3C95A

Exonuclease i (apo)
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
470
structure length
446
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAESDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein stimulation of exonuclease I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 446
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3c95A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3c95A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3c95A01
1Q9YA 4KHNA 3ZSXA 5J2MA 3WNGA 4EZ6A 1SUQA 4KPYA 5D3GA 1LW2A 2OPRA 4CJQA 3SYZA 2G8HA 3AVGA 3LANA 4I9LA 4B9UA 4AHUA 4DWIA 4CEFA 1WNSA 4J2AA 4DFKA 1T8EA 4KTZA 4KTWA 4DLGA 2X74A 4M3ZA 4HUEA 1S5JA 4GMJB 1IKWA 3DM2A 3JYTA 3ZSZA 4CGHA 3LPUA 1Z26A 3P5JA 4NCGA 2YHBA 4AH9A 1B9DA 1ZYQA 2F8SA 3PY8A 4Z4HA 4Q0BA 4C8OA 3AA4A 1BHLA 1KVAA 3PUFA 4O5BA 3V1QA 4DU3A 3RMAA 4W5QA 2NUBA 1J5OA 1HPZA 4NCAA 4FW2A 3OYDA 1XI1A 4BE0A 1C1CA 2E4LA 4DU4A 4OKJA 4DG1A 1TK5A 3OYNA 3ZSOA 2HW3A 2AJQA 4CGJA 4E7JA 2HHXA 2KFNA 1CXUA 5FDLA 2VG6A 4OKEA 2FBTA 4IG0A 3O3HA 4CEBA 3LDSA 3HJFA 1S1UA 3M8QA 4FVMA 2IGIA 4ID5A 3PX6A 3SUNA 1VRUA 3O4QA 1TKTA 5E41A 4HCBA 1WSFA 4OPJA 1YTAA 2OPPA 5DK5A 3OYBA 1JL1A 3LP0A 3VQ8A 2XHBA 3RWUA 1QTMA 4GW6A 1C0UA 3AV9A 4E0DA 3CFOA 2Z1JA 4M3YA 1LWFA 3HSTB 3K5MA 4DTSA 4CECA 4AHSA 2VG7A 1HJRA 4CJ5A 4M3RA 4CK2A 5KRTA 4IDKA 1KLNA 1HNVA 2BDPA 4JS5A 3O3GA 5HROA 3DLBA 3SUQA 1VSFA 1J54A 1BQMA 3AVMA 4O55A 1NJWA 1WAJA 1KVCA 4KTQA 1CZBA 2YNGA 3KKRA 3TAFA 3DLHA 3SPZA 4FJ5A 2DFEA 3SQ2A 1D8YA 4KAZA 3LZIA 4O44A 1JXBA 4ICLA 4YFUA 4Z4CA 1CXQA 5KGXA 2QKBA 1D5AA 1BISA 2ZD1A 2B6AA 1YT3A 3V81A 1C1AA 2X78A 4TSXA 2FBVA 3SJJA 1CLQA 4MFBA 4CJ4A 1RTDA 2Z1GA 1DTTA 4KHWA 4N56A 4E1MA 3ZT1A 4Z4FA 1RBTA 4LH5A 3ZSQA 4CJPA 4CCHA 1WSIA 1I3AA 5JS2A 1JLCA 4FLVA 4KHQA 3DRSA 3V9WA 2HHTA 2VWJA 3NGIA 2XY5A 4W5NA 3K59A 2KFZA 1QSYA 2Q3SA 4DQPA 2HB5A 4MQ3A 2HNZA 1S1WA 4DTUA 4OGEA 2IDOA 3AA3A 3S3OA 4CJVA 3OY9A 4FCYA 3C95A 3TAEA 1EP4A 5HRSA 1YTUA 3LWMA 1UWBA 1SL0A 2EX3A 4Z4IA 3AVKA 2VG5A 1RNHA 3V9SA 1QE1A 1B9FA 4CF2A 1ZBUA 1U4BA 4CEAA 4CIFA 3U6FA 1SKRA 5CZ1A 4FLWA 2E6MA 4W5OA 3DOLA 4IG3A 3NDKA 1U47A 1KLMA 3QERA 3OS2A 3AO3A 1RBUA 1RTJA 1HMVA 1L3VA 1IH7A 1BI4B 3AVHA 4E7HA 4RG8A 1LWEA 1IO2A 3TR8A 4CFDA 3V9XA 1QS4A 4E7LA 3QNNA 3OYAA 4NYFA 3RRHA 4DSJA 3HPOA 4M3WA 2RKIA 1KVBA 1UA0A 5HLFA 1RDDA 4L8RB 3TARA 1HQEA 3FFIA 4CHZA 3BGRA 1ASVA 3SV4A 3A2FA 4DSEA 1SKWA 4O0JA 1XC9A 2PZSA 4ELUA 4FK0A 4FK4A 4Z0UA 4CK3A 3VN5A 5HRNA 1RTHA 5HRPA 1TKZA 1WSEA 5FROA 3CM6A 1GOBA 3DLGA 2OPSA 4CHNA 3F73A 2I5JA 3PO5A 4FJIA 4CGDA 4FJ9A 4PQUA 1HYSA 1LV5A 4BDPA 2HHSA 2JGUA 1MU2A 1I39A 3QLHA 3LAMA 4E7KA 1Q8IA 4RW6A 3D0PA 3TANA 4FLUA 3HL8A 1S9EA 3KD5E 4CF9A 2IOCA 2WOMA 3VA3A 4DTOA 2JLEA 1ZBHA 3AO4A 3V4IA 1NJYA 1U04A 1NKCA 4QOZB 2OZMA 4KI4A 3E01A 3HK2A 3OYLA 4CJEA 1RT3A 1XHZA 1DLOA 1TK8A 3RTVA 1NK6A 3L2UA 2PY5A 3HVTA 1ASUA 3ZT4A 3I8DA 2GV9A 4H4OA 2FC0A 4FJLA 1RT5A 3DLRA 1G15A 1NOZA 3DI6A 3LZJA 2BGGA 4AHCA 1FK9A 1HYZA 4IFVA 4N5SA 4Y1DA 2QXFA 4E7IA 1Y97A 1VSMA 4C8MA 3RRGA 1WSGA 2KZMA 4HUFA 2YV0X 3ASMA 2OPQA 4FM1A 1NK9A 4O0IA 4R5PA 4KRFA 2HHQA 3K5OA 4K8ZA 2ITGA 1W0HA 2BE2A 4CEEA 4CGGA 3MECA 3THVA 2A1RA 4GVMA 4UQGA 3TABA 3TAGA 3ITHA 3LALA 2OA8A 2YNHA 2G8VA 4F4KA 4O4GA 3IRXA 1KFSA 2DFFA 4ZHRA 2X6NA 3SUOA 3I0RA 1NK0A 3NF7A 4BE2A 1EETA 2HNDA 3SUPA 4B9NA 1NKBA 2B5JA 4EZ9A 1BCOA 4FYDA 4DTRA 3SCXA 1S1XA 5J2QA 4AILC 3ZT0A 3QO9A 4LSNA 4KB1A 4IFYA 3AVNA 4E89A 1BIUA 5SWMA 1QHTA 4CGFA 4DFJA 1NJZA 1X9WA 4AHRA 4DSKA 3UIQA 1UA1A 3AVJA 1WN7A 1L5UA 1NK4A 3HP9A 3JSMA 1C0TA 4B9LA 1BCMA 2KTQA 4DU1A 4CEOA 2X6SA 1KSPA 4FLXA 4J2BA 4FJ7A 3KIOA 3HO1A 2IC3A 3RR7A 3QEWA 3QEPA 1GOAA 4BDYA 3DLKA 4N47A 3NH0A 4HUGA 3LPTA 1WSJA 4CJLA 4DSFA 2Z1HA 1S6PA 4I2QA 5HRRA 4E1NA 3L2QA 3B6PA 3T19A 1XWLA 4M3UA 3V9UA 4FLYA 3OYIA 4FJMA 4CEQA 2O4GA 1GOCA 2LSNA 1RT7A 2RPIA 3DLEA 4OVLA 3QEIA 1KRPA 2ZE2A 3NF9A 3AO1A 1XHXA 4DS5A 5HP1A 3S3MA 3IAYA 3MEDA 5J2NA 1D9FA 4KV8A 2F96A 2GUIA 1L3TA 1RT2A 3V6DA 3KK1A 2XY8A 4CHYA 1JXEA 4DLEA 4DQRA 1Q9XA 2VWKA 1HYVA 4CFAA 2P51A 3NF6A 3S3NA 5C25A 1JLBA 3AVIA 4M3XA 4FJJA 1YVUA 3ZSYA 2XRIA 1QSLA 1A5VA 5JS1A 4B8AB 1KCFA 3DRPA 4DTMA 1ASWA 2Y1JA 3AVBA 2YNFA 3VQEA 1NK5A 3BDPA 4PUOA 4DFMA 1RDBA 3MAQA 4DMNA 1N6QA 1RBRA 1SL1A 1T7PA 1U48A 3PO4A 4FJNA 3H08A 3O4NA 4CEDA 4CFBA 1SL2A 4C8KA 4JS4A 3HXMA 2PYLA 3SV3A 4HCCA 1IKVA 2RN2A 3DRRA 3ZT2A 2OZSA 3K5LA 3KLFA 4PWDA 4KKOA 1FKOA 3EYZA 3TWHA 4C8LA 4RW4A 3VQCA 1EXQA 4J2DA 3VQDA 1RBSA 3NCIA 4ZTJA 1CZ9A 4CJUA 1RT6A 3CG7A 3LP2A 1JLEA 3CFPA 3OYFA 3RR8A 1VSDA 3SZ2A 1TAQA 1IG9A 4Z4GA 4F3TA 1RCHA 4Y1CA 1TKXA 2G8IA 2HVHA 4CJRA 2BANA 3LAKA 3C94A 3OJSA 2D5RA 3HP6A 3VQ5A 1ZBLA 3KLEA 5KTQA 3NH1A 3RMDA 3QIOA 3QINA 5C24A 3ZSRA 4DQQA 4DTXA 1U45A 1X9SA 1VSKA 4JRQA 3AVLA 4RW8A 2DY4A 4F2RA 3MXJA 1SKSA 2QKKA 4FJGA 4OJRA 4RW9A 4FZYA 3M8PA 1BL3A 1DTQA 4RW7A 4BE1A 1BIZA 4ID1A 4OPKA 2KZZA 3WNFA 1JLAA 3QEXA 4HHTA 4YNQA 1ZBFA 3HPGA 4BWMA 1VSIA 1F21A 3DOKA 3KK2A 1BQNA 4I9QA 1EKEA 1A5XA 2DFHA 4OKKA 1IKYA 2XO7A 1JLQA 3TAPA 4CJSA 3P1GA 4NCBA 4BACA 4KO0A 3V1RA 4K8XA 4FJ8A 4CESA 2P1JA 4LH4A 2O4IA 1FXXA 2HMIA 1A5WA 2D0BA 4ELVA 2W42A 2YKMA 2OYQA 2QK9A 2KW4A 4KFBA 2KQ2A 3VQQA 3OYGA 3HVRA 1TGOA 4JLHA 1J53A 1T05A 1VK0A 3I0SA 4CF0A 1S1TA 4CIGA 3VQ4A 3SPYA 1UAXA 3AO5A 4WE1A 3L3VA 1VSHA 4KI6A 4B9SA 3K2PA 1LAWA 2IAJA 3RMBA 1TAUA 3K57A 3NAEA 3KK3A 2B4JA 1JL2A 3OS1A 1KTQA 3MEEA 4H8KA 3NE6A 4FM2A 1WLJA 4KHSA 3HPHA 2GBZA 1LWCA 2IS3A 4CF1A 4W5RA 4DF8A 3G0ZA 4FZXC 3OVNA 4CERA 3HT3A 5CY4A 3PV8A 2G8KA 1RT1A 3K58A 4E3SA 3MXIA 3MEGA 3NGYA 4NYNA 3T1AA 3ZSWA 1L3UA 5EU7A 4KREA 1NKEA 3SI6A 1NJXA 4ELTA 3VQBA 4F8RA 4KB0A 3OYKA 4B9TA 4M42A 2A1SA 1KFDA 3U3GA 3OYJA 3K5NA 3ULDA 4B9VA 3OS0A 3QETA 4N76A 4DTJA 3SQ4A 4W5TA 3S9HA 1B92A 2HNYA 4KHUA 4FXDA 3V1OA 4IBNA 4CF8A 1TK0A 3NGZA 3KLGA 1QQCA 2G8FA 3L8BA 4LSLA 4CJWA 3KJVA 1RDCA 4AHVA 1BI4A 3CQ8A 4QCLA 4FLZA 4B08A 3SQ1A 3RMCA 4EP5A 2ETJA 4CE9A 1JLFA 2WONA 3D45A 5DMRA 1O1WA 1T03A 4DSIA 1HQUA 3O3FA 3TAQA 4CJFA 2P5OA 4Z4EA 4PA1A 3DMJA 5HBMA 4KHYA 4C8NA 2FBYA 2D0CA 2YKNA 4LD0A 4DTNA 1D9DA 1JLGA 4BWJA 5I42A 1X9MA 4Q5VA 2ZQBA 4E19A 1Z25A 3G10A 1C6VA 3IS9A 1VSJA 1U49A 3AVFA 5I3UA 1FKPA 3NH2A 3EZ5A 1R0AA 1ZBIA 4PY5A 2G8UA 3AO2A 5CYQA 4CFCA 4CJ3A 4FJXA 3F9KA 1LW0A 3NHGA 4FJHA 3ZCMA 1W9HA 2Y1IA 1L3SA 4CJKA 3TAMA 3SNNA 5FRNA 1S1VA 2D0AA 1TL3A 3KLHA 1J9AA 3KD1E 1REVA 1VSEA 2HHUA 3HM9A 2XY6A 2R7YA 4BDZA 5T7BA 4N41A 3QIPA 4CJTA 3T3FA 3CYMA 1S9GA 1N5YA 4FK2A 2HHWA 2YNIA 3PX0A 1C1BA 4QAGA 4I2PA 3EY1A 2DTUA 3OYMA 3KKSA 1TKDA 5FRMA 3C6TA 3NBPA 3AA2A 3U3YA 3V9ZA 1JKHA 1UOCA 2RF2A 3C6UA 4EP4A 1NK7A 3VQAA 2YHAA 4OGCA 3QNOA 4F3OA 3SQ0A 5CYMA 3VQ9A 2P5GA 1C0MA 1S6QA 3VQ6A 3CM5A 4CK1A 5SZTA 1K6YA 3WNEA 4FM0A 4JRPA 1RBVA 4CGIA 4CHPA 4DSLA 1WSHA 1RT4A 2EHGA 1TV6A 1RDAA 3AA5X 1NK8A 1NOYA 1SV5A 1RTIA 4AHTA 4CIEA 4DF4A 3LP3A 3OJUA 1BGXT 3B6OA 3P83D 5C42A 1IKXA 3ALYA 4DFPA 4ZTFA 4IKFA 4J2EA 4FJKA 1HRHA 4CHQA 4DQIA 3L2RA 3AVCA 3NF8A 2HHVA 4H4MA 5KRSA 3ZSVA 2PYJA 4B9MA 3QESA 3TI0A 1ITGA 1VRTA 1WAFA 1RILA 4XIUA 3LWLA 3PX4A 4F2SA 1VSLA 2F8TA 4CEZA 3L2VA 4B3OA 4FLTA 5KI6A 1EX4A 3ISNC 5KGWA 3CFRA 4DQSA 4FZZA 2Z1IA 3AVAA 4G1QA 4M45A 3KTQA 5J1EA 4DTPA 3L2WA 3WNHA 3ZT3A 2E6LA 3OYHA 4DS4A 5J2PA 1X1PA 3VQ7A 4HVJA 3HYFA 2XY7A 4B8CA 3M8SA 3QEVA 1TVRA 1TL1A 3DYAA 3IG1A 5K14A 3LP1A 3NFAA 2G8WA 4OLAA 3OYCA 1HNIA 4I7FA 2HVIA 1LAVA 2ATQA 3OYEA 4OLBA 3VA0A 4M41A 2FBXA 4HTUA 3VQPA 3MXMA 4LY7A 3KLIA 4CHOA 4M3TA 5CZ2A 4FW1A 3M8RA 1QSSA 3L3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FO0A 1D1CA 2J05A 1UE9A 2EYZA 1QQMA 4LF9K 1TWBA 1SSFA 2O9VA 5J2MA 1S72N 3OW2M 4YDUC 2GTDA 1AOJA 2G8HA 4B9UA 2KK4A 3LANA 2F2VA 2QDYB 5C0YA 2QW9A 1M8MA 3OYYA 3S6WA 4M78C 1RAFB 1FMWA 3PVQA 4KGZB 4M77G 3NFCA 2QQAA 1YITT 3G6ET 2EQMA 2D0OA 1SSHA 2X74A 2M16A 3ATVA 1S5JA 4MDBA 1UGVA 4GMJB 3LDBA 5FPMA 2HL5C 3JYTA 3VEZA 3LLRA 2YB5A 2D1XA 5EVZA 2LX7A 1VQMN 4KULA 5HKCA 2R5MA 3PY8A 1FZIE 1BHLA 1KVAA 4JZ4A 3V1QA 4W5QA 1VQKA 2QQBA 1R0CB 4OMFB 3KBGA 2NUBA 2RCUA 5FU7C 5CVIA 4NCAA 2RM4A 1K76A 3ZX0A 4DG1A 2F5KA 2JXBA 3OYNA 3ZSOA 3OBYA 2HW3A 2AJQA 1WNLA 2IIRA 1D0ZA 2QM1A 3DJCA 1CXUA 1IBKK 2ATCB 1NG2A 3O3HA 2KFNA 4BVPA 4CEBA 1AWJA 3SWNA 1YHQT 2WFBA 2ZM6K 5GAMh 2OPPA 2OTJN 3E1YA 2WSCE 3LP0A 1T0JA 2FPEA 4BB7A 1QTMA 1GCQC 2B7MA 3L1NA 1Y57A 2DTHA 3HRSA 3META 4ORZA 5LJ5d 1C0UA 4KGXB 1ATRA 1Q18A 2H3GX 5C12A 4IZ9A 4LD6A 3CCLT 1Y71A 2P9KB 4D8DA 3HSTB 4DTSA 4QW2A 3VS4A 1UJYA 3A8MB 2KEAA 3CMEA 4M7DF 2VG7A 4CECA 4WFAL 3SAGA 1KLNA 5KRTA 1ZBXA 4IDKA 2KY9A 1YNZA 3EG9B 3CMAT 3O9UA 5JMVA 3CPWA 3CCJA 3DLBA 2CP0A 2D4WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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