4FW2A

Crystal structure of rsv three-domain integrase with disordered n-terminal domain
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
218
structure length
210
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
total genus 69
structure length 210
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 4fw2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fw2A01
2Z1GA 4W5RA 4E7KA 3QEVA 1NJZA 1LAVA 4E7LA 3L2VA 3HYFA 5KI6A 3IG1A 4M41A 2KW4A 3G10A 3SI6A 1L3TA 1IHWA 3OVNA 3OYLA 4ZHRA 4ELTA 1YTAA 1KLNA 1S9GA 1C1AA 3AVIA 1ZBFA 5DK5A 4IFVA 2IS3A 4E1NA 4CK3A 2KZZA 3ZSZA 1KTQA 4CGGA 1RT3A 1MU2A 4AHVA 3NH0A 3OS1A 3V9ZA 4B9LA 4F2RA 4M3YA 1TGOA 4UQGA 2E6LA 3CFRA 3U3GA 4DF4A 1Z25A 3O3GA 2IAJA 4FLTA 4FW1A 4FZZA 3MEDA 4O55A 4CJWA 3V4IA 4B9NA 2Z1IA 1BIUA 4CIGA 4FLZA 4F4KA 4M42A 4FXDA 2B6AA 3DOKA 3DLGA 3AVNA 1SKRA 3NH1A 4NCAA 2HHTA 4E7HA 3AA5X 3TI0A 1HJRA 5I3UA 4N5SA 3TAMA 4BE0A 3WNEA 3DLKA 1BL3A 4CJVA 3VQPA 4JS4A 4KTWA 4F3OA 3DMJA 2D0AA 2ZQBA 1A5WA 3VQ6A 4I9LA 3ZT1A 3ZT3A 3HVRA 5KTQA 1RNHA 2HHQA 4CFAA 3OY9A 1L5UA 1RILA 3U3YA 1VSIA 3S3OA 3HL8A 3OS2A 3TAEA 4ELVA 1VSFA 3IS9A 1L3UA 4BWJA 4Z4EA 3A2FA 4RG8A 4HVJA 1NJWA 4B9TA 4FJNA 1EP4A 3PV8A 4FK2A 2DFEA 3C95A 1C1CA 1RTHA 1HQEA 3ALYA 4CGFA 3KLEA 3L8BA 4BWMA 3E01A 1RT7A 4RW4A 4W5TA 3MEEA 4FLWA 4FLYA 3RRHA 2DY4A 2PZSA 1A5XA 3LAMA 2XHBA 1RTIA 3MAQA 1RT5A 4N47A 1VK0A 2GV9A 1RTDA 3OJSA 3QNOA 5J2QA 1KCFA 2F96A 2B4JA 4I7FA 3L2QA 4DFPA 1WSIA 1CXQA 3IRXA 3K5NA 4KB1A 1YT3A 2P5GA 4HUEA 3VN5A 1JXBA 1NKBA 1I39A 4C8NA 1IKXA 1HNVA 3EY1A 4CHQA 4EZ6A 1CLQA 4RW6A 3I0SA 4O0IA 1QSSA 2EX3A 1D8YA 1QHTA 2I5JA 3LPUA 3VQDA 3HP6A 4FM0A 1ASVA 2HNZA 3CM5A 5CYQA 2A1SA 1NK0A 4K8XA 1TL1A 4OKKA 4RW9A 3OJUA 4DWIA 4J2BA 1GOCA 1ZBUA 3QIOA 1F21A 1TK8A 4NYFA 3SUNA 1WSJA 4NCGA 4GW6A 3KD1E 3ZCMA 3ZSYA 2YNFA 4CHYA 3KK2A 3OYFA 3CYMA 4AH9A 4CEDA 1IO2A 1TKDA 4E0DA 4CK2A 1I3AA 4DLGA 3AVKA 4W5QA 4Q0BA 3NBPA 1NK6A 1DTTA 3SYZA 1S9EA 4Y1CA 4FLUA 4NCBA 2XY5A 1DTQA 1A5VA 3D45A 5FRMA 4HTUA 3SZ2A 3HPHA 2FBVA 3TAGA 1UA0A 4CEFA 5HLFA 4FM1A 4FJJA 1GOBA 2X6SA 4DU4A 1LAWA 3LP1A 4FVMA 4FJLA 3K59A 2YHBA 2QXFA 3VQ4A 1BHLA 2OPPA 1EETA 1LWEA 4OLAA 4CHZA 3VQ7A 1S1VA 3AVMA 1XWLA 5HRNA 2FC0A 5K14A 3M8SA 1LWCA 3DYAA 3M8QA 4I2QA 4CEZA 5HRPA 4OPJA 2AJQA 4DG1A 1EKEA 4KKOA 1LWFA 3AVCA 4N56A 1L3SA 4DSIA 1JKHA 4I2PA 3ZSWA 3P83D 3G0ZA 1T05A 5JS1A 3ZSQA 2YKNA 1U04A 3K58A 4FK4A 1W9HA 3AO5A 2KQ2A 3EYZA 1ZBIA 4E1MA 4PQUA 1QE1A 4DSEA 4RW8A 2HHUA 4HCCA 4LY7A 1U49A 4C8KA 4F3TA 4CIEA 1WAFA 3U6FA 2WONA 2HNDA 1W0HA 5CZ1A 3MXIA 2XY8A 4LH5A 3QINA 1Y97A 4B8AB 4JRPA 4QAGA 4CEEA 2G8WA 1K6YA 3ITHA 4CFBA 3LDSA 2E4LA 4F8RA 4R5PA 3NF7A 5T7BA 1C0TA 5SZTA 2OYQA 3HK2A 1KVCA 3AVAA 4TSXA 3T19A 3SPYA 3VQ5A 3NE6A 4I9QA 4O5BA 3SV3A 1JLEA 4QOZB 1IKWA 2ZE2A 3AA2A 4O0JA 3AA4A 5KRTA 5HRSA 5CYMA 4CEQA 1S1XA 2FBTA 2YNGA 1EXQA 3LZJA 4CF0A 1VSDA 1B92A 4E89A 1J5OA 2QKBA 4DS5A 3S3MA 4H4OA 1SUQA 4CHNA 4B9UA 1BI4B 4CE9A 4HUGA 1TAQA 2YHAA 4CJRA 2OPRA 3V9UA 4QCLA 2O4IA 2PYLA 4OPKA 4Z4FA 4DQQA 4DFKA 3ZT0A 4DFJA 4CHPA 3I8DA 3V1OA 3HT3A 1WSHA 3I0RA 1NK4A 1UAXA 1WSGA 4YFUA 3AVFA 3SNNA 2VG6A 1JLCA 4KFBA 3OYJA 3LPTA 4J2AA 3DM2A 4FJKA 2KFNA 1CZBA 1BISA 1TL3A 3LP2A 3DRSA 3SV4A 4KHQA 4FW2A 3DI6A 3MXMA 4KTQA 3NHGA 1RT1A 4H8KA 3DOLA 4CEBA 1T7PA 1REVA 2BGGA 2HVIA 4IBNA 1HPZA 1NK8A 1S6PA 2XY6A 3S3NA 3ZT2A 2IC3A 2X78A 4IFYA 4M45A 3OYMA 2FBXA 3S9HA 2Q3SA 3ASMA 4Y1DA 4Q5VA 2FBYA 1C0UA 3K2PA 4XIUA 1JL2A 2P51A 4AHRA 2BANA 1RBSA 2E6MA 1HYZA 5C25A 3OYNA 3NAEA 1ZYQA 4EZ9A 1VSHA 2B5JA 3NH2A 2D5RA 3HP9A 4MFBA 4DTSA 2QK9A 3CFPA 3C94A 1CZ9A 3ZSVA 3HXMA 3ISNC 3OYAA 3OYEA 3KJVA 3QERA 1SV5A 4LSLA 3RMAA 4G1QA 1TV6A 3DLEA 1XHZA 2KTQA 1EX4A 5J2PA 1WAJA 3TANA 3DLBA 5D3GA 2IGIA 3HPGA 3VQEA 4CECA 3KLFA 1QQCA 3K5MA 1YVUA 3SJJA 1U48A 1D9DA 2PY5A 4CJ4A 1IKVA 4DTPA 3L3VA 3ZT4A 3L2RA 2F8SA 1HYVA 4B8CA 1X1PA 5HBMA 3ZSOA 4FM2A 2ATQA 2BDPA 2KFZA 3DLHA 3CFOA 3KIOA 3KLGA 3V1QA 1VRUA 4OKEA 4O4GA 5KGXA 3PO4A 1ZBLA 4K8ZA 4DSFA 4PY5A 1L3VA 4JRQA 1TKTA 4DQRA 1TK0A 2OPQA 3TR8A 4AHTA 4CK1A 4DTMA 1Z26A 1VRTA 3TAPA 5I42A 3OYGA 4CGJA 4CJSA 4MQ3A 4DFMA 3WNFA 3QNNA 4DSKA 3O3FA 3KK1A 1VSEA 1WNSA 2IDOA 1JLGA 3CM6A 3HVTA 3OYBA 3M8PA 1ITGA 4CGDA 3SUQA 1RDBA 4C8MA 3L2UA 3B6OA 4DMNA 5CZ2A 4B9SA 2D0BA 3FFIA 4FZYA 2VWKA 2LSNA 3AA3A 2P1JA 4BDPA 3ZSXA 4OLBA 3TWHA 2RPIA 5KGWA 3VQBA 2VWJA 3C6TA 4M3WA 1UA1A 2WOMA 4AILC 2G8IA 4CF1A 4C8LA 4B9MA 2RN2A 2Z1JA 1BGXT 4B08A 1HRHA 2JLEA 4Z4HA 3QETA 4BDYA 3QO9A 4ZTJA 1X9WA 1T8EA 4N41A 3PO5A 3DRPA 4KPYA 2DTUA 4FJGA 4ZTFA 2YKMA 1XHXA 4CGHA 3UIQA 4M3XA 1WN7A 5JS2A 3OYDA 2QKKA 4KHUA 1S1TA 1QMCA 4L8RB 3ZSRA 1SKSA 3HM9A 4DTOA 2PYJA 1ASWA 1BCOA 3MECA 3SCXA 2HMIA 3SQ0A 4BE1A 1KRPA 1VSLA 3SQ1A 4OKJA 1RT2A 3NF9A 4DU1A 2XY7A 3AVLA 4LD0A 3RRGA 1QS4A 1S1WA 4CJLA 2HHXA 2RF2A 2F8TA 1UOCA 1RTJA 4FJ8A 2ETJA 1U45A 3O3HA 1NKEA 1TKZA 2R7YA 1JL1A 1RBTA 2KZMA 3V9WA 4CGIA 3KKSA 3LP0A 1RBRA 5HROA 3TAFA 2HHWA 3LAKA 1RDDA 4B3OA 2HHVA 1QTMA 3JSMA 3F73A 1IKYA 3AO2A 3NFAA 2GBZA 4E3SA 3QEPA 2HW3A 3PY8A 3DLRA 1HYSA 4N76A 4IG0A 4ID1A 3AVGA 4M3TA 2OA8A 3IAYA 3V1RA 1BQNA 2XO7A 1IHVA 4OGEA 4CJQA 3LZIA 4BE2A 1SL2A 3KD5E 4CERA 4DLEA 4CJPA 3MEGA 4OVLA 1Q9XA 3AO1A 2Y1IA 3WNHA 4Z4GA 3B6PA 1BIZA 2DFHA 3NGZA 3HJFA 3SQ4A 4FJXA 4FJ9A 5D7UA 4CJ5A 4KO0A 3D0PA 4DTNA 3QEXA 2X6NA 3RMCA 2OZMA 1TKXA 4KB0A 3O4QA 1RBUA 3PX4A 1C0MA 4AHCA 2Y1JA 3TABA 2W42A 3LANA 4DTJA 4Z4IA 1C1BA 5C24A 1FKPA 1N5YA 1HNIA 4CCHA 3K57A 3HO1A 3AO3A 4CJ3A 1FXXA 1NOZA 3KK3A 1U47A 4DTXA 1KSPA 1LV5A 4H4MA 1HQUA 1KVAA 2HNYA 1X9SA 1SL0A 4F2SA 1D9FA 4CFDA 3V6DA 3WNGA 1G15A 4DQPA 1NKCA 3F9KA 3LWMA 4DTUA 1FKOA 3C6UA 3NCIA 5HRRA 3QIPA 2YV0X 2VG7A 4PA1A 1TVRA 2A1RA 2JGUA 2NUBA 4CJKA 4W5NA 2G8KA 4M3ZA 1YTUA 1RDAA 2YNHA 4M3RA 2GUIA 3QESA 1J9AA 3ULDA 3VQCA 1C6VX 4FLVA 2HVHA 3SPZA 4KHYA 1SL1A 3AO4A 4O44A 4B9VA 4ELUA 1J54A 1JLBA 1WSEA 4AHSA 4YNQA 4BACA 4OGCA 4GMJB 4CESA 4KREA 4Z0UA 4EP5A 4FCYA 3OS0A 4FJIA 5CY4A 1JLAA 3LWLA 3OYCA 3CQ8A 4JS5A 3SUPA 4KI4A 5DMRA 1JLQA 5E41A 2IOCA 3QEIA 2HHSA 4FLXA 1DLOA 2HB5A 3RR7A 1RT4A 3AVHA 2ITGA 1KLMA 4ICLA 5HP1A 3RWUA 1LW2A 4DQIA 4CJTA 2VG5A 1BCMA 4OJRA 4EP4A 4DSJA 3VA0A 3VA3A 4KAZA 1NJXA 2G8VA 1ZBHA 4FYDA 5C42A 3KKRA 1XI1A 3TARA 4E7IA 1Q9YA 1WSFA 1TAUA 2D0CA 1O1WA 3H08A 5J1EA 5J2NA 4KHWA 4IKFA 5FRNA 1JXEA 2DFFA 4KHSA 4LSNA 3BGRA 1KFSA 1S1UA 1T03A 3V9XA 4KHNA 2YNIA 2G8UA 1U4BA 1X9MA 3RMBA 1HMVA 1SKWA 4KV8A 4CIFA 1BI4A 4HUFA 4CEOA 1QSYA 1VSKA 5FDLA 1RT6A 3RMDA 4HHTA 2Z1HA 4J2DA 1XC9A 3MXJA 4KRFA 1LW0A 1NK9A 4HCBA 1GOAA 2X74A 4PUOA 3NF6A 4CJUA 1IH7A 4BDZA 3NF8A 5SWMA 3PX6A 3RTVA 1Q8IA 4Z4CA 3T1AA 4DQSA 1N6QA 2BE2A 4WE1A 1IG9A 2P5OA 1BQMA 1RCHA 3NGYA 2OZSA 4CFCA 1VSMA 3DRRA 1RDCA 3KLIA 1KFDA 1WLJA 5EU7A 4DSLA 1RBVA 4CF2A 1B9FA 5KRSA 4J2EA 1ASUA 4CJFA 3SUOA 2OPSA 3KTQA 4IG3A 1B9DA 3AVBA 5FROA 2XRIA 4W5OA 3EZ5A 3NDKA 1NJYA 3OYIA 4LH4A 4IDKA 3LALA 1KVBA 3AV9A 4E19A 4DU3A 3KLHA 4CHOA 3VQAA 3SQ2A 3VQ9A 3L3UA 3VQQA 3HPOA 1JLFA 2O4GA 4GVMA 3QLHA 3K5LA 4E7JA 4JLHA 4NYNA 3P5JA 1NOYA 3BDPA 1J53A 1FK9A 3PX0A 3PUFA 3V9SA 4CF9A 1UWBA 3AVJA 4ID5A 4RW7A 4CEAA 3L2WA 4FJHA 4CF8A 1R0AA 4DF8A 2EHGA 1QSLA 3NGIA 1S5JA 1D5AA 3OYKA 3V81A 4FJMA 4M3UA 4FJ7A 3T3FA 1NK7A 1CXUA 4FZXC 3HSTB 3LP3A 2RKIA 3JYTA 3K5OA 4C8OA 3OYHA 1NK5A 3P1GA 3THVA 2G8FA 3O4NA 3TAQA 4FK0A 4DS4A 4CJEA 2ZD1A 1C6VA 5J2MA 1VSJA 1TK5A 1S6QA 3RR8A 3CG7A 4PWDA 3QEWA 4KTZA 2G8HA 3M8RA 4AHUA 4KI6A 3VQ8A 4FJ5A 4DTRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5GAOr 1D0XA 3GF5A 4ZGDB 3AAQA 5GIOA 1QQNA 1D3BA 1IHWA 1XC3A 3M58A 1Z9QA 3OYLA 4ZHRA 3THXB 1AEYA 4JZ3A 3F2KA 2CP7A 3H1VX 5C10A 2HMAA 2QG9B 1Z05A 4EAHD 2HBLA 1ZBFA 1WOQA 4CK3A 2IS3A 2I0NA 1J3TA 2KZZA 3M57A 1KTQA 1VQMQ 4JV5K 1RT3A 1BU1A 2GCXA 4AHVA 3V9ZA 4B9LA 4GY2B 5I9EB 4OMOA 3P38A 2FPEA 3U3GA 1Z25A 2KRNA 4FLTA 4MLHA 3RBBB 4B9NA 2Z1IA 3F9MA 5AQUA 4BRMA 2KGTA 3R3LA 4J9GA 2EQJA 3GNFB 3CMEN 3AVNA 4NCAA 3NH1A 4WQ5A 5I21A 1UHCA 2DPPB 3CC2Q 3MN6A 4XU1A 4BE0A 3QWYA 1SSHA 2ZGZA 3U4LA 1I4K1 3WNEA 4ISEA 4C1NK 5AQVA 1NWKA 4ILHA 1K73O 1D1AA 2D0AA 2ZQBA 3VQ6A 3ZT3A 3L6QA 1ACMB 2DF6A 5GAOm 4JHDA 2UXBK 2W0ZA 3JRZA 4A5AA 3TAEA 1L3UA 3IDHA 1ZSZA 2P4RA 4BWJA 1D4XA 4CZLA 1IV0A 3C95A 1C1CA 1YFNA 5BN9A 3VRZA 3ALYA 3SJHA 2QGFB 1HKCA 3E01A 4RW4A 2ZJPL 1N6AA 1N9RA 3RRHA 4FWLA 1I5OB 3AT1B 3R6NA 1A5XA 1MNDA 2JWKA 5EOYA 3MAQA 4N47A 2GV9A 5EXWA 1M2OA 3CJ1A 3K5NA 4HT8A 4KB1A 2ZCFB 1JXBA 2EGEA 1I39A 5AQQA 1CLQA 1HNVA 1M90U 4XQ3A 4O0IA 3AHUA 4WCIA 3LH0A 3T1HK 4M78D 1RDUA 2I5JA 3LPUA 4IO8A 3HP6A 4X62K 2E70A 1ZHIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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