1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
3ONMA 3KLOA 4B09A 1FYKA 2NYXA 1FLIA 1B1HA 5AA1A 2XASA 3K9TA 2RQPA 4RNSA 3A09A 3SERA 2RC7A 2QQ9A 1UTBA 2PN6A 3BFUA 2KIFA 2K4BA 3EHSA 2RCAA 1Y9UA 1KYWA 1PDNC 1EZ9A 1M5BA 3P9CA 4FT8A 3WAEA 1Q1KA 2BE5F 1SD5A 4Y17A 2QBYB 4L9TA 3LSTA 3V8KA 5FHOA 2A69F 2O7IA 4XTCQ 5H8NB 1ZYRF 4LATA 4IRHA 3VXCA 4A6DA 4ONYA 3KJ7A 2BGCA 1B1BA 3NQOA 2L4AA 1WKMA 1SMTA 1O64A 2BYVE 4E0WA 4K2EA 5ITPA 3UK4A 5H8HB 4ZEIA 4H5GA 4MQVA 1Z05A 4ENKA 4HA8A 3FMSA 1US5A 5TU0A 2XUBA 1KQ0A 2Z22A 3V83A 4EXKA 2ZMBA 4R9FA 3N26A 1JHFA 4LZ7A 1EZPA 1SFEA 3R4KA 1VTNC 3SETA 2R6GE 1AMFA 1DSNA 3J81K 1T38A 4AD9A 2B3FA 2X0LA 5AONA 4HV6A 1LAXA 1H45A 5I57B 2MBFA 3DEUA 3G3ZA 4KCDA 3V5AA 2IEEA 2FQ3A 1U2WA 4PGHA 3EQLF 3DP4A 5ILVA 4G77A 1XOCA 3OSQA 1GVCA 3JSOA 2GA2A 1O57A 2FOKA 3TQNA 2OK2A 3T9XB 1LSTA 4MEXF 3U72A 2XX9A 5LOMA 1JVXA 1LBBA 3H03A 3I54A 3M8EA 5I2NA 1RUOA 3S9EA 3N6UA 3OOAA 3PV0E 4K3FA 1QVSA 1BN5A 4GXAA 4TLMB 2E7WA 5AA4A 2DWAA 5A2QZ 3B73A 1DPEA 3C34A 1R1UA 2HEUA 4M6XA 1LCFA 4XLPF 1GR2A 3VE1B 4IRIA 2XVCA 1NH8A 5CMBA 4PFYA 3CFXA 3BY6A 2ZNSA 4I62A 3F8CA 4GVOA 5D6FA 4LZ8A 2W24A 3L9FA 1XD7A 4PCQA 1J9IA 4EQBA 5L3DA 1BOAA 3H4ZA 2D5WA 1Z6TA 2RCBA 1QULA 4NHJA 3I58A 1R1TA 3BP8A 1QZZA 1H43A 2PMHA 4PETA 4F2OA 3HRTA 2OQGA 1M5EA 5E8IA 1A8EA 5LGTA 4L5IA 4PQJA 2XIGA 3MZ9A 3B6TA 1P2FA 1B3EA 3Q9VA 3CUQB 3VODA 1O3QA 1HKSA 1BKAA 1HSTA 3KGCA 3B7DA 2Y7KA 3TZAA 1QO0D 1O3RA 3C9HA 4QF9A 3HSEA 3LSWA 2H4IA 4ENMA 4F1UA 1IXSB 3K6UA 2ZYOA 3N6TA 2R9JA 2PEXA 2EV5A 1MXXA 4NF5B 1HQCA 2H98A 4S04A 2DE4A 1UHMA 3WTTC 2QQBA 4NE4A 2A6HF 1KGSA 3PGFA 4EMSA 4R2FA 3K6WA 4P55A 2V1UA 1PP7U 5CYVA 3W15C 5DCMA 5F1RA 3IC7A 1M5DA 4EJOA 4YG2F 3QAHA 4RK2A 2IA2A 2M45A 3O2AA 5I2KB 4YB6A 4RXLA 1SVXB 3ECOA 1PB7A 2QMWA 4NF8A 5K5QA 1IRFA 3F8MA 4P0IA 5EHMA 2FE3A 4DXUA 3W6JB 3IX1A 2VN2A 1QZYA 1FSHA 3T9UA 3G3HA 4EJTA 1B1XA 1B3LA 4F3GA 1O7FA 1B40A 5I59B 5JI6A 3OO9A 4L9VA 3UIFA 1UCRA 3QYTA 4EXLA 4WCGA 4H5FA 2HTJA 3MQ9A 2LF7A 1FBSA 4F1VA 1F9NA 2AXLA 4LLLA 1B0HA 5KK1A 3IRQA 1QUKA 4M71A 1FQBA 2CMOA 5FLXK 3MUQA 3E4RA 1J0RA 3U92A 4A6EA 1ZGAA 3MWBA 4OERA 5H8SA 3TQLA 2Z23A 1DTZA 1URSA 1J5YA 4OOIA 3VVDA 2DOJA 3L09A 1MD0A 2F5CA 1W7PB 1D3KA 4GD5A 5IT3A 3K1NA 3QUJA 1B5JA 4QFNA 3F8FA 1VE4A 5HDGA 1TNSA 2XXWA 3CDHA 1JVYA 1G3YA 5CI5A 2Y75A 2RC9A 1MXWA 3TO6A 2NXOA 4POXA 2P7VB 1S50A 2UVIA 1I69A 1Y3NA 1IUDA 2X7PA 5D8KB 1A99A 4HX7A 4YFXF 2GA1A 5EEGA 1JEVA 1S7AA 1IW7F 2YPNA 2NS0A 1SFUA 3BJ6A 5FB2A 4WXJA 1P1NA 3DV8A 3K00A 4FECA 4MEYF 1C0WA 1SYIA 5A5XB 4LFUA 4HW8A 3KOSA 4YMAA 4RK9A 1WQ2A 4IHSA 2I48A 5H6RA 1K78B 3RJPA 2V84A 1JE8A 3RKYA 3EYIA 2W57A 2QSXA 2I0BA 3IK6B 5J1DA 3OOPA 1F1ZA 1XHYA 4HZFA 2RKHA 2RNJA 2VONA 1MQIA 3BWGA 3EPEA 3RNNA 1DDNA 3MZBA 1R00A 2Y7IA 5TPAB 2YR2A 3SEXA 2X4HA 1LEAA 3CFZA 3KN8A 3T9VA 4I01A 1FSEA 3FHZA 2XKOA 2HZKA 4RB3C 4TV7A 5JTYB 4F3BA 2XX8A 2HGCA 4N6PA 2VBXA 1MXYA 4AB6A 1HW5A 5BOXA 1B59A 4YB7A 4MTEA 2V25A 1OVBA 2MA3A 2HZLA 3MZ1A 1BI1A 3K0VA 2KRFA 4WKMA 5I58A 3M3FA 4CHUA 1LQ1A 2A5TB 4GOTA 1B7ZA 5BQTA 3VV5A 3AAFA 2D1HA 2OZZA 1IF1A 1JXSA 3DELB 1T2KA 1RUNA 4BAYA 4M1VA 4YZZA 2H6BA 3ROUA 3KOTA 4DLDA 5H8FA 1LB9A 5H8QA 1Y3QA 3GFIA 5DUKA 3RT6B 2P6TA 4QSEA 4YKJA 1ZKBA 4ELQA 4R2BA 1D8JA 4UACA 3LR1A 3FMQA 3PQJA 4X1DA 5K2XA 5M2VA 2XXQA 3VVEA 5CBSA 3HTUA 1GHCA 4YU0A 3HSTA 1U5TC 4IB2A 1BBYA 1Z7UA 5DVFA 4OVJA 2H27A 1XN7A 2XXTA 4BHCA 4ELPA 2BBYA 3Q5FA 1MM6A 4QFLA 4ZZEA 3C18A 3VLVA 1Y4CA 4Q5TA 1Y0UA 3FM3A 5HS7A 4R72A 5DEQA 4KR5A 3LA3A 4H67A 2PG4A 5LHIA 3M7GA 3N97A 1LB2A 4LK0F 4MHGA 1LVAA 2P2AA 1PP8F 4HF1A 2L3DA 4HQMA 3RIRA 1B4AA 3PD8A 2HQ0A 4XKQA 4IO3A 2QS2A 2LDUA 3SXYA 5D6EA 3CO7C 4JBZA 1SBPA 3BFTA 5B70A 1U5TA 2F5DA 2JRTA 3WTVC 3F6VA 2O6GE 1RKMA 2DE3A 3E6CC 4R6KA 4KHZE 4XKRA 2A61A 3TTLA 2FRHA 5HDNA 2ZMEA 4F3SA 3EYYA 5DD4A 3MVWA 4LP2B 4R8HA 3IO6A 2P6SA 3I4PA 1MJ9A 2Y7PA 3EHTA 1JHHA 1USSA 3M8FA 3FXQA 3QP5A 3BPXA 2ZO4A 3TMGA 2W25A 5ICGA 5A2QK 3FVNA 4OU0A 3F8BA 1B9NA 4U1ZA 4HX4A 4OIPF 1I27A 3LC8A 1XVXA 4KYDA 2UXXA 1LJ9A 2GZWA 3OO6A 2CFXA 4LJZF 2QPQA 4Z0IA 3HUGA 4WF2A 1LLSA 2PYYA 4RPNA 3WTYC 4LD5A 4HYEA 4EGZA 4H8JA 5CBRA 2OAZA 5EEHA 2Z8DA 4HOBA 3G3KA 1U8RA 2PMSA 4DQ2A 3VVFA 1N04A 5K5OA 1UHWA 2PT2A 4N0BA 4N9IA 5CVRA 1N84A 1POTA 5H8NA 4WX9A 3FVKA 3Q26A 2QZ8A 4JSOA 5DVJA 3FD3A 2QQAA 4JWXA 5E1WA 2V93A 4YKKA 3NEUA 4BDNA 3ELKA 4TQUQ 3D4GA 3G7WA 3UGWA 2VT3A 1FOKA 3OV8A 4AIKA 1YTVA 3T66A 1S8NA 3WTXC 2EV0A 4LLNA 2DWJA 2EFWA 3GEZA 5TP9A 4ESBA 4YFNF 4ZEDA 4I2OA 5IT9K 3VDFA 1YG2A 3SEYA 1Q35A 3MPKA 1O63A 3OEKA 4IY5A 2ELHA 2XHKA 4N13A 1LDKB 3TAJA 1A7LA 5HPQA 1FW0A 5I56B 1HSJA 3T0YA 4HX8A 1E17A 3BZ6A 4HS7A 3WTZA 1MY2A 1MH3A 3ISPA 3I59A 3T9HB 3ECHA 2A3SA 2L54A 2VT2A 1LB8A 3TCFA 5HVQC 3R0JA 1B05A 1Z1DA 2HCAA 2UVHA 4G2ZA 4HLXA 2Z9OA 4FATA 3Q28A 1FY7A 4OHNA 3IOVA 3MAMA 2JPBA 4NF6A 4U7DA 3SEUA 2LAOA 2Z33A 3QIMA 5BPIA 4MQ9F 3CUQC 4JBAA 2H5YA 5KCJB 3E5UA 3OEMA 1HXDA 1OPCA 3H3GA 3QP6A 4GLIA 2HQNA 2ESHA 3R61A 4EQQA 1YW8A 3ZMTA 4G4PA 4KN4X 2EJRA 1NH7A 1QNTA 3E3VA 1AOVA 3LSXA 1IEJA 1WI9A 5EYFA 4WXHA 4DXCA 1YTYA 1FTMA 1QPMA 4AIJA 1TT1A 1SD7A 4N9HA 3BDDA 4MLVA 2KJBA 2Q89A 2VXZA 4XXUA 3RI4A 1J7KA 1B52A 4F29A 3C1DA 3CUQA 5KVRA 3U8QA 4EDPA 1MQJA 3KG2A 5ICEA 4BQAA 2RDPA 1KYZA 1YW7A 4G6DA 1L3LA 2CW0F 2VOZA 4RA1A 2F7CA 4NQWA 3QUFA 2IPQX 4O3BA 4R79A 2HWVA 3IL1B 3FM5A 1YW9A 3TDZC 4RYAA 2QMXA 4HF2A 4G8HA 5IKBA 2PMUA 3KP2A 4OXVA 4QSDA 1IZ1A 4RAYA 3V8JA 3IB0A 2QS4A 1A40A 1U78A 5FFXA 1R9LA 1TTYA 4BLAA 3LAPA 1F5TA 1SW1A 2XXPA 3HV1A 3MP1A 1TXFA 1ULYA 2XX7A 1IN7A 1LAFE 2QENA 1LAGE 4B8XA 1XB4A 4XSXF 5L9OA 1MQDA 4L5JA 2FBKA 3WU1B 3E6MA 2Z5UA 1MDMA 4ZZDA 1SAXA 4RGRA 1FTJA 4EM1A 3FF5A 1H9GA 2W7YA 4OETA 2P5VA 1OYIA 4EVIA 3N5LA 1RZ4A 1X3UA 5HS9A 2RV8A 3R26A 1IN6A 5D5VB 4UUVA 5F1QA 2FXAA 3GXAA 3PUYE 3F72A 2E1NA 3FVOA 3HPIA 1QGPA 1P4XA 3WGHA 1B46A 3QPHA 2ZNZA 3BJAA 1ON1A 5BS6A 5ICFA 3PMWA 2VOPA 4ESXA 5HS8A 1MJAA 2I58A 5L3CA 1HKTA 3MZHA 1QUIA 1B6AA 4IO5A 3WAFA 5E1XA 1FTKA 1MS7A 3C7JA 5DT6A 4MLQA 2JSCA 2VHAA 1P4WA 3VFJA 2R7FA 2STTA 3B02A 1SI0A 4G68B 2OWTA 4EJWA 4R6YA 4FAJA 5CRYA 4HDVA 4OMYA 1XCBA 2IA1A 1LBCA 3IORA 4F7ZA 4P5OA 3KSJA 3GZGA 3TELA 1L5TA 2WC2A 5CVJA 1I6XA 1B4ZA 3M1EA 5L3FA 1LFIA 3TODA 2ESNA 3H92A 4QHQA 1GVJA 2V3TA 1GXPA 4PFWA 3PD9A 2V3UA 3MAJA 1K7AA 2PJPA 3DP8A 3KP5A 4POWA 4E0XA 2YU3A 1K78A 1TWYA 4U23A 4YKIA 3I53A 5DDGA 2XROA 1B58A 3F6OA 4M9XA 1A55A 5FTIA 4L17A 2DVZA 3COAC 1EH8A 2OWSA 5BWJA 4CGZA 2O1MA 2YPRA 1FQFA 4HQEA 3W9VA 1ZRDA 3JYRA 5D4RA 3MFKA 1MRPA 1LNWA 1B9JA 3B6QA 2ZNTA 3VLWA 2O3FA 1ZLQA 2FYIA 1J59A 4Q47A 2IVMA 2F5XA 1V4RA 1SQYA 3FX3A 3BROA 1IXIA 4AQ4A 2IT0A 1HBXG 2Y7RA 4X1BA 2A5TA 4C0RA 1Y1MA 3HHHA 2VODA 2KJCA 5J6XA 1KQ9A 2K4JA 3MC2A 3S2VA 1USTA 3PUWE 4DCXA 4KIFA 2CGPA 2Y48A 4IO4A 2XXUA 2DO7A 4UNOA 4ENNA 3SEVA 4RB0A 3TOBA 1NKXA 2GAUA 2Y84A 1UQWA 3GW2A 2D1VA 3O9PA 3WG9A 3WTUC 2M5WA 4KMUX 2A5YB 1M5FA 4ZYDA 4G7OF 4RGXA 3CRBA 3PMXA 4I8CA 4G8XA 5DD8A 1I1SA 3SZPA 3SFZA 2EB7A 5LEJA 2GWRA 4Y15A 5L9MA 1U6GA 4G9YA 1KA8A 2D45A 2PVUA 1A8FA 1B5HA 3GBAA 3UA8A 2M1BA 1IQ7A 3JZJA 4IPAA 3IOUA 1UIVA 2P8TA 4KN7X 1TQIA 5E1ZB 4ZEFA 5IT9Z 2RN7A 1IN8A 2CSOA 4U4SA 2I6EA 3K02A 1EZOA 4LG0B 1I6QA 4UV8A 1NNKA 2AYSA 1TQMA 3TDJA 4IY6A 3EDPA 3TQWA 3V7CA 3HRUA 1ZG3A 4AB5A 3HN0A 3O28A 2R3SA 4R1HA 4LK1F 4CDGA 4A0YA 3GFJA 3LWFA 2XXVA 1IXHA 2DPDA 2VE9A 1OMPA 2REGA 2THIA 4KD5A 2ALUA 2RC8A 3JV9A 1W7PD 1K6OA 1DPPA 5KDTB 5ICCA 2I49A 4EF2A 3ZKKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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