The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
135
|
structure length |
135
|
Chain Sequence |
SLKQQFSTKAFQAANLEAYKAQMKEMEESFGALLRQLPSDTEVPGLLEDITRTGLGSGLEFEEIKLLPEVAQQFYIELPIQISVVGGYHDLATFVSGVSSLPRIVTLHDFEIKPVAPGSTSKLRMSILAKTYRYN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Periplasmic domains of Pseudomonas aeruginosa PilN and PilO form a stable heterodimeric complex.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
molecule keywords |
PilO protein
|
total genus |
40
|
structure length |
135
|
sequence length |
135
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chains with identical sequence |
B
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2007-10-16 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JVD A; 1HNW F; 4YY3 F; 4DV6 F; 4DR1 F; 5K1X A; 4GKK F; 2UXD F; 2RJZ A; 4LF9 F; 4NXM F; 2J5A A; 4X65 F; 4BWA A; 2Q7G A; 5LMU F; 2VQE F; 1O9G A; 1VMB A; 4TQD A; 4LF8 F; 1HNZ F; 3VQY A; 4LFB F; 3BHP A; 4AQY F; 4JI7 F; 5K1P A; 2ZIN A; 4LF6 F; 4LFC F; 1N32 F; 4B3T F; 3OTO F; 2ZNJ A; 3VQV A; 2R72 A; 4KHP F; 5LMN F; 2ZNI A; 2ZM6 F; 4LF5 F; 2E5L F; 1N36 F; 4JI5 F; 4JI3 F; 1XMO F; 3DSQ A; 4DUY F; 4DV5 F; 3T1H F; 2R70 A; 1FJG F; 4JI8 F; 3ZED A; 1GH8 A; 1O9H A; 4LF7 F; 1CQN A; 4DV2 F; 1G6U A; 3T1Y F; 4DV3 F; 1FKA F; 2PUS A; 4B3S F; 1XNQ F; 1N33 F; 1IJE B; 4CS3 A; 4NXN F; 4YHH F; 4DR3 F; 4CH3 A; 2Q7E A; 2YY3 A; 4DUZ F; 4DV7 F; 4B3M F; 1XMQ F; 2KJV A; 4JI4 F; 1G7C B; 1LOU A; 4DR6 F; 2HEP A; 4JYA F; 3QTC A; 1I94 F; 2F4V F; 4TQF A; 2QJ1 A; 4X62 F; 1IBK F; 2HHH F; 1B64 A; 4DV4 F; 4CH5 A; 4DR5 F; 2BXJ A; 2BVZ A; 1HR0 F; 1RIS A; 4X66 F; 2UXC F; 4CH4 A; 1IBM F; 1QJH A; 1HNX F; 4B3R F; 5IWA F; 4DR2 F; 4ZIB A; 5AJ3 F; 2B7B B; 2ZIO A; 4CH6 A; 1XNR F; 4OX9 F; 2YI8 A; 4JI2 F; 4CS4 A; 2UUB F; 1G1X A; 4GKJ F; 2UUC F; 2YIB A; 1J5E F; 1IJF B; 2Q7H A; 4DR7 F; 2B7C B; 1F60 B; 3ZZP A; 2ZIM A; 2RQ6 A; 2ZCE A; 4JI1 F; 4JI0 F; 2PGG A; 4X64 F; 4DV0 F; 4LFA F; 3R3T A; 5BR8 F; 4DR4 F; 4JI6 F; 4K0K F; 4JV5 F; 4CS2 A; 1CQM A; 1N34 F; 4BW9 A; 2YIB D; 4DV1 F; 2UUA F; 2UU9 F; 2UXB F; 2E3C A; 2YI9 A; 2VQF F; 3VQX A; 1IBL F; 2YIA A; 2KJW A; 4LF4 F; 4Q6G A; 3VQW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CYU A; 2GX8 A; 4ZVT B; 2JEF A; 2X6B A; 1I5O B; 1SES A; 2AJF E; 2ZDO A; 3FFI A; 3D2W A; 4N76 A; 1COW G; 4N8O A; 2W9B A; 1HHS A; 4PRF A; 2DNR A; 2HQ3 A; 4P71 A; 1TA8 A; 4N23 A; 4I4T A; 3MAQ A; 4NML A; 4RW6 A; 2GVZ A; 3ZED A; 4FKY A; 1RT2 B; 1VJQ A; 2HHH J; 4PPZ A; 2IJN A; 5B0G A; 5D5P A; 3SBM A; 1NK7 A; 4MW3 A; 1WTF A; 3ZHU A; 1IKV A; 4WFX A; 4HH1 A; 3CCR V; 3OXG A; 4EO8 A; 1IN0 A; 4ZN3 A; 1F5B A; 4XDJ A; 2P4V A; 5AE3 A; 3A8E A; 4IOB A; 4HDG A; 1T9W A; 4P2F A; 1NB7 A; 1SCJ B; 1GXL A; 4CLU A; 4U7N A; 2DY1 A; 5LXY A; 3V6D A; 2XZD B; 4UOH A; 1UCN A; 2Z5U A; 2MKI A; 3N6M A; 4O4I A; 4LBH A; 1KU9 A; 1D9D A; 3QMQ A; 1DZ5 A; 1R0B G; 2IAJ B; 3RWR D; 2XCA A; 5I4M A; 5DGA A; 3GSD A; 1H7X A; 4ER8 A; 2QA4 G; 1OCZ B; 3KLE B; 3PHT A; 1CP9 A; 4HT5 A; 1IBL F; 2VKZ G; 1T9Y A; 1SPB P; 2QGN A; 3ZZO A; 5KAI Z; 5H2F Z; 4JV5 B; 5LMU O; 1R31 A; 3KJF B; 4QJV A; 2BZ2 A; 4M5L A; 4DV0 O; 3CD7 A; 2OPS B; 2V2V A; 2DRB A; 1Y0H A; 4EYH B; 1QR8 A; 1R6K A; 3KK1 A; 2HW3 A; 3AJD A; 1AP6 A; 3C6U B; 2EIN B; 2CQC A; 1LW2 B; 1I94 J; 4JI8 F; 4BDP A; 2Y4U A; 1RPO A; 1KP3 A; 1T05 A; 1M5V C; 2KVI A; 2GS8 A; 2F63 A; 4ZCI A; 2RRB A; 1FRJ A; 2GVZ B; 4TLR A; 2OH2 A; 3IG1 A; 1LOU A; 2AJ2 A; 3VV2 B; 2WK4 A; 2GAH C; 4DV2 B; 3T1Y B; 2HHH O; 3M6U A; 1N33 B; 4WFF A; 1GXT A; 3SJQ C; 5F9N A; 4DV4 F; 2LQ5 A; 1YTF B; 4LVO P; 5GAH I; 4U96 A; 4NR1 A; 1GN2 A; 2HJD A; 1XK8 A; 3BBF A; 1DQ8 A; 2BOC C; 1FDA A; 1HW7 A; 2ZD9 A; 2UXN A; 1XJW B; 2XS2 A; 2ZIT A; 9RUB A; 2LEA A; 2F4V O; 4KFM A; 4UOF A; 4B3R B; 2M2B A; 3QYY A; 3HPO A; 1OSD A; 5IYZ A; 1YVF A; 5KAF Z; 3LGN A; 4U3J A; 2KXF A; 2RDI A; 2MQP A; 3GR1 A; 2RU3 A; 4BW9 A; 2H3E B; 3V5R A; 4ZPB A; 3CJT A; 2VH7 A; 4OX9 O; 4JI6 B; 2BJ3 A; 2WSE C; 4YS2 A; 4PA9 A; 1HBN A; 4X64 O; 3M8W A; 1EET A; 2VDI A; 3CJ8 A; 4LRD A; 3CCU S; 4PEL A; 1SJQ A; 2LP4 A; 4C2M A; 3SZ2 A; 2JK5 C; 2KG0 A; 1AFJ A; 1VQK V; 3FBC A; 2M52 A; 5CYM B; 2CG8 A; 4MTX A; 4NOH A; 1X9W A; 3FCW A; 2DXE A; 4ECR A; 2ZE2 A; 1NVP D; 2KG7 B; 1FF2 A; 4ED4 A; 3SV3 A; 3IFE A; 1W26 A; 2GHP A; 2JSX A; 5GVQ A; 4W4M A; 1K34 A; 4PDL A; 2EXU A; 5C2G A; 4J9R A; 1VC6 A; 2WOM B; 3RGB A; 2Y4T A; 1UFL A; 3I87 A; 1KQK A; 1I94 O; 2ZOM A; 3TQ1 A; 1VQ8 S; 1B3T A; 4RNF A; 4J11 A; 4G1P A; 1FJG O; 3K3W A; 3OD4 A; 3R5B A; 1OPZ A; 3R6G B; 5KA6 A; 2ZZM A; 2GIF A; 1U49 A; 1OYD A; 4JI0 J; 4NEY A; 1NDL A; 3EXC X; 2VF3 A; 1Y3J A; 2XI3 A; 1BWE A; 2OSR A; 1QTN B; 1XNR F; 3AA8 A; 4LRE A; 4OYI A; 5EIB C; 2J9E A; 2UUC F; 3RZA A; 3CD5 A; 1FHT A; 3NBP A; 3HI9 A; 2B8Q A; 4DV6 J; 4QPJ A; 1JLG B; 1FA0 A; 2L9D A; 2CUY A; 3ZMS A; 5HRO A; 3GJS B; 3Q23 A; 3CO9 A; 1EP4 A; 3QGP A; 2ROP A; 2EG2 A; 4PWU A; 5IYZ B; 4AYB D; 3BAA A; 4U3J B; 5FD1 A; 4NL5 A; 1YZ7 A; 4FPP A; 3VQY A; 3H2V E; 2G0J A; 3UQ8 A; 3LNN A; 5CZX A; 4I7Z B; 2HVE A; 2DJV A; 4O44 B; 5F41 A; 2KRR A; 3SYO A; 2R72 A; 4B9L A; 2PN6 A; 3KUE A; 5L3F A; 3VGT A; 1NK6 A; 2RT3 A; 3GV5 B; 7FDR A; 5JQG A; 2DO0 A; 3BN7 A; 2ZBR A; 4DV3 F; 2DNH A; 2E5L B; 4DUZ F; 1M57 C; 1VQ9 V; 1MWZ A; 2IBZ H; 5LGU A; 2NUH A; 2L41 A; 5EGY A; 4TWK A; 4I9Q A; 1D5A A; 2JWN A; 2BAN A; 1S6U A; 2KTQ A; 5EBW C; 3ZN1 A; 3CNQ P; 4UCU A; 4KH0 B; 4WKR A; 3VVT A; 1KQG B; 4IIJ A; 2DK2 A; 3KJV A; 1UJ6 A; 1N6Q B; 1FT8 A; 3OQ2 A; 4KFB A; 3GFZ A; 3BKU A; 3UO3 A; 4CLT A; 3DRR A; 3U0Z A; 4ERD A; 2ZE5 A; 3TA1 A; 2VFS A; 1RZM A; 1E6Y A; 3M05 A; 4YXW G; 2YH0 A; 3I0R A; 1GT8 A; 2CQP A; 1KLN A; 4O3O A; 3DNC A; 3G2X A; 2XSJ A; 3NBP B; 4H4O A; 1OIA A; 2ILY A; 4YY3 F; 1Y74 B; 2W6I G; 1U0H B; 1QBZ A; 2BYC A; 2Q43 A; 1JX9 A; 3LUY A; 1H38 A; 2LJ2 A; 3ABL B; 4C3L A; 2W24 A; 3WG7 B; 3J7Z T; 1O0P A; 4JV5 O; 3RUB L; 2QMX A; 1FK9 A; 2NXC A; 4U67 Q; 4LF8 B; 1NU1 H; 4KHM A; 2I38 A; 1PIL A; 3HHL D; 4BWJ A; 2E76 B; 1XC9 A; 2K9P A; 4LP8 A; 1V6H A; 3K7R A; 4DR3 F; 1KUQ A; 2JEU A; 1CG2 A; 1G4C A; 4NLT A; 1T95 A; 5JQG B; 5DG7 A; 2LQJ A; 3BEH A; 2MSS A; 1RTJ B; 4C8M A; 3MD3 A; 2NXE A; 4K4T A; 2AJ4 A; 4DV2 O; 3T1Y O; 2H5J B; 1F23 A; 1N33 O; 1CPZ A; 3CWB H; 1XEQ A; 3P96 A; 3D4J A; 2DOS A; 3K5L A; 2VD3 A; 2HGM A; 1VQ5 V; 2Q7H A; 1VIS A; 2FJE B; 3BQ0 A; 1FFS B; 3V6J A; 3ZMT A; 2VOP A; 4EZ9 A; 4OYP A; 1AP5 A; 1VC5 A; 1KC8 T; 4NXM J; 2HGN A; 4B3R O; 2DR7 A; 4PXC A; 1FRM A; 4X88 A; 3FCH A; 4LF2 A; 4MMO A; 3VQT A; 5IDJ A; 4X4N A; 2KJW A; 4L72 B; 1OCO C; 1X5T A; 5B08 A; 2WLJ A; 4X65 F; 2MK3 A; 1WHX A; 3N2K A; 3BGF A; 3GIJ A; 2XSJ B; 1WG1 A; 1H6K X; 4JI6 O; 2CAD A; 2FLL A; 4AQY F; 2GO8 A; 3E51 A; 3LTO A; 1CEZ A; 4P9O A; 3ILL A; 3VAI A; 3CYO A; 3JD0 A; 3SXL A; 4I55 A; 4U9R A; 5AE2 A; 3MXH P; 2XBP A; 2IDE A; 2R9L A; 4NLY A; 3N4W A; 5HFL A; 2ABY A; 2ZD1 B; 3EZ5 A; 1S9E A; 4MS2 A; 3W8P A; 4O0N A; 3DOK A; 1G8M A; 1BQM B; 3TZZ A; 1RYS A; 4WWS A; 2HEP A; 4C7U A; 5GAH U; 2XAH A; 1VQP S; 1J27 A; 4U8V A; 2CH7 A; 3DXR B; 1VHI A; 5B09 A; 1TL3 B; 3HZE A; 4WFE A; 2LGW A; 4UV8 A; 1IBM F; 2A2C A; 2MQ8 A; 4WBF A; 4PYA A; 2VAS A; 2R8K A; 2PMW A; 3LGM A; 4CRJ A; 4IRC A; 1U45 A; 1YJV A; 2M6Y A; 4KL1 A; 3FSY A; 2EC0 A; 5C24 A; 5ETT A; 1N4C A; 1FDD A; 5A2Q N; 1NLK L; 2YIB D; 2OYQ A; 3HJF A; 1HBM A; 1XHZ A; 1RT4 A; 2A3J A; 4RUB A; 3FYE B; 1TQL A; 1WJ9 A; 3VQW A; 2D2C B; 1U6Z A; 2ZKU A; 3KLH A; 4I6W A; 4LF6 B; 4YEA A; 3UVJ A; 2MZQ A; 2QTW A; 4NYZ A; 3UI3 A; 2H1Y A; 3TEG A; 2ZH5 A; 4G27 B; 3RRG A; 1FXL A; 4B9M A; 1K9M T; 2RQK A; 3SQG B; 1OCC C; 2JC1 A; 1KQS R; 5KOW A; 2CWK A; 2GW8 A; 2LA6 A; 2ODM A; 2XND G; 2ZNI A; 1T9V A; 5CBG A; 2BW2 A; 3UDL A; 2M7W A; 5L9X A; 4JI7 B; 4NTW A; 1S6Q A; 1F5A A; 3ENQ A; 3ZTP A; 1TVR B; 1S12 A; 2CDQ A; 3UT5 B; 3US5 A; 5DZ7 A; 1WB7 A; 4ASU G; 3ZHT A; 1RTD A; 1N0V C; 4CLY A; 4WP8 A; 3MEG B; 4Q0B A; 4USI A; 1RK8 A; 3HKB A; 3SSS A; 2KRB A; 1HDJ A; 2E5L O; 1OJH A; 3DOK B; 4QWE A; 4X1I B; 2MKC A; 1C2P A; 1QJH A; 4HYK A; 2L6L A; 3TAQ A; 5ETV A; 2K8G A; 2YKN B; 4LFA B; 2MLZ A; 3QGH A; 1SUQ B; 3ZCC A; 4LF4 J; 2MLY A; 4LC1 A; 4IG3 A; 2WON A; 2Q0O C; 2FGC A; 2J6T A; 1KEC A; 1HWK A; 4OV6 A; 3UDC A; 4NLX A; 1NJI W; 3CE2 A; 3M2R B; 2QX0 A; 4TY8 A; 3ZBH A; 2XCP A; 1ZET A; 2YNI B; 2XEX A; 1FD8 A; 1NDC A; 1YJR A; 5C24 B; 1S5H C; 1S6P B; 2FIU A; 2JGD A; 1C1B A; 2HVK C; 4LF5 J; 3N01 A; 3DLE A; 2HZV A; 1DF5 A; 4UCS A; 4RNN A; 1MW7 A; 3GQC A; 1U02 A; 3BHP A; 3MM8 A; 2AYM A; 4HR2 A; 4A5U B; 2B6A A; 3TEH B; 5IFM A; 2BCC H; 4G1Q B; 2LQ9 A; 4K2X A; 1LXN A; 3CJH B; 2B1G A; 1XMO F; 2Q4P A; 2EPI A; 2VZ9 A; 1X9S A; 4J9Q A; 2X7I A; 3EZO A; 4ED2 A; 1TUB B; 3BN4 A; 4LF8 O; 2CJY B; 4X20 A; 1VYA A; 4YR3 A; 4PXD A; 4CLS A; 1AIL A; 1QE1 B; 3O1L A; 4ZI7 A; 3RVY A; 3P3D A; 2CE4 A; 1G7C B; 1S6Q B; 1FYJ A; 2KB1 A; 3CE8 A; 5DM7 Q; 4RUH A; 1WSV A; 4IHJ B; 1TL7 A; 3QO5 A; 2Z56 B; 2UUW A; 4P9S A; 4OJ3 A; 1JLE B; 1MWQ A; 4PI0 A; 3OMA B; 3HM9 A; 4O4H A; 3NXZ A; 3KNA A; 3GE9 A; 3N79 A; 3AD9 C; 5HQM A; 2GMH A; 3PRD A; 5CB4 A; 4MKA A; 3E01 B; 3NS5 A; 3H5X A; 1WPX A; 4WPA A; 3R2C J; 2XAQ A; 1K0V A; 2CWX A; 4JI1 F; 1B0T A; 1XIQ A; 3IR5 B; 3BDP A; 2MY7 A; 4K0K F; 3FD9 A; 3K59 A; 1CJT A; 1K1Q A; 4DR7 B; 4R0J A; 4LF6 J; 4M5G A; 3T1C A; 2WAM A; 3AG3 C; 2R8H A; 3U1M A; 5DQI A; 2J7U A; 2CJ9 A; 5JXS A; 3I55 S; 4PA4 A; 2Z0G A; 3DOL A; 1H73 A; 3Q4H A; 1R43 A; 1VRT B; 4PG8 A; 2UUA B; 4KPY A; 4IOA Q; 2XLJ A; 1R8H A; 1M5O C; 5FNV A; 5HMX A; 1NPR A; 1YBT A; 2C2R A; 1RFY A; 1VQL V; 1AB3 A; 2ZDI A; 1P49 A; 2G13 A; 2FVC A; 2OPQ A; 3ZN0 A; 1IXK A; 3KLG A; 1Z5W A; 2L35 A; 4LH7 A; 4GC6 A; 3JSM B; 4C7Q A; 3X3U A; 3LDC A; 1RT3 B; 1N5V A; 3KWM A; 2PA8 D; 2IDL A; 3ZZR A; 4JI2 J; 1NBM G; 3H1I H; 1P1T A; 3OW2 R; 3UD3 P; 3RYL A; 3HPL C; 4Q8F A; 2PYJ A; 4RW8 A; 1JJ4 A; 5C93 A; 4LFA J; 3RYF B; 2WLL A; 1FFT B; 2GIR A; 3CUL A; 1HLW A; 4O4L A; 2AYG A; 3DMJ A; 4RUF A; 3C3S A; 2OEL A; 3U7J A; 2RQ6 A; 4OLP A; 2VC1 A; 2PGG A; 2UXD J; 1SKR A; 3DXB A; 5J2Q B; 5A8R A; 3N2G B; 3OSP A; 1NJX A; 2D9P A; 1OY8 A; 4ZIT A; 2WB4 A; 1XNQ J; 3OL6 A; 2ILZ A; 4ZVQ B; 3Q8U A; 2NR5 A; 3W9I A; 5ADZ A; 3M8Y A; 4PA3 A; 4ZCL A; 3RVZ A; 1KYO F; 5CA1 B; 1T94 A; 1BQN A; 3S3X A; 1Z5V A; 4LRC A; 4X89 A; 4LF6 O; 1RDR A; 1S99 A; 3EXY A; 3JAL B; 3ZIA G; 3KG4 A; 4X4O A; 2JFK A; 2GVD A; 3CJ3 A; 3TUI C; 1CJV A; 5KT7 A; 1UJ5 A; 3IBW A; 5FNV B; 4CZZ A; 3HHD A; 3ZMU A; 3OMI B; 4JGS A; 3TAP A; 4KHP B; 3RGI A; 3OR6 C; 3M8Q B; 2RIJ A; 4PYD A; 4JI7 O; 4NTX A; 4GLX A; 1NK5 A; 1R6V A; 3CRC A; 1JIH A; 2M70 A; 1VQO S; 3BRC A; 1V3Z A; 3KOA A; 2LP7 A; 7FD1 A; 1HW9 A; 1YTF D; 3PN1 A; 3D0I E; 4IKA A; 5IV3 A; 5EYP B; 4JYC A; 1K1S A; 2GQC A; 2YI8 A; 4PDR A; 2HHP A; 3W63 A; 3R5C A; 3HF5 A; 2UUB F; 5KFV A; 2QWP B; 3ZXW A; 2APO A; 1HNX B; 3FQL A; 2U1A A; 2WLL B; 2D74 B; 4LFA O; 4DLG A; 1K47 A; 5C25 A; 4N41 A; 3NXS A; 2BA9 A; 3EYZ A; 2DGO A; 3I5B A; 4YIP A; 4WTY A; 1LK7 A; 2V2Q A; 2X51 A; 1HI0 P; 1ZTW A; 2WLH A; 3CRR A; 1S1W B; 2YKQ A; 5K8N A; 1VJW A; 5ITZ B; 3DLJ A; 3FSI A; 2F3J A; 5KFD A; 1O9G A; 1NPP A; 4B17 A; 2PFD A; 3CJS A; 4D3H A; 2V4R A; 2QWQ B; 2V2K A; 1ZAX A; 2MY8 A; 2CTQ A; 4W4L A; 2YNH B; 4P72 A; 1SKS A; 1P9Q C; 2YPY A; 3MDS A; 5D15 A; 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