3FZVA

Crystal structure of pa01 protein, putative lysr family transcriptional regulator from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
297
structure length
285
Chain Sequence
YTLRQLKYFVTTVECGSVAEASRKLYIAQSISTAVKGLEESFVQLFLTPAGARFYRKAQELLRMAHEFEQNLADNDVIAGQIDIGCFETVAPLYLPGLIAGFRQAYPGVEIRIRDGEQQELVQGLTSGRFDLAFLYEHDLDSTIETEPLMPPQRPHALLPEGHRFAGQAQVSLRDLCLEPMILLDVQPSRTYFVSLFEELGLTPNIAFSSPSIEMVRGMVGQGFGFSLLVTRPHSECTYDGKKVVMVDLAEPVSTSGLAAAWLKRAQLTKPARLFVDYCREQLGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords Probable transcriptional regulator
molecule tags Transcription regulator
source organism Pseudomonas aeruginosa pa01
total genus 68
structure length 285
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fzvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA03
4HW0A 3SEXA 5I84A 1TW3A 5E8IA 4U1ZA 3FX3A 2EFWA 2H6BA 4XIGQ 2E7WA 3IRRA 3ODBA 4ZYGA 5ISUA 1ZIUA 3JAMK 4MNUA 2XX7A 4LZ5A 2H27A 3WE3A 1R1TA 2PQ8A 3IWZA 1NNKA 2THIA 4EQBA 4KUMA 3QYTA 3FM3A 4MTDA 4A12A 4KI0E 1SDXA 3K6VA 4N07A 2ZJ2A 2LF8A 3FMQA 2M30A 2CWEA 3HHHA 3IRQA 1QKAA 4PFYA 4WXDA 4UV8A 3QU6A 4EM0B 3KSJA 2UVGA 3VEPA 3OSQA 2E1SA 5TP9B 3SESA 3V7SA 4EF1A 2VXZA 3ROUA 1T6SA 3FHZA 4WWCA 3DP8A 4QSCA 4OVJA 1POY1 5E1XA 5D6FA 1YFHA 3MW0A 2XXVA 1A40A 3ZMUA 4ND9A 2DPUA 1EZOA 2F5DA 3MAJA 5HDKA 1T0FA 3BZ6A 3HRTA 4ESJA 4FEBA 3E13X 4GYIA 4GXAA 2CSOA 3SERA 5K5OA 4G68B 2HYFA 1EV7A 2P0SA 5DUIA 1O3QA 1R9QA 4AB5A 3GF2A 1IUDA 2HFBA 1SFXA 1HSTA 3ISPA 2Y7KA 1E17A 4O3CA 1KU9A 1WRJA 4QFLA 1NNFA 2QENA 1W7PB 5JTYA 1D9YA 2OWSA 2JSCA 4B8XA 4OOIA 4GXSB 4A5MA 1I6AA 4U4SA 1EZ9A 4LLNA 3LR1A 1I27A 3D5LA 1PC3A 2F5CA 3TCHA 2AIXA 1EH6A 4LATA 3RT6B 4FATA 2O84X 4X9TA 3QPTA 1UTBA 2A69F 3M8EA 2K4JA 1BIYA 4KIFA 1GGGA 5FHOA 1FNNA 3KP5A 1IF1A 2QRYA 2H99A 1LAXA 3DF8A 5FD5A 3GFIA 3F21A 4H6DA 4F22A 1B9NA 3T93B 3ZQ7A 2ANJA 1DPRA 1GTKA 1Q1HA 3T96B 4X1DA 4ESWA 1GVCA 2D1HA 3M8FA 5DD4A 5A2QK 1XVXA 1S7YA 2HWVA 4IHTA 2I48A 4UXNA 2P6SA 2FSWA 1M5DA 1IRGA 1FCKA 2V93A 2HAUA 3V7CA 5D5WB 3B6TA 2OD5A 1X3UA 3GFLA 3BROA 5H8FB 2R6GE 2PBWA 1HQCA 1RI7A 4KN7X 2VGQA 1QO0D 1GHCA 5CRYA 4OIRF 1SVXB 2J5OA 3T66A 1IXCA 4I09A 2HDCA 2FF4A 2XX8A 1IIWA 3H4ZA 4C0RA 1LAGE 5BS6A 4UV9A 3IKTA 2MH2A 4KA4A 3E3KA 2L54A 2ZMBA 3IX1A 4IB2A 3HSFA 1B46A 3WTSC 1JE8A 4KYSA 2FOKA 1SI0A 2Y7RA 1I5ZA 1KWHA 2EV6A 3JSOA 1ANFA 2PJPA 2F7AA 5DEXA 1YW8A 1TBXA 2EV5A 2O03A 3E97A 1HW1A 1IRFA 2QQBA 3PMVA 1D8KA 3JZJA 1ZAOA 4IRGA 2YR2A 1MY2A 3Q25A 3SDFA 2BYVE 2DQRA 4E0WA 3SXYA 4GOTA 3O97A 2HEUA 4IPAA 4P11A 4ZS9A 5IT9K 3OV8A 1K78A 3O6BB 3C1DA 3E6DA 4Q48A 1B3HA 1AMFA 1D4NA 2OBPA 4I9DA 2H4IA 1ZG3A 1TTYA 1Y1ZA 2VBYA 2V1XA 3LWFA 1PP7U 1MS7A 3K0VA 5H20A 2NRAC 1MXZA 3RTFB 2JTVA 4IVNA 5H8HA 2FBIA 3I58A 2D5WA 2DQLA 4A2UA 3CG3A 1QPMA 2G93A 3FASA 4I1DA 4O3AA 5ED4A 3H7MA 1FTLA 2DI3A 2P4WA 2QUFA 6PAXA 1EZPA 1OQGA 1IXSB 3F23A 5HM4B 1H9GA 2MD5A 3IK6B 2GZWA 1G3YA 3OXNA 1Z7NE 3KOTA 5H8NA 1IN4A 1XSVA 3PU5A 4BXUA 4DCXA 3K1MA 5CMMA 5DCMA 1Z7ME 4HF1A 3HIFA 1SAXA 1MY0A 1XB4A 4BHCA 3BFUA 3TQLA 3MEXA 4S04A 1QUJA 2G7UA 3U92A 2HS5A 3G3GA 5JHUA 3DLNA 3PUVE 1JQFA 2DOJA 4PQJA 4A6DA 1WQ2A 2M8EA 1W7PD 1C0WA 5FHNA 2A6HF 3T9HB 2Z8FA 3J7AO 2ETHA 4MLVA 2FE3A 4NMYA 5JTYB 4UA8A 3LA3A 3R7XA 3IKVA 4ASNA 4U7BA 1PUEE 2XXRA 3UIFA 1S7OA 2QS4A 2UXAA 5AIPA 2XRNA 3TUSA 3GEZA 2WV0A 2M5WA 2H25A 1MG1A 1OLAA 3KJTA 4HAMA 4P9FA 2M1BA 1FQFA 3H6UA 4JDFA 1ELJA 4F19A 5LRRA 3T9VA 1UTBB 4FORA 1BJAA 5JEIA 2E7XA 3COAC 1B58A 2Y7WA 2P5KA 3RI4A 3I64A 2DPDA 3OO7A 4FHTA 2F5EA 3TCFA 3DPTA 4DLDA 4PGHA 3F8FA 2HTJA 2XD2A 4H8JA 3T8RA 4YKJA 2HXWA 3V8LA 4L0YB 3MP6A 5AA4A 1FT9A 3WTYC 1H0MA 3HHGA 3GBBA 1MDQA 4OIQF 1TW2A 2VODA 1FOKA 3OO6A 4I62A 4F18A 1OIBA 4MEXF 1YCJA 3V5AA 2OAZA 1KQ8A 1G4DA 1MXXA 4BNCA 4KIBA 1NNPA 3DFGA 3ML6A 2O51A 4JSOA 5CVUA 3KP7A 2DQVA 1Y1MA 4KPTA 4OINF 1TLHB 1O63A 4GL8A 4Q0CA 1I6BA 4L18B 3B7DA 5AE4A 1ZRCA 3D4GA 2Z99A 3EUHA 4MTEA 1F5TA 3E5XA 3C32A 3FIRA 2I4BA 1SI1A 1MDP1 3FMSA 2XUBA 4WCGA 4H8IA 3TELA 4TOZA 4XKNA 3GZ6A 4RJZA 3HUGA 1MPBA 4LVQA 3CUQC 2IT0A 1BBYA 4RAYA 1YPNA 3A3UA 3QPHA 5I2NA 1QGPA 4EJTA 1LCTA 5DEXB 4I0BA 1SYHA 2CG4A 5F7VA 2LNBA 4F3PA 1SW4A 4AB6A 4ZE8A 3BJAA 2P7CB 2QSXA 1XGMA 1T0KA 3RYPA 4H0EA 2EFQA 4QFNA 3IOTA 1MPCA 1LLSA 3U2RA 3NQOA 1U8RA 4PETA 4FX0A 4ZH4F 3HSTA 4CDGA 2JT1A 1Y4CA 3MWBA 3VVEA 1SD7A 1K78B 4NTLA 3N94A 5CVRA 1ZKBA 1D3YA 3L7WA 3JV9A 3T9UA 4YIIA 4X48A 3ZPLA 4EMSA 3Q28A 3WAEA 3RKWA 1T98A 1S9TA 4DXBA 1HKSA 3E5UA 3RGYA 2Z9OA 3FJMA 2XAHA 5AA2A 2V6CA 1P1OA 4H5GA 3W15C 5H8HB 2L01A 2IA1A 2ACJA 3LBSA 3DV8A 3Q29A 2C6YA 4I0AA 5EHSA 3KZYA 1YLFA 2BE5F 3I59B 2ZNTA 3FVGA 1NL5A 4YMBA 4JWXA 1YTVA 1XDUA 1XMKA 1N76A 3I53A 1DPEA 3T1BA 4Q5TA 2NAZA 3MPLA 4LONB 5H8NB 5KZTA 4O3BA 3PGFA 1IXIA 3TDZC 3L09A 1YG2A 4U0YA 2KRFA 5DCMB 5I56B 1KGSA 1TNSA 2F7CA 2WC2A 3R60A 1URSA 4QHQA 4RPOA 5FD6A 3FVOA 4F3BA 1BI0A 1M5EA 2ONRA 1LAHE 5HDNA 3WU1B 3IOWA 1B7ZA 1Y3QA 4M72A 1PDAA 2XD3A 2OZ6A 4G68C 1MY4A 3P7IA 2Q89A 3ECHA 1UIUA 5FFZA 1BI1A 1QW0A 4YMAA 2QM3A 3BFTA 1PB7A 2V25A 3CO6C 2XXTA 3TTNA 1GVJA 3I5OA 1MRPA 1ZN2A 3SEWA 4I2OA 2JZYA 1DP7P 1XCBA 3WTVC 4K2EA 2UYFA 5LEKA 2LKPA 1IZ1A 2XASA 4HZFA 1Z9CA 3CFLA 4AIHA 3P9KA 4ECFA 4ZZAA 1R36A 3T8TA 3C33A 4JBAA 5IT9Z 4I7HA 1NHAA 3WG9A 1B4ZA 3QUFA 1B32A 1BIAA 3M3KA 1B9MA 5LHIA 4LZ8A 4XTCQ 4Y13A 4BQAA 2CO5A 2YX7A 2YLNA 5D8KB 1UCRA 3KLOA 3PFIA 3OSRA 1G6NA 3R61A 2PG4A 3REOA 3FMRA 4GF8A 4L5IA 4MLQA 4WEDA 4EQ9A 3QOPA 3U9GA 5ITOA 2XGXA 3BP8A 4GXOA 3WU0A 1NMUA 3QSLA 2RC4A 1MM7A 1XDSA 3JW4A 3LAPA 3OD7A 3GYHX 4FJPA 5AA4B 3VDFA 3WODF 3EHTA 2XAFA 2O69A 1H9TA 4E0XA 3ULQB 5JI6A 4HDUA 1LBCA 2I49A 5IT3A 3BBRA 3AAFA 3GX4X 5JVTA 2AXLA 3SEYA 5D5UB 5DV5A 4GD5A 1MJBA 4YU0A 1J7KA 3Q9SA 3VFJA 1JETA 3WGHA 3LC8A 4G7OF 1KYWA 4CXFA 1N3WA 4M9XA 2ISZA 4Z2YA 5ERIA 4OTEA 4HX8A 1ZG1A 4XKRA 4LQ5A 4RK2A 1AL3A 1SFUA 1F4KA 1ZARA 5LRSA 2RQPA 3WTZA 4YG2F 1EH8A 4Q8RA 3G3ZA 4KCDA 1MQHA 1VE4A 2QLZA 5I2NB 2GWRA 1LB2A 4ZYDA 1SYIA 4G6DA 5EEHA 5HPQA 4XBFA 3L6HA 4C1UA 1B3EA 1JEUA 3W6JB 2ZYKA 2J5PA 3MVZA 4XLNF 3FF5A 5HLHA 3RPQA 2R7FA 1HSLA 2VC0A 1Z6TA 1PB8A 3F8CA 1R1NA 3W9WA 5I58A 3MP8A 2F5XA 2KKOA 3MVWA 1T38A 3FATA 3PV0E 5AA2B 1USTA 1FX7A 4GLIA 3TTMA 1JXSA 5L3DA 1ZHFA 2H94A 4NQWA 4M71A 3E6MA 1WSUA 2DYXA 3IB2A 1A99A 1R7JA 3LFKA 2D2WA 2STWA 5HBCA 3KSXA 1YW9A 1WWXA 2RDPA 2QS1A 3O9PA 2ADUA 2GH9A 4ONYA 1BKAA 2HQRA 2O61A 3PPQA 2O68A 2NNNA 1DMBA 1W5SA 4U7DA 5FGMA 1CB6A 2DVCA 4HX4A 2UXNA 1OVBA 5K1YA 4LLLA 4LJZF 1FLIA 4MQ9F 5FHMA 3LSXA 4RK9A 4UHTA 4TLLB 1MD0A 2DW4A 2A5SA 3O2AA 4F39A 3DPLC 1S7AA 2VOPA 1UQWA 1Y0UA 1TFDA 2V79A 3R4KA 1LEAA 3SEVA 5J1DA 3T0YA 1HKTA 3KP4A 4K3FA 2GIVA 1H45A 3QU3A 3IC7A 4ELOA 2W57A 3EETA 2ISYA 4CICA 4S05A 1TT1A 2F7BA 1B59A 2YPNA 1DTZA 3VOEA 2YJPA 2DK8A 4MFIA 3HHFA 4OMZA 5CLSA 2E1CA 1JNFA 1H43A 3KFWX 2QMXA 4HF0A 5CVVA 1YIOA 4GGGA 3K1NA 1LJ9A 5I2KA 1P4WA 3CSBA 2VOZA 2HKXA 1JW4A 3DEUA 4QSEA 4EM1A 4HLYA 2O1LA 3OO8A 5ICGA 4G77A 5CVJA 1XN7A 1MY1A 2PMSA 1YAEA 3ELKA 3OO9A 1B5IA 4XLPF 4FIMA 1JVYA 4RGSA 3TO7A 2H9BA 2ZCWA 4XKPA 4HX7A 5M2VA 4N0BA 2EA4A 1LAFE 4OHNA 1LGBC 1WODA 1B05A 1LDKB 4AQ4A 4OFOA 5DUKA 5LHHA 1ON2A 1Y20A 3KOSA 1ZGJA 2IPQX 3WTWC 5H8QA 2O7IA 4IRHA 1B3FA 2B3BA 3PPRA 4G8NA 3K69A 2GA1A 4F7ZA 2XXQA 1SFEA 3HRUA 2GA2A 5K2YA 2CGPA 1GV8A 2RKMA 3MZBA 1G3SA 4M74A 2BBYA 2F34A 3HSEA 4L9JA 3R26A 5TPAA 4DDDA 1P4XA 3KEIA 2ONKE 4ISUA 5ELVA 2R3SA 3H6VA 1HW2A 1W5TA 4DXUA 5ITPA 3H06B 3B6WA 2KJBA 2QQAA 1FSHA 4ZEKA 5HVQC 4RXLA 4ZEBA 1HW5A 2X7QA 4U1OA 4ZEDA 2KIMA 1N84A 1Q1KA 1URDA 3PD8A 2YX4A 1QQIA 3OMBA 2DK5A 5DDGA 3F6VA 3E9XA 4JWOA 5L3BA 3KJ7A 2K7LA 2VP1A 4LMYA 4LLGF 1MJAA 2NOOA 4RB2C 1B7UA 1BI3A 2PI0A 3FD3A 2PBIA 4G6QA 3QRFF 1B2HA 3HO7A 1CF7A 2ESNA 3BPXA 5CC2A 2FMYA 5BOXA 5ILUA 2H6CA 4IO7A 4IO4A 1ZRDA 3USDA 3FWEA 4PDKA 1V3FA 2X26A 1P92A 2KLFA 2ZFWA 3SETA 5J6XA 1MKMA 4Q4ZF 2JPCA 1U3EM 2V1DA 2HZTA 4HDVA 3M3FA 4HF2A 2UXXA 5ICEA 4R6KA 3VB2A 1ZGAA 2DS9A 4F1YA 3DQVC 3G3KA 3W9VA 3N97A 3GUDA 1PBQA 2IRFG 3PPOA 1F9BA 4JSDA 3IL2A 1SD5A 4X1BA 4KYEA 1KYZA 1I6QA 4YB7A 2P2AA 3M3LA 3QP5A 5I58B 5AA2D 2DE4A 4HQEA 3JYRA 4GRKA 4ZZEA 3I5UA 1Z6RA 3OOPA 2FYIA 3ZMTA 4HV6A 4ZEFA 1GR2A 2UZKA 3T22A 3I4PA 3E6BA 1AOYA 4KR5A 2DFIA 2Q9TA 3C35A 3CO7C 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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