4FW1A

Crystal structure of two-domain rsv integrase covalently linked with dna
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
218
structure length
210
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGDAFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVCRANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
total genus 71
structure length 210
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 4fw1A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fw1A01
3EY1A 1RDDA 3MXJA 4MFBA 1VSFA 4O5BA 1R0AA 4HTUA 2G8UA 1SKSA 4FW2A 1CZBA 2IC3A 1BCMA 2JLEA 2OA8A 3MXMA 4F8RA 2PYLA 3NDKA 1NJYA 1CLQA 3ISNC 3OYJA 1SL1A 4RW7A 5HRSA 1BIZA 3V1OA 3A2FA 3SI6A 1XHZA 2F8SA 3V6DA 4CFDA 4DTPA 1RDCA 3RRHA 3HPHA 3QERA 4OKEA 4AHCA 5I42A 2I5JA 4E7JA 1FKPA 3NF9A 2G8HA 4M3UA 4CHOA 4IDKA 3VQ5A 2B6AA 3RRGA 4IFYA 3CG7A 3SUPA 3FFIA 3M8PA 2OPPA 3B6PA 1S1TA 4QAGA 4B8AB 2X6SA 1BL3A 4LH4A 4CF1A 5HLFA 2F96A 4ZHRA 1NK7A 3ZSXA 1KSPA 1RCHA 1WSGA 4FJ7A 4KHWA 4OKKA 3AA4A 4E89A 4CGHA 3KLHA 1TK0A 3QNNA 4CF8A 4FM2A 4NCAA 4FZZA 1ASVA 4CHYA 4CHNA 1VSKA 3TAMA 1ZBUA 4DQIA 1VRTA 3VQ4A 4CGGA 3ZSVA 3ZSWA 5KGXA 1T05A 1KLNA 3SV4A 2YKMA 2HNYA 4GMJB 1ZYQA 4CIGA 1IKVA 2FBXA 3TWHA 4BACA 4DF8A 3OS0A 3RTVA 3RWUA 1VSMA 4AHUA 1WAJA 2WONA 1SL0A 1RT7A 1LW0A 1IG9A 4B9NA 1U47A 3OYHA 4KHSA 1Z25A 4CFAA 4DTMA 3QLHA 2Y1JA 5C24A 1HYSA 3KTQA 5DMRA 4CJLA 1JLBA 4CGIA 3VQ8A 4FM0A 4ZTJA 1C1BA 1NK5A 4FZYA 4N76A 3VQ7A 4K8ZA 1D9DA 3OYIA 3AVBA 4KREA 1RT3A 3AA5X 4L8RB 1LWCA 1HPZA 2YNIA 1VK0A 3ZSZA 2PZSA 1QQCA 1WSHA 4DS4A 4EZ9A 3NGZA 4KTQA 4K8XA 3SQ1A 4ELUA 4I9LA 1NJWA 3HPOA 3O4QA 1NKEA 1NOZA 4WE1A 4O55A 4FW1A 3IRXA 4Z0UA 4KHQA 3CFRA 1CZ9A 1QE1A 4F2SA 3QESA 1U04A 3DYAA 3F9KA 2ZQBA 3AVJA 3LALA 3OVNA 4CECA 3SQ0A 3ZT4A 4RW6A 3K5OA 4HCCA 1LW2A 4PQUA 4M42A 4OLAA 3AVAA 4B8CA 3PO5A 1QMCA 1HJRA 5SZTA 3BDPA 4FM1A 4OJRA 1Q8IA 4MQ3A 3RMBA 2PYJA 3ZSYA 3IAYA 3ULDA 3SQ2A 3UIQA 1QTMA 3ZSOA 4CJPA 3TI0A 2LSNA 3VQ6A 1BI4B 5J2PA 3K2PA 3LP1A 2OPSA 4NCGA 3L2RA 1TK8A 4NCBA 3VA3A 4C8NA 4CJWA 3NF7A 1S9GA 3AO5A 3OYNA 3V9SA 2ZE2A 2JGUA 3E01A 3CFPA 2GUIA 4AH9A 4CJ4A 1X9MA 2IDOA 3KK1A 3D0PA 1ZBFA 3HL8A 2IOCA 4M41A 2P1JA 1NOYA 1Y97A 4CEOA 1X9SA 4KB0A 2DFFA 3P83D 1RNHA 4FCYA 4B9MA 4KTWA 4DSJA 2Q3SA 2HMIA 1HQEA 1DTQA 1ASWA 4KPYA 1B9FA 4CJUA 3TABA 3LAMA 5FRNA 4FK0A 3RMCA 3ASMA 3LP2A 3HO1A 2X78A 4CGFA 2YV0X 3DLBA 4E3SA 1LWFA 4DQPA 3LPTA 4IG0A 4E19A 4DFPA 1JKHA 4GW6A 1QHTA 1D8YA 4PY5A 1IKXA 4JLHA 2ATQA 1QSLA 4BDPA 3SUOA 5HROA 5KGWA 3VQ9A 3VQCA 3TAGA 1ZBLA 3K5LA 4KFBA 3NF8A 4ELVA 1RTDA 5HRNA 1TKDA 1KRPA 4F3TA 4ID1A 3KK2A 2YHBA 3AVIA 1TL1A 4FJKA 1I3AA 3MEGA 3AVFA 1N6QA 1WSJA 2HNDA 1VSIA 3LZJA 3HT3A 2VWJA 1ASUA 3THVA 3SCXA 4FLWA 4CK1A 4I9QA 3TR8A 3DM2A 4CF0A 4J2BA 3K57A 1F21A 4CK2A 3OYEA 1DLOA 4DS5A 2KZZA 3SUQA 4QOZB 1WSFA 4QCLA 3PX4A 4CFCA 4W5TA 1U49A 2W42A 2XY8A 3WNHA 4CGJA 4FJMA 2RF2A 3PV8A 2O4GA 3OJUA 1TV6A 4DTNA 1SKWA 3QINA 1U4BA 2O4IA 3SV3A 1LAVA 2IS3A 4CJ3A 3KD5E 3DRRA 3OYMA 4HVJA 4CHQA 4KHNA 4KRFA 1IKWA 4CGDA 4FK4A 5JS2A 3L2VA 2BGGA 1YTAA 2D0CA 3VQPA 4FJNA 4W5NA 1VSJA 3SNNA 1JLAA 3S3OA 3LWMA 4JRQA 4BWMA 1EX4A 1S6QA 4OPKA 3CQ8A 1WSIA 2KW4A 3S3NA 3DRSA 3RR7A 3CM6A 3RMDA 1RBUA 4Z4CA 1JLFA 1MU2A 3F73A 3TAQA 3C94A 2D5RA 3V1QA 3K5NA 3AO4A 3QEXA 4YFUA 1KCFA 3O3HA 3V9XA 4OGCA 3NF6A 4BDYA 1RTHA 4DU3A 1X9WA 1L3SA 1L3TA 2A1RA 4AHRA 1B9DA 1WLJA 2Z1JA 1W0HA 2YKNA 3QETA 3K5MA 2ZD1A 2D0BA 2HNZA 3NH0A 4Z4EA 4Z4FA 3OS2A 3WNGA 1YVUA 2FBVA 2GV9A 2YHAA 1TKTA 4N56A 4M3WA 3KLFA 5DK5A 4AHVA 4E0DA 4E7IA 2KFNA 1J9AA 1RTJA 3KLGA 1C1AA 1JL2A 4IG3A 4FJ8A 3VQEA 1T7PA 2YNHA 4XIUA 1VSHA 3NH2A 1HQUA 4DU1A 5FRMA 1JXEA 2KQ2A 3BGRA 3DOKA 2P5OA 4NYNA 2KFZA 1XWLA 1S1XA 2RKIA 4N47A 4JS4A 3LWLA 3HK2A 1C0MA 3ZT0A 4KAZA 4M3TA 3SUNA 3NHGA 4HCBA 3EZ5A 4I7FA 3V81A 1KVCA 1TL3A 4E1MA 3AVCA 4E7LA 2QXFA 1HMVA 3AO2A 4H4MA 1D9FA 1RT2A 2VG5A 4KB1A 4PWDA 3P1GA 4KTZA 1GOAA 1CXQA 4DSEA 4TSXA 1HYVA 4CHZA 3VQDA 1NJXA 2A1SA 5E41A 1RBRA 2HHXA 3DLRA 3NGIA 1A5VA 4ID5A 3ZSRA 1B92A 3QIOA 3AVNA 1RBSA 4DLGA 1LAWA 2Z1GA 3AVLA 3U6FA 3O4NA 3JYTA 4KKOA 3AO3A 5J2QA 1J5OA 4EP4A 3QIPA 4HUGA 3QNOA 1VRUA 1WNSA 4CJTA 3I0RA 4FJLA 3O3GA 3MAQA 2XY6A 3ZCMA 4M3XA 1TAUA 1RBVA 3VN5A 1NK0A 3VQQA 4AHSA 1QSSA 4CJVA 3L2QA 3RR8A 4FLTA 4G1QA 4DTOA 3MXIA 2FBYA 3DOLA 4RW9A 4KHYA 5HRRA 1VSEA 3NAEA 2KZMA 4CEEA 1A5WA 4DSIA 3ZSQA 4KI4A 4CJ5A 1NKCA 4O0IA 1FK9A 3OYCA 4FLVA 1TKXA 3AO1A 3CYMA 1S5JA 4DWIA 2VG6A 3AA3A 1LV5A 3VA0A 1S1WA 2HB5A 2VG7A 5HP1A 2HHSA 3ZT2A 4OVLA 1Z26A 4B9LA 4FJXA 3TARA 2HHQA 1RDBA 3D45A 2YNFA 2OZSA 4J2DA 3NBPA 4HUFA 4C8OA 2FBTA 4CJEA 4CEFA 4CIEA 4DFJA 4J2EA 1HYZA 4N41A 1IHWA 1RBTA 1S1VA 3MEDA 1VSDA 5C42A 4HUEA 3CM5A 3NE6A 3PX6A 1T03A 3L3UA 4Z4GA 4EZ6A 3I8DA 2OYQA 4DQSA 4FLUA 3DLGA 3AVGA 1BQMA 4C8KA 4DSKA 4R5PA 1NK4A 1EETA 1UWBA 2XY5A 3SYZA 4DFKA 2HHVA 3DLKA 3AVHA 2NUBA 5C25A 1S6PA 5J2NA 2XY7A 4FVMA 3SPYA 4Q5VA 3NCIA 5SWMA 5D3GA 2ITGA 1NJZA 1JLCA 1C0TA 3AVMA 2HW3A 4BE0A 4OGEA 4LD0A 1IH7A 4B3OA 3DI6A 1Q9XA 4IFVA 1RT1A 2G8IA 2BDPA 3VQBA 3HM9A 1NK6A 3L8BA 1SUQA 4M45A 4CEAA 1IO2A 1A5XA 4O44A 4AILC 3HSTB 4IBNA 1W9HA 3CFOA 3HPGA 2HHTA 5I3UA 5JS1A 5CZ1A 1TK5A 4FLZA 1X1PA 2BE2A 2QKKA 4N5SA 1VSLA 2HVIA 4I2PA 1D5AA 4CERA 2Z1HA 4FYDA 1JLEA 4CJQA 4F2RA 4OLBA 3PY8A 4UQGA 4DF4A 3QEPA 3OYKA 4F3OA 4HHTA 1J54A 1G15A 3G0ZA 3H08A 3AV9A 1NK8A 3NFAA 4NYFA 1C1CA 4BDZA 3LDSA 1UA1A 1ITGA 1S9EA 4W5OA 2F8TA 1LWEA 2E6LA 3RMAA 4ELTA 2X6NA 3I0SA 5T7BA 3AVKA 4C8MA 3SQ4A 1WSEA 2OPRA 1XC9A 1C0UA 4CK3A 2PY5A 4Z4IA 4M3RA 3NGYA 4E1NA 4B9UA 2IAJA 2QKBA 1TAQA 1KTQA 3S3MA 5CZ2A 2G8WA 2D0AA 4CFBA 1KFDA 3U3YA 1BGXT 4FXDA 4FLYA 2XHBA 3DRPA 1WN7A 3L2WA 1JXBA 3OYGA 1KVAA 4GVMA 1TGOA 4CIFA 3TAPA 1J53A 4DTSA 1NK9A 3QO9A 4H8KA 4CEDA 3KK3A 4BE2A 4M3ZA 2DFHA 3K58A 3TAFA 3SZ2A 1DTTA 3V9WA 3HJFA 4BWJA 1GOCA 1HNIA 3HP6A 3G10A 5KRSA 4CESA 3KD1E 3P5JA 5FDLA 2DFEA 4JRPA 5FROA 3DMJA 3V9ZA 1SKRA 3WNEA 3ALYA 4CF2A 4JS5A 4CHPA 2BANA 3L2UA 2B4JA 3HVRA 3C95A 2EX3A 5J2MA 4H4OA 3ZT3A 4CJRA 3QEVA 4FJIA 1SV5A 4FJGA 4FJ9A 1RT5A 1L3UA 3KJVA 5D7UA 4B9TA 4LH5A 3SJJA 4B08A 4DFMA 4DTRA 3WNFA 1BISA 4LY7A 4CEBA 3O3FA 3HXMA 5EU7A 3QEIA 1JL1A 3L3VA 3NH1A 1I39A 3IS9A 5CYMA 1KLMA 4B9VA 1N5YA 4PA1A 3TAEA 1KVBA 1EXQA 1RT4A 4FK2A 3M8QA 3K59A 1HRHA 3HVTA 3HP9A 3KLEA 3AA2A 3M8RA 4LSLA 4CEQA 5CY4A 4DQRA 1RT6A 2ETJA 3VQAA 4RW4A 2G8VA 2OZMA 4CJSA 3V9UA 3OS1A 1XI1A 1O1WA 2B5JA 4W5QA 4B9SA 3KKSA 2G8KA 4RW8A 3PX0A 3DLHA 2VWKA 3OYAA 4OKJA 1C6VX 4DSFA 1BQNA 2YNGA 1IKYA 5HRPA 3V1RA 1JLGA 4KHUA 1KFSA 1UA0A 1UAXA 2RN2A 1TKZA 3KKRA 3QEWA 4KO0A 3PUFA 1EKEA 3OY9A 3TANA 1RTIA 4Z4HA 4E7HA 4PUOA 4ZTFA 4O0JA 2XRIA 2E4LA 3LPUA 2HHUA 4F4KA 3T19A 1C6VA 2EHGA 4DLEA 1UOCA 4E7KA 3LAKA 4LSNA 1NKBA 3T3FA 5KI6A 2DTUA 2DY4A 2R7YA 4DSLA 4DMNA 4DTUA 4DTJA 4W5RA 3EYZA 4J2AA 1WAFA 1FXXA 1BCOA 4IKFA 1U45A 3ZT1A 3LZIA 2OPQA 4RG8A 2IGIA 4KI6A 3HYFA 2HHWA 1CXUA 1S1UA 4AHTA 1RDAA 3KLIA 5J1EA 3PO4A 4FJ5A 1ZBIA 4KV8A 3ITHA 4M3YA 1YTUA 3S9HA 1TVRA 4EP5A 3M8SA 1IHVA 3LP0A 3LP3A 2G8FA 4OPJA 3OJSA 2FC0A 5KRTA 2Z1IA 3JSMA 1QSYA 1QS4A 3LANA 1HNVA 3OYFA 1GOBA 4CF9A 1YT3A 1JLQA 3U3GA 2XO7A 4DU4A 4C8LA 2KTQA 1K6YA 2WOMA 3T1AA 2P5GA 4ICLA 4CJFA 4Y1CA 3C6TA 4CJKA 1U48A 3OYDA 4I2QA 1REVA 4FZXC 2AJQA 2E6MA 1XHXA 3OYBA 1T8EA 1SL2A 4O4GA 4CE9A 4YNQA 3OYLA 3DLEA 5K14A 4DG1A 5KTQA 3SPZA 2RPIA 1FKOA 1L5UA 4CCHA 2QK9A 1BIUA 4FJHA 2HVHA 1BHLA 2P51A 4Y1DA 1L3VA 3IG1A 1ZBHA 1EP4A 1BI4A 4DTXA 4FLXA 5HBMA 2Y1IA 4CEZA 2GBZA 5CYQA 3MECA 4BE1A 4FJJA 3KIOA 1Q9YA 3V4IA 4Q0BA 2X74A 4DQQA 3B6OA 3MEEA 3C6UA 1RILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0XB 3M5AA 3RMQA 4MFBA 4GBQA 5BRDA 3ID8A 4V2SA 1OU8A 4H0TB 4HTUA 2G8UA 3DLMA 3GOXA 2DL7A 1TS9A 2PYLA 1CLQA 2P9SA 3ISNC 5CQYA 3SWNB 3OYJA 3PTAA 2KDSA 2OAWA 1G83A 1GLCG 4FWPA 2V7ZA 3A2FA 4JD2A 3V1OA 2GTOA 1G99A 4DTPA 3MCAB 1XHZA 4B1WB 1X6OA 5I42A 1V29B 4DBHA 2I5JA 5AQZA 3G71N 2G8HA 2O8BB 2RI2A 3JCMc 4HCZA 3ATUA 3RRGA 3CG7A 4B8AB 3META 3B6PA 4QAGA 5C12A 4ZHRA 1M90U 1RCHA 1WSGA 4PJOD 4DR4K 1H3HA 1WJRA 4CGHA 4UY8O 4JLIA 3PE0A 3CCUA 4MDXA 4PJOB 5KYWB 3NTIA 4FM2A 3PNWC 1K4US 4EDUA 1QKXA 4B6MA 1VSKA 1XQSC 1ZBUA 3TAMA 1VQON 2RI3A 1YIJT 1BKBA 3GBQA 1AWWA 4CGGA 1EO1A 2RI5A 3VGKA 5KGXA 1T05A 3UDCA 2BZYA 5CAIA 1OYXA 2QEXA 4LDUA 1KD1R 3QBWA 4AFQC 1ARKA 4CIGA 3RTVA 2K2VA 4AHUA 1NG9A 4E7ZA 4M77F 3A5MC 4J9DA 1IG9A 4BY6C 4YDUC 2VYPA 1G5VA 4CFAA 4DTMA 3S41A 1RI9A 5FLXE 4LUDA 2FB7A 4ZTJA 4CGIA 4CJLA 2P9LB 1WIEA 3CCEQ 3AVBA 4L8RB 2R5MA 2YNIA 5GAGP 4HXJA 2GUPA 2EQUA 5CHIA 2P9KB 3TU4K 5A2QE 3BDLA 1NOZA 4WE1A 1NKEA 5GAMf 1N9SA 2QDLA 2ITMA 3CFRA 4M78D 4XH5A 1OKJA 4F2SA 1U04A 3DYAA 1Z9QA 1MMGA 4Y92A 3AVJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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