1IZ1A

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLERSHRGIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
molecule keywords LysR-type regulatory protein
total genus 92
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, P, Q
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1iz1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A02
1BM9A 3WE2A 3IX1A 2W25A 4ZYHA 3KP6A 4JWYA 2BYVE 5FTIA 4C1TA 2CWEA 5I2KB 3HSFA 1MXWA 1O3QA 2ZNSA 3ERED 2A61A 3V83A 2K4JA 1N3WA 4G68A 3GFJA 4G7ZF 1EH8A 4HW0A 2J5PA 1HQCA 1P4XA 2XXQA 2F5FA 2L4MA 5KK1A 4LQ5A 3MVYA 2RC4A 1EZOA 3CR9A 1MJ9A 4JB7A 1PDNC 2Q0OA 4LLGF 3CDHA 5ICEA 1TTYA 3CSBA 2ZNZA 1VTNC 4H1XA 4Z7EA 2I4CA 2KKOA 1G3TA 1TW2A 1PBQA 1A8EA 2YX7A 5JK4A 3LSFB 5BQTA 4H8JA 1FBQA 3B73A 3TQLA 4MTDA 3LC8A 3BPXA 4QSEA 2RVCA 4WWCA 5D5WB 2QPQA 2ESNA 4C0RA 3G3HA 2PMSA 3TZAA 4ZH4F 4UXNA 1IXIA 3IAZA 4EQBA 2ZJ2A 4CYDA 2ISZA 3MVWA 1DPPA 1R22A 4CDGA 4E70A 1MKMA 3T9UA 3PU5A 3QUFA 4EMSA 3VXBA 1LB9A 1FBUA 3MZ1A 4QFPA 1RI7A 5L3BA 3FVGA 3MVXA 3N5LA 2P1SA 1XGNA 1B7UA 3I3VA 5HLIA 2I58A 4KA4A 4R72A 4HF2A 4F39A 4L9NA 4GIZA 3C3WA 5D5UB 1NL5A 2V9VA 3VFZA 4F31B 1WDNA 3TDJA 1D4NA 1QBJA 1B2HA 2VT2A 3RTRA 3KZYA 4K3FA 4EM0B 4DCYA 2HZTA 3LSWA 3CLOA 1B1XA 1ZG1A 4PDKA 3KJ7A 4ZE8A 3IOUA 4HDUA 3H6UA 3OSRA 3E5XA 2QBYA 2O1LA 1ZLJA 5E8GA 2ONKE 3PPOA 3TELA 1W5TA 1ULYA 3I71A 5CMKA 5CVJA 1IXHA 1SW4A 2DSFA 4GXAA 3OO7A 2QRYA 3U1OA 2NYXA 3SEYA 1UIUA 3RYRA 3HO7A 1B5JA 2F7CA 2EV6A 4RA1A 3TDUC 4EJOA 5CBRA 5FLXZ 3F8MA 4WCGA 1XN7A 3M8EA 2DS9A 3E13X 3FF5A 1MDQA 3IO4A 4NF5A 1DPEA 2XX7A 2Z8EA 3M8FA 3TFLA 3IRQA 5FGMA 1P1NA 4I02A 4EGYA 1BKAA 2XXIA 2R7FA 3I6VA 4RGXA 5EEHA 4GFRA 4IRIA 3TKDA 1LB2A 4LATA 4THIA 4KIFA 4L9TA 1L3LA 5KCJA 2UZKA 4H0EA 1FTKA 4A0XA 1M5DA 4XKRA 2DWAA 3KCCA 3F72A 2QBYB 4WKMA 4LGWA 1NNTA 3S2WA 2X4HA 3HOTA 4ENKA 4L9VA 2AXLA 3IOWA 2PLYA 4H6DA 4NTLA 1MY4A 3B6WA 1TQPA 3M3FA 1OYYA 1B3LA 1RNLA 1FTOA 2P4WA 1IZ1A 1QKAA 3VLWA 3GXAA 1ZRCA 3TOAA 1QJMA 2FF4A 2R3SA 4ELPA 1BC7C 4NF5B 4PFWA 3R0AA 5K5OA 1SW5A 4GRKA 5E1WA 3R26A 1TW3A 2HS5A 4XRFA 3VODA 1FQDA 4Y13A 1A7LA 4JBZA 3QUJA 4ETSA 1XMKA 3BFUA 2OJTA 4JXIA 4MF3A 2STWA 1S7YA 2KIUA 3DP6A 4M1VA 4Y15A 1MQHA 1ODDA 2QM3A 2ZMEA 2FYIA 3L7WA 3C36A 3MWBA 3D5LA 5BMZA 3DXJF 5F1RA 3RLFE 1TFAA 3DEUA 3W9VA 5H8NA 5HLHA 3BJAA 3LQQA 3A3UA 2W57A 1OVBA 1I6XA 2QLZA 1RYXA 4KYEA 4P5OA 3MC2A 1Q1HA 1LDJA 1R1TA 4LUBA 3O6GA 1FSEA 1SI0A 5AA1A 3G3IA 5E1ZB 4QWQA 5LHHA 3ELKA 3ECOA 2DE4A 3DP4A 3TAJA 1B0HA 1FT9A 2FBHA 5M2VA 1H3DA 4F29A 2XAHA 3VDFA 4EUOA 4JWOA 3FGSA 2F97A 4X1DA 5DYHA 2JSCA 1T0KA 3I59A 1J2XA 1J75A 2VHAA 5IKBA 5K2YA 3RTFB 2H9BA 3KP4A 2ZMEB 3L00A 3WG9A 4YKJA 3KOSA 1MY0A 1NNPA 3MPKA 1XGSA 1H44A 5H8NB 1QW0A 1NHAA 1G6NA 2VE8A 3IL2A 1B58A 5E20A 4RYAA 4HBLA 2V84A 1EZ9A 5B70A 4HX7A 3U72A 3GW2A 2WC2A 2P6TA 1T98A 3JW4A 3FWEA 4RK2A 4UHTA 3H3ZA 4JSDA 3C18A 3COAC 3K2ZA 4GCVA 4ZYEA 2ZMBA 1W7PD 3Q5FA 3LSTA 2E1CA 1ZTYA 3C34A 4UVBA 4KN7X 1NKXA 3ZMTA 2ISYA 3SESA 4JK1X 1QGPA 4LB5A 2QS3A 1TT1A 3E3KA 1N04A 2QL3A 4G7HF 1SFUA 1HSJA 5D8LB 1ZJLA 1LVAA 5JFRA 3DM0A 1MM7A 4R9FA 1YW9A 1ZBMA 3FV2A 3SEVA 3SKPA 2XKOA 1GTKA 2FBKA 4O3AA 5FHMA 3EHUA 2ETHA 3C33A 2XAGA 1FNNA 2PVUA 3DKWA 1PBPA 3M8UA 4ZZEA 4O3BA 2ZBKA 1HSTA 4XXUA 4B8XA 3GF2A 4N9IA 3Q25A 3EHTA 3O6IA 4EF2A 1B3HA 1QKBA 3BJ6A 5I2NB 3SXYA 5JI6A 2UXAA 3IB0A 5LGUA 1Z05A 1OPCA 2FMYA 2M8EA 3D0SA 1RIOH 3ZN0A 1IN6A 4OIQF 2VONA 4OESA 5ICGA 5KDTA 2Q8JA 1OIBA 4M4GA 1XGOA 4ZZDA 2FSWA 4CICA 2GZWA 1IUDA 3GZ5A 1MPDA 2VGQA 4EV0A 3E6CC 3MP6A 3SERA 5AE4A 1N76A 2PBIA 1Y3NA 3OOAA 4QF9A 3K1PA 3BBRA 3JTHA 4GL0A 5HDNA 1SMYF 1LDKB 2BV6A 3ONMA 3T9HB 4YZZA 3RT8A 1M5CA 2O61A 5CI5A 4I2OA 3TCFA 1UB9A 3MZYA 1CE2A 4RGSA 3IHUA 2BGCA 1MJBA 3N6TA 1ZLQA 4IF4A 3ZMVA 2L4AA 2VODA 1EH3A 2F5EA 3N4MA 5D5XB 2FNCA 1I1GA 5KDTB 2HEOA 4JQFA 3DQVC 3PMXA 4DXBA 1OYWA 1XSXA 4HX8A 2E1SA 2QQ9A 3GBBA 4OFJA 2FE3A 3KFMA 3I54A 5E1XA 4ECFA 3FXUA 1MGTA 3KBRA 3RT6B 1EH6A 4XSXF 1R1NA 3K6XA 4UVCA 4GYIA 1LAGE 4KFQA 3E6BA 4GXSB 4F3BA 1WSUA 2XX9A 1P1OA 3ZMDA 4M9XA 1JNFA 2Q2AA 2FA5A 2EB7A 2CW0F 4I0BA 1HW5A 3MUQA 1PDAA 1ZRFA 3RPWA 4PGHA 4X1BA 1FP2A 5F64A 4EQ9A 5D6EA 3DPTA 1XCVA 5L3GA 3V8LA 2DK8A 2Y0MA 3THIA 2Y48A 4FATA 1SW2A 2XD2A 3TODA 1BJAA 2EFWA 3QAXA 3J80K 2I6EA 4AQ4A 1UIVA 4F3SA 1DPUA 4CZZA 2DAOA 1S7OA 4ENNA 1G3WA 4PQJA 5B7DA 5LOMA 4F3GA 3I5UA 4RB1A 1UTHA 1B6HA 2H09A 2IJLA 1MD0A 1VR5A 3BDDA 2H99A 4O3CA 2VN2A 4F22A 3TMGA 1ATGA 3ISPA 4HYEA 4UA8A 2PYYA 3E6MA 1MS7A 2DW4A 2MBFA 5K1YA 2O68A 1AOVA 4LK1F 4IO7A 3ROUA 2P5KA 3K1NA 3WGHA 1CF7A 2Q9TA 3MCZA 3FX3A 1YYVA 1ZHFA 4FORA 4PFUA 4QFLA 3HRUA 1GHCA 1FY7A 2IPQX 4BHBA 2IW5A 5DVFA 3KEOA 1R23A 1DMBA 1USYH 1KU2A 2EJRA 1XCBA 1ZLKA 3OELA 2QS4A 4PP0A 5BOXA 3FXQA 1ZU0A 2QUFA 2XXUA 2EFPA 1TNSA 3QRFF 2XIGA 1M5EA 4FHTA 3WTYC 3P7IA 3GO5A 2DE3A 1MPBA 5A2QZ 1UTHB 3VVEA 3RKWA 4FIMA 4Q30B 5JEIA 3P9CA 3OSQA 1IUYA 3T8RA 1H0MA 4M6YA 2GXBA 1OMIA 4FJPA 1WRJA 1B9NA 2K7LA 1JQFA 3VB2A 3M3KA 3CSGA 1IXSB 1RZ4A 5CVVA 5CM6A 1CF7B 3ZMUA 4WK8F 4MLVA 3OXNA 1N7XA 3TTKA 1TBXA 5DEXA 5DVJA 2R6GE 4GOTA 4KR5A 4XLPF 3IK6B 1OVTA 3C1DA 3G7WA 4EDPA 5LRSA 3VXCA 4YMBA 3WAFA 4WF2A 2O7UA 2W84A 2XGXA 1II5A 4OIPF 1BI0A 2X0LA 2X7QA 4WXDA 3RKYA 2IRFG 1J7KA 4NF8A 4U2RA 5D4RA 2CMOA 4BHPA 3QYTA 2HFBA 3O2AA 3GWZA 4Y17A 1RKMA 1A54A 3CRBA 2QQBA 5CVUA 4OFLA 4RB3C 1US5A 3FVOA 4OIRF 4HQMA 5CMMA 4F18A 4GGGA 1VSOA 3GFIA 5I56A 2DWHA 3T66A 1A55A 2JPBA 5L3FA 3IRRA 3HUGA 3U2RA 1LAHE 2MA3A 1O63A 4MQ9F 3RDIA 4OYVA 1FYLA 2GWRA 1MXUA 1HW2A 3IB1A 3ZKKA 4DCXA 3LSLA 4NMYA 3G3KA 3UA8A 3KLNA 3U9GA 3T5XA 2I4BA 1Z7ME 3REOA 3EN3A 2GHAA 3GZ6A 1J1NA 5I2KA 4DDDA 2JTVA 2O7IA 3F8FA 4MQVA 1VFEA 1IXCA 4RS8A 2AL5A 3DELB 3QPHA 2DI3A 3O29A 3K01A 1GXPA 4F1YA 3PQKA 4NF8B 2L01A 1F1ZA 2VBZA 3PMWA 2A5TA 2PEXA 4DQ2A 3F23A 1T39A 2FOKA 3Q27A 2OQGA 2OBGA 4Z0IA 2ZNYA 3QAHA 4HQEA 1BBYA 1QUJA 2CGPA 5I56B 4A5NA 2HEUA 4MH5A 5ICCA 2QMWA 1KQ9A 2VBYA 3GYHX 4UV9A 1LEBA 4LG0A 2RKMA 4I09A 2PBWA 3O2PE 1I6AA 2I0CA 3CUOA 3C35A 1IN7A 3FD3A 1NH8A 4ZEBA 4JSOA 4OHNA 4A6EA 4IHSA 1BIAA 2GAUA 1FZPB 3BFTA 4M9ZA 3PPRA 4Q48A 4F7ZA 3J81Z 4OMZA 1ON1A 2DT5A 3LAJA 4KYSA 3C4MA 3J7AO 2VBXA 2A5TB 1FWZA 1B3GA 2Z23A 4LZ8A 2YR2A 5CLSA 1FTJA 1OMPA 1K78A 2A69F 3E6DA 3VVFA 3GUDA 4U22A 2KIMA 2V79A 3PUYE 2VT3A 3WU0A 2XXYA 1KU9A 1WKMA 3D4CA 2MC3A 3J81K 1Y3PA 2ZNTA 2QZ8A 5F1QA 5DD8A 4PFTA 4LG0B 3F3XA 4LQ2A 2OU2A 3SQNA 1B4ZA 4PE5B 4BLAA 2A07F 1P1WA 2A6HF 4NE4A 1SMTA 2C6YA 4OU0A 4XKQA 5HS9A 5K5RA 4KI0E 1K6OA 3Q28A 2QENA 1BTJA 4EF1A 2KRFA 4ZECA 1LDDA 4U21A 3TTLA 2O6GE 3WAEA 2O69A 2AIXA 3FM3A 3JV9A 1IW7F 2XXWA 2UVHA 2OK2A 5HPQA 4R8HA 1FTLA 5ELVA 3U1DA 4ZEDA 3WTXC 4AB6A 3G73A 2Y84A 3SDFA 1K78B 1FLIA 4G8MA 4IY6A 3UK4A 2HGCA 3BWGA 5AA3A 4FEDA 3S9LC 3HRSA 2M5WA 3KZGA 5L9SA 5L8DA 3CFZA 4IVNA 1JEVA 4IGRA 1US4A 4BDOA 4U7BA 3FJ7A 1Q1KA 2VOZA 1AOYA 2I3VA 3MZBA 3BROA 4OETA 5BS6A 1ON2A 3FM5A 2B3BA 1YLFA 1G4DA 2RF1A 5FD6A 1DPRA 1UFMA 2OA4A 4B09A 2O8XA 3WGIA 3PUWE 3IOVA 2Z22A 1N0TA 1O7FA 1SW1A 4YIIA 2HWVA 4IXAA 4AIHA 4G2ZA 3HSEA 1FCKA 1XVYA 2VC1A 2HQ0A 5HM4B 2GIVA 5ILVA 5CBSA 3U92A 3CG3A 3PD9A 4S04A 3TYHA 3CO7C 3OO9A 4R6KA 3TQNA 2OBPA 2F78A 4HF1A 3LBSA 2DWJA 2EWNA 3OOPA 4IJAA 3BPVA 5DT6A 3ABTA 2XVCA 1U2WA 3E4RA 4C1UA 1MG1A 5IAIA 3ZPLA 1T2KA 1LEAA 1MZBA 1URDA 3KE2A 1O3SA 4IY5A 3FIRA 1FP1D 5FLXK 1EU8A 3MVZA 1IIWA 5TU0A 3T8TA 1D9YA 1LFGA 4FE8A 3I58A 3FHZA 5L3CA 2WWYA 3KGCA 4R9GA 3PQJA 4G7OF 4RJZA 2D1HA 1DTGA 1ONVA 2G9WA 1Y9UA 2DVZA 2JT1A 2XAJA 4EGZA 1ANFA 1TWYA 4MLQA 2PFBA 4U88A 3KLOA 2RC7A 3QP6A 5CYVA 1LQ1A 2BBYA 1AL3A 1B4HA 2Q2CA 3FATA 1POTA 2Q89A 3KEIA 4LD5A 4BDLA 1R5GA 4I7HA 5K2XA 1B3EA 2EV5A 3E3VA 1JW4A 1MXZA 2O84X 4N9HA 4ELOA 1JGSA 3O97A 2Z3YA 2W24A 3VEPA 5HBCA 1LBBA 3CFXA 2HCAA 1P1QA 1YIOA 1AH5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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