1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
2OZUA 4HCWA 4G6QA 3RPUA 1B58A 2XAQA 1ZU0A 3PGFA 4GL0A 1QO0D 1MXYA 4YFXF 3HIFA 1MY2A 4JWXA 2LF8A 3VEPA 3FXUA 1LSTA 4XXUA 4BLAA 1MPDA 2QSXA 1W7PD 2NXOA 2A68F 4N9HA 1I5ZA 3S9NC 3PQKA 3MQ0A 1USSA 5DTBA 3RGYA 1GVCA 1D4NA 5ILSA 4R72A 4ENNA 1B3LA 1RYXA 2BBYA 5A5XA 1B2HA 4WEPA 4MTDA 1H3DA 1TW3A 2PYYA 3LQRA 1TTYA 4MTEA 4IO3A 3MZ9A 1YAEA 3C7JA 1IXIA 2DPDA 1PUEE 1CF7A 1H43A 2E0SA 4FEDA 4YKPA 5I59A 1OIBA 1YW7A 2UYEA 1XT8A 3OENA 4RNSA 5D4RA 1SYIA 1Y4CA 4U4SA 4DDDA 2XAGA 4OMBA 5A5XB 5BS6A 3VLUA 2OD5A 2QLZA 5E17F 4RK2A 1B0LA 3VB2A 3CFXA 3PPPA 1G3WA 1XD7A 5L3BA 5I59B 5F6FA 3TPAA 1GVJA 4KPTA 1RKMA 3M3KA 4KD5A 2JRTA 5DUKA 3E13X 3GFIA 4FHTA 2VN2A 2H25A 3K2ZA 4NF4A 3W6JB 1YFHA 1J59A 2QS4A 2DXRA 2WV0A 3I71A 3BWGA 3L00A 5CVUA 3IO4A 3WE3A 3U92A 3S2WA 1UIVA 1ANFA 1BN5A 1FWZA 1A55A 4QWQA 4GXAA 1B52A 3TO9A 2QPQA 3K4UA 2IA2A 4G68A 5DCFA 4NF4B 1NL5A 4EMSA 2GQQA 1FTLA 2RF1A 3S9MC 4RPOA 4R79A 2MLKA 4RY1A 4K2EA 3R61A 3HUGA 4QFNA 3MP1A 4Y13A 4JXIA 1R36A 4MHGA 2YPRA 3QU3A 3MP6A 2FYIA 5ICGA 4EXKA 5E18F 5ICEA 5FB2A 2EK5A 3MPKA 1I6XA 1ON1A 1UHWA 4R8HA 4MEYF 5IT9K 4G68B 4ZDMA 1ZGAA 5DCMA 2DSFA 4IRIA 4HLXA 4Z0IA 2XXTA 2Q88A 3VVDA 1JNFA 1Y4TA 3HSTA 5TP9A 3CO7C 4YIFA 1B1XA 3O6GA 2OBGA 2KIMA 3QXMA 1AH5A 4BXUA 3CFLA 4RPNA 1Q1KA 2Q8JA 3R26A 4M74A 3FVGA 4YG2F 1IN8A 5DCMB 4YFKF 3FJGA 2IT0A 1T38A 5FHNA 1MXXA 2NOOA 4U0WA 1KGSA 2D45A 4ZYHA 3F21A 2ZNTA 5TP9B 5CC2A 4L9TA 1JHFA 3PUVE 4ENJA 3LA3A 3CUQA 3GUDA 3L7WA 2VD2A 1HW5A 5CRYA 1FCKA 2PJPA 4G2ZA 3F8BA 4C0RA 3D0SA 5E1ZB 3RI4A 1I1SA 1USTA 2V25A 4BAYA 2FMYA 2XXPA 2O1LA 2HQNA 2XXUA 3BP8A 4M72A 1N0TA 5FO5A 2UXNA 3M8UA 2OU2A 1BOAA 1PP8F 4EJTA 5AA4B 1LFHA 4UXNA 2IJLA 3H6TA 2NWJA 3L6GA 3PPRA 2ISYA 4GXOA 2VXZA 4CDGA 3FGSA 2O51A 1WDNA 2YU3A 1T2KA 3CG3A 2B3FA 5L9SA 2HR3A 4MH5A 3KEOA 3I6VA 4OQOA 3V8JA 1R6ZA 3IHUA 2DWAA 1G6NA 1UCRA 4HAMA 2RV8A 2QRYA 1LEAA 2I0CA 1BI1A 3HHFA 1BC7C 2Z22A 3FUZA 4LP2B 4O3MA 4U2RA 5HOOA 5K5RA 3JW4A 1OKRA 1MDP1 2R6GE 3GEZA 2HXWA 1JXSA 1BJAA 3G3JA 4L17A 2ZNUA 1HBXG 3J80Z 4M71A 3Q28A 4EJWA 3SEYA 3WTXC 4EVIA 5KCJA 4BDOA 3JSPA 3HCQA 4F19A 3Q26A 4S04A 3M9AA 1UHMA 3JAMZ 3IOUA 4MQVA 1R22A 2QZ8A 4YKIA 3E3VA 4NWCA 1SBPA 4E0XA 1FT9A 4IHSA 5ELVA 2LDUA 1ZAOA 2ANJA 1XHYA 3FF5A 3RT6B 5KCJB 2I4CA 1XCBA 1NH7A 5DYMA 2D5WA 3AXFA 2L02A 5H6QA 2OLBA 4RA1A 1LQ1A 1B51A 4QSCA 1VFEA 3W6KB 4EF1A 4OIRF 2ZJ2A 3USDA 5KZTA 1IUYA 4CZZA 1B46A 4ECFA 2VT3A 4G6DA 3SEWA 2HAUA 1WQ2A 1FYMA 2R71A 3GVAA 3TYHA 2WTEA 5DD4A 2GHBA 1POY1 2DFIA 1ATGA 3K6UA 3SEXA 3F8FA 4ENKA 1N76A 1SD3A 2EFOA 2XX7A 2HTJA 4G9YA 1WVJA 2ACJA 1U2WA 3TELA 1O7FA 1Y20A 1FLIA 4QSEA 3U8QA 1SQYA 2NUVA 2P5VA 1MS7A 2VD3A 1G4DA 1IRFA 5AIQA 5ICQA 5AA2D 4POWA 1Q1HA 3KEQA 1NNPA 4M1VA 4PETA 3I54A 3DP4A 3FVKA 3V89B 3GFMA 3KZGA 3N5LA 4P0IA 3TKYA 2WC2A 1TW2A 4U88A 3LWFA 1YO5C 3ILUB 1EH7A 2F5FA 1QVSA 1SD6A 2RCAA 4F1UA 1K7AA 1Y3NA 2DK5A 1LDDA 4L9VA 2MD5A 4HX7A 2VE8A 3TUSA 3QRFF 4JDFA 2L4MA 5EHMA 4POXA 3KP4A 4ZYEA 3DV8A 2FRHA 1OVBA 2DWJA 3O66A 3M7GA 3Q9SA 5J6XA 4KNYA 2O6AA 3Q27A 1R7JA 4JK1X 3TEPA 4EF2A 4O3BA 4PFTA 4KMUX 4OWDA 2X0LA 1B7UA 1FZPB 3PV0E 1J7KA 1HSLA 1UIUA 1URSA 1P1QA 2DU9A 2EA2A 5HS8A 2QQBA 2H4IA 4EV0A 5FFXA 2UXXA 3DP6A 2VP1A 3UA8A 3IB1A 3C1DA 4LD5A 5L3EA 1KWHA 3ZKKA 4KYEA 4F3SA 4EGYA 2DYXA 1F5TA 3T8TA 1XB4A 4MF3A 2Q2EA 4OEUA 1FYKA 3OEKA 3KN8A 4YZZA 2IRFG 1QKBA 4Q47A 1HW2A 5FLXK 1ODDA 1ON2A 1HSEA 2Q89A 5TU0A 4ND9A 1RI7A 3K0LA 5HBCA 3SZTA 3GYHX 3HOTA 2K7LA 5CVIA 1JVXA 2NNNA 3FIRA 4G7OF 1HW1A 2DOJA 1JEUA 3GXAA 5I56B 4KN7X 2Q0OA 3E6BA 3NEUA 4A6EA 1EU8A 2VOZA 2W85A 4ESJA 1ULYA 2I49A 5CVRA 4X1DA 4LQ2A 3TDJA 4RGRA 3JAMK 3PUWE 4ZEIA 1SW4A 3UK4A 1GXQA 2O6GE 1A8FA 2HEOA 2DQVA 4MNUA 2VBZA 3I59A 2E1CA 3CSGA 1LLSA 2THIA 2WKYA 1L0OC 2HFBA 1B59A 4NE4A 4HOBA 4BDLA 4H0EA 5ITPA 4AQ4A 1QUIA 3EYYA 3MC2A 2CFXA 1P1UA 3KSJA 2A5TA 4ZE9A 3I59B 1LFIA 3K9TA 2MBFA 3ODBA 1MD0A 4M9XA 4Z7EA 2RVCA 2HZTA 5K5QA 2AXLA 2Y0MA 2F7BA 3ZMTA 1OR7A 3S9EA 2Y75A 4M9ZA 5DEQA 2Y7RA 3T93B 5LHGA 5ICFA 1AMFA 4LA9A 3B7DA 4I8CA 4H8JA 5EYFA 2A5TB 2IA4A 1KQ8A 2EV6A 3VFJA 1Z6RA 4JBAA 1EZ9A 3KLOA 4A5NA 3P7NA 2A6HF 1P92A 1B3EA 4JB7A 5ICTA 1B3FA 1MJBA 4RS8A 4ZS9A 3GBBA 3C31A 4EUOA 3K1NA 5E8IA 3W9WA 3Q9VA 2X7QA 3KN7A 3RKXA 3LR1A 5ISUA 1MPCA 4WX9A 5HVQC 3E5UA 1JW5A 4R1HA 2E1SA 4HQMA 2VODA 2XD2A 4DXUA 3T9VA 3HYIA 1ZG3A 1P1NA 4FATA 1R1VA 5LEJA 3WGGA 2PI0A 1GXPA 1H76A 1UTHA 1K6OA 4TV7A 1BIYA 4GQOA 3S2VA 1US4A 3T66A 4AD9A 5A2QZ 1OLCA 3KP3A 1ZLJA 2D1HA 3GLXA 3GXOA 2ZNYA 1MQHA 2Q2CA 1NMUA 3BJ6A 3SKPA 1MY4A 3LFKA 3U2RA 4DNCA 3WODF 4I0AA 4FAJA 1REPC 2XHDA 2F5DA 1FQAA 3KP7A 4H8IA 1AWCA 4U22A 4L5JA 5E1WA 4R9GA 1KU7A 4GD5A 4Q0CA 4HF2A 1XSVA 4PDKA 4LJZF 2DK8A 2QBYA 1I6BA 4P11A 1PB8A 2YPNA 4M6XA 3VFZA 3MBPA 3MZYA 4YAHX 4Q5SF 3HV1A 2R7FA 3P7IA 5FHOA 2BV6A 3IR1A 3I58A 1S29A 1QZZA 1ZIUA 2X26A 3OSQA 1KA8A 1N7XA 2VOPA 3M8FA 3RYRA 3OV8A 3MVXA 4Q48A 2LF7A 4A0ZA 5H8SA 4HV6A 4Q4ZF 3QUFA 5EEGA 3WU0A 3FJMA 3IC7A 1EH6A 2Z8FA 3E6MA 2R7DA 4OETA 3TOBA 1AIVA 3H6UA 3RTWB 2LNBA 1LCFA 2F5XA 2G9WA 1MPBA 2O7IA 5IAIA 1KYZA 4ELPA 1S7YA 2BGCA 2O3FA 1JVYA 3SEVA 5BQTA 1ZG5A 1P1WA 3TQNA 5F1QA 2KIUA 3E3KA 3BFTA 5LGUA 1FP2A 3TQLA 2W7YA 3ILTB 5H8QA 5FTIA 2VE9A 3O9PA 3QU6A 1B6HA 5D5XB 2FA5A 1V4RA 5HLIA 4F2OA 5L9OA 5B70A 1KU2A 3FZVA 4ESXA 3D4GA 4QF9A 1ZN2A 4L0ZB 1U5TC 1Y9UA 4DE8A 4UVBA 1WI9A 1HKQA 2REGA 3DPLC 3I5OA 5H8QB 4ZECA 1SMYF 2A07F 4NF6A 3OO8A 4UNOA 5H6RA 3RTRA 3KP6A 5J8CA 2G29A 2I6EA 4KCDA 3W9VA 2EV0A 3EHTA 3MJNA 2A61A 1M5EA 2VHAA 2PBWA 3IJOB 4R6HA 1XDUA 1XGOA 3DM0A 2XV4S 1IN4A 1YW9A 1FBQA 1M5DA 3O2AA 3VLWA 1EH8A 4G8XA 2GXGA 2H99A 3F6OA 3H6WA 3FXRA 3K1MA 1L3LA 4O3AA 1HSJA 3HTSB 3R4KA 1U6GA 1OQHA 3JZJA 3K1PA 4NTLA 3T96B 3LSTA 5L9MA 3EUHA 4ZYDA 3W15C 4X48A 2RCBA 3GZGA 4TLLB 3MVWA 5DT6A 4GGGA 3IRRA 3K02A 3IWZA 1TQIA 4R73A 1B9JA 5A2QK 2O8XA 4GF8A 1R58A 1DSNA 3GBAA 1D8JA 4IPAA 5CBRA 1LB9A 4I62A 4O3CA 3G73A 1YW8A 5LBQA 4EXLA 1IITA 1XOCA 1XCVA 3ONMA 2P6TA 1IUDA 2DW4A 1JETA 1C0WA 1LB8A 5LHHA 1POTA 2OZZA 6PAXA 1OYWA 5BOXA 2FSWA 3F72A 1P2FA 4ZE8A 1CE2A 3DELB 1R1TA 2HCAA 2JTVA 3I0TA 3T9UA 5H8FA 5KK1A 5DD8A 3UIFA 5LRRA 3B6WA 4I1DA 1RNLA 4FECA 1D9YA 4YB6A 4ZYGA 1TNTA 4IF4A 4AIHA 3H92A 4OIPF 3V4GA 1DDNA 1R1NA 4XKPA 1WKMA 4QLCU 5I2KA 1O57A 1TLHB 2V1DA 2DE4A 1KQ9A 5H8FB 2YX7A 3IX1A 2I4BA 1Y3PA 2HZKA 3PQJA 1ELJA 1IXSB 4R6YA 3KOTA 4LQ5A 4GL8A 1IXCA 3EF7A 1ONVA 2FOKA 5CBSA 3V7SA 3KLNA 4A0XA 3N6UA 1H0MA 4OIQF 2QVOA 2O61A 5I2KB 1P6RA 3AAFA 3R0JA 4KR5A 2P0SA 1CB6A 4IO2A 4PZJA 4FEBA 1QKAA 3ZMSA 4RYAA 3IOWA 2G7HA 2HQ0A 4EQ9A 5D8LB 1BC8C 3QOPA 5CJ9A 4FJPA 4LZ7A 4IGRA 5JK4A 1B1HA 1RYOA 1O7TA 1A8EA 3C33A 1IAWA 3E97A 1IXHA 1O64A 3IOVA 2QENA 4EQ7A 1MY1A 1PDAA 4OZ9A 4LFUA 2ESNA 1MXZA 1H45A 3WAFA 2STWA 4DIGA 3DF8A 4WEDA 2PMUA 1WODA 3C34A 4HW8A 1L5TA 1BIAA 2QWWA 4K3FA 4XKNA 3H06B 3VODA 3CI8A 1ZBMA 1LAFE 3CFZA 3KP2A 3TAJA 3TKDA 2BE5F 4ZEKA 4BQAA 4OIOF 1I27A 3T1BA 1TFDA 3D4CA 3FMSA 2V1XA 1XMKA 2H9BA 4WXDA 5LOMA 4LLGF 1BTJA 1FQFA 1FQBA 1T0FA 3B6TA 1G3YA 1KU3A 1DPEA 4NHJA 4XKRA 3WTWC 2JSCA 5AA4A 2QMXA 4KQPA 4N07A 1AOYA 4H5FA 2GRVA 4U1OA 4KT5C 2PLYA 1Y1MA 4DXCA 2EB7A 3UN6A 3DFGA 3KG2A 1BM9A 5HLGA 2DWIA 1N84A 3FV2A 1ZLQA 4C1UA 1MH3A 2QS3A 2M45A 2KJCA 4CYDA 2CW0F 4ELQA 3MZ1A 2R3SA 4HQEA 2A3SA 2Y7PA 1ZHFA 5EHSA 3EDPA 2OWTA 4R6KA 1B3HA 4P9FA 4DCXA 2XAHA 4G8MA 2UZKA 4YKKA 5JEIA 2FEZA 1FBSA 1B3GA 1D3YA 2Z99A 3GLBA 1W5TA 5DYHA 1KU9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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