3FXQA

Crystal structure of the lysr-type transcriptional regulator tsar
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
MLKLQTLQALICIEEVGSLRAAAQLLHLSQPALSAAIQQLEDELKAPLLVRTKRGVSLTSFGQAFMKHARLIVTESRRAQEEIGQLRGRWEGHITFAASPAIALAALPLALASFAREFPDVTVNVRDGMYPAVSPQLRDGTLDFALTAAHKHDIDTDLEAQPLYVSDVVIVGQRQHPMANATRLAELQECRWAFSSAPRGPGAIIRNAFARYGLPEPKLGLVCESFLALPGVVAHSDLLTTMPRTLYERNAFKDQLCSIPLQDALPNPTIYVLRRHDLPVTPAAAGLIRWIQHHAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR type regulator of tsaMBCD
molecule tags Transcription regulator
source organism Comamonas testosteroni
total genus 95
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fxqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA03
2FEZA 3ECRA 1WVJA 3OSQA 1Y1MA 1H45A 5I59A 3EETA 2Q8JA 4YICA 4G4PA 1FQBA 2ELHA 3GBAA 1ZGAA 2A6HF 2EFPA 3CTAA 4HW0A 1FSHA 3O9PA 3OO9A 4C1UA 3DEUA 5DD4A 2E1SA 4O3BA 4NWDA 1O3TA 4Q8RA 3A3CA 3FVNA 3G7WA 5E1WA 4F1VA 4G7ZF 2F7BA 2XXIA 3PPOA 2HAVA 1RUNA 2XXRA 1MXZA 5AA1A 4RY1A 4F7ZA 2ZFWA 3OXNA 3TCGA 2Y7RA 1HXDA 3SHFA 2ZJ2A 1RYOA 2MH2A 3G73A 4M1VA 5HS9A 3HOTA 3PPRA 1B32A 3LSWA 4ISUA 4YFNF 5TPAB 3COAC 1Z91A 5CBSA 4I62A 3TPAA 4ETSA 1X3UA 3HUGA 1R22A 5DTBA 2M1BA 1AOYA 4GYGA 1Z6TA 1U5TB 3IKTA 1O3RA 2DYXA 3GWZA 4IGTA 2F5EA 3WGHA 2ZCWA 1B2HA 1US5A 3KGCA 5I57B 1B46A 3O66A 1WWXA 3UA8A 3FMSA 2M8CA 2VBZA 2HEUA 3THIA 3S9LC 1R7JA 2HYGD 4U1OA 3G3IA 3K6UA 3L9FA 2ZKZA 4H6DA 3CRBA 5ISUA 2RC4A 1AL3A 1RYXA 3R0AA 1Q1KA 1XVYA 2L01A 4IO5A 1SYIA 2G9WA 4IB2A 1MDMA 3HV1A 4R8HA 1R5GA 4GFRA 4U0WA 4EJOA 4EJVA 5AA4B 2QL3A 3IRQA 4KNYA 2X26A 4XKRA 1O57A 1Z05A 2Q0OA 1A99A 1S50A 4F3GA 3C9HA 1BIYA 1POY1 3LR1A 5IKBA 4LK0F 1DOTA 3Q26A 4F18A 5TP9A 4PETA 3IJOB 5DCFA 3BDDA 5TJJA 2F7AA 1I69A 1JVXA 4KI0E 2O6GE 3TTNA 1UIUA 5BUUA 4U0YA 4MLVA 3SERA 3KOSA 1YQAA 4NF6B 4OIOF 3VLVA 1HW2A 1V3FA 3PPNA 2XVCA 4H67A 3MC2A 4BAYA 2JPBA 2IPQX 3WG9A 2OD5A 1MY1A 3L2CA 4R6YA 1USYH 3R61A 2QS2A 3VFJA 3PUZE 4L5IA 1H43A 3TQLA 1YW8A 4RPNA 1W5TA 2CWEA 1UB9A 1WODA 1K78A 5DVJA 3IO6A 3QUFA 2J5OA 4JQFA 1OPCA 5L9OA 4AWXB 2DSFA 4K3FA 3T5XA 3FIRA 4A6EA 2GHBA 4OIRF 4A2UA 2GAUA 4L0ZB 4UV9A 3KLNA 4DXBA 1EV7A 3JTHA 3EYIA 1MJ9A 4ELQA 2NXOA 3GLXA 1FT9A 3SZTA 5HDKA 3HSFA 3BKIB 3WE2A 4Q0CA 3SEUA 5BWJA 1YFHA 4YU0A 4HLYA 1DUXC 2JTVA 1PEBA 5FB2A 2QYOA 3PUWE 3DP6A 2R7FA 4WKMA 2CG4A 2F6PA 2HTSA 4G68C 4Z0IA 1BI3A 4ELPA 2HS5A 3O6BB 2FA5A 2JRTA 4LLLA 1JE8A 2HR3A 4G7HF 2XX8A 3CO7C 3M8EA 1R1VA 2IVMA 1N84A 2O6AA 1HKQA 1MD0A 2RINA 2QRYA 3V8LA 2L3DA 4YG2F 3DLNA 1XHYA 3F8FA 2BV6A 4U2RA 1FBUA 4BHPA 1UTHA 1BLFA 1JVYA 3CFZA 3E13X 4BDOA 4L9JA 1DPEA 3TO7A 4EM1A 1R1UA 3TYHA 5H8NA 2ESHA 4U22A 2KJCA 5HVQC 1Q35A 4KPTA 2NUVA 5I56B 1ZRDA 2ISYA 3TDUC 3RTWB 4IY5A 5CYVA 1LJ9A 3PPQA 5AA2B 4WXCA 2NYXA 3BOQA 3F6VA 1MQDA 3Q29A 4OFLA 3TKYA 3FJ7A 3IOWA 2Z33A 4HX7A 3FM3A 3TEPA 3REOA 5ICGA 1SFUA 4EJUA 1USSA 1D9VA 1QBJA 3J7AO 1XGOA 4L5JA 3EQ1A 1T2KA 3SQNA 3V8XB 2PLYA 2P8TA 4N9HA 1FZPB 2QUFA 3HRMA 2DQVA 2OQGA 4I01A 4X48A 2IT0A 1L0OC 3KZYA 2VBXA 2LDUA 3B6TA 3MWMA 1UIVA 2DOJA 1I6QA 3PUVE 1J5YA 2NOOA 4I9DA 1D9YA 3H7MA 4HF2A 1O63A 4ZYGA 3G3JA 4HCYA 2GIVA 2VN2A 1B05A 3IWFA 3USDA 3O6IA 5LRRA 4EGZA 2HEOA 2K4JA 4FHTA 2Z23A 2LNBA 4PFWA 3RYRA 2A5TA 2REGA 3TKDA 4THIA 1BC8C 2RN7A 2H6CA 3HHGA 4TOZA 2XGXA 3ROUA 1OYWA 2HQ0A 5E8IA 1ON2A 2GH9A 3KJTA 2DU9A 3V7CA 3FXQA 4HDUA 1CE2A 3GEZA 4IHSA 1SD3A 3U8QA 2ZXJA 4O5VA 1SD4A 3VVEA 4R9FA 4QSEA 3R7XA 4EF1A 2ALUA 4G7OF 1P1WA 4IGRA 3T9XB 3WTZA 4KMUX 2KIFA 4HTGA 4R72A 1CF7B 5D4SA 5FHNA 4M73A 1YTYA 4EXKA 1UCRA 1T38A 3A09A 1R1NA 3QOPA 2YPNA 5E20A 1PB9A 1JW1A 2HKOA 2Q88A 3SEXA 3F23A 5EHSA 3Q9VA 5CMCA 2PQ8A 2C6YA 2V1DA 1NKXA 5CMBA 1OYIA 3O6HA 3GYHX 2H94A 1AMFA 3FMQA 1XCBA 1FQAA 3TO9A 2D1HA 1LB2A 4AIKA 3H4ZA 4CGZA 4F19A 3EYYA 2G29A 5TPAA 2FU4A 1MQHA 3DV8A 2DP8A 2FXAA 3P7NA 3L6HA 1OQHA 1LB9A 4A5NA 1PBPA 1KYZA 2XHKA 3KG2A 2EFNA 1U5TA 3MZYA 3FUZA 4GXSB 2DFIA 4BYYA 5FO5A 3VVDA 4XLNF 3DF8A 3TDZC 1GTKA 2VONA 5I57A 4G6DA 3KEQA 2CMOA 3MW0A 4E0WA 3GFJA 4N07A 1QUIA 4GWOA 3IR1A 3ERED 5L3EA 2ZNTA 2F78A 3ABTA 3WTUC 3C32A 4FEBA 2QENA 4GOTA 4FAJA 4RK9A 3GW2A 3U1OA 2Z8DA 4IY6A 5J8FA 5D8KB 5E17F 4OIPF 4RAYA 4JBZA 4NF8B 2F2EA 5FD6A 5I2KA 2RC7A 4QFNA 1XGMA 4WXHA 3K1PA 2CZLA 1ZLKA 4WK8F 2ACJA 2QS3A 5AA4A 3T1BA 1WKMA 3VE1B 2FNAA 2REJA 4C1TA 2GXBA 2EV0A 2AIXA 4L9TA 2QLZA 2NS0A 3F72A 2A6EF 2VBWA 4M74A 3EUHA 1MQIA 2W7YA 1Y20A 2D21A 5CI5A 4GVOA 1FC3A 2Z99A 4NF6A 1IIWA 1OIBA 4ZYDA 2Z5UA 4NTLA 3H92A 5L8DA 4IO4A 4NB5A 4F1YA 3OENA 1O3SA 5LEKA 3TUSA 4EM0B 2EFOA 2A69F 3MVYA 3LSXA 4BDLA 1PB8A 4QFLA 2XD3A 3FZVA 4OMBA 3UN6A 3RPWA 1XT8A 4ZH4F 4G8NA 3K4UA 3IC7A 1SMYF 1B7HA 3DFGA 1U3EM 3JSOA 3QIMA 3G3ZA 3N4MA 2YJPA 5HDNA 2HZKA 4RK2A 2I0BA 3LFKA 1SQYA 3ZS6A 1BIAA 1QULA 2QMXA 2A5YB 4ENKA 2VXZA 1A8EA 4KUMA 4LG0B 2P2AA 2IA2A 2Z3YA 5KVRA 3V4GA 3PQKA 4KIBA 1B6HA 4I02A 2HKXA 5BS6A 4NF4A 5DCMB 3WTYC 4KCCA 4EJTA 4ESXA 1JQFA 2BGCA 3KE2A 5D5VB 1KWHA 3ILUB 3HN0A 2MA3A 3K69A 2DXRA 3H6VA 1USYE 2PX1A 4FX4A 1D8JA 1NH8A 4OERA 3HOSA 2QQ9A 4FJPA 5D5UB 2BE5F 5DT6A 5IT3A 4OWDA 3RJPA 1BI2A 4PQJA 1WDNA 5HDGA 3WTXC 1B9NA 4WXDA 4R2FA 3J80K 3KOTA 1I6AA 1PB7A 5I56A 2EFWA 5E1XA 4H5GA 2PYYA 5H8SA 4R1HA 1K6OA 3E6CC 4Q5TA 1ZHFA 4DDDA 1DMBA 2UXNA 3SEVA 2VBYA 2UWMA 1N7XA 1P1QA 2L4AA 3N94A 5AA2A 1R58A 4XKPA 1JHHA 5DVIA 3E4RA 3BPXA 3RQTA 4A0XA 4H0WA 5FHMA 2NNNA 2K86A 2B3BA 3UK4A 4F1UA 1MDP1 2X7QA 1FYLA 1BJAA 4PCQA 3RPUA 2CW0F 2I3VA 4HV6A 4OFOA 1Y3PA 1SBPA 4YB6A 4AIJA 3LUYA 2GFEA 1ZRCA 5J6XA 2P0SA 1JHFA 2OK2A 1YS7A 4PZJA 4KA4A 1POTA 4RB1A 1XC1A 4MFIA 4ZS9A 2O61A 4RNSA 4IO2A 1S6LA 3VLWA 1GV8A 2XAGA 3PV0E 3E5UA 1T98A 4X9TA 1KQ9A 2P7VB 1RI7A 2EV5A 5DUKA 1RNLA 3LBSA 1ZRFA 4GYIA 4G8MA 1ELJA 5HLHA 1I1GA 2I0CA 1J2XA 4IXAA 5LHGA 4ENJA 4OMYA 5L3FA 1REPC 4UACA 4IO6A 3SXYA 1L3LA 1Y4TA 4EQQA 2RKMA 3RGYA 1G3TA 1YO5C 1B5JA 4ZZAA 4KCDA 3TGNA 3WTWC 3ZN1A 1HKSA 3WTVC 1IF1A 1NNFA 3VDFA 4M71A 2RCAA 4OESA 3RPQA 3IK6B 5D8LB 1F1ZA 1QUJA 3MZ9A 2ZMBA 5DUIA 3W9VA 2QM3A 3QU3A 2W57A 4NMYA 1SD6A 4FIMA 3AAFA 4Q30B 4TLMB 1YAEA 2HAUA 3TELA 4P9FA 4XSXF 2HZLA 2NRAC 4R75A 3WGIA 4KYSA 3V8JA 2XV4S 2P1SA 2Q9TA 4YMAA 3MFKA 2DT5A 4YB5A 3FMRA 4JSDA 2F35A 2KRFA 4YIFA 2W24A 5H8FB 2EA2A 1TTYA 5HLGA 4ZDMA 5L9MA 4RGUA 1FTOA 4H65A 5JR3A 3ZQ7A 1Z9CA 1A8FA 1IQ7A 3RTRA 3K6WA 1J9IA 2FRHA 4FX0A 1QVSA 5ILUA 5CBRA 4GQOA 4L17A 4AB5A 1ZARA 5H20A 4MQVA 3KP6A 1YS6A 3VEPA 4LUBA 3MZBA 4KN4X 3WU1B 3QK6A 2PG4A 4NWCA 3WU0A 1URSA 2DWJA 3OO6A 2LAOA 1YG2A 2O03A 2O0YA 2P4WA 3J80Z 1R9LA 2XXYA 3C1DA 3EHSA 1OR7A 2F97A 3KJ7A 4ONYA 3SESA 5KCJB 4UNOA 3RNNA 2OCUA 1FYMA 1B0HA 3J81Z 3TAJA 3IL2A 5ITOA 2DK8A 1ZU0A 4BHCA 5LGUA 3GBBA 4MHGA 4A6DA 4GIZA 3CI8A 4NEDA 1BKAA 2GHAA 2VOZA 5F1RA 2FF4A 1FTJA 1BP5A 3OEKA 3LAJA 2PBWA 2FBHA 3IO4A 1SW2A 3IB2A 3LSLA 1PDNC 3JAMK 1KU3A 4A5MA 2XXWA 3DQVC 1B7ZA 2AXLA 4GD5A 4HLXA 5BOXA 4XTCQ 4KT5C 1N3WA 3T8RA 4I09A 3U2RA 1SI1A 2A07F 4QHQA 3RN8A 4EDPA 2QSXA 1TW3A 3CSGA 4P11A 3PUXE 2L4MA 1R1TA 1XN7A 5ICTA 2YR2A 1FTMA 3FV2A 4HF0A 3BFUA 3N97A 1N04A 3BJOA 2PMSA 3I53A 3ML6A 4OU0A 2B3FA 1Z7NE 4EQ7A 5A5XA 2QS1A 4QF9A 1PUEE 5ICQA 4N9IA 4N13A 5EEHA 1W5SA 4TV7A 1IRGA 1FCKA 1YW9A 1I1SA 4WF2A 2O84X 3OOAA 3T93B 1D3YA 3I3VA 1VTNC 4RA1A 1T0FA 4ASNA 1KGSA 3IX1A 1ZBMA 3F3XA 5CVIA 2Q2EA 4BDQA 2F8DA 3VFZA 2QZ8A 4M6YA 1US4A 4PFTA 5H8HB 1LDDA 3GO5A 2PMUA 4OENA 1SMTA 4DZ1A 3I71A 4HQMA 4S05A 1A7LA 3LA2A 3QAXA 1J75A 1W4MA 3CSBA 1ODDA 2IEEA 4Q48A 4WXJA 4CO8A 1LB8A 3QPTA 3DP8A 4U4XA 3CUQB 5CVJA 3KLOA 3G3HA 2UZKA 3I0TA 1NH7A 3FV1A 3NRVA 4LG0A 1YYVA 3KP7A 5FLXK 2VD3A 4OETA 3MAMA 3WAFA 4XKNA 1LFHA 3WGGA 3VVFA 4OYVA 1UTBB 4LFUA 3PUYE 2YU3A 4ELOA 5DCMA 5ICFA 3G3FA 5CRYA 2G7HA 3SFZA 5FGMA 2STTA 2ZNSA 4R6HA 2KJBA 1IXRC 3N26A 2DW4A 2FQ3A 3KZZA 5L3GA 4UXNA 4LZ5A 3TMGA 1DPPA 1IRFA 1TQMA 4WCGA 4AIHA 2D3IA 4I7HA 4ENNA 1IXHA 2DWAA 2FMLA 1E2XA 1LGBC 3TOBA 1A55A 3RKXA 1B7UA 1Y3NA 2DO7A 2HDCA 5I84A 4BDMA 2LSOA 3KP3A 2VE9A 3Q27A 4JWYA 4HDVA 1PDAA 4ON0A 3KN3A 5LHIA 3GFIA 4LZ8A 4B8XA 3ZKKA 2CYYA 3F22A 3HIFA 4IF4A 2Z8EA 2AL4A 3M8UA 3F21A 1R23A 4DQ2A 2V3UA 5EYFA 4LONB 3MP8A 1XDSA 2RV8A 4LATA 4BDNA 1MKMA 4ZECA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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