3ISPA

Crystal structure of argp from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
292
structure length
290
Chain Sequence
QLDGPQLAALAAVVELGSFDAAAERLHVTPSAVSQRIKSLEQQVGQVLVVREKPCRATTAGIPLLRLAAQTALLESEALAEMGASLKRTRITIAVNADSMATWFSAVFDGLGDVLLDVRIEDQDHSARLLREGVAMGAVTTERNPVPGCRVHPLGEMRYLPVASRPFVQRHLSDGFTAAAAAKAPSLAWNRDDGLQDMLVRKAFRRAITRPTHFVPTTEGFTAAARAGLGWGMFPEKLAASPLADGSFVRVCDIHLDVPLYWQCWKLDSPIIARITDTVRAAASGLYRGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of ArgP from Mycobacterium tuberculosis Confirms Two Distinct Conformations of Full-length LysR Transcriptional Regulators and Reveals Its Function in DNA Binding and Transcriptional Regulation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator Rv1985c/MT2039
total genus 74
structure length 290
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3ispA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3ispA02
5BQTA 3T5XA 3FMQA 3EDPA 4LGWA 2A3SA 4KIBA 3DPTA 2RDPA 4M6YA 4CXFA 2XHKA 5KK1A 1B59A 4Y13A 2FOKA 1TNSA 1I6XA 2KJCA 5ICCA 2CW0F 1XMKA 3V8JA 3N4MA 4HYEA 3WGGA 1Y0UA 2EFWA 5K1YA 3GZ6A 4MEYF 4LG0A 1BI2A 2DW4A 4LMYA 1YG2A 3V4GA 2QENA 2QM3A 2YSRA 3U2RA 2K4JA 2HEOA 3ZMSA 2DLLA 5BPDA 3R0JA 2Z33A 2P8TA 3CTAA 1O3QA 5HS9A 3F22A 1Z6TA 2F2EA 1BC7C 2PEXA 4JVCA 1YYVA 4G6DA 2Q2EA 3GWZA 5BOXA 3EYIA 3ML6A 3COAC 2KIMA 3CO6C 2K7LA 1D3YA 3BPVA 1S29A 2R7DA 1WI9A 5HS7A 2GWRA 1T39A 4A0YA 3CLOA 5K5OA 2CFXA 3ZN1A 4WF2A 1O3TA 4RB0A 2P5LC 2L01A 4UV8A 2XAQA 4KIFA 1HKSA 2ZBKA 4O6JA 2HYGD 3ULQB 1QGPA 3FM3A 5FFZA 5BPIA 2EFQA 2W57A 2OZUA 3QOPA 2IVMA 3SZTA 3K0LA 2Q8KA 1K78B 1DPRA 2VOPA 4F7ZA 1HSTA 2CYYA 4MTDA 1CF7B 3I4PA 3GVAA 2LDUA 3ZMDA 1LDKB 1XGNA 3F8NA 3IRQA 4IHTA 2D1VA 5DDGA 3QU3A 2VXZA 4JVIA 2M87A 4ZYDA 3FXQA 2OAZA 1FP1D 2D1HA 3WG9A 1XGSA 3NQOA 4YFXF 2HDCA 5H6RA 1FNNA 2FF4A 1HQCA 2FQ3A 4UV9A 3TDZC 4M71A 5LGTA 2EFPA 3V7CA 2LKPA 4KN7X 3R61A 2XKOA 1XCVA 3HOSA 4BNCA 5D5WB 3CO7C 4YFKF 4LLNA 3GXOA 4EJUA 4L9JA 4KT5C 3F6VA 1J9IA 2O8XA 1R1VA 4G94A 1I1SA 1T6SA 2ADUA 2MH9A 3L09A 1F9NA 5CVUA 2MD5A 2XAHA 3G3ZA 2EA2A 1U78A 2Z9OA 1KU7A 3JSOA 2COMA 5FO5A 1NHAA 1XSXA 1XD7A 2K27A 4N0BA 3BJ6A 3KLNA 2Y75A 1RUNA 4KA4A 3HSEA 5H20A 3BJAA 1T2KA 5FFXA 5HLIA 2O03A 2EV6A 3IL2A 2PI0A 3G73A 5L3EA 3BJOA 3JTHA 2Y0MA 1KU3A 4I09A 4EVIA 2P5KA 3BROA 3F6OA 3E3VA 4HX8A 4UHTA 2YU3A 1R36A 2KIUA 4RAYA 1BBYA 2VONA 5HDKA 4OIPF 1B9MA 2YPRA 1QZYA 3HIFA 1WWXA 4LB6B 5ILSA 2YX7A 1J2XA 2QQAA 2XGXA 3TDUC 5BMZA 4ZYHA 1UFMA 3TO6A 2FNAA 5D6EA 2A6EF 3E6CC 1BJAA 3E5UA 1ZGJA 2ZKZA 4EM0B 2E7WA 3GZ5A 3TO7A 2FMLA 1IW7F 4QBAA 1TQPA 2KIFA 1G3TA 2GZWA 3IC7A 1R5HA 2XV4S 3ZN0A 1R00A 4UVBA 5DCFA 2F5EA 4I01A 2PJPA 2VODA 3DKWA 1TQIA 2EJRA 4LD5A 3E97A 2DT5A 5LRSA 3KETA 2EV5A 5LRRA 4HV5A 4OINF 1F4KA 1FSEA 4CZZA 4HDUA 2GAUA 3GUDA 2NNYA 2RGVA 2W84A 5DYMA 2P7VB 3GLXA 3WGIA 4MQVA 4GGGA 2VT3A 2ZMEA 3KP4A 1E17A 5HLGA 3BZ6A 3I59A 2M5WA 1G3SA 2ZNZA 2GQQA 3ABUA 2O61A 2R7FA 1LDDA 3DF8A 4RAZA 3E6MA 3J80Z 2FBHA 4KICA 2L4MA 4WK8F 4A12A 1FT9A 1HSJA 2J5OA 2XAGA 3WTXC 4EJWA 1IXSB 3NEUA 1K7AA 2XAJA 1XN7A 1P4XA 4IF4A 4CGZA 1L3LA 4OOIA 1UCRA 2BYVE 1HW1A 4U0WA 4B09A 3C7JA 2F5FA 1KA8A 1G6NA 3RPQA 3FXUA 2NNNA 3SZPA 4LLGF 2HQRA 1B9NA 3CDHA 3FXRA 4IXAA 2ZNYA 4RB3C 2L3DA 5ILVA 3DP7A 4FX4A 1O57A 4HBLA 4OMYA 3IHUA 4IRHA 4ZZLA 4G7OF 3MQ0A 1JXSA 2QLZA 1J5YA 2L02A 2VBZA 1BIAA 1RNLA 4K2EA 4EM1A 4WXHA 2OU2A 2H94A 4RGSA 3WGHA 2QUFA 4AIJA 2FEZA 2H6CA 1ODDA 2XVCA 3IWFA 2DBBA 1P6RA 4HQEA 3V7SA 1R58A 1U8RA 1FC3A 1PP8F 3ABTA 4R79A 2A6HF 3I54A 5EEHA 2JPBA 4Q47A 5FD6A 2HTJA 2ZMEB 2FXAA 3ECHA 4OU0A 1VTNC 4HLYA 3I59B 4HLXA 1XGMA 2MBFA 2B0LA 2CG4A 1WKMA 2PG4A 2V6CA 3RYRA 1SMTA 2MC3A 2STWA 3LFKA 3QU6A 3HRMA 5DEQA 5ED4A 5E1WA 1LDJA 1LQ1A 1B1BA 5E1XA 3K1PA 4Y17A 1MJ9A 2XIGA 4Q48A 2QYOA 1KQ8A 4XLNF 4A5MA 1V4RA 1OYIA 5A2QZ 4G9YA 5JFRA 1ON2A 5FGMA 1Q1HA 5FD5A 2MLGA 3KP6A 4BHCA 5TRDA 3KZYA 3TOBA 1CF7A 3B02A 3DPLC 1ZLJA 5ICFA 4YIIA 2XASA 1KGSA 3DFGA 4IRGA 2NRAC 4QLCU 3ERED 4BXUA 4PZJA 4PCQA 1RUOA 3WU0A 2A07F 4XBFA 5DD4A 1JE8A 4EV0A 2GA1A 5JVTA 5A2QK 4ASNA 5HVQC 4KNYA 5F64A 3M9AA 2QZ8A 5E20A 1Z05A 3RKYA 4I98B 2NS0A 3ROUA 4MHGA 3E5XA 2V79A 5D8LB 5AIQA 5J6XA 2H27A 5IT3A 2A68F 1ZRDA 1K6OA 4CYDA 4QWQA 2OA4A 2KJBA 1OYWA 4N9HA 4LFUA 2F5CA 4ENJA 5F1RA 3PQKA 2VT2A 1KQ9A 4XSXF 2FBKA 3REOA 4Q4ZF 5JR3A 2ZFWA 5D5XB 1T98A 2WWYA 3HTUA 3L7WA 1HKTA 3CUQC 3VB2A 4A0ZA 4P96A 3T8RA 3W6KB 3TQNA 4HX7A 5ILUA 2FSWA 1MGTA 2DPDA 5LGNA 5JHUA 1UB9A 2RQPA 1ZG3A 1ONVA 2HTSA 5DD8A 2H6BA 1GXQA 3MWMA 2HKOA 1DPUA 3Q9VA 1XB4A 5CVJA 4ENMA 5E18F 3K1NA 1FPQA 3F23A 4HA8A 3V7RA 2OBPA 4CHUA 2R3SA 4RGXA 1I27A 3WTYC 1H0MA 3WODF 4HZFA 3KLOA 4RGUA 1XCBA 4EMSA 2PMHA 4L9NA 4S04A 5J8FA 5FLXZ 4CDGA 3P9CA 1STZA 4XRFA 1XDUA 1P2FA 1SD4A 3ZMVA 2QQ9A 4GYGA 4U88A 1MZBA 3BOQA 2ZCWA 1Z9CA 1ZN2A 1IRFA 3U1DA 3KCCA 1QBJA 4L9VA 3ELKA 5LBQA 1REPC 4ENKA 2FRHA 1Z6RA 5DUIA 2HZTA 1V3FA 3FX3A 4M9XA 1W5SA 3HTSB 3RKWA 3R0AA 2D45A 5FLXK 2DTRA 4YG2F 1WRJA 4IJAA 3F8CA 4JQFA 5DV5A 1P4AA 1DUXC 2FMYA 4EGZA 4M6XA 2LF8A 4G8XA 4O3MA 4ETSA 1YQAA 1ZRFA 4RS8A 1J0RA 2GIVA 4GCVA 1QPMA 3WE2A 2VE8A 2IA2A 2JTVA 1HW2A 3HHHA 3ZMZA 3E6DA 2CO5A 2O6GE 2DQLA 1I1GA 1S8NA 2IPQX 1R22A 1FYLA 3RJPA 4O5VA 3R6SA 5LHHA 1ZYRF 3DQVC 2ISYA 2HYFA 3KEOA 4RB1A 2G7UA 3C3WA 1TBXA 5LLQA 1L0OC 3JSPA 2EK5A 1HKQA 1KYZA 3F8FA 3S2WA 3EYYA 4GYIA 1EV7A 5JI6A 1SD7A 3KP5A 1TW3A 6PAXA 3FM5A 1TNTA 4GXOA 1LEBA 1Z7UA 2X4HA 1X3UA 4HF1A 4KFCA 2DFIA 1ZARA 1GXPA 3QAHA 3N97A 1YFHA 4CO8A 3C18A 3RDIA 2DPUA 1OKRA 4YIFA 1O3SA 3AAFA 1T38A 1CGPA 5EEGA 3GW2A 4LK1F 4R8HA 3ZMTA 3HYIA 2GXBA 3M8FA 1QQIA 3HRUA 1FLIA 4WWCA 2P6SA 5CVVA 1YIOA 2IRFG 3HRTA 1IF1A 1SD6A 1QO0D 1U5TC 4MQ9F 3BY6A 5AONA 4BH9A 1EH7A 4JK1X 3WTVC 5K5RA 4A6DA 3GF2A 2Y48A 1D8KA 3I58A 3P9IA 3DXJF 5CVRA 1HBXG 2FA5A 3T0YA 1G4DA 3K2ZA 2RNJA 1USSA 2VBWA 1IN6A 4P9UA 1AWCA 3T8TA 4R1HA 4FT8A 1F5TA 1R23A 4N9IA 3LQRA 4FHTA 2W24A 2JPCA 3KE2A 4CICA 4NB5A 4Y15A 2P4WA 2E1NA 2IA1A 4MEXF 3GFLA 2Z5UA 4AD9A 4ON0A 1Z1DA 2UWMA 3IKVA 3HSRA 1IN5A 2LSOA 1OPCA 2PN6A 4LJZF 3SHFA 5CYVA 1TTYA 1XGOA 4KMFA 3DEUA 4BAYA 2OD5A 1BI3A 2DK5A 4BYYA 3LA7A 1IN8A 1FWZA 1IXRC 3H3UA 1O7FA 2VE9A 1FP2A 1FBSA 3FZVA 3V8LA 3KFWX 3SFZA 4TV7A 2L54A 4I0BA 2LNBA 5CVIA 2XAFA 5LHGA 4JBAA 1JHFA 2FU4A 2M30A 2QWWA 3M8EA 4ESBA 2M1BA 2DQRA 1YTYA 3KP7A 3LSTA 1W7PD 3WTSC 1SFEA 4M72A 2KRFA 5L3DA 2C6YA 1KU2A 3SQNA 1IRGA 1OR7A 3F3XA 1HW5A 2XROA 2W85A 5ERIA 4KIGA 1SFXA 1WSUA 4H0EA 5DCMA 3MZYA 2A5YB 3IRRA 1KQ0A 3TKYA 3FHZA 2OZ6A 1IN4A 2EB7A 2ZJ2A 3VEPA 3KP3A 4UUVA 3NRVA 1FYMA 2G9WA 4B8XA 2RC4A 3M7GA 3JTGA 1BN5A 4U7DA 1BI1A 1K79A 3ZMUA 1YW8A 1KYWA 1MDMA 5LEKA 3CJNA 3RYPA 1HXDA 3IKTA 2PBIA 2HWVA 3KP2A 4KN4X 4G7HF 2ESHA 2PLYA 4ENNA 5HOOA 4EJOA 5LHIA 1R1UA 4L9TA 1H9TA 2H09A 1S7AA 1W7PA 1O3RA 4KYWA 1EH6A 1YLFA 5LEJA 3LA2A 2JRTA 4L0ZB 1YS6A 4L5JA 1BOAA 4BHBA 5CLSA 4WX9A 2V1XA 3V8KA 5D4RA 1B6AA 4ZZDA 4M73A 2XRNA 2DI3A 1C0WA 2ACJA 2A69F 4U7BA 2CSOA 3I64A 4I02A 3H92A 2FNPA 2QVOA 4LB5A 3LWFA 4HDVA 4ZYGA 1RI7A 3I0TA 4UXNA 3SXYA 3K69A 1PUEE 4I2OA 2AS5F 1AOYA 1BM9A 1ULYA 1OMIA 3GFMA 4KUMA 1KU9A 2IJLA 3WU1B 3F72A 1O7LA 5KVRA 3RIRA 1D8JA 3KEQA 3E5QA 2BBYA 4LK0F 4NHJA 4HV6A 5AIPA 1R5GA 3VOEA 5DCMB 4NQWA 2WC2A 4M9SA 4UVAA 3O6BB 5TJJA 1LVAA 2VOOA 1TQMA 2CGPA 5HLHA 4HW0A 3CUQA 2EFNA 3P9KA 1BC8C 2BGCA 1XSDA 3D0SA 3MFKA 1JHHA 3BP8A 4UVCA 1E2XA 5ICGA 1SMYF 1FZPB 2M45A 4OIRF 1S3JA 4HF0A 1RZ4A 1MDMB 1FBQA 5L3CA 1LNWA 2CWEA 2P5VA 3F8BA 3WTZA 3LQQA 1QZZA 1YW7A 3O3KA 2PFBA 1W7PB 2IP2A 2DU9A 2YX4A 3MCZA 3ZP5A 2HGCA 2Q0OA 2YR2A 1J59A 1LB2A 4AIHA 5E8IA 3I53A 3CUOA 2STTA 2XUBA 3F21A 2VBYA 3RI4A 3FF5A 4HQMA 2EWNA 4EJVA 1B4AA 1EH8A 2JZYA 4YFNF 1UHWA 1W4MA 4RGRA 2RN7A 2VBXA 4G6QA 3HFUA 1YS7A 4ESJA 4OIOF 3H3ZA 3JAMZ 3B73A 3HSFA 3EUHA 1MJAA 5D4SA 3VODA 1BIBA 1SD5A 3R4KA 3HOTA 2UXXA 4EJTA 4LG0B 2HFHA 2ETHA 1IN7A 2RV8A 1U6GA 3QP5A 3HHGA 2QQBA 3J81Z 5BS6A 4AVPA 3I5UA 3HUGA 3HRSA 3IWZA 5LGUA 4PDKA 1F1ZA 3WTWC 2GXGA 3BWGA 1TLHB 1FSHA 2O3FA 5IT9Z 4EM2A 3BPXA 3TOAA 1ZREA 1FBUA 2G7HA 3T1BA 2OQGA 2MH2A 2HR3A 3JAMK 3TO9A 2K86A 1JGSA 1J7KA 1LEAA 3TGNA 2E1CA 3CUQB 1XDSA 4IVNA 3GX4X 4MNUA 3K1MA 5L3FA 1YO5C 3GFJA 2HXRA 3L9FA 3J81K 1XSVA 2WV0A 4I7HA 4EGYA 3RKXA 2RKHA 2BE5F 3Q9SA 4GO1A 3PFIA 2FBIA 3MAJA 5IT9K 3DV8A 1Z91A 2EFOA 2OQRA 2QBYA 1ZAOA 3F8MA 4HX4A 2HOEA 2ESNA 4U0VA 4HF2A 2O0YA 3OV8A 1U2WA 1P4WA 3Q5FA 3PQJA 4M74A 3L2CA 2ZO4A 4ZYEA 5FB2A 1S6LA 3QPHA 4G7ZF 1MJBA 5E8GA 2WTEA 3WTUC 5E1ZB 4A2UA 2PMUA 4MTEA 1LJ9A 3O2PE 3P7NA 1A04A 5H6QA 5HS8A 2BV6A 1ZHFA 1TW2A 3R60A 1R7JA 3U9GA 3JW4A 2GA2A 3GYHX 2EV0A 5D5UB 2UZKA 1ZH5A 4PGGA 3OOPA 2KKOA 2FE3A 2A61A 5DUKA 1XMAA 4WXCA 5HDNA 3MZHA 1ON1A 4KMUX 2X0LA 2VN2A 1PP7U 3J7AO 2Z99A 4PGHA 4MGRA 1BI0A 1QNTA 3RTRA 1I5ZA 1U3EM 1U5TA 2IT0A 5D8KB 2EA4A 1SFUA 2ISZA 3ISPA 1MD0A 5E17F 4ESFA 3EQLF 3GO5A 4HAMA 1FOKA 3LAPA 4AIKA 4P9FA 4WCGA 2D2WA 2F5DA 2J5PA 4AWXB 3BDDA 3FMRA 2UXNA 2V1DA 3VFZA 4P55A 3LA3A 2XKPA 4LLLA 3QRFF 1S7OA 3ECOA 1PDNC 2VC1A 2P7CB 3GEZA 2K4BA 2QBYB 2NAZA 1ZG5A 2TDXA 2W25A 4IHSA 4Q5SF 2CQKA 4L5IA 3I71A 4RB2C 4E70A 4I0AA 2AXLA 2E7XA 2K02A 1RIOH 2P6TA 4DQ2A 1MKMA 3J80K 2M8EA 2V9VA 3FMSA 4M9ZA 1SAXA 4KDPA 2LF7A 3M1EA 2VC0A 1J75A 3WE3A 5D5VB 2DAOA 1H9GA 1OYYA 4BQAA 2MA3A 4L0YB 4Z2YA 4FX0A 1WQ2A 4A6EA 5K5QA 2V1UA 1USTA 4DNCA 4ZH4F 1GHCA 4D0PA 1IAWA 2JT1A 2Z3YA 2IA0A 3QP6A 4XSZF 1P92A 3EETA 4EQQA 3GFIA 1G3YA 3ZQ7A 1ZGAA 3ZPLA 3L00A 2ZXJA 1ZG1A 2NYXA 1G3WA 1T0FA 5L3GA 1FYKA 5CJ9A 4OMZA 4BHPA 2PQ8A 2HKXA 2IW5A 3C1DA 5L3BA 2BEOA 1YW9A 1U5TB 4P5OA 4IRIA 3WTTC 1FX7A 3LAJA 1FY7A 3W6JB 4UNOA 5J8CA 4JVDA 4IPAA 1DDNA 2RVCA 2DO7A 4XLPF 1ZRCA 2JSCA 4A0XA 5D6FA 1ZLKA 4S05A 3KZZA 5F6FA 1DP7P 4WXDA 1IXCA 2ELHA 3E6BA 3FWEA 2HQNA 2HS5A 1R1TA 2L4AA 1GVJA 2MLKA 1IUYA 1W5TA 3RPUA 4HOBA 4OIQF 3MEXA 5ICEA 4A5NA 3K9TA 4U0YA 5HDGA 3QPTA 4L18B 3D5LA 1D5VA 1IZ1A 1UHMA 1K78A 2DK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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