3SZPA

Full-length structure of the vibrio cholerae virulence activator, aphb, a member of the lttr protein family
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
MKLDDLNLFRLVVENGSYTSTSKKTMIPVATITRRIQALEDSLNLRLLNRHARKLTLTEAGERFYKDCSPLLERLASMTEEITDECRGASGRIRISAPSNLTKRMMMPMFNAFMEKYPDIHIELMMSNQADDLDPTEWDVIFRVGPQRDSSLIARKIGEVKDILVASPQYLSSHPQPTHAEELHQHQLLKGYPLLKWQLTNSQGETVVNSDRGRFQASALNVVRSACSEGLGITLMPDVMLREFLEDGSLVQVLSDWSSNPRDIYMLYNHKDHQPEKVRLFIDFVIGYHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulator, LysR family
molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae
total genus 84
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3szpA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3szpA02
1KU7A 2IA1A 3BROA 5DD4A 1R5HA 2EFOA 4U7DA 3J80Z 1FBSA 1OR7A 4N9IA 4P55A 1IRGA 2PQ8A 3WGGA 2ETHA 2BYVE 3J81K 2A61A 2BEOA 3P9KA 1J75A 2OZUA 3U9GA 2DBBA 3WGIA 2E7WA 2ESHA 4R1HA 1Z1DA 4GYGA 3I59A 3HUGA 1T98A 3L2CA 3M8FA 2MLGA 4HOBA 1UFMA 2V9VA 2NNNA 2EFPA 1P4AA 5HLIA 3JW4A 5ICFA 1IRFA 3V7SA 4A2UA 2DPUA 3V8JA 1V3FA 3FXUA 5HS8A 3NEUA 5LHGA 3R0AA 2HYGD 1ZLKA 4AIKA 1KU2A 1BI0A 4QWQA 4ZYGA 4BHCA 3RPQA 3QPTA 2JRTA 1FZPB 2F5CA 1IXRC 3WTWC 1JXSA 1UHWA 1XSDA 3E6BA 3DPLC 2HTSA 3T1BA 5K5RA 3I53A 3HYIA 4LD5A 3KE2A 3TGNA 3K69A 1O57A 3FMRA 4DQ2A 2QLZA 4L18B 2QBYB 4HW0A 2H6BA 3KCCA 4JQFA 3EDPA 3F21A 5E1ZB 5JI6A 2DW4A 1O7LA 3RI4A 1WSUA 2K27A 2WV0A 4BAYA 3M9AA 2VC0A 1O3QA 4XSXF 4Q5SF 3FX3A 3V7RA 1LDKB 5IT9Z 2K4JA 1YQAA 2IJLA 4HYEA 1GHCA 1R7JA 1BI2A 3BJAA 2ZNZA 4ESJA 3N97A 1OKRA 2RKHA 1SD7A 1IXSB 3HHHA 3GXOA 4O3MA 3MAJA 4AIHA 3HHGA 1BOAA 2FBKA 2M8EA 2K7LA 4HDVA 3GZ5A 1BM9A 1BI3A 3TO7A 1SAXA 5HOOA 2L3DA 5HDNA 4K2EA 1U3EM 4XRFA 1HKQA 4KMUX 4MTEA 4KIFA 1B9MA 1SFEA 5ERIA 2ADUA 3HOTA 1KA8A 1R00A 2IW5A 3TKYA 5KVRA 2HKXA 1IN8A 4A5NA 2DK8A 3DKWA 3BOQA 3BZ6A 2QZ8A 1HBXG 2FMLA 1WQ2A 4MTDA 1MJAA 3H92A 2VT3A 1LQ1A 3KP7A 1T39A 4YFXF 1HQCA 2GA1A 1RUOA 1B9NA 1PP8F 4PZJA 2FA5A 1HSJA 2P5KA 1TW3A 4M9XA 3WE2A 1G3YA 4L5JA 1WRJA 4MEXF 4OIOF 4M6YA 2FNPA 2Z33A 4KA4A 1U5TA 1TNSA 3C1DA 2EFWA 3K2ZA 1JHFA 3LWFA 5DD8A 3F23A 4G6DA 5BMZA 4KN7X 5LGTA 1J59A 5CVIA 3JSOA 4LFUA 3VB2A 2QENA 2CYYA 2OD5A 1FC3A 2P6SA 4I0BA 4M73A 4OU0A 4FT8A 3ZP5A 1C0WA 1R1UA 3E6MA 3IWFA 2DAOA 3TOAA 3HFUA 4RAZA 4JVDA 2E7XA 5FO5A 3ZMDA 1P2FA 4R8HA 5L3FA 1OYIA 1F9NA 4EGZA 2P7CB 1KU9A 2P5VA 1FSEA 2A3SA 4LGWA 4IVNA 4I2OA 3ABUA 1SD4A 2CQKA 4RB3C 2QQAA 1EH6A 2XAJA 3ELKA 1Q1HA 2YPRA 4BYYA 2MD5A 4LK0F 3TDUC 1IN4A 3F72A 3E5QA 4PCQA 1SD5A 3WE3A 2NNYA 4UVCA 2DFIA 3R0JA 5IT3A 4MNUA 4G6QA 2YX4A 4LG0B 2EV0A 4PGGA 4ENKA 1QNTA 2FU4A 1WI9A 1GVJA 4GO1A 3CUOA 2CO5A 5ICEA 1ON1A 4WXDA 4ZYEA 2QM3A 5CVUA 1RI7A 2MC3A 3CJNA 3KZZA 2W85A 4EJOA 4Q4ZF 1FT9A 1YS6A 1YIOA 4GYIA 4A6DA 3V7CA 4L9JA 5HLGA 1KYZA 5IT9K 1ZYRF 5H6RA 2C6YA 1F1ZA 4ESFA 1J7KA 2J5PA 3EQLF 1XMAA 4NQWA 4DNCA 1RIOH 1FWZA 4UHTA 1ZRCA 1K6OA 4XLPF 2A68F 2VOOA 2EFQA 1T0FA 3I71A 5D5UB 4RS8A 3VEPA 2DU9A 2FRHA 3V4GA 3FM3A 2QQ9A 1S3JA 4ZH4F 1R1TA 1I27A 1ZG1A 1XGOA 1Z05A 5D5WB 2F2EA 1CGPA 1WKMA 2P8TA 4CO8A 4WK8F 4UV9A 4L9TA 3HRUA 5HDKA 4KFCA 4D0PA 1FYKA 3T5XA 2JT1A 5D6FA 4ENJA 3T0YA 2VN2A 3HSRA 5JFRA 2LF7A 2NS0A 4NHJA 2XKOA 2A69F 2FBHA 5D5XB 3IC7A 4IHTA 2AS5F 4P9UA 3W6KB 2VBZA 3MQ0A 3K1NA 1RZ4A 2HEOA 3C3WA 2UWMA 1ZRDA 1USTA 3F22A 4LJZF 5LHHA 5FFXA 2PI0A 2A6HF 1TQIA 1B59A 4KT5C 4EJUA 5D6EA 2XAGA 3OOPA 3TQNA 4L0ZB 1G3WA 2G7HA 1OYWA 5ILSA 2HQRA 2KRFA 3F6VA 2K02A 2M45A 3GLXA 3JSPA 1QQIA 1IW7F 4EM0B 4M71A 2PBIA 3GFMA 3PFIA 1R22A 3CLOA 4EJTA 3EYYA 3R6SA 1BI1A 5LBQA 4GGGA 2KIFA 1K78A 4NB5A 2HKOA 3Q9VA 3QAHA 2RQPA 2PN6A 5L3BA 1KYWA 3IKVA 3LAJA 1LEAA 4P5OA 1YW9A 4I09A 4IF4A 2F5EA 1OMIA 2FF4A 5DV5A 4G7ZF 1S8NA 4WXHA 4HA8A 2YR2A 4U7BA 5JVTA 3RKYA 1ZAOA 3RKWA 4HZFA 2XGXA 5LRSA 2JPBA 4QBAA 1FNNA 3HRMA 2XUBA 3RKXA 2EV5A 4I0AA 5JHUA 5BS6A 2OQGA 2UXXA 2V79A 1XD7A 3C18A 1J5YA 2BGCA 6PAXA 4IRIA 3SQNA 2ZMEA 2BV6A 2HR3A 3ML6A 4JK1X 1E17A 5L3EA 4CGZA 1YW8A 1P4WA 3WODF 2D2WA 1O7FA 4G94A 2FQ3A 5E20A 2V1XA 2LNBA 4RGUA 2P4WA 3F8NA 1D8JA 4HF1A 3TDZC 5LEKA 3EUHA 1T2KA 2COMA 2HGCA 2IT0A 3I4PA 2V6CA 3DXJF 1OYYA 4BQAA 1QO0D 2RGVA 1L3LA 3FWEA 2Z3YA 3QOPA 2JPCA 3JAMK 1REPC 1G3TA 2M87A 5E17F 1TQMA 1R58A 2LDUA 2ZFWA 1U5TB 2Y48A 4HBLA 1J2XA 4I7HA 3K0LA 3GVAA 5J8FA 4RGSA 4YIIA 2GXGA 1Z6RA 1RUNA 1Z91A 2VONA 1FX7A 1CF7A 1E2XA 4B09A 2FXAA 4CZZA 3F8BA 5TRDA 2M30A 1JE8A 1LJ9A 5DCMA 1UHMA 3E6DA 4FHTA 3LSTA 4WWCA 4U0VA 1KU3A 2YU3A 1LDJA 2W84A 3GO5A 2GZWA 3ERED 3CUQB 1YFHA 5J8CA 2ZCWA 4KIBA 3K1PA 3IWZA 5CVRA 4TV7A 3SZTA 4F7ZA 1USSA 5D4SA 3U2RA 2QUFA 4I01A 2W25A 3RTRA 5AIPA 4RB2C 2CGPA 4M6XA 2L4AA 5DYMA 4S04A 4KUMA 4BH9A 2FNAA 5BPDA 1OPCA 2HDCA 1ZHFA 1FYLA 2H94A 4IXAA 1P6RA 3WG9A 4P9FA 3TO6A 3KP3A 1H9TA 1SMTA 1S29A 1LDDA 1QZYA 3ZN1A 1TBXA 1SFXA 4H0EA 2DQRA 1YTYA 5F6FA 2PLYA 2XAQA 3BP8A 1H9GA 2Q0OA 2ISZA 5AONA 3F3XA 4HAMA 2EK5A 4UVBA 5FLXZ 3GZ6A 2DTRA 4A0YA 2X4HA 2M1BA 3KP6A 5ILUA 3L7WA 4LLLA 4YFNF 1U6GA 3I54A 5CYVA 4IRGA 1BIAA 3U1DA 5LGNA 1TW2A 2KIUA 3DF8A 4RB0A 4CDGA 2VE9A 2H27A 1K7AA 1ZH5A 2D45A 5E8IA 1I1GA 1L0OC 4AVPA 1ZARA 3O6BB 5E1WA 3J80K 3BJOA 3NRVA 1HW5A 1B6AA 1W4MA 2FEZA 1ZREA 4PGHA 1FP1D 5BOXA 2O03A 3Q9SA 1IXCA 3SZPA 1W7PA 3P7NA 3M8EA 4E70A 2EJRA 2Z99A 3WU1B 1MKMA 1ZGAA 4M72A 4UXNA 5K5OA 1MJ9A 3L9FA 4KNYA 5DCFA 2RC4A 2HXRA 3ZMZA 4MQVA 5CVJA 2G7UA 3CDHA 4JVCA 1MJBA 3ZQ7A 1ON2A 2QBYA 4EQQA 1SFUA 2L4MA 1QBJA 3K1MA 4ESBA 3F8MA 1P92A 4ZYDA 2B0LA 5CVVA 1Y0UA 2R7DA 2O8XA 3FZVA 4YFKF 3QU3A 2DI3A 4OIQF 2ZKZA 2EV6A 4YIFA 4ZZLA 2UZKA 1XB4A 2OZ6A 1U2WA 2YSRA 5CJ9A 1Z6TA 3G3ZA 2K4BA 2KJBA 2Q8KA 2ZNYA 5DDGA 4S05A 1XGMA 3LA3A 4WX9A 2L02A 1KQ9A 4M74A 3WTYC 4HF0A 5D8LB 3N4MA 3LQQA 4G8XA 3J81Z 2Z9OA 2STWA 2FE3A 2YX7A 3KP4A 4HLXA 3GFIA 2QYOA 1QPMA 3RPUA 3LA7A 4A0XA 1YW7A 4LLGF 1GXQA 1Z9CA 2GA2A 3QRFF 1V4RA 1XSXA 3KP5A 4LK1F 4RGXA 1FY7A 4KYWA 2RVCA 4BHPA 3BPVA 2CFXA 5EEHA 4Z2YA 2F5FA 1TNTA 4IRHA 4UV8A 3VFZA 1G3SA 3ULQB 3SFZA 2WTEA 3IRRA 5FB2A 4EVIA 5DEQA 2JZYA 2PMHA 3ECHA 3FMQA 3FF5A 5EEGA 5ED4A 1TLHB 3ZPLA 4WXCA 2L54A 2QVOA 1XCBA 4FX0A 2JSCA 3I59B 3ROUA 3JTGA 4AIJA 2JTVA 1FBUA 3Q5FA 4EGYA 2ESNA 5H6QA 5JR3A 2GQQA 3GFLA 3GWZA 1YO5C 2PJPA 5FLXK 3MCZA 2O0YA 1SD6A 3GFJA 1IF1A 3K9TA 4A6EA 2RN7A 5LLQA 2VE8A 3I5UA 3DP7A 4MEYF 1FLIA 4FX4A 3RIRA 2RV8A 1JGSA 1F4KA 4AWXB 4Y17A 3WU0A 2OU2A 2W24A 1D3YA 3BJ6A 1DDNA 4HV6A 4L0YB 3REOA 3BWGA 4RGRA 1UCRA 3NQOA 2MLKA 3DPTA 1KQ0A 1U5TC 2PFBA 4EJVA 2EB7A 4HX7A 4OMZA 2FBIA 3ZMTA 3RYPA 5TJJA 3MZYA 3DQVC 2A5YB 1DPRA 2G9WA 1R36A 1IN7A 2HFHA 4L9NA 5BQTA 2IVMA 2OQRA 4LG0A 4Q48A 2NAZA 3OV8A 5DUKA 3DV8A 1I6XA 4EM2A 1MDMA 3M7GA 4PDKA 5DUIA 2NYXA 1SMYF 2MH2A 1VTNC 4HDUA 1W5SA 2X0LA 1QGPA 1TQPA 1FSHA 3CUQC 2A6EF 5FD6A 1MGTA 5F64A 2DK5A 1YYVA 3VOEA 2XROA 1KQ8A 3BDDA 2WC2A 1Z7UA 2GAUA 3FHZA 4Q47A 2D1HA 2XHKA 5D5VB 3D5LA 1R23A 1F5TA 2V1DA 4O6JA 2XV4S 3HOSA 1H0MA 4M9SA 2VBYA 1BC8C 3V8KA 3B73A 2O61A 1J0RA 2GXBA 1BJAA 3H3ZA 2DQLA 3M1EA 5F1RA 3QP5A 2VT2A 5E18F 3DEUA 4IHSA 3E5UA 4WF2A 2GWRA 3IL2A 4ENMA 4KICA 1BIBA 3FXQA 3WTTC 1XDSA 2J5OA 4HX8A 4I02A 5A2QZ 2XRNA 2D1VA 2KKOA 1ZRFA 3I64A 2NRAC 3E6CC 1W7PB 1EV7A 2AXLA 2ELHA 1ODDA 5E8GA 2ZJ2A 1G6NA 1EH8A 3HSFA 1IZ1A 4CXFA 3KLOA 4ASNA 5H20A 1HXDA 4U0YA 2QWWA 1JHHA 5D8KB 1D8KA 3SXYA 4L9VA 4XSZF 1QZZA 2H6CA 1PP7U 4N9HA 2PEXA 2E1CA 2O3FA 3W6JB 4ON0A 4OIPF 2VOPA 3ZMSA 2IA0A 3EETA 4ZYHA 4U88A 2XASA 5LHIA 5J6XA 2HTJA 3WTVC 1U8RA 1NHAA 2VXZA 2LF8A 2P5LC 2KJCA 1ZG5A 3PQKA 3HRTA 2XIGA 1FP2A 4JBAA 5D4RA 2PMUA 1S7OA 4HV5A 1ZN2A 2P6TA 4CYDA 2K86A 3RJPA 5LGUA 2ACJA 3RDIA 1HW1A 2OAZA 3LAPA 3AAFA 4G7HF 3TO9A 2Y75A 3PQJA 2Y0MA 2L01A 4A5MA 4OIRF 1FYMA 3O3KA 3P9CA 1XGSA 1O3RA 1X3UA 4A12A 5FD5A 5AIQA 4KMFA 1I5ZA 1MD0A 4BXUA 2STTA 2MA3A 2UXNA 1I1SA 1HW2A 2IP2A 5CLSA 3G73A 3SHFA 3ZMVA 3D0SA 1XSVA 3QU6A 1O3SA 3HRSA 1MZBA 4L5IA 1LVAA 4OINF 4MHGA 4LLNA 3ECOA 5ICGA 2XKPA 4HX4A 1K79A 1FPQA 3V8LA 1XDUA 4B8XA 1BBYA 1YG2A 2XAHA 3KZYA 3E5XA 3BY6A 2F5DA 2VBWA 1AWCA 2IRFG 2W57A 1IN5A 2HOEA 3T8TA 4LB6B 5BPIA 3FM5A 3E3VA 2DPDA 1IUYA 1EH7A 3HTSB 3WTSC 1ULYA 1XGNA 2CG4A 3WTUC 2OA4A 1DPUA 3MEXA 4O5VA 4XBFA 4OMYA 2E1NA 1S6LA 3F8CA 3VODA 1XN7A 3CO7C 5FFZA 3KFWX 3MWMA 2HWVA 1U78A 3GYHX 1O3TA 3HSEA 3ZMUA 3S2WA 2OBPA 2DO7A 2Q2EA 3CUQA 3ABTA 5L3CA 5A2QK 1PUEE 2GIVA 3O2PE 2VODA 1BC7C 1B1BA 3B02A 4EM1A 3KLNA 2MBFA 2HQNA 3J7AO 5HDGA 3C7JA 1HKTA 2RDPA 3GF2A 1A04A 3P9IA 1FOKA 3L00A 4CHUA 4BHBA 4RAYA 5ILVA 4EV0A 4EMSA 1XMKA 4RB1A 1HKSA 2HYFA 3IKTA 3HIFA 3KETA 5FGMA 1K78B 3CTAA 4HQMA 4KIGA 3GW2A 4M9ZA 3I58A 2EFNA 4G7OF 1MDMB 1TTYA 2P7VB 5L3GA 1BN5A 3R61A 4HF2A 4U0WA 2FOKA 4YG2F 2Z5UA 5L3DA 1P4XA 3FMSA 4OOIA 5ICCA 3IHUA 4HLYA 3L09A 2DLLA 4N0BA 3RYRA 1ZLJA 1J9IA 2RNJA 3GX4X 3FXRA 4G9YA 4QLCU 4IPAA 3ZN0A 1IAWA 1AOYA 3JAMZ 2EA2A 1S7AA 4HQEA 4UVAA 2ZMEB 4I98B 5E1XA 1ONVA 2ZO4A 3KEOA 1T38A 3QPHA 5K5QA 3F6OA 3HTUA 2H09A 2R7FA 4MQ9F 3KEQA 3BPXA 3KP2A 1KGSA 3R60A 3T8RA 4EJWA 2ZBKA 3EYIA 1FBQA 2CWEA 1LEBA 2BBYA 1ZGJA 2R3SA 4WCGA 4R79A 2LKPA 1DUXC 3MZHA 2A07F 3ISPA 4BNCA 2HS5A 2FSWA 4ZZDA 4A0ZA 3CO6C 1PDNC 5HS7A 4CICA 2WWYA 1WWXA 1YLFA 5LEJA 1IN6A 2HZTA 2TDXA 2IPQX 2ISYA 3QP6A 4ETSA 2O6GE 2CW0F 4KDPA 2EWNA 5K1YA 4UUVA 4ENNA 3JTHA 2EA4A 3COAC 4GXOA 1G4DA 3I0TA 3IRQA 2XAFA 4XLNF 4GCVA 4Y15A 1CF7B 3WGHA 4Y13A 3LFKA 1YS7A 1RNLA 3DFGA 1GXPA 4P96A 2M5WA 3H3UA 5DCMB 5HLHA 5HVQC 1XCVA 1DP7P 2LSOA 3GUDA 1W7PD 4MGRA 3WTXC 4AD9A 2V1UA 1W5TA 1D5VA 4LMYA 1B4AA 1T6SA 4KN4X 2MH9A 2VC1A 3GEZA 3F8FA 1UB9A 3LQRA 1LB2A 3TOBA 3R4KA 4LB5A 3E97A 2CSOA 1R5GA 2BE5F 5LRRA 2FMYA 1LNWA 2XVCA 2KIMA 4JVIA 3LA2A 4IJAA 2ZXJA 2PG4A 1HSTA 2IA2A 2DT5A 5KK1A 1STZA 3WTZA 2VBXA 4UNOA 1R1VA 2QQBA 5HS9A 3MFKA 1ZG3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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