3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
1B51A 3OSRA 5D8LB 5ICEA 1B5JA 3H3GA 1FP2A 2VP1A 4KN4X 4JBAA 2EA4A 3K2ZA 2VD3A 1K78B 2H25A 1SFXA 3I3VA 3E5UA 4ENMA 1Z6TA 3IKTA 2BEOA 4PE5B 3I59A 2BE5F 2OBPA 3MZ1A 3TQWA 4U4SA 2WTEA 5TPAB 5H6QA 4QF9A 3J81Z 3SZPA 3MAJA 2O84X 1SMTA 4KCCA 1MD0A 1B4ZA 3HYIA 4UVBA 1XGOA 3C34A 3KP4A 1IXGA 1YW9A 5FLXZ 4QFOA 5ILVA 1LFIA 3QUJA 3TTLA 2QS3A 2FA5A 5EYFA 4XKPA 2L4AA 2F6PA 2HQ0A 3ZMSA 1Z91A 2FA7A 2XAQA 4HAMA 5LOMA 4IGRA 3BJAA 3ZKLA 3H6UA 1MZBA 5IT9K 3CFXA 1B1HA 1J1NA 3O9PA 2XGXA 4KUMA 2HXWA 4IHTA 1II5A 3P9KA 3FD3A 5I59B 2CQKA 3HTSB 2ZO4A 2I49A 4RGUA 2F6GA 1OYWA 3ZMZA 2XD3A 3BDDA 3HTUA 1GXQA 1KU2A 1S7AA 2AL5A 2REGA 5LLQA 2NRAC 2KIFA 3UA8A 1LB8A 4LB6B 3WTSC 4CGZA 4LG0A 2JRTA 2W25A 4U4XA 2NAZA 2I3VA 3K2DA 4UUVA 1YS7A 1AL3A 4UV8A 3M8EA 4N9HA 4EMSA 2GFEA 4OIPF 4QLCU 3GZ5A 5E1ZB 3PD8A 4LJZF 2Q88A 2GAUA 1T0KA 2DVCA 3K69A 2YU3A 4KHZE 1IUYA 2GHBA 4QWQA 3J80Z 5CI5A 3ILUB 1B1XA 3M8UA 3T9HB 3TTKA 4L5IA 1STZA 4MQVA 2IEEA 2DW4A 4L17A 3C36A 4DCXA 2DQRA 1EZOA 5J8CA 2P5KA 3N4MA 1Y1MA 1F5TA 4CXFA 2O69A 3RNNA 1M5FA 3WTWC 2Y84A 1LSTA 4KPTA 4OEVA 1B4HA 3P9CA 2W84A 1V4RA 4U23A 3LQRA 3N26A 5CC2A 1SDXA 2JT1A 3TO7A 3QXMA 3FXQA 4XBFA 2UVGA 1DP7P 3ERED 4H67A 4ZEKA 1JNFA 2FSWA 2XXYA 4AWXB 3IB2A 4YKKA 2ZYKA 1D3YA 1FY7A 2XASA 1XCVA 2FE3A 2DTRA 3DQVC 2UVIA 5ILSA 3CO6C 4ZE9A 3T8TA 2A6EF 1H0MA 1K7AA 5F7VA 1MY2A 2WKYA 2XX7A 2HAVA 1PBPA 4FATA 4UV9A 5CVJA 1BKAA 3QIMA 3T9VA 1ZJLA 1I6AA 3I53A 2V84A 4OQOA 5ICTA 2V1UA 2HGCA 5I56A 4H0WA 1ZRFA 2FBIA 3ML6A 1T39A 4IXAA 2RKHA 3RQTA 3R6SA 2FBHA 4FT8A 2L4MA 3F3XA 1XOCA 3FJMA 3WTUC 3IJOB 2HOEA 3MZBA 5AA2B 2VE8A 1B7ZA 4LVQA 3HSFA 2FBKA 1MDMB 3H3UA 3OEMA 1MH4A 4KFQA 3HOTA 2YX7A 4FORA 1H3DA 2QSXA 1R22A 2MA3A 4PZJA 4NF4A 1EH3A 4R73A 4XKNA 1B9NA 4N07A 3I5UA 4UXNA 2EV5A 4YZZA 3TKDA 4HF1A 2E1CA 3CUOA 4FIMA 4F22A 3TO6A 4EJTA 3IX1A 3MFKA 3R0AA 1IZ1A 1XSDA 3R0JA 4F31B 1DDNA 4HCYA 3ISPA 4EGYA 4OIOF 1Y3NA 2HZTA 1GHCA 3CG1A 1F9BA 4M6YA 3EDPA 1K79A 2ZNZA 2OQRA 1Z7ME 4FEDA 1MY3A 2D45A 1YQAA 4RK9A 3TCFA 4FEBA 3CUQC 1A8EA 4C1TA 3TOBA 4P11A 3TO9A 3QP5A 3JTGA 5ITOA 3FATA 3FZVA 3MUQA 1XGNA 4KDPA 3HHGA 5FTHA 2RGVA 4BDMA 1CF7B 5L9MA 1I1SA 3F22A 3KZYA 1SW1A 1HBXG 2RC9A 4M73A 3GVAA 3TDZC 2RINA 3KZGA 2DK8A 5LHHA 3PUZE 3V8JA 3GFIA 2XKPA 2M45A 1ZYRF 1UCRA 2XROA 3MEXA 2F5EA 1URSA 4P0GA 4BHCA 1SD4A 1XT8A 4KMUX 2F8DA 3MZ9A 3WTTC 3RTFB 1IQ7A 2I4CA 2BYVE 5H6RA 4BQAA 1M5EA 3QSLA 4BYYA 1QUKA 3RI4A 3IOUA 4MLVA 1MPBA 1LB2A 1O57A 1P1NA 2NXOA 4AVPA 4OOIA 1PB9A 3RGYA 1H9GA 2XHKA 3GFMA 1YS6A 1HW2A 1UTBB 4HW0A 3MP8A 3KP2A 4HQMA 4G9YA 2MLGA 3JSPA 1SBPA 5CMMA 3QOPA 5LGUA 3NEUA 2DSFA 3IWFA 1D8JA 2DS9A 1DUXC 3F72A 2UWMA 3IR1A 1P1OA 2ZNYA 3O6HA 4WEDA 2XXRA 3LUYA 2V25A 3H4ZA 3TAJA 4U7BA 5IT9Z 2OZZA 2IA4A 1I5ZA 5HM4B 1DTGA 4Q30B 2QPQA 4WF2A 2OD5A 5CVUA 1JW1A 1Y20A 4ESBA 3KGCA 1MY4A 4Z2YA 1USYE 3MP1A 4KNYA 1T6SA 2XAHA 1FTOA 1Y3PA 1B4AA 1AIVA 1OLAA 5EEHA 5DYMA 3S9LC 3VXBA 4QFNA 5DCMA 2DWIA 2ESNA 2UXXA 2ZMEB 1SYHA 1LDJA 3PPQA 2RC4A 4IPAA 3VB2A 4F3BA 5HBCA 3B73A 2NYXA 2P5VA 2XXHA 5A5XB 4ISUA 4U1ZA 2V3UA 1NH7A 4WXDA 5DTBA 5JFRA 4NF8B 4CICA 5LHGA 1T0FA 3MZHA 1R1NA 3ZMUA 3PUWE 3N6UA 1R5GA 2KLFA 1BBYA 2E0SA 1QJMA 2Q2AA 3B7DA 3PV0E 3D4GA 4YICA 4G68A 3EYYA 3G3GA 3FJ7A 5ICCA 3K0VA 2H99A 2I0CA 4F3PA 4KN7X 3V4GA 3RJPA 4U22A 2B0LA 3ZKKA 4R8HA 4U21A 4MBPA 1XDSA 2HZKA 5FFZA 2RKMA 5JTYA 5D5VB 4A0ZA 2RV8A 4LD5A 2AYSA 3CR9A 3LSXA 4OMZA 5ERIA 3ZMDA 2UVHA 4HS7A 4XTCQ 2QMXA 5BWJA 4ZZDA 1MG1A 1UTBA 4I09A 4GCVA 3QK6A 1BN5A 2XUBA 2A61A 4GXSB 2QRYA 1MQDA 3R6UA 3SHFA 2X7QA 2Z22A 1DSNA 5FTIA 3WTXC 2K4JA 1G4DA 3OV8A 4OXVA 1B0HA 4NE4A 2QMWA 4JXIA 5LBQA 2WWYA 2DE2A 1Q35A 3TGNA 1K6OA 3E6MA 3WU0A 3CG3A 5FHOA 3RUMA 1IRGA 1FT9A 3TDUC 2F5XA 4U0YA 1MXZA 2UYFA 3KE2A 3C32A 5TU0A 3SZTA 2I0BA 2Y7RA 5DEQA 1WRJA 1B58A 3BY6A 3REOA 2DFIA 5CJ9A 3DPTA 3HN0A 3JAMK 3B6TA 5L3CA 1I1GA 2VE9A 5J1DA 2W7YA 2ZBKA 3OSQA 3MPKA 3SEXA 5AA2D 2DWJA 2MC3A 2O51A 1S6LA 4IVNA 5CLSA 1FTLA 2VONA 1RZ4A 1W7PA 3LBSA 4F29A 3Q25A 3EETA 4DNCA 3IORA 4ESJA 2Y7PA 2CZLA 1MGTA 4YIFA 1R1UA 1S29A 2ZNSA 1QNTA 3VOEA 4QSCA 2YR2A 5ICFA 2JPCA 2XHDA 1L5TA 3CVGA 1USYH 2OAZA 2XAFA 4HZFA 3E97A 5DD4A 4IJAA 3SESA 4HDUA 2YPRA 2OLBA 4AQ4A 3VXCA 1J59A 3P7NA 2RF1A 1XMKA 2IA2A 1MS7A 4DQ2A 1N3WA 1ZGJA 3LA3A 1XVYA 1M5CA 4QRZA 4HV5A 1LFHA 4HF2A 3Q27A 1MKMA 1Y0UA 3HOSA 3HPIA 4HV6A 4YFKF 4ELOA 3OEKA 2FMLA 3WE2A 1BP5A 3CLOA 2F7AA 1P4AA 3JSOA 4RS8A 1OPCA 1H43A 5DUKA 3BROA 3LAJA 3FVOA 5FFXA 4JSDA 3F8BA 3P7IA 2LSOA 3N5LA 5H8QA 3U8QA 4M71A 1ZREA 1SW4A 2I3WA 4YKIA 3VDFA 1U5TC 2DP8A 2R71A 3LSLA 4MEXF 5TP9A 1QZYA 1KWHA 4HF0A 4E70A 5I58B 4LB5A 3FVGA 1LBBA 5L3DA 3V8KA 4RPNA 1KU3A 4G68C 2E7XA 2EA2A 1FYKA 2PLYA 3GZGA 4OMBA 1UHMA 3W6KB 4YU0A 1XVXA 1B9JA 3R60A 4OENA 3FIRA 1VR5A 3KP3A 1REPC 2M8CA 2NUVA 3FJGA 2FF4A 2H09A 4GYIA 1MXWA 1JEVA 4KYEA 3G3IA 3U93A 4F19A 3TTMA 1OQGA 3HRTA 3O66A 1ZG5A 3G3HA 3HV1A 2UXNA 1IXHA 3PPOA 1MPCA 4ZH4F 5E8GA 5E8IA 1KYZA 4U0VA 3K6WA 3UK4A 5LHIA 2QBYA 1LEAA 3CFZA 2IJLA 1KA8A 4IO4A 3MVWA 3TMGA 1B59A 3VEPA 3SERA 3L6GA 1ZLQA 2XXWA 5KCJB 1LDKB 2LDUA 3C35A 2EV0A 1U3EM 1S3JA 4H1XA 3F11A 2KIMA 2XAJA 4U7DA 4M9ZA 1KQ0A 1BIYA 5ISUA 1O3TA 1O7FA 3BBRA 2F5FA 4BHPA 4F3SA 2O68A 3IO6A 1E2XA 3TZAA 4Q8RA 4JB7A 3R7XA 3GX4X 1B05A 4NQWA 3O2AA 1F1ZA 2Q0OA 4NWCA 2ANJA 2ZXJA 3QAHA 1U78A 1PDNC 3IHUA 1RUOA 5I57B 4MH5A 5CMCA 1R36A 5DV5A 1JQFA 3EUHA 1YO5C 4I8CA 3OO7A 4R9GA 1XGMA 3RKWA 1T98A 1B7UA 1MQGA 4D0PA 5DEXA 4ZYGA 1G3SA 4FJPA 2HFBA 1D3KA 3JTHA 4IO3A 4ZDMA 2VODA 3I5OA 3PMXA 5K5OA 2Q8JA 1FPQA 1ZRDA 2NWJA 1B3GA 3J7AO 5EEGA 1N84A 2AL4A 2EFQA 5HS8A 1RUNA 1QZZA 4MQ9F 1GTKA 3RYPA 1TNTA 4H8IA 3JW4A 4GF8A 4Q5SF 3T22A 3MAMA 3H6TA 3F23A 3RN8A 3HRUA 4G8NA 5H8SA 2V6CA 2P7VB 2OK2A 5KVRA 2ONSA 3E5QA 3IOVA 1VTNC 3PPPA 4NWDA 4L9TA 4Q5TA 1ON2A 3KLOA 3OOAA 1B2HA 2P4WA 2V1DA 2ZFWA 4MGRA 1MY1A 3IOTA 3EN3A 4BLAA 1UFMA 1FTJA 3MWMA 5L9SA 2PBIA 4I02A 4A5MA 2ZYOA 3IB0A 3KSJA 1IXCA 3RPQA 3QYTA 3RKXA 3V5AA 3G3JA 3UGWA 5AA4B 3ECHA 3KZZA 4UACA 3B6QA 4G4PA 3MC2A 1B1BA 3OO6A 1QQIA 2GA2A 2EFPA 4YB6A 3E6DA 4F1UA 3F8MA 5HLIA 1PB7A 4Q47A 1SVXB 3A3CA 4TLLB 1FBUA 5A2QK 3CFLA 3SEYA 2DOJA 4ENJA 4M6XA 3RIRA 5KCJA 1N7WA 5F64A 5EHMA 1P6RA 1TFDA 1OKRA 4PP0A 5FO5A 5JHUA 2IVMA 3I58A 4NEDA 3PUYE 1WODA 5HVQC 1R9LA 4G7OF 3OMBA 3USDA 3JAMZ 1A40A 4OIQF 3VLVA 2FEZA 2NS0A 3LAPA 1I6XA 2Y7IA 2O0YA 1BIAA 2Y75A 4R2BA 2GA1A 3FMRA 2XAGA 4LLNA 3I64A 4KYSA 1TFAA 1G6NA 1N04A 1I6BA 3KN3A 3BZ6A 2F36A 5HLHA 4FECA 3QP6A 2AS5F 2YX4A 3DEUA 2O8XA 2A3SA 3M3KA 4THIA 4BNCA 1YFHA 3BP8A 5K5QA 4GGGA 3M3FA 2AXLA 4GVOA 3FF5A 4ETSA 1S9TA 3E4RA 1NHAA 1QPMA 4IHSA 4PFWA 4R6HA 4XIGQ 1XHYA 1K78A 1S7OA 3EHTA 4YB5A 3LA7A 2L01A 5HDNA 2ETHA 5DUIA 2P1SA 2F5CA 1T38A 2KKOA 5TPAA 4YMAA 2W57A 4IY6A 1XD7A 2XXTA 2CG4A 4RGSA 5DVFA 2VD2A 4R9FA 1TQMA 3KETA 2G9WA 3SEWA 2NVUB 3U1DA 2C6YA 5AA4A 2XIGA 2OZ6A 3PQKA 2P8TA 2O7UA 3ZS6A 1R1VA 2STTA 4L9NA 1ZG3A 2GXBA 3QPHA 1UTHB 2PYYA 4KQPA 4EJWA 3FM5A 1LDDA 4LQ5A 3E3KA 2QZ8A 4P96A 4MTEA 4EM0B 3ZP5A 5B7DA 1OYYA 5I59A 2OWTA 1PBQA 1QULA 4FX4A 1EZPA 4JWXA 4ELPA 2JSCA 5F1RA 1L0OC 3BOQA 4N13A 1D5VA 1R6ZA 3K9TA 5CYVA 3PUVE 1MPDA 5F1QA 4GIZA 1MQIA 1QO0D 2VC1A 1WSUA 4PFYA 4EVIA 1NL5A 2Z8EA 3GYHX 1N76A 3CSBA 1S50A 1R5HA 1XS5A 3TPAA 1JGSA 1P2FA 4JDFA 4FE8A 5D5XB 3HO7A 4P5OA 1MXXA 2H9BA 3O29A 4WXHA 1I6QA 4ZZLA 4MTDA 2HCAA 1JVXA 4WK8F 2K02A 4EXKA 4A2UA 2GH9A 5BMZA 2B3BA 2UVJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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