3T1BA

Crystal structure of the full-length aphb n100e variant
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
MKLDDLNLFRLVVENGSYTSTSKKTMIPVATITRRIQALEDSLNLRLLNRHARKLTLTEAGERFYKDCSPLLERLASMTEEITDECRGASGRIRISAPSELTKRMMMPMFNAFMEKYPDIHIELMMSNQADDLDPTEWDVIFRVGPQRDSSLIARKIGEVKDILVASPQYLSSHPQPTHAEELHQHQLLKGYPLLKWQLTNSQGETVVNSDRGRFQASALNVVRSACSEGLGITLMPDVMLREFLEDGSLVQVLSDWSSNPRDIYMLYNHKDHQPEKVRLFIDFVIGYHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae
molecule keywords Transcriptional regulator, LysR family
total genus 84
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3t1bA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3t1bA02
4UXNA 2M45A 3WGIA 4LLGF 4JVDA 5A2QZ 1IAWA 2DT5A 5HS8A 2ESHA 3E97A 4YIFA 1HSJA 1F9NA 3L00A 2OAZA 3MZHA 3RPQA 1XSDA 1QBJA 2KIMA 2V1DA 5LGNA 2XAFA 2KJCA 4HW0A 3WG9A 2XGXA 1SMTA 3V7SA 3TDZC 4GYGA 2HZTA 3F8CA 5DUIA 2BYVE 3HRUA 4LG0A 3N97A 1R1VA 1IN6A 3DF8A 2FA5A 4OMYA 3P7NA 2KRFA 2EFOA 2K4JA 3RI4A 1I6XA 5CVUA 1BC7C 4KMUX 2IRFG 3HHHA 3TQNA 2H27A 3W6JB 1FX7A 1P4XA 1A04A 2ZNZA 2XV4S 1VTNC 1QO0D 1CF7A 5CVJA 1J9IA 2QENA 3IL2A 1LVAA 1FOKA 3RKXA 4UV8A 3T5XA 4FX0A 3P9KA 2ZJ2A 1Q1HA 4A5NA 2PMUA 1PUEE 4G94A 1V4RA 3HTSB 3IWZA 2AXLA 2D1HA 2A68F 2XASA 4WXHA 3NQOA 3GFIA 1OPCA 3WTUC 4KYWA 2EFQA 4GGGA 1U78A 4L5JA 4M6XA 4CYDA 2IVMA 5IT9Z 4HYEA 5E1XA 1D3YA 2LKPA 5HDKA 3LA3A 5D6EA 5D4RA 1JHFA 3QOPA 1RUOA 2H09A 1ZG3A 2ETHA 4KUMA 4NB5A 4LMYA 1YW7A 4HX8A 2PN6A 4LLLA 3ABTA 2C6YA 3R0AA 1MJBA 2VOOA 4U0VA 4GCVA 3BP8A 1FYKA 2PMHA 5L3DA 1FBSA 1T0FA 3GF2A 1W5SA 2OQRA 1S3JA 1BIBA 2COMA 1J7KA 4PGHA 1T98A 1MJAA 5BOXA 3ZMTA 5BQTA 2X4HA 2OA4A 2F5DA 3M8FA 3O6BB 2HXRA 4AIJA 4WF2A 5D5XB 4D0PA 5A2QK 2XROA 3ML6A 4GO1A 4BAYA 4M6YA 4HZFA 2OU2A 1Z6RA 2P8TA 4HQEA 3F3XA 3M7GA 4ZYHA 3RDIA 3QPHA 2IA1A 1XGOA 3LSTA 2MD5A 3T8TA 4ZH4F 3KZYA 3WTTC 1SD5A 1LJ9A 3K69A 2IA2A 2QVOA 1YW9A 1LDKB 3BPXA 1F5TA 4KMFA 2WV0A 2MBFA 1KYZA 2D2WA 1HKTA 3EQLF 4P9FA 4G9YA 1XB4A 2NS0A 3H92A 1RIOH 5IT3A 3G3ZA 2BV6A 3R61A 2Q0OA 1MZBA 2A07F 3P9CA 2DW4A 4I01A 2OQGA 1G3YA 3U1DA 3LQRA 4AIKA 1R58A 2H6BA 5DEQA 2PEXA 2VOPA 4O6JA 4DNCA 6PAXA 3KEQA 1Z1DA 1HW1A 3DV8A 5E8IA 2JTVA 1XCVA 5HVQC 3JTGA 5ICCA 1P4AA 4ENMA 4ENNA 5L3CA 1ODDA 2CFXA 1CGPA 2RQPA 3V8LA 2CSOA 4OINF 1SD6A 1ZARA 1U2WA 2L4MA 4CICA 4B8XA 3GFMA 5FB2A 3MWMA 5LHHA 1TW2A 3H3ZA 5IT9K 1XMAA 2MH9A 5J6XA 3N4MA 1TBXA 4HA8A 4HV5A 4KIBA 3QRFF 2EFPA 5HDGA 1IW7F 3T0YA 4IXAA 2P4WA 1ZG1A 2HKOA 4I7HA 1X3UA 1PP8F 3RJPA 2BEOA 2HQNA 1HW5A 4WCGA 3QAHA 2HYFA 4IHTA 1XMKA 2L01A 2R7FA 3DXJF 2XVCA 2EK5A 2A6HF 3C3WA 1D8JA 2M8EA 4F7ZA 2QLZA 3JSPA 3ABUA 2A61A 2W85A 3D0SA 4Y15A 3S2WA 2STWA 4L9VA 2VONA 5JFRA 5BPIA 4P5OA 1JXSA 2RNJA 3FM5A 4WK8F 2WWYA 3TO7A 1BN5A 1T38A 1C0WA 2F5FA 2G7UA 4JBAA 3MZYA 1KU3A 5HS9A 1IXSB 2H94A 3JTHA 4OIRF 5D4SA 2FNPA 4UUVA 4ESFA 3FWEA 3ZN1A 1QPMA 4Z2YA 4HF2A 1SD7A 1F4KA 3M9AA 2MC3A 1WWXA 4LG0B 1B9NA 3IC7A 4EJVA 4LJZF 3MEXA 1QZYA 1ONVA 3I4PA 2QUFA 3KEOA 1TNTA 1Z05A 5KVRA 4HLXA 5H6QA 1XN7A 1GXQA 3ELKA 2JPCA 4PGGA 1BI0A 1S6LA 4RB3C 3C1DA 3WTVC 1J2XA 1AWCA 1G3WA 4G6QA 3GWZA 3NEUA 4NQWA 2Y0MA 4JVIA 4WWCA 2P7CB 3OOPA 5F6FA 2O0YA 1IUYA 4OMZA 4KIFA 4IRGA 3IKVA 4KFCA 5LEJA 3FHZA 2DFIA 2HR3A 3BY6A 5KK1A 3JSOA 4EJTA 4O3MA 3TOBA 4PDKA 5CYVA 3Q9SA 1G4DA 3JW4A 3GX4X 2OD5A 4ENKA 3HUGA 2QYOA 3FXUA 1U5TB 1SAXA 2PLYA 3BZ6A 1GXPA 2FBIA 1ON2A 5CVRA 5FD6A 1MKMA 3C18A 2YU3A 2DQLA 2DI3A 3I58A 4HLYA 4KN4X 2VE8A 2L3DA 4CDGA 4A0ZA 1WKMA 3E5QA 4ZYGA 2CWEA 3QU3A 4H0EA 3L09A 2TDXA 2EA2A 1EV7A 5JHUA 1OYIA 4ASNA 2Q8KA 1DP7P 4HV6A 3R0JA 2GWRA 1LEBA 3DPLC 4CXFA 2F5CA 4XLNF 1O57A 3EDPA 3BDDA 2P5LC 2ZBKA 1I1GA 4P55A 1YLFA 2B0LA 1LNWA 1XGNA 2RVCA 2YR2A 1ZHFA 2DK5A 4BNCA 3WTWC 3JAMZ 2RV8A 4U7BA 1R1UA 1Z7UA 1P2FA 3KLOA 2STTA 4EGYA 3J7AO 2F5EA 1EH8A 2ZMEA 2GA1A 3M1EA 1TNSA 1XD7A 3NRVA 3KP5A 3SQNA 1O7FA 4ZYDA 3V8KA 3LAJA 4GXOA 2ISZA 5L3EA 4G7HF 2W25A 3FMQA 3ZMSA 3RTRA 3OV8A 4CZZA 3CUQA 1ZRCA 4RB1A 1FC3A 1U8RA 3F22A 5CJ9A 2FBHA 2P6SA 2DBBA 3BROA 5DUKA 3FF5A 4P96A 3G73A 2CW0F 3PFIA 2Z33A 2W57A 3LA2A 2FQ3A 3CJNA 2ACJA 4RB0A 4KA4A 4I2OA 4LB5A 2A3SA 2NAZA 5ERIA 3U2RA 4LLNA 1QZZA 5E1WA 3F8FA 1LDJA 4BH9A 1TQMA 2JRTA 4M72A 2F2EA 3WTSC 1HXDA 5HOOA 2V1UA 4M73A 5LHGA 2LF8A 2BGCA 3EETA 3VODA 4JK1X 1U5TA 5K5QA 4L9TA 1L0OC 1K7AA 3VEPA 3PQJA 5D8KB 4I09A 2V6CA 1FLIA 4WX9A 2HGCA 1DPRA 3VOEA 3QP5A 5LGUA 2UWMA 2VBYA 4QBAA 3HSFA 4OIPF 4YFXF 3BJOA 1YFHA 2A69F 3ZMZA 5CLSA 2UXXA 4HBLA 2VE9A 3ZPLA 1RNLA 2CQKA 4OIOF 4A5MA 4HX7A 3GUDA 1GHCA 4HOBA 4LGWA 1IN4A 5D5UB 3DFGA 1RZ4A 1O3TA 1SFXA 2R3SA 4HDVA 5FLXK 1K6OA 4M9SA 1SFUA 4FHTA 1KQ8A 2G9WA 2X0LA 1F1ZA 1FSHA 2LNBA 4N9HA 1Z6TA 1FT9A 5L3FA 2DLLA 4YFNF 3BJ6A 3ZMDA 5AIPA 4JQFA 1ZAOA 2CO5A 3GW2A 5BS6A 2FF4A 2JT1A 4XLPF 2LSOA 3JAMK 5DYMA 2EV6A 2VBXA 1JHHA 5EEHA 3WTXC 2V79A 1D5VA 4AIHA 3R60A 2FBKA 4ZYEA 1QQIA 2K02A 3DQVC 3L2CA 1XCBA 2L02A 5L3BA 1G6NA 5LRSA 3E6BA 4ENJA 2HS5A 2M1BA 4XSZF 2FSWA 3SHFA 4BQAA 4CHUA 5F64A 1BC8C 1G3TA 4KICA 2EV5A 4KIGA 1ZLJA 2O61A 2HTSA 2EA4A 4AVPA 4M9ZA 4M9XA 4KT5C 2Z5UA 4A12A 3HIFA 4BXUA 1V3FA 2OBPA 3ZP5A 1BI1A 2FRHA 2PQ8A 4EM0B 2QQAA 1HKSA 3GZ5A 1S7AA 2IPQX 3L7WA 4ZZDA 3TOAA 1ZRFA 1YS6A 2MA3A 1QNTA 3W6KB 2D45A 3WU1B 3TO9A 5AONA 4Q5SF 1ZN2A 4RS8A 5E18F 2VT2A 3LFKA 3R6SA 3BPVA 2WC2A 4MQ9F 2ZXJA 3E6DA 1H9TA 1R7JA 5DCMB 5ICEA 3BOQA 2ADUA 2FMYA 1J59A 1MDMB 1UFMA 4A0YA 2KIFA 2ISYA 1ZREA 3LA7A 2RN7A 1FP1D 1W5TA 2D1VA 3DPTA 5L3GA 2EWNA 1BOAA 2K4BA 2MLKA 3EYIA 2V9VA 3CO6C 2UZKA 2NNNA 1KA8A 5LHIA 5E1ZB 2GIVA 3LWFA 4QLCU 3MCZA 3IKTA 4EM2A 4G8XA 4Q4ZF 1IXRC 4S05A 2DU9A 3ZN0A 5D5VB 5ILVA 1YIOA 4NHJA 5EEGA 1P4WA 1U5TC 1XDUA 4MHGA 1LDDA 2YPRA 3ULQB 3CDHA 4ZZLA 1DUXC 3I53A 1TW3A 2IJLA 3BWGA 3L9FA 2ESNA 1WI9A 2O03A 1OYWA 2O3FA 2XAJA 4EVIA 4EJUA 1RI7A 2VBZA 2M87A 3QP6A 2V1XA 2ZMEB 2P5VA 1USSA 2K86A 3ZMUA 2QWWA 2HYGD 4L9JA 1Z91A 4HAMA 1K78B 3I54A 3F23A 1BI3A 2OZUA 1ZYRF 2KKOA 3CUQB 4L9NA 3WE2A 1EH6A 2QBYB 3T1BA 1UCRA 2QQBA 1NHAA 2Q2EA 4EM1A 5LGTA 1AOYA 4QWQA 1I5ZA 3KP2A 3SZPA 1IN5A 4A6EA 5E17F 2BE5F 2Y48A 5JVTA 1K79A 2XKPA 5E8GA 1WQ2A 3WTYC 3RYRA 2K7LA 1ZRDA 3H3UA 4UVBA 2MH2A 2KJBA 3J81Z 5DDGA 2BBYA 1IF1A 1R5GA 4CGZA 4P9UA 5DCMA 3B02A 3SZTA 4G7ZF 3U9GA 5HDNA 1OR7A 5ICGA 2VXZA 1MDMA 3KP6A 5BMZA 3HTUA 4HDUA 3ROUA 4IHSA 2PI0A 1LEAA 3KP7A 4G7OF 2QM3A 1J0RA 2EJRA 1UHMA 4A0XA 4UNOA 3HSEA 1I27A 2HTJA 2H6CA 3HSRA 1FBUA 4A6DA 4R1HA 4U0YA 1YS7A 2EV0A 2J5OA 3E6CC 2GAUA 2JPBA 2RGVA 2XRNA 5LEKA 2VBWA 2LF7A 1R00A 2FOKA 4RAYA 3I5UA 1H0MA 4HF0A 2YX4A 1IN8A 3WTZA 1JE8A 5JI6A 1OMIA 3K2ZA 3LQQA 1YTYA 1XGMA 4IF4A 2J5PA 3O2PE 1R5HA 3EYYA 4XRFA 1RUNA 2FNAA 3GYHX 4KNYA 3D5LA 1KU7A 5FFZA 1J5YA 4MGRA 4B09A 1LQ1A 1R1TA 2DO7A 2EFNA 2M5WA 3B73A 3WGGA 4UVCA 1FZPB 5BPDA 3K0LA 3ISPA 4S04A 5DD4A 4MNUA 5H20A 4UVAA 4IJAA 5J8FA 4WXDA 3RYPA 2ZCWA 1K78A 2P7VB 1XDSA 3Q5FA 3HRTA 3BJAA 5FFXA 2QBYA 4HX4A 2VN2A 2G7HA 1UB9A 4CO8A 5K5RA 3FM3A 4FX4A 2HFHA 1XSXA 1FYMA 4A2UA 3FMRA 1O3SA 4R8HA 1ZG5A 4MEXF 1FP2A 2FU4A 4U0WA 2ELHA 3KE2A 2HEOA 4U88A 1KQ0A 1O3RA 4L0ZB 1USTA 4U7DA 4LK0F 1D8KA 3FX3A 4XBFA 3CUOA 1G3SA 1U3EM 5JR3A 3ECHA 5CVIA 5FGMA 3ZQ7A 4TV7A 2PBIA 3J81K 1ON1A 1DPUA 2FE3A 1PDNC 1EH7A 4L18B 5FD5A 5LRRA 1IRGA 2EB7A 3TO6A 3CO7C 2W24A 3ECOA 2DPDA 3GVAA 4E70A 1B59A 1YQAA 4OU0A 2Z99A 5LBQA 3P9IA 2RKHA 3RKYA 1XGSA 2A5YB 4O5VA 2FMLA 3REOA 3K1MA 2EFWA 1FWZA 3DP7A 4BHCA 1IZ1A 3RKWA 2DQRA 4N0BA 4ESBA 2E7XA 3IHUA 1BM9A 1W7PA 3E5XA 2L54A 3O3KA 3F8MA 1XSVA 5J8CA 1OYYA 2E1NA 1MGTA 1ULYA 4K2EA 1Y0UA 3HOTA 3J80Z 1FNNA 1BBYA 2L4AA 2IT0A 2HQRA 4AWXB 1FYLA 4EJWA 1FPQA 3HRSA 3F8NA 3SXYA 2QQ9A 4Q48A 2PJPA 2MLGA 3FMSA 3WU0A 1HKQA 4IPAA 1QGPA 1OKRA 4UV9A 3KETA 5TJJA 1Z9CA 1O3QA 3E3VA 5DD8A 2NRAC 2E1CA 3F6VA 2DAOA 1B6AA 2Y75A 3KCCA 3F8BA 3LAPA 1HQCA 1KU2A 1TQPA 2UXNA 1BIAA 1S8NA 2IA0A 1E17A 2RC4A 1WSUA 4KDPA 1TQIA 1E2XA 4LK1F 4YG2F 1LB2A 2YX7A 2CYYA 3K1PA 1YYVA 3KP3A 2VC1A 2HDCA 3MFKA 5HS7A 3DEUA 3GO5A 4MTDA 5K5OA 3V7CA 2OZ6A 4RGUA 3FXRA 2YSRA 3I71A 1SFEA 5DV5A 2R7DA 2XKOA 5ILUA 4HQMA 2IW5A 3KLNA 3I59B 2ZFWA 5ED4A 1P92A 3TDUC 3IWFA 2P5KA 1KGSA 1T6SA 2GA2A 3VB2A 2XAQA 4ESJA 1I1SA 4YFKF 2FXAA 2RDPA 3KP4A 4Y17A 4IRHA 4MQVA 5FO5A 2ZKZA 3HRMA 2FEZA 5LLQA 1T39A 4I0AA 2HOEA 1IRFA 1FSEA 3TKYA 5HLIA 5ICFA 3CUQC 2K27A 5DCFA 1J75A 4I02A 4MEYF 2NYXA 4OOIA 1STZA 1R36A 1U6GA 1B1BA 4IVNA 4IRIA 1MJ9A 1PP7U 2CG4A 3V8JA 2ZNYA 3HFUA 3ERED 4PZJA 3K9TA 4Q47A 3F21A 2XUBA 2A6EF 1R22A 1GVJA 2PFBA 5HLHA 2XHKA 4HF1A 4EQQA 3GXOA 4UHTA 3ZMVA 2PG4A 2GXBA 5HLGA 3E6MA 2ZO4A 3GZ6A 4L5IA 4WXCA 3TGNA 1YG2A 4M71A 1SD4A 5AIQA 4ETSA 1ZLKA 3J80K 3RPUA 3EUHA 4BHBA 3WE3A 1WRJA 1UHWA 2HKXA 4Y13A 3GEZA 4MTEA 1ZH5A 2GZWA 1S7OA 1FBQA 5E20A 2AS5F 1HW2A 3HYIA 2QZ8A 4RGSA 3KFWX 4LFUA 3GFJA 4AD9A 4EJOA 1ZGAA 4EV0A 3VFZA 1T2KA 3KZZA 1R23A 2DK8A 3V7RA 3WODF 5TRDA 4R79A 1HSTA 3COAC 2WTEA 3HHGA 3MQ0A 4N9IA 2CGPA 3GFLA 2XAHA 1TTYA 4DQ2A 4EGZA 1ZGJA 3E5UA 4RAZA 2GQQA 3IRQA 4RB2C 1YW8A 3R4KA 1O7LA 2VC0A 5D8LB 2O6GE 2P6TA 1W4MA 3F72A 2HWVA 3IRRA 5K1YA 2DTRA 2LDUA 3WGHA 3I59A 2O8XA 4PCQA 4BHPA 1CF7B 1B4AA 1YO5C 1BI2A 2W84A 4YIIA 2E7WA 2KIUA 1IXCA 3DKWA 2XIGA 3AAFA 3PQKA 1B9MA 4LB6B 1TLHB 4RGXA 3GLXA 4OIQF 2IP2A 1HBXG 1BJAA 4G6DA 1JGSA 3HOSA 2XAGA 1KQ9A 1KYWA 4L0YB 1DDNA 4KN7X 3RIRA 3T8RA 4GYIA 5F1RA 3F6OA 1FY7A 3SFZA 3QU6A 3I0TA 2DPUA 3C7JA 1IN7A 3CLOA 5ILSA 4M74A 2JZYA 1S29A 4LD5A 4RGRA 4EMSA 4XSXF 3MAJA 4BYYA 4JVCA 4FT8A 1H9GA 5CVVA 1L3LA 2Z3YA 4I0BA 5D6FA 1REPC 2M30A 3Q9VA 2VODA 1MD0A 2Z9OA 5FLXZ 3QPTA 4I98B 5D5WB 1W7PB 3FXQA 2GXGA 1W7PD 4ON0A 1P6RA 3K1NA 5H6RA 3M8EA 2VT3A 3FZVA 3V4GA 3CTAA 2JSCA 1SMYF 2NNYA 3I64A 1KU9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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