3FZVA

Crystal structure of pa01 protein, putative lysr family transcriptional regulator from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
297
structure length
285
Chain Sequence
YTLRQLKYFVTTVECGSVAEASRKLYIAQSISTAVKGLEESFVQLFLTPAGARFYRKAQELLRMAHEFEQNLADNDVIAGQIDIGCFETVAPLYLPGLIAGFRQAYPGVEIRIRDGEQQELVQGLTSGRFDLAFLYEHDLDSTIETEPLMPPQRPHALLPEGHRFAGQAQVSLRDLCLEPMILLDVQPSRTYFVSLFEELGLTPNIAFSSPSIEMVRGMVGQGFGFSLLVTRPHSECTYDGKKVVMVDLAEPVSTSGLAAAWLKRAQLTKPARLFVDYCREQLGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription regulator
source organism Pseudomonas aeruginosa pa01
publication title Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords Probable transcriptional regulator
total genus 68
structure length 285
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fzvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA03
2I48A 2ALUA 2RVCA 2QL3A 2XXIA 2VBYA 3CFXA 2V25A 4NMYA 2XXQA 4GD5A 3HTSB 4OMBA 3SEVA 3RKYA 4L0YB 3RGYA 4I2OA 3I54A 4IJAA 4KFCA 1A40A 3PMVA 4YB5A 3QUFA 3PPOA 1U78A 1NMUA 3TZAA 2FOKA 2M5WA 4KYSA 4PFYA 5ITOA 4JWXA 1YAEA 1FBUA 4MH5A 3QIMA 3ERED 4WXDA 3TOAA 4ZYHA 1K78A 3JTGA 1OR7A 2DK8A 4ZDMA 3K00A 4UVCA 3H7MA 4NWCA 3ZPLA 1VFDA 1S29A 4KR5A 4F29A 2I4BA 5JEIA 1JETA 3I53A 2Q88A 4OTEA 1HSTA 3QU3A 4M9SA 2D45A 2PVUA 5DT6A 4YB7A 4DLDA 2R9JA 4PCQA 2REGA 2O03A 4ZS9A 1I1SA 3OO9A 2CG4A 2L3DA 4AB6A 3SXYA 3REOA 4KA4A 4RGXA 1OQHA 1XOCA 2BGCA 1H9TA 4R72A 3K9TA 4K3FA 2ETHA 4WEPA 3F6VA 4NF8B 4WXHA 2F2EA 1EZOA 3C1DA 3LSFB 3A3UA 1TWYA 3C35A 1RI7A 2A68F 2D1HA 3DLNA 4QRZA 4X1DA 4R2FA 2P5LC 1K7AA 2DE2A 1Y4TA 5CMKA 3TQWA 1FQCA 1A8EA 4MEYF 2VBXA 1LDDA 4C1TA 3IO4A 3FV1A 2CFXA 3E5XA 4CO8A 1I6QA 2M1BA 3OMBA 4MLVA 5IT3A 4PE5B 1SW5A 4X48A 4RGUA 4GLIA 3J7AO 1T98A 2ZMEA 2CW0F 2Y0MA 4EMSA 2RC4A 3C31A 4U0WA 3CSBA 3LBSA 2GWRA 1GVJA 3SHFA 3KEIA 2NWJA 1U3EM 1MJ9A 4BDQA 2ACJA 2NAZA 2Q0OA 3LR1A 2MLKA 4EM1A 2OCUA 1Z1DA 1S7OA 2F5CA 4OINF 2DQLA 3MQ9A 4A0XA 1B40A 2W24A 4HX8A 3CIJA 4I09A 1P4XA 3TGNA 3MW0A 2DXRA 2J5PA 2XXRA 2OBPA 4PQJA 2L4AA 4LK1F 2E1NA 1CF7B 2FNCA 5F1RA 2QQBA 3RY3A 3U8QA 1ZARA 2V79A 1UTHB 5LRRA 3O6BB 5F6FA 4NB5A 4THIA 1MDMA 3IR1A 3E3KA 3KZYA 2XRNA 4NF5A 3MPKA 4UHTA 4UACA 1JE8A 3GBBA 1FTOA 2AS5F 4DXBA 2AIXA 4JSOA 1LAGE 2DVCA 3MZYA 3I0TA 1I6XA 1SW1A 5TP9B 3ZKKA 3ZMZA 1QUIA 4ETSA 4LP2B 3B7DA 1XGMA 5FLXZ 2LNBA 1XSXA 1SFXA 3O29A 3FVKA 4U4SA 1BIAA 1TNSA 4ESBA 1TQPA 3JSPA 5ICTA 2Y7KA 1MM6A 2Z22A 4LQ5A 3DKWA 5JHUA 2HFBA 2Y48A 5EEHA 3K6XA 2XXTA 4DDDA 1AMFA 1XGNA 1XSVA 4L9TA 2V93A 2NNNA 3G73A 3TO9A 2JTVA 4F7ZA 1ODDA 1EV7A 2DK5A 5ISUA 2Q8KA 1F5TA 1B58A 5DYHA 1ZREA 3EF7A 4M73A 4UNOA 3RDIA 1MPBA 4S04A 2RDPA 4ESFA 2QBYB 1N0TA 1NNFA 3LC8A 3LQQA 4OERA 3KP5A 1O3TA 4P11A 2P6SA 1BKAA 1Y3NA 3N94A 2RC8A 5B7DA 4TLMB 4G94A 2IP2A 3IRQA 4A5NA 2ELHA 3M9AA 1NH7A 1ONVA 4OIOF 3U72A 4G8XA 1W4MA 3F3XA 1XT8A 3JAMK 4KCCA 4R6HA 3S9LC 2L02A 2QUFA 4EQ7A 3R0AA 2BYVE 5KDTA 3USDA 4U7DA 4YKIA 2V3QA 1D8KA 4UVBA 1K78B 3T8RA 3BDDA 4IY6A 2O1MA 1OPCA 3M8UA 4KCDA 1FP2A 4Y17A 1GR2A 1W5TA 3Q25A 4NTLA 3GUDA 4U21A 5A2QK 3K6WA 4LLNA 4YFKF 2XXWA 1OYYA 2QS4A 3OO8A 4YKPA 4DE8A 1QQIA 3DQVC 1WQ2A 4KDPA 2GXGA 4P55A 1TW2A 2RINA 3GLXA 1D9YA 4WX9A 4IRGA 3UK4A 4M1VA 3JW4A 4RY1A 4S05A 4QWQA 3ROUA 5HVQC 1R7JA 5H20A 1ON1A 4GYGA 4N0BA 2O7IA 4IO2A 1Z7NE 5LGUA 2XXPA 4M9XA 4RB3C 3BOQA 1A99A 2IRFG 3LQRA 4H0EA 1TFAA 2HKXA 3FXQA 3M7GA 1BI3A 3TQLA 2HQ0A 1XMKA 5FGMA 3JYRA 1R36A 2RC7A 1ZRCA 4CHUA 5TPAA 1GTKA 3LSWA 5KCJA 1V4RA 3FX3A 1USSA 4AIKA 4PGHA 3Q28A 2BBYA 1SDXA 3OD7A 4DCXA 1TQIA 1MXYA 2P7CB 1ATGA 3ZN0A 1ZRFA 3RI4A 3DP7A 3IOWA 4HTGA 1F1ZA 5ICFA 2B0LA 4ZZAA 2IA1A 3P9IA 3FM3A 3SZPA 2VGQA 3FVNA 5ICCA 1VR5A 5HM4B 3F6OA 1QULA 1EH6A 2QMWA 3PV0E 1S7AA 3F8CA 1B52A 3K4UA 3TDZC 4EGYA 1MXUA 1QGPA 1F9BA 3FWEA 2UYEA 4F3BA 5CC2A 1FTMA 4QFKA 5DEXB 1VE4A 4MQ9F 5FD6A 3KETA 2YX7A 4F3SA 1ZGAA 2RCAA 5B70A 3OOAA 5FD5A 4G7ZF 1UIUA 4BDOA 5EHMA 4YMAA 2NNYA 1SI0A 1P1UA 1OLCA 5CM6A 1FSHA 4IRHA 3M3FA 4ZYDA 2HOEA 4KI0E 1H9GA 3I5UA 4R2BA 5CVIA 4XLNF 3ABTA 2DS9A 1D3YA 2YR2A 1FTJA 2VOZA 4RA1A 1MJAA 5DVIA 4HS7A 5HLGA 5A5XA 2DW4A 4PP0A 3KN7A 1CE2A 5J8FA 4PGGA 1SBPA 3BJAA 1O63A 2HDCA 3I64A 4WF2A 1K79A 3K02A 5F1QA 2I49A 5DUKA 1ZU0A 2PJPA 3I4PA 1B0HA 1B59A 1BC8C 3R4KA 3KLNA 4MNUA 2O6GE 1FQDA 4OMZA 3O66A 4QFPA 3BFTA 1S50A 2EV0A 4G6DA 2GXBA 4O3BA 2STTA 1XCVA 3GXOA 2I6EA 4GQOA 5AIPA 4G77A 2DOJA 3IKTA 5L3FA 4ESWA 3BKIB 1Z7ME 4GYIA 4G68B 4H67A 1KQ9A 2A5YB 1IUDA 1XD7A 4RPOA 3V83A 1FYLA 3BBRA 2GHBA 1DMBA 4NF4B 1WODA 1EH3A 4N9IA 5ICGA 2H6BA 3F21A 1BIYA 1URSA 3ECOA 2LF7A 1TBXA 1WSUA 2M45A 1U8RA 5D6EA 3FXUA 4KPTA 2L01A 4G9YA 2F97A 1SD6A 2OQRA 4N07A 1DP7P 2F8DA 4BNCA 4IY5A 2HZLA 3C9HA 4WWCA 1FTLA 2MH2A 2GH9A 5KDTB 2THIA 5DTBA 3T96B 2O61A 1N7XA 2L54A 1F4KA 3WU1B 1YFHA 3D4CA 1ZG1A 2EV6A 3ZP5A 2HYGD 3P9CA 3SQNA 4EV0A 4KNYA 3TKDA 1O64A 2D1VA 4H5GA 5KZTA 2YPRA 2QSXA 3TDUC 3WE3A 1IUYA 1MXXA 1J59A 3R6SA 2ZNSA 4OFLA 5K5QA 4PETA 4EDPA 1D4NA 2I58A 3K0VA 4R9GA 1ZHFA 4OYVA 3ZMTA 4R1HA 3I59B 4ELRA 5I56B 3ZN1A 2QS3A 4WKMA 4LB5A 2VONA 2XX9A 4G68C 3TOBA 3RUMA 3WGIA 2A3SA 1LBBA 4ONYA 3KP6A 5H6RA 3B73A 1N04A 1GV8A 3UP9A 1FBSA 1JNFA 2FA7A 2F5XA 3LAPA 1B7ZA 5E1ZB 2IW5A 3QPHA 3CR9A 3GZ5A 4U88A 2E1CA 5I84A 2HXWA 3CO7C 4YU0A 1MD0A 4MQVA 2VD2A 3GW2A 3B6TA 1ZMGA 4XXUA 2O7UA 1I69A 3ZMSA 4R74A 5D8LB 3ZMUA 4NF8A 4BXUA 3ISPA 4AQ4A 4JDFA 4EJOA 1B5HA 3O2AA 3MCZA 2X0LA 3H06B 4A12A 1CGPA 3CSGA 2EFPA 3IB2A 3C32A 1P4WA 1L0OC 5TJJA 3ONMA 4OESA 4X9TA 4GXOA 3TELA 1YIOA 2H25A 5JR3A 1UQWA 3TODA 3F8BA 2KIMA 1BJAA 1UB9A 1LB9A 1WVJA 2XXXA 1FQFA 2XAHA 3KEOA 4HDVA 2HTSA 1L3LA 1DPPA 4BYYA 1O7FA 4P5OA 4R9FA 4JSDA 1KYZA 3THIA 2BE5F 5DYMA 2DTRA 1MQDA 4BDLA 2ZJ2A 3KP7A 2STWA 2I0BA 1IN5A 5HLHA 3ZQ7A 2E0SA 2J5OA 4UUVA 1K6OA 3RNNA 3I58A 1U6GA 1MZBA 1Y4CA 4POWA 3QXMA 2MLGA 5L3CA 4EF1A 1QZZA 1DTGA 1SYIA 4EJTA 1ZN2A 1DSNA 2E7WA 2NUVA 3VLUA 5CVUA 3TO6A 3W6KB 5LHHA 2F7BA 1IXSB 2OLBA 3DPTA 4AB5A 2NVUB 3J80Z 4RNSA 1UTHA 3FVGA 3R61A 4DXCA 2UVHA 5BPDA 5A5XB 3T5XA 3UIFA 1TLHB 3WTYC 5LHGA 4F19A 4Y15A 2D2WA 4Q48A 2ADUA 3HSFA 5IT9Z 1G3SA 5TP9A 3SEXA 1S3JA 2QZ8A 4IO7A 1R1TA 3W9VA 2XAFA 3R6UA 3QRFF 3G3HA 3MAMA 5ILSA 4F1YA 2XAQA 5AE4A 4QLCU 5FB2A 4XLPF 4A0ZA 4YICA 4O3CA 2XXYA 2FYIA 3MVYA 3DEUA 2ZNYA 4OHNA 3V8XB 3Q29A 4RPNA 3IORA 4L18B 4NHJA 1XVXA 3OO6A 3V8KA 4EJVA 2DE3A 2E1SA 3HIFA 4FATA 3IJXB 4HQMA 1LBCA 1R22A 4GXSB 3OEMA 3TFLA 2PFBA 4EGZA 2FBIA 4P9FA 1PUEE 3E6CC 2QBYA 5D6FA 1MXVA 5BPIA 4HF1A 3ZS6A 1FT9A 4U7BA 2DI3A 5EHSA 3KJ7A 5TU0A 1B3LA 3CO6C 1FOKA 2W84A 2VN2A 4EQQA 1FYKA 1OYIA 1AOVA 1U5TB 3GFLA 5F7VA 2ISYA 2OU2A 4JQFA 5K2XA 3VV5A 5ED4A 3ABUA 4FIMA 2QPQA 4LD5A 1S9TA 2ESHA 1Z6RA 2G93A 4F3PA 4U1ZA 2AYSA 2Q9TA 2H6CA 3TAJA 2PMSA 1MDQA 2F35A 3Q5FA 1PDAA 3PFIA 2DLLA 2FMLA 1N84A 3P7IA 3V4GA 2C6YA 1OLAA 4RJZA 4M6XA 3CFZA 4UV8A 3OO7A 1WI9A 2DWAA 4QFLA 1MY3A 3HRSA 2DQRA 5AA2B 4EVIA 2VT2A 3HO7A 3VLWA 4ZZEA 3KP2A 2KKOA 4A2UA 4KN7X 3IOUA 1PB8A 4LMYA 4OETA 2V3UA 2A6HF 1KU2A 4OENA 2MA3A 4G8HA 2HGCA 1FNNA 4FHTA 1FYMA 2F78A 4HCYA 4OQOA 1U5TC 3FJMA 3VFZA 4KYWA 4YFXF 1JVXA 4UXNA 4RXLA 2D3IA 2XXVA 2DPDA 2P0SA 2DAOA 4FX4A 1LAXA 1KU9A 1SMYF 1N7WA 1A54A 3PUWE 5L9OA 4ZE9A 2O69A 4LQ2A 4L9JA 1XDSA 3H4ZA 2I0CA 1ZH5A 3GFJA 1U2WA 3HSTA 4RB0A 2DE4A 1KA8A 3E6DA 3RN8A 2PMUA 3FMQA 1RUNA 4ISUA 3TCGA 2EB7A 1B0LA 1ULYA 1H3DA 3JSOA 3PPNA 2GRVA 1EU8A 3TTLA 4EM2A 3FIRA 1HW5A 1URGA 5LEKA 4FEBA 1R6ZA 1EH7A 1A04A 3HCQA 1G3YA 3DPLC 2Z23A 1HSEA 3ILTB 4R8HA 3IB1A 2XAJA 5DEXA 1O57A 2R6GE 1FX7A 1P99A 5J8CA 2RCBA 2P7VB 1DTZA 5L3DA 4L0ZB 4A5MA 4BH9A 3KCCA 1UFMA 1DPUA 3MQ0A 2KIFA 3WAFA 3EHTA 1XC1A 4M72A 4XIGQ 4NE4A 2ANJA 2ISZA 4UA8A 2WC2A 3ECRA 1A55A 2FU4A 4KIGA 2BV6A 5JFRA 3RPWA 2DPUA 2O8XA 1WWXA 1QVSA 3Q27A 5BWJA 4HV5A 4Q47A 1IN6A 4YKJA 2RGVA 3M3LA 5CMMA 3G3JA 3NEUA 3IWZA 5HDNA 4HLYA 3PGFA 2FXAA 4BDMA 2F36A 3K2ZA 4CZZA 1JHHA 2ZCWA 3C18A 4I62A 3G7WA 4P9UA 1R9LA 2HTJA 5FHOA 4HAMA 2K02A 3KN8A 4LZ7A 2VC1A 1Y0UA 1LVAA 1BP5A 4G8NA 4YMBA 2HQNA 3TPAA 1B1BA 3BZ6A 4Z7EA 4L17A 1T0KA 2GQQA 1R1VA 3TTNA 1DDNA 2VP1A 1LB2A 3H03A 3QPTA 2PN6A 1NL5A 3ZMVA 3HPIA 2B3FA 4XKQA 2Z99A 1B1HA 3DP6A 3H6VA 2YU3A 2ABHA 1BLFA 1MS7A 2GAUA 1O7LA 1QZYA 1XGOA 3M8FA 4ND9A 4G68A 2O6AA 3BFUA 4Q8RA 4NF4A 5EYFA 1LEAA 3QOPA 2Y7PA 5JTYB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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