4FW2 | Genus

Total Genus 69

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	69
sequence length	218
structure length	210
Chain Sequence	PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5203670551357518__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5203670551357518__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4FW2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5203670551357518__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5203670551357518","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4FW2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5203670551357518__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Dna binding protein
source organism	Rous sarcoma virus
publication title	A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Integrase
total genus	69
structure length	210
sequence length	218
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2012-06-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00552	IN_DBD_C	Integrase DNA binding domain
A	PF00665	rve	Integrase core domain
A	PF02022	Integrase_Zn	Integrase Zinc binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.30.10	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral	4fw2A02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4fw2A01

1R0AA 3O4QA 1X9MA 1N5YA 4CEZA 1BQNA 2P51A 1TVRA 4XIUA 3S3NA 3S3OA 4FJ8A 4FJ9A 4M42A 5C25A 4W5TA 3SNNA 1HNIA 3QNOA 4DS4A 3K2PA 4CGHA 3NFAA 5JS2A 1SKSA 3MXJA 4AH9A 4KI6A 3NF9A 1J54A 3RMCA 4ICLA 3ASMA 4CGFA 3KK2A 3WNGA 4HCBA 1NK5A 4CJRA 1IKYA 4BDZA 4NCAA 1BISA 4W5QA 1TKZA 5CYMA 4K8XA 3AVGA 3VQCA 2OA8A 3DRSA 5CZ1A 3SV3A 3KIOA 2IDOA 3O3HA 4B9UA 3NAEA 4DTMA 3V1RA 3SCXA 4E0DA 1KLMA 4MFBA 1BIUA 3M8PA 4FYDA 4JRPA 4CF0A 3DLEA 1HQEA 3F9KA 3ZT0A 5C42A 1WSEA 1BL3A 4F3TA 2YKMA 1RT1A 2WOMA 3ZSQA 3RRHA 1J53A 3I8DA 4KV8A 4Z4HA 1NK8A 1X9SA 4F3OA 1RBRA 4NCGA 2OPQA 2HHTA 3OVNA 4BE0A 3U3YA 4Y1CA 4CGDA 3SUOA 4HHTA 1EETA 4CE9A 3AO3A 4CF2A 3B6PA 4FM0A 3V1QA 3AA5X 3AVKA 4TSXA 4DF8A 4FJJA 1KVAA 2GUIA 1A5VA 2BGGA 1VSIA 2I5JA 1YTUA 1REVA 3AO5A 2FBYA 2Z1HA 3WNHA 1SL1A 4NCBA 4FZYA 3LP2A 3KLEA 1VSEA 3LPTA 4FJNA 3VQAA 3K59A 1NJZA 4M3YA 2OPSA 3SI6A 2HMIA 3AVNA 4CIEA 4B9TA 4FJLA 1RTDA 1JL2A 5CZ2A 4FCYA 4FM2A 3QEXA 2B4JA 1W9HA 2KZMA 1KTQA 4N5SA 3OYDA 2R7YA 3RMAA 3HM9A 4DTNA 2F8SA 3L3VA 3PX6A 2Z1IA 1UOCA 4Q0BA 3SQ2A 3HJFA 3T1AA 5HRSA 4E7KA 1YVUA 4FVMA 4Z4CA 3P1GA 3SV4A 5FRNA 4CEOA 2HNYA 2OPPA 2RN2A 3DM2A 4DFJA 4CFDA 1C6VX 1BCOA 4RW9A 4W5RA 4DTOA 3QESA 1UA0A 1ZBFA 1T7PA 3M8RA 2RPIA 1RT6A 5FDLA 3KK1A 3UIQA 3AV9A 1LAWA 2G8HA 1LWFA 3O3FA 1XWLA 4F4KA 3RR8A 4OLAA 4K8ZA 2VG5A 2IGIA 4DTXA 5HRRA 2B5JA 2EHGA 3OYIA 1HRHA 1T05A 3TAFA 4FLUA 3HK2A 5KI6A 3QINA 1S1XA 4DU4A 1LV5A 5J1EA 3TAPA 4FW2A 3AA4A 4OGCA 3DRRA 5SWMA 1NK7A 1RTIA 2Z1JA 4CEQA 4J2AA 1VRUA 4IFYA 2IC3A 1TK5A 2FBTA 4CEEA 4M3TA 3LP3A 2HVIA 3KJVA 4DSIA 4UQGA 2GV9A 3CYMA 1RDBA 2FBVA 3ZSRA 4EP5A 5J2MA 3SQ4A 4AHCA 3C6TA 4CHNA 2DFEA 1VRTA 1L3TA 3BDPA 4N56A 1S6QA 1J5OA 4LD0A 2AJQA 3ZCMA 5T7BA 3DOLA 4BACA 4OJRA 3LP0A 4CJ3A 3OYKA 3AA3A 4G1QA 4HUEA 1WSFA 1DLOA 3HP9A 4BWJA 3ZT4A 4AHUA 4O4GA 3AA2A 4F8RA 1JLQA 5C24A 4DFKA 4FK0A 3OY9A 2IAJA 1CZ9A 4CHZA 3B6OA 1ITGA 1DTQA 3C6UA 1S1TA 1EP4A 1U49A 2G8WA 1HYVA 5HRPA 4KKOA 3HPGA 3NGIA 2HHQA 2VG6A 3SUPA 4C8OA 3KTQA 3S3MA 4OLBA 4DSLA 3O4NA 1NK0A 1JLAA 1L3VA 3U3GA 1RT4A 4AHVA 1NK6A 1NKCA 4YFUA 1K6YA 1JKHA 4KAZA 1KRPA 3CFPA 4B08A 1C1CA 4CIGA 4R5PA 1D9FA 4BWMA 3ZT1A 4RW8A 4CIFA 1VSMA 2GBZA 1B92A 1TV6A 1RTHA 2RKIA 3OYBA 4Z4EA 1IH7A 1Y97A 3K5OA 1NKBA 3NGZA 2HB5A 3KD5E 3KLHA 4GVMA 4CHQA 1Z25A 2Z1GA 4BE2A 2QXFA 3KLIA 4CESA 3L2VA 5I42A 3PV8A 4B9VA 1SV5A 1KVBA 3DI6A 3ZT2A 3OYCA 5DMRA 3RTVA 1WSHA 3ZSZA 4CHYA 3K5LA 3RMDA 3VQDA 3OS2A 4LH5A 3TAGA 1BGXT 3HSTB 3OYGA 2XY7A 3V4IA 1NOZA 3ZSVA 5JS1A 1WSIA 2QKKA 3QNNA 1I39A 3L2QA 1JLFA 3EZ5A 4E3SA 1QSSA 2BANA 2D0AA 3H08A 3EY1A 1VSJA 1ZBUA 4AILC 1RBTA 4FZZA 3JSMA 4CJ4A 4CJQA 2F96A 1O1WA 3C94A 4I7FA 1I3AA 1BQMA 5J2NA 3NBPA 4Z0UA 1LW0A 4B8CA 4PWDA 3VQ5A 4GW6A 5K14A 4IFVA 2KFZA 1UWBA 4M3RA 2HW3A 1TL3A 5EU7A 4I2PA 4FM1A 4FJHA 4QCLA 4CGJA 4DTJA 1U47A 4DQRA 4B9SA 4B3OA 4KRFA 3AVFA 4KI4A 2D5RA 3V6DA 4E7IA 4DS5A 3CQ8A 2WONA 5HROA 1SUQA 5CY4A 1CZBA 5KTQA 3V9ZA 1C6VA 2DFHA 4CJPA 1ZBIA 1XHXA 3CG7A 3KK3A 4KREA 3QO9A 4DSJA 3MAQA 1HYSA 4DQIA 1GOCA 1QE1A 4DLEA 3AO1A 1JLBA 1HQUA 5D7UA 1HNVA 1RBUA 4CJSA 3SPYA 2P5GA 1C1AA 3DLHA 1TAUA 4M41A 4JRQA 1XHZA 1U48A 4CFBA 3HXMA 1CXUA 4PY5A 1ASVA 4LH4A 3TAEA 4H4MA 2E6LA 3DLBA 4KB1A 1S5JA 2HVHA 1IKVA 1EKEA 4CEAA 3OS0A 3OYMA 4CJLA 3NF7A 2O4IA 2YKNA 4KO0A 4O5BA 1VSKA 4IG3A 2VWKA 3AVLA 3TR8A 3KLGA 4DSEA 4I9LA 1IHWA 4H8KA 4DSFA 4IDKA 3QEPA 2KTQA 4CF1A 4DF4A 4FLZA 1NJWA 3DYAA 1JLCA 4JLHA 4LSLA 5HLFA 1F21A 2OPRA 3HP6A 3IRXA 4OKEA 4RW4A 3RR7A 1QTMA 4FJIA 3DMJA 4CK3A 1SL0A 4FJ5A 3VQQA 3AO4A 4DG1A 4J2EA 4CJFA 3ZSXA 4CERA 1RT3A 4NYNA 3SUNA 4PUOA 3K58A 4CCHA 3MXIA 2DFFA 1RNHA 3AVJA 2JGUA 2XY6A 4EZ9A 3NH1A 3SQ1A 2G8FA 4JS4A 4PA1A 2IS3A 1JXEA 1X1PA 3ISNC 4O44A 2OZMA 4Z4GA 1B9DA 3AVMA 5FROA 4CK2A 4J2DA 1HPZA 3MEEA 3SUQA 1ZYQA 4BE1A 1QS4A 4FJGA 4DFMA 1S1UA 3QETA 2X78A 4O55A 3T3FA 1QQCA 3QEWA 4CJVA 2G8VA 3PO5A 4M3ZA 3A2FA 1KFDA 3LAKA 4KFBA 1HMVA 4N47A 5HRNA 3HT3A 3OYLA 4FXDA 3CM6A 5J2PA 3CM5A 4KHSA 1C0TA 3RWUA 5KGXA 1XC9A 2DY4A 1U4BA 3TAMA 1BI4A 3U6FA 3D0PA 1S9GA 1BIZA 4E7JA 3S9HA 2P5OA 4FK2A 3V9XA 3M8SA 4LY7A 1EX4A 4FJXA 1UAXA 1HJRA 4CJ5A 2D0CA 4KPYA 1YTAA 3M8QA 1SKRA 2Q3SA 1J9AA 1YT3A 2KW4A 2YNFA 1WN7A 3TWHA 3SZ2A 1TKDA 1KLNA 2PZSA 3NH0A 4PQUA 1S1WA 1WNSA 2EX3A 4CJUA 2Y1JA 2D0BA 5HP1A 1JL1A 3LWMA 2XO7A 1FK9A 2XHBA 4IBNA 3VN5A 2XY5A 2QKBA 1CLQA 1JXBA 4FJ7A 1NJYA 1IHVA 3QIOA 1ASUA 5SZTA 4CJTA 4KTQA 3I0SA 3LZIA 4J2BA 1TL1A 2G8IA 4JS5A 2ETJA 3HO1A 1IKWA 1Q9XA 2ZE2A 1RILA 1L3SA 4WE1A 3V81A 4OVLA 1NK4A 2XY8A 3LP1A 4IKFA 4L8RB 5KRTA 1ZBHA 3QIPA 4AHSA 2LSNA 4CF9A 1SKWA 1KFSA 3JYTA 2X6NA 4ZTJA 4F2SA 2OZSA 2E4LA 1RTJA 4CF8A 3IG1A 1IO2A 1NOYA 1C1BA 5KGWA 4M45A 3AVHA 1RT7A 4I2QA 2KQ2A 4DQSA 4F2RA 3E01A 3OYFA 1QHTA 3ITHA 4CECA 3AVAA 4DTRA 3QEIA 4BDPA 4DSKA 4KHYA 4C8NA 4DTPA 1RCHA 1L5UA 1MU2A 1S1VA 1ASWA 2QK9A 1C0UA 4KHQA 4OPKA 3VQ8A 1QSLA 2HNZA 3THVA 4C8MA 3DOKA 1WLJA 4FLWA 3G0ZA 1BHLA 4CGIA 4CJWA 3V9UA 1S6PA 4CJKA 1CXQA 3D45A 3VQPA 1RDAA 1KSPA 3VA3A 1IG9A 1Z26A 3SYZA 3LAMA 1FXXA 1GOAA 3MEGA 3DLKA 4IG0A 2XRIA 4B8AB 4CFCA 2OYQA 4KHNA 4RW7A 4KHWA 1RDDA 4ID5A 3QEVA 2HHUA 4OPJA 3PO4A 2VWJA 3MECA 4ZHRA 1TGOA 1QSYA 3NCIA 3NF8A 3AVIA 3LPUA 5DK5A 3LANA 2BDPA 2DTUA 1A5WA 3CFRA 4NYFA 2ITGA 4QAGA 2ZD1A 4EP4A 3VQ9A 1NJXA 4CEDA 3ALYA 3MXMA 4CHOA 3ZT3A 1D9DA 5J2QA 3TABA 1VK0A 3G10A 2W42A 3KKRA 4HTUA 3T19A 3OJUA 4W5NA 1Q9YA 1EXQA 3LALA 1BCMA 1DTTA 3P5JA 4E1MA 1TAQA 1RBSA 3WNEA 1XI1A 2YHAA 4DMNA 4KHUA 4E7HA 3OYJA 5CYQA 4CJEA 2Y1IA 2YHBA 4O0IA 3V9SA 4N41A 3SJJA 3WNFA 3L2WA 3HVRA 1QMCA 4RW6A 4FLYA 3RRGA 4CEBA 1N6QA 3K5MA 4DFPA 2O4GA 5I3UA 1VSFA 3DRPA 1VSLA 1NK9A 3NDKA 3ULDA 3IAYA 4ELUA 4HVJA 4O0JA 3L2UA 2HHXA 1JLGA 4FK4A 1FKOA 1FKPA 1LWCA 1WAJA 1GOBA 3OYHA 1TK8A 1B9FA 1Q8IA 4HCCA 4FJMA 1VSHA 4DU3A 3HVTA 1WSGA 1A5XA 3C95A 4DLGA 4CFAA 2B6AA 3FFIA 4W5OA 3HPOA 1U45A 4ID1A 3VQ7A 4Q5VA 3QERA 3RMBA 3I0RA 3TI0A 3L2RA 4FZXC 1D5AA 5FRMA 3NHGA 4LSNA 1U04A 4B9LA 5D3GA 4H4OA 1VSDA 3V1OA 1RBVA 4KTZA 3OJSA 4FLXA 3NF6A 2BE2A 2FC0A 4B9MA 3HYFA 3K57A 1KCFA 3SQ0A 4QOZB 2NUBA 2YNHA 2PY5A 3F73A 3MEDA 1JLEA 4CGGA 4YNQA 1S9EA 1T03A 4KB0A 3V9WA 4M3XA 2YNGA 3ZSOA 4ELVA 3KLFA 4ZTFA 2IOCA 3NE6A 1LW2A 3AO2A 3LDSA 4FLVA 1HYZA 4DU1A 4HUGA 4OKJA 3OYAA 3DLRA 2JLEA 5KRSA 1RT2A 3PX4A 1TKXA 4CEFA 3TAQA 3OYNA 4E7LA 2F8TA 1KVCA 4AHTA 2E6MA 3VQ4A 3CFOA 1C0MA 1UA1A 3ZSYA 3K5NA 5HBMA 3ZSWA 3L8BA 4E89A 1T8EA 4C8LA 1TKTA 4FLTA 2G8UA 4DTSA 4ELTA 1L3UA 3VQ6A 4I9QA 2ATQA 2HNDA 3KD1E 2G8KA 3LWLA 4E1NA 3VA0A 2RF2A 2ZQBA 3AVBA 4RG8A 4CK1A 2PYLA 2VG7A 1D8YA 4FJKA 1WSJA 1BI4B 1IKXA 3BGRA 3L3UA 3P83D 4KTWA 3QLHA 2KZZA 4N76A 4M3UA 4Y1DA 2HHVA 2YV0X 4Z4FA 3KKSA 1G15A 3O3GA 3OS1A 3NGYA 4DQQA 4AHRA 4B9NA 4DWIA 4HUFA 1LWEA 1LAVA 2A1SA 4MQ3A 4OGEA 3PUFA 4FW1A 3HPHA 2A1RA 2PYJA 3VQBA 3LZJA 1RT5A 3TARA 3DLGA 3HL8A 1ZBLA 4EZ6A 5E41A 4C8KA 3SPZA 2P1JA 2HHWA 2X6SA 3OYEA 2YNIA 3PX0A 3TANA 3IS9A 1NKEA 1SL2A 3EYZA 3NH2A 4GMJB 1W0HA 1WAFA 3VQEA 2X74A 1RDCA 4Z4IA 3PY8A 4DQPA 1X9WA 4DTUA 4OKKA 3AVCA 4E19A 4M3WA 2HHSA 1TK0A 2FBXA 4CHPA 2KFNA 4BDYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4FW2A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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