2QXFA

Product bound structure of exonuclease i at 1.5 angstrom resolution
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
468
structure length
432
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Escherichia coli exonuclease I in complex with thymidine 5'-monophosphate.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 151
structure length 432
sequence length 468
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2007-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2qxfA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 2qxfA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qxfA01
4CJ4A 3AVJA 4B9UA 2EHGA 4B9MA 5J1EA 1RBSA 4DLGA 4CJRA 3TANA 3CM6A 4CESA 1B92A 4CHQA 4J2AA 4OLAA 3QNNA 2Y1JA 4M3RA 4DG1A 2Q3SA 2HHSA 4Z4IA 4PQUA 3DYAA 1TKXA 1VSLA 4NYFA 2VWKA 4AHSA 4CEQA 2ETJA 4W5QA 4E7KA 2ZQBA 2PY5A 3V9UA 2R7YA 4FCYA 4CIEA 4BWJA 4DF4A 4LY7A 1BQMA 3HM9A 3VA3A 4N47A 4Z4FA 4JS4A 2BE2A 2HB5A 1WN7A 3TR8A 3BDPA 1KLMA 4KB0A 3MAQA 1WAFA 1WNSA 3AVBA 4H8KA 1DTQA 1QSLA 4FK2A 4Z0UA 3V1QA 3THVA 1MU2A 4CHYA 2IGIA 4LH4A 1VSKA 3LZJA 4ELUA 2B6AA 1GOAA 3DRPA 4O0IA 4DFJA 3OYKA 4DTSA 3OS2A 3QEPA 1YTAA 4F4KA 4KI6A 3D45A 4OLBA 4B3OA 4BDPA 1A5WA 4M3UA 1RBUA 2DFFA 4DQQA 4C8KA 3LP2A 4RW8A 3K5OA 1IKWA 3LAMA 1T05A 1HQEA 2OPSA 4DSEA 4IBNA 2YNIA 4F3TA 1RTDA 1RTJA 3VQEA 1D5AA 3U3GA 3NCIA 3LWMA 2KFZA 1IKXA 1JLAA 3MXMA 4CF0A 2P5OA 2E4LA 2G8FA 4FJ8A 1HMVA 3VQPA 3KIOA 3JSMA 4OKEA 1Z26A 3C94A 5HRRA 4IG3A 4CE9A 4HUEA 1JLQA 1QHTA 3KJVA 2G8IA 5EU7A 1BQNA 4DTNA 3O4QA 3O3HA 2OPRA 4DTXA 1YVUA 2GUIA 1NK0A 1L3VA 3HPOA 3IG1A 5FRNA 3RWUA 4CK3A 4N41A 4NCAA 1LWFA 4DTOA 4FZXC 1S9GA 4BE2A 3T3FA 4BDYA 3NF6A 2A1RA 2VG5A 3OYHA 4F8RA 2F8SA 1TL3A 2I5JA 1RNHA 1WSGA 3S9HA 3AVFA 3OYCA 1XHXA 1NKCA 1RT2A 2RN2A 3IRXA 1UWBA 3OYIA 4FLTA 2OPPA 2HHVA 1UA1A 3S3MA 1L3UA 3MEDA 1EKEA 3KD1E 4ICLA 3PX4A 3PO5A 3O3GA 5KGXA 3NDKA 2YKNA 4O4GA 3B6OA 1HQUA 3U6FA 4J2EA 4CEFA 4F2SA 3AO5A 3ZSXA 3L2QA 1HJRA 1ZBUA 5CYMA 4DFMA 3QERA 3RMCA 1NK7A 1I39A 1TK8A 3AVAA 2WOMA 1LAVA 2YV0X 4AHRA 4DTJA 1XI1A 3O4NA 5C25A 3SV3A 3PO4A 1T8EA 3ZSWA 3VQAA 4CGFA 1EXQA 4ZHRA 3TAEA 1WLJA 4B9VA 3C6TA 3TABA 4CGGA 4DU1A 3KLHA 3U3YA 4PA1A 4OVLA 3BGRA 4CERA 4DU3A 4DSKA 5JS1A 5KRSA 4E1MA 2OYQA 4CJWA 1TKZA 2HNYA 2G8UA 2YNGA 3AA5X 3HVTA 4O55A 3NH1A 1T7PA 3ALYA 4DSIA 1S1UA 3QNOA 4KHYA 5T7BA 4I2PA 3AVMA 1NJXA 1TV6A 1NK8A 1KRPA 3ITHA 2OPQA 3QINA 3I0SA 4NYNA 1S6QA 3NF8A 4UQGA 4CEDA 3KLEA 1U45A 3B6PA 3K59A 1RDCA 4BE0A 1C1AA 2NUBA 1XHZA 4PY5A 3TAPA 3ZT0A 1SL1A 1QSSA 4CECA 3KK1A 4FJ9A 1RILA 2ZD1A 3CFPA 4OPJA 2RF2A 4FJMA 3DLRA 1NK9A 1ASUA 4G1QA 3T1AA 3V1RA 2KTQA 1HYZA 4QOZB 4QCLA 1EX4A 2IS3A 3CYMA 3ZT4A 4DTUA 3SV4A 4Z4EA 4KFBA 2QKBA 1RTHA 3V1OA 2HNDA 2YHAA 3TI0A 2D0AA 4AHVA 3F9KA 4EZ9A 1RBRA 1S9EA 4B9LA 2EX3A 1ASVA 1RBVA 3LZIA 2Y1IA 4Y1CA 3V9ZA 5E41A 4B08A 3F73A 1C1BA 2E6LA 4CHPA 3OVNA 3L2RA 3MXJA 2XO7A 2HMIA 3AVHA 1S1XA 3KKSA 4N56A 1X9WA 3QIPA 1BL3A 1J53A 3HP9A 1TVRA 3DRRA 5DK5A 2QK9A 1XWLA 1DTTA 2DTUA 1SL0A 2HNZA 4IFYA 4CHZA 3O3FA 3KLGA 1BIZA 3RMBA 3DLHA 4ZTJA 4M3XA 3ZSOA 2BGGA 1JLCA 1JLGA 5FROA 3CFRA 2DFEA 1BGXT 1DLOA 1WSIA 3LPTA 3AA4A 5HLFA 1X9MA 4F2RA 4CK1A 1A5VA 2ATQA 2KQ2A 3LANA 3OJSA 4FLVA 1NJYA 4W5NA 4KHUA 4DTRA 3I8DA 3ZT3A 1CXUA 1FKOA 4O0JA 3SYZA 2XRIA 3PUFA 1WSFA 2XY5A 3OJUA 1N5YA 1NK5A 2FBTA 1GOBA 4GMJB 3OYGA 2OZMA 1D8YA 3UIQA 4CJFA 4ELVA 2O4IA 4W5TA 3IS9A 1JXBA 3SPZA 5J2MA 4EZ6A 2X74A 1SV5A 1W9HA 4FW2A 4E3SA 1Z25A 3HO1A 4MFBA 2RKIA 4BE1A 2X78A 3VQ9A 3SQ4A 5CZ1A 3HP6A 3SNNA 5HP1A 3HXMA 1NJZA 4FJHA 4OJRA 1BI4A 1HPZA 3AO2A 2QKKA 3LP0A 2X6SA 1VSDA 3P5JA 5HBMA 4E89A 4OPKA 3HL8A 3ZCMA 3MXIA 3OS1A 4E7HA 3OYEA 3KLIA 4BWMA 3VQ8A 4KHQA 4JLHA 4FLZA 3AO3A 4CGDA 2VG7A 4EP5A 1JXEA 4CF2A 4FXDA 4FLUA 4KPYA 1CLQA 1D9DA 3RMAA 1LWCA 3OY9A 1J5OA 4FK4A 4IFVA 3SZ2A 4DTPA 2PYLA 4CCHA 4CJSA 3TAGA 2KFNA 4KI4A 1R0AA 3AVCA 4CIGA 4CF8A 3ZT2A 5FRMA 1S1TA 3LPUA 1QSYA 1QTMA 3RRHA 3PX0A 1VRTA 1QS4A 1UAXA 3VQ5A 5KGWA 4DMNA 4ZTFA 4DWIA 3WNEA 1J54A 2D0BA 1LAWA 4LD0A 3V9SA 1LV5A 1D9FA 4CJQA 3VQQA 3AVNA 3CG7A 4FK0A 1Q8IA 3K5LA 2HVIA 2DFHA 4KTZA 3V6DA 1I3AA 1CXQA 3DOKA 4C8NA 1L3SA 4DSJA 1VSHA 3NH0A 3OYMA 3VN5A 4FLYA 3NGIA 4FW1A 3ZT1A 4B8CA 1C0UA 4CJLA 2XY8A 5FDLA 4LSNA 1U47A 4FLXA 4FJ5A 1T03A 3S3NA 5HROA 1B9FA 4FJ7A 1TAQA 3CQ8A 1EP4A 4FLWA 1RCHA 2A1SA 3DI6A 1X9SA 3RR8A 4CFDA 2IOCA 1JL1A 1RT6A 3V9WA 4DS4A 4DS5A 1IKYA 1HNVA 3TAFA 3TARA 1VSMA 3FFIA 5CYQA 3VQ7A 4C8OA 1HNIA 4KHNA 1TAUA 3NF9A 2ITGA 4WE1A 1K6YA 3TAQA 3D0PA 4PUOA 1U04A 1IG9A 1UOCA 2YNFA 3MECA 2OA8A 4J2BA 1YT3A 3K2PA 2HHWA 1Q9XA 4M3ZA 1CZBA 2O4GA 4KKOA 3V9XA 3OYDA 4R5PA 3KKRA 4Z4HA 5SZTA 4K8XA 2HW3A 2XY7A 1ASWA 3E01A 4LH5A 2D5RA 1L5UA 3QEXA 3CM5A 4CJEA 2P5GA 1S5JA 1TL1A 4RW4A 3QIOA 4LSLA 4FZYA 1IH7A 1WSJA 5HRSA 1KCFA 1KVCA 4OGCA 5K14A 1JLBA 1SL2A 1KFSA 1FKPA 4CJTA 4DFPA 1U48A 3OYJA 4FJGA 3WNGA 4CF9A 3KK2A 4ID5A 4AHTA 2OZSA 4JS5A 1C6VA 3HPGA 3L3UA 5DMRA 2WONA 4KB1A 4M3YA 2P1JA 1VK0A 3TAMA 4CJKA 3IAYA 3L3VA 1NOZA 4C8MA 3AA2A 1BCOA 4CFCA 4E7LA 2G8WA 3SI6A 3SUQA 1WSEA 3AA3A 3M8PA 4MQ3A 4CHNA 2W42A 3K5NA 1JLEA 4AILC 1TK5A 1FXXA 1Y97A 1ZBIA 4OKKA 3NGZA 4DQIA 4RW9A 4H4MA 3QLHA 3HK2A 2IAJA 1XC9A 4FM0A 2HHUA 3QO9A 3AVKA 2PZSA 1ZYQA 3DOLA 4XIUA 4O5BA 3DLBA 3P1GA 4DQRA 3PY8A 4FJXA 3G10A 1IO2A 2B4JA 3PX6A 2VG6A 2VWJA 4KTQA 3OYAA 3T19A 3QETA 1VSEA 2D0CA 3LDSA 3DLKA 3G0ZA 2JGUA 3OYFA 2B5JA 4FM2A 1TKDA 3QEIA 1NKEA 1VSFA 1QE1A 2IDOA 4I7FA 4OGEA 4FVMA 3VQCA 3QEWA 4B9TA 3M8SA 1KVBA 4FJJA 5I3UA 4ELTA 4KREA 2YHBA 3NH2A 3DMJA 5C42A 4YNQA 1KVAA 3L2UA 3C95A 1RBTA 3K58A 4Q5VA 3CFOA 1HRHA 4DQPA 3SUNA 3OYBA 1TKTA 4BACA 4FZZA 4HHTA 3RTVA 3MEEA 4HCBA 3P83D 4HUGA 4CJVA 3L2WA 2JLEA 3ASMA 3LP1A 4AH9A 4KRFA 1RDAA 2Z1IA 1BI4B 3LP3A 4I9QA 1ZBLA 2Z1HA 4Z4GA 1BHLA 5CZ2A 1S6PA 4CIFA 4E0DA 2HVHA 4JRQA 4B9SA 4DFKA 1RDDA 1HYVA 1RDBA 3VQBA 1QQCA 4DSFA 1U49A 4Z4CA 1NKBA 3KD5E 4Q0BA 2GBZA 3WNHA 3SUPA 3PV8A 1LW0A 1S1WA 5HRNA 2LSNA 1B9DA 1KTQA 1JKHA 5KI6A 2Z1GA 1VSJA 4AHCA 3KLFA 3HJFA 2Z1JA 1L3TA 2GV9A 2YNHA 1G15A 3AVIA 4CGJA 1EETA 3I0RA 1RT1A 1O1WA 1NK6A 1SUQA 4CF1A 3SCXA 1BCMA 4CGIA 2BDPA 2FBVA 4CJ5A 4CK2A 1NK4A 1WAJA 2FC0A 1RT3A 4W5OA 3M8RA 3L8BA 2ZE2A 4KV8A 2YKMA 4O44A 3L2VA 1KSPA 1J9AA 2KZZA 1W0HA 2KW4A 1ITGA 4RW6A 3SQ2A 2AJQA 3NF7A 3NFAA 1BISA 3AO1A 4TSXA 3TWHA 1VSIA 4FYDA 3A2FA 1SKSA 1LW2A 3NE6A 3QESA 3ZSQA 1JL2A 4QAGA 4DSLA 4BDZA 4PWDA 1RT4A 4L8RB 1IKVA 1LWEA 3SJJA 3DM2A 3HT3A 3ZSVA 2KZMA 5JS2A 2RPIA 4YFUA 2FBYA 4RW7A 4E1NA 4M42A 3ZSRA 3SUOA 2QXFA 3M8QA 4EP4A 3K5MA 5J2QA 3DRSA 5CY4A 4DQSA 4AHUA 1VRUA 2P51A 1WSHA 4CJUA 3S3OA 4F3OA 3AVLA 1A5XA 3NGYA 4IDKA 2XY6A 2G8VA 4H4OA 3VQ6A 3JYTA 4DTMA 1RT7A 1Q9YA 5D3GA 1X1PA 3NHGA 3ULDA 4Y1DA 3VA0A 3LALA 5KTQA 3V81A 4B9NA 4NCBA 4CEAA 2BANA 4CJ3A 3HSTB 2HHQA 1NOYA 1FK9A 1KFDA 1ZBFA 4CEBA 4CFBA 2X6NA 5SWMA 5HRPA 1NJWA 4FJKA 4M3TA 3DLGA 1C0TA 3AO4A 3HVRA 5C24A 1N6QA 4FJLA 2DY4A 3NBPA 3EZ5A 4HUFA 4OKJA 3OYLA 2IC3A 2XHBA 4CEZA 1HYSA 4CEEA 1JLFA 4CHOA 1S1VA 3H08A 1SKWA 4M45A 3NAEA 2G8HA 3RMDA 3WNFA 3HPHA 4E19A 3RRGA 3LWLA 1C0MA 4DU4A 5J2PA 4KHSA 1YTUA 4HVJA 4JRPA 4KAZA 3K57A 2PYJA 4FJNA 4KHWA 3HYFA 4DF8A 4CJPA 1C1CA 4KO0A 1TGOA 2F96A 4N5SA 4FM1A 3SQ1A 1KLNA 3KK3A 4M41A 3MEGA 4CEOA 1SKRA 1CZ9A 3LAKA 4HCCA 4W5RA 1RT5A 3AV9A 4J2DA 4IG0A 5KRTA 1UA0A 1U4BA 1F21A 1REVA 4HTUA 4IKFA 2E6MA 5I42A 3SQ0A 3ZSYA 4DLEA 1BIUA 4ID1A 4FJIA 3EY1A 4I9LA 4N76A 4I2QA 4E7JA 4GW6A 1RTIA 5J2NA 3VQ4A 4CGHA 4C8LA 2FBXA 4M3WA 3SPYA 3C6UA 3ISNC 3VQDA 1TK0A 3EYZA 2G8KA 3V4IA 3AVGA 2F8TA 2HHTA 4K8ZA 2HHXA 4NCGA 4B8AB 3OS0A 3QEVA 1GOCA 3ZSZA 3OYNA 3RR7A 3KTQA 1ZBHA 4GVMA 4RG8A 3DLEA 4KTWA 4CFAA 4E7IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRWA 5JVGL 2EHGA 2GCXA 1J5EK 5LMUK 8AT1B 2D0NA 3OSSC 4J2AA 4XTXA 2W40A 3CM6A 4CESA 2EQKA 4OLAA 3QNNA 3TJYA 4IFEA 3O1BA 4DEYA 4GVEA 4M3RA 3M56A 3JB9G 4FOEA 4JUVA 1I81A 2Q3SA 2HHSA 4EDUA 2AK5A 2L89A 3OYYA 1VQMA 3W0LA 4PQUA 1TKXA 4HTLA 1XVEE 1W4SA 3WVDB 1VSLA 1FX7A 5EX5A 4BQLA 2VWKA 5ADXA 1M2VA 4CEQA 2FYOA 2PY5A 4BI8B 3EG3A 4E6RA 2R7YA 1YNZA 2M0YA 3G71T 3CCUQ 2Q97A 3HM9A 2E6NA 1WI7A 5I22A 5DLQE 3AAQA 2V1QA 1WN7A 4CD1A 4DEXA 5KYYA 1WAFA 2HSEB 3O8VA 1WNSA 5KYWB 3DXMB 3H9NA 4BRAA 2HQEA 2YB5A 2IGIA 4GY2B 5AZJB 1PC0A 1N5ZA 2WBNA 3DRPA 4BR0A 5LJ5d 1ZA1B 4M4ZA 4DTSA 2FF6A 3QEPA 3A8OB 5M1OA 4KI6A 4N4IA 1VQPA 3FZKA 3P39A 2FPEA 1QWEA 1U2VA 5KYNA 1IB8A 1RBUA 4JKGA 2ZJPL 3TSPA 3LP2A 3MHXA 1XMHE 2B8AA 1IKWA 4JKHA 1X3MA 1T05A 5LJWA 4IBNA 1QZ5A 1U5SA 4C0GA 4JK9A 1N8RC 3I8BA 5A2QO 3LWMA 1NYFA 1RACB 4PJOG 4CF0A 2P5OA 3H46O 3TSUA 1LPLA 5GANg 4M75F 2E4LA 3KFVA 2FXUA 2DJQA 1GLFO 3CI5A 2ZGWA 3M59A 4M77E 4OMMA 1ARKA 5HRRA 4JYAK 1LCKA 1OH6A 2RJEA 2Y90A 4DTNA 3OQ5A 3O4QA 5FRNA 3O3HA 1NK0A 1MMNA 3HPOA 3R6OA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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