3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
5IKBA 5E18F 3WTTC 4ZEKA 3U72A 1BIBA 3ZQ7A 1Z9CA 3HRSA 3VLWA 2FQ3A 1B6AA 2OK2A 2DXRA 5J6XA 1JW4A 4HAMA 3KLOA 1ZGJA 2DYXA 1R00A 3I5OA 4I02A 4F1UA 1LSTA 3RIRA 1GVCA 3MQ9A 5I2NB 2D45A 4NE4A 4QFNA 4L18B 3V8KA 4HX4A 2OWSA 2EJRA 3CO7C 2FMLA 1K78A 2QLZA 4WKMA 5E17F 2H94A 3FHZA 3USDA 1IW7F 1KU3A 2PBWA 3O97A 2A68F 2DWIA 3H3GA 3IB1A 1FOKA 3Q9SA 2VOZA 1FQBA 1O3RA 3K00A 3CI8A 3SKPA 1I6QA 2A5TA 3LA3A 4ZYHA 4BHPA 5JI6A 3PD8A 5FB2A 5CBRA 5FD6A 1LLSA 3ONMA 1YO5C 5KDTB 4QFKA 4DZ1A 2VBXA 2F78A 1DMBA 3GX4X 2ZNZA 5DVFA 4FX0A 4MFIA 3SEUA 4QSEA 4G7ZF 1KQ9A 2F7CA 1BBYA 4BDMA 2NAZA 3CO6C 3DFGA 1UHMA 1FBSA 3MVXA 3D5LA 1DP7P 2QMXA 1ZRDA 5JTYA 4GWOA 2QSXA 3WU1B 2ZNSA 4XSZF 1FTMA 5CMCA 2RGVA 3VVEA 3K1NA 3ELKA 3FWEA 2YJPA 3HHGA 4R72A 5DYHA 3PPOA 2QS1A 4L9NA 1DTZA 2JTVA 1XDSA 4PCQA 4IO7A 1Q1KA 4OXVA 4YICA 1B1HA 2FU4A 1FW0A 3T96B 3LAPA 1P4WA 1B5HA 4BDLA 1KQ0A 5HS7A 2A07F 5H20A 4H65A 2PBIA 3N5LA 3GXAA 4G8MA 4NHJA 4G77A 3KCCA 2D1HA 1YTYA 2VC0A 1YIOA 2RVCA 3GFIA 3F8FA 4QSDA 4R2FA 4XBFA 5K5QA 3GWZA 1WWXA 3IORA 3GF2A 5AA1A 5TP9A 2OZZA 3K2ZA 1I69A 2Z33A 4ZYGA 4NF8A 2FOKA 3ZN0A 1B7ZA 3TELA 2F5CA 5EHMA 3DP8A 5FFXA 4KR5A 1FY7A 1LFHA 4MEXF 4GOTA 1JGSA 2RNJA 3QAXA 4ENNA 1PUEE 5LHIA 3LSFB 4YKIA 2XXPA 3TEPA 2GHAA 4H8IA 1FWZA 1ODDA 1YS6A 4GO1A 4Y17A 5H6RA 4RJZA 3JTHA 2Q8JA 1UTHA 1S7OA 1LDDA 2CQKA 1KA8A 1D8JA 1OVTA 3DKWA 3B6WA 1URGA 3G3FA 2YSRA 3T9VA 3G3KA 4U7BA 2HZLA 4GVOA 5A5XB 2DU9A 4M9ZA 3BPVA 2P6SA 4P9FA 1FSHA 2DLLA 2VN2A 1EZ9A 4R79A 4ASNA 2C6YA 5I58B 3LQRA 1HBXG 3N26A 4ZEBA 3FUZA 3R6UA 2DWHA 3PPPA 4HCWA 2ANJA 5J8FA 3U1DA 3LAJA 3VE1B 5LHHA 1OLAA 2ZBKA 3F6OA 2D21A 1WODA 1ZG3A 1KWHA 3N97A 2AL5A 3DV8A 2PJPA 2HZKA 3WTZA 1RUNA 3TCGA 1FP1D 5ICCA 1ZREA 4LGWA 1L3LA 4FORA 1LFGA 3UP9A 1A54A 1B0HA 3L2CA 3W6JB 3GZ6A 2QBYB 3RPUA 2ONKE 3HHHA 2UXNA 2QRYA 2H27A 3K0LA 3VLUA 4Q30B 4HW0A 3UK4A 2HFBA 2Q2AA 4G68A 5I84A 3OENA 5AA4A 3O29A 4G94A 4DXUA 2DS9A 1B9JA 5AE4A 2WTEA 5DV5A 2ZYOA 4KFCA 3PFIA 4NF4B 3WTSC 1JHFA 5LGNA 5FD5A 3O2PE 2KJCA 4YIIA 4DXCA 1J59A 3P7NA 1UHWA 2DPDA 4UXNA 3UIFA 3E3KA 1X3UA 2X4HA 3LSXA 5HDNA 2O03A 2Q2EA 4C1TA 1BN5A 4EJVA 2STWA 3C4MA 1OQHA 1SD6A 4OMZA 1GXPA 4CHUA 4TQUQ 2VOOA 1BI1A 2ETHA 2UVGA 3U1OA 2EFPA 1LCTA 4OYVA 1ZU0A 3IR1A 2XXXA 2FBIA 3V89B 1MQJA 1SVXB 4O5VA 3KP4A 2HTJA 5CVVA 3F8CA 2FXAA 1J2XA 5JFRA 1XSDA 1IF1A 1YPNA 3GLBA 4YAHX 4HDVA 2Z99A 4PFYA 1ZLJA 2O6GE 1JW5A 1MM6A 1W4MA 3OMBA 4BDQA 4UVAA 3QRFF 4F19A 4XKQA 2K86A 2DBBA 4RAZA 3TUSA 4OIRF 2LSOA 4JXIA 5CMMA 2HYFA 1WSUA 5AIQA 1M5BA 1SD4A 2HYGD 1EZOA 4ELPA 2QVOA 1KYZA 2RV8A 3ECOA 2KRFA 3GO5A 5H8NA 4HLYA 3OO7A 4ESBA 4LQ5A 1FT9A 1PP8F 3Q5FA 4KHZE 2DWAA 5TPAA 5DTBA 2QYOA 1J75A 2I49A 4Q8RA 4G7OF 4BYYA 3MPLA 2PLYA 4BDNA 4JQFA 4EQBA 5KCJB 1B4HA 4KIFA 5HDKA 4LG0B 2HQ0A 4TV7A 5ICGA 4EJTA 3KP5A 3GBBA 4H1XA 4I09A 3OEMA 2EFWA 3MVZA 4PZJA 4OU0A 4LK0F 2R71A 3E6CC 1WI9A 4UVBA 4L0YB 2P7VB 3KP7A 3GUDA 1P6RA 3DXJF 2NWJA 3DP4A 4ZECA 3LWFA 3CIJA 3K02A 2VBZA 4CYDA 2ISYA 3MVYA 5L3DA 4LLGF 4NQWA 2W85A 3REOA 4UA8A 1I6BA 5I59A 4RGXA 2ISZA 2XGXA 4LLLA 2ELHA 2EV6A 2RQPA 3I59B 1Z1DA 3AAFA 3KOTA 4NEDA 4X9TA 3Q28A 4H6DA 4IO2A 3JAMK 2XX8A 3FMQA 5ILSA 5I56A 5I57A 4QWQA 1BKAA 4EJWA 3MW0A 2XV4S 3T66A 3IC7A 2XD3A 2L01A 2XAHA 3E9XA 4M72A 2RC4A 1B4ZA 2AIXA 2FRHA 2QQBA 1OLCA 1XB4A 1ZN2A 5EEHA 5BS6A 2ZJ2A 3WTYC 2CYYA 1CF7A 3TDZC 2DTRA 3T5XA 2VT2A 4MF3A 3EYYA 5H8HA 2VXZA 4YFKF 5FLXZ 1PBPA 4EF1A 3DP6A 2Z8FA 4U7DA 4UNOA 1B3GA 3FVKA 4OFJA 4KN4X 2ABHA 4BDRA 4WXDA 3H92A 3H7MA 4KMUX 4MTDA 4EGZA 4EQ7A 2MLGA 2RC9A 2NXOA 4ELRA 4F3GA 1XCVA 2DO7A 4IO4A 2O0YA 1W5TA 5AA2D 4EUOA 1HW2A 3KFWX 3FVNA 3QUFA 5HPQA 4RB3C 1G3WA 4G68C 3KBRA 4I9DA 2H6BA 4F22A 2V93A 5F64A 1Y4CA 3WU0A 2ACJA 2XXRA 4YB7A 2ZYNA 3N6UA 4CO8A 2R7FA 3CR9A 3U93A 5HM4B 4JSOA 4XTCQ 4X1BA 5HVQC 1XSVA 3EETA 1OVBA 1WQ2A 1XGNA 3HSTA 1U3EM 4RB2C 1B40A 3BDDA 1MXVA 4EVIA 2B3FA 4RAYA 3TTRA 5D6EA 4KYDA 3OO6A 5CJ9A 3SEVA 1B1BA 1P2FA 3S9LC 2D2WA 4DCYA 1LDKB 2NNNA 1Z7UA 1CGPA 3IRQA 1FTKA 1ZGAA 4G8NA 1DPUA 2OZ6A 2VP1A 4P0IA 4IO5A 4LZ5A 3IO4A 4D0PA 4RPNA 3MAJA 2F34A 1IXIA 2NNYA 1USYE 1P1QA 1R1TA 3K01A 5H8SA 3ISPA 1I1GA 4U0WA 3QPHA 2QPQA 3P9CA 2IVMA 1QKBA 1XN7A 2A61A 4YG2F 5FTIA 3WGIA 4Q48A 5DUIA 3BFUA 4LD5A 2HEOA 4BNCA 1VTNC 1AOYA 1MH3A 4F39A 2A3SA 4EM0B 4OIQF 3FXQA 5DEXA 2Y84A 2DP8A 1BIYA 1XT8A 3H03A 3RTWB 4HW8A 3TPAA 2XAQA 4HF1A 1AWCA 3KEIA 5H8FB 2EWNA 3LA2A 1YAEA 3KN3A 3U8QA 2IEEA 4ZE8A 4U0YA 4KYSA 2RKMA 1JEVA 2V3TA 1EH8A 1O3QA 3F3XA 4EMSA 4ELQA 2O1LA 2ZMEA 2EV5A 3IJOB 1F4KA 1IUDA 3PMXA 4MLVA 1UIUA 1QUKA 2B3BA 4CICA 4JBZA 4L0ZB 3VFZA 4OQOA 1IIWA 2HQNA 4NMYA 1A99A 4XKPA 2VE9A 1J9IA 1MS7A 4GXOA 2BYVE 4QHQA 1Y3QA 4IO3A 2O6AA 4DE8A 1CB6A 1MZBA 2CG4A 4PFUA 3TODA 3R0JA 3QAHA 3N6TA 1XVYA 1B6HA 1MJBA 1YLFA 2QUFA 2Y7PA 1SYHA 1AOVA 2PYYA 3TQNA 3L00A 2RCAA 4ZYEA 4E70A 3OV8A 3M3KA 1O3SA 3B6QA 3W15C 3PQKA 1D3YA 4X48A 1B7UA 5E1WA 2IA4A 3IK6B 1SFXA 3TTMA 1QKAA 5AIPA 4IY6A 3VVDA 1BTJA 4LUBA 1H44A 2DWJA 5JEIA 1MH4A 4HA8A 1USSA 1FYMA 1ELJA 1H45A 3DF8A 1TNTA 1MJAA 1ZAOA 4ISUA 3VEPA 2IW5A 1PC3A 4OINF 4PP0A 3RPWA 3NEUA 2R6GE 2AL4A 4F18A 3V7CA 4P0GA 1IN6A 2KKOA 3QP5A 3K6VA 1S9TA 3TDJA 3OELA 4BH9A 1FC3A 1I1SA 3RNNA 1A8EA 2O8XA 1D4NA 3J7AO 1MQHA 3ML6A 5LEJA 3C32A 5I2KB 1SI1A 2P5KA 2W25A 3R60A 2P7CB 4UUVA 4ENJA 1N04A 3ECRA 1PP7U 3HN0A 1NMUA 2B65A 3BFTA 2XHKA 4EF2A 4FX4A 1DPEA 1R9QA 4B8XA 2O69A 1BI0A 3K2DA 3TOAA 4QLCU 3BP8A 5BQTA 2HFHA 1B52A 4KYWA 3T22A 4MGRA 2YLNA 2P6TA 3LSTA 2M8CA 3T1BA 3QXMA 3Q27A 2Q89A 2CFXA 2D5WA 3F11A 1GHCA 3E6MA 1GVJA 2Z22A 1FPQA 3V7RA 4ESWA 3BPXA 1Y1ZA 4OHNA 2L3DA 3V4GA 1II5A 3N94A 4KD5A 4HCYA 5JVTA 1NL5A 2ONSA 2GIVA 4KYEA 2Z8DA 4MLQA 4XXUA 5K5RA 1XDUA 3ILUB 3RUMA 2VD2A 4AWXB 4OFOA 4OEUA 1U8RA 3I3VA 3WODF 1BC8C 4U22A 1Q35A 2P5LC 3S4UA 2EV0A 1OIBA 3K4UA 1FYLA 5AA3A 5E20A 1ZBMA 1P1WA 1ONVA 1LBCA 3QU3A 1AMFA 4HDUA 1MXWA 3KE2A 1TTYA 2JRTA 1B5JA 2DVCA 1YW8A 2UXAA 4HQMA 4HZFA 1Y9UA 1ZYRF 3UA8A 4HOBA 4BAYA 3KZZA 3F23A 3K9TA 2FA7A 2V6CA 1RI7A 3TKDA 4P96A 2TDXA 3MZHA 2V1DA 4DXBA 3OSRA 4ZZEA 1PB9A 4MQVA 1USTA 3TFLA 2HCAA 3FMRA 3E5UA 3HIFA 1XC1A 1BP5A 4RYAA 2REJA 3PD9A 1N0TA 1BIAA 2BJJX 1U5TB 4L17A 4P9UA 1FQDA 2Q8KA 2X7QA 2PG4A 3IL1B 3TKYA 1A8FA 5E8GA 3SHFA 5CLSA 1R7JA 1XMAA 4M6XA 3HCQA 3N4MA 4OIOF 4E0WA 5D8KB 3RYRA 4O3BA 4HV5A 4NF5B 2E1CA 2P0SA 3V7SA 5HLHA 3E97A 3U92A 2RKHA 1H0MA 3HOTA 4BQAA 2K27A 2PX1A 5DEQA 4FEDA 4RB0A 3J81K 1T6SA 2EA4A 3ULQB 4BHBA 4EGYA 5K2YA 1FLIA 4KN7X 1ZH5A 3S2WA 1EH7A 3TCHA 4N9HA 4IHTA 4KNYA 2IA2A 1SAXA 3H6WA 2DI3A 2ZNTA 3KZGA 1OYYA 3IRRA 1W7PA 5L3BA 1URDA 4NF6B 3VFJA 4L9VA 5BWJA 3H6TA 4H67A 1S8NA 1LCFA 5LRSA 2Y0MA 1AIVA 4K3FA 3P9KA 1QNTA 3KP6A 1MDMA 1EH6A 1ZLQA 2I6EA 3GLXA 4G6DA 1B0LA 3G3GA 1XGSA 4PGGA 3QUJA 5B70A 4HS7A 3TOBA 5D4RA 1MY4A 5IAIA 4XLNF 1R1UA 1J5YA 1B5IA 2HXWA 2QS3A 1P1NA 2H98A 4U88A 2L4AA 2DQRA 5KK1A 2JT1A 2E7XA 1TW2A 4IVNA 1D9YA 2LNBA 2XROA 3KJ7A 1LVAA 5H8QA 1OKRA 4LP2B 1N76A 3O6GA 2MH9A 2F2EA 3O3KA 1O7FA 1QGPA 2DE4A 2K02A 1PB8A 2FNAA 4UHTA 1U78A 3BBRA 4FHTA 3EHUA 3C35A 4OVJA 1NFTA 4I2OA 5B7DA 3B73A 1Z6RA 1ANFA 4M6YA 1SYIA 5L9MA 2OQRA 4RGRA 3O28A 3VODA 1IUYA 4ZE9A 3IB0A 1UFMA 2FBHA 4RXLA 1XGMA 3ZMVA 1A7LA 5JR3A 3DLNA 1MXUA 1HSLA 5I2NA 3HPIA 2F6GA 2VBYA 3HTSB 1KU7A 1KGSA 4Q5TA 1LQ1A 1PDAA 3CUQB 3OOAA 4PFWA 3H4ZA 1URSA 1N84A 1E2XA 4XIGQ 3KEOA 1P4AA 1ZRCA 4O3MA 4DLDA 3IB2A 4I98B 2YX4A 3I5UA 1JQFA 5CYVA 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