1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
1J75A 1H44A 3FM3A 3E5XA 4LLLA 3ECRA 2HGCA 5BQTA 2AL4A 3RGYA 1MPBA 2PX1A 1J0RA 1FBQA 5EYFA 1P1WA 4R72A 1FSEA 5ITPA 1YPNA 4IY6A 3OEKA 3SEXA 2R71A 2DWHA 4JWXA 1HBXG 3J7AO 1ON1A 3KN3A 1P1UA 4QF9A 2VBXA 2Q2EA 5TPAA 5B7DA 1HKSA 2YSRA 4F3BA 1MS7A 2XXUA 1R23A 2ZNUA 3LQQA 5D8KB 2ELHA 4BHCA 3OEMA 4ISUA 1FTLA 1B40A 2ALUA 4MHGA 4NQWA 2XXPA 1HSLA 3F22A 1JW5A 4YZZA 4RGXA 2Z8FA 2HWVA 3Q26A 4GIZA 1MZBA 1AOVA 2HR3A 5FD6A 1TBXA 3KE2A 2K4BA 3RPWA 5TJJA 2J5OA 1W5SA 4DDDA 2GFEA 1JHHA 3KSJA 3ELKA 2OJTA 1YG2A 1LAXA 3QP6A 4I02A 2V1XA 3PD8A 2NXOA 4HX8A 3DFGA 3EYIA 2HFHA 1JGSA 1SFEA 5ED4A 1B5IA 2NUVA 3G3GA 3ROUA 1PBPA 1GHCA 1NHAA 5EEGA 5CRYA 1O3RA 1R1TA 2HFBA 1LAHE 3H03A 1S50A 4R2BA 2Q8JA 2GIVA 4LMYA 3UGWA 4MTEA 1YCJA 4GYIA 4EJTA 1LQ1A 3LSTA 3PFIA 1PC3A 2DWJA 2V9VA 3V83A 2FA7A 1I6BA 2GH9A 4OIRF 2Q9TA 2F34A 3L09A 4WXHA 2RNJA 2UYEA 3GXAA 5AA3A 1SFUA 2RC7A 2P7VB 5K5RA 4KICA 4PDKA 2DPDA 1IF1A 4N0BA 3Q27A 3QYTA 2P6TA 5AA2D 5L3GA 5CBSA 4BAYA 3IO4A 3RQTA 4RJZA 2DT5A 3FXRA 2Q2CA 3S2WA 4U2RA 4I2OA 2I6EA 3MAMA 2F7CA 2FXAA 3UN6A 1XSXA 3TQWA 3VDFA 4NWDA 2DVCA 3TFLA 3TTMA 1XMKA 5D4SA 1SVXB 5KCJB 2FMYA 3KN8A 2HEUA 1IIWA 2ZKZA 1YW9A 4ECFA 4WWCA 1IQ7A 1FTJA 1N7WA 4HF2A 2RF1A 2DO7A 4FHTA 4I7HA 5JVTA 4BXUA 3EHTA 3MPKA 4UVBA 1QGPA 3HRMA 4NWCA 4XKPA 1URGA 3F6OA 3HRUA 3HV1A 3HTSB 2Y0MA 4IHTA 3RTFB 1D4NA 3CDHA 4ELPA 1BOAA 2UVIA 3RT6B 2F6GA 1U78A 1Q1KA 4N6PA 1OR7A 2EJRA 4IVNA 1FTMA 4GQOA 4ZEDA 3LA3A 4KIGA 4RPOA 2IRFG 3E6DA 3IWZA 1MJ9A 2DE4A 5J8FA 4DNCA 3F11A 4R6KA 5H8NB 4F22A 1B7UA 4M71A 1YTYA 2QQ9A 1POY1 4L18B 2GXGA 3EQ1A 5ERIA 3OO8A 2BJJX 1Z7ME 5CVVA 4Z2YA 3B6TA 1ZBMA 2FEZA 1YAEA 2Y7PA 3TMGA 3ZPLA 3FXUA 1B9MA 2CG4A 2XIGA 1CF7B 2XAQA 5DDGA 5CVIA 4X48A 4CICA 2M1BA 3JSPA 3VFZA 5HDKA 3OD7A 1QUJA 4G6DA 1U2WA 3RYPA 2DP8A 2QMXA 4L17A 5B70A 1HW1A 3TELA 3DKWA 2QQAA 1M5CA 4OMZA 2UXAA 5AA2A 3R4KA 2H94A 1TW2A 3SEWA 5H8QA 1H0MA 2XXYA 1ONVA 2X4HA 1N84A 2DE2A 3O6BB 2O03A 3MWMA 3GYHX 2RVCA 3ZS6A 2EA4A 1IXIA 3T22A 3ISPA 3O9PA 1S7AA 3TUSA 1FYMA 2O84X 4ESWA 2ZYKA 1TXFA 1XHYA 2Z99A 3TTKA 3FX3A 4ETSA 3H7MA 2D5WA 1TW3A 2IW5A 4A2UA 1AL3A 5D6FA 3CUQB 4NF8A 2W85A 2EFQA 4HF0A 3PUVE 1AMFA 3KLOA 1B46A 4EDPA 2M30A 2P0SA 1DPRA 4ZZDA 2AL5A 1GVCA 3VLWA 3I5UA 1LAGE 2P2AA 1D5VA 3WAEA 3L00A 2MC3A 1TQMA 2X0LA 1SD3A 3HPIA 1DUXC 4JQFA 1HKTA 1IN5A 5EHSA 2DQVA 1VR5A 4FIMA 1MPDA 3MPLA 2Z5UA 2XD2A 1LEAA 3C35A 3SKPA 2DE3A 2RC4A 4LATA 3B6QA 2X26A 3FJMA 1U5TC 4H0WA 5L9MA 3K0LA 5DV5A 2Y7WA 3O66A 2B3BA 3EPEA 4UACA 4HQMA 4KFCA 4L9VA 5I84A 2K27A 2XXHA 3OO7A 4KR5A 4BHPA 1Y3NA 5I59B 2QWWA 4HDUA 4A0XA 1P1NA 1SMTA 1T2KA 4HS7A 3IC7A 1PB9A 4YFXF 5DCMB 1FQDA 1H45A 2I3VA 2DAOA 3HSEA 2D21A 2FQ3A 1ZG1A 3CTAA 2REJA 4U1ZA 5DTBA 2Y48A 5LLQA 2QMWA 1WRJA 3RYRA 2FF4A 2FOKA 1QKBA 3MFKA 1W4MA 3LBSA 4ZS9A 3S9NC 1Z91A 1MQJA 5DEXA 3U92A 2RDPA 1DOTA 4MEYF 3V5AA 2E7WA 1S8NA 3QAHA 5CMBA 3ZMSA 2FE3A 4KYWA 4F1UA 1G3WA 2HZKA 3USDA 2PT2A 4EM2A 2H5YA 4MFIA 2I49A 2P6SA 3O28A 2LF8A 1K79A 4I1DA 4IY5A 3IHUA 4QLCU 1RUNA 2O68A 4FAJA 3N6UA 1WVJA 4RY1A 2H27A 5TP9A 2PFBA 4QHQA 4P0GA 3KP5A 4L9JA 4A12A 4HTGA 3VFJA 1TTYA 3OELA 2VC0A 5JFRA 2ZYMA 4JSOA 3VB2A 1POTA 1MY3A 3SETA 4HV6A 4BQAA 1YO5C 1R1VA 5TRDA 2H6CA 5L3DA 4ESFA 3MC2A 2V79A 4RB0A 3Q29A 4N07A 3KZGA 4R6YA 3HRSA 3TZAA 4EGYA 1MXVA 3SQNA 3HHFA 1UTHB 1EZ9A 4ENKA 3TOAA 1II5A 3V8KA 1BBYA 4AVPA 1LB9A 2XUBA 4I0BA 2QBYB 1PDNC 3KSXA 1CB6A 2Y7KA 2QRYA 5IT9Z 3T8RA 3GEZA 5I56B 1NL5A 5DVJA 3S2VA 4HV5A 1QNTA 4NHJA 5HDGA 4OENA 1E17A 1U8RA 2HTSA 3GO5A 4OTEA 5ITOA 3IB0A 5FB2A 3TO7A 1REPC 1ZU0A 2VN2A 2RKMA 1FYKA 1UIVA 3U2RA 1YFHA 3BY6A 4ELQA 1FPQA 1ZIUA 2DFIA 4K3FA 1B2HA 3LR1A 3U72A 1FQFA 5DVFA 2D1VA 1JXSA 2RKHA 1S29A 1YTVA 4DE8A 2NYXA 2VODA 5I57B 3JAMZ 4FECA 4RK2A 3TDZC 4NF6B 2WTEA 5H8HB 5AA4A 3CO6C 2XVCA 1Q1HA 5ICEA 5CMMA 2UZKA 3KP7A 3EF7A 4OQOA 2YPNA 4U0VA 1B0LA 2OAZA 4IJAA 2R7FA 4F29A 4M1VA 2NRAC 3WGIA 3NEUA 5HS9A 3OV8A 3IOTA 3P9KA 5DVIA 4KCCA 1EV7A 4RAYA 2QL3A 2KJCA 5E20A 1N3XA 4LG0A 2XAFA 2ETHA 1OQGA 4F19A 1L5TA 1HQCA 1BJAA 1R36A 2D1HA 2DWAA 2Q89A 3SEUA 1S6LA 1H9TA 3KOTA 1P4WA 1QW0A 2RQPA 2MLGA 3WE2A 5J8CA 4FJPA 1QULA 3OOAA 1Y20A 3BFUA 1UCRA 1I1SA 3FJ7A 3HCQA 3R6SA 2M87A 1PP8F 1XCVA 3EDPA 1GXQA 3IR1A 1MM7A 2KJBA 2ZJ2A 3H3UA 4IO3A 1OMPA 3KJTA 4N9IA 4MGRA 2LSOA 2K02A 4GD5A 2IEEA 3IAZA 2NS0A 3Q9VA 2PMUA 1QZZA 3BKIB 4NE4A 3PUWE 2X7QA 2XGXA 1MJAA 2I0CA 1BIYA 1Y3QA 2M5WA 4I0AA 3QUFA 4KD5A 5TPAB 1XVXA 1H76A 2H98A 3TYHA 4YAHX 5H6QA 3KETA 3GZ5A 4GXAA 3GBBA 1SI1A 4KIFA 2D3IA 5ILSA 2H4IA 1ZARA 3OENA 2NWJA 3BWGA 2DWIA 1KU3A 4JWOA 3WTYC 2DS9A 2V3UA 2QBYA 4KA4A 2A3SA 2F5XA 2CGPA 4EGZA 1O57A 5L9OA 4IO6A 1ATGA 4G7HF 1US4A 2ZMEA 3K4UA 3A3UA 4EQQA 1XVYA 2HS5A 3PUXE 3F8BA 2PLYA 2FBKA 1D3KA 4A6EA 3OO6A 2VC1A 1OLAA 1BI3A 1JETA 1U5TA 4NF5A 1FQBA 3F6VA 4DXBA 3PGFA 1G3TA 3FMSA 3RTRA 4RAZA 3IO6A 2H09A 4ZYGA 2IA0A 3K1PA 1XN7A 1P4XA 1Y4CA 4ZECA 1XD7A 4WEDA 5FLXK 1B52A 4M72A 1UHWA 3WU1B 1MXYA 4PGHA 1F4KA 1OVBA 2HYGD 4LGWA 4NF6A 4POXA 3W15C 4AIKA 4LB6B 1FW0A 4YB5A 2P7CB 1FQAA 1R1NA 4THIA 2LNBA 1FBUA 1OPCA 3ABUA 4B8XA 4HQEA 2XX9A 1BC8C 4R73A 4TLMB 3E13X 1G4DA 5HM4B 2A6EF 2H25A 4G77A 2XV4S 1B3LA 4HOBA 1MY1A 2DSFA 4M6YA 2I0BA 4IF4A 2DLLA 3BPXA 4QFPA 2IP2A 2PMSA 1MD0A 3ULQB 2VE9A 3F8NA 4R2FA 4CYDA 5ICQA 4CZZA 3HTUA 3DEUA 4Q47A 5CLSA 4L0YB 1B5JA 1BI1A 4G6QA 1XB4A 2ZBKA 4FATA 5BS6A 1DPPA 4U22A 4H8IA 3H92A 2DVZA 4XKRA 1WI9A 1UTBA 1B7ZA 2JPBA 4MQ9F 1M5DA 2EA2A 4R8HA 2ISYA 4H5FA 1QBJA 2QPQA 1B4HA 2K86A 4H1XA 1SYIA 4H65A 4XXUA 3DM0A 3K2DA 3CR9A 4XSXF 4UHTA 1BLFA 1SD5A 1QO0D 1JE8A 4A0ZA 4ESJA 3R7XA 2BE5F 3LC8A 5D6EA 4U88A 1B3EA 1B1BA 1W7PD 4OFJA 2F5EA 1MH3A 1OIBA 1FNNA 3PPRA 1B05A 2VE8A 3ECOA 5ICCA 3KEIA 3IWFA 5L3CA 3RN8A 2WC2A 4P0IA 1O64A 3N26A 3TO9A 2GHBA 4ZE8A 5E1XA 5D5WB 1USSA 3BBRA 1YIOA 3COAC 4N13A 5DCFA 1LFGA 3MVXA 1OYIA 3R61A 3K1MA 4HCWA 4OYVA 2RGVA 4IHSA 3K6UA 3VOEA 3QUJA 5AA2B 1X3UA 4NTLA 3OSRA 2HXWA 1O7TA 4LP2B 3W9VA 5H8QB 1O3SA 4KDPA 1VE4A 6PAXA 1QJMA 4CGZA 2V93A 5HLGA 3RPQA 5L3FA 3BJAA 1DDNA 2F97A 4WEPA 3CLOA 2HCAA 3GZ6A 1Q35A 4PCQA 1USYH 5JI6A 2FBIA 2ZYNA 5E18F 4ON0A 2WV0A 2CSOA 3L2CA 2IJLA 5LBQA 1S9TA 3O97A 3WODF 2OCUA 2QENA 3O2PE 3TPAA 5KDTA 1M5EA 4LUBA 4I98B 2A07F 4P9UA 3I71A 1V4RA 2VOZA 4HBLA 4C1UA 2XXTA 3V8XB 1J9IA 4ZZAA 4D0PA 4E70A 4NF8B 1ZHFA 1CE2A 1U3EM 4P9FA 3PPPA 3C7JA 3J80Z 5LRRA 5E17F 3PPOA 3WAFA 2Q2AA 3ZKKA 1MXUA 2O1MA 3H4ZA 4TV7A 2UVJA 3K69A 4UV9A 3E4RA 5E1ZB 4BDMA 4UV8A 2UXXA 3MBPA 3REOA 1BM9A 2GXBA 4OHNA 2ADUA 5LHHA 4X1BA 4TLLB 4RPNA 4P55A 5DYHA 4I01A 2E0SA 3PPQA 1LCFA 4QFLA 1T39A 3TKDA 3UIFA 3AAFA 2V1UA 4LQ5A 4EVIA 4N9HA 1ZGJA 4EXLA 2VT3A 1B58A 4OMYA 2GAUA 3S9EA 4M73A 1W7PA 2Z3YA 1DPUA 5CYVA 3O6HA 3GFLA 3SZPA 3E6MA 2I3WA 2F8DA 3K6WA 5FTIA 3QSLA 3H3ZA 1NH7A 1IW7F 4YIIA 2LDUA 4EF2A 2ZNSA 2HQNA 3KP3A 1MH4A 4G8NA 4JB7A 3PU5A 3LA2A 2RC9A 1P99A 1U6GA 2O7IA 4YG2F 4JWYA 3TOBA 2M8EA 2Z9OA 2NOOA 3OSQA 3NRVA 1XGNA 2MH9A 1BTJA 4O3BA 1A04A 5DEXB 3FZVA 4G7ZF 1NMUA 4BNCA 1N76A 3M7GA 3C33A 1P6RA 4NF4A 1F1ZA 2ZXJA 3HRTA 3V8LA 2ZYOA 3IOVA 4Q4ZF 1B1HA 3QK6A 3IOUA 3BZ6A 2E7XA 2TDXA 2YPRA 1BIBA 1WODA 1MY0A 4Z0IA 2PYYA 3DPTA 4KT5C 1UB9A 4GL8A 1HSJA 1NNKA 4MEXF 3I5OA 3G3KA 1UIUA 1EH6A 5TP9B 2C6YA 1IXCA 4G68C 4YKKA 3CRBA 2EFWA 4GO1A 1L0OC 3RDIA 3A09A 4R1HA 4X9TA 3I59A 4EQ9A 2STWA 4F1YA 2W24A 1GGGA 4PFTA 3TDJA 1MRPA 4NB5A 3SFZA 4UUVA 3V7SA 3MP8A 3CI8A 5L3EA 1XCBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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