3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
4NWDA 1F9NA 4NF6A 1H45A 1IXCA 1KU3A 3C33A 1MJBA 2DWAA 2IA1A 1MG1A 4RA1A 5LGUA 4LK1F 1S7YA 4UNOA 3N6UA 3EETA 5CI5A 1BM9A 2LDUA 4EJTA 1NNKA 2DYXA 2O68A 4EQBA 4R2FA 3DQVC 2I6EA 1TNTA 3CG3A 3EN3A 3FVGA 1NHAA 4BDRA 4AQ4A 2VBWA 2JRTA 1I1GA 3I6VA 1K78A 2FBIA 3SHFA 1XVYA 4GFRA 3LSFB 4R73A 2HXWA 4ZZLA 5CLSA 1R1TA 1N04A 3FWEA 4XKNA 2Y7RA 2KLFA 1B3HA 4KIFA 2CYYA 3W6KB 1MJAA 3QUFA 3QP6A 3IOVA 1O64A 1J2XA 4F2QA 4WF2A 4AIKA 3K6VA 2OLBA 4RPOA 3H4ZA 2Y0MA 2HKXA 2PI0A 1F5TA 4BHBA 2ZCWA 2Q2CA 1SYHA 3B7DA 2QQ9A 2DFIA 3WG9A 4OEUA 4DE8A 4U0WA 3VLUA 4ZEIA 2D2WA 4XKPA 3ZKLA 5DYHA 3PU5A 1FTMA 4GGGA 1P4WA 5BUUA 1RIOH 3TYHA 4Z2YA 1FW0A 3EF7A 3TTNA 4RJZA 2O0YA 1G4DA 1OQGA 5IKBA 1T38A 1H44A 4NMYA 2L02A 1KQ8A 2ZNSA 3K69A 4O5VA 3FVKA 4ZS9A 1MPCA 1XSVA 4E0XA 1P99A 2FF4A 1TFAA 4JBZA 3U93A 2Z9OA 5I56A 3C34A 2XXWA 2E7XA 2CQKA 3F8MA 1SW1A 4M9XA 4QSCA 2Y75A 3VODA 2XXXA 2D45A 5I2NB 3SETA 3VEPA 2A6HF 4ESXA 4N9IA 1LLSA 2UVJA 3WU0A 4LB6B 3COAC 3S9EA 2CWEA 4I9DA 5JTYB 4OERA 1W5SA 5M2VA 1ZG1A 3MPLA 1HSLA 2DQVA 4G7ZF 1JNFA 1XGOA 1EH8A 3RI4A 4LA9A 5AA2D 4LZ8A 4Y17A 3IJXB 3BFTA 3HPIA 4KYDA 3SEYA 1TQIA 3Q25A 1A7LA 1FQBA 1YLFA 2GHAA 1YS6A 2Z8DA 3R4KA 4F3PA 4ECFA 2M5WA 1OKRA 2EFWA 2XAJA 1MXZA 4G2ZA 3R6SA 2K4BA 4IY6A 2RQPA 2HTSA 1P1OA 4MH5A 5FD5A 1IXGA 1EZ9A 1URSA 4HV6A 2XAHA 1VFEA 1OIBA 5JEIA 1KQ9A 4LMYA 4ENKA 3K6XA 2BGCA 4CHUA 4G68A 3I3VA 1R9QA 4KQPA 1DPUA 1JETA 3LA2A 3WTWC 3I59A 1RNLA 4I98B 3PQJA 3U8QA 1SW5A 4OVJA 2ZFWA 4OFOA 3G3KA 1TT1A 3USDA 2F5XA 4BDMA 2EK5A 1AL3A 2FYIA 3T96B 3HOTA 1HSJA 2HS5A 2F7AA 4LG0B 1KQ0A 2PBIA 3QU6A 2OK2A 1HW1A 2V1UA 1LBCA 1P1WA 1BP5A 2FA5A 1S8NA 4NF8B 1Z91A 2IVMA 2UVHA 3F6OA 1LEAA 2O1MA 2HYGD 3CFZA 2CGPA 2HAVA 3T0YA 3J7AO 3BPVA 4IF4A 3B02A 2XGXA 4UVBA 3W9VA 1S7OA 1TQPA 3JAMK 2UXAA 1SD7A 3EHUA 1STZA 3FJ7A 1B58A 1FTLA 4M9SA 2K02A 3A3UA 4R75A 1WDNA 4CXFA 3CRBA 1B3GA 4M72A 3GWZA 3HTUA 4GLIA 2VC0A 5ICFA 5L3GA 4F39A 2JPCA 4HX7A 4MEYF 2M45A 4WWCA 4MNUA 1ELJA 5H8FB 1SW4A 2RN7A 2K7LA 3RLFE 4NHJA 4JXIA 4MBPA 2A3SA 5KDTA 1J5YA 2EFQA 1YFHA 5H8SA 3ML6A 1Y3PA 3P9IA 1DMBA 1BI3A 2OCUA 1MH4A 2X7QA 4HF2A 3O66A 1U6GA 5ISUA 1FYMA 3T9VA 4XKQA 1BBYA 4X1BA 5F6FA 4YG2F 1HW5A 3I71A 3NQOA 3FHZA 2Q88A 4M4GA 5LHIA 3ZN1A 1OVBA 1Q1HA 2QRYA 4GYIA 3TO9A 2UVGA 3OEKA 1B6HA 3O2AA 5F64A 1BI2A 3V7CA 3PPRA 1B52A 2OZUA 1L0OC 1J7KA 1R5HA 4G8MA 1FOKA 3DF8A 3O6GA 4QWQA 3MQ0A 4FX4A 3OO6A 3OSRA 2HQ0A 5DCMB 1OMPA 3IKVA 1KWHA 1PP8F 3H6WA 5L3BA 2I3WA 2F6PA 1D9YA 1SFUA 1PP7U 2F8DA 2P7CB 4I02A 2J5OA 5AA2B 3S9MC 1O3QA 1J1NA 2OU2A 2ZNTA 2F6GA 4EMSA 4EF1A 1ULYA 3DP4A 3ZN0A 2KKOA 2XHKA 5FB2A 1PUEE 1B0HA 4NF5B 3TCHA 4UA8A 4K3FA 3IK6B 4U1OA 4R6YA 2AL5A 4Z7EA 2OBGA 4C1UA 1IN7A 2FXAA 2F36A 5FHMA 2FNPA 3GLBA 1LNWA 2P6SA 2DPDA 3TOBA 2Q89A 5JVTA 4YKIA 3TMGA 4YFNF 3CSGA 2W84A 4Y15A 3ULQB 5DEXB 4PFUA 2Z8FA 1KYWA 2QM3A 3K1NA 4G6QA 2O84X 3VB2A 2P5KA 4L9NA 4IHTA 5HS9A 1NMUA 3CO6C 5IT3A 1BKAA 5JK4A 2M1BA 1R5GA 3MP6A 4JSDA 3S2VA 2V93A 3GLXA 4AVPA 3U1OA 2OAZA 5DVJA 4HW0A 4MEXF 5AA1A 1R6ZA 3IR1A 3HSRA 3FATA 3K2DA 5J1DA 3JTGA 3H3UA 3OOAA 4QHQA 1LVAA 1D9VA 1LFIA 2VOZA 4M9ZA 1BLFA 3O29A 3T8RA 1M5BA 4ZE8A 1MDMA 4WEPA 3OV8A 3ZS6A 3LAPA 2XX8A 5CRYA 4ZZEA 2FNAA 3TDUC 4FEDA 5CMKA 4I1DA 4WXHA 1YTYA 5FHNA 1O63A 3MZYA 3KFMA 1EV7A 1WSUA 1K7AA 2FQ3A 1LB9A 1MGTA 1N76A 1B5JA 4PETA 3DPTA 4KIBA 5KZTA 3MP1A 2HZKA 2GXGA 1I6XA 3HHHA 3K1MA 5DDGA 2IW5A 1DSNA 4EM0B 3R60A 3O28A 4ZDMA 2O61A 4F2OA 5AA4A 2G7UA 3KP5A 3KZYA 1JHHA 1H3DA 2DTRA 4HW8A 2FNCA 3LBSA 2RC4A 4M74A 2P0SA 5I58A 3BROA 1GV8A 4G8XA 4GQOA 2DE3A 2J5PA 3IB2A 3SZTA 3FJMA 5H8HB 2IA0A 1MD0A 1W7PA 5I57A 1NNPA 4ZZAA 1MXUA 3JTHA 4YIFA 2O6GE 3DXJF 1QBJA 3WODF 1XCVA 2Z33A 1MM6A 4IJAA 1S7AA 2ZJ2A 1QUIA 5DYMA 2H9BA 3HV1A 1B7UA 2O7UA 5BS6A 3DM0A 4AB6A 5E20A 3F8CA 1T6SA 3CR9A 4PE5B 3SZPA 2DE4A 3DP8A 2Y7KA 5KK1A 1TXFA 1GTKA 2Y7WA 1B7HA 3OSQA 3FVNA 5D5UB 2PEXA 3LSWA 5K1YA 1JW1A 1Z7ME 4Y13A 4H8IA 5F1QA 3LA7A 3WAFA 1Y0UA 3QAXA 4KT5C 5CM6A 5CVJA 1L3LA 4OESA 4LB5A 2JPBA 2EFPA 1U78A 4QSEA 5B7DA 2ZNYA 3VOEA 3MVYA 1Z6TA 4FT8A 4LONB 2Z23A 1B9JA 2H5YA 3GF2A 1O57A 1B46A 3HRMA 4O3CA 1B1BA 1BOAA 4FHTA 1LQ1A 3GZGA 2QWWA 1OVTA 3K01A 4OXVA 4IB2A 3N97A 2P1SA 3H7MA 3G3JA 4LATA 2QYOA 3P7NA 4LLGF 3G3ZA 4HA8A 2FSWA 2UXXA 3RTRA 3W15C 2XUBA 1PDNC 2VOOA 3ROUA 1R36A 3CTAA 2QVOA 1B3FA 2R9JA 3T1BA 1Y20A 4AWXB 1R58A 4I09A 4OMZA 4ZH4F 3ZMSA 3TQWA 4KN4X 2VBYA 3PMVA 3RDIA 1BTJA 4P9FA 1MXXA 4ZYHA 2B3FA 1ZKBA 2A5TB 4R6HA 1A8EA 4QFOA 2OQRA 1MY0A 4MLQA 5HDGA 3J80Z 4KI0E 4WXCA 2P2AA 4N6PA 3F22A 3PFIA 4XIGQ 3IO4A 1P1QA 1PEBA 2XASA 5IT9Z 4NF6B 3ISPA 1B3LA 3HHGA 2QPQA 1LDKB 1U3EM 1DTGA 1GR2A 1JHFA 4EGZA 1RUNA 4DNCA 3V4GA 2QMWA 1PDAA 5DTBA 3ERED 5B70A 3WTYC 4BLAA 2ZMEB 2D3IA 2DOJA 5TP9B 3UN6A 2TDXA 2EB7A 4EDPA 3GXAA 2V3UA 1IRGA 3HSEA 3GZ6A 3GEZA 5DUKA 4IXAA 4EF2A 4M6YA 1II5A 4H1XA 2PYYA 3HIFA 1QVSA 1US4A 1LJ9A 4GXOA 1G3YA 4F7ZA 1WVJA 3FUZA 5JHUA 5ILSA 1DOTA 1YTVA 3VXCA 3QXMA 1FQAA 2ALUA 3GX4X 2I49A 1R00A 3S9LC 1G6NA 3FMRA 1M5DA 3IWFA 4RGUA 2DS9A 5KCJA 2DSFA 3EPEA 1WKMA 1YO5C 3IOTA 1MQHA 3TTMA 1XD7A 2DU9A 2A5YB 2OZ6A 2F35A 4XBFA 5I59B 1TTYA 2ZYKA 3HRTA 4IO3A 2PLYA 1HQCA 1H76A 1UHMA 2NWJA 1N0TA 2A5SA 5ERIA 5HOOA 1N3WA 4LGWA 4PFTA 2QL3A 3LQRA 3I4PA 2A68F 2DBBA 4MTDA 2JZYA 4R79A 3IKTA 1XB4A 3WAEA 4EGYA 1ODDA 4ZYGA 4ELRA 2HFHA 3QIMA 1IUDA 4EXLA 4L17A 3LFKA 2MH9A 5LRRA 5ICGA 5HLIA 4H8JA 4IO4A 2GHBA 1M5FA 1O3RA 1LB2A 3IC7A 2BYVE 3LA3A 2CG4A 1O7LA 2NOOA 1UIVA 3I5OA 2COMA 2REGA 3G3GA 1HKSA 3KGCA 1R22A 2K27A 1OLCA 5H6QA 1FCKA 2VD2A 5ICEA 1US5A 2B3BA 3THIA 3IORA 2LF8A 2VT3A 4OIOF 1LCFA 2FRHA 4XTCQ 1IZ1A 4HZFA 3NEUA 3KSJA 2UZKA 2DXYA 1DPEA 4IO5A 5DVFA 1QO0D 3RY3A 1ZGJA 1LBBA 2W85A 4F1UA 4WXDA 3B6QA 1LB8A 3I58A 4ZYEA 4UV8A 1LCTA 3WGGA 5L9OA 1RUOA 4G7OF 2E1SA 4ENJA 1DUXC 4CZZA 4LZ7A 1DP7P 2I4CA 4GVOA 4Q30B 2HEOA 1U2WA 4DCYA 3ILUB 2P4WA 2H99A 4BDNA 2RINA 3O2PE 3GBBA 3SERA 2PJPA 2A69F 4HCYA 1ZLKA 5KVRA 2HOEA 3SDFA 3K9TA 2DW4A 3UORA 3V5AA 5A5XB 4YB7A 1SI0A 3RIRA 1XMKA 2IP2A 3IHUA 4EJVA 2XAGA 2Q9TA 5HS8A 4ZYDA 5ITPA 5EHMA 1AMFA 2VODA 3VLWA 3PPNA 4JWXA 1CE2A 2RVCA 2WC2A 3FD3A 5TPAA 1YCJA 1BIYA 3FV2A 3K00A 1F4KA 3KOTA 4G4PA 3RYPA 3LSXA 4HF1A 1D8KA 3ZMTA 3OXNA 1LAGE 1KYZA 1R23A 4IVNA 4I8CA 3MZBA 4RS8A 5FFZA 4WX9A 5DUIA 3U72A 3KE2A 3TAJA 3H92A 2Y7IA 1DTZA 3U1DA 2D21A 1QUJA 1ATGA 1XC1A 3QU3A 1ZHFA 4AD9A 4U4SA 3QRFF 1NH7A 2V1XA 4ND9A 1Y4TA 1QZZA 1OLAA 3CFXA 4CO8A 5LEKA 4JSOA 2QMXA 2VGQA 3BDDA 4KNYA 2FE3A 5KDTB 3FVOA 1B1HA 1RYOA 1XSXA 4L9JA 1R9LA 3MP8A 3GYHX 5DEQA 1PB9A 3LUYA 1T98A 2NS0A 1A8FA 1W7PD 3H03A 5FGMA 2JT1A 1VR5A 3KP3A 4NWCA 1QQIA 4ZEDA 4PCQA 3TOAA 1ZRDA 3LQQA 5D4SA 2Q8JA 4PGHA 2RV8A 4U2RA 1R7JA 2FMYA 1S6LA 3GBAA 4H5GA 4Q8RA 4BYYA 3VV5A 2FBHA 1JEVA 1A55A 1LAXA 4MQVA 2I0CA 3AXFA 2XVCA 4KCCA 4HV5A 3OO8A 4U4XA 5LGTA 2FOKA 3K6WA 3OO9A 1WWXA 1U8RA 2VXZA 3HOSA 1QW0A 3ILTB 3TELA 2YSRA 4U1ZA 1UCRA 1USYE 1IQ7A 1Y1MA 3EHSA 1U5TB 1ZRCA 3QK6A 1D3YA 1HXDA 2R7FA 2YX4A 2EA2A 1S50A 2PG4A 5D8KB 2HAUA 3H6VA 1PBPA 3B6WA 4R72A 3K02A 4KN7X 3V89B 1FQDA 1SAXA 3ECRA 4QRZA 2CZLA 3O3KA 3TO6A 1B9MA 2MD5A 4LLNA 1O7FA 2XD3A 4I2OA 1RYXA 4U7DA 3IOWA 2DPUA 5FD6A 3U92A 4E0WA 5LHGA 2UWMA 3JYRA 1FY7A 2DI3A 4UUVA 1GVJA 1N7XA 2VP1A 4I0AA 4XKRA 4B8XA 5K2XA 4ETSA 4PFWA 1CF7B 1UTBB 5BOXA 2REJA 4OMBA 2XKPA 1NH8A 3EUHA 5E1WA 1I1SA 3J80K 1CGPA 2X0LA 3ZPLA 2ANJA 1J75A 2FU4A 3FMQA 3P9CA 5JR3A 4YKKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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