1IZ1A

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLERSHRGIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 92
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, P, Q
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1iz1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A02
5CM6A 1BTJA 4O3BA 3FX3A 3IKTA 4P11A 1IF1A 2CZLA 5KK1A 2HKOA 4OENA 3MEXA 1B6HA 4Q4ZF 3BJOA 1OMIA 3HUGA 4LMYA 3BJAA 3A3CA 4ESBA 4UA8A 3DF8A 2B3BA 1A40A 3WTZA 1WODA 2YJPA 2QSXA 3GFLA 2P4WA 4BHCA 4WCGA 1BIBA 2V1DA 3JAMK 2VOPA 2Y75A 1QVSA 4ZEDA 5B70A 1ZLQA 2ZXJA 4YFNF 3G3FA 5ISUA 3TTNA 1G3TA 3TCGA 4NF5B 3QUJA 1QGPA 3GW2A 4A6EA 4NF4A 3L09A 3ZMSA 1HW5A 5H8QA 1XSVA 4L18B 1LBBA 1MD0A 3T96B 2HS5A 1B5IA 4LGWA 1J5YA 3QAXA 1ONVA 1GHCA 1H0MA 2VBWA 4NQWA 2PMSA 1B46A 3QU3A 1YW7A 3QAHA 4EVIA 4F1YA 1R58A 3WGIA 2Q89A 2OA4A 3CO7C 4WXCA 2OJTA 5K5QA 3I64A 2OU2A 1PB8A 3DPLC 3UIFA 3EQLF 3DQVC 4PP0A 4DCXA 2A68F 2HYFA 5I2NA 4XRFA 4XKRA 2G7HA 4R74A 2JTVA 2P5VA 1FWZA 4RAZA 3A09A 3IOTA 1YS7A 3KN3A 3J80K 1FX7A 4KCCA 4ZYEA 3F6OA 1L5TA 2ANJA 3BPXA 3K69A 3H3UA 4GYIA 3B7DA 3MCZA 3K0VA 3V7RA 2IW5A 4X9TA 1YAEA 4XKPA 1D8KA 3KOSA 3C18A 5I56B 2GA1A 3HSTA 5FD6A 2L3DA 4LQ2A 1Z6TA 2F8DA 5FB2A 2XROA 2VOZA 3KEIA 2H27A 2GRVA 3SQNA 2ETHA 4UVCA 1P4AA 2QLZA 2PT1A 1U3EM 2ALUA 4A0ZA 4RB3C 2AL5A 1JHHA 2E7WA 1FP1D 2XXUA 4H5FA 5ICCA 3N26A 3V8JA 2V79A 1ON2A 1ZG5A 4LZ8A 4QRZA 4RNSA 3R60A 1O7FA 4JQFA 5TU0A 3VE1B 2UVJA 3RN8A 2D5WA 1B40A 3R4KA 4HX4A 3KFMA 4BDRA 1DOTA 3GFJA 3VB2A 3C1DA 1EZOA 1IXGA 2REJA 4I0BA 2QMWA 5KDTA 2STTA 3Q25A 2AIXA 2G29A 1LNWA 1B59A 3PV0E 4Q5TA 1K78A 1BM9A 1I27A 5E8GA 3L7WA 3ZMTA 3DKWA 4OHNA 1UIUA 4E0XA 3HHGA 4MHGA 4MF3A 3VXBA 3DPTA 1AMFA 3HO7A 3K6UA 2QWWA 4E70A 1ZREA 3KZGA 3HOSA 3O28A 1U6GA 1SW2A 2ESHA 1IITA 3KG2A 4IPAA 5AA2D 1S9TA 1SI1A 2DYXA 3RLFE 4ESFA 5FHMA 4P9UA 4P55A 1VFDA 5JFRA 1C0WA 1W7PD 2KIFA 5K5RA 3SEXA 1NL5A 2XXPA 1AH5A 2LNBA 4BQAA 1US4A 1LAGE 4ISUA 4EJVA 5LBQA 1RIOH 2I48A 3THIA 5H8FA 1JW4A 2BE5F 1DTZA 3IAZA 2NOOA 3M7GA 2XAGA 2P1SA 4Q48A 1MY0A 1UTBB 1YLFA 4ND9A 2K86A 1FNNA 1V4RA 2L02A 4ZS9A 5DT6A 1EH8A 3FHZA 2M5WA 5DUKA 3GX4X 1FC3A 5LHGA 2P5LC 1MXYA 3O2AA 2Z99A 1PBPA 2PEXA 2HQNA 3EDPA 4G7HF 1B1HA 2DTRA 3OELA 4F2OA 4KYEA 3TTKA 2EA2A 2MA3A 4G77A 5AIQA 2DVZA 4K2EA 4F3PA 1FQAA 2M8CA 3F6VA 3JW4A 2DFIA 1FZPB 4R2BA 5CMBA 1FTOA 2A3SA 2QPQA 3V7SA 4AD9A 4OQOA 4G8MA 3TKDA 1BBYA 4ESWA 5TP9A 3VFZA 1YO5C 1Z7NE 3HSFA 1B5JA 2UYEA 4RPOA 3S9LC 3E5UA 2COMA 3ROUA 4QSDA 5FLXZ 5CBSA 2VGQA 2PT2A 4BLAA 4PGGA 4R6KA 1ZARA 2Z5UA 5BMZA 1HW1A 1ZRCA 2XAFA 2Q0OA 2WTEA 3E5XA 4HX8A 1HSLA 4KPTA 3FIRA 4PE5B 1GTKA 2V25A 1JE8A 1P99A 1AOYA 5D5UB 2EFNA 2PMUA 1RUOA 1XVXA 3MFKA 1I6QA 1WI9A 2O8XA 1OLCA 4PQJA 1LB2A 5LGTA 2O7UA 3M3FA 3S9NC 2OCUA 2DE4A 3PUYE 1Q1HA 4OIPF 2Y7IA 1R9QA 3LSLA 5I2KB 3W6JB 1PB9A 4N13A 3M8FA 4BHBA 2HKXA 3OXNA 1MDQA 1RUNA 3E3VA 3Q27A 3OENA 3UN6A 3E97A 1FOKA 3GZ6A 4ELPA 2XXHA 2QS4A 4NB5A 1KU9A 3HSEA 3I6VA 2NRAC 5DTBA 5F1RA 3LSWA 2FRHA 2GIVA 2J5OA 3HTSB 1H3DA 5ICGA 4HCWA 4MNUA 3TUSA 3SERA 5H6RA 5JVTA 5BQTA 2I58A 2ZNUA 1MDP1 1LDKB 1XGMA 2O6GE 3TCFA 4HV6A 2RGVA 4A5NA 4YZZA 3E3KA 4U7BA 3ILTB 2KKOA 1UHWA 2MC3A 5D8KB 1TNSA 2PBIA 4QWQA 3IO4A 2XKOA 4EJWA 2DI3A 4EXLA 2NWJA 1OMPA 4KYSA 1KQ0A 3RPWA 1OVTA 3SZTA 1GGGA 1ODDA 4DLDA 4IO7A 2DW4A 1JW5A 1XGOA 4F31B 4IGRA 4WX9A 2GWRA 3C35A 4ELOA 3GXOA 4ZYGA 5ICQA 4FX0A 1PUEE 2RVCA 3N5LA 5TRDA 1QBJA 2AYSA 1R5GA 5K1YA 4ELRA 1W5SA 3CJNA 5LEKA 5CMMA 1UCRA 4OOIA 4OEUA 2HFBA 1RYOA 2ZMEB 4QHQA 2G7UA 4HW8A 2HZLA 3J7AO 1MM6A 1Z6RA 3U8QA 4N9IA 3TQLA 3O3KA 1XN7A 2UXAA 3HCQA 3D4CA 5D4SA 1FQCA 4KMFA 3GO5A 4FEDA 3CSGA 3LR1A 4GXSB 1HSTA 2Y7PA 4XBFA 1CF7B 1T0FA 1XCBA 1SMTA 3FGSA 4CICA 1G6NA 1B4ZA 3VV5A 4JWOA 1Z05A 4UHTA 2UVIA 2F5XA 3U1DA 4JB7A 2FMLA 4UV8A 3KETA 3I54A 2YR2A 3HRTA 2BEOA 1UHMA 1LVAA 3OO9A 1KU3A 2FQ3A 2W84A 4U0YA 3MWBA 2LDUA 5L9SA 2LSOA 4TOZA 2A5TA 3I4PA 4R9GA 3ZP5A 3CUQC 1AIVA 4O5VA 5AA3A 5CMKA 1B58A 3SZPA 2LKPA 4HCYA 5H8SA 1W4MA 2STWA 4PDKA 2VODA 1EH3A 3SESA 2DQLA 4WXJA 1LQ1A 3B6WA 3Q29A 1MJAA 1A8FA 1LLSA 4EXKA 4IRHA 4IO6A 2RC4A 4Q30B 1FBUA 3TPAA 2HTJA 3FXUA 3TOBA 1S8NA 1R1NA 4KNYA 2JT1A 3FUZA 4JK1X 3T9XB 5IAIA 2V3TA 5BUUA 2EV0A 2H98A 1W5TA 2MH2A 4LJZF 2THIA 3FMQA 1VFEA 1XMKA 1K7AA 2P6SA 4CDGA 1B2HA 4LK1F 1LCTA 3QXMA 4Q0CA 3HRMA 2QS3A 2YLNA 4WXDA 3RKWA 3V8KA 4NMYA 2AS5F 3GBBA 4YFKF 2D21A 4G8NA 1QW0A 1R9LA 4L9JA 2DP8A 4DDDA 5E17F 1ZYRF 5LRRA 3IWZA 4CGZA 1U78A 1H44A 4LK0F 2XXXA 3VXCA 4IO3A 4ON0A 4M9SA 4ETSA 3RGYA 1MXUA 3V8XB 3QPHA 3WU0A 4F3GA 1BIAA 4BDLA 1FQBA 4I1DA 3NRVA 2A6EF 4WWCA 1SI0A 2VT3A 4U1OA 2XAJA 5LGNA 4BAYA 2H25A 4H5GA 4OESA 5FO5A 5JHUA 4A2UA 2OZ6A 1JETA 5F7VA 4ESXA 1TFDA 4IHTA 1U5TB 2OLBA 1S6LA 5ERIA 2L54A 3O29A 1PB7A 3E6MA 3LQQA 3MZYA 2A07F 3O6IA 3FVKA 2XASA 1O64A 1OPCA 4GCVA 3WGHA 4NF5A 5J6XA 1US5A 3USDA 3CFXA 2EV5A 1K79A 4P5OA 3MAJA 2UYFA 1Z7UA 1OYWA 3CUOA 3EHTA 2OWTA 1B4AA 2O0YA 3VLVA 3LA2A 2VBYA 3KP2A 5FFZA 5JR3A 4I01A 1T2KA 2H6BA 4CXFA 3GYHX 2HQRA 2R71A 1HBXG 4H1XA 1FT9A 4R1HA 3ZMVA 4MH5A 1OYIA 3C33A 5IKBA 3OO8A 2W25A 2HOEA 4G68C 3COAC 2EA4A 1XSDA 2I3VA 1B5HA 2OBGA 2XXIA 3E6BA 2M8EA 3F8MA 4NWDA 3GLBA 4RY1A 1R1UA 1JEVA 1JXSA 1NMUA 4EGYA 4OWDA 3KZYA 5HLHA 1USYE 3Q26A 2YU3A 3DM0A 2QRYA 3BY6A 2CG4A 2GHAA 3C34A 4OFJA 2QQAA 2GQQA 3CUQB 4N9HA 1A54A 1R1TA 4XKQA 5I58B 2DK5A 3BP8A 3IK6B 3R6SA 4RPNA 4L9VA 3RY3A 2DSFA 1YS6A 2DWIA 5I56A 2D1VA 2VN2A 4K3FA 2PVUA 4LFUA 4GWOA 4R6HA 1TWYA 4ELQA 4M6YA 3HV1A 3DP8A 4TQUQ 4O3CA 3EETA 3QK6A 4U23A 3B73A 3CG3A 4IF4A 4A6DA 2E1CA 4F3SA 2ZKZA 2X4HA 4R2FA 2ISZA 1SDXA 3V89B 3JAMZ 2ZYOA 3R61A 3V83A 3SEWA 3WODF 3T1BA 5DCMB 1N3XA 2P6TA 3PPPA 2WC2A 3C7JA 3UORA 4RGXA 1PDNC 5H8NB 2OQGA 2WWYA 1GXPA 4A5MA 1B9MA 3KEQA 3R6UA 2A69F 4RA1A 4BXUA 1D3YA 4AQ4A 1R7JA 4RGUA 3SFZA 2ESNA 3MAMA 3UP9A 3CIJA 4UACA 2O1MA 1Y3PA 4U22A 2V1UA 5HLIA 2B3FA 1WKMA 1P1OA 1RZ4A 3KSJA 1GVJA 4GD5A 5D6EA 4QSCA 2VD2A 1Y4TA 4KIBA 3EHSA 3IB0A 5A5XA 1JGSA 2F5FA 1UIVA 2XVCA 1BI3A 1SD6A 1FQEA 3WE3A 1WSUA 2CWEA 4XLPF 2CGPA 4RB0A 3RUMA 1XS5A 3GEZA 1URDA 3E13X 4U7DA 4L0YB 5LHIA 4GF8A 2M87A 1Y4CA 3NQOA 2HDCA 3J80Z 3I3VA 3JYRA 4ZE8A 3GLXA 3MVWA 4OIRF 1YW8A 3FJMA 3RKYA 3OSQA 3BZ6A 3DP7A 5B7DA 3G73A 4F1VA 1UTBA 1M5BA 2B65A 3OMBA 4XTCQ 3PUXE 1MQGA 1GVCA 3G3KA 5K2XA 2KIUA 3FV1A 3GFIA 1VE4A 2HAUA 2F35A 3BPVA 2PBWA 4U2RA 3MZ1A 3ZPLA 3F21A 2UXNA 2OZUA 1IAWA 2ZYMA 4G68B 5DVIA 1SYHA 1Z7ME 2HAVA 2ZXTA 3BBRA 5HOOA 5IT9K 2J5PA 5DV5A 2XXTA 4C1TA 3TQWA 3TAJA 2XAQA 3E5QA 2QJEA 3K02A 4GL8A 2XXYA 4IHSA 4I02A 3W9WA 3KEOA 4GL0A 3K1PA 4IO5A 3I59B 4H8JA 4P0GA 4EGZA 2LF7A 1QNTA 3P9CA 5M2VA 2KIMA 1MQHA 2PJPA 3F72A 5TPAB 1XOCA 2F2EA 1G3SA 1ZIUA 1ZH5A 2XD3A 3PD8A 3DEUA 1KU7A 5CJ9A 3VEPA 4YMAA 1MXXA 4H67A 2I0CA 2UXXA 5AONA 4ENNA 4N6PA 2HR3A 3DP6A 3IOVA 1D3KA 1POY1 3FATA 4HOBA 4RGSA 5FD5A 3QIMA 2RINA 1SW1A 1UFMA 5E1ZB 2C6YA 3RQTA 4ZH4F 4O3MA 4RS8A 1XSXA 4NE4A 4AWXB 4WK8F 1LCFA 1M5DA 3ABUA 4UVBA 4UVAA 5FTHA 2ZJ2A 5I2KA 1ZN2A 1TLHB 2DQRA 1N3WA 6PAXA 2DO7A 3H03A 1ZRDA 2ELHA 3ELKA 3DLNA 3ZQ7A 3U92A 3VFJA 5ICFA 1ZRFA 4F7ZA 3C4MA 4LLGF 5E1XA 1NH8A 3G7WA 2W7YA 3GFMA 1BI0A 3FV2A 1OQGA 5KVRA 1LAHE 4DXUA 1T38A 1J75A 4ZE9A 4CO8A 4RB2C 3PD9A 1LFIA 4L5IA 5TJJA 3TCHA 3PPQA 4X1BA 4MTDA 1PDAA 3DELB 3C36A 4YFXF 1R22A 2B0LA 3V8LA 3OOPA 2IA1A 3FZVA 3BFUA 5A5XB 1YIOA 4GGGA 3FJ7A 4QFNA 2ONKE 4UXNA 1JEUA 1MG1A 1B1BA 3G3JA 4DCYA 4I98B 1OLAA 4KCDA 1J2XA 3KN7A 4ZEBA 1FTMA 1O3TA 4PFUA 3I53A 3OV8A 3KN8A 1SMYF 2QBYB 4UUVA 3LBSA 3ZKKA 4IY5A 1B3EA 3PMVA 3Q9VA 5DD8A 4IY6A 3EYYA 2DWAA 3TTMA 2Q88A 4XLNF 1STZA 3TKYA 3TEPA 2ZMEA 5HDKA 4H0WA 2BGCA 5BPDA 2EJRA 2PN6A 3RKXA 1EV7A 2XV4S 4U21A 3K1MA 2ONSA 5E1WA 3H92A 1IXIA 1IN7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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