3C95A

Exonuclease i (apo)
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
470
structure length
446
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAESDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (23-26)S1 (10-18)TIV2 (101-104)TI4 (103-106)AH6 (166-173)TI1 (22-25)AH16 (401-415)S3 (47-50)AH15 (374-385)TIV1 (54-57)AH1 (61-67)O2 (434-436)AH2 (71-77)AH18 (437-454)AH3 (81-93)TIV3 (122-125)TIV4 (128-131)TII1 (94-97)TI6 (157-160)S4 (97-101)S5 (133-136)AH13 (327-339)AH14 (341-351)AH4 (107-119)3H1 (125-127)AH8 (202-211)AH11 (276-280)TI'1 (129-132)AH5 (137-147)S11 (298-302)S6 (156-157)TII2 (149-152)S7 (161-162)3H4 (312-314)AH9 (214-220)3H2 (234-236)TIV5 (222-225)TI7 (223-226)S8 (229-232)TIV6 (252-255)3H3 (238-240)AH12 (317-323)S9 (243-251)TI8 (255-258)AH10 (268-273)TI10 (302-305)S10 (258-263)TI9 (263-266)TIV7 (303-306)S12 (308-311)TI11 (366-369)3H6 (388-393)3H7 (416-418)S2 (28-36)TI3 (37-40)AH7 (184-200)O1 (296-298)3H5 (363-365)AH17 (421-434)TI'2 (240-243)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein stimulation of exonuclease I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 158
structure length 446
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3c95A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3c95A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3c95A01
1A5XA 3OYDA 4CERA 1WSJA 4M3WA 3S3OA 4KFBA 2G8VA 1TKXA 3QIOA 3VQCA 4CGDA 3PY8A 3V9ZA 1C6VA 2HW3A 1VSLA 3LPTA 3OYHA 3SJJA 5E41A 3NF6A 4DQRA 3SQ0A 1N5YA 4K8XA 1NOZA 4FM2A 2IGIA 2X78A 4LH4A 3K5MA 1RTHA 3DLHA 3LAMA 4CK2A 4M3ZA 4FVMA 4B8CA 1QTMA 4DF8A 3L2QA 1ASVA 1JLFA 1TV6A 3KLIA 1TL3A 4OJRA 1TAUA 3AA4A 1ZBUA 4AHSA 4BWMA 2D0BA 4F4KA 1IO2A 5FDLA 1LAWA 2DFFA 2RPIA 4TSXA 1KRPA 1ITGA 2W42A 2HB5A 3CM6A 1C0UA 3HXMA 2JGUA 5HRPA 4B9NA 1F21A 1WN7A 3QO9A 4CHZA 4CF1A 4KV8A 3MAQA 1UA0A 5C25A 3AVJA 4N56A 5KGWA 4F3OA 2KW4A 4NYNA 1VSDA 3VQEA 3ZSYA 5HBMA 4DS5A 3SUNA 4FJJA 3B6PA 4FK0A 3KLGA 2EX3A 1RBRA 3NH1A 1RBSA 3K5LA 2OYQA 3AO3A 1S9EA 2KZZA 3CYMA 4FW1A 3RRGA 2DTUA 5C24A 3DLBA 4KO0A 5CYQA 3HSTB 2GV9A 1JLAA 1FKOA 3K5NA 2OPRA 1WSIA 4H4MA 4FJ5A 3IG1A 5KGXA 1BI4B 1LWEA 1TL1A 4PUOA 4BE2A 3KJVA 1WSGA 1X1PA 1KFDA 1TKZA 1S5JA 3VQ8A 4BDYA 4KHSA 3OYLA 4OGEA 4FLWA 1VSHA 4DSEA 3S3MA 3VQ4A 4CJSA 1S9GA 4BDPA 4DSKA 3D0PA 3OYJA 3THVA 4N5SA 3DI6A 2KFNA 2B5JA 3KLEA 1XHZA 4DU1A 4CJFA 1L3UA 4KRFA 1L5UA 1DLOA 4CHOA 3PO5A 3DM2A 5KI6A 2F8TA 1U49A 1KSPA 1QSSA 4Z4CA 1O1WA 1HRHA 1BQMA 2Z1IA 1WSEA 2X74A 4RW6A 1U48A 5D3GA 4PA1A 2DY4A 4PY5A 2AJQA 1BIUA 4CFCA 2X6NA 4I2QA 3O4NA 5I3UA 1NK7A 4W5TA 2B4JA 2YKNA 4EP5A 3NDKA 3OYAA 3NF7A 3V6DA 3VA0A 2HHUA 1I3AA 3MXIA 1WSFA 1TVRA 1UOCA 4ZTJA 4H4OA 2Y1JA 4DSIA 4Z4GA 1J9AA 4YFUA 4FK2A 4CE9A 2RN2A 3SNNA 1T7PA 1RBTA 3IRXA 5CZ2A 2FBVA 3F73A 4PWDA 2IDOA 3RR8A 3SI6A 3QEWA 3C94A 1BHLA 4DTXA 2E6MA 3A2FA 3K5OA 3AO4A 3SZ2A 2IC3A 3E01A 2WOMA 1BCMA 4IDKA 4CEDA 4CIFA 3NHGA 1DTTA 4ID1A 1RT3A 1WAJA 3NF9A 4Z4FA 4N76A 3CM5A 5CZ1A 3KK2A 1SUQA 4CJEA 3ZT3A 3RRHA 1TKDA 3MEEA 4RG8A 1IG9A 2P5OA 4B9LA 3L2VA 3AO5A 3IS9A 2WONA 2X6SA 1BL3A 4DFPA 3QERA 4FZYA 3SQ1A 1IH7A 3QINA 4CF0A 3PV8A 1U45A 4F2RA 4F8RA 4RW8A 4LH5A 3LALA 4DQSA 3PX4A 2D0AA 4CFAA 3H08A 1IKYA 3C95A 4E7JA 4DFMA 1TKTA 1GOAA 3TAGA 2BDPA 1RILA 3ZSRA 1TK0A 3AA5X 3TAMA 1HYVA 2RF2A 1QSYA 3EYZA 3OJSA 4CJVA 2PYJA 5J2PA 1QQCA 3DRRA 2HHVA 1RTDA 3OYMA 4BACA 4DSFA 2KFZA 4KKOA 4I9QA 1HPZA 3QESA 4C8KA 3NGZA 1RT6A 3TARA 4DSLA 5K14A 4N47A 3OYIA 2D0CA 4XIUA 4HTUA 2G8IA 2ZQBA 3RWUA 4E1NA 4FYDA 4Q5VA 3DMJA 3SPZA 3HK2A 2QXFA 1S1UA 3OS2A 3L2RA 3WNEA 4C8NA 1GOCA 1YTAA 4M3UA 4LSNA 4G1QA 3ISNC 4DWIA 1SKSA 1WSHA 3VQ6A 1KVCA 1BI4A 4KTWA 4CFBA 3QNNA 3C6UA 4JS4A 3MEGA 5DK5A 4ELTA 4LD0A 2PZSA 4FLZA 4CF8A 2NUBA 4KB1A 3WNHA 3L8BA 4HUGA 1D9DA 1RBUA 4J2DA 1NK0A 2HHWA 3CFPA 1BIZA 3QNOA 1CZBA 1HJRA 4CHYA 4OKEA 2HHXA 3CFOA 1JLQA 1REVA 3ASMA 4DLGA 1YT3A 2HHQA 1KLNA 4FJIA 2G8HA 1KTQA 3VQPA 3K58A 2G8KA 4NCBA 3KLFA 2OA8A 4J2BA 3OJUA 2IAJA 1JLEA 3OYBA 4CIEA 3HT3A 4KI4A 3V9WA 1NJWA 4B9SA 1A5VA 3ALYA 3LZIA 3IAYA 3I0SA 3ZT4A 4CEEA 2A1RA 4DF4A 4F3TA 3OYGA 3AO2A 4CEAA 5HRSA 3KD1E 3V9SA 4OPKA 4DS4A 4DTPA 3SQ4A 2ZD1A 5KTQA 3UIQA 3JYTA 4EP4A 1NKBA 1JKHA 1N6QA 4KHUA 4IG3A 3HO1A 3WNGA 2Z1GA 3NAEA 3KD5E 3VQQA 3JSMA 3HP6A 4LSLA 2YNIA 4FJKA 3AVAA 4W5QA 1RT4A 1VSKA 2DFHA 4BE1A 5CY4A 4M3RA 1VSIA 3TAPA 1NK4A 3VA3A 3DYAA 3NF8A 4CEBA 1SL2A 4KB0A 4KI6A 2XY7A 3DOLA 4JLHA 1NJYA 4M3XA 1NK9A 3SPYA 1G15A 3CQ8A 3V4IA 1BQNA 1RTJA 3LPUA 3DRPA 4DMNA 4FK4A 2LSNA 3BGRA 3VQDA 4FM1A 3MXMA 2OPSA 1Z25A 5HROA 2G8WA 3DLRA 1KVAA 4B08A 4DTJA 2PYLA 2B6AA 4CGFA 3RMCA 3AVMA 3HPGA 2QKKA 3TR8A 4CJTA 3TANA 4E7LA 4AH9A 4IFYA 2JLEA 3VQAA 4B9TA 2Q3SA 1JLBA 4W5NA 1FXXA 1LAVA 1A5WA 3PUFA 3ZCMA 3K59A 3TAFA 3NH2A 4GMJB 4CJKA 4E7KA 5SZTA 1RCHA 4BWJA 1VRTA 3ULDA 2BANA 4E19A 3KK3A 1WNSA 2HHSA 3DOKA 2ATQA 2O4GA 4FJLA 1VSMA 2YV0X 2VG6A 1J5OA 3CG7A 1KLMA 4O5BA 1HQEA 1RT7A 1XHXA 3HPOA 3TAEA 1XI1A 2G8FA 3QEIA 1JL1A 1I39A 4KPYA 1UWBA 4I9LA 4BDZA 1GOBA 4CEZA 3VQ7A 1QS4A 4KHWA 3U3YA 2E6LA 4DTRA 3ZSZA 4M3YA 2VG7A 2BE2A 1S1XA 4HCCA 1U4BA 1NOYA 4FJ7A 4IKFA 4K8ZA 3HVRA 4CGHA 1BCOA 3DLGA 4KTZA 3NBPA 3ZSWA 4JRPA 5FROA 4EZ9A 1C1AA 3RR7A 1KCFA 3DLKA 4RW9A 1WLJA 5HLFA 4Z4EA 1HNIA 3NGYA 3V1OA 3B6OA 3QEPA 1UA1A 2RKIA 3M8SA 4CF2A 4BE0A 1EKEA 3LZJA 2YNFA 3OVNA 5J2MA 2PY5A 3KK1A 4DU4A 1B9FA 1J53A 3NGIA 3CFRA 1TK5A 2QKBA 2F96A 3I8DA 1NK5A 1QSLA 3TABA 1HQUA 3AVFA 2Z1HA 1HMVA 1R0AA 4OPJA 3MECA 1SKWA 2OZSA 4J2AA 1JLGA 2HNZA 4DQIA 1S6QA 3HVTA 3ITHA 4OKKA 4M41A 1VK0A 2A1SA 1T8EA 4FJ9A 3V9XA 3P5JA 4O0IA 2HNYA 4FJNA 1C1BA 1L3TA 1Q9XA 1HYZA 4DSJA 3OYNA 4CHQA 3PO4A 3VQ5A 4KHNA 1RTIA 2IOCA 5J1EA 3OYFA 3M8QA 1HNVA 4CECA 1ZBLA 1ZBHA 3G10A 1RDAA 3VQBA 4DTMA 4AILC 1L3SA 4FZZA 3EZ5A 2O4IA 4RW7A 4Y1DA 4C8OA 3LP0A 4FJGA 3MXJA 3LP1A 3RTVA 4CEQA 4DTNA 3KTQA 3SUQA 2GBZA 3T1AA 2YNGA 3AA3A 4E7IA 1S1WA 3WNFA 1Z26A 1IKWA 4IG0A 4W5OA 3O3FA 4FLTA 1ZYQA 1NK8A 4B3OA 5JS1A 2E4LA 4AHCA 4OLBA 4O0JA 5J2QA 4DQQA 3AVNA 4N41A 1RNHA 1C0MA 1ZBFA 3VN5A 3SV4A 4CGGA 5KRSA 4HUEA 3U6FA 2XY6A 4WE1A 2HVHA 4DQPA 3O4QA 4CJ3A 3PX6A 3TI0A 2F8SA 4DFJA 4F2SA 3C6TA 4CHNA 4FLVA 5KRTA 3AVKA 3V9UA 4E1MA 4FJHA 1RDDA 4I2PA 4CHPA 4HHTA 4CJPA 3TAQA 2HVIA 1LW2A 1RT1A 1WAFA 3AVBA 2P1JA 3G0ZA 4ICLA 4MFBA 4E7HA 3F9KA 3ZSQA 2QK9A 2P5GA 1BISA 2YHAA 4CK1A 1SV5A 4CJWA 3NCIA 4DTUA 1S1VA 4KTQA 3OY9A 1ASUA 4ZHRA 1CXQA 1QE1A 1FK9A 3ZT2A 4CCHA 3U3GA 2VWKA 2KZMA 4PQUA 4KAZA 3AV9A 3AVHA 3L2UA 4ID5A 1C1CA 3KLHA 1X9SA 1VRUA 3NH0A 1VSJA 5JS2A 3I0RA 2HHTA 3QEVA 2XRIA 1EP4A 1RT5A 4OGCA 3LWLA 2KTQA 4ZTFA 1TK8A 1ZBIA 2XY5A 2VG5A 4AHVA 4CJ5A 1NK6A 1JL2A 4ELVA 4LY7A 1C0TA 5EU7A 4B9UA 3SYZA 3HL8A 1J54A 4Z4HA 3NE6A 3ZT1A 4UQGA 4GVMA 1SKRA 3T19A 3ZSXA 4FLYA 3AA2A 3DLEA 3L3UA 4M45A 3HPHA 3S9HA 3KIOA 5DMRA 1W9HA 3ZT0A 1RT2A 4MQ3A 4CGJA 3OYCA 2IS3A 4FJ8A 3P83D 3L3VA 3ZSOA 3HP9A 4IFVA 4FLXA 1LWFA 4DLEA 3AO1A 3AVLA 3LDSA 4W5RA 5T7BA 4FLUA 4FCYA 3AVGA 2KQ2A 3AVIA 3LANA 3M8RA 3QETA 4GW6A 2ZE2A 4CK3A 4DTOA 3RMDA 2XY8A 1TGOA 3D45A 4B9VA 3OS1A 2Z1JA 3FFIA 1YTUA 4KREA 1B9DA 3HYFA 4CEOA 3O3GA 3AVCA 1FKPA 4YNQA 4NCGA 4O4GA 4HCBA 2HNDA 4B8AB 1SL1A 4QOZB 4M3TA 3O3HA 3OS0A 3VQ9A 3LP3A 4CJLA 3HM9A 2FBYA 2XHBA 4Y1CA 2EHGA 4CJRA 3OYEA 2YHBA 4CJ4A 1JLCA 4E0DA 4Z4IA 4DU3A 1DTQA 1XC9A 3EY1A 1KVBA 3SUOA 3BDPA 3QLHA 3PX0A 4FJMA 4H8KA 5C42A 1LV5A 4IBNA 1T05A 3OYKA 1L3VA 2OPQA 1KFSA 4L8RB 4RW4A 4R5PA 4M42A 1IKVA 4FXDA 3V1QA 2HMIA 4FM0A 3K57A 1Q9YA 1D5AA 1Q8IA 2R7YA 4CJUA 4CFDA 1X9WA 5HRNA 1EX4A 4HUFA 1LWCA 5FRMA 4KHQA 2FBXA 4OLAA 1HYSA 4DG1A 3KKRA 4C8LA 4JS5A 1TAQA 1NJZA 2XO7A 3TWHA 5SWMA 1XWLA 4CESA 5I42A 1NKCA 2YNHA 4Q0BA 4DTSA 4NYFA 1K6YA 2YKMA 3NFAA 4QAGA 4NCAA 1CLQA 3S3NA 1BGXT 4B9MA 1Y97A 4ELUA 1VSEA 4E3SA 2ETJA 2D5RA 1YVUA 4CEFA 1VSFA 4AHUA 4CGIA 5J2NA 2OPPA 5HP1A 2GUIA 2ITGA 3K2PA 2DFEA 3M8PA 4EZ6A 1B92A 4J2EA 4AHRA 3DRSA 1S6PA 3SQ2A 1JXBA 1UAXA 5CYMA 3ZSVA 2FBTA 3T3FA 3KKSA 3LP2A 2G8UA 3HJFA 2P51A 4Z0UA 4JRQA 1CZ9A 4FW2A 1U04A 1X9MA 1MU2A 1T03A 5FRNA 2Y1IA 4DFKA 3V81A 3RMAA 1LW0A 1ASWA 4I7FA 4O44A 1EETA 1CXUA 2OZMA 4FJXA 1U47A 4C8MA 3RMBA 3LWMA 3LAKA 3SCXA 4E89A 3QEXA 4OKJA 3MEDA 3P1GA 1RBVA 2VWJA 3SV3A 1EXQA 1RDBA 4AHTA 1SL0A 1NKEA 4KHYA 3L2WA 1D9FA 5HRRA 1W0HA 3SUPA 4HVJA 3V1RA 2FC0A 2I5JA 4CIGA 4FZXC 1JXEA 1RDCA 4CJQA 2BGGA 1D8YA 4CF9A 3QIPA 4O55A 1QHTA 4OVLA 1NJXA 4QCLA 1IKXA 1S1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1L5UA 1LOJA 3SHWA 2OANA 4CHOA 2YXYA 2RHZA 4DV5K 1QSSA 2RI2A 4JI2K 1UEBA 1WJRA 4RW6A 2DY4A 5GAHP 1W4SA 5DY9A 5LMUK 2X6NA 2D0NA 3O4NA 4I2QA 3VTHA 5A2QO 3NF7A 3ZL7C 1ZA2B 5AZJB 2O8FA 2OAUA 2RHYA 2PBDA 3CJCA 3P8DA 1UOCA 2LX7A 3C4SA 2MMPA 5CZ2A 3IRXA 2LP5A 5JMVA 3M5AA 4MLEA 4BI3A 2YHYA 4H5VA 3DXMB 1BHLA 2UXBK 3QUIA 3MP1A 5FU6B 4HCZA 5FW9A 4ZGDB 3E01A 4CEDA 2E3HA 3THWB 1WAJA 3JAMO 2ECZA 4PFOA 2P9NA 3ZEUA 1K4US 4J9CA 1LOTB 3VS6A 5CZ1A 3ZT3A 1H1VA 4CRIA 2OVPB 5HL7L 1S72Q 2L3QA 4FM4B 2GTOA 1OZ3A 3IS9A 3EG1A 2HF3A 2YI1A 2DXCA 3SQ1A 4JKFA 3MPUB 1IH7A 1ZSGA 1U45A 2KRMA 4QNDA 4N4IA 3C6OB 2DEBA 3LALA 1D4XA 1VYUA 3C95A 1JJ2A 3IFRA 3VS5A 1BO5O 2RHKA 4GBQA 4DR6K 1I81A 1HKBA 2P9UB 3AA5X 3TAMA 2RF2A 2F4VK 3C0CA 2EYWA 2WFBA 4CJVA 2PYJA 5FLXO 3A98A 2HHVA 2L3PA 4GLMA 1MMDA 3DWLA 3I5SA 4BACA 1YJNT 1QVFS 2JWKA 4YOUA 4KUIA 2CZ1B 1HPZA 3CJ9A 1VQPA 3QESA 4P5NA 4EDUA 4ISEA 1N36K 1KC8U 1RT6A 4DSLA 4OX9K 1U1TA 1I8FA 2D0CA 2FSJA 1VQ6Q 4BRHA 2YSQA 3ZETA 2B1EA 3MEAA 2ZQBA 2A37A 3RWUA 2DF6A 4CZIA 3SPZA 4M7DC 1WJQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4CEF A;  1VSF A;  4AHU A;  4CGI A;  5J2N A;  2OPP A;  5HP1 A;  2GUI A;  2ITG A;  3K2P A;  2DFE A;  3M8P A;  4EZ6 A;  1B92 A;  4J2E A;  4AHR A;  3DRS A;  1S6P A;  3SQ2 A;  1JXB A;  1UAX A;  5CYM A;  3ZSV A;  2FBT A;  3T3F A;  3KKS A;  3LP2 A;  2G8U A;  3HJF A;  2P51 A;  4Z0U A;  4JRQ A;  1CZ9 A;  4FW2 A;  1U04 A;  1X9M A;  1MU2 A;  1T03 A;  5FRN A;  2Y1I A;  4DFK A;  3V81 A;  3RMA A;  1LW0 A;  1ASW A;  4I7F A;  4O44 A;  1EET A;  1CXU A;  2OZM A;  4FJX A;  1U47 A;  4C8M A;  3RMB A;  3LWM A;  3LAK A;  3SCX A;  4E89 A;  3QEX A;  4OKJ A;  3MED A;  3P1G A;  1RBV A;  2VWJ A;  3SV3 A;  1EXQ A;  1RDB A;  4AHT A;  1SL0 A;  1NKE A;  4KHY A;  3L2W A;  1D9F A;  5HRR A;  1W0H A;  3SUP A;  4HVJ A;  3V1R A;  2FC0 A;  2I5J A;  4CIG A;  4FZX C;  1JXE A;  1RDC A;  4CJQ A;  2BGG A;  1D8Y A;  4CF9 A;  3QIP A;  4O55 A;  1QHT A;  4OVL A;  1NJX A;  4QCL A;  1IKX A;  1S1T A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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