3K1N | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	303
structure length	303
Chain Sequence	MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of Full-length BenM rcsb
molecule tags	Transcription
source organism	Acinetobacter sp.
molecule keywords	HTH-type transcriptional regulator benM
total genus	88
structure length	303
sequence length	303
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-09-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00126	HTH_1	Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A	PF03466	LysR_substrate	LysR substrate binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	3k1nA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3k1nA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3k1nA03

1IXSB 3WGHA 4U1OA 4EXLA 3S9MC 4RGRA 4LA9A 5CVJA 1NL5A 4NEDA 3OMBA 3U1OA 4ZYHA 2IP2A 1TWYA 4DXCA 1MH3A 1MPCA 3W6KB 4AB5A 1UIVA 5L9OA 1QW0A 4YIFA 1AOVA 4EJVA 4ELOA 3TAJA 1R00A 1SFEA 2F8DA 2V1XA 5ERIA 3KLNA 5DCMB 5EYFA 3ZN0A 2XX9A 3VLUA 2QSXA 1Y4CA 5D5VB 1ELJA 3WTTC 2FU4A 3IHUA 1J59A 1SAXA 3FD3A 2PG4A 2Q89A 1EH7A 4HZFA 3C33A 4DCYA 3WE3A 1S7YA 4Q8RA 2UXNA 1KYZA 1B3HA 3T66A 3Q5FA 2ELHA 2P7VB 4QWQA 4LLLA 3ZP5A 1B5HA 1YIOA 1ODDA 1QKBA 3COAC 1R9QA 1AMFA 4NTLA 4S04A 3WE2A 5ICFA 4RXLA 4I02A 3MP1A 4PP0A 3U93A 1I69A 4RNSA 4YMBA 3L00A 4Y13A 4TLLB 4I01A 4POXA 4HX4A 4YFNF 1FBUA 2MH2A 3M3LA 4G8MA 1N84A 1MXZA 3THIA 1I6BA 4CO8A 4ZS9A 4ZEBA 1NKXA 1DTZA 2NOOA 5TPAB 3DKWA 4JB7A 5BUUA 4RK2A 2XRNA 3F11A 3RPWA 1EH6A 5ICEA 4M6YA 4ZEIA 1JW5A 3LFKA 2ZBKA 1RYXA 4G8HA 3KN3A 1HQCA 4O3BA 3JV9A 4GQOA 5I58B 1MY1A 4ZE9A 3M3KA 3WTYC 2FBHA 1HSEA 5L3CA 3CI8A 3CRBA 4RB1A 4LUBA 5E1ZB 1Y3PA 4RJZA 1J7KA 4M6XA 1B7UA 2FMYA 4LB6B 2HXWA 3LC8A 4YICA 1B1HA 4QFOA 1K7AA 4MLQA 3EYIA 2D1VA 3DPLC 3GF2A 4I09A 4A5NA 5JTYB 3GXOA 1IUYA 3S9EA 1Y9UA 1E2XA 4PCQA 5IT9Z 3OO7A 5A5XB 5L8DA 1ZARA 2PLYA 4LVQA 1U5TC 4ZZLA 3QUFA 1XSXA 1F9NA 3K6UA 5LRRA 3RPUA 2B0LA 4LZ7A 3K6XA 2E1CA 2ZJ2A 5FD6A 4HAMA 1FQDA 1PB8A 5ILSA 2Y84A 3MZ1A 4ZH4F 1FBSA 4OIPF 3N94A 1SD4A 3WODF 5I57B 2NXOA 3PQJA 4I0AA 4IPAA 4H5FA 3FVKA 4M71A 3KOSA 1MY0A 1OYWA 1DTGA 3BBRA 3V8XB 3IORA 1O7LA 1FW0A 4Q48A 5DUIA 2Z8EA 1ZG5A 4X48A 3SQNA 3KP7A 1F1ZA 1RUOA 1YS7A 3R60A 2DVZA 2VD3A 2L3DA 5CBSA 3GFLA 1IN4A 2WV0A 3H6WA 4R2FA 2QENA 3HCQA 4OTEA 3IOUA 1IN7A 2GA2A 3M1EA 4IRGA 3DQVC 4A0ZA 4FX4A 2VOOA 2F35A 4A6DA 2XHDA 4UVCA 1QBJA 2EFPA 3HOSA 2RKMA 3F72A 2XX8A 2DSFA 4GXAA 4IO6A 4KQPA 4TLMB 4EQBA 1Z9CA 3K1NA 5HOOA 1ZLQA 4GLIA 4H8IA 6PAXA 1Y3NA 1UTBA 4ONYA 4A12A 2ZKZA 1XVXA 2JTVA 3V8JA 2QWWA 2ZMEB 3IB2A 4RGUA 1O7TA 3FASA 3KJ7A 3CTAA 4YMAA 1BIAA 1LSTA 4NMYA 1J2XA 3MZYA 1FSHA 1FTKA 1IW7F 1XCBA 3B7DA 2HCAA 5BS6A 1PBQA 2A69F 3U1DA 1UQWA 4WX9A 3E6BA 4OMZA 5EEGA 4XIGQ 1OYIA 1S6LA 1TFDA 1DPUA 1FZPB 2E0SA 1FYLA 3L6HA 5DVFA 3DV8A 1HKSA 3V89B 1L3LA 4ZYEA 4EJWA 1IN6A 4NHJA 3F21A 2FYIA 3T9VA 3HUGA 1VSOA 1P1NA 1PB9A 1OPCA 3CSBA 4NF8A 3J80Z 3KP3A 5CLSA 1NNFA 4F2QA 1AWCA 2O68A 1BI0A 3C34A 3RNNA 3CDHA 3FATA 1P6RA 5HPQA 4N6PA 1SD3A 2EK5A 1P2FA 1BN5A 3IL1B 4KYDA 4RS8A 4QSDA 4GF8A 2F5CA 3GBBA 4JBAA 3F22A 3SKPA 3KZZA 3G3IA 5JR3A 3UORA 1LB8A 1FQBA 4I0BA 2NRAC 1IQ7A 2B65A 1OQGA 3WGGA 5LEKA 1ON1A 1V3FA 4IHTA 2HQRA 4MEYF 1MXVA 4P9UA 4HDVA 3P7IA 4NWDA 4ZE8A 1VFDA 4WXHA 1H9GA 2F5XA 2VOPA 3TQNA 3G7WA 5D4SA 4WEDA 2RC4A 3QU3A 4H67A 1S50A 3T5XA 3RT6B 4KIGA 3C4MA 5DTBA 4R8HA 3GFIA 4L9JA 2CGPA 2LAOA 3ZPLA 2AXLA 1B7HA 3MQ9A 2F36A 2ZCWA 1FBQA 3F8BA 1IXGA 1ZIUA 1R6ZA 1US4A 1A54A 3LUYA 4POWA 4QRZA 1JETA 3OOAA 2LF7A 4BLAA 2D5WA 3U92A 1JVYA 1R9LA 4F1YA 3P9KA 1B6AA 4KMUX 2Q0OA 4ZDMA 1S3JA 4GOTA 5DV5A 1EZOA 1IXHA 2XXTA 2MLKA 1Q35A 1MY2A 2P6SA 4RY1A 4YKPA 5JEIA 3TMGA 5AA4B 4M9SA 3K4UA 2LF8A 2REGA 2W25A 1PUEE 3ILTB 3UK4A 3UP9A 1N3XA 4P5OA 4MTEA 2DXRA 1G6NA 1Q1HA 2H9BA 3HOTA 3Q29A 1O3QA 3ZS6A 1LEBA 1ZGAA 3GW2A 3QPHA 1SMTA 5KCJA 2CWEA 3I58A 4RB2C 2WWYA 2K02A 3OEKA 2WC2A 2P6TA 2HQ0A 1YW7A 3TTMA 3C18A 3DP7A 1MQHA 4ESFA 1Z7ME 2I4CA 1T98A 5H8FA 5LHHA 4FECA 3FXQA 5DCFA 4PFUA 1ZRFA 3IWZA 2MH9A 1LGBC 2A5YB 4KYWA 1BKAA 2F34A 1B2HA 1TQPA 1MQJA 3KETA 3TQWA 5F7VA 1YS6A 3RTWB 4BH9A 1CF7A 3TTLA 3K01A 1KA8A 1IXIA 3ML6A 1WDNA 4C1TA 3EN3A 4KFCA 4A0YA 2YPNA 1MXYA 2L02A 2IA0A 3VVFA 1FQEA 5CYVA 4F3SA 4N07A 1O64A 2HAUA 3V8KA 3G3KA 3B02A 2R6GE 3N26A 2FF4A 5ICQA 5JHUA 1D9VA 4YIIA 3UN6A 5FD5A 3A09A 1IRGA 1T2KA 1GTKA 2PBIA 4OETA 3IOWA 2FXAA 3VLVA 2O1MA 4H0WA 4LJZF 1A40A 1M5FA 2E1SA 1TW2A 2DQVA 1MXXA 2IA1A 2H4IA 1XDSA 1YTYA 2QMXA 2JT1A 1B5JA 1AOYA 3O2PE 2D21A 2UXAA 1XMKA 1BIBA 4KPTA 3TDUC 1MDMA 2HGCA 3SFZA 5AIQA 4I1DA 2M45A 2NNNA 4U0VA 4AIKA 2GH9A 3QPTA 2XAJA 3RY3A 5CMCA 4B8XA 1LNWA 3JYRA 1D3YA 3E6MA 3VFZA 4I9DA 4IGTA 3TELA 3CUQB 3IB0A 1YFHA 1JEUA 5HVQC 2X7PA 5BPDA 2FBKA 3NQOA 3PU5A 4UA8A 1B3GA 3R6SA 4MTDA 1T0KA 2XX7A 2AYSA 1FX7A 3ILUB 4PFYA 1Z7NE 5HS7A 1MXUA 1MPDA 2Q9TA 2HR3A 2NAZA 3GX4X 1XSVA 1BJAA 1JQFA 4G68C 1ZTYA 5ITOA 4YB6A 5K2XA 2IEEA 4BQAA 5H6QA 4LP2B 1XDUA 2P4WA 1ZREA 4OWDA 3ECOA 3WTVC 4BXUA 3E97A 3CFXA 4NWCA 5D6FA 1BI2A 2HFBA 1YYVA 2HWVA 3GVAA 1MJ9A 3MBPA 3TEPA 3F8MA 4HQMA 3R4KA 4B09A 4ZYDA 5CRYA 4NF8B 1RZ4A 3ZN1A 3ERED 4F1VA 2Z33A 3KEQA 2VD2A 2OU2A 2QS2A 3E5QA 3MPKA 3U72A 1XD7A 5JVTA 2F5EA 2IJLA 3C35A 4KR5A 2VXZA 2ZO4A 3K02A 2W24A 3T9UA 4FATA 4YKJA 3IOTA 2W57A 2FA5A 2ALUA 3CG3A 1OQHA 4BAYA 4QSCA 1U78A 4L5IA 1P4XA 4EGYA 3S2WA 4EXKA 2VODA 1TLHB 3OEMA 1W7PD 1O63A 2GXGA 2Z3YA 3KZYA 2EV5A 1QUJA 4O3CA 3RIRA 4Z2YA 4JSOA 2JZYA 2G93A 2XXWA 1OVBA 2O7UA 1T6SA 3M8FA 5JI6A 2Y7IA 5L3GA 2AS5F 2XAQA 4MH5A 3G3GA 3LSLA 2HQNA 2DK8A 1OR7A 2F6PA 3N6UA 1NHAA 2V25A 5ICGA 4EQQA 1QKAA 4BHCA 2Y7RA 4P55A 1LCTA 3LR1A 1ZBMA 4F39A 1O7FA 3Q9VA 2Z22A 4YB5A 4RGXA 4HCWA 4G8NA 3K1MA 5K1YA 2KIFA 2CSOA 4OYVA 2DU9A 1VE4A 3REOA 3KJTA 4HX8A 5E20A 1SDXA 2RVCA 2RC7A 4OMYA 1RI7A 4BNCA 2P0SA 4MLVA 2VBYA 4MGRA 3TOAA 3T9HB 2I49A 2XXIA 5CMBA 1G3SA 1JW1A 4CICA 1S9TA 1FY7A 4OZ9A 2HTSA 3FWEA 4DQ2A 1BC7C 2RF1A 2XVCA 2AL5A 2HTJA 2GFEA 3PPOA 2XXXA 4A6EA 3W6JB 5TP9A 3UIFA 1L5TA 5KCJB 3PPQA 2HYFA 2XKPA 1LDDA 4XSZF 2MA3A 2M87A 3T8TA 3FV1A 1FNNA 2YX7A 2EWNA 3H03A 3FVGA 4IRHA 4LD5A 3I54A 4K2EA 2QQ9A 1M5CA 4KFQA 5H8FB 4IJAA 1XC1A 2UVIA 2PBWA 2PT1A 4QFKA 1U6GA 2P5VA 1SYHA 1SI1A 2IPQX 5IT9K 2FEZA 1B05A 4ZZEA 3DPTA 5KVRA 5FHNA 1W7PA 1V4RA 1XN7A 4GGGA 4L0YB 1F4KA 2MBFA 3TO9A 2VE8A 4ZEKA 1R1TA 1B4ZA 5B7DA 1CF7B 4F7ZA 3SEYA 1HXDA 3BWGA 3PUXE 3O2AA 2Y0MA 4H5GA 3JSOA 2YR2A 4DDDA 2DBBA 3L7WA 3KSXA 3VXCA 5JK4A 4UACA 3I3VA 2QPQA 4M9ZA 2XXHA 5LLQA 1R7JA 3WTSC 2H6CA 4RA1A 1LQ1A 1X3UA 2NWJA 3P9CA 4ESBA 3TODA 4IHSA 5ITPA 4MFIA 3GFJA 3FUZA 3PMVA 1OLCA 1UTHA 2KLFA 3GXAA 4PE5B 4EJTA 1XGNA 4L18B 1R5GA 3OENA 1PP8F 1WVJA 2I48A 1XB4A 1TQIA 5CBRA 3QSLA 3LBSA 4ZEFA 2IA2A 1UIUA 2RV8A 3BJAA 4ZZDA 1LEAA 3BFTA 1YG2A 3M8EA 3D5LA 4EVIA 3EHUA 3D0SA 5BPIA 2QYOA 3KP2A 4ETSA 3KCCA 3TQLA 4X1BA 4YG2F 4IO4A 4NE4A 5H6RA 1JE8A 1PDNC 1ZRDA 5BQTA 2ZFWA 4GFRA 1IN8A 1RYOA 2G7UA 4DLDA 3FZVA 2OZZA 4K3FA 2VGQA 2M5WA 1Y3QA 1G3WA 1ZH5A 5KDTA 4HA8A 2ABHA 1BM9A 5DVIA 1YAEA 4U4SA 4M72A 2OZ6A 3U2RA 1TT1A 3MC2A 3IX1A 3I0TA 3QK6A 3MUQA 1GV8A 1LDJA 3WTUC 3O97A 4H8JA 5I56B 2QRYA 2E7XA 4ND9A 3BKIB 3O9PA 3PQKA 4HW0A 1FPQA 2NYXA 2DT5A 4F1UA 3MZHA 1DP7P 1FQCA 2QS4A 4HTGA 3RQTA 1O3TA 1IZ1A 1IIWA 3VVEA 3J80K 2I3WA 4KMFA 4F2OA 3C1DA 3TO6A 2XXPA 1RUNA 4G6QA 1REPC 3ZMVA 3E4RA 2FRHA 5D8LB 3KOTA 4UXNA 2VBXA 3KZGA 1R1NA 4I62A 2W84A 3CUOA 1SYIA 3MVZA 2A6HF 5FHMA 1YQAA 2OLBA 1G3YA 2V79A 3GWZA 4ELRA 2PJPA 2HEOA 1WI9A 3IKTA 3OO9A 1J5YA 5ICCA 1A8EA 3MVYA 3EDPA 3LA2A 1LDKB 1EH8A 1ZG3A 3LA3A 5TJJA 1ZMGA 2OBGA 4BDMA 4DE8A 5J6XA 3N4MA 2DWJA 1OYYA 3N5LA 4U23A 2CO5A 1URGA 3CG1A 1B32A 5IT3A 5BMZA 1H9TA 2RQPA 3FXRA 3K2ZA 3C31A 1MM7A 2DO7A 4GIZA 3CIJA 1YLFA 4OESA 2QBYA 3J81Z 3ABUA 3K69A 4GXOA 2OA4A 4KI0E 5AA1A 4ZECA 2EFOA 4GL8A 1HW5A 1LB2A 3HV1A 2Y48A 3JSPA 4R9FA 1EV7A 4AVPA 3H6TA 4OQOA 2CYYA 3KP6A 2QL3A 4JWOA 3DP4A 3U8QA 3FXUA 1N0TA 1LFIA 3BPVA 2D1HA 2ANJA 2Q2EA 3VODA 2L54A 2ISYA 1FYKA 3O66A 3TDJA 3DELB 3PUZE 4ZZAA 3IJOB 5HM4B 1NNKA 4CYDA 3S9LC 4U4XA 3FM3A 1I5ZA 2A6EF 1JW4A 2GHAA 3ZKLA 3QIMA 2XROA 1B52A 3FJ7A 3GLBA 4UHTA 3KN7A 3PMWA 1IEJA 3K1PA 3F6OA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3K1NA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations