1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
4HF1A 4WEPA 5DVFA 2Q2AA 1Z7ME 2THIA 3R61A 1BIYA 4F39A 2ESHA 2L54A 2PBIA 3P7IA 4YKIA 2ADUA 4ZEIA 1QZZA 3H92A 5BOXA 3R6SA 3WG9A 1SDXA 1SMYF 1KQ9A 3LQRA 3H03A 4F3GA 4Z7EA 2YX7A 3HHHA 2XHDA 1DPEA 3OO8A 1USSA 2VBYA 5CYVA 4G94A 2QBYB 4YB6A 1FBSA 1OMIA 4FORA 2QMWA 2RDPA 1ZRFA 3I54A 1GXPA 1MG1A 3ABUA 5F1RA 1K78B 2XAFA 1DPRA 1HXDA 2NWJA 1B7HA 2CO5A 5HVQC 1O3TA 3BPXA 1LQ1A 2GHBA 2M8CA 1MY4A 2ZXJA 1V4RA 2QBYA 4A5MA 4GCVA 3O6BB 2XASA 4AIHA 1PP7U 1I27A 1IAWA 1Y3QA 2UVIA 4AQ4A 1RUNA 1K78A 5CMKA 3EQ1A 4TV7A 4YFNF 4ESFA 2PVUA 3O97A 4U4XA 3GFIA 1SI0A 1JXSA 3BJOA 1NNPA 3WU0A 4G68A 1KQ8A 5CMMA 2PYYA 4GQOA 3HRTA 3VLUA 5ICCA 1VSOA 4R8HA 2EB7A 5D4SA 2KLFA 3TFLA 3IRQA 1VE4A 4EXKA 1N3WA 4F19A 5DEXB 1R9QA 4ELPA 1FYMA 3MZ1A 1GVCA 2PX1A 2VGQA 2F34A 4G8HA 1RNLA 1YQAA 2I6EA 3DP8A 1RIOH 3T0YA 4DE8A 2YX4A 5FHNA 3H6UA 2PMSA 4JXIA 2I0BA 3TUSA 1MDP1 1B1BA 4EJTA 4I62A 5I2NB 5DEXA 4H5FA 3N26A 3BROA 4ZDMA 4AIKA 4KNYA 4FATA 3DPLC 4IRHA 4XKPA 1O7TA 2PG4A 4QSCA 4WF2A 3E4RA 1YYVA 4BNCA 2TDXA 3GVAA 2VD3A 4H8IA 1UTBB 2RKHA 4AB5A 4CGZA 5A2QZ 3S9MC 2HQNA 2REGA 3MPKA 4TOZA 5DCMB 5B70A 3FXUA 1QW0A 4LZ5A 3OO9A 4KR5A 1MD0A 4LZ7A 3F8MA 2BE5F 1A7LA 4E0WA 2KKOA 3CIJA 2ZYOA 2Q0OA 3U9GA 4KD5A 1MH4A 5H8SA 2EJRA 3FJ7A 2KJCA 4I01A 1UTBA 3TQLA 2NVUB 2HKXA 5DYMA 4FE8A 1WWXA 1R7JA 1TQPA 5DCMA 1OYIA 4G2ZA 3KOTA 5JEIA 3EN3A 1BOAA 4NWCA 3WE3A 1QJMA 3IJXB 4MNUA 3C36A 4ONYA 3T96B 3TPAA 1XDSA 3C1DA 1ZGJA 4PP0A 1LB9A 2ELHA 3K2ZA 2NNNA 1AH5A 3QP6A 2HDCA 2PT2A 2F7CA 4JSDA 3Q9VA 1WVJA 4MBPA 4HV6A 1FTKA 4H0WA 1JEUA 3L6HA 2Z33A 1L3LA 2A68F 5TRDA 3ZQ7A 4IF4A 2DPDA 3SERA 1KWHA 2ABHA 3GF2A 3CUQB 4XSZF 3OO6A 5TJJA 4LATA 4QFNA 1QQIA 3HOSA 1ATGA 3QU6A 4EVIA 4Q8RA 1GTKA 3KN3A 4U0YA 2L4MA 3S9NC 2DW4A 2CWEA 3CSBA 5ELVA 2QYOA 1XC1A 2CMOA 1PEBA 2GA2A 3LA2A 1ELJA 3MC2A 4A12A 3TCFA 3IO6A 2EFQA 3CUQA 3WTUC 2O6GE 4YMAA 1URGA 3PU5A 2JPBA 3FX3A 2PN6A 3I5UA 3QAHA 3ZSFA 5J8CA 3ECRA 3IRRA 1USYE 1IW7F 1HKSA 4QWQA 2A5YB 1A04A 3K6UA 1U78A 4DZ1A 3OEKA 2M30A 4MLQA 1LB2A 4IO3A 2W7YA 4GGGA 2V1UA 3G3HA 5FFXA 2OZZA 4RB1A 4PFUA 4JK1X 1FP2A 5FLXZ 3HHFA 2QRYA 3QSLA 2PT1A 4IHTA 3L7WA 3G3JA 2WKYA 4L18B 4PFWA 5FLXK 1RYXA 3SEYA 1XGOA 1U3EM 4UV9A 4FX4A 2QQ9A 1KGSA 2GXGA 3D5LA 1LSTA 1MY2A 2XXVA 1TFAA 1CE2A 4AIJA 3V83A 2H98A 1FSEA 3LSTA 2ZKZA 3P9IA 3A3UA 1Z9CA 2Z8FA 2XUBA 5KDTA 5BS6A 1FYKA 4KA4A 5H8FB 3G3IA 4BHPA 2OZ6A 2VN2A 4WEDA 3HPIA 4DCXA 4ENMA 1XB4A 4IGRA 2ALUA 3T9UA 1VFEA 3CG1A 1I6XA 4ASNA 2RQPA 5E1WA 4RPNA 3IC7A 3J7AO 5H8FA 3MPLA 1TFDA 4LD5A 4QFLA 4S04A 5K5QA 2ZNTA 2UYFA 1IXHA 1H3DA 3H6VA 2AXLA 4OWDA 2Q2EA 5HM4B 5H8HB 2MD5A 3L00A 3WTSC 4KN4X 1J0RA 5E1XA 1XDUA 5CVRA 4HDVA 4I2OA 3DP6A 3E9XA 5BWJA 3ZPLA 3N6TA 1AMFA 1OLAA 3VXCA 2YLNA 4KMUX 3F22A 3SESA 2F97A 3DP4A 4JWXA 4OQOA 3UIFA 3DXJF 2XD3A 5DV5A 2ZNUA 3ZS6A 5H8HA 2I58A 1Q1HA 3RLFE 3WTXC 2DTRA 4ENKA 2UVGA 5J6XA 5I57B 3BBRA 5ICQA 2C6YA 1LJ9A 3H4ZA 1TQMA 4NB5A 2UXXA 3J80K 2IA2A 2ONSA 2DO7A 1P1UA 4I02A 4THIA 5CLSA 2DVZA 4A0YA 4JQFA 2UYEA 2STTA 3TTMA 1MJBA 3WTTC 3LFKA 1I69A 1S9TA 4O3AA 1N7XA 3JW4A 3GUDA 5CVIA 2L4AA 1LB8A 1A54A 3BFTA 2HFHA 2JZYA 4GYGA 5AIPA 3N97A 3VVEA 3R0JA 4NTLA 2XRNA 3IB0A 4ZYEA 2UVJA 3UK4A 1K6OA 3OOPA 5D6FA 2DLLA 3PUVE 3KBRA 1R36A 5BPIA 4YB7A 3PPRA 1FBUA 1FQAA 2EFOA 1UIVA 3AXFA 3EHTA 3FM5A 1A8FA 3HSEA 2RKMA 1LAGE 4YAHX 3PMXA 2QJEA 2HTSA 3B73A 5D8LB 4I98B 1XVXA 3S9EA 1D5VA 1SBPA 1LBBA 1MH3A 3LC8A 4F29A 4OENA 3K1MA 4Y13A 2QS4A 1FNNA 1IITA 3JTGA 2X4HA 2FEZA 5E1ZB 2IRFG 1JNFA 4EQ9A 2EV6A 2WC2A 2LKPA 2AIXA 2P0SA 1OLCA 3WU1B 3Q28A 2F5EA 5JK4A 3H06B 2HOEA 3K01A 4OOIA 1IEJA 1BC8C 3FUZA 1EH7A 2E1NA 4ESWA 3MZHA 1J5YA 1WSUA 2V79A 3KP7A 1N3XA 4OIRF 1ZBMA 4OFOA 1VTNC 4R2FA 3GZGA 4H6DA 1YAEA 1CGPA 4R6HA 2F7BA 1HSTA 1JW1A 1D4NA 3W6JB 4HQEA 1HW5A 1QUJA 4ZS9A 4UUVA 4GXSB 1V3FA 4DCYA 5I84A 2MBFA 5CJ9A 2HGCA 2VONA 1SYHA 2V3QA 2BYVE 5DT6A 1R00A 2Q9TA 1KA8A 4LQ2A 2DWHA 2XAQA 4KT5C 1MS7A 1AOVA 2KIFA 1UTHB 3E5UA 3HIFA 4ON0A 4KFQA 6PAXA 5L3CA 1USTA 1FT9A 2STWA 2RC4A 3RKYA 2NNYA 3KJTA 2E1CA 4JWOA 3VEPA 1I1GA 4ZYGA 3V89B 1JHHA 3K4UA 4HF2A 2XXTA 4FAJA 3TYHA 1MXXA 4HQMA 4ISUA 3V7CA 4R9GA 3L9FA 1JQFA 1UTHA 3TAJA 3HYIA 1R1TA 4IGTA 3HHGA 4L0YB 2AL5A 3IB1A 4YZZA 3DKWA 3O6HA 2MA3A 2FA7A 4FHTA 3WTWC 2RVCA 2GIVA 4WK8F 3HTUA 1QVSA 1BI1A 5L3EA 2E0SA 3E13X 3WE2A 3KZZA 2RV8A 4ZZEA 4ENJA 3O6IA 4HZFA 1FC3A 1IIWA 2X0LA 3I6VA 4IVNA 4OU0A 4CZZA 4R6KA 1BJAA 1OR7A 5JVTA 4BAYA 3KOSA 2O7IA 3KN8A 1LAHE 1LCFA 5ILVA 4A5NA 4LGWA 3IOTA 1MM7A 5LEKA 3ZKKA 1ZN2A 3CSGA 4Q0CA 5FD5A 3KSJA 4M72A 5FFZA 2XGXA 2Z5UA 3OV8A 1B2HA 5ICFA 1TXFA 5FO5A 4FT8A 2RC8A 3EF7A 2LAOA 5E20A 2XXYA 4PDKA 3ERED 4PFTA 3FMRA 3I58A 4BQAA 4EUOA 2P2AA 2QM3A 1UB9A 3MUQA 2ESNA 5D5UB 1OVTA 4X1DA 4HBLA 4RA1A 1PP8F 3PPQA 4EJWA 5DUIA 1FBQA 4GRKA 1HKTA 5KVRA 3ZN0A 3COAC 1B59A 2P7CB 4H5GA 3VVDA 4WCGA 4QFKA 4Y15A 4RPOA 1XSDA 3WAEA 2HQRA 5E18F 2QPQA 3MVXA 1P1OA 2QSXA 3MEXA 1HW1A 3SZTA 5LOMA 1YIOA 2FBIA 1YFHA 3KEOA 2JPCA 2O0YA 3KJ7A 1S8NA 2DK8A 1M5EA 5HS7A 2K27A 3MZBA 5CRYA 1D3KA 5BUUA 3PMVA 4UHTA 1LGBC 4A0ZA 3DF8A 4LK1F 2B0LA 1D9YA 4OETA 2PBWA 3GFJA 1XMAA 3JTHA 5L3GA 5K1YA 2I3VA 2Y48A 2E7XA 2DE3A 4OEUA 1O3SA 2I4CA 4LQ5A 1FQCA 5DD8A 3UORA 2O1MA 4WXJA 3D0SA 5IAIA 2ZBKA 3Q9SA 1SMTA 2PEXA 2ZNYA 4C1UA 1P1NA 1ZG3A 4LJZF 3MP1A 4DXBA 3CFXA 2DS9A 5H6QA 3U93A 2H9BA 4WXDA 2I0CA 4FEBA 4WWCA 1B6HA 2Z8DA 1MDMB 1U5TC 3CDHA 1EZPA 4EQBA 4RGUA 1FQBA 2D3IA 4KHZE 4MTEA 3GYHX 3RN8A 1M5CA 2A07F 4O6JA 5HS8A 1L0OC 3K00A 2OD5A 2DT5A 4MGRA 1PUEE 4TQUQ 3SEWA 2Q8KA 1KU9A 3IWZA 1MDMA 2Y84A 4NF6B 2QUFA 1MQHA 2JT1A 1NFTA 3MCZA 4RAZA 4KYEA 4OIPF 4BDQA 1MJAA 2FA5A 2FXAA 1B58A 2W24A 1FQEA 4HS7A 4DDDA 3PQJA 1EV7A 1STZA 5ILSA 1BC7C 1GHCA 3HSTA 3WAFA 2VT2A 2Q8JA 3F21A 4RGXA 2XX9A 4M9SA 4NF6A 1B6AA 4KMFA 2ISZA 2DXYA 3WGHA 1LEAA 1MPBA 2OA4A 2QQAA 2VBZA 3TOBA 5J1DA 2EFWA 1NKXA 4WXHA 4YG2F 2HYGD 3OELA 5AA2B 2Y75A 3R26A 3T8TA 4MTDA 1LDDA 5BMZA 4MHGA 1QULA 3S9LC 2IPQX 1SFEA 3FJMA 3W15C 4GVOA 4ESJA 3FXRA 1LDKB 1T0FA 4MQVA 3GLBA 1W5SA 3UP9A 3PPPA 2RNJA 4XSXF 3LSWA 1IRFA 2HWVA 2Z9OA 5AA2A 1AIVA 2O3FA 3KP5A 2GAUA 3RJPA 5L9OA 3BP8A 3CVGA 4MH5A 3JZJA 3EPEA 2LF8A 4BDRA 1LFHA 3K02A 4NMYA 3SEUA 4LMYA 2FNCA 1TW3A 1W7PD 3SFZA 3ZMTA 1B46A 3Q5FA 5I56B 1YW9A 2RGVA 1J1NA 1IUDA 3OD7A 1XVYA 2L01A 4LP2B 3T22A 1ZMGA 4DXUA 5F1QA 5CI5A 5LLQA 2HEUA 2HZKA 3FWEA 4LONB 4LLNA 5CVUA 5LBQA 2DWAA 3C3WA 1QGPA 4DNCA 1B9MA 1Y20A 2QVOA 4YU0A 4H67A 4WXCA 1KU2A 5DTBA 4CICA 1O3QA 2DWJA 4G9YA 4JBAA 1ZU0A 3RI4A 2H4IA 2VP1A 3MW0A 1B7ZA 1B5HA 4DQ2A 1MXZA 1GXQA 1G3WA 2BEOA 2IEEA 4Q48A 2DOJA 2QS3A 2CW0F 4R73A 2O6AA 1QKBA 2K02A 5J8FA 5I2NA 2H25A 2GHAA 4QSDA 3QK6A 3GBBA 2X7PA 2DYXA 3W6KB 4H1XA 1Z1DA 4JBZA 1KU3A 3FM3A 1FQDA 3L09A 3IKTA 4WX9A 3IOWA 4I0AA 1FP1D 1OYYA 4JB7A 1ZHFA 3BPVA 3G73A 4RB0A 2Y7RA 1R9LA 1TWYA 4GXOA 2ZMBA 2YU3A 2RN7A 4KYWA 4OVJA 2MC3A 1TTYA 1EH8A 2HYFA 2H5YA 4RGRA 2BBYA 2ONKE 2XXXA 2XX8A 4XKQA 4LB6B 2Y7PA 4UXNA 2CYYA 3V4GA 2F6GA 4GWOA 5EEHA 4P96A 3RTRA 3NRVA 2HKOA 4PGHA 1JGSA 4XTCQ 2IA0A 3WGIA 1O3RA 2HTJA 1HSJA 5L3BA 3P7NA 3U2RA 2PJPA 1VR5A 3ILTB 1MJ9A 1ZREA 1URSA 2DAOA 3G3FA 4N9IA 2P1SA 1FTLA 1B40A 3IL1B 3PUYE 4XKRA 5D8KB 3S4UA 1MXYA 3F6VA 1NH8A 2P8TA 4P0IA 1TBXA 5HS9A 3DFGA 4LLLA 4LUBA 1XN7A 3BKIB 2KRFA 3T8RA 4ZYHA 3B6QA 4G7HF 3RIRA 3ZMSA 3IHUA 2A69F 3GO5A 2ZJ2A 4HAMA 2XAGA 2X7QA 3GXOA 4RB3C 2HZLA 2FMLA 4U88A 5ISUA 3ILUB 4RGSA 1DDNA 1X3UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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