1FXXA

The structure of exonuclease i suggests how processivity is achieved
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
470
structure length
459
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPEGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Escherichia coli exonuclease I suggests how processivity is achieved.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords EXONUCLEASE I
total genus 157
structure length 459
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2000-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1fxxA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 1fxxA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1fxxA01
3NH0A 3QEVA 3VQ7A 1RBTA 4CF8A 3ZT2A 1JXBA 4E1MA 2WOMA 4XIUA 4B08A 3DLKA 4FJ5A 2HNZA 2AJQA 1C0MA 4B8AB 4FJ8A 3SQ0A 4KB0A 4BDZA 4KI6A 4GVMA 1U47A 1J54A 3VQAA 3V9WA 3V81A 4C8LA 4ZTJA 4CJUA 4UQGA 1CZ9A 1X1PA 4E19A 4HUGA 3LAMA 3NH2A 2HHXA 1DTQA 1JLFA 3KKSA 4W5OA 4CE9A 4DMNA 1C1BA 3TAEA 3OVNA 1NK6A 3S3OA 3O4QA 3U3YA 4K8XA 3ZSYA 1C1CA 3AVFA 4CJWA 1S5JA 1RBSA 4LH4A 3M8SA 1BIZA 4DLEA 5KGWA 3MAQA 4PUOA 2HW3A 4O0IA 1ZBIA 1TL3A 3HPOA 5HROA 1RBRA 1QTMA 1HMVA 3NE6A 1FKPA 2OZMA 4FJNA 4BE1A 4PY5A 4ELVA 1ASUA 1WSHA 3THVA 2IS3A 4CF9A 4CJEA 3OYMA 3SNNA 3ZSOA 3PY8A 4CECA 3TAQA 3KK1A 4Z4IA 4E1NA 3ZSXA 4J2AA 1UWBA 3K5LA 3PV8A 4HTUA 1S6QA 1CZBA 3HSTB 3C6UA 1EETA 1U04A 4FJJA 1QHTA 2D0BA 3VQ6A 4FJKA 3AA5X 1JL1A 3C6TA 4CJVA 1FK9A 4Z4CA 3OYNA 2VG5A 2Y1JA 3M8RA 1NK5A 5I3UA 4CIEA 3DRRA 2DFEA 3LAKA 2KW4A 5C42A 5CYQA 4FLXA 5EU7A 2EHGA 4F2SA 3OYKA 4F8RA 1WSFA 1UA1A 1LAVA 1LWEA 4PA1A 3LZIA 2O4GA 5FRNA 1X9WA 2QK9A 4JS5A 1J53A 4O55A 3OS2A 3AO1A 3NGIA 5CZ1A 2X78A 4CEQA 2P51A 1BIUA 3VA3A 3A2FA 4KHQA 3LP1A 3KK3A 1TV6A 2E6LA 2Z1HA 3AVNA 4G1QA 4IG0A 2P1JA 3WNEA 4DQRA 2HMIA 1K6YA 1HNVA 1WSJA 4CFAA 2X6NA 4W5QA 3DLGA 4DTMA 3DLEA 2Y1IA 3SQ1A 4FZXC 1X9MA 2XY6A 3NF8A 1NKBA 1U45A 3DLBA 3NF9A 1KVCA 4CEAA 3S9HA 4IKFA 1WNSA 4B9VA 2XY8A 2HHUA 1GOAA 2OPSA 3CYMA 3O4NA 4CGIA 4E0DA 4CJKA 1XWLA 4GW6A 4CJ4A 4Z4GA 2ZQBA 1BI4B 2G8WA 1CLQA 3AVIA 3TAPA 3SV3A 3AO3A 3OY9A 3RR7A 1IO2A 4WE1A 2FBXA 3L8BA 4KRFA 1VSMA 3QO9A 3V4IA 3RMCA 3VN5A 1S1TA 4R5PA 1IKWA 4F3TA 3ZSWA 3ITHA 3MECA 3VQ9A 1HQUA 3O3HA 1TKXA 2Z1GA 2OPPA 4RW7A 2VG7A 1DTTA 4BWMA 3P83D 4DFPA 4RW4A 3TAGA 1U48A 1TL1A 3LALA 3TWHA 4JLHA 4DSKA 4CFBA 4J2BA 1JLEA 4CEDA 4DG1A 2D0AA 4W5RA 4CFDA 4ZTFA 1IKVA 1N5YA 3RR8A 3VA0A 4B9LA 1IH7A 3G10A 1KFDA 3AVHA 2P5GA 3TAMA 4LH5A 3LP3A 1JL2A 3PX4A 4PWDA 4Z4HA 1LAWA 4OVLA 4FM2A 3L3UA 4B9SA 1QS4A 2E6MA 3L3VA 5J2PA 1JLQA 4ZHRA 5E41A 1NJYA 4HUEA 1IG9A 1RDDA 3KKRA 4FJMA 4IFVA 1JLAA 3DRSA 3L2QA 2VWJA 4Y1DA 1NJXA 2YHBA 2G8KA 4OLAA 3OYEA 3NAEA 3MEEA 4IG3A 1Y97A 3AV9A 4B9TA 4DQPA 4M3XA 3OYCA 2Z1JA 4FXDA 3T1AA 1Z25A 1RDAA 1KVBA 2VWKA 1RT1A 4FJIA 3LDSA 4B9MA 4FJHA 1DLOA 1Q8IA 4KHYA 3HP6A 4AH9A 2PYJA 4E7LA 2P5OA 1A5VA 2D0CA 2G8VA 1HJRA 3RWUA 3OYAA 1ASWA 1VSHA 3AVLA 1RCHA 4DQQA 4DU3A 1U49A 3ISNC 1SV5A 1VSIA 5DMRA 4DFJA 3KLGA 2FBYA 3T19A 3O3GA 4KB1A 1S6PA 2O4IA 2BANA 1S9EA 1RDBA 3QESA 3K58A 4BWJA 4B9NA 4LSNA 3C95A 1ZYQA 1TK8A 3LWLA 2PY5A 1XC9A 2HB5A 3OYGA 1JKHA 2F96A 3AO5A 1RT2A 3L2UA 4E89A 2Z1IA 5HRRA 1HQEA 3AO4A 5CZ2A 4CESA 3KLFA 3QNNA 1W9HA 3WNHA 1NKEA 2QKKA 4OLBA 4CGFA 4CHZA 3OYHA 3LP2A 1RT4A 3LWMA 1VSDA 3ZT4A 4HCBA 1B92A 2DTUA 3VQDA 4RW9A 3L2WA 3CFRA 4DSLA 4KI4A 1NK7A 3QNOA 5JS2A 1BCOA 4CFCA 1ITGA 4W5NA 4NCBA 2GBZA 5KI6A 3HPGA 3PX0A 1IKXA 4CHPA 3ULDA 4CJFA 4DSEA 2E4LA 4LD0A 3PO5A 1TAUA 4BE2A 5CY4A 4KTQA 2IAJA 1SL2A 4CJLA 4AHTA 4CJ5A 1L5UA 1A5XA 2Q3SA 1F21A 3QIOA 1KSPA 4K8ZA 3VQCA 1SUQA 3IG1A 3ZCMA 4IBNA 4I9LA 3PO4A 2XY5A 1JLBA 4C8OA 2F8SA 2QKBA 4OPJA 2IGIA 5HRNA 3HVRA 2KZZA 4FM0A 2F8TA 3M8QA 3I0RA 4DQIA 4ID1A 1D9DA 2KTQA 3S3MA 1SKSA 1QQCA 5HRPA 3RMDA 1Z26A 4I7FA 3ZSVA 3CM6A 4CIFA 1LW0A 1C0UA 1BCMA 1LWFA 4KTWA 3T3FA 4Q0BA 3CM5A 3ZT3A 1NOYA 3ZSZA 3IAYA 3QEWA 1C6VA 4Y1CA 4N76A 2OPQA 4FLUA 1YTUA 3HVTA 4RW6A 4W5TA 1LWCA 4DFMA 1Q9XA 4CHYA 1WLJA 1WSEA 2KFZA 3DLHA 5C25A 1T7PA 4DS5A 1ZBUA 1TKDA 4DLGA 2ZD1A 4YNQA 1UA0A 4FYDA 3DLRA 3DRPA 4JS4A 1KLMA 5KGXA 3SCXA 2PYLA 4ELTA 4FW1A 2RN2A 3TI0A 1RBUA 4C8NA 1REVA 4CGDA 3SI6A 3VQ4A 4AHVA 3DOLA 4DU1A 4M42A 4KAZA 1D9FA 4DFKA 1D5AA 3VQ5A 2OZSA 4CEFA 4FCYA 3MXIA 1XHZA 1KFSA 2KQ2A 4O44A 4DTRA 2G8FA 3AVKA 3AVJA 4FLWA 4E3SA 1X9SA 3AA3A 5FRMA 2B4JA 4DTXA 3DOKA 2FBTA 3OYIA 4O5BA 4AHSA 3EZ5A 1T05A 1J5OA 4ELUA 4M3RA 5C24A 5KRTA 3HPHA 4KO0A 4DTOA 4CCHA 3NBPA 2R7YA 3O3FA 4FZYA 4ICLA 1WSGA 2BE2A 3I0SA 1HYSA 1EXQA 1CXUA 4LY7A 3PX6A 1RNHA 5FROA 2XO7A 3HT3A 4OKKA 1RTHA 2RF2A 4NYNA 4JRPA 4J2DA 1HRHA 3AVCA 3AVMA 3PUFA 5SWMA 4CJSA 3IS9A 2VG6A 3OYJA 3TR8A 4AHUA 1IKYA 3RMBA 5HRSA 4CJRA 4E7HA 3SUQA 3KJVA 5T7BA 1C0TA 1VSKA 5FDLA 2DFHA 4CK2A 4HUFA 4O4GA 2YKMA 4AILC 3LPTA 2KZMA 1VSEA 2LSNA 3H08A 1KRPA 3B6OA 1NK8A 1KCFA 3NDKA 2EX3A 3SPYA 3NF7A 3NF6A 3ZSQA 2FBVA 3OYLA 4F4KA 1NK4A 4AHCA 1U4BA 2BGGA 4PQUA 3OYBA 3UIQA 4CGJA 4CHQA 1BL3A 3K57A 4EP5A 2IOCA 2HHQA 1S1UA 5CYMA 1SL1A 1LW2A 3K2PA 3D0PA 4Z4FA 1NK9A 1VSFA 4CGGA 1S1XA 4M3WA 4CJ3A 3AVAA 2ATQA 3I8DA 4B8CA 3U3GA 4CHNA 1T03A 3MXJA 1HYZA 4KKOA 4MQ3A 3WNFA 1Q9YA 3OJSA 4H4OA 3KLHA 4QCLA 1NJZA 5HLFA 1SL0A 5KTQA 3SUOA 4OGEA 1W0HA 5JS1A 3V1RA 1BGXT 1KTQA 2PZSA 3CFOA 1I39A 4M3ZA 3G0ZA 1I3AA 3RRHA 3SUPA 4KPYA 3WNGA 2NUBA 4CEZA 3OS0A 3OYDA 1ZBFA 4F3OA 4FK4A 2YHAA 4EZ6A 4N41A 4C8KA 3AVGA 1C1AA 4FLYA 3QIPA 4DTSA 3CG7A 1TK5A 3LPUA 3MEGA 2XY7A 4FJGA 3LP0A 4TSXA 3HXMA 4DQSA 4I2QA 3CFPA 3K5MA 4N5SA 3B6PA 3HK2A 1UAXA 3VQEA 1O1WA 1QE1A 1RTDA 1D8YA 4FJLA 3HJFA 2RPIA 4M3YA 4CF2A 4JRQA 4IDKA 1TKZA 1YTAA 5KRSA 3SV4A 3BDPA 4B3OA 3BGRA 4DWIA 1B9FA 4ID5A 1BQNA 2B6AA 4OPKA 4CEBA 2G8UA 2A1RA 4KV8A 3NGYA 3V1OA 3AO2A 3NGZA 3DM2A 4OJRA 4QAGA 3TAFA 4BE0A 4KHNA 1NOZA 4Z0UA 2ZE2A 4RW8A 2ITGA 4CERA 4CJTA 4FLTA 3QEIA 4NCGA 3RMAA 1ZBHA 1J9AA 1R0AA 3NHGA 1EKEA 4FJ9A 5D3GA 3DI6A 4NCAA 1UOCA 1XHXA 2BDPA 4OGCA 2IDOA 3MXMA 3C94A 4CF1A 1RBVA 3NH1A 3S3NA 4M3TA 3OYFA 1RTIA 1WSIA 2JGUA 3ZSRA 1TKTA 3L2VA 1G15A 2GUIA 4KTZA 4FLZA 4RG8A 4CEOA 3RRGA 4DSIA 4FVMA 3QETA 4H8KA 3K5NA 4GMJB 3RTVA 4HVJA 4DTUA 1MU2A 4KHUA 5HBMA 3QEXA 3ASMA 5SZTA 1EX4A 4CJPA 4BDPA 4KFBA 2HHSA 1TGOA 1VSJA 1RT7A 3V6DA 2RKIA 2YNFA 4DU4A 3E01A 1HPZA 1XI1A 3VQ8A 4CF0A 1TVRA 4NYFA 3SUNA 5J2NA 2FC0A 1N6QA 5DK5A 4Q5VA 3VQQA 4FM1A 1RDCA 2G8IA 1A5WA 1GOBA 1S1VA 3IRXA 3P1GA 3EYZA 4BACA 4E7KA 3ALYA 3P5JA 1RILA 1QSLA 4FJXA 3QEPA 3TARA 1LV5A 3ZT0A 1L3SA 1GOCA 3MEDA 3KK2A 1B9DA 3AA4A 1RT5A 3NCIA 3QERA 1BISA 3KD5E 4J2EA 4M45A 3AVBA 1YT3A 3M8PA 1WAJA 3JSMA 3CQ8A 4DS4A 1T8EA 1L3TA 4F2RA 2KFNA 1VRTA 4N56A 3F73A 2HHVA 1WN7A 1NKCA 1ZBLA 4MFBA 4QOZB 3HP9A 2OPRA 3D45A 4E7IA 2HNDA 4DTPA 5J2QA 4CEEA 1VK0A 1ASVA 2YV0X 4I2PA 2XHBA 5HP1A 3KD1E 3QINA 2IC3A 3VQBA 3JYTA 2HNYA 2WONA 1L3UA 2OA8A 3TANA 3K59A 3DYAA 3ZT1A 4DTNA 4DF4A 4HCCA 2YKNA 2W42A 4DF8A 1BHLA 3U6FA 3V9XA 1S9GA 4FK0A 4M3UA 1RT6A 4KHWA 1WAFA 2G8HA 2HVHA 3SPZA 4DTJA 1VRUA 4CJQA 3SJJA 1TAQA 4FK2A 3LANA 1SKWA 2ETJA 2YNHA 3QLHA 2D5RA 3OJUA 1L3VA 4B9UA 3LZJA 1FXXA 4DSFA 4CGHA 3TABA 3F9KA 3NFAA 4CK1A 1BQMA 3SZ2A 1S1WA 4N47A 5K14A 4AHRA 1HNIA 4E7JA 4H4MA 3KTQA 4C8MA 1JLCA 4IFYA 4KHSA 4KREA 4O0JA 4CHOA 2GV9A 4Z4EA 3SYZA 3SQ2A 3VQPA 3KLEA 3K5OA 1JLGA 3HYFA 1NJWA 4M41A 2DFFA 3HO1A 2DY4A 1QSSA 1FKOA 3EY1A 2HHTA 1KVAA 1TK0A 3L2RA 1JXEA 1YVUA 3V9SA 3AA2A 3HL8A 4OKJA 1HYVA 4DSJA 1VSLA 2JLEA 4CIGA 4LSLA 3OS1A 4EZ9A 2YNIA 3DMJA 3V9UA 1CXQA 2A1SA 2B5JA 2YNGA 3V9ZA 1SKRA 4FZZA 2HVIA 3HM9A 2X6SA 4OKEA 1KLNA 3KLIA 1RT3A 2HHWA 1EP4A 1BI4A 2X74A 1QSYA 5J2MA 2QXFA 4YFUA 1RTJA 2OYQA 3FFIA 4HHTA 4L8RB 4FJ7A 3SQ4A 4I9QA 4FLVA 2I5JA 4EP4A 4CK3A 5J1EA 5I42A 1NK0A 3V1QA 4BDYA 2XRIA 4FW2A 3KIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V7RA 1IB8A 2JN0A 1IXDA 3L1AA 4FJ5A 3C6AA 2MMBA 3L42A 3CBMA 1XMFE 4M78B 2PUKB 4B8AB 3SQ0A 4KGXB 4DBFA 3NHNA 2E5KA 1U47A 3ID6A 5IHNA 2DXCA 1NU0A 2KGTA 2VXEA 1VIFA 4ISEA 5TKWA 2KRMA 1CZ9A 1SKUB 3WVDB 3LAMA 4W5OA 2QWQA 1OYXA 4FYXB 1RLQC 2WACA 4LF8K 2OTJQ 3INZA 4B6MA 2FF6A 1VQ7N 1C1CA 4CJWA 4EDUA 3KZBA 4FSSA 4DLEA 2FL7A 2HW3A 1YI2N 4LDXA 4I6MA 4PFZA 2CUDA 1Q86U 1VQNQ 3CC7T 5EX5A 3VGKA 3NE6A 4IOCL 3E9PA 3VEXA 4M77B 2ZWHA 4WQ5A 2RHYA 3LW5E 5HK0A 1ASUA 4NLBA 4DV1K 3R6NA 2DTHA 2R58A 4CJEA 1ZBSA 1QCOA 2UU9K 2D8JA 1QZ5A 1NGEA 4FWSA 2GCXA 3K5LA 1VQPT 1Q81U 3QYHB 4DV4K 1S6QA 3HSTB 5GAMg 1MMDA 2HF4A 1U04A 3VQ6A 2NLUA 3LDBA 4CJVA 1FK9A 2E70A 4N4IA 2VG5A 1QKXA 2HSTA 1TUYA 1SAZA 3EGUA 1NK5A 1OX8A 3UT1A 4C92F 4J7IA 3KHYA 4CIEA 2DFEA 5C42A 1R59O 1U1SA 1NG9A 4ME7A 1K0SA 4F8RA 1WSFA 1UA1A 2WSFE 4B9XA 2O4GA 5AQWA 3S41A 3VERA 1X9WA 4JS5A 3CC2T 3JAME 2X78A 4CEQA 1BIUA 5LMNK 1FZ8E 1Q7YR 4KHQA 1GXIE 3JB9D 2OTJA 3CCJQ 4KH1B 1D0YA 4QT7A 1TV6A 4IG0A 3WNEA 2QQ9A 2MK5A 4TVRA 3THWB 1K6YA 1HNVA 1FZ7E 1W97L 3CC7N 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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