3FXQA

Crystal structure of the lysr-type transcriptional regulator tsar
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
MLKLQTLQALICIEEVGSLRAAAQLLHLSQPALSAAIQQLEDELKAPLLVRTKRGVSLTSFGQAFMKHARLIVTESRRAQEEIGQLRGRWEGHITFAASPAIALAALPLALASFAREFPDVTVNVRDGMYPAVSPQLRDGTLDFALTAAHKHDIDTDLEAQPLYVSDVVIVGQRQHPMANATRLAELQECRWAFSSAPRGPGAIIRNAFARYGLPEPKLGLVCESFLALPGVVAHSDLLTTMPRTLYERNAFKDQLCSIPLQDALPNPTIYVLRRHDLPVTPAAAGLIRWIQHHAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription regulator
source organism Comamonas testosteroni
molecule keywords LysR type regulator of tsaMBCD
total genus 95
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fxqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA03
4RGSA 3DELB 1X3UA 4BLAA 5CLSA 4U0YA 2QRYA 3UP9A 2RC4A 1NNKA 2YLNA 2XASA 1AIVA 3T8RA 5FHMA 3MJNA 3T22A 2ZNYA 4XLNF 1QW0A 2F7AA 1S7YA 4H0EA 3N4MA 4IPAA 1XD7A 5I58A 2G93A 4GLIA 1B6HA 5L3GA 2A69F 1B1BA 2V1XA 3BJ6A 4ESBA 1IRGA 2I4CA 3EN3A 3GZGA 4QSCA 4X1BA 3SESA 3BKIB 3QYTA 2Q8KA 4P9UA 4LVQA 2GAUA 5JK4A 4BYYA 5HLGA 3RN8A 2RKMA 3ZN1A 4O5VA 2ONRA 1IZ1A 5J6XA 4H6DA 4DCYA 3WG9A 3SQNA 4IRIA 3PMVA 5HDNA 4U7DA 1S50A 3ZKKA 3W9VA 2QS3A 3CSGA 4WEPA 5ICEA 1SI0A 2HOEA 5DD8A 4EM0B 3MZYA 4RB1A 1Z1DA 2YX4A 4ZEBA 1EV7A 3WU1B 1FCKA 2QQAA 4RK9A 4C1TA 2HQNA 3D5LA 4E70A 1A04A 5IT9K 3F6OA 3BBRA 4WEDA 4THIA 2F7BA 5K5QA 4A0XA 2FMLA 4HLYA 1NNPA 3R26A 4NHJA 1LGBC 4ZE8A 3RI4A 1XVYA 4IRHA 3BDDA 1QO0D 3IB1A 4Q30B 3CUOA 3R4KA 1VFDA 1XGOA 4CDGA 2XXRA 1JVYA 1POTA 1HSJA 3T8TA 1B9NA 4LB5A 2QBYA 4QHQA 3ZMSA 1FC3A 1MH3A 1DOTA 4EQ9A 2L01A 2PMHA 4R1HA 4ISUA 5L3EA 4OU0A 3VOEA 3MAJA 2IJLA 1LLSA 1NL5A 4WCGA 1J0RA 1H76A 3IJXB 4NE4A 3U1OA 4IO6A 2MH2A 2ALUA 3U93A 2MH9A 4BH9A 4H1XA 1O3SA 2UYFA 3F72A 1USYH 4JWXA 4YKIA 3DP8A 5TRDA 3BZ6A 1RZ4A 3LFKA 1IAWA 3LSLA 2HEOA 2Z22A 1U5TC 1BN5A 4YIFA 4O3CA 4F3PA 2XD2A 3E6CC 5HDKA 5AA2D 4ZYGA 2ZKZA 1QPMA 3DEUA 2F36A 4A6EA 3LSTA 3FUZA 4M74A 2A6HF 3FJGA 4LB6B 2AL4A 3QXMA 3QK6A 3UGWA 1P4XA 3F3XA 5DEXA 3MZHA 4ECFA 4RJZA 4ZYDA 4Q0CA 1QUKA 2CZLA 3QU6A 4OIRF 3FXRA 3ZMTA 5AA2A 3K00A 2LSOA 4OQOA 3U72A 3FGSA 2DO7A 3LA3A 5H20A 4NMYA 4IO4A 4F3GA 4FORA 1B4HA 3TZAA 3ECHA 3QAHA 4M9SA 2L3DA 3JV9A 1CF7B 2HAVA 4TV7A 3ULQB 1MQGA 4IO7A 3W9WA 1YG2A 2Q2EA 3SEWA 2D3IA 3PUYE 3TCHA 1USSA 1LB2A 3RKYA 1GXQA 5K5RA 1R23A 5BWJA 4FE8A 4FEBA 1Y1MA 4N13A 3H6VA 2G9WA 4RAZA 4AWXB 3G3JA 3C34A 2Y48A 1UIUA 3V7RA 4HYEA 2NWJA 4F22A 4O3AA 3KOTA 4OWDA 4IHSA 1TT1A 1SD7A 2DWHA 2Z3YA 1IUDA 1QNTA 5DYMA 2W84A 2UVGA 2K4JA 3HYIA 3DKWA 4PGHA 1B52A 3UORA 1MJBA 3M8EA 1MM6A 3THIA 4MQVA 3IK6B 5LHHA 3H06B 4RY1A 3V8JA 3VVDA 2H94A 3HUGA 5ICGA 2XRNA 2WC2A 1DUXC 2C6YA 1MXYA 4IRGA 1E17A 1J1NA 1TBXA 4RGXA 1KGSA 4M4GA 1B32A 1L0OC 4R72A 4ZZAA 4IB2A 3KP6A 3O3KA 3K2ZA 2OA4A 3TO7A 3V83A 4Q8RA 4BQAA 3F8NA 1W7PD 4EQ7A 2Y7WA 1UTBB 3ABTA 1FWZA 5HS8A 4A12A 3Q9SA 3K0VA 2IRFG 1FTOA 3K6WA 1F4KA 4ZZLA 2F78A 1SMYF 1B3FA 3MVYA 3TODA 2H6BA 1YO5C 3BFTA 3HSFA 4EJTA 3FV1A 4YB5A 4IY6A 1A8FA 1W7PA 5HBCA 4CICA 1P4AA 1NMUA 3TTLA 3H6TA 2QMWA 5E8IA 1BIAA 4U4SA 2R71A 1B7ZA 3CVGA 1ON1A 1UHMA 4OFOA 5K1YA 4E0WA 2FE3A 4KR5A 2HKOA 3TOAA 5L8DA 3WAFA 5AA4B 2BV6A 1C0WA 3N6TA 4G2ZA 3VLVA 3FVKA 3L00A 2FU4A 4OZ9A 2K7LA 4QWQA 3CDHA 1F5TA 2R9JA 1A54A 3HSEA 4IVNA 3H3UA 2GA1A 5HVQC 3EHSA 2MLKA 2Z5UA 3PU5A 2A5SA 3C9HA 2ISYA 1MM7A 4O3BA 2RF1A 1B2HA 4H5FA 1TNTA 4BHBA 4MTDA 2VE9A 5ELVA 2GQQA 2KIMA 1MQJA 2VBXA 4Q48A 3ZQ7A 3GO5A 4GL8A 3QRFF 1IN8A 1P4WA 3D4CA 2L54A 1ELJA 3OEMA 3DPLC 3QIMA 3G3FA 5CRYA 3IKTA 3VFZA 2M8EA 4YG2F 2GZWA 1I1GA 4A5NA 1II5A 4LLGF 3RGYA 3H03A 4R6YA 1HW5A 3NQOA 2QJEA 4U1OA 3ZS6A 2I6EA 3CLOA 4EJWA 1VSOA 3E13X 1L5TA 2ZYMA 5EYFA 2VODA 1D4NA 4MLQA 4ELOA 1P1WA 2D1VA 2LAOA 3FD3A 3K1NA 5CVJA 3CUQA 5D5WB 2OJTA 3Q25A 1P6RA 2Z99A 2KKOA 1WWXA 1AMFA 3V7SA 1XB4A 1QVSA 2OK2A 4BNCA 1XDSA 2KIUA 2J5OA 3E4RA 5ICQA 1TW2A 4L17A 1KU2A 2EV6A 5AIPA 1FYMA 3ZMDA 4IY5A 1MJ9A 5DCMA 3TCFA 3LBSA 5EHMA 3UK4A 4ONYA 4IHTA 1FSHA 3U94A 1W5TA 1RI7A 3ZP5A 1BLFA 1QKAA 1GXPA 2V1DA 4RGUA 4LP2B 4CHUA 4G8HA 1XT8A 1QBJA 3ZMVA 4G7ZF 3OO8A 1OQHA 2PLYA 1US5A 1LDDA 4OENA 3M3KA 1P1OA 4TQUQ 3IOVA 1MZBA 1MDP1 1M5CA 4YKKA 3BOQA 1QULA 4NEDA 3P7IA 2UVJA 2HR3A 2XAHA 1G4DA 4I7HA 3T1BA 1ZGJA 1MGTA 5H8FA 4PFWA 4KNYA 5DCFA 1O7LA 5DEQA 1ZHFA 1LBCA 2HFBA 4PCQA 1AL3A 2O61A 2D5WA 2QVOA 3KLNA 2DK5A 2GFEA 2DQVA 2A68F 3J80K 5H8HA 4R9FA 5AIQA 1SFXA 3T0YA 1B3EA 2REJA 4FECA 1TWYA 4P96A 3BP8A 4PQJA 3FV2A 1PEBA 4QFKA 4DQ2A 4DXCA 2IA1A 1YW8A 2OBPA 3ZMZA 4EV0A 1T2KA 5LBQA 1SMTA 3IL1B 1G3TA 1LVAA 5IKBA 4G7HF 2GHBA 4JXIA 4XKQA 4N07A 1R7JA 4UV9A 3KBRA 1O57A 4U23A 4RK2A 2F8DA 1GR2A 3T96B 5KK1A 3WE3A 3ERED 4WWCA 1SFEA 3I59A 4QFNA 1IXCA 1I69A 2HQRA 2M8CA 1VFEA 2F5DA 2KJBA 1NKXA 4DZ1A 2FSWA 2NUVA 3FM3A 2W25A 2RN7A 3DPTA 5L3BA 1IN6A 1UB9A 1A7LA 3S2WA 2DI3A 1ZH5A 3G3HA 5FLXK 1MQHA 4MF3A 4HA8A 1IN5A 3S2VA 4G68B 3IL2A 3E5QA 5IAIA 1N7WA 2D2WA 4DCXA 2VE8A 1Y1ZA 5D5UB 4KA4A 1QUIA 4EF2A 3MVWA 1U3EM 3MEXA 2LF8A 1MDQA 3O2AA 4R2FA 4ZECA 1HKQA 4G77A 4JSDA 3CIJA 3TEPA 2P7CB 3QSLA 1W4MA 2FXAA 3PQKA 2L4AA 2HKXA 4YAHX 1R1NA 4QSEA 3RYRA 4GD5A 2PMUA 3OO6A 3HHGA 2VC1A 5KDTB 3CG1A 4TLLB 4HS7A 4LFUA 1MJAA 1K79A 1P1NA 3TCGA 4HF0A 2DPDA 1B51A 4F31B 2ZXJA 1ZGAA 1Q35A 3DP6A 2P5LC 2VXZA 4HLXA 4KYWA 1B4AA 3H6WA 5FB2A 1R58A 4QLCU 2XAQA 3C4MA 4ESWA 1KYZA 3QUFA 4DIGA 3GVAA 2IEEA 3MZ1A 4JQFA 5I2KA 1U8RA 2X7PA 1H3DA 4ZYHA 2W57A 3I4PA 3LAJA 3Q28A 1B7HA 1XGSA 3B02A 3W6JB 1FZPB 1F1ZA 3CTAA 4R6KA 4Q5TA 3KN7A 1JETA 2K86A 4EQBA 5A5XB 1Y3PA 2FMYA 2AYSA 4AB5A 1H9GA 3RY3A 4L9JA 3USDA 3H6UA 1FW0A 3HO7A 4NF6B 5DVJA 3KEQA 4A0YA 3H92A 3SZPA 3SERA 3LWFA 2VOOA 3UA8A 3N94A 2Y7IA 1MPDA 3Q27A 2A5TA 3BPXA 3G3IA 4OFJA 1BIBA 3DFGA 1HSEA 4LG0B 1MKMA 4U0WA 1K78A 2PJPA 1PDNC 2EV0A 4R2BA 3KN8A 3MC2A 1ZYRF 2WWYA 3VLWA 1F9BA 3CO7C 4KYDA 1OYWA 4MTEA 1FQAA 2ADUA 3K2DA 2FNCA 3K1MA 2ABHA 5HS9A 2XKPA 3V8KA 1LB9A 4LONB 3C32A 3CI8A 4YB6A 1XDUA 3JTGA 2XX9A 5EEHA 3U8QA 3KLOA 3GEZA 3VB2A 1ZN2A 5E1XA 4S04A 4HQEA 5I2NA 4GGGA 4ESJA 1QKBA 1ZTYA 2QPQA 3TTMA 2P5VA 1FPQA 3NEUA 3MZ9A 1AOYA 3EF7A 1NFTA 2TDXA 1TNSA 4XKRA 3O6IA 3K69A 2UXAA 1ANFA 5H6RA 2P4WA 3VXCA 2FBIA 3ISPA 5J8FA 1ZAOA 2KLFA 1LFIA 2OU2A 1MPBA 3K6XA 2O8XA 3TDUC 3OXNA 3G3KA 1ZLKA 3K0LA 1L3LA 4LZ5A 2OWTA 4HCWA 5JTYB 3BWGA 1IUYA 2QS4A 4FATA 1BP5A 4ZH4F 3HOSA 5DUKA 3B6TA 5AA3A 1B0LA 3F8CA 2LNBA 4XXUA 5I56B 1K7AA 3QPHA 4M6YA 4DXUA 4P0IA 3VLUA 3RKXA 4MQ9F 3VODA 1U5TB 2O6GE 5F7VA 1HW1A 4R79A 2MC3A 5LHGA 3DV8A 3MPKA 1IW7F 4POXA 5KCJA 1MDMB 4GVOA 4F3SA 4BDRA 4HBLA 3HIFA 3PUZE 2XUBA 4WK8F 3MFKA 3ML6A 1XC1A 3LQRA 1UHWA 4YKPA 2KIFA 3B6WA 4OTEA 4LZ8A 4P55A 1XN7A 1YFHA 1PUEE 4HF2A 4MEYF 4M1VA 3SEXA 5CVRA 1LSTA 1B6AA 1KA8A 1WSUA 4AD9A 1P99A 4G8MA 4MHGA 2V9VA 3WTXC 3KGCA 1J9IA 1M5DA 2F34A 3Q26A 5A2QZ 4ZEIA 5F64A 5E18F 5ICTA 1DMBA 2JZYA 4RB3C 2XAJA 2BYVE 5E17F 4OMYA 1P1UA 1M5BA 3HTUA 3OMBA 1DTZA 2M1BA 1OR7A 4YMBA 1A99A 4CYDA 2CMOA 4HDVA 1D5VA 2XHKA 1XHYA 2HWVA 4F3BA 1OVTA 5KVRA 3MVXA 2XGXA 1ONVA 3H3GA 2ETHA 2R6GE 3JW4A 1G3YA 3WTUC 1ZARA 3QAXA 5I57B 4H0WA 2MLGA 1YW7A 4EJUA 1GVJA 2ZNTA 2Y7KA 3GFIA 4XKPA 1NHAA 2FQ3A 2L02A 4TOZA 3N97A 1RYOA 1YPNA 1DSNA 5L3DA 2THIA 3IB2A 2M30A 2ANJA 3W6KB 3BJOA 1ZG5A 2DAOA 2X0LA 1OLAA 1IQ7A 2O51A 3KSJA 4RPNA 5E1WA 3D4GA 4QFLA 3DXJF 4HOBA 3FWEA 3VVFA 3FXUA 4IJAA 1IIWA 4RS8A 5A2QK 2PQ8A 2HS5A 4RAYA 3P9IA 2I48A 3FVOA 3LQQA 6PAXA 1FQBA 1TXFA 3JYRA 5FGMA 2MA3A 3PQJA 3HRTA 4FHTA 3DM0A 3ONMA 4I9DA 1EU8A 1TLHB 1EH8A 3RPUA 1SD3A 3MP6A 3O28A 4KYEA 5D4RA 1D8KA 2I0CA 1XSXA 4I98B 4ZDMA 2Z33A 4I01A 2QQ9A 4NQWA 1MY0A 4RPOA 4MFIA 3A09A 3FIRA 1YQAA 3IKVA 1FYKA 4JWYA 3VE1B 3M7GA 2QSXA 2RCAA 5D6FA 5ED4A 1US4A 3HV1A 4JWOA 4KCCA 3GXOA 4GO1A 2WKYA 4MH5A 1MQDA 5I59B 4F18A 2DQRA 1BOAA 1SD6A 1PB8A 2B3BA 2QL3A 2VHAA 4U88A 5HM4B 3TELA 4OHNA 3KZZA 4OESA 1RUNA 2P1SA 2HDCA 1ZBMA 5FTIA 3SZTA 2V3QA 3KSXA 4GYIA 2CW0F 2BEOA 3WTSC 3CFLA 3WGIA 3TGNA 2XVCA 3EDPA 1S8NA 1Y20A 3AXFA 2H09A 2DXRA 4NWCA 3KE2A 4G9YA 1ATGA 2ZMEB 4A2UA 5LEJA 4M6XA 3RUMA 4R8HA 2ZFWA 4Y17A 3CFXA 5DT6A 4Z0IA 3BJAA 3KEOA 1JHHA 1PB7A 3COAC 3C1DA 1U78A 3WTVC 3TQNA 3KZGA 4YIIA 3KP5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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