3C95A

Exonuclease i (apo)
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
470
structure length
446
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAESDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein stimulation of exonuclease I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 446
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3c95A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3c95A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3c95A01
1ZYQA 2D0BA 4O0IA 3U6FA 4ELUA 1YT3A 4H8KA 4E89A 3SNNA 1IKYA 4OLBA 4FJ8A 4C8OA 4K8XA 4FLTA 1BGXT 1NOZA 3AVNA 2YKMA 3AA4A 3L3UA 3KIOA 3DLKA 1J54A 3QETA 3WNHA 1L5UA 4CJVA 4FK0A 3DLRA 4M42A 3KK1A 1DTQA 1G15A 2D0CA 2F96A 3SQ2A 1Q9YA 4C8NA 4DQQA 1RBUA 1KFDA 2Y1IA 1J5OA 4F4KA 4Z4IA 4CHZA 1S6QA 3IG1A 5J2PA 2YNHA 4CEAA 1HYZA 2ZD1A 4DFPA 1VSDA 1Z26A 3PO4A 2XY8A 1R0AA 1QSYA 1S1UA 4KI6A 4KHSA 1BL3A 4Y1DA 2YNIA 4OKJA 3HVTA 3L8BA 4DTSA 4F3OA 4CJQA 2KFZA 4EP5A 4DQIA 5HLFA 4FJ9A 1T7PA 2KTQA 3AV9A 1J9AA 2O4IA 4DU4A 5I42A 1QSLA 3NFAA 3KLIA 4ELTA 1RTIA 1RT2A 1ASWA 4E3SA 1IKWA 3RMDA 4FW1A 3NHGA 4GVMA 1ZBHA 1ZBUA 4O44A 3VQ4A 4CHQA 2BDPA 4M3UA 1UA0A 2RF2A 3WNGA 2HMIA 4PWDA 1L3UA 2ETJA 1JXBA 2RPIA 1WSEA 4RW7A 3ZT3A 2YHBA 4CJ5A 4KAZA 4M3TA 4NCAA 4CERA 2DY4A 4FLYA 2FC0A 1GOAA 4HUGA 4FZZA 4W5OA 4BDPA 4OKEA 2IDOA 1JLGA 2IAJA 3VQ9A 1HQEA 1NK9A 1TKTA 4J2DA 4BE2A 2OZMA 4FM1A 1LWFA 1HPZA 3RWUA 2QKBA 4F3TA 1XC9A 4BACA 4DS4A 3KLEA 3LALA 1TL1A 3IRXA 4DSLA 4FJ5A 3QEPA 3DLEA 1D8YA 5KTQA 2D5RA 4IFVA 1TK8A 2GV9A 5K14A 4Q0BA 4DF4A 4H4MA 1EETA 1RT1A 2F8SA 1VSIA 4CFAA 4CJUA 4CGFA 2R7YA 3NBPA 3IAYA 4QAGA 3VQ5A 1U48A 3HPHA 4H4OA 4KV8A 3EY1A 4OGEA 1RBVA 4DTRA 1SV5A 3VQQA 1HJRA 1ASVA 4W5QA 1X9MA 1L3SA 4JLHA 4DTOA 3S3OA 2X74A 1JLBA 4CCHA 2DFFA 3F9KA 3OYHA 4CIGA 1BCMA 5EU7A 1CXQA 3SCXA 3HO1A 3LPUA 4DTUA 3OVNA 4FJIA 1C6VA 3SUNA 3DOKA 1S1WA 3AO2A 3A2FA 4Z0UA 1KCFA 3V1OA 2PY5A 4TSXA 3VQ7A 1WAJA 1GOCA 1EX4A 4FJLA 4N47A 1CZ9A 1VSFA 3V1QA 4CESA 4B8AB 2XO7A 4DSJA 1KLNA 1JL1A 3VN5A 2OYQA 1O1WA 2PZSA 4HVJA 3OS1A 4DFMA 2JLEA 3AO3A 3ZCMA 1NKEA 4AHUA 4B9TA 2WOMA 1JKHA 3VQ8A 4RW4A 3BGRA 3OYDA 3ZSXA 3AO1A 4AHVA 3HPOA 3EYZA 4ZTFA 1JLFA 4N41A 1LWCA 4IFYA 2Y1JA 4B9UA 1UAXA 4I9QA 2KZZA 3QIPA 4DU3A 1YTUA 3M8RA 3PX0A 3NDKA 3RMBA 3AVMA 3HSTB 5CZ1A 5DK5A 1RBRA 2LSNA 4BDYA 4DLGA 4FJHA 5T7BA 1QSSA 3T3FA 4CJ3A 2XY5A 3KD5E 4KHWA 1C0MA 1C0TA 1XI1A 1L3VA 1S1TA 5HP1A 2P1JA 1KVBA 3D45A 1IKVA 3CM6A 3KKRA 1LV5A 3T1AA 4CJLA 3QEWA 4KPYA 3LP0A 3HM9A 3KJVA 2ZQBA 3BDPA 4B9LA 4I7FA 3K2PA 3V4IA 1HQUA 3L2QA 4YFUA 2HHXA 1WSGA 3SUOA 4HUEA 1U04A 2Q3SA 3CYMA 3VQBA 4AHRA 4FM0A 4DQRA 4DU1A 2YKNA 2HVIA 3LAKA 4DFKA 3ZSYA 3DM2A 3HP9A 1WSFA 4DTXA 4FK2A 1BIZA 1NJZA 2DTUA 1JL2A 4FK4A 3RR7A 1ZBIA 3NF9A 1KRPA 5E41A 3OJSA 3TARA 1A5WA 3JSMA 4DTJA 3HYFA 1UWBA 3LDSA 3D0PA 4M3YA 1TVRA 3ZSVA 4Z4HA 4KO0A 2G8WA 3TANA 3G0ZA 4FLWA 2HHQA 4O0JA 2F8TA 4DQSA 3MXIA 2HB5A 3F73A 1RTHA 3LWLA 4CJSA 4LH4A 5FRNA 2Z1HA 4CJPA 5SZTA 4DSFA 1ASUA 2KQ2A 3NGYA 4CF8A 4E7JA 1VK0A 4BE1A 1XHZA 3MECA 4BWJA 1VSHA 4M3RA 4FM2A 2XY7A 3WNEA 2HNZA 1LW0A 2A1SA 1VSLA 3LZJA 1HNIA 4M3XA 3ZT0A 3TABA 1VRUA 3ULDA 2BE2A 3DLGA 4B8CA 4AHCA 1RDAA 2YNFA 3CG7A 3M8QA 4CEZA 4W5RA 4CIEA 3CFPA 3TWHA 1FKPA 4DS5A 2OZSA 1Q8IA 1ITGA 4O55A 2YNGA 4FCYA 1WSJA 1NK7A 2D0AA 4IKFA 3DRPA 4KI4A 1NJYA 5D3GA 3LPTA 4CF9A 3PY8A 4XIUA 3I0SA 1WN7A 3WNFA 3PUFA 3S3NA 4DWIA 1FKOA 4BWMA 3ZT4A 3OYKA 2VWJA 1HMVA 3AVLA 1KVAA 3SPZA 4CEQA 2G8IA 2IOCA 4B9SA 4M45A 4CJ4A 4JRPA 4FXDA 4DSIA 4O5BA 2EX3A 3SV4A 1WSIA 1TAQA 2IS3A 1RTDA 1VSKA 4BDZA 5J2MA 1BI4B 1U49A 3AO5A 3O3HA 1B92A 4CF0A 2QK9A 2RKIA 3LANA 3LP3A 1CXUA 1YVUA 4MFBA 4CHOA 1HYSA 3NF7A 3FFIA 2E6MA 3KK3A 2A1RA 3OYIA 3LWMA 1TL3A 4CJFA 4CGHA 3AO4A 2HHTA 3MAQA 5C25A 4ID1A 1T03A 5HROA 3MEGA 4AILC 4DTMA 1VSMA 1NK4A 3OS2A 1U4BA 1REVA 3QNOA 5J2NA 1Q9XA 1IH7A 3C6TA 3VA3A 4E7HA 3I8DA 3VQDA 4OJRA 4ZHRA 3NF8A 4CEBA 2HVHA 3V1RA 4I2QA 3ZSQA 1B9FA 4JS5A 4JS4A 3NF6A 4CEOA 1NK5A 3HPGA 4LSNA 1LWEA 4E19A 1WNSA 4CFCA 3SZ2A 1LAWA 4GMJB 1MU2A 4JRQA 4CEEA 3NAEA 3TAQA 1SKRA 4KTQA 4FJKA 3V81A 2YHAA 3SJJA 3KD1E 2G8UA 4FJGA 4NCGA 4M41A 4K8ZA 4HCBA 1X9SA 4RG8A 1SL2A 3VA0A 1JLQA 3O4QA 3NH1A 3SYZA 2IC3A 3AA5X 5KI6A 3SQ1A 1RT7A 1SL0A 3TI0A 2OPQA 3DYAA 3P5JA 1KTQA 3K59A 3PX4A 3V9XA 2X6NA 4CJRA 3QNNA 1RCHA 3AVHA 3E01A 1NK8A 2FBYA 1NKCA 3TAGA 1I39A 4CHNA 5I3UA 1NK0A 3RR8A 4PQUA 2HW3A 3OYAA 3HL8A 4RW9A 4ZTJA 4ELVA 3ITHA 3OYGA 3KLGA 3KLFA 2BGGA 4ICLA 2P5OA 5CY4A 3NGIA 2P51A 3P83D 3DOLA 2FBXA 4OVLA 3ALYA 3SI6A 3DLBA 3RTVA 3AVFA 1TKXA 4B9MA 3L3VA 4LD0A 1RILA 1HYVA 1LAVA 1RT6A 5CZ2A 1EXQA 3ZSOA 3L2WA 1NJXA 1KSPA 4C8LA 5HRPA 1KLMA 1TK5A 2Z1JA 1VRTA 5FROA 3C95A 4B08A 1BIUA 3KK2A 2P5GA 4IG0A 2B4JA 3DMJA 3HVRA 4M3ZA 3QO9A 4N56A 2IGIA 4DSEA 3S3MA 4CGIA 3OJUA 2DFHA 5HRSA 3PO5A 3ISNC 1HRHA 4M3WA 3NH0A 4IG3A 3ZSZA 2G8VA 4CECA 4KKOA 3OY9A 5J2QA 5HBMA 4PUOA 4KRFA 2VWKA 4F2SA 4W5NA 2HNYA 3SUQA 3VQ6A 4FZXC 2OPPA 4KB0A 1QQCA 4HTUA 2GUIA 2Z1GA 2KFNA 3TAMA 3OYCA 4G1QA 3KLHA 4B3OA 1S5JA 3V6DA 2OPSA 4F8RA 3OYBA 4O4GA 1TK0A 4KTWA 1X9WA 3VQPA 1L3TA 2G8HA 4KHYA 4OLAA 4FW2A 2HHVA 1NKBA 1Y97A 4FLVA 4Z4CA 5FRMA 4PY5A 2KW4A 3M8SA 1F21A 1EP4A 3C94A 3LP1A 1SKWA 1S1VA 4CK2A 1LW2A 1N6QA 1QS4A 4B9VA 4DSKA 1S9GA 4KREA 1JLEA 3AVGA 1IO2A 4N76A 3THVA 3DRSA 1BI4A 3AVAA 3K5LA 1BHLA 4CHPA 4L8RB 3OYMA 4FLZA 4DQPA 4RW6A 4ID5A 4FJJA 1S9EA 1NJWA 1HNVA 4FZYA 2Z1IA 3AVBA 4DLEA 3K5MA 3AA3A 3NH2A 2PYLA 1TKDA 1VSEA 3AVIA 3DI6A 1XHXA 1DTTA 4CEDA 3NCIA 2X78A 1NOYA 2PYJA 1S1XA 4DMNA 4BE0A 3CFOA 4LH5A 4CK3A 5JS1A 4OGCA 3TR8A 1TV6A 2GBZA 2O4GA 3QESA 1XWLA 3PX6A 3C6UA 1A5VA 4AHTA 4CGGA 3JYTA 1I3AA 3B6PA 4Y1CA 4IBNA 4YNQA 3NE6A 3SQ0A 3VQAA 1TAUA 4F2RA 3DLHA 4R5PA 1RT5A 4AH9A 1WLJA 4NYFA 4E7LA 3QINA 3K5NA 3V9UA 4CJWA 3EZ5A 1ZBLA 4E1NA 4DF8A 4QOZB 4B9NA 4J2AA 1D5AA 3KTQA 1KFSA 4FJMA 3CM5A 4CJEA 2ATQA 5HRRA 4CJTA 4UQGA 3CQ8A 3RMAA 3HXMA 3OYJA 3OYEA 4E0DA 2JGUA 1YTAA 1BCOA 4FJXA 1JLAA 4DFJA 3U3YA 3AVJA 4Z4EA 3AA2A 3O3GA 3HT3A 2HHSA 2XRIA 3ZSRA 4WE1A 2OA8A 4OPJA 4EZ9A 3CFRA 4FJNA 1B9DA 4MQ3A 3TAPA 2X6SA 2KZMA 4LSLA 3HJFA 1FXXA 2EHGA 3V9SA 3S9HA 3QEIA 1KVCA 3NGZA 4NYNA 3SPYA 3IS9A 3M8PA 3ZSWA 5KRSA 1RBSA 1TGOA 2ZE2A 4E1MA 1GOBA 4CE9A 2B6AA 4CIFA 4LY7A 1BQMA 2AJQA 4Q5VA 3MEEA 3OYNA 1TKZA 3RRGA 4KTZA 3ZT1A 4QCLA 3RMCA 2ITGA 5J1EA 1BQNA 4AHSA 3H08A 1D9DA 1QE1A 4C8KA 3TAEA 3U3GA 1DLOA 1W9HA 5KGXA 1RDCA 4I2PA 1CZBA 3TAFA 1N5YA 4KHNA 4GW6A 3QERA 2VG5A 4OPKA 4CEFA 3VQEA 2NUBA 1SL1A 4RW8A 3RRHA 1NK6A 4I9LA 2FBTA 3L2VA 1A5XA 1W0HA 3SQ4A 1UA1A 3AVCA 2FBVA 3MXMA 4CFDA 4J2EA 3I0RA 1C0UA 4CFBA 3K58A 2WONA 1IG9A 2VG7A 3B6OA 3P1GA 3G10A 4FVMA 4KFBA 5FDLA 3OYLA 4E7IA 3T19A 2XHBA 2G8FA 3UIQA 4HCCA 4CK1A 3K5OA 3QIOA 4EP4A 1WSHA 5CYMA 4FYDA 4FLXA 4HHTA 5HRNA 2HHWA 3OS0A 3K57A 1SKSA 5SWMA 2E6LA 3QEVA 4HUFA 1C1CA 3SUPA 4KB1A 1J53A 2YV0X 1T8EA 3LZIA 4FJ7A 2QXFA 1FK9A 1ZBFA 4Z4FA 2VG6A 2QKKA 1JXEA 3DRRA 4OKKA 3KKSA 2HNDA 1RDBA 3HP6A 3ASMA 3L2RA 3MEDA 1VSJA 5C42A 1RT4A 1S6PA 4CHYA 3QLHA 1D9FA 4KHQA 3OYFA 1BISA 4E7KA 2XY6A 5CYQA 1WAFA 2BANA 1EKEA 1C1BA 1K6YA 4CF1A 4CF2A 3V9WA 2G8KA 1CLQA 1T05A 1RDDA 1UOCA 4W5TA 4NCBA 3AVKA 4FLUA 5C24A 1QTMA 3VQCA 4DTPA 5DMRA 2HHUA 4CJKA 4IDKA 5KRTA 4N5SA 2OPRA 2RN2A 3L2UA 3SV3A 4Z4GA 1RT3A 3MXJA 4DG1A 3LP2A 1SUQA 2DFEA 1U45A 4PA1A 4EZ6A 1C1AA 4CGJA 1Z25A 3LAMA 3QEXA 3O4NA 5JS2A 3HK2A 1JLCA 2B5JA 1RTJA 5KGWA 3O3FA 1RBTA 2W42A 3PV8A 1RNHA 1U47A 4DTNA 4C8MA 4KHUA 3V9ZA 3ZT2A 2I5JA 4CGDA 1QHTA 1X1PA 4J2BA 2E4LA 1IKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D0BA 4O0IA 2H8HA 1MNEA 2COZA 2DRMA 4ADNA 4IUUA 4QW2A 5AYFA 1VQLT 1IKYA 4OLBA 4GVEA 4DOVA 3EKUA 2JS0A 4C8OA 4MDAA 1NOZA 1N33K 1FZ1E 3QETA 4DR3K 3DLKA 1VQOA 4AKHA 3DLRA 5GAMh 4JKBA 3SQ2A 4C8NA 1KFDA 2P9SB 2Y1IA 3KFVA 5L23A 1V76A 1UGRB 4HVVA 2DETA 4MDBA 2FPDA 1VSDA 2MZWB 2LQNA 2CGHA 1Z26A 4DFPA 1R0AA 4YORA 3RVCA 1QSYA 2CP2A 3EHRA 3TTFA 4CD3A 4F3OA 4DTSA 1W1FA 4IJNA 1D3BB 4CJQA 2E32A 4EP5A 3O9QA 1WYXA 1JXOA 3AV9A 4ELTA 5I42A 4BD3A 1QSLA 1ZSZA 2LP5A 4RCBA 3CEYA 1KXPA 2QTVA 1RTIA 2BKDN 1FZ2E 2JWLA 4E3SA 3HRUA 4MO4A 5AQMA 1WHLA 1ZUKA 5GAN4 4I6MB 4GVMA 1MWKA 4ISGA 2OX7A 4O44A 1YJNA 4M7DG 1GLLO 3WXLA 2RF2A 4C92C 4YOTA 3WXIA 2ETJA 4CJ5A 1WLPB 1IV0A 3S6WA 1ZUYA 3ZEHA 3ULEA 1ABOA 1VQ8A 1QVFP 2FC0A 4FLYA 3H41A 4HA8A 1ILYA 4BDPA 2IDOA 3LDQA 5AZIB 1NK9A 2HNIA 4OMOA 4BE2A 2OZMA 3WQUA 3RWUA 3BVOA 1XC9A 1JU5C 4DS4A 1X6OA 3DJCA 5HKCA 4BROA 5GANe 1Q7YC 1TL1A 5IHKA 4J9IA 2V52B 4J9EA 4PFOA 3MN7A 3C65A 1X2QA 3JB9G 3I56T 1TK8A 4XU3A 4ELYC 2QWRA 4Q0BA 4PKIA 2I0NA 4DHYA 1KQ2A 1RT1A 2F8SA 5TKYA 2PUKB 3P8HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2VG6 A;  2QKK A;  1JXE A;  3DRR A;  4OKK A;  3KKS A;  2HND A;  1RDB A;  3HP6 A;  3ASM A;  3L2R A;  3MED A;  1VSJ A;  5C42 A;  1RT4 A;  1S6P A;  4CHY A;  3QLH A;  1D9F A;  4KHQ A;  3OYF A;  1BIS A;  4E7K A;  2XY6 A;  5CYQ A;  1WAF A;  2BAN A;  1EKE A;  1C1B A;  1K6Y A;  4CF1 A;  4CF2 A;  3V9W A;  2G8K A;  1CLQ A;  1T05 A;  1RDD A;  1UOC A;  4W5T A;  4NCB A;  3AVK A;  4FLU A;  5C24 A;  1QTM A;  3VQC A;  4DTP A;  5DMR A;  2HHU A;  4CJK A;  4IDK A;  5KRT A;  4N5S A;  2OPR A;  2RN2 A;  3L2U A;  3SV3 A;  4Z4G A;  1RT3 A;  3MXJ A;  4DG1 A;  3LP2 A;  1SUQ A;  2DFE A;  1U45 A;  4PA1 A;  4EZ6 A;  1C1A A;  4CGJ A;  1Z25 A;  3LAM A;  3QEX A;  3O4N A;  5JS2 A;  3HK2 A;  1JLC A;  2B5J A;  1RTJ A;  5KGW A;  3O3F A;  1RBT A;  2W42 A;  3PV8 A;  1RNH A;  1U47 A;  4DTN A;  4C8M A;  4KHU A;  3V9Z A;  3ZT2 A;  2I5J A;  4CGD A;  1QHT A;  1X1P A;  4J2B A;  2E4L A;  1IKX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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