2ESN | Genus

Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	301
structure length	299
Chain Sequence	PLLRRLDLNLLLVFDALYRHRNVGTAASELAISASAFSHALGRLRQGLDDELFLRQGNRMQPTQRAEHLAAAVAAALRALGEGLEEWRPFVPGQSQRTFVFAATDYTAFALLPPLMNRLQHSAPGVRLRLVNAERKLSVEALASGRIDFALGYDEEHERLPEGIQAHDWFADRYVVVARRDHPRLAGAPTLEGYLAERHAVVTPWNEDSGVIDRLLARSGLRREVAVQLPTVLAALFLAGSTDFLLTAPRHAARALAEAAGLALYPAPFDIPPYVLRLYSHVQGRDAHAWMIGQLKGLD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__100957942431311__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__100957942431311__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2ESN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__100957942431311__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"100957942431311","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2ESN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__100957942431311__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfcecfdb014550d5621a73f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfcecfdb014550d5621a73f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfcecfdb014550d5621a73f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfcecfdb014550d5621a73f/pdb.gz): 713 ms

reading 299 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

299 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:298});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Pseudomonas aeruginosa
publication title	The crystal structure of putative transcriptional regulator Pa0477 from Pseudomonas aeruginosa rcsb
molecule keywords	probable transcriptional regulator
total genus	89
structure length	299
sequence length	301
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2005-10-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00126	HTH_1	Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A	PF03466	LysR_substrate	LysR substrate binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	2esnA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	2esnA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	2esnA03

4RXLA 3VVDA 3I53A 2O0YA 1MQJA 2MBFA 4ZDMA 4ZEIA 1Z9CA 5DCMA 3E5XA 4K3FA 3KEQA 2P8TA 3EF7A 3TTNA 1KQ9A 1STZA 2NWJA 4R9FA 2EV5A 4H67A 3IOWA 1UFMA 2JSCA 1QUKA 2HYGD 3KETA 1E17A 1JVYA 1MJBA 1US5A 1SVXB 4QFLA 2VBYA 3QIMA 1DDNA 3PMVA 2XXVA 4R1HA 2QQ9A 2I58A 4QFKA 2WV0A 3T1BA 3GUDA 2D1VA 2GQQA 4QSEA 1URDA 3SKPA 2WC2A 5CI5A 3F11A 4WXJA 1JHHA 4RAYA 3B6WA 1SD7A 3DLNA 3KN8A 4GRKA 1O64A 2A3SA 1W7PB 2P5VA 4H5GA 3L09A 3CI8A 2DLLA 1B0LA 2ESNA 3MZYA 2YX4A 4EJVA 4ZS9A 1F1ZA 4P11A 3TQWA 4F3PA 2V6CA 1U5TA 1XD7A 1P1NA 3MPKA 5FLXZ 2FNCA 1QULA 1FWZA 2BYVE 2DXYA 3K0VA 5JTYB 1W5TA 5I59B 2Y7KA 3FV1A 2STWA 3ONMA 2Q88A 3MP6A 2PBIA 1J59A 5ERIA 4X9TA 4NF4B 2LSOA 5DTBA 2CQKA 4HAMA 1R36A 5A5XB 3IORA 3HV1A 4ZZEA 5J8CA 4NF6B 4YB5A 1I6XA 2XHKA 4LZ7A 2HZKA 3FUZA 1B1BA 3QOPA 3D5LA 3PMWA 1XGNA 4OZ9A 3UN6A 1YO5C 1BP5A 1P1WA 3A09A 1B7HA 1H76A 3KP2A 4CHUA 5H20A 4BAYA 5D4SA 3FD3A 2XX9A 5HS8A 3HRMA 3UIFA 1KA8A 1ZRCA 4RA1A 3RKWA 4ENJA 2NNYA 2O8XA 2HZTA 3R6SA 4CO8A 1FYMA 1B1HA 2RINA 1L3LA 4MGRA 2VE9A 4F19A 3TO9A 3VEPA 1MXYA 1LDKB 1SW1A 3N6TA 1I27A 2RKHA 4U1OA 5TPAA 3H3ZA 2CZLA 5CVIA 3ELKA 5E8IA 1XHYA 5D6EA 2I0CA 5LHHA 5AE4A 1GGGA 2R6GE 1AWCA 1OLCA 2VE8A 3KZGA 4H5FA 3DEUA 1YCJA 3T9UA 2F5XA 3E4RA 4HLXA 1RYOA 2UXNA 4G94A 1R1UA 1OKRA 1B0HA 1FZPB 3P7NA 3OEMA 4YMBA 3MFKA 3K0LA 3F8NA 4P5OA 5EEGA 3KLOA 2YPNA 5DT6A 5H8NA 1IXGA 3RPQA 4BH9A 3K6VA 4KI0E 1LSTA 5FO5A 1USTA 3FXRA 4WEDA 3U1OA 1BI1A 1FNNA 3TYHA 1J2XA 4YAHX 1OQHA 1HSTA 5FTIA 1FSEA 2QMWA 3MZ9A 4YKKA 1OMIA 4OFJA 3MZHA 4M1VA 1F9BA 4DCYA 3KEIA 2B0LA 5FHOA 3C9HA 4JWOA 1JW5A 3IO4A 4EJOA 5FFXA 3ZMTA 3HRUA 3VE1B 3WE2A 3LA3A 4IF4A 3LSFB 3TELA 1NKXA 1P6RA 2ISYA 4IRIA 3COAC 1SYHA 2I48A 4RPOA 2QJEA 4YB6A 3HO7A 2ONRA 4H0EA 2CW0F 4P55A 5HS7A 3SDFA 1ZARA 4I8CA 4TOZA 3K2ZA 3DF8A 3PPOA 2UXAA 4IHSA 1UTHB 4OENA 5E17F 2EFOA 3GVAA 3IKVA 2IA0A 4XSZF 2P0SA 2MD5A 4ZEBA 2KIMA 3BWGA 3EETA 3B73A 1B58A 3H6VA 1ZRDA 5L3BA 1URGA 1XOCA 3WU0A 1II5A 2X7PA 3KE2A 1MY3A 2DOJA 2L02A 2R3SA 1A54A 1JHFA 1T39A 4HV6A 2EFPA 2O6AA 1S9TA 1LAGE 1U8RA 3EQ1A 3KCCA 4X1BA 1XS5A 4AIJA 3TPAA 1TQIA 3E6DA 5ITPA 4UHTA 4IGTA 4ZYHA 1Q35A 1B7UA 3B7DA 3QP5A 4EJTA 2LF8A 3BZ6A 3DP8A 3SQNA 2JPBA 2XD3A 3SEYA 4R8HA 2O6GE 4P9FA 4CZZA 1G3WA 1F4KA 2HR3A 2O03A 4QRZA 3CUOA 4L0YB 4LK0F 3REOA 2XAGA 5L9SA 2VOZA 3MAJA 1MJ9A 3PU5A 2G93A 1IN8A 3VV5A 1HW5A 2VC1A 3N5LA 1LB8A 3MVYA 2QMXA 4AIKA 4HCYA 2I0BA 1IN7A 1J1NA 2W57A 3K1NA 1LCTA 1G3TA 3GXOA 3HIFA 3BP8A 5ICQA 1SAXA 2VN2A 3K69A 3DPLC 1GTKA 4EDPA 4HF0A 2O1MA 4U0YA 3G3GA 3MQ9A 4GD5A 3WGGA 2YR2A 4U4XA 2H27A 4OESA 4Q48A 2BBYA 2COMA 3FMRA 3GF2A 3OENA 4EQ9A 1USSA 4JK1X 4M71A 1TNSA 1MD0A 4RK9A 1BJAA 1D3KA 3B6QA 3W15C 3L7WA 5ILSA 1JW4A 5DUKA 2F7BA 2EV0A 1N0TA 1HKSA 2ZMBA 1FTLA 1DMBA 5LRRA 2MLGA 3FX3A 2DAOA 1YQAA 2DYXA 4XLNF 5LBQA 5I58B 1MG1A 1NFTA 4KMUX 4YG2F 2PJPA 4L5IA 1XDSA 1HXDA 4IGRA 1J0RA 1K78B 2OCUA 2M8CA 1C0WA 4B8XA 1O63A 3S9LC 2HFHA 4EXLA 1FQFA 2OU2A 3ZN1A 2ONSA 5CMCA 3PUZE 5BS6A 4HA8A 4OIOF 2VHAA 4N9IA 4NF6A 1E2XA 2IJLA 4FORA 2QS4A 5FGMA 3IO6A 3KP7A 4O6JA 3IJOB 1QW0A 4BHCA 1Y9UA 5ICTA 2F5EA 1ELJA 3GFLA 4FECA 4AD9A 2Y7IA 1Y20A 4OU0A 1VE4A 1R6ZA 5H6QA 4WCGA 4RB2C 2Y7WA 2XVCA 3MVZA 2Q8KA 5BMZA 1MY4A 4KIFA 4KPTA 2B65A 2EK5A 4HLYA 2UVHA 1XCBA 4EF1A 4THIA 2ELHA 4LG0B 2RQPA 2QS3A 3TCHA 1Z1DA 3V7SA 3O6GA 3ML6A 3T8TA 3V5AA 1B6HA 2IPQX 1B4HA 3VVEA 3K6XA 4OIRF 1R5HA 3V7CA 2DE4A 4KUMA 3WTSC 3EYIA 5F6FA 4RGSA 1ZIUA 2HEUA 1YW9A 3SEWA 3K1PA 5F1QA 4GL0A 4NF8A 4GXAA 1XB4A 2NRAC 1FW0A 3F72A 1QUJA 3PUXE 4NMYA 1EV7A 2PMUA 3H3GA 1Z6RA 2HS5A 1JETA 3LA7A 3S2WA 1VFDA 3CSGA 3D4CA 3RGYA 2V3UA 2UYFA 3B02A 2H6CA 3H7MA 4KMFA 3O2AA 4GXOA 4ESJA 4XXUA 2HFBA 1D8JA 2ZKZA 2O51A 3AAFA 3UORA 3S4UA 5ISUA 1TLHB 4CXFA 4OTEA 4KFCA 4GYGA 1H0MA 4HZFA 4XKRA 4JWYA 4QFNA 2RCAA 4UNOA 3EDPA 2STTA 2QVOA 1SDXA 4I2OA 1B1XA 5L3DA 1DPPA 1IIWA 4GCVA 3PUWE 2HEOA 4LQ2A 4DLDA 4UACA 4NTLA 4IHTA 2OK2A 1LLSA 4NWCA 1TXFA 3OSRA 4ESXA 3ZP5A 5D8LB 5LHGA 2JZYA 1FT9A 1UIVA 3KJTA 2KJCA 3HYIA 3O29A 1SD5A 1PUEE 3QK6A 5DEXB 2ZO4A 3W9WA 1YG2A 2GXGA 1FX7A 1RI7A 5CMMA 4FIMA 3FIRA 4FAJA 2IA1A 2QL3A 2G9WA 2CFXA 2ONKE 1CF7B 4G4PA 1ZLKA 4CICA 2RV8A 4ISUA 3I5OA 3U8QA 2GA1A 1ZRFA 2XASA 1BI0A 2M8EA 2MLKA 2Z5UA 2DE2A 5LGNA 2EWNA 2X0LA 4LK1F 2DK8A 1CB6A 4G8HA 2J5OA 2ADUA 3E6CC 5E1WA 5AA4A 2XX8A 1OYWA 3BROA 5KDTA 3JV9A 3ZMDA 3TCFA 4WXHA 4Q5SF 1YS6A 3I71A 4U2RA 5HBCA 3GZ5A 2Z8EA 3RTFB 4H6DA 1OR7A 1NHAA 3MCZA 1UTBB 2F7CA 3LAJA 4FX4A 3PMXA 3TFLA 3V83A 4C1TA 4OETA 3IOTA 2IP2A 3VODA 3IHUA 1B32A 2Y0MA 1BIBA 3TDZC 1TFDA 4GYIA 4U1ZA 4YU0A 3IKTA 1KYZA 3KFMA 5TP9B 2XAJA 3BJOA 1R9LA 1UB9A 2DPDA 2O68A 1LVAA 3ZS6A 2M45A 3N97A 3IRRA 3GFIA 3J81Z 1XVYA 2F2EA 1B7ZA 5CVVA 2F97A 1P1QA 1JW1A 2ZXJA 3CLOA 3TDUC 4IXAA 4MF3A 4F31B 2R7DA 4OMYA 2P4WA 2XAQA 1JNFA 3E3VA 2F34A 3KZZA 5FHNA 3CSBA 5M2VA 3F21A 5CRYA 4EQQA 1B3FA 2XKOA 2XXIA 1N7XA 4GXSB 3TOBA 5ICEA 1J7KA 4RS8A 4CDGA 3U92A 4PGHA 4N0BA 1N04A 4Z2YA 2XXHA 1Z7ME 4XRFA 3R6UA 1EH7A 3U2RA 4R2FA 1QUIA 1MS7A 4HW8A 3WAEA 3Q28A 2YJPA 2OD5A 2E7WA 4YIIA 1ZTYA 5I58A 4L9VA 1IXHA 3I59A 5CVJA 3FVOA 1CGPA 4P96A 3W6KB 4I0BA 4WXCA 3S2VA 4RB0A 3BY6A 2OAZA 1LEAA 4BQAA 1FC3A 4NF5A 3JAMK 2RDPA 3K4UA 5DVIA 3C3WA 3SFZA 2GAUA 3RKXA 1O3SA 5CVUA 3IWZA 2GRVA 3VXCA 4GGGA 4EGYA 4AIHA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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