3T1BA

Crystal structure of the full-length aphb n100e variant
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
MKLDDLNLFRLVVENGSYTSTSKKTMIPVATITRRIQALEDSLNLRLLNRHARKLTLTEAGERFYKDCSPLLERLASMTEEITDECRGASGRIRISAPSELTKRMMMPMFNAFMEKYPDIHIELMMSNQADDLDPTEWDVIFRVGPQRDSSLIARKIGEVKDILVASPQYLSSHPQPTHAEELHQHQLLKGYPLLKWQLTNSQGETVVNSDRGRFQASALNVVRSACSEGLGITLMPDVMLREFLEDGSLVQVLSDWSSNPRDIYMLYNHKDHQPEKVRLFIDFVIGYHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae
molecule keywords Transcriptional regulator, LysR family
total genus 84
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3t1bA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3t1bA02
1V4RA 1WRJA 3I64A 1ZGJA 1XCBA 4RS8A 1DUXC 4ESFA 5IT9K 1XCVA 2H27A 3L2CA 1S8NA 3T0YA 5LEKA 4KDPA 1TNTA 1WI9A 4L0YB 4UVBA 4E70A 2ELHA 1YYVA 3I0TA 1XMKA 2IA0A 4UNOA 2P7VB 2FQ3A 4HV6A 3WTWC 5BPDA 1HW2A 1SD7A 3QPTA 2H09A 3PQKA 3WGHA 1Z91A 2D2WA 1U5TA 4LG0A 3GVAA 3KP6A 3CUQB 4LK1F 4ENMA 2YSRA 5D5WB 3KCCA 3KEOA 3ZMDA 2IPQX 4FT8A 4RAZA 3FMQA 3KLOA 4EV0A 5TJJA 3BZ6A 4GYIA 5FD5A 4A6DA 5LHIA 5FFZA 3P7NA 3AAFA 4Q48A 2P6SA 1QZYA 1FY7A 3S2WA 3TOAA 1FP2A 1REPC 3O2PE 3RPQA 4ESBA 1UCRA 2AXLA 5KVRA 4EM1A 1TQMA 2EK5A 1H0MA 3IRRA 4I2OA 4DNCA 2OZ6A 3E5UA 4ZYDA 1OYYA 3ZN1A 1T38A 3I5UA 3D5LA 2RVCA 3SZPA 4EJOA 3D0SA 4P55A 3MZYA 2R3SA 1JE8A 3R0JA 4B09A 4UHTA 3HTUA 3J81Z 5LGUA 3ABTA 1IXRC 2DTRA 2LNBA 2MD5A 2PG4A 2L02A 2P6TA 3IWZA 3V7CA 2AS5F 1R36A 1KGSA 1E17A 3KP2A 1U6GA 1SFEA 1PP8F 3HIFA 3QP5A 4G7ZF 4YFXF 3WG9A 2VBYA 2VXZA 4AVPA 3T8TA 1FPQA 2PMUA 1IRFA 4BNCA 4G8XA 4XSZF 5FLXZ 3I71A 4RGXA 2XKPA 4L18B 4U7BA 4G6DA 4LMYA 1BIBA 4OIRF 1H9GA 2FF4A 1B59A 3RKXA 4WCGA 1KU9A 4RB3C 1IXSB 2NNNA 4P9FA 1RI7A 2W57A 3J80Z 1ZAOA 2A6HF 1P4XA 5DCMB 3WU0A 1ON2A 1XD7A 1QZZA 3GZ5A 5HLHA 3TO6A 3ABUA 1FX7A 1R58A 1XN7A 1HKSA 3IC7A 3N4MA 2QYOA 3F22A 5CVRA 2OQGA 1ZLJA 1R7JA 4WX9A 2HTSA 4GXOA 2HOEA 2LF8A 1K6OA 1J5YA 4Y15A 1FOKA 3FWEA 4HQEA 4HYEA 4O6JA 2D1HA 4I0AA 1T98A 3M8FA 3R60A 3BPVA 4IRHA 4EJWA 4ASNA 4KMUX 5CVVA 4IVNA 4Y13A 2YPRA 2FBHA 2Z3YA 5AIPA 1IAWA 2XGXA 4HF2A 2EA2A 4JVIA 1GXQA 1KQ0A 3HRTA 3EYIA 3KEQA 3GLXA 2V1XA 5D8LB 1P4AA 2W85A 4RAYA 1HSJA 3R6SA 1KQ9A 2Q8KA 2D45A 3K2ZA 2HGCA 3WTUC 2GA2A 2EV5A 1L0OC 1IN4A 4R1HA 4M73A 3CUQA 5HLGA 4UV9A 3GW2A 3NEUA 3I53A 1R23A 4M74A 2NYXA 3R61A 4XRFA 1GXPA 5LRRA 3WU1B 4A5MA 1FWZA 3K69A 2FMYA 2KJCA 1YO5C 3RKWA 2J5PA 2W84A 5LHGA 4YIIA 1RZ4A 4AWXB 2VOPA 1PUEE 1YFHA 4BH9A 2HYFA 1XSDA 4MTDA 1HW1A 3C18A 1D5VA 4WF2A 1W5SA 4UUVA 5CLSA 3U1DA 3ZQ7A 1Z6TA 3F6OA 4HW0A 4JBAA 4MHGA 1QGPA 3HRMA 1W5TA 4I0BA 1EH6A 1UB9A 3DEUA 3E6CC 4KA4A 3ERED 2QQ9A 4UVCA 2OD5A 2M30A 2MH9A 3C3WA 5ILVA 2RDPA 4L9VA 3VB2A 2VODA 1T2KA 4G7HF 1LB2A 3IRQA 3GFJA 3DFGA 2EWNA 1T6SA 2O6GE 1O3TA 3GYHX 4FX0A 3RDIA 2A6EF 1YW8A 4PCQA 4O3MA 2Z99A 5HVQC 3HSFA 1ZG3A 2IRFG 4O5VA 2Y0MA 1ZRFA 3HRUA 3V8LA 3WGGA 3HUGA 5E1XA 2UWMA 4LD5A 4Z2YA 4M72A 4N0BA 4BQAA 2XV4S 4MGRA 2FEZA 1SD4A 1U5TC 3TO7A 5DV5A 1ZREA 1LNWA 5HDGA 2IA1A 2PBIA 3R4KA 2XAHA 2EV0A 4WXHA 3SZTA 2X0LA 2F5DA 3KE2A 1MJAA 2JSCA 3HHGA 3L00A 2JPCA 2P5KA 3BROA 2QQAA 5EEGA 5ICFA 2FBIA 5DCMA 4RB1A 5LBQA 2WV0A 1ZGAA 3CTAA 4PZJA 2Y48A 2A61A 4HBLA 2E7XA 3E97A 4LB6B 3Q5FA 3L9FA 2VT3A 2PI0A 1D3YA 2A07F 1MDMA 3MAJA 4AIKA 1W4MA 2YU3A 3FZVA 2GAUA 2XRNA 3GF2A 2GZWA 1NHAA 1SD6A 2HQNA 3OOPA 5LEJA 1B6AA 2RNJA 4A5NA 1F4KA 1IN6A 1S29A 1BI2A 2GA1A 3B02A 3O6BB 1LEBA 3CUOA 4U7DA 5F64A 1Y0UA 2DK8A 5BQTA 5D5XB 2DFIA 3MQ0A 2F5CA 5A2QZ 4NQWA 1R1UA 1IXCA 2HFHA 2YR2A 1FSHA 4LLLA 5LLQA 2RQPA 4R79A 1F9NA 3J7AO 3F21A 3ZMUA 5DUKA 4UXNA 2KKOA 4BHPA 3RI4A 5H20A 1RNLA 1YQAA 2QUFA 1FYKA 4K2EA 5H6QA 5JVTA 5E17F 2Z9OA 2O03A 3EQLF 2IVMA 4ZH4F 5EEHA 1J7KA 1BIAA 3I59B 1R1VA 4AIJA 4I7HA 3F8BA 3FHZA 4HDUA 4XLNF 3DF8A 3FM5A 3LAJA 2EV6A 2VN2A 2BE5F 2DBBA 1HXDA 4EQQA 5LGNA 1QQIA 2DT5A 2EFWA 4M6XA 2VBXA 4GGGA 2Q0OA 1ZLKA 2HQRA 3LQRA 4IHSA 4HX4A 4ZYEA 1R5HA 2CO5A 1FZPB 3KZYA 3KZZA 4RGSA 4ZYHA 2P5VA 3REOA 6PAXA 2DQRA 5ERIA 3KP4A 2DPDA 3CJNA 3KP3A 3DP7A 5FD6A 1BN5A 5D6FA 5HDKA 3LA7A 5HS9A 2QBYB 4CXFA 2VE8A 3ZN0A 2BV6A 3LQQA 2KIFA 1D8KA 2LDUA 4HOBA 4QWQA 3JAMK 3NRVA 3Q9SA 4WWCA 3F8CA 4BAYA 2IT0A 5E18F 4N9IA 4P96A 4A2UA 2HDCA 2STTA 1I5ZA 2RN7A 1J0RA 3JTGA 1Z6RA 3CUQC 1SFXA 3P9CA 1Q1HA 1YLFA 4YFNF 1RUOA 3WTTC 3HOSA 5FGMA 5JHUA 2NAZA 3K0LA 3K1PA 3OV8A 2P4WA 2B0LA 1O57A 5DUIA 5DCFA 5FB2A 5J6XA 3Q9VA 2QZ8A 2XVCA 1P2FA 4I02A 4EM0B 5D4RA 1XMAA 2GIVA 2JPBA 5BS6A 3F72A 5K5RA 1JHHA 4AD9A 5DD4A 3DKWA 5LGTA 1I1GA 3V8KA 2QENA 2QVOA 5DDGA 5DYMA 4A0ZA 2MH2A 3M8EA 5CVUA 4LLNA 3FXUA 1QNTA 1O7FA 1MJBA 2OQRA 2A3SA 4HF0A 1B9MA 1OPCA 3PQJA 4KIBA 4L5IA 2PLYA 3BPXA 2XKOA 3FM3A 1XB4A 5E1WA 4P5OA 5AONA 1EH7A 2H6BA 3CDHA 5HDNA 2IW5A 1GHCA 3DXJF 3ISPA 1CGPA 4A6EA 1FBQA 1TW2A 4FX4A 4CO8A 3WGIA 1IRGA 1H9TA 4Q5SF 4KMFA 3N97A 1T0FA 1V3FA 3J81K 1XGOA 4LK0F 2K27A 4L9TA 1ODDA 1MZBA 1GVJA 2ESNA 1ZRCA 3CO7C 2STWA 4WXCA 1TNSA 2PJPA 1G3TA 3GUDA 4OOIA 1PDNC 5HS7A 2DAOA 3E5QA 1S7AA 3VOEA 1A04A 1UHMA 1K7AA 2ZNYA 1LDKB 1STZA 3ECOA 1W7PB 4G9YA 3RYPA 3RYRA 2ISZA 5D4SA 3LFKA 4IF4A 5FLXK 2OU2A 1O7LA 3HHHA 4ESJA 1IN5A 1D8JA 2PN6A 5CVIA 3BJAA 3DPLC 1CF7B 2UXXA 3KP7A 1FYMA 5ICGA 3HFUA 4M71A 3NQOA 1I6XA 1XGNA 2VOOA 5LHHA 3FMSA 1S3JA 2E7WA 2IJLA 3J80K 2QLZA 2RGVA 3WTVC 2HWVA 3H92A 2HEOA 1SD5A 3MWMA 1T39A 4CDGA 2ZNZA 1G4DA 2HZTA 5DD8A 2Z5UA 1LVAA 2OZUA 2VBZA 2G7HA 1K78B 2K4BA 2HR3A 4ON0A 3SXYA 1P4WA 2L4MA 3K9TA 5J8FA 1S7OA 3E6DA 1MKMA 3LSTA 4GYGA 2DI3A 1ON1A 1XDSA 3WTYC 1IF1A 4KT5C 4RGUA 2E1NA 2EFOA 4WK8F 2MLGA 4EGZA 4Q47A 3I54A 3F3XA 5E20A 1HW5A 4KFCA 1YW9A 5H6RA 2QWWA 4LG0B 4HX7A 2F5FA 3O3KA 1E2XA 1HSTA 4RGRA 2M1BA 1QO0D 2LSOA 2O0YA 2ZFWA 4KUMA 4MEYF 3ROUA 3PFIA 4U88A 4JQFA 2VC1A 3TKYA 3ZMVA 3F23A 1K79A 5LRSA 4JVDA 2W24A 3QP6A 4BHCA 3BJOA 3FF5A 2HYGD 1YS7A 1G3WA 4MQVA 4CYDA 4L9JA 1FP1D 3MFKA 1U8RA 1SMTA 5CVJA 2JT1A 4IJAA 2XAJA 4EJVA 4MQ9F 3ZPLA 4OU0A 3T1BA 3GFLA 4OMYA 3KP5A 5L3GA 5BOXA 3E5XA 4KIGA 2M5WA 3GFMA 1MJ9A 4Y17A 4EM2A 3GFIA 1DPUA 1VTNC 1OMIA 3DPTA 5D6EA 5FO5A 5F1RA 1BBYA 4I01A 3TOBA 1SAXA 2KIMA 3IHUA 1R5GA 2P7CB 3H3ZA 1TQIA 3L09A 1USSA 4ETSA 1DDNA 5IT9Z 2ETHA 2VT2A 5HOOA 2M45A 4BHBA 3ZMSA 1U3EM 1I1SA 5BMZA 3EDPA 4N9HA 1P6RA 3QOPA 3U2RA 1TLHB 3FMRA 4OMZA 2WWYA 2XAGA 4OIQF 3HSEA 3RJPA 4F7ZA 2DLLA 3LA2A 2EA4A 2HTJA 4LB5A 4CHUA 1JGSA 4OINF 4M9SA 2DO7A 5E8GA 1KU3A 1QPMA 1TW3A 4BYYA 3DQVC 5ILUA 4MEXF 3V8JA 4GCVA 2Z33A 3KETA 4EVIA 2XASA 2FA5A 4I09A 2NS0A 2ESHA 2ZBKA 2FSWA 1F5TA 4HLYA 1ZYRF 1DP7P 3JSOA 1UHWA 2ZJ2A 3L7WA 2A5YB 2FE3A 3ULQB 1ULYA 2A69F 1UFMA 1P92A 4XLPF 3B73A 2DK5A 3LA3A 3HTSB 2L3DA 3WE3A 1PP7U 3BY6A 1FT9A 2V79A 2L4AA 4R8HA 5TRDA 5CYVA 3FX3A 2V9VA 1K78A 4XSXF 2G9WA 1B1BA 5HS8A 2MBFA 3HSRA 3ZMZA 3SHFA 3C7JA 1HKQA 5K5OA 3EUHA 1O3RA 3BJ6A 4YFKF 1FLIA 1IUYA 4G7OF 1KU2A 3R0AA 1G3YA 3JSPA 1B9NA 5DEQA 1HBXG 1QBJA 2Y75A 2F2EA 3ZMTA 4LGWA 4ENKA 2OAZA 2HKXA 4KNYA 1KQ8A 3IKTA 5KK1A 2DW4A 3F8NA 1XSVA 2JTVA 4ZZLA 4RB0A 1R00A 3GXOA 1AOYA 5A2QK 4LJZF 2EFQA 1G6NA 3EETA 2HS5A 2LF7A 2PFBA 2CQKA 4CGZA 1WWXA 2C6YA 3LAPA 1EH8A 4IRGA 2E1CA 2NRAC 1IW7F 2XAFA 1YG2A 3RKYA 4A0XA 3F6VA 5HLIA 2ZMEB 3E6BA 1FBSA 1LQ1A 2KRFA 2F5EA 2IP2A 5ILSA 2R7FA 1Z7UA 3P9KA 4QLCU 5D8KB 3P9IA 3W6KB 3KFWX 1F1ZA 2ZO4A 4JK1X 1R22A 4MNUA 4HF1A 1FYLA 4HQMA 4YIFA 5D5UB 2ISYA 1OYWA 1Z05A 1WQ2A 4IXAA 5IT3A 2BGCA 2NNYA 4M6YA 3TDUC 1EV7A 3EYYA 4RB2C 1BC8C 4PGHA 4HAMA 3MZHA 2CYYA 1ZG5A 3G73A 1KA8A 1U2WA 3RPUA 2V1UA 2JRTA 3VEPA 2FNAA 1IN7A 2WTEA 2OA4A 4OIPF 3RIRA 1J2XA 2QM3A 2M87A 1RUNA 5ICEA 4A12A 3QAHA 4EGYA 4NB5A 2FMLA 2BYVE 2FXAA 1FSEA 1U78A 2PEXA 5FFXA 2OBPA 2XUBA 1DPRA 2ZXJA 4IHTA 4PGGA 1LDDA 2EB7A 1SMYF 1O3SA 1OR7A 2M8EA 1J9IA 1XSXA 1L3LA 5L3FA 3K1NA 4KN4X 4YG2F 2MA3A 2L54A 5L3CA 1MD0A 2H6CA 2KJBA 2FU4A 4KICA 2MC3A 3JW4A 2RV8A 1FC3A 1LEAA 2VC0A 2VE9A 1JHFA 3SFZA 4UV8A 3HOTA 3VODA 2P8TA 3QU3A 1ONVA 3WODF 3ELKA 1XGMA 1MDMB 5ICCA 3I59A 2HKOA 4U0WA 2PMHA 3I4PA 1MGTA 4IRIA 1FNNA 1S6LA 3CLOA 1I27A 4HA8A 2RKHA 3GX4X 1ZH5A 1BI0A 2XHKA 3F8MA 2CG4A 1BM9A 1BJAA 4DQ2A 3DV8A 1YIOA 4B8XA 2YX4A 1WSUA 2CFXA 4G94A 2K02A 2R7DA 1J75A 1TTYA 2W25A 2LKPA 4WXDA 2YX7A 4KN7X 2O3FA 3COAC 3ZP5A 4TV7A 3SQNA 3WTSC 5K5QA 3FXQA 4HX8A 1ZHFA 3BWGA 2QBYA 3GZ6A 2XIGA 2GQQA 1W7PD 4D0PA 1HKTA 3IKVA 2DPUA 3KLNA 5L3EA 3U9GA 2GWRA 3QU6A 2HXRA 5L3BA 1JXSA 2XROA 2K86A 3MEXA 1R1TA 1LJ9A 2GXGA 4MTEA 4H0EA 4CZZA 4ZYGA 2FNPA 4UVAA 3MCZA 2ZMEA 2UXNA 2UZKA 5ED4A 3T8RA 5CJ9A 1OYIA 3IWFA 1AWCA 3BP8A 3K1MA 2VONA 3QPHA 1BOAA 2JZYA 1ZARA 2K7LA 3TQNA 2X4HA 4EMSA 3V4GA 1ZN2A 1U5TB 3H3UA 1O3QA 2XAQA 3M7GA 3HYIA 4HDVA 1KU7A 4ZZDA 3RTRA 4HLXA 2O8XA 4I98B 5E1ZB 3LWFA 2COMA 5BPIA 4S04A 2ACJA 2WC2A 1XGSA 5JI6A 1XDUA 1LDJA 3QRFF 3ECHA 3G3ZA 4XBFA 2GXBA 3TDZC 3FXRA 3BDDA 4M9ZA 1BC7C 2EJRA 5L3DA 4HZFA 1TQPA 4S05A 4ENJA 4U0YA 3W6JB 4Q4ZF 2CGPA 3V7RA 4L5JA 3CO6C 1USTA 3GO5A 1Z9CA 4A0YA 5JR3A 1ZG1A 2IA2A 2VBWA 3TO9A 4IPAA 3ML6A 2V6CA 2A68F 3WE2A 4AIHA 2L01A 1BI3A 2DU9A 4JVCA 2EFPA 1ZRDA 2CW0F 4G6QA 4ENNA 4FHTA 5K1YA 2D1VA 1B4AA 2FRHA 2MLKA 4M9XA 4PDKA 2BEOA 3T5XA 5F6FA 1X3UA 3V7SA 2ZCWA 4BXUA 1Z1DA 4LLGF 4EJTA 3E6MA 2H94A 3M1EA 2CSOA 1IZ1A 3GWZA 2FBKA 3WTXC 2CWEA 2TDXA 2Q2EA 3C1DA 4LFUA 1C0WA 5J8CA 1OKRA 2G7UA 4CICA 1YTYA 4NHJA 1SFUA 4L0ZB 1FBUA 2FOKA 2K4JA 2EFNA 4HV5A 1G3SA 4OIOF 1BI1A 2BBYA 4U0VA 5JFRA 1KYZA 1W7PA 3M9AA 1YW7A 3WTZA 4L9NA 4P9UA 5AIQA 3JTHA 1KYWA 2V1DA 1CF7A 4KYWA 3E3VA 2P5LC 2ADUA 1WKMA 1TBXA 2O61A 3F8FA 2KIUA 3BOQA 2ZKZA 3TGNA 3I58A 5D5VB 2DQLA 1J59A 2PQ8A 5E8IA 4KIFA 2RC4A 1HQCA 1IN8A 3VFZA 3GEZA 3JAMZ 1RIOH 3HRSA 4EJUA 2QQBA 1YS6A 4GO1A 4QBAA 3IL2A 2J5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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