3FXQA

Crystal structure of the lysr-type transcriptional regulator tsar
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
MLKLQTLQALICIEEVGSLRAAAQLLHLSQPALSAAIQQLEDELKAPLLVRTKRGVSLTSFGQAFMKHARLIVTESRRAQEEIGQLRGRWEGHITFAASPAIALAALPLALASFAREFPDVTVNVRDGMYPAVSPQLRDGTLDFALTAAHKHDIDTDLEAQPLYVSDVVIVGQRQHPMANATRLAELQECRWAFSSAPRGPGAIIRNAFARYGLPEPKLGLVCESFLALPGVVAHSDLLTTMPRTLYERNAFKDQLCSIPLQDALPNPTIYVLRRHDLPVTPAAAGLIRWIQHHAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription regulator
source organism Comamonas testosteroni
molecule keywords LysR type regulator of tsaMBCD
total genus 95
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fxqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA03
3TQNA 3LAJA 3FXQA 3OENA 4O3MA 3OSRA 4NF6A 4LZ5A 2NUVA 3V8JA 3T9UA 4OVJA 1MY1A 1NFTA 1B7UA 2BV6A 3BBRA 1TQPA 2GHBA 2HKOA 1HW1A 4HLXA 5H6RA 1OLCA 5HBCA 4U0WA 1EZPA 3BJAA 2DW4A 3LR1A 4KNYA 3WTWC 4YKKA 3H92A 2HS5A 1LDKB 5L3CA 1EZOA 5AIPA 4XRFA 1JGSA 4M9ZA 4CXFA 1IW7F 2O69A 4CO8A 3S2VA 2NNYA 4A0ZA 3T66A 5CC2A 2H98A 3J81K 5CMBA 1CB6A 2Z8EA 3W6JB 2H09A 2MA3A 4BXUA 4GL8A 2HQRA 2BEOA 1Z7ME 3EHUA 5ILVA 4OETA 4HZFA 3A3CA 3EQ1A 1KA8A 2UWMA 3C31A 1UHWA 4HDVA 3RTWB 3T96B 4PCQA 1MY3A 3JSPA 3FF5A 3T9HB 2OD5A 1R23A 3KLOA 3K0LA 1S7OA 1B6AA 2JPBA 3SDFA 2ELHA 1G3TA 5HDNA 3PPPA 4ETSA 5CMMA 2OJTA 1YW9A 4RGSA 3C32A 1YTYA 2V1DA 1FQBA 1RYXA 2B3BA 3CFZA 1NNFA 4B8XA 4MBPA 4RB2C 3SERA 2M30A 2A61A 2ZNUA 3MC2A 5DTBA 3HRSA 3IHUA 4ELOA 2IPQX 3RTFB 5H8FA 2R3SA 4G6DA 4EV0A 1K7AA 5D5XB 4BDLA 2AL4A 1B6HA 4NF4B 3K1NA 1B52A 4HCYA 4WEDA 1D8KA 2QENA 3LA2A 1JW5A 3VVDA 1FTLA 4EM0B 2WWYA 4PZJA 3WE2A 4ECFA 3M3LA 1Z9CA 1FQDA 2REGA 3CG3A 1YO5C 4O3CA 1G3YA 4JQFA 4D0PA 2I0BA 1MZBA 4Z7EA 2ANJA 3DM0A 5LOMA 3FMSA 2OWTA 2EWNA 4U0YA 3D4CA 4YKIA 3F6VA 2Z33A 5H8NB 4ZH4F 3TDJA 4U21A 3GW2A 4JK1X 1QZYA 4H8IA 2P6TA 4PFYA 2IA1A 2G29A 1B1BA 1B1XA 1TW2A 3TDUC 2H6BA 1R7JA 5LRSA 3T93B 1R1VA 4QSDA 1LBBA 3S4UA 2MD5A 1KU9A 4RGUA 1ZH5A 2VONA 3C4MA 2DXRA 1QGPA 3OV8A 4BDMA 1MRPA 2HFBA 4A5NA 4MLQA 2GRVA 4K3FA 1BJAA 1Z7NE 3DFGA 4BH9A 3UN6A 1US4A 1DMBA 1YQAA 2ALUA 3S9NC 4TQUQ 5B7DA 3EN3A 2XAGA 5CVUA 1WODA 2M1BA 3REOA 2V3UA 2WC2A 2BGCA 3VE1B 4MFIA 5A2QZ 1UIVA 3TPAA 2OQGA 1II5A 3TKDA 2CGPA 1ZTYA 3C36A 5EEHA 1ZG1A 1SW5A 4U4XA 4UACA 5AONA 4XIGQ 1ONVA 5CM6A 1DP7P 3DP4A 4LJZF 1I6BA 2QS4A 3U93A 2VHAA 4EGZA 1ZJLA 2FSWA 2FYIA 1MXUA 2UZKA 2F35A 4QFOA 3P7NA 4NQWA 5BPIA 1EU8A 1Y20A 1P1QA 1NMUA 2DWHA 2HZKA 3VODA 2L3DA 3LSXA 5LLQA 4RNSA 1LVAA 4R6HA 2WKYA 1YS6A 3FM5A 4I9DA 3FX3A 1ZRCA 3JYRA 2FMYA 2XASA 2WTEA 2H9BA 3GFLA 4OWDA 4Q8RA 3L7WA 1W7PD 3CUOA 2YU3A 1QUJA 4F2QA 4MTDA 3WG9A 5ITOA 1H9GA 1QPMA 2ZO4A 4I0BA 1RI7A 4NF4A 2IA2A 3TGNA 1MQDA 4NF8B 5H6QA 4EF1A 2YPNA 2ONSA 3C35A 1I5ZA 2VODA 2NAZA 1XMKA 1B0LA 1SAXA 3H6VA 4H6DA 2D21A 1KQ0A 1FTOA 4M9XA 2NRAC 4H1XA 5AA4B 4BQAA 1B5JA 2LF7A 1B3EA 1FLIA 2V1UA 2JTVA 1BIBA 5CMKA 5ITPA 5D8LB 2DE2A 4KPTA 5AIQA 2DBBA 1G3SA 4ENKA 3GBBA 3PUWE 3ECOA 4JBAA 4A0YA 1PC3A 4MGRA 1MM7A 2REJA 5CMCA 1PB8A 3CR9A 2P1SA 5IT9K 3I58A 4P9UA 2LDUA 2W24A 2QMWA 1ZBMA 4KIFA 2YR2A 2NOOA 3R26A 4U23A 4YB6A 5TPAA 4WXDA 2Q2EA 2HQ0A 2P5LC 3SESA 2OBPA 3KJ7A 2Q8KA 3OO9A 1B4ZA 5D5WB 2QZ8A 2GQQA 2XAFA 3BWGA 1ZGJA 4ZE9A 2QUFA 1DPPA 2RCBA 5EYFA 3I59B 4ESBA 3PPNA 3UK4A 1YW8A 3GUDA 4XLNF 1NNTA 3K6WA 4Q5SF 2QVOA 3BZ6A 4F31B 3N4MA 2ISZA 3RI4A 4HS7A 4RA1A 4EF2A 1F1ZA 4GGGA 1LAHE 4ASNA 1FP2A 4UUVA 4HF2A 1LB9A 2OLBA 3VVFA 1T0KA 2KIFA 3HRUA 4A6DA 3G3KA 3TZAA 4YB7A 3WE3A 1SI1A 1L0OC 3H6WA 1LAXA 5CVRA 3CUQB 4K2EA 3RTRA 4PDKA 1USSA 4PQJA 4WK8F 1QW0A 1NH8A 4NTLA 1FY7A 1D3YA 4GYIA 4OMZA 3G3GA 3P7IA 1H44A 1XDSA 1QVSA 2ADUA 2ZMEA 3LUYA 5I59B 3BPXA 1N7WA 3GO5A 5HS8A 4IO2A 2AXLA 4NF8A 5I57B 1ZREA 1B51A 2H25A 4G68A 4AB5A 2CMOA 1YPNA 2IJLA 3ECRA 5D4RA 4EJVA 3ZSFA 2I3WA 1EH3A 2VN2A 3EETA 3QOPA 4A12A 4L9NA 2ZXTA 1IITA 2XXYA 3KFWX 1QBJA 1B3FA 4JXIA 1XN7A 4L9JA 4IHSA 1B3LA 3ZQ7A 1Z91A 2FU4A 4YZZA 3OOPA 2FF4A 3OOAA 1KU7A 4ZEFA 4F39A 4MTEA 2CW0F 4HYEA 3E5XA 3R4KA 2Y7WA 2V79A 5DCFA 2KJBA 4LK1F 2O7UA 2XXRA 4R74A 1KYWA 3Q9VA 3GZ6A 3G3HA 1EH7A 2DK5A 2R6GE 4WXCA 1MJAA 4HOBA 4IGTA 1BIYA 5I56A 1DPRA 5LRRA 1PP8F 2XXHA 2O1LA 3C1DA 1Z1DA 2DK8A 1REPC 4I1DA 4R1HA 1F4KA 1I1GA 1FBUA 4PGHA 3GYHX 4KIGA 3H3UA 4N9HA 1ELJA 2HQNA 1D3KA 1NL5A 3ZMVA 2L54A 4QLCU 4GOTA 3OEMA 1IF1A 3T1BA 3VEPA 5DCMB 1MY4A 3TOAA 3QAXA 4KYEA 2M8EA 4RS8A 2Y7PA 3GZGA 2V3QA 1H45A 3TQLA 1R1UA 1JEVA 1C0WA 2QYOA 3RUMA 3R60A 3EQLF 4QFPA 3E5UA 4QF9A 3TODA 4HLYA 1SYIA 1QULA 3OELA 3O66A 2P6SA 5FLXZ 1MQIA 3DXJF 4HV5A 2VE8A 2I6EA 2RC8A 2VT3A 3WTUC 2RN7A 1MXVA 1JHFA 2ZYMA 5IKBA 2O1MA 3JZJA 4PGGA 2QS3A 3BP8A 1PBQA 3CUQA 5DYMA 2Q88A 1J1NA 2VT2A 2B65A 1ZGAA 1FW0A 3H3GA 1LJ9A 3HUGA 3VXBA 4ZZLA 3KGCA 3H3ZA 4IO5A 3F8CA 2DE4A 2V1XA 1MXZA 4FATA 1URDA 5HPQA 4EQ7A 5E1XA 4GCVA 2H5YA 5BOXA 2VOPA 3EHSA 5HLHA 4ESWA 2CG4A 2XRNA 2M8CA 1R58A 2YJPA 3KP7A 2F7CA 2F5XA 5AA1A 3R61A 2Y7KA 1R36A 1Q1KA 3QXMA 3K69A 1DUXC 2MH2A 4FE8A 4L9TA 4ENJA 3VFJA 2UVIA 5D6FA 1P92A 2Y7RA 2EFPA 3RY3A 2F97A 3CVGA 2CZLA 4R6YA 2PLYA 1IN8A 1R00A 3WAEA 4KUMA 5LGTA 1JNFA 4XLPF 2IRFG 3IR1A 4R2BA 3MVWA 5K5QA 2DWIA 3RPWA 1LBCA 2A3SA 3TMGA 1NHAA 4NB5A 5E1ZB 1B46A 4WXJA 5I2KA 4H5FA 5I84A 4F1UA 1TNSA 3GFJA 3LC8A 4ZZEA 5DUKA 3CFLA 1T98A 2R9JA 4G6QA 2P2AA 1NH7A 3KOTA 1FX7A 1N0TA 2Y0MA 3LQRA 1R5HA 4NMYA 4MLVA 3SEVA 3BROA 2KJCA 2PN6A 2R71A 5J8FA 5H20A 4H0WA 4PETA 2W85A 2GZWA 2XXTA 2O8XA 1XB4A 2RGVA 4IB2A 2I58A 1MQHA 4KQPA 3O97A 3TTKA 4EJTA 2ESHA 1PB9A 3O6GA 4GXOA 5ICGA 1BIAA 4EJWA 3TQWA 4U1ZA 3T9VA 4XSZF 2OZUA 1LEBA 4Q5TA 3LSFB 5IT3A 3O2AA 1PDNC 4DLDA 4H8JA 3CSBA 1STZA 4I01A 4DQ2A 3QYTA 5JFRA 1MY0A 4G8MA 1D9VA 2O6GE 4U0VA 2P7VB 3PQKA 3RN8A 4C1UA 1MQJA 1ZYRF 3ZMTA 3IKTA 1FQCA 4XSXF 1HXDA 1LDDA 3E6DA 1U5TC 3HN0A 4L0YB 4A0XA 1Z05A 4UNOA 1TW3A 3QSLA 2D1VA 2RKHA 1LSTA 1FSEA 5H8FB 1FQAA 5L3BA 1HW2A 1NKXA 1EZ9A 3HIFA 4OIQF 2DYXA 2DWAA 5L9SA 2DTRA 1BTJA 5JI6A 1R9QA 2I48A 2K4JA 3MZBA 1YFHA 1DPEA 5B70A 5JVTA 3PPOA 4EQBA 3ZMDA 2P0SA 4JDFA 3PV0E 3PD9A 1M5BA 1XOCA 5DYHA 2DQLA 5FHNA 3IB0A 3K1MA 4BDQA 4ESFA 2F7AA 1O57A 3IAZA 1PDAA 2Z99A 3MEXA 3M3KA 5FHOA 3PFIA 3J81Z 3P9CA 1P99A 2I0CA 2ZNZA 5ICCA 1R1NA 3CG1A 3O6IA 3JTHA 3VLWA 3VDFA 2YX7A 2A5SA 4AWXB 3GF2A 1A04A 3GVAA 5KCJA 3L9FA 1YCJA 2B3FA 2E1NA 3P9KA 4G4PA 1ON2A 5M2VA 5E18F 3O2PE 4FAJA 4KR5A 1ZLQA 2STTA 1P1OA 4YICA 3IL1B 4H65A 1YYVA 3K2ZA 4ZZAA 3FXRA 5HLGA 2I3VA 2RC4A 3IK6B 1U78A 1XGMA 1DPUA 4ZEDA 3I54A 3W9VA 2DVCA 1WRJA 3GX4X 4UXNA 3V7CA 1KU2A 1FYLA 1E17A 4BDRA 2FEZA 2O61A 3U1OA 2XKOA 1I6AA 3MWBA 2FNPA 1S50A 1YTVA 4G7HF 3ML6A 3ROUA 2NWJA 1OYIA 5FFXA 2OU2A 4N6PA 3PMWA 2HOEA 1BI2A 3QP5A 3K1PA 3WGGA 4RPOA 3KZZA 5L3DA 2XKPA 1G3WA 1N3WA 3H03A 2D45A 4E0WA 3COAC 3HRTA 1IXIA 4IJAA 4KIBA 1U8RA 5HOOA 3FD3A 1FQEA 4I2OA 1BBYA 1IRFA 2O03A 4EDPA 2ABHA 4NHJA 2UXXA 2DP8A 5L3EA 3HV1A 1MJBA 4HF0A 4IHTA 4R8HA 4HDUA 3F11A 2PVUA 4JSDA 3D0SA 5CRYA 4KN4X 1LFIA 3MZ9A 4UV9A 1MDMA 1Y3PA 4KICA 3H06B 1YG2A 3WTYC 5E1WA 3F21A 2XXVA 2EB7A 5ELVA 4LP2B 1POTA 3I4PA 2RINA 2OZ6A 4MEXF 5FHMA 3FJGA 5CBRA 4KYWA 3M1EA 2UXAA 4R73A 2DT5A 4HX7A 4LZ7A 1GTKA 2P5KA 4KFQA 2XAJA 3LFKA 1H3DA 5K2XA 2O6AA 3FASA 1YW7A 3EUHA 4KD5A 4XKRA 3V89B 4ZEKA 1P2FA 1O3RA 2OK2A 3V5AA 3FVKA 1JVXA 3DKWA 2V3TA 1D5VA 3I53A 3V83A 4ESXA 2FE3A 2A07F 3EYIA 3KJTA 1WWXA 4RAYA 3PGFA 2HYFA 4KFCA 1LEAA 2J5OA 1Q35A 4MEYF 1ZG5A 2HZLA 1FBQA 4X1BA 2OWSA 2FQ3A 5TPAB 5F64A 4Q48A 3IO6A 5CVIA 1M5EA 4HW8A 4QRZA 2VBYA 3ELKA 3DPLC 2BJJX 3IWFA 1BM9A 1P1NA 1OPCA 1WKMA 2FNCA 2YPRA 5LHIA 2DS9A 2E1SA 3SXYA 3Q27A 1WQ2A 4OHNA 4F18A 1HKQA 3W6KB 1VSOA 2L01A 4HX4A 2DAOA 2X7QA 3SQNA 2LKPA 3PMVA 2PI0A 3ZMSA 3V7SA 3AAFA 5CVJA 3ILUB 3DF8A 1ZG3A 1WVJA 4FEBA 1Y1ZA 1MG1A 3TO9A 2H27A 2ONKE 3N5LA 5E20A 4BHBA 5BPDA 5D4SA 1BOAA 4KT5C 4H0EA 1ZHFA 3DEUA 4OU0A 1ATGA 5AA2B 2ZXJA 4ENNA 3N97A 4R9GA 4WX9A 2Z22A 4I09A 1P1UA 2IP2A 3OO8A 2Q9TA 3THIA 4CZZA 2UYFA 4DXUA 4LQ2A 3KFMA 4IO4A 1R9LA 1TQMA 4YG2F 1Z6RA 1J0RA 3JTGA 4LVQA 1QUKA 3ZN1A 2RKMA 4I0AA 1FTJA 2ZMEB 1ULYA 4F1YA 1R6ZA 3LA3A 3H6TA 3HPIA 4GVOA 3LSWA 2A5TB 3FATA 1XSXA 1S8NA 3BKIB 2CWEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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