1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
3FMSA 2DYXA 1FYLA 5KDTB 4N0BA 5CYVA 4MBPA 4RYAA 1SMTA 1TNSA 3O6HA 4ZYEA 3KZZA 3J7AO 4RB1A 1DTGA 2A3SA 1PUEE 5J6XA 4ND9A 2YSRA 1OKRA 3PPPA 5DD8A 5LHIA 4GGGA 3HOTA 1P1WA 1XSVA 3MVZA 2QRYA 5IT9K 3FVKA 1ZGAA 2F36A 1XN7A 2VP1A 2XX9A 1J5YA 3TOBA 1FTJA 4OTEA 4TQUQ 3G3IA 2M8EA 2I48A 3BP8A 4ZEDA 3BOQA 1EH7A 1LQ1A 1NKXA 4YICA 2AIXA 2FBKA 2XRNA 1LAGE 2D2WA 3M7GA 4AQ4A 4BDNA 1P92A 4OEUA 5JHUA 1TQPA 3HSTA 3F8FA 1Z91A 4OIQF 2PMHA 2XXXA 3UP9A 4R9FA 3TMGA 4ESJA 3KP7A 4P9UA 3VFJA 2AS5F 3M8EA 5DCFA 1G6NA 4TOZA 2GXGA 5CVUA 1YS6A 4RB3C 1J1NA 2RC8A 2LF7A 2B0LA 2XXYA 3PUZE 4POXA 3SQNA 3F21A 4YKIA 1SVXB 4ZH4F 1MKMA 3FZVA 1K78B 4ZECA 2L3DA 1JXSA 1EZ9A 3E4RA 3FV1A 3BFTA 5D5WB 3GFLA 2QYOA 1F5TA 2ZNTA 2HQRA 3KFWX 3RIRA 1B3GA 4A6DA 4EJOA 4EQBA 1EV7A 4YFKF 1FBQA 4AB6A 2QQ9A 3I58A 3QUFA 2MH9A 4EQ9A 3TDZC 3T66A 3GZ5A 2XXRA 4F39A 5HBCA 4QFLA 1XVXA 1B9MA 2F5FA 2HZKA 4MLQA 4ZEBA 3IOVA 3GLXA 4PFTA 3WU0A 2XX8A 5ICTA 2RDPA 2DK5A 5EHMA 1XDSA 1XGOA 3DFGA 5DVIA 1IN7A 4R2BA 4EQ7A 3V7RA 2PBIA 4EGYA 1XS5A 3TQLA 3I54A 5ILUA 3R60A 5L3CA 4NWDA 1XSXA 3N5LA 1BBYA 4K3FA 3DP8A 4HW8A 4R8HA 5AA2B 1IN6A 3S9LC 3PV0E 2O6GE 4XLNF 4IXAA 5LHGA 2EFNA 4I01A 1PEBA 2V3QA 1IXCA 2A5YB 3IX1A 1OQHA 1MQGA 4PCQA 3K2ZA 4R1HA 2B3BA 1FC3A 1N7WA 2E0SA 2KKOA 2XV4S 1F1ZA 2HQ0A 4CHUA 4EJWA 2V3TA 4LUBA 2IA0A 2OQGA 1YS7A 3BZ6A 2K4BA 2QBYB 2A68F 3DP4A 2P7VB 3ZN0A 1B32A 4RA1A 4XBFA 5LGUA 2M5WA 3JYRA 4Z2YA 4KQPA 1W7PB 4IO4A 2COMA 3PD8A 3JAMK 4U4XA 3R0JA 3LSLA 2XXHA 4NF4B 2REJA 2A5TB 5H8QA 4A12A 1SW1A 4U23A 3VLUA 1SD7A 4H0EA 1N84A 1YO5C 2P2AA 1OPCA 3H3GA 4F3BA 1ZAOA 2P5VA 2FMLA 3SETA 4ESXA 1I5ZA 3FJ7A 4JB7A 1JHHA 2ADUA 3ZMVA 4I7HA 2DW4A 4ZZEA 1BI0A 3DEUA 1USTA 3Q29A 3E3KA 4GQOA 2VBXA 3ABUA 3WTYC 4OIPF 1DTZA 1C0WA 5BPIA 3B7DA 2DO7A 1CF7A 1B3HA 1SQYA 2VBYA 1S50A 3Q9SA 5DYMA 1FW0A 1UCRA 1N3WA 2RF1A 2WKYA 3IAZA 1MXZA 4AD9A 5AA4B 3Q28A 2A5SA 1PBPA 1JEUA 1D4NA 4G68A 1U6GA 2G93A 3H3ZA 1IIWA 3H3UA 4U7BA 2IT0A 1D5VA 2CYYA 1LDDA 3TDJA 3GXOA 2M8CA 4BDQA 3P9KA 1ZRFA 2V25A 1B0HA 1R58A 1VTNC 1RKMA 4Q0CA 3CLOA 2XGXA 2O7IA 2Y7IA 1Z6RA 1ZG1A 3SEXA 2Q2CA 1AOYA 1IEJA 1Q35A 1AH5A 3I59B 1B4ZA 2VD2A 4OU0A 1OVBA 2STWA 1I6QA 4AVPA 4ZEFA 3GFIA 3TYHA 1B59A 2Y0MA 2VODA 1B6HA 2P1SA 1N7XA 2HTSA 3BY6A 3DXJF 5ICCA 1LNWA 4KNYA 2FXAA 1IITA 1MS7A 3SEVA 1Y3NA 3FXRA 4XKQA 2HGCA 5D8LB 5E20A 2ZO4A 3WTVC 3ZP5A 2PQ8A 1KU2A 1B3EA 1MDMB 3OO9A 4A0ZA 4G8NA 2O1LA 3GW2A 3TKDA 5L3DA 1IAWA 3N6TA 2D1VA 2JRTA 3K0VA 4LLGF 3G3KA 2E1SA 2K02A 4I98B 2HZTA 2MBFA 3RYRA 4XLPF 4HCYA 4OFJA 1KU9A 4QSCA 4O3BA 4ZE9A 1CB6A 3NQOA 3G3FA 4KDPA 2F5EA 1ZHFA 2JSCA 1F4KA 1RUNA 4YKPA 2ACJA 5HDGA 1B0LA 3WTTC 5LHHA 1D8JA 5HS9A 3GO5A 3K1PA 3D4GA 3KN8A 3LSXA 3ROUA 4GCVA 4Q5SF 2DK8A 4DXCA 3R4KA 2QQBA 1R23A 4LQ5A 4KYEA 4ZZAA 2HR3A 2XUBA 5F1QA 1N3XA 3ZSFA 1RYOA 4M9ZA 3TO6A 3FWEA 1LJ9A 3VFZA 2E7WA 5I2KA 4HDVA 2ZYKA 3CFZA 2PMSA 1OQGA 5M2VA 3IO4A 4GIZA 4IY6A 4NMYA 3I6VA 2EFOA 2FBHA 2PYYA 4CZZA 5JTYA 1B1XA 3RTRA 3CO7C 3T93B 4LFUA 3KBRA 2EV0A 4ASNA 1US5A 1TW3A 1BN5A 4WF2A 4DIGA 3TPAA 1D9VA 1HKSA 1OVTA 2Z8DA 2E1CA 2D1HA 3JTHA 1A55A 4ZZLA 1JE8A 3RPUA 3IKTA 4JK1X 4ZEIA 5JVTA 2ZNYA 4F22A 1LAFE 2X26A 3IL2A 1MRPA 3E3VA 4RPOA 3TEPA 4HV6A 4YKKA 2LAOA 2Z99A 1RI7A 2Z23A 3C1DA 1HSTA 3L6HA 4AIKA 5I2NA 2HTJA 3GEZA 1R22A 3T9UA 5HVQC 3CSGA 3EUHA 3W9VA 5LRSA 3S9MC 1Y0UA 4N07A 1R9QA 3MZBA 1SD4A 2QJEA 1YW7A 1PBQA 3C3WA 2VOOA 1MXVA 5D6EA 4ZE8A 1STZA 3KZYA 5I59A 2Y7RA 1JHFA 1B5JA 1S29A 2QQAA 5LEKA 2J5PA 4HYEA 3F8BA 4OIOF 2NXOA 1XB4A 3H92A 4R74A 2ZNZA 3HTSB 1CE2A 3R7XA 3Q27A 3H6UA 4EM0B 3LBSA 3PPNA 3RUMA 2OZ6A 3RYPA 1MQDA 3IOUA 2KIUA 2JZYA 1QKBA 1MDP1 1WWXA 1WDNA 2Z8EA 2ONRA 3LA2A 4RK2A 3KOTA 3S2WA 1KQ0A 3KLOA 1MM6A 3R6UA 4IHSA 2BYVE 4U4SA 1WI9A 3KSJA 1QZZA 2PX1A 4X9TA 3P9CA 3MQ0A 2FU4A 5AONA 3IL1B 1O7LA 1G3SA 2FE3A 2BV6A 4L9NA 3T9VA 1P1NA 3CG1A 4NF8A 4G6QA 3M8FA 4RB2C 1NH8A 3ERED 1B5HA 1SD5A 4HX8A 1Z1DA 3ZMSA 2XXIA 1NH7A 4BAYA 4WEDA 3F72A 2ESNA 1A40A 1GXQA 3FIRA 3OEKA 1T0FA 1H43A 4QFOA 2DWJA 5AA3A 3ELKA 1KA8A 3HRTA 3SHFA 2HS5A 3RJPA 3RLFE 3MQ9A 1MJ9A 3K9TA 2EFPA 3M8UA 1SFEA 1UIUA 3T5XA 2RC4A 4MTDA 1WSUA 3SEWA 3OOAA 3TFLA 3JSPA 1FQEA 3VXBA 1MPCA 4AIJA 4U88A 1YQAA 3DPLC 4THIA 4LG0A 4H5GA 1UQWA 3KP5A 4U0YA 2ANJA 1HQCA 1MJAA 1O7TA 3OO8A 2W57A 1ULYA 5TP9A 2KJCA 3JTGA 3GVAA 4G9YA 4QLCU 1ZGJA 4MEXF 3RPWA 3CTAA 1SW5A 3K6UA 2ZMEA 5ISUA 5HLGA 3I0TA 2RV8A 2ISYA 2Q8KA 4FEDA 1E2XA 2Y7KA 4EV0A 1X3UA 3WGHA 2R71A 1ON2A 3IJXB 2P5KA 4LK0F 5F1RA 1V4RA 1KU3A 2MD5A 3CUQA 4FT8A 5CVRA 4ENMA 5A2QZ 3ABTA 2RKHA 3E6BA 4YU0A 4MEYF 4HCWA 3W9WA 2VBWA 3S4UA 5D4RA 3V8KA 1JEVA 4IF4A 1A54A 2QL3A 2HEOA 4G8XA 1MJBA 3KSXA 1QO0D 1BC8C 2O68A 4G7ZF 3DF8A 2DVZA 1FQDA 2Q8JA 1CGPA 5H8QB 1U3EM 4G6DA 3VB2A 1B58A 2VC1A 1YW8A 3K02A 1DMBA 2D3IA 2KLFA 4WXHA 2PI0A 1NNPA 1R00A 1FTMA 1Y20A 2HYFA 5KK1A 3HN0A 4IO7A 4MH5A 2QVOA 5JFRA 3MPLA 4M72A 2EK5A 1IRFA 4UNOA 4H67A 1H44A 5TU0A 2Y75A 3QOPA 2UVIA 3N26A 4NE4A 1OMIA 1S7OA 3TTMA 4GD5A 4OQOA 3FJGA 1DP7P 1GTKA 4FAJA 5CMKA 3MC2A 3DLNA 5AE4A 4WKMA 3KP4A 5D8KB 4GL0A 5L9OA 3V8XB 2M1BA 1QUKA 3Q26A 4GYGA 4YKJA 5FD6A 1ANFA 4G68B 1ZLJA 2PT2A 4QFNA 3VLVA 5FTIA 3TUSA 3MZYA 3P7IA 4P0GA 4Y13A 1LSTA 1DOTA 3O66A 3QP5A 2CG4A 1A8EA 1EH6A 3R61A 2P8TA 3DQVC 4JXIA 4DQ2A 4R79A 3K2DA 1RZ4A 4KFQA 5LEJA 2KIMA 1N04A 2F6PA 1Y3QA 3H4ZA 2F5CA 1URDA 2XROA 4O3AA 5H8HA 1JNFA 4O3CA 4X48A 3DP6A 3HPIA 2R3SA 3TO9A 5EEHA 1ZLQA 4BDMA 3I71A 2D21A 4PE5B 1O64A 4G8HA 2HFHA 5I57A 2I6EA 1LAHE 3ZKKA 4HQEA 4F3GA 4L17A 1XT8A 4M6XA 4RJZA 4G7HF 2H4IA 2MA3A 4L0ZB 3TOAA 4A2UA 2PBWA 3ODBA 1FYKA 2ZXTA 3K6WA 3IWZA 2FA5A 1QUIA 3DKWA 2CZLA 2EV6A 5DCMA 1W5SA 3G3GA 1DPPA 4L0YB 2DE2A 3BFUA 3LQQA 2ALUA 3ZMZA 1ZYRF 3U9GA 5B7DA 1P6RA 2BGCA 1KU7A 2DAOA 1POTA 1H0MA 3KN3A 4FIMA 4M6YA 3ZMUA 2NRAC 3ECHA 1HW1A 2IA2A 4ELOA 1S8NA 3EHUA 1GR2A 4KIBA 2GXBA 2HKXA 3TQWA 4WXDA 2DVCA 1Y1ZA 4IGRA 3CVGA 3U1OA 3QK6A 2DU9A 3HCQA 2XAFA 3V7SA 5I2KB 5ELVA 4RPNA 3IB0A 4CXFA 4I62A 2YJPA 4R73A 1ZG3A 1J75A 1H76A 5D6FA 3G3ZA 1LEAA 1IUYA 3RT8A 3KFMA 1FTOA 1TWYA 1YG2A 4ECFA 2CW0F 2OJTA 4P55A 4GLIA 2XAHA 4YG2F 1HBXG 1YPNA 4BHCA 1MXYA 1IXHA 1MXWA 2RCBA 5DEXB 2AXLA 1XOCA 4ZYGA 4CO8A 1L0OC 2W84A 1B05A 1B6AA 1YW9A 1MQIA 1MZBA 2WTEA 1IZ1A 4ZYDA 4YIIA 4BQAA 1HKTA 4UHTA 4OVJA 2F8DA 5BPDA 2QZ8A 1Q1KA 1O57A 2XHKA 3O3KA 3CSBA 5J8CA 1YLFA 3MP8A 1QJMA 2DI3A 3GBBA 1B5IA 5I2NB 1EZOA 4EVIA 2ONSA 1MDQA 4I09A 3SKPA 1ZRCA 1XVYA 1UTBA 4DXBA 2FQ3A 3J80Z 2P7CB 4ENNA 5ED4A 4B09A 1XGMA 3L9FA 5I59B 3TDUC 1TXFA 5DUKA 4IRIA 1PP7U 1FQFA 4I1DA 4LZ7A 2XASA 1LGBC 1MG1A 4LD5A 5FFXA 4HZFA 2HDCA 3G7WA 4RXLA 4FEBA 1US4A 3KGCA 2OWTA 4FX4A 2NNYA 5KCJA 2LF8A 4KN7X 1U5TC 3OO7A 4HLXA 4ENKA 3MWMA 4L18B 5CMBA 4DDDA 3WAFA 3DELB 4GXAA 4GF8A 4YB5A 2O7UA 5DUIA 3O2AA 2EB7A 2O61A 3QRFF 4M74A 4FJPA 1R36A 3MUQA 3BROA 3HHHA 1JGSA 2K4JA 2BE5F 1VFDA 2ZYNA 5HM4B 2Q2EA 1FT9A 3O6IA 4XKPA 1SD3A 5H8NA 1OMPA 3S2VA 1MQJA 1M5DA 3C35A 4NF5A 2F78A 3OMBA 4NF8B 3H7MA 2NYXA 3L2CA 1P4AA 3A3UA 1IRGA 3HTUA 3MEXA 2W7YA 3F23A 4I02A 1DUXC 3T9XB 1J59A 5AA2D 2Z33A 4M4GA 4KN4X 3KE2A 5K5RA 5LGNA 1A7LA 3D5LA 2FNCA 4GOTA 5TPAA 5L8DA 2LKPA 5I84A 3HSRA 4XKRA 3TTNA 2D45A 4OIRF 5A2QK 1MPDA 2O03A 2GFEA 2EWNA 4H0WA 4HX7A 1Z05A 4FATA 2I58A 1TFAA 3PPQA 1Y3PA 1YYVA 3GXAA 1FSHA 1XC1A 1MQHA 4WK8F 5I56A 4ZDMA 2IW5A 4LG0B 1Y4CA 2VE8A 5HPQA 4GO1A 1XCVA 1FBUA 1W7PD 3EDPA 2Y7PA 4G4PA 2STTA 2XX7A 3BPVA 4P0IA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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