3K1N | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	303
structure length	303
Chain Sequence	MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of Full-length BenM rcsb
molecule tags	Transcription
source organism	Acinetobacter sp.
molecule keywords	HTH-type transcriptional regulator benM
total genus	88
structure length	303
sequence length	303
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-09-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00126	HTH_1	Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A	PF03466	LysR_substrate	LysR substrate binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	3k1nA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3k1nA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3k1nA03

3W9VA 1OLCA 2XXYA 4CXFA 4MBPA 4YZZA 2NWJA 2QLZA 4EXKA 4ZEDA 3WTXC 1QKAA 2HWVA 4LA9A 1QKBA 2Q2EA 5F1RA 2QRYA 1WVJA 2ZXTA 1K6OA 2VT2A 1P2FA 3Q9SA 4DCXA 2KRFA 2W84A 4RB1A 1LAHE 4RGSA 1BJAA 3MZYA 2UXXA 1HXDA 1MH4A 2F78A 3DELB 1FTKA 1FTOA 2LKPA 4OZ9A 1O3RA 1T0FA 3MZ1A 2EB7A 4EGYA 1O3SA 4Q30B 4EVIA 4PGGA 3GF2A 1URSA 1YS6A 2QMWA 1K7AA 1Z9CA 5CMCA 1DSNA 3OXNA 1GXQA 4P0IA 2ESHA 1MJBA 3DPLC 2O0YA 3RKWA 4ECFA 5KCJB 4G6DA 1B1HA 3IOUA 2PBIA 1PBQA 4JSOA 3W9WA 4XLNF 1R1NA 5I56A 1W5SA 5AA2B 3TEPA 2THIA 3ABUA 3ROUA 3TTNA 2Y7WA 4LD5A 5L3BA 1MQIA 4H0WA 3P9KA 4EQBA 4UA8A 4OYVA 3R0JA 2F6GA 3PFIA 2ZMEA 3VB2A 5HOOA 1URGA 2M45A 4GXAA 4GGGA 2ANJA 3I6VA 2K7LA 3S9NC 3COAC 1FY7A 3WE3A 4U88A 3KG2A 3PMXA 2W7YA 3LA3A 3OEMA 1SD4A 2NXOA 4L17A 5D4RA 2HQ0A 3KJTA 3VVDA 2OZUA 4EQQA 3OOAA 2QVOA 3UP9A 1BKAA 2FQ3A 4JWXA 4POXA 4NB5A 3C34A 4G68B 3IX1A 3PPQA 2MC3A 4H8JA 3GX4X 1POTA 3I5OA 4WEDA 3I5UA 1SD7A 4R8HA 3CSBA 4G8HA 3DKWA 3M3FA 3UIFA 1FZPB 4OOIA 3E97A 3W6KB 2DWHA 1EH7A 4A0XA 5H6RA 2AL4A 2YPRA 1H9GA 1XMKA 3B73A 3LBSA 1NFTA 3QOPA 1LJ9A 3A3CA 1PP7U 3E13X 3TCHA 1B0HA 3K1MA 4P9UA 2QL3A 3N94A 3GW2A 2HEUA 2R71A 3K2DA 3BY6A 3BFUA 4KQPA 5KCJA 2QS3A 5AA1A 5I57B 1Y1ZA 1O7FA 3HRMA 1R9QA 3HHHA 3GZ6A 4P11A 3HRUA 1ZBMA 1WI9A 1HW2A 4BDRA 5AA4B 2MD5A 3C3WA 1RKMA 1S50A 3G73A 4L0ZB 3QUFA 4R73A 1EZPA 5E17F 3PUXE 3KFWX 5FB2A 1SBPA 1BP5A 3T1BA 3VOEA 1DP7P 2OZ6A 1XS5A 3S9LC 2HZTA 4PFTA 1AOYA 3UGWA 2XXUA 3TTLA 4LG0A 4KUMA 3PPPA 1A8FA 3RPWA 1VE4A 4PDKA 1JVXA 1KYWA 1B3EA 2Q9TA 3CVGA 5ICGA 1ZLJA 3K6VA 4CYDA 1W7PD 2ZNSA 2ZNUA 3CLOA 3KP5A 4G68A 4HAMA 2AIXA 2BE5F 1AIVA 5F6FA 2PJPA 1PDNC 1DPUA 5FFXA 2REGA 4Z2YA 4LB6B 2O1MA 5CLSA 3E4RA 2V3UA 2YSRA 1B59A 2ZXJA 3E5QA 4IHSA 2V1XA 5L9MA 1DTZA 2PEXA 5JHUA 3T9HB 4L5IA 2ZNTA 3T9UA 3LUYA 2QM3A 4FIMA 2FE3A 3J81K 4EUOA 4KIGA 4M1VA 3QRFF 2FA7A 2I0BA 4JDFA 2ELHA 4YFNF 1QULA 1BI0A 2R7DA 1ZG1A 5H8QA 1HSTA 4BDMA 3R7XA 4U23A 4YG2F 4XRFA 3C35A 1LBBA 1ELJA 3PV0E 1PUEE 1VFDA 2ZYNA 2VBYA 2FEZA 1N04A 2H5YA 2HGCA 4TLLB 1FQCA 1YQAA 2DWAA 5FO5A 5BS6A 5HS8A 3RY3A 3VE1B 1BN5A 1FBQA 4FORA 4P5OA 1O3TA 3UORA 5I2NB 2H09A 3BJ6A 3TTRA 4RK9A 4YU0A 4NF4B 2V6CA 5HDKA 3ABTA 4IY5A 3CSGA 2Z33A 3WE2A 2H9BA 4LATA 1GTKA 2QSXA 5DD4A 4OINF 1EH6A 1FBSA 3IOWA 1N0TA 4P96A 4EGZA 4PETA 4IB2A 2XHDA 2P6SA 4MTDA 1WDNA 4IO3A 1N76A 2XAFA 3IKTA 3WODF 3PPOA 5K5OA 2DK8A 5ICQA 1KU7A 1HSEA 1QQIA 3H4ZA 5HS9A 4G6QA 3LSXA 2FOKA 3DXJF 2A5SA 3MAMA 4IO6A 3OSRA 1RIOH 3DM0A 3VEPA 2R7FA 1O57A 1O7LA 5DCMB 5ICEA 1IITA 3IJOB 3WGHA 4HQEA 4IO4A 3I53A 5DV5A 3TDZC 3FATA 1B1XA 1MM7A 3GFIA 3LSLA 5BPIA 1YW8A 2LNBA 2MA3A 4Y15A 1DOTA 5FLXK 3K69A 1U8RA 4M74A 5CM6A 2XVCA 2I4CA 3RIRA 3H6UA 1U5TB 3REOA 3GXAA 3K0VA 5JFRA 4MLQA 4M73A 1FLIA 2PYYA 2QBYB 2K27A 1I6XA 4ESXA 1JNFA 1DPEA 5ISUA 1L5TA 4OESA 5J8CA 4H5GA 1SVXB 3IOVA 1X3UA 4F19A 1UTHB 3PD9A 1WODA 4H6DA 5HPQA 3KZGA 3LQRA 3RJPA 4BDNA 2UZKA 1SD3A 4KIBA 4U7BA 3U92A 4FHTA 2P0SA 5E20A 1MJAA 4ZS9A 3V7RA 4Y17A 1F5TA 1LGBC 3I59B 4HBLA 1N3XA 1YLFA 4I9DA 1U3EM 5EHSA 3K6XA 4JK1X 3PD8A 3RYRA 4RGXA 3CTAA 1VR5A 2O6AA 3BWGA 4HCYA 2CMOA 3M9AA 1MPCA 1LB8A 3TDUC 2DWIA 2Q0OA 1P1QA 2VE8A 4OERA 1TW3A 2ONSA 1MY1A 1ZARA 2JPBA 3MFKA 3QYTA 4YAHX 3RNNA 3KZYA 2EV6A 3H7MA 4ESJA 3D0SA 2D5WA 3T22A 1H45A 1H76A 1NH8A 2HXWA 3PMVA 3GFMA 2O3FA 1B5IA 2PVUA 4NWCA 2LSOA 1IRFA 2VBZA 3LA7A 2QS4A 1RZ4A 2RCBA 1CE2A 1NHAA 4KMUX 3HTSB 4A6EA 1QUKA 3DP8A 2WC2A 4X48A 3TELA 2ZBKA 4N6PA 5DUIA 2A68F 2XX8A 1YAEA 4GCVA 5L3EA 5D8LB 2QWWA 3OSQA 3M7GA 3I64A 3FD3A 4OENA 5A5XB 3KLOA 2UYFA 1ON2A 3SHFA 1FQEA 4F29A 4HS7A 3H3UA 1JEUA 4WXJA 2HOEA 2XXVA 4HX7A 4I02A 2EFNA 4CHUA 3CFZA 3PQJA 3J80K 3KSJA 1M5BA 2L4AA 5L8DA 1R6ZA 5J1DA 4AIHA 3ZSFA 2RVCA 4C0RA 3R6SA 2PN6A 2VC1A 1XSDA 1AH5A 3EYYA 3FMRA 5FFZA 2GA2A 1NL5A 2VHAA 3GZGA 1KWHA 1W5TA 1Y3PA 2CFXA 2HKXA 4LB5A 1H43A 3DQVC 1QW0A 1YTVA 1ZN2A 2VXZA 4FECA 1Y0UA 3HN0A 4NMYA 4H5FA 2XXQA 3CG1A 2H25A 2XUBA 1GHCA 3TO9A 3FVKA 5L3GA 1SMTA 2PBWA 4OHNA 3SESA 4WWCA 4HYEA 5D5XB 3V8KA 1ATGA 4EQ9A 4QFOA 4R79A 1UFMA 3LA2A 4QSEA 3JW4A 3VV5A 2AYSA 4JSDA 3TODA 2E7XA 4LLGF 1FTLA 3DP6A 2XASA 4KA4A 1CF7B 1IXHA 3BP8A 3HRTA 4TLMB 1XGNA 4ELQA 5IKBA 2O8XA 5ITOA 1LVAA 5LGNA 2H94A 4CZZA 1MQHA 3U9GA 3BZ6A 2PLYA 4FJPA 1OIBA 1IAWA 2GQQA 3FVOA 5AONA 4F1VA 3WTYC 1I6BA 4I2OA 3U72A 3WGIA 4YKKA 3UK4A 4UV8A 2EFPA 1MXZA 1H44A 4BYYA 2G93A 4P9FA 3B6WA 2DQVA 3M8EA 3MVXA 5IT9K 2NVUB 3IWZA 3JSOA 3FGSA 2XAQA 1KA8A 4ONYA 1XHYA 4I8CA 1BI1A 2TDXA 1LFHA 5FLXZ 3TYHA 4MQ9F 2FU4A 2AS5F 2ZFWA 1USYH 5IT3A 3TQWA 4LONB 5DVIA 2JSCA 1FP2A 3IWFA 1KYZA 1R58A 4XSZF 4RY1A 3QU3A 1B1BA 4HW8A 4ZEFA 4U4SA 1MY4A 5DD8A 2EFOA 1LCTA 4M4GA 5HDNA 1FYMA 1UIVA 3IK6B 3ZN1A 1M5DA 4PFYA 1R36A 1QVSA 1D8JA 2OBGA 1B7UA 1OVTA 3IO4A 3QXMA 2YJPA 2P4WA 3C7JA 6PAXA 5LRRA 1PBPA 1EZ9A 3FJMA 3TKDA 4YIFA 4R75A 3HYIA 5TU0A 3HPIA 4ELOA 1Y4CA 1Q1HA 2F6PA 4QFPA 3E5XA 4QWQA 4L5JA 1TW2A 2XAHA 2I6EA 2HFBA 4ESBA 1PB8A 2CGPA 3R4KA 2RC9A 3FUZA 4M71A 1S3JA 3MZHA 5E1ZB 2O51A 1TWYA 3OO8A 3N26A 1XVYA 4WEPA 1Y3NA 3CUQA 3SEWA 2JPCA 2RV8A 3CFXA 2F34A 4BDOA 3MUQA 1MJ9A 3GFJA 3IO6A 4BHPA 3CR9A 4JQFA 1MDMB 1F9NA 3C18A 3RN8A 2IA0A 2IVMA 3ZPLA 4H1XA 4A5MA 1T38A 4OMYA 5L9SA 1PB9A 4CICA 2O68A 1JQFA 1ON1A 2G29A 4K3FA 4THIA 1MPDA 4HF0A 4LK0F 1XN7A 3KN8A 4YKJA 4HQMA 3F3XA 4BDLA 3H3ZA 2ZNYA 1Z7UA 4IRIA 1GR2A 2OWSA 1MDQA 1HSLA 3F11A 2A3SA 5HDGA 3ELKA 4Q5SF 4GIZA 3ODBA 2EV0A 4U0VA 3KFMA 1JXSA 4OIRF 1B4ZA 3JZJA 2K02A 4KYDA 5JK4A 3FM3A 3OV8A 1XCBA 4KIFA 1OPCA 3J80Z 2ZYMA 1TNTA 4QF9A 1NMUA 2F7CA 1T2KA 2XXRA 4M9SA 4NF6B 3O28A 2KJCA 1CGPA 5E1WA 1RI7A 4XBFA 2V1DA 2XXWA 1MXVA 4EDPA 1R5HA 3B6QA 1GXPA 4XSXF 2DXRA 1D4NA 5D6EA 4IHTA 4O3MA 2DQLA 1FQBA 1E2XA 5HM4B 3R61A 2ALUA 1HKQA 4ZYDA 3KOSA 3IB2A 1GV8A 4Z7EA 1VTNC 4HX8A 1Z7NE 5B70A 1G3YA 2O03A 3GBAA 4M72A 3FF5A 3O6IA 1XMAA 4GYIA 3G3IA 1Y1MA 3GZ5A 3PGFA 1T0KA 3PUWE 1YS7A 2V25A 3QUJA 4O3BA 4F1YA 2VOPA 4BH9A 4PP0A 3D5LA 4EJWA 2PG4A 5H8HA 3SETA 4PZJA 1AOVA 1DPPA 2O6GE 3AXFA 1P4AA 2RDPA 3NQOA 1TNSA 3JTHA 5I58A 3V4GA 3IHUA 3OO6A 3F22A 2NAZA 3LR1A 1LDJA 3E5UA 4G68C 4I62A 3MC2A 4OTEA 5E8GA 4F2OA 2GXGA 2P7CB 4HDVA 2GWRA 1N7WA 4RB0A 4KN4X 3HHGA 3I58A 4N9IA 1ZJLA 4HDUA 2CG4A 4EJVA 4HF1A 2RINA 2Y7IA 3G7WA 3SKPA 1JW1A 2ETHA 5IT9Z 2BEOA 3ECRA 5TJJA 3TTKA 1ZGAA 3KOTA 3C31A 4HA8A 4AIKA 5BPDA 2KJBA 1SAXA 3TZAA 3K4UA 3ZS6A 4DXCA 4G8XA 5H8SA 1S7AA 4ESFA 1RUOA 1OYYA 4NQWA 2X0LA 1ULYA 5K1YA 1F4KA 5LGUA 4A12A 3OELA 1ZHFA 3MQ9A 1FW0A 2MLKA 2VC0A 4WXHA 1ZG3A 1NNKA 5A2QK 2XKOA 4DIGA 4G7HF 1FPQA 3O6HA 1M5FA 3O9PA 4POWA 4R2FA 2FBHA 5KZTA 5DEXB 2ACJA 1DUXC 5EYFA 2CYYA 3EQLF 1AL3A 5AA2A 4UVBA 4ENNA 2G9WA 2YU3A 5TP9B 5KVRA 2CWEA 1I6AA 3U1OA 1YG2A 3BDDA 4KPTA 2A6HF 2XAGA 4MLVA 1SDXA 5LHIA 5I84A 3EPEA 2DI3A 1XCVA 1ZH5A 2BJJX 3RYPA 1UQWA 2F7BA 2LF7A 1OMIA 1IUDA 2DS9A 1BC7C 4F2QA 1Y4TA 1P4XA 2QQBA 2O69A 4YFXF 2OJTA 4F3GA 3VODA 1R00A 3BJAA 4O3CA 2LDUA 5CVJA 5FD5A 4LJZF 2YPNA 5CVUA 3L6HA 5LOMA 2FXAA 2D3IA 4RS8A 1L3LA 3V83A 4MH5A 3WAFA 3V7SA 2DE3A 1R5GA 2ESNA 3HOSA 2MBFA 2ABHA 2Z3YA 3D4CA 4QFNA 4H65A 3G3KA 3I54A 5HLGA 4U7DA 1B7ZA 3E3VA 1FQFA 4B09A 5K2YA 4KD5A 4K2EA 2VN2A 2H27A 2UYEA 1HW1A 1B9MA 2FNPA 4KI0E 4OEVA 1MPBA 1FYLA 3B6TA 1FTJA 4ZZEA 2M5WA 2F5DA 2RKMA 3KJ7A 1QUJA 2W57A 4E0WA 3TTMA 4ASNA 1EU8A 2DK5A 5CRYA 1N84A 2DYXA 3K6WA 3MPKA 3K00A 3LQQA 4U21A 5I57A 3LC8A 4HCWA 3V8LA 1SI1A 1J7KA 2ZYKA 5DYMA 4MNUA 3ZMDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3K1NA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations