2QXFA

Product bound structure of exonuclease i at 1.5 angstrom resolution
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
468
structure length
432
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Escherichia coli exonuclease I in complex with thymidine 5'-monophosphate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 151
structure length 432
sequence length 468
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2007-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2qxfA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 2qxfA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qxfA01
1QE1A 1WSEA 1ZBFA 2JLEA 3ASMA 4AILC 4DU3A 1BCMA 3OYDA 4KB1A 1LWFA 1XI1A 1VSMA 2VG5A 1R0AA 2KFNA 5CYMA 3PY8A 3O4QA 4E7KA 1WAJA 1UA1A 3TABA 3VQCA 2DY4A 4M41A 3IG1A 3K2PA 2KW4A 3QNOA 3NF6A 4DTMA 1HNVA 3U3YA 4CJ5A 3ZT3A 3L2QA 5SZTA 3DYAA 3ZSOA 4RG8A 5DMRA 3AO1A 5DK5A 1YTUA 2JGUA 3OYBA 2YNFA 4LH5A 4LY7A 2A1SA 4AHRA 3OYLA 2OZMA 4CGFA 1A5WA 4B9TA 1VSJA 4IFYA 3K5LA 3SUNA 4MFBA 1CZ9A 4OKKA 4CJKA 4E3SA 5HLFA 4FJKA 4CEDA 2BANA 4B9VA 2OYQA 1JXBA 4KTQA 4OPJA 2HMIA 4FLYA 2D0BA 1NKBA 3M8SA 3NH0A 4JS5A 3ALYA 4DS4A 4DTSA 4E7LA 2G8KA 1RBUA 2RF2A 4CJFA 3AO3A 4YNQA 2XY5A 1SL0A 3AVFA 3VQ7A 1RBSA 3CFPA 1JL2A 4FLVA 1CLQA 4RW8A 4LSLA 2G8HA 3KJVA 3ISNC 3O4NA 2ZD1A 3HP9A 1UA0A 2G8IA 4BDZA 3MXIA 3QLHA 4N47A 4EZ6A 2XY6A 4I2QA 3V4IA 1RT6A 3V9XA 3LP3A 3V1RA 2Z1IA 1S5JA 1XWLA 3TAEA 1NJYA 4DSJA 4KHUA 3MXMA 4DFPA 4FJLA 2XY8A 1HYVA 3OYAA 3VQQA 1C1CA 1TKZA 1VSHA 2PYLA 4E19A 4CGDA 4M45A 2GV9A 4CECA 4CJUA 1VSKA 1ZBLA 3AVMA 4Z4IA 1B9FA 4CHPA 3NBPA 4NCGA 4CHOA 4FZZA 1Y97A 4CEOA 3L2UA 3L3UA 3DLKA 2HHVA 4JS4A 3VQ8A 4CFBA 3OYIA 4B08A 4DFMA 4KI4A 1SKRA 1CXQA 3NE6A 3CYMA 1BQNA 3G10A 4RW9A 3C94A 1LWCA 5CY4A 3NHGA 3BDPA 1JLBA 3HK2A 4CIFA 1BL3A 4FM0A 2I5JA 4I2PA 2HHXA 3NF9A 4CHNA 3D45A 3RRHA 3QINA 1L3SA 1VK0A 3P5JA 4IG0A 4C8MA 2XO7A 4DLGA 2DFEA 3VQ6A 2DFHA 3AVLA 1RDDA 4H8KA 3DLBA 2KTQA 3I0SA 1RDBA 1VSFA 2ZQBA 4CJTA 4CFDA 4AHCA 4DMNA 3QERA 2F8TA 4M3RA 4J2EA 3B6PA 4PWDA 1NOYA 1C1AA 3AVGA 1VRTA 1VSDA 4E1MA 1NK5A 4DTRA 4M3ZA 3OYHA 1A5VA 3SNNA 3AVIA 4CJ4A 4CHQA 3SQ2A 1WSGA 3HVRA 1RBVA 4GW6A 4JRQA 3LZJA 4ELVA 2HW3A 1JXEA 5HRPA 3E01A 4KHWA 4Z4FA 3AA3A 4O0JA 4OGCA 4CJEA 1F21A 4FK2A 4O5BA 4LD0A 3TAGA 4FZYA 4M3TA 1S6PA 3OYEA 3SPZA 2IOCA 4KFBA 4CF8A 5HRRA 4HVJA 3NDKA 4HUEA 3SQ4A 3V9ZA 3O3GA 4KKOA 1ASWA 3VQ9A 3QEWA 4BDPA 3CM6A 2YV0X 3M8QA 3ZCMA 3PUFA 1QSYA 2VG6A 4OGEA 3AVCA 1X9WA 1RT7A 2PYJA 4N41A 1D8YA 1HYSA 4FJ8A 4N5SA 1RDAA 1S1UA 4DTPA 3WNGA 1TKTA 4KAZA 4DTXA 1NK9A 1NK6A 2ETJA 1ASUA 3LPTA 4CGIA 3NGZA 1NJXA 4EP5A 3OYJA 3C6TA 4E7JA 4Y1CA 4FZXC 4C8KA 3V9UA 4DQRA 4CEFA 2W42A 2EX3A 1Z25A 3O3FA 4IKFA 4CJSA 1O1WA 4CEEA 2Q3SA 2YHBA 2XHBA 1U4BA 3DLEA 1G15A 2E6LA 3PX6A 4EZ9A 1S1XA 2P5OA 1HYZA 4CJRA 1D9DA 1RT3A 4FYDA 1JLAA 5SWMA 4FJ9A 3KKSA 5HBMA 1DTQA 4TSXA 4M3UA 1IKVA 2P1JA 4C8OA 2G8VA 4OPKA 3K58A 1X9MA 1ZBUA 3MEEA 1RBRA 3ZT0A 4KHSA 3SUQA 5C24A 1UOCA 3ULDA 4FJJA 1TL3A 1T03A 1S9GA 2XRIA 1KFSA 3KLGA 4DTNA 4KB0A 1XC9A 1IO2A 1QSLA 4ID1A 3K5NA 1RTJA 4CESA 4FW2A 1ZBHA 2F8SA 4HHTA 3AO4A 1RCHA 3OYKA 3NFAA 3ZSRA 4HCCA 2KQ2A 3TI0A 1Z26A 2BDPA 3HYFA 4CEZA 3LAMA 2X6NA 3T3FA 1YT3A 2B6AA 4W5OA 4DS5A 4NYFA 4HUFA 3ZSYA 4QOZB 3TWHA 4BDYA 3DLHA 3L8BA 3QIOA 3SUOA 4PA1A 1YVUA 1KFDA 1BIZA 1B92A 4Z0UA 4B9UA 2HHTA 3AA5X 3RRGA 1HQEA 3DI6A 1BI4A 3DLGA 3TAMA 1L3UA 1KLMA 2YKMA 3MEGA 4LH4A 1FXXA 4FJIA 4F3TA 3PX4A 4B8AB 4OKJA 4Q0BA 3AO5A 3HPHA 1VSEA 1BIUA 3KLIA 1VSLA 3VQPA 4J2AA 4KHYA 1T8EA 1JKHA 3QO9A 3OS1A 4IBNA 1IKWA 1ASVA 3FFIA 4CF1A 2P5GA 4DTJA 3DMJA 3WNFA 3HPGA 3HSTB 4DSKA 3HT3A 4CCHA 4OKEA 3IS9A 1L5UA 3LAKA 4NCBA 3BGRA 3F9KA 5I3UA 1RILA 5FROA 4DSIA 4FK4A 1D5AA 3DRRA 3LP2A 1RT2A 4DTUA 2RPIA 1ITGA 1Q8IA 1BGXT 3PX0A 4FJXA 3AA4A 2IS3A 2FBYA 4AHVA 4Z4HA 3VA3A 2E6MA 1KVCA 4K8XA 1QS4A 3NH1A 3VQEA 2VWKA 3O3HA 3M8RA 3SI6A 4FLXA 3QESA 3VQAA 2BE2A 3CFRA 1KVAA 2YNGA 4KO0A 3HPOA 1BISA 3F73A 5J2MA 1SKWA 4CFCA 4BE1A 2X74A 4E7HA 4CJVA 1JLFA 1C0TA 3ZSWA 4H4MA 1RT1A 3JSMA 4J2BA 3AA2A 3ZSQA 4CGGA 1TAUA 1EKEA 3G0ZA 1NK4A 4JRPA 3KD1E 1B9DA 4BE0A 2XY7A 2GBZA 1JLEA 2YNIA 5D3GA 2OPPA 4CFAA 2FC0A 4GVMA 1Q9YA 3QIPA 3K5OA 1VRUA 4F2RA 4ZTFA 3V1OA 4DSEA 4KHQA 4PQUA 1RT5A 4CK1A 4HCBA 1JLGA 1QTMA 1TAQA 4CHYA 4W5TA 3D0PA 2WOMA 1U47A 4B3OA 2X78A 1SL2A 1LAWA 1HMVA 4NCAA 2YHAA 2ZE2A 2Z1GA 2HNYA 3NGYA 5KRTA 2YNHA 4DSFA 3U6FA 3PV8A 1SL1A 4OLBA 4CHZA 1WLJA 4CK3A 4YFUA 4I7FA 1KVBA 3NCIA 3SV3A 4CK2A 4FLWA 5HP1A 4KPYA 1LAVA 3QETA 3TAQA 1XHXA 4FK0A 2FBXA 5E41A 1WSJA 1EP4A 4QAGA 2Y1IA 3S3OA 4C8NA 2HHQA 3K5MA 3LWLA 4FJGA 1RBTA 1RDCA 4XIUA 4CE9A 3SV4A 2E4LA 3OS2A 3SZ2A 1WAFA 4FW1A 3H08A 4WE1A 4CIGA 4HTUA 1DTTA 1EXQA 1VSIA 4FM2A 4BWMA 4ZTJA 1BHLA 1FKPA 2VWJA 1I39A 4E89A 2PZSA 2F96A 1TGOA 1ZYQA 3ZSXA 4FJ7A 2Y1JA 3ZSVA 3NAEA 4AHUA 4DQIA 1GOAA 1UWBA 2D5RA 4O55A 5KGWA 2YKNA 3NGIA 5I42A 3RMAA 3VQ5A 3RR7A 1N6QA 1C1BA 4FCYA 3HXMA 2O4GA 3SPYA 3LWMA 3V9SA 4FJNA 2KZZA 4F2SA 1HPZA 3V6DA 1TK0A 3DOKA 1S1TA 4ELUA 4AH9A 3RMBA 4PY5A 1WSFA 2EHGA 3LANA 2WONA 1BQMA 3QNNA 3VA0A 3S3NA 4IFVA 1IH7A 3M8PA 2HVHA 3OS0A 3KK3A 1YTAA 4CERA 4ELTA 2DFFA 5KTQA 3PO5A 4Z4CA 4H4OA 1NK8A 4DQPA 4W5RA 1LWEA 5J1EA 3QEVA 3JYTA 2FBTA 4CJWA 4DG1A 4W5NA 1EETA 2Z1HA 4W5QA 4FVMA 2GUIA 1L3VA 2HNDA 3AVHA 4ID5A 4DU1A 1IKYA 1NKEA 1C0MA 4C8LA 2QKBA 4R5PA 1J9AA 4B9MA 3B6OA 1U04A 2QXFA 2OPRA 3DRSA 3CQ8A 3ZT4A 3LP0A 1NJZA 4CF2A 3KLFA 3NH2A 4HUGA 4LSNA 3V9WA 1NJWA 1JL1A 4I9LA 4K8ZA 4L8RB 3I0RA 3AVNA 1NK0A 4MQ3A 1NKCA 5JS2A 5HRSA 3KTQA 3DOLA 4CF0A 1N5YA 4DWIA 4IG3A 2G8FA 3MAQA 3QEXA 1A5XA 4FJHA 3CM5A 3T1AA 1FK9A 1HRHA 4JLHA 4CJPA 3WNEA 2IDOA 4FJ5A 3AVAA 4KV8A 3U3GA 4DF4A 2NUBA 3KD5E 3P83D 4NYNA 3AO2A 3UIQA 3MXJA 3EY1A 3AV9A 3ITHA 4IDKA 3OJUA 3L2WA 1T7PA 4M3WA 1RTIA 1J53A 3EYZA 4DSLA 1K6YA 1TV6A 4FLTA 4G1QA 3K59A 1T05A 1J5OA 1KRPA 4KTWA 3OY9A 4M3YA 3HJFA 3ZT2A 4F4KA 3OVNA 4Q5VA 4FXDA 4E1NA 3P1GA 2R7YA 4CJLA 4DU4A 3SUPA 5FDLA 1TKXA 3DM2A 4CF9A 4F3OA 3TAFA 2OA8A 4B9LA 1REVA 1X9SA 2RKIA 4RW4A 4KHNA 3SQ1A 1W0HA 5HRNA 4B8CA 4DFJA 4O0IA 4BACA 4ICLA 1W9HA 3QEPA 3RTVA 3AVKA 3ZSZA 4N56A 3OYMA 2X6SA 3OYGA 2DTUA 1D9FA 3HO1A 3TARA 1LV5A 3OYCA 2HB5A 1C0UA 1RT4A 3IRXA 3MEDA 4N76A 4M3XA 5JS1A 1WSHA 1RTDA 1LW0A 4Y1DA 3QEIA 1NK7A 1U45A 1TL1A 2VG7A 3RMCA 2IAJA 1X1PA 3V81A 4UQGA 2D0CA 4I9QA 4RW7A 1WNSA 3VQDA 3KLEA 4DQSA 3CG7A 3SCXA 2G8UA 3LP1A 1WSIA 2RN2A 3T19A 4KREA 3A2FA 3AVBA 1UAXA 3EZ5A 5C25A 4J2DA 2IGIA 5CZ2A 3RMDA 1U49A 1SKSA 3HM9A 4ZHRA 1TKDA 3AVJA 3MECA 3KLHA 3C6UA 3L2VA 1ZBIA 3DRPA 4PUOA 5KI6A 5T7BA 3LALA 1J54A 3NF8A 3SQ0A 3PO4A 3LPUA 1CXUA 1KTQA 4QCLA 3TR8A 3OJSA 5J2PA 4OJRA 4FLUA 5EU7A 3IAYA 1SV5A 1TVRA 3K57A 3VQBA 5HROA 3C95A 3RR8A 1HJRA 1HQUA 2D0AA 1KCFA 4O4GA 3S9HA 3TAPA 4GMJB 3THVA 4CEBA 1HNIA 1QSSA 1S1WA 3V1QA 2PY5A 2HHUA 1DLOA 4E7IA 3DLRA 4FM1A 4DF8A 2B5JA 1KLNA 1WN7A 3I8DA 2HHSA 3NF7A 3OYFA 2G8WA 1U48A 1C6VA 4M42A 1TK5A 4AHSA 3KK2A 3CFOA 4DTOA 5J2NA 1I3AA 2FBVA 2HNZA 4CJQA 1Q9XA 4CGJA 4Z4GA 2KZMA 3SYZA 1SUQA 4RW6A 2OPSA 4OVLA 5KGXA 4KTZA 2OPQA 2ITGA 3RWUA 3OYNA 2QK9A 3HL8A 4DQQA 1GOBA 4BE2A 4FLZA 5J2QA 1QQCA 2A1RA 4OLAA 2ATQA 3HVTA 3VQ4A 2Z1JA 1JLCA 2IC3A 5FRMA 1FKOA 5CZ1A 1NOZA 1JLQA 2LSNA 2BGGA 4B9NA 5K14A 4CGHA 1IKXA 1CZBA 4KRFA 1TK8A 5FRNA 3LDSA 3WNHA 3VN5A 1QHTA 4E0DA 1S9EA 4AHTA 1MU2A 4F8RA 3ZT1A 3LZIA 1KSPA 2HHWA 1EX4A 3KIOA 4BWJA 3KKRA 5C42A 3L2RA 3SJJA 5KRSA 4CJ3A 1IG9A 4Z4EA 1RTHA 2KFZA 1BCOA 1L3TA 4B9SA 1XHZA 3L3VA 4CEQA 4CEAA 3S3MA 1BI4B 2QKKA 2O4IA 2AJQA 1RNHA 4O44A 3KK1A 4FJMA 4EP4A 4CIEA 2OZSA 3HP6A 1S1VA 1S6QA 2B4JA 2P51A 1GOCA 2HVIA 3TANA 4DLEA 4KI6A 5CYQA 1LW2A 4DFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O1WA 1QE1A 1ZBFA 1M90C 2XD0A 2JLEA 2WUSA 3JCMc 4C0DB 5D6WA 3RSEB 3OYDA 4H5RA 4M78G 1H92A 1K73U 1MDUB 3LDOA 1T6CA 3VQCA 2BZYA 4M41A 2QWRA 3QNOA 2CZ1B 2HBKA 1MMDA 1KC8U 4F7UE 2ITMA 2O8CA 1FS1A 2FG0A 4XK8E 2Q1NA 5GIOA 3OYLA 4WF2A 4CGFA 1ZX6A 2AKKA 3MEAA 3QKJA 1RABB 3X24B 4FSVA 4JD2A 4M77B 4MFBA 4P5NA 4E3SA 5IHKA 5HLFA 3AHUA 1S1NA 4M7DG 3A8LB 3EKSA 1OKJA 2BANA 1QZ6A 1YIJA 4KTQA 3U4LA 5AQZA 3KFVA 3VTIA 2R5MA 1P92A 4AMCA 3M8SA 5LY3A 3KBGA 3RR6A 1SPKA 5LJ3e 3D6RA 1ZUUA 2Q2RA 4M75F 3JB9I 3AVFA 3VQ7A 3VEXA 2K5SA 2HQHA 4CC7A 2H3JA 1RBSA 5AJ3K 1CLQA 1EZZB 2RNAA 4FLVA 2E4HA 2E1HA 4LSLA 1Y7XA 2QTXA 3O4NA 1UA0A 2DTHA 3M0SA 1BI0A 3AAQA 1GBQA 1TU0B 3TAEA 1VQ7Q 3V1RA 1S5JA 4DSJA 3OS5A 4CC2A 3MXMA 1XNQK 3I5SA 4PKCC 3IFRA 2MF2A 1TG0A 4LNPA 4RTXA 4DA4A 1TKZA 5AQJA 1UFFA 3H45C 5CAIA 2D1XA 2LQKA 4B1WB 4E19A 4BD3A 4AFUC 4B3SK 2W40A 4NL2A 1YNZA 2GV9A 4CECA 4CJUA 1ZBLA 4K11A 3GPLA 2BUPA 3AVMA 1I81A 4NCGA 4CEOA 3L3UA 1VQ7T 3EHQA 4PJJA 1I0CA 3PIPA 3QZ9B 3BZKA 1NGGA 1CXQA 4PHTX 2KI7A 4RW9A 1Z9ZA 3RUXA 3BDPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4OVL A;  5KGX A;  4KTZ A;  2OPQ A;  2ITG A;  3RWU A;  3OYN A;  2QK9 A;  3HL8 A;  4DQQ A;  1GOB A;  4BE2 A;  4FLZ A;  5J2Q A;  1QQC A;  2A1R A;  4OLA A;  2ATQ A;  3HVT A;  3VQ4 A;  2Z1J A;  1JLC A;  2IC3 A;  5FRM A;  1FKO A;  5CZ1 A;  1NOZ A;  1JLQ A;  2LSN A;  2BGG A;  4B9N A;  5K14 A;  4CGH A;  1IKX A;  1CZB A;  4KRF A;  1TK8 A;  5FRN A;  3LDS A;  3WNH A;  3VN5 A;  1QHT A;  4E0D A;  1S9E A;  4AHT A;  1MU2 A;  4F8R A;  3ZT1 A;  3LZI A;  1KSP A;  2HHW A;  1EX4 A;  3KIO A;  4BWJ A;  3KKR A;  5C42 A;  3L2R A;  3SJJ A;  5KRS A;  4CJ3 A;  1IG9 A;  4Z4E A;  1RTH A;  2KFZ A;  1BCO A;  1L3T A;  4B9S A;  1XHZ A;  3L3V A;  4CEQ A;  4CEA A;  3S3M A;  1BI4 B;  2QKK A;  2O4I A;  2AJQ A;  1RNH A;  4O44 A;  3KK1 A;  4FJM A;  4EP4 A;  4CIE A;  2OZS A;  3HP6 A;  1S1V A;  1S6Q A;  2B4J A;  2P51 A;  1GOC A;  2HVI A;  3TAN A;  4DLE A;  4KI6 A;  5CYQ A;  1LW2 A;  4DFK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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