4FW1A

Crystal structure of two-domain rsv integrase covalently linked with dna
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
218
structure length
210
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGDAFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVCRANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords Integrase
total genus 71
structure length 210
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 4fw1A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fw1A01
4M3RA 2VG7A 1JLQA 3I8DA 3SUNA 4CGHA 2HB5A 4TSXA 4DTNA 3KD1E 3KK3A 4QAGA 3V9UA 4GW6A 2LSNA 4KHWA 1S1TA 3DM2A 3M8QA 4B9NA 2G8KA 2XHBA 3DOLA 2BDPA 1QSSA 1DTQA 1VK0A 3CFPA 1BL3A 1BQNA 4BE1A 4DSIA 4PY5A 2DY4A 3VA3A 5FDLA 1NJYA 4UQGA 1Y97A 4EZ9A 2P5OA 2YNHA 1C1CA 3NGYA 4CESA 3OJUA 3V1RA 1A5XA 4W5OA 3V9ZA 1TKXA 1XHXA 3QNNA 1TL1A 2OPPA 3L8BA 3ITHA 4DTMA 1N5YA 1T8EA 4QCLA 4M3WA 3O3FA 1S1WA 4FLZA 4OKJA 4OGCA 3TAEA 1ZBHA 4F2RA 1D9FA 4FLYA 2HHTA 1S1XA 2DFEA 2JGUA 2Z1GA 3KLIA 4GVMA 3PX6A 2IS3A 2OA8A 3ZSZA 4FJMA 3LWMA 1S6QA 2KQ2A 1NK0A 1X1PA 4W5TA 1NK7A 2XY8A 3NBPA 3DLGA 3RTVA 5HRSA 4Z4EA 4CJQA 1BIUA 3V9SA 4FJ9A 4FJ5A 3SQ4A 4FJ7A 4FM2A 1IHVA 4MQ3A 3LAMA 2G8FA 5KRSA 1JXBA 1GOCA 3NGZA 2KFNA 4DQRA 3H08A 3S3MA 3C95A 1QHTA 4I7FA 1YVUA 1CZ9A 1JLAA 1HQUA 1VRTA 3NCIA 4J2DA 2HHVA 1YT3A 4LH4A 3SPYA 3VQDA 3C6TA 5SZTA 3TARA 4E19A 1L3SA 3VQBA 2X74A 3SCXA 1RT6A 3K58A 1QTMA 3U3GA 3V1OA 1GOAA 2YHBA 2KTQA 3MXJA 3LP1A 4CEEA 4CFAA 4M3UA 4NCAA 4BWJA 1KVAA 2A1SA 4FZZA 1TAUA 3LPTA 1HNVA 4CJKA 3HT3A 3ULDA 3WNEA 3ASMA 3LAKA 4J2BA 3SJJA 1LWEA 5C42A 4CHZA 1VSLA 4Y1DA 3QERA 1LAVA 3OS1A 3ALYA 1BIZA 1HMVA 3MAQA 3KJVA 1I3AA 1RDCA 1JL2A 4DQPA 1RT1A 1C0TA 4HUEA 3TAPA 4I2PA 3AVMA 4DS5A 4DF8A 3RR8A 3AO5A 4O0IA 4AHTA 1UWBA 1VSDA 3NFAA 2FBYA 3NF6A 4O0JA 1BCOA 2O4GA 3HM9A 5J1EA 4BWMA 2W42A 3VA0A 3G0ZA 1NOZA 2GBZA 5DK5A 1UA0A 3K2PA 1JLCA 4FK4A 4KKOA 1W0HA 3QEWA 4CF9A 3AVLA 4DWIA 1WLJA 2XY6A 4O44A 4LSLA 3V9WA 4AILC 3K5MA 3LP3A 4C8KA 4Z4GA 4CFCA 3NDKA 4KRFA 3RR7A 3CFRA 4NCBA 2HHQA 1R0AA 3TAGA 3CM6A 3NF8A 3QEVA 1VSKA 3CFOA 1REVA 4B8CA 5D3GA 4L8RB 1KCFA 1NJWA 2KFZA 3KTQA 1TGOA 4JRQA 5HP1A 2IOCA 1N6QA 3AVIA 3DLRA 4CHPA 3A2FA 1TK5A 3ZT3A 3KKSA 3AVGA 1RT3A 4FJIA 5I42A 2P51A 1YTAA 4HCBA 4WE1A 1KLMA 2DFHA 4RW6A 1BGXT 4H8KA 3ZT1A 1S1VA 4RW8A 1DTTA 4Y1CA 3I0SA 1ZBFA 4DFKA 4FK0A 3QIPA 2G8WA 4IBNA 4KFBA 3SPZA 3AO1A 4C8NA 1RDBA 5HRNA 1IHWA 3K5LA 3L2VA 4BE2A 4CECA 1U49A 4FYDA 2HVIA 1A5WA 4CGIA 2ZE2A 3WNHA 2YKMA 1WAFA 4K8ZA 3QESA 4O55A 4O4GA 5CZ2A 4CF0A 1HNIA 1C1AA 4ELTA 3DI6A 1JLBA 2X6SA 3AA5X 4DTUA 4DFPA 4DS4A 2HNYA 2DTUA 1B92A 1HQEA 3LPUA 3HYFA 4KHNA 4M3TA 1JLGA 1IH7A 4E7IA 1WSFA 4E7HA 3DLBA 4M42A 2A1RA 2QKBA 1CXUA 3U3YA 1KRPA 2IAJA 3VQ4A 3KKRA 3LWLA 5J2NA 4AHRA 3AVJA 1VSEA 3P83D 3OYDA 1T05A 3OS0A 4CHNA 4CERA 2HMIA 2X6NA 1LW2A 4AHCA 4F4KA 2HW3A 4CF1A 3KLGA 3M8SA 1FKOA 1RBTA 4DF4A 4J2AA 4FK2A 1J54A 3SQ0A 4YNQA 3HO1A 3VN5A 3K5OA 1ASUA 2ITGA 2PZSA 3OYNA 3OYIA 2OZMA 3ZSXA 4DFMA 4BDZA 3B6PA 2WONA 4KB1A 2D0AA 4FM1A 3IS9A 3ZT4A 3OYJA 1QQCA 3ZSRA 1I39A 4BACA 5T7BA 3OYCA 1NK9A 4ZTFA 4E0DA 2YV0X 3C6UA 4RG8A 3OJSA 4DQSA 4H4MA 4CGFA 4CK1A 1RDAA 3HP9A 1W9HA 2JLEA 4CEOA 3ZSQA 3I0RA 1LV5A 3SNNA 3CYMA 2B6AA 4KO0A 2G8IA 3ZCMA 4F3TA 4CFDA 1FK9A 3HK2A 4C8MA 4DSLA 1BI4B 3F9KA 3OYEA 4QOZB 4Z0UA 5FROA 3V81A 3P5JA 5J2PA 1D9DA 4EZ6A 2YNFA 3TWHA 4NYNA 3T19A 4B9LA 3DOKA 1VRUA 4FZXC 4CJVA 2B4JA 5J2QA 3RMCA 3L3UA 1D5AA 1QE1A 1JLFA 1X9MA 4B9VA 4IDKA 1ZBUA 1SKSA 4DQIA 4E89A 3PO5A 1SL1A 2I5JA 3AA2A 2BE2A 1XHZA 4Q0BA 4CFBA 1VSMA 1ZBLA 4KTZA 4Z4IA 4CEZA 3B6OA 3T1AA 3OYFA 3V6DA 1LW0A 3KIOA 3QIOA 5C24A 1ZYQA 2XY5A 1NKEA 4CJ4A 2R7YA 4OPKA 3IAYA 4FZYA 4OLAA 2VG6A 4EP5A 2HVHA 4OPJA 3RWUA 3QEIA 4DTXA 4FCYA 4FLUA 4DG1A 1J53A 4HUFA 3AV9A 5D7UA 3TI0A 4MFBA 2Q3SA 5KI6A 1TK0A 4BDPA 3NE6A 4CGJA 1NK6A 3AO2A 1C0UA 1IKWA 3L2UA 3HSTB 3SZ2A 1HYSA 2YNGA 2OPQA 1ZBIA 3AVKA 3RMAA 1JL1A 1RBVA 2Z1IA 3O4QA 4RW9A 3G10A 4RW4A 4LD0A 3NH1A 3L2RA 4JS4A 4DU4A 4H4OA 3DLHA 4PWDA 3OYGA 3KLEA 4CK2A 2HHUA 3OS2A 1ASVA 1C6VA 4XIUA 4I2QA 1TKDA 1JLEA 4CJ5A 4B9SA 3TR8A 3SI6A 1BQMA 2E4LA 4CGGA 4DLGA 2OPSA 4EP4A 5KRTA 4W5QA 1TAQA 2FBTA 4DU1A 1L3UA 2OZSA 3LALA 1LAWA 1S9EA 4HCCA 3VQAA 3EZ5A 4CJPA 3MEEA 2Y1IA 1VSJA 1SL0A 3S3OA 2D0CA 2X78A 3VQ8A 2BANA 2IC3A 2YNIA 2Z1JA 3IRXA 1RTJA 1S6PA 4IG0A 5K14A 3VQEA 4CIGA 5CY4A 4RW7A 1CXQA 1GOBA 1HYVA 4IKFA 4OJRA 3P1GA 1XC9A 2HHWA 1NKCA 1IO2A 1K6YA 4OKKA 4KI4A 3DMJA 3SQ2A 1QMCA 4PUOA 3NF9A 3K59A 4OVLA 3OY9A 5FRNA 4KTWA 4KTQA 1L3TA 4Z4FA 4M41A 2VWJA 1O1WA 4CGDA 4CJEA 3CG7A 4GMJB 4CHQA 3MXMA 1EP4A 3LZIA 4HUGA 4CJTA 3KD5E 3AVBA 1U47A 2Y1JA 2D0BA 4FJKA 3ZSVA 4CJFA 1WSIA 1WAJA 3LP0A 1RNHA 4N5SA 4Q5VA 4JRPA 4OKEA 2Z1HA 2KW4A 4Z4CA 1UA1A 4CEAA 2VG5A 1HPZA 3VQQA 3FFIA 3OYMA 4FLWA 2FBXA 1L5UA 2KZMA 1A5VA 1NJZA 4G1QA 4YFUA 3PY8A 4ID5A 1ASWA 3V1QA 1IKXA 5KTQA 1WNSA 4F2SA 4KHQA 5CYQA 1NOYA 1RTDA 4DSKA 3NF7A 4FLVA 2PY5A 1UOCA 3HL8A 3NHGA 4E3SA 1T03A 2RPIA 5JS2A 3O3HA 3TAFA 1UAXA 4K8XA 3T3FA 2PYLA 1LWCA 3PX4A 4DTJA 2G8HA 3OYBA 4DU3A 4M3YA 4J2EA 4FW1A 1RT4A 1QS4A 3QEXA 4B9TA 1C0MA 5KGXA 3DRSA 4DTPA 1XWLA 1Q8IA 3L2QA 3HPOA 4E1MA 1Q9YA 3NAEA 4FJHA 4ZTJA 4BE0A 4JS5A 2WOMA 1G15A 1WSJA 1KFSA 4M3ZA 2AJQA 2HHSA 4HHTA 4OLBA 3VQCA 4CJUA 1MU2A 1HYZA 2BGGA 3KLHA 3DLEA 4AHUA 1SV5A 2IDOA 3JSMA 1NK8A 1NJXA 1J5OA 4B9MA 4F3OA 4F8RA 1SUQA 3K5NA 1X9SA 3S3NA 1VSFA 3ISNC 4E7LA 1SKRA 5SWMA 4N41A 1RILA 3AA4A 3M8RA 1TK8A 4LY7A 4ELUA 1TKTA 3SV4A 4DFJA 2PYJA 2G8UA 3UIQA 4FJJA 3MEDA 1QSLA 2RF2A 3THVA 2YKNA 3QETA 2F96A 3SYZA 4CEQA 4FLTA 3SQ1A 5HROA 1C1BA 3NH2A 4KPYA 5FRMA 3D0PA 1HRHA 3TAMA 3PV8A 1BISA 3HXMA 1B9DA 4M3XA 5CYMA 1U48A 4KB0A 1TL3A 2GUIA 3OYKA 3OYAA 3AVNA 1VSIA 5CZ1A 3VQ5A 1X9WA 2RN2A 5HRPA 3U6FA 3AVAA 4FJNA 3SUQA 3OVNA 4N47A 3TANA 3LDSA 5KGWA 4I9QA 3LP2A 4AHSA 3QINA 2D5RA 1U4BA 2RKIA 5J2MA 1IKYA 3ZSYA 4E7JA 1HJRA 1SKWA 1L3VA 1RTHA 4NCGA 1RT2A 3L2WA 3QO9A 4W5NA 3AVCA 3AO4A 4KV8A 3O3GA 1C6VX 3CM5A 3E01A 3EY1A 1TVRA 3RMDA 2KZZA 2FC0A 5DMRA 1WSEA 1Z25A 1S1UA 2ZD1A 4CE9A 3MXIA 2B5JA 1KSPA 4ICLA 4N76A 1Q9XA 4HTUA 1RBRA 2XRIA 3JYTA 4FJGA 4KHUA 4LH5A 1RBSA 1EXQA 2GV9A 3RRHA 3V4IA 3ZSOA 4CHYA 3C94A 3IG1A 4PQUA 2O4IA 3OYHA 1RTIA 2HNDA 3ZSWA 3OYLA 4DSEA 1U04A 3WNGA 1TV6A 4LSNA 1XI1A 1ITGA 4DTSA 4CK3A 4CIFA 4DSFA 5HRRA 1U45A 2P1JA 4AHVA 4FJXA 3QLHA 3VQ7A 1KVCA 4ZHRA 4KI6A 4CF8A 2XO7A 2ATQA 3D45A 3VQ6A 3HJFA 5C25A 1EETA 4W5RA 3S9HA 2P5GA 4DSJA 1RBUA 3LANA 4ELVA 3HP6A 4FXDA 4JLHA 2E6MA 3QNOA 3SUOA 3L3VA 2XY7A 4FJ8A 2HHXA 3AO3A 3RRGA 3SV3A 1SL2A 1TKZA 3ZT0A 4R5PA 4DLEA 4DMNA 3HVRA 3K57A 2OYQA 1Z26A 3RMBA 3MEGA 3V9XA 1RT5A 3PX0A 1T7PA 2EX3A 3DRPA 4Z4HA 3PO4A 2F8TA 4CEDA 3DLKA 1FKPA 3DYAA 4IG3A 1KTQA 2VWKA 3PUFA 3CQ8A 3AA3A 1J9AA 1WN7A 4M45A 3LZJA 4OGEA 3HVTA 2QK9A 1F21A 4CJWA 3KK1A 3VQ9A 2OPRA 1EX4A 3TAQA 1NK4A 5JS1A 4CJLA 2F8SA 2NUBA 4CJSA 3HPHA 4IFYA 3DRRA 3BDPA 1BI4A 4CEBA 4KAZA 3SUPA 2EHGA 1DLOA 4N56A 1KVBA 5HBMA 3MECA 2IGIA 1FXXA 3NH0A 4DTRA 3QEPA 1KFDA 4ID1A 1WSGA 1NK5A 4FVMA 1BHLA 5EU7A 4CF2A 1NKBA 4PA1A 4CJRA 3O4NA 1RDDA 3KK2A 4CIEA 2FBVA 3AVHA 1YTUA 1LWFA 1RT7A 2DFFA 3TABA 5I3UA 4FM0A 4DQQA 2YHAA 2ETJA 1BCMA 1S9GA 3F73A 3VQPA 4KHYA 4FW2A 5E41A 4CCHA 4E7KA 3ZT2A 1QSYA 1IG9A 4AH9A 1D8YA 2G8VA 3KLFA 4KHSA 3AVFA 4DTOA 2QKKA 1IKVA 1B9FA 4HVJA 3EYZA 4B8AB 4E1NA 4FJLA 2ZQBA 5HLFA 1S5JA 4B3OA 4B08A 2HNZA 3WNFA 4CJ3A 3NGIA 3HPGA 1KLNA 4O5BA 4FLXA 1JXEA 1EKEA 1VSHA 4C8LA 4KREA 3M8PA 4I9LA 4CHOA 1JKHA 1WSHA 3BGRA 4NYFA 4BDYA 4CEFA 1CZBA 4B9UA 2QXFA 4C8OA 2E6LA 1CLQA 4IFVA 1RCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZCFB 2VG7A 4M3RA 3I8DA 3SUNA 4DTNA 3THKA 1AEYA 2LSNA 3BUZB 1ZUKA 1RFQA 2YX6A 4JPBW 2D1KA 4M7DA 2G8KA 2ZPFB 1ABQA 1HJDA 3C7NB 1DTQA 1VK0A 1BQNA 1YF5L 3HM8A 3WXLA 5FDLA 3VA3A 2K7AA 1Q86C 1QQMA 1UUEA 5DY9A 1Y97A 4M75G 1M3CA 3MN6A 4KH6A 4YDUA 4EZ9A 3EFOB 3EN9A 3QNNA 1W97L 3L8BA 3ZX3A 1N5YA 1WBBA 3X20B 4B1XB 2LJ3A 3FLCO 2V8IA 3KVGA 1I5OB 5BPLA 1N36K 4OX9K 1X6BA 4OGCA 4OKJA 3DB4A 3I35A 1X43A 2DFEA 2Z1GA 3CC4A 3GP8A 3ZSZA 3LWMA 1S6QA 3SD4A 1VQ5A 3EG9A 5DM6L 1T6CA 1NK7A 3Q7CA 2JW4A 2ABLA 5HRSA 3E66A 1V1CA 2ESWA 4C0DB 2KBTA 1IHVA 2YLCA 3FDRA 4FM2A 5DLQE 2G8FA 3NGZA 1W2BA 2L89A 2KFNA 3DLMA 4EMKA 3CJ1A 2RB6A 1Q86R 3H08A 3CXCM 3M9QA 3S3MA 4J9IA 1K76A 4X66K 2UUCK 2HL3A 4I7FA 1YVUA 4JV5K 1HQUA 3BE3A 4I6MA 2HHVA 3VQDA 3LW5E 2A6AA 3TARA 3ZBDA 1SRLA 1WHHA 2LQWA 4MZPA 4KH5A 2CH5A 1QTMA 2UYTA 2WSEE 2H3GX 1GOAA 2YHBA 3JCMW 4M3UA 2QEXA 2CT3A 1LVKA 2M1HA 4CJKA 2E5QA 1ZBJA 3CQYA 3LAKA 3WNEA 3SJJA 3LDLA 5C42A 2KY9A 1VSLA 4YOTA 1LAVA 5ADXH 1T0JA 1UGQB 3J81O 3MAQA 1I3AA 2EQUA 1RT1A 4I2PA 4DS5A 3RR8A 1YFNA 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 3SUP A;  2EHG A;  1DLO A;  4N56 A;  1KVB A;  5HBM A;  3MEC A;  2IGI A;  1FXX A;  3NH0 A;  4DTR A;  3QEP A;  1KFD A;  4ID1 A;  1WSG A;  1NK5 A;  4FVM A;  1BHL A;  5EU7 A;  4CF2 A;  1NKB A;  4PA1 A;  4CJR A;  3O4N A;  1RDD A;  3KK2 A;  4CIE A;  2FBV A;  3AVH A;  1YTU A;  1LWF A;  1RT7 A;  2DFF A;  3TAB A;  5I3U A;  4FM0 A;  4DQQ A;  2YHA A;  2ETJ A;  1BCM A;  1S9G A;  3F73 A;  3VQP A;  4KHY A;  4FW2 A;  5E41 A;  4CCH A;  4E7K A;  3ZT2 A;  1QSY A;  1IG9 A;  4AH9 A;  1D8Y A;  2G8V A;  3KLF A;  4KHS A;  3AVF A;  4DTO A;  2QKK A;  1IKV A;  1B9F A;  4HVJ A;  3EYZ A;  4B8A B;  4E1N A;  4FJL A;  2ZQB A;  5HLF A;  1S5J A;  4B3O A;  4B08 A;  2HNZ A;  3WNF A;  4CJ3 A;  3NGI A;  3HPG A;  1KLN A;  4O5B A;  4FLX A;  1JXE A;  1EKE A;  1VSH A;  4C8L A;  4KRE A;  3M8P A;  4I9L A;  4CHO A;  1JKH A;  1WSH A;  3BGR A;  4NYF A;  4BDY A;  4CEF A;  1CZB A;  4B9U A;  2QXF A;  4C8O A;  2E6L A;  1CLQ A;  4IFV A;  1RCH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1YVU A;  4JV5 K;  1HQU A;  3BE3 A;  4I6M A;  2HHV A;  3VQD A;  3LW5 E;  2A6A A;  3TAR A;  3ZBD A;  1SRL A;  1WHH A;  2LQW A;  4MZP A;  4KH5 A;  2CH5 A;  1QTM A;  2UYT A;  2WSE E;  2H3G X;  1GOA A;  2YHB A;  3JCM W;  4M3U A;  2QEX A;  2CT3 A;  1LVK A;  2M1H A;  4CJK A;  2E5Q A;  1ZBJ A;  3CQY A;  3LAK A;  3WNE A;  3SJJ A;  3LDL A;  5C42 A;  2KY9 A;  1VSL A;  4YOT A;  1LAV A;  5ADX H;  1T0J A;  1UGQ B;  3J81 O;  3MAQ A;  1I3A A;  2EQU A;  1RT1 A;  4I2P A;  4DS5 A;  3RR8 A;  1YFN A;  3QFP A;  3ZYY X;  2EKO A;  2C06 A;  3NF6 A;  4M63 C;  2FBY A;  3VA0 A;  5GAD P;  2O8F B;  4FWL A;  2HL5 C;  2GBZ A;  1OZ3 A;  2R57 A;  1JLC A;  3CC4 T;  4GVE A;  4GV3 A;  4KKO A;  1M2O A;  5BPM A;  2RHI A;  3QEW A;  3LYI A;  3VJP A;  4DV2 K;  2QQA A;  1K8K A;  3VGL A;  1VIE A;  3L6Q A;  1WJR A;  1FYN A;  4JKD A;  1I5L A;  1RGI A;  4JJN K;  3UKR B;  4C8K A;  2HHQ A;  3CFR A;  4NCB A;  3LDQ A;  1M9S A;  3SWN C;  1R0A A;  2LNV A;  3CM6 A;  3NF8 A;  2HEQ A;  3QEV A;  2C0I A;  4B8C A;  4C8Q A;  4JKC A;  1YIT N;  1NNE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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