1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
molecule keywords LysR-type regulatory protein
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
1H44A 3O3KA 3TDJA 4ESWA 4EM2A 3UP9A 2V84A 2O69A 2UVHA 2QLZA 4R74A 2V1UA 1JW5A 1Y4CA 3E5QA 1H45A 3VV5A 4BLAA 3U93A 4WKMA 4DCXA 3O6BB 3W6JB 2HEOA 3FZVA 1TQMA 1YW8A 4LP2B 4XXUA 3DEUA 1T98A 3OELA 2I0CA 5CMMA 4D0PA 1B5HA 4K2EA 4OZ9A 4EUOA 3I59B 5DVJA 3T93B 5B7DA 2ELHA 2FXAA 4DNCA 1O7LA 2NXOA 2R6GE 1U5TC 2Z8EA 1FQBA 3L9FA 4YB7A 3J81Z 1EZOA 1S50A 3LFKA 4H65A 3I59A 1RYOA 3K02A 4UVCA 4I2OA 5FD5A 1LB8A 4JWXA 1MH4A 4QHQA 2ZMEB 3RKWA 2H4IA 4NB5A 2DVCA 2ZYNA 4HQMA 1O64A 3UK4A 5HDKA 3VVFA 2I48A 1K7AA 1R1TA 1LAGE 2DE3A 3E13X 3BJOA 4O3CA 2DW4A 5LGTA 2ZMEA 4UXNA 3HHHA 4LB6B 2VOPA 1B5IA 1MDQA 2M1BA 1R5HA 4Q47A 1B3GA 3S4UA 3RIRA 1SI1A 3EUHA 1FX7A 3VODA 4MLVA 2B65A 5FFZA 1YQAA 1B3LA 4LK1F 4QF9A 3KZGA 3PQJA 1I6XA 4RA1A 3IJXB 3OMBA 3ULQB 2COMA 2NS0A 1MM7A 1HSEA 2THIA 1QZYA 4KCDA 4KYWA 5BOXA 1IXIA 2A5SA 2OZUA 2NRAC 3EQLF 1UTBB 2XD3A 2RV8A 2YX4A 5LLQA 1II5A 4KICA 3RDIA 1IEJA 4H5FA 2EFNA 1B3FA 1DTZA 4IGTA 1JW4A 2OZ6A 2HFBA 1RKMA 4TQUQ 1FP2A 1UTBA 1DDNA 3HRTA 1RUOA 3LA2A 2KRFA 1CF7B 2HQNA 2QS1A 2A5TB 1N04A 3MP8A 1I1GA 3LSWA 3GYHX 1YIOA 3NRVA 4A6EA 1IUDA 2JSCA 2XRNA 1QBJA 2E1CA 4G7HF 1CGPA 1VFEA 4LATA 4M6YA 2ZXTA 1XSXA 3IORA 1IIWA 1CF7A 1TFAA 5HLIA 1I6QA 3FV2A 2A5TA 4HX8A 2F78A 1XGNA 5D5XB 3L2CA 4OIQF 3EQ1A 2QVOA 1UCRA 3V4GA 3R0AA 4BDRA 4Q30B 1RYXA 3TDZC 2Q89A 4GWOA 2VT3A 4NF5B 3B7DA 4O3AA 2YU3A 3N4MA 4HV5A 3DFGA 1SQYA 2Q9TA 2XXTA 3RT8A 4F29A 1BIYA 1NH8A 3MQ9A 2A68F 2EV5A 5FGMA 5HBCA 3HYIA 4KNYA 1XOCA 1ZRDA 4NF5A 2ZNUA 4ENNA 4FEDA 5ISUA 1Z91A 3RPWA 5BMZA 5DUKA 1GXQA 2DXRA 3L09A 3P9KA 3R7XA 4ASNA 4RXLA 4OFJA 4EGYA 4E0WA 1SAXA 4ENMA 1IQ7A 5H8NB 1LJ9A 2F34A 2HS5A 1A04A 3F3XA 1O3RA 4U4SA 1YO5C 3ZMTA 1P1WA 2QS3A 2QRYA 3T1BA 4G8MA 4XIGQ 4HS7A 3GBBA 3K6XA 1ZKBA 3COAC 2CQKA 4F3SA 4HW8A 1ANFA 2LF8A 3GXOA 5H8NA 4OWDA 5ITOA 1A99A 1Z6RA 2V3QA 4ZECA 3O6GA 4A0ZA 3RT6B 2GHAA 4A6DA 1MPDA 3G3ZA 3E5UA 1UB9A 1TBXA 3QPTA 1B9MA 1FTKA 4R2BA 2CW0F 3FUZA 4HX7A 3MPKA 3K2ZA 2E1SA 1B4AA 1WI9A 1OVBA 3H3GA 2D1VA 1XGOA 1XGMA 2DP8A 4OU0A 2IP2A 1SW4A 4YFNF 1F9NA 2UVGA 2CWEA 1QPMA 2XGXA 4RGUA 2VODA 2IEEA 2ZJ2A 2QZ8A 1W5SA 2R7DA 2EA4A 3KP6A 1MZBA 1XMAA 2DSFA 4PDKA 2DE2A 4AB5A 3K6VA 3KBRA 3W9VA 3E97A 4U4XA 5L3FA 3KN7A 1X3UA 2FMLA 3KP4A 3USDA 4EXKA 4BDMA 3IOWA 4KFCA 4NHJA 4O6JA 2H94A 1SI0A 2HCAA 1LDDA 1M5EA 1KU3A 3T8RA 2RVCA 2EV0A 1PDNC 3OENA 1B1XA 5LOMA 3FXRA 2JZYA 4AD9A 3QSLA 4G6DA 2DWAA 3LUYA 2F7CA 3M9AA 3S9EA 4FATA 3CUQC 5D5VB 2ZNSA 3E6CC 2V6CA 4QSDA 3C33A 1MDP1 3IX1A 4S04A 2OK2A 1NL5A 4JB7A 3KEIA 3MAJA 2A61A 3CFZA 4LLNA 5A5XB 3GWZA 3MCZA 1YS7A 3OO8A 3V7RA 4MHGA 3HOTA 1FT9A 4RB0A 3GW2A 3KJTA 5HVQC 1R9QA 1UHWA 4JWYA 5FLXZ 1TQPA 2ETHA 1SFUA 4CYDA 3MWMA 5BWJA 3ZPLA 1H9TA 2H5YA 3PGFA 2I3VA 4ELOA 2FYIA 5A5XA 4N0BA 5KZTA 3S9NC 4UV8A 5LEKA 4AQ4A 5K1YA 2AL5A 4YIIA 3WTUC 5E1ZB 1EH3A 1Y3NA 2VHAA 1JEUA 1DSNA 4DZ1A 2A6HF 1J5YA 1EH6A 2NOOA 2V3TA 1XC1A 3Q28A 4YFKF 5I59B 4ZE8A 2F5DA 1JVXA 3TO9A 2HXWA 5DD8A 3JSOA 1VE4A 2UYFA 4NF4B 3ZMZA 1ZG1A 4NQWA 4LLLA 3RQTA 5FB2A 1F9BA 3K9TA 2HYFA 2NYXA 5I59A 3O6HA 5DYMA 4NF4A 2ZFWA 5DCMB 4IB2A 2O68A 3IAZA 1MXWA 3OO9A 4MBPA 5HLGA 2BJJX 3E9XA 2H09A 1MXXA 4O3MA 5CMKA 1OKRA 4R9FA 5CMBA 4GVOA 1EH7A 3GLBA 2RDPA 1RNLA 5L3EA 5DCMA 5FHNA 2Q0OA 5L9SA 3F8BA 2FA5A 1IRFA 2DK8A 4A5NA 1P1UA 1FBQA 4M9ZA 3E6BA 3E3KA 3TCHA 1BI3A 3Q26A 3GX4X 3DP7A 1B40A 2QQ9A 4H0WA 2O51A 4UHTA 3TQLA 4EQ7A 1IF1A 5DEXB 1KU2A 3PPQA 2DI3A 1YS6A 1SMTA 4UACA 1YAEA 4M4GA 5H8HB 2F5CA 2V1XA 2STWA 1MQIA 2CO5A 1O3SA 3RYRA 1A7LA 3ZMVA 1MXZA 4RK2A 3CSGA 3KN3A 1R58A 1XS5A 1F1ZA 4OFOA 3TELA 1BP5A 2Z9OA 5DEXA 2FEZA 2ZYOA 5H8HA 1U2WA 4XTCQ 3U1OA 1B1HA 4LJZF 1UFMA 4BDLA 5JTYB 1MQJA 1SFEA 2UWMA 5L3CA 1B32A 5AIPA 4ZZDA 5FFXA 4I0AA 3QYTA 3G3GA 2HAVA 3I4PA 2LAOA 1S29A 2Z8DA 4KHZE 4R72A 1N3XA 2F7AA 2KIFA 4OIPF 3PPOA 2FOKA 1XMKA 3B6QA 2ISZA 1GV8A 4M9SA 5JTYA 5CI5A 2K4JA 4GF8A 3CDHA 3G3JA 3OO6A 4OIOF 3D4GA 1TNSA 3C31A 3G3KA 3H3UA 4GYGA 2V79A 1B4ZA 4EDPA 5LBQA 2XIGA 2OJTA 1FCKA 1H43A 3GFLA 2YX7A 4QFLA 4EVIA 3T66A 4MEXF 1D9YA 1LGBC 1QUJA 3WGGA 4Q8RA 4JQFA 5IT9K 4Y13A 1A8EA 5JHUA 2IVMA 1SVXB 5L3GA 4OIRF 1S7OA 2DT5A 4ZEBA 4HA8A 3CJNA 1JHFA 4LMYA 1CB6A 1ZMGA 5ELVA 1J59A 1M5DA 1Q1KA 1MRPA 3H03A 1H0MA 5HLHA 3BWGA 3PD9A 2VBYA 3FJMA 1OQHA 4H0EA 2QMWA 4UV9A 3N97A 3U8QA 2PLYA 3DPTA 1R00A 4KIFA 3WTXC 2VBXA 1TT1A 4OYVA 5TU0A 3KEOA 1S7AA 4HBLA 3PMWA 1WSUA 1PP8F 3Q29A 1TQIA 3I64A 5JR3A 1EZPA 1RI7A 1MQHA 4RPOA 3KZZA 3OOPA 1SW1A 5CVUA 4JBAA 3TQWA 4BDOA 3MFKA 3PV0E 1YLFA 4X1BA 2D1HA 1OLAA 2DQLA 4FT8A 3V8XB 4LZ5A 4KIBA 1PBQA 4R6YA 1SYIA 3SQNA 2DXYA 1P1OA 1YFHA 2VOOA 3I54A 4MTEA 3DKWA 4C0RA 4KMFA 4Y17A 2OBPA 1P1QA 1JGSA 3H92A 4PP0A 3F6VA 4POWA 1B3HA 2OQRA 5ILSA 5E20A 3K2DA 1J9IA 3H6TA 3PPPA 2EJRA 4F3GA 2Z5UA 5D5UB 4OXVA 2PI0A 3FF5A 4ZH4F 4BAYA 4L0YB 1V4RA 3FV1A 5IKBA 1FYMA 4I09A 5EEHA 5HOOA 3RNNA 1SMYF 4L9NA 4KN7X 4U2RA 3O9PA 1ZBMA 3WE2A 3J81K 5I57B 1S9TA 3O28A 4RK9A 2EFWA 1F4KA 1POTA 1M5FA 1ZTYA 5HS7A 1TW2A 1LCFA 2G7HA 1ZREA 2ZYMA 3G7WA 2H99A 1P4WA 3HV1A 1Y0UA 1AMFA 1USSA 3TTMA 2QJEA 5I57A 3MZ9A 4L5JA 2ZYKA 2PVUA 3IL1B 1FBUA 4G4PA 2E1NA 4CHUA 1BLFA 3U92A 2KJBA 4HDUA 3JSPA 4Q5TA 2NAZA 3DP6A 1FYKA 3FIRA 2QL3A 1FZPB 3I71A 4HF2A 2V3UA 1WKMA 1R1NA 3M1EA 1MY1A 2ESNA 5DCFA 2PT2A 3FD3A 5CC2A 3MVXA 4GGGA 4YZZA 2W7YA 3MBPA 2Y84A 5IAIA 5DT6A 4MQVA 2NNYA 1B7ZA 4RGXA 3QU3A 3MVZA 2F36A 4IJAA 1PB9A 3EN3A 3GZ6A 4NEDA 3RUMA 5I58B 5BS6A 2CZLA 3WU1B 3T9XB 4N9IA 2JTVA 3PMVA 4YKPA 3VXBA 2F6GA 3D5LA 3J80Z 4ZYDA 3C4MA 2O03A 3FVOA 1J0RA 5I58A 4IY5A 4YKIA 4L0ZB 1D4NA 3Q9SA 4L9TA 2RC7A 2ONKE 3WG9A 2PEXA 4GYIA 4HW0A 5BQTA 4I9DA 4EQQA 3PU5A 2XAGA 2FNPA 2VONA 1GVJA 4IO4A 3QUJA 1FY7A 4PZJA 1HSLA 1GVCA 3TCFA 2QPQA 4GFRA 2MLGA 3T5XA 1LDJA 2EWNA 2D5WA 3BFUA 4B8XA 3TZAA 2B3FA 4X48A 5TP9B 2ESHA 1WWXA 4RGRA 1GGGA 4L9VA 5K5RA 4GL0A 4FEBA 1A40A 1B2HA 3CUOA 5FTIA 1UIUA 4ESBA 3EHSA 1AOYA 1ZGAA 4I01A 4G8HA 3TDUC 1XN7A 5TP9A 2DU9A 2O7IA 3K0LA 2CSOA 3O29A 1MGTA 4PQJA 1TTYA 5AA3A 3HUGA 1B51A 2I58A 3HSTA 1D5VA 4PFUA 1QJMA 2CGPA 5H8QB 1Y9UA 4FIMA 2VC0A 3VXCA 2JRTA 4POXA 4ELQA 4WF2A 3KP3A 4QWQA 2F8DA 2Y7KA 4YMAA 1HKQA 4EQBA 2KLFA 5AA2D 2O84X 2PT1A 4F18A 3TEPA 1PC3A 3IWZA 1UIVA 3SEUA 1FC3A 1USYH 3FGSA 3BBRA 2O8XA 4KCCA 3V5AA 1USYE 4F7ZA 3G73A 1FQAA 5H8QA 4A5MA 3N5LA 2VOZA 4WCGA 4HV6A 3M8EA 4FAJA 4XKPA 3T0YA 3KZYA 3MZBA 4RY1A 3OXNA 4U7BA 4DXUA 2R3SA 4G68C 4A0XA 2VD3A 5H6RA 1BI0A 4N07A 3PD8A 5E18F 1ZARA 2O1LA 3SKPA 3JW4A 3M3LA 3VLVA 1FTOA 3F8NA 2FRHA 2XAJA 1GHCA 4OETA 3H6UA 3ZSFA 2YLNA 1LB9A 1B1BA 4HQEA 5EHMA 1D8JA 3DELB 2YJPA 5CBRA 3B73A 1G3SA 5EEGA 1IXGA 4H1XA 5KCJB 4G2ZA 1J2XA 4TLMB 4M74A 3L7WA 3EETA 1XDUA 2DVZA 2BE5F 2GH9A 1O7TA 4G94A 2OA4A 1XVXA 2FQ3A 1YTVA 5TPAB 5KCJA 2A69F 3SESA 2DAOA 4I8CA 3QRFF 2MH2A 4M1VA 3F8MA 4U0VA 3KEQA 1XVYA 4PGHA 4FX0A 3EPEA 5TPAA 3KCCA 2F5FA 3KG2A 2BEOA 1T38A 2O1MA 2LDUA 4A2UA 1XSDA 1MY2A 2RCAA 2Y7PA 4QFOA 1T0KA 3WE3A 2XAHA 4ECFA 1IXHA 5DV5A 2H6BA 4NWCA 2HAUA 4F1UA 3KE2A 3H4ZA 2FNAA 1HSJA 4G77A 5ILUA 2O61A 1Z7UA 3G3FA 2BYVE 5E1XA 1HXDA 3MW0A 4EM0B 4QLCU 3MAMA 3KGCA 2WTEA 5FLXK 2Y7RA 1DP7P 4P11A 4KR5A 5TRDA 1ZYRF 3DXJF 2NNNA 4TLLB 3KFWX 2RC8A 2XXWA 3A3UA 1MXVA 3KLNA 3GO5A 2PX1A 4KYSA 1A54A 4CZZA 2ADUA 1ZG5A 3PQKA 1GXPA 1XDSA 4F19A 1BC8C 4WX9A 4IRHA 4JK1X 3B6WA 4IF4A 1QQIA 2Y7WA 3ZMDA 2F5XA 4LA9A 4RJZA 4YG2F 2QS2A 1OQGA 2O3FA 5D8KB 1PEBA 1R9LA 2DQRA 1ZU0A 4I02A 5D5WB 3ZS6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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