1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
molecule keywords LysR-type regulatory protein
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
3IJXB 5LBQA 2DK8A 1MXVA 4IRIA 5AA4B 2ZYMA 4ND9A 4YFNF 1MM7A 2D1HA 3H3GA 2WKYA 1O3TA 5KDTB 2EFNA 1H9GA 3DM0A 3K6UA 1XGMA 4ZZEA 4ZEKA 2EA4A 1OVBA 2QSXA 1EZOA 5DEQA 1SFUA 3K6VA 3V8LA 3BFUA 5DEXA 5ED4A 1VE4A 5KZTA 4EJUA 2HQNA 3C34A 4YKKA 1DP7P 1Q1HA 3E3VA 4IVNA 3UORA 2L02A 2I0CA 3TDUC 5KVRA 2I49A 3T9XB 1JW4A 4EQBA 2R71A 2E1CA 1MJ9A 4KFCA 3G3HA 2K4BA 4ENJA 4QFOA 3F72A 3TTNA 4BHBA 2XKOA 1HKTA 1SDXA 3I53A 5H6QA 5D6FA 4E70A 5HVQC 1FYLA 4R6HA 2Q89A 4LZ7A 1FTJA 4HW0A 2UYEA 3SEYA 2BV6A 4UV9A 1ZG3A 4IO2A 2FNCA 4BQAA 2XRNA 2Y7PA 4FJPA 2RC8A 1B5IA 4P0GA 3SEVA 4F29A 2BGCA 3MEXA 3MUQA 4OQOA 3KLNA 1N7WA 3IB1A 1KU2A 1A04A 2VE8A 2F7CA 2H6CA 1B4HA 1Y1ZA 1JNFA 3CSGA 4POWA 3JSOA 2VC1A 2WTEA 2ZNZA 2GQQA 2YPNA 1L3LA 1IXIA 1HW2A 2CYYA 4RB2C 4A2UA 4LK1F 2FRHA 1ON1A 3EQ1A 2XHKA 3MVZA 1STZA 4WEPA 1ZGAA 3KP3A 3SDFA 1ZGJA 5I58A 2ETHA 4G6DA 2QS1A 1DMBA 2H5YA 4WX9A 1SW4A 5JI6A 3LAJA 1XSXA 2Z22A 4RNSA 1CF7B 4OVJA 5H8QA 2E0SA 3UA8A 5HS8A 4UVAA 1LDJA 4CZZA 1F5TA 5AE4A 1LFIA 1PDAA 4LA9A 2W57A 1V3FA 1W7PA 3R26A 1P1UA 1XMAA 4HF0A 1USTA 3PPRA 2M45A 1YTYA 4XRFA 3FVOA 4JXIA 5CJ9A 3E6DA 3SEWA 4L9TA 2FU4A 1PBQA 2OU2A 3TKDA 4HOBA 4WXJA 1TW2A 3GFMA 3KSJA 2W24A 4ESXA 2GHBA 4OFLA 4LZ8A 2ZYNA 2O8XA 1WQ2A 2PT1A 1BI0A 3ECOA 4XLNF 4KPTA 4YIIA 1B6AA 4C1TA 4P9FA 3MPLA 3QP5A 3WG9A 4JWYA 4MGRA 3USDA 4ESBA 4HYEA 2XVCA 4IGTA 3FV2A 2HYGD 3PUXE 1B5JA 5CMBA 2A69F 5DYHA 1B46A 3I0TA 3MCZA 3Q5FA 3KLOA 1ZMGA 3W6JB 2GA1A 1OIBA 1MXYA 1QKAA 3KP6A 1Y1MA 2F5DA 4OINF 3O66A 4JDFA 4EUOA 2FBKA 4O3BA 4HF1A 3H92A 5HS7A 4NF4B 4ESJA 4R9FA 3OEMA 2VBXA 2XXXA 4KYDA 3IORA 4Z2YA 3VXCA 2PMHA 2O0YA 3L7WA 3RKYA 2O7IA 4KIGA 2VBZA 3ABUA 2O61A 3T1BA 1AH5A 1Q35A 2Q8JA 2UYFA 2NVUB 4NF5B 1T38A 3EUHA 4AIHA 4MEYF 3FUZA 1P4AA 1O7FA 1B9NA 2IP2A 1WWXA 1LB9A 4KT5C 1KQ0A 3IAZA 1D8KA 4KYWA 3EPEA 2QUFA 1FBSA 1QZZA 4EV0A 2VBWA 3CFZA 4DXCA 1ELJA 3W15C 3ZMZA 4GRKA 2FE3A 4MTDA 3QAHA 4R2BA 3PUWE 2M1BA 2F5FA 3R6UA 1UHWA 3GFJA 1U5TC 1W5SA 1LVAA 3WE3A 5JVTA 4YMAA 4JQFA 1FC3A 3IOVA 3SZPA 1MS7A 1ON2A 1KA8A 1MDMB 1OLCA 1I5ZA 1CGPA 4S04A 2M8CA 3KSXA 3J81K 3ZP5A 1PEBA 1Y0UA 1BOAA 5E18F 1Y4TA 1IZ1A 1XC1A 2F5EA 3GUDA 4EGZA 2K4JA 4CXFA 4CHUA 5E8GA 1XVXA 4ZZDA 1BP5A 1DPRA 4ZYGA 3HSTA 3IL1B 5L3EA 2ANJA 2ZYKA 2NWJA 4XLPF 3Q9SA 4RGRA 4L0ZB 1ZBMA 2EV5A 1RI7A 3WTVC 1X3UA 2OA4A 2RC4A 4PDKA 3TEPA 5DUKA 4LJZF 5AA4A 1IW7F 4CDGA 3KEIA 4MLQA 1PB8A 4IPAA 4LB5A 3BROA 4KNYA 1B05A 3K4UA 3MWMA 3MZ9A 1VSOA 4UXNA 2QRYA 3N26A 3HRMA 4RGUA 3K02A 4JBAA 3DP7A 2CGPA 4YKIA 3F8CA 3WODF 1D8JA 4AIJA 4O3AA 2QJEA 1FYKA 4O3MA 3M3LA 2A07F 2G7UA 4AQ4A 3IWFA 1EH6A 1ZREA 5E1XA 2YR2A 3V8KA 2J5OA 4BDMA 4DXUA 2CQKA 5LEJA 2X0LA 1JQFA 2UVGA 2P0SA 1L0OC 4GWOA 3SEUA 3V7CA 3N5LA 1KU3A 5TPAB 1T6SA 2VP1A 4L9JA 3JTHA 1E2XA 4GYIA 1USYH 2DVZA 2DWJA 4R75A 4F1VA 2VD3A 3CVGA 1FQDA 3E5QA 3UGWA 3KZYA 4A6EA 1YS6A 5AONA 1B7ZA 4I9DA 2QBYB 4Q8RA 5IKBA 4GYGA 4GOTA 1FQFA 2CG4A 4M9SA 4N6PA 4A0YA 4UACA 5TJJA 1KYWA 2CO5A 4ZEBA 2PJPA 2X4HA 1DSNA 2NUVA 4ZEDA 1DDNA 4EF2A 1IUDA 3VE1B 2EFOA 2P6SA 4PETA 3L6GA 4MLVA 4FATA 2I58A 5BWJA 3FJMA 3IB0A 4IO5A 2REGA 4BAYA 4HX8A 1R23A 4CO8A 3K9TA 3U1DA 1R58A 6PAXA 4GO1A 4E0XA 2FBHA 2NS0A 3CUOA 5FB2A 4WCGA 4LD5A 2C6YA 2V3UA 3K2ZA 4R8HA 3V89B 5J8CA 3C18A 4HTGA 3PD9A 4QSCA 4M74A 5ICCA 4HLYA 3N97A 1IXSB 2VN2A 2Z8FA 4FEBA 3CI8A 1MDP1 5LGUA 2HEUA 3CFLA 3LWFA 5ILSA 3U9GA 2ONRA 2X7QA 2QMWA 2XXQA 1BLFA 3R61A 2P2AA 3FXUA 4LQ2A 3FIRA 3TQLA 1WSUA 2V3QA 2GXBA 1J2XA 3ILTB 2ZO4A 4QHQA 2JZYA 1SAXA 1S7YA 5F64A 1I1GA 1S50A 3HOSA 1POY1 2HQRA 1HSEA 2OD5A 4Z7EA 2F78A 3IB2A 2DOJA 3P9IA 4I8CA 2HZLA 2P6TA 1DPPA 1LB2A 3I54A 5CC2A 3PQKA 5ERIA 1BBYA 2Y7KA 1LEBA 4NF8B 4CYDA 4HBLA 2FYIA 3VVDA 3BJOA 3F8NA 2IA2A 2DQVA 2H9BA 2P4WA 1FQCA 1FTOA 1MQJA 2F8DA 4ZYHA 3QUFA 2VODA 2DP8A 1REPC 1O57A 2QQAA 4I7HA 2XHDA 4HCWA 4U21A 2D21A 5CYVA 3DP6A 4NF4A 4KCDA 2E1NA 3PV0E 1ZAOA 5BUUA 4Q47A 5H20A 4M1VA 4NWDA 5ICEA 3JSPA 3FXQA 3B73A 4U23A 4YKJA 3F11A 3TAJA 2LKPA 3F21A 1FQBA 4GCVA 4H5FA 5I59B 3U2RA 2H09A 3RPQA 3MFKA 4DQ2A 1J0RA 1FNNA 4LG0B 4OFJA 4NF5A 3U8QA 1I69A 1J1NA 2DWIA 2ZNUA 4WKMA 3GXAA 3KBRA 3ULQB 1XSVA 5DYMA 3DP8A 4HCYA 2EFQA 4F39A 1B59A 1N3WA 1PB7A 3QAXA 4XSXF 1A99A 1FZPB 1SQYA 2FNAA 3PPPA 1JHHA 4YB7A 3F8BA 3LQQA 2OLBA 3KN8A 1W7PD 2Z5UA 4KMUX 5D8KB 1OYIA 1URDA 2UVIA 1TT1A 2BEOA 1CE2A 2A61A 1BI2A 1Z1DA 5I2KB 3T5XA 3TOBA 3F6VA 4ENNA 3HSEA 1MKMA 5HDGA 4RGSA 3GZ5A 2MLKA 3T93B 3ML6A 2YPRA 1H0MA 3OOPA 3IOTA 2ZNTA 2KIFA 3TDJA 2D1VA 3RPUA 1LAFE 4KYSA 3DFGA 3QIMA 1B1BA 2OZUA 3G3ZA 2B65A 4ESWA 2JSCA 4G8XA 1R1UA 3OSRA 4EDPA 5EEGA 1Z91A 3E6CC 4KA4A 2AS5F 5CVVA 4H0WA 3TQNA 3W9VA 2R9JA 1I6QA 4KI0E 3UP9A 3QK6A 3J80K 3IK6B 3BPVA 3HPIA 1B1HA 3IHUA 1YAEA 1LB8A 1XGSA 2CFXA 3MC2A 1FY7A 2H4IA 1Y3NA 3C4MA 3ODBA 4O6JA 4UHTA 4D0PA 4PFTA 3RT6B 1US5A 2VOZA 2DI3A 1SFXA 3BFTA 4TOZA 2Y7WA 3DP4A 3R60A 4Y13A 4ZDMA 4EJVA 3HTSB 2P1SA 2B3FA 3K01A 2RQPA 3O29A 4Q0CA 2ZKZA 4H67A 3CUQA 1BJAA 2DTRA 5IT3A 5D5WB 4BDQA 3GLXA 2IJLA 5HPQA 5ELVA 2EV0A 2OAZA 3C31A 1F1ZA 2Q9TA 4E0WA 4RPOA 3VLWA 3ZKKA 1P99A 1R1NA 4PQJA 2PFBA 1HKQA 4GL8A 4Z0IA 3I71A 1EH7A 1B3EA 4HDUA 3H6VA 1IIWA 1R9QA 5TPAA 4OMZA 3TDZC 4DLDA 3KEQA 1SI0A 2FF4A 2YX7A 3V8JA 3HSRA 4RGXA 4H5GA 3GX4X 5DCFA 3E3KA 1HQCA 1K6OA 5D5XB 2R6GE 1TQPA 2DQLA 4G9YA 4HLXA 3N6UA 3K0LA 1FT9A 5AA1A 5CVRA 4OESA 2QBYA 2ACJA 1IN4A 4U88A 3WGGA 5D5VB 1VTNC 4QFKA 3FJGA 3UN6A 1JE8A 2A5YB 2HR3A 3MZBA 3I64A 4QFNA 2ZMEB 4ZH4F 4YMBA 1YPNA 4R74A 4N07A 2AIXA 3SETA 4C0RA 2QL3A 1URSA 3HUGA 3TYHA 1XVYA 1OYYA 2XD2A 2DO7A 1SW5A 3C7JA 3ILUB 5D4SA 4HQEA 3BBRA 4RK2A 3U94A 1MH3A 2DK5A 1P4XA 4ON0A 2Y84A 4P9UA 3EQLF 3IJOB 3P7NA 2P5KA 1UFMA 2QZ8A 1S29A 2DXRA 3C9HA 3NRVA 4Q30B 1B7HA 2V1DA 3HSFA 4EJTA 3THIA 1FW0A 2EJRA 4BXUA 1YCJA 4RJZA 4U4XA 4XKNA 3IO4A 4TQUQ 1B58A 2CZLA 2G29A 3DPLC 1XMKA 2L54A 4UNOA 3KEOA 3F23A 3ECRA 2F6PA 1OYWA 4GGGA 2IA4A 2RV8A 2K02A 2VT3A 3R0AA 5I84A 3N94A 1S6LA 1YW9A 3MVXA 5EHSA 2NXOA 4RA1A 3REOA 1H44A 4L17A 5JK4A 3TOAA 3MP6A 4WXDA 2ZXTA 2GFEA 1HW1A 3F3XA 5A5XB 5LRRA 5J1DA 2IEEA 4ESFA 5KK1A 2AL5A 1YG2A 5HBCA 1B1XA 2O3FA 1JW5A 5BPIA 5ILUA 3IO6A 2ABHA 3KGCA 2A5SA 2EK5A 4HQMA 2Q2AA 2D45A 4WF2A 2HXWA 5TRDA 1J59A 2DU9A 2RCAA 3RKWA 4GF8A 1RKMA 1J5YA 3JTGA 2VD2A 5I57A 4PGGA 1FTLA 3TCFA 5LGTA 4PFWA 1GXPA 4YFKF 1B3GA 1QGPA 3G3JA 2OWTA 3ZN0A 5JHUA 2K86A 4GXAA 4GXSB 1UIVA 4MQVA 2F5CA 1SD6A 1MRPA 1RUNA 1FBUA 4ENMA 3K1NA 5I59A 1PB9A 4H8JA 1FSEA 1PC3A 5HLHA 1MM6A 3O6GA 5L9MA 3OO7A 4HS7A 1V4RA 3LA3A 2V6CA 4ENKA 2XAGA 4LK0F 3DELB 4FEDA 3CG1A 2RN7A 3QU6A 3KCCA 4QF9A 4IO3A 1XSDA 2O84X 5BMZA 3FXRA 4UV8A 3TKYA 4NEDA 1SI1A 1O63A 1D3KA 3NEUA 2XXVA 3GF2A 1AOVA 2V9VA 3PD8A 1NNPA 3TQWA 3I4PA 3JAMZ 3E5XA 1FP1D 3WTUC 4GQOA 3O6HA 3F8FA 5BPDA 5I2KA 3LQRA 4YZZA 4LB6B 4HV6A 5F1QA 2RF1A 3K1PA 1NNKA 3WTSC 1G3YA 4L0YB 4HX7A 1IN5A 3KOTA 3OO8A 4BHCA 3MQ9A 2FMYA 3LFKA 3L9FA 3RTWB 1MQDA 4ZEFA 5BS6A 1P2FA 1LBCA 1N04A 4JB7A 2M30A 2RKHA 1EU8A 2HYFA 4QWQA 5JTYA 2I0BA 3EN3A 3T8TA 3V4GA 2F5XA 4Y17A 3D4CA 3BJ6A 1IF1A 3T22A 5CLSA 1MH4A 2ALUA 4NTLA 4HAMA 4PFUA 4TV7A 1ZJLA 4U7BA 2F34A 3AAFA 3ZSFA 3L00A 5A2QZ 1QNTA 1AOYA 2XAJA 2DQRA 5DVFA 3TUSA 1RNLA 1B3HA 1S7OA 4MH5A 4LP2B 4JK1X 3FVNA 4GXOA 1R5HA 2RNJA 1FPQA 3SQNA 1B3LA 2WC2A 3P7IA 4F2OA 3A3UA 3SEXA 1B2HA 3UIFA 3HRSA 2UXNA 2PBWA 3U72A 1SVXB 3RNNA 5E1WA 4IRGA 3PMXA 3LBSA 3I59A 4OEVA 1OR7A 5FHNA 4RK9A 1Z7UA 5L3DA 3ROUA 1ZH5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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