B9TA 2O4IA 2YKMA 4FZYA 3ZSRA 2HB5A 2ATQA 3AA5X 4LH4A 3KLFA 3QESA 3NAEA 4DSLA 3V1RA 3PV8A 3TABA 1GOBA 3LP0A 1KRPA 4CJ4A 5D3GA 1C0MA 1HPZA 1RBSA 1SKSA 4K8XA 3TI0A 4IKFA 4O0JA 4B08A 4PQUA 3TAFA 1JKHA 4NCGA 4DFPA 1TAQA 2VG6A 4DMNA 4CHQA 3RTVA 3OYGA 4DTSA 3L3UA 3OYMA 3L2UA 3M8QA 1X9MA 3KLEA 4W5RA 3E01A 3K5LA 4B9MA 1UAXA 1JLAA 1ITGA 1RBTA 4DTPA 3TANA 3KKSA 3OS0A 1RBVA 3ZSXA 4JS4A 1RBUA 3PX0A 4HHTA 4CGHA 1U45A 1KVCA 4Z4GA 1ZBHA 2P51A 4KREA 2XHBA 1TVRA 4DSIA 1RTJA 2ETJA 1U48A 1NOZA 2XO7A 4E7HA 2D5RA 3LANA 3DRRA 3VQ6A 4W5TA 4CJPA 4E3SA 1TK5A 1IG9A 2QKBA 4QOZB 3OYAA 4HTUA 4CIFA 4ZTFA 2YNIA 3KKRA 1Q9XA 2G8IA 1ZYQA 4FLWA 3QNNA 4W5OA 3KK1A 2OZSA 1TKTA 3HPHA 4CGFA 1SKRA 5KRSA 1WSIA 4J2AA 2HHVA 4KKOA 3VN5A 4RW7A 2P5GA 3HPGA 4LH5A 3CQ8A 4F4KA 3PO5A 1NJWA 5DMRA 3NF9A 4FJJA 1LWEA 1VSKA 4J2BA 2ZD1A 5KTQA 1TKZA 3PO4A 4I9QA 3WNGA 4CJEA 1LV5A 4EP5A 4QAGA 1IHVA 2PY5A 1YTUA 3U3GA 2G8UA 1NKEA 2HW3A 1BIUA 1D9FA 1BISA 1WSJA 4FJMA 3NCIA 3S9HA 1IKYA 3LAMA 4CJKA 2G8WA 4CJWA 3EYZA 4KHNA 1NOYA 3I8DA 3KIOA 2DFFA 3DLRA 4EP4A 4FZXC 1EKEA 1NKBA 1Q9YA 1NK9A 1QTMA 4FYDA 3AVLA 1ZBFA 4RW9A 1N5YA 1NK7A 4N47A 3VQCA 3KLGA 1RILA 3QEIA 3SI6A 2IDOA 5T7BA 4CJ3A 3VQDA 4CEQA 3OYKA 3M8SA 4I2PA 3V1OA 3SZ2A 3TAGA 4FLTA 2PZSA 3AVKA 1EX4A 1JLFA 1RDCA 2E6LA 4KHUA 2GV9A 2DY4A 3S3MA 3ISNC 1REVA 4M3UA 4AHUA 1C0UA 3SUOA 1FXXA 2Z1IA 3DOKA 4LY7A 4HCCA 1S6PA 5FRNA 5FRMA 1IKXA 1RTDA 3HT3A 3TARA 4Y1DA 3OS2A 1UA1A 3LZIA 1JLEA 4IDKA 5HBMA 4FJHA 2VWJA 1T05A 1YVUA 3DRSA 1QSLA 4KHYA 3ZT4A 5J2NA 2KFZA 4PUOA 3B6OA 5CYMA 4CF0A 1QSYA 2LSNA 3V81A 1TL3A 4R5PA 3KJVA 3DI6A 4B9NA 5C24A 2KTQA 3K5OA 4FK4A 4DSJA 2DTUA 3QETA 3QIOA 4E0DA 4CERA 2VG7A 4I9LA 1GOCA 4KFBA 5CZ2A 3OYIA 4RW4A 3SQ2A 4CEFA 1IHWA 4HUFA 4M45A 3OS1A 4DTJA 1SL0A 4QCLA 4IFVA 4CGJA 2DFEA 3AVFA 2X6SA 3ZSQA 4IG3A 3THVA 2XY6A 1J9AA 3DLKA 2E6MA 4JLHA 1NJYA 3AVMA 3NH2A 2F8SA 3KTQA 1CZBA 4M3ZA 2FBTA 3MEEA 2G8HA 4FJIA 3AVIA 3VA3A 4DTMA 4N76A 2KQ2A 1UA0A 1HQUA 4DLGA 1CLQA 4J2EA 4O0IA 1LW2A 4CEBA 4DFMA 3QO9A 2HVIA 4O4GA 1ASVA 3D45A 3RMAA 4EZ6A 4G1QA 1SL2A 5SZTA 1DTQA 2IAJA 1KSPA 3HJFA 3AVGA 1KLNA 1D8YA 5CZ1A 1FKPA 4DQPA 3SQ4A 1J53A 4DFKA 2QKKA 2AJQA 1RT5A 1VK0A 2QXFA 2EX3A 3OYEA 4BE2A 4GW6A 3P83D 4OLBA 1C1CA 4B9UA 3T19A 2O4GA 1JXEA 1QS4A 1T03A 4NYFA 4CJFA 4GMJB 3NH1A 2KFNA 4CJRA 3SPYA 2X78A 1TGOA 4ICLA 4PY5A 4CF9A 4FW2A 1CXQA 3LDSA 4B3OA 4H4MA 4CE9A 1JLBA 4RW8A 3OY9A 2HHSA 3EY1A 1YTAA 3CFRA 3SNNA 3LWLA 2HMIA 4Z4IA 3JSMA 1IKWA 3QNOA 3OYBA 4CF8A 2HNDA 3A2FA 3V9WA 4KTQA 1VRUA 3KLHA 3V9SA 3KLIA 3IG1A 2KZMA 3VQ4A 2YHBA 3VQBA 3NDKA 3NF8A 3OYJA 3CM6A 5HROA 4HVJA 3HVTA 2G8VA 4FXDA 3SCXA 1T7PA 4E19A 2KZZA 1RTHA 2Z1GA 3B6PA 4CJVA 2YKNA 3ALYA 4CFCA 4N41A 4NCBA 4CJ5A 3AA3A 3AVJA 3LAKA 3AVAA 1VSHA 3ZSOA 3OYDA 3V9ZA 2BDPA 3AO1A 3HM9A 4H8KA 4KV8A 4CJQA 3AVBA 2KW4A 3I0RA 3K58A 4CIEA 1BL3A 1VSDA 1TAUA 3WNFA 5FDLA 1X1PA 2ZQBA 3VA0A 1VSFA 4Z4HA 5E41A 3SUNA 1B9DA 1TK0A 2BANA 3DLEA 3T1AA 3VQ7A 3KK2A 3ZSVA 3O3FA 4FCYA 4CHZA 5I42A 1S1WA 1RT6A 2IOCA 4DSFA 4CF2A 4M3RA 1A5VA 1TL1A 3VQAA 3BDPA 2YNHA 4CHYA 4C8OA 3ZCMA 1HQEA 2D0BA 3ZT2A 1RT3A 4DS4A 5D7UA 3CYMA 1WNSA 2FC0A 4W5QA 3NE6A 1S1VA 3M8PA 4UQGA 3L2WA 3IS9A 4CJLA 4BDYA 4OJRA 3V9UA 5J2PA 3SPZA 2HNZA 2ZE2A 1LWCA 2BE2A 4CIGA 4AH9A 4F2RA 4FK0A 4KTZA 1FK9A 3HP9A 4M3XA 4Z4FA 2EHGA 1J54A 3LP2A 1BGXT 1U47A 1UWBA 4OGEA 4M41A 2I5JA 1T8EA 4DU4A 3DM2A 4PA1A 2FBYA 1BQMA 4C8LA 3G10A 3VQPA 1B9FA 3L8BA 3SJJA 1NK4A 1JL2A 3WNHA 4OPJA 3RWUA 2HHWA 2B4JA 2GBZA 2YNGA 1S1XA 3VQ8A 1S9EA 3AVHA 4DQSA 3L2RA 4I2QA 3OJUA 1W0HA 3JYTA 5JS2A 4FJXA 1K6YA 1O1WA 3C94A 1Z25A 4ID1A 3OYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXMB 4H0XB 1WYXA 1WOQA 1YUWA 4DQRA 2HHUA 4RUGA 4C0DB 2WUSA 3ZSYA 1IJJA 2I7PA 2PZ1A 4A4KA 3VQQA 4DQ8A 2RKIA 4M75B 3X25B 2K79A 3L2VA 4JD2B 2ZPGB 1OH7A 3MMVA 2BE9B 4JRQA 4YFUA 2JVVA 1CZAN 1WHMA 1P92A 3T9NA 5GMKi 1XI1A 1NG9A 1N6QA 3OYCA 3EE9A 5AQNA 4CFBA 3P39A 3M4YA 3TPQA 3THXA 1E3MA 3A8HB 3AVNA 4Z4CA 2FHDA 3VEXA 4M75F 3NFAA 2NLUA 1AHJB 3EH2A 1WXBA 1FMWA 1JLQA 2K57A 2JMCA 1MV0B 1HLUA 2FSKA 4F9OA 2V7ZA 3DAWA 3DLHA 2EIFA 1IGQA 3LP1A 3G6EQ 4BRNA 3G71N 5J26A 2F8TA 4F17A 1ZA1B 5IXBA 1UFFA 1Q86U 4KH4A 4IJNA 1SKWA 3I5RA 2FBVA 1W97L 5GAHP 2OPQA 4KB1A 3MWTA 3THKA 1PSFA 1ZXOA 1OOTA 2XY8A 1HYSA 1X69A 3CD6T 2JGUA 3M0PA 2LX9A 5KRTA 4KHWA 1ACMB 1RNHA 2ROLA 1NGHA 2OTJA 3GP8A 3D2EB 5BRDA 3CHWA 3ZSWA 3CCSA 1T6DA 1RDAA 4ISGA 4AM6A 2PYJA 4BUGA 4OX9K 4LFAK 2EKOA 4CZGA 2RD1A 3SEMA 3JCMd 4ISFA 3O8MA 2V51B 1V4SA 1VQ5A 1NK0A 2JM8A 3JCMP 1K73C 3AVCA 4J9CA 3M0TA 3MP1A 3ID6A 1M2VB 1BYMA 2XDBA 2DXBA 1HKGA 4HUEA 2CKKA 4PJNA 4AHTA 4RG8A 4Z88A 1VRTA 2QA4N 4GLMA 3VUBA 3R9PA 1SHGA 4JUVA 3SUPA 4RCBA 1VQ8Q 2QWMA 3IAYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5BRD A;  3CHW A;  3ZSW A;  3CCS A;  1T6D A;  1RDA A;  4ISG A;  4AM6 A;  2PYJ A;  4BUG A;  4OX9 K;  4LFA K;  2EKO A;  4CZG A;  2RD1 A;  3SEM A;  3JCM d;  4ISF A;  3O8M A;  2V51 B;  1V4S A;  1VQ5 A;  1NK0 A;  2JM8 A;  3JCM P;  1K73 C;  3AVC A;  4J9C A;  3M0T A;  3MP1 A;  3ID6 A;  1M2V B;  1BYM A;  2XDB A;  2DXB A;  1HKG A;  4HUE A;  2CKK A;  4PJN A;  4AHT A;  4RG8 A;  4Z88 A;  1VRT A;  2QA4 N;  4GLM A;  3VUB A;  3R9P A;  1SHG A;  4JUV A;  3SUP A;  4RCB A;  1VQ8 Q;  2QWM A;  3IAY A;  4C0D C;  3J81 E;  1NYG A;  2X4Y A;  1ARK A;  3EG2 A;  4OMP A;  3CFO A;  1ZBU A;  2K5L A;  3FE1 A;  1UEB A;  4M75 C;  3EG3 A;  3CD6 A;  1NBE B;  2LQ8 A;  2QYZ A;  2FEI A;  2NUB A;  3MO8 A;  3I8B A;  4PFP A;  3HK2 A;  4A61 A;  4CD3 A;  4J7F A;  4C23 A;  2F4V K;  4LSL A;  3C0C A;  3KXT A;  4AFU C;  3JCM V;  1OEB A;  3T3F A;  3AO5 A;  2RHK A;  3V1Q A;  1RI9 A;  1WX6 A;  2E10 A;  4ESR A;  1ZSG A;  1DKG D;  2M02 A;  4QQ6 A;  1WSE A;  3NGY A;  4OVL A;  2CP0 A;  4FJN A;  2X4W A;  2RQV A;  4J83 A;  2MF2 A;  4C1N I;  4LFC K; 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