3FXQ | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	MLKLQTLQALICIEEVGSLRAAAQLLHLSQPALSAAIQQLEDELKAPLLVRTKRGVSLTSFGQAFMKHARLIVTESRRAQEEIGQLRGRWEGHITFAASPAIALAALPLALASFAREFPDVTVNVRDGMYPAVSPQLRDGTLDFALTAAHKHDIDTDLEAQPLYVSDVVIVGQRQHPMANATRLAELQECRWAFSSAPRGPGAIIRNAFARYGLPEPKLGLVCESFLALPGVVAHSDLLTTMPRTLYERNAFKDQLCSIPLQDALPNPTIYVLRRHDLPVTPAAAGLIRWIQHHAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold pubmed doi rcsb
molecule tags	Transcription regulator
source organism	Comamonas testosteroni
molecule keywords	LysR type regulator of tsaMBCD
total genus	95
structure length	296
sequence length	296
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-01-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00126	HTH_1	Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A	PF03466	LysR_substrate	LysR substrate binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	3fxqA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3fxqA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3fxqA03

3HHFA 2W7YA 4AD9A 2K27A 3IORA 1MXXA 1KQ0A 1T38A 4IO7A 1BC7C 1HSJA 1TWYA 4L5IA 4KQPA 2H4IA 3I54A 1DPUA 3SERA 3F6VA 2A61A 5ITPA 1P4XA 1P1UA 3KETA 3I64A 1XT8A 2ZYMA 3SEVA 5KVRA 5FFXA 1Z05A 1MQIA 3H3UA 2QS3A 1MXZA 3E6CC 1MPBA 2G29A 3W6KB 2DT5A 3T1BA 3IWFA 4LGWA 3V7RA 4NF4B 3M3KA 3J7AO 1SMYF 4RGUA 1B0HA 1FTMA 3IJOB 1LVAA 3RI4A 2STWA 3O66A 5HS7A 2DPDA 4KD5A 2HYGD 3CLOA 2FMLA 1URDA 3M3LA 4YKJA 1GXPA 4U88A 2HKOA 2KJCA 3THIA 4GOTA 1KU7A 2X7QA 5FD6A 3GFJA 4HA8A 1LFGA 1ZREA 5LHHA 1FQCA 2CZLA 1MDMA 3K6WA 4EV0A 2HDCA 5CMMA 1P2FA 4YZZA 3GBAA 4F1YA 5J6XA 1D8JA 3E6MA 4JBAA 2XVCA 4U7DA 1MY4A 4FEDA 1ANFA 2PLYA 1NFTA 2IA0A 1O7FA 5LHIA 2H5YA 2XHDA 3AXFA 4HF0A 4CO8A 3MCZA 4GXOA 3MVZA 2BBYA 3FVNA 2XAFA 4BH9A 1RZ4A 4OIOF 3KZZA 1ZGJA 5ICGA 4EF1A 2Y75A 2DWAA 4EQQA 3LAJA 3KJTA 4R9FA 1MQJA 3S4UA 2XRNA 1W4MA 3KFWX 5L8DA 4EQ9A 4OOIA 1SD6A 2EV0A 4DCXA 2DFIA 3RTRA 1MPDA 3GLBA 2ISZA 4OZ9A 2R7FA 4BDOA 1RUNA 1MQGA 5KCJA 4MEYF 3FMRA 5DTBA 4LB6B 4GFRA 5LRRA 4GXSB 3E13X 4PP0A 1NNKA 3D0SA 4BHCA 5H8FB 1SD5A 1R1TA 3Q25A 1FPQA 2OZUA 3I4PA 4LG0B 3PFIA 2QRYA 2P2AA 3KN3A 4DXUA 1QO0D 1BBYA 4IHTA 3P7IA 2V1DA 2E7WA 4WEDA 2MA3A 1IXIA 1OYWA 1WRJA 3F8NA 5LHGA 4XKNA 3O6BB 3BOQA 1YTVA 2E1SA 2E1NA 1HW5A 3RGYA 4B09A 5CVUA 1G4DA 2OU2A 4N9HA 2CSOA 4HX4A 4KICA 5DD4A 1KQ8A 2HZKA 2F6PA 2ELHA 2W85A 5FTIA 2KLFA 3GZ6A 3G3IA 1IN5A 5TU0A 3FX3A 1T6SA 3F8FA 1DPPA 1MJ9A 3MW0A 3D4GA 3DP7A 1BI3A 2M30A 4EJUA 3GFIA 1FTOA 5E1ZB 5L9OA 2FA7A 2R3SA 4KUMA 1BI2A 1K6OA 4LQ5A 4DDDA 1MQDA 3K2DA 5HLHA 4ZYEA 1ZYRF 4QFNA 4FX4A 2Y7IA 5FTHA 1MM7A 3NEUA 1R5GA 4QSCA 3QRFF 3PPQA 3I71A 1XGSA 3MZYA 2R9JA 5IT9K 3LSXA 1WQ2A 4HDVA 4YFKF 2JPCA 2OWTA 1ODDA 3D5LA 4CHUA 2EFQA 1Y1ZA 4G8NA 4ZEBA 3CFLA 4DIGA 1O3RA 2YX4A 3Q28A 2RC9A 1DOTA 3EETA 3ZMSA 4I0BA 4UVCA 2IEEA 4L9JA 5HLIA 1PBPA 1Q1HA 3DP4A 4OYVA 3S2VA 4LQ2A 3GX4X 2I4BA 1FYMA 1I1SA 4R73A 3WTVC 5BS6A 4F29A 2FYIA 1B1BA 5AA2A 1R1NA 2V1XA 1MD0A 3W9WA 3VODA 1ZLJA 4OMZA 1D8KA 3GYHX 3MC2A 4JWOA 5K2YA 3P7NA 5H8HA 3L00A 1R9QA 1LEBA 5J8CA 3A3CA 4IB2A 1BLFA 4HW8A 1WSUA 1BN5A 3RNNA 5D6EA 5L9SA 3IB0A 3N6TA 1DTGA 3HOTA 4FEBA 1JGSA 2CO5A 4IJAA 1YS7A 3BJAA 4M9SA 4MQ9F 2GXBA 4XRFA 1G6NA 2HCAA 3RPWA 2DE4A 5DDGA 4R6YA 3U2RA 2A6HF 5IKBA 4MF3A 1LDDA 4MLVA 2G7HA 3MVYA 4A6DA 1JHFA 3SESA 3KSJA 4HS7A 3H3GA 3DLNA 5DEXA 5AA4A 4ENMA 1Y1MA 5F7VA 3MZ1A 2XXUA 1GGGA 2QZ8A 4PFWA 4Q8RA 2EA4A 1B5HA 1A7LA 4DZ1A 1MDMB 2HZLA 3OENA 5CVRA 1D9YA 1FQEA 3B6WA 5LGUA 2EV6A 3CVGA 5HM4B 1ONVA 2XXHA 1YQAA 4EUOA 4LMYA 3CIJA 4EQBA 3J81Z 3K1MA 3IK6B 3GZ5A 4MNUA 4RXLA 1WI9A 3FXQA 1Z91A 1IXSB 1XD7A 3V8JA 3BPVA 1FYKA 2I3VA 2FEZA 5E20A 5J1DA 4N9IA 2A5YB 4X1BA 1L0OC 3E6DA 4LVQA 1FTKA 2A5TA 4NWDA 3HN0A 1XMKA 3WAEA 3E6BA 5KCJB 4Y17A 3MPLA 2DWJA 1ULYA 3DELB 2Z99A 5I2NA 2XD2A 2ZMEA 4YICA 3CSBA 3CFZA 1AH5A 3MP6A 4YMBA 3V83A 2YU3A 3T5XA 2Z5UA 4XBFA 1TXFA 3M8FA 2H6CA 4LZ7A 1R5HA 4MHGA 3D4CA 4X1DA 1EZPA 2IT0A 1XMAA 5BQTA 1NH8A 2ZJ2A 3QUJA 5DUKA 2E0SA 1F4KA 1H3DA 2DOJA 2Q2CA 1KU2A 4KFCA 1O63A 3JSPA 3QAXA 4U0WA 3MPKA 3R4KA 2HKXA 3ONMA 1AWCA 3CG1A 4QFPA 3TOAA 4WK8F 1M5DA 4U21A 4YFNF 1DDNA 2Y7KA 1DUXC 2ALUA 4G94A 3K4UA 3GUDA 4M9ZA 2PMHA 3TELA 3BFUA 5D5XB 2O8XA 3MWBA 1R1UA 2P6SA 3M1EA 1DP7P 1J5YA 2IW5A 2XIGA 1FC3A 4LLGF 4G7OF 3QU6A 2HS5A 2PBIA 4MEXF 3COAC 1FQDA 2JSCA 1ZGAA 2PT1A 3OSQA 2DQVA 3K69A 3UORA 5ICFA 1QUKA 3JW4A 4GGGA 5F64A 1AMFA 5HOOA 3F21A 3USDA 1FZPB 1N84A 3A09A 4GWOA 1MM6A 5D8KB 3IRRA 2ZNZA 4E0XA 4Z7EA 4H67A 4ESBA 1UB9A 3SZTA 4TV7A 3WTZA 2P4WA 3EN3A 3JTGA 4EXKA 5ILUA 4LK1F 4ETSA 2STTA 2EFPA 3U72A 1JEUA 1T0FA 2V93A 1KU3A 2H94A 2QS1A 2KIUA 3GBBA 4JSOA 3WGGA 1A8FA 1D3KA 3GVAA 5AA2B 4LLLA 2GWRA 4Q48A 2TDXA 2VONA 3KG2A 1IUYA 3F23A 3H6WA 5H8HB 5FHMA 3U1OA 1GXQA 3O6HA 3ERED 3HHGA 1MGTA 3GLXA 5FD5A 3PMXA 3PPNA 1EH7A 1W7PA 1IUDA 2PVUA 2J5OA 5L3BA 4MLQA 3T9XB 4BAYA 5AA2D 2VE8A 4M72A 4D0PA 3KEQA 3TQWA 3E9XA 4ZE8A 3SFZA 3EYIA 4OINF 3ULQB 1FQFA 3HRUA 3U1DA 4JK1X 3HSFA 4I01A 1B6HA 1H45A 4THIA 3KE2A 2XX8A 1IIWA 2NRAC 4F39A 3IOVA 2KRFA 2RN7A 1YW7A 5DEXB 3CO7C 5AA4B 2ZYOA 4GIZA 4H8JA 2F7AA 1BJAA 4XIGQ 1F9BA 5H6RA 2O6AA 3CR9A 1ZIUA 4PGGA 4UXNA 4OERA 2OQGA 2P5LC 2GAUA 1AL3A 1YW9A 4A0ZA 1KGSA 5E1WA 3L09A 3IO6A 3CJNA 4A0YA 1NH7A 4A2UA 1FTLA 2O51A 1PUEE 4WCGA 2RNJA 2OAZA 4KPTA 2F6GA 1T39A 3LAPA 4UACA 4G77A 5EEGA 1YS6A 1FBQA 2NUVA 3VVEA 1MJBA 1U5TC 3ZP5A 4RPNA 1BI0A 3MBPA 2QMXA 2Z22A 1T98A 5FLXZ 1RYXA 3WG9A 3PQKA 1USYH 2A5TB 3WAFA 3S9LC 1XHYA 3V7SA 4R6HA 2QENA 2F34A 2IP2A 5I2NB 1LQ1A 2XXWA 4G68C 2ZMEB 1Z6TA 2VBZA 1H0MA 1CE2A 3MWMA 3FHZA 4MTEA 2DWHA 1QNTA 1B3HA 2XKOA 3N4MA 1MQHA 1OVTA 1N3XA 3G3KA 3JYRA 2H25A 2GQQA 2R6GE 3WU1B 3O28A 1YFHA 3LA7A 4GRKA 5K5QA 1DSNA 3WTYC 4A0XA 1FX7A 5I84A 2X4HA 5DV5A 4OVJA 2AS5F 3KP7A 4QFKA 1EH8A 4ENNA 1LDJA 3DQVC 3HOSA 1ZG5A 1QW0A 2VBWA 3VVDA 4QHQA 1SW1A 5ICQA 4IVNA 2I3WA 4YKKA 4U1ZA 2ZBKA 1JW5A 2A69F 2I49A 1SI1A 3IOUA 2W57A 2XASA 1Z7NE 2V1UA 5D8LB 2G93A 5LLQA 3B73A 1LCFA 3UP9A 4OMYA 4PQJA 1K79A 3NQOA 1B3GA 2OBGA 1UCRA 4Q0CA 4I62A 2HQRA 2UVHA 1I27A 5D5WB 4LJZF 4EDPA 3MAMA 4H5FA 5D6FA 1REPC 4QRZA 3ML6A 4FJPA 3JV9A 4YG2F 3LFKA 1U2WA 2DK5A 1NNPA 4RYAA 2H9BA 4YFXF 5LEJA 3JSOA 1B4HA 1W5TA 2VE9A 1LDKB 1N3WA 3O3KA 4GL8A 4DNCA 3UGWA 3MZ9A 3PV0E 2F8DA 1UTHA 4Q30B 3KZGA 1HKTA 4BNCA 2EA2A 2QJEA 2GFEA 3LSWA 3S9EA 2DS9A 3GFLA 4FT8A 2HR3A 3Q26A 3KEIA 5ITOA 5CVIA 5ICCA 1ZMGA 2L4MA 1KWHA 5CMBA 2Y0MA 3QPTA 5ICTA 1FW0A 1QKAA 2F5DA 5H8SA 1QQIA 3IX1A 1NMUA 2PJPA 1H43A 4ZE9A 4AWXB 4R9GA 4EVIA 2OK2A 1M5FA 3CSGA 4H0WA 2Z8DA 3K02A 1TLHB 1OLCA 2FNCA 4NTLA 5HDGA 2Y84A 4EJTA 1A8EA 1WODA 1B51A 3LUYA 3IWZA 2XXXA 5TPAB 3RDIA 2HFHA 2QVOA 1B0LA 3KFMA 1G3YA 1QZZA 2M87A 1XVXA 4U23A 3HUGA 4XLPF 5DVFA 4L17A 4C0RA 4NHJA 1W7PD 1WWXA 1OIBA 3CRBA 3BY6A 2PX1A 1XC1A 4K2EA 2LSOA 5CBSA 1XSXA 5DEQA 3VOEA 5AE4A 3O2AA 3IAZA 4HF1A 1R9LA 4YB6A 3CO6C 2NXOA 4AIJA 4QSEA 3LA2A 2VOZA 2W25A 2E1CA 1LSTA 1B7ZA 2XKPA 3TTKA 2PBWA 2ONSA 2ZCWA 4HV5A 2IA2A 3DM0A 2Y7WA 1ZRCA 4BDMA 4Y13A 2A5SA 3ECRA 4EJOA 3MZBA 4N6PA 4MGRA 1ZLKA 3HSTA 4HF2A 2Q8JA 1ZBMA 1P6RA 4U4XA 5LOMA 2MBFA 3H92A 4EJVA 4HV6A 5DUIA 2Y48A 3CUQA 4U7BA 2I4CA 1OMIA 4O3BA 3QUFA 1D4NA 2ESNA 3VXCA 4HX7A 4H5GA 4NF5A 2M5WA 2XAHA 2PFBA 4OETA 1LAXA 4IY6A 4IY5A 4TQUQ 2D21A 5CM6A 4XKQA 4I09A 3SHFA 2BV6A 3ILTB 3R0AA 3MQ0A 1JW4A 4QFLA 5HVQC 1DPRA 1XGOA 2R71A 1B1HA 1KU9A 1IN8A 2FMYA 1YTYA 5E8GA 3QYTA 3KLNA 2XXTA 1V3FA 5HS8A 4ZZDA 4RB3C 4Q5SF 3FUZA 4ND9A 4U22A 3ILUB 1I69A 4KYEA 3OELA 5D4SA 3K0LA 3M8UA 4YMAA 3OO9A 2WC2A 2DQRA 4EGYA 1EV7A 1N0TA 2XX9A 3QSLA 2P7CB 1FP2A 1O7LA 4ECFA 1FYLA 1IXCA 3MP8A 1S7YA 1JQFA 1B3FA 2HEUA 1QBJA 4IO3A 3HRTA 2B3FA 1Z1DA 1US5A 3KOTA 3R6UA 5DYHA 4IGRA 4WXCA 1TNSA 2L01A 4N13A 4PETA 4KA4A 1J0RA 4QWQA 1OR7A 2DXRA 2RKMA 5TJJA 4JDFA 3PMVA 1LAFE 1IN6A 1SFXA 1WKMA 2DK8A 2GXGA 3TGNA 4ZZAA 4WF2A 5K5OA 4G8MA 2GIVA 1A54A 3LSLA 1X3UA 2QBYA 2THIA 4EXLA 1B59A 3J81K 4FIMA 1TW2A 1Y0UA 1G3WA 1LGBC 4R79A 4AIKA 4G7HF 1YIOA 3OOAA 3BWGA 3V4GA 3WE3A 2PMSA 2NS0A 3QOPA 1KQ9A 4AB5A 4EM2A 2YSRA 4FORA 3KJ7A 4LONB 3KEOA 2X0LA 5HS9A 1UTHB 1HKQA 4G7ZF 5KDTA 3ZPLA 5BMZA 4GQOA 4OTEA 4H6DA 4GO1A 3JZJA 3OEMA 4WXDA 4DCYA 2QPQA 1H9GA 1MY1A 3KSXA 2F7CA 5FFZA 3K6UA 2HQNA 4FE8A 5L3DA 3G3HA 3LBSA 4HW0A 1SYIA 4R74A 3A3UA 3VVFA 4I1DA 2LF7A 2KJBA 2M8EA 4CXFA 3T22A 4OU0A 1VSOA 4IO6A 4L9NA 1JW1A 2Z8FA 1MXUA 2XUBA 4LZ5A 5AIQA 3W15C 2QMWA 4IRIA 3FMSA 1YLFA 3LA3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3FXQA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations