2QXFA

Product bound structure of exonuclease i at 1.5 angstrom resolution
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
468
structure length
432
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Escherichia coli exonuclease I in complex with thymidine 5'-monophosphate.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 151
structure length 432
sequence length 468
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2007-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2qxfA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 2qxfA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qxfA01
4DTPA 1JLEA 4B9TA 1EKEA 2Z1JA 4CHYA 5KGXA 4KHNA 3WNGA 4J2EA 3S3OA 3T19A 1EP4A 3TWHA 3LALA 4KB0A 3MEEA 2DFFA 1JL2A 2HMIA 1U47A 4KPYA 1J53A 3TAPA 3DLGA 1WSIA 4IBNA 1VSJA 3DM2A 1L3VA 1VSEA 2IDOA 2Z1IA 2BE2A 3RTVA 3BGRA 4DTRA 4DTSA 2QKBA 3QLHA 4ICLA 3AVLA 3EYZA 4F2RA 3SCXA 1TKTA 1LWFA 4W5TA 3DOLA 4DS4A 4EZ9A 1NK8A 1C0MA 1NK5A 1EXQA 3WNHA 3VQDA 2LSNA 3PO5A 4FJ7A 3OYMA 1J5OA 3VQ5A 3DRPA 4ZTJA 4CGJA 3TAFA 2DY4A 4CK1A 3OJSA 2OPRA 1YVUA 3QNOA 3DLEA 2KTQA 4CEAA 1X9WA 3DLKA 4HHTA 3K5MA 4PA1A 2PZSA 4FXDA 1TAUA 2EHGA 3OVNA 4DSEA 3AVIA 2HNDA 4PQUA 3NF7A 4M3RA 1G15A 2Y1IA 1IKXA 3I0RA 1R0AA 3V1RA 2HHWA 1C1BA 4DQSA 4FCYA 3L3UA 4CJKA 3ALYA 4Z0UA 2G8HA 3U3YA 2OPSA 3KIOA 1KSPA 3V6DA 4C8KA 4DSIA 1N6QA 4PWDA 5J2QA 4CJ4A 4DQPA 3O3HA 4Z4EA 3LP0A 1BGXT 2IGIA 4B3OA 4PY5A 3C6UA 4L8RB 4CJUA 4E19A 4FM2A 3V9XA 1I3AA 1RT7A 5JS1A 3PUFA 3QESA 2YNIA 1O1WA 3G0ZA 2G8FA 2OPQA 4BDPA 2KZZA 3K5OA 3OS1A 3P5JA 3SUQA 1Z25A 1HRHA 3O4NA 4CJLA 3HVRA 1RTIA 4CIFA 1RT3A 2ZD1A 3P1GA 2IS3A 1HNIA 2VWKA 2OYQA 4OGCA 1RTHA 3KJVA 4FYDA 1K6YA 4UQGA 1Z26A 4GVMA 1S6QA 4JLHA 5K14A 2D5RA 3C94A 1KTQA 4FW2A 1ASVA 1RBTA 1TK0A 5FDLA 3AVGA 3KLHA 3ULDA 4Y1CA 4CHOA 3TANA 2FBXA 3ZSQA 3D45A 4Q5VA 4FZXC 4O4GA 3LAKA 4F4KA 2YNHA 4M3UA 3NGIA 3KK2A 3LWLA 2HHXA 1FKPA 1SL0A 2FBVA 4DQQA 1NKBA 3QEVA 2AJQA 3M8RA 4M3ZA 3KLEA 1J9AA 3WNEA 5SZTA 1QS4A 5J1EA 3NF9A 2VG6A 4LY7A 3L8BA 4KFBA 4IKFA 2OA8A 1KLMA 1VSLA 1KFSA 4KTQA 4CIEA 4FJ9A 3OY9A 2P5GA 3K58A 2O4IA 1KVCA 4KI4A 3ZT2A 3CQ8A 3HPHA 3HK2A 4RW9A 2G8KA 1HNVA 4B9UA 2FC0A 2ATQA 3NF8A 3HT3A 3L2QA 1NJYA 4FJGA 4B9MA 1SUQA 1WSGA 1BI4B 2GV9A 3NE6A 4O0JA 4FM1A 4AHVA 3V81A 1NOYA 3ASMA 1KLNA 1RT2A 4RW8A 3DOKA 1TAQA 4I7FA 3VA3A 1ZYQA 2QKKA 4HCCA 1RDDA 4KB1A 4CJPA 4CGIA 5SWMA 3NH0A 3SUPA 1F21A 3CFOA 4RW7A 3HM9A 3SV4A 4KAZA 3OYFA 2NUBA 3TAGA 3TI0A 3QIOA 4OJRA 4DSJA 4C8NA 4DS5A 3IG1A 1VSDA 4DF4A 3HP9A 3QETA 4YFUA 4O55A 4ID5A 1C0TA 3L2VA 4HUFA 3ZT3A 2WONA 3RMBA 1RDBA 4N76A 4IG3A 4KHUA 3HO1A 4KREA 5FRNA 3OYLA 4FLWA 4B9VA 1LAVA 3TAQA 1J54A 4E7KA 4RW4A 3DMJA 4KRFA 3AVJA 2YKNA 4AHRA 1U4BA 3F73A 1RBUA 4DWIA 4M3YA 1S6PA 1KVBA 4G1QA 1REVA 4CHZA 1UWBA 3LP3A 1IO2A 3RMCA 1XC9A 2R7YA 1TKZA 4KO0A 1QSSA 4OKEA 5KTQA 4CJFA 5J2PA 1JLGA 5HRRA 4N47A 1NK6A 2GBZA 4OVLA 4LH5A 4HUGA 1QSYA 2HHVA 4HCBA 4CJRA 4JRPA 2FBYA 3OS0A 1CLQA 1U45A 1W9HA 1B9FA 2X6SA 3KKSA 4MQ3A 4ELTA 3RR7A 1NK9A 4FJLA 4CHPA 1BQNA 4CJWA 2HB5A 4EZ6A 4CF8A 3L2RA 3AVCA 3OYBA 1QTMA 4CE9A 1YTUA 4FLVA 1HJRA 1NJWA 3KK1A 3M8PA 3D0PA 1RCHA 1D8YA 4FLXA 2HHUA 1N5YA 3NH1A 2YHBA 3NDKA 1VSMA 1S1VA 1RBRA 1WNSA 5DK5A 3MXMA 1TL3A 3AA5X 3V9SA 4KTWA 3KLFA 4OGEA 1BISA 3CG7A 3DRSA 3OS2A 4F8RA 4NCBA 2Z1HA 4EP4A 3K2PA 4KHSA 3RMDA 2HHSA 3MECA 1KFDA 3EY1A 4DQRA 3SZ2A 3ZSZA 3OYAA 4CIGA 3SUNA 4OKJA 4ELVA 2E4LA 4PUOA 2XY5A 3RR8A 3MAQA 4CF0A 4CJ5A 1U04A 4DSLA 4H8KA 3SYZA 3V4IA 3LPTA 4H4MA 4LD0A 4DTMA 1C1CA 4ID1A 5KGWA 4B9SA 4FLZA 5CYQA 4DTNA 2A1RA 1HPZA 4CEOA 1A5WA 3V9WA 2XY6A 1EETA 4E7LA 3O3FA 4CEDA 3OYCA 3OJUA 2ZE2A 1NJZA 4W5NA 1IKVA 1RT6A 3NFAA 1EX4A 3LP2A 3ZSOA 1ITGA 3OYGA 4FJ5A 4E7IA 3LZJA 3S3NA 4NCAA 2F8SA 4RG8A 1LWCA 3QEPA 1B9DA 4KV8A 4AHCA 2BANA 4CGHA 4DTXA 4FJXA 3SQ2A 5HRSA 1RDCA 3OYKA 2RPIA 2HVHA 5I3UA 4M41A 1VSIA 4IDKA 3CM5A 3TR8A 3HP6A 1WAJA 2YNFA 4HTUA 5J2NA 4DFPA 2IC3A 4HUEA 3SJJA 1NKCA 3K5NA 5JS2A 1BHLA 1HQEA 2XO7A 2PY5A 1RDAA 4W5QA 5HROA 3K59A 4CK2A 4FLUA 3VQ8A 1VRTA 3VQ7A 1JKHA 1IKWA 2G8UA 3HJFA 4CGFA 3ZSVA 3NGYA 3V9ZA 4O44A 1JLAA 2QK9A 1RILA 4LSLA 1X9MA 4IFVA 3PX4A 1T8EA 1JLFA 4CF9A 4M42A 4N5SA 4DFKA 1S1TA 4CCHA 2HHTA 2HHQA 3JYTA 1L3TA 1JLBA 3VQ6A 3IAYA 4E3SA 4B8AB 4QCLA 4FJKA 3QEWA 2ZQBA 3RRHA 4JS5A 3LPUA 3AO2A 4FJMA 4IG0A 1W0HA 3JSMA 3TAMA 4CFCA 4CJVA 1BIUA 2HNYA 4AHUA 3T3FA 4KI6A 1BQMA 2O4GA 3SQ0A 4C8MA 3VQ4A 3B6OA 1XHZA 4FLTA 4Z4GA 2X78A 3SPZA 3ZSXA 2W42A 4LH4A 1U49A 2F8TA 2BGGA 3QERA 3PX6A 2KFNA 1L5UA 1ASWA 3S9HA 4CGDA 3MEGA 3NCIA 3DYAA 1QHTA 2YNGA 3L3VA 4KKOA 4DTJA 3AVHA 4AHSA 4J2AA 1MU2A 5CYMA 3NGZA 2HVIA 5HRPA 4CJEA 2Q3SA 1HYVA 2XRIA 1NKEA 4CGGA 1C6VA 1HQUA 4E1NA 3DI6A 1WN7A 4BWMA 2JLEA 4I2PA 4E89A 1RBSA 3U6FA 5HRNA 1C0UA 2YKMA 2RKIA 2XHBA 5KRTA 4LSNA 1D5AA 1TKDA 3PX0A 3A2FA 1ZBIA 1JXEA 4CERA 4CECA 4CEBA 3KTQA 4KHYA 4E7HA 2ETJA 3DRRA 3QEXA 1L3SA 1YT3A 4Z4FA 2PYJA 3ISNC 5HP1A 3LANA 4CEZA 2DFHA 4NYNA 4I9QA 1TVRA 1RT1A 3L2WA 3MXJA 1DTQA 3AO4A 1VSFA 4CF1A 3ZT4A 3THVA 4DTOA 3ZT1A 1A5XA 4KHQA 3OYDA 4DQIA 1HYSA 1X1PA 3PO4A 2G8IA 3PV8A 3OYIA 1ZBUA 3HXMA 3AA4A 1UA0A 4FVMA 4DFMA 2HW3A 5CY4A 2VWJA 4FM0A 3QIPA 2X6NA 2P51A 2Z1GA 1RT5A 3H08A 4M3XA 3B6PA 3LDSA 2KW4A 4DF8A 3VN5A 1I39A 2KQ2A 3SQ1A 1S1XA 4C8LA 2B6AA 4H4OA 4BDYA 5T7BA 4YNQA 4CEQA 4O0IA 2HNZA 3P83D 4DU4A 4CFBA 3V1QA 1WSEA 3AVFA 1FXXA 1NOZA 4J2BA 4Z4HA 5E41A 3KKRA 2D0AA 3WNFA 1C1AA 4FZZA 3HPGA 4E1MA 1Q9YA 2IAJA 1B92A 3VQAA 4FK2A 3EZ5A 1BL3A 4E7JA 3TARA 4NYFA 2GUIA 4FW1A 3AA2A 4BE0A 4EP5A 1RTDA 1IG9A 1IKYA 1UOCA 1FK9A 1LWEA 2D0CA 3HYFA 4GMJB 5EU7A 2P1JA 4Z4CA 3LWMA 3NHGA 1D9FA 2OZMA 3OYNA 4KHWA 2F96A 2G8VA 5CZ2A 1JLCA 1LW0A 4AH9A 3G10A 4F3OA 1BCMA 1VRUA 5HBMA 5CZ1A 3AVBA 1S5JA 2RF2A 3RRGA 1JL1A 3C6TA 1KVAA 4N56A 1WSFA 1D9DA 4ELUA 1LW2A 2VG5A 3DLRA 4QAGA 1XI1A 2P5OA 3M8SA 2PYLA 4CFAA 4TSXA 2VG7A 4I2QA 1DLOA 1XHXA 4ZTFA 5KI6A 1A5VA 1BCOA 4FJHA 1RT4A 4CJQA 4FJNA 1S9EA 1LV5A 4CHNA 1SV5A 1CXQA 1VK0A 1ZBFA 3M8QA 4R5PA 1SKSA 3AA3A 4W5OA 3I8DA 3VQPA 3S3MA 1KRPA 4B9NA 1BI4A 4OPKA 3HVTA 1KCFA 4CJTA 4JS4A 3KLIA 3NF6A 3SNNA 4F2SA 2X74A 3C95A 4IFYA 4B9LA 2ITGA 4DU3A 3CYMA 1QSLA 1Q8IA 1RBVA 3LAMA 3VQCA 4HVJA 3CM6A 4I9LA 1WSJA 4CESA 1NK4A 1GOCA 1S9GA 5HLFA 2WOMA 4W5RA 3QEIA 1SKWA 2E6LA 3VQQA 3AO3A 3OYJA 3K57A 3ZSYA 4FLYA 3AV9A 4QOZB 3FFIA 3ZSWA 4ZHRA 4M3TA 4GW6A 4XIUA 3HL8A 3VQBA 2OZSA 4B08A 3L2UA 4OKKA 4CJSA 4F3TA 1UAXA 3KK3A 2IOCA 1BIZA 3AVKA 2EX3A 2YHAA 3ZCMA 3O3GA 4DSFA 4DFJA 2FBTA 3TAEA 2BDPA 3AO1A 1Q9XA 4CF2A 1TGOA 3NAEA 3MXIA 1UA1A 1HMVA 4MFBA 4NCGA 3I0SA 1T05A 2B4JA 1VSHA 1SL1A 3V9UA 1CXUA 4OPJA 1U48A 3RWUA 4DU1A 2E6MA 3BDPA 2A1SA 1JLQA 3AVNA 3E01A 3F9KA 4KTZA 4O5BA 4B8CA 3QINA 4BE2A 3SI6A 4K8XA 1Y97A 3NH2A 1JXBA 2KFZA 2B5JA 2DTUA 1NJXA 3VQEA 4CK3A 5J2MA 3SPYA 5FRMA 1QQCA 1RTJA 4DMNA 5C25A 3KD1E 3CFRA 1XWLA 2Y1JA 5D3GA 4J2DA 4AILC 4OLBA 3SV3A 4CEEA 4BE1A 3RMAA 1T03A 2G8WA 4FK4A 1YTAA 4BACA 3T1AA 3ZT0A 3ITHA 1HYZA 4JRQA 3LP1A 4OLAA 1ZBHA 1SL2A 5C24A 2DFEA 3IRXA 4DTUA 1LAWA 3QO9A 4CHQA 4M3WA 3O4QA 1GOBA 1RNHA 4AHTA 1CZ9A 4Q0BA 2YV0X 3UIQA 4FJ8A 3ZSRA 1WAFA 1TK8A 3DLBA 1IH7A 3VQ9A 1SKRA 4K8ZA 4Z4IA 1TK5A 4RW6A 1DTTA 5FROA 4FJIA 1WLJA 4CJ3A 1TL1A 3AVMA 3KLGA 2KZMA 3VA0A 3IS9A 3NBPA 5I42A 3V1OA 2JGUA 1X9SA 4M45A 1L3UA 4CFDA 2OPPA 2QXFA 1TV6A 4Y1DA 3HPOA 5DMRA 1FKOA 3U3GA 1TKXA 2I5JA 5C42A 4CEFA 5KRSA 4BDZA 1NK0A 3TABA 1S1WA 1QE1A 4DG1A 3CFPA 3SUOA 3DLHA 3OYHA 1CZBA 4DSKA 4FZYA 4FJJA 4BWJA 3AVAA 3HSTB 2XY7A 4DLEA 3OYEA 4WE1A 3MEDA 1ASUA 3SQ4A 3LZIA 3KD5E 1T7PA 1VSKA 3QNNA 4E0DA 4FK0A 1GOAA 1WSHA 2XY8A 3K5LA 3AO5A 4DLGA 2D0BA 3PY8A 4N41A 2RN2A 1ZBLA 1NK7A 1S1UA 4C8OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9SB 4B9TA 2DL7A 2FPDA 2LJ3A 4KHNA 2D0PA 2Z1JA 2DD5A 4XTUA 1YHQT 3T19A 1X01A 2WSFE 3M0TA 3TWHA 4EMHA 3MEEA 1HD3A 2DFFA 1WSIA 2V1QA 2C0TA 1N8RR 5DM6L 1WYXA 1YFNA 2JMAA 4EMKB 2Z1IA 4RNGA 3RTVA 4DTSA 3BF3A 4YORA 4ICLA 1TYQB 1WHJA 1V4TA 4K25A 3EYZA 3SCXA 1K9MC 3L0MA 2A36A 2Y4XA 2NUTA 1VHXA 3QJYA 3JAME 4Z94A 5KYUB 1RGIA 3CF5L 1X27A 5AZIA 4FJ7A 5EVZA 3OYMA 1W6XA 3VQ5A 3CCJN 5D6WA 4ZTJA 4CGJA 4DV3K 1JW2A 3ZBDA 4X66K 4BY9C 4CK1A 4M7DB 4FVUA 2CGKA 3SEMA 1Q7YR 1NGBA 3MX2A 2JTFA 2VQEK 1VQKT 1X9WA 4HHTA 1IBKK 4PA1A 5AQSA 1TAUA 3OVNA 4WYBA 2ROTA 5BN8A 4GKJK 4PQUA 1MV0B 2FZCB 1VQPN 3QYGB 1G15A 2X35A 3JB9I 1IKXA 1R0AA 5CE3A 4DQSA 4PJNA 1RACB 4WF9L 1WJQA 2RCUA 3EFSA 4O5FA 3L3UA 4GV3A 1E7OA 5C0YA 1VYTA 2WSEE 4M75E 4QQGA 2D1XA 1N6QA 5J2QA 4Z4EA 2QDYB 1VQON 2HZYA 2IGIA 4O8UA 1J3TA 2BUPA 4LF5K 4PY5A 5CVIA 4Y91A 3CJCA 4D8KA 2A6AA 5JS1A 1RDUA 3SVIA 1PKTA 5A0DA 2BIVA 4PJOE 2W6KA 4M77G 4C8QC 2OPQA 2RHKA 3K5OA 3P5JA 3CCMT 3HVRA 4BRAA 1UGSB 1RTIA 4CIFA 4QQ6A 5GIPA 2AZSA 4HCKA 3WSOA 1HNWK 4V19S 1N32K 1YI2T 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1GOB A;  1RNH A;  4AHT A;  1CZ9 A;  4Q0B A;  2YV0 X;  3UIQ A;  4FJ8 A;  3ZSR A;  1WAF A;  1TK8 A;  3DLB A;  1IH7 A;  3VQ9 A;  1SKR A;  4K8Z A;  4Z4I A;  1TK5 A;  4RW6 A;  1DTT A;  5FRO A;  4FJI A;  1WLJ A;  4CJ3 A;  1TL1 A;  3AVM A;  3KLG A;  2KZM A;  3VA0 A;  3IS9 A;  3NBP A;  5I42 A;  3V1O A;  2JGU A;  1X9S A;  4M45 A;  1L3U A;  4CFD A;  2OPP A;  2QXF A;  1TV6 A;  4Y1D A;  3HPO A;  5DMR A;  1FKO A;  3U3G A;  1TKX A;  2I5J A;  5C42 A;  4CEF A;  5KRS A;  4BDZ A;  1NK0 A;  3TAB A;  1S1W A;  1QE1 A;  4DG1 A;  3CFP A;  3SUO A;  3DLH A;  3OYH A;  1CZB A;  4DSK A;  4FZY A;  4FJJ A;  4BWJ A;  3AVA A;  3HST B;  2XY7 A;  4DLE A;  3OYE A;  4WE1 A;  3MED A;  1ASU A;  3SQ4 A;  3LZI A;  3KD5 E;  1T7P A;  1VSK A;  3QNN A;  4E0D A;  4FK0 A;  1GOA A;  1WSH A;  2XY8 A;  3K5L A;  3AO5 A;  4DLG A;  2D0B A;  3PY8 A;  4N41 A;  2RN2 A;  1ZBL A;  1NK7 A;  1S1U A;  4C8O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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