3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
3EQLF 3Q25A 1PUEE 1C0WA 1PB7A 4HF0A 1US4A 3B6QA 4WEDA 5FLXZ 4B09A 1NH7A 4F1VA 2Q88A 3RIRA 3MEXA 5I2KB 4QFLA 3IOWA 4XXUA 4IJAA 2O1LA 4YAHX 1N0TA 4A6DA 1IRFA 3K2ZA 4U0YA 2HZLA 3I58A 3RUMA 5DEXA 1FBUA 3LSXA 4XSZF 2BJJX 4LATA 2L4AA 3PMVA 2ZXTA 4RK2A 1YO5C 1J0RA 1I6QA 1IW7F 1B5IA 5JEIA 3RJPA 5DUIA 1R1NA 3FV2A 4G68A 1LDJA 4A5NA 1B5JA 4Q0CA 3TCGA 5H8HB 1LFIA 2RV8A 1ZREA 1UTBA 3FXRA 5H8NA 2THIA 2YX4A 4OZ9A 4EJWA 3HHGA 4F18A 4U0WA 2NRAC 5F1RA 1URDA 1O63A 1P1UA 1JE8A 3FATA 3WTSC 3KN3A 2P5KA 5A2QK 1U78A 1DPUA 4RJZA 3ZS6A 2KJBA 3MW0A 4F29A 1Y1MA 1LB9A 3O28A 3VXCA 4HW0A 4K2EA 2F8DA 3CO7C 1YFHA 2ALUA 3BROA 4FIMA 1JEVA 1ZTYA 4KYWA 2HEOA 1L5TA 3GBBA 2XX7A 5DYMA 4HX7A 3G7WA 1D3YA 3IJOB 5AIQA 3PPRA 3RKWA 4EUOA 1QQIA 3BFUA 3I54A 3C9HA 2Z8DA 4M73A 4KPTA 3T9XB 5DVJA 5LGUA 2XXTA 2ESHA 3K1NA 3LR1A 3LA3A 2VC1A 4R9GA 1UTHB 3O2AA 4CYDA 4BHBA 3M3FA 4OQOA 3JTGA 4B8XA 1FQFA 1LCFA 3TCFA 1LEBA 1I1SA 5AA3A 5TRDA 4U7BA 4NF4A 5ITOA 2ZNYA 3E6MA 4EF2A 4OMZA 5I56B 2WTEA 3WG9A 4ELQA 4I1DA 2F7AA 1R00A 2D45A 3C18A 2OLBA 2VT3A 1FQDA 3FD3A 3EQ1A 2R7FA 2XXUA 2ZYKA 2PMSA 4I01A 1HQCA 4OFLA 5I2NB 1OLAA 4YKPA 3HV1A 1SYIA 4H67A 2VBXA 1D8KA 3RPQA 2HKOA 4L9TA 4BXUA 5H20A 2CZLA 3KN7A 1RUNA 4UUVA 4HAMA 3HCQA 2E7XA 5HOOA 2F34A 3G3GA 3J80K 1P99A 1R36A 3SERA 1YTVA 5CVJA 2PT1A 3IWFA 1R23A 3A3CA 4QHQA 1AL3A 3JSPA 3TTKA 2PBIA 2DTRA 2DLLA 4HCYA 3FX3A 3K2DA 5AA2D 1B4HA 1A8EA 4IGRA 1NKXA 3FVKA 2XAHA 5ICTA 2P5VA 4IXAA 3BFTA 4NMYA 5ED4A 4RY1A 1S7OA 2DT5A 3FXUA 3I59A 4OHNA 2KKOA 4QSDA 4EM2A 4I0BA 4BLAA 1G3TA 1ZRFA 5B7DA 4HF2A 4QFPA 4HOBA 3U94A 2FNPA 2A68F 3SEXA 4EXLA 1N04A 1LBCA 5K2YA 1T0KA 4GD5A 1Z7NE 5BPDA 2P7VB 1MM7A 3QU3A 4JWYA 3ZMTA 1YLFA 2CQKA 3VFJA 3DEUA 2DE4A 3ODBA 1B7HA 3IO4A 5KDTA 2F6GA 1SVXB 2KRFA 1B0LA 1MY3A 1OYWA 3V7CA 3RT8A 1N84A 3TELA 4JWOA 1DOTA 4IO2A 2JTVA 3SFZA 1O3TA 3CDHA 1Z6TA 3F8CA 2ZCWA 4OTEA 3BY6A 2G7HA 5BMZA 3K6VA 3OEMA 4G2ZA 1FLIA 1B9NA 4CDGA 2F35A 4DCYA 3RN8A 2M1BA 1RI7A 2OBGA 3ZN0A 1BIYA 3GWZA 5CYVA 1MQJA 1ODDA 3QP5A 4AB5A 1Y9UA 2R3SA 1MPCA 4AIJA 2I48A 3MPKA 1EZOA 4GCVA 1P1WA 3HPIA 2OU2A 3B6TA 2WKYA 4NEDA 4HX4A 4JBZA 4RGSA 4RGXA 2PX1A 3IB0A 4HLXA 1M5CA 1Y3QA 1ZARA 3VB2A 3LFKA 3WU1B 3HHHA 4H5FA 1XC1A 4WEPA 2O8XA 3MZ1A 1ZBMA 3TCHA 3OELA 1Y3NA 1HW2A 2FRHA 3HOSA 2Y0MA 1JW5A 5FTHA 1KU9A 3TQNA 2PG4A 4XLNF 2STWA 2DWJA 2H98A 5L3BA 1ZJLA 4NWDA 2Z22A 3D5LA 1TT1A 3Q28A 4UV9A 5D5UB 4G7HF 3L9FA 4L0YB 1SI0A 4FT8A 1ZG5A 5DCMA 1ZLQA 2EFPA 1O7LA 2JT1A 1PP7U 2QWWA 5LRSA 2G7UA 2DW4A 1IN5A 1RYXA 4NF5A 1BN5A 1FPQA 4ENMA 5F64A 3NEUA 4FECA 4LQ2A 5HLIA 5AA4A 1WRJA 1MXYA 3MVYA 5H8SA 1QNTA 4F3BA 1B7ZA 1B6HA 1LNWA 5ELVA 1FZPB 4DCXA 4QRZA 3H3GA 3DP8A 3H4ZA 1FX7A 1ZGAA 3ZMVA 4KN4X 4AQ4A 4YFXF 2LF8A 3F8NA 5D8LB 4ND9A 4FEDA 3V7RA 5DCFA 3R4KA 3VLWA 3ZSFA 1TTYA 1D8JA 3PUVE 4WK8F 3JSOA 1F9BA 5JR3A 4HV6A 2L3DA 3K6WA 3O6HA 1GXPA 5E1WA 2DSFA 4LG0B 1M5FA 2P5LC 1SFEA 1YS7A 2G93A 2ABHA 2PVUA 1Y20A 2IA4A 1SBPA 4F19A 3F11A 2GH9A 4S05A 4EDPA 3RTRA 3F6OA 2XASA 1H43A 3F22A 2UVHA 2H4IA 1URGA 4LA9A 1H9GA 2ZMEB 2DQRA 1PBQA 5AIPA 1F9NA 1ONVA 3GZ5A 3C3WA 2L01A 2O51A 1WKMA 3T96B 2O6GE 2ZFWA 5I2KA 4GYIA 3SESA 1NMUA 3E6BA 3GXAA 2F5XA 1XVYA 1B7UA 4YB6A 3HOTA 5CI5A 1RKMA 3R26A 1GGGA 2VD3A 3M3KA 3THIA 4DDDA 5H8FA 3QPTA 1Q1HA 3K1MA 4KMFA 4IO3A 1USTA 4FX0A 2HQ0A 2CFXA 2M8EA 3LWFA 4R9FA 5CMMA 2JZYA 3N94A 1T39A 3OD7A 2JRTA 1A8FA 2L02A 5FHOA 1MH4A 3CO6C 3H3UA 4HQMA 4POWA 3F8MA 3J80Z 3WTUC 5H8HA 3BOQA 3HHFA 2HEUA 1HSLA 3S2VA 3KFMA 5JTYB 1B1XA 2Z23A 5ILUA 3R6UA 2HFBA 2P4WA 3KP3A 2IEEA 2NNNA 1OQHA 3VVFA 5EEGA 5D6FA 1TNTA 1JNFA 2D5WA 4XTCQ 2ZKZA 4KIGA 2QZ8A 4MF3A 3O9PA 4KFCA 1Y4CA 1R7JA 1MH3A 5LGTA 3F72A 3HYIA 4DIGA 2XHKA 5E1XA 4QSCA 2HXWA 4TLLB 3U1OA 3MWMA 3S9LC 1DPEA 3SHFA 4HX8A 1AOYA 4K3FA 2DPDA 5BS6A 3CRBA 4RGRA 5H6RA 3O6IA 4BDNA 3H3ZA 4PFWA 1O7FA 3OO9A 2DK8A 1YTYA 1SD4A 5CC2A 2HAUA 3C7JA 2DI3A 3K0LA 2C6YA 1FOKA 4OIQF 1IQ7A 3IRRA 4XSXF 5F7VA 2AXLA 3BBRA 3H7MA 4ESWA 1PP8F 2NS0A 2ZYMA 4TV7A 1BJAA 3ILUB 1D9VA 1UTHA 3QIMA 3RT6B 3G3FA 1ANFA 2GRVA 3QRFF 4RAYA 3RKYA 1YYVA 1I5ZA 2QMWA 3HRUA 3GEZA 3V8XB 5I56A 3HSTA 2MD5A 2LKPA 4KNYA 1MM6A 2AS5F 2FA5A 4DNCA 1YG2A 4HV5A 4PFYA 3I64A 2YX7A 1PBPA 3SKPA 5DVIA 5I2NA 2W24A 3JW4A 3FVOA 2P2AA 1MXWA 3A3UA 3MQ9A 1LFHA 4YIIA 2OWSA 1ZH5A 4N9HA 2VOZA 3H6TA 4ZYGA 3CSBA 1URSA 4QLCU 1U5TC 1HBXG 3RDIA 3F3XA 2XIGA 3SEWA 2FF4A 4BHCA 2F5DA 2I4BA 1BP5A 2R71A 4YMBA 3EF7A 3K6UA 2DAOA 5KZTA 5FB2A 4C0RA 3E6CC 3WTVC 3WGIA 4H0WA 4H8JA 2V3QA 4F3PA 3KSXA 2GHBA 4GF8A 3ECHA 5L3GA 3UP9A 2RCBA 4YMAA 3M7GA 4RA1A 1R58A 4L18B 4M1VA 2Z33A 2I3WA 4CO8A 2H25A 3K4UA 4RPNA 2HTSA 4LLGF 5FD6A 3R6SA 1DSNA 5IAIA 3ISPA 2OZZA 3ZKLA 4U21A 1JW1A 1P1OA 1T38A 2DE3A 1BTJA 3V8KA 5L9SA 1O64A 1SAXA 1LAFE 5FD5A 5E1ZB 4R72A 2RVCA 3TMGA 1MGTA 2FSWA 2O61A 2PMUA 5AA4B 1B05A 3B7DA 1MG1A 3MVWA 2VXZA 5HS8A 1FWZA 2LDUA 1LB8A 3QAXA 1KQ9A 4HW8A 2NAZA 4BDMA 5LEJA 3WTZA 5DD8A 4M9SA 5J1DA 2I4CA 5I57A 4JDFA 2ZJ2A 3CFLA 3LUYA 2YPRA 4I02A 2ANJA 3TO7A 2OA4A 4PDKA 1XHYA 1T0FA 4TQUQ 3BPXA 3JAMK 4GO1A 3TODA 4NF8B 4NTLA 1DPPA 1MJBA 2M45A 2FMLA 1M5BA 1QKAA 1VFDA 5FTIA 1Q1KA 2F6PA 2YR2A 4QFNA 4ELOA 3WE3A 2VHAA 5BQTA 3MVZA 3R7XA 3K69A 3KEQA 1B3HA 2I6EA 4GGGA 3IWZA 4I2OA 2BGCA 1MZBA 3PPNA 4EJVA 3P9IA 4R75A 3I5UA 5ICCA 4F39A 3RQTA 5CMKA 5EHMA 2VOOA 3USDA 2DE2A 1IAWA 1ULYA 4IGTA 2STTA 4DXUA 5LOMA 5J8FA 2GIVA 2XXIA 2CSOA 2IRFG 3E5XA 5HDGA 1FTJA 4ONYA 3K1PA 1R9LA 4YKIA 3HSEA 4H8IA 1Z1DA 3TFLA 1B3LA 3CLOA 3DELB 1IXHA 3WTYC 3CFZA 2J5OA 5L3FA 3C1DA 2PMHA 5L3EA 4RGUA 4HQEA 4EJTA 4ZE9A 4U7DA 1G6NA 3OOPA 2FQ3A 4RK9A 1W5SA 3P7NA 3K9TA 3QYTA 5H8FB 4PFUA 1DPRA 3KP7A 1MY0A 4XIGQ 3ERED 2IT0A 3WE2A 4JXIA 2Y48A 4R1HA 3CJNA 2RKMA 1TFDA 2YSRA 5JK4A 4O3CA 4UNOA 1U5TB 2F97A 1GTKA 5K5RA 1XT8A 3T9HB 4G6DA 2EV6A 4OETA 2ZYNA 1LEAA 1FBQA 4N13A 4JK1X 1UHWA 1J59A 1PC3A 3WGGA 2HQRA 5L8DA 4DXCA 1B0HA 2H6CA 4OFJA 1MJAA 1B40A 4FEBA 2PQ8A 1Z9CA 2V25A 4M9ZA 2XKOA 4LZ7A 2QSXA 3CTAA 4L5IA 4C1TA 1BC8C 1SW2A 4EGYA 5LRRA 3L7WA 3P9KA 4OU0A 4HTGA 4N0BA 3DQVC 3OENA 1ZRCA 4WXCA 1KU3A 2DYXA 4R6HA 1T98A 4HDUA 5DEQA 1I6XA 1LVAA 4XLPF 4AIHA 2E1NA 4JBAA 4FJPA 4KIFA 4IO7A 3MQ0A 1EH8A 3F21A 3TO6A 5ISUA 4OYVA 1AMFA 1FQBA 4LG0A 1ON2A 5LHHA 1WDNA 3KZZA 2VODA 4NWCA 4GRKA 2OQGA 1FBSA 3DP7A 1R6ZA 2X0LA 2VP1A 1QBJA 2GQQA 5ERIA 5B70A 3ZMDA 4UHTA 3LAPA 2H99A 3K02A 4OENA 2XXRA 4OXVA 2DWHA 2B3BA 3S9MC 2ZMEA 2XAFA 1JEUA 3V83A 2KIMA 4A0XA 4Z7EA 1S7YA 4LMYA 4MNUA 1DTGA 4M71A 3MZHA 4YG2F 1IXIA 3O6BB 5I59B 4R8HA 3HN0A 1LBBA 4MH5A 2ONSA 4NQWA 3HSFA 2FXAA 1MJ9A 4RB3C 4YZZA 3Q5FA 1AIVA 3AXFA 2DO7A 3R61A 3BWGA 4NB5A 3LSLA 4I98B 1BI3A 4KMUX 5DV5A 2O68A 4P9UA 5I84A 5KCJA 1R5HA 3G3HA 3GFMA 3HRTA 1EH6A 1PB8A 4KCCA 2K27A 3KP5A 4NF6B 3BJ6A 3KLOA 1I6AA 3RGYA 1IXGA 1F5TA 4ZDMA 3SEYA 3TZAA 4G68C 2ISZA 5IT9K 5JTYA 1FTLA 4HLYA 2F5CA 1I69A 1AWCA 2XV4S 1KQ8A 1B9MA 2UYFA 4ZZEA 3CIJA 2DBBA 2PEXA 3EETA 3CG3A 3FVGA 3KOTA 3B6WA 4UVBA 5H6QA 1ZAOA 2O7IA 1USYH 4POXA 2IPQX 1TQPA 1FW0A 2O84X 4EQBA 1R1TA 4BNCA 3MZBA 3GZ6A 4EVIA 3FHZA 3GFLA 1B32A 3C32A 2MBFA 4FAJA 1S9TA 3KZYA 2REJA 3OV8A 4UVAA 1EZPA 2ZBKA 3MPLA 3L2CA 3C35A 3C31A 4YIFA 4LK1F 5HS7A 3DM0A 2HKXA 1H3DA 2Z99A 4YICA 4BYYA 4THIA 4EQ9A 3ECRA 4UV8A 2V1XA 3MVXA 3GLXA 5FO5A 4L17A 1GV8A 5I57B 2V9VA 1B1HA 2DFIA 3OMBA 5HS9A 2FA7A 1T2KA 5DTBA 1NFTA 3G3ZA 3WGHA 3TTRA 3HRMA 2ADUA 4HF1A 1J9IA 2O1MA 3EUHA 2G29A 3I3VA 2IP2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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