3K1MA

Crystal structure of full-length benm, r156h mutant
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 96
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA03
2OLBA 3NQOA 3GWZA 4ZZLA 4EJVA 1ZG1A 2H5YA 2DT5A 3EYYA 3S4UA 3K00A 1B7ZA 2KIUA 5EEGA 3O9PA 4UACA 3F6OA 1GTKA 4CZZA 2G93A 3G3IA 4AB6A 2F5CA 1SI1A 3MFKA 3EHTA 2CMOA 4FEDA 3PQKA 2F5XA 4HLYA 2PI0A 3F21A 3G3GA 1B0HA 2MH2A 1M5BA 3KLOA 3IL1B 1G4DA 4CXFA 1IEJA 3CO6C 2RV8A 3FHZA 4H67A 1BI0A 3EYIA 3TUSA 5FB2A 1HKSA 5KDTB 2XIGA 3LSTA 1R00A 3MVZA 5D8KB 1A04A 5LHIA 2RF1A 1F5TA 2VD3A 3QK6A 2UYEA 1S9TA 2VD2A 3T22A 1E2XA 4LD5A 3HOTA 1NNKA 3Q9SA 2PJPA 3TELA 4OVJA 3WGGA 1GVCA 3BFUA 1MQGA 5LBQA 2PT2A 3UA8A 5H6RA 1ZHFA 3GO5A 3CDHA 3MUQA 2NYXA 3O2AA 3QUFA 4IO6A 2EFWA 5DVFA 5J8FA 5FD6A 4FEBA 2X7PA 4RGXA 4G94A 3MP1A 4JQFA 1IXCA 2V25A 3GLXA 1P99A 3COAC 4KN4X 4G8MA 1K79A 4L9VA 1GVJA 4L18B 3TO6A 3HN0A 4ESWA 5J6XA 1LB8A 1RUNA 2F2EA 1XGNA 2GQQA 1Y0UA 1BI2A 4GRKA 3HRUA 3DP8A 1ULYA 2O61A 1U5TC 4LLNA 1C0WA 4MEYF 1MQDA 4F2QA 1UFMA 3RYPA 5LRSA 2Z99A 2JZYA 1S8NA 4OINF 1DTZA 1B7HA 4Q5TA 4WK8F 1U6GA 2Y48A 4F39A 1T38A 1JE8A 2RC4A 5LEKA 3IOUA 1U78A 1MDMB 4R6HA 4BDLA 3PV0E 4AIKA 3RLFE 2EB7A 1FTLA 2E1NA 2ZMBA 1Y3QA 5A2QK 3D4CA 1R6ZA 1TQPA 4G7ZF 3LA3A 4N07A 3OELA 1SD6A 3FV2A 3OV8A 3KP2A 1OLAA 4KYEA 2I4BA 1JETA 4QSEA 4LLLA 3P7IA 5AIPA 1OYIA 4ESFA 2XXRA 4WKMA 3ML6A 3WU0A 3PU5A 4Q8RA 2GWRA 2IA0A 4EM0B 1YO5C 4EQBA 4PCQA 3U94A 3CUQA 4L5JA 3PPRA 4OIRF 4E0WA 5I2NA 4KIGA 2A5TB 4E0XA 3CSGA 4XBFA 1B6AA 3T8RA 2D5WA 3QYTA 1HSTA 4LATA 1LCTA 1MDQA 2HCAA 3MPKA 5ICTA 3SEVA 2QZ8A 1DTGA 5JHUA 4H5FA 4RB0A 4BDNA 5JTYA 3GF2A 3RT6B 4YB5A 1H43A 2OJTA 1D5VA 2DK5A 2FBHA 3IOWA 5I58A 4MTEA 3HRMA 5I57A 1Z9CA 3GFMA 3K01A 4ZYHA 4GD5A 1LAFE 3R6UA 3LAJA 4R9GA 3GFIA 4RA1A 1B5HA 5JK4A 1O3QA 3E5QA 3R7XA 3RY3A 1S29A 3IJOB 2XGXA 1U3EM 1USSA 1Y3PA 1JHFA 4M71A 4KPTA 1KQ9A 3T8TA 3PPOA 5AONA 2ZFWA 1B9NA 1ZREA 3ONMA 4F3SA 3JW4A 1T2KA 1BN5A 1OLCA 4R72A 3MPLA 1ZARA 4XKPA 1TXFA 4YKKA 3TODA 5I56A 3RKWA 4MQ9F 1B7UA 4GF8A 1SW1A 5LRRA 5LGTA 1JW5A 4OU0A 2Z3YA 1QULA 1QGPA 4OESA 2Y84A 1TBXA 3THIA 1SD4A 3JSPA 4R2FA 1YIOA 4LG0A 3K6VA 4PETA 5DTBA 4IB2A 2ZMEA 3T5XA 3MQ0A 2D1HA 1O64A 2P1SA 1QVSA 1XCBA 1FTJA 4U4SA 4F1YA 5FGMA 3WTSC 1DPUA 3RN8A 1B1HA 1XGSA 3O66A 1TNSA 1LB9A 1FSEA 3PMVA 2OQRA 4NF4A 3QPTA 2OWTA 4G68C 1ZGAA 1W7PB 5DUKA 5ICFA 3C32A 1YPNA 1HSJA 3TO7A 1ZG5A 5AA3A 2XXVA 2HQ0A 4KFQA 1WODA 5DD8A 1BIYA 1BLFA 4O3AA 5FO5A 1A8FA 4ZEFA 1OMPA 1ODDA 1N84A 3E97A 5TRDA 1ON2A 2OZ6A 5HS9A 4DDDA 1W5TA 1AOVA 5HDKA 2F8DA 1ONVA 1IIWA 4WXHA 5TPAB 2I48A 3KEOA 2F7BA 3MC2A 1TW2A 2HOEA 5K2XA 3KN8A 1JNFA 4ND9A 3P9IA 4MEXF 4EJUA 2DE2A 3DLNA 2ONRA 2DWIA 3IRQA 4O5VA 4RY1A 1ZN2A 2XV4S 1IN7A 3C31A 3LSLA 5L3EA 4IGTA 1JEVA 1BC8C 1P4AA 3D0SA 1URSA 3U1OA 5LEJA 1L0OC 2OA4A 4XSXF 2UVGA 5ICQA 1UHMA 1E17A 2H98A 2QLZA 3IB0A 3Q26A 3E6BA 4HTGA 1AIVA 2O7IA 1R7JA 4XRFA 5CJ9A 4ISUA 3WTZA 2BE5F 2HDCA 4ZEIA 2WTEA 3QRFF 5ILSA 3LA2A 3R26A 4IRHA 4C1TA 1BKAA 4HA8A 4U2RA 1MH3A 2L3DA 1JW4A 2IT0A 2FMYA 3A09A 1F9BA 3I0TA 5DCMA 4OMYA 1LGBC 2NWJA 4DIGA 3BOQA 1PBQA 4RGUA 4OENA 1G3SA 4R75A 3TZAA 2DTRA 1K7AA 3UK4A 2LAOA 1LEBA 2XAHA 1T98A 2K86A 1BIAA 1B51A 1B59A 1BP5A 5AIQA 4OZ9A 2UVHA 2J5OA 4X9TA 5DVJA 2GXBA 2O03A 4B09A 1MJBA 1N7WA 1XD7A 4EUOA 3VLWA 1TQIA 1H9GA 1DDNA 1KYZA 5CVUA 3U8QA 3OMBA 1DPPA 1GHCA 1WRJA 2I0CA 4XLNF 2QS4A 2GFEA 3K1PA 3C3WA 3RYRA 1ZKBA 1MY2A 4LK0F 3K02A 2XXHA 3CG1A 4DQ2A 4CICA 2ZNUA 1OQHA 1ATGA 2PN6A 3RUMA 3B6WA 1AH5A 4HCWA 4DZ1A 3P9KA 1UQWA 1HKTA 3M1EA 1ZH5A 4U22A 4RB2C 4DXUA 1USTA 1UTBB 4HX8A 1I1SA 1NNTA 4ELQA 5L3DA 4XSZF 4KYSA 3GX4X 2M8CA 3P7NA 2BGCA 3V8JA 1JVXA 1LSTA 1SW5A 1NNFA 2ZXTA 2QS1A 1R1VA 4FORA 1BOAA 1LVAA 3RKYA 4O3BA 1PB7A 2V1XA 3K1MA 3ISPA 1IN5A 4KD5A 1O7TA 2MH9A 5J8CA 1MQIA 2M30A 4S05A 2F5FA 2Q2AA 3M3LA 5JEIA 3KJTA 4G7HF 3BPVA 1MJ9A 3VOEA 5DEXA 5ILUA 4F22A 4KR5A 4UUVA 5CVVA 2RC9A 1LAXA 2EV5A 3N6UA 4JSOA 2FBKA 2XXUA 2DAOA 2O69A 4QFLA 4R9FA 3U72A 1IN6A 2Q88A 3TTMA 1EZOA 1PDNC 3H3GA 3OOAA 2P4WA 3NEUA 3CTAA 3SHFA 5E1ZB 1D9VA 3H6WA 3IKVA 1MXUA 2Q8KA 1KGSA 5E1XA 2E0SA 4JBZA 2XXPA 4EF2A 1UTHB 2B65A 4LB6B 1VR5A 3OEKA 4OOIA 5CI5A 2J5PA 3PQJA 1SBPA 2VT3A 1IXIA 4YMBA 1QBJA 1ANFA 3QXMA 2FNPA 2R7DA 3B7DA 2IEEA 2ZKZA 1BM9A 1IXRC 4QLCU 2D2WA 2VC0A 1IXHA 4H8JA 1M5DA 3W9WA 3PFIA 4WXCA 2F5DA 4H6DA 2MC3A 3F3XA 4L17A 2X4HA 5TP9B 5E8IA 4G9YA 3MAJA 5I84A 2MLKA 2KJBA 5K2YA 4ZEKA 3F11A 5KDTA 1RZ4A 4ZZAA 1GR2A 4I01A 3KP7A 5KZTA 1LAGE 2AL5A 3N5LA 2UWMA 1LBBA 4PP0A 1FBUA 2YPNA 3OD7A 3IO6A 4OMZA 4TLLB 4A6DA 1P4XA 2BYVE 2DE4A 4M73A 2Q8JA 3C1DA 5CMKA 3PUXE 2VOZA 1YW8A 3F8MA 1FP2A 1AL3A 1EV7A 4IO3A 4YAHX 4BHBA 4FECA 5FTIA 3JSOA 3PPPA 2IA1A 3VXBA 1V3FA 3A3UA 3U92A 3V4GA 1B46A 5LHGA 1MQHA 3OO6A 4ECFA 2FNAA 5CYVA 5FLXZ 3WTWC 1AOYA 3EDPA 2GIVA 4A0ZA 3QSLA 3RPWA 4H0EA 2FF4A 2VGQA 1QUJA 1HSLA 1LFHA 1IRGA 5EYFA 3TCFA 3R0JA 1ZYRF 4FE8A 2E1CA 4EM1A 2VODA 3FIRA 3F23A 2HXWA 2Z8DA 4R8HA 5AA2B 4EQ9A 2FA5A 1CE2A 3M8FA 3JTHA 3A3CA 2Y75A 4L5IA 2NNYA 2LF8A 1A55A 3TKYA 1P1UA 1ZIUA 4MF3A 3EQ1A 2M8EA 4M6YA 3OO8A 3VXCA 2ZCWA 3FMQA 4FIMA 2OD5A 4U0VA 1EH6A 1WI9A 3JZJA 2FXAA 5HS8A 1RYXA 1Y1MA 3O97A 5AE4A 3LSFB 3E5UA 3MCZA 5LGNA 2VN2A 3ZN0A 3VE1B 2CO5A 4ZZDA 2A5TA 4R79A 2NS0A 4K2EA 1IRFA 2WV0A 1A7LA 3W9VA 1J59A 1ON1A 2EV0A 4Q30B 4E70A 4WEPA 1F4KA 5CC2A 3HSRA 4ZH4F 1MPBA 1ZTYA 2HTJA 2NXOA 1O57A 1TQMA 1IUYA 2UXAA 5KK1A 5DT6A 3VLVA 3MZ1A 3KEIA 1B4AA 3ULQB 2HZTA 4Z2YA 3WU1B 4HF2A 4KYWA 5FHNA 5I59B 1FTOA 4PE5B 3ABUA 3KE2A 4U7DA 3QAXA 2QBYB 3IOVA 1U2WA 1MD0A 1IXSB 4WCGA 2NVUB 2CG4A 5HLGA 4BDRA 3EN3A 2O3FA 4C0RA 1URGA 1YFHA 1ZRFA 1FW0A 5BOXA 4ZEDA 1I69A 4NE4A 2A6EF 5D5WB 3PUYE 5L9SA 3KFMA 3BKIB 4IO2A 2IW5A 4OWDA 2HGCA 1ELJA 4HW8A 3HCQA 2KLFA 4POXA 3Q28A 3EHSA 3TAJA 3F22A 2EA4A 1B3LA 1SD3A 4OERA 5ED4A 2ZNSA 5IAIA 4CDGA 5BPIA 3ZMTA 2CQKA 2UVJA 3O3KA 3N6TA 3IR1A 1U8RA 1EU8A 2UXXA 1ZLKA 1QKBA 3O29A 2Z8EA 5EHSA 3HRTA 4BHPA 5CRYA 2PMUA 1LDDA 4KCCA 1H45A 1F1ZA 2Y7PA 2O7UA 1PP7U 2VOOA 3MZBA 3K2DA 2B0LA 1FQBA 2CW0F 4H8IA 1GV8A 4QHQA 3RPQA 3V7RA 1RI7A 4TV7A 3BJ6A 5IKBA 4BNCA 3FXRA 3TDUC 2C6YA 3GEZA 3WGIA 1B32A 1W7PA 5HBCA 2A3SA 4NWCA 1Z6TA 4M6XA 2YLNA 2CGPA 1OR7A 5E18F 3E6CC 4NMYA 2RDPA 1FQAA 5D5XB 1MDP1 4F3BA 5CMBA 1RKMA 3HV1A 3BWGA 3OOPA 4P9UA 4R6YA 3QIMA 1MY3A 4GXOA 4BDMA 4RB3C 5E1WA 3PD9A 1MQJA 4U21A 3TFLA 1VFEA 5ITPA 3RJPA 1NMUA 2L54A 5DCFA 3RIRA 4EJTA 4LB5A 2QMWA 2DQVA 2R7FA 4ZYGA 3SETA 2ANJA 3S9NC 4GVOA 1UHWA 2DE3A 2V3QA 3FV1A 5JR3A 4JSDA 2GA1A 4DE8A 1KU3A 3IAZA 1JW1A 2EFNA 3FF5A 4L9JA 5AA4B 1UB9A 5TPAA 2MLGA 3F8BA 5L3FA 1KQ8A 4YU0A 1SMTA 2QQBA 3CG3A 2GA2A 2L02A 3IWZA 4JK1X 3TYHA 2F35A 1LFGA 2REGA 5I2KB 3KOSA 5FHMA 2DPDA 1B5JA 3OSQA 4NF5B 4YFNF 1H0MA 2YX7A 2UZKA 3MZ9A 2O1LA 4O3CA 4YIFA 4HLXA 1PUEE 1N0TA 3G3FA 3HO7A 3JTGA 3SEUA 5AA1A 3GLBA 4LK1F 4DXCA 3IB2A 2DXYA 3TTNA 3TQWA 4XXUA 1MY4A 4YFXF 3KLNA 4HV6A 1IZ1A 1XC1A 1LLSA 3ROUA 2LF7A 1KU9A 2XKPA 3TCHA 3CUQC 4Q4ZF 1WDNA 1XGOA 2KJCA 3V8LA 4RS8A 3I59B 3IWFA 3DEUA 5KVRA 3U93A 5KCJB 2M1BA 4L9TA 4XIGQ 4EJWA 1UIUA 5FD5A 3R60A 3UP9A 3J7AO 2GH9A 4IY5A 3FVGA 1DUXC 3GFLA 2QMXA 2XUBA 3U9GA 3TTLA 4AIJA 4NB5A 3DQVC 3D5LA 3G3KA 4P5OA 3ECRA 2G7HA 3DP7A 1OIBA 4OETA 4NF6B 2LDUA 3L00A 1DMBA 2D1VA 5HDNA 2ESHA 4KUMA 4BDQA 2PMSA 4G8NA 3SFZA 1KYWA 3PMWA 1TNTA 3J80Z 3GVAA 4HQEA 4UHTA 3FXUA 1FWZA 3VODA 5IT3A 3M3KA 4GYGA 2D3IA 4ZE9A 4A0XA 2W57A 1LFIA 2PX1A 4G4PA 2D21A 3K6XA 3C36A 1W7PD 3O6IA 1XN7A 3MVWA 1YLFA 1R58A 4HOBA 1BI1A 1KA8A 2RNJA 1M5FA 1UTBA 1SFUA 3E3KA 3LBSA 2LKPA 1TW3A 3FWEA 1FLIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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