3SZPA

Full-length structure of the vibrio cholerae virulence activator, aphb, a member of the lttr protein family
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
MKLDDLNLFRLVVENGSYTSTSKKTMIPVATITRRIQALEDSLNLRLLNRHARKLTLTEAGERFYKDCSPLLERLASMTEEITDECRGASGRIRISAPSNLTKRMMMPMFNAFMEKYPDIHIELMMSNQADDLDPTEWDVIFRVGPQRDSSLIARKIGEVKDILVASPQYLSSHPQPTHAEELHQHQLLKGYPLLKWQLTNSQGETVVNSDRGRFQASALNVVRSACSEGLGITLMPDVMLREFLEDGSLVQVLSDWSSNPRDIYMLYNHKDHQPEKVRLFIDFVIGYHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulator, LysR family
molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae
total genus 84
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3szpA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3szpA02
2KRFA 4KMFA 2PQ8A 4I01A 5HS7A 3JAMZ 3O6BB 1HQCA 5LEJA 3HTUA 1T39A 2QM3A 2Z9OA 2FXAA 1V3FA 1E2XA 3K2ZA 1FOKA 3V4GA 3WE2A 3P9KA 2D45A 2UZKA 3HUGA 4XLPF 1USSA 2LDUA 1F1ZA 2DK5A 1BI0A 2NAZA 1L0OC 2FA5A 2H27A 5DCMA 2FOKA 1HKTA 3U2RA 2JZYA 1SD6A 1YTYA 4B09A 3K1NA 2XROA 4OINF 4HF2A 4NQWA 2DU9A 1TNTA 1P4XA 3KP6A 3WTYC 1DP7P 1R1VA 3N4MA 5BMZA 3BZ6A 3H92A 3KFWX 4RS8A 4M74A 3EDPA 3IKTA 2HOEA 3RKXA 3DFGA 3DP7A 2EA4A 4JVIA 3JSPA 1YW8A 5EEHA 2K27A 4EMSA 1W5SA 2V9VA 3B73A 3RDIA 4KA4A 3O2PE 2UXNA 2QYOA 3RTRA 1FC3A 2FEZA 4RGXA 4D0PA 4I98B 1I5ZA 4IHTA 2PBIA 4M6YA 3WTWC 3FMSA 3RPUA 1W4MA 2RC4A 4HBLA 5DDGA 4CDGA 2E1NA 3OOPA 1O3TA 2PG4A 3I53A 1ZGJA 2K4BA 4IPAA 1ZAOA 2Z3YA 4GYGA 3GF2A 2XAHA 3R0JA 4KNYA 4DQ2A 1HW1A 1HW5A 3MCZA 2DPUA 3D0SA 2GA2A 2IA0A 2A6HF 4IXAA 3HTSB 3G3ZA 5HS8A 4ZYEA 2VT3A 4S05A 2E7XA 2M8EA 2F2EA 3HYIA 3LA3A 3PQKA 1I1SA 2L01A 3IHUA 2ZBKA 1G3SA 3C18A 4G6QA 2G7UA 4I2OA 2NNYA 4YFKF 1IN4A 4IHSA 3WGIA 1KQ0A 3K1MA 3EQLF 3LA2A 1IW7F 2VODA 3E5QA 3M1EA 4LLGF 2E1CA 3W6KB 3JTGA 2VXZA 2ZJ2A 3I59A 4WCGA 3K1PA 5ILVA 4A0XA 2DK8A 2GXBA 4UNOA 3HOTA 2V79A 5FD6A 2MD5A 3IRQA 4FX0A 4F7ZA 4M9SA 1BBYA 4ZH4F 5ILUA 2MH2A 2ZKZA 2VE9A 3F22A 5D6EA 2G7HA 4U88A 2XUBA 2VONA 3W6JB 2EFWA 1Z05A 1V4RA 4M73A 1FNNA 1PP7U 4Y13A 1Z6TA 1XD7A 1MKMA 1F5TA 3TDUC 1OYIA 4EGZA 3QRFF 1LB2A 4O3MA 3VOEA 1XN7A 3ZMTA 1CF7B 3R6SA 2A68F 3QP6A 5HOOA 4MTEA 2DQLA 5HS9A 3V7CA 4HDVA 4MGRA 5IT3A 5L3FA 5CJ9A 2DPDA 2ELHA 5E8IA 3F8MA 5J6XA 1SFUA 5AIPA 2JSCA 1IAWA 2ZMEB 3WU0A 3JSOA 1LEAA 3ABUA 1TQIA 2HQRA 3HIFA 3V8JA 3SZTA 2KJCA 1B4AA 2BV6A 4A0ZA 3ZP5A 3E6BA 1R58A 2H6BA 4ZYDA 1DPUA 4UHTA 1IUYA 1YYVA 4PCQA 3EUHA 1ZRFA 5CVVA 1TW2A 4BHPA 3VB2A 5HVQC 3RYRA 4L9NA 3RPQA 4MNUA 2B0LA 3BROA 1R22A 2DLLA 2FU4A 3REOA 3ZN0A 1BN5A 2IJLA 4OOIA 1T38A 1IN6A 4FHTA 4U7DA 4N9IA 1XGNA 4M9XA 3QP5A 3ISPA 1PP8F 5CVUA 5L3DA 1BJAA 3F8NA 3CUOA 3T0YA 3F6VA 3WODF 4QBAA 4UUVA 1ZRCA 3PFIA 4L0YB 2FNPA 2A3SA 2V6CA 2OQRA 3FF5A 2NYXA 3KLNA 5D4SA 3DEUA 4CYDA 1YW9A 1HSTA 3F72A 2A07F 1X3UA 2ESNA 4PGHA 1FWZA 2ADUA 4BXUA 1I27A 1KYZA 5FO5A 1XGSA 1K78B 2HYGD 2VBYA 1U6GA 1RUNA 1J59A 2KKOA 1D3YA 1R00A 4HV6A 2MBFA 3DPLC 5H6RA 1C0WA 1U3EM 3K0LA 1FPQA 2QQBA 1DPRA 3WTXC 1Z7UA 3KP7A 3DXJF 4RGUA 1KQ8A 3IRRA 1F4KA 4Q48A 4OIOF 1UHMA 3GUDA 4LGWA 4R1HA 5LGUA 2P4WA 4CHUA 4HYEA 2F5FA 1FBUA 1J75A 2KIFA 2A61A 4M6XA 4HX7A 5BQTA 2FBKA 2XAGA 1QNTA 3S2WA 2IA1A 4S04A 2OD5A 1LDJA 2DQRA 3LAPA 2HQNA 2HWVA 2H6CA 5KK1A 2VOPA 2RGVA 2Z99A 3IWZA 1ZG3A 5DYMA 2J5PA 2MA3A 2PN6A 4UVBA 4IF4A 4UV9A 5E20A 4CO8A 1U2WA 4CZZA 1G3YA 1QZZA 2QLZA 2MH9A 5FD5A 1OPCA 3JW4A 4N0BA 3G73A 4UVAA 2HGCA 4FT8A 3QU3A 3QAHA 4A5NA 4EVIA 2P5LC 4L18B 4LLNA 2O8XA 4RB0A 2FBHA 4HA8A 1T98A 3KP2A 2XKPA 5IT9Z 1XB4A 2STWA 2VBWA 1YG2A 4DNCA 2FRHA 1MJBA 2OA4A 1DDNA 2ESHA 1HBXG 4LB6B 1E17A 2EB7A 3ZMUA 3KEOA 2X4HA 4KDPA 2EFNA 4AVPA 2NRAC 4OU0A 1I1GA 5FFZA 1JHHA 4KMUX 5ICGA 5ED4A 1YO5C 1U5TB 2PI0A 1R23A 4U0WA 5LHHA 3ZMSA 1ONVA 2HS5A 1FSEA 4LG0B 1Z1DA 1BM9A 3T5XA 4A12A 3PQJA 4TV7A 3GLXA 2J5OA 3VODA 3J80K 4MEXF 2F5DA 1HXDA 1GVJA 5F6FA 3R61A 4JQFA 3E6DA 3SQNA 2DAOA 3GZ5A 3WGGA 3GEZA 2IP2A 3TOBA 3RKWA 5LEKA 2EFPA 2CG4A 1O7LA 1R7JA 2KJBA 4LK1F 3OV8A 5E1ZB 2RNJA 2QQ9A 1O57A 3HSRA 5EEGA 4JBAA 5LHIA 3DKWA 2EV5A 2CYYA 2FMYA 4BHBA 3HHHA 2VBXA 2PFBA 5CLSA 5DD8A 4ENNA 2OQGA 1TLHB 5FLXK 2P6TA 2XIGA 4L5JA 5E1XA 1J7KA 2MLGA 4CICA 4LMYA 2VOOA 2CWEA 1KU7A 2EFQA 2VN2A 1WI9A 3SZPA 4L9TA 4A2UA 2QBYA 4EJTA 5JVTA 3JAMK 3QU6A 4PZJA 3RKYA 1XCVA 4G7HF 2XAFA 1H0MA 3BWGA 2NS0A 3I58A 2CQKA 4EJUA 4ENMA 1JE8A 1FYLA 2RDPA 3JTHA 2LF7A 1XCBA 3E5UA 5LRSA 1KU3A 4U7BA 1XGOA 2HEOA 2IPQX 2L4AA 1YIOA 1BIAA 3Q9VA 4GO1A 3TDZC 1HKSA 5D5UB 3WTZA 3HRUA 5H6QA 4WK8F 2JRTA 1G3TA 1TNSA 1FBSA 5DD4A 3HSFA 4HQMA 1GHCA 2ZFWA 2QZ8A 2D1HA 5ICEA 2TDXA 1ZHFA 1QGPA 1SD4A 2CFXA 1R5HA 4NB5A 2PMHA 1CGPA 5DCMB 3BJAA 3EETA 4RB3C 1J5YA 4WXHA 3TO9A 4L9JA 4Z2YA 4NHJA 4WF2A 3BDDA 2G9WA 3B02A 4OIQF 2HYFA 3MWMA 3BOQA 1HSJA 3FM3A 1YS6A 4IJAA 2V1UA 1H9GA 4BHCA 4XLNF 4BQAA 1WWXA 2W24A 3J7AO 1GXQA 2STTA 3ZMVA 5CVRA 3LQQA 3ZPLA 3GVAA 3CJNA 4JVCA 2PMUA 1F9NA 2O3FA 1LQ1A 2P6SA 3L09A 1S29A 4Q4ZF 5JI6A 3LA7A 3R4KA 2KIUA 3IL2A 1ZN2A 4R79A 2IT0A 1B9NA 1H9TA 3DV8A 3HFUA 1RUOA 3WTSC 1BIBA 1KQ9A 3MAJA 1IF1A 1W7PA 1XDSA 3E6CC 6PAXA 4EGYA 3FHZA 1FP1D 3F21A 3I64A 4PDKA 5L3BA 1D8JA 4PGGA 4M9ZA 5DCFA 4YFNF 2AXLA 1HW2A 5CYVA 3MZHA 4KICA 2GIVA 1KU2A 3WGHA 3I5UA 4AIKA 3F3XA 1S6LA 2YPRA 2P5VA 4XBFA 1OR7A 3FMRA 1Q1HA 2BE5F 2F5CA 3P9IA 1BI1A 2H09A 4WWCA 2ZXJA 2QQAA 1T2KA 3SXYA 3F6OA 1IXRC 2GA1A 4HF1A 1XSVA 2O6GE 3TGNA 1PUEE 4U0YA 5K5QA 2QENA 3I59B 1ZREA 2ETHA 1YW7A 1WQ2A 3BJ6A 1W5TA 3RIRA 2RN7A 4IRGA 1T6SA 1MDMA 3MQ0A 2Z33A 1MJ9A 2JT1A 5K5OA 3J81K 2W84A 5L3GA 2Y75A 4AWXB 3EYIA 2Q0OA 1ZH5A 3MEXA 5DV5A 2GQQA 3V8LA 3GFMA 2FE3A 2Y48A 4HZFA 4U0VA 4HAMA 5BS6A 2L4MA 2JPCA 2Z5UA 3D5LA 4BAYA 1REPC 3WTVC 5AIQA 3ROUA 4MQ9F 2CGPA 3KP4A 3CO7C 3VFZA 2V1DA 2RV8A 5JFRA 3E97A 3ZN1A 4JK1X 4OIPF 2Q2EA 3RYPA 5HDNA 1AOYA 2P8TA 3BPVA 5K5RA 1S8NA 4GXOA 2A6EF 1L3LA 2YSRA 2CSOA 1W7PD 3LAJA 4HLYA 2HFHA 3M8EA 5JR3A 1EH6A 4OIRF 1O3QA 4O5VA 2C6YA 3IC7A 3RI4A 3WU1B 3FXRA 3TOAA 1SMYF 1OKRA 1TQPA 3CUQA 4GGGA 3FXUA 3CUQC 1DUXC 1LDDA 1ODDA 4EM2A 4Q5SF 2K02A 2ZNZA 2YR2A 2YX7A 3BPXA 3FX3A 5HLIA 2BYVE 3WE3A 3V7RA 4R8HA 1QQIA 5DUKA 4ESFA 3KLOA 2HTSA 2P7VB 1U5TA 1AWCA 2LNBA 4P9FA 1IN5A 1U5TC 3L9FA 4RB2C 1FYKA 4I02A 5D6FA 2HTJA 4CXFA 5LBQA 1SFXA 4YG2F 2OZ6A 2X0LA 2XKOA 4UVCA 4UV8A 2JTVA 4A6EA 1T0FA 1OYWA 2DTRA 2OU2A 5A2QZ 3ML6A 3TO7A 1MGTA 2MC3A 5D5WB 2VE8A 3VEPA 1ZRDA 4IRHA 4M72A 2YX4A 4MTDA 4G9YA 1G3WA 3TQNA 2P5KA 3BJOA 2D2WA 4RGSA 2DO7A 3DPTA 3CLOA 2PLYA 3CDHA 2ACJA 1ON2A 2VC0A 4ZYGA 1WRJA 1P2FA 2ISZA 2GXGA 2WTEA 1HKQA 1BI3A 3RJPA 3KETA 2DW4A 3R0AA 5E1WA 2NNNA 3ULQB 4L0ZB 2M87A 4LFUA 1LDKB 5J8CA 2H94A 5DUIA 3U9GA 2MLKA 2QVOA 2O03A 1FYMA 4HW0A 3SFZA 3E3VA 4HLXA 3ECHA 4EM0B 3KE2A 1YLFA 4XSXF 2FSWA 2XGXA 1FP2A 5FB2A 1P92A 4RGRA 3HRTA 3Q5FA 4G6DA 1USTA 5IT9K 2JPBA 3WTUC 4HQEA 1LEBA 1RIOH 3CTAA 1OYYA 3WTTC 1R36A 2K4JA 3CO6C 3H3ZA 2IRFG 2XVCA 3GXOA 3L7WA 1ULYA 4QLCU 2WV0A 4HDUA 1ON1A 4UXNA 1KYWA 3ZQ7A 4Y15A 1K6OA 2D1VA 2UWMA 3T8RA 1XSXA 1XMAA 5LRRA 2WC2A 4I7HA 4KUMA 1D5VA 1VTNC 5D8LB 4KIFA 1EH8A 3GW2A 3L2CA 2QWWA 1UFMA 1WSUA 2OBPA 1BC8C 3GX4X 2EA2A 4N9HA 1O3SA 4I09A 3SHFA 5TRDA 1J0RA 4WXDA 1S3JA 3KP5A 1ZLJA 5LLQA 1YS7A 3K69A 4ESJA 4RAZA 1MZBA 5BOXA 2K7LA 1QBJA 2DI3A 5CVIA 1IZ1A 2R3SA 1D8KA 2R7DA 2HKXA 4OMZA 1KU9A 1FSHA 4WX9A 4HX8A 3KEQA 3O3KA 1KA8A 3ERED 5F64A 4EM1A 3LWFA 1J9IA 1Z91A 3GFIA 3LSTA 3T1BA 1WKMA 1UB9A 4ENKA 2OAZA 5F1RA 5JHUA 3COAC 3LFKA 5KVRA 3MFKA 1IN8A 1Z9CA 1CF7A 4Q47A 1YFHA 2M1BA 3GFJA 4KIGA 1BOAA 4RAYA 1FX7A 3E6MA 3M8FA 4M71A 1BC7C 1MJAA 4KYWA 1XSDA 1QPMA 1XDUA 5FFXA 3HOSA 2ISYA 2ZMEA 4EV0A 4XSZF 3FMQA 2QBYB 1JHFA 2DBBA 3I71A 2L02A 3AAFA 2Y0MA 1IN7A 2FQ3A 1R1TA 5TJJA 3TKYA 5AONA 4G7ZF 1B9MA 2K86A 1SD7A 5L3EA 1ZARA 5L3CA 2M45A 5ILSA 1J2XA 3GZ6A 2HXRA 4ASNA 1FY7A 3BP8A 2FMLA 3TO6A 3IWFA 4B8XA 2PEXA 2A69F 1ZGAA 2ZCWA 3V8KA 2LF8A 4HF0A 4QWQA 4HOBA 2Q8KA 1FZPB 3GO5A 4ETSA 2GZWA 2A5YB 4BH9A 4AIJA 2EJRA 1B59A 5D4RA 4JVDA 2WWYA 4HX4A 4RB1A 1YQAA 2ZNYA 1SD5A 5E8GA 3M9AA 5HDGA 2EK5A 2W57A 5E17F 1P4WA 4L9VA 2O61A 3P9CA 5E18F 5ERIA 1Z6RA 5LHGA 3J81Z 4BNCA 4LB5A 1IRGA 3HRSA 2VT2A 1I6XA 2VC1A 2VBZA 3HHGA 1O3RA 1K78A 4XRFA 2KIMA 2R7FA 4ESBA 2XV4S 3E5XA 2P7CB 1UCRA 3QPHA 4P9UA 5BPIA 2OZUA 4AD9A 4WXCA 3DQVC 2FF4A 2FNAA 4FX4A 1ZYRF 2L54A 3FWEA 2EV6A 1O7FA 4L5IA 4P5OA 2W25A 4A0YA 1S7OA 2COMA 1QZYA 4LJZF 3T8TA 3I4PA 4EQQA 2IVMA 2PJPA 1QO0D 4I0AA 3K9TA 1SFEA 3F8FA 1TW3A 5J8FA 2QUFA 1Y0UA 4GYIA 1W7PB 3FXQA 2GAUA 5D8KB 4OMYA 2M5WA 4KN7X 1B1BA 5HDKA 1SMTA 1KGSA 1A04A 3L00A 3M7GA 3ZMDA 2EFOA 2RKHA 1P4AA 2YU3A 1RI7A 4G7OF 1RNLA 3HSEA 1EV7A 3GWZA 1XMKA 5HLGA 3FZVA 4LD5A 1OMIA 4ZZDA 2HKOA 3GYHX 1FT9A 1S7AA 3P7NA 2EV0A 2IW5A 2ZO4A 2HDCA 1STZA 3NQOA 2XASA 4KFCA 3C3WA 2E7WA 4Y17A 4E70A 4MHGA 5K1YA 1TBXA 3LQRA 4KIBA 2IA2A 4YIIA 5ICFA 4EJWA 3F8CA 3ZMZA 4K2EA 2BBYA 4G8XA 2FBIA 4I0BA 4ENJA 2W85A 3DF8A 1GXPA 2V1XA 4KT5C 4YIFA 4KN4X 3WG9A 1UHWA 1FBQA 4EJOA 1MDMB 4IVNA 3ABTA 4AIHA 1JGSA 3N97A 2RQPA 1LVAA 1NHAA 2RVCA 2M30A 1P6RA 3R60A 4LG0A 2BGCA 2AS5F 4GCVA 1K79A 5D5VB 1G4DA 2XHKA 2EWNA 1U78A 1R5GA 3MZYA 4BYYA 2DFIA 2XRNA 1BI2A 3KP3A 3H3UA 5LGNA 4A6DA 1U8RA 2CW0F 3KZZA 1IXCA 2O0YA 1LJ9A 1B6AA 3C1DA 1G6NA 1LNWA 5FGMA 2UXXA 2GWRA 3I54A 1IRFA 3ELKA 1PDNC 5DEQA 1MD0A 4MQVA 3NRVA 4HV5A 3Q9SA 3U1DA 1K7AA 3F8BA 4LK0F 3J80Z 1JXSA 4LLLA 5BPDA 1ZLKA 4EJVA 5H20A 2LSOA 4O6JA 3F23A 4CGZA 3IKVA 2F5EA 1R1UA 4P55A 5CVJA 4ON0A 5LGTA 4YFXF 3I0TA 4H0EA 4MEYF 3KZYA 1TTYA 4P96A 3CUQB 1FLIA 3QOPA 3NEUA 4ZYHA 2DT5A 3HRMA 1TQMA 2HZTA 1RZ4A 4ZZLA 3ECOA 3C7JA 2HR3A 1ZG1A 5HLHA 4IRIA 3FM5A 3EYYA 2XAJA 2BEOA 3BY6A 5ICCA 2L3DA 5FLXZ 3GFLA 5A2QK 3KCCA 2LKPA 1EH7A 1SAXA 4G94A 2CO5A 1IXSB 1XGMA 5D5XB 1ZG5A 2XAQA 3QPTA 4A5MA 3V7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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