3K1MA

Crystal structure of full-length benm, r156h mutant
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 96
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA03
3S9LC 5TP9B 1V4RA 4R74A 1WRJA 3I64A 1ZGJA 4XKRA 1XCBA 2QMXA 4RS8A 1DUXC 4ESFA 3O2AA 5IT9K 1XCVA 2H27A 4YKJA 3L2CA 3TCFA 1S8NA 3T0YA 1NH8A 5LEKA 4RA1A 4F2OA 4KDPA 1TNTA 4O3CA 4G68C 5AA4A 1B05A 1WI9A 4L0YB 3KN8A 4UVBA 4X1DA 3VDFA 4E70A 1OVTA 2ELHA 1YYVA 3I0TA 1XMKA 3WAEA 2IA0A 2F6GA 4UNOA 2P7VB 1FTLA 1UTHB 3Q29A 4OVJA 2FQ3A 4HV6A 2I4CA 2VGQA 3UK4A 3WTWC 3G3HA 5BPDA 2XD3A 3M3LA 1HW2A 2CZLA 1SD7A 3QPTA 1N3WA 3RTFB 2H09A 3PQKA 3WGHA 1Z91A 2H4IA 2D2WA 1US4A 1U5TA 3U8QA 4LG0A 3GVAA 4OMBA 3KP6A 4ZE8A 3CUQB 2O7UA 4LK1F 4ENMA 3VLUA 2YSRA 5D5WB 1MQGA 3KCCA 3KEOA 3ZMDA 2IPQX 3O29A 4FT8A 3L6HA 4RAZA 2GRVA 4DE8A 2QPQA 3FMQA 1NNKA 3KLOA 4KPTA 3EN3A 2V3UA 1DPPA 1I69A 4OYVA 3OO7A 2NOOA 3FVOA 4EV0A 5TJJA 3H06B 1S50A 3BZ6A 1D4NA 2ZXTA 1II5A 3DP6A 3RT6B 4GYIA 5FD5A 4A6DA 5LHIA 5FFZA 3ILTB 5AA1A 3GLBA 2DVCA 3P7NA 3AAFA 4Q48A 1P1OA 4NF5A 2P6SA 1QZYA 1JW5A 1FY7A 4TLMB 4G2ZA 3KN3A 4KYDA 2OWSA 1MXXA 3S2WA 3SEUA 3TOAA 2THIA 1FP2A 1REPC 4Z0IA 3O2PE 3RPQA 1YPNA 3GBBA 3IR1A 3PV0E 2DVZA 3PUXE 4ESBA 1UCRA 2AXLA 5KVRA 4EM1A 1TQMA 1R9LA 2GHBA 2DE3A 2EK5A 1H0MA 3V8XB 3R7XA 3IRRA 1DTZA 4I2OA 4DNCA 4F1VA 2OZ6A 3E5UA 4ZYDA 5A5XB 1OYYA 4IO5A 5F1QA 3ZN1A 1JW1A 1T38A 2YJPA 5I84A 3I5UA 3TZAA 3L6GA 2XXXA 3D5LA 2RVCA 3SZPA 4EJOA 1BIYA 3VVDA 3D0SA 4P55A 3MZYA 2UVJA 2R3SA 1JE8A 3R0JA 4B09A 4UHTA 3HTUA 3J81Z 5LGUA 3ABTA 2DSFA 1IXRC 2DTRA 3CG3A 2LNBA 2XXQA 2MD5A 2PG4A 1XVXA 2L02A 2P6TA 3IWZA 3MC2A 3V7CA 1A7LA 2F97A 5I2NA 1AH5A 2AS5F 1R36A 1B3EA 1IIWA 1KGSA 1LAGE 4IGRA 3MBPA 1E17A 3KP2A 5ISUA 1U6GA 1SFEA 5L9SA 5H8NA 1PP8F 3HIFA 3DELB 3QP5A 4G7ZF 4YFXF 3WG9A 2VBYA 5ICTA 4GIZA 2VXZA 4AVPA 3MAMA 3T8TA 1FPQA 2PMUA 2D3IA 2H99A 1IRFA 1NKXA 4BNCA 2V25A 4G8XA 4XSZF 4U4XA 5FLXZ 1A99A 4HCYA 3I71A 4RGXA 2XKPA 4L18B 4U7BA 4G6DA 3OEKA 4LMYA 4I9DA 1BIBA 4BDOA 4OIRF 1H9GA 3KOTA 2FF4A 1B59A 3RKXA 4BDLA 3RQTA 4WCGA 3T9VA 4F29A 1LCTA 1KU9A 4RB3C 4GXAA 1IXSB 2R9JA 2Y7PA 2NNNA 4P9FA 1RI7A 3TDJA 2IEEA 1NL5A 2W57A 2Z23A 3O6HA 3J80Z 1ZAOA 2A6HF 3H6VA 3IOWA 1P4XA 1B3GA 5DCMB 3S2VA 1XHYA 3OELA 1MM7A 5I58B 3B7DA 2DE2A 3WU0A 1FQFA 1ON2A 1XD7A 1QZZA 4U2RA 3GZ5A 1MDQA 5HLHA 2OZZA 3TO6A 3ABUA 4IO6A 1FX7A 2H9BA 2PT2A 3IO6A 2RC9A 4DCYA 1R58A 1XN7A 3K2DA 1HKSA 4AB6A 3IC7A 3N4MA 1H43A 3UP9A 2QYOA 3F22A 1B1XA 4LZ8A 5CVRA 4GXSB 2OQGA 3IB2A 1ZLJA 1R7JA 3PGFA 1Q1KA 1QJMA 4WX9A 2HTSA 4GXOA 2HOEA 4OWDA 2LF8A 1K6OA 1J5YA 4HTGA 4Y15A 3IO4A 4EF2A 3KN7A 1FOKA 4X1BA 3FWEA 1PC3A 3FV1A 3RY3A 4HQEA 3Q27A 4HYEA 4O6JA 1MQHA 2P2AA 2D1HA 4I0AA 4QFOA 4ELQA 4OZ9A 1T98A 3M8FA 3R60A 5H8HB 3BPVA 4IRHA 1T0KA 1XVYA 3O66A 2F7AA 4EJWA 4AB5A 2D21A 4ASNA 1MRPA 4KMUX 5CVVA 4IVNA 4Y13A 2YPRA 1SBPA 3S9MC 1B51A 2FBHA 2Z3YA 5AIPA 4FIMA 5I2KB 1IAWA 2XGXA 4HF2A 1LFGA 3SEVA 1SQYA 1IQ7A 2EA2A 3O28A 4NF4B 1GXQA 1KQ0A 3HRTA 3EYIA 2D5WA 1MY2A 3KEQA 3GLXA 1B2HA 3K6WA 2V1XA 5D8LB 1P4AA 2W85A 3T9XB 4RAYA 1HSJA 3SKPA 1XC1A 2Q8JA 3R6SA 1LBBA 1B9JA 3IB1A 5AA2D 1KQ9A 2Q8KA 4JB7A 2D45A 1TXFA 3K2ZA 4UACA 2HGCA 3WTUC 2GA2A 3IORA 3N5LA 1LLSA 2EV5A 1L0OC 1IN4A 1P99A 5KDTB 4R1HA 4M73A 3CUQA 5HLGA 1O64A 4UV9A 3GW2A 3NEUA 3I53A 1R23A 4M74A 2NYXA 3R61A 4XRFA 3T9HB 1GXPA 5LRRA 1MH3A 3WU1B 4JWXA 2LAOA 3O9PA 4A5MA 1FWZA 3K69A 2FMYA 2KJCA 3VFJA 1YO5C 4M4GA 3RKWA 2J5PA 2W84A 5LHGA 4YIIA 1RZ4A 3FVKA 3O97A 1H76A 4AWXB 3TQWA 2VOPA 1PUEE 1YFHA 4BH9A 1JW4A 3QIMA 2HYFA 2DXRA 1XSDA 4MTDA 1HW1A 3C18A 1AL3A 4H5FA 4WEPA 1D5VA 5BWJA 3MPKA 4WF2A 1W5SA 2NXOA 4MFIA 4UUVA 4RK9A 5CLSA 3U1DA 3ZQ7A 3LUYA 1Z6TA 4OTEA 4F1YA 3F6OA 4HW0A 4JBAA 4MHGA 2HZLA 4YZZA 1QGPA 2HZKA 3E13X 3HRMA 1W5TA 2O69A 2Q2AA 1ANFA 4I0BA 2Z22A 1EH6A 1UB9A 4U23A 3KJTA 5L8DA 3DEUA 3E6CC 4KA4A 3ERED 2QQ9A 4LZ7A 4UVCA 2OD5A 2X7PA 3VLWA 2M30A 2MH9A 3C3WA 2XXVA 1Y1MA 5A5XA 5ILVA 2RDPA 5TU0A 2DS9A 4L9VA 3LSWA 5JTYA 3CG1A 3VB2A 2VODA 4KCDA 4OETA 4EQ7A 1T2KA 4G7HF 1LB2A 4XTCQ 4IO3A 1MPCA 3IRQA 3GFJA 2OWTA 1MXUA 3DFGA 2OK2A 4N13A 2EWNA 1T6SA 2O6GE 1BLFA 1O3TA 3GYHX 2IA4A 4FX0A 3RDIA 2A6EF 1I6AA 1YW8A 4PCQA 4O3MA 2Z99A 5HVQC 3HSFA 1ZG3A 4XKPA 1FQEA 2IRFG 2F35A 3D4CA 3VXBA 4O5VA 2Y0MA 3LSLA 1ZRFA 3HRUA 3CVGA 3V8LA 1JNFA 2I49A 3OO8A 3WGGA 4X9TA 4PFYA 3HUGA 4C1UA 3C33A 5E1XA 5CRYA 2UWMA 3EQ1A 4LD5A 4Z2YA 1D3KA 4H67A 3K6VA 4M72A 1IUDA 4N0BA 4BQAA 2XV4S 4MGRA 2FEZA 4OEUA 1SD4A 1U5TC 3TO7A 4GD5A 3RUMA 2I0CA 5DV5A 4R2FA 1ZREA 3U94A 3C34A 1LNWA 5HDGA 4I1DA 2IA1A 4R72A 2HAUA 2PBIA 3R4KA 2I4BA 3OMBA 1XOCA 2XAHA 1Z7NE 2EV0A 2O7IA 3H4ZA 4WXHA 3SZTA 2X0LA 2F5DA 3KE2A 1MJAA 2JSCA 3T66A 3UA8A 3W15C 3HHGA 3L00A 2JPCA 4U1OA 1AOVA 2P5KA 3BROA 1Y9UA 2QS4A 2QQAA 2FA7A 1NMUA 5EEGA 5ICFA 2AYSA 2FBIA 5DCMA 4RB1A 4GLIA 5LBQA 1A8EA 2WV0A 1ZGAA 4KI0E 3CTAA 5AA2A 3ZS6A 4PZJA 1R6ZA 1WVJA 4EF1A 2Y48A 1NNFA 2A61A 3MZBA 3IK6B 3Q28A 4HBLA 1PB9A 2E7XA 1SW1A 4KYSA 3E97A 4F3GA 4RPOA 4PFTA 2H98A 2Z8DA 5ITPA 4LB6B 3Q5FA 4QHQA 3UORA 3L9FA 4NEDA 2VT3A 1QKBA 4KHZE 1I6BA 2PI0A 1D3YA 4GF8A 2A07F 1MDMA 3MW0A 4R2BA 3MAJA 4AIKA 1W4MA 3CFZA 2YU3A 3FZVA 1B52A 2GAUA 2XRNA 3GF2A 4JBZA 2GZWA 1NHAA 1SD6A 2HQNA 3K6XA 3OOPA 5LEJA 1B6AA 2RNJA 4A5NA 3N6TA 1F4KA 1IN6A 1S29A 1BI2A 4RK2A 2GA1A 3OO9A 3ZKKA 2XXHA 3FASA 3B02A 3O6BB 1LEBA 3CUOA 4BDNA 4EXKA 4U7DA 5F64A 3FVNA 4M1VA 1Y0UA 2DK8A 1OIBA 3EPEA 5BQTA 5D5XB 2DFIA 3CIJA 3DM0A 3FUZA 5FTHA 3MQ0A 2F5CA 1EU8A 5A2QZ 4NQWA 1R1UA 1MPDA 3CR9A 2XX7A 3QK6A 1MY0A 4YB6A 2W7YA 1IXCA 2HFHA 4DZ1A 2YR2A 1FSHA 4LLLA 5LLQA 2RQPA 3AXFA 4R79A 1F9NA 3PPQA 3J7AO 5KDTA 2I6EA 3F21A 3ZMUA 3KFMA 4ND9A 5DUKA 4UXNA 2KKOA 4BHPA 3RI4A 5CMKA 4AQ4A 5H20A 1RNLA 1OMPA 5FHOA 1YQAA 4ZE9A 2QUFA 1O63A 2FNCA 3TUSA 1N7XA 1FYKA 2RCBA 4K2EA 5H6QA 3E4RA 5JVTA 1LCFA 5E17F 2Z9OA 1S9TA 3KGCA 2O03A 2A5TB 3EQLF 4UA8A 3M3KA 2DWHA 2IVMA 2PMSA 4ZH4F 1HSLA 5EEHA 1J7KA 1BIAA 5I57B 3I59B 1R1VA 4AIJA 4I7HA 5ELVA 4QRZA 3F8BA 3FHZA 4HDUA 1AMFA 4R75A 4XLNF 3DF8A 1MXVA 3FM5A 3LAJA 2EV6A 1SW5A 2VN2A 4K3FA 4OFLA 2BE5F 1NH7A 2DBBA 1HXDA 4EQQA 5LGNA 2O1LA 4I62A 4PP0A 1NNTA 1QQIA 2DT5A 2EFWA 4M6XA 2VBXA 2Q88A 4IB2A 4ELOA 3V5AA 2XXRA 4GGGA 2Q0OA 1ZLKA 3QSLA 5JK4A 2HQRA 3LQRA 4IHSA 3TEPA 3KBRA 1TT1A 4HX4A 4ZYEA 3IOUA 4FATA 1R5HA 4YKIA 2M8CA 2CO5A 1FZPB 4Z7EA 3TCHA 3UIFA 4ZS9A 3KZYA 3S9EA 4ZZAA 4U1ZA 3TQLA 2VOZA 3KZZA 3C31A 4X48A 4RGSA 3GBAA 4LZ5A 1IXGA 4ZYHA 2P5VA 3REOA 1TFAA 6PAXA 2DQRA 5ERIA 2O68A 2CMOA 3KP4A 2DPDA 1Y4TA 1B0HA 3CJNA 3KP3A 2NUVA 3DP7A 1B7HA 2OLBA 5FD6A 1BN5A 5D6FA 3PUZE 1DMBA 1MG1A 5HDKA 2ALUA 3LA7A 5HS9A 2QBYB 4LQ5A 4CXFA 2VE8A 4OHNA 4ZEKA 3ZN0A 2BV6A 3C4MA 3LQQA 1PEBA 1MPBA 3A09A 3PD9A 2KIFA 1D8KA 4YMBA 2LDUA 4HOBA 4QWQA 3JAMK 3NRVA 1B5JA 3Q9SA 4NE4A 3RPWA 4WWCA 4OEVA 3F8CA 2DE4A 3W9VA 4BAYA 4QFKA 4P0GA 2IT0A 2DYXA 5E18F 3I3VA 4LA9A 1VE4A 4N9IA 4P96A 4A2UA 2HDCA 2STTA 3IJXB 2HCAA 4Q30B 5CC2A 1QUJA 3OOAA 3B6TA 1I5ZA 2RN7A 1J0RA 3JTGA 4ELPA 4JWOA 1Z6RA 3CUQC 3TAJA 1SFXA 3P9CA 1Q1HA 1R1NA 1B3HA 2F6PA 1YLFA 4YFNF 1RUOA 3WTTC 3HOSA 4KR5A 5FGMA 5JHUA 2NAZA 4GVOA 3K0LA 3K1PA 3OV8A 1VSOA 2P4WA 2B0LA 1O57A 1A40A 3EF7A 5HPQA 4P11A 5DUIA 5DCFA 1M5BA 1CE2A 5FB2A 5J6XA 1MY1A 4PFWA 5I59A 3Q9VA 4FAJA 2ZYMA 2O6AA 2QZ8A 2Y7WA 2F36A 2XVCA 3THIA 1UIUA 1LFIA 1P2FA 3H6UA 1Z7ME 4I02A 4EM0B 5D4RA 2PVUA 1XMAA 2GIVA 4BDRA 2JPBA 5BS6A 4H5GA 1B1HA 1AIVA 3F72A 5K5RA 1JHHA 4EUOA 4LP2B 4AD9A 5DD4A 2V3TA 3DKWA 3HV1A 5LGTA 1I1GA 4KQPA 3V8KA 3BFUA 2QENA 3WAFA 2QVOA 5DDGA 1B7ZA 3A3UA 5DYMA 3MP6A 4A0ZA 2MH2A 3M8EA 5CVUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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