1IZ1A

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLERSHRGIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
molecule keywords LysR-type regulatory protein
total genus 92
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, P, Q
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1iz1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A02
1YCJA 3MBPA 1SD4A 1F5TA 4AIHA 5E17F 2FBHA 1A7LA 1LCTA 1H3DA 3DP4A 2HWVA 3FX3A 4D0PA 3O6IA 1N3XA 3Q9VA 3LUYA 3DPTA 1BN5A 5L9MA 3DELB 5M2VA 1Y20A 1D8JA 5DD4A 4CHUA 3I5OA 4H5GA 3IORA 3EYIA 1SFEA 2XXWA 4F39A 2XX8A 1XDUA 1R5HA 2JPCA 4RB3C 5LEKA 1SQYA 3K6XA 1IN7A 5DTBA 2E1SA 4U1ZA 1QULA 3KEIA 4E0WA 4XSZF 3M9AA 3EN3A 4OMYA 1SI0A 5HBCA 2FMLA 1MY4A 2DPUA 3S2WA 4M9SA 2KIMA 3WTWC 3H6TA 4O3CA 3RDIA 4ZYEA 2VT2A 5BQTA 3MPLA 2P5VA 1VSOA 2Z33A 3KP7A 1P4AA 2EV0A 5E20A 3CUQB 1X3UA 4YKJA 4R2FA 3K1NA 4ECFA 1XD7A 1OYWA 4U21A 3U93A 1YFHA 3ZKLA 1XB4A 2R6GE 4WXHA 2FEZA 4CGZA 3TTNA 2Y7KA 1G3TA 5AIQA 2W25A 1T38A 3FJGA 1TWYA 2XAJA 1XN7A 2D21A 2DXRA 1FY7A 1TXFA 4IY5A 3D5LA 2K4JA 4EVIA 1I1GA 3EUHA 2MA3A 2JSCA 2Q2AA 1R1VA 3VFZA 3C31A 1Y3QA 5IAIA 1FYMA 2I3VA 4DXUA 3TZAA 1LFHA 1IXHA 2P7VB 3L7WA 3L00A 1MY1A 2BEOA 1N7WA 2RKMA 4N07A 2O6GE 3E3VA 5TRDA 1Y1ZA 2DWHA 3QK6A 1LAHE 3RPUA 1XDSA 3GXOA 4UACA 1IXGA 4QLCU 4POXA 4KMUX 4A6DA 3TEPA 2JRTA 1F9BA 4OFLA 2P6TA 2QUFA 3C4MA 2P8TA 1PB8A 2O6AA 3ODBA 1IZ1A 4IO7A 2Z99A 4BDLA 5HDGA 4ZE8A 3IO4A 2K86A 3LQRA 1FWZA 1KQ9A 2KIFA 4NB5A 2QLZA 1HBXG 2PJPA 2ZMEA 3KJ7A 4BAYA 4F19A 2EK5A 2Z8DA 3VVFA 1O64A 3PGFA 1BJAA 3F11A 4EJOA 2UWMA 3N6TA 4XRFA 3V7CA 3K2DA 2HDCA 1REPC 2O68A 3GXAA 1GXQA 4AQ4A 1B2HA 3HRTA 1YS7A 1SD5A 3DPLC 3RT6B 3M8EA 3T1BA 1N7XA 3V7RA 1IRFA 3WAEA 1ATGA 1ZJLA 3RPWA 3I5UA 1YS6A 4B09A 3AAFA 1UCRA 3JZJA 5FD6A 1M5BA 2BJJX 5HVQC 3K69A 2HZLA 4KDPA 3GZ5A 3KSXA 1Z7UA 3MZ9A 3GX4X 4Q0CA 1Z05A 4I62A 5LEJA 2X26A 4U7DA 1KU2A 4LZ7A 3CUOA 1JGSA 3MQ0A 4DNCA 3VB2A 1XC1A 3COAC 3TELA 3QP6A 2DE4A 1FW0A 4AD9A 3E6CC 4NF6A 2AS5F 3S9NC 3O6HA 4XTCQ 1J2XA 4OZ9A 3IKVA 4PFWA 1VE4A 5DEQA 1RUNA 4YKKA 4G7ZF 5JVTA 3G3FA 5D5VB 4PCQA 2D1VA 1QKBA 4PP0A 3LA2A 2V1XA 5TPAA 3B6QA 4Z7EA 2I4BA 3IC7A 3USDA 1P4XA 3BP8A 2TDXA 5F6FA 5BPDA 1Z9CA 4ELQA 4ND9A 1SW2A 4RY1A 4HW0A 2GRVA 3O9PA 3HRUA 4F3PA 3K00A 5DVIA 3NEUA 1DDNA 3U2RA 3TOBA 4K2EA 2FBIA 5D4RA 2F6GA 4DIGA 4GXOA 4DZ1A 1JW4A 2HYFA 3BROA 2HQ0A 1MPDA 1FPQA 4NF4B 1J0RA 2PYYA 1FQFA 1DPPA 4OIRF 1C0WA 3KJTA 2ONKE 3MP6A 4HF0A 3IHUA 1MM6A 4R1HA 5ICFA 2EFPA 1Z91A 3E6DA 3BKIB 3KG2A 3MZ1A 2LNBA 2YR2A 1IXIA 3I58A 1FQBA 4F3SA 4JQFA 5I2NA 4A5NA 1IN5A 4GOTA 5LLQA 4ONYA 2MH9A 2OA4A 2HTSA 2ISZA 4M4GA 4QFLA 1OYYA 4RJZA 4Q47A 3KP4A 3FWEA 3VVDA 4P55A 3P7IA 3CO6C 2Y7WA 4U23A 4G8MA 4U0VA 4KIGA 2V93A 3O97A 2XXPA 3PQKA 3S2VA 2PG4A 4WWCA 1ZG1A 1B9MA 2MLGA 1QUJA 1O63A 1NNTA 2O84X 3KP6A 3V89B 3IB0A 2XAQA 4ENMA 1J75A 1LFGA 2FMYA 4LG0A 2B65A 3UGWA 3PUXE 2F8DA 5B7DA 4GL8A 2H25A 5DVFA 3MQ9A 4ZDMA 5I58B 2XXIA 1QW0A 2VD3A 4NF8A 4RGSA 3O6BB 1XS5A 4ESXA 5DD8A 2XXTA 4WEPA 5I56B 4H0EA 2RGVA 2V25A 2FNAA 4KYDA 3DP6A 3D4CA 3RQTA 4F7ZA 5CMMA 4F29A 3GYHX 5ELVA 4HQEA 5D8LB 2PMUA 3CSBA 3SEVA 5L3CA 2OD5A 1B1BA 3DFGA 3WTYC 3E97A 3ERED 3T66A 3TUSA 1WI9A 3ZN1A 3ROUA 1B40A 5AE4A 3C3WA 4ZH4F 1U5TC 2B3BA 1B5HA 4NTLA 4ETSA 1DOTA 5I59B 4NHJA 1Z7ME 3E13X 3G7WA 2UYEA 3EDPA 2UVJA 2RC9A 2QS4A 4CYDA 4HDUA 1BM9A 1ZLJA 1SDXA 4CXFA 1ON1A 3E9XA 3FMRA 4LONB 4N13A 3P9IA 1PB7A 3PPPA 4R6KA 4M72A 5D5XB 2V1DA 4NF5B 2H9BA 5DEXB 1VFDA 2IA0A 3R6UA 4QFKA 1AOYA 1JEUA 2B0LA 4EJTA 2HCAA 3ZMTA 3VV5A 1BIYA 4JB7A 3ZQ7A 2XAFA 3C7JA 2Q8JA 3H6WA 1Z6RA 3KBRA 1Q1KA 1U2WA 2V1UA 2QJEA 2FQ3A 1R9QA 4DQ2A 3VLWA 2KJBA 3QOPA 1R7JA 3L9FA 4ZEBA 1MJAA 1I6QA 2JZYA 4KN7X 4BHCA 1RKMA 2ABHA 3SZTA 2THIA 3OO6A 1WVJA 4U7BA 1W4MA 2OZ6A 2O8XA 1XT8A 5F1RA 3J80Z 1IUYA 2A07F 5I2KA 4GVOA 3JSPA 1BIBA 2HS5A 2F35A 5DT6A 1FT9A 4LATA 2X7PA 3HHGA 2I0CA 3ECRA 4ZEIA 4KUMA 4YMAA 3ELKA 5AA2A 1LEBA 4KI0E 1F1ZA 4HLXA 1UFMA 4I01A 4NQWA 1EU8A 3QPHA 2OWTA 5L3BA 4KCCA 4ENJA 3CIJA 3BFTA 3TKYA 2DAOA 3QAHA 2PX1A 3U1DA 3R0AA 2HKXA 3Q5FA 1E2XA 4L5IA 2EFQA 1LNWA 1L0OC 4PDKA 1O3TA 3N6UA 4WXCA 4ZZEA 1IXSB 1OMIA 2AYSA 2QPQA 1XCBA 2RCAA 3FASA 2EB7A 3QAXA 2ALUA 4M74A 4PZJA 2HTJA 5BPIA 5EHMA 2VONA 1XGMA 1L5TA 3WTZA 4EF2A 3QXMA 2VGQA 3KGCA 2G29A 4KN4X 1B3LA 1LB2A 3T0YA 2A68F 4U1OA 2X7QA 1HSTA 3DP8A 3LFKA 1YQAA 3H03A 2VE8A 4FE8A 3ONMA 3C35A 4ESFA 4I8CA 4LFUA 1Y9UA 1LBCA 2QS1A 3OOAA 5IT9Z 1QPMA 1PDNC 1ANFA 4BYYA 4LGWA 2Z8EA 2FOKA 1T0KA 4IO5A 1B0HA 5H20A 5JR3A 1UQWA 3KLNA 4DDDA 1HXDA 4HOBA 2BE5F 4HQMA 1H45A 3CG3A 3RUMA 3SFZA 4I0AA 1ZKBA 3MVWA 2K4BA 3SQNA 4Y15A 5ILSA 5ISUA 5CLSA 4P96A 1B32A 1DPEA 2D2WA 2ZMEB 3QPTA 2AIXA 4FECA 4IO4A 4R6HA 4MHGA 3FXRA 3FJ7A 2V9VA 3HN0A 3KP2A 3TGNA 2GA1A 1MXZA 1S29A 3PPOA 3OEMA 1A8EA 4I9DA 1WWXA 3KOSA 3IRQA 3GWZA 4Y17A 4XKPA 4K3FA 1OPCA 1RYXA 2DI3A 1ZU0A 2M30A 2I48A 4U4XA 5DYMA 3N94A 3SDFA 4RXLA 2QRYA 4ENNA 2GZWA 4BHBA 5H6QA 2CMOA 1GR2A 4Q8RA 2G9WA 3IR1A 2FA5A 5DUKA 2ZNYA 3FZVA 2LDUA 1Y0UA 3FVOA 2VOPA 1LQ1A 4YICA 3TYHA 1R23A 4E70A 4NF6B 4BDRA 4WCGA 3MJNA 1B5JA 4ZEKA 1D4NA 2PLYA 3BWGA 3PPQA 2GAUA 5JHUA 3MVZA 2F5DA 4FX0A 4G8NA 1XSXA 3LSFB 3OO9A 4FEBA 2RCBA 1D9VA 5KZTA 1QZYA 1FBQA 5TPAB 5H8HA 5ILVA 1Z1DA 2ZBKA 3SERA 4LLNA 4RPOA 2HAVA 3F8FA 2STWA 2XXHA 1ZG3A 1FTJA 1IW7F 1I6AA 1B4HA 2H09A 4FJPA 3DF8A 3TKDA 2F36A 4P9UA 4IO3A 1LAFE 4KQPA 3ZMSA 2CW0F 1FQEA 3K02A 3CUQC 4LQ2A 3TTKA 4IPAA 4MQ9F 1H43A 5FLXK 3HV1A 3FGSA 1QBJA 4G7HF 3BBRA 3MZBA 2AXLA 1VTNC 1RIOH 3I4PA 3IOVA 1ODDA 4OFJA 1U78A 2ZYOA 4OTEA 3LSTA 1NFTA 4BLAA 2FYIA 3HPIA 4EV0A 3GVAA 1B6AA 4FATA 4Q5SF 2IP2A 1LBBA 1POTA 4HYEA 3KZGA 1A40A 1N0TA 4I02A 4R73A 3RT8A 1ZREA 1G3SA 1IRGA 3PD9A 3WODF 1DUXC 4H1XA 3M1EA 3MFKA 3PMXA 4POWA 3QUJA 2XXRA 3G3IA 2F7CA 3GUDA 3WGIA 4BHPA 3M8FA 1LFIA 5I2NB 1UHMA 3GBBA 3L6GA 5K2XA 1ZRCA 1FOKA 4YB5A 2GH9A 4IB2A 1LSTA 2O7IA 3C34A 2DYXA 4F1VA 2VC1A 4G9YA 2WWYA 4R72A 2GA2A 4HX8A 5LRRA 4NMYA 1O3SA 3HSTA 2KRFA 5H8QA 4X9TA 3K4UA 4EJVA 1OVTA 4Z2YA 3O29A 4YFXF 5TU0A 1KU7A 2XAHA 2LAOA 4MFIA 5BMZA 4QFNA 5E18F 1UIVA 1ZTYA 4OXVA 2E1NA 3WTXC 4I1DA 3BPVA 4JSDA 3T9UA 3I53A 5BOXA 3MW0A 4LP2B 4LG0B 2FNCA 2ONSA 3RYRA 1QJMA 4EF1A 3BJ6A 1B52A 2XXQA 2MBFA 2HKOA 3C36A 3ECHA 2VBYA 1D3KA 4L9NA 2ZNUA 1J1NA 3BJOA 3I59A 2UYFA 4NF8B 3FXUA 2COMA 3E6BA 1O3QA 1A99A 2C6YA 2KLFA 5L3EA 3B6TA 1RUOA 4WKMA 1AL3A 4ZECA 5ICGA 1MDP1 5FLXZ 3VLVA 4MEXF 3B6WA 3SXYA 2IA1A 2CWEA 3RKYA 2P0SA 2AL4A 3TQNA 1MRPA 5DYHA 3E5UA 2Q0OA 3KOTA 5KK1A 3QRFF 4JBAA 4GCVA 4WX9A 1YIOA 2Y0MA 2DK5A 5AA1A 4BDNA 1QNTA 5F64A 1YYVA 2HZKA 1MZBA 4HCWA 2G7HA 5CVRA 2PVUA 3LAPA 3IWZA 4MNUA 1Y4TA 2EV6A 1B7HA 1B9NA 1USTA 3KE2A 3PMWA 2REJA 4FX4A 4F1YA 4HZFA 2O61A 2LKPA 3A3CA 5H6RA 2OZZA 5K5OA 3IKTA 5EYFA 4PQJA 5FTHA 5ICQA 2RDPA 3HTUA 1U5TA 1MXYA 1SBPA 3C18A 1MY0A 2BGCA 3K0LA 3RNNA 4UXNA 1CE2A 1O7TA 1UIUA 5A5XA 4XKQA 3ZN0A 3LR1A 3L09A 2XXUA 4BNCA 3FIRA 1V4RA 4NE4A 1SD7A 2L02A 3IRRA 2KIUA 3GF2A 3QIMA 3HSEA 4KCDA 3CVGA 2Z23A 5ICCA 1W5SA 3T96B 2EA2A 1MJBA 1N04A 4H8IA 4UNOA 1R1NA 1K6OA 4S04A 5FD5A 1QGPA 2Q89A 3TO7A 4Q30B 4YKPA 1Q1HA 4HA8A 1OVBA 4YMBA 1CF7A 2XX9A 4OENA 3WU1B 4XKRA 5CRYA 3FVGA 4QFOA 5AA2D 3KN8A 3VODA 1NKXA 4NWCA 5I2KB 3TFLA 3OENA 2ZYMA 1WDNA 4GFRA 2E7WA 4U88A 1FX7A 2J5PA 3KZZA 1B9JA 1MXXA 4F2QA 3PUYE 1MDMA 1BI0A 1W7PD 3CG1A 4LB5A 1PBQA 2UVIA 1T98A 4IGTA 2ESNA 5AA2B 3AXFA 2F5EA 3ZP5A 2V79A 3CRBA 3FXQA 5CMBA 2DTRA 4G68C 1IXCA 1SW1A 3T93B 1M5DA 2R9JA 3LA3A 1U3EM 3C33A 4XLNF 3KN3A 2VP1A 3QU3A 1P92A 4KIBA 3W6JB 5DUIA 1KQ8A 1P1NA 2OJTA 1JETA 1URSA 1YG2A 2QQBA 4G6QA 3ZS6A 2BYVE 2Y7RA 1RI7A 1WODA 3G3HA 2ZXTA 2E7XA 4ELPA 2Y84A 3B7DA 3K1PA 1KU9A 1B1HA 2V3QA 3UA8A 1CB6A 1TBXA 5E8GA 4NWDA 5LGTA 2FF4A 2WC2A 3TCHA 4GD5A 4DLDA 2NNNA 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