3FZVA

Crystal structure of pa01 protein, putative lysr family transcriptional regulator from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
297
structure length
285
Chain Sequence
YTLRQLKYFVTTVECGSVAEASRKLYIAQSISTAVKGLEESFVQLFLTPAGARFYRKAQELLRMAHEFEQNLADNDVIAGQIDIGCFETVAPLYLPGLIAGFRQAYPGVEIRIRDGEQQELVQGLTSGRFDLAFLYEHDLDSTIETEPLMPPQRPHALLPEGHRFAGQAQVSLRDLCLEPMILLDVQPSRTYFVSLFEELGLTPNIAFSSPSIEMVRGMVGQGFGFSLLVTRPHSECTYDGKKVVMVDLAEPVSTSGLAAAWLKRAQLTKPARLFVDYCREQLGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule tags Transcription regulator
source organism Pseudomonas aeruginosa pa01
molecule keywords Probable transcriptional regulator
total genus 68
structure length 285
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fzvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA03
3FX3A 3FZVA 1MY0A 3G7WA 3GEZA 1Z7UA 2I4CA 4LG0A 5K2XA 4I0BA 3ECOA 5CLSA 3MJNA 1Y9UA 2V25A 1OVBA 1FTMA 3I4PA 3U72A 1EH3A 2DWIA 2VD3A 5DYHA 4ASNA 4IHSA 3FMQA 4RAYA 1US4A 3TQWA 3HTUA 3ZMSA 4DCXA 4BDMA 3ROUA 1LCFA 2O8XA 2V6CA 2V3QA 5DCMA 3MW0A 1IF1A 2VOZA 2XX8A 5ILSA 2HGCA 1FQCA 4Y15A 2IP2A 3MFKA 2P5VA 4F18A 2PMUA 5JTYB 3CR9A 1TXFA 2A5TA 1MJAA 3H6UA 3GZ5A 3LQRA 1I5ZA 3L7WA 2NVUB 1B5IA 3BDDA 1JETA 3PV0E 1EH6A 2OQRA 3FF5A 5K2YA 4YICA 3B6TA 4O3AA 2DI3A 3R6SA 1A8FA 3LAJA 4XKNA 4HYEA 2DSFA 1DDNA 1ZLKA 1ZLJA 2YX4A 3F21A 1EU8A 3EETA 2C6YA 2D1HA 3PUWE 1URSA 1YFHA 5CVJA 1S7AA 4JSDA 2M30A 4A5NA 3VXCA 3T8RA 4ENNA 1USYH 2HYFA 3TTKA 2IA2A 4PP0A 4LLNA 2H6BA 4IVNA 1JGSA 3RT6B 3CIJA 2ZYNA 3IHUA 1ZARA 2EJRA 4QWQA 3RPUA 4F7ZA 4G4PA 1ONVA 4KMUX 2H94A 1YLFA 2OJTA 2PI0A 1ZGJA 4NF8B 3WU0A 5L9SA 1MKMA 3UIFA 5FLXK 1MQJA 2ZMBA 2RDPA 3VDFA 2K86A 1USYE 4MTEA 1JXSA 1ZLQA 3O2AA 3QUFA 3MZBA 5CI5A 4FX0A 2DQVA 1M5EA 3H3UA 1SD4A 2FA5A 2ESHA 4IY5A 1IIWA 2QVOA 5JTYA 1A40A 5DCFA 2BYVE 4QLCU 4LB5A 3CFZA 1XHYA 2FOKA 4N9IA 1BN5A 1Y4CA 3W15C 3MEXA 1PDNC 1WRJA 2L02A 1DTGA 1PUEE 1SFEA 4H1XA 1BJAA 3RY3A 1S8NA 2P5LC 4U7BA 3ISPA 2DWJA 2F6GA 5DUKA 1Z6RA 5BOXA 1JEVA 1LFHA 3E3KA 1B7UA 4GYGA 1UIVA 4FIMA 1NH8A 2HQNA 3Q27A 2K4BA 4YB6A 3H4ZA 3C18A 1MD0A 4JXIA 4WEDA 3CTAA 1JW4A 2YSRA 3V5AA 4IJAA 2XXVA 3HOTA 3TCHA 1ZG3A 3FM3A 1GR2A 4NF8A 3HV1A 4YG2F 4JDFA 4EQ9A 3M3LA 4DIGA 1KU7A 5FLXZ 4BYYA 1OMPA 1LBCA 2CSOA 4Z0IA 2XRNA 4BNCA 2F97A 4C1UA 2E0SA 1FCKA 3RTFB 3NEUA 2UYEA 3QIMA 1H9GA 3EDPA 4OINF 4XBFA 1DUXC 2FMLA 2H5YA 4I9DA 3J80K 3GW2A 1K78B 1WODA 5DUIA 1E2XA 1POY1 1IRFA 2QS3A 2AL5A 1J0RA 4ZEFA 4OEUA 3BBRA 3MUQA 2ISZA 2XXPA 2XX9A 1D4NA 3QAHA 4L9VA 2H4IA 2V3TA 3JTGA 3H6TA 3RPQA 3GLXA 1ZJLA 3T1BA 1YCJA 2PEXA 5DDGA 2XXTA 1MGTA 3F8CA 2P7CB 4UNOA 4KT5C 2HEUA 4YFNF 4U0VA 3DEUA 4QF9A 5J8FA 1PP8F 3EHTA 5F6FA 4ZEDA 3HN0A 2IJLA 3E6MA 1FBSA 4BHCA 4F2QA 3V83A 1XC1A 4H65A 3HRMA 4OIPF 4ZS9A 4A0YA 1BLFA 1Q35A 4YKIA 2KJBA 5F1QA 4X1DA 1OMIA 1FSHA 1Y20A 1D5VA 1RKMA 1WDNA 2VGQA 4E70A 5L8DA 3KZGA 1USSA 4A2UA 2THIA 2ETHA 1N7XA 3ZMZA 4Q48A 2XD2A 5H8QB 2L3DA 3IKVA 4G68B 2Z99A 3N6UA 2XV4S 2P8TA 1GGGA 2EA2A 3DP8A 5FHNA 3CDHA 1NHAA 1BBYA 3P9CA 3FUZA 4LK0F 3FVGA 1VE4A 4IB2A 4ZZAA 3F23A 1ULYA 1M5BA 2GWRA 4X9TA 1OYIA 1K78A 1MDQA 4L9JA 1DPEA 3J80Z 1F5TA 4HTGA 1B5JA 1Z7ME 2K7LA 4AD9A 1U2WA 4R9FA 2RNJA 3N26A 4ELQA 1LEBA 1ZRDA 5E1XA 2HFBA 3FV1A 3WODF 1DSNA 4WK8F 5E1ZB 2RKMA 5BWJA 2RV8A 3BWGA 4G2ZA 2NUVA 2ANJA 3WE3A 4HF1A 4EM0B 4PDKA 5E1WA 3J81K 2M1BA 3IX1A 3VLWA 3DM0A 1YYVA 4BDLA 3P9KA 3IOWA 3Q5FA 4U88A 3QPTA 3H92A 2CWEA 3R0JA 3NQOA 5HS7A 1O7LA 4MBPA 5I56B 3OEKA 2QMWA 5H8QA 3K9TA 4P96A 4Q0CA 4G68A 1TW2A 1XMAA 2VN2A 2ZBKA 4H6DA 1FTOA 3H3GA 4BHBA 1R5HA 4OMBA 1W7PD 1WKMA 1XOCA 3OO8A 4LK1F 4DLDA 3VV5A 4FATA 1T38A 4HX7A 1LB2A 3TKYA 3FVOA 4DXCA 3CFXA 4RGRA 2YU3A 2FE3A 2DPUA 2WKYA 3ZKKA 3U94A 5EEHA 5L3FA 1FYKA 2P2AA 3RPWA 1MQDA 5B7DA 1IXSB 3AAFA 2XAFA 5ICEA 3B73A 4UV9A 1A7LA 1D8KA 3W9VA 1LSTA 1ON2A 4JWOA 2DE3A 3G3GA 1B2HA 4S05A 3FJMA 3WTVC 1PBQA 4OETA 3GFMA 3D0SA 3L6HA 2YX7A 3MAMA 4WKMA 3T96B 3MP8A 5H8NB 4L18B 2F5FA 3KJ7A 3TAJA 5TRDA 4U4XA 4DDDA 1QUKA 4RAZA 1S9TA 4KYEA 2O0YA 2ONSA 1B52A 2Y7KA 1GVCA 2HYGD 1T6SA 3K1MA 3F8FA 1W5SA 1M5FA 2FSWA 4M72A 1ZN2A 3N4MA 4XLNF 5I56A 5JR3A 5D5VB 1B1HA 1BI2A 3GXOA 2PT2A 1RUNA 3VVDA 5LLQA 1S50A 1MS7A 4OWDA 4DXUA 3U92A 4OHNA 1LGBC 1MXWA 5AA2B 3MZHA 1B3FA 4ZYEA 3K1PA 4RPOA 4GL8A 3V8LA 1Y3QA 3S4UA 1K79A 2AIXA 1DMBA 4Q47A 1MXXA 3IR1A 4EF2A 4G8MA 2BE5F 4ONYA 4HCWA 1Q1HA 2OZ6A 3Q9VA 4QSCA 5L9MA 3HSTA 4U0YA 2REJA 1Y0UA 2FNPA 3IORA 4RK2A 3COAC 3C34A 2PN6A 2UVJA 1MM7A 2IA4A 4IO4A 4ZZLA 4EUOA 1MRPA 1AMFA 3F8NA 3PMVA 5H8NA 1TFAA 3QU3A 5CJ9A 4KR5A 2B3BA 4TOZA 4R2FA 3A09A 4RXLA 4TLMB 3CUQB 2B3FA 3O3KA 2BJJX 2V93A 3R4KA 1Z91A 1GXPA 3TUSA 2RCBA 4BLAA 3TZAA 3C36A 4ZECA 2QMXA 1TT1A 1G6NA 3A3UA 4OQOA 4IO3A 2XXRA 1DTZA 5CC2A 3WG9A 1P1NA 4THIA 5AA2A 1V3FA 1NH7A 1RZ4A 5FFXA 1TNSA 2OWSA 4A6DA 4KCCA 3QAXA 2DFIA 5FTHA 1K7AA 4F39A 3CFLA 3WAFA 3SXYA 2PBWA 2IW5A 4UUVA 1SW4A 3WGIA 2IA1A 4CZZA 1QULA 3TFLA 3WTYC 2GA1A 5CBSA 3F22A 1XGOA 4RA1A 3KGCA 1YW8A 4F3SA 2ZMEB 3E5XA 4G6DA 2VBZA 2AS5F 1SMYF 1R1VA 2MD5A 2DVCA 3FWEA 1QQIA 1JVYA 4D0PA 1IAWA 1SYIA 2JSCA 5HOOA 1B9MA 2HQ0A 3LUYA 3GFJA 2PYYA 4GWOA 3V4GA 4G94A 4U2RA 3L6GA 2A3SA 2ZNSA 4EQQA 4RJZA 4N6PA 4CYDA 2J5OA 4Q5SF 3KEOA 4CO8A 1D9VA 4ON0A 5D5WB 4P0IA 2AL4A 2XAQA 4GQOA 3CSGA 1B4ZA 3BJOA 1BTJA 1ZIUA 3BFUA 3OO9A 3CUQA 4OERA 1FNNA 3LA7A 5KVRA 3R61A 1SQYA 3RI4A 3UA8A 5HBCA 1FP1D 1REPC 1O7FA 4YIFA 3RYPA 2FYIA 3B6QA 3CJNA 2IPQX 3IWFA 5BMZA 1TBXA 1T0KA 1KU2A 4HQEA 4YB5A 1AL3A 2VC1A 3ERED 3CVGA 2KIMA 1MQIA 1RYOA 4Q4ZF 3H06B 4R1HA 4I02A 1BC8C 3KP7A 3EF7A 3KZYA 2ZMEA 4XSXF 1R1UA 2XXQA 4U4SA 2OLBA 1PEBA 1FTKA 3TELA 1TLHB 2RQPA 4BH9A 2OU2A 3MZYA 2LF8A 3I59B 1Z7NE 3JZJA 2H27A 2R6GE 1WQ2A 5I57B 2DWAA 3K02A 4GD5A 2Z3YA 3TTNA 4RS8A 4JBAA 2ELHA 4TLLB 4FX4A 3KN7A 4JWYA 2DBBA 2DYXA 5HDNA 2YPNA 2KIFA 4Y13A 1R6ZA 1TNTA 1BM9A 1RIOH 4U1OA 1KU9A 3GYHX 3O28A 2OBPA 3OV8A 1B05A 3TOBA 4MEXF 4WXHA 2E7XA 2H99A 3H6WA 4GF8A 2CQKA 3ELKA 4R8HA 1U3EM 4CGZA 2UVHA 1DOTA 1RI7A 3RKYA 3HRSA 2O6GE 4JB7A 4GFRA 3R0AA 1YTVA 2VC0A 1B3EA 2QYOA 1UB9A 4HV5A 2F8DA 2O69A 4KICA 3IK6B 4OFJA 2FXAA 4UHTA 5JHUA 1V4RA 2IRFG 3LSWA 1O7TA 3H03A 2YLNA 3G3HA 1R1TA 1XSXA 2MLGA 2NNYA 5I58B 5H6QA 4IRIA 1A54A 3K2DA 5CMCA 2V79A 1BIYA 1WWXA 4O3CA 1YG2A 3CRBA 1L3LA 2F36A 3IRQA 2IEEA 3T9VA 4YFKF 4AWXB 2TDXA 2Q9TA 4EF1A 5I57A 1EZPA 5DD8A 3KOSA 2UXNA 1RYXA 1Z05A 2ZYKA 3I3VA 4M9XA 1LAXA 3PPRA 1URDA 4R73A 3S9EA 4KA4A 2R71A 5FO5A 3VFJA 3Q9SA 2OD5A 1KU3A 2VODA 1IXHA 1LAHE 3RTWB 3JSOA 4YB7A 1IN6A 3HHFA 1P92A 1B0HA 3IO6A 1DPUA 3OSQA 4KNYA 2Z8DA 1MXZA 1W4MA 1QJMA 3TPAA 4EQ7A 3FASA 2XXWA 3ZMDA 3KBRA 4BQAA 4ZYHA 3FHZA 3FGSA 1GHCA 3F3XA 4EV0A 2F5XA 3RT8A 4NHJA 2Z33A 1FYLA 3FJ7A 4Q30B 2GXGA 1IN4A 1TQMA 4RK9A 4BDQA 5AA1A 3QYTA 1FLIA 3TEPA 2I48A 1KGSA 2JT1A 3PGFA 1HXDA 3FIRA 4HF2A 5I58A 1OVTA 1PBPA 4A6EA 1JHHA 4AIHA 1U78A 3ZPLA 2UZKA 2XIGA 2XX7A 2XUBA 1KYZA 3ABUA 1OPCA 1P4WA 2ZXJA 5DYMA 2VHAA 2I6EA 2GIVA 4F29A 3FVKA 3RGYA 1BIAA 3F6OA 2CGPA 3IOUA 1KWHA 1NNKA 1ZG5A 3IL2A 3MBPA 2GQQA 1JVXA 3RUMA 4CXFA 4DQ2A 2R9JA 3DPLC 2BBYA 1RNLA 3VOEA 3C1DA 2LKPA 1T39A 4O3BA 5DEXB 4N13A 5CVUA 3T9UA 1OYWA 1DPRA 1EH8A 3BZ6A 5HLGA 3BJAA 4HCYA 4JWXA 2DP8A 4ZEBA 4E0XA 3TGNA 1P1UA 4YU0A 3FXRA 3FMSA 1N76A 4ZE8A 2D45A 1J9IA 3ZSFA 1IXGA 4R2BA 1BI3A 2PBIA 3C7JA 1O3QA 4AVPA 4U22A 1NNTA 3T8TA 1SD7A 1HW2A 5FB2A 5BUUA 1JE8A 1ZMGA 3WTSC 3ZMVA 1B58A 3IAZA 3F8MA 2KIUA 3U1OA 2O1MA 4G7OF 2XD3A 4LD5A 1BKAA 4QFKA 1UIUA 1HKTA 5HDGA 1JQFA 3DP4A 1N3XA 1FWZA 4QRZA 2HZKA 2KLFA 2CG4A 4UVBA 2XXXA 3ZS6A 5FD5A 4P5OA 2JRTA 1I6BA 1FQBA 1LEAA 2IT0A 4OXVA 3I0TA 2X7QA 2O03A 3L9FA 4I0AA 3KN8A 5L3GA 4MQ9F 3DP6A 3I58A 3WGGA 4G6QA 2P7VB 3OMBA 3CO7C 1O3SA 3WTZA 3G73A 2QBYB 5FGMA 2QSXA 3SDFA 2DE2A 1SFXA 2DXYA 4RYAA 4M9ZA 4OVJA 1LBBA 1UFMA 3MVYA 4OIRF 3DP7A 3ONMA 3LSFB 4EXLA 5CM6A 2Y75A 4DCYA 4O3MA 2Q88A 3HIFA 3HYIA 4Q5TA 1SDXA 2GHBA 1TW3A 4RB1A 2RGVA 3T93B 4GCVA 4LB6B 2E7WA 5ED4A 1B3HA 2QS1A 3B7DA 3CUQC 1FTLA 3RQTA 1HW1A 5D5UB 1JW5A 4HLYA 4WXDA 2ZCWA 2XGXA 2EA4A 1Y3PA 4CICA 1QGPA 1B6HA 1MXVA 1Y3NA 3JYRA 5E8GA 3I6VA 4HZFA 2GZWA 2L4AA 1ZYRF 3LSLA 3UN6A 4YAHX 5TJJA 3T9XB 1U8RA 4MLVA 4ZH4F 1IQ7A 1GV8A 4C0RA 3S9LC 1XDSA 5CMKA 3IL1B 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