4FW1A

Crystal structure of two-domain rsv integrase covalently linked with dna
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
218
structure length
210
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGDAFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVCRANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords Integrase
total genus 71
structure length 210
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 4fw1A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fw1A01
4CERA 4PUOA 1HQEA 1DTTA 4W5QA 2QK9A 2FBTA 1HYVA 4AHTA 1G15A 3OYMA 3K5NA 4BE0A 3QEVA 1C0MA 4YFUA 3O4QA 1RBVA 3VQ4A 3MEDA 1T03A 1RT5A 2NUBA 1C6VA 5D7UA 1W0HA 3DRSA 1WSEA 3ITHA 4RW6A 4DS4A 1LWCA 3SZ2A 1RDAA 4KREA 1KTQA 1O1WA 3CYMA 4KO0A 4CJ5A 4EP5A 1RDCA 5FDLA 4OJRA 3DRPA 2KFZA 3CM5A 4J2EA 5KTQA 4CEDA 3TARA 1J53A 1FK9A 3QNOA 3PY8A 1WSGA 2OA8A 5SZTA 1KVCA 2X6NA 2Z1HA 3AA5X 4DTXA 1L3VA 1KSPA 3DOLA 3VA0A 2DFFA 4TSXA 3HL8A 4GW6A 1TKTA 1VRTA 5DK5A 1DLOA 3WNGA 4CGDA 4KKOA 4FJNA 3ISNC 3U3YA 2F8TA 2QXFA 4ELVA 1C0UA 5JS2A 1ASWA 3HP9A 4CJRA 3K58A 4JS4A 4B9MA 2HHUA 3TI0A 4B9NA 1KFDA 2D5RA 1JLGA 3NCIA 3NH0A 4FJGA 4B3OA 4G1QA 1VSHA 4CHNA 3D0PA 4FW2A 3LDSA 1YT3A 3HP6A 3LP0A 4CJTA 3O3HA 3NE6A 4HHTA 1KLNA 4M45A 2F8SA 2KW4A 1J9AA 1HQUA 1D9DA 3G0ZA 4FM0A 4FJ8A 5CYMA 4RW4A 1REVA 3C6TA 3I0SA 1QQCA 4CEBA 3SYZA 2YNHA 3QEIA 4ZTFA 4OVLA 4E7LA 4AH9A 3NFAA 4Y1DA 4DSFA 4R5PA 1IG9A 3JYTA 3CM6A 4F3TA 3KLHA 1Z26A 4EP4A 4HUEA 3U6FA 4O0JA 2PZSA 3O4NA 3NDKA 4FJ9A 1TK0A 3B6PA 2X6SA 3KK1A 1N5YA 2YNFA 1S6PA 4CF9A 1TV6A 5C25A 4W5RA 3L2QA 3L2UA 5J1EA 4JS5A 2E4LA 3OS2A 1I3AA 3AA4A 4CJVA 2W42A 2IS3A 3NF8A 1ASUA 1R0AA 2GV9A 3ZSXA 4B9SA 4KHNA 2GBZA 3PV8A 1S1UA 4ID1A 4DTUA 4CJUA 4E19A 3AO3A 1X1PA 3RR8A 4NYFA 4LY7A 1LWEA 1S9EA 2I5JA 2BGGA 1HPZA 4PQUA 4E7JA 2YHBA 1KRPA 4C8LA 4KHSA 1NK5A 2OPSA 1KLMA 4FJXA 4CEEA 4DSEA 4DS5A 3AVJA 1RBRA 1HNIA 2R7YA 4BDZA 1BCOA 2O4GA 4GMJB 4H4MA 4AHVA 2G8IA 4KFBA 2IOCA 4FJMA 1T05A 3TAGA 2IC3A 4N56A 3S3OA 5HRNA 1ZBFA 4CJWA 2B5JA 1VRUA 3KD5E 4KTQA 1Y97A 1VSKA 4CK3A 3LAMA 3NF9A 2XY5A 2G8WA 1JXBA 4OKJA 3NHGA 4HUFA 3LZJA 2DY4A 4EZ6A 3HVTA 2HVHA 1A5WA 2XO7A 2WONA 3ZSRA 3SUPA 1I39A 4GVMA 3THVA 2HHVA 4CHQA 2HHQA 1IHVA 4CJQA 1TVRA 4KI6A 2B6AA 3VQ9A 4HVJA 4CJFA 3C94A 1WSJA 4IFVA 4CJKA 3V9ZA 3HT3A 1UAXA 3VQDA 2YKNA 5HBMA 3LWMA 4RG8A 1X9MA 2KZZA 1BQMA 2LSNA 1S5JA 1WSFA 4CFDA 3SPYA 1BQNA 4BWJA 3SQ4A 4F8RA 2D0BA 4NCBA 2DTUA 3AVKA 4CECA 2RKIA 3OYEA 4DSJA 3KLFA 4DFJA 2G8KA 3OS1A 3OYKA 3NGIA 1J5OA 1C0TA 1RBUA 1RTHA 3IS9A 3VQAA 2KZMA 1RTDA 3DLHA 1EX4A 1C1AA 4E89A 3OJSA 4FLXA 4K8XA 3V1RA 1RT1A 1QMCA 2HNYA 3M8PA 4KV8A 4AHUA 3VA3A 5I3UA 4F2SA 3NH1A 2Z1IA 5KGWA 4KHWA 1C6VX 5CY4A 5KRSA 2XHBA 4DLEA 3IG1A 3K5OA 3LPUA 3MEGA 2HW3A 3ZSYA 1NJYA 3ZSVA 4CFCA 1C1BA 1JLBA 3KLEA 5CYQA 3F73A 1SUQA 5J2PA 4ZTJA 3T1AA 1VSJA 3RWUA 2VWKA 3HM9A 1BISA 1UA1A 4CK2A 3NF7A 3OYIA 3OJUA 3FFIA 4I7FA 3HPOA 3AVNA 3CFOA 3K2PA 3LALA 1C1CA 4O5BA 3WNEA 4BE2A 1RNHA 4LH4A 1WN7A 4O55A 4OGEA 3VQBA 4IDKA 1IKYA 4CIGA 3OYDA 3SUOA 4N41A 1RBSA 3AA3A 4KB1A 2VG6A 2DFHA 2Q3SA 1SL1A 4FZZA 3HO1A 3L2RA 3AVIA 4FYDA 1A5VA 1TL3A 1D9FA 2G8HA 1JLEA 2JLEA 1Z25A 3M8QA 3M8RA 3NBPA 3MXIA 1HNVA 1ZYQA 4PA1A 3RTVA 5KGXA 4CEQA 5DMRA 1KVBA 4CESA 3QINA 3QETA 1N6QA 2F96A 1HYZA 3K59A 3LP1A 2HNZA 2YKMA 2FBXA 4BWMA 4EZ9A 3SQ0A 1IKVA 4CFAA 3VQ8A 1SKWA 4M3XA 4W5TA 4KHUA 4J2AA 3ALYA 5HROA 1CXUA 1U04A 3A2FA 5SWMA 1MU2A 4N5SA 3UIQA 2HHWA 3DM2A 4IKFA 4DU3A 1YTUA 2D0CA 3LANA 3HJFA 3WNHA 4DQPA 4KAZA 1B9DA 4N47A 4DF8A 2IGIA 1KFSA 5CZ1A 2P5GA 1FXXA 3CFRA 1ZBIA 3VQ5A 4B9TA 5EU7A 4E7HA 1TK8A 2A1RA 2OYQA 1S6QA 1GOCA 4E7IA 5FRMA 4FW1A 3AO4A 3OS0A 1X9SA 3AVCA 2X74A 3SNNA 1T7PA 4FJ5A 1WLJA 1TL1A 1YTAA 3ZT0A 3P1GA 1CZ9A 4ICLA 3DLRA 4CJ4A 4DQQA 3RMBA 2BE2A 4F3OA 1WNSA 4CGJA 3OYNA 1RCHA 3CG7A 3DOKA 4DTMA 3KTQA 3MAQA 5I42A 2HHXA 1VSLA 1BCMA 2RPIA 4JLHA 3QNNA 3OYHA 3SQ2A 4CEOA 4DTNA 3BDPA 1RT2A 4Z0UA 3VQQA 1IH7A 3QEXA 1ZBLA 3V9XA 1TK5A 3H08A 5KI6A 2ZD1A 3LPTA 5J2MA 4CGFA 1EKEA 4DTOA 2OPQA 2VG5A 3OYAA 1UOCA 2B4JA 2HNDA 3MXJA 4RW8A 1NOZA 1NJZA 1RILA 1Q8IA 2P51A 2YNIA 1QSYA 1VSIA 4O0IA 3CFPA 4CCHA 4Z4EA 3AV9A 1TKZA 4AILC 4CE9A 1VK0A 2ETJA 3HSTB 3LP2A 4HCBA 1F21A 4B9UA 4CJ3A 1VSDA 3VQCA 4W5OA 3L2WA 2PYLA 4FJKA 1SV5A 3RMAA 4Q0BA 3F9KA 3OYJA 4BE1A 2Y1JA 2GUIA 4UQGA 1ITGA 1L5UA 1TAQA 4W5NA 4J2DA 1BHLA 3OYFA 1RDBA 3L2VA 1RT7A 3NH2A 3EZ5A 3MXMA 4FJIA 3AVAA 3BGRA 1NK6A 1NKBA 1XHZA 3MECA 4CEAA 5FRNA 4DG1A 4HUGA 3SV3A 2VG7A 4LD0A 4OKEA 3WNFA 3AA2A 5JS1A 4FLUA 4FZXC 2G8UA 1JLFA 1YVUA 4CHPA 3U3GA 2Z1JA 4RW9A 2EHGA 4LH5A 4BACA 4DTSA 4CIEA 4OLBA 2IAJA 3OY9A 2XRIA 3TWHA 4CF0A 2PYJA 4L8RB 2RF2A 4H8KA 4IBNA 3KLIA 3O3GA 4CEZA 4DSLA 3QO9A 3M8SA 4DLGA 3QEWA 3SV4A 4NYNA 5J2NA 3E01A 4M3RA 4M42A 4ID5A 1B92A 3DLGA 1FKPA 4DQRA 3HYFA 4IG0A 1TAUA 3OYBA 3QIOA 4Q5VA 3TAPA 4B8CA 3KLGA 4YNQA 4KHYA 1T8EA 4AHCA 3ZSWA 4CGIA 5HRPA 4FCYA 4I9LA 4FLYA 4FLTA 3PX6A 5HLFA 4Z4CA 4FJHA 2ZE2A 3RMCA 3DYAA 3SI6A 1NOYA 4CF2A 1IKXA 1WAJA 2OPRA 4DWIA 4FJ7A 4CF1A 1JLAA 3VN5A 2P1JA 4E7KA 3ZT3A 3KKRA 1RTIA 1EETA 5J2QA 1A5XA 1B9FA 3TR8A 4KPYA 3TAFA 3T19A 2KTQA 2AJQA 4FM1A 4DQSA 1XC9A 4Z4IA 1KCFA 1W9HA 2HVIA 3V9WA 3PUFA 3HVRA 4CJPA 3DLBA 1JLQA 3ASMA 1NK4A 1NJWA 1S1VA 3B6OA 1L3TA 3KJVA 3AVMA 1U49A 4JRQA 3V4IA 1SL0A 2Z1GA 4CJLA 1U45A 4Z4HA 3NAEA 2EX3A 3LZIA 3ZT1A 3CQ8A 1KVAA 3QIPA 2HB5A 1UWBA 4Y1CA 4M3WA 4KRFA 3QEPA 3P83D 3KKSA 2RN2A 2BANA 3DI6A 4OPKA 4HCCA 1XHXA 3C6UA 4CHZA 4CFBA 1S1TA 2O4IA 2OZSA 4DU1A 4LSLA 1SKRA 1RBTA 3OVNA 4DFMA 2YV0X 4E3SA 1CZBA 1L3SA 1D5AA 3PO5A 4FXDA 1K6YA 3OYCA 4BDYA 2FC0A 5C42A 3SJJA 1Q9YA 3RR7A 2HMIA 5K14A 1WAFA 1NKCA 1NJXA 1RT3A 4FJJA 3G10A 1NK8A 3KD1E 1HRHA 4Z4GA 1NK7A 3HK2A 4FK2A 4NCAA 4F4KA 4PY5A 1RT6A 2A1SA 3NGZA 4E1NA 1VSMA 3L3VA 4QAGA 3PO4A 1JXEA 4M41A 2YNGA 3VQ6A 1L3UA 3V1QA 3K5LA 2OZMA 1BGXT 4DMNA 2JGUA 2FBVA 3QESA 2ITGA 3NGYA 4BDPA 4QCLA 1U47A 2BDPA 1EXQA 4KB0A 1TGOA 3JSMA 3S3MA 3TAMA 3V9SA 1LW0A 4FLZA 3SCXA 1NKEA 1HJRA 1GOAA 1S9GA 3KK2A 3VQEA 2ATQA 2IDOA 3IRXA 1U4BA 4FVMA 3LWLA 3ZT4A 2P5OA 1TKXA 3DLEA 4QOZB 1BL3A 3AVBA 4I2PA 4DFKA 1HMVA 3ZSOA 4JRPA 3QERA 3SQ1A 3T3FA 1S1XA 3RRHA 1CXQA 1QS4A 3HPHA 3LP3A 4M3TA 4C8NA 3AVGA 3SUNA 3RMDA 1BI4B 2QKBA 4H4OA 1ZBUA 1NK9A 4M3UA 3O3FA 1UA0A 1BIZA 3C95A 4KHQA 5CZ2A 3EYZA 1QSSA 3V9UA 1QSLA 3ZSQA 3EY1A 4DTJA 3DRRA 4K8ZA 4N76A 4Z4FA 2QKKA 3TABA 3K57A 3AO5A 4ELUA 1QHTA 4OPJA 1X9WA 4FM2A 1WSIA 5HRRA 1QE1A 4CGHA 2FBYA 1LAVA 3VQPA 2D0AA 3AVLA 3K5MA 4HTUA 3PX4A 2G8VA 1WSHA 4FK4A 1ASVA 2YHAA 1LV5A 1ZBHA 3PX0A 1SKSA 4B9LA 1RDDA 3MEEA 4MQ3A 4WE1A 1BIUA 4IG3A 4CIFA 2HHTA 4I2QA 4XIUA 1XI1A 1JL2A 4FK0A 1IKWA 3ULDA 3L3UA 3VQ7A 4B9VA 4AHSA 1RTJA 1JL1A 3QLHA 1Q9XA 4FZYA 4CHOA 5KRTA 1SL2A 1LAWA 4IFYA 3L8BA 4DF4A 1XWLA 4FLWA 4NCGA 3HXMA 5D3GA 3AVFA 1U48A 4ZHRA 2ZQBA 2KFNA 1IHWA 2E6LA 3LAKA 4OGCA 1QTMA 1S1WA 4O4GA 4E1MA 5HP1A 4C8OA 4FLVA 3V1OA 5HRSA 1FKOA 4C8MA 3RRGA 4CF8A 2XY8A 2VWJA 2XY7A 2XY6A 5T7BA 1TKDA 4M3ZA 3D45A 1LWFA 3OYGA 1VSEA 2KQ2A 3I8DA 3DLKA 3HPGA 4C8KA 2DFEA 4MFBA 4CHYA 3SPZA 3KIOA 4PWDA 4FJLA 2E6MA 4DU4A 4DFPA 1LW2A 3KK3A 2X78A 3I0RA 4LSNA 3V81A 3S9HA 1HYSA 1EP4A 1GOBA 2PY5A 4CGGA 4M3YA 4CEFA 3NF6A 3DMJA 3IAYA 3V6DA 3ZT2A 5FROA 3TANA 4E0DA 4F2RA 4RW7A 4CK1A 1JKHA 4I9QA 4KTZA 4DTPA 3S3NA 3SUQA 1DTQA 3ZSZA 1D8YA 1NK0A 3P5JA 1JLCA 4DTRA 3TAEA 2HHSA 2WOMA 1VSFA 4OKKA 4DSIA 4B08A 5C24A 3AO1A 4CJSA 3TAQA 4DQIA 4CJEA 4J2BA 4O44A 4DSKA 4B8AB 5E41A 1BI4A 4ELTA 4AHRA 3AVHA 4KI4A 2Y1IA 2G8FA 4OLAA 1IO2A 1J54A 4KTWA 3OYLA 2OPPA 1CLQA 1RT4A 3ZCMA 3AO2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CERA 2WACA 4AFZC 1AZGB 4JYAK 1OULA 1G15A 4PWDA 3M55A 1Q82C 3JAME 3O4QA 4YFUA 3CXCM 2WC9A 2NUPB 1RT5A 2XK0A 2NUBA 2ZJPL 1WSEA 3ITHA 3FZFA 4RW6A 1RAIB 3UB5A 5M1KA 3SZ2A 2KQWA 1KTQA 1O1WA 3CCVQ 2P0KA 3DRPA 2KHOA 1VQKT 2KFZA 3HRGA 1YJ9Q 5CKHA 1EZZB 2PNIA 2V51B 4BB7A 3LW5E 2Z1HA 2EQUA 4JKHA 2O8BB 1VQPQ 3KUFA 4H5TA 1L3VA 5GANg 4C92A 1QVFA 4WCIA 3HBTA 5FU7B 4TSXA 1ZA1B 2C0IA 3HL8A 2QA4T 4IOAL 4FJNA 2LNVA 2QXFA 3IQLA 1C0UA 4JS4A 1ASWA 4WQ5A 5JS2A 4YTLA 4LNPA 3DLLL 4B9NA 1M8VA 3X26B 1KFDA 2D5RA 1W1FA 3QBYA 3RKXA 1GL5A 3CCRQ 4FJGA 4H0VB 1NG2A 3VRZA 5GAMd 4FL6A 1W6XA 5EG2A 3UKRA 3O3HA 1HD3A 1TH7A 1E4GT 2F8SA 4M7XA 3E2UA 1HQUA 4FM0A 2W40A 3QEIA 1REVA 3C6TA 3CC2N 5LJ3d 3O9TA 3AHUA 1J6ZA 3CF5L 5GAMf 3FJ5A 1Q7YU 3KLHA 3TREA 3U6FA 2PZSA 3CCJT 2YJEA 4FJ9A 2X6SA 2YCHA 1MV0B 3KK1A 5LJ3f 4ISFA 3PMIA 3L2UA 3L2QA 4LDWA 1NE8A 2QWRA 3OS2A 1M1KO 1YIJT 5IT9O 2E6ZA 3CEYA 5LJ5d 2IS3A 1ASUA 1R0AA 1S1NA 2GV9A 4B9SA 2FZGB 1KQ2A 1OKJA 1BUPA 3S41A 2KLAA 3AO3A 3WXMB 1E3MA 4WTOB 3EH2A 4DA4A 3A98A 4B3SK 5BRFA 2YHBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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