1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
1MRPA 1II5A 3IJXB 2HS5A 4BDLA 3BFUA 2NNYA 5DUKA 4ZDMA 3VXCA 4AQ4A 4MH5A 3VOEA 4MFIA 2LNBA 3TDZC 1OKRA 4OU0A 4Q30B 1XMAA 5I57A 1NMUA 3HRSA 1R5HA 3BFTA 3ZMVA 2Z8DA 3C36A 5H8QA 1FBUA 2STWA 1LDDA 3QPTA 3RDIA 4ZH4F 3LAPA 2D21A 2VD3A 4I02A 1FQEA 4CDGA 4GIZA 1HSJA 3EHUA 2ZKZA 1Y4TA 2A6EF 5EHMA 5E1ZB 1URGA 1IUDA 3FIRA 2Z99A 3MFKA 1LB9A 2EV5A 2P1SA 1URDA 1O7TA 3V89B 4NF4B 2OJTA 1ON2A 2Q2EA 1B1HA 2ONKE 3FVKA 1BIYA 1A54A 4EM2A 4FEDA 4YKPA 4LJZF 3FATA 1KYWA 1S9TA 2VXZA 1WKMA 4S04A 2K4BA 1NFTA 4XRFA 4CYDA 4O6JA 2Z5UA 2D1HA 5AA1A 1SYIA 2R6GE 1USSA 3Q9VA 2A5TB 1B4ZA 2YPNA 3V83A 2L54A 2MH2A 3QIMA 4JWYA 3DP6A 4JWXA 3F8CA 2ABHA 4GYGA 1LEBA 2QBYA 1Z7ME 1U2WA 3IKTA 2Z22A 1MG1A 5DEXA 4L0ZB 3ML6A 3SEUA 3T66A 2JZYA 5L3BA 1YCJA 4I9DA 1X3UA 4Q5TA 2VONA 4F2QA 1R5GA 3CFXA 1BKAA 5HDNA 3LA2A 3HPIA 3LUYA 5BPDA 3KLOA 2O6AA 4H5GA 4RB1A 2RC8A 4QSCA 3FJGA 4XKRA 1EU8A 1B9JA 1Y9UA 3GZ6A 4EMSA 2ZJ2A 1T6SA 1FP1D 3C7JA 3ELKA 1K79A 4U23A 2VT3A 2P6TA 5HS7A 2O03A 4MBPA 3HUGA 2O0YA 5KVRA 3G3GA 3FZVA 2OWSA 3T96B 3GWZA 1P1NA 3MCZA 3OD7A 4MTDA 1K78B 3J81K 4KUMA 3M8EA 3H4ZA 1OLCA 3KG2A 1Y3QA 5LOMA 1URSA 3FX3A 2HDCA 2A69F 2E7XA 4EM1A 1O7FA 5HDGA 2OQGA 3M3LA 4M9XA 4KIBA 4OZ9A 2FMYA 4UHTA 1I1SA 1UIVA 4LLNA 2X26A 2QQ9A 4YG2F 2DU9A 2F6GA 3MEXA 1KQ8A 4HF1A 1Z7UA 1SW4A 1J75A 1CGPA 1F4KA 3P9CA 4YB6A 3CSBA 4KR5A 1R1UA 1BI2A 1SYHA 1B9MA 2V25A 4MGRA 3GX4X 2NUVA 4B09A 4FAJA 5I59A 4IF4A 5HBCA 4HQMA 1SD3A 2XAFA 1L0OC 4UNOA 4A6DA 3LSFB 1JQFA 2D1VA 4Q5SF 2E1CA 3FVNA 3WG9A 3ILUB 4P96A 4JQFA 3ZP5A 4YZZA 4LZ5A 4A5NA 2AIXA 3TCFA 3PPQA 1H45A 4E0WA 1YO5C 4GF8A 4BDNA 1GVCA 1XN7A 4IB2A 4R72A 2LDUA 4PGGA 1RKMA 4GWOA 2ISZA 3H3UA 3DLNA 4JBAA 4YB7A 1SDXA 4I62A 4XLPF 3V8LA 2VP1A 3G3KA 3DF8A 2A68F 1MH4A 3M8FA 3D4GA 3FMSA 4IO5A 5A2QZ 3EHSA 3KP6A 3CFZA 2VT2A 1I6QA 4JSDA 4HOBA 4JK1X 1JE8A 5CMKA 3TPAA 5I57B 2DO7A 4KYEA 5H8QB 4OQOA 1ZGJA 4R73A 5I2NA 5KK1A 2QZ8A 5DYMA 4NMYA 3QUJA 3ZS6A 5IT9K 2ZXTA 3U1OA 3RKWA 1HXDA 2A3SA 5EEGA 2B3BA 1DPPA 5LGUA 1MXWA 3T9XB 1USYE 4RPOA 2H99A 5HPQA 4K2EA 3TKYA 3LFKA 1QKBA 1HKSA 1K6OA 3IC7A 4TLLB 3ISPA 3VV5A 3BP8A 3TQLA 4DXUA 2FA5A 2MD5A 3P9KA 1H76A 3CJNA 4ELOA 1QBJA 4F3BA 3WTWC 4ZYDA 3R0JA 3J80K 2VBZA 2Q8JA 3QP5A 3SETA 2P2AA 1UQWA 1R1NA 1ZLJA 3IRRA 3OEMA 1N7XA 2BV6A 1QGPA 3GEZA 3COAC 3KEOA 2I3WA 4IY6A 3CDHA 2CSOA 2P4WA 4IRIA 4CGZA 2DXRA 2EWNA 1GGGA 4ELRA 2QBYB 4IY5A 5DEXB 4ZZEA 1HBXG 3G73A 3U72A 4HAMA 1PDNC 1MM7A 5LEJA 3O2AA 1US4A 4I98B 1UHWA 1LFGA 1L3LA 4XIGQ 2I0BA 1ANFA 1MKMA 1LAFE 2KRFA 4RY1A 3MP6A 5JI6A 3VE1B 4LLLA 4ONYA 5BMZA 5DDGA 1AOYA 4KPTA 1BIBA 1KU9A 4L9TA 4M71A 3E5XA 4EJTA 3CO6C 1EH3A 2V3QA 1FCKA 1CB6A 3R26A 5IAIA 1J0RA 4I2OA 1A99A 4F2OA 2HR3A 4KIGA 5DVFA 1I27A 1U5TA 2XAJA 4I0BA 2CMOA 3JZJA 4PQJA 3J7AO 4ZEFA 3OENA 3J81Z 1LFIA 1I69A 3K6WA 3OSQA 2EJRA 3EHTA 3TODA 1RIOH 3AXFA 1FLIA 1UTHA 2RC9A 4EM0B 3PMXA 1OVBA 2PFBA 1OLAA 2H98A 3RN8A 1Y3PA 2OBPA 3N6UA 2BE5F 2XXVA 4HDVA 1QVSA 1ZTYA 1VTNC 4G2ZA 2Y75A 2COMA 1JXSA 2HYGD 5I59B 1I6BA 4EUOA 2KLFA 3CG3A 4H67A 2XXRA 3T22A 2IA0A 5F7VA 3GZGA 4LK1F 1TQIA 3O6GA 4WEPA 1B5HA 2GAUA 5E20A 1XGMA 3GFIA 1G3YA 1ZRDA 2G29A 2A61A 4FATA 4AVPA 2Y7IA 5BWJA 3I0TA 4Y13A 4F3SA 4F39A 4DLDA 1B9NA 4FORA 1T2KA 3LWFA 2PJPA 2X7QA 3UGWA 3ABUA 3M8UA 1D3YA 2YR2A 4WF2A 4ISUA 4NEDA 3JW4A 4L9VA 1YPNA 1FNNA 5D6EA 3WE2A 3SZTA 2H4IA 4ENJA 2Z23A 3TELA 2PMSA 2HTSA 4Y15A 3O6BB 1HW1A 2Z3YA 4G8NA 3NQOA 3F6VA 5FO5A 5I2NB 3RJPA 3V8XB 4P11A 4DDDA 1KA8A 1QNTA 3MC2A 2H6CA 1SW2A 2MH9A 1MDP1 4M73A 3KEIA 4MEYF 4BHCA 3N4MA 1F5TA 5TP9A 5B7DA 3F8NA 5IT9Z 2EFQA 3MVYA 1MY3A 4L0YB 4G68A 4LVQA 5ISUA 4UACA 3MQ0A 1ZLKA 2PI0A 1B6HA 2RVCA 2HZLA 3KOTA 2DQLA 3H92A 3TZAA 1VFDA 2QVOA 4P0IA 2RINA 2UYFA 4ETSA 2ESHA 3A3UA 1SMYF 4C1UA 4WXJA 4F3GA 3SZPA 5D8KB 3Q26A 1T0FA 4IRGA 1GTKA 3H7MA 3J80Z 5F1RA 3FGSA 4H0WA 3K1PA 1B3GA 3EQLF 4I1DA 1QKAA 2OZZA 2G93A 3TAJA 2RN7A 3CI8A 2XXTA 4JB7A 1B51A 2DE4A 3N6TA 2YU3A 2NS0A 2XVCA 1FSHA 5CJ9A 3V7SA 5D4SA 1U5TC 1WRJA 1SVXB 4BDRA 2L4MA 4YICA 1SI0A 2F5EA 5AIQA 3VLWA 5D8LB 3ONMA 3O29A 1SFXA 2PMHA 1MJBA 4IJAA 1I1GA 2WTEA 2LF8A 1TLHB 1TXFA 4IGTA 1KQ0A 3GXOA 2UXAA 2UZKA 4XSXF 3R0AA 5JTYA 1OYIA 1XCVA 4EV0A 4NHJA 2ZCWA 3QXMA 3EN3A 1Y0UA 3HYIA 5JK4A 2E1NA 4A0ZA 1TNSA 2QPQA 3B02A 1B4AA 4GXSB 4OIOF 4OERA 1K7AA 3L6GA 3TQNA 1MD0A 2F35A 4RAZA 1U5TB 2F5CA 1LAXA 2X7PA 4KICA 4PE5B 2HZTA 5AA3A 1FOKA 1AL3A 4JDFA 4G6QA 4QFLA 1R9QA 3MW0A 3IL2A 3T9UA 4U0VA 2OCUA 4HF0A 3E4RA 1IXGA 2FBKA 4OTEA 1UTHB 4I0AA 1KU3A 4EQ7A 1USYH 4OIQF 3HSTA 3KGCA 5CVVA 4FHTA 4N07A 2RF1A 1FWZA 3I4PA 3SESA 3BJOA 3RYRA 3PD8A 1YG2A 5CBRA 2ZNZA 3I64A 4R2BA 3IOUA 1OYYA 3CLOA 1FC3A 4R74A 4X1BA 4G8HA 5L8DA 4A6EA 3T9VA 3K69A 2STTA 1B6AA 1R23A 3LQRA 4RS8A 3WGIA 4U2RA 4NWCA 2O7IA 4BDOA 1P2FA 3U9GA 4GQOA 2HEOA 3OO9A 3WTTC 4G77A 1S6LA 3S2WA 3KP3A 1MM6A 2F8DA 3F11A 4M72A 5ILUA 1KWHA 5CVIA 4G68C 4LMYA 5E8GA 4KCCA 3E3KA 3ZMTA 3HHHA 4OIRF 1MY0A 3JSPA 3K6UA 3IO6A 5ERIA 3SDFA 3P9IA 5F6FA 2QL3A 1SAXA 4KCDA 5KCJA 4ZEDA 2I0CA 1ZGAA 1TBXA 3N97A 4OYVA 4FX0A 3OOAA 4OFLA 1OQGA 1IRFA 5LLQA 5H8SA 3ODBA 3SEWA 1SFEA 5JEIA 1H3DA 1FBQA 5I2KA 4MTEA 4EXKA 4RGSA 5LGTA 1W7PA 5TP9B 4QSDA 1ONVA 4G68B 1MZBA 1TT1A 1XVYA 4FE8A 5L3CA 1FQAA 5E8IA 3EYIA 5ICQA 3C18A 4MQVA 2MA3A 2UYEA 5J6XA 3FVGA 1KU7A 3F8MA 2A5SA 1ATGA 1USTA 4KA4A 3MP8A 4U0WA 1VE4A 1QUIA 4GYIA 2GRVA 1POTA 3IB2A 5CM6A 1T98A 2L01A 1BLFA 5LRRA 1EH7A 4XLNF 1FYLA 3GFJA 3TOAA 4U22A 3RTRA 2DE2A 1P4WA 5DEQA 3KJ7A 5A5XA 4KD5A 4LK0F 5F1QA 4I8CA 4QFNA 1IN8A 1E2XA 1H9TA 5L3DA 3TOBA 1NNFA 1OIBA 1B32A 4KHZE 1MH3A 3P7NA 2IA1A 2XXHA 4ZECA 3VVFA 5L3FA 3I59A 1ZREA 3CTAA 4A2UA 2RV8A 2O84X 4AD9A 3E5UA 3ILTB 3SKPA 4KT5C 5DCFA 4GD5A 4OESA 2RCAA 1A40A 1JGSA 2YPRA 4ELQA 1N3XA 1JEVA 4ZS9A 3IHUA 2ZNUA 4MNUA 3N5LA 3IWZA 3HSFA 2FNPA 2HFHA 3FXQA 3MJNA 1N76A 1BN5A 2QM3A 5BS6A 5JTYB 2UVGA 2NRAC 2DK5A 4GRKA 3MBPA 3DV8A 3TO6A 4EJWA 1OYWA 5ICTA 3TCHA 3QPHA 1YW9A 2RC4A 4WXDA 4PFTA 2PVUA 2QYOA 3RPUA 4X9TA 2Q2CA 1EH8A 1UIUA 4EVIA 2Q88A 3K1MA 2DS9A 3G3HA 1XCBA 1PC3A 4LONB 5TPAA 3U92A 2HCAA 1B3HA 3H06B 2O3FA 1EZOA 1ZIUA 3KEQA 1QZZA 1V3FA 2FRHA 1TFAA 3PPRA 2V1UA 2FOKA 4AB6A 1XGSA 3VFJA 4C0RA 3ECHA 2F5XA 4HBLA 2FU4A 1KYZA 2EV0A 4QLCU 2QQBA 1PP7U 1DTZA 4C1TA 2QS4A 2VBXA 1LB8A 2CWEA 1R9LA 1G3WA 2M8CA 1NNTA 4GOTA 3WTSC 1YAEA 2E7WA 2IW5A 3BDDA 2XKOA 4R2FA 3ZMZA 3OO6A 4HCWA 4WXHA 3E6BA 2DWAA 3HTUA 2RC7A 2DP8A 3Q27A 3PPPA 4ZEBA 3W9VA 1HKQA 4RYAA 1L5TA 5FTIA 2O1LA 4H1XA 4GXOA 4F1VA 4HTGA 4M4GA 3K6VA 4IO7A 5LHHA 3C31A 4R75A 3V8KA 5DD4A 4YIFA 4PDKA 1LVAA 3C3WA 4EGYA 1BTJA 5KCJB 1W5SA 4WXCA 2XROA 3B73A 4G7ZF 4Q4ZF 1J7KA 2CFXA 2V1XA 1IUYA 4BYYA 3FV2A 5CMCA 2I58A 3SQNA 4ENMA 1Q35A 2PBIA 4M9ZA 1G3TA 3ZN0A 1CE2A 3WAFA 1ZRCA 1B7HA 2PYYA 4GL0A 4UA8A 2XXUA 2DBBA 4N9HA 2ACJA 1BP5A 3E3VA 4H8JA 5FFXA 3W6KB 1O3QA 5I2KB 3HCQA 2XUBA 4Q47A 2L02A 3WTZA 5D4RA 2B3FA 1W7PB 4Z7EA 2IT0A 3EETA 1A8EA 3K9TA 1ULYA 1IAWA 4PZJA 1JHHA 1W7PD 3U93A 2P5LC 1LB2A 1JVXA 2GIVA 3DPLC 3DM0A 4OHNA 1F1ZA 1FQDA 4U1OA 5L9MA 3ZKKA 1ZLQA 4IO4A 2Z8FA 4WEDA 1KGSA 1ZG5A 1GHCA 1BIAA 2VC0A 3M3KA 1AOVA 4R6HA 1IN5A 4GVOA 4U1ZA 4P9UA 2F97A 5CLSA 5A5XB 3SEVA 3T93B 4POXA 5D5VB 1D9VA 4Z2YA 2CYYA 1FW0A 4ZEKA 2KIMA 5D5UB 3Q5FA 3I53A 3OEKA 3IOVA 2OK2A 2IJLA 4BLAA 3JYRA 3D0SA 5AONA 3K0VA 5I56A 3GFMA 3ZMUA 2P0SA 1PP8F 3I59B 4YFXF 4L9NA 1YFHA 2DQVA 2YLNA 4HX4A 1IXHA 2HKOA 3VEPA 2DVZA 4NWDA 1S7OA 1BOAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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