3K1MA

Crystal structure of full-length benm, r156h mutant
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 96
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA03
3IOUA 3J80K 2XAQA 1O64A 1D3YA 4RK2A 1NMUA 2BBYA 2YU3A 4U0WA 1FYKA 4IGRA 3DPTA 1MS7A 1XB4A 5KZTA 1MQGA 3M8UA 2K02A 2RC8A 1XOCA 4KYEA 1ZG5A 3AXFA 2ZXTA 3KN8A 1ZJLA 4F19A 5CVJA 2REGA 4N07A 5H6QA 3K2ZA 2HYGD 2P0SA 2ONKE 1F5TA 2DI3A 5DUIA 4G68A 2W7YA 3M1EA 2EFQA 1ZG3A 5FTIA 3MP6A 2XAGA 1MDQA 3RLFE 3KN3A 1R1TA 4GL8A 5CBSA 4ESBA 1YW9A 1YIOA 3C1DA 2EFPA 2L01A 3TQWA 3TDUC 4HQMA 4M9ZA 4ZH4F 1PC3A 1QW0A 4PCQA 3O6HA 1UTBB 1Y1ZA 5AONA 4P0GA 3OMBA 1RYXA 2RINA 4RPNA 4K2EA 2YLNA 4RYAA 4LFUA 2OLBA 4YB7A 2K4BA 2F2EA 1GVCA 4F2QA 4BDRA 3H3GA 1SI0A 3OEMA 1FSHA 2P6TA 2XAHA 3G3KA 4ELOA 2RDPA 5AA4A 1R9LA 4OTEA 2XXUA 2X7QA 3RYRA 3TCFA 3PPRA 3ULQB 2PBIA 2P7CB 1WVJA 1AH5A 2QS3A 3PV0E 1G3TA 4JWYA 3FJMA 1QVSA 5K2YA 3SEUA 4LLNA 3RPWA 5H8HB 2CFXA 3PU5A 4M73A 2DSFA 2Y48A 3HPIA 2HAUA 2Y0MA 3QYTA 4UVCA 2UYFA 3HOSA 3HHGA 1B7ZA 3WODF 5L3BA 2FBIA 3OEKA 3CJNA 3MEXA 2G9WA 5L3CA 1YQAA 1B52A 3O6BB 1RUNA 1B2HA 2EJRA 3T9VA 1ATGA 5DUKA 4UHTA 1S6LA 2DTRA 2E1NA 1CB6A 2XHDA 4YAHX 5EEGA 4BDQA 3L7WA 4RGUA 1WI9A 4PP0A 1BI3A 1H43A 1QKAA 4X1BA 2IEEA 1POY1 4WXCA 3FHZA 4TV7A 2XXYA 4DDDA 1JEUA 4F31B 4EJUA 3M9AA 4EGZA 2OK2A 4L9VA 4LK0F 3ERED 1VE4A 5JK4A 5D5XB 1LCFA 4QSEA 3SFZA 4HF2A 1B1HA 4FECA 5IAIA 3TODA 3E5XA 2Z23A 3SZTA 4FX4A 5LOMA 4AIJA 2MD5A 4P11A 1IF1A 4R73A 2DS9A 3Q5FA 1I5ZA 2NYXA 4KA4A 1TFDA 2C6YA 3FJGA 1SFUA 4ZZDA 2ZYNA 2UZKA 2VGQA 3HSEA 5JVTA 1MDMB 3BKIB 3TYHA 4O5VA 1BI2A 4HZFA 4HF1A 3KEOA 2DWHA 3PPQA 1BJAA 1EH7A 2Q2AA 3ZKKA 4DNCA 1O3SA 4OFJA 3F23A 1HSLA 1MJAA 1QBJA 1SBPA 1MJBA 1KU7A 4RAZA 4N9IA 2FEZA 1H9TA 4GIZA 4EMSA 4YFNF 1SMTA 5JFRA 1LDKB 4JSOA 1B5IA 5DYMA 3C34A 3BFTA 3W15C 3U92A 5DEXB 3MZ1A 3W6KB 2Y7KA 3UK4A 1N04A 1WQ2A 4KN7X 5B70A 4LB5A 2DXYA 2GWRA 5LHIA 4BXUA 3WGIA 1XC1A 1YG2A 3BJAA 3CUQA 1MD0A 4DZ1A 3N4MA 3HTUA 4BDNA 3J81K 5ILUA 1W7PA 3QAHA 3K0VA 3Q25A 1TNSA 2ZBKA 2Y7PA 3HRSA 1I1GA 2XXTA 5TP9A 4IO4A 3FMSA 3FVGA 5EHMA 1MXVA 3T8RA 3B02A 2YPRA 2W85A 3RTWB 2AYSA 4KQPA 3MUQA 1SW1A 2I0CA 3L6HA 3ZQ7A 3O2AA 2K27A 3UA8A 2K4JA 5K5OA 4AIHA 4THIA 1J2XA 5E18F 5FHNA 1B3EA 5CVRA 3TMGA 2HKXA 3Q9VA 4FIMA 4F22A 1OVTA 2X0LA 2ETHA 1FYLA 2V1DA 4HX4A 1PDAA 2WV0A 4Z0IA 1OQGA 1A55A 5FD5A 2I58A 3FXQA 1FLIA 4OXVA 4JBZA 4YICA 1IN5A 1BN5A 2F78A 4NF4A 1MY3A 5H8FB 3B73A 2AL5A 2O1MA 4ON0A 4AB6A 1MQHA 2QJEA 1Y20A 3HRUA 4CGZA 1OKRA 3A3CA 4HX8A 4LZ8A 2MC3A 2KLFA 4UVAA 3WTVC 2XXWA 2DK5A 2KIFA 5I59B 4OMZA 2DOJA 1HKQA 3I0TA 2G93A 4M6YA 1ELJA 5BWJA 1A8EA 3SHFA 2PT1A 1FW0A 5DCMB 1YO5C 4FE8A 4M9SA 4R72A 3P9IA 4FX0A 1W4MA 4OEUA 3RYPA 3OO9A 1LB2A 1Y9UA 3KP7A 3IJOB 1PP8F 3Q29A 4QFNA 4OINF 2Y75A 4GXOA 5HBCA 4IY6A 4NF6B 1NNPA 4RXLA 1Z05A 1EZ9A 1ZARA 4KDPA 1B5JA 2XX8A 4KN4X 4U22A 4DQ2A 3TAJA 1LFIA 1L0OC 3K2DA 5ILSA 5CJ9A 1GXPA 2KKOA 4Q48A 4G8NA 5BPIA 4MEXF 4RNSA 3K1PA 5J8CA 1YCJA 4XIGQ 3SZPA 2VN2A 3MQ9A 4HV5A 2VBZA 3I5OA 4A0YA 4PFTA 3SEXA 1CE2A 3ZN0A 4LZ7A 4ZEFA 4X48A 1R5GA 3FIRA 3F3XA 4ZE8A 3K69A 3MFKA 1YW7A 2QUFA 3K0LA 4G7OF 5I56B 3RI4A 2GHBA 3V8XB 2V79A 3LA7A 4LG0B 1K6OA 3PQKA 4HS7A 1OYYA 2QRYA 2HS5A 5I58B 3HYIA 2H27A 2XXRA 2CW0F 1RIOH 4OU0A 4Z7EA 4WXHA 1TW3A 3Q9SA 4I2OA 4HA8A 5E8IA 4CHUA 2O7UA 5I2KB 4GXSB 3Q28A 2KJCA 3RY3A 5FFXA 4MEYF 1ZRCA 1NNKA 2XXVA 1ON2A 3RTFB 3ZMTA 2DFIA 3C3WA 5JTYA 3ZMUA 1B4ZA 1B4AA 2P2AA 3M3FA 5AA2B 1MGTA 2HQNA 1NHAA 4IJAA 1R5HA 1JETA 3ELKA 4ZEKA 3IHUA 2OD5A 3TTRA 1O3TA 1B3LA 1FBUA 1U5TB 3PPOA 4MBPA 4NF5B 4Q47A 3DV8A 4G8HA 2ZO4A 3V83A 4RPOA 4JQFA 3IOVA 3QUFA 3P7NA 2OQRA 4AQ4A 2E0SA 1ZLQA 3FVKA 2FYIA 4QFOA 4IGTA 5K1YA 2PN6A 2DK8A 3SXYA 2Z3YA 4HX7A 4I09A 2QQ9A 4CDGA 3T5XA 4ZZEA 4EM0B 2G7UA 1FTOA 4NWCA 2K86A 5CMCA 3F8MA 5D5VB 4YB5A 3U9GA 3QK6A 2DPDA 2W24A 1IXIA 4OVJA 3S9LC 4OEVA 5DT6A 1P1NA 1SI1A 3DLNA 4HQEA 3BROA 1HSJA 1MZBA 3D5LA 4RB3C 5J1DA 4C1TA 1ODDA 2A68F 1M5DA 2ZNYA 2G29A 4L9TA 1POTA 2ADUA 4KYSA 1AWCA 1FQDA 3PUZE 1Z6TA 1HKSA 2VBYA 5AE4A 3V89B 2XAFA 5DYHA 3GX4X 2NNNA 1B51A 1BC7C 1KQ9A 1D9YA 1QPMA 4ELQA 3CLOA 1C0WA 2FE3A 4IO7A 1TTYA 4GO1A 1B05A 2QQAA 3MZ9A 3G3ZA 1IZ1A 1QO0D 4U0YA 2FSWA 4CICA 1U5TC 3IRQA 1SD3A 1M5EA 2P1SA 5JI6A 2CWEA 1XCBA 2ZMEA 1R7JA 5DVFA 2Z8DA 4OFOA 4N9HA 3V7CA 1AOVA 4LMYA 4PGHA 4BNCA 2I3VA 2O61A 2PMHA 2QQBA 3VVDA 1ZH5A 2IA0A 2Z22A 3KP2A 2ZNSA 4DCYA 2UXNA 3K9TA 5JEIA 4M4GA 4QF9A 4O3AA 4LLGF 1NL5A 1MJ9A 1YLFA 3KG2A 3WAFA 3L9FA 1LEAA 4F7ZA 3PPNA 4KFQA 3ILUB 5L9MA 2NRAC 1SFEA 1XN7A 1EH8A 4NMYA 3MJNA 3IWZA 2ZNTA 3LUYA 1OMPA 2Z8FA 3U1DA 2AIXA 1E2XA 2EFWA 1LAXA 4BAYA 2DE4A 1IW7F 4LGWA 5LLQA 3U8QA 3UN6A 2HTJA 4AD9A 3IL2A 3O66A 2AXLA 3UGWA 4MTEA 3H7MA 3QPTA 3GEZA 5CLSA 4R9FA 3QSLA 1PB7A 4S04A 3HSRA 4I0BA 4OERA 3MP8A 2BE5F 4TQUQ 5HDNA 2F5DA 4DXUA 3LSTA 3DFGA 3IO4A 4G6QA 3LQQA 1GHCA 3G3FA 4LD5A 1O63A 4U23A 1MY2A 3MZBA 4Q5SF 3CUOA 3KLOA 4KFCA 4A5MA 3S2WA 3DQVC 3MPKA 2P4WA 3V7RA 5LGTA 1JW5A 2NWJA 3QU3A 5ICCA 4EJOA 2UVJA 4ECFA 4H5GA 3ABTA 1ULYA 1YYVA 3PUVE 4MFIA 3O97A 5A2QZ 1FP2A 1K78B 2E7XA 1MM6A 4QWQA 3SEWA 4F29A 1Y4TA 1CF7B 3CO7C 4PQJA 4G77A 2RCAA 4XSXF 4ZZLA 4WWCA 1OPCA 4I02A 1IUYA 3U2RA 5BQTA 4LVQA 1BM9A 3MP1A 1V4RA 5CVVA 4R74A 2GAUA 1FQEA 1IN4A 4H67A 4Q5TA 4LQ5A 2PI0A 1LBBA 3TUSA 5LEKA 2HDCA 4TOZA 3JYRA 3IJXB 2F7AA 4IXAA 1YAEA 2THIA 1CGPA 4MTDA 2Q2CA 3A3UA 1B0HA 3ZKLA 4G4PA 2DE3A 1QKBA 2JRTA 2F97A 2OWSA 3FASA 4DCXA 4YIFA 1NNTA 3USDA 2UVIA 1Y4CA 3T93B 1P4XA 3K6WA 2DWJA 3C36A 2V93A 1XDSA 1XGOA 1Y1MA 4ESFA 1ZAOA 4LONB 1GVJA 5FFZA 4POWA 4YKJA 4GGGA 1HW1A 3TDJA 2MH2A 2F8DA 2XXXA 3NEUA 3I3VA 4Y15A 4GQOA 1A8FA 2PG4A 3JTHA 3KP5A 2XRNA 5DVJA 3BPVA 3HCQA 1QQIA 1S3JA 2DBBA 2VBWA 4XXUA 1P99A 4XKPA 5F7VA 3HHHA 1WODA 4ESWA 2ZYMA 1R1VA 1UQWA 3BY6A 4XKRA 4P9FA 1B4HA 1VSOA 3LSWA 3HUGA 2KJBA 4PFYA 1I69A 1RI7A 5D5WB 3LR1A 4PDKA 1J1NA 1BIAA 5F6FA 4NB5A 1P4WA 3HOTA 3TTNA 4FATA 5K5RA 1N0TA 4KICA 1EZOA 4RGXA 3QUJA 4MNUA 3COAC 4RS8A 2BYVE 3WE3A 3ZMVA 2DQVA 4XLNF 4WX9A 3CO6C 4OHNA 2XX7A 2A6HF 5AA1A 5A5XA 5I2NA 2LF7A 2QMXA 3C9HA 1XMAA 5E20A 1O57A 1IITA 1NNFA 3SERA 2YX4A 3WTYC 5BPDA 3RPQA 2REJA 3MVWA 3T0YA 1Y3QA 2YJPA 1Z6RA 3VOEA 1KU3A 3EETA 3HHFA 2QZ8A 4NHJA 1VR5A 4DE8A 4U7DA 3GO5A 1I6QA 3F22A 3EQLF 3DM0A 5KK1A 3ONMA 4EF1A 3HRTA 3B6QA 1IIWA 2DXRA 3DEUA 3A09A 2GZWA 2ZYKA 1TQMA 3J80Z 4YKIA 1G3SA 2XASA 4FAJA 1O7FA 4GYIA 1BI1A 3DPLC 4PE5B 2RC7A 2ELHA 2Y7WA 4EM2A 4FT8A 4AVPA 4TLMB 1Q1KA 1RYOA 5HLHA 4H8JA 2ISZA 4QHQA 3VV5A 3H4ZA 3H92A 4YFXF 3R61A 3LSLA 3VVFA 4LUBA 1I1SA 3P9KA 2DWIA 6PAXA 4N13A 3E6BA 4OIOF 1EH3A 1B7HA 2Q8KA 4EUOA 3T1BA 1EV7A 1QUIA 4PZJA 3G3GA 4LQ2A 3HV1A 1AIVA 5LHGA 2IJLA 1ON1A 1TQPA 1FX7A 3EDPA 1TXFA 3OV8A 1MDP1 4R6YA 2O8XA 3BP8A 2PQ8A 3DKWA 4OZ9A 2RC4A 2KRFA 3TPAA 1B9NA 5HM4B 4MLVA 1SFXA 1PUEE 1ONVA 1B32A 4N6PA 4A0XA 5D5UB 5TPAB 2YX7A 5KCJA 4UUVA 3VXCA 3V8LA 5CMBA 3TKYA 1DPRA 2NNYA 3OELA 3R0JA 2QL3A 1FQFA 2IRFG 5FHOA 2M87A 3GF2A 2HFBA 3B6TA 4AB5A 3KEIA 4ELPA 3HN0A 3KJTA 2PVUA 4IY5A 1MQDA 3E13X 2NS0A 1R23A 4AIKA 1YW8A 2PBWA 1B9JA 3DXJF 2X7PA 3GXAA 4ISUA 1B7UA 4KD5A 4HCWA 1JW4A 4HW0A 1B5HA 1NH8A 2P6SA 2TDXA 3W6JB 2VOZA 4YIIA 3E6DA 3O28A 4I1DA 4WCGA 2PT2A 2A07F 3ZS6A 3PUXE 4MLQA 3FUZA 3CSGA 5FLXK 4NEDA 3CR9A 5B7DA 1XSXA 2COMA 1O3RA 1JHHA 1G4DA 4JWXA 3U72A 3GFJA 1W5SA 2ESNA 1Y3NA 3KBRA 3GBBA 5TU0A 4OENA 2ONSA 2O84X 5I84A 1EZPA 4TLLB 4ONYA 5FD6A 1IXGA 5ICGA 2GFEA 4L17A 3ZMSA 3I59B 3BPXA 4M6XA 4YZZA 2RN7A 3LAPA 5FGMA 3VB2A 2GIVA 4JXIA 3QP5A 3RT8A 2RGVA 2P5KA 2I4CA 2ZMEB 4GRKA 5JR3A 2QBYA 2GXBA 1AL3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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