1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
molecule keywords LysR-type regulatory protein
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
4RGXA 1QO0D 3KZZA 3PUXE 1W5SA 5JFRA 4EJWA 4RGUA 1TT1A 1B2HA 5CLSA 1ZBMA 2HQ0A 1SD4A 1R22A 2P4WA 4BH9A 3M7GA 1QUKA 3IOVA 1Z91A 5BS6A 4ZYDA 3OOAA 5EHMA 1PEBA 3HUGA 1S9TA 3TCHA 5FFZA 3DLNA 1N84A 1UTBB 5E1ZB 3OOPA 1M5FA 2H98A 1JETA 1B1XA 5L3EA 5DCFA 4UVCA 3TKDA 2QWWA 4G9YA 5D5WB 3TFLA 5L8DA 4DNCA 1TFDA 3MJNA 3LSXA 2XASA 5CVRA 3K6WA 1BC7C 5FTHA 4EQBA 1UQWA 2IPQX 2DPUA 3TTKA 1U5TB 5DEXB 2REJA 5J1DA 4L9VA 4QF9A 1LBBA 5CVVA 5IKBA 2E1CA 4NWDA 2XGXA 2PJPA 2F5FA 1LDDA 2M45A 1OYWA 3GYHX 1SMTA 2EV0A 3OEKA 4RNSA 4ENJA 1YLFA 1BI2A 4HDVA 2DWIA 1P4AA 1D5VA 2Q0OA 4O5VA 3PPRA 3S9NC 4OHNA 4F2OA 1FBUA 1DPPA 3GFLA 4FT8A 4ENKA 3MZHA 5FHMA 4M4GA 4HLYA 3DEUA 3JTHA 3SEYA 5E20A 2FEZA 3M8EA 2B0LA 3CR9A 3KP3A 1MY2A 3V8XB 2HTJA 3BPVA 4KFQA 4D0PA 4Q5TA 1QW0A 3OO8A 4JSDA 3QRFF 4JDFA 3M3KA 2ZXTA 3FVGA 2DU9A 2CG4A 1KYZA 3PFIA 3B02A 5IT9K 5M2VA 4YMAA 3HSRA 4QFLA 4ZH4F 3B6WA 3SZTA 3WTWC 5D8LB 2HYGD 5HM4B 4NHJA 3T0YA 3IRRA 4LLNA 2JZYA 3ZS6A 3DPLC 4LQ2A 2ZNSA 4CYDA 2I3WA 4RAYA 3LAPA 3IKVA 2G9WA 2EJRA 1V3FA 4UHTA 2X4HA 2DXYA 3IB2A 2GQQA 1G3TA 4OFJA 2HEUA 3RKXA 1O64A 3IL1B 4EQ7A 4F3GA 3H06B 2IEEA 4YFKF 5E18F 4ISUA 5LGUA 3MVWA 4QRZA 4XBFA 1TQMA 4U0YA 1IQ7A 1LDKB 1B3EA 1MQJA 1OMPA 4YB7A 4P5OA 1ON2A 2GH9A 4KCCA 3OV8A 3MZ9A 1LLSA 4QHQA 3QSLA 2DVCA 2M1BA 3R7XA 3SERA 2UVJA 3I0TA 3PUZE 2YX4A 4YMBA 1IXIA 3GFIA 4GWOA 1AOVA 2LF7A 3R6SA 5TP9A 5F64A 4ELPA 4Z7EA 3HSTA 5DT6A 3COAC 1OIBA 4U1OA 2I3VA 4LJZF 1SD6A 1R5HA 2M30A 2BV6A 2DTRA 2V1DA 2GXGA 4B09A 2VGQA 1HW1A 2DOJA 1FY7A 2XX9A 3KZYA 1I1GA 1PB9A 2HDCA 2I0BA 1Z05A 3KG2A 3TCGA 2ADUA 4PGGA 1N3WA 3RYRA 4EJUA 4EXLA 2IP2A 4KMFA 3T1BA 3WU1B 5BOXA 1XHYA 4C1TA 1BM9A 3TO7A 3F8FA 3RYPA 1LEAA 3WGGA 4R79A 5L3GA 3SESA 2DP8A 5FLXZ 1AWCA 1H3DA 3SXYA 3VLUA 1PBPA 4WEDA 5AE4A 2GA1A 2HOEA 4MTDA 1A8EA 3DXJF 3FZVA 1YO5C 3FM5A 2LNBA 1JVXA 5I56A 4G68A 2RNJA 4ETSA 2PI0A 4R6HA 5HLHA 1F1ZA 3SEXA 4EMSA 2D3IA 5AIPA 4QLCU 4PQJA 3IHUA 3W9WA 3LC8A 5FD5A 1ZAOA 3N94A 1N0TA 5TP9B 1XDUA 4U21A 3HV1A 5J6XA 4RGSA 1GXQA 3FVNA 3G3FA 2P2AA 1REPC 3ZMTA 3KGCA 2I6EA 1I5ZA 4MEYF 2KIFA 3RTRA 2HZKA 2DE2A 3KCCA 3H4ZA 3Q9SA 4JWYA 2ISZA 1XSXA 4AIJA 1B6HA 1NKXA 4N9HA 2NVUB 2B65A 3SZPA 3VB2A 2O69A 1S3JA 1DTGA 2W84A 1R9LA 3GX4X 5K5QA 4WCGA 1HXDA 1WVJA 2DQLA 2OD5A 3BP8A 1OLCA 2CMOA 3CUOA 3T22A 1POTA 5DVIA 1ZGJA 5CYVA 4I0BA 2Y7PA 1QGPA 3KJTA 2D5WA 3CVGA 4QSDA 4PZJA 3W6JB 2QLZA 3RTFB 2D2WA 1LCFA 4S04A 1B9MA 2AL4A 3G7WA 1H76A 2XKOA 2KLFA 3ECRA 1IXHA 2YPNA 1RZ4A 3VVEA 2DK5A 2JRTA 2TDXA 4PCQA 2NWJA 1B6AA 4G68B 2HGCA 2HWVA 2IRFG 2RF1A 4F1VA 3GW2A 5I56B 3RT8A 3G3HA 1IAWA 4F3BA 3TTNA 1OPCA 2V3UA 1ANFA 4LB5A 2XXUA 3NEUA 3M8FA 5LHHA 5I2NA 3EPEA 1ZHFA 3PQJA 2UVGA 4I7HA 1UCRA 2HTSA 2RVCA 3DP7A 4IPAA 1BC8C 1WDNA 3MZ1A 1A04A 1MPBA 3SEVA 2H25A 2XAQA 3R60A 1UHWA 3Q5FA 3LSFB 5H6RA 2FYIA 3IOUA 3OEMA 4S05A 2A61A 4GRKA 1YS6A 3KP2A 5I58A 5L9MA 1G3YA 5FO5A 2UWMA 2F2EA 4IRGA 2PX1A 2ZXJA 3MVYA 1BBYA 2JSCA 4KN4X 3O2PE 1B58A 5H8HB 2UYEA 3MP8A 3QAHA 5I2KA 1H0MA 4H8JA 3MBPA 3S4UA 2Y7RA 3GXOA 1G4DA 1OMIA 4KYWA 2XX8A 1FP1D 3L6GA 1IZ1A 2XAGA 4EM1A 1XC1A 3D4CA 5F6FA 1QJMA 3J7AO 4LZ5A 4LK1F 1A7LA 4XRFA 3JV9A 5KK1A 5H8NA 1TQIA 3E9XA 1PB7A 4HQMA 3WG9A 4KFCA 1EH8A 1G6NA 2A3SA 2L4AA 4HF1A 2P8TA 3FJGA 3V89B 4HQEA 4ZYGA 5I2NB 1DOTA 4IO7A 5LGNA 1MH3A 4WF2A 2EA2A 2WTEA 5BPIA 1TW2A 1ZLKA 3VVDA 1R5GA 3F23A 3U1DA 2P6TA 3CG3A 3IR1A 1B46A 3V7CA 2GFEA 4HS7A 3MWMA 4M74A 3ILTB 5I58B 4YFXF 2RCAA 3WTSC 5H8FA 1SYIA 5A5XA 4OENA 1TBXA 2O68A 2PT2A 1MXZA 2XAHA 1RI7A 2P6SA 3BY6A 1RYOA 2Q88A 1GVJA 2V3QA 1T39A 4H6DA 1MJAA 3O6BB 4Q47A 2XRNA 1IRGA 4JXIA 2FMYA 3CUQA 4I01A 4KN7X 4M1VA 4HBLA 4GYGA 1N76A 2YJPA 4X1DA 2COMA 5I2KB 3L9FA 1Y3QA 4XSXF 3DKWA 3QYTA 3JZJA 4IB2A 2QS4A 4ESBA 1M5EA 2HQNA 1O57A 1JEUA 4KD5A 3OELA 2QJEA 1D9YA 3LA3A 3V8JA 5K5OA 2I48A 3FVKA 1I1SA 4XSZF 4UA8A 2QMXA 4H65A 4F3PA 2PEXA 4LGWA 4H67A 5H8NB 4CHUA 1IN5A 3DF8A 3KOTA 3C3WA 3V5AA 3F8NA 3HRMA 3WTVC 3T9VA 3UORA 4F1YA 5J8CA 3K4UA 3TO9A 1W7PA 4KA4A 1Y4TA 3HTSB 3Q26A 3J81Z 4L5JA 2V1UA 1Y9UA 3JAMZ 2ZNTA 4KR5A 3MEXA 1LB9A 3KP5A 1XCBA 2DK8A 4I2OA 1OVTA 3K0VA 1J1NA 3JW4A 3GLXA 3K2ZA 3QUFA 4KHZE 2MLGA 4O6JA 4LG0A 2A6EF 1GXPA 4ZECA 2FNAA 5A5XB 5CM6A 1BOAA 4B8XA 5DD4A 2LSOA 3VLVA 3LA2A 1B7UA 3M8UA 3GZGA 1MQHA 3FHZA 2UZKA 3E13X 2QZ8A 3CI8A 3QIMA 1LEBA 4NWCA 4I62A 4F7ZA 4X48A 5IAIA 3R61A 3IOTA 4ENMA 4YB5A 1UHMA 1SW2A 3B73A 4E0XA 3HRUA 4NE4A 1IRFA 1U8RA 3KJ7A 3TUSA 1EZOA 4IHTA 4FATA 4OIRF 1K78B 1XGNA 4IRHA 1JXSA 2OA4A 1AMFA 1O7TA 2W7YA 2FNPA 2D21A 4PE5B 2PBIA 3WTTC 1MDQA 4NF8A 1O3SA 1D8JA 4QFOA 3IK6B 3BPXA 3OXNA 4ON0A 3TTRA 2VT2A 3IC7A 3TAJA 4IO5A 4M71A 2ELHA 4R75A 4XKNA 3MZYA 4X9TA 1B1HA 1W7PB 1NHAA 3WTXC 3ZN0A 2MA3A 5ICFA 1UTHA 3I59A 3VEPA 1YTVA 1ZREA 4MEXF 2I49A 1JNFA 4LG0B 2A5TA 4GXOA 4KT5C 2VOOA 4OETA 4NQWA 2OU2A 2WWYA 2DFIA 3Q25A 1ZLJA 3E6CC 3TDZC 2O84X 3RJPA 4OQOA 3E3KA 2LF8A 1S8NA 1I6BA 3CFLA 4WKMA 2QM3A 1USSA 3P9KA 4IJAA 1O63A 3RY3A 1IXSB 1CGPA 4RS8A 3L00A 3N6UA 2RQPA 3TYHA 4GIZA 4HA8A 1SVXB 3ABUA 2RC8A 4EM0B 3L2CA 2Z8EA 1BIBA 2DBBA 1I6QA 2B3FA 4POWA 2ZNUA 1P1NA 3HO7A 3MC2A 1QNTA 1FTMA 2XROA 4WXJA 3WGIA 3FVOA 1DPEA 4NF8B 1URGA 2UXNA 3K6VA 2XUBA 1NH8A 4LUBA 2FA7A 1PP7U 4Q8RA 1LFGA 4A5NA 3U92A 3C32A 2EWNA 1I6XA 2F6PA 1K6OA 1DPUA 3FV1A 3S2WA 2RINA 4JBZA 2XKPA 2E7WA 5K1YA 4ZEBA 4RB3C 3LA7A 1BKAA 1UTHB 5I84A 1P99A 3CG1A 3I59B 2A5TB 2FXAA 2L54A 1MRPA 1B3HA 2FOKA 4LLLA 4U7DA 1A40A 3ECOA 5CVIA 3RNNA 2GIVA 3HSFA 3CJNA 4EJOA 1XMAA 2V25A 2Z9OA 1MXUA 5D4RA 5EYFA 2DO7A 4JBAA 3HOTA 1KU2A 3K01A 2FU4A 3A3UA 2EK5A 4QSCA 4ELOA 3ECHA 3K2DA 1YW8A 1SW5A 4KIFA 2PMUA 3DPTA 2WKYA 2P7CB 5AA3A 3IO6A 3V7RA 5IT9Z 3F8BA 1IXCA 3EN3A 3EYIA 1QKAA 3PD8A 4RAZA 2Y75A 4YB6A 4F29A 5ED4A 1XT8A 4HCWA 2XD3A 2ZMEB 1MPDA 3D0SA 1R36A 2OCUA 2GHBA 1IIWA 2A07F 3I4PA 4ESXA 1MH4A 2KIMA 3R4KA 4OFLA 2NXOA 2E1SA 2Y0MA 1A99A 4OEVA 1XN7A 2REGA 5AA2A 2DWHA 5ILVA 4F39A 3E5UA 4AB6A 4HOBA 2D1HA 1BIAA 2H4IA 2UXAA 3U94A 4HLXA 1ZYRF 2UXXA 3IB0A 3EF7A 2P0SA 1Z9CA 5ICQA 1U2WA 4Q48A 4ENNA 2VE9A 1OLAA 3TOBA 3GO5A 3QPHA 3EHSA 2UVHA 3TQWA 1Y1MA 1P1WA 4PFYA 2CO5A 4EM2A 1SFUA 4OU0A 3M3LA 4R2BA 5ICCA 3BFUA 2ZNYA 4RPNA 4CGZA 4Q5SF 3FXQA 1J2XA 3FD3A 1OQHA 4IO2A 2G93A 1T0KA 1KYWA 1A8FA 3L7WA 4M9ZA 4R72A 3TCFA 3VV5A 2P7VB 2VC0A 2DE3A 3LAJA 2HEOA 5TJJA 1BI1A 2F7AA 2OLBA 2RC9A 1IN4A 5L9SA 2Z22A 2ZJ2A 3PD9A 3GVAA 1TXFA 4U4XA 1US4A 3WAEA 5BPDA 3GF2A 1QULA 4I98B 2VT3A 1TFAA 3T8TA 2K86A 3O3KA 3QU3A 2R3SA 4M6XA 2IA1A 4Y15A 4O3CA 3SDFA 3FGSA 4ZEDA 3FX3A 5AA2B 3H7MA 3TKYA 2P5VA 4HW8A 2NNYA 1PDAA 1P4WA 1HKTA 4JK1X 1HW2A 3IWZA 3MP1A 1URDA 4TOZA 4A6DA 2H5YA 2RCBA 4G77A 4ZE8A 4R73A 3R0AA 1U5TC 4M6YA 1B7HA 2PMSA 3KP4A 3THIA 3FJ7A 5HS8A 5HDKA 2VHAA 4YKKA 2QYOA 1O3TA 4RA1A 3WGHA 2GZWA 4L9TA 3PU5A 4DXCA 1SFXA 2X7QA 2V3TA 5L9OA 4YKIA 1P1QA 3KP6A 1JHHA 2E1NA 2FNCA 4CZZA 2I58A 1R23A 4DE8A 4U7BA 4LQ5A 1YW9A 3IL2A 2HAVA 1CF7A 4UVBA 1BP5A 4GFRA 3HHGA 1LAXA 4L18B 4WEPA 4DIGA 1B7ZA 4KICA 1USYE 4K3FA 3N4MA 4OMYA 1USTA 4FE8A 4CO8A 1Z6RA 4P9FA 4K2EA 4F18A 2DSFA 3K00A 1K7AA 3HRSA 4KNYA 2VBXA 1ZH5A 4U4SA 5A2QZ 2V93A 5F1RA 5H8QA 2ETHA 5BUUA 1MS7A 4GQOA 1NNFA 1O3QA 2AYSA 2FBHA 1YCJA 2R71A 3ZSFA 5DD8A 1AL3A 3K6XA 4BQAA 3C4MA 4UVAA 4G8NA 1YG2A 2ZKZA 3N5LA 2ZCWA 4GD5A 2VD3A 1S7YA 5HDNA 4C1UA 3GLBA 1KU7A 3H6TA 2NS0A 1IUDA 1E17A 4XXUA 1KU3A 3GZ6A 3TTLA 4GF8A 1KWHA 3T9UA 5TU0A 3BFTA 4GL0A 1MY3A 3PPQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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