3K1N | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	303
structure length	303
Chain Sequence	MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription
source organism	Acinetobacter sp.
publication title	Structure of Full-length BenM rcsb
molecule keywords	HTH-type transcriptional regulator benM
total genus	88
structure length	303
sequence length	303
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-09-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00126	HTH_1	Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A	PF03466	LysR_substrate	LysR substrate binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	3k1nA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3k1nA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3k1nA03

4CYDA 3KOSA 4GYIA 2W25A 3KP5A 4IO7A 4POWA 2BBYA 3VVDA 4G68C 1QKBA 3D4CA 4L9VA 1MY2A 1XMKA 4F7ZA 4KQPA 3ZSFA 1FOKA 1U5TC 2W7YA 3UN6A 4R1HA 2PQ8A 1G3TA 3DP6A 5E1XA 2GXBA 4GQOA 5HOOA 1YCJA 1WI9A 2J5PA 2ZYOA 4HBLA 4H1XA 2A5TA 2CGPA 5CVIA 1PB8A 5TRDA 3JAMK 3K6WA 1G3YA 1J9IA 2DSFA 5H8NB 1QJMA 1ZRCA 3RPQA 1KA8A 4ETSA 5HS8A 4MTDA 4LZ8A 3FM3A 2AL4A 5HDKA 2Z8DA 1R1VA 1IAWA 1F9NA 2HTSA 4YG2F 2DO7A 2PMUA 2FQ3A 2JPBA 3PUVE 2X4HA 4ZYEA 4KNYA 2JSCA 1S7YA 2P7VB 3TQNA 4PCQA 3LA3A 3W9WA 2CO5A 1GGGA 3V8XB 2ACJA 2HZTA 4BXUA 4AD9A 2HFBA 4EXKA 2HWVA 2QQ9A 3L00A 2QM3A 3CI8A 1RIOH 2O8XA 4YFNF 1REPC 3K6UA 4ZDMA 2ETHA 3H03A 1MY4A 3VXBA 4WXHA 4H0WA 3LA2A 3O2AA 1A8EA 2P6SA 2F97A 3V89B 1B1HA 1MXYA 4S04A 4R9GA 1IXIA 4KD5A 2XD2A 3RKWA 3R61A 1MQIA 2BE5F 2DWIA 1TBXA 3MQ0A 4QFOA 3B02A 3ZMUA 1US5A 2BEOA 5JTYA 3H3ZA 4KFCA 3EQLF 4DCXA 2QLZA 2V1UA 4GGGA 1B9JA 1FQCA 1MG1A 5DYMA 5FB2A 1K78A 3CVGA 2NUVA 3QYTA 3GWZA 4N6PA 1PUEE 1IN8A 3HSFA 1W5TA 2W84A 4U7DA 4BHPA 4RYAA 5I2KA 1N76A 2MH9A 1BI3A 5TPAA 3K4UA 5L3EA 2XAGA 5BUUA 1A54A 1MXXA 1ZIUA 2DOJA 4K2EA 3TAJA 1Y0UA 4BHCA 4UUVA 1TW2A 3KG2A 4DXUA 4UNOA 3TUSA 4HV6A 4PFWA 2Z9OA 3E5QA 3W6KB 5CLSA 2OZUA 1Z6TA 4PFUA 3DM0A 1B4ZA 3FVOA 3FJ7A 2QQAA 1JEUA 2F34A 4AIJA 4OWDA 1O63A 4I01A 1S7AA 1HQCA 4KCDA 1HSEA 2ONRA 3AXFA 4M9ZA 3MZ9A 3FM5A 4NWDA 1N7WA 5EHSA 5AIPA 2RINA 5LRSA 1P1OA 4EQQA 1XB4A 4NWCA 5FHMA 4MTEA 4I7HA 4OVJA 1Y1ZA 5FTHA 3P9CA 1DOTA 3TDJA 3FX3A 3IAZA 1R36A 1QUJA 1MY3A 4YB7A 1MXVA 2GIVA 3WTZA 3IOVA 3V7CA 1O7LA 1FX7A 2WKYA 5LHIA 2G7HA 2ZKZA 1B3GA 2O68A 3KLOA 4EM2A 2HZLA 3VEPA 3HRSA 3KSJA 1NH8A 2HQ0A 1OLCA 3N6TA 4IGRA 4U4SA 3GZ5A 4UV9A 5K5QA 2FRHA 2IP2A 1BLFA 1VFDA 4GF8A 1U3EM 1R5GA 4EM1A 5A2QK 1Y20A 3IOWA 4OMBA 5LRRA 1LGBC 4X9TA 1RZ4A 2HOEA 4KMFA 3H6UA 3IJOB 3G3FA 3H6WA 2FE3A 2ZMBA 3LSTA 3FV1A 3SESA 4IF4A 3I59B 1JW4A 3W9VA 4RPNA 2DQLA 3J81K 3M3KA 4LMYA 5H8NA 4A12A 3LQQA 5JK4A 2Z3YA 1KWHA 2OK2A 1P2FA 1MM7A 2DWJA 2O0YA 1D9YA 1F9BA 1FPQA 2DLLA 3SFZA 4OERA 2DP8A 1KGSA 3BPVA 4ZEDA 3IWZA 1EH8A 4GWOA 1ONVA 4HOBA 1CGPA 1IN5A 4R73A 1TT1A 3WAFA 4KFQA 4KMUX 3Q27A 4HDVA 2Z8EA 5FO5A 2HQRA 1QKAA 2VBXA 1P1NA 3QUFA 2RVCA 3L7WA 1O7FA 1PDAA 2B65A 2OLBA 3L6GA 2RV8A 3A3CA 1ZU0A 2KJCA 1NNKA 2EFPA 2YR2A 2KIFA 5F6FA 1FTOA 2FF4A 4LB5A 3ILUB 2OBGA 3FMRA 3DP8A 2GA2A 3OOPA 2LSOA 2FMYA 4WXDA 4QHQA 2O7UA 3PPPA 3PFIA 4P5OA 5H6RA 4HQEA 2A5YB 3V4GA 1GVCA 1AL3A 4P0IA 1P99A 3QUJA 4P11A 5FHOA 3BDDA 4XRFA 4F39A 1MQDA 1G3SA 1RYXA 4PFTA 1NNFA 4K3FA 2MH2A 4HF0A 1B3HA 5ICTA 5KZTA 3I64A 1B58A 4KYWA 1Z9CA 3GXOA 4ENNA 3OO6A 1B7ZA 2ZCWA 3CUQC 4CDGA 4DCYA 3E6MA 1MQGA 2HAVA 4GLIA 2QSXA 5IAIA 2K4BA 1I6XA 4P9FA 1Z1DA 1PP8F 5D6FA 3KLNA 4ESXA 3C35A 5L3BA 3C34A 3G3JA 5FHNA 1F4KA 4ZYHA 3VE1B 3LFKA 4UV8A 3SEYA 4PFYA 1SI1A 3HPIA 1EH3A 5TJJA 1OMIA 4M74A 2IA0A 4RB1A 3PUYE 2WWYA 2Q8KA 3K0VA 4YB5A 4EF2A 3ECRA 1ATGA 3F22A 5I58B 3FF5A 1IUYA 3K02A 3GBAA 4EQBA 3ULQB 4EV0A 2EB7A 2EFWA 4AWXB 4NF5B 2CG4A 5D8LB 4OFLA 3L9FA 3ML6A 3S2WA 4ZEKA 4X48A 3Q9VA 2REJA 4RXLA 3T96B 2UVGA 3F21A 3UGWA 3CG3A 1B52A 1V3FA 3G3KA 4MQVA 1DPPA 4Q8RA 3MPLA 4L17A 1MJAA 1OIBA 5DYHA 3T93B 5ICGA 1XDSA 4HCWA 3THIA 1SD6A 1IRGA 1B9NA 2QPQA 3MAJA 3U2RA 2H6BA 4JSOA 4R9FA 1LAHE 2M8EA 3CFZA 1S50A 4HW8A 4JBZA 2O1LA 3TODA 3I59A 1LCFA 1OYWA 1WVJA 3KN8A 4LB6B 3QSLA 2AYSA 4HCYA 5L9MA 2EV5A 1OVTA 3O97A 4UVAA 4LD5A 4N13A 3CRBA 1Y1MA 4QWQA 3PQKA 5I56B 4QFKA 3FATA 4BAYA 3HO7A 2LKPA 3DFGA 1SFEA 1PB7A 3PMWA 4GFRA 3UA8A 5E1ZB 1KU2A 3FXRA 4HZFA 3PPNA 3F8MA 4M4GA 3OELA 3K1MA 1PC3A 3F8BA 1D4NA 3IK6B 4AIKA 3T22A 4CHUA 4OMZA 4I8CA 3VB2A 4U1ZA 2HCAA 2I6EA 3CG1A 4LFUA 3FWEA 1W7PB 2Z33A 1PEBA 3OO8A 3O3KA 4L5IA 4I1DA 1WODA 4PETA 3MC2A 1HKSA 5HLHA 1LB9A 5IT9Z 3PU5A 4IHSA 2QENA 5ICCA 4ISUA 4R6KA 3DF8A 2ZO4A 2VD2A 3K69A 2M8CA 4F3BA 2DK5A 1GTKA 1N0TA 3WTWC 2PFBA 4LK1F 3I6VA 5FD6A 2ZJ2A 3CTAA 1BM9A 1LVAA 1SD3A 1IN4A 1BIYA 3CFXA 5I84A 3M1EA 3KSXA 2RNJA 4IRHA 4WKMA 4FHTA 4LP2B 4RK9A 1DDNA 4ZYDA 1URSA 1QVSA 1PP7U 3T9XB 2ZBKA 2H99A 3PQJA 3HTSB 4A0YA 1FYLA 3H6TA 2YJPA 5E17F 3P9KA 4GL0A 2UYEA 3I5OA 3KEOA 3K1PA 2VGQA 3O6GA 3TTMA 3UIFA 4GL8A 5H8QB 3MZ1A 3P7NA 1YW8A 1QZZA 2X0LA 3SERA 3EN3A 1ZREA 5K5OA 3F3XA 1RI7A 1XC1A 5DCFA 2STTA 1BTJA 3IKTA 4HX8A 2HEOA 5I58A 1N04A 2QRYA 1MDMB 4NF5A 4P96A 5I59B 1C0WA 1Y3QA 1XS5A 2XHKA 3IO4A 2OU2A 1B40A 1RUNA 1R9LA 5AIQA 4ENJA 3V8JA 3KZYA 1TWYA 4RB2C 2EV0A 4HYEA 1XT8A 3S9NC 1XGOA 2C6YA 1B3FA 4QSCA 3SHFA 2RN7A 2JTVA 3TFLA 5A2QZ 2MBFA 3N4MA 4ELOA 5E8IA 3M8FA 4JWYA 2JZYA 1UHWA 2OD5A 3WTUC 1SQYA 1HBXG 3WAEA 1MY1A 1POY1 2XRNA 1LAGE 2HKOA 2IEEA 4FJPA 2R71A 1YG2A 3HYIA 3E4RA 1S3JA 4XKNA 3L09A 2VODA 5KK1A 4L0ZB 5L3FA 3WG9A 3U72A 4OOIA 2A68F 5BQTA 3MPKA 3OO7A 4EGYA 2PBIA 2V1XA 2CFXA 3TDUC 3V8KA 4H5GA 4TV7A 4O6JA 2RF1A 2H27A 3CSBA 2CZLA 2FBKA 3TO6A 3E3KA 2Z5UA 3TTLA 5DCMB 1FY7A 1FYKA 4EQ7A 5I56A 2UXNA 3V7SA 4G8HA 3SETA 3OMBA 3DQVC 2QMXA 3M7GA 4LG0B 3T9VA 4RB0A 4F1VA 4OEVA 4ZEIA 1AOYA 3EYYA 1L5TA 2E1CA 2H9BA 3DLNA 1CE2A 3C33A 4LZ7A 3E97A 5B7DA 2ZNSA 2XAFA 2M30A 2THIA 5ICFA 2GH9A 4R72A 3CR9A 4KYEA 1ZTYA 4R2FA 1FTMA 4HW0A 3MP1A 1W7PA 4H6DA 3DP4A 4N9HA 3KN3A 2B3FA 3G3GA 1Y3NA 2IVMA 2VN2A 2LDUA 3HIFA 1MQJA 3KP2A 5DEQA 3ZMZA 4WX9A 4NEDA 5CRYA 1MH4A 3KE2A 2HR3A 1B05A 2O84X 1MDP1 2VE9A 2VOZA 4MEXF 1M5DA 1OYYA 5KDTB 1LBCA 3S9LC 4HTGA 2HTJA 2IRFG 2LF8A 2VE8A 3LC8A 1ZJLA 1O57A 1R6ZA 4F3PA 1QUKA 2ZXTA 2ZFWA 2KIMA 1W7PD 1I6AA 1ODDA 4XSZF 4LA9A 4U23A 5L9OA 3FVNA 4PE5B 3GFJA 3NEUA 3O6BB 5LGTA 1QBJA 1LFGA 2HZKA 1N7XA 1MPBA 5BWJA 4MQ9F 4E0WA 3WE3A 3V7RA 2P8TA 4GD5A 5H8QA 3IRQA 1LDJA 2AXLA 2L4MA 2XAJA 1VE4A 1BJAA 2YU3A 3HSRA 2GZWA 1M5CA 3OD7A 3IL1B 2JPCA 2LNBA 1SW2A 4LATA 5D5VB 1KQ8A 2QS2A 3E5UA 4OESA 2KKOA 5HLGA 3FIRA 1PBQA 1DPRA 1TLHB 3IL2A 2PT1A 4G8MA 4Q5TA 3C4MA 2D5WA 2HGCA 3I5UA 1FSHA 2XXRA 3GUDA 1MDMA 2Y7WA 1N84A 5I59A 1B5IA 1XSDA 4QFPA 3TCGA 2FMLA 2OQGA 4OINF 2XKPA 1S9TA 3TQLA 4H8IA 1B7UA 2KRFA 2R6GE 3ZKKA 2Q88A 4IHTA 2O3FA 1M5FA 4HDUA 1B3EA 3HCQA 4LONB 1ZMGA 4HF1A 5DVFA 5F7VA 1T0KA 1O3SA 4OTEA 2L54A 1S6LA 4EJTA 1J2XA 3HSEA 2NXOA 1B0HA 2VHAA 2XGXA 2D1HA 4WWCA 1D3YA 3MZBA 1B9MA 3O6HA 2Y7IA 4KIFA 3E3VA 4JSDA 5LEKA 1T0FA 4BNCA 3PUWE 2DWHA 4A5MA 2Z22A 3IC7A 3R60A 4G6DA 3R7XA 4AIHA 1B32A 2D2WA 4UACA 5CMKA 1TXFA 4JWOA 4A0ZA 5LBQA 4OZ9A 3RTWB 3G3HA 3F72A 5DCMA 1ZG1A 3T9HB 1AH5A 3GFIA 3RN8A 3HHHA 4BHBA 4KN4X 4A5NA 1ZRFA 3HOSA 4QSEA 2QMWA 4LG0A 1D9VA 2CW0F 3F6OA 5DT6A 2F7AA 4NTLA 3ZS6A 3RPUA 3VFJA 4KIBA 4GXAA 5IT9K 2P5VA 5DVJA 4FEBA 1JW5A 4O3AA 1VFEA 2KLFA 1EZ9A 5DV5A 3FJMA 4JXIA 5TP9B 2VOPA 4ZYGA 1YS7A 3KP6A 3LSFB 1LB8A 4YAHX 2CSOA 1GV8A 3HUGA 1AWCA 4OHNA 1ZGAA 3G3ZA 5CVUA 1SDXA 1B7HA 3O6IA 4U0VA 4R74A 1KQ9A 2X7QA 4DLDA 4O3BA 3M8EA 4MNUA 5JVTA 1LCTA 2Q2EA 4H65A 2FU4A 2R3SA 5KDTA 3ZP5A 5F1RA 3QRFF 5EHMA 3QAHA 2ANJA 1WRJA 3EF7A 1SYIA 1WWXA 3TCHA 1H9TA 2ISZA 1UTBB 3EHUA 4OXVA 1KYZA 2F7BA 3O66A 1MKMA 3J7AO 3TGNA 4OETA 3TMGA 5ERIA 1KQ0A 1N3WA 4MH5A 3K01A 4DNCA 3FVGA 3OOAA 4EQ9A 3ROUA 4MLQA 2V3TA 3IJXB 3PPOA 1XMAA 4CO8A 2PMSA 2VONA 2ZNUA 2XX8A 1BIBA 3SEWA 1TQPA 4EJVA 2EJRA 4PGHA 3TOAA 4KICA 2UVJA 3SEXA 2K02A 1A8FA 1I27A 3R0AA 3B73A 2V84A 4KI0E 1UIVA 2ISYA 3IB0A 4F29A 2DT5A 5M2VA 2O03A 2E1SA 3WGGA 2I0BA 2QL3A 1P1WA 3DXJF 3F8CA 5LGUA 4TLLB 2RKMA 1TFAA 2DQVA 4CICA 4Z7EA 5CMCA 1ZH5A 3OO9A 2VT3A 1T39A 2Y7RA 5LHHA 1J59A 4LK0F 1SW5A 3H06B 1ELJA 3S4UA 1H43A 5AA4B 2ZYNA 2UXXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3K1NA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations