2QXFA

Product bound structure of exonuclease i at 1.5 angstrom resolution
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
468
structure length
432
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Escherichia coli exonuclease I in complex with thymidine 5'-monophosphate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 151
structure length 432
sequence length 468
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2007-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2qxfA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 2qxfA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qxfA01
2ETJA 4B8AB 4CHPA 2EX3A 1WN7A 2VG6A 3MEDA 3V1QA 3LWMA 3QERA 4PUOA 1RBUA 1GOAA 3BGRA 4RW4A 3O4QA 4CF9A 4J2BA 5CYQA 1IKYA 3T19A 2BDPA 2OYQA 3DRPA 3SQ0A 4DSLA 2OA8A 3VQDA 4AHRA 2PYJA 1RCHA 2EHGA 4CFAA 4EZ6A 4K8XA 1BHLA 4JS4A 3TR8A 1S9EA 4O55A 3AV9A 2KW4A 4CEQA 3AVGA 4HUFA 3V1RA 4FLZA 4E3SA 1B92A 4CCHA 4RG8A 2HHUA 4E19A 4F2SA 3AVHA 4HUEA 4DSKA 1RNHA 4GVMA 4NYFA 3K58A 2OZSA 4H8KA 4CJTA 5J2QA 4CFDA 3DOLA 3ZSOA 2RF2A 3NBPA 4CERA 3QEXA 2E6MA 2VG7A 1I3AA 2BANA 2HHQA 1KTQA 1NK8A 4CJ4A 3ZSVA 1ITGA 4DTMA 4M3YA 4ELUA 4I9QA 2HHXA 2ZD1A 1YVUA 3L2RA 3K5OA 5DMRA 2IAJA 2O4GA 4CJPA 2JLEA 3QESA 2XO7A 3MEEA 2HNDA 4DTNA 3QIPA 1N6QA 3ZSRA 4ZHRA 3BDPA 3AVJA 3IG1A 3ZT0A 3VA3A 4DTOA 4FJJA 1HMVA 3G10A 3QIOA 4LD0A 1BISA 3S9HA 4BE0A 1T05A 3QLHA 1XC9A 4F3OA 3AVFA 4Q0BA 1S6PA 1CLQA 2BE2A 1XWLA 2D0BA 3HPGA 2D0CA 2OPRA 1CXUA 3KLGA 3VA0A 4FM2A 3M8QA 1HRHA 3KK2A 4DS5A 2XY5A 1QS4A 2HVIA 4WE1A 2ZE2A 1GOCA 4Z4CA 1T8EA 1RDDA 1NOZA 4ELVA 1TKDA 2P51A 3CYMA 4DSFA 1U04A 1WSIA 3VQPA 3VQ8A 1UA1A 3AVLA 3V9UA 3K5NA 3V4IA 1RBSA 4CFCA 1IKWA 1C1AA 3AA4A 4IFVA 1JLFA 3CG7A 3WNHA 3M8SA 4DTRA 4HVJA 4Z4IA 3HXMA 3HSTB 1S9GA 4Z4EA 4RW7A 2GBZA 3EYZA 4F3TA 4AH9A 4Z4GA 2YV0X 4NCGA 3CFRA 3KJVA 1X9WA 1L3VA 4FW2A 2W42A 4KREA 2OPPA 1NOYA 1KLNA 4KPYA 3RMCA 1FKOA 3HM9A 4PWDA 5CZ1A 4KHUA 1MU2A 1EXQA 1S1VA 3LP1A 3QEIA 1X1PA 1D8YA 1BCMA 1TKTA 3AVCA 3NGIA 1O1WA 3AO2A 1C1BA 3ISNC 3DLEA 1JLAA 3VQ7A 5J2PA 1L5UA 4DWIA 3A2FA 1JKHA 4CJFA 3KTQA 1WAJA 4EP5A 1Q9XA 4M45A 4FM1A 1TK8A 4C8NA 1WNSA 5J2MA 1JLBA 3HK2A 3UIQA 3HJFA 5KI6A 3I8DA 3NDKA 3RMDA 2P5GA 2G8WA 1JXEA 3P83D 4AHVA 3L2WA 3T3FA 3PX4A 1RT4A 1U48A 1NKBA 2WOMA 4O4GA 4N47A 3VQQA 4LSNA 4YNQA 1U4BA 2ITGA 3VN5A 4IFYA 4GW6A 4DLEA 1SKSA 1QTMA 5CZ2A 4FK0A 1RT5A 3LZJA 3M8PA 1RBTA 5SZTA 5HBMA 1JLGA 1VRTA 3O4NA 4ID5A 4JRQA 4IG0A 4CGHA 4CGFA 3B6OA 3HVRA 5C42A 5E41A 4OKJA 4C8LA 4J2EA 3LP3A 3ZT4A 1JLCA 3C6TA 3SZ2A 4CFBA 3TAQA 2G8FA 2DFEA 2IOCA 1N5YA 2D5RA 4DF4A 3QETA 2YHBA 4M3WA 1KVBA 1S5JA 3OYKA 1BL3A 4KTZA 1NK9A 4KHWA 3NFAA 5C25A 1DTTA 3G0ZA 1XHZA 2G8UA 3T1AA 3SUQA 3K5MA 1S6QA 1NK7A 4CJLA 4KV8A 1T7PA 2RN2A 4B9VA 4FJ7A 3VQ5A 2HB5A 3ASMA 4BE2A 2F8SA 3KKRA 1RTDA 4OKEA 3O3HA 3WNFA 4B3OA 4CJQA 3KK3A 1TKXA 4NYNA 4B9LA 4FK2A 4CIEA 3HO1A 3TWHA 3RR7A 3DYAA 1WSGA 4CHNA 3AO3A 3KD5E 4FZXC 4LH4A 4FJ8A 1QQCA 2JGUA 4B08A 5I3UA 4CJVA 1C0MA 3HP9A 5HP1A 4M42A 3NGZA 1WSJA 1RDCA 3JYTA 2A1SA 4CECA 2BGGA 3V1OA 3DLGA 1SV5A 3NF6A 4IDKA 1QE1A 4C8KA 1HQUA 4OKKA 1JLQA 1LW0A 2F96A 4H4MA 5FDLA 5HRSA 3RMBA 4KHQA 2YKNA 4R5PA 3AA5X 4FLTA 4KI4A 2QXFA 3LAMA 1Z26A 4DSEA 4RW8A 3AO5A 4Q5VA 2R7YA 2PZSA 2IGIA 3C95A 4F2RA 4MQ3A 3HPHA 4GMJB 4CE9A 4KB1A 3OS2A 4H4OA 2HHVA 2I5JA 4FM0A 4M41A 4FLVA 3DRSA 2VWJA 2RKIA 1REVA 3MXIA 1RDAA 2RPIA 1Q8IA 4E7LA 4DS4A 3SV3A 3SPZA 4B9MA 4FCYA 2Q3SA 1RT2A 1S1UA 1S1XA 5HLFA 1LW2A 4Z4HA 4G1QA 1RDBA 2HMIA 4I9LA 3S3MA 3ZSXA 3SUNA 1EX4A 3OYMA 3V81A 3QNOA 3PY8A 2G8IA 4M3UA 1IKXA 3LP0A 4QAGA 3SQ1A 3VQ9A 1J9AA 3HT3A 5HROA 4OLBA 1NK0A 4W5QA 4OLAA 1BGXT 4DU3A 2PYLA 5KTQA 3WNEA 1VSJA 5SWMA 2YNHA 3E01A 3OJSA 3KLHA 2YNFA 3U3YA 3QEPA 4CGIA 2IS3A 4CK1A 4OJRA 4CESA 1D9DA 3AVNA 4KHNA 1DTQA 3QNNA 1WSHA 2KFZA 4Y1CA 3O3GA 1QSSA 1ASVA 1UAXA 3SV4A 2G8KA 4Z4FA 4CF2A 4ZTJA 1A5XA 3CM6A 4LSLA 4AHCA 4E89A 2DFFA 4KTWA 3VQEA 3NF7A 5KGXA 3NF8A 1D9FA 5DK5A 4FJGA 1W9HA 4F8RA 4AHUA 3NH1A 4CHZA 2DTUA 1D5AA 1WAFA 3OYIA 4DTUA 4DG1A 1FXXA 2YNIA 2LSNA 4E1MA 3KLFA 3V9ZA 2FBTA 5JS2A 1TAUA 3NE6A 4C8OA 1KFDA 3TAFA 1R0AA 5JS1A 4FJHA 1C1CA 3RTVA 4FLWA 1QSYA 1LWEA 4JS5A 1HYVA 4DMNA 1L3SA 3U3GA 1BI4A 1SL0A 1G15A 1ASUA 3AVKA 1KVCA 3ZSWA 3KIOA 4DLGA 4DTJA 3ZT1A 5T7BA 3L3VA 4CEZA 3K5LA 3OYCA 3S3OA 1L3TA 1NKCA 2G8VA 3F9KA 3AVBA 3VQBA 4YFUA 4NCAA 2WONA 4N41A 4CJKA 1BIZA 3AA2A 3C94A 3OS0A 2XRIA 1NK4A 3SUPA 2HHTA 3NHGA 2QK9A 4FJKA 2HHSA 2X74A 4DFMA 3I0SA 4L8RB 3DI6A 4LH5A 1EP4A 2XY7A 4OPKA 4E7HA 4M3ZA 4AHTA 3KKSA 4CK3A 2KZZA 3DRRA 3DLHA 3RR8A 2KZMA 1JL1A 4C8MA 4BWJA 4LY7A 2Z1GA 5J2NA 1TK5A 1VSKA 4EZ9A 4BACA 1KFSA 4AILC 4FVMA 1B9DA 3JSMA 4DF8A 1U47A 3TAPA 4B9NA 4OVLA 5HRPA 3VQCA 4B9SA 3THVA 2O4IA 3RRGA 1Y97A 2Z1JA 4CGJA 4KKOA 4W5OA 1RBRA 4O5BA 4TSXA 1X9MA 3H08A 1J5OA 3OYJA 3OYLA 3AVMA 4CF0A 4RW9A 4OGCA 5KRTA 1LV5A 4B9UA 1VK0A 3L3UA 4CJWA 4CIFA 4DQSA 3MEGA 4B9TA 1NJYA 5FRMA 5HRRA 3ZT2A 1ZYQA 3LALA 4HCCA 3NCIA 5FRNA 1ASWA 3HP6A 3KD1E 4O44A 2XY8A 1XHXA 4Z0UA 2XHBA 3PO4A 1BCOA 3ULDA 5D3GA 2HNYA 4QCLA 2E4LA 4PA1A 3LPUA 2YNGA 3K59A 4HTUA 4FJNA 2GUIA 4PY5A 1F21A 4FJLA 1VSIA 1B9FA 4O0IA 1UWBA 4PQUA 2KQ2A 1IKVA 1CZ9A 3PUFA 4CEAA 4CJSA 1YTUA 4J2DA 3AVAA 1HYZA 3AA3A 1KCFA 1S1WA 1EETA 4CF8A 4CHQA 1IO2A 1TGOA 4DU1A 4DTXA 1U49A 3DMJA 1TL1A 3ZT3A 4W5RA 3PX6A 3L2QA 3ZSYA 3NAEA 1J53A 5CYMA 4OGEA 3SPYA 5C24A 5KGWA 5EU7A 1NK5A 3OJUA 3V9WA 3NGYA 3ZCMA 2P1JA 4FZZA 2FBYA 3VQ6A 5HRNA 1SL2A 3K2PA 4CGGA 1NJWA 2FC0A 3VQ4A 2G8HA 3KLEA 1SL1A 3DLBA 3LZIA 4I2QA 1ZBLA 1TK0A 3LWLA 4DQQA 4BDZA 2X6NA 2PY5A 4KRFA 4DQRA 3RWUA 4ZTFA 3C6UA 3SJJA 3DM2A 3I0RA 2Y1IA 4M3RA 1HPZA 1RBVA 4DQPA 1YTAA 4IG3A 1BI4B 1UOCA 4BWMA 1VSHA 3ZSZA 3EZ5A 3PV8A 1JLEA 1Z25A 2P5OA 3QO9A 2B4JA 3CFPA 1RT3A 2HVHA 4CEBA 3KLIA 1C0UA 2F8TA 3MXJA 3QEVA 3HPOA 4E7IA 1CZBA 3AVIA 1NJZA 2KTQA 2AJQA 1RILA 3MAQA 3FFIA 4DFKA 4BDPA 4FJXA 3TAEA 4ICLA 1VSEA 1DLOA 1QSLA 2X78A 1XI1A 3DLRA 3OYNA 1ZBHA 1HJRA 3M8RA 3AO1A 3OY9A 1EKEA 2YHAA 5FROA 1JL2A 1FK9A 1WSEA 2B5JA 2FBXA 1K6YA 4IBNA 2DY4A 3O3FA 4KB0A 2YKMA 2VWKA 3PX0A 3AO4A 3LAKA 2ZQBA 1C6VA 1YT3A 1FKPA 4CEOA 1WLJA 4KHSA 1KRPA 4FLYA 3LPTA 2KFNA 3SNNA 1CXQA 1A5VA 2IC3A 3OYBA 3OVNA 4KHYA 4JRPA 3IAYA 3SQ4A 1SUQA 4CK2A 3TI0A 3TANA 1LAVA 1RTIA 3D0PA 4HUGA 1TVRA 4ELTA 4J2AA 4FJMA 3S3NA 3ALYA 1RTHA 3LP2A 4N76A 4M3TA 3P1GA 3P5JA 3OYEA 4MFBA 3IS9A 3ITHA 1KSPA 4M3XA 2X6SA 4E1NA 1KVAA 4CJ5A 1NKEA 4FJIA 3SYZA 3VQAA 3QINA 3QEWA 1T03A 3CFOA 4CHYA 1NJXA 1C0TA 1RT7A 3NF9A 5I42A 1U45A 1J54A 3OYAA 4CJEA 1L3UA 4O0JA 4CJRA 4AHSA 4CHOA 1TL3A 4N5SA 3NH2A 4CJUA 4DQIA 1VSFA 4I2PA 1UA0A 4XIUA 4ID1A 3LANA 3CQ8A 2HHWA 1GOBA 3SCXA 5K14A 4E7JA 4DFJA 4KFBA 3SI6A 4DTPA 4FZYA 3L2VA 2ATQA 5CY4A 3DLKA 4HCBA 4JLHA 3CM5A 2QKKA 4E7KA 1BIUA 1RT6A 1Q9YA 3V9SA 4KAZA 1X9SA 2B6AA 2FBVA 2VG5A 4I7FA 4CEFA 4FLUA 4CGDA 3V9XA 3TABA 3TAMA 1TAQA 4CEEA 3L8BA 1ZBFA 4FJ5A 4FXDA 4W5TA 1LAWA 1QHTA 3D45A 1VRUA 1HNIA 1VSMA 4KO0A 1SKRA 1VSLA 3HL8A 4CJ3A 1KLMA 1S1TA 4KTQA 5KRSA 2NUBA 1ZBUA 1HQEA 1IH7A 4FW1A 4DSIA 3DOKA 4BE1A 2E6LA 1TKZA 4N56A 3HVTA 2IDOA 3OYFA 3F73A 2Y1JA 3WNGA 3OYGA 3MXMA 1TV6A 2OPQA 1W0HA 4BDYA 1WSFA 1RT1A 3OYDA 3SQ2A 1HYSA 4W5NA 4FLXA 1BQNA 2Z1IA 3L2UA 4CIGA 3B6PA 3NH0A 4DU4A 4E0DA 4QOZB 3MECA 3LDSA 4HHTA 1BQMA 3SUOA 2QKBA 3IRXA 4OPJA 3K57A 2GV9A 4B8CA 4DFPA 4DSJA 4FYDA 4NCBA 4RW6A 4UQGA 1IG9A 2OPSA 3OS1A 4FK4A 4CEDA 4KI6A 3ZSQA 3RRHA 4IKFA 1RTJA 2Z1HA 1VSDA 2HNZA 4FJ9A 2HW3A 3PO5A 1LWCA 3KK1A 4DTSA 3EY1A 3TAGA 1NK6A 2D0AA 1SKWA 2OZMA 3OYHA 1I39A 1ZBIA 4CF1A 5J1EA 3V6DA 4EP4A 2XY6A 2DFHA 1LWFA 3TARA 2A1RA 3HYFA 4F4KA 1A5WA 4K8ZA 1HNVA 1JXBA 4Y1DA 3RMAA 3U6FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCLQ 4BRKA 5GAHP 2HBPA 5KYNA 1VQ7A 2EX3A 3T1YK 1YIJN 5FU7B 2JVVA 1DGKN 4K11A 2KDSA 1FZHE 4AFZC 4EMKB 2ASPA 2Q31A 3O4QA 4CF9A 3JCMQ 3SQ0A 1GL5A 4BY9C 4PJOF 2KK4A 4XU3A 1T0HA 4JLGA 3HGLA 4RL5A 2P9LA 4FSXA 4EZ6A 3SDZA 4JS4A 1X2KA 3M59A 5D7UA 2DK3A 2LX7A 4F7UE 2CH5A 4E3SA 2KW4A 4HTLA 5JVHL 4RG8A 3CCSN 2DZCA 4E19A 1YJNA 2JH9A 1IJJA 4GVMA 3K58A 2E70A 2WSEE 2YHWA 5CE3A 2OZSA 1OX9A 4H8KA 3HGKE 3L2ZA 2P9SB 3LDOA 1N33K 3V7CA 3MX5A 4DR6K 4A4KA 4CERA 1I4K1 4N4IA 3REBB 4CBWA 1ZC6A 4DV0K 4K0KK 4C92C 5C10A 3HOSA 5EY4A 1Q95G 4ELUA 4I9QA 2HHXA 5GANh 2KQWA 3DWLA 1UEBA 4X34A 1YVUA 1Q82U 1NGBA 3O8VA 2LQWA 3K5OA 2X35A 5DMRA 2IAJA 4KRTA 2O4GA 1Z9QA 5JMVA 2D1XA 3THYA 1VQ6T 2KROA 2GBQA 3L1AA 4C5GA 1YI2A 2HBLA 2HNDA 5AQTA 3I56Q 4E1JA 3ZSRA 2RMOA 1YHQA 4XK8E 4O5VA 4JKDA 2FEIA 3PIPL 4RTFD 4UC4A 5CVIA 3S9HA 1Y96B 4QNDA 3QLHA 5GAOm 3AVFA 3A5OC 1CLQA 3LGFA 2CSIA 4X66K 4DCHA 1XWLA 1ATNA 2D0CA 4M75B 5LL6S 3VA0A 4H0TB 3M8QA 1BI2A 3KK2A 1GLJO 4A4EA 2HVIA 4B9XA 1ATRA 3NVMA 3HTVA 1T8EA 1S1NA 1RDDA 4IO9L 5LJ5f 3RMQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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