3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
1TBXA 3GZGA 1Z1DA 1CF7A 4R72A 4BLAA 1DTGA 1FSHA 2XXYA 1HKTA 4NWCA 4OMYA 4A0YA 4G9YA 3IJOB 1JHFA 4I0BA 4NF8B 1Y1ZA 3T9HB 3UIFA 1Z9CA 4GWOA 3F3XA 3KEQA 3VVEA 2VGQA 4AD9A 3Q9VA 4YB7A 4LLGF 3S9NC 4OTEA 4QFOA 4F1UA 3LSLA 3WU1B 2H09A 5HDNA 1GR2A 1XN7A 2GHBA 3M1EA 1UIVA 2DVCA 1R00A 1MDMA 2D3IA 4O3MA 1W4MA 1OKRA 1AWCA 2Y84A 1P1QA 4P0GA 1R5GA 3OXNA 4Q4ZF 2IA4A 3V8XB 4LVQA 3LFKA 4EM1A 2Q2CA 2Y7IA 2H27A 2ISYA 2H25A 1LDJA 2NWJA 1PBPA 5H8NB 5E1ZB 2RVCA 2DK8A 4P5OA 1D3YA 5H8QB 1E2XA 1S7AA 1LAGE 3DPLC 2XXQA 2VOZA 2MLKA 3IHUA 1B0HA 5CMKA 3U1DA 1TQIA 2V25A 4HF1A 1GXPA 1GHCA 2YU3A 1MJ9A 1JHHA 3UORA 4QF9A 5I58B 1YAEA 3RN8A 3TCFA 1KYZA 3GUDA 3FMSA 2IW5A 5ILUA 3MP1A 5HS8A 1QVSA 3F72A 3GLBA 2VC1A 1TNTA 2FBIA 3F8MA 4NB5A 4WKMA 3ULQB 1D9VA 1T2KA 1JW5A 5H8HA 2HAUA 3IO6A 1WSUA 5DVIA 1I27A 4HS7A 3SDFA 3ZKKA 1F9BA 1B52A 3SEYA 5KCJA 1LFIA 1B7HA 3IRQA 1T0FA 3S9LC 1YLFA 3H03A 3VXCA 3HRSA 4NF6B 2K86A 3F8NA 1SD5A 1ZGJA 2MLGA 2CYYA 3PPOA 5BQTA 4L9JA 1YW7A 4OFOA 1OYIA 1R1UA 1KWHA 4F22A 3KJTA 4F19A 4HBLA 1Z7UA 4DXCA 3ECOA 4GIZA 2KIFA 5I84A 3P9CA 1KU9A 3C3WA 5FD6A 1UCRA 3FMQA 1Y4TA 2P6SA 4A6DA 1M5DA 1UQWA 1RYOA 2MH9A 1US5A 1Y0UA 1ZARA 2E0SA 4ZE9A 1IXRC 2XX7A 2XAGA 1K78B 1O57A 4LG0B 3RPWA 3FATA 3QU6A 1IXHA 4F1YA 3HSTA 3IB2A 4R6YA 2V6CA 3TFLA 1B3GA 4U0WA 1BN5A 4HV6A 1WQ2A 3PU5A 5LLQA 4ELPA 2P0SA 3C35A 3FJ7A 5I2KA 1LEBA 1B9MA 4RB3C 4I2OA 2OWTA 4A5MA 2XGXA 1IRGA 4RGSA 4UUVA 3SEVA 1ZMGA 2ETHA 3TO7A 2OK2A 4OENA 4X1BA 5EYFA 2FNAA 4YB5A 2PEXA 1WWXA 1TTYA 4K2EA 1X3UA 4LP2B 4OERA 3F6VA 4R2BA 4N6PA 5I56B 2F5CA 4L9NA 3J80Z 4HDUA 4KYSA 3CR9A 4OWDA 4ZEFA 3FJGA 3CUQB 2HFHA 4IO2A 4ELOA 1F4KA 1ZRDA 3JTHA 3WTTC 1S50A 4Y17A 3I6VA 4OINF 1A40A 5DTBA 2QS3A 1MY3A 4UACA 4O3AA 1IIWA 1FQAA 1B40A 3FIRA 1B51A 3GXAA 1YS7A 3GZ6A 4CZZA 5HLHA 4FEDA 4XLPF 2HFBA 4G68C 2VOPA 1YO5C 4Q8RA 5TP9A 4MHGA 3VFZA 1Q35A 3I0TA 5L9MA 5ERIA 1WDNA 4GL0A 2E7WA 1B5HA 1QKBA 3OEMA 4IHSA 1IN4A 3LSXA 2VXZA 3F8BA 1BI2A 1V4RA 3RT6B 1NNPA 4MBPA 3O29A 2DPUA 4OFLA 3GFMA 3E9XA 1KQ0A 1EH8A 2EA2A 3TODA 1N76A 3G73A 4ZYDA 1Z91A 2EK5A 2H9BA 3LUYA 2A5TA 3GW2A 3MP6A 2EFOA 3K02A 3T96B 2DOJA 1QUIA 2OZZA 3ROUA 1YYVA 2LF8A 3I59B 1S6LA 3Q27A 5A2QZ 3PQKA 4YMBA 5LOMA 1SYIA 1QPMA 4RAYA 1MM6A 1O7FA 3RNNA 1XS5A 5K2YA 4FAJA 1IQ7A 3O6HA 4MNUA 3PPPA 5JFRA 3G3GA 2H4IA 2F34A 4OHNA 3C31A 5F7VA 1NNFA 1D8JA 1CB6A 1YPNA 4XSXF 4K3FA 5BPIA 4DZ1A 3M8UA 1B7ZA 2JTVA 1ZJLA 4ELRA 3M7GA 1KYWA 3C33A 3V83A 2NAZA 1PP7U 2AL5A 4M72A 2JRTA 3BROA 3P9IA 1V3FA 1TFDA 2Z8FA 4G94A 3FWEA 4H0WA 4AB5A 4TLLB 1K7AA 1DOTA 2O0YA 3WODF 1UTHA 3ZMZA 3LQRA 1FX7A 2PBIA 1U5TB 2ZYMA 4ZE8A 4C0RA 5E1WA 4KIFA 1D5VA 2DT5A 3GZ5A 4CXFA 2VP1A 3E4RA 3FMRA 4KD5A 5B70A 1ONVA 3MVWA 4FE8A 2M8CA 1HSTA 4A12A 5E8GA 5CLSA 1ZRCA 2V79A 3O3KA 5A5XB 4U2RA 3EPEA 3ZKLA 2QS1A 4RXLA 2ZNYA 1RNLA 6PAXA 1KU3A 2O84X 4R75A 1G3YA 5J8CA 3K1NA 1J0RA 3NQOA 3I64A 3HOTA 4EM2A 3K2DA 4ESWA 2QENA 1BIYA 1IW7F 3KFWX 4JSDA 4I0AA 1JW4A 2PI0A 1TNSA 2A07F 3QUJA 4XLNF 2AL4A 3TYHA 4R74A 4DCYA 3OOPA 4FHTA 1H45A 2O51A 3HRUA 3Q5FA 3HHGA 2A68F 3NRVA 4IO5A 3WE2A 4UA8A 5J1DA 2FU4A 2F6GA 1IN7A 2V3TA 2Z8DA 3HHHA 2VOOA 3FVGA 4I98B 3C36A 1KQ9A 4RNSA 1TT1A 4ENKA 4TQUQ 3V7CA 4B09A 3HN0A 1BC7C 1VE4A 4HCYA 1MKMA 2HXWA 2BV6A 4KFCA 4GRKA 4Y13A 3QP6A 2DBBA 3KZGA 2C6YA 1B0LA 1UB9A 3KFMA 4KYEA 3JYRA 5IKBA 2X4HA 5TJJA 5ILSA 1B3EA 1FQEA 3BPXA 3ZMDA 5I2NA 4UV8A 3VEPA 2JPCA 5F1RA 3R60A 1OR7A 1XDSA 4JQFA 2ZO4A 3T93B 2ACJA 2Y7KA 3H92A 4X48A 2P6TA 3O9PA 3K00A 1FY7A 1ZN2A 1JXSA 5CMMA 2OLBA 2H99A 4KMUX 5AA2D 1R6ZA 1XOCA 4O6JA 1TQMA 3K1MA 3V5AA 2ESHA 1J2XA 3BFUA 1Y4CA 1NNKA 2Y75A 4L5JA 3MP8A 4NF8A 5FGMA 5ICTA 2FBKA 5KVRA 1QO0D 2IA1A 3C4MA 2RC8A 3PUZE 2YJPA 1BC8C 4ON0A 3HPIA 3QYTA 3E6DA 4QFKA 2P7VB 4G2ZA 2RGVA 4QRZA 1XGSA 4KIGA 1OVBA 4G4PA 2KIUA 1ZU0A 4A6EA 4UV9A 2O68A 3U8QA 4EDPA 3KP3A 1Q1KA 1J75A 3W9WA 2DVZA 1IAWA 3KP5A 2XHDA 1YW8A 5DDGA 1HW1A 1II5A 5FFZA 3E6BA 1A54A 4RGUA 1B4ZA 2I0BA 2HQ0A 3OO8A 3RLFE 2P5LC 4NF4A 4WXHA 5I57B 4F3SA 5KDTB 4YICA 2ONSA 3TKDA 1IN6A 3OV8A 5H8NA 2JPBA 4KNYA 2HGCA 2K4JA 2F5DA 5H8QA 3RUMA 3MJNA 2HTSA 1ZHFA 4BNCA 4I62A 4GXSB 4O3CA 1XGMA 2KJBA 1CE2A 1LAHE 1B46A 5FD5A 2QRYA 1XGOA 4H5FA 2OZ6A 3RDIA 5I58A 4A2UA 1TW3A 4JK1X 3T22A 3IRRA 4BAYA 4OEUA 3AXFA 2Y7WA 2HCAA 5EEGA 3FVKA 1FC3A 3G3JA 3PD9A 4ZYEA 3HRTA 1QKAA 4ND9A 1ATGA 3M8FA 2GAUA 1FYMA 2O1MA 4XSZF 2GXBA 1K6OA 4RPNA 4UXNA 5DYMA 2HOEA 1XCVA 3HSEA 4ENJA 3FV1A 3GF2A 1MXVA 4XXUA 3VODA 3O66A 4H0EA 4P9FA 4HTGA 2BE5F 4KYWA 1BIBA 2KLFA 3T9XB 3I71A 4QLCU 1ZG5A 3RI4A 3WGGA 4NF6A 3BJOA 3S9MC 4R8HA 3R0JA 1F1ZA 3CLOA 3N94A 1L0OC 5F1QA 1GV8A 3RKWA 2P5VA 1WVJA 2YX4A 2YX7A 2XROA 1NHAA 1QULA 3HTSB 3KZYA 2QWWA 2XD2A 2Q2EA 1FW0A 4GF8A 5HS9A 2O8XA 3AAFA 2K4BA 5L3BA 5D8KB 3SETA 2P4WA 3MWBA 2QS4A 3L2CA 1GGGA 3OO6A 2IJLA 2M30A 2VHAA 4A0ZA 1K78A 3MZBA 1XGNA 1BLFA 2O03A 2DWAA 4AIKA 3ECHA 1ON1A 2PN6A 4Q47A 3COAC 2IVMA 1NFTA 1B4HA 1RIOH 3F23A 1FYKA 2VD3A 5FHNA 2HQNA 1R9QA 4LZ5A 2H5YA 2PVUA 2FOKA 2V1XA 1H9TA 1FP1D 1N3WA 3QK6A 4GOTA 4LD5A 1DUXC 3Q25A 2QLZA 1ANFA 2NYXA 4JB7A 1D4NA 1ZH5A 3E5XA 3GO5A 4HCWA 3BJAA 4L9VA 4NEDA 1USSA 1RI7A 2A6EF 1IUDA 4U7DA 2W24A 4BHPA 3GX4X 1B9NA 4PGGA 4OIRF 3P7NA 4D0PA 4HF2A 4LLLA 2F8DA 2HTJA 1QZZA 2HZLA 3KZZA 3W15C 2O7UA 3SEXA 4IRIA 3ONMA 3U9GA 1A7LA 2PYYA 4H65A 3WTYC 3KN3A 4Q0CA 1WKMA 2A5YB 1Y1MA 4Y15A 2OBPA 1M5BA 2XXHA 3M3KA 1URGA 3V89B 3DLNA 2QJEA 1W5SA 4LK1F 4LJZF 2GIVA 4NWDA 2IP2A 5LEJA 2GH9A 3K9TA 3TZAA 4YKPA 3R6UA 3CJNA 4QSEA 1IRFA 2DU9A 3C34A 3TELA 4KI0E 4OU0A 3F6OA 1U2WA 1FQFA 2EA4A 2ZYKA 2X7QA 4HX8A 1POY1 5D4RA 4RGXA 3HOSA 2Q89A 4PFTA 5EEHA 4QSDA 3OMBA 1Y9UA 3BPVA 1SW1A 1N84A 4G6QA 2PX1A 1B1BA 3KGCA 1HKQA 1IUYA 5JK4A 2XHKA 3H3UA 3VLVA 4KYDA 3DF8A 3EUHA 3ZMUA 3I59A 3HYIA 2KJCA 1A8FA 5K2XA 2FEZA 4M9XA 2AIXA 4C1UA 1ZIUA 2YLNA 2QYOA 1MPCA 5LGTA 2RCAA 4MF3A 3HTUA 4OFJA 2VC0A 2VODA 5EHMA 2FSWA 3QOPA 5ITOA 2XX8A 4KCCA 1P92A 4JWXA 5FHMA 4KCDA 1USTA 1FTKA 2DWJA 4U0YA 3JSPA 1MDP1 2NVUB 1ZTYA 3MWMA 1T6SA 3CVGA 3H6TA 1JGSA 1LFGA 4MEYF 3WE3A 4IPAA 5LHHA 2XVCA 2JT1A 3CDHA 1U5TC 1C0WA 1IF1A 2F5FA 5EHSA 2DWIA 1U5TA 1ULYA 3KOSA 1I5ZA 3MAMA 4KUMA 5CMCA 4P9UA 3HSFA 1LJ9A 1KU7A 5LRRA 4G8HA 4PETA 4GFRA 4HYEA 3IB0A 3RGYA 2X7PA 5A5XA 3IAZA 2CWEA 3PUVE 1WODA 3N4MA 3PUWE 2PFBA 4GLIA 1NKXA 4EGYA 1Y3QA 3DP6A 5TRDA 4XRFA 2QMXA 3ZMSA 2VT2A 1EZOA 3G3FA 3LBSA 1QUJA 3CFLA 5BMZA 4DLDA 1R22A 1PEBA 3ZN1A 4G8XA 2RCBA 3EYYA 1K79A 3QAHA 2XD3A 4DXBA 1MGTA 3MUQA 3KEIA 2NRAC 5LGNA 3UK4A 1B59A 4LB5A 1ZRFA 2GZWA 2NUVA 3UP9A 3G3ZA 1FLIA 2V3UA 2BYVE 2RC9A 4C1TA 2E1CA 1U78A 1LAFE 4U1OA 1CGPA 2ELHA 5HOOA 2CO5A 4AWXB 2M87A 1FTLA 5L8DA 3ABTA 4LGWA 2G29A 3LA2A 1YIOA 3IOUA 1P4AA 3RTRA 4L17A 3B6WA 3M8EA 3Q9SA 1ZG3A 3E6MA 3I58A 4CICA 3SXYA 3SEWA 3KEOA 4IY6A 1P1OA 4P11A 1MY1A 4F18A 2DXYA 2DPDA 4ZYHA 4ESJA 5L3FA 1XCBA 4LA9A 3GBBA 2FXAA 3O6GA 3MCZA 4XKNA 4I9DA 1JVXA 3SKPA 2ZBKA 4Q5SF 3H06B 1NH7A 2OU2A 1O3SA 3WGHA 4Q5TA 3ZSFA 3VE1B 1I69A 3TTMA 3H6UA 5CMBA 4S04A 4OESA 1U6GA 3O2PE 3T8TA 3WTUC 5DCMB 5CVRA 3ZMTA 2ZXJA 4PFYA 3DPTA 4TV7A 3V4GA 3E3VA 2ZMEB 3HV1A 4G7HF 1J5YA 1BM9A 2ZNZA 3HSRA 2ISZA 2DLLA 3LA7A 4MTEA 2UWMA 1FTOA 1A99A 2E7XA 4HQMA 3H3GA 3MEXA 4RAZA 3FF5A 4LLNA 2CMOA 3V7RA 1H44A 5K1YA 2Z33A 3LSTA 5DD8A 5AIQA 4U7BA 2QMWA 4LZ8A 2LDUA 1FCKA 3EF7A 3TAJA 3DFGA 4Q30B 5AA4B 1LBBA 4E0XA 1G3TA 5E1XA 1MY0A 2FA7A 3QP5A 5KDTA 4YU0A 1H3DA 3CG3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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