3HP9A

Crystal structure of ssb/exonuclease i in complex with inhibitor cfam
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
469
structure length
452
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAESDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small-molecule tools for dissecting the roles of SSB/protein interactions in genome maintenance
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 165
structure length 452
sequence length 469
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2009-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3hp9A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3hp9A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hp9A01
4DSEA 4DSIA 1SL1A 5D3GA 3AVCA 2PYLA 4YFUA 2HVHA 4M3XA 1C1CA 3LALA 3ISNC 3RMBA 3RR7A 2OZMA 1UWBA 5DMRA 3KK1A 4FCYA 1LV5A 4B9TA 2DFFA 2IAJA 2E6LA 4I7FA 4CHQA 3KD5E 4W5TA 1RTIA 3IRXA 3RMAA 3LP2A 5J2QA 4M3WA 5T7BA 4F4KA 3HP6A 3LDSA 1NKCA 4CGJA 4E7LA 3DLHA 1LW2A 1IO2A 1XI1A 4FJ9A 4Z4FA 2DFHA 1LWFA 3AVKA 1JKHA 2ETJA 4F2SA 3MXJA 4ZHRA 4Z0UA 2BE2A 3DOLA 3RMDA 3L3VA 3ZSWA 3AO2A 1FKOA 5J2PA 4ID5A 4DS4A 3V81A 3S9HA 1S1XA 2KW4A 3VQ8A 4CJ3A 3M8QA 3MXMA 4ZTFA 4NCAA 3V9ZA 3MEDA 3VQ7A 1L3TA 3PX4A 2F8TA 3VQ4A 3SJJA 3OYHA 2XY6A 3HL8A 5CZ1A 4FW1A 1WSEA 4IG0A 3AV9A 2HHWA 3TR8A 2EX3A 3ZCMA 3LANA 4DF8A 3C6TA 1NK0A 3OY9A 4CJEA 4B9UA 2XY8A 1QSLA 3JSMA 2F8SA 2B5JA 2KZZA 1BI4B 3NGZA 4KHWA 4RW8A 3KLFA 1J53A 4OPKA 5JS1A 4IDKA 4DLEA 1TKXA 2HVIA 1KSPA 4BDPA 1SKSA 4OGCA 3AO1A 1B92A 4RW6A 4HHTA 3KLHA 1QHTA 5HRRA 2VG5A 4CECA 3LPUA 4CJQA 4E89A 3PUFA 2OZSA 2WOMA 4NCBA 4PY5A 3LAMA 3ZT4A 3EZ5A 3K57A 1BGXT 4B8AB 1U4BA 1WSGA 2Z1IA 4F3OA 3TWHA 3NFAA 1HYZA 2IDOA 4KKOA 4YNQA 3HPOA 1W0HA 1Q9YA 2BANA 1VK0A 4BE2A 4JRPA 1BL3A 1NK5A 1JLAA 1RBSA 2B4JA 3QIOA 3OYLA 3SQ2A 4KI6A 3V9XA 4CJ5A 2E4LA 1LAWA 1GOAA 3MECA 1UA0A 2O4IA 5CYQA 2HHTA 2XY7A 2JLEA 1QTMA 1KLMA 1VSDA 3TAQA 4M3YA 4CF8A 4F3TA 1HQUA 2HW3A 3NH1A 4CGGA 2P1JA 1ZYQA 4FJLA 4FJ5A 3DRPA 1UOCA 3DOKA 1RT3A 4Z4EA 1NJYA 4AHCA 4H4OA 3HJFA 2GUIA 4CJUA 1EX4A 1K6YA 3QLHA 3HK2A 4KB0A 4CIFA 5CYMA 1T7PA 4CJRA 4CJTA 4IKFA 5K14A 3VQQA 1Z26A 4OPJA 1JLCA 1WSFA 3RMCA 3LPTA 3VQCA 1RNHA 4OGEA 1NK6A 1QQCA 1T03A 4BE0A 1REVA 2QK9A 1TVRA 3C6UA 1QSSA 4CGIA 1S6PA 3AVNA 1KRPA 3L2VA 2HHVA 2VG6A 4KTWA 2D0CA 4XIUA 4TSXA 3I0SA 2AJQA 1ZBIA 1YVUA 4Y1DA 4HTUA 4HUFA 3JYTA 4FLZA 4KV8A 4CHNA 3ZSRA 1RBVA 4FM2A 4AILC 4OLBA 1ZBUA 4BWMA 2VG7A 1RT1A 2PY5A 4LY7A 1ASWA 2G8FA 1RT5A 4OKEA 3ZSVA 4QOZB 4DQIA 4L8RB 4CJSA 3M8SA 1G15A 4LD0A 2Z1JA 4KO0A 1NK9A 1U47A 3ZSXA 4FLUA 1NJWA 3ZSQA 4FJKA 4Y1CA 4CIGA 3OYKA 1SKRA 4ICLA 1EKEA 2BDPA 1D9DA 5SZTA 3KLIA 2X6SA 4CJKA 1SL2A 4DSJA 3AVAA 3O4QA 3QETA 1J54A 4JS4A 4E3SA 1RCHA 2FBVA 3HVRA 4Q0BA 2YKNA 4FLTA 2KFZA 3S3MA 1T05A 3OYCA 4PQUA 1S1WA 3KTQA 1S1VA 3NF6A 4PA1A 4E19A 2F96A 4CEOA 3OJSA 4FLWA 4E0DA 4K8XA 4KHQA 4CF0A 4AHUA 4CCHA 1JLQA 1IKVA 1JLGA 4CJFA 4DTPA 1NK8A 3VQ6A 2P5OA 4KI4A 4DTNA 2ZE2A 3LP1A 2YV0X 4QAGA 1NOYA 3NHGA 1C0UA 3TARA 2OPQA 4FK2A 1KVAA 3MAQA 3LZJA 3NF8A 1IKYA 1ASUA 4BWJA 1NOZA 3KLGA 4Z4IA 4FLVA 3HT3A 5HP1A 2OPPA 1YTAA 1KCFA 2HNYA 5HRSA 4R5PA 1JL1A 4CE9A 1NJZA 4E1NA 4ELTA 3AA3A 3AVJA 3G10A 2Y1IA 4B9SA 4CJLA 4E7IA 4CEBA 3HP9A 1JLEA 2WONA 3OYGA 1UAXA 4N5SA 4M3ZA 3SQ4A 1WSHA 2GV9A 5SWMA 4JS5A 3M8RA 4W5OA 3PO4A 4DTOA 4M41A 1X1PA 3MEEA 4LSNA 5J2MA 1NKEA 5CY4A 4E7KA 4DTMA 2YNGA 4W5QA 4FZYA 2QKBA 3HPHA 3O3FA 4IFYA 4CJPA 3SZ2A 3FFIA 4K8ZA 4IBNA 4CEAA 1U48A 4FW2A 4ELVA 3L3UA 4M45A 3QEPA 3HO1A 2X78A 3V1OA 5KTQA 2X74A 3NE6A 4OLAA 5HRPA 3P1GA 2XHBA 1X9MA 3LP3A 4O0IA 3OS2A 2HHSA 2FBYA 4F2RA 4FK4A 1VRTA 5KGXA 4DMNA 3CG7A 2D5RA 4J2EA 2RF2A 3A2FA 3K5MA 3U6FA 3QEWA 3VN5A 1NK4A 4FJ7A 4BDYA 1B9FA 3AA4A 3QNNA 4CHYA 4CEFA 3T3FA 3AO5A 1BIUA 5KRTA 1WAFA 3NCIA 5KRSA 4EZ9A 3QESA 2A1SA 1C0MA 3OYAA 4J2AA 3AA5X 1KVBA 3RR8A 3TAPA 2QKKA 1U04A 1VSMA 1Q8IA 3VA0A 1BISA 2GBZA 4DQSA 3AVGA 4PUOA 4C8LA 3NF7A 3OYIA 4FM1A 1WN7A 3B6PA 3EY1A 5I3UA 1BCMA 1XWLA 1BQMA 2IGIA 3G0ZA 3ZSZA 4DG1A 4W5RA 1WAJA 5DK5A 1B9DA 3AVFA 3V4IA 2PYJA 4HCBA 3O3HA 4FJMA 1Q9XA 1C1AA 4FJIA 1LWEA 1TL3A 4DSKA 1RILA 2JGUA 1DLOA 4HCCA 3MEGA 2ITGA 4H4MA 4AHTA 3BGRA 3HXMA 1L5UA 2P5GA 2KFNA 1IKWA 1U45A 5J2NA 2Y1JA 4B3OA 1EXQA 2DFEA 1WSIA 4CEDA 4J2DA 1NK7A 5FRNA 4C8MA 2EHGA 3F9KA 1KVCA 4FVMA 4B9LA 1ASVA 3DI6A 1CZBA 1LW0A 3IG1A 4ID1A 3T19A 2YNHA 4CEQA 3L2WA 3K5LA 4IFVA 3SQ1A 3S3OA 4MQ3A 1BI4A 3QEVA 5FROA 3NAEA 2FBXA 3K58A 2OYQA 1CZ9A 2G8VA 4CFDA 1UA1A 4O0JA 1N6QA 4RW7A 2KZMA 5E41A 4FK0A 4B9VA 4AH9A 4EP5A 5J1EA 1KFSA 2YNFA 3L2RA 4ELUA 3F73A 1IG9A 3CYMA 3OYDA 1F21A 3VQPA 3WNHA 3TAGA 3SI6A 2OA8A 3BDPA 4F8RA 2D0AA 3QERA 1IH7A 4KTQA 3DLGA 1YTUA 3MXIA 1HYSA 2G8WA 4LSLA 1VSLA 1RT2A 1HRHA 3K5OA 2XRIA 3ZT1A 3TABA 4CFCA 3OS0A 1QS4A 3SPZA 1JXEA 2YHAA 3B6OA 1J5OA 2D0BA 3DRRA 4DU1A 4GW6A 4UQGA 3CFRA 3RTVA 2HNDA 1X9WA 3WNGA 3C95A 1J9AA 2HNZA 2Q3SA 1TGOA 3ASMA 3E01A 3SYZA 3KJVA 1T8EA 4CK2A 1EP4A 4CFAA 4FXDA 4DFPA 1N5YA 4CHOA 2IOCA 1VSEA 4CJ4A 3O3GA 1RTHA 2RPIA 3LZIA 1SKWA 1TKTA 3OYMA 4OJRA 3HYFA 3TAMA 1TV6A 3V6DA 1TK8A 3LWLA 1L3VA 4FJJA 4NYNA 1XC9A 1RBTA 5CZ2A 4KB1A 3DYAA 2G8UA 2KTQA 4N47A 1HJRA 1CXUA 4CIEA 2OPRA 3NGIA 3CQ8A 4KHUA 4M3RA 1IKXA 4HVJA 3ULDA 1FK9A 2X6NA 4DU3A 1LAVA 1U49A 1BQNA 1JL2A 1QE1A 2FC0A 3P83D 3SQ0A 2BGGA 4B08A 4J2BA 2OPSA 4OKKA 4N56A 3KK3A 3QNOA 1FXXA 4O55A 4FJNA 1D5AA 4KTZA 3ZSYA 3ZT0A 3SV4A 3ITHA 1RT7A 4BACA 3DLBA 2XY5A 4DTJA 1RT6A 4C8KA 2W42A 2HHUA 2VWJA 3PV8A 2XO7A 5FRMA 3QINA 1O1WA 3DRSA 4CEEA 3V1QA 4DQPA 3VQAA 2HHQA 4WE1A 1WLJA 2I5JA 3QO9A 3WNEA 4E1MA 2ZQBA 3NH2A 4IG3A 3AVBA 4FJXA 3DLEA 4DSFA 3K59A 3PY8A 4CJWA 1Y97A 3DLKA 3TANA 1L3UA 3OVNA 4Z4HA 1CXQA 4DTSA 4KRFA 3V9SA 2G8HA 2B6AA 2IS3A 3SUQA 4BE1A 3PX0A 2ATQA 1JLBA 4CF1A 3THVA 3ZT2A 3OYJA 1XHXA 3DM2A 5C24A 3KIOA 4Q5VA 1MU2A 1WSJA 1TAQA 4AHVA 3D0PA 1C1BA 2PZSA 3AO4A 1VSFA 4LH5A 4CF2A 1RT4A 3KK2A 4E7JA 4DU4A 2VWKA 3SV3A 3OJUA 4DSLA 2DTUA 2DY4A 1RDAA 4Z4CA 1CLQA 4DQRA 1KLNA 4MFBA 3PX6A 4RW4A 3VQ5A 3NH0A 3NBPA 3KKSA 4KAZA 1S6QA 2YKMA 3SUOA 4CGDA 1VSKA 1NKBA 1HMVA 4CFBA 3SPYA 1EETA 1S9GA 4B8CA 4KPYA 1VRUA 4RW9A 4W5NA 4RG8A 1KFDA 3K2PA 3LAKA 1RDBA 4CERA 3HM9A 4E7HA 3ZSOA 4CHPA 3CM6A 5JS2A 2G8IA 4JLHA 1I39A 4AHSA 3QEXA 2NUBA 2HB5A 3V9UA 2G8KA 3I0RA 4M3TA 4AHRA 4EZ6A 4EP4A 3SUNA 4Z4GA 1LWCA 1TK0A 1KTQA 2E6MA 3AA2A 1S1TA 4HUEA 3QEIA 3DMJA 3AVIA 4KFBA 1TAUA 4DFJA 2RKIA 4HUGA 4JRQA 1HQEA 1ZBFA 4CJVA 4DS5A 3EYZA 4DFKA 1ZBLA 4B9MA 4QCLA 5HLFA 4DLGA 4DF4A 3KD1E 3LP0A 4I9QA 1XHZA 1RDDA 3DLRA 1L3SA 2FBTA 3HSTB 4NCGA 4DTRA 3C94A 4FYDA 3SNNA 4CGHA 1W9HA 3VQEA 3K5NA 4O4GA 1Z25A 1TKZA 4O5BA 1I3AA 3TI0A 4DFMA 4FJHA 5HBMA 3OYFA 4DWIA 3L2QA 1BIZA 3OYBA 4O44A 4CK1A 1RDCA 4KHSA 4CGFA 2Z1GA 4DTUA 5C25A 1QSYA 4GMJB 1BHLA 4CEZA 5FDLA 1SL0A 4H8KA 3VQDA 1HPZA 1RTJA 2IC3A 5EU7A 3AVMA 4I2QA 4KHNA 3ZT3A 3KKRA 3CFPA 1BCOA 5HROA 2A1RA 1C6VA 5C42A 3PO5A 1FKPA 4FLXA 4N41A 4FZZA 3RRGA 1JXBA 1VSIA 2HHXA 2R7YA 3OYNA 3L8BA 4ZTJA 1NJXA 3HPGA 1S5JA 1TKDA 3AVHA 3H08A 3OYEA 1C0TA 3OS1A 4N76A 2LSNA 3RRHA 4G1QA 5HRNA 3S3NA 1GOCA 3V1RA 4FJGA 2O4GA 4I2PA 4LH4A 2YNIA 4OKJA 4NYFA 4KHYA 4I9LA 4FZXC 3VQ9A 3VQBA 3NDKA 1D9FA 3M8PA 4GVMA 3WNFA 1DTTA 4C8NA 1RBRA 3U3GA 3L2UA 4DTXA 1A5XA 2P51A 4CK3A 3TAEA 4B9NA 4CHZA 3AVLA 3UIQA 5KI6A 1S9EA 2QXFA 3IAYA 1RTDA 3ALYA 1S1UA 3VA3A 2ZD1A 3SCXA 3IS9A 3D45A 4CESA 4BDZA 3U3YA 1HNVA 1HYVA 4M3UA 1R0AA 4FM0A 3AO3A 1A5WA 3RWUA 1GOBA 5KGWA 4CF9A 2HMIA 3T1AA 1VSJA 3O4NA 3P5JA 5I42A 3TAFA 1DTQA 4FLYA 1D8YA 4OVLA 4M42A 2Z1HA 3NGYA 2KQ2A 4PWDA 4FJ8A 1A5VA 1ITGA 1HNIA 1RBUA 1YT3A 1WNSA 2YHBA 1JLFA 3V9WA 3SUPA 3CFOA 1TK5A 4C8OA 3HVTA 3KLEA 1X9SA 1SV5A 4DQQA 1VSHA 1ZBHA 2RN2A 4KREA 3QIPA 3I8DA 1SUQA 3LWMA 1TL1A 3CM5A 3NF9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QCFA 1DEJA 1X6BA 2LQ8A 3OBWA 1V29B 3JCMd 5D3GA 4PK4A 4AQYK 1BI3A 3LALA 2QWMA 2H3JA 1VQKA 1ZSZC 2K3BA 1UWBA 3OSSC 3KK1A 2IAJA 3KD5E 3BY5A 4JRIA 4WFBL 1YJNQ 3IRXA 3SWNA 2BZXA 2RJEA 3G4SA 1ATRA 3X26B 4RTFD 3HP6A 1GBRA 2AKLA 4FYYB 1FZ0E 1LW2A 3PT9A 3CCQQ 1LWFA 1FPOA 4IJNA 4F2SA 4Z0UA 1YWPA 4JKAA 2BE2A 3L3VA 1FKOA 4ID5A 5GIOA 4DS4A 3S9HA 4DBQA 4CJ3A 4LF7K 1VQ5Q 4NCAA 4HTLA 3OW2M 3V9ZA 2DL3A 4M7DE 1QZ6A 1D09B 4FSSA 4H03B 3VQ7A 1OKJA 5AQHA 3ZETA 2F8TA 1N8RR 4DV5K 3SJJA 2GFUA 3OYHA 3CBPA 3L2OB 2HQEA 3HL8A 3U9DA 2W0ZA 1RAGB 1HKGA 4OPHA 2HHWA 2E3IA 1PD0A 4HA8A 1E6GA 2OX7A 3S6WA 5IXFA 4UC4A 2NRVA 4B9UA 2RJDA 1E3MA 1NGDA 2B5JA 4RW8A 3KLFA 1J53A 1ZBXA 4OPKA 4IDKA 1UFFA 4DLEA 5ELZA 4BDPA 4JEPA 1K8AC 2WSFE 1SKSA 4RNGA 1AWOA 4RW6A 3KBGA 1OQKA 2VG5A 3I33A 4CECA 3L1AA 5FPEA 4PY5A 3VS6A 3PSIA 2O8EB 1TOVA 3C6OB 4Z89A 2J4RA 5C0MA 3A5NC 4X66K 3E66A 5FWCA 2JQTA 3VRYA 3EAEA 4J9HA 4BVOA 2EWNA 1PRMC 3O9TA 3SBGA 1N36K 2JWLA 4B9XA 1SEMA 3M57A 4IUQA 3LM9A 3UE5A 3HPOA 5AT1B 4GKKK 2Y4YA 4JRPA 1BL3A 5CVIA 3ZBDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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