3K1NA

Crystal structure of full-length benm
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
total genus 88
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1nA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1nA03
4IVNA 3M3FA 4OXVA 2IJLA 1IN5A 3L2CA 5F1QA 3U8QA 2CQKA 4R79A 3E3KA 3E3VA 2KIUA 4LQ2A 1PDAA 4A5MA 3PPQA 4HX7A 1ZRCA 3RI4A 2H25A 3WTVC 1Y20A 3I6VA 3COAC 3FASA 5HS9A 1SYHA 5JFRA 4R6HA 4MTEA 3VE1B 1AIVA 1TQIA 3TO9A 3H6TA 3Q29A 2ISYA 3HRMA 3KEOA 1S7YA 1ON1A 3IKVA 1YYVA 1M5EA 2M30A 4PGHA 2WTEA 2PT2A 2W7YA 4R73A 3V7RA 1MXYA 3PMVA 3LSXA 2VE8A 4E0XA 1DOTA 5I84A 1OMPA 3IB1A 3R6UA 2XX8A 4HW8A 5FLXZ 4YAHX 4M9SA 4NTLA 3L00A 2XV4S 1OYYA 2Y75A 4GL8A 3MZ1A 3LSTA 3TDUC 1WODA 1LDDA 2OD5A 2OWSA 3W6JB 3KGCA 1IXRC 2EJRA 3ECOA 3TO6A 3MAMA 4ENNA 1SI0A 3BFUA 3PGFA 4ENMA 2Y7IA 2VBZA 3BBRA 3TKYA 2RF1A 2XAGA 4H5GA 3RQTA 4YFXF 5CRYA 3ULQB 2D2WA 2OZUA 2CG4A 2J5OA 1YTVA 2HCAA 4ZYGA 3JSPA 3TEPA 4JWXA 4CXFA 4KMFA 3VLVA 5ICCA 4U7DA 4PQJA 4OHNA 2VONA 4O5VA 5L3DA 4QWQA 4UHTA 1XT8A 1BTJA 1U5TC 3MZYA 1MPCA 4EF2A 4IRHA 1ZN2A 3THIA 3I5UA 3FM3A 4P0GA 4LZ8A 5K1YA 1BJAA 1PB7A 4HAMA 5DV5A 5TPAB 1OPCA 1URSA 5A2QK 2HXWA 3F8BA 2GXBA 2Z99A 2MC3A 1K7AA 4FIMA 3TTRA 4PZJA 2FMYA 2A6EF 1PC3A 4WXJA 4A5NA 1U5TB 3EUHA 3TMGA 1R1TA 5CBRA 4XKNA 2ZO4A 5H8NB 3O97A 3MFKA 4YZZA 3S2WA 3J81K 1LJ9A 1O3TA 1ZREA 1I6BA 2NAZA 1FBSA 1RIOH 3MJNA 1MXXA 3M3KA 2O61A 4NQWA 3IL1B 3KN3A 2KLFA 2ZNTA 3IB2A 3FUZA 1HSEA 3EF7A 4OERA 5LRRA 5H6QA 4RGUA 1D9YA 2L3DA 1MH4A 2BJJX 1TNSA 4XSZF 4H67A 4BDRA 4BDOA 1REPC 2PBIA 2PMHA 1RKMA 5HLHA 4LZ7A 2A6HF 4YB5A 4AIHA 4HCYA 1F4KA 3VLWA 4H1XA 2HZTA 2W57A 2RCBA 2XX7A 2O1MA 3DEUA 5AA4A 5ILVA 1WVJA 3IORA 4ELQA 4PP0A 2VBYA 4EJVA 2FE3A 1Y4TA 1H9GA 2WC2A 5KVRA 1RUOA 1FTJA 4OMZA 2O8XA 2GHBA 4JXIA 3KFMA 2G9WA 3K6UA 1DUXC 4S04A 2UZKA 1ZIUA 4M73A 2Q0OA 2XAHA 2H09A 4PCQA 4IHTA 1MRPA 1SFEA 4YFKF 2LNBA 1KYZA 1R5GA 1ZLKA 4EXLA 3CUQC 3T9XB 3PV0E 4RY1A 3LWFA 5BMZA 5LHIA 1DTGA 1MDQA 1J0RA 1ZHFA 2GFEA 3WU1B 1VFDA 4PE5B 4G2ZA 1H9TA 3H7MA 2EFQA 1O7LA 5LLQA 2DOJA 3O6BB 1P1NA 4PFYA 1BP5A 3ELKA 4U1ZA 2IVMA 3EHSA 3VDFA 2UXAA 4IO7A 2QPQA 5F1RA 4XLNF 4Z7EA 3CUQB 2QBYA 4BHBA 4WK8F 3VV5A 1WKMA 3H6WA 4L9TA 3VXCA 5DTBA 1ZMGA 1B5HA 1JW1A 5JK4A 2DFIA 2HYFA 3CI8A 3F3XA 3H92A 2I48A 1XGSA 2V1UA 3C9HA 4YKPA 3ABUA 5D4SA 2XXHA 5AA2B 3TAJA 1SQYA 3UP9A 3GWZA 2X26A 2HTSA 3MVWA 3IO4A 4KYEA 4JWYA 4QLCU 4LB5A 3QK6A 2VD2A 3MVXA 2ZMBA 1MGTA 1SD7A 1ZTYA 2COMA 3CO7C 4DE8A 3S9MC 2BE5F 2VC0A 2JPCA 4M71A 1Z7UA 2A3SA 1K6OA 3KJ7A 3LA2A 2EFNA 1XGNA 3RPQA 5L9OA 4O3MA 2L4MA 5L3GA 1KA8A 4Y15A 1K78A 1KGSA 1XOCA 1LQ1A 4PFTA 3KCCA 4YFNF 3CFXA 3LR1A 2B3FA 5DEXA 3IJXB 1P6RA 1XCVA 5DD8A 4KFCA 2I3WA 2ZYMA 3LA3A 3SEVA 3I71A 4IGTA 3O6HA 2ZNZA 1IN6A 1UB9A 2YPNA 4XKPA 3RT8A 3T5XA 5EHMA 3K02A 3OOAA 3O2AA 5CVRA 4A6DA 5LEJA 1QGPA 3HRTA 3KN7A 1HSLA 4CHUA 3D4CA 3I4PA 2KKOA 1WI9A 2VD3A 5L3CA 3PMWA 4IO4A 2X7QA 1O7FA 3IKTA 4EXKA 3ZQ7A 4RK9A 4RGRA 2I0CA 4ZEFA 1ANFA 5TJJA 2EFPA 5DVFA 4JB7A 1R36A 3SZTA 4F7ZA 3IOWA 2GHAA 1TW3A 3OENA 1HSTA 5A2QZ 1LLSA 1FTOA 3W9VA 3V89B 4FX0A 4UNOA 4R75A 2R3SA 4HF1A 1USYH 1M5FA 2XRNA 1ODDA 3FV2A 5I59A 1XCBA 4OIQF 4ESXA 4FATA 5AONA 3RT6B 2V84A 1P92A 5BS6A 2M8EA 4NHJA 3K2DA 1FQAA 2ISZA 4ELOA 4EGZA 2XXIA 2AXLA 1P4AA 5AIQA 1SDXA 3O3KA 1OMIA 3J80K 1HQCA 4CO8A 3MWMA 3CG1A 2E1NA 5CYVA 4IB2A 2QMXA 1B9NA 1YTYA 5LRSA 3SESA 3TTMA 5JHUA 4Q47A 3WE2A 2FRHA 4KYDA 4JBAA 3A3UA 3USDA 3SZPA 3Q27A 3DXJF 5FTHA 3FGSA 1P1WA 3ONMA 4OFOA 3SQNA 3K6VA 1FNNA 3BPXA 4S05A 3Q5FA 2HDCA 2DLLA 3FJGA 4XIGQ 2XKOA 4F3GA 3QOPA 4I09A 3B6QA 1DPUA 5DUKA 5JVTA 1U6GA 2V9VA 1FBUA 2STWA 4F1VA 1QPMA 4F18A 4R1HA 3IRQA 1JHHA 3RUMA 5I56A 2MH2A 2PG4A 2GRVA 1R1UA 2XXXA 4R6KA 1OVBA 1BOAA 2HQNA 1SW2A 2F7BA 3FX3A 1QULA 3R60A 5H20A 4I9DA 1VSOA 1A8FA 4DDDA 2FQ3A 5IT3A 4P9UA 4QRZA 1XD7A 2IT0A 1FQFA 4P0IA 2GA1A 5BPDA 5IT9K 3FXUA 1FBQA 1U8RA 1SD4A 1GTKA 1Y9UA 4KN4X 4LP2B 2P7CB 3K2ZA 4EJOA 1U78A 5FFZA 3G3KA 2O51A 2VHAA 1LEBA 3DP7A 5LGUA 3MQ9A 1TT1A 3EPEA 2YX4A 3W9WA 4P9FA 3LAPA 2AIXA 4ZEDA 3ZSFA 3FXQA 1USYE 2XXQA 2EV5A 3HRSA 3BJAA 2RKMA 4O3AA 2R6GE 3TQLA 4NWDA 1R5HA 2NVUB 1OKRA 4KT5C 1GVCA 4YU0A 2VBXA 2DO7A 4F31B 4M4GA 2H6BA 1R00A 4MH5A 2P0SA 2IRFG 4QFNA 4OIOF 1A99A 1O7TA 1S9TA 3MPLA 3OMBA 1ON2A 2L02A 2QYOA 4ENJA 2CWEA 3KP5A 2PFBA 3FIRA 4G94A 2GH9A 5TP9B 2RC7A 4MEXF 4U2RA 1B1BA 4RAZA 3DM0A 3IB0A 3O29A 1U2WA 5BWJA 3PU5A 5KDTA 2UVHA 2REGA 2I3VA 1BC8C 1JW4A 2HAVA 2ONSA 2F5XA 1DPPA 4ONYA 3BP8A 4E0WA 5EEHA 1XN7A 4I02A 4LD5A 1RZ4A 1W7PA 4OTEA 3VODA 1ZGJA 3V5AA 1ONVA 1Y3NA 4M9ZA 3C32A 1IUDA 4RA1A 4UUVA 2FNPA 5JI6A 3KP2A 4H8IA 3DP8A 1T6SA 3H3UA 1Z6RA 3RIRA 2K02A 1QW0A 4K3FA 5HS7A 5HOOA 2THIA 4R72A 3MVZA 1MQDA 1FP1D 1QZZA 4F3PA 5AA4B 5L9SA 4YB7A 6PAXA 3VLUA 4G7ZF 2YU3A 3V83A 1BI3A 5E1XA 3CFLA 4LUBA 1CF7A 2D1HA 4GCVA 2HAUA 5B70A 2HQRA 3TTNA 2H94A 1ZKBA 2D45A 1FX7A 1R58A 3CUQA 2YX7A 3R26A 3G3IA 2KJCA 1NNFA 1B3GA 2DAOA 3ZKKA 3ZMUA 3E97A 4TV7A 1LB8A 3U1OA 4G7HF 1FTKA 4IY5A 3ECRA 3MW0A 3MEXA 1T98A 3HOTA 5AA2A 3TTLA 3BY6A 5ISUA 1MQHA 1PP7U 1FQEA 4U23A 5HDNA 2D21A 4IJAA 4KFQA 4IRGA 3O66A 1T39A 1TFDA 1XSXA 2FSWA 2XIGA 4GFRA 3D4GA 3GBAA 2KIMA 4HDVA 1B58A 1ZRDA 3QXMA 3WE3A 4HCWA 4ESJA 3EHUA 5E18F 3RKYA 1FCKA 2QBYB 1H0MA 3KG2A 2FBHA 3VVDA 1SMTA 1JXSA 4A2UA 1K79A 3GYHX 4XKQA 4F1YA 2H6CA 4RAYA 5L9MA 2Y7PA 2CYYA 2P5VA 3V8JA 3S2VA 4KR5A 4DXCA 3C34A 1B5JA 4WEDA 3E5QA 3FVNA 5L3EA 1GGGA 1LFIA 2A68F 4ECFA 4LZ5A 3KEQA 4PGGA 5L3BA 1FY7A 2B3BA 3MC2A 1KU2A 3HYIA 5E17F 3CR9A 2NNYA 1GVJA 4OMYA 1ZG5A 2FA5A 1FQBA 1G6NA 3HPIA 2E1CA 3R0AA 1POTA 4LONB 3IR1A 2LSOA 2W85A 4OIPF 4NWCA 2ONRA 2DBBA 4O6JA 2XAFA 2RC4A 1S7OA 1QNTA 1RYOA 4ZYHA 3M7GA 1K78B 1SMYF 2Z9OA 4KYSA 2NWJA 3B02A 1XC1A 1H76A 1STZA 5DEXB 3CVGA 4QSDA 1I6AA 1YS7A 2K27A 4FJPA 2XGXA 3TOAA 2K86A 5EYFA 3KBRA 1BN5A 2VOOA 4G8HA 3CDHA 3KOTA 2MA3A 4LMYA 5IT9Z 3C35A 2GWRA 3C33A 4F2QA 3LSWA 1IQ7A 3F8MA 1CGPA 1QUJA 5DYMA 4FEDA 3I59A 1B7ZA 4FAJA 3LUYA 2UVIA 4IO5A 2IPQX 5EEGA 3LBSA 3S9LC 5AA3A 3KZYA 3L7WA 2FBKA 2GIVA 1D8KA 3JV9A 3LC8A 4BH9A 2HZLA 1GR2A 3IWFA 2HKXA 2RCAA 2QZ8A 3SDFA 2DI3A 3RKXA 3TDZC 1OQHA 3C31A 1D5VA 3Q9VA 2F8DA 4MQVA 4G6QA 2X0LA 4N07A 3V4GA 4NEDA 1NMUA 1IF1A 2HKOA 5I59B 3Q9SA 5D6FA 4U0WA 2CW0F 5DEQA 4LK1F 3KFWX 5DCFA 5E1ZB 3PUYE 4NF6A 2QS3A 4ZZEA 3WTTC 3TDJA 2I58A 3SEXA 1B4HA 5FD6A 1MY1A 2EFOA 4GXSB 3WAFA 4BDNA 3GUDA 4P55A 3O2PE 3ZN1A 3IHUA 3TCFA 5LGNA 3IC7A 4KMUX 4RYAA 1LBBA 3W15C 4FEBA 4GO1A 1CE2A 1YAEA 3T8TA 3ILTB 1MZBA 4DQ2A 1II5A 1FTMA 4RB0A 1ZJLA 3SERA 3MCZA 1SYIA 3Q25A 3OO9A 5CC2A 4IXAA 5HLIA 1GHCA 1JEVA 5BUUA 2LF7A 3OOPA 1PBQA 2UVJA 3U2RA 4ZE9A 1FYKA 3RTRA 4F3BA 4L9VA 5ICFA 2Y84A 5I56B 2MLGA 5JEIA 2HFHA 3CUOA 3FWEA 3V8KA 3GO5A 2NS0A 2GQQA 3K69A 4OYVA 1QQIA 1LAGE 1FYMA 1HW1A 4BDMA 4HX4A 3RGYA 2Y7RA 2VT2A 2OK2A 1I6XA 4UV9A 4M9XA 3E9XA 2DPDA 1HBXG 1QKAA 2H4IA 2QMWA 3HSTA 2M5WA 1LB2A 4G7OF 1ATGA 4BDQA 3S4UA 2H98A 3OEMA 4RB1A 5HDGA 4LLGF 5TP9A 3J7AO 1ZU0A 2FU4A 3QAHA 1IXSB 3QPTA 2QQ9A 4RXLA 1LB9A 4PDKA 3N94A 1GXQA 1FP2A 1B3LA 1EV7A 1XB4A 1HKSA 3HSEA 3UIFA 2PJPA 2BYVE 3B6TA 3GXAA 3H4ZA 3BROA 4EV0A 4WF2A 2K4BA 4HX8A 5D8LB 3IWZA 1Y0UA 1J2XA 4WXCA 3TYHA 2DP8A 3TKDA 2VXZA 4QSCA 4WKMA 4MHGA 4CYDA 1MQGA 5IAIA 1ZARA 1T0KA 1G3SA 4JK1X 5J6XA 2XAQA 3EN3A 4HTGA 1PUEE 4Y13A 1TBXA 3VVEA 2VE9A 3PD9A 1YCJA 2EV6A 3KP3A 2PMSA 2RNJA 5D5XB 5CMMA 5KDTB 1L3LA 4AWXB 4H6DA 4U88A 1IRFA 1IXIA 2EFWA 2NNNA 3NQOA 2RINA 4IPAA 1W7PB 4EJTA 1P1QA 1QVSA 3FMSA 4G68C 3MZBA 4R6YA 3A09A 1MXWA 1AL3A 1Q35A 4BDLA 4BYYA 3GFLA 4OVJA 2AL5A 5E1WA 2BEOA 1HKQA 4HV5A 4HBLA 1JGSA 3GLXA 5E20A 2X7PA 5LEKA 2P4WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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