3FXQA

Crystal structure of the lysr-type transcriptional regulator tsar
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
MLKLQTLQALICIEEVGSLRAAAQLLHLSQPALSAAIQQLEDELKAPLLVRTKRGVSLTSFGQAFMKHARLIVTESRRAQEEIGQLRGRWEGHITFAASPAIALAALPLALASFAREFPDVTVNVRDGMYPAVSPQLRDGTLDFALTAAHKHDIDTDLEAQPLYVSDVVIVGQRQHPMANATRLAELQECRWAFSSAPRGPGAIIRNAFARYGLPEPKLGLVCESFLALPGVVAHSDLLTTMPRTLYERNAFKDQLCSIPLQDALPNPTIYVLRRHDLPVTPAAAGLIRWIQHHAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR type regulator of tsaMBCD
molecule tags Transcription regulator
source organism Comamonas testosteroni
total genus 95
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fxqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA03
3TDJA 3KN3A 2DE3A 1G3SA 3WGHA 4YIFA 5I57B 1I5ZA 1T6SA 3HN0A 2EFWA 2I4BA 5KCJA 4BDMA 3T5XA 4XTCQ 2UWMA 1Z91A 2UVJA 2HAUA 1HSJA 3FM3A 5F1RA 4OERA 3O6HA 2H94A 2PBIA 1I6BA 1MY2A 4F2OA 1K6OA 1OYWA 3BJOA 1STZA 5F7VA 1QJMA 2DTRA 3EN3A 2QMWA 1MG1A 5HLHA 1IXCA 1P4AA 1SFXA 1I6AA 4H6DA 3UGWA 1JQFA 2YU3A 1YG2A 3L9FA 5EHMA 3REOA 2V79A 4K2EA 3D5LA 4IRHA 3P9KA 1FQAA 4NWDA 2Z8FA 2JPCA 2KIUA 2P6SA 4U0VA 3SQNA 3GXOA 1F9BA 4ZE9A 4WWCA 3HHFA 2NUVA 2F6PA 5HPQA 4WXCA 1BOAA 1TT1A 3ABTA 1T0FA 4CICA 4X1BA 2ZMEA 4NWCA 3AAFA 1AMFA 2WKYA 3FATA 2P7VB 4IRIA 2ESHA 4L9TA 3RDIA 4Q30B 1QO0D 1R22A 2UXAA 4A12A 2QYOA 4IVNA 4JXIA 3MAJA 2P5LC 2FMYA 1V4RA 3E5QA 1N3XA 2A5TB 4H5GA 5I58B 2JRTA 4Q48A 4G8MA 5DT6A 1S6LA 1ULYA 2DWJA 3G3IA 4F3GA 4UXNA 2ZCWA 1MQJA 2PLYA 4P5OA 5FB2A 1XVXA 3PPRA 1KQ0A 3CLOA 2X7QA 4JWOA 2M30A 3PPNA 1Z1DA 4PETA 3VLWA 1N04A 3KOTA 4EJVA 4OIOF 3HHHA 3G73A 4G7HF 4BXUA 4XLPF 2DE4A 4OETA 4UNOA 2OK2A 4U88A 5I59A 4I0BA 2DXYA 5CRYA 3RGYA 4I1DA 4M74A 2OQGA 3SESA 1IXIA 3MWMA 4HX8A 2PVUA 4RK2A 3S9NC 3P9IA 3QRFF 3MP8A 3J80K 1FTKA 3RUMA 1R7JA 4A5NA 1IF1A 3UORA 4PQJA 1OQHA 4G9YA 4EQBA 3LA3A 2GAUA 3IX1A 4HF1A 3L09A 4OZ9A 3M9AA 4M4GA 4C1UA 4KFCA 3Q27A 5HDKA 3PMXA 5H6RA 4A0ZA 1BI1A 3THIA 5I2NB 2XKPA 3KEIA 2FF4A 4GF8A 3C34A 5CVJA 1KA8A 5LOMA 2A68F 3E97A 5AA3A 2EV6A 4TLLB 4NF6B 1OLCA 3FIRA 5EYFA 2HR3A 4HF0A 1P1UA 2RN7A 1URSA 2B0LA 2HQ0A 2DP8A 4O3MA 1KQ8A 3GBAA 5LHIA 1QZZA 1VFDA 3D0SA 4ZEIA 1YTVA 3V7SA 3KFWX 5KVRA 3CG3A 4I9DA 5TP9B 3F8BA 5D5WB 3W9VA 1SMYF 4MGRA 4HW0A 1BC8C 3CIJA 1MPBA 2QUFA 3CR9A 4PFWA 4G8XA 4EM1A 4U4XA 1BBYA 2A6HF 3FXUA 1SFUA 2DXRA 4RYAA 1UFMA 4L0YB 3C35A 2CWEA 3MC2A 1MRPA 4QSCA 2J5OA 2FBIA 4D0PA 1GTKA 5H8NB 1WODA 1ANFA 4IO3A 3NQOA 4KT5C 3MZ1A 3VB2A 1B7HA 3E9XA 4LQ2A 4G77A 3GFMA 3ABUA 3T1BA 2THIA 2O7UA 4KYWA 4HCWA 3MJNA 4XBFA 2KIMA 1A04A 4BYYA 3KEQA 2V3TA 2Y75A 4L9JA 4EJTA 5AA4B 2O0YA 2YX4A 1DSNA 1SW5A 2QS3A 4NEDA 5KZTA 2O68A 2F8DA 4HA8A 4THIA 3RT6B 3FMQA 3K1MA 1S8NA 3QK6A 3CUQA 3VLUA 2W24A 3TEPA 3Q28A 3HCQA 4ENKA 2YLNA 3PUXE 3KN7A 2HS5A 4F1VA 4EVIA 1URGA 4IO5A 3MVYA 3FX3A 4P55A 1DP7P 4G4PA 1FBUA 4WCGA 3M3LA 3ECHA 4R2BA 4BDOA 1ZIUA 2UXXA 1IIWA 3M1EA 4IO4A 5HS9A 2YPNA 2CW0F 3IB1A 2Q8JA 1A7LA 4GGGA 3OMBA 3DXJF 3SEWA 2VONA 1R1VA 1T38A 4FJPA 2ZNUA 5L3DA 4LZ8A 2RDPA 4PFTA 5KCJB 4A2UA 4GQOA 4EQQA 1TTYA 1PP7U 3HSTA 1R36A 3IJOB 1SMTA 1B3LA 1LB9A 5ITPA 4ZYDA 3OELA 1BI0A 5D4SA 2PT2A 3J80Z 2XXVA 1SDXA 4FT8A 2M45A 2O61A 1B5IA 2VBWA 3EHTA 3E4RA 3LSXA 3OOAA 3K00A 3ZMSA 1SD7A 5D5XB 1B9NA 1CE2A 2VOPA 1B7ZA 4RK9A 5IT3A 4G68A 4KIGA 2Z9OA 3ULQB 3BY6A 3RTWB 4CYDA 4GO1A 1A54A 2IT0A 1B5JA 1I1SA 2XXRA 4EM2A 1FQCA 1T0KA 4AB5A 2ZMEB 1IN5A 3F6VA 3V7CA 5B70A 3DP6A 1P1OA 4EJOA 2NAZA 3E5UA 3RJPA 3TTNA 4ND9A 1ZG3A 3Q9SA 3TCFA 4BQAA 4OQOA 1MZBA 5JR3A 2LNBA 3N97A 2DK8A 3KSXA 1UTBA 3RPUA 1FNNA 2L01A 2PN6A 3H7MA 4JWYA 5L3GA 4P11A 3FASA 4N07A 3IOUA 2ALUA 2PMUA 4U1OA 3TOAA 3U92A 5CLSA 2R7FA 3PQKA 1DUXC 3F8MA 5F64A 4IY6A 2F35A 1DPUA 1HSTA 4KYSA 4WXHA 1MM7A 3EDPA 1XGSA 2RQPA 3GLBA 5I59B 1J7KA 3KLNA 3IJXB 2I49A 4MHGA 1JXSA 2FSWA 4HAMA 3TTRA 3SDFA 3O2AA 1B58A 3ZKLA 4HDUA 1LBCA 2Q88A 1O3RA 5E18F 4U2RA 2DQLA 4ZYEA 4F22A 1YS7A 4OVJA 4JK1X 1S29A 5ICCA 4EF1A 5CM6A 1URDA 1RNLA 2XKOA 1ZG5A 1F9NA 1R23A 3DQVC 1B32A 1XSVA 3MQ0A 1LAFE 2FBKA 1TQIA 3Q29A 5JTYA 4WX9A 1XVYA 3SHFA 1B4HA 3T96B 1K78A 4TQUQ 1HQCA 1BJAA 4DQ2A 2G29A 4LUBA 2HKOA 4IO2A 1H0MA 1HKQA 5IT9Z 2G7UA 4FORA 5L3EA 2E7WA 1I1GA 4DDDA 1HW5A 5ILVA 4BNCA 1B9JA 1OYYA 2W25A 3KZGA 4HTGA 1PBPA 4AD9A 1P4XA 2DT5A 1HW1A 4ETSA 5F1QA 2O6AA 2OZUA 5LHHA 2X0LA 3DF8A 3JV9A 2P5KA 2JTVA 2A3SA 4E0XA 4PFUA 4YB7A 5HS7A 4KICA 5B7DA 1KWHA 2M8EA 1U6GA 5LBQA 1YW7A 1R5HA 1G3WA 5DVIA 2V84A 2P1SA 1IRGA 3L7WA 4OESA 1H45A 2F2EA 3PUZE 4UA8A 3WTVC 1S7YA 1US4A 2VN2A 2XHKA 2G7HA 2ZFWA 2O6GE 3CUQB 1YCJA 2D21A 4RB1A 5A2QK 2ISZA 3V5AA 3LQQA 1QNTA 1N7XA 3KJTA 4ZZDA 5L9OA 1K79A 1XB4A 3H6TA 1Z7UA 3HRSA 1DOTA 1BKAA 2A69F 1KU3A 3RTFB 5I56A 3J7AO 4GXSB 2FQ3A 4MH5A 5D4RA 2NRAC 5K5OA 5I2KA 5FTIA 1FP1D 3TGNA 2V3QA 3KP3A 1BM9A 4I2OA 5ITOA 1G3YA 2GRVA 3MCZA 3LBSA 3GEZA 2NOOA 4GVOA 3G3HA 4ZH4F 3V8JA 4Q0CA 4KMFA 3H4ZA 3MAMA 1MXXA 1T2KA 4U22A 3HUGA 4Q8RA 1W5SA 4JDFA 1D8KA 4RAYA 2DS9A 1ZH5A 2Q89A 2MLKA 1TNSA 2EFNA 3M8FA 3KBRA 1QW0A 3TTLA 2QMXA 3GVAA 4HX7A 2Y84A 3O6BB 2EFOA 1H9TA 2I0CA 4F19A 4I01A 3CO6C 1MXZA 2DVCA 3JZJA 3RQTA 1LQ1A 4U1ZA 1R5GA 4UV9A 4QFPA 3E6MA 2QSXA 4YKIA 1REPC 4R75A 4F29A 1FLIA 1VE4A 4EMSA 2XD2A 1B6AA 2HZLA 3E3VA 3CO7C 1LGBC 3KP7A 1RUOA 3MWBA 1BI2A 2CGPA 4PDKA 2ACJA 4HBLA 1MGTA 2E1SA 2YX7A 2F97A 5LHGA 1O7FA 1U5TA 2FXAA 4NQWA 1Y3PA 4UACA 1UHMA 1MH4A 1OMIA 2H25A 4M1VA 2FMLA 1EV7A 1P1QA 3BROA 1JVXA 4ENMA 3OEKA 2OZZA 1FC3A 1EH6A 4I7HA 3QXMA 3B73A 1I27A 1LAXA 2VP1A 3Q25A 3PMWA 3EETA 4LATA 3M7GA 1FQEA 4UV8A 1B3EA 1JVYA 4S04A 2HXWA 3LSLA 4YFNF 5FHNA 1B1XA 3B6QA 2XX8A 2HTJA 1N84A 3T9HB 1Z05A 3T8TA 3FJ7A 1D9YA 4R6HA 1IZ1A 1RIOH 3I59B 3LWFA 4IHSA 1JW1A 2D3IA 4I09A 5CI5A 2MA3A 5FGMA 1SD4A 1IEJA 1KYWA 4RAZA 1D5VA 1QKAA 3SEUA 4NF8A 1E17A 4MEYF 4WK8F 1TXFA 1B3GA 4N0BA 3FVGA 1ZGAA 2VXZA 5H8FB 4FAJA 5A2QZ 2W57A 3U72A 2ONKE 2Z23A 4XXUA 2FNPA 4YICA 2F78A 5JTYB 3TAJA 1D9VA 3VDFA 3DKWA 4ISUA 1F4KA 1B0LA 4I62A 3MPKA 3TUSA 1K78B 3F72A 4LFUA 5J6XA 1FQBA 2R3SA 4QFLA 3ERED 3S2WA 3JTGA 4EJWA 5ICQA 4LQ5A 1ATGA 5DDGA 3TKDA 2REGA 4CGZA 2KIFA 5L3FA 1H44A 3JTHA 4AIKA 1LCTA 4M9ZA 2IW5A 1Z9CA 2EJRA 1Q1HA 3LSFB 1UIVA 3IORA 2H6BA 3ISPA 1RYOA 2RKMA 3O29A 4GLIA 4EXLA 4DCYA 1RUNA 2Z3YA 1T98A 1TFDA 4IO6A 3WGGA 3I6VA 2Y7RA 1YW9A 3P7IA 1B1BA 3QAHA 1VSOA 2STTA 4YU0A 1BN5A 5ERIA 4F18A 1FYMA 1FWZA 2Y0MA 3U9GA 1MDQA 4QHQA 4H0EA 3U1DA 1HW2A 1MQDA 3I5UA 5FFXA 3HYIA 3O28A 2KJBA 3VE1B 3U94A 2AYSA 1W7PD 2R6GE 1LEAA 1EU8A 1FQDA 4GCVA 1PBQA 3IOTA 3HRMA 3MPLA 4OEUA 4AQ4A 4B8XA 1ZKBA 5TJJA 2I4CA 2F34A 2XXQA 2E1CA 4G68C 3SEVA 1FY7A 3ZQ7A 4G7ZF 1MQIA 1DDNA 5FD6A 3DELB 1ZARA 2V6CA 1XMAA 1YW8A 1AH5A 3HOSA 3Q26A 5L9SA 3G3GA 2DK5A 3KE2A 2ZNZA 2GHBA 4Y13A 1OVBA 4R6YA 2IPQX 3U8QA 3IKTA 1P92A 4ENJA 2PX1A 5LGNA 1QPMA 4FEDA 1LNWA 2LF8A 4C0RA 1US5A 2NS0A 3K4UA 4OFOA 5I56B 3KZYA 1OLAA 3VXBA 4ASNA 3ZMUA 2K4JA 5I2KB 3LA2A 1RI7A 1HSLA 2F7AA 4KFQA 3SKPA 3I0TA 2XXIA 3VEPA 4JBZA 2EK5A 3HTUA 1YTYA 3G3FA 4X48A 3LC8A 2I58A 3IAZA 2REJA 4LK0F 4AWXB 3EYIA 1MXVA 3CSGA 4QFNA 2GWRA 2XROA 5LRRA 1MKMA 3PMVA 4G2ZA 4KR5A 4LB6B 2CG4A 4YG2F 3OO6A 5ICEA 3S9LC 3VOEA 3I4PA 4YAHX 4EF2A 2RGVA 3LAPA 1FSEA 1IQ7A 2KLFA 2V3UA 2NYXA 4EDPA 3TO7A 4MEXF 4MTEA 3WODF 1OMPA 4KYEA 3W6JB 1FT9A 2IP2A 2E7XA 3GF2A 5CVRA 3MVXA 1OYIA 2QPQA 1I6QA 3QOPA 3FWEA 2C6YA 3FUZA 3PFIA 4U0WA 3GZ5A 3K1PA 5FO5A 4XLNF 2O3FA 3QPHA 2D5WA 4HYEA 2D1VA 5CMCA 1GXQA 1VR5A 5K5RA 2VBXA 3T0YA 4YZZA 1OIBA 3WTTC 1MD0A 5H8HA 4DCXA 3WAFA 4QWQA 3H3ZA 3TPAA 1J5YA 2RV8A 4P0IA 3J81K 2HDCA 4MNUA 4ESJA 4DXCA 3BJAA 2RC4A 2MLGA 3TO6A 2Z5UA 1TLHB 4KPTA 3CUOA 2OBGA 4A6EA 1NMUA 2PFBA 3ZN0A 3VLVA 2D1HA 3KP6A 1PEBA 1CGPA 3FV2A 1LSTA 1RYXA 4H0WA 3IL1B 4OHNA 3IC7A 5DCMA 5L8DA 5ISUA 4O6JA 6PAXA 2ETHA 2XXPA 3OSRA 4GL8A 3CDHA 2XHDA 1JEUA 2GIVA 3EHUA 4FECA 1YLFA 2HCAA 2H6CA 2OU2A 1MY0A 5AE4A 3ROUA 1FTMA 2AL5A 3TYHA 2DYXA 1G4DA 2PJPA 2NNYA 3A3CA 3TODA 5KDTA 4NF8B 2XXUA 1MQHA 5CBRA 1J75A 1KYZA 5BPDA 3OO9A 4XSXF 4R8HA 2X7PA 1QUKA 3ZS6A 4G7OF 1ZYRF 3N26A 1SI1A 2QWWA 1WQ2A 2XUBA 5EEHA 5FHMA 4OIQF 2OAZA 3MFKA 2F5DA 3R7XA 4RNSA 3IR1A 3ZN1A 3KCCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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