4FW2A

Crystal structure of rsv three-domain integrase with disordered n-terminal domain
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
218
structure length
210
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords Integrase
total genus 69
structure length 210
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 4fw2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fw2A01
1UA1A 3AVIA 2HMIA 1RT1A 1VRUA 1YTUA 4FYDA 2D5RA 4CHYA 3SPZA 1FKPA 1K6YA 2GV9A 4IBNA 4O4GA 2YNHA 3AO3A 4Q5VA 3V9UA 4OLAA 3QINA 1BQNA 3K59A 3VQCA 3QNNA 4DTOA 1U04A 3U6FA 1Q8IA 2XHBA 1Z26A 4OPKA 2OZSA 1LWFA 3O4NA 2ETJA 4CJ4A 4OJRA 4FLTA 4UQGA 4DFKA 4HCCA 1RTJA 3ALYA 1RTIA 2HHXA 1RTHA 1O1WA 1VSMA 1KLMA 3OVNA 3OYGA 3HM9A 4CIGA 3LWMA 3SV4A 3TWHA 2XRIA 4PQUA 4KKOA 4CEFA 1HNIA 3QIPA 4M3RA 1C6VX 2HVHA 3QESA 3AVGA 4CEBA 1NOYA 1NK8A 3HJFA 1BQMA 4CJ5A 4CESA 2PY5A 3OYKA 3HPHA 5J2MA 4FZZA 2D0AA 2YKMA 3C95A 3ISNC 3LP3A 3QIOA 4CIFA 4W5OA 4RW8A 1BI4A 3L2UA 1WN7A 1TKDA 5CY4A 3KTQA 4DQQA 1JLBA 1SUQA 3SPYA 4DLGA 4O55A 4YNQA 3IRXA 2HVIA 3OYCA 4W5NA 3AVHA 5T7BA 4CJUA 3CM5A 2B5JA 3D0PA 1G15A 1B9DA 1BISA 3P83D 4FLXA 4I2QA 3KLHA 3OYLA 4RG8A 3TAEA 3TAQA 2P5GA 5CZ1A 2R7YA 4JS5A 4FJGA 4DSEA 4CHQA 1VRTA 5SWMA 1RT6A 3HP9A 4CK1A 3NHGA 2XY7A 4B8CA 1QTMA 2QXFA 1NJYA 4CERA 4HCBA 1RDDA 4I7FA 1VSHA 4J2EA 1L3UA 2QKKA 1JLGA 2DFHA 4B8AB 2G8WA 1S1TA 2HW3A 3KLFA 3RMDA 3VA3A 3AO1A 4LH5A 3MXJA 4Q0BA 2ITGA 2Z1IA 3DMJA 1NJZA 1X9WA 4FW2A 1C6VA 1VSEA 3LDSA 1MU2A 3ZT4A 1S5JA 4ZHRA 1TL1A 3DM2A 1Y97A 4NCBA 4DSLA 4CJTA 3RR8A 1JLCA 3DLGA 4AH9A 4CEDA 4CK3A 5E41A 5KRTA 3T1AA 3ZSXA 4DFPA 4IG3A 1JLFA 3T3FA 3OJSA 4M3XA 4BDYA 1KRPA 3TAGA 1RBUA 1NOZA 1VSDA 4PUOA 3VQ9A 3KLEA 4RW9A 3AO4A 1T05A 1TK8A 1J53A 4PY5A 4FM2A 1WNSA 3EY1A 1SL2A 2YHAA 4N41A 1IKYA 2HNDA 4M45A 3BDPA 4E1MA 4KHSA 2X6SA 5KTQA 4E0DA 2GBZA 1NK9A 3P5JA 3LP2A 4CJVA 1LWCA 1WSJA 1NK7A 4E7LA 4B3OA 2KFNA 1TV6A 1KFDA 1LAVA 3NFAA 1KTQA 4GMJB 3K57A 2Z1HA 3HYFA 3JYTA 1KSPA 1JKHA 1CZBA 3NAEA 3RR7A 1IHWA 4OKKA 3LWLA 1SV5A 2QK9A 4FLUA 5J2NA 4C8OA 3U3GA 2OZMA 2YNGA 4O0IA 3SJJA 1L3TA 1NKEA 4OLBA 4DSIA 1RDBA 3DLHA 1FKOA 3PUFA 4IDKA 4TSXA 1B9FA 3ZCMA 4E7IA 1TAQA 4RW7A 3NGYA 4KTQA 4KHUA 3AA3A 1BCOA 4KB0A 1DTQA 2I5JA 3IAYA 1L3VA 4FJMA 4IFYA 5CZ2A 3C6UA 4FJ7A 3V6DA 2BE2A 4BE2A 3S3NA 4LH4A 1YTAA 4N76A 1YT3A 2Y1IA 2WONA 3DRRA 4DSFA 2Z1GA 3SCXA 1HNVA 4E7JA 1T8EA 4EZ9A 5HRNA 4WE1A 4CJWA 1S9EA 1UOCA 5EU7A 5JS1A 1EX4A 4AHTA 3AVMA 4FCYA 1ZYQA 4ELVA 3LAKA 1W0HA 2X74A 4KV8A 5FDLA 4YFUA 4CGJA 4N5SA 1D9FA 3SUNA 4J2BA 2G8IA 4OKJA 2PYLA 1CZ9A 3LZIA 3OYDA 4CJKA 3LPUA 3QEWA 2FC0A 2WOMA 1S1UA 4B9NA 3NF9A 4KREA 1WSFA 4W5QA 4HHTA 4DS4A 4LY7A 1IG9A 3PO4A 4FXDA 2YV0X 5KI6A 3KK3A 4FLZA 3AO2A 4EP5A 1XI1A 2OPRA 3HPOA 4KTWA 2G8UA 3RWUA 1ZBIA 3PX4A 2HB5A 4AILC 1VSLA 4CEQA 3CFPA 3V9SA 3S9HA 4FK0A 2VWKA 2KFZA 4DQRA 3PO5A 3MECA 1QE1A 2Q3SA 4CFDA 4DSKA 4FJ9A 1KVBA 3TAPA 4CFAA 1CLQA 3H08A 1JL1A 3AA4A 5FRNA 1IKWA 2ZE2A 4GVMA 4N47A 2FBVA 4DFMA 3ITHA 4W5RA 4FW1A 1A5WA 3TARA 4C8KA 4FK2A 1XC9A 1GOBA 1QSLA 4FJHA 3V9ZA 4JS4A 4HUGA 4E3SA 2VG7A 3DRSA 4FJLA 5KGXA 4CF1A 1IH7A 4CEEA 3KK1A 4HTUA 4OPJA 1BIUA 5DK5A 4EZ6A 2BGGA 1NKCA 2B6AA 4F2SA 3TANA 2VG6A 4M3TA 3RRHA 4DMNA 1UWBA 1SKWA 2F8TA 4AHVA 2BDPA 3QNOA 1A5XA 3DOLA 1BHLA 2E6MA 1ASUA 2FBXA 3WNEA 1D5AA 4QCLA 2HNYA 3NF8A 4FLWA 3VN5A 3OS1A 2RN2A 2IGIA 1TGOA 3ZSZA 4ZTFA 1RT2A 3O3FA 2P1JA 2LSNA 1U45A 4KB1A 1J9AA 3QEVA 3AV9A 3V1OA 3SYZA 3V9XA 3ASMA 2XY5A 4J2AA 2AJQA 1WAFA 1Z25A 3AVFA 3G10A 1RBTA 1RT7A 3HSTB 4H8KA 1BI4B 3AVKA 4KHWA 3DOKA 4CFCA 5SZTA 3RTVA 4BDPA 5HROA 4J2DA 3LANA 4LSLA 4C8LA 3WNHA 2VG5A 2XY8A 4FLVA 3DLEA 4BWMA 3O3GA 2HHUA 4DTPA 3AVNA 3U3YA 1EXQA 1HMVA 3L2VA 3TI0A 3OYAA 1RT4A 2F8SA 5HRRA 3QO9A 1TK5A 4IFVA 3UIQA 1X9SA 3KD1E 3OS0A 3CQ8A 4FLYA 1DTTA 1RDCA 3IG1A 2GUIA 5DMRA 1Q9XA 1TK0A 4CEAA 1IHVA 1EKEA 4E89A 5I42A 3KK2A 3ULDA 4NCAA 4Z4IA 3OYIA 2KW4A 3EYZA 3QEIA 3MEGA 1BIZA 1GOAA 1RBSA 1TVRA 1W9HA 3B6PA 1IO2A 4F8RA 1HYZA 4CF0A 5FROA 1C0MA 1KVCA 5KRSA 4CE9A 5C25A 3SUOA 4DSJA 4KPYA 1WLJA 4M42A 2YHBA 4KFBA 1D9DA 1UA0A 2DY4A 2F96A 3HL8A 1R0AA 3M8PA 3HP6A 4DF4A 4AHRA 2DFEA 1YVUA 2BANA 1N6QA 3PY8A 2KTQA 4H4OA 3ZSQA 1HPZA 4GW6A 1RDAA 3VQ5A 3HXMA 1VSJA 3QEPA 4M3YA 1C0TA 4PA1A 3I8DA 4G1QA 3EZ5A 3QERA 4DLEA 3SZ2A 4FM0A 1HRHA 2RPIA 1C1CA 3NGIA 1JLAA 3SQ1A 1WSIA 4W5TA 4E7HA 3NBPA 4KTZA 1S6QA 1SL1A 2HHWA 1QQCA 3DLKA 2VWJA 3CFOA 1TKXA 4LD0A 4JRPA 3A2FA 4CJLA 4KO0A 3WNFA 3VQAA 4FZXC 2FBTA 4M3WA 4DTJA 1XHXA 3K2PA 3HVTA 4O0JA 3LP1A 4CEZA 2Z1JA 4LSNA 4Z4CA 4KI6A 4DF8A 3VQQA 1C1AA 3OYHA 4E7KA 3VQEA 2W42A 2IOCA 4IKFA 2OYQA 1U4BA 4CEOA 4Z4FA 1QMCA 3ZT3A 4M3ZA 1WSHA 4Y1CA 3MEDA 3NE6A 1SL0A 2DTUA 4NYNA 4Z4HA 4DTUA 4KHNA 1TKTA 2XO7A 3VQ7A 3NDKA 1XWLA 4FJ5A 2O4IA 1SKRA 1QHTA 2JLEA 3C6TA 5HRPA 1U49A 2Y1JA 3MXMA 4CGHA 1RT5A 2DFFA 4CJRA 3NH2A 3V9WA 1QSYA 4O44A 3VQ6A 4CGIA 1TKZA 4OGEA 4B9UA 4DQIA 5HP1A 3NH1A 1S6PA 3PX6A 3ZSRA 2G8VA 1F21A 3E01A 4B08A 3HVRA 5J2PA 4O5BA 3L8BA 2O4GA 3DYAA 1TAUA 3AVJA 1ITGA 3I0RA 3MEEA 3LPTA 4B9TA 3L2QA 4CJ3A 4FJIA 2QKBA 1J54A 1KFSA 1JXBA 4N56A 1GOCA 4EP4A 3MAQA 4R5PA 4HUFA 3LP0A 3PV8A 4CCHA 5CYQA 4CECA 4OGCA 4QAGA 3MXIA 3TAFA 2HHSA 3AO5A 1LW0A 2HNZA 3NF7A 5CYMA 4DU3A 2IAJA 2IDOA 4DU4A 3TABA 4CGGA 4FJKA 5KGWA 3HK2A 4BACA 4CK2A 2YNFA 1KVAA 4DQPA 4HUEA 1HJRA 4DU1A 4FJNA 3P1GA 3OYJA 1RCHA 3RMBA 3M8QA 4ELUA 4FM1A 3SQ2A 4KHQA 3HO1A 3I0SA 2YNIA 4HVJA 3OY9A 3K58A 1HYSA 1L3SA 3F9KA 4AHSA 3LAMA 4RW6A 2A1SA 4JRQA 3VA0A 1NK5A 3HT3A 5JS2A 3DLBA 4M3UA 4NCGA 1NKBA 1T7PA 4Z4EA 4DTXA 4ICLA 1IKVA 2G8HA 1RT3A 2OPPA 5FRMA 5HRSA 1U48A 1JL2A 4ZTJA 2PZSA 1RNHA 3OYNA 3NF6A 1VK0A 3L3UA 2IC3A 1WSEA 4B9LA 3SV3A 2D0CA 3KLIA 1LW2A 5C42A 4AHCA 3K5OA 3OJUA 4FJJA 4CJFA 3G0ZA 3M8SA 1NK4A 1BCMA 4CHZA 4KAZA 1NJWA 4MQ3A 3IS9A 1DLOA 4DTNA 3DLRA 4KI4A 1C1BA 4CF2A 3M8RA 3CFRA 5I3UA 3AVCA 3DI6A 2OA8A 1C0UA 3AA5X 1FK9A 3KKSA 4OKEA 4K8ZA 1KLNA 2HHTA 3VQPA 3KIOA 2E4LA 1S1WA 2NUBA 1HQEA 1KCFA 3D45A 3KKRA 4IG0A 2ZQBA 2IS3A 3CYMA 3HPGA 4DS5A 1SKSA 1N5YA 4K8XA 1ZBHA 3THVA 1BL3A 1X1PA 4I2PA 3DRPA 3SQ4A 4F3OA 1UAXA 3AA2A 2P51A 1BGXT 4CJEA 4CJSA 2YKNA 3L2RA 4Z0UA 3F73A 2HHQA 1RBVA 2X6NA 4C8MA 4DFJA 4AHUA 4CIEA 3SUPA 1NK6A 1NJXA 2EHGA 1LV5A 3VQ8A 1IKXA 1QS4A 2E6LA 3ZSOA 3V4IA 3RMCA 1QSSA 3KJVA 4CJQA 5D7UA 2HHVA 4E1NA 4KRFA 3CM6A 4B9VA 4I9QA 4CHPA 3VQBA 1CXUA 4MFBA 1B92A 3ZSVA 3K5LA 1LWEA 3VQ4A 4DTRA 3SQ0A 1I39A 3V1QA 3NH0A 1VSKA 2XY6A 3ZT0A 3QEXA 3JSMA 1J5OA 4FJ8A 2RF2A 3QLHA 4B9MA 2B4JA 4B9SA 3V81A 2OPSA 4QOZB 2KQ2A 1ZBLA 3WNGA 1REVA 3SI6A 4DQSA 4OVLA 5HBMA 2EX3A 1S1XA 2FBYA 2RKIA 5J1EA 4DTSA 3FFIA 3S3OA 3TAMA 3AVBA 3AVAA 4H4MA 4C8NA 1XHZA 4RW4A 4DWIA 1T03A 2X78A 3OYMA 1RILA 4E19A 4CHOA 1ASVA 3CG7A 1JLQA 2P5OA 3SNNA 1JXEA 3K5NA 1A5VA 1S1VA 3VQDA 4DTMA 3KLGA 4CJPA 1EETA 1VSIA 4L8RB 1WSGA 4JLHA 2A1RA 1I3AA 3TR8A 3SUQA 5D3GA 1VSFA 4CGDA 4BE0A 1RBRA 5C24A 4XIUA 1HQUA 1HYVA 4CF8A 4CHNA 2D0BA 5K14A 1WAJA 3BGRA 3T19A 1ASWA 1EP4A 3OYFA 3NCIA 3OYBA 4BE1A 3RMAA 5J2QA 4FK4A 1S9GA 3AVLA 4BWJA 4I9LA 4FZYA 4F4KA 2ATQA 3LALA 3V1RA 4ELTA 3KD5E 3OS2A 3O3HA 1X9MA 3RRGA 3C94A 4PWDA 1TL3A 4DG1A 1FXXA 4Z4GA 4CGFA 3S3MA 1U47A 1RTDA 2G8FA 4FJXA 3B6OA 1JLEA 4BDZA 1NK0A 3K5MA 5HLFA 3L2WA 1Q9YA 1LAWA 4KHYA 1L5UA 4CF9A 4CFBA 3NGZA 3PX0A 3ZT2A 4Y1DA 3ZSYA 4F2RA 1ZBFA 3OYEA 4ID5A 2ZD1A 4NYFA 2PYJA 4M41A 1ZBUA 3LZJA 2G8KA 3ZT1A 1D8YA 2KZZA 1CXQA 2KZMA 2JGUA 4F3TA 4FVMA 3L3VA 2OPQA 4ID1A 3ZSWA 3QETA 3O4QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I4K1 3AVIA 4XTYA 3MN7A 3S6WA 2RN8A 2D5RA 4JI1K 1K6YA 4CHYA 2YSQA 1VQLQ 2YNHA 1M3BA 4Q5VA 1VQKN 3R6OA 3QINA 2ASMA 1VQ6A 4H5NA 5LJ3h 1BKBA 4RG2A 3B8AX 2R58A 1D0YA 2UXCK 4JYAK 1Z05A 2CP0A 3P8DA 4LE9A 1U04A 1Z26A 4JN4A 2XHBA 4J9FA 3L0QA 1ZSZB 2P9LA 4CJ4A 3E66A 4ILGB 3CCVT 1QVFM 5KPZA 4M75C 2D6FA 3CCJA 2ZGWA 2RA2A 1RTIA 4CD1A 3QUIA 2EYWA 5KE3A 3M55A 2LC4A 1C0FA 3CERA 1HNWK 3OYGA 5KYYB 3C4SA 3A5LC 2LCSA 5GAMd 4RCCA 3O8MA 1UJYA 2NYSA 5GAHP 3LH0A 3SV4A 3TWHA 4PQUA 5I9EB 3HTVA 1I94K 5LMNK 1R0CB 5AQZA 4CEFA 1KD1U 1LCKA 1W97L 1NBWA 1BBZA 4M3RA 1H8KA 1UHFA 3QESA 3AVGA 1NOYA 3V7SA 4K43A 2AA4A 1M3CA 3HJFA 4CBUA 5I22A 3OYKA 4FU6A 1VQON 3L2UA 1WN7A 3URGA 3EZWA 5CY4A 2NUZA 5HL7L 1JLBA 3SPYA 3HKSA 1BO5O 2O8DA 2OX7A 2HVIA 4CJUA 3CM5A 4H0VB 1B9DA 4JKBA 3TAEA 2C0TA 3VS2A 2FF3B 4I2QA 4RG8A 2NRZA 1TU0B 2KMTA 4M77F 2R7YA 3VTHA 1BU6O 4OMMA 1OEBA 1YVNA 4NLCA 3ULEB 5JVGL 4CHQA 1TUGB 1VQ4A 2XY7A 3VRZA 2RJFA 4A4GA 3CMEA 4DR4K 2QWLA 1NJYA 3BW1A 2MWOA 1U1SA 1VSHA 5ADXA 2QKKA 4QS8A 2DTHA 2DFHA 1S1TA 1QVGA 1BIBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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