4FW1A

Crystal structure of two-domain rsv integrase covalently linked with dna
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
218
structure length
210
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGDAFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVCRANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
total genus 71
structure length 210
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 4fw1A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fw1A01
1JLCA 1VK0A 4NCAA 3NF7A 4FJLA 2PZSA 4DS4A 4FJHA 3WNFA 1ZBIA 3DLEA 5E41A 4DLGA 3SQ0A 1TKTA 1JLBA 4DTSA 4OPJA 3NAEA 4C8KA 1BCOA 2FC0A 4Z4IA 2JLEA 4FZYA 5J2PA 1YTUA 1D8YA 4B9SA 1YTAA 1DLOA 1HNVA 4JS4A 2OPRA 4KHSA 4FJ5A 4DLEA 1RBRA 2IS3A 3CFRA 5C25A 4OKJA 3T3FA 1HYSA 3S3OA 4KB0A 4DSKA 5JS2A 3O3HA 3LANA 1WSJA 3L2UA 3K58A 3V6DA 1SL0A 2Z1JA 1LWFA 1GOBA 3KKRA 3VQ6A 3LP1A 3JYTA 4DTOA 4M3YA 3OYNA 4QCLA 2HHUA 4FJIA 3K5MA 1KTQA 4FK2A 5DK5A 4I2QA 1WSHA 4KHQA 2YNFA 4FK0A 2Z1IA 3V1RA 1RBTA 3IS9A 4AHVA 2PYLA 1Q9XA 4KAZA 2DFHA 2ATQA 4I7FA 2G8HA 2OZMA 2IAJA 1MU2A 3DRPA 3I0RA 4PA1A 4M41A 1RDBA 4IG3A 1RDDA 1RT3A 1TAQA 3KKSA 4E1MA 1TKXA 1WNSA 4AHSA 2XO7A 3ZSRA 2Q3SA 4CK2A 3QIOA 4B9UA 3AO4A 4AHTA 3OS1A 1EXQA 3OJUA 1Q9YA 3DOKA 4Z0UA 4CF0A 1T8EA 1IKVA 4CK3A 3B6PA 3AA2A 3LP2A 1JXEA 4KPYA 4M3TA 1ASUA 5J2NA 1EX4A 1W0HA 1TAUA 2YHBA 1TL1A 3MEEA 3SQ2A 3SUOA 1LAVA 4E7JA 4LY7A 4F4KA 4KFBA 5HRSA 3HPGA 5CZ1A 4E3SA 1RDAA 5HLFA 4DWIA 2KFZA 3VQDA 1TGOA 3V9SA 3ZSWA 4CEAA 2IOCA 1KVBA 1IG9A 3DMJA 3KD1E 1YVUA 3P5JA 1CXQA 4OKEA 3QEIA 4J2EA 1X9MA 3NF9A 3V9WA 5CYQA 1EKEA 3SQ4A 3TANA 4KHWA 1FXXA 3QEVA 5HROA 4B08A 3LZJA 3KLFA 1RCHA 1WN7A 4CJFA 3QLHA 1UA0A 3ZT2A 1WSGA 4MQ3A 4B9NA 4PY5A 4CFDA 3O4QA 2F96A 2I5JA 2HNYA 2O4GA 3TAMA 1UA1A 4CFBA 2E6LA 1HYVA 1B9FA 2YV0X 3DRRA 3ZSZA 4BE2A 3IRXA 1VRTA 2BANA 2G8VA 4QOZB 1F21A 1KSPA 4EZ9A 2QXFA 2F8TA 4B3OA 3S3MA 1C0UA 1X9SA 3NDKA 1X9WA 1FK9A 2KTQA 4BDYA 4DU4A 1XC9A 1C1CA 4AH9A 4OVLA 4DSFA 4JRPA 2RF2A 4CGDA 4CEBA 1L3SA 1IH7A 3RRGA 1C6VX 3V9UA 3AVBA 4J2DA 1LW0A 3IAYA 2G8FA 3OYIA 1SUQA 2YNIA 3AVFA 4CEDA 4CJSA 1L3UA 4FZXC 2KQ2A 4GMJB 2FBTA 4KO0A 3V1QA 4OGEA 1XHZA 3PO4A 3RR8A 2PYJA 3QIPA 4AHRA 4DF8A 2ZQBA 3CG7A 3MAQA 3RRHA 4E0DA 4F3TA 3K5OA 4FZZA 1JLAA 4IDKA 1FKPA 4O44A 5D7UA 3CFPA 4YNQA 2R7YA 2JGUA 3OYEA 5CY4A 3V4IA 4RW7A 5KRTA 3HJFA 1CZBA 2KW4A 4TSXA 3QNNA 3BDPA 3G0ZA 1VSIA 3ZSVA 4E1NA 1ZBUA 3QEXA 4FLYA 3C94A 1J5OA 1KFDA 4RW9A 2PY5A 4FK4A 4M3ZA 2OYQA 4FLXA 2HHQA 1L5UA 3KLEA 3P83D 1D5AA 4QAGA 4RG8A 2WONA 4O0IA 3QNOA 4AILC 1U4BA 3RR7A 2HHWA 4DU3A 1L3VA 4HUGA 4DF4A 4G1QA 2X6SA 2G8UA 3MECA 2VWJA 3VN5A 4FXDA 4M3RA 2BE2A 2RPIA 1QSLA 1LWCA 3ULDA 4M3XA 1RTIA 3AVHA 2D0BA 2YHAA 3F9KA 4C8NA 3L8BA 1ZBFA 3NFAA 1HQEA 3LP0A 3S9HA 3M8RA 4FLTA 1TK0A 5J2MA 1QSSA 2O4IA 1HNIA 3LPTA 2HHXA 4UQGA 4IKFA 3CFOA 4N76A 1IO2A 4LSNA 1RT7A 1VSMA 1VSFA 2W42A 2BDPA 2QKKA 4PUOA 4M3WA 4DTJA 4CHNA 4J2BA 3M8PA 4DTMA 3CM6A 3VQ5A 4FYDA 4DTNA 4KTZA 3VQPA 3KJVA 1HYZA 4KHUA 2FBVA 3DM2A 1RDCA 4N56A 5JS1A 3OYDA 4DS5A 2P1JA 2FBYA 4Y1DA 4LSLA 4K8XA 1S1VA 3NGYA 1UOCA 4F3OA 3OVNA 4M45A 3U3GA 3KK1A 4OLBA 3T1AA 1CLQA 4BWMA 4CF9A 4FJ8A 1LAWA 3QERA 2Z1HA 4OKKA 3TI0A 1JXBA 2B5JA 1C1AA 3PUFA 4Z4CA 5KGXA 3SCXA 1NOZA 4E7KA 4Z4EA 3K57A 3B6OA 3V9XA 4J2AA 3ASMA 3WNEA 3QESA 1YT3A 2DTUA 1WAFA 4W5NA 5HRPA 4CF2A 5CZ2A 4CGFA 1RT4A 4C8MA 3OJSA 2AJQA 4DSJA 3L2RA 1VSHA 1S6QA 3VQAA 1ASWA 4CJTA 3O3FA 3H08A 2OZSA 4I2PA 3OYLA 1S5JA 1Q8IA 3QINA 4NYNA 4IG0A 3OYHA 4FM0A 1TKDA 4B9LA 5CYMA 3HYFA 1BQNA 1CXUA 3ZSQA 4EP4A 2F8SA 2OPQA 4BACA 1Z25A 2HVHA 2XRIA 3AO5A 3NF8A 4CEOA 4ZHRA 5D3GA 2YNGA 1NJXA 3KLHA 4AHCA 3ZSXA 3KTQA 2IC3A 3DLKA 4B9MA 3RMDA 3RWUA 4FLVA 3VA3A 3LWMA 1WSEA 3PX6A 1TK8A 4CHYA 1NOYA 4CEEA 4CJEA 5HP1A 2G8IA 3OYBA 4DU1A 3AVCA 3O4NA 3EYZA 1QMCA 3KD5E 1RBSA 2KZZA 3ZCMA 1GOCA 3QETA 2XY5A 1S9EA 1NK6A 4ID1A 1RNHA 4KHNA 3V81A 2P5GA 4FW2A 1JLGA 3HPHA 1IHWA 3DLBA 4FW1A 4KHYA 3E01A 4CJKA 3AVNA 4FLUA 3LP3A 3JSMA 2ETJA 2ITGA 5HRRA 4MFBA 4JRQA 1ZBLA 1NJYA 1U48A 1BHLA 2D5RA 3L3UA 4CECA 4LD0A 1JL1A 4CF8A 4M42A 4EP5A 2QK9A 3AO3A 3KK3A 3VQEA 1RT2A 1T05A 4E19A 3PV8A 2E6MA 3RTVA 1N5YA 1JLFA 2B6AA 4I9QA 4CHPA 4KTQA 3HP9A 5FRMA 4CJQA 4DFJA 3ALYA 3HO1A 3PY8A 1DTQA 1KLMA 3FFIA 3TR8A 4CJLA 4K8ZA 3SI6A 1S6PA 3HT3A 3HVRA 2G8KA 5HBMA 3ITHA 2GUIA 2GV9A 1RBUA 3KLIA 3AA4A 1S1TA 2E4LA 4DQRA 3HXMA 4HHTA 4DFPA 2XY6A 1REVA 2Z1GA 2VG5A 3MEDA 4CIFA 4RW4A 1KFSA 2HMIA 4EZ6A 2WOMA 3QO9A 1SKSA 4ELTA 3DRSA 5T7BA 3AO1A 1TKZA 2EHGA 1NK0A 3HM9A 4BE1A 1HQUA 4R5PA 2DFFA 3NGIA 3D45A 1JL2A 4CK1A 2IDOA 3RMCA 3AVAA 3CYMA 1QQCA 4W5OA 3MEGA 3QEWA 3ZSOA 1RTJA 2OPPA 1DTTA 3HVTA 4CJ4A 5KTQA 3K5LA 5J2QA 4O4GA 1KVAA 4DG1A 4RW6A 4LH4A 1I39A 4KV8A 1VSLA 3DLGA 3HSTB 5KGWA 4DQIA 4KRFA 4CIEA 3VQCA 1QTMA 3LWLA 4F8RA 4NCBA 1IKWA 4CJUA 3SV4A 1RTHA 3AO2A 4HCCA 1QS4A 5C42A 3C6TA 3VQ9A 3KK2A 3OYKA 4CJWA 1WLJA 3AA3A 4CGJA 3NH1A 3NHGA 1BCMA 4DTPA 1LV5A 3T19A 4OPKA 1EETA 2KFNA 4CJ3A 2VG6A 4E7LA 4KKOA 4F2SA 2X74A 3PO5A 4DSLA 4DTUA 3PX0A 3TWHA 4FJMA 2NUBA 4BDZA 2HVIA 1NKBA 2XY8A 4DSIA 1ZYQA 2A1RA 3VQBA 3TABA 4I9LA 4RW8A 3EZ5A 3SUQA 4CEFA 4W5QA 1L3TA 1XHXA 2A1SA 3DLRA 4HCBA 4IFVA 3G10A 3K5NA 4FJGA 2D0AA 3MXJA 4DTRA 4F2RA 3VQ4A 3LPUA 1TK5A 1WSFA 3LALA 3QEPA 4ICLA 2RKIA 2BGGA 2Y1JA 1J54A 1BL3A 3AVGA 3M8QA 1NK5A 1T03A 3UIQA 1EP4A 1ZBHA 4AHUA 4KTWA 4Q0BA 4C8LA 1LWEA 4CHQA 3SNNA 1C6VA 4H8KA 3CQ8A 3NF6A 3TAFA 4FJXA 3ZSYA 1BIUA 2YKNA 1VSKA 3KIOA 2YKMA 3NBPA 4N47A 4CEQA 4CIGA 2RN2A 4XIUA 1HPZA 1RT1A 3OYCA 4HUFA 3WNHA 4DSEA 1T7PA 2HHSA 3U3YA 3K59A 1SL1A 1BIZA 1RT5A 4FJJA 5DMRA 1HMVA 1X1PA 4CFAA 4FVMA 4Z4HA 4CGIA 3LAKA 4FM1A 3IG1A 4NCGA 4E7HA 3AVKA 2HNZA 4Y1CA 3BGRA 3C95A 1NK7A 3ZT3A 1Y97A 2KZMA 3AVIA 1JLQA 1ITGA 1HRHA 2VWKA 2X78A 2X6NA 4BDPA 1I3AA 1TVRA 3VQ8A 1K6YA 4CHOA 3VQ7A 5I3UA 4H4MA 4H4OA 4IFYA 1QE1A 4CF1A 4DQSA 1XI1A 3NH2A 4ELVA 1S1UA 2HW3A 4O0JA 3TAPA 1SKWA 1BQMA 2DY4A 3TARA 4HUEA 1XWLA 5SZTA 5FDLA 2QKBA 2GBZA 3V1OA 1R0AA 4CCHA 4CJPA 1IHVA 4OLAA 2FBXA 4C8OA 3PX4A 3KLGA 5K14A 4DTXA 1U04A 1S1XA 3HP6A 3ISNC 1SV5A 3M8SA 4BWJA 1UWBA 3C6UA 4ZTJA 4Z4FA 3OYGA 3TAQA 3SV3A 4FCYA 3OY9A 1KVCA 4CFCA 4CGHA 3D0PA 3ZT0A 1LW2A 3SPZA 2Y1IA 4HVJA 3OS0A 1IKXA 2IGIA 3WNGA 4DMNA 4N41A 4KI6A 1RTDA 1ASVA 1SKRA 3OYMA 3AA5X 4CJVA 4M3UA 4FJKA 1WSIA 1VSEA 3I8DA 3LZIA 4CEZA 1A5VA 2YNHA 4CJ5A 3MXIA 2HHTA 3TAEA 3AVLA 1KCFA 1RT6A 4ID5A 4JLHA 2P5OA 4W5TA 1NK8A 5EU7A 3HPOA 3F73A 1FKOA 1SL2A 1KLNA 3O3GA 3OYJA 2LSNA 3OS2A 3L2WA 4NYFA 3RMAA 2VG7A 1B92A 3DLHA 2B4JA 4OJRA 1O1WA 1C1BA 2ZE2A 1J9AA 1D9FA 3LDSA 4DQQA 1B9DA 2OA8A 4L8RB 1S9GA 4BE0A 1VSJA 4E89A 3SUPA 3OYAA 1G15A 4ZTFA 1J53A 2EX3A 3V9ZA 1C0TA 5C24A 1W9HA 5SWMA 1Z26A 4B8AB 1A5XA 1BI4B 3SPYA 3S3NA 1D9DA 1QHTA 4O5BA 4OGCA 3EY1A 4DFMA 4FLWA 5HRNA 5FRNA 2HHVA 4E7IA 4CHZA 1TV6A 5I42A 4LH5A 4W5RA 1UAXA 3I0SA 4B9VA 5KI6A 3AV9A 4WE1A 3NCIA 1CZ9A 1NJZA 2ZD1A 3AVJA 4GVMA 3RMBA 3NGZA 1QSYA 2XY7A 4CE9A 4B8CA 1VRUA 2OPSA 3DYAA 1JLEA 1U45A 4DQPA 1WAJA 1U47A 1BGXT 2HNDA 3VQQA 3SZ2A 3HL8A 4O55A 1N6QA 3HK2A 3SJJA 4KREA 1BISA 1NK9A 1JKHA 1BI4A 1HJRA 3LAMA 1TL3A 4CJRA 3L2VA 1NK4A 4KI4A 3THVA 3L3VA 3DI6A 3P1GA 4IBNA 4GW6A 3SQ1A 4JS5A 3U6FA 4DFKA 3NH0A 3ZT1A 3SUNA 4PQUA 1GOAA 2G8WA 4FJNA 4FJ9A 4PWDA 2D0CA 1S1WA 4FJ7A 2P51A 3VA0A 3CM5A 1IKYA 3OYFA 3AVMA 3MXMA 1NJWA 4B9TA 1NKEA 1NKCA 4CERA 2DFEA 3A2FA 3ZT4A 4YFUA 1VSDA 3DOLA 1C0MA 4FM2A 3SYZA 1KRPA 4ELUA 4Q5VA 4HTUA 5J1EA 4KB1A 4CGGA 5KRSA 1RILA 3TAGA 3NE6A 1A5WA 1U49A 4Z4GA 4FLZA 3K2PA 4N5SA 2XHBA 5FROA 3L2QA 2HB5A 4CESA 1RBVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DTIA 1VK0A 3CMAT 2E2PA 3WNFA 1UHFA 1G3WA 2RE2A 4JDSA 1KQ1A 4OO1J 3SQ0A 4L6V5 2GWJA 1JLBA 3TTCA 3DLLL 5I2SA 1ZSGA 4DV7K 3NAEA 4DTSA 3SB2A 3CCEN 2L3PA 2FZKB 2LT4A 1X6OA 1X27A 3I56Q 4KULA 5IAYA 5J2PA 4FZYA 1YTUA 4X1VA 1Q81R 1DLOA 2A41A 4QVZA 1HNWK 4DLEA 1TOVA 1XQHA 4OKJA 2RPNA 3S3OA 4DSKA 3FZFA 2AKKA 4PJMA 1OVQA 3L2UA 3LANA 3O3HA 3V6DA 4M3YA 1LWFA 3VQ6A 4ME7A 3K5MA 5LJ3e 4OMLA 5DK5A 4I2QA 2AP1A 4KHQA 3M4YA 2XIDA 3HI0A 1VQNQ 3U9DA 2ZPHB 3V1RA 4NL3A 2AZSA 4WF2A 4M75F 1Q9XA 2QWNA 3CC2A 3CPFA 1D3BA 3GPLA 4PA1A 2V7YA 1RDBA 5D6WA 5FPMA 3KKSA 1T6DA 3VTIA 3BE3A 2KXCA 1WNSA 1U6ZA 3TSZA 2OAWA 3PIPA 1YJNT 2DEUA 2HD0A 3ZSRA 1RACB 5AQQA 4EMHA 4CC3A 2X4YA 1MV0B 4C23A 4AHTA 4F9OA 1EXQA 1Q9YA 1QHAA 2FO0A 1KAYA 2IPOB 2MWOA 3BEXA 5BR9A 1CKBA 3AA2A 3J8AA 2J6FA 1WBDA 5J2NA 3V7CA 3VGMA 1BIAA 1EX4A 2DETA 3MEEA 1TL1A 3JS6A 3TSUA 2NUTB 5C10A 2RH2A 2HKQB 3L1AA 4H0OA 5HLFA 2NZTA 4K25A 4BY6C 3V9SA 5C2DA 2ROTA 4CEAA 3M57A 3DMJA 3KD1E 3KBGA 1K8KB 2EQIA 2KXDA 1VQ6Q 1CXQA 2LX7A 4M77C 1D4XA 2CGJA 1X9JA 2E88A 4OKEA 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 3RMB A;  3NGZ A;  1QSY A;  2XY7 A;  4CE9 A;  4B8C A;  1VRU A;  2OPS A;  3DYA A;  1JLE A;  1U45 A;  4DQP A;  1WAJ A;  1U47 A;  1BGX T;  2HND A;  3VQQ A;  3SZ2 A;  3HL8 A;  4O55 A;  1N6Q A;  3HK2 A;  3SJJ A;  4KRE A;  1BIS A;  1NK9 A;  1JKH A;  1BI4 A;  1HJR A;  3LAM A;  1TL3 A;  4CJR A;  3L2V A;  1NK4 A;  4KI4 A;  3THV A;  3L3V A;  3DI6 A;  3P1G A;  4IBN A;  4GW6 A;  3SQ1 A;  4JS5 A;  3U6F A;  4DFK A;  3NH0 A;  3ZT1 A;  3SUN A;  4PQU A;  1GOA A;  2G8W A;  4FJN A;  4FJ9 A;  4PWD A;  2D0C A;  1S1W A;  4FJ7 A;  2P51 A;  3VA0 A;  3CM5 A;  1IKY A;  3OYF A;  3AVM A;  3MXM A;  1NJW A;  4B9T A;  1NKE A;  1NKC A;  4CER A;  2DFE A;  3A2F A;  3ZT4 A;  4YFU A;  1VSD A;  3DOL A;  1C0M A;  4FM2 A;  3SYZ A;  1KRP A;  4ELU A;  4Q5V A;  4HTU A;  5J1E A;  4KB1 A;  4CGG A;  5KRS A;  1RIL A;  3TAG A;  3NE6 A;  1A5W A;  1U49 A;  4Z4G A;  4FLZ A;  3K2P A;  4N5S A;  2XHB A;  5FRO A;  3L2Q A;  2HB5 A;  4CES A;  1RBV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1EXQ A;  1Q9Y A;  1QHA A;  2FO0 A;  1KAY A;  2IPO B;  2MWO A;  3BEX A;  5BR9 A;  1CKB A;  3AA2 A;  3J8A A;  2J6F A;  1WBD A;  5J2N A;  3V7C A;  3VGM A;  1BIA A;  1EX4 A;  2DET A;  3MEE A;  1TL1 A;  3JS6 A;  3TSU A;  2NUT B;  5C10 A;  2RH2 A;  2HKQ B;  3L1A A;  4H0O A;  5HLF A;  2NZT A;  4K25 A;  4BY6 C;  3V9S A;  5C2D A;  2ROT A;  4CEA A;  3M57 A;  3DMJ A;  3KD1 E;  3KBG A;  1K8K B;  2EQI A;  2KXD A;  1VQ6 Q;  1CXQ A;  2LX7 A;  4M77 C;  1D4X A;  2CGJ A;  1X9J A;  2E88 A;  4OKE A;  3QEI A;  1JJ2 M;  2LTO A;  4C5G A;  1OVY A;  3NF9 A;  2XIC A;  4C92 B;  1BG3 A;  2QWQ A;  3CCR N;  4KHW A;  3QEV A;  5HRO A;  1Y07 A;  4BRN A;  1BI2 A;  1V76 A;  4PKI A;  3KLF A;  1UA0 A;  3RNJ A;  4CJF A;  4PY5 A;  4MQ3 A;  1H3Z A;  3JCM h;  1UA1 A;  3VES A;  5IXF A;  2O4G A;  3LDQ A;  3TAM A;  4OB1 B;  2G6F X;  1M1K C;  1B9F A;  4NXN K;  4KUD K;  3O8V A;  4IUQ A;  1SPK A;  2EIF A;  3CC7 T;  3IRX A;  2BAN A;  3PSI A;  4QOZ B;  4HKE A;  4A54 A;  3QSU A;  1K73 O;  2A7Y A;  2HQE A;  4M4Z A;  3S3M A;  1RAD B;  2D0N A; 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