1FXXA

The structure of exonuclease i suggests how processivity is achieved
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
470
structure length
459
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPEGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Escherichia coli exonuclease I suggests how processivity is achieved.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords EXONUCLEASE I
total genus 157
structure length 459
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2000-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1fxxA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 1fxxA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1fxxA01
1S9EA 3QEXA 4AHSA 3KD1E 3NDKA 4Y1DA 2YV0X 4JLHA 1F21A 5C24A 2D0AA 5JS2A 1QTMA 3VQCA 3OYAA 1QSYA 1RT4A 5C42A 4OJRA 4AH9A 1L3UA 4KO0A 5E41A 1X1PA 4KI6A 4W5NA 4F3OA 3HL8A 1G15A 3KLGA 3I8DA 4CCHA 4E7HA 1WSHA 4KHNA 1NOZA 2ITGA 4ZHRA 2Z1JA 3KK1A 3M8RA 3U6FA 4ID5A 3OYFA 4L8RB 1CXUA 3C94A 3K57A 3ZSWA 3V9WA 2YNHA 1KCFA 2QXFA 4NYFA 4FJLA 4J2EA 1XI1A 4H4MA 3V1OA 1W0HA 1VRUA 4CJ3A 3MAQA 2R7YA 4DS4A 2XY7A 1RT2A 1C6VA 1JLBA 4I9LA 3VQQA 2XY5A 3VQEA 4E1NA 3ITHA 3QINA 4KB1A 3HVRA 4M3ZA 1TV6A 2X74A 3VQAA 1TL1A 1Z25A 3TR8A 1BCOA 3AO4A 1S1UA 3LANA 1ASVA 3VQ5A 1RBUA 1YTAA 1SKRA 4DSKA 1QE1A 2ETJA 5J2NA 3QNNA 4C8MA 1C0MA 4OGEA 4CFAA 4CJFA 4KV8A 3QERA 2X6NA 3AO1A 4CJ4A 3KKSA 3SV3A 4FJMA 3BDPA 4FLXA 4FLWA 4DTMA 3RRHA 3AVAA 4I9QA 3L8BA 4PWDA 2B4JA 5KRTA 4C8KA 4LSNA 2VG6A 1JL1A 2Q3SA 4O4GA 2F8TA 3CM5A 2HHWA 1SL1A 4LSLA 2P1JA 2OZSA 1NK0A 3IAYA 4CFDA 4M3UA 3HK2A 4BDYA 1SL2A 4N56A 3AVJA 4B8AB 3OYHA 4HTUA 4DSEA 4O0JA 1R0AA 4NYNA 3HPHA 3L2QA 4CEDA 3OYLA 3EZ5A 3A2FA 4KHWA 1NK8A 1X9WA 4B9LA 3U3GA 4CEAA 2IOCA 3LP0A 3K59A 5D3GA 4OGCA 4BE0A 4DQRA 4N41A 5J2QA 1O1WA 4ICLA 1RT6A 3PUFA 1KVAA 2IGIA 3ZT3A 2Y1JA 5HRPA 2W42A 4FW1A 2GBZA 4MFBA 4C8NA 5KGXA 4FLVA 3VA3A 2G8WA 2D5RA 4GW6A 2QK9A 1J54A 4CHZA 4DQPA 1RT5A 4CF2A 1YT3A 3AO5A 2KFNA 1VSLA 1JXEA 4KAZA 1D9FA 4FK0A 4CESA 4BACA 4UQGA 1J53A 4Q5VA 4CJLA 1DTQA 5J2MA 1DLOA 3SUNA 4LY7A 1C0TA 1JLAA 2RKIA 4KI4A 3V81A 1TK5A 4CIEA 1TAUA 3NFAA 4Z0UA 3HO1A 3L3UA 1B92A 4M3YA 3HSTB 3VQ8A 1C1BA 4J2BA 3NAEA 3TAQA 3VA0A 3DLRA 1UAXA 2OPPA 3K5OA 4CIGA 4FJXA 2HVIA 3LZJA 1WAJA 1VSFA 4HUGA 4HCBA 2IAJA 3K5NA 1RTJA 2ATQA 4CK1A 3AVGA 3OYJA 4CEFA 2B5JA 4JRQA 4B9SA 2FC0A 1C1AA 3S3MA 1KSPA 1JLFA 1KLNA 2PYJA 3KD5E 1TVRA 2E4LA 4OLBA 1YVUA 5KI6A 1JLGA 1BGXT 1WSFA 4NCBA 2O4IA 2YNFA 3QEIA 1LV5A 4KB0A 4LH5A 4JS4A 5FROA 4DS5A 3RMCA 3SPYA 2F8SA 1U45A 1HYVA 4GMJB 4B08A 4DG1A 2RPIA 4CGDA 3LP2A 3RR7A 4IG0A 2E6LA 2G8HA 2G8IA 4QAGA 1IH7A 3AVBA 4BDZA 1S1XA 4I2PA 2XY8A 4CF8A 4N5SA 1K6YA 1NJXA 1RBSA 4MQ3A 3D0PA 3V9XA 1EKEA 4PA1A 3P5JA 4OVLA 3SZ2A 3SCXA 1N5YA 4FZYA 3HJFA 5HRNA 3EYZA 3TARA 3AO3A 1RTIA 2HHXA 2JGUA 2GV9A 3DLEA 4BE1A 3IG1A 3DLKA 4CJSA 4PY5A 4PUOA 1VSDA 3WNEA 1UWBA 4F3TA 5J2PA 2RN2A 4IKFA 3DOLA 1NKCA 2HHTA 2DFHA 3OS2A 3KIOA 4BDPA 4O0IA 4BWMA 4KREA 2RF2A 4FJKA 1LWCA 1YTUA 4I2QA 1ZBFA 1FK9A 1SUQA 3TAFA 1VSHA 3M8SA 2ZD1A 4DSFA 2YNGA 3K58A 4M3XA 1C0UA 3LPUA 4OKKA 1RT1A 2YHBA 1UA1A 2D0CA 3OVNA 3NCIA 1ZBIA 4TSXA 3QEWA 3QIPA 1SL0A 4DTXA 1U4BA 4DSJA 4FXDA 3OYDA 1LW0A 4CJWA 3U3YA 1A5XA 4B9NA 3MEGA 3C6UA 2OZMA 3NH2A 2HHUA 1GOAA 1SV5A 4RW6A 1CZ9A 3DMJA 3AVNA 5CZ1A 3VQ7A 3PX4A 5KGWA 1WSJA 3E01A 4KFBA 2WOMA 4FVMA 2VWJA 3I0RA 1IKWA 4F4KA 3QESA 2VG7A 1TL3A 4O44A 4FJHA 4M41A 4FM2A 3MXMA 4PQUA 4O55A 1TKTA 3G10A 4HHTA 1A5WA 1RDDA 3B6OA 1HQUA 3SV4A 1WLJA 3SNNA 4B9UA 4C8LA 4DSIA 3OJSA 4B9MA 4Z4GA 1JKHA 4R5PA 3ZT0A 1TK8A 4FK2A 1TKXA 4QOZB 2DFEA 4DFPA 4OLAA 3L3VA 4DU1A 4IG3A 3ZSVA 4Z4HA 4AHTA 4FJGA 3CFOA 3VQDA 1LWEA 4FJ7A 2XHBA 4CHOA 4HUFA 4FLZA 1LAWA 2KTQA 3OYCA 1HJRA 3SQ0A 4KHSA 3RMDA 1WAFA 4FW2A 1VSIA 4AHCA 1U47A 3LPTA 3TAPA 3AV9A 4FYDA 5I42A 4CHYA 1LWFA 2EX3A 2ZE2A 3CQ8A 3NGYA 3O3HA 1Q8IA 5I3UA 1ZBHA 3SUQA 1KTQA 1FXXA 2B6AA 5CZ2A 2PYLA 1VSJA 1L3VA 3S3OA 3MEDA 5CYMA 4CJ5A 1RTHA 1QHTA 3O4NA 4CGGA 2A1RA 1S1VA 1BIZA 3KLEA 4CJVA 1JLCA 4DTOA 1W9HA 4FLYA 3MXIA 3DLHA 4K8XA 1HNVA 1S6PA 2YHAA 3AA5X 5HROA 3P83D 3ZSQA 1L3TA 4W5TA 4CJPA 1ZBUA 1BI4B 3B6PA 5C25A 3QIOA 5HP1A 2KFZA 3RR8A 3O4QA 4DF8A 1JLEA 1WNSA 1WSIA 2YKMA 3QEPA 1SKSA 1N6QA 4FJ5A 4M3TA 4CEOA 1QSLA 3V9ZA 2LSNA 1NKBA 1S1TA 4KTQA 2OPSA 1BIUA 3ULDA 1RBRA 4DFKA 2G8FA 2DFFA 3LWLA 3P1GA 4ID1A 4B9TA 3SYZA 4B8CA 2FBVA 1J5OA 3AA4A 5EU7A 1FKPA 2XO7A 1I39A 3RTVA 1B9FA 3ISNC 5HRRA 4I7FA 3ZSZA 1GOBA 3KTQA 3ZCMA 1TKDA 4CIFA 4FLUA 1IKYA 2YKNA 3LP3A 4IFYA 3V1RA 4DMNA 3V1QA 3PV8A 3THVA 1T7PA 3L2RA 3S3NA 1HMVA 4B9VA 1QSSA 1RDBA 4CGIA 2IS3A 3TAMA 2OYQA 4BE2A 5FRMA 3SQ2A 4EZ9A 3C6TA 1GOCA 3OJUA 1T03A 3F73A 2KZZA 4FJIA 4CJRA 1CXQA 3LZIA 3AVCA 4FJ8A 3ZT4A 3NH1A 1S1WA 4CERA 3OYEA 4KPYA 1J9AA 4FM1A 1TKZA 1X9SA 2X6SA 2Z1IA 3CM6A 4F2SA 2HHVA 4AHRA 3CG7A 3AVKA 2X78A 1XWLA 3SUOA 2O4GA 3HPGA 4CEZA 1L5UA 4OKEA 3AVHA 4CGJA 3PO4A 3DI6A 4CJTA 4F8RA 4Q0BA 3TAEA 4ELUA 3SJJA 1EX4A 2EHGA 3NGZA 1VSEA 3L2VA 3JYTA 4CFCA 3DRSA 3PX0A 1QQCA 4IBNA 2HB5A 3K2PA 3HM9A 4JRPA 4DTSA 3V4IA 1XHXA 1IKVA 3DM2A 4CHNA 4CJUA 2BANA 1MU2A 5KRSA 4CEEA 2HVHA 4NCGA 3HT3A 3OY9A 3EY1A 4E7IA 2D0BA 4LH4A 4IDKA 1KRPA 1A5VA 1HQEA 5CY4A 3OYBA 4AILC 3VQ4A 1S9GA 3I0SA 3M8PA 3VN5A 4E7KA 2BDPA 1BQNA 4RW7A 3AVFA 1NK6A 3LALA 2Z1GA 5DK5A 1VSKA 3NF7A 4KRFA 1ITGA 4DU4A 4OKJA 3NBPA 4W5OA 3DRPA 1NK9A 4EZ6A 4CF0A 3RMBA 4DTNA 4DFMA 2P51A 5FDLA 3VQ9A 2YNIA 4GVMA 3LWMA 4E7LA 4RG8A 3LP1A 3OYIA 4KHYA 3HPOA 4DQIA 3WNFA 4HVJA 3O3GA 1RT3A 4CJKA 1TGOA 4E0DA 2FBTA 3M8QA 4Y1CA 4Z4IA 4FM0A 4DTRA 3QEVA 1LAVA 4CHPA 3VQ6A 2DTUA 3ASMA 3PX6A 3CYMA 1VRTA 4KTWA 3T3FA 5SZTA 2P5GA 4ZTJA 5J1EA 4DTJA 4XIUA 1NK7A 3MXJA 3WNHA 4M3RA 4BWJA 3PY8A 4KHUA 4CFBA 3AVIA 2HNYA 3ZT2A 4CJQA 3V9UA 1HPZA 4O5BA 3TANA 3SQ4A 2QKKA 4Z4EA 1HYSA 4N47A 3SI6A 3KLIA 2KW4A 2G8KA 5DMRA 4EP5A 3OS0A 3C95A 1KVCA 1HYZA 2HHSA 1RBTA 1EP4A 4LD0A 4M3WA 2HHQA 4N76A 1WSEA 1JXBA 1RCHA 1XC9A 1JLQA 3ZSRA 3KJVA 4HCCA 4DQQA 2WONA 3VQPA 4G1QA 1QS4A 2HNDA 1KLMA 2I5JA 3MECA 3OYGA 3L2UA 1BCMA 4DTUA 3TWHA 4KHQA 1CLQA 1JL2A 3NF8A 4Z4FA 2AJQA 2A1SA 3RRGA 1VK0A 3O3FA 4FJNA 1ASUA 4RW9A 3AO2A 1REVA 1NJWA 3TABA 1HNIA 2IC3A 4FZXC 2QKBA 5T7BA 2NUBA 3G0ZA 2VWKA 3KLFA 4DU3A 3LAKA 2BE2A 3VQBA 4DF4A 3T1AA 3JSMA 3ZSYA 4FZZA 4AHVA 3NF9A 2VG5A 2KQ2A 4DFJA 4ELVA 4FCYA 3KK3A 4IFVA 1BI4A 4AHUA 3DRRA 3NHGA 2Z1HA 4CGFA 3SQ1A 2JLEA 4F2RA 4E19A 3TAGA 3OYMA 1NKEA 1RILA 4CGHA 1IO2A 4YFUA 1B9DA 1CZBA 3FFIA 4QCLA 1NJYA 4H8KA 4W5RA 3DLBA 1LW2A 4DLGA 1NJZA 2PZSA 4E89A 4DLEA 3WNGA 3DLGA 4CK3A 4B3OA 3SPZA 3UIQA 1ZYQA 4CF9A 3CFRA 5K14A 1RT7A 1U04A 1EXQA 4YNQA 3OS1A 3LDSA 1KFSA 4K8ZA 2HW3A 1RDCA 1Q9XA 2BGGA 1BISA 2HNZA 1FKOA 3V9SA 4KKOA 1T8EA 4NCAA 1T05A 4J2AA 1BL3A 1U49A 3AVMA 4RW8A 5HLFA 4KTZA 4CE9A 4ZTFA 4J2DA 3F9KA 4DWIA 3KKRA 3IRXA 1RNHA 1Q9YA 3HVTA 4W5QA 3HYFA 1BHLA 4E7JA 1D9DA 4FK4A 3CFPA 3QETA 3AVLA 3IS9A 3V6DA 2IDOA 3RWUA 3ZT1A 3OYNA 3HP9A 4ELTA 3KLHA 3QO9A 1KFDA 4JS5A 1HRHA 4OPJA 4CEBA 4CEQA 4FJJA 3AA3A 5CYQA 4Z4CA 2FBYA 1S6QA 4E1MA 1XHZA 4CHQA 3TI0A 2Y1IA 4DSLA 1I3AA 5HRSA 2GUIA 1C1CA 2OPQA 4M45A 2DY4A 1WN7A 2XRIA 3RMAA 2KZMA 3NE6A 1NOYA 3ALYA 4HUEA 3NF6A 3L2WA 1U48A 4C8OA 4DQSA 3D45A 1VSMA 1Y97A 4M42A 2ZQBA 1KVBA 2FBXA 2OA8A 3AA2A 3DOKA 3ZSXA 3H08A 3LAMA 1D5AA 5JS1A 2HMIA 4RW4A 1ASWA 2P5OA 1UA0A 3NGIA 1NK5A 1D8YA 1S5JA 3HP6A 1RTDA 2G8VA 3OYKA 5FRNA 1IG9A 5KTQA 3HXMA 1Z26A 4CK2A 4FLTA 1SKWA 4FJ9A 3QLHA 4CECA 4H4OA 2G8UA 1UOCA 3T19A 3KK2A 4DTPA 2E6MA 1TAQA 3S9HA 2F96A 4E3SA 4EP4A 4OPKA 3QNOA 1TK0A 4CF1A 2XY6A 1DTTA 3MEEA 1WSGA 1X9MA 3K5MA 4CJEA 3NH0A 3PO5A 3SUPA 1EETA 3K5LA 4WE1A 3BGRA 5HBMA 5SWMA 1NK4A 1L3SA 3DYAA 1BQMA 3ZSOA 1ZBLA 2PY5A 1IKXA 2OPRA 1RBVA 1RDAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E6ZA 3CPFA 1G3YA 4J6WA 4RTUA 9ATCB 3QEXA 4H0XB 4Y1DA 3I55A 4FYYB 3UPUA 1K8AU 3AGKA 4RKUE 2D0AA 4LDVA 1GBQA 3OYAA 1QSYA 1DEJA 2VV5A 5C42A 4OJRA 1KJWA 4AH9A 4KI6A 2X4WA 4DQ8A 3HL8A 3KLGA 1WSHA 2NRVA 1BI2A 1MNEA 2RCUA 1MMGA 4HVUA 2Q0UA 4FVUA 2A41A 2C0OA 4ID5A 3K57A 3C94A 1QVGP 3ZSWA 3V9WA 4M7AG 2YNHA 2QXFA 3N1EA 4J2EA 4NYFA 3RVCA 4DS4A 1YHQN 3V1RA 2P1PB 2HQHA 3X24B 2BE7D 2OX7A 3HI0A 4E1NA 3TEEA 1RADB 2P4RA 1IB8A 3VQAA 4HA8A 1VUBA 5JICA 1BCOA 4H5VA 2BUPA 1NU0A 4OPHA 4EAHD 3LANA 2YRCA 1RBUA 4E4BA 5GAOl 1SKRA 1CSKA 4M78B 2E2QA 4KGXB 2ETJA 2EQUA 1C0MA 2FO0A 3I56A 4XTZA 2MZWB 3QERA 2O2OA 4KH4A 2QA4A 2X6NA 3AO1A 4CJFA 4CJ4A 2E2NA 4DTMA 4FLXA 3RRHA 4I9QA 3AVAA 3L8BA 5DM7R 2HEQA 4DA4A 4NXMK 1VQ6N 2K3YA 3CMEN 1GLFO 2JH9A 2EJFA 4LSLA 3CCUT 2OZSA 2LC4A 2ASMA 3MN9A 4X9DA 4F7UA 2OVPB 3IAYA 4CFDA 3IFRA 1JCFA 2DF6A 1IG8A 4B8AB 4C8QF 1K8AC 4DSEA 4IOAL 3M5RA 4M77F 5JVGL 3EZWA 2CT3A 2ABLA 3G1JA 5I2SA 2SEMA 4CEDA 2QGFB 3E9OA 2C06A 4EHUA 1D1BA 3U3GA 3DXMA 3UATA 3AAPA 2PFVA 4OGCA 4BE0A 1TH7A 5LJ3j 3PIOL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HEQ A;  4DA4 A;  4NXM K;  1VQ6 N;  2K3Y A;  3CME N;  1GLF O;  2JH9 A;  2EJF A;  4LSL A;  3CCU T;  2OZS A;  2LC4 A;  2ASM A;  3MN9 A;  4X9D A;  4F7U A;  2OVP B;  3IAY A;  4CFD A;  3IFR A;  1JCF A;  2DF6 A;  1IG8 A;  4B8A B;  4C8Q F;  1K8A C;  4DSE A;  4IOA L;  3M5R A;  4M77 F;  5JVG L;  3EZW A;  2CT3 A;  2ABL A;  3G1J A;  5I2S A;  2SEM A;  4CED A;  2QGF B;  3E9O A;  2C06 A;  4EHU A;  1D1B A;  3U3G A;  3DXM A;  3UAT A;  3AAP A;  2PFV A;  4OGC A;  4BE0 A;  1TH7 A;  5LJ3 j;  3PIO L;  5A2Q E;  1VQP A;  1T3S A;  1O1W A;  1YIT Q;  5J2Q A;  1KVA A;  3CCS N;  2LX9 A;  2PAV A;  1BK2 A;  4XK8 E;  5GMK i;  1KK7 A;  3KWI A;  5HRP A;  1WB9 A;  4FIB A;  1MWM A;  3O8M A;  4MFB A;  2NRR A;  3M4Y A;  4FLV A;  2GTO A;  4I6J B;  4CZF A;  2MAM A;  1IXD A;  5AQI A;  1J54 A;  1FZI E;  3IMX A;  5LJ3 g;  1YIJ T;  1YT3 A;  4CF2 A;  2WBN A;  3SAF A;  3T1Y K;  5M1F A;  1IBL K;  2MMB A;  3MJX A;  1ATR A;  2YSQ A;  3EGD A;  1M3C A;  2RHY A;  2F69 A;  3JCM e;  1YNZ A;  1VQN Q;  3SUN A;  1FMK A;  1HK9 A;  1J53 A;  1SS6 A; 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