3K1MA

Crystal structure of full-length benm, r156h mutant
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
total genus 96
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA03
2ZKZA 1GTKA 2VE8A 2Q2AA 3MAMA 2FSWA 2HDCA 3PMXA 3GZ5A 1ZHFA 3RUMA 2RKHA 2B3BA 4DXBA 3IWZA 4DLDA 1URGA 3RTFB 1KYWA 3FXQA 3C36A 2V6CA 2VT3A 1B4ZA 1BIBA 2NVUB 1FQEA 4FJPA 1MD0A 3S9EA 1QZZA 4IF4A 3J7AO 2ZFWA 4R72A 3T9HB 1N04A 3GUDA 2DVCA 3VLUA 4MH5A 2Z8EA 2EA2A 2F5FA 1PEBA 4E0XA 3F8FA 3MZ9A 3M3FA 4LP2B 5K2XA 4IPAA 2VT2A 5IT9K 1Q35A 4MBPA 1ELJA 4U0WA 2FYIA 1PB9A 5LHIA 4UV8A 3ECHA 4OIOF 1JVYA 4THIA 3O97A 2B0LA 1WI9A 3IK6B 2LDUA 3MZ1A 3Q5FA 1ZG1A 1ZG5A 3MCZA 3RT6B 3PPRA 4JWYA 1WWXA 2XXRA 5DT6A 1HSJA 5DYMA 2VODA 3DP4A 4GFRA 1Z6TA 3TO7A 1GR2A 2F7CA 4OXVA 5KCJA 3U1OA 2D3IA 2PG4A 5LLQA 3FASA 2QS4A 3IORA 1FP2A 3HRTA 2D1HA 4GXOA 4WEPA 1PBPA 4I98B 4M1VA 2H25A 4OZ9A 3N26A 4QSCA 1KU7A 1J5YA 1FTMA 3QU3A 3CR9A 5BPDA 2E1SA 5KCJB 4L9VA 1K6OA 4YKKA 3CUQC 5LBQA 3FWEA 3KP3A 1TT1A 5ILVA 3K2DA 2K86A 1XVXA 3NRVA 3D5LA 4EXLA 2XX8A 4K3FA 3OO7A 3WGIA 1MXZA 1KA8A 3SEYA 3MVWA 5HPQA 3BOQA 3SDFA 2M5WA 1HW5A 4IRHA 5L9OA 4G6QA 2H98A 2YX4A 3K1MA 5HLIA 4AIHA 4FAJA 3RKYA 1LLSA 3BZ6A 3GEZA 3DM0A 1LAFE 4G8NA 1G3WA 3OSRA 3SETA 3M7GA 1FTOA 2GXBA 5ICFA 4WX9A 4F3BA 1ODDA 1DSNA 3A3UA 2O51A 1TW3A 1GVCA 3GXOA 1J1NA 4XTCQ 5HDKA 1SMYF 1YLFA 1SYIA 4P5OA 5FHOA 1IN5A 4H0EA 4PQJA 2VBYA 3BP8A 4N13A 1XHYA 2ANJA 3OD7A 4KQPA 1FP1D 2Q2EA 1F9NA 4EF2A 3K02A 2I4CA 5E17F 3C32A 4PE5B 3G3IA 1F5TA 1GGGA 4A6EA 1MDMA 4L9NA 3TTKA 1A8EA 1LDKB 3ZMZA 2HYGD 2HR3A 4RK9A 4ZZLA 3FV2A 1BIAA 4N0BA 1UTBA 2Y7WA 5L3BA 1U2WA 4ZE8A 2H27A 2AS5F 2ZNSA 2DBBA 3O2AA 3RLFE 3R6UA 1MS7A 2EWNA 1RKMA 3J81Z 3JTGA 2BBYA 1DTGA 1JHFA 3CG1A 3GBAA 2FBIA 2STTA 2XVCA 5KDTA 1BI3A 4EXKA 1O7TA 5ILSA 2PMUA 1MDMB 1XVYA 1O3TA 4R79A 4PGHA 1B5HA 1K78A 3PUYE 1US5A 4MQ9F 4WK8F 1LBBA 2RGVA 1UTBB 5E20A 1U78A 2Z8DA 3VVDA 4PCQA 1B7UA 4BDRA 3P9KA 3FVGA 4MFIA 3DP7A 2K4JA 3E6BA 4EJWA 1B46A 4RGRA 3QOPA 4HS7A 1B0LA 3S9NC 3A09A 1OVBA 5I59A 3HRMA 5KDTB 2ZCWA 3SZTA 3WG9A 2XD2A 3ZS6A 3K6XA 4TQUQ 4H5GA 2QBYA 1LB8A 3C3WA 5K1YA 3F8CA 1K78B 2H99A 3C1DA 3I58A 2DWJA 4IXAA 4LVQA 2XKOA 1SFEA 2L4AA 1IXSB 4EF1A 2IVMA 4GYIA 4BHCA 2QQAA 2PN6A 2VBXA 2EV0A 3KGCA 4OQOA 4E0WA 3FM5A 4RB1A 3Q25A 4TLLB 5I59B 4HW8A 3KP2A 3UGWA 5H6QA 1IRGA 3E3VA 1R22A 3RPUA 4Q5TA 5D8LB 1OPCA 2LF8A 4OVJA 4YU0A 4ISUA 5I2KB 3KP4A 1UB9A 2ELHA 1IITA 3VE1B 5HOOA 2L01A 3UK4A 2YR2A 4OFJA 3T9XB 3EQ1A 1SI1A 2DT5A 3MWBA 3SZPA 3E5QA 4N9HA 1Z05A 4XLPF 1EZ9A 2F5EA 1LVAA 3VLWA 1O7FA 3S2VA 5E8IA 2ALUA 3BJOA 3A3CA 1SFXA 4LFUA 5DV5A 2V25A 1MQJA 2JSCA 4ZECA 3DPTA 3KFMA 3GBBA 3FUZA 3KFWX 2CMOA 3GX4X 3ECOA 1FY7A 1B32A 5F7VA 1DPUA 3U92A 3S9LC 4BH9A 4N6PA 4HF0A 4FORA 2IPQX 3OO6A 3SKPA 3IR1A 2O7IA 4TLMB 3H6UA 1FQAA 3HOSA 2Z33A 1S6LA 4KMFA 3I54A 2LNBA 4KFCA 1SW2A 1HQCA 4KCCA 2UZKA 1D9YA 1T0FA 1A8FA 1DOTA 1UIUA 2XXWA 2W84A 4MLVA 4QSEA 4ZYEA 5B70A 3P9IA 2ESNA 3CFLA 1IUDA 1FQFA 2CWEA 5HS8A 3FIRA 1T2KA 2PX1A 2ZYOA 5AA2A 2P7CB 2QJEA 1WDNA 5DUIA 4BDNA 1Z91A 2FNPA 3TCGA 2ZXJA 4OIQF 3KZGA 3WU0A 1R6ZA 4H0WA 2UVHA 3UP9A 1RUNA 2KIMA 4NWDA 2PBIA 1VR5A 4X1DA 2KLFA 6PAXA 5TRDA 4IO7A 4HZFA 1QPMA 4I2OA 3RQTA 3O9PA 2XXIA 2HS5A 3Q28A 2HKXA 1S7AA 2RKMA 4RNSA 5AA2B 3PMWA 2MA3A 5L3FA 1MXXA 2HZKA 3U72A 2W24A 5M2VA 3GF2A 1E17A 3JAMK 3DQVC 2GIVA 1EZPA 2HEOA 3RKXA 4AB6A 4OYVA 4YB6A 1TNSA 3LA3A 2VD3A 2PT1A 3BJAA 2F78A 2P6TA 2V3UA 1YW8A 3CJNA 2DOJA 3RT8A 3ZKLA 5KZTA 1FYLA 1MQHA 1P1WA 1REPC 1Y9UA 2OJTA 3KBRA 1GV8A 4KYWA 2HTJA 3IO6A 2PBWA 1R5HA 2FBHA 1XOCA 5L9MA 4G8XA 3O6IA 2VC1A 4XKRA 1NMUA 4HYEA 4F3SA 4WEDA 4R1HA 1MY3A 4IRIA 1R5GA 4M73A 1D4NA 2VP1A 3WE2A 2TDXA 3TO9A 4MTDA 1ZKBA 4CXFA 4M9ZA 4ZEIA 3TELA 1H44A 1OIBA 3LSWA 2DQLA 2CGPA 3CRBA 2UXXA 4JSOA 1Q1KA 4Q48A 4L9TA 1K79A 2XXYA 2FXAA 1IF1A 1DPRA 4LJZF 4YKIA 3FJGA 3HRUA 3KOTA 3RNNA 4GGGA 1XGMA 5L3GA 2QVOA 4Q8RA 1S7YA 5FLXK 3OEMA 4KYSA 5I2NA 3KP7A 5CVUA 1ZRFA 1BBYA 2NUVA 1CE2A 3EYYA 3ZMTA 3W15C 4OOIA 3HYIA 1IXIA 5LHGA 3D4GA 3G3HA 4G2ZA 4XKNA 3ULQB 2FOKA 1ZYRF 3H92A 1ZRDA 1AH5A 2RC7A 5I58A 3H3UA 1XGOA 3WODF 1QZYA 1DP7P 3K4UA 1FQCA 1BC8C 2V79A 2THIA 1B3HA 3AAFA 3GZ6A 4LQ5A 4GQOA 5I2NB 4R6YA 2H09A 4DXUA 4KHZE 4NEDA 1OVTA 5CJ9A 3VLVA 2IJLA 2Y75A 2VBWA 4GYGA 2R7DA 3CSGA 2XAHA 4AVPA 5JFRA 1BI1A 3F11A 4XIGQ 1XC1A 2I49A 2X7PA 3E4RA 3DPLC 4PFWA 5KVRA 4O3CA 2MLKA 1P1UA 3BY6A 4R75A 1SMTA 3EYIA 4H8IA 5B7DA 5HLGA 3ZMVA 3MZBA 5DYHA 2NAZA 4O3MA 4HBLA 4LD5A 3ML6A 4FEDA 5AA4A 3O2PE 2IA1A 2JT1A 4OETA 3S4UA 4Z2YA 3CTAA 4I8CA 3QAXA 4OESA 3L2CA 1FBQA 1G3TA 4K2EA 1ATGA 2CQKA 3QPHA 1USTA 3OSQA 3KLNA 4RK2A 2K27A 3R0AA 4KIGA 4CGZA 3WU1B 1FBSA 4ZEBA 2E7XA 2UYEA 5K5RA 1MJ9A 4WXCA 3KZZA 2I6EA 5IT9Z 1VE4A 4F7ZA 4KDPA 3G3GA 4PP0A 5AA4B 2WTEA 1ZTYA 1Z6RA 1Y3NA 1JW5A 1QBJA 2L3DA 1MRPA 4JBZA 1QNTA 1BTJA 4U0YA 4A6DA 1D8KA 5CC2A 3C9HA 3O6BB 1TQPA 3PUZE 1IEJA 4JDFA 2HOEA 1M5BA 4ELOA 1PB8A 4WXHA 2R6GE 2FEZA 3W6JB 2GFEA 1JETA 3IOVA 2D1VA 3T1BA 4YZZA 2G29A 1L0OC 1SW5A 4I0BA 5A5XA 4PGGA 2D5WA 1P92A 2HKOA 1P4XA 1I6QA 2DXRA 4LQ2A 2I3VA 4DCYA 4ZZEA 4WXJA 1G6NA 3O66A 3SXYA 1BKAA 4G77A 3CLOA 5LGNA 1XGNA 5IAIA 1TLHB 1KYZA 3HUGA 4QFNA 1M5FA 4H67A 1FZPB 5A5XB 1ANFA 4OMYA 4KN4X 1H0MA 1XSDA 1H43A 4BXUA 2FF4A 4YB7A 5D5WB 1ZN2A 2F7BA 3QK6A 2NS0A 1UTHA 4IO6A 3K69A 2H4IA 3B73A 3CUQB 4R2FA 3KP5A 2VHAA 3CIJA 3PD8A 1F9BA 4H5FA 1E2XA 3QSLA 1EH8A 1PUEE 4NF4A 1B5JA 2YPRA 1POY1 1QW0A 3I64A 2O8XA 4QF9A 2Z8FA 2M87A 1P1NA 4S05A 2F6GA 1IN8A 2NXOA 1TQMA 4PDKA 2FA7A 3E13X 1UTHB 4LG0A 3UA8A 5DVIA 5FTIA 2DQRA 3LA2A 4Y15A 4Z7EA 3MZYA 3VOEA 3WTZA 3PUVE 4NTLA 1B9JA 1I6AA 4WKMA 4ENNA 4F1VA 3Q29A 3GFIA 1RIOH 2H9BA 4NF4B 4NB5A 3HHGA 1Y3PA 3CI8A 2W25A 4XSZF 1POTA 3RPWA 5EHMA 1G4DA 2JTVA 1I27A 5LGUA 4X48A 2ESHA 4EUOA 3FM3A 1ZLJA 1W5SA 5JHUA 4X1BA 2NNNA 3WTUC 1MH3A 3VFJA 5E18F 2A6HF 1U8RA 4P11A 4OWDA 4P96A 3I5OA 4ELQA 3T9UA 1C0WA 2W57A 1ZH5A 2DE2A 2F34A 3ABTA 5D6FA 3EQLF 4M71A 3OELA 4G4PA 2XUBA 3K1PA 1JQFA 5DD4A 4YAHX 3DLNA 5IT3A 5J8FA 2GHBA 5DVFA 1UQWA 4UVCA 4ZYGA 3R6SA 2DO7A 3BFUA 1MJBA 1B58A 3IRRA 4KPTA 3TTRA 1YO5C 4FX4A 3R26A 5A2QK 3B02A 4FX0A 1A55A 1USYH 4Y13A 4IY5A 3V5AA 4IO4A 2HEUA 2M45A 3OO9A 1FPQA 2NOOA 2O61A 3LFKA 1B59A 2EB7A 1OMPA 1QUIA 3T5XA 5HM4B 1J0RA 1Q1HA 4KYDA 1ULYA 4H1XA 4MEYF 3USDA 4L5JA 2EFPA 3V83A 5BQTA 1D8JA 1PBQA 2HCAA 2GA2A 2V3TA 3TMGA 1TQIA 2A68F 2XAJA 4RAZA 2QL3A 2Q8JA 3IL1B 4G7ZF 5DCFA 3LAJA 1LNWA 3RYRA 1GHCA 1B7HA 4HLYA 1SFUA 3T8TA 2DK5A 3LSLA 4XBFA 4LGWA 5L3CA 2HQ0A 3FD3A 5LHHA 3LSXA 1LDDA 1FTJA 3MC2A 1SD7A 2AIXA 5AIPA 5DVJA 2DVZA 3PU5A 3KJTA 3IAZA 1UHWA 2V93A 3IJXB 3TCFA 2XHKA 2IA2A 1FQDA 4KCDA 1JEVA 4ZEDA 5ICQA 4FHTA 4H8JA 2O84X 2ONRA 4F31B 3QAHA 2XXHA 2QWWA 4TV7A 2XX7A 4NF8A 2GQQA 1MY0A 5I56A 3QPTA 1P6RA 1HW1A 1Y0UA 3F8MA 1B3EA 1IAWA 3I5UA 4I7HA 2BEOA 2R3SA 4U1OA 3TTNA 1FX7A 2O7UA 4NWCA 1T98A 2DFIA 1MKMA 1CF7A 1NHAA 1ONVA 2JZYA 2QQ9A 2L4MA 3SEXA 1SDXA 1EH6A 1H3DA 2XRNA 3WE3A 3QXMA 4ENJA 1P99A 3ZKKA 1XN7A 3BKIB 3QP5A 5FFZA 4AD9A 2H6CA 4U4SA 1J7KA 5D5UB 4LLGF 5J1DA 4ZH4F 2XX9A 3B7DA 2GRVA 1R36A 1VSOA 3PFIA 1RYXA 1G3YA 1M5EA 2FQ3A 1CF7B 4RYAA 5E1XA 1WODA 3DV8A 2P5KA 1EH3A 4BDOA 4PZJA 1P4WA 3WGGA 1OKRA 1AOVA 1SD5A 2XKPA 4KA4A 1I1GA 1T38A 3I6VA 3S2WA 3TPAA 3G73A 1XMKA 3HHHA 1V4RA 3OEKA 1YTYA 2VOZA 5TPAA 1YTVA 4GD5A 1USSA 3T9VA 1T6SA 4ESWA 4HDVA 2RC9A 2OLBA 1B05A 1MQDA 1QULA 1TBXA 5HLHA 4UACA 1B9NA 2EA4A 4MLQA 3K6VA 2P2AA 4QFOA 2F35A 2ZMBA 4OEVA 1P1OA 5TPAB 2CW0F 4P0IA 4M6XA 3VXBA 2FBKA 4I0AA 2BJJX 3KP6A 3TOAA 4QHQA 1LB2A 2FE3A 3MQ0A 4AIJA 3UIFA 1ZG3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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