3K1MA

Crystal structure of full-length benm, r156h mutant
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
total genus 96
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA03
3T8TA 5F7VA 5HLIA 2YPRA 2RC8A 4IVNA 1EZOA 2R9JA 3T93B 2QENA 4RB3C 3TELA 3PPRA 1OYYA 4O3MA 3ZQ7A 4A0YA 2M1BA 5BS6A 1N7WA 3KN8A 1ZN2A 2I0CA 2EK5A 1IXSB 4H8JA 4DCXA 1P2FA 1US4A 2X7PA 2STWA 1XN7A 1REPC 2BV6A 5FLXK 3C1DA 3GFLA 3RN8A 1Y1MA 3RTFB 3LSFB 3T5XA 5B70A 5BPIA 3G3HA 3JYRA 5HPQA 1FTJA 2ZNUA 3PQKA 4AVPA 2O7UA 2DP8A 5CVVA 4OMYA 1NNKA 1LNWA 3VXBA 5DTBA 1MXUA 1NMUA 4JBAA 3T96B 3ZMVA 1IXIA 4EXLA 4NTLA 1GXPA 1D8JA 4K3FA 3OEMA 4KI0E 3TTKA 1GHCA 4BDNA 3S9LC 5HDKA 3TQNA 2FBIA 5L3EA 3PPPA 1MXVA 2I3WA 2M8CA 2KIUA 3N97A 2XKPA 4F1VA 2XAGA 4NB5A 4UVBA 1YPNA 4IO6A 5LHIA 2HR3A 1DTZA 3HTUA 2Y7PA 1FBUA 4RGXA 4YKJA 3H6WA 1OVTA 2RC9A 3GWZA 5ISUA 3I53A 4L0YB 3KJTA 4ZDMA 5AE4A 2KIFA 1KGSA 1AIVA 1D5VA 3FV2A 1JXSA 3FGSA 2QSXA 2IA0A 4PGHA 3FM5A 3FZVA 2XXUA 4HW0A 4HV5A 3EQ1A 5CJ9A 1N0TA 1HKSA 2V79A 3FD3A 3Q26A 2HAUA 4QFPA 3FMSA 5DUKA 2F34A 2RKMA 2VC0A 2AYSA 1D4NA 5JEIA 4IJAA 1FQFA 5JTYA 2DXRA 4F31B 2QS2A 4XXUA 3KN3A 1ZREA 3UORA 3SFZA 2W57A 2F8DA 3IB1A 4H65A 4DDDA 1UB9A 2I6EA 3I59A 3FVKA 1U5TC 3IWZA 3OO9A 2B0LA 1FQDA 3MQ0A 1O7TA 1ZG1A 3IR1A 6PAXA 4CO8A 4MBPA 4ECFA 2HGCA 3SXYA 5D8KB 1DPRA 1USTA 3VLVA 2UWMA 2Q2CA 4HCYA 3QAHA 2Z8DA 2ZYMA 2XXTA 1K7AA 3H6TA 3PFIA 2LDUA 4JBZA 3LAJA 4HX7A 4FORA 3BROA 4WK8F 3SZPA 2DQRA 4KIGA 3ZSFA 3Q29A 1A99A 1URDA 3SKPA 4KYSA 5I2NB 3E5QA 4HBLA 4R2BA 2EV6A 1J9IA 4YKIA 3WU0A 3D5LA 2WC2A 5DVIA 4JSDA 4F18A 3ZKLA 3WG9A 1RKMA 2RCAA 4GF8A 3DP6A 4MLQA 2M5WA 5D5UB 4KDPA 5I59A 2P4WA 1YLFA 4OENA 3RPQA 3PD8A 5I57A 3H92A 5F64A 1B7HA 1OMIA 3B02A 4GCVA 3VB2A 4ZEIA 2VE8A 1TQMA 5DCFA 2COMA 1UCRA 2B65A 5L3GA 4X9TA 3KEIA 2C6YA 4RXLA 5FO5A 4KMFA 1J2XA 3CLOA 3TOBA 2DAOA 3ZMTA 1L3LA 4GOTA 4F3BA 1N76A 3A3UA 3QUJA 1ZLQA 4G8XA 4MH5A 1B0LA 2NNNA 4IO4A 3MZ9A 2OZUA 4EJVA 5FHMA 5I2KB 3JZJA 1HW1A 3IL1B 3I64A 2HQ0A 4RB1A 5LHHA 1FNNA 2O6AA 2D2WA 1S6LA 1T38A 1UHMA 4GIZA 3T0YA 1YTYA 4XKQA 4EQBA 3TCGA 1Q35A 4YMBA 5LGTA 4R6YA 1ULYA 2VT3A 1Z91A 1MY4A 3E5XA 3TO7A 1Y20A 3C7JA 3RLFE 3JW4A 2MD5A 4L9VA 4FJPA 3PD9A 3J80Z 2O6GE 1OIBA 1YCJA 3IOVA 4YFXF 3QUFA 2R3SA 3VE1B 4YB5A 3OV8A 1F9BA 1P1UA 4S04A 4ENJA 2ESNA 1Y9UA 1QKAA 4OFLA 4BDQA 4FT8A 3CRBA 3SEUA 2QPQA 3I0TA 4XKRA 3C4MA 4I8CA 1R5GA 4KIBA 1RUNA 1JEVA 2ONSA 1DOTA 3T9XB 1EV7A 2YU3A 2P0SA 4U2RA 4M1VA 5IT9K 3PUZE 1BI2A 2EFQA 2DU9A 2Q89A 3F72A 3U72A 3N26A 2ZXTA 1PEBA 4ZYHA 3I58A 1OQGA 4JB7A 2PBWA 1P6RA 3RDIA 3CFXA 3G7WA 1PDNC 4H5GA 1ODDA 1Y4CA 1MQGA 3WAFA 5FD5A 2VN2A 3U8QA 4QFOA 3FVNA 1W7PA 2FE3A 2Q8JA 1FCKA 1LBBA 2K27A 3EF7A 1VFEA 1BP5A 4WEDA 1BLFA 1JHHA 2VOZA 3HOSA 2VBXA 4I0AA 5AA1A 3I59B 4BLAA 1QNTA 2X26A 3K1PA 1GTKA 2REJA 1YS6A 2GA1A 3P9KA 2FNPA 1XVYA 3HV1A 3KE2A 1G6NA 3N5LA 2RV8A 3ILUB 3F8MA 3KLOA 4P5OA 3ERED 1LQ1A 1B52A 1LCTA 4AIHA 1QUKA 3K1MA 3MVXA 2RNJA 1SQYA 3PUXE 3WGIA 1EZPA 4IF4A 2FNCA 3F23A 3TYHA 4U1OA 4RK2A 3G3IA 2PT1A 4A5NA 1CGPA 1R1UA 5E17F 2R7DA 4IRIA 4QLCU 2HZLA 3CDHA 2XX7A 4BNCA 3S4UA 2CZLA 2OK2A 4ZE9A 1XSVA 4PFWA 1OKRA 3B6TA 3T9HB 3TQLA 4U1ZA 4R72A 1R9QA 3QSLA 2O8XA 4HA8A 3J81K 2XUBA 4M6XA 2AL5A 2VD3A 1B4ZA 1QGPA 3HRMA 2P2AA 1OVBA 4LLNA 2Z99A 4PQJA 5ICFA 4WWCA 3BWGA 2OD5A 3FATA 5L3BA 4OIRF 5K2YA 4NMYA 4ELOA 3TPAA 2DK5A 2THIA 1I5ZA 4ISUA 3EHSA 4B8XA 5DDGA 5I59B 4OERA 2I3VA 2Z5UA 4G8MA 3UA8A 3EYYA 1FQCA 2FBHA 1T98A 2L01A 4KUMA 1A8EA 5I57B 3CO6C 3JTGA 3KZZA 4LP2B 4OEVA 3KBRA 3UIFA 5H8FA 1S3JA 2YSRA 3ZP5A 2HKOA 5FTIA 4KICA 1UTHB 4RK9A 3MEXA 4F1YA 3RPUA 1SDXA 5KK1A 1O3RA 2RN7A 2VC1A 4Y15A 1FTKA 1WDNA 1IN7A 1H9TA 2XGXA 3MZ1A 2XXQA 4DLDA 1ZIUA 4OVJA 2TDXA 1YS7A 1AMFA 4YKPA 4Z2YA 3N6UA 3F8CA 4FEBA 4GO1A 4POWA 4R8HA 4L5IA 2R71A 3QIMA 3M3LA 2NAZA 1YTVA 4ZZLA 3LC8A 3M8UA 2V6CA 3GX4X 3EN3A 5LRRA 1QQIA 3PMXA 4JXIA 1B59A 2FMLA 4XRFA 3RTRA 3IB2A 3IJXB 2QWWA 1SAXA 3RT8A 4OMBA 2IA1A 3C9HA 3K2ZA 2Y7KA 1OYWA 4B09A 4FX4A 1WVJA 1FSHA 3C35A 5ILSA 1D3KA 4HZFA 5HS8A 3F11A 3MJNA 5EYFA 5DVFA 4GYGA 2OU2A 3ROUA 4F2OA 3GXOA 3IRQA 3I5UA 2P1SA 2M87A 4H67A 1B3HA 5HOOA 2HEUA 3HSTA 1R6ZA 2H25A 3NRVA 4EDPA 2VOOA 2F7CA 2FQ3A 2YX7A 4M9SA 4QSDA 4QFKA 2PMSA 5EHMA 1VR5A 2G29A 2VXZA 5ICQA 3GBBA 3ZS6A 1LB2A 2W84A 1EZ9A 5A2QZ 1L0OC 1ZRFA 3HRUA 4F2QA 3OXNA 3D4CA 4XSXF 4OFOA 2K4JA 4NF6B 1KWHA 4EVIA 2VP1A 1IEJA 2KIMA 3QAXA 4KD5A 1W7PB 3EHTA 5TPAB 3BKIB 2GA2A 3OSRA 3K6VA 3VDFA 1I1SA 4LQ2A 4Z7EA 3V8XB 1ZH5A 4GWOA 4BDRA 2IJLA 1MH3A 3WAEA 1ZBMA 2ISZA 3G73A 3O6GA 4R6KA 1B5IA 5JFRA 3MC2A 3V7SA 4NF8B 1SD6A 1S7AA 4I02A 3HO7A 1G3SA 1KU9A 1FYMA 1OQHA 1IZ1A 3IHUA 1AOYA 3CFZA 3ABTA 5CLSA 4EJOA 1RZ4A 2AL4A 3MVWA 4I01A 2V9VA 3L00A 2DFIA 4ZYDA 3U1DA 1M5FA 1SW5A 3VLWA 4P9UA 2QQ9A 3V8LA 4HDUA 1MJ9A 3RTWB 3L9FA 3K0LA 2EB7A 2NOOA 3KSXA 2OCUA 4MTEA 2ESHA 2LKPA 3RKYA 3H3UA 3K01A 2UXNA 3DQVC 5FLXZ 5D5XB 5B7DA 5BOXA 1SYIA 2Y75A 3DLNA 1B58A 1ZJLA 1B6AA 1II5A 1MY1A 2W24A 3OO6A 3DP7A 5CBRA 1V3FA 4NEDA 1MM6A 3RKXA 4H6DA 5ITOA 4GQOA 5FD6A 5I2NA 4LZ8A 2UVJA 3BPVA 5H8FB 3QU3A 4HLYA 2DWJA 3TTRA 2P8TA 4ZEBA 3KFWX 2QM3A 5FB2A 4EQQA 3V89B 2FMYA 5CVIA 1TWYA 3FJGA 2HAVA 1IXCA 1P92A 5E8GA 4L0ZB 3HCQA 2OQGA 2QS3A 4HX8A 3MAMA 2QMWA 4RGUA 1SI1A 5TU0A 4F3PA 4O3CA 3CI8A 2FBKA 2HZTA 4A12A 4THIA 5D5VB 1KYZA 1NFTA 1FYKA 1KU3A 4G68B 4YAHX 3ZMUA 4NF5A 4QSEA 3TDZC 2BGCA 1B5HA 3P9CA 3BZ6A 3E6BA 2LF7A 1ZGJA 5FFZA 3IKTA 1A55A 5BUUA 1FBQA 1HXDA 4ELRA 3C36A 4OETA 4YMAA 5I2KA 3MPKA 1J7KA 3RGYA 4XTCQ 4O5VA 3DEUA 4LG0A 5BPDA 4FATA 3QU6A 1B7UA 5ELVA 1ZKBA 1FQAA 4U23A 5DYHA 1LFGA 4JWOA 1URSA 3SEWA 3QP6A 1B4HA 2QQAA 3IOUA 3E13X 4LATA 4NF4A 2HDCA 1P4XA 2E1CA 3F8FA 1M5EA 1DUXC 2DQVA 2DWIA 1MJBA 4AWXB 5KZTA 2EFNA 3TFLA 2B3BA 2Z8EA 3C18A 2Z9OA 1SYHA 1WRJA 1V4RA 3GEZA 1XGNA 3HSRA 4P96A 1YAEA 3FMRA 3H3GA 4HQMA 3DKWA 1LVAA 4YB6A 4PFYA 4ZZDA 1GVJA 2H9BA 4NWDA 3RY3A 1TBXA 2YR2A 1XCBA 3G3GA 3WTXC 3GW2A 1NNFA 4JWXA 4ZECA 2IEEA 4RAYA 4I62A 3C32A 1BIBA 1MD0A 1T2KA 1BC8C 1FQEA 2AS5F 1NKXA 2ANJA 1LAFE 3G3FA 4ZEFA 2DQLA 1LEAA 2JT1A 1TW2A 1B3EA 2GAUA 2P6TA 4ZYEA 1LB8A 1ONVA 2KLFA 5L9MA 3H7MA 1IRFA 4UUVA 2NWJA 2ACJA 4P55A 5I84A 3RKWA 2DVZA 1MS7A 4XIGQ 3FJ7A 2X4HA 3DXJF 3KOTA 2MLGA 4Y17A 1S9TA 4NHJA 5FFXA 2F2EA 3F8NA 3HHGA 1PB7A 2D21A 2IA2A 2A6EF 1N3WA 2JSCA 2NUVA 1D9YA 1LAHE 3MZBA 3KZYA 1DPUA 5AA4A 3HOTA 2UXAA 3FX3A 2CO5A 3I5OA 3KZGA 3FM3A 5DD8A 3GO5A 5F6FA 3Q25A 4KPTA 2E0SA 3DPTA 3EQLF 3EHUA 1C0WA 1QW0A 2NNYA 4C1UA 1IF1A 3HHFA 3TOAA 2MH9A 2XASA 1WI9A 3BY6A 5L9SA 3KP4A 4LK0F 1YO5C 2FOKA 2DYXA 3GZ5A 4UHTA 4POXA 3CSGA 4M74A 1B7ZA 4QF9A 3I3VA 1LDKB 1CE2A 5I58A 2IPQX 1H43A 2HWVA 4GXAA 2VT2A 3IL2A 1B3LA 4EV0A 1RIOH 3I4PA 4G7OF 5CRYA 2G9WA 3JAMK 1BTJA 5AA2D 4OZ9A 1MDMA 4A0XA 1B40A 5KCJB 4WXDA 3LSWA 2GZWA 3L7WA 3E6MA 1MXWA 2HZKA 1O3QA 5ERIA 1Y4TA 2F5CA 4D0PA 2O51A 4O6JA 4R75A 4PZJA 5L8DA 2A61A 3HYIA 1RUOA 5E18F 1A40A 1FT9A 1SMTA 1QBJA 3DP4A 3WTTC 2IW5A 2HYFA 4OFJA 3CTAA 2CW0F 3RUMA 4DXCA 4MNUA 2HEOA 5LHGA 2ZKZA 1S50A 2IRFG 3VVDA 4LGWA 5IT9Z 2I4CA 4M6YA 4EJUA 2O61A 4U7BA 3ULQB 1FP1D 3FWEA 1JVYA 1SW4A 1M5CA 4CHUA 4KR5A 4LJZF 4UV8A 5CBSA 2BE5F 1UTHA 1E2XA 3C34A 1LCFA 4OQOA 3DPLC 3DM0A 1FSEA 3BDDA 3PMVA 4NF5B 5LRSA 1LGBC 2V1DA 4YIFA 3S9NC 4JDFA 3SZTA 2XX8A 4MLVA 2Z22A 3R7XA 4GLIA 2EA4A 1FP2A 3WGGA 1Q1KA 2V84A 4JSOA 1O3TA 3MVZA 5H8SA 4A6DA 2CFXA 5AIQA 4I7HA 2GXGA 2V1UA 1XB4A 1IN4A 4RS8A 2OBPA 4KYEA 4LG0B 3K2DA 4ND9A 3B73A 3T9VA 2RVCA 4KCCA 2RKHA 4EM1A 1EH3A 2QRYA 1JGSA 1SI0A 1EH6A 3O9PA 1ZGAA 2YPNA 2DE4A 4H0EA 1N3XA 3HRSA 2XAJA 5D6FA 2DI3A 4NF4B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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