3FZVA

Crystal structure of pa01 protein, putative lysr family transcriptional regulator from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
297
structure length
285
Chain Sequence
YTLRQLKYFVTTVECGSVAEASRKLYIAQSISTAVKGLEESFVQLFLTPAGARFYRKAQELLRMAHEFEQNLADNDVIAGQIDIGCFETVAPLYLPGLIAGFRQAYPGVEIRIRDGEQQELVQGLTSGRFDLAFLYEHDLDSTIETEPLMPPQRPHALLPEGHRFAGQAQVSLRDLCLEPMILLDVQPSRTYFVSLFEELGLTPNIAFSSPSIEMVRGMVGQGFGFSLLVTRPHSECTYDGKKVVMVDLAEPVSTSGLAAAWLKRAQLTKPARLFVDYCREQLGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription regulator
source organism Pseudomonas aeruginosa pa01
publication title Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords Probable transcriptional regulator
total genus 68
structure length 285
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fzvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA03
4HF1A 1MQDA 5AA4B 1URGA 2LF8A 5DCMA 3TTKA 1TLHB 3CUQC 3L6HA 1D9VA 4NE4A 3OO7A 5D5VB 4FEDA 5K5OA 5AE4A 4DQ2A 4ETSA 2P5VA 1MXVA 2H27A 4NF8A 3TKDA 1LEBA 2VXZA 1N0TA 4I0AA 4F29A 4JBZA 2OAZA 1OR7A 2DYXA 5LEJA 4D0PA 4GRKA 1AWCA 3ZS6A 1SMYF 4QFKA 2CQKA 1J7KA 2F6GA 3SZTA 2YJPA 2OCUA 1XS5A 5F1RA 5ITPA 3MP8A 3MAMA 4WXDA 2NS0A 3GWZA 4U4XA 2M8EA 1MJAA 1SI1A 3ONMA 2DWHA 2XHKA 1FOKA 4U0WA 4L17A 4Q30B 2DE3A 4PFUA 2Q88A 1QKAA 2QVOA 1FT9A 2JSCA 2H9BA 1QO0D 5CLSA 3I5OA 5ICQA 3V7SA 3RTWB 3U1DA 3IL1B 1SAXA 2Q8JA 1ANFA 1HKSA 2OLBA 2J5PA 1Y0UA 3WTXC 4WXHA 4HYEA 1VFDA 1TNTA 1R1UA 1SW2A 3QAHA 1TQIA 1ZAOA 1ZREA 1QULA 3TDZC 1K78A 1DUXC 4HX4A 4TOZA 3T8RA 3GEZA 3OV8A 3QUJA 3V89B 3O6IA 4C0RA 2BE5F 1PP8F 2H6CA 3U2RA 3W6KB 1IAWA 2QS1A 1YIOA 3L2CA 4HTGA 1DSNA 4GIZA 1TW3A 4LONB 3ULQB 4L9JA 2G29A 4M74A 1ONVA 3EHSA 2XHDA 3FV1A 5E1XA 2ISYA 2L4AA 1O7LA 1I27A 3S2VA 4DCXA 4UVCA 4KYDA 2DLLA 4RB2C 1A8EA 3UORA 1SD6A 3U92A 2I0CA 3TUSA 4I9DA 5L9OA 3EHUA 1YLFA 1FTJA 2IA4A 2O7IA 4FX4A 1WRJA 5BWJA 3TTNA 2EFOA 4MGRA 3CG3A 2VC1A 5A2QZ 4RAYA 1UFMA 3FM5A 2PT1A 2Y7PA 4JBAA 4R73A 1IXIA 3F21A 5CMKA 3FUZA 3RGYA 4Z0IA 1JGSA 2A07F 2M1BA 4HX8A 3K2DA 2BYVE 1XB4A 3C34A 4OETA 4R6KA 1O3TA 1GVCA 3K6UA 2F78A 3CUQB 2GZWA 5L3EA 4EJVA 3MQ0A 1O3SA 1FLIA 4BYYA 5ILUA 2A5YB 1B59A 2AS5F 1MXYA 5TJJA 1B1BA 2QSXA 3RJPA 4XBFA 4ENJA 2ZMBA 3FVKA 4JXIA 1Q1KA 5CMCA 4C1UA 4MTDA 4A6EA 3C7JA 1JVYA 4OHNA 2VBXA 3FD3A 4KDPA 1P1QA 2ZYMA 2XXVA 3CTAA 4LZ5A 4OFJA 1LCTA 1USTA 2Q2CA 4ND9A 1TQPA 4I09A 1YO5C 4IRIA 5H8HB 1XD7A 5KDTB 1Z91A 3IC7A 4HBLA 3OSQA 4LP2B 2F5EA 3VEPA 5E20A 1DMBA 1UTHA 3FJ7A 4CICA 3DP8A 2XAJA 1R00A 1KYWA 1ZTYA 1AH5A 2EV6A 2IVMA 2ZNZA 3LSTA 5BMZA 3S4UA 3FATA 3T9XB 1TW2A 1B3LA 5DUIA 3KOSA 1FNNA 2RNJA 4PGHA 1HW2A 4G68C 3QPHA 3ILTB 3I58A 3A3UA 3DELB 1L0OC 3C4MA 3EHTA 5AIPA 3N97A 4I0BA 1SBPA 4POXA 1B3EA 2OZZA 3KJTA 3P9KA 5AA3A 2V93A 4OEVA 2Q2AA 3ZKKA 5I59B 4RXLA 5LOMA 1OLAA 1AOYA 3TCHA 5ICEA 2GHAA 1HW5A 2Z8EA 3HOTA 3FMRA 1NNPA 2OQGA 3GZ5A 3K01A 3M8EA 3L6GA 2HAUA 4OZ9A 2OZ6A 3SEWA 3PFIA 1MM7A 2RN7A 3UA8A 5FLXK 2D21A 2WTEA 3VVDA 5H20A 3E3VA 5H6QA 3E9XA 5H8QB 5KZTA 5CVVA 4LJZF 4OOIA 4EGZA 1N76A 4IO2A 4BDQA 1SYIA 3CVGA 2DO7A 4JK1X 3WE2A 5D4SA 5D8LB 1EH6A 2PBIA 2VE9A 4XRFA 2IA0A 2COMA 3LA2A 4DXCA 1LBCA 4XSXF 3PUYE 4YKIA 2FMYA 2BJJX 2DP8A 3R26A 4M9ZA 2GHBA 1J9IA 3C35A 2F34A 3IORA 1DOTA 2O84X 5DUKA 4LVQA 2DT5A 3U72A 3GBAA 1XCVA 3IJOB 2J5OA 3HHHA 4ESBA 1S7YA 1TT1A 1MZBA 5LGUA 1I69A 2W57A 4G8NA 3SEXA 2E0SA 3KSXA 4R2FA 4EQ9A 2XXXA 2HYFA 3TOBA 5CM6A 3TQLA 5HOOA 2HKOA 3TQWA 3SESA 3CDHA 2G9WA 1QUIA 4IO3A 2VBZA 3QAXA 4H1XA 5DVFA 4POWA 3UN6A 5H8SA 1WVJA 3FXRA 3P7NA 4YB7A 4DCYA 4Q0CA 4XLPF 3H4ZA 3L9FA 3J81K 3G3HA 3UIFA 3F8FA 3EQLF 4M6XA 3KN8A 4ELQA 5HM4B 4FX0A 3QP6A 2HYGD 2KJBA 3BJAA 3IO4A 3QSLA 4RS8A 2Z22A 4IF4A 5K1YA 4XSZF 1T98A 3M3KA 1R58A 1RYXA 1KQ0A 3KP3A 3IB1A 5ITOA 4HQMA 3IWFA 4OFOA 1J1NA 4HF0A 1PDNC 3UP9A 1Y1ZA 1HW1A 2V1DA 1IRGA 3E4RA 2M45A 5AA2A 4KPTA 1Y3PA 4RY1A 4RA1A 2VP1A 1BI3A 1LDJA 2RVCA 1B6HA 3KSJA 4NF4A 5I58B 3OELA 1LLSA 2DOJA 4PGGA 4G68A 3KP6A 3G3GA 2KIFA 1FYKA 3MC2A 3TAJA 5I2NB 3DXJF 1TBXA 2FBIA 5LGTA 5BPDA 1XT8A 3GX4X 4F22A 2ACJA 2NXOA 1A8FA 5CMBA 2I58A 3K69A 1BI1A 2NNNA 2HCAA 1MQGA 3R7XA 4ESXA 1Z05A 4EVIA 3R6SA 5TP9A 4N6PA 3FZVA 1FSHA 1UHWA 4G77A 3HN0A 4ISUA 3H03A 3ZMTA 4R74A 4FIMA 3J80K 4KNYA 1U5TC 4MLVA 1GR2A 4Q5TA 2D2WA 2HWVA 3K6WA 1F4KA 2QS3A 1XMAA 2AYSA 4E0WA 3KETA 3M9AA 5KVRA 4U2RA 3OO8A 1XN7A 2HFBA 1FQAA 4PE5B 2Z3YA 3BOQA 2YPNA 1M5EA 2D5WA 3QYTA 5TU0A 2UZKA 1RIOH 5FLXZ 2STTA 1S7AA 3PUVE 2IRFG 1H76A 1S29A 2RV8A 2EFPA 4NQWA 1IN6A 4XKRA 3RT6B 2GH9A 3C31A 2YR2A 1FQDA 4FECA 4A2UA 1IXGA 1FQFA 2OWSA 1QBJA 2XROA 1Y9UA 5HLGA 1E17A 1IN7A 1XOCA 2MD5A 4MLQA 2RDPA 3E13X 4UA8A 1ZYRF 1XMKA 3P9CA 1SQYA 1R7JA 4P96A 2VT3A 4G6QA 2RC4A 5F6FA 2XXPA 3KGCA 4KQPA 5K5RA 3TCFA 5L9MA 3T0YA 2HZKA 1R5HA 3K2ZA 2ZYNA 5TPAB 1WI9A 1P4XA 4AWXB 3K00A 4AIJA 3N26A 4HF2A 3S9MC 2GFEA 3JYRA 2CFXA 2HS5A 3B73A 4P9UA 3NRVA 4EGYA 3TDUC 2ISZA 5BS6A 2W7YA 1FSEA 2V79A 5E8GA 3COAC 1ZGAA 4I62A 5F7VA 4JB7A 2UXNA 1N3WA 3TFLA 1P99A 3MAJA 4HDVA 4ZZDA 3J81Z 3OO6A 2FRHA 3WTVC 3PPRA 2B3FA 4RB0A 3IB2A 1NH8A 3O6GA 4PP0A 1WSUA 1NH7A 3RIRA 4KYEA 3JSPA 2RKMA 4QHQA 1U5TB 3REOA 4UNOA 4LLNA 3DM0A 3D0SA 1TFDA 4RPOA 1QZYA 1XVXA 1BIAA 1XDSA 1FW0A 4BDOA 5CC2A 2AL4A 4I7HA 3WTWC 3MEXA 4UHTA 4GD5A 4HV5A 3RPUA 3T93B 2A5SA 4OESA 3B02A 3EF7A 1BTJA 3S2WA 4HV6A 1FCKA 3HCQA 4LZ8A 4NB5A 3TTMA 4LQ2A 5JTYB 3BY6A 4K2EA 4MH5A 4ZH4F 1YW8A 5KCJB 2VOOA 1CF7B 3KZGA 4LLLA 3VOEA 1DP7P 4ZEIA 1R1TA 1SFXA 4KYWA 4L9TA 4LZ7A 4H0WA 3UGWA 2E1SA 5F1QA 2FE3A 1ZIUA 3RTRA 1B7UA 3G7WA 4QWQA 2F35A 1IIWA 4IPAA 1GTKA 2ONKE 1ZLQA 3WTYC 1XSXA 1LNWA 2M30A 3HSEA 4L18B 1IN4A 3VVFA 4H6DA 1CB6A 4L0ZB 3BKIB 2E7WA 2EV5A 3R0AA 5HDKA 4JQFA 5HLHA 3J80Z 1I6AA 4FORA 4KFQA 1R22A 1FBQA 3RLFE 3IAZA 1SFUA 3N94A 2JT1A 4IO7A 2Y7IA 1IXCA 3W15C 4C1TA 3SERA 2RGVA 5H8FA 3ZN1A 4UACA 3BROA 3VE1B 1KWHA 3DQVC 3FX3A 2I3VA 3HYIA 1GXQA 2DSFA 3F72A 4R1HA 5H8NB 1HSLA 4UVBA 2VOPA 2P8TA 3IL2A 5DVIA 3VV5A 1D8JA 1U8RA 4U22A 1T6SA 3WTTC 1JHHA 4UV9A 3H6UA 3Q27A 2IW5A 5DCMB 4YFXF 3KZYA 2DFIA 3ECHA 3EPEA 1ON1A 2BGCA 3HRMA 3JSOA 1GHCA 4H8IA 2FNCA 5DCFA 3K4UA 2Y48A 3BDDA 2O03A 1II5A 1Y1MA 3FGSA 1G3TA 4EXKA 3W9VA 4A12A 2ZMEA 3N6UA 4NF8B 2XX9A 5DDGA 3F11A 3MUQA 2JPBA 4HQEA 2VE8A 2ZNUA 2THIA 3MZBA 2A68F 3JAMK 2R7FA 3F3XA 3I5UA 5JFRA 2Z8FA 1JHFA 3PPPA 5DYHA 5K5QA 5FHNA 5IT3A 2P1SA 2GA1A 2ZBKA 4HOBA 2EK5A 1R36A 3EN3A 4QFOA 2ZJ2A 2I6EA 1W4MA 4DDDA 4DE8A 2ONRA 4OMBA 1P4WA 1LCFA 4H5GA 4G7OF 3KBRA 4ASNA 1MH4A 3VLWA 2FOKA 4OVJA 1O3RA 2I0BA 5BOXA 2HTJA 2HFHA 1YW9A 1LAHE 3TKYA 3BFTA 5JEIA 2G7UA 4ZZLA 4P55A 4DZ1A 1W7PA 1B32A 4YKJA 1PB7A 4A0ZA 2OD5A 5ILSA 1OKRA 4MTEA 5L3GA 4G8XA 1K78B 1YS7A 3N5LA 4YAHX 3D5LA 3TO7A 1HKQA 4BDMA 3TELA 1EZ9A 1MS7A 5AA2D 3V8JA 3GFMA 1D8KA 5DYMA 2DQRA 4MF3A 3S9LC 2Z5UA 2FA7A 3RN8A 5CVUA 2QPQA 4YZZA 2O1LA 1SYHA 5HS7A 3C32A 3SEVA 2O51A 1J75A 2V84A 4U7DA 2P7VB 1B3HA 1HSJA 3PQKA 1XC1A 4CXFA 3OMBA 3JW4A 1YG2A 2I4BA 3C1DA 2FU4A 3HOSA 5J8CA 3ECRA 3FF5A 5LBQA 2IT0A 1Z7UA 2RQPA 1YW7A 4G8MA 3SQNA 2Q8KA 3DF8A 1US5A 1P1UA 2RC8A 3A3CA 2VHAA 4A6DA 4RPNA 4KIGA 5DEQA 2QL3A 3CFZA 1D5VA 3U94A 1TTYA 1Y3NA 2ADUA 2ZKZA 3ERED 4JWOA 1OVBA 1O3QA 4TV7A 3PD9A 1OPCA 4OYVA 5IT9Z 3RQTA 3WG9A 1OLCA 3CI8A 1N3XA 2A5TA 4AB6A 4XTCQ 1U6GA 1N04A 3OXNA 2NUVA 2ETHA 5D5UB 1B4ZA 2IA2A 2R9JA 1BM9A 2BEOA 2Y7RA 3G3FA 3TDJA 2HQ0A 5HPQA 5ICCA 4TLLB 1UTHB 1YQAA 3MP1A 4GYIA 1BC7C 2OJTA 1IQ7A 1ULYA 2R3SA 4LMYA 2V9VA 1AIVA 3D4CA 2WC2A 4R6HA 3SXYA 2K86A 3FHZA 4QRZA 2REGA 3R60A 5FGMA 4YKPA 5EEGA 1MY0A 5A5XA 2NVUB 1Q35A 1LJ9A 3SKPA 3V4GA 2UVGA 3TODA 1C0WA 1YTVA 2H25A 4XIGQ 1B46A 3T8TA 2DQLA 3QXMA 4JSDA 4EM2A 4PFWA 3FV2A 2E7XA 2F7CA 4PFTA 1CGPA 1VFEA 3V7CA 4ESJA 4GVOA 1WDNA 2P5LC 2LDUA 3W9WA 2H09A 4WWCA 3KE2A 3CSGA 3JAMZ 1USYE 1MM6A 1J0RA 4F1VA 2XXQA 4LLGF 1ZG3A 4EV0A 1Z9CA 1B7HA 1PEBA 4S04A 5LRRA 3M8UA 2D45A 3IOVA 4A5NA 4WCGA 2V3UA 4JWYA 1RZ4A 1Y4TA 1FBUA 5EHSA 4CDGA 1RUOA 1DTZA 1B51A 2DQVA 3CFLA 1S9TA 5DD8A 1GGGA 5E8IA 4ELRA 3L7WA 1NKXA 3VXBA 3ZSFA 5I57A 3E5UA 1POY1 1TXFA 4QFPA 4ENNA 2H4IA 4HA8A 4F3PA 4GGGA 4KICA 1N7WA 1AMFA 3B7DA 3GXAA 5HDGA 2ZXJA 2PEXA 4R75A 2B65A 2RC9A 1JE8A 4R79A 1B6AA 2MLGA 4Y17A 5KK1A 1VR5A 3CR9A 3TZAA 1NHAA 5DT6A 1SDXA 3IJXB 2VN2A 4M72A 2Z99A 4LK1F 2NNYA 2M5WA 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