1FXXA

The structure of exonuclease i suggests how processivity is achieved
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
470
structure length
459
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPEGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Escherichia coli exonuclease I suggests how processivity is achieved.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords EXONUCLEASE I
total genus 157
structure length 459
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2000-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1fxxA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 1fxxA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1fxxA01
5FRNA 1YTUA 4EZ9A 4JLHA 1JLEA 4OGCA 4W5OA 3TANA 3AVMA 5CZ1A 3ZSYA 1GOBA 5KGXA 4FK0A 2KZMA 4EP4A 3SUPA 1LWCA 1BISA 3VQEA 4J2EA 4CEEA 3NF7A 2X6NA 4CEFA 1TL3A 2PYLA 5HBMA 3U3GA 4CGHA 3DLKA 2ZD1A 3DRSA 4CGGA 4CJRA 4CF1A 3V81A 5EU7A 3LANA 2XO7A 4C8OA 5HRNA 4DFKA 1WSJA 2YKNA 2ITGA 3ASMA 4LSLA 4FLYA 4DF8A 3QEIA 4TSXA 4B9LA 2O4GA 4MFBA 2Z1HA 1SL0A 4FJJA 1JL1A 4HCCA 4CJFA 3K59A 1CLQA 1RT6A 4DLGA 4E7JA 2P1JA 4CJEA 3SPZA 4ZHRA 1TL1A 3U3YA 3KJVA 3L8BA 3NF9A 2DFFA 4BE1A 1T7PA 4FJ9A 1ZBIA 4PWDA 1YVUA 4H4MA 2HMIA 4CECA 4DQSA 1SKSA 4KO0A 1XHXA 4CERA 3IG1A 3DOKA 1ZBFA 4KHWA 4DQIA 2XY6A 3QINA 3KK1A 2OA8A 4BE2A 2P5OA 1MU2A 4FK2A 1Z25A 4DSIA 3NE6A 4O5BA 4UQGA 4KHNA 2JGUA 2G8KA 3HO1A 1G15A 2A1SA 2X74A 3DLGA 3I8DA 3K57A 2Q3SA 4FVMA 1JL2A 2YNIA 4C8MA 3ULDA 1J9AA 4CF8A 4CEAA 3OYNA 4W5NA 2P5GA 3AA2A 3SQ0A 2HW3A 2HHSA 1CXUA 4RW7A 2HHTA 1A5XA 3OYHA 2VG6A 4HUEA 4L8RB 1LW0A 2IOCA 3E01A 3RMCA 1TKTA 1ASVA 1Z26A 1FXXA 1BL3A 4OPKA 3SUOA 1VRUA 3BDPA 4CHPA 3NH0A 4GMJB 4DTRA 4FW1A 3LZIA 4BDPA 1J54A 2OPSA 2RPIA 3D45A 4CGFA 4HCBA 1WLJA 2XRIA 4YNQA 4FLXA 4CFCA 4HVJA 3AVCA 1C0UA 3ZSQA 3M8RA 2JLEA 2DTUA 1Q8IA 5D3GA 4KHQA 4WE1A 2ATQA 4PUOA 4DQQA 5E41A 5HP1A 1RDBA 3S3MA 3B6PA 2O4IA 1VSDA 1NKBA 3T3FA 4IG3A 1HJRA 4E89A 1X1PA 1WN7A 2HB5A 3NF6A 3QNNA 1JXBA 4B08A 4KRFA 3MXMA 4CEDA 1WSGA 4O4GA 3L2RA 1U4BA 2BGGA 1VSLA 2BE2A 4CGJA 4AHSA 3HSTB 2G8HA 4MQ3A 2OZMA 3AO3A 1WSEA 3M8SA 1D9FA 2VG5A 4RW4A 4C8KA 4K8XA 1DLOA 2OPRA 4DTUA 3RR7A 1YT3A 2IGIA 3QEXA 3VQBA 1QQCA 3RMDA 3DYAA 4CFDA 4OPJA 2X78A 1KVAA 5JS2A 5KGWA 4CJ3A 1T03A 2GBZA 4DS4A 4CEBA 5CYQA 4DFMA 2F8TA 3V9XA 1BIZA 4ID1A 1RBUA 4OKEA 1KFDA 3CYMA 4O44A 1TK0A 3ZSVA 2QKKA 1QSLA 1RT5A 4NYFA 4M3YA 4ELVA 1BIUA 2XY5A 1U48A 4ZTFA 2HHUA 3V4IA 3OS0A 3AVHA 4Y1CA 2G8IA 3L2UA 3PUFA 3MXIA 3A2FA 1EETA 3QLHA 2RF2A 3AVKA 4RW8A 4HTUA 3AVFA 4FM1A 5HROA 4B9UA 3HL8A 1GOCA 1SL1A 3U6FA 2E4LA 1NKEA 3KD1E 4M3TA 4JRPA 1RBRA 1RTJA 3HT3A 1S1TA 1J53A 3VQAA 3RRGA 3AA4A 4Z4CA 4IFVA 1L3SA 3ZT2A 3V1RA 3G0ZA 4Z4IA 3AVIA 3ZSZA 2LSNA 2W42A 3TABA 2QKBA 4CFAA 5FROA 3OYBA 4EZ6A 1VSJA 1CXQA 1BCOA 4BE0A 5HLFA 3DI6A 4B9MA 1TV6A 4CJVA 2QXFA 3QIOA 4I2QA 1NJXA 3IS9A 2G8WA 3DOLA 1QSYA 3CFRA 3V9WA 1D9DA 1HYSA 3P5JA 2PYJA 1KVBA 3KLEA 3F9KA 1S5JA 1ZBUA 4PA1A 4W5TA 3V9SA 5T7BA 3TAEA 2HHVA 3NDKA 1ASWA 2NUBA 4DG1A 4AHVA 4KPYA 2B4JA 4QOZB 3KD5E 1DTTA 4E7HA 4O0JA 1K6YA 3DLEA 3K5OA 4M3WA 2D5RA 1B9FA 3LDSA 1T05A 2YHAA 1IKWA 4O55A 4OKKA 1U45A 1JLAA 3AA5X 3VA0A 3QEVA 1VSMA 3KLHA 2YHBA 1NK6A 4DU1A 3MEGA 1RTIA 4CHQA 3VQ6A 3HVTA 3CQ8A 2VWJA 3NH2A 3SCXA 4Z4HA 5JS1A 4DSJA 3V9ZA 1HNVA 1ZBHA 1U47A 3BGRA 2IDOA 2OPQA 5FDLA 3L2WA 4ID5A 4QCLA 2KW4A 3K2PA 2EHGA 1S9GA 4KTQA 4C8NA 3P83D 3B6OA 1ZBLA 2FBVA 3OYMA 4F2RA 1HNIA 3C6UA 4HHTA 3SQ2A 3DLBA 3DLHA 5C24A 1VSFA 1N5YA 4DTOA 3PY8A 5KI6A 3HJFA 4DTMA 1Q9XA 1S1XA 4E1MA 3QESA 4LD0A 4FLWA 1NJYA 3NFAA 4CCHA 1IKXA 4FJIA 4CF0A 1LV5A 3IAYA 4FZYA 3ZT0A 1LWFA 3VQDA 4RW9A 5KRTA 1SV5A 1JLFA 3NBPA 1S1UA 3QEPA 4F3TA 4BDYA 1SKWA 4N56A 1NJWA 1BI4B 4DQPA 3LWMA 1O1WA 4JS5A 2YNGA 1S1WA 3H08A 4CE9A 4JS4A 3L2QA 1LAVA 1ITGA 4DWIA 2XY7A 1FKPA 3HK2A 3NGYA 3RRHA 3KIOA 4DFJA 4KTWA 2F8SA 1TGOA 4LH4A 3RWUA 2Y1JA 1VSIA 4PY5A 2PZSA 1EP4A 3SI6A 4FZZA 1I39A 1RCHA 3NGZA 4ELUA 4FJ7A 3VQ9A 3VQQA 3L3VA 1DTQA 2G8UA 1XI1A 4B9VA 3LP1A 4CEZA 4CJWA 2B5JA 1BQMA 2HNDA 3SUQA 1NK7A 4FCYA 3ZSRA 5J2QA 4LH5A 4B8CA 3SZ2A 5FRMA 3O3FA 3AO1A 4DSKA 1VRTA 4I2PA 3AO5A 1NK4A 3I0SA 4DFPA 3ZT1A 1JXEA 4FJGA 3O4NA 3CM5A 4IFYA 4B3OA 4XIUA 1EX4A 1J5OA 4FJHA 1C0TA 3KKRA 3SNNA 4KAZA 4CJKA 1VK0A 4OLAA 3EY1A 1C1CA 2VG7A 4CHYA 1U04A 2YKMA 3OVNA 4CHZA 4E3SA 3OYLA 3TAGA 1KRPA 3OYKA 4N41A 1CZBA 1VSHA 3VQ7A 1Y97A 4CGIA 5HRRA 2FBXA 3LALA 1UWBA 1RNHA 1RTDA 4Z4FA 3WNGA 3SV3A 1A5WA 3G10A 5DK5A 3WNFA 1TKDA 4DMNA 1HYZA 3NH1A 1RBSA 4DU4A 2VWKA 3SJJA 1RDDA 1RILA 4CHOA 1KVCA 2QK9A 4M45A 3HPHA 1KLNA 3AVBA 3CM6A 4PQUA 1N6QA 1RT1A 2KQ2A 3VQPA 4CJSA 4DQRA 3HP6A 3AV9A 2GV9A 3D0PA 4E7LA 2Z1JA 4CJ4A 1TVRA 3SV4A 4DTJA 1RBTA 1UOCA 3L2VA 4ELTA 4N5SA 2IC3A 3VQ8A 1L5UA 4HUFA 4CK3A 4KREA 1S6PA 2BANA 1JKHA 4OGEA 1F21A 3K58A 4DLEA 1C1AA 1LW2A 4G1QA 4F2SA 3LP0A 4DU3A 4YFUA 3AA3A 4B8AB 3OYAA 3KTQA 1KTQA 2IAJA 4R5PA 3OYDA 4KHSA 1B92A 1RDCA 1JLGA 3M8QA 2D0BA 4KTZA 3OYFA 4BACA 3RMBA 3AVGA 2KZZA 3QNOA 3MECA 4Q5VA 3KLFA 3S9HA 4OLBA 4J2BA 4NCGA 3VN5A 3THVA 4Z4EA 2HNZA 3JSMA 2DY4A 1JLCA 4N76A 1HMVA 4FJ5A 1WAFA 1XHZA 1L3VA 4BWJA 1RT7A 4CEOA 4CIFA 1U49A 4B9SA 3C6TA 3DRRA 4FJXA 5HRPA 3SQ4A 3OYEA 2HHWA 4GVMA 2Z1IA 3C95A 2AJQA 3VQ5A 1UAXA 4CJUA 2P51A 1IKVA 2GUIA 3ZSXA 3EZ5A 3K5NA 3QEWA 3PV8A 4CIEA 2A1RA 1X9WA 3S3NA 1HQEA 3HPOA 4HUGA 4DTSA 4FXDA 1CZ9A 3ISNC 5HRSA 1RT3A 2OYQA 4JRQA 3OYGA 4IKFA 3NAEA 1ZYQA 5C25A 4FZXC 2D0AA 3TAFA 3EYZA 1NOYA 3OY9A 4E1NA 3AO4A 3AVNA 4DTNA 3L3UA 4GW6A 3ALYA 3AVLA 4BWMA 5KTQA 4KKOA 4F8RA 4Z0UA 2OPPA 3FFIA 1EKEA 4FLUA 4EP5A 4DSEA 4E0DA 2EX3A 3F73A 1RTHA 1IH7A 4KB0A 3T19A 3VA3A 3TAPA 3S3OA 1SL2A 4DTPA 4CK2A 1S9EA 3MEEA 3O4QA 5KRSA 3MAQA 1XC9A 4M3UA 4H4OA 3LP2A 3QERA 1UA1A 2B6AA 4CIGA 2HVHA 4AHUA 3DMJA 4J2AA 1RDAA 2D0CA 2ZE2A 5C42A 3T1AA 1X9SA 1X9MA 1L3UA 4DS5A 4OJRA 1TK8A 3HYFA 4N47A 1GOAA 3QO9A 1HYVA 1NKCA 4FJMA 3NGIA 1QHTA 1HQUA 5SZTA 3CG7A 4DF4A 4CJPA 3PX0A 3OS2A 1W9HA 3TWHA 2WOMA 4LY7A 3ZT4A 1D8YA 4AHTA 2FC0A 4CK1A 3SQ1A 5SWMA 4F3OA 1BI4A 1VSKA 3MXJA 3QETA 4I7FA 4AH9A 3ZT3A 1C1BA 2RKIA 2KFNA 4KI6A 4M3ZA 1QSSA 4BDZA 3OJSA 4E7KA 4E7IA 1T8EA 1LAWA 2PY5A 2KFZA 2E6MA 2X6SA 4AHCA 3RR8A 1WAJA 2XHBA 4CEQA 4RG8A 1KCFA 4M42A 1BGXT 2F96A 1HRHA 1HPZA 1QS4A 3NF8A 1NK9A 1QTMA 5J2NA 3KLIA 1WSHA 2ETJA 4KFBA 4DTXA 3SYZA 4FJ8A 3OYCA 4CF2A 3TAQA 3LPUA 3ZSWA 3SPYA 4CJLA 4KB1A 4Q0BA 4RW6A 4FK4A 1NK8A 4IDKA 3JYTA 2FBYA 2HNYA 3P1GA 3LP3A 4O0IA 4FJLA 3UIQA 1RT4A 3HXMA 3HPGA 3I0RA 1TKXA 1WSIA 4NYNA 3TR8A 3V9UA 1L3TA 4I9QA 2HHQA 1XWLA 3ZCMA 1BCMA 3WNEA 1NK5A 4H8KA 1KSPA 5I3UA 1NK0A 4FLZA 3PX4A 1S1VA 4I9LA 1BHLA 4W5QA 2XY8A 3DLRA 2YNFA 2DFEA 3IRXA 3SUNA 4B9TA 2I5JA 1D5AA 4NCBA 4CFBA 1I3AA 4AHRA 4LSNA 4CJQA 2DFHA 1Q9YA 4ZTJA 4FLVA 5CYMA 4Y1DA 4CJTA 1R0AA 3PO4A 5I42A 1TK5A 5CY4A 1C0MA 2IS3A 3LAKA 2RN2A 1VSEA 3PX6A 3QIPA 4FJKA 1S6QA 1W0HA 3AVAA 1NOZA 3KLGA 1WSFA 1IKYA 1IO2A 2FBTA 3ZSOA 3CFPA 4KHUA 1BQNA 1EXQA 3RTVA 4M41A 3OJUA 3OYJA 3KK3A 3NCIA 3OYIA 1A5VA 3DRPA 3VQCA 3LWLA 2YNHA 3TAMA 1SKRA 4B9NA 4Z4GA 3MEDA 4CJ5A 3K5LA 4K8ZA 4FJNA 4FM0A 4OKJA 3ITHA 1RT2A 3AO2A 1YTAA 5DMRA 5CZ2A 2OZSA 1SUQA 1TKZA 3WNHA 4NCAA 1C6VA 1FKOA 4AILC 4W5RA 2E6LA 3HM9A 1RBVA 3LPTA 4OVLA 3V6DA 4IBNA 4KHYA 1QE1A 3AVJA 4F4KA 2Y1IA 3NHGA 1UA0A 4FYDA 1FK9A 1WNSA 4FLTA 2G8FA 3LZJA 3V1OA 3TARA 3DM2A 4CF9A 2KTQA 2BDPA 2Z1GA 5K14A 4C8LA 5J1EA 4KV8A 2G8VA 2HVIA 1TAUA 4E19A 1TAQA 4CHNA 3O3GA 3KKSA 4FM2A 1B9DA 2R7YA 1REVA 3HVRA 4IG0A 4DSFA 3KK2A 3M8PA 1JLQA 3V1QA 1KLMA 1NJZA 3VQ4A 1ASUA 3K5MA 5J2MA 2ZQBA 5J2PA 1LWEA 1IG9A 4ICLA 3OS1A 2WONA 1KFSA 4KI4A 2HHXA 4FW2A 3LAMA 4CESA 3PO5A 3TI0A 3RMAA 1JLBA 3C94A 3O3HA 3CFOA 4M3RA 2YV0X 3HP9A 4J2DA 4QAGA 4DSLA 4CGDA 4M3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FRNA 1NJIU 3MP8A 3THXA 5C12A 2D0NA 3O1BA 4W5OA 5GAMe 4M7DG 3D7SB 1VQ5N 1ZBSA 3SUPA 3LDOA 2KZMA 2LZ6B 3RDVA 2RO0A 1B07A 3TEEA 2X6NA 3H0IA 5SZTA 2AIRB 5IBKB 4RMOA 3J80E 3JCMc 2NUPB 5EU7A 4DR3K 2BIVA 2GWJA 5HRNA 4AFZC 4DFKA 4NXMK 2ITGA 4KT0E 4TSXA 3G4SN 2O4GA 4MFBA 5GAN6 4ILGB 1JL1A 1VQ8N 4Z89A 4GVEA 3JB9D 2GWKA 2P1JA 3VKIA 4RTUA 3CPWS 1BU6O 5GAEP 2VQFK 3L4QA 3NF9A 4BE1A 2E2NA 1Y71A 2CP5A 4ZGDB 4PWDA 2VVKA 1YVUA 2HMIA 1Z6RA 4CECA 4DQSA 4KO0A 5FU6C 3OMCA 5AQMA 1ZBFA 4KHWA 4B9WA 1YNZA 3SFMA 3RMSA 3QINA 1M90O 3JSCA 4FT2A 2P5OA 1G83A 4DSIA 1VQ6Q 3NE6A 1YWPA 4MO4A 4O5BA 4KHNA 3VTHA 2G8KA 2VYTA 2DO3A 1RAFB 1PSEA 3A8GB 4B3TK 3I8DA 1Z05A 4FVMA 2DL4A 4PL8A 4M7DD 2DXCA 1VQ4Q 1ATSA 1U2VA 1XTDA 1BYMA 3E1YA 4BRCA 3HGLA 1FZ6E 3MWPA 3QDKA 2L2PA 1SHFA 2P5GA 2RHYA 3CCQA 1DEJA 3SQ0A 4NLCA 4JI1K 5GAGP 3JCMb 5M1KA 5C0YA 3OYHA 4FSXA 2IOCA 2DMOA 2VC8A 1FXXA 1BUPA 3D2FA 1VRUA 3EKUA 3D2FB 3MCPA 5AT1B 1IGQA 1JU5C 4BDPA 4YNQA 2E3HA 4HCBA 1WLJA 2XRIA 2DIQA 1ZSZB 1C0UA 3ZSQA 2LC4A 5FLXE 2DD5A 1BIAA 2WSEE 2KGTA 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 1YTA A;  5DMR A;  5CZ2 A;  2OZS A;  1SUQ A;  1TKZ A;  3WNH A;  4NCA A;  1C6V A;  1FKO A;  4AIL C;  4W5R A;  2E6L A;  3HM9 A;  1RBV A;  3LPT A;  4OVL A;  3V6D A;  4IBN A;  4KHY A;  1QE1 A;  3AVJ A;  4F4K A;  2Y1I A;  3NHG A;  1UA0 A;  4FYD A;  1FK9 A;  1WNS A;  4FLT A;  2G8F A;  3LZJ A;  3V1O A;  3TAR A;  3DM2 A;  4CF9 A;  2KTQ A;  2BDP A;  2Z1G A;  5K14 A;  4C8L A;  5J1E A;  4KV8 A;  2G8V A;  2HVI A;  1TAU A;  4E19 A;  1TAQ A;  4CHN A;  3O3G A;  3KKS A;  4FM2 A;  1B9D A;  2R7Y A;  1REV A;  3HVR A;  4IG0 A;  4DSF A;  3KK2 A;  3M8P A;  1JLQ A;  3V1Q A;  1KLM A;  1NJZ A;  3VQ4 A;  1ASU A;  3K5M A;  5J2M A;  2ZQB A;  5J2P A;  1LWE A;  1IG9 A;  4ICL A;  3OS1 A;  2WON A;  1KFS A;  4KI4 A;  2HHX A;  4FW2 A;  3LAM A;  4CES A;  3PO5 A;  3TI0 A;  3RMA A;  1JLB A;  3C94 A;  3O3H A;  3CFO A;  4M3R A;  2YV0 X;  3HP9 A;  4J2D A;  4QAG A;  4DSL A;  4CGD A;  4M3X A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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