3ISPA

Crystal structure of argp from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
292
structure length
290
Chain Sequence
QLDGPQLAALAAVVELGSFDAAAERLHVTPSAVSQRIKSLEQQVGQVLVVREKPCRATTAGIPLLRLAAQTALLESEALAEMGASLKRTRITIAVNADSMATWFSAVFDGLGDVLLDVRIEDQDHSARLLREGVAMGAVTTERNPVPGCRVHPLGEMRYLPVASRPFVQRHLSDGFTAAAAAKAPSLAWNRDDGLQDMLVRKAFRRAITRPTHFVPTTEGFTAAARAGLGWGMFPEKLAASPLADGSFVRVCDIHLDVPLYWQCWKLDSPIIARITDTVRAAASGLYRGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of ArgP from Mycobacterium tuberculosis Confirms Two Distinct Conformations of Full-length LysR Transcriptional Regulators and Reveals Its Function in DNA Binding and Transcriptional Regulation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator Rv1985c/MT2039
total genus 74
structure length 290
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3ispA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3ispA02
3N97A 4EGYA 2HEOA 2HGCA 5L3BA 1YFHA 1G3TA 1ULYA 3I5UA 3K1MA 4IF4A 3GX4X 1I5ZA 2FE3A 2EV0A 1O3QA 4AVPA 5D8KB 2W57A 4EM2A 2XAHA 4I0BA 5D5UB 1J9IA 4G7OF 2JPCA 1IXCA 1USTA 3RYRA 3K1NA 5D5VB 2UWMA 2ZJ2A 1KYZA 4LB6B 4HQEA 2UZKA 1R1UA 4LD5A 2VE8A 4HDUA 4IXAA 4HQMA 5TJJA 4EGZA 2K27A 2A69F 3T1BA 4IJAA 2ZNYA 1OR7A 1JGSA 1REPC 5CLSA 4YFKF 1ZG1A 3E5QA 3QRFF 2VBWA 1ZLKA 4N0BA 1Y0UA 1V4RA 4FT8A 1QGPA 4L0YB 4EJTA 2PEXA 1T2KA 4CZZA 1SAXA 2HTJA 2ZO4A 2CO5A 2GWRA 2BE5F 4HF0A 4KA4A 4I01A 2KKOA 4OIPF 1LNWA 5DCMA 2HQRA 4LLGF 4P9FA 1JHFA 4UXNA 5FGMA 1STZA 2ETHA 3SXYA 3P9IA 1S8NA 1P4AA 4I7HA 3K69A 4KT5C 3P9KA 2K7LA 2STTA 3FHZA 3KP6A 4UV8A 1FY7A 1LDJA 4HF1A 5F64A 4UNOA 1LB2A 4RB0A 2LF8A 2P8TA 4YFNF 3BP8A 3R61A 1USSA 3F72A 4IHTA 4CGZA 3HFUA 2CW0F 2DPDA 4B8XA 1OMIA 4PDKA 3TDZC 2DT5A 5KVRA 2VT3A 1IAWA 3ECHA 4AD9A 3CTAA 2YU3A 3L2CA 2ELHA 3IC7A 1FYKA 1R58A 2M8EA 4YIFA 2P5VA 4TV7A 1VTNC 4WXDA 4Y15A 2QUFA 3ZMZA 4M72A 2E7WA 3KP3A 1YW8A 1Z05A 3EETA 3C1DA 1EH8A 1YYVA 3IWZA 2Y0MA 3VB2A 2VBZA 2QLZA 1QZYA 2PBIA 2DK5A 1FP1D 1LQ1A 1K7AA 2LSOA 4HBLA 2H09A 1IN8A 1Q1HA 2VOOA 3L9FA 3ULQB 4WK8F 3E6CC 4RB2C 1P92A 5BQTA 3ECOA 3WGHA 4BH9A 1WWXA 3QP5A 1LEAA 4KFCA 2F5FA 1RUOA 3KFWX 5JI6A 4EV0A 3GYHX 2CGPA 1AWCA 1U6GA 1B59A 5L3FA 1FWZA 5E8IA 1BM9A 5E17F 2L4AA 2IT0A 4HA8A 2RC4A 2PQ8A 2A68F 1Z6RA 2VT2A 2CYYA 3HOSA 5FLXZ 4M9ZA 2EA4A 4PGHA 2WWYA 3BPVA 5LGTA 2DQRA 3BJ6A 1GXPA 2EFPA 3C3WA 1G3WA 2PMHA 5JFRA 4L9NA 4O3MA 2IPQX 3QU6A 5E1WA 1IXSB 2XGXA 2O6GE 4RGXA 1KQ0A 2O61A 4HLXA 4ON0A 2Z3YA 3NEUA 4JK1X 2DBBA 1XMAA 3QOPA 3O2PE 3SQNA 2Z5UA 4WCGA 4F7ZA 4A6DA 3HYIA 1EV7A 3JW4A 5HLGA 3T5XA 2CFXA 2QWWA 4XBFA 3T8TA 4PGGA 3WU1B 2V1XA 3M8FA 4YIIA 2L4MA 5FFZA 3VEPA 4P55A 1FYMA 4GCVA 2HXRA 1HW1A 2E7XA 3GFMA 4JVDA 4EMSA 2EB7A 2BGCA 1BJAA 4Q48A 3V8KA 1S6LA 3GWZA 3ABTA 1R36A 3H92A 3OV8A 4FX0A 3LA2A 2IA1A 1LVAA 3RJPA 2FNAA 4JQFA 1J0RA 1MGTA 4EQQA 4A0ZA 1QBJA 2HYGD 4PZJA 3B73A 5HS9A 4BXUA 2DU9A 2EV6A 3E5UA 1TLHB 4Q4ZF 5A2QK 2EWNA 1ZREA 4HF2A 1ONVA 4KIBA 4A5MA 4L9TA 4P96A 3MZHA 4GO1A 4XSXF 3VOEA 2LF7A 2ISZA 3M9AA 2F5DA 3KZZA 2HTSA 4ZZDA 1KU2A 5HLHA 4LLNA 2Z33A 1YTYA 3F8BA 2B0LA 4L9JA 2QYOA 3DEUA 2V9VA 4EJVA 3Q9VA 3LA3A 4RB1A 3H3UA 1BIAA 1ZG5A 3CDHA 2ADUA 4ZZLA 2ISYA 3F8NA 5F1RA 1S7AA 3RPQA 2GA1A 3QPHA 1WQ2A 3TDUC 2FSWA 4CICA 4EVIA 5CJ9A 1UHWA 3RTRA 3V4GA 5HDGA 5ICEA 3J81Z 4Q47A 5DV5A 5AIPA 1SD7A 3KEOA 3MWMA 3R4KA 5EEGA 4JVIA 5BMZA 2XAGA 1UHMA 3QU3A 2GIVA 1U3EM 3GVAA 1YG2A 1MJAA 2FU4A 2QQAA 3ZMDA 4U7BA 2KJBA 4JBAA 3WGGA 4WXCA 5KK1A 4MEXF 1Z7UA 1SFXA 1JHHA 3V7SA 3B02A 1KQ8A 2Z99A 2D2WA 4KIFA 3BJOA 2ZFWA 3ABUA 2MBFA 4ZYDA 1K78B 1P6RA 3ROUA 3FMQA 5D6FA 2VBXA 1P2FA 1J7KA 5L3CA 1YLFA 1H9TA 3CO6C 1IF1A 2EK5A 5E18F 2MLGA 3IWFA 3M8EA 1MD0A 2XHKA 5K5RA 3AAFA 5ERIA 2M87A 5HLIA 3LQRA 4YFXF 1KU3A 1FSHA 3NRVA 4RB3C 3CJNA 5D5WB 1TTYA 2XVCA 2L02A 2QBYB 2R3SA 3KP2A 2QENA 3RDIA 3R0AA 3V8LA 3R6SA 4FHTA 1HQCA 4ZYGA 1FSEA 4XLPF 1FP2A 3FMSA 2ZNZA 2FQ3A 3ML6A 1F5TA 1W5TA 2GQQA 2PI0A 3F21A 3E6BA 1JXSA 2CSOA 1RUNA 1I1SA 5LHIA 1RNLA 1XDSA 1G3YA 1R1VA 2L54A 1KU7A 2IRFG 5TRDA 2NNNA 4L9VA 1EH6A 1IZ1A 4A0YA 3EYYA 4CDGA 1LDKB 2HDCA 1FNNA 3C7JA 1U5TB 1F1ZA 5IT9K 2FMYA 2XKPA 1U8RA 5JR3A 4YG2F 3ZN1A 1T39A 5AONA 2OD5A 2XAQA 1MKMA 5ILVA 2AS5F 1YS6A 2LNBA 3ZMUA 1YS7A 1D5VA 5E20A 3WTUC 3MZYA 3FM3A 3COAC 1K78A 4UUVA 3EDPA 1PUEE 5FO5A 3ZP5A 2GXGA 3Q5FA 2EV5A 4CYDA 1H9GA 4EM0B 3J80Z 1Z6TA 1HSTA 2P4WA 3ISPA 4IRGA 2X0LA 4D0PA 1L3LA 3BY6A 1GXQA 4M73A 4M9XA 2QBYA 2Q8KA 2VODA 3P9CA 4LK0F 2DTRA 2J5OA 4FX4A 2RQPA 4MQVA 2VE9A 2H6CA 2TDXA 3I58A 5HS8A 2PG4A 3O3KA 3RKXA 2RV8A 3NQOA 2KIUA 1HXDA 1FT9A 4LLLA 2DPUA 1YIOA 1OYWA 1Z1DA 1ZAOA 4KICA 3EYIA 1U78A 4ZYEA 2OA4A 1V3FA 3G3ZA 4ENJA 4OOIA 3EUHA 1ZGJA 4BQAA 1RZ4A 4LG0B 3V7RA 2K02A 5L3DA 5L3GA 4G7HF 5J8CA 2EJRA 2P5KA 3HRMA 1XGNA 1IN4A 2K4JA 2Q0OA 4R8HA 2HQNA 1U5TA 1U2WA 1SFUA 3HRUA 4Q5SF 3IKTA 4ZH4F 3I64A 4KNYA 2KJCA 1MJBA 3F6VA 4BNCA 1QZZA 3LAJA 4HX8A 1P4WA 5CVIA 1G4DA 1I27A 1ON1A 2KRFA 1SMTA 4MTDA 2UXXA 5J8FA 2V79A 4BHCA 1I1GA 5ILSA 3GXOA 4RGUA 3K1PA 4S05A 3F23A 1OKRA 1YO5C 4I98B 3TOBA 3KZYA 1TW2A 4XSZF 1XB4A 1U5TC 3ZMTA 3E5XA 2O0YA 4A5NA 3MFKA 1FC3A 2W25A 5D6EA 3TGNA 2D1VA 1BI3A 2ACJA 2RNJA 3GW2A 4LG0A 1O57A 4A6EA 2HR3A 3BOQA 1HW5A 2G9WA 1BC7C 4XLNF 3IRRA 4KN4X 3TO6A 4UVBA 3GUDA 4IPAA 3HRTA 3TO7A 3HUGA 3D0SA 2RKHA 5JVTA 1R5GA 3F8MA 3KP7A 3C18A 1LEBA 5K5OA 2P5LC 5CVUA 4IVNA 3FWEA 4KUMA 2VOPA 1Z91A 2P6TA 3HHGA 3GLXA 2VXZA 3T8RA 3DV8A 5DCFA 4QLCU 2QQ9A 4I2OA 1S3JA 3FXRA 4M6YA 4OMYA 3WG9A 4GXOA 3MAJA 5E1ZB 3MCZA 3K0LA 1FZPB 1ZRCA 3P7NA 3SFZA 3LWFA 2DW4A 1HW2A 2Y48A 2R7DA 2BBYA 4HW0A 2JPBA 1XSXA 2XKOA 4G7ZF 5ILUA 2H94A 5LBQA 4UVAA 3R60A 3H3ZA 2VONA 1YQAA 1TQMA 2ZCWA 2FBKA 4OU0A 1TW3A 5E8GA 1B6AA 2XAFA 4E70A 5DDGA 1ZYRF 4HYEA 1BC8C 5HDNA 3KP4A 3RKWA 3OOPA 3HTSB 4EJOA 3LAPA 5LGNA 3K2ZA 3V8JA 4ESFA 1UFMA 2YX4A 4HAMA 2BEOA 2GAUA 2VBYA 4WF2A 5BPIA 1TQPA 2PMUA 2H27A 1FX7A 2LDUA 4I02A 4M6XA 4U0YA 2PFBA 1E2XA 4AWXB 3DXJF 3K9TA 3Q9SA 5AIQA 1WKMA 3DF8A 1JE8A 1SFEA 1XCBA 1YW9A 2DO7A 3PQJA 2IA0A 1H0MA 3W6JB 3FM5A 4CXFA 1ZLJA 2QZ8A 2NRAC 2YR2A 4A12A 5HDKA 3U1DA 4QWQA 3GFIA 1O7LA 2P6SA 2FBHA 4G6DA 3FXQA 5A2QZ 3JSOA 1ZRFA 2IW5A 2HKOA 1BBYA 3MEXA 1OYYA 3JAMK 3GZ6A 1PP7U 3F6OA 3CO7C 3WTZA 2IJLA 2EFOA 5F6FA 2NNYA 1TNTA 1DPUA 3T0YA 3S2WA 5HS7A 1SMYF 4N9IA 4RAZA 1QNTA 2OAZA 4WX9A 1FPQA 1SD5A 1A04A 1S7OA 2GA2A 2HOEA 1J2XA 4K2EA 3KCCA 2F2EA 1RI7A 2CG4A 2D45A 1R22A 3RPUA 4HZFA 3GZ5A 2PN6A 1F9NA 5BOXA 3IRQA 3E3VA 5FD5A 3ZQ7A 3DPTA 2E1NA 3DQVC 1XN7A 4ESJA 1SD6A 1X3UA 3IHUA 3V7CA 6PAXA 2H6BA 2KIMA 5FD6A 3WE2A 3W6KB 2DAOA 4Y13A 4HOBA 2V6CA 1FBSA 2L01A 3TKYA 5ICGA 4ETSA 1T38A 4U0WA 3WTXC 4U0VA 1W4MA 1IXRC 1AOYA 2PLYA 2O8XA 3PQKA 4I0AA 1K79A 3RIRA 2NYXA 4UHTA 2OZ6A 4ASNA 2NS0A 2L3DA 3IKVA 3WTVC 4OINF 2WC2A 5E1XA 2XV4S 2RN7A 4KIGA 2YPRA 4HLYA 1D8JA 4B09A 1KU9A 1XGMA 1E17A 4G9YA 1O3RA 1W7PD 1MZBA 2A07F 1J75A 3DFGA 4KDPA 2LKPA 2STWA 2M1BA 1FLIA 2W84A 2F5CA 2GXBA 1WRJA 2FXAA 3ELKA 2XASA 1D3YA 3MQ0A 1BI2A 3HRSA 1DDNA 2K4BA 2EFNA 4ENNA 3ZN0A 2DK8A 4M71A 5CVVA 1LJ9A 3L00A 2V1DA 4HX4A 2HS5A 1P4XA 5DYMA 2MH9A 1XSDA 3KE2A 4LJZF 2K86A 2ESHA 4I09A 4EM1A 2ZKZA 1BN5A 3ZMSA 2M45A 2FOKA 4UVCA 3ERED 4MTEA 4BHPA 2IP2A 4EJUA 4QBAA 4G94A 1B4AA 3QPTA 1T98A 4O5VA 4O6JA 2D1HA 1OPCA 5LRSA 5H6QA 4G6QA 3U2RA 5JHUA 1GVJA 3J80K 1BIBA 2CWEA 1ZHFA 1T0FA 2A5YB 3QP6A 1ZN2A 3TOAA 2FEZA 3D5LA 4GYIA 1CF7B 2GZWA 1IN6A 5H6RA 3R0JA 5IT9Z 1IRGA 4S04A 3RYPA 3KP5A 3GEZA 2DI3A 3FXUA 1R5HA 3KETA 3FF5A 5DD8A 5ED4A 1ZH5A 4L5JA 4BHBA 5DEQA 5LEKA 3REOA 1IN5A 3M1EA 2PJPA 1KYWA 4G8XA 2FA5A 4GYGA 3TQNA 1BI1A 1FOKA 5LGUA 4HV6A 1QPMA 4WWCA 5DUIA 4OIRF 1ODDA 4MQ9F 4IRIA 3VODA 3HSEA 5LHGA 3GF2A 4XRFA 2Y75A 4ENKA 2JTVA 3CUQB 3JTHA 2FMLA 5D5XB 4LMYA 3SHFA 3I54A 3CLOA 2MLKA 2XIGA 4A2UA 2G7UA 5IT3A 4KMUX 4MGRA 4HDVA 5LLQA 1BI0A 3E6MA 1LDDA 2OZUA 3SZTA 3N4MA 4KYWA 3LQQA 2OQRA 4ESBA 3WODF 2FRHA 1W5SA 1CF7A 1W7PB 5D8LB 2COMA 4MNUA 4RAYA 2A6HF 5D4RA 4Z2YA 1XGSA 2O3FA 3F8CA 3LA7A 2IA2A 2VC0A 4BAYA 1IN7A 4M9SA 2DLLA 1WSUA 1I6XA 1KQ9A 4N9HA 1O3SA 2XAJA 1ZRDA 1RIOH 3F8FA 1R7JA 2XROA 5FLXK 4ZYHA 3I59B 3WTWC 4MEYF 3HTUA 2A3SA 3HSFA 2VN2A 2BV6A 5LHHA 2F5EA 5CVRA 3EQLF 1B9MA 2MA3A 3J7AO 1O3TA 4P5OA 1WI9A 3I53A 1B9NA 5ICCA 1C0WA 2ZXJA 4R79A 3LSTA 1B1BA 3E97A 4L18B 3BWGA 1TQIA 1ON2A 4AIKA 3E6DA 1PDNC 5BPDA 5CYVA 2Q2EA 1HSJA 3M7GA 1CGPA 4H0EA 3CUQA 1J59A 4KMFA 3GO5A 2EA2A 1IW7F 2RDPA 5J6XA 4U7DA 1J5YA 5K1YA 1TBXA 1SD4A 1HKTA 4LK1F 4DQ2A 1ZG3A 4MHGA 4L5IA 1L0OC 4CO8A 2M5WA 1IRFA 2IVMA 2X4HA 1XD7A 2HZTA 3U9GA 1FYLA 2BYVE 4IHSA 3JSPA 1XSVA 1W7PA 4CHUA 1MDMB 4NQWA 5FB2A 4KN7X 3WTYC 1HKSA 2V1UA 5ICFA 2G7HA 5EEHA 3BZ6A 2HWVA 3BDDA 2AXLA 3WU0A 4HX7A 4IRHA 3WTSC 3PFIA 1OYIA 1IUYA 4LGWA 4EJWA 3CUQC 4NHJA 3DP7A 2NAZA 1ZARA 3I59A 2YSRA 5DD4A 1ZGAA 2E1CA 1DP7P 5H20A 3F22A 3SZPA 1FBQA 4L0ZB 2P7CB 2A6EF 3WTTC 2ZMEB 3CUOA 4P9UA 1KA8A 2JRTA 1XCVA 2FBIA 3DKWA 4OMZA 3WE3A 3HHHA 3BPXA 1Z9CA 2XUBA 4UV9A 2ESNA 4AIJA 1F4KA 3L09A 1DPRA 3KEQA 3L7WA 2RVCA 3RI4A 2ZBKA 2WV0A 1HBXG 5DUKA 3KLOA 5L3EA 5HOOA 2MH2A 4LB5A 2M30A 2JZYA 1HKQA 2JT1A 3QAHA 4PCQA 1UB9A 1BOAA 1QQIA 3BJAA 3I4PA 2W24A 3BROA 4OIQF 2VC1A 1MDMA 4NB5A 1T6SA 1EH7A 3J81K 2OQGA 3GFJA 1D8KA 3HIFA 3KLNA 3GFLA 3IL2A 1MJ9A 1XMKA 3O6BB 2FF4A 1GHCA 4Y17A 3JTGA 2YX7A 3DPLC 2DFIA 3I0TA 4U88A 1PP8F 1UCRA 2QVOA 3ZMVA 2O03A 2EFWA 1G6NA 4BYYA 3FMRA 5LRRA 3JAMZ 4RGSA 2C6YA 1YW7A 4R1HA 1XDUA 4LFUA 2Z9OA 1XGOA 5CVJA 2MC3A 2ZMEA 3TO9A 4M74A 1R00A 3ZPLA 1TNSA 2P7VB 4ENMA 3FX3A 4RS8A 5FFXA 4WXHA 2JSCA 3F3XA 1R23A 2MD5A 5K5QA 1NHAA 1FBUA 2W85A 4DNCA 2HYFA 1K6OA 3LFKA 4A0XA 2WTEA 3I71A 2FNPA 4HV5A 2KIFA 4OIOF 2OBPA 1DUXC 2XRNA 3RKYA 4AIHA 5HVQC 1S29A 3G73A 1KGSA 2QQBA 4GGGA 2R7FA 2UXNA 2CQKA 1QO0D 3HOTA 1G3SA 2J5PA 2HFHA 5LEJA 3WGIA 2A61A 3VFZA 4JVCA 4RGRA 2QM3A 2OU2A 1O7FA 3HSRA 5DCMB 1R1TA 2HKXA 5D4SA 2RGVA 2EFQA 5BS6A 2DQLA 3FZVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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