3FZVA

Crystal structure of pa01 protein, putative lysr family transcriptional regulator from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
297
structure length
285
Chain Sequence
YTLRQLKYFVTTVECGSVAEASRKLYIAQSISTAVKGLEESFVQLFLTPAGARFYRKAQELLRMAHEFEQNLADNDVIAGQIDIGCFETVAPLYLPGLIAGFRQAYPGVEIRIRDGEQQELVQGLTSGRFDLAFLYEHDLDSTIETEPLMPPQRPHALLPEGHRFAGQAQVSLRDLCLEPMILLDVQPSRTYFVSLFEELGLTPNIAFSSPSIEMVRGMVGQGFGFSLLVTRPHSECTYDGKKVVMVDLAEPVSTSGLAAAWLKRAQLTKPARLFVDYCREQLGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule tags Transcription regulator
source organism Pseudomonas aeruginosa pa01
molecule keywords Probable transcriptional regulator
total genus 68
structure length 285
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fzvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA03
5LOMA 5DD8A 1TBXA 5ILVA 1ZLKA 4OFOA 1R1VA 4G6DA 5AA2A 2DFIA 1TTYA 1AIVA 4XSXF 3V8JA 1IRGA 3PMWA 2O6GE 3GFIA 4DDDA 4U2RA 3Q9VA 3IL1B 3FASA 3OELA 2PG4A 3GFLA 4UVBA 2I3WA 1FTMA 2P6SA 1SBPA 2OZZA 3R0AA 4ZYDA 4CZZA 4WK8F 1B3GA 1GGGA 5JR3A 3WGGA 1A7LA 3BDDA 1I27A 4CDGA 1MY4A 3K1MA 4ASNA 1T98A 4IB2A 5DEXB 4B8XA 1LVAA 5DCMB 2V79A 2ZNSA 1MXUA 3RPUA 1REPC 3COAC 4U1OA 3GF2A 1MG1A 4IO4A 3G3ZA 1F5TA 4HX4A 4F29A 5D5VB 2HAVA 4EF2A 2P5KA 3UGWA 2KIMA 4H5FA 3KBRA 2LDUA 2W57A 1U5TA 1B0HA 4P9FA 1DUXC 2PMUA 1QKAA 2Y7RA 2ACJA 3R26A 1UCRA 1XDSA 4PDKA 2G7UA 2XD3A 3EQLF 3O29A 3C4MA 3SEUA 1SAXA 2XIGA 3DEUA 3PV0E 1MXVA 3MQ9A 3B6WA 1P1NA 2EJRA 3Q9SA 5ICGA 1LEAA 5KK1A 3O6BB 3GVAA 3KEOA 5HLIA 5TP9B 2X7QA 3F6VA 2A6HF 2Y7KA 5AA2B 4THIA 1B51A 1PBQA 5IT3A 3K0LA 4JWYA 5FLXZ 4NB5A 3G3IA 5DTBA 2XXYA 1QO0D 4N0BA 1USTA 3FJGA 2BV6A 4EDPA 4OFJA 1OMPA 3S4UA 5FFXA 3E3VA 4EJOA 4DCYA 4CXFA 5IT9K 1OQHA 4LB5A 1JHHA 4YKKA 3GWZA 2NYXA 2ZYKA 4LLNA 1UQWA 4CGZA 5F6FA 3GEZA 1UIVA 3RY3A 4DZ1A 2KRFA 2E1NA 2ZNUA 2QQ9A 1O63A 5HDNA 2F36A 4ZYHA 4CHUA 1ZKBA 1MPBA 3LA7A 2XVCA 2H27A 4LQ5A 1TQMA 4EJVA 5K2YA 4OZ9A 1PEBA 5LGUA 2KJCA 4YB5A 1U5TB 3KSXA 4LG0A 4GIZA 2V84A 3MAJA 1DOTA 2E1SA 4OHNA 2M8CA 2O1MA 1OMIA 4ZECA 4G68C 4N6PA 4R9FA 4LGWA 3CLOA 1UHMA 2PJPA 1B9NA 1MQIA 3SESA 3NRVA 4EQ7A 3S9LC 3EHSA 4NF6A 1ULYA 3U93A 1R1NA 2AYSA 3OENA 4FORA 3I58A 2Y7WA 3F8BA 1JEVA 2DE2A 1SW2A 3SERA 1VTNC 3B6TA 2O69A 1P1OA 2O84X 3SKPA 1MS7A 3PUXE 4FATA 4QFKA 3EQ1A 1W5TA 2LKPA 4UVCA 1CF7A 2IRFG 2KIFA 4GFRA 3RJPA 2IA4A 3RUMA 3KFWX 2LNBA 3P7NA 4QHQA 4PE5B 1BP5A 1TW2A 1FY7A 4JWOA 2ESNA 5EHSA 4HOBA 3C3WA 4KNYA 3GO5A 1IZ1A 2DOJA 3WAEA 1S7YA 3MVXA 4L9VA 4YZZA 3LA2A 1J75A 4LZ7A 1IXCA 2DYXA 1B4ZA 2XX7A 3Q26A 2XXVA 4H67A 3RDIA 2K4JA 3H3UA 1DPPA 4O3CA 5CMKA 1P92A 4RB3C 3V89B 4CICA 2OAZA 3H3ZA 4AIKA 1MH3A 5I56A 3K6UA 2ZJ2A 3QAHA 2BYVE 1V3FA 3KP5A 3ZP5A 4IHSA 4MQ9F 3HOSA 4ENKA 1B3EA 1D3KA 2VODA 4GXSB 1L3LA 4UV9A 2AL4A 5AIPA 4R6YA 4H8JA 2GIVA 1JW4A 2XXIA 4F2QA 3VLUA 3UORA 2ETHA 4LQ2A 5I58B 4Q47A 3CDHA 3PD9A 4KYWA 4U0WA 1FQCA 3BROA 3RTRA 4K2EA 1Y1MA 4C1TA 1FP1D 3Q25A 4FX4A 3TZAA 4A12A 3HHFA 3MAMA 3QP6A 4IRHA 3MC2A 1H76A 2Y48A 4RGUA 5ILSA 1CF7B 5H6RA 2NVUB 4M9SA 1H9GA 4I9DA 2H98A 2QS2A 3K9TA 5HPQA 4PGHA 2O61A 3KP4A 1B46A 2RC9A 4LFUA 3UA8A 2B65A 2ZXJA 1KU3A 3IB1A 3WTVC 3VEPA 3GXAA 5LLQA 1ZGJA 4YB6A 1MD0A 3QU3A 2ZO4A 1LCTA 3PQJA 5CC2A 3PPPA 1HW1A 4L5IA 4M71A 3LC8A 1Z7ME 2I0BA 1FTLA 2RC7A 3G3HA 3BJOA 5I56B 5CMMA 2QQBA 1R23A 1O3TA 2XKPA 3P9CA 2I58A 3E6DA 1XMKA 5AONA 1YTYA 4IRIA 4DNCA 1URDA 4G77A 5F1QA 3KP3A 3NQOA 2UYFA 4FEDA 3O28A 4YKPA 2FNAA 4GQOA 3WTZA 3D4CA 4G6QA 1HQCA 2RINA 1IN5A 1NHAA 3VDFA 3D5LA 2F97A 3CUQB 4HF1A 3GBAA 2A5TA 1UB9A 1ATGA 1PDAA 1QW0A 1IITA 4HV5A 3VV5A 3ILTB 4EM1A 1QNTA 1BI2A 4MLVA 3H92A 3PPQA 4AB6A 1ANFA 2YPRA 2DU9A 1POY1 5ICCA 2ZCWA 2QJEA 1LAXA 4G8NA 3R0JA 3HSRA 2MLGA 3J80K 3K0VA 4XSZF 4L17A 4P0IA 3VXBA 1FBSA 3FVNA 4YG2F 4KIBA 4GL8A 1J0RA 1SFUA 2A6EF 3FJ7A 2NNYA 4R79A 1M5EA 1B9MA 2K86A 1SW5A 3GZ6A 3FXUA 2L3DA 2D2WA 3O9PA 5FD6A 5LHHA 3IK6B 4U7BA 4AWXB 5CMCA 4F22A 3REOA 4L0YB 3G7WA 2HYFA 4IXAA 2DTRA 1VR5A 2O03A 2XAFA 4M74A 1MXZA 4U4XA 4DE8A 2QPQA 4TV7A 3HSEA 4MEXF 1SW1A 2QUFA 2JTVA 1I6QA 1OYIA 3W9WA 1UHWA 2DK5A 1SD6A 3SXYA 5J8FA 5J1DA 3E6BA 2F5CA 3TTLA 3SHFA 4R6KA 5ICEA 1BC8C 3I59B 3MZHA 3LAPA 4N13A 1B9JA 3THIA 1SVXB 3G3GA 3BPVA 1MRPA 1FP2A 3IAZA 2OZUA 3RGYA 4I98B 1R00A 2CZLA 3VE1B 2QS4A 2EFQA 3TO6A 1DPUA 3LSWA 3SEWA 1GVJA 4UXNA 3C33A 5DD4A 2O3FA 3MP1A 4OIOF 3IOUA 2HQ0A 1WODA 3F8MA 5L3GA 4MF3A 1IIWA 2W25A 4IPAA 1B7HA 2UVJA 4F7ZA 1KQ0A 4YKJA 1LFHA 1ON1A 2H94A 1JVXA 3I5UA 5D4SA 3S2WA 3TCFA 2DS9A 1YIOA 3VFJA 3KE2A 3M1EA 2QSXA 2XXPA 3EYIA 3WTUC 1LB8A 1BN5A 2FMLA 1PB8A 3S9NC 1W7PD 1DTGA 3HN0A 5B7DA 1BKAA 3N4MA 5A2QK 2H99A 3K6VA 4LATA 2H09A 1OYYA 3N26A 5KCJB 4EM2A 4ON0A 2RKMA 2OBGA 3VFZA 1TQIA 3IO6A 4P11A 3MQ0A 1STZA 2PX1A 1S7AA 1XB4A 2HFHA 4TOZA 4JSOA 4RPOA 3K00A 3T66A 2FF4A 5TRDA 5CVIA 2LSOA 5M2VA 4UACA 1MDMA 1XS5A 1KGSA 4KI0E 3QRFF 1A55A 2V6CA 1M5BA 2IA1A 3H06B 4XXUA 2FSWA 4TQUQ 3GZ5A 4G68A 4YMAA 3FXRA 5LEJA 1NNTA 1EH7A 2I48A 4P9UA 3MBPA 2RN7A 1FQBA 2FMYA 2F34A 3FM3A 1SD5A 1MY1A 1ZIUA 2GHBA 5CVJA 4TLLB 5H8NB 2CMOA 2HXWA 2PBWA 3E5UA 4XRFA 5E1ZB 3EYYA 5KZTA 4LK0F 2RGVA 3C32A 3I71A 5CYVA 4AQ4A 5AA4A 5EHMA 2Z8FA 3KLOA 4H5GA 1Z9CA 1ZG1A 2V93A 3HIFA 5I57B 3F8CA 1HXDA 2D3IA 2BBYA 1FYLA 2NUVA 3C34A 4HF0A 4FECA 1MKMA 3CG1A 3AXFA 2V3QA 3TEPA 4I7HA 3B73A 5BS6A 4M4GA 4X9TA 4YIIA 4KFQA 4BDRA 2DQLA 3LAJA 3O6HA 3T1BA 4KD5A 3I53A 6PAXA 3IX1A 1M5FA 2F6PA 1FBUA 2YSRA 5FO5A 1YYVA 3CUQC 4Q30B 4QRZA 1Y0UA 3N6TA 4ZZEA 2V9VA 1WWXA 4BDNA 3PFIA 4MQVA 5LHGA 1IN4A 1MXXA 3FF5A 5L9MA 3DP6A 2DWHA 4XIGQ 2DXRA 4AVPA 3HRTA 1U8RA 1HW2A 2NXOA 3QP5A 1MJBA 1B3FA 3ERED 2JRTA 1YS7A 2VOPA 1KYZA 2GRVA 1VFDA 2EA2A 1ODDA 2GXGA 4OMBA 2EWNA 2MH9A 1N7WA 3H3GA 4F3SA 1SMYF 3O2AA 4DLDA 4NE4A 2I4CA 3TAJA 2UXXA 4ESJA 1G3YA 2X4HA 1FYMA 1KWHA 3BP8A 1BC7C 1Y4TA 1B4HA 2ANJA 1MJ9A 4GXOA 1PUEE 2H5YA 1XGOA 5CLSA 5DCMA 1RUNA 3LFKA 1OYWA 4MTDA 2W24A 2RNJA 4S05A 1MXYA 4ELRA 1TWYA 1ELJA 3F3XA 3GW2A 3FM5A 4KN7X 1MGTA 4AB5A 2WTEA 2D45A 4L18B 3I5OA 2STWA 3F8FA 2DW4A 3SQNA 2HFBA 2XX9A 5AA4B 4H6DA 1SMTA 2EFPA 3OD7A 4OFLA 1JGSA 1SD3A 4F3BA 4MHGA 2DK8A 3Q28A 4YU0A 1F9BA 1P4WA 3LSXA 1PB7A 3FVKA 3FMRA 2VE8A 1II5A 3RTWB 1VE4A 1XSXA 2HYGD 4EF1A 3T9UA 1H0MA 5TP9A 2YX4A 4R73A 3A3UA 4Q0CA 4LJZF 1DP7P 2ZYNA 4B09A 1WI9A 2IW5A 3IOWA 3OOAA 1C0WA 4Z0IA 3VLVA 3DELB 3PUWE 1P1UA 3K2ZA 3G73A 1MDP1 1QKBA 3TUSA 4NF4A 3MJNA 1UFMA 4JSDA 4Q5TA 3KLNA 4BHCA 1B52A 3IC7A 5AE4A 3NEUA 3QPHA 3GFJA 3A09A 1FSEA 1MZBA 4GRKA 4RB2C 2VONA 3QUFA 4F39A 4FAJA 2HR3A 5EEHA 1F4KA 2CSOA 1LDJA 3CFXA 3WAFA 3VODA 1RNLA 1TQPA 1OIBA 3ECRA 1LNWA 4EQ9A 5HS8A 3BFTA 4N9HA 5HLHA 4BDMA 1SI0A 1FCKA 4WKMA 4JDFA 1Z91A 5I2KA 4O3MA 1O7LA 1BOAA 1I1GA 1Y1ZA 1JNFA 4OOIA 1FT9A 1AL3A 2JT1A 5CVRA 3H7MA 1XHYA 1URSA 2DWIA 1XDUA 1XOCA 3G3KA 4RYAA 2ISZA 1USYH 3IR1A 2F5EA 3BPXA 1O7TA 2XHKA 4Q4ZF 2EV5A 1SI1A 1LDDA 4HS7A 4HF2A 5K1YA 5F7VA 3SEXA 2M45A 3K4UA 1JW1A 4NEDA 2H6CA 2RDPA 4OIQF 1JQFA 2VC0A 2HTJA 2B3BA 3H4ZA 1OLAA 4RNSA 2L4MA 5ITPA 1PC3A 4JB7A 3ZN1A 4F1UA 4NF4B 4YICA 1B32A 4ZEBA 3I3VA 3IORA 2UXAA 4IF4A 3AAFA 5BOXA 2EFOA 3LSTA 2DLLA 3IRRA 1R9LA 3OEMA 1U2WA 1ZRFA 3ZMSA 3LSFB 1ZTYA 3USDA 3S9EA 4Y15A 2EFWA 5AIQA 3PMVA 1IXIA 1S29A 3EETA 2IT0A 4E70A 1XSVA 5CI5A 2XGXA 1OPCA 1KU7A 3MZBA 4AIHA 1JETA 4LA9A 5D5WB 1OVBA 4MBPA 3UIFA 1KYWA 2A68F 1ZRCA 5FD5A 2F2EA 2R9JA 2XXTA 2XHDA 4YKIA 1NNFA 4OENA 4ZEDA 5I2KB 3L6HA 1ZBMA 3HUGA 1EH3A 2HKXA 3ZN0A 1I1SA 1QGPA 2HQRA 1NH7A 3WE3A 3PGFA 1A54A 5FGMA 3DPTA 4XLNF 2P7CB 1GV8A 1XD7A 1FC3A 1IF1A 5DVJA 3L09A 4WX9A 1RKMA 4UNOA 5LRSA 2REJA 1OQGA 3CG3A 3ECOA 2F8DA 2B0LA 3ILUB 3R6UA 1EZPA 4U88A 1JHFA 5CRYA 1LAGE 1S8NA 2OLBA 5JVTA 3CVGA 2G9WA 4X48A 4ZE9A 3VVFA 1HKQA 2O7UA 2QZ8A 4U0VA 4WEPA 5I58A 3JSPA 3MZYA 4A5MA 1B6HA 1L0OC 4ELQA 3C31A 3Q29A 2QS3A 4LZ8A 1Q1KA 1Q35A 5ICQA 4IY5A 2WWYA 4OTEA 1BIAA 1B6AA 1O57A 1AWCA 1Z6TA 3KGCA 2HKOA 3SFZA 1RI7A 1XVXA 2YPNA 2AL5A 1YTVA 3E9XA 5JK4A 2ZBKA 3KZYA 3VB2A 1WVJA 1B58A 4G94A 4A6EA 4KICA 3I4PA 2JPBA 4LP2B 1BJAA 2JSCA 2VD2A 2MH2A 4ZH4F 3FATA 2ABHA 3DF8A 1JE8A 1O3RA 3DM0A 4HW8A 2O8XA 3ZMTA 4RPNA 5DVFA 3HHGA 3P9KA 4UA8A 4EMSA 4PZJA 1D4NA 2YJPA 1T0FA 3BJAA 4F31B 3IKVA 5TPAA 4OMYA 3PUYE 1GTKA 4I09A 2OBPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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