3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
1AL3A 2BE5F 2DOJA 2FOKA 4U0WA 4MF3A 3MFKA 4G9YA 2H9BA 4C0RA 4WXDA 1LCFA 1IAWA 2RF1A 4Z0IA 2Q0OA 1SQYA 3T9VA 3CUQA 1JQFA 2REJA 5H8NA 3RJPA 3QAXA 4RB0A 4ZYEA 1SYIA 2QMWA 3TTLA 5CJ9A 3G7WA 3FATA 1FWZA 2D2WA 3VXCA 4F31B 4S04A 4RAZA 2KKOA 5F7VA 2EJRA 2HZTA 2XD2A 1OKRA 2ONSA 2HAVA 3GW2A 2IRFG 1BC7C 5TJJA 3N6TA 4NEDA 3ECOA 4M74A 1B3FA 2K27A 4OOIA 3TTRA 4N0BA 1BBYA 2V93A 4LATA 4OIQF 1Y4CA 4QFLA 1DP7P 1ZGJA 3WE3A 1JE8A 4X1BA 1P4XA 5JTYB 2ONKE 3S9LC 4JBAA 4JSDA 4IVNA 2I58A 4HX7A 5ERIA 4ENKA 4OMZA 4EQ9A 1BOAA 3TUSA 3M3FA 1LVAA 3M8FA 1U5TB 2FYIA 1BC8C 4P0GA 5EHSA 3CG3A 4HTGA 2A61A 3FM5A 2M8CA 2FEZA 3C31A 1IN4A 2O6AA 4OESA 2K4JA 4YZZA 3ZMDA 3ZMSA 1USTA 2HEOA 4LQ5A 1HSTA 1M5DA 1F9NA 2MA3A 4I7HA 3HHGA 2JZYA 1S7YA 3IL1B 1SI1A 1REPC 2QL3A 3TQNA 1U3EM 2X7QA 2PYYA 4UV9A 3FVGA 2HR3A 1KYWA 4ZE9A 2GIVA 1XMKA 4EJWA 2C6YA 3RQTA 3DFGA 1MPDA 1ZN2A 1LFIA 2GAUA 4KYWA 5FO5A 1R5GA 1XOCA 3K02A 3MVZA 1ULYA 4GL8A 2M30A 2HAUA 5D5VB 2D1HA 4E70A 3Q5FA 3TTNA 1OYYA 3C36A 1HW1A 1FTLA 2XX8A 3K1NA 1MXUA 1PBPA 3K0LA 2FMLA 2PI0A 4CXFA 4OXVA 4G7ZF 1FPQA 1HXDA 1FQBA 3V8KA 1XMAA 5EEHA 1HW5A 1KU9A 3TCFA 3I59B 2UYEA 2XXHA 2MBFA 3J80K 2ZYMA 5K5QA 2OWTA 4N9IA 5E17F 2Y7KA 1VR5A 4YKIA 2DP8A 4PGHA 4O3BA 3K6VA 3KZGA 5HM4B 3TO9A 1N3XA 4ELQA 1TQMA 2EFOA 4GYIA 3WU0A 1FTJA 2PMUA 1LLSA 2UYFA 1SFEA 3F22A 5F64A 3EHSA 2CSOA 2Z23A 1J0RA 3BDDA 3P7IA 4R9GA 3VDFA 2FNPA 2ESNA 3C18A 3ELKA 4JWXA 5D4SA 1ZLKA 1AH5A 1R00A 5L8DA 1JEVA 2G7UA 4POWA 2FF4A 4DIGA 1TFAA 2VD2A 3SESA 1OVTA 3TO6A 4ZYDA 3RI4A 3OV8A 2FA7A 1MH3A 3V8LA 1Z9CA 4BDOA 3IB0A 3SEUA 5IT9Z 2P0SA 2QWWA 4HZFA 5LBQA 2A5YB 2HYFA 3N97A 1QUIA 3QSLA 2A68F 1B1BA 3K0VA 3R26A 4U22A 1XD7A 4NMYA 4M4GA 1LJ9A 3JAMK 4F3SA 4ZYGA 2W85A 3NEUA 2ZMEA 3R60A 1GVCA 3LSXA 3T1BA 4JBZA 2E1SA 1TXFA 4R6KA 1A8EA 4PE5B 4YMAA 5K5RA 3IB2A 1QBJA 1H76A 1KA8A 3H3UA 5AIPA 2FE3A 1KU7A 3VFZA 4OFJA 5CMKA 2YJPA 1LB2A 3IO4A 1IXCA 4EF1A 4ZZLA 1QQIA 2Q2CA 1HSEA 4F18A 2KRFA 4NF5A 5E1WA 3PD9A 2NNNA 1P92A 4S05A 4YMBA 1EV7A 1FX7A 2H6BA 3KGCA 4YG2F 4U21A 1FTOA 3FVOA 3U2RA 4FX4A 1MQGA 2AIXA 3BY6A 3QU6A 4IO7A 4R2BA 5DYMA 4NE4A 4Z2YA 3J81Z 4Y15A 3O9PA 3J7AO 1VTNC 4AB6A 3PUVE 2Z9OA 4RB2C 3O6GA 1P4WA 1PBQA 1RNLA 4Y13A 4ELOA 4KNYA 1MXWA 4YFNF 4OEUA 3G3ZA 3Q9VA 1XCBA 2I48A 3VOEA 4HLYA 2VN2A 3VVFA 1Y3QA 1R5HA 1Z1DA 3R0JA 3C3WA 3V8XB 3I4PA 1LAFE 1UHMA 3RKWA 3KOSA 3QPHA 3U1OA 5ICFA 4G6QA 3R7XA 2HZKA 1H9GA 1A7LA 3MQ9A 1BI1A 2Y7IA 4EF2A 2DQVA 4FT8A 3IWFA 4P0IA 2GA2A 4FJPA 3WGIA 1AOVA 1XSXA 5ITPA 1B0HA 4NF4A 2HCAA 2ZKZA 4GGGA 3F8CA 1KQ0A 3JV9A 3GFLA 5I56B 3DPTA 2RCBA 4MFIA 3ZP5A 1ZAOA 4KCDA 1I6QA 2HXWA 1FBQA 5AA3A 1DOTA 3LWFA 4I8CA 2VBWA 1B1HA 4IRIA 5AA1A 3H03A 2TDXA 1UTBB 3K2DA 4U7DA 3FVNA 1B9MA 1XVYA 1U78A 1M5CA 1GVJA 1MXVA 3ISPA 4PZJA 1S3JA 1EH3A 4BHCA 1J75A 2HQNA 4ZDMA 1I1SA 3L9FA 1VFDA 1KU3A 2QYOA 4PFYA 1Q35A 2RDPA 1ZTYA 4ZEFA 1H9TA 2UVHA 1QJMA 1FP1D 3TTMA 4AVPA 3K2ZA 3TCHA 1EH8A 2D1VA 2EFWA 2HDCA 2IT0A 1MQHA 1Y4TA 1MXZA 1P1UA 1MJAA 5AA2D 5KDTA 3MP6A 4LP2B 2DXYA 1USYH 4GFRA 5IAIA 2GFEA 5A5XA 4L9JA 2PVUA 4MEYF 4C1TA 3NRVA 4IPAA 1W4MA 2F34A 1DPEA 4M9ZA 1B6AA 1UB9A 2JSCA 2DS9A 1JW5A 4JXIA 1O57A 4B09A 2HS5A 3M1EA 2ANJA 3C32A 5B70A 3HTSB 1J9IA 3EN3A 1O7TA 1TFDA 2ZCWA 1SAXA 2FBIA 3KZZA 2V1DA 4CZZA 5HDGA 2W7YA 1FYMA 3KFMA 1YFHA 4PFUA 5DVIA 5CVRA 5DVJA 1T6SA 3P7NA 3TQWA 1Z05A 2H25A 4Q30B 4EM2A 5I58A 4LG0A 4THIA 4YKJA 3RPUA 4XKPA 4TV7A 5LOMA 2OLBA 4PP0A 4QSEA 1CF7A 3PUWE 1B05A 2XX9A 3FM3A 3M3LA 4N07A 3CRBA 2VP1A 1S8NA 1W5SA 1DPRA 1K7AA 3A09A 2XAHA 1FQFA 4YB6A 1AMFA 5CVIA 2Q8KA 5DUIA 2R7FA 2R9JA 1TTYA 2QM3A 3FV2A 3M8EA 4PCQA 1ZG5A 2Z33A 1Y3PA 4LVQA 2V3QA 1X3UA 2Y84A 4MQVA 4LMYA 2DTRA 1TNSA 4KIBA 5CLSA 4R9FA 3LC8A 4U7BA 4OIPF 1I6AA 1MY2A 2I0BA 5CMCA 1FY7A 4ZZDA 1UTHA 4JWYA 1B9NA 4O3AA 3DLNA 3U94A 2UXNA 3FJMA 1ODDA 1BN5A 3WGHA 4QHQA 2YX7A 1S9TA 2PLYA 4IY6A 3KP2A 4L9NA 5ILUA 3PMXA 2J5PA 1LBCA 2WTEA 4TQUQ 3DP7A 3MP8A 3MEXA 3HSEA 3G73A 1FC3A 3D4CA 3E6BA 2HTJA 5KCJB 2PT1A 1SVXB 5HBCA 1B32A 4YKPA 4ZE8A 1IRGA 4NTLA 1RKMA 2DVCA 3THIA 3MPLA 4MLVA 3TPAA 3G3FA 4F1VA 1B1XA 1N0TA 5DYHA 1OYWA 4HYEA 4IRGA 2ZYKA 2VOZA 4BXUA 4OIOF 1MS7A 4UHTA 4BH9A 5TU0A 4G8HA 1RUNA 1D3KA 1HSJA 3G3KA 5I59A 3RPWA 2CW0F 3TCGA 2OBPA 1JXSA 2BV6A 4OFLA 3T66A 3MUQA 1QUKA 4A12A 2FNCA 1H0MA 2VBXA 5DEQA 3F6VA 2H98A 1B4AA 2ZNZA 1Y3NA 4WWCA 2R6GE 4UA8A 4G8XA 2WWYA 1K78A 3TOBA 3HSTA 3HV1A 4CYDA 1TQIA 2JPCA 3CSGA 2Z3YA 2XUBA 2NAZA 4N13A 4KCCA 2V9VA 3OXNA 3IRRA 1S6LA 3TODA 4YIFA 5HLIA 4FE8A 3EPEA 4OIRF 3TQLA 1Q1HA 4IJAA 2IA2A 5K1YA 2HOEA 5DTBA 4R72A 2PQ8A 4IO2A 3KE2A 1SD5A 4C1UA 3T96B 2B0LA 1FYLA 1ZBMA 2NYXA 3KOTA 1WKMA 4IF4A 3LA3A 1QULA 2AS5F 2QQ9A 5TP9B 3E3KA 3IO6A 2ZNUA 4DDDA 1IW7F 4ZEIA 4LQ2A 5E8GA 1URSA 3BJAA 2FBHA 5JVTA 1S7AA 4HW8A 2EA4A 2A5SA 2H6CA 2PMSA 3G3HA 2Q9TA 2E0SA 1XDSA 1OLAA 4L0YB 3QUFA 4ESWA 4OQOA 1XC1A 3RNNA 3SEYA 1V3FA 4ESFA 4QFNA 2ZNSA 3TO7A 2DWJA 3LQRA 4JSOA 4HF1A 4JDFA 2XIGA 1O7FA 3ZMUA 2DXRA 1K6OA 4CHUA 1Y20A 2H4IA 3ZMTA 1OIBA 4A0YA 5CC2A 1R1NA 5ICGA 4NQWA 2XAFA 2G93A 4BDMA 2O03A 3R4KA 3PMVA 3SZPA 3K69A 3U9GA 4BNCA 1DPPA 4IB2A 1EH7A 2EV6A 1FOKA 3R0AA 3CUQB 3WTUC 2O0YA 3WAEA 5H8NB 4HLXA 4B8XA 3LFKA 1ZU0A 2OAZA 2NVUB 4E0XA 1UFMA 2OCUA 3B6QA 3MP1A 1MJBA 5LHHA 3PFIA 1LDJA 4L5JA 1T98A 5FLXK 1BIBA 2OK2A 2F5FA 1URDA 3FZVA 3T9HB 3GZ5A 3LBSA 3DP8A 2VE8A 3KP5A 4KIFA 4IO3A 2I0CA 1ZRCA 1T0KA 2VODA 3DQVC 1ZRDA 2VOPA 3RYRA 3ERED 3V83A 4YIIA 5DCMA 1HSLA 4H1XA 1U6GA 3OO6A 1F9BA 3BP8A 2ZMBA 4WCGA 3WTWC 4R73A 1RYXA 1RI7A 2B65A 3LSLA 5FHMA 2RNJA 3QP6A 5F1QA 2L02A 5JFRA 4OTEA 4DE8A 5IKBA 2I3VA 2DLLA 1SD3A 1WODA 1E2XA 2P8TA 4YFKF 4MGRA 5E1XA 1QVSA 2W24A 1XGOA 1LAGE 1IXSB 3G3GA 4PDKA 1M5FA 1NHAA 4EQBA 1BM9A 4KYEA 2NUVA 2GZWA 3W9WA 4TLMB 1VE4A 4ELPA 2AYSA 4A0XA 1BLFA 2E1NA 3E5QA 3HRTA 4EXKA 1UIVA 2A6HF 2O7IA 5LGNA 4ZEBA 4HF0A 3H92A 3E6CC 4A5MA 3HOSA 4HV6A 1C0WA 3BOQA 3QP5A 4ZH4F 2R71A 1QZYA 2IP2A 1JVYA 1O64A 4M71A 2I4CA 3BPVA 1WQ2A 3LAPA 2ZFWA 2UXXA 3OSQA 3ZMZA 4ESBA 5CVJA 1XB4A 2P4WA 4P9FA 1SBPA 1MY4A 3O6IA 2EV0A 3PQKA 3BZ6A 2FRHA 4QFKA 2ESHA 4QWQA 2M5WA 1LDDA 1KYZA 3WU1B 3PPRA 4KUMA 1Z6TA 4XTCQ 2PFBA 1MM6A 2HYGD 1O3RA 4OMBA 2FA5A 4A5NA 5ICEA 4LUBA 1G3TA 4G6DA 1GXPA 4EDPA 1QZZA 1F5TA 2EFPA 1ON1A 1N76A 5E20A 5CVUA 5LEKA 2OZZA 1B5HA 2F5DA 4KMUX 3Q9SA 3J80Z 2O8XA 4EVIA 3KJ7A 4RA1A 3KN3A 2P1SA 1MQJA 3L09A 2PT2A 5L3CA 1R6ZA 4OZ9A 2ZBKA 2EFQA 4MHGA 5CM6A 2I3WA 5KZTA 5AA2A 1RYOA 1YW8A 1H43A 3N6UA 2E7XA 3ILTB 4HOBA 3A3UA 5D5WB 3ILUB 2DE4A 4AQ4A 3GBAA 2EK5A 3OELA 5I2KA 4WK8F 3IOTA 3O97A 2RC8A 3KBRA 2K86A 2GHAA 2ZMEB 4EQQA 2EA2A 2FMYA 2O69A 3F8BA 3N26A 2VT2A 3ODBA 2OA4A 3MJNA 1FCKA 2DU9A 3TAJA 2MD5A 1OQHA 4YU0A 2ISYA 4LZ7A 3MZ1A 1ZGAA 3RPQA 3EQLF 4RAYA 3B6WA 4IRHA 2A6EF 3JAMZ 2ELHA 2LDUA 2B3BA 5A2QK 2STTA 2PBWA 4UUVA 1VSOA 3C7JA 3OO7A 4NF5B 3M8UA 3IJOB 1MY1A 1FSEA 2COMA 4I02A 4O6JA 3OSRA 2H5YA 4BAYA 1UHWA 2GWRA 4ND9A 3IOWA 4ZECA 4FECA 5BMZA 4Q47A 2QBYA 4CGZA 2L3DA 2V6CA 3CSBA 1MDMA 2ALUA 4Q4ZF 1B3GA 1WRJA 4P96A 4FX0A 4NWCA 5D5UB 1MH4A 2KJBA 4PFWA 3L6GA 1B40A 4GIZA 4U2RA 2XKPA 3MVXA 1R23A 2IW5A 1B3EA 2I49A 3PPOA 2P6SA 1DSNA 3F8FA 3MWMA 4QFOA 4KFQA 2YSRA 3O2PE 3SERA 3HSFA 4EJUA 2Y7PA 2F78A 5ITOA 1R36A 1OR7A 5L3EA 4F1UA 3A3CA 2NXOA 3O6HA 3CLOA 3KLNA 1UCRA 1XHYA 1XSVA 1GHCA 4AIJA 4I9DA 5H8FA 3ECHA 5BS6A 1B59A 3VFJA 2LF7A 2XAQA 4FAJA 4EJTA 2OBGA 5E18F 2FXAA 2KIFA 4NF4B 3S4UA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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