3FXQA

Crystal structure of the lysr-type transcriptional regulator tsar
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
MLKLQTLQALICIEEVGSLRAAAQLLHLSQPALSAAIQQLEDELKAPLLVRTKRGVSLTSFGQAFMKHARLIVTESRRAQEEIGQLRGRWEGHITFAASPAIALAALPLALASFAREFPDVTVNVRDGMYPAVSPQLRDGTLDFALTAAHKHDIDTDLEAQPLYVSDVVIVGQRQHPMANATRLAELQECRWAFSSAPRGPGAIIRNAFARYGLPEPKLGLVCESFLALPGVVAHSDLLTTMPRTLYERNAFKDQLCSIPLQDALPNPTIYVLRRHDLPVTPAAAGLIRWIQHHAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR type regulator of tsaMBCD
molecule tags Transcription regulator
source organism Comamonas testosteroni
total genus 95
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fxqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA03
4WWCA 4ZEFA 3DPTA 3KCCA 3WGHA 4WXJA 1GVJA 1GGGA 5CM6A 2EFNA 5I58B 3IOTA 1OVTA 1BP5A 3W6JB 2E1SA 3M8EA 1R7JA 3O29A 4F3BA 4K2EA 3UIFA 2E1CA 2FNPA 3IJOB 2C6YA 4NTLA 4LLGF 2JZYA 5L3DA 3P9KA 5DT6A 1MRPA 2DSFA 1R1NA 2RINA 1FPQA 5DYHA 4AQ4A 1RNLA 3IR1A 3GX4X 4OEUA 1QULA 3RUMA 1EH8A 3BWGA 2PT2A 1XGSA 3KP7A 2UVGA 1Y3QA 5HVQC 2P5KA 4XSXF 1HKTA 1USTA 1S6LA 2HS5A 1ZMGA 5H8NA 2XV4S 2QZ8A 1SBPA 3QP5A 4RY1A 4HBLA 2VD2A 3EN3A 3SEXA 4A0XA 4QFOA 1U5TB 1T0FA 4KIBA 3PUVE 1TFAA 2OWTA 1PP8F 4L0ZB 5A5XB 1DTGA 2GXGA 2HFHA 2MD5A 5LRSA 4R9FA 3MZHA 4ECFA 3RTRA 2YX7A 4ZYEA 4N0BA 4Z0IA 4PFTA 3CUQC 2V93A 3GBAA 4BLAA 2QQAA 2PJPA 3F3XA 1P2FA 3I4PA 1FQFA 2HZKA 4LZ8A 2BBYA 1P6RA 2H9BA 4CYDA 1MG1A 5I57B 1HW1A 3WU0A 1B9JA 3WG9A 2DOJA 3T96B 1SAXA 2DBBA 4B09A 2Y7PA 2HQRA 4PFUA 1R00A 4GXOA 1NNTA 5FFXA 1NFTA 3JV9A 2RC8A 3RY3A 3ZP5A 1YS7A 3QRFF 1OYWA 2O69A 3MC2A 2GA1A 3IAZA 3JTHA 3KN7A 2QMWA 4HS7A 4YB7A 3T9XB 1SFEA 4RYAA 3QU6A 3TGNA 4NF6A 5E1ZB 1LDJA 4H0WA 4M6XA 4UNOA 3CVGA 4OOIA 1PDNC 3KEIA 1Z7NE 1SW1A 3KG2A 2R9JA 2UVJA 3Q26A 3RTFB 4KUMA 1DP7P 4HF2A 4OETA 2RKMA 2D45A 1AMFA 1QUJA 2ALUA 4PGGA 2A61A 3ILUB 2P7CB 1S9TA 4DQ2A 3RIRA 3HO7A 3V8KA 2HCAA 4OMBA 4G68C 3Q9VA 3B6QA 3G3GA 4HTGA 3PPQA 1NH8A 3K2DA 3VVDA 3I5OA 4RB1A 2HGCA 2DK8A 1NNFA 4FEDA 4QFKA 4LGWA 2ZXJA 2RQPA 3G3KA 3ZSFA 3C35A 5JVTA 3H6VA 2IT0A 3WE3A 3ERED 1KQ0A 4ELPA 2NNYA 3LSLA 3I59A 4R72A 2G9WA 1ANFA 1V4RA 1JGSA 2FXAA 1ZN2A 2A5SA 1FSEA 4CICA 4A5NA 3EUHA 4EJVA 5CVRA 4O3AA 2IPQX 1K7AA 2H09A 4E0WA 1ZH5A 3V8LA 1QUIA 1AOYA 3IOWA 1R23A 1G3SA 3E5UA 2ONKE 3ILTB 3PD8A 2O1LA 2PG4A 2KKOA 1DPEA 3IL1B 4NF5A 3UK4A 1FC3A 3LWFA 4Z7EA 5JEIA 4JDFA 1PEBA 4EXLA 1SD3A 3TDUC 2HTSA 1N76A 4NHJA 4U22A 4S04A 4Q4ZF 1K78B 3LFKA 1GV8A 4U23A 1D3YA 3E6MA 2EV5A 4AD9A 4LVQA 5KCJA 3ZKKA 1EH6A 3IB2A 1Z7ME 3O66A 2A68F 1UHMA 2IJLA 1Q1HA 2XAQA 4RB0A 3FZVA 4OFJA 2OZ6A 1G3TA 4L9JA 3OOAA 3VE1B 4O3CA 4M71A 3FM3A 1BIAA 3KZZA 4IVNA 4KT5C 1JEVA 2PQ8A 3RPUA 4M9SA 4RB3C 3VLWA 1YO5C 3VEPA 4YIFA 4HF0A 3G3ZA 4GCVA 4H5GA 5ELVA 3MVWA 3K9TA 1UTHA 3U1OA 1M5BA 4YB5A 1S3JA 1PBPA 2FE3A 3C36A 4HW8A 2V1DA 4CGZA 3SKPA 4Z2YA 3IORA 1IXSB 3I0TA 4IO4A 5K5RA 4I0AA 1POTA 2GFEA 2K4BA 3DM0A 2Z33A 1ZLQA 2RCBA 3BY6A 4M73A 3E6DA 2OD5A 3JAMK 5HBCA 3D5LA 3ZPLA 2DE2A 2K86A 1FTOA 3MAMA 1ODDA 5AA2B 2GHAA 2UXAA 1H9TA 1US5A 1XSVA 3R61A 5TP9B 3O6HA 5I2NA 1OYIA 1LEBA 3U9GA 4U1ZA 5E8GA 3LA3A 4S05A 4IRHA 4LB6B 3T9UA 5ICFA 1MJ9A 5H8SA 4F39A 2W7YA 1B7UA 4U88A 3T9HB 4EJTA 1OYYA 2I6EA 4OTEA 3E6CC 2CGPA 4YICA 4KNYA 4OMYA 4H1XA 2OAZA 3N6TA 1BJAA 3CUQA 3CRBA 1ZIUA 2NAZA 5HPQA 1Y0UA 2Q0OA 3RGYA 1Z91A 2IA4A 1FQCA 4IPAA 3FMSA 3CG1A 1DPUA 4G7OF 4HA8A 5E20A 4A5MA 2F7BA 1J5YA 1MQIA 1NNKA 3U72A 1HSEA 4BHPA 4GVOA 3MZYA 2TDXA 1B3LA 1P4AA 1MY2A 3QXMA 3TQNA 3S9EA 4IGRA 5L3FA 1OQGA 2Y7KA 1OMPA 2ZJ2A 5HLIA 4PETA 3SDFA 1RI7A 5ILUA 1O7LA 1MDQA 1ZRFA 1SDXA 3PGFA 1J1NA 3ZKLA 2PX1A 2BV6A 1P1QA 3O97A 2E1NA 1XB4A 3N94A 5CI5A 5L3CA 2HZLA 1L3LA 1F9NA 2F36A 3N97A 1N3XA 4RGUA 2QLZA 3G7WA 1D9YA 2QBYB 2KLFA 2FSWA 4IHSA 4KD5A 3GZ5A 1I6AA 5L3GA 2QL3A 2Z8EA 4I02A 1HSTA 1ZLJA 4P9UA 3C31A 3FJMA 4NF8A 2D21A 1H44A 2GA2A 1MD0A 1MH4A 3V8XB 1W7PB 3HSRA 2STTA 3R4KA 4H8IA 1H0MA 4IXAA 1LB9A 2AL4A 4N13A 2AYSA 1UFMA 3UN6A 3OENA 3SEVA 1FTKA 2EFPA 2ZYKA 2KIMA 5D4RA 1XGNA 4CDGA 5BPDA 4G68A 4X1DA 3TTLA 4U0YA 3TKDA 1R6ZA 3CSGA 1YG2A 2E0SA 2OCUA 5KK1A 2BE5F 3F21A 5CVVA 2F8DA 2XXVA 4WKMA 1SVXB 2I3VA 2YU3A 4RK2A 3IC7A 2I4CA 1H45A 2DQVA 4JBZA 1OLCA 4NWCA 2P5VA 2X4HA 3D4CA 3HV1A 1UCRA 3VXCA 3F72A 4MF3A 4MEYF 3SQNA 3I64A 1WWXA 5H20A 5IT9K 4CZZA 1MXWA 2STWA 1N0TA 1SI1A 1Z6RA 1D5VA 2ESNA 3HHGA 1JW4A 3KEQA 1R58A 1MPBA 4R6HA 1HKQA 3T93B 4UXNA 2DK5A 2F7AA 2XXQA 4F31B 2V1UA 1NHAA 1Z1DA 3GZGA 5FHMA 1EZ9A 4GFRA 2WC2A 1FBQA 2HKXA 1XC1A 3M8FA 1R5HA 3A3UA 3LAPA 2R6GE 4ZEDA 3ZN1A 3WU1B 3MAJA 5LHHA 1USSA 2MLGA 1Z6TA 4YKIA 2ZMEB 3FIRA 2V6CA 3VOEA 1Y9UA 1YTYA 1UIVA 4QSDA 3WTTC 2M30A 3HUGA 1ZG3A 5DEQA 1TLHB 4EM1A 1MXYA 3I58A 5ICCA 1XSDA 5I56B 4R8HA 1NKXA 4OWDA 2JSCA 2COMA 3FHZA 3EYIA 1H76A 1IN4A 3W9VA 5A2QK 4U1OA 4KA4A 3USDA 2F5XA 2W84A 4HV6A 3J81K 1MH3A 3PV0E 5F7VA 2L54A 3U93A 4F18A 1FQEA 4KDPA 4HLYA 3A09A 4Q48A 1QKAA 2V84A 4YMBA 1FCKA 1IEJA 2ONRA 1BI3A 3TTNA 1D3KA 4ENMA 5TPAA 3T9VA 1ZJLA 2X26A 2XGXA 1XS5A 3WODF 3W6KB 3BPVA 3GZ6A 4OIOF 4OFLA 2DU9A 1TW3A 4RB2C 2L4AA 2HEOA 2XXTA 1AIVA 1R1UA 4ZZLA 2HDCA 4C1TA 1KU2A 1CF7A 3I3VA 1A54A 5DCFA 2DQRA 1I1GA 1MQJA 4G8HA 3HSEA 4LK0F 1QW0A 4EJOA 3Q28A 4BDNA 2QQ9A 5JK4A 3WAEA 1IXCA 2QM3A 3TDZC 1KU9A 3T22A 4ELQA 2BYVE 2MA3A 5A2QZ 1B32A 5FD6A 3J81Z 4ESFA 2F34A 4PFYA 3L7WA 2DWJA 2ZYMA 2K27A 4M4GA 3W15C 4WXCA 3IOVA 1BI1A 2XHDA 4PP0A 5AIPA 2XROA 1MPCA 3GWZA 1PBQA 3EYYA 3REOA 2QSXA 2XXYA 1FNNA 2ANJA 1T98A 3BROA 3E13X 2VC1A 2KJBA 2ZNZA 1KU3A 6PAXA 1Y4CA 4O5VA 1EZOA 3WTZA 3ZMSA 1LLSA 1TQIA 2REGA 3MVXA 4EQQA 4XKQA 4RAZA 2OWSA 3QPTA 1GVCA 4ENJA 3MUQA 4RPNA 3KZYA 1XSXA 2FOKA 4GO1A 4RXLA 2Y7IA 1B6AA 1DMBA 3QUJA 3FVNA 1FTLA 2P5LC 1WVJA 1EH7A 1TNTA 1MPDA 1SYIA 1IIWA 1Y1ZA 3OEKA 1LDDA 5ICGA 3DELB 4YB6A 4OESA 1IXHA 4GGGA 2HQNA 4JB7A 4XRFA 4F3PA 3J80K 1OLAA 4E70A 3IB0A 4JWXA 2ZBKA 2Q8KA 5D4SA 2PFBA 3DEUA 1Z7UA 2H5YA 5E17F 1KU7A 1G4DA 2OU2A 1SMYF 2FF4A 3ECHA 3RPQA 3KP5A 4FX0A 3MZBA 1B51A 4G4PA 3BJ6A 2XX8A 1A8FA 2I0CA 3WE2A 2H25A 4HQEA 4I1DA 1BC7C 4KMUX 4P0IA 3JSPA 1O7FA 3KN8A 2F5FA 1A99A 4LA9A 4L18B 4I0BA 3FASA 2Z5UA 3K0LA 1MXXA 3MZ1A 4X1BA 4KIGA 5DTBA 4QRZA 2GQQA 1UTBA 1WSUA 1T2KA 1IAWA 2G93A 5K5OA 4P11A 3KSJA 1W5TA 1NH7A 3MWBA 2BJJX 1XGOA 4R2FA 1P1NA 4NF6B 3QYTA 5BMZA 2HOEA 2CSOA 2V79A 1WDNA 3TO7A 2FYIA 5I59B 1DPRA 3TOBA 1KA8A 1SD4A 3H06B 2O0YA 1U5TC 2NRAC 2QWWA 4Q5SF 2YPRA 4YKPA 1Y1MA 4NF4A 5D6FA 5F64A 1HSJA 2D1HA 5B70A 3WTWC 1CE2A 1OPCA 2VHAA 2VE8A 2PN6A 3ULQB 5CYVA 2PVUA 5E1WA 2EFQA 1M5DA 3V7SA 1MQHA 4IHTA 3C4MA 4ZS9A 3M7GA 1Z05A 2MBFA 3KP4A 5ILSA 4GL8A 1B59A 4ESXA 4XKPA 5KVRA 2H6CA 4U0VA 4LUBA 5LHGA 4PE5B 2THIA 3GYHX 4GXSB 1XCBA 1IN8A 2IW5A 3L2CA 3H7MA 3D4GA 2QENA 3FJ7A 2Y48A 1L5TA 3H3UA 3FXUA 1TQMA 4IO5A 2REJA 4C1UA 3T66A 2RV8A 1FTMA 2Y7RA 3BJOA 4ZDMA 2GH9A 4HCWA 1MY1A 3ONMA 3LSXA 3TKYA 5H8QA 4NF5B 3TO9A 1J0RA 2ZYNA 3MPKA 2WWYA 3RPWA 2Y75A 1B1HA 2L01A 1HW2A 2EA2A 3JW4A 3IWFA 3BFUA 3O6IA 5HLHA 3QUFA 4X9TA 1XCVA 5LBQA 2OBPA 2HR3A 2P2AA 5EEGA 4XTCQ 5I2KA 2GZWA 2XVCA 2HTJA 3HTSB 4GLIA 4HLXA 3C1DA 3ZQ7A 4OINF 4LP2B 4KYDA 1FX7A 3F8FA 3VODA 3TMGA 2R7DA 2LAOA 5EYFA 1D9VA 1GXQA 4HCYA 4ISUA 3BZ6A 5JHUA 3MVZA 2VGQA 1XN7A 4EF1A 4EM0B 1B0HA 5DVJA 4IY5A 4ND9A 1ELJA 4QFLA 1UTHB 1J59A 2RCAA 5CVIA 1SD5A 2M8CA 2B0LA 1LAXA 4MGRA 3L00A 4G6DA 4KMFA 3SERA 1GR2A 5ED4A 2IEEA 3N26A 4MEXF 1BM9A 2M8EA 4KFCA 3PQJA 2XAJA 3O6BB 3ZMDA 1B4ZA 3RT8A 5LOMA 4OU0A 2CW0F 1YIOA 1LFGA 4LLLA 3MP8A 2CO5A 2XUBA 1REPC 1BKAA 2NYXA 5HS9A 4WEPA 2HKOA 3RI4A 1ON2A 4YIIA 4UUVA 3K02A 1SW5A 4H6DA 2ZXTA 4H5FA 4HOBA 2VT3A 2DXYA 1DTZA 4P55A 1O63A 2V3UA 2DWIA 3T8TA 4POXA 2O7IA 1F4KA 1JQFA 3R6UA 4N6PA 4EUOA 3RQTA 2XAHA 2VOZA 3E3VA 2BGCA 2KRFA 4Q8RA 1HKSA 3CUQB 4EDPA 5ICQA 3E5XA 3G3JA 4DXCA 2UZKA 4OIQF 4LG0B 4KYEA 5I58A 3K1NA 2PMHA 1YTVA 4G2ZA 3L9FA 2G7UA 5AA2D 1YYVA 1B7ZA 1QVSA 3Q27A 4GXAA 2QQBA 2XKOA 3PMXA 4FX4A 3G3FA 5CMMA 2XXXA 4H67A 3E6BA 2P6TA 2JPCA 2R71A 2ZMBA 1O3SA 1QJMA 1ZARA 2M45A 5J8CA 2Z8FA 4BHCA 4EQBA 1X3UA 3E5QA 5DVIA 1FYMA 3EQLF 2XKPA 3ABTA 1PB7A 3FGSA 3IB1A 2PMUA 3DP7A 3BBRA 2Q2AA 3MQ0A 3V4GA 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