1IZ1A

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLERSHRGIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 92
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, P, Q
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1iz1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A02
3KGCA 3H3GA 5JEIA 3HUGA 5JTYA 3RUMA 4QSDA 3V5AA 3N5LA 1BI0A 5D5VB 5EHSA 4M9SA 4H8IA 3ZQ7A 4EJUA 4JXIA 3AXFA 4ZECA 4ZZEA 3V7RA 4HLYA 4ZZLA 2XXHA 4IO4A 2IA0A 3RTWB 3HTSB 3H92A 4ZYDA 4JWOA 2P5LC 3K6XA 1MPDA 2Q9TA 1USSA 2ABHA 2ZYOA 3V8LA 2CWEA 4LFUA 3KP5A 2Y75A 4H65A 1ZJLA 1ON1A 4M9ZA 4JSOA 4YICA 1U3EM 3ELKA 1IN6A 1J9IA 3GXAA 1SI0A 2H5YA 3WTTC 2OAZA 2XAQA 1QO0D 2HAUA 5M2VA 5E18F 4MQ9F 2A6HF 3N6UA 2R9JA 2Z3YA 2P5KA 3TYHA 2FEZA 2OCUA 5AA2D 2QLZA 4M6XA 4LQ2A 1MY4A 5I2NA 3PUZE 3T9HB 3T0YA 4FORA 5CMMA 2QSXA 4ASNA 2VODA 4A2UA 2PBIA 3M1EA 4QFOA 4HW0A 1B05A 3QP5A 4KIGA 5DUKA 1D9YA 3QP6A 4P9FA 2HDCA 4L9TA 4IRIA 3SZTA 1BN5A 3IRQA 3PUYE 1XCBA 4RPOA 5AE4A 3T93B 2DK5A 3REOA 3R7XA 3TOBA 5AA2B 4PGHA 2PJPA 3WAEA 2XHKA 3HO7A 4PQJA 1H0MA 3BBRA 1TNTA 5I84A 1W5SA 3I6VA 3O6HA 2REGA 5KK1A 3E3KA 5K2XA 2F5XA 3QRFF 4F18A 4PFUA 2EFPA 3KBRA 1KU2A 3E9XA 4NHJA 1R5HA 2PVUA 2V93A 3E13X 2FBKA 2Q0OA 3ZMDA 3GVAA 1P1NA 4WXHA 4G94A 2THIA 1XN7A 5H8FA 1AL3A 2M1BA 4YB5A 2HEUA 3FJMA 1POTA 3K9TA 1UTHA 1HSJA 1URGA 2ZNZA 4G68B 3MZ1A 2QRYA 3GZGA 2ZXJA 2FQ3A 1U6GA 3TO6A 1HW1A 1S6LA 1U2WA 2JTVA 4UHTA 2NVUB 4NB5A 1YTYA 4AIJA 3RI4A 2H27A 3IB1A 3LA3A 3G3ZA 4M4GA 4XRFA 3O3KA 1IQ7A 4RGRA 1ZREA 3IR1A 2LF7A 1I27A 3EUHA 3LC8A 4FAJA 2R3SA 2XXXA 3HRTA 4EXLA 2XXPA 3IJXB 3FWEA 2Y0MA 4UVAA 4NWCA 1O7LA 3ZMVA 4ENJA 4BH9A 4OQOA 2OU2A 1IRFA 1WDNA 4GYIA 3TO7A 3S4UA 3T66A 5L9SA 4ZEFA 1MXUA 3WGHA 4FIMA 5CVRA 4RA1A 4YIFA 1O63A 1P1UA 1E17A 4BDQA 5L3FA 3SERA 2X0LA 1P1WA 4OINF 2EFWA 2MA3A 4RB0A 2ZXTA 3RYPA 3U9GA 1W5TA 3MW0A 4WK8F 1DPUA 5HS7A 1ZGJA 3K1NA 5BQTA 1R1TA 5J8CA 2WV0A 4IO7A 5FHNA 3C3WA 2OZUA 1LCFA 4XKPA 4DLDA 5H8SA 5FTIA 2ZNUA 1G4DA 4U1OA 3WTYC 4RAYA 4ZE9A 3HTUA 1B3FA 3M3FA 2O68A 1FYLA 3KOSA 4G8HA 1S7OA 5CC2A 3RT6B 3PPPA 1NNPA 3OXNA 3MQ0A 4OVJA 1XGOA 5D8LB 3H7MA 2DU9A 2MBFA 2O69A 4EMSA 2QPQA 4EM2A 2GWRA 5CLSA 4F7ZA 1LAGE 3HSFA 3KN8A 1JQFA 3GUDA 3PGFA 4ZH4F 5H20A 2I58A 3CG3A 1TQMA 4AQ4A 3MCZA 4HLXA 4OMZA 1ZU0A 3OO6A 4WEPA 3T8TA 1P4WA 2L02A 3U1DA 3K02A 3GXOA 2DE3A 3U92A 1F5TA 1YW7A 3U2RA 1ZAOA 4IRGA 6PAXA 4ISUA 2I3VA 5ILUA 4LQ5A 3F22A 4N07A 2GXBA 4F29A 3MP6A 1TW3A 3F8NA 3ZKLA 2VT3A 2O7UA 3LA7A 1ZKBA 4UACA 1Q1KA 4LMYA 1U8RA 4BYYA 1ATGA 2ZYKA 2L4MA 2EFQA 1SD4A 4KFCA 1O7TA 2PBWA 4QFKA 3D0SA 1B46A 5B7DA 2OBPA 5E1WA 4POXA 3OSQA 5JTYB 1M5BA 2P1SA 1AH5A 2YR2A 1B51A 3M9AA 4GFRA 4RK9A 3UORA 5LRRA 2O8XA 3EETA 1XOCA 2CSOA 3GYHX 2HFBA 3KFWX 3RTRA 4G6DA 4ENMA 3K2ZA 5E1ZB 4Y13A 2HKXA 4HYEA 4A0YA 5HLIA 2HGCA 1IN8A 3LSFB 3RPQA 4B8XA 1N3XA 1P99A 2FA7A 1BC8C 1QNTA 5IT9Z 2E1SA 2OWSA 3FM3A 4ONYA 3SEVA 1I1GA 1KA8A 1MGTA 3TPAA 5KDTA 3F8BA 2QWWA 3GFJA 1B3HA 3B6QA 2NAZA 1OLCA 2CQKA 3OELA 1Y4TA 3JTHA 2F36A 4FT8A 2RDPA 2DWIA 4JBZA 5H6RA 4PFYA 2A6EF 1OVBA 2DS9A 2HZKA 3LSXA 1YQAA 4GYGA 1DMBA 4PGGA 4CICA 2HKOA 4KFQA 1GVCA 5I2NB 3RY3A 1FT9A 3L6GA 2Z33A 3CSBA 1ZLQA 5KCJA 2O7IA 2PMUA 1XMAA 1QPMA 3ZMSA 3RGYA 2VOOA 1NFTA 3WTXC 2FF4A 4ELQA 3F3XA 4YG2F 3F11A 3L6HA 4Z7EA 3WTZA 3EYYA 1B6HA 3O9PA 1JEUA 3IKVA 3TCHA 4HQEA 5DVJA 3ABTA 4WX9A 4JQFA 1XT8A 1IITA 4BNCA 1B7ZA 2UVHA 3LUYA 1DPEA 3OO9A 1G3YA 4G4PA 4MTEA 2QL3A 1AIVA 1FY7A 4LP2B 4KMFA 4X48A 3L9FA 4MEXF 1NKXA 1H9GA 3FJGA 5LHIA 5DV5A 1J59A 4MH5A 4DCYA 2CG4A 1FQAA 5HM4B 3SKPA 2RKHA 1IXHA 5I58A 3BFUA 2AL4A 1BI2A 1AOYA 1D8JA 5TU0A 3JW4A 5H8FB 1UHMA 3K0LA 5LGTA 3ONMA 4HW8A 1PUEE 5BPDA 2HQRA 1B9MA 1UTHB 3HRMA 1MD0A 1FZPB 1JE8A 3TGNA 4QFPA 1STZA 3FMQA 3I53A 3P9IA 5HS9A 2ONSA 1J0RA 2YPNA 2UVJA 5JHUA 2H25A 3F8CA 3UP9A 5E1XA 3CTAA 1FSHA 2R71A 1QBJA 3SQNA 1BLFA 5ITPA 3MAJA 1TW2A 4ENKA 1B59A 1RKMA 3Q26A 2A3SA 3HIFA 3V7CA 2HQ0A 2QS1A 3C32A 3CFXA 3CSGA 2J5OA 1B9NA 1LAFE 4XLNF 4MQVA 3IX1A 2Z9OA 4UNOA 3ZP5A 2DFIA 3WGGA 1DOTA 5H6QA 5J6XA 4U7DA 1N84A 4DQ2A 2F5DA 5CYVA 2GXGA 4G7ZF 1CF7A 2RKMA 4R6YA 2V3TA 5I59A 2OD5A 3GW2A 1NNKA 3OMBA 1J7KA 3BOQA 5BS6A 2O61A 2HZLA 2ISZA 5H8NB 3J80Z 1JVYA 1XC1A 3KE2A 1G3SA 1IXCA 3L7WA 3HOSA 3PMXA 4ZYGA 3A09A 1FQDA 1QUKA 4F19A 3I54A 4NTLA 1MPBA 5TP9A 3LBSA 1K7AA 3W6JB 1XCVA 1MXVA 1KGSA 3QXMA 4MTDA 3ZPLA 1T2KA 3ZKKA 4L9JA 3A3UA 1BC7C 1H3DA 3C1DA 3EF7A 3PD8A 3S9LC 4QRZA 1PB9A 4DNCA 1R7JA 3O6BB 4NF6A 2VD2A 5CM6A 2Z8EA 5CVJA 1MKMA 4YFKF 2BE5F 3MQ9A 4FJPA 4OESA 2CW0F 5DUIA 4QLCU 1D3YA 1QZYA 3P7IA 5E20A 3HPIA 2GRVA 2PLYA 4LZ8A 2G7UA 5K5OA 3D4CA 2V3UA 2EV5A 2VXZA 3T9XB 2XXUA 4HS7A 4IO6A 3KEQA 4L9NA 4L9VA 4FATA 2W85A 4GQOA 3IO6A 4Z2YA 3DF8A 3KG2A 4N6PA 4R1HA 2DXRA 3BPVA 3R0AA 3S9NC 4ZYHA 2P7CB 2D1HA 2RGVA 1NNTA 5HDKA 5LHHA 2A5TA 4G77A 1FW0A 1N7WA 2CYYA 1LB2A 4LZ5A 1Z6RA 2XGXA 1WQ2A 1L3LA 4Y15A 4RAZA 1FQCA 1S50A 3OENA 1RI7A 2HCAA 2K7LA 4RB3C 3SZPA 1EH8A 4L18B 2V84A 3GZ5A 3LFKA 3I3VA 2H99A 1BI3A 3IRRA 2JPCA 2H4IA 1FTKA 4OXVA 4PE5B 3CLOA 4E70A 1R00A 4KD5A 1POY1 3T9UA 3TQNA 1FTOA 1MG1A 4LATA 1NH8A 3MC2A 2W25A 4IHTA 3O2PE 3E6CC 3E6MA 3K69A 5CVIA 3H6TA 4DZ1A 3PPQA 1RZ4A 2G9WA 3KP2A 4NF4A 3ERED 1Z6TA 3I5OA 2NWJA 4X9TA 3COAC 2QMXA 1G6NA 4KHZE 4N0BA 4L17A 5KDTB 2FYIA 3JAMK 1HW5A 4HX7A 4BHPA 2VD3A 3ILUB 4TOZA 4KQPA 2X4HA 2EB7A 1I6QA 4HAMA 3FATA 2VBWA 1BJAA 2XV4S 2VC1A 4G7OF 1S8NA 5LEKA 4O3AA 2HAVA 1TTYA 3PU5A 3HN0A 5JI6A 1MDMB 4U7BA 1VSOA 2AYSA 1B40A 4JWXA 3B6WA 5KCJB 2QQAA 1YO5C 3QOPA 3R61A 2GHAA 1HBXG 1HKQA 2FMLA 3CUQA 2XRNA 4RNSA 3R6UA 2W24A 1PDAA 2GH9A 4ESFA 3JYRA 3VXCA 2UVGA 4UV8A 3Q27A 3V8XB 4AD9A 3IC7A 4ELPA 1QULA 5ERIA 4GCVA 4M74A 4LD5A 2FRHA 3LAPA 1YLFA 3LA2A 1ZN2A 4XLPF 3ILTB 4KICA 4ESBA 1I1SA 3IB2A 2FBIA 4WCGA 3M7GA 1FNNA 3IOTA 1WRJA 3QPTA 2E7WA 4G68C 4LVQA 4F1YA 1T0FA 3E3VA 1FP2A 1LGBC 4BDMA 4Y17A 1U78A 3FF5A 3F21A 1LDKB 3IHUA 2DTRA 3PQJA 2E0SA 3HRSA 4HDVA 3MUQA 5L9OA 5LRSA 2XAGA 3TFLA 4YFNF 3I5UA 1ANFA 1KQ9A 1G3WA 1D3KA 3GBAA 1RYOA 2VN2A 2MC3A 4KN4X 3BJOA 3EHTA 4IB2A 1B1HA 1A40A 5DYMA 1Z9CA 1YW8A 1RNLA 1MH3A 2UYFA 4P5OA 4GGGA 3PFIA 5D5WB 3KLOA 4ZYEA 1SD3A 4GXSB 4PCQA 4HTGA 1R9QA 3P9KA 4WEDA 2I4CA 3PMWA 2RVCA 3FMSA 2DBBA 4O3CA 1KQ0A 2IP2A 2IVMA 1US5A 1ODDA 2DK8A 3QAHA 2F5CA 1B0LA 3KSJA 1IN5A 4KYEA 2RCAA 3CI8A 4EQ9A 4IXAA 3UN6A 2ANJA 4HA8A 2DAOA 4ENNA 3I0TA 5D4SA 1MJBA 2XIGA 1S7YA 4XBFA 2F5EA 2ZMEA 4Q5TA 3MZYA 2IRFG 5L3GA 2NOOA 3HV1A 4EJVA 1CF7B 1R36A 2EV6A 5I59B 2EK5A 2P4WA 3F23A 4F3BA 2W7YA 4D0PA 3VV5A 4MLQA 1J2XA 1E2XA 2YLNA 4RY1A 5AA1A 4OOIA 1BIAA 5DVFA 3DQVC 3BZ6A 4LK1F 3DV8A 1I6BA 1LVAA 5TP9B 4JK1X 1YIOA 1HW2A 2PMHA 2QENA 1YAEA 2W84A 5AONA 3MZ9A 4BDLA 5F1QA 4ZS9A 3OOAA 4JB7A 2ZNSA 2O0YA 3K00A 4WXJA 4IGRA 3DP7A 1Z7ME 3WG9A 1IUYA 5I56A 1PB7A 2XD3A 1GTKA 4KCCA 1W4MA 5E17F 3GFIA 4F3PA 4I09A 1SW4A 2D2WA 2QQBA 5DD4A 5FLXK 3I71A 3KN3A 2PT1A 4I62A 1IXSB 3CIJA 1U5TA 2AL5A 2KJCA 1M5DA 3IO4A 1ONVA 5CI5A 2Y7RA 1ZG1A 1C0WA 1Y3NA 4IGTA 3F8MA 1QGPA 1Y1ZA 2OK2A 4F31B 3K1PA 4KYWA 2G93A 1VR5A 1LFIA 2PYYA 4F3GA 2KJBA 4QFLA 3T9VA 4QHQA 1OYYA 3THIA 1TFAA 1FLIA 4OYVA 2HZTA 5DEQA 2BBYA 3KEIA 4XSZF 3OO8A 4GF8A 2V79A 2GA1A 3FGSA 1YCJA 2QS3A 2LKPA 2A5TB 2OLBA 2FA5A 4HOBA 2I3WA 2ADUA 3K0VA 5LEJA 3CJNA 4F39A 3K1MA 5ICCA 3TKDA 4Q48A 2IJLA 1LBCA 5A2QK 1WI9A 4PFTA 1R9LA 3TEPA 1FTLA 1D8KA 3SHFA 1P92A 3BKIB 1ZMGA 4U0WA 4OENA 2VOPA 2Q88A 3ECRA 1B1BA 4F1UA 4G8MA 4IY5A 4KYSA 4NF4B 4R9GA 4R2FA 2RNJA 2HYGD 1NH7A 2ALUA 4R2BA 1ZG5A 4U4XA 5E8IA 4DCXA 3VFZA 1YTVA 4GRKA 2ZBKA 4HV6A 3WE2A 3PD9A 2GAUA 3NRVA 4KCDA 4EF2A 5CRYA 4ZEDA 3CR9A 3DFGA 3IOUA 1FYKA 1S9TA 2P6SA 3PUWE 1MQGA 3ZSFA 4BLAA 2TDXA 5EEHA 2LAOA 4YAHX 1O3TA 3OD7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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